Mercurial > repos > radisson > priam_search

changeset 1:0413c0088cc6

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author radisson
date Tue, 10 Apr 2012 05:46:00 -0400
parents a389db9676d2
children e0f7a0cf3589
files README.txt
diffstat 1 files changed, 22 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.txt	Tue Apr 10 05:46:00 2012 -0400
@@ -0,0 +1,22 @@
+Installation de PRIAM_search sur galaxy.
+
+paramétrage de PRIAM_search.jar : 
+
+Dans un premier temps il vous faut téléchargé l'utilitaire à cette adresse : 
+http://prodomweb.univ-lyon1.fr/priam/utilities/PRIAM_search.jar
+
+Puis selectionner la version de PRIAM que vous souhaiter utilisé. En fonction de la version de votre formatrpsdb il se peux que vous rencontriez des problemes, à partire de la version 2.2.24 de formatrpsbd vous pouvez utilisé la version d'octobre 2011 : 
+http://priam.prabi.fr/
+
+ensuite il faut verifier que vous ayez bien le BLAST d'installer et défini dans vos variable d'environnement : 
+
+taper "~$ blastpgp -", si votre ordinateur vous renvoie sur l'aide de blastpgp, pas besoin de redéfinir l'emplacement des fichier binaire de votre BLAST.
+
+Ensuite il faut lancer PRIAM_search.jar une premiere fois en ligne de commande, pour installer la librairie de la version que vous utilisez. 
+
+java -jar PRIAM_search.jar -i seq_prot.fasta -n create_lib -p "path to release".
+
+seq_prot.fasta est fournie avec, "path to release" signifie chemin vers la version de priam dont vous voulez installer la librairie.
+
+une fois ceci fait, il ne vous reste plus qu'a modifier le fichier tools_conf.xml dans la racine de votre galaxy pour ajouter PRIAM_search.xml a votre serveur.
+