Mercurial > repos > matthias > stacks2_refmap
changeset 5:466cc910d640 draft
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit 4e87a14a5479800df9675c1cbcdbe1b11f63653b-dirty
| author | matthias |
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| date | Wed, 27 Feb 2019 09:48:50 -0500 |
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| files | macros.xml macros_process.xml news.txt stacks_refmap.xml stdout test-data/PopA_01.1.fq test-data/PopA_01.1.fq.header test-data/PopA_01.bam test-data/PopA_01.fq test-data/PopA_01.rem.2.fa test-data/PopA_01.rem.2.fq test-data/PopA_01.rem.2.fq.header test-data/PopA_02.bam test-data/R1.fa.discards test-data/R1.fq.discards test-data/blacklist.tsv test-data/cstacks/catalog.alleles.tsv test-data/cstacks/catalog.snps.tsv test-data/cstacks/catalog.tags.tsv test-data/cstacks/cstacks.log test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fq.gz test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fq.header test-data/demultiplexed/PopA_01.rem.1.fq test-data/demultiplexed/PopA_01.rem.2.fq test-data/demultiplexed/PopA_01.rem.2.fq.header test-data/demultiplexed/PopA_03.1.fq test-data/demultiplexed/PopA_03.2.fq test-data/demultiplexed/PopA_04.1.fq test-data/demultiplexed/PopA_04.2.fq test-data/demultiplexed/PopB_01.1.fq test-data/demultiplexed/PopB_01.2.fq test-data/demultiplexed/PopB_02.1.fq 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--- a/macros.xml Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/macros.xml Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -7,14 +7,10 @@ </requirements> </xml> - <token name="@STACKS_VERSION@">2.2</token> - <token name="@WRAPPER_VERSION@">2</token> - - <xml name="stdio"> - <stdio> - <exit_code range="1:" level="fatal" description="Error in Stacks execution" /> - </stdio> - </xml> + <token name="@STACKS_VERSION@">2.3c</token> + <token name="@WRAPPER_VERSION@">0</token> + <!-- fix to 18.01 since https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/7032 --> + <token name="@PROFILE@">18.01</token> <xml name="citation"> <citations> @@ -51,8 +47,8 @@ `Stacks google group <http://groups.google.com/group/stacks-users>`_ ]]></token> + <!-- enzyme list for procrad and denovo --> <xml name="enzymes"> - <option value="">Unspecified</option> <option value="aciI">aciI</option> <option value="ageI">ageI</option> @@ -61,7 +57,7 @@ <option value="apeKI">apeKI</option> <option value="apoI">apoI</option> <option value="aseI">aseI</option> - <option value="bamHI">bamHI</option> + <option value="bamHI">bamHI</option> <option value="bbvCI">bbvCI</option> <option value="bfaI">bfaI</option> <option value="bfuCI">bfuCI</option> @@ -93,7 +89,7 @@ <option value="nlaIII">nlaIII</option> <option value="notI">notI</option> <option value="nsiI">nsiI</option> - <option value="nspI">nspI</option> + <option value="nspI">nspI</option> <option value="pstI">pstI</option> <option value="rsaI">rsaI</option> <option value="sacI">sacI</option> @@ -116,11 +112,11 @@ ]]></token> <token name="@CAT_LOG_TO_STDERR@"><![CDATA[ #if $output_log - cat $output_log 2>&1 + cat $output_log 2>&1 #end if ]]></token> <xml name="in_log"> - <param name="add_log" type="boolean" checked="false" truevalue="yes" falsevalue="no" label="Add log output as data set" /> + <param name="add_log" type="boolean" checked="false" truevalue="yes" falsevalue="no" label="Add log output as dataset" /> </xml> <xml name="out_log"> <data format="txt" name="output_log" label="${tool.name} on ${on_string} log file"> @@ -129,112 +125,245 @@ </xml> <!-- inputs from previous pipeline steps --> - <xml name="input_cat_macro"> - <param name="input_cat" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Catalog files" help="output from a previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or cstacks" /> + <xml name="input_stacks_macro"> + <param name="input_stacks" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Loci and polymorphism" help="output from previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or ustacks" /> </xml> - <xml name="input_tags_macro"> - <param name="input_tags" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Samples stacks" help="output from previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or ustacks" /> + <xml name="input_cat_macro"> + <param name="input_cat" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Catalog of loci" help="output from a previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or cstacks" /> </xml> <xml name="input_matches_macro"> <param name="input_matches" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Matches to the catalog" help="output from previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or sstacks" /> </xml> + <xml name="bam_input_macro"> + <param name="input_bam" format="bam" type="data" multiple="true" optional="false" label="Aligned data" help="either the matches to the catalog (bam), i.e. tsv2bam, or reads aligned to a reference" /> + </xml> <xml name="input_aln_macro"> - <param name="input_aln" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Output from previous Stacks pipeline steps (e.g. gstacks, denovo_map, or refmap)" argument="-P" /> + <param name="input_aln" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Assembled contigs and variant sites" help="output from previous Stacks pipeline steps (e.g. gstacks, denovo_map, or refmap)" argument="-P" /> </xml> + <!-- code for creating links to the data sets from previous pipeline steps + - stacks (i.e ustacks outputs POP.tags.tsv, POP.alleles.tsv, POP.snps.tsv) + also stores sample names in list (samples) + - cat (cstacks catalog.tags.tsv, catalog.alleles.tsv, catalog.snps.tsv) + - matches (sstacks POP.matches.tsv) --> + <token name="@LINK_STACKS_INPUT@"><![CDATA[ + #set $samples = [] + #for $input_file in $input_stacks + #set $filename = str($input_file.element_identifier) + #if not filename.endswith('.tsv') + #set $filename = $filename + ".tsv" + #end if + #if re.search('^(?!catalog).+\.(tags|alleles|snps)\.tsv$', $filename) + ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' && + #if $filename.endswith('.tags.tsv') + $samples.append($filename[:-9]) + #end if + #end if + #end for + ]]> + </token> + <token name="@LINK_CAT_INPUT@"><![CDATA[ + #for $input_file in $input_cat + #set $filename = str($input_file.element_identifier) + #if not filename.endswith('.tsv') + #set $filename = $filename + ".tsv" + #end if + #if re.search('^catalog\.(tags|alleles|snps)\.tsv$', $filename) + ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' && + #end if + #end for + ]]></token> + <token name="@LINK_MATCHES_INPUT@"><![CDATA[ + #for $input_file in $input_matches + #set $filename = str($input_file.element_identifier) + #if not filename.endswith('.tsv') + #set $filename = $filename + ".tsv" + #end if + #if re.search('matches.tsv$', $filename) + ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' && + #end if + #end for + ]]></token> - <!-- fastq input --> - <xml name="fastq_input_macro" token_fastq_optional="false"> + <!-- fastq input for process_radtags/shortreads (non-batch) and clone/kmerfilter (batch) + for batch processing chose multiple=false and paired + otherwise multiple=true and listtype=list:paired --> + <xml name="fastq_input_bc" token_multiple="false" token_listtype="paired"> <conditional name="input_type"> - <param name="input_type_selector" type="select" label="Short read data from individuals" help="Single end data or forward reads. If a paired list is provided only the forward reads are used in ustacks"> - <option value="manual" selected="true">single end or forward reads</option> - <option value="list">(paired) data set list</option> + <param name="input_type_select" type="select" label="Single-end or paired-end reads"> + <option value="single" selected="True">Single-end files</option> + <option value="paired">Paired-end files</option> </param> - <when value="manual"> - <param name="samples" argument="-f" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" type="data" label="Reads" multiple="true" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/> + <when value="single"> + <param name="fqinputs" argument="-f" type="data" format="fastqsanger,fastqsanger.gz" multiple="@MULTIPLE@" label="Singles-end reads" /> + <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location"> + <expand macro="barcode_encoding_single" type="Barcode" /> + </param> + </when> + <when value="paired"> + <param name="fqinputs" type="data_collection" collection_type="@LISTTYPE@" label="Paired-end reads" format="fastqsanger,fastqsanger.gz"/> + <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location"> + <expand macro="barcode_encoding_pair" type="Barcode" /> + </param> </when> - <when value="list"> - <param name="samples" argument="-f" type="data_collection" collection_type="list:paired" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" label="List for forward reads or read pairs" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/> + </conditional> + <yield/> + </xml> + + <xml name="fastq_input_bc_file" token_multiple="false" token_listtype="paired"> + <expand macro="fastq_input_bc" multiple="@MULTIPLE@" listtype="@LISTTYPE@"> + <param name="barcode" argument="-b" type="data" format="tabular,txt" label="Barcode file" /> + </expand> + </xml> + + <!