# HG changeset patch
# User radisson
# Date 1334051160 14400
# Node ID 0413c0088cc6aa807638dfd46bf92785dea4a402
# Parent  a389db9676d278a662591dc30b9e518a42943805
Uploaded

diff -r a389db9676d2 -r 0413c0088cc6 README.txt
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.txt	Tue Apr 10 05:46:00 2012 -0400
@@ -0,0 +1,22 @@
+Installation de PRIAM_search sur galaxy.
+
+paramétrage de PRIAM_search.jar : 
+
+Dans un premier temps il vous faut téléchargé l'utilitaire à cette adresse : 
+http://prodomweb.univ-lyon1.fr/priam/utilities/PRIAM_search.jar
+
+Puis selectionner la version de PRIAM que vous souhaiter utilisé. En fonction de la version de votre formatrpsdb il se peux que vous rencontriez des problemes, à partire de la version 2.2.24 de formatrpsbd vous pouvez utilisé la version d'octobre 2011 : 
+http://priam.prabi.fr/
+
+ensuite il faut verifier que vous ayez bien le BLAST d'installer et défini dans vos variable d'environnement : 
+
+taper "~$ blastpgp -", si votre ordinateur vous renvoie sur l'aide de blastpgp, pas besoin de redéfinir l'emplacement des fichier binaire de votre BLAST.
+
+Ensuite il faut lancer PRIAM_search.jar une premiere fois en ligne de commande, pour installer la librairie de la version que vous utilisez. 
+
+java -jar PRIAM_search.jar -i seq_prot.fasta -n create_lib -p "path to release".
+
+seq_prot.fasta est fournie avec, "path to release" signifie chemin vers la version de priam dont vous voulez installer la librairie.
+
+une fois ceci fait, il ne vous reste plus qu'a modifier le fichier tools_conf.xml dans la racine de votre galaxy pour ajouter PRIAM_search.xml a votre serveur.
+