-- fastq input (used in denovomap, tsv2bam, ustacks) --> + <xml name="fastq_input" token_fastq_optional="false" token_help=""> + <conditional name="input_type"> + <param name="input_type_select" type="select" label="Short read data from individuals" help="@HELP@"> + <option value="single" selected="true">single end or forward reads</option> + <option value="paired">(paired) dataset list</option> + </param> + <when value="single"> + <param name="fqinputs" argument="-f" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" type="data" label="Reads" multiple="true" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/> + </when> + <when value="paired"> + <param name="fqinputs" argument="-f" type="data_collection" collection_type="list:paired" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" label="List for forward reads or read pairs" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/> </when> </conditional> </xml> - <!-- requires a variable $read_direction=None|"forward"|"reverse" to be set - appends noting/.1/.2 to the link name for accessing the fastq data - sets variables $name and $data_path--> - <token name="@FASTQ_INPUT@"><![CDATA[ - ## TODO should use sample.identidfier if possible (see corresp. preproc macro) - #set $name = $clean_ext($sample.name) - #set $data_path = "stacks_inputs/" + $name - #if $sample.is_collection: - #set $cur_sample=$sample[$read_direction] - #else: - #set $cur_sample=$sample - #end if - #if $read_direction == "forward": - #set $data_path = $data_path + ".1" - #elif $read_direction == "reverse": - #set $data_path = $data_path + ".2" - #end if - #if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger') - #set $data_path = $data_path + ".fq" - #set inputype = "fastq" - #else if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger.gz') - #set $data_path = $data_path + ".fq.gz" - #set inputype = "gzfastq" - #else if $cur_sample.is_of_type('fasta') - #set $data_path = $data_path + ".fa" - #set inputype = "fasta" - #else - #set $data_path = $data_path + ".fa.gz" - #set inputype = "gzfasta" - #end if - ln -s '$cur_sample' '${data_path}' && + + <!-- helper functions for linking fastq data sets --> + <token name="@FASTQ_INPUT_FUNCTIONS@"><![CDATA[ + #from os.path import splitext + #import re + + #def clean_ext($identifier) + #while $identifier.endswith(('.1', '.2', '.fa', '.fq', '.fasta', '.fastq', '.gz', '.gzip', '.sam', '.bam')) + #set $identifier = splitext($identifier)[0] + #end while +$identifier#slurp + #end def + + #def fastq_input_foo( $sample, $read_direction="", $infix="" ) + #set $name = $clean_ext($sample.element_identifier) + #if $sample.is_collection: + #set $cur_sample=$sample[$read_direction] + #else: + #set $cur_sample=$sample + #end if + + #if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger') + #set $ext = "fastq" + #set $inputype = "fastq" + #else if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger.gz') + #set $ext = "fastq.gz" + #set $inputype = "gzfastq" + #else if $cur_sample.is_of_type('fasta') + #set $ext = "fasta" + #set $inputype = "fasta" + #else if $cur_sample.is_of_type('fasta.gz') + #set $ext = "fasta.gz" + #set $inputype = "gzfasta" + #else + #set $inputype = "UNKNOWN" + #end if + #set $data_path = "stacks_inputs/"+$name+$infix+"."+$ext + #set $link_cmd = "ln -s '%s' '%s' &&" % ($cur_sample, $data_path) + #return ($link_cmd, $data_path, $name, $inputype) + #end def + + ## fastq_input_batch determine link command, access path(s), and input type + ## for batch tools + ## + ## inputs + ## - sample data set / pair + ## - type "single" / "paired" + ## return (link_command, fwd_path, rev_path, inputype) + ## - link_command bash command(s) to link the data sets + ## - fwd_path file name of the link to the forward data set + ## - rev_path file name of the link to the forward data set (if type=paired) + ## - inputype input type as used in stacks ([gz]fast(a|q)) + #def fastq_input_batch($sample, $type) + #if $type == "single" + #set ($link_cmd, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "", "") + #return ($link_cmd, $path, "", $inputype) + #else: + #set ($fwd_link_cmd, $fwd_path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "forward", ".1") + #set ($rev_link_cmd, $rev_path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "reverse", ".2") + #return ( $fwd_link_cmd+$rev_link_cmd, $fwd_path, $rev_path, $inputype) + #end if + #end def + + ## fastq_input_nonbatch determine link command, access path(s), and input type + ## for non-batch tools (procrad, shortreads, denovomap the former need R[12]_ + ## and the latter needs .[12]) + ## + ## inputs + ## - samples list of data set / pair + ## - type "single" / "paired" + ## - infix_pattern pattern for the infix of the files (needs to contain %d which is replaced by 1/2) + ## return (link_command, inputype) + ## - link_command bash command(s) to link the data sets + ## - inputype input type as used in stacks ([gz]fast(a|q)) + #def fastq_input_nonbatch( $samples, $type, $infix_pattern ) + #set $link_command = "" + #for $sample in $samples + #if $type == "single" + #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "", "") + #set link_command += lc + #else: + #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "forward", $infix_pattern % (1)) + #set link_command += lc + #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "reverse", $infix_pattern % (2)) + #set link_command += lc + #end if + #end for + #return ($link_command, $inputype) + #end def ]]></token> - <!-- macro and token for BAM input--> - <xml name="bam_input_macro"> - <param name="input_bam" format="bam" type="data" multiple="true" optional="false" label="BAM files" /> - </xml> + <!-- macro and token for BAM input, for each bam file w identifier NAME + - creates a link NAME.bam <- bam_inputs/NAME.INFIX.bam + - appends -B bam_inputs/NAME.INFIX.bam to variable bamlist + + INFIX is set to"" per default, can be set with optional variable $infix + only needed for gstacks in denovo mode which needs .matches.bam --> <token name="@BAM_INPUT@"><![CDATA[ #set $bamlist = "" #for $bam in $input_bam: - #set $filename = $clean_ext($bam.element_identifier)+".bam" - #if re.search('.*\.bam$', $filename) + #if $bam.is_of_type('bam') + #set $filename = $clean_ext($bam.element_identifier)+".bam" ln -s '$bam' bam_inputs/$filename && #set bamlist += " -B 'bam_inputs/"+$filename+"'" #end if #end for ]]></token> - <token name="@CLEAN_EXT@"> - <![CDATA[ - #from os.path import splitext - #import re - #def clean_ext($identifier) - #while $identifier.endswith(('.1', '.2', '.fa', '.fq', '.fasta', '.fastq', '.gz', '.gzip', '.sam', '.bam')) - #set $identifier = splitext($identifier)[0] - #end while -$identifier#slurp - #end def - ]]> - </token> + <token name="@EXTRACT_VCF@"><![CDATA[ + ## the catalog.calls output is a gzip-ed vcf extract it + ## to make it usable in Galaxy (with the downside that we + ## need to gzip it again for downstream calls like populations) + && gunzip -c stacks_outputs/catalog.calls > stacks_outputs/catalog.calls.vcf + ]]></token> - <!-- tokens and macros for gapped alignment options - the _onoff macro gives an empty conditional (which is not so nice + + + <!-- tokens and macros for gapped alignment options + the _onoff macro gives an empty conditional (which is not so nice but allows to be used also in the full macro) --> <token name="@GAP_OPTIONS@"><![CDATA[ -#if $gapped.use_gapped == "yes" - --max_gaps $gapped.max_gaps - --min_aln_len $gapped.min_aln_len -#else - --disable-gapped -#end if -]]></token> + #if $gapped.use_gapped == "yes" + --max_gaps $gapped.max_gaps + --min_aln_len $gapped.min_aln_len + #else + --disable-gapped + #end if + ]]></token> <token name="@GAP_OPTIONS_ONOFF@"><![CDATA[ -#if $gapped.use_gapped != "yes" - --disable-gapped -#end if -]]></token> + #if $gapped.use_gapped != "yes" + --disable-gapped + #end if + ]]></token> <xml name="gap_options"> <expand macro="gap_options_onoff"> <param argument="--max_gaps" type="float" value="2.0" label="Number of gaps allowed between stacks before merging"/> @@ -254,10 +383,11 @@ </conditional> </xml> + <!-- ustacks outputs collection containing SAMPLE.tags.tsv, SAMPLE.snps.tsv, SAMPLE.alleles.tsv (SAMPLE!=catalog) --> <!-- TODO tags, snps, and alleles could go to sub collections; same for other tools --> <xml name="ustacks_outputs_macro" token_tooladd=""> - <collection name="tabs" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Loci per sample"> + <collection name="tabs" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Loci and polymorphism"> <discover_datasets pattern="(?P<name>(?!catalog).+\.tags)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" /> <discover_datasets pattern="(?P<name>(?!catalog).+\.snps)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" /> <discover_datasets pattern="(?P<name>(?!catalog).+\.alleles)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" /> @@ -277,11 +407,25 @@ </xml> <!-- tsv2bam outputs collection containing SAMPLE.matches.bam --> <xml name="tsv2bam_outputs_macro" token_tooladd=""> - <collection name="bams" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Loci"> + <collection name="bams" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Matches to the catalog (bam)"> <discover_datasets pattern="(?P<name>.+\.matches)\.bam$" ext="bam" directory="stacks_outputs" /> </collection> </xml> - <!-- gstacks outputs collection containing catalog.calls.vcf and catalog.fa.gz --> + <!-- gstacks outputs collection containing catalog.calls.vcf and catalog.fa.gz + + optional output alignments.bam (if no popmap is given) and POP.alns.bam otherwise--> + <xml name="gstacks_outputs_full_macro" token_tooladd=""> + <expand macro="gstacks_outputs_macro"/> + <data format="txt" name="distribs" label="${tool.name} on ${on_string} log.distribs" from_work_dir="stacks_outputs/gstacks.log.distribs"> + <filter>add_log_distribs</filter> + </data> + <collection name="gstacks_alns_out" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Read alignments"> + <discover_datasets pattern="(?P<name>.*).alns.bam$" ext="bam" directory="stacks_outputs" /> + <filter>mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap!=None</filter> + </collection> + <data name="gstacks_aln_out" format="bam" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Read alignment" from_work_dir="stacks_outputs/alignments.bam"> + <filter>mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap==None</filter> + </data> + </xml> <xml name="gstacks_outputs_macro" token_tooladd=""> <collection name="gstacks_out" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Assembled contigs and variant sites"> <discover_datasets pattern="(?P<name>catalog\.calls\.vcf)$" ext="vcf" directory="stacks_outputs" /> @@ -302,7 +446,7 @@ <xml name="populations_output_full"> <expand macro="populations_output_light"/> - <!-- log_fst_comp populations.fst_summary.tsv populations.phistats_summary.tsv populations.phistats.tsv--> + <!-- log_fst_comp populations.fst_summary.tsv populations.phistats_summary.tsv populations.phistats.tsv--> <data format="tabular" name="out_phistats" label="${tool.name} on ${on_string} Phi_st statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.phistats.tsv"> <filter>advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'</filter> </data> @@ -313,9 +457,9 @@ <filter>advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'</filter> </data> - <!-- fasta_loci populations.loci.fa - fasta_samples populations.samples.fa - fasta_samples_raw populations.samples-raw.fa--> + <!-- fasta_loci populations.loci.fa + fasta_samples populations.samples.fa + fasta_samples_raw populations.samples-raw.fa--> <data format="tabular" name="out_fasta_strict" label="${tool.name} on ${on_string} per-locus consensus sequences" from_work_dir="stacks_outputs/populations.loci.fa"> <filter>populations_output['fasta_loci']</filter> </data> @@ -326,8 +470,8 @@ <filter>populations_output['fasta_samples_raw']</filter> </data> - <!-- phylip populations.fixed.phylip populations.fixed.phylip.log - phylip_var populations.var.phylip populations.var.phylip.log--> + <!-- phylip populations.fixed.phylip populations.fixed.phylip.log + phylip_var populations.var.phylip populations.var.phylip.log--> <data format="tabular" name="out_phylip_all_pop_fix" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip nucleotides that are fixed-within, and variant among populations" from_work_dir="stacks_outputs/populations.fixed.phylip"> <filter>populations_output['phylip']</filter> </data> @@ -341,7 +485,7 @@ <filter>populations_output['phylip_var']</filter> </data> - <!-- genepop populations.haps.genepop populations.snps.genepop --> + <!-- genepop populations.haps.genepop populations.snps.genepop --> <data format="tabular" name="out_genepop_snps" label="${tool.name} on ${on_string} SNPs in GenePop format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.snps.genepop"> <filter>populations_output['genepop']</filter> </data> @@ -349,7 +493,7 @@ <filter>populations_output['genepop']</filter> </data> - <!-- vcf populations.haps.vcf populations.snps.vcf --> + <!-- vcf populations.haps.vcf populations.snps.vcf --> <data format="vcf" name="out_vcf_haplotypes_snps" label="${tool.name} on ${on_string} SNPs in VCF format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.snps.vcf"> <filter>populations_output['vcf']</filter> </data> @@ -357,7 +501,7 @@ <filter>populations_output['vcf']</filter> </data> - <!--plink populations.plink.map populations.plink.ped--> + <!--plink populations.plink.map populations.plink.ped--> <data format="tabular" name="out_plink_markers" label="${tool.name} on ${on_string} PLINK (makers)" from_work_dir="stacks_outputs/populations.plink.map"> <filter>populations_output['plink']</filter> </data> @@ -365,16 +509,20 @@ <filter>populations_output['plink']</filter> </data> - <!--structure populations.structure--> + <!--structure populations.structure--> <data format="tabular" name="out_structure" label="${tool.name} on ${on_string} Structure format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.structure"> <filter>populations_output['structure']</filter> </data> - <!-- radpainter populations.haps.radpainter --> + <!-- radpainter populations.haps.radpainter --> <data format="tabular" name="out_radpainter" label="${tool.name} on ${on_string} Radpainter format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haps.radpainter"> <filter>populations_output['radpainter']</filter> </data> + <!-- treemix populations.treemix --> + <data format="tabular" name="out_treemix" label="${tool.name} on ${on_string} Treemix format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.treemix"> + <filter>populations_output['treemix']</filter> + </data> </xml> <xml name="snp_options_alpha"> @@ -397,8 +545,8 @@ <expand macro="snp_options_alpha"/> </when> <when value="bounded"> - <param argument="--bound_low" type="float" value="0.0" min="0.0" max="1.0" label="lower bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0"/> - <param argument="--bound_high" type="float" value="1.0" min="0.0" max="1.0" label="upper bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0" /> + <param argument="--bound_low" type="float" value="0.0" min="0.0" max="1.0" label="Lower bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0"/> + <param argument="--bound_high" type="float" value="1.0" min="0.0" max="1.0" label="Upper bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0" /> <expand macro="snp_options_alpha"/> </when> <when value="fixed"> @@ -414,11 +562,8 @@ <!-- variant calling option for use in gstacks and denovomap --> <xml name="variant_calling_options_vg"> - <param argument="--var-alpha" name="var_alpha" type="float" value="0.05" min="0" label="alpha threshold for discovering SNPs" /> - <expand macro="variant_calling_options_g"/> - </xml> - <xml name="variant_calling_options_g"> - <param argument="--gt-alpha" name="gt_alpha" type="float" value="0.05" min="0" label="alpha threshold for calling genotypes" /> + <param argument="--var-alpha" name="var_alpha" type="float" value="0.01" min="0" label="Alpha threshold for discovering SNPs" /> + <param argument="--gt-alpha" name="gt_alpha" type="float" value="0.05" min="0" label="Alpha threshold for calling genotypes" /> </xml> <xml name="barcode_encoding_single" token_type=""> @@ -428,12 +573,12 @@ </xml> <xml name="barcode_encoding_pair" token_type=""> - <expand macro="barcode_encoding_single" type="@TYPE@"> + <expand macro="barcode_encoding_single" type="@TYPE@"> <option value="--null_index">@TYPE@ is provded in FASTQ header (Illumina i7 read if both i5 and i7 read are provided) (--null_index)</option> <option value="--inline_inline">@TYPE@ is inline with sequence, occurs on single and paired-end read (--inline_inline)</option> <option value="--index_index">@TYPE@ is provded in FASTQ header (Illumina i5 and i7 reads) (--index_index)</option> <option value="--inline_index">@TYPE@ is inline with sequence on single-end read and occurs in FASTQ header (from either i5 or i7 read) (--inline_index)</option> <option value="--index_inline">@TYPE@ occurs in FASTQ header (Illumina i5 or i7 read) and is inline with sequence on single-end read (if single read data) or paired-end read (if paired data) (--index_inline)</option> - </expand> + </expand> </xml> </macros>
--- a/macros_process.xml Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/macros_process.xml Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -3,60 +3,10 @@ <!-- macros and tokens for process_radtags and process_short_reads --> <macros> - <!-- fastq input for process_radtags/shortreads--> - <xml name="process_inputs"> - <conditional name="input_type"> - <param name="options_type_selector" type="select" label="Single-end or paired-end reads files"> - <option value="single" selected="True">Single-end files</option> - <option value="paired">Paired-end files</option> - </param> - <when value="single"> - <param name="fqinputs" argument="-f" format="fastqsanger,fastqsanger.gz" multiple="true" type="data" label="singles-end reads infile(s)" help="input files" /> - <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location"> - <expand macro="barcode_encoding_single" type="Barcode" /> - </param> - </when> - <when value="paired"> - <param name="fqinputs" type="data_collection" collection_type="list:paired" label="paired-end reads infile(s)" format="fastqsanger,fastqsanger.gz"/> - <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location"> - <expand macro="barcode_encoding_pair" type="Barcode" /> - </param> - </when> - </conditional> - <param name="barcode" argument="-b" type="data" format="tabular,txt" label="Barcode file" /> - </xml> - <token name="@FASTQ_INPUT_PREPROC@"><![CDATA[ - #for $input in $input_type.fqinputs: - #if $input_type.options_type_selector == "single" - #set $isfq=$input.is_of_type('fastqsanger') - #set $name=$clean_ext($input.element_identifier) - #else: - #set $isfq=$input.forward.is_of_type('fastqsanger') - ## TODO if https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/7031 is - ## backported use element_identifier consistently and fix release in <tool>? - #set $name=$clean_ext($input.name) - #end if - - #if $isfq: - #set $ext = "fastq" - #set inputype = "fastq" - #else - #set $ext = "fastq.gz" - #set inputype = "gzfastq" - #end if - - #if $input_type.options_type_selector == "single" - ln -s '$input' 'stacks_inputs/${name}.${ext}' && - #else: - ## procrad needs _R[12]_ in the file name, so we add an add 0 - ln -s '$input.forward' 'stacks_inputs/${name}_R1_0.${ext}' && - ln -s '$input.reverse' 'stacks_inputs/${name}_R2_0.${ext}' && - #end if - #end for - ]]></token> + <token name="@PROCESS_IOOPTIONS@"><![CDATA[ -p stacks_inputs/ - #if $input_type.options_type_selector == "paired" + #if $input_type.input_type_select == "paired" --paired #end if -i $inputype @@ -89,26 +39,26 @@ <xml name="process_outputs"> <collection name="demultiplexed" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads"> - <filter>input_type['options_type_selector'] == "single"</filter> + <filter>input_type['input_type_select'] == "single"</filter> <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P<name>.+)" dir="stacks_outputs"/> </collection> <collection name="demultiplexed_paired" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads"> - <filter>input_type['options_type_selector'] == "paired"</filter> + <filter>input_type['input_type_select'] == "paired"</filter> <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P<identifier_0>.+)\.(?P<identifier_1>[^.]+)" dir="stacks_outputs"/> </collection> <collection name="remaining" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Remaining orphan reads"> - <filter>input_type['options_type_selector'] == "paired"</filter> + <filter>input_type['input_type_select'] == "paired"</filter> <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P<identifier_0>.+)\.rem\.(?P<identifier_1>[^.]+)" dir="stacks_outputs/remaining"/> </collection> <!-- note irrespective of -y output is always named fastq and are never zipped --> <collection name="discarded" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} Discarded reads"> - <filter>capture is True and input_type['options_type_selector'] == "single"</filter> + <filter>capture is True and input_type['input_type_select'] == "single"</filter> <expand macro="discover_faq_output_macro" pattern="(?P<name>.*)" dir="stacks_outputs/discarded"/> </collection> <collection name="discarded_paired" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Discarded reads"> - <filter>capture is True and input_type['options_type_selector'] == "paired"</filter> + <filter>capture is True and input_type['input_type_select'] == "paired"</filter> <expand macro="discover_faq_output_macro" pattern="(?P<identifier_0>.+)\.(?P<identifier_1>[^.]+)" dir="stacks_outputs/discarded"/> </collection> </xml> @@ -116,7 +66,7 @@ <!-- FASTQ filtering options --> <xml name="process_filter"> <conditional name="filter_cond" > - <param name="filter_select" type="select" label="do quality filtering"> + <param name="filter_select" type="select" label="Do quality filtering"> <option value="yes">Yes</option> <option value="no" selected="true">No</option> </param> @@ -125,10 +75,10 @@ <param name="score" type="integer" value="10" min="0" max="40" argument="-s" label="Set the score limit. If the average score within the sliding window drops below this value, the read is discarded" /> <param name="remove" type="boolean" checked="false" truevalue="-c" falsevalue="" argument="-c" label="Clean data, remove any read with an uncalled base" /> <param name="discard" type="boolean" checked="false" truevalue="-q" falsevalue="" argument="-q" label="Discard reads with low quality scores"/> - <param argument="--filter_illumina" type="boolean" checked="false" truevalue="--filter_illumina" falsevalue="" label="discard reads that have been marked by Illumina's chastity/purity filter as failing" /> + <param argument="--filter_illumina" type="boolean" checked="false" truevalue="--filter_illumina" falsevalue="" label="Discard reads that have been marked by Illumina's chastity/purity filter as failing" /> </when> <when value="no"> - <param argument="--len_limit" type="integer" value="" optional="true" label="minimum sequence length" help="useful if your data has already been trimmed"/> + <param argument="--len_limit" type="integer" value="" optional="true" label="Minimum sequence length" help="useful if your data has already been trimmed"/> </when> </conditional> <param name="capture" type="boolean" checked="false" truevalue="-D" falsevalue="" argument="-D" label="Capture discarded reads to a file" /> @@ -153,7 +103,7 @@ && mv stacks_outputs/*discards stacks_outputs/discarded/ ## fix the _R[12]_0 that was added for preparing the input - #if $input_type.options_type_selector == 'paired': + #if $input_type.input_type_select == 'paired': && find stacks_outputs/discarded/ -type f | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/_R1_0/.1/; s/_R2_0/.2/;')"; done #end if ## also remove the gz which is added by procrad (but its uncompressed) @@ -167,20 +117,18 @@ #end if #end if ## prepare paired read output for processing in galaxy - #if $input_type.options_type_selector == 'paired': + #if $input_type.input_type_select == 'paired': && mkdir stacks_outputs/remaining && find stacks_outputs -iregex ".*\.rem\.[12]\.f[aq]\(\.gz\)?" | while read file; do mv "\$file" stacks_outputs/remaining/; done && find stacks_outputs/ -iregex ".*.f[aq]\(\.gz\)?" | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/\.1\./.forward./; s/\.2\./.reverse./')"; done #end if ]]></token> - - <!-- adapter trimming options --> <xml name="process_adapter"> - <param argument="--adapter_1" type="text" value="" optional="true" label="adaptor sequence that may occur on the first read" /> - <param argument="--adapter_2" type="text" value="" optional="true" label="adaptor sequence that may occur on the paired-read" /> - <param argument="--adapter_mm" type="integer" value="" optional="true" label="number of mismatches allowed in the adapter sequence"/> + <param argument="--adapter_1" type="text" value="" optional="true" label="Adaptor sequence that may occur on the first read" /> + <param argument="--adapter_2" type="text" value="" optional="true" label="Adaptor sequence that may occur on the paired-read" /> + <param argument="--adapter_mm" type="integer" value="" optional="true" label="Number of mismatches allowed in the adapter sequence"/> </xml> <token name="@PROCESS_ADAPTER@"><![CDATA[ ## Adapter options @@ -202,9 +150,9 @@ <option value="-r">yes</option> <option value="" selected="true">no</option> </param> - <when value="-r"> - <param argument="--barcode_dist_1" type="integer" value="" optional="true" label="number of allowed mismatches when rescuing first read barcodes" help="(default 1)"/> - <param argument="--barcode_dist_2" type="integer" value="" optional="true" label="number of allowed mismatches when rescuing paired read barcodes" help="(default value for single end barcodes)"/> + <when value="-r"> + <param argument="--barcode_dist_1" type="integer" value="" optional="true" label="Number of allowed mismatches when rescuing first read barcodes" help="(default 1)"/> + <param argument="--barcode_dist_2" type="integer" value="" optional="true" label="Number of allowed mismatches when rescuing paired read barcodes" help="(default value for single end barcodes)"/> </when> <when value=""/> </conditional> @@ -221,7 +169,7 @@ #end if ]]></token> - <!-- advanced options that are shared --> + <!-- advanced options that are shared --> <xml name="common_advanced"> <param name="truncate" type="integer" value="" optional="True" argument="-t" label="Truncate final read length to this value" /> <param argument="--retain_header" type="boolean" checked="false" truevalue="--retain_header" falsevalue="" label="Retain unmodified FASTQ headers in the output" />
--- a/news.txt Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,181 +0,0 @@ -Stacks 2.2 - Aug 22, 2018 --------------------------- - Feature: Added the --bestrad flag to process_radtags. When used it will look for reads that need transposed - before they are processed. - Feature: gstacks: New option --max-debrujin-reads to control the construction of the de Bruijn graph; replaces - --min-kmer-freq which is now deprecated - Bugfix: Added run number to output FASTQ headers in process_radtags to make sure read IDs are always unique. - -Stacks 2.1 - June 25, 2018 --------------------------- - Bugfix: Fixed a performance regression in sstacks. Recent changes in sstacks made it more likely to - invoke the gapped algorithm to match to the catalog. In some cases, matches to the catalog - would be marked as ambiguous alignments and dropped from the next stages of analysis due to - differences in CIGAR strings from the gapped alignment. - Feature: ustacks Changed --high_cov_thres default value from 2.0 to 3.0. - Feature: gstacks: Changed --min-kmer-freq default value from 0.05 to 0.01. - Feature: Added further checks on zlib calls. - -Stacks 2.0 - Apr 23, 2018 -------------------------- - Feature: modified cstacks and ustacks gapped alignment algorithms to always align the two stacks/alleles - with the most k-mers in common, removed the previous minimum k-mer limit. - Feature: modified cstacks so that when a sample locus matches two or more catalog loci, those catalog - loci are combined, or rolled-up, reducing undermerged loci that generate excess homozygote calls. - Feature: modified tsv2bam so that when two loci from the same sample match the same catalog locus, those - loci are combined. - Bugfix: corrected BbvCI restriction enzyme to add the missing negative strand sequence. - Bugfix: corrected the catalog writing routines for unzipped output files to include missing column. - Bugfix: populations: Fixed the filtering of monomorphic loci. - Bugfix: populations: Now preserving sample ordering in all outputs. - Bugfix: Fixed ICPC compilation. - - 2.0b - May 1, 2018 - Feature: gstacks: Removed the assertion that the first basepair of each locus should - be part of a cutsite (now a warning). - Feature: gstacks: The reported effective coverage is now a more realistic weighted mean. - Bugfix: populations: Fixed STRUCTURE output being corrupted for some unordereds population maps. - -Stacks 2.0 Beta 10 - Apr 10, 2018 ---------------------------------- - Feature: Improved gapped alignment for secondary reads in ustacks. - Feature: Improved populations performance. - Feature: Added enzymes Cac8I, MslI. - Feature: Made population maps more tolerant to spurious extra spaces and lines. - Feature: populations: VCF output: changed the format of the catalog locus field and made the column 1-based. - Feature: gstacks: increased haplotyping rates by adding a filtering of spurious SNPs step. - Bugfix: Fixed populations dramatric slow-down on datasets with more than several hundred samples. - Bugfix: Restored the NS/locus distribution in populations's distributions log. - Bugfix: Fixed the populations --radpainter export. - Bugfix: stacks-dist-extract: Fixed OSX compatibility. - Bugfix: Fixed breaking bug in populations --in-vcf mode filtering statistics. - -Stacks 2.0 Beta 9 - Mar 12, 2018 --------------------------------- - Feature: Cleaned up tags/snps/alleles/matches files. We removed the batch ID from ustacks and cstacks - output, and the deprecated log likelihood fields from ustacks and cstacks. We also removed - the chromosome/bp/strand fields as they are no longer used in these files. - Feature: Renamed gstacks output files that represent the new components of the catalog: - gstacks.fa.gz => catalog.fa.gz; gstacks.vcf.gz => catalog.calls - Feature: Removed read length restrictions from ustacks/cstacks/sstacks core, reads/loci can vary in - length throughout the pipeline. - Feature: Reimplemented PLINK export format for the populations program. - Bugfix: Updated to HTSLib 1.7; changed to a custom build system that will work with the Stacks build - system. - Bugfix: Made gapped alignments mandatory in ustacks, cstacks, and sstacks. Added check for frameshift - at 3' end of the read -- if found, a match is deferred to the gapped aligner. - -Stacks 2.0 Beta 8 - Feb 03, 2018 --------------------------------- - Feature: populations: Now calculated deviation from Hardy-Weinberg equilibrium at the SNP level - (using an exact test), and at the haplotype level (using Guo+Thompson's MCMC algorithm). - Feature: populations: Added an export type for FineRADStructure. - Feature: populations: Added the GQ/GL fields in the VCF SNPs output. - Feature: gstacks: Made the default behavior regarding paired-end reads more logical (in - reference-based mode --paired has been replaced with --unpaired). - Feature: gstacks: Added details about samples and coverages to the log outputs. - Feautre: Added enzymes NspI, BbvCI, fixed BfuCI. - Bugfix: corrected a major performance bottleneck in populations when smoothing population statistics - across the genome. - Bugfix: populations: The VCF output now preserves the input sample order. - Bugfix: gstacks: Fixed the handling of a rare special case in the PCR duplicates code. - Bugfix: gstacks: Fixed 100% being added to all per-thread timings. - -Stacks 2.0 Beta 7 - Dec 29, 2017 --------------------------------- - Feature: gstacks: Added an option to remove PCR duplicates based on insert - size (--rm-pcr-duplicates, plus the related --rm-unpaired-reads). - Feature: populations: Added a haplotype Genepop export. - Feature: populations: improved the help; changed the output names for SNP - files to 'populations.snps.EXT'; added option --no_hap_exports. - Feature: gstacks and populations: Clarified the logs; moved distributions - to a separate '.xlog' file and added script stacks-xlog-extract. - Feature: gstacks: Tweaked the help/interface; especially, replaced --spacer - with --suffix (for BAM directory input). - Feature: Added enzymes BfuI and HinP1. - Feature: Added option --inline_null to clone_filter. - Bugfix: gstacks: Fixed a typo preventing the paired reads from being merged. - Bugfix: populations: Fixed a segfault that occurred with some large datasets. - Bugfix: Made VCF outputs more standard compliant. - Bugfix: populations: Repaired --fasta_samples and --fasta_samples_raw. - Bugfix: populations: Fixed population aborting at the end of the run - when an export option was specified multiple times. - Bugfix: gstacks: Adjusted progression report for catalog asymmetry. - Bugfix: Fixed installation of stacks-integrate-alignments on MacOS. - -Stacks 2.0 Beta 6 - Dec 02, 2017 --------------------------------- - Feature: Implmented the VCF haplotypes output. - Bugfix: Corrected asset failure in populations when exporting data for genepop or structure output. - -Stacks 2.0 Beta 5 - Nov 27, 2017 --------------------------------- - Feature: Reimplemented structure, phylip, and phylip_var exports. - Bugfix: Tightened up the overlap algorithm to require 80% of overlapping sequence to be - aligned and of the aligned sequence, 80% must be identities. - Bugfix: Fixed segfault in gstacks when compiled with CLANG on OS X. - Bugfix: gstacks: Fixed how misphasings are reported. - -Stacks 2.0 Beta 4 - Nov 07, 2017 --------------------------------- - Bugfix: Continued improving overlap algorithm to join SE and PE contigs. - Bugfix: Improved build system to handle new timing functions in gstacks. - -Stacks 2.0 Beta 3 - Nov 01, 2017 --------------------------------- - Feature: Added output to populations describing mean PE contig size and mean number of - genotyped sites per locus, which reflects the current filtering paramters. - Feature: Improved the output of gstacks and populations. - Feature: Added script `stacks-integrate-alignments`. - Bugfix: made further improvements to the single-end/paired-end locus overlapping algorithm. - Bugfix: fixed all depths being null in populations' VCF output. - Bugfix: Numerically tweaked the marukilow model to remove a limit case. - -Stacks 2.0 Beta 2 - Oct 19, 2017 --------------------------------- - Feature: gstacks: Made it possible to read from multiple BAM files at the same time; modified the - interface accordingly. - Feature: gstacks: Parallelized the reference-based mode. - Feature: gstacks: Added various statistics & improvements to the log output. - Feature: gstacks: Improved how the forward & paired-end reads are merged (in denovo mode; no more trimming). - Feature: populations: Added code to calculate the overlap between RAD loci when a reference is available. - Feature: populations: Added VCF ouput (--vcf). - Feature: Updated the denovo_map.pl and ref_map.pl wrappers, samples must now be specified using --samples and --popmap. - Bugfix: Fixed three memory leaks in populations; improved reference-aligned batch logic. - Bugfix: Improved overlapping code in gstacks to merge more single and paired-end contigs together. - Bugfix: Now compiles on Apple OS X. - Bugfix: Fixed a bug that skewed the fixed-site (no-SNP) likelihood in the marukilow model. - -Stacks 2.0 Beta 1 - Oct 09, 2017 --------------------------------- - Feature: Paired-end sequencing data can be utilized fully. In particular, when the shearing-based - protocol is used, the software will assemble a local contig from the paired reads across - the population, possibly overlap it with the forward-reads region, then align all reads to the - assembled contig. This new approach also fully supports double-digest protocols. - Feature: Haplotype calling and diploidy-violation dectection now rely on a novel, more powerful algorithm. - Feature: SNP and genotype-calling now uses the diploid models of Maruki and Lynch (2017). - Feature: The rxstacks program has been replaced with the gstacks program, and there is no need to re-run - some of the earlier steps of the pipeline anymore. - Feature: The memory footprint of the populations program has been considerably reduced and can be scaled - for any size data set. - Feature: The reference-based pipeline has been simplified, and now only comprises two steps: gstacks and populations. - Feature: Added --null_inline mode to clone_filter (and process_radtags) for previously unseen type - of oligo combination. - -Stacks 1.48 - Nov 20, 2017 ---------------------------- - Feature: Added HinP1I restriction enzyme. - Feature: Added --null_inline mode to clone_filter (and process_radtags) for previously unseen type - of oligo combination. - -Stacks 1.47 - Sept 06, 2017 ---------------------------- - Feature: Improved populations's fasta output options (especially, - added a option to export locus consensus sequences). - Feature: denovo_map.pl and red_map.pl now stop if a component - of the pipeline fails. - Feature: Improved the output of denovo_map.pl and ref_map.pl. - Bugfix: Added a format check in Fasta/GzFasta to avoid a potential - segfault when working on FastQ files. - Bugfix: Fixed a bug in count_fixed_catalog_snps.py that could cause - overwrites when working with uncompressed files.
--- a/stacks_refmap.xml Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/stacks_refmap.xml Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,16 +1,16 @@ -<tool id="stacks2_refmap" name="Stacks2: reference map" version="@STACKS_VERSION@+galaxy@WRAPPER_VERSION@"> +<tool id="stacks2_refmap" name="Stacks2: reference map" profile="@PROFILE@" version="@STACKS_VERSION@+galaxy@WRAPPER_VERSION@"> <description>the Stacks pipeline with a reference genome (ref_map.pl)</description> <macros> <import>macros.xml</import> </macros> <expand macro="requirements"/> - <expand macro="stdio"/> - <command><![CDATA[ -@CLEAN_EXT@ + <expand macro="version_cmd"/> + <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[ +@FASTQ_INPUT_FUNCTIONS@ mkdir bam_inputs stacks_outputs&& @BAM_INPUT@ -ref_map.pl +ref_map.pl --samples bam_inputs #if str($popmap) != 'None': --popmap '$popmap' @@ -21,13 +21,17 @@ --var-alpha $model_options.var_alpha --gt-alpha $model_options.gt_alpha -&& mv stacks_outputs/ref_map.log $output_log +@EXTRACT_VCF@ + +#if $output_log + && mv stacks_outputs/ref_map.log $output_log +#end if ]]></command> <inputs> <expand macro="bam_input_macro"/> <param argument="--popmap" type="data" format="tabular,txt" label="Population map" /> - <param name="paired_select" type="select" label="paired end options" help="select single/paired for single end data or to select advanced paired end options, --unpaired: treat reverse reads as if they were forward reads; --ignore-pe-reads: ignore paired-end reads even if present in the input"> + <param name="paired_select" type="select" label="Paired end options" help="select single/paired for single end data or to select advanced paired end options, --unpaired: treat reverse reads as if they were forward reads; --ignore-pe-reads: ignore paired-end reads even if present in the input"> <option value="" selected="true">single/paired</option> <option value="--unpaired" selected="true">ignore read pairing (--unpaired)</option> <option value="--ignore-pe-reads" selected="true">ignore paired-end reads (--ignore-pe-reads)</option> @@ -50,7 +54,16 @@ <param name="popmap" ftype="tabular" value="denovo_map/popmap_cstacks.tsv" /> <param name="add_log" value="yes" /> <output ftype="txt" name="output_log"><assert_contents><has_text text="ref_map.pl is done." /></assert_contents></output> - <!-- TODO test for outputs --> + <output_collection name="gstacks_out" type="list" count="2"> + <element name="catalog.calls.vcf" file="refmap/catalog.calls.vcf" ftype="vcf" lines_diff="2"/> + <element name="catalog.fa.gz" file="refmap/catalog.fa.gz" ftype="fasta.gz" compare="sim_size"/> + </output_collection> + <output ftype="tabular" name="out_haplotypes" value="refmap/populations.haplotypes.tsv"/> + <output ftype="tabular" name="out_hapstats" value="refmap/populations.hapstats.tsv"/> + <output ftype="txt" name="out_populations_log_distribs" value="refmap/populations.log.distribs"/> + <output ftype="tabular" name="out_sumstats_sum" value="refmap/populations.sumstats_summary.tsv"/> + <output ftype="tabular" name="out_sumstats" value="refmap/populations.sumstats.tsv"/> + <output ftype="tabular" name="out_sql" value="refmap/populations.markers.tsv"/> </test> <test> <param name="input_bam" ftype="bam" value="refmap/PopA_01.bam,refmap/PopA_02.bam"/> @@ -65,6 +78,14 @@ </assert_command> <param name="add_log" value="yes" /> <output ftype="txt" name="output_log"><assert_contents><has_text text="ref_map.pl is done." /></assert_contents></output> + <output_collection name="gstacks_out" type="list" count="2"/> + <output ftype="tabular" name="out_haplotypes"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="tabular" name="out_hapstats"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="txt" name="out_populations_log_distribs"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="tabular" name="out_sumstats_sum"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="tabular" name="out_sumstats"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + <output ftype="tabular" name="out_sql"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output> + </test> </tests>
--- a/test-data/PopA_01.1.fq Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,264 +0,0 @@ -@lane1_fakedata0_0 1:N:0:/1 -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -+ -BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB -@lane1_fakedata0_1 1:N:0:/1 -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -+ -BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB -@lane1_fakedata0_2 1:N:0:/1 -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -+ -BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB -@lane1_fakedata0_3 1:N:0:/1 -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -+ 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--- a/test-data/gstacks/catalog.fa Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ ->1 pos=1:1:+ NS=2 -AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC ->2 pos=2:1:+ NS=2 -AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA ->3 pos=3:1:+ NS=2 -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
--- a/test-data/gstacks/gstacks.log Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/gstacks/gstacks.log Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,24 +1,34 @@ -gstacks v2.2, executed 2018-11-27 19:48:29 -/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/gstacks -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1 --var-alpha 0.05 --gt-alpha 0.05 +gstacks v2.3b, executed 2019-02-22 12:51:51 +gstacks -P bam_inputs -M /tmp/tmpZcvUSM/files/000/dataset_3.dat -O stacks_outputs -t 1 --model marukilow --var-alpha 0.01 --gt-alpha 0.05 Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'. Configuration for this run: Input mode: denovo - Population map: '/tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat' - Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam' + Population map: '/tmp/tmpZcvUSM/files/000/dataset_3.dat' + Input files: 2, e.g. 'bam_inputs/PopA_01.matches.bam' Output to: 'stacks_outputs/' - Model: marukilow (var_alpha: 0.05, gt_alpha: 0.05) + Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05) Reading BAM headers... Processing all loci... 20%... 50%... 100% -Input appears to be single-end (no paired-end reads were seen). + +Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci: + 0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%); + 0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%); + For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled; + Average contig size was 204.3 bp; + 0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%) + Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan; + Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus), + 252 were successfuly aligned (100.0%); + Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci). Genotyped 3 loci: - effective per-sample coverage: mean=21.0x, stdev=1.0x, min=20.0x, max=22.0x - mean number of sites per locus: 94.0 - a consistent phasing was found for 2 of out 2 (100.0%) diploid loci needing phasing + effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x + mean number of sites per locus: 194.3 + a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing gstacks is done.
--- a/test-data/gstacks/gstacks.log.distribs Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/gstacks/gstacks.log.distribs Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -5,30 +5,39 @@ # For mean_cov_ns, the coverage at each locus is weighted by the number of # samples present at that locus (i.e. coverage at shared loci counts more). sample n_loci n_used_fw_reads mean_cov mean_cov_ns -PopA_01 3 66 22.000 22.000 -PopA_02 3 60 20.000 20.000 +PopA_01 3 96 32.000 32.000 +PopA_02 3 90 30.000 30.000 END effective_coverages_per_sample BEGIN phasing_rates_per_sample sample n_gts n_multisnp_hets n_phased misphasing_rate -PopA_01 1 1 1 0.000 -PopA_02 1 1 1 0.000 +PopA_01 3 2 2 0.000 +PopA_02 3 3 3 0.000 END phasing_rates_per_sample BEGIN clockings Num. threads: 1 Parallel time: 0.0 Average thread time spent: - 0.0 reading (18.1%) - 0.0 processing (74.5%) - 0.0 counting nucleotides (6.9%) - 0.0 genotyping (5.8%) - 0.0 haplotyping (1.6%) - 0.0 computing consensus (6.6%) - 0.0 building_vcf (48.0%) - 0.0 writing_fa (3.4%) - 0.0 writing_vcf (2.0%) - 0.0 clocking (0.6%) -Total time spent writing vcf: 0.0 (1.9%) + 0.0 reading (2.9%) + 0.0 processing (95.7%) + 0.0 pre-alignments block (69.1%) + 0.0 reformatting fw-reads (0.2%) + 0.0 assembling (21.2%) + 0.0 initializing alignments (4.4%) + 0.0 aligning (41.3%) + 0.0 merging read pairs (2.0%) + 0.0 post-alignments block (25.2%) + 0.0 filtering reads (0.0%) + 0.0 counting nucleotides (4.0%) + 0.0 genotyping (1.9%) + 0.0 haplotyping (1.2%) + 0.0 computing consensus (0.1%) + 0.0 building_fa (0.1%) + 0.0 building_vcf (17.8%) + 0.0 writing_fa (0.1%) + 0.0 writing_vcf (1.0%) + 0.0 clocking (0.2%) +Total time spent writing vcf: 0.0 (1.0%) VCFwrite block size: mean=1.0(n=3); max=1 END clockings
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/kmerfilter/kfreqdist.tsv Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -0,0 +1,3 @@ +# KmerFrequency Count +1 408 +2 136
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/populations/blacklist.tsv Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -0,0 +1,1 @@ +666
--- a/test-data/populations/populations.fixed.phylip Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,3 +1,3 @@ 1 0 1 -# Stacks v2.2; Phylip sequential; November 28, 2018 +# Stacks v2.3b; Phylip sequential; February 25, 2019
--- a/test-data/populations/populations.fixed.phylip.log Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip.log Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,2 +1,2 @@ -# Stacks v2.2; Phylip sequential; November 28, 2018 +# Stacks v2.3b; Phylip sequential; February 25, 2019 # Seq Pos Locus ID Column Population
--- a/test-data/populations/populations.haplotypes.tsv Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/populations/populations.haplotypes.tsv Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,4 +1,4 @@ # Catalog Locus ID Cnt PopA_01 PopA_02 1 0 AC/CA AC/CA -2 0 consensus consensus -3 0 consensus consensus +2 0 CG/TT CG/TT +3 0 GG/GG AA/GG
--- a/test-data/populations/populations.haps.genepop Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/populations/populations.haps.genepop Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,5 +1,5 @@ -Stacks v2.2; GenePop v4.1.3; November 28, 2018 -1 +Stacks v2.3b; GenePop v4.1.3; February 25, 2019 +1,2,3 pop -PopA_01, 0102 -PopA_02, 0102 +PopA_01, 0102 0102 0101 +PopA_02, 0102 0102 0102
--- a/test-data/populations/populations.haps.radpainter Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/populations/populations.haps.radpainter Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,2 +1,4 @@ PopA_01 PopA_02 AC/CA AC/CA +CG/TT CG/TT +GG AA/GG
--- a/test-data/populations/populations.haps.vcf Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/populations/populations.haps.vcf Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,6 +1,6 @@ ##fileformat=VCFv4.2 -##fileDate=20181128 -##source="Stacks v2.2" +##fileDate=20190225 +##source="Stacks v2.3b" ##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele"> ##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency"> ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> @@ -14,3 +14,5 @@ ##INFO=<ID=loc_strand,Number=1,Type=Character,Description="Genomic strand the corresponding Stacks locus aligns on"> #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 1 1 . AC CA . PASS snp_columns=34,89 GT 0/1 0/1 +2 1 . CG TT . PASS snp_columns=145,157 GT 0/1 0/1 +3 1 . GG AA . PASS snp_columns=163,182 GT 0/0 0/1
--- a/test-data/populations/populations.hapstats.tsv Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/populations/populations.hapstats.tsv Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,3 +1,5 @@ # 1 PopA_01,PopA_02 # Locus ID Chr BP Pop ID N Haplotype Cnt Gene Diversity Smoothed Gene Diversity Smoothed Gene Diversity P-value Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity P-value HWE P-value HWE P-value SE Haplotypes -1 un -91 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +1 un -201 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +2 un 3 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 CG:2;TT:2 +3 un 206 1 4 2 0.50000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AA:1;GG:3
--- a/test-data/populations/populations.loci.fa Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/populations/populations.loci.fa Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,7 +1,7 @@ -Stacks version 2.2; November 28, 2018 +Stacks version 2.3b; February 25, 2019 >CLocus_1 -AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC +AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG >CLocus_2 -AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA +AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG >CLocus_3 -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT +AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
--- a/test-data/populations/populations.log Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/populations/populations.log Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,10 +1,10 @@ -populations v2.2, executed 2018-11-27 19:48:37 -/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/populations -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1 +populations v2.3b, executed 2019-02-25 23:06:32 +populations -t 1 -P stacks_inputs -O stacks_outputs -M /tmp/tmp4FNQre/files/000/dataset_3.dat -p 1 -r 0.0 --min_maf 0.0 --min_mac 0 --merge_prune_lim 1.0 Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. populations parameters selected: Percent samples limit per population: 0 Locus Population limit: 1 - Log liklihood filtering: off; threshold: 0 + Percent samples overall: 0 Minor allele frequency cutoff: 0 Maximum observed heterozygosity cutoff: 1 Applying Fst correction: none. @@ -35,9 +35,13 @@ Batch 1 Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci. -Kept 3 loci, composed of 282 sites; 0 of those sites were filtered, 2 variant sites remained. -Mean genotyped sites per locus: 94.00bp (stderr 0.00). +Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained. +Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%); + Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33); +Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%); + Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00); +Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33). Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv): - 1: 2 samples per locus; pi: 0.66667; all/variant/polymorphic sites: 282/2/2; private alleles: 0 + 1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0 Populations is done.
--- a/test-data/populations/populations.log.distribs Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/populations/populations.log.distribs Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -21,8 +21,7 @@ BEGIN snps_per_loc_prefilters # Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering. n_snps n_loci -0 2 -2 1 +2 3 END snps_per_loc_prefilters BEGIN samples_per_loc_postfilters @@ -41,6 +40,5 @@ BEGIN snps_per_loc_postfilters # Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering). n_snps n_loci -0 2 -2 1 +2 3 END snps_per_loc_postfilters
--- a/test-data/populations/populations.markers.tsv Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/populations/populations.markers.tsv Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,4 +1,4 @@ # Catalog Locus ID Total Genotypes Max Genotype Freqs F Mean Log Likelihood Genotype Map 1 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b; -2 0 0.00000 0.00000 1.00000 -3 0 0.00000 0.00000 1.00000 +2 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 CG:a;TT:b; +3 2 50.00000 aa:1(50.0%);ab:1(50.0%); 0.00000 1.00000 AA:b;GG:a;
--- a/test-data/populations/populations.plink.map Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/populations/populations.plink.map Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,3 +1,7 @@ -# Stacks v2.2; PLINK v1.07; November 28, 2018 +# Stacks v2.3b; PLINK v1.07; February 25, 2019 un 1_33 0 35 un 1_88 0 90 +un 2_144 0 350 +un 2_156 0 362 +un 3_162 0 572 +un 3_181 0 591
--- a/test-data/populations/populations.plink.ped Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/populations/populations.plink.ped Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,3 +1,3 @@ -# Stacks v2.2; PLINK v1.07; November 28, 2018 -1 PopA_01 0 0 0 0 A C A C -1 PopA_02 0 0 0 0 A C A C +# Stacks v2.3b; PLINK v1.07; February 25, 2019 +1 PopA_01 0 0 0 0 A C A C C T G T G G G G +1 PopA_02 0 0 0 0 A C A C C T G T A G A G
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.hapstats.tsv Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -0,0 +1,5 @@ +# 1 PopA_01,PopA_02 +# Locus ID Chr BP Pop ID N Haplotype Cnt Gene Diversity Smoothed Gene Diversity Smoothed Gene Diversity P-value Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity P-value HWE P-value HWE P-value SE Haplotypes +10 Contig_3091 -92 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +12 Contig_3358 -92 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 +13 Contig_3569 -92 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.log.distribs Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -0,0 +1,59 @@ +# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. +# e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name` + +BEGIN batch_progress +Contig_95: analyzed 1 loci; filtered 0 loci; 1 loci seen. + 94 genomic sites, of which 0 were covered by multiple loci (0.0%). +Contig_1381: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_2103: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_2644: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3015: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3253: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +Contig_3569: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen. + 94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%). +END batch_progress + +BEGIN samples_per_loc_prefilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering. +n_samples n_loci +0 13 +END samples_per_loc_prefilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters + +# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering. +# Absent samples at locus Count +2 13 +END missing_samples_per_loc_prefilters + +BEGIN snps_per_loc_prefilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering. +n_snps n_loci +0 10 +2 3 +END snps_per_loc_prefilters + +BEGIN samples_per_loc_postfilters +# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering. +n_samples n_loci +0 13 +END samples_per_loc_postfilters + +BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters + +# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering. +# Absent samples at locus Count +2 13 +END missing_samples_per_loc_postfilters + +BEGIN snps_per_loc_postfilters +# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering). +n_snps n_loci +0 10 +2 3 +END snps_per_loc_postfilters
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.markers.tsv Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -0,0 +1,14 @@ +# Catalog Locus ID Total Genotypes Max Genotype Freqs F Mean Log Likelihood Genotype Map +1 0 0.00000 0.00000 1.00000 +2 0 0.00000 0.00000 1.00000 +3 0 0.00000 0.00000 1.00000 +4 0 0.00000 0.00000 1.00000 +5 0 0.00000 0.00000 1.00000 +6 0 0.00000 0.00000 1.00000 +7 0 0.00000 0.00000 1.00000 +8 0 0.00000 0.00000 1.00000 +9 0 0.00000 0.00000 1.00000 +10 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b; +11 0 0.00000 0.00000 1.00000 +12 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b; +13 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b;
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.sumstats.tsv Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -0,0 +1,8 @@ +# 1 PopA_01,PopA_02 +# Locus ID Chr BP Col Pop ID P Nuc Q Nuc N P Obs Het Obs Hom Exp Het Exp Hom Pi Smoothed Pi Smoothed Pi P-value Fis Smoothed Fis Smoothed Fis P-value HWE P-value Private +10 Contig_3091 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +10 Contig_3091 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +12 Contig_3358 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +12 Contig_3358 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +13 Contig_3569 34 33 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0 +13 Contig_3569 89 88 1 A C 2 0.50000000 1.00000 0.00000 0.50000 0.50000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 0
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/refmap/populations.sumstats_summary.tsv Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -0,0 +1,6 @@ +# Variant positions +# Pop ID Private Num_Indv Var StdErr P Var StdErr Obs_Het Var StdErr Obs_Hom Var StdErr Exp_Het Var StdErr Exp_Hom Var StdErr Pi Var StdErr Fis Var StdErr +1 0 2.00000 0.00000 0.00000 0.50000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.50000 0.00000 0.00000 0.50000 0.00000 0.00000 0.66667 0.00000 0.00000 -0.50000 0.00000 0.00000 +# All positions (variant and fixed) +# Pop ID Private Sites Variant_Sites Polymorphic_Sites %Polymorphic_Loci Num_Indv Var StdErr P Var StdErr Obs_Het Var StdErr Obs_Hom Var StdErr Exp_Het Var StdErr Exp_Hom Var StdErr Pi Var StdErr Fis Var StdErr +1 0 1222 6 6 0.49100 2.00000 0.00000 0.00000 0.99755 0.00122 0.00100 0.00491 0.00489 0.00200 0.99509 0.00489 0.00200 0.00245 0.00122 0.00100 0.99755 0.00122 0.00100 0.00327 0.00217 0.00133 -0.00245 0.00122 0.00000
--- a/test-data/refmap/reference.fasta Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,7680 +0,0 @@ ->Contig_1 -AATTCACAAGAAGCTAACATGAAGTTTGGATGATCAGTTTCGTCGTACGTAGCCTCGCCTGCTTGCGTAATACCAAAAGAGGTCTATGAGCTGCNNNNNNNNNNCGGGAATTAAAACCGAGGCCCGGAATCCCACTTGGTCTAACTGAGAGGGGAGAGCTGGACGCGCCATTTCTTTCAAACAAAAGAAAAGCGTTTCTGGTGG ->Contig_2 -AATTCTCCAAATCAGGTAGGTACACCTTCCTGAAGAAGCATAAGCCCCCAAGCCGTCCTTTATGACTGATTAGTTGTAACGTGACACGGGCGGGNNNNNNNNNNCGGATATTCAAAGCAATTTCAGAAGCCGCAACCCGGTAACCGAGCGTTCCTTGGACAGAACGGGCAGCGCAGTCCAGCCTTCTTAGCGAACAATTTACGC ->Contig_3 -AATTCTTAGATGATGAGACTCAAACAGTTCGGTCGAAAGCTTAAGTTACTGTATTCACATCTTTCCAGGCTCACGTGATTTCCTGTACGCGTTGNNNNNNNNNNCGGGCAGCTTTCCAAGGGGACAACCAGTCATCGTGCTGCCTCAGGGTGTCATGAGGATCATAATAGTCTCGGTTCCCGTCGCTATCCTATTCCCGATTTG ->Contig_4 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--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.fa Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ ->1 NS=2 -AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC ->2 NS=2 -AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA ->3 NS=2 -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.snps.tsv Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,3 +0,0 @@ -# cstacks version 2.2; catalog generated on 2018-11-28 13:45:54 -0 1 33 E 0 A C - - -0 1 88 E 0 A C - -
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.tags.tsv Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,4 +0,0 @@ -# cstacks version 2.2; catalog generated on 2018-11-28 13:45:54 -0 1 consensus 0 1_1,2_1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC 0 0 0 -0 2 consensus 0 1_2,2_3 AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA 0 0 0 -0 3 consensus 0 1_3,2_2 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT 0 0 0
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/denovo_map.log Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,309 +0,0 @@ -denovo_map.pl version 2.2 started at 2018-11-28 13:45:54 -/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/denovo_map.pl --samples stacks_inputs --popmap /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -o stacks_outputs -T 1 -M 2 -n 1 --var-alpha 0.05 --gt-alpha 0.05 --paired - -ustacks -========== - -Sample 1 of 2 'PopA_01' ----------- -/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/ustacks -t fastq -f stacks_inputs/PopA_01.1.fq -o stacks_outputs -i 1 --name PopA_01 -p 1 -M 2 -ustacks parameters selected: - Input file: 'stacks_inputs/PopA_01.1.fq' - Sample ID: 1 - Min depth of coverage to create a stack (m): 3 - Repeat removal algorithm: enabled - Max distance allowed between stacks (M): 2 - Max distance allowed to align secondary reads: 4 - Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 - Deleveraging algorithm: disabled - Gapped assembly: enabled - Minimum alignment length: 0.8 - Model type: SNP - Alpha significance level for model: 0.05 - -Loading RAD-Tags... - -Loaded 66 reads; formed: - 4 stacks representing 63 primary reads (95.5%) - 3 secondary stacks representing 3 secondary reads (4.5%) - -Stack coverage: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) -Removing repetitive stacks: cov > 39 (mean+3*stdev)... - Blacklisted 0 stacks. -Coverage after repeat removal: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%) - -Assembling stacks (max. dist. M=2)... - Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks. -Coverage after assembling stacks: mean=21.00; stdev=4.24; max=27; n_reads=63(95.5%) - -Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)... - Merged 3 out of 3 secondary reads (100.0%), 1 merged with gapped alignments. -Coverage after merging secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) - -Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... - Assembled 3 stacks into 3 stacks. -Coverage after gapped assembly: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) - -Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... - Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). -Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) - -Final coverage: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%) -Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... -Writing tags, SNPs, and alleles files... -Refetching read IDs...done. -ustacks is done. - -Sample 2 of 2 'PopA_02' ----------- -/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/ustacks -t fastq -f stacks_inputs/PopA_02.1.fq -o stacks_outputs -i 2 --name PopA_02 -p 1 -M 2 -ustacks parameters selected: - Input file: 'stacks_inputs/PopA_02.1.fq' - Sample ID: 2 - Min depth of coverage to create a stack (m): 3 - Repeat removal algorithm: enabled - Max distance allowed between stacks (M): 2 - Max distance allowed to align secondary reads: 4 - Max number of stacks allowed per de novo locus: 3 - Deleveraging algorithm: disabled - Gapped assembly: enabled - Minimum alignment length: 0.8 - Model type: SNP - Alpha significance level for model: 0.05 - -Loading RAD-Tags... - -Loaded 60 reads; formed: - 4 stacks representing 55 primary reads (91.7%) - 5 secondary stacks representing 5 secondary reads (8.3%) - -Stack coverage: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) -Removing repetitive stacks: cov > 42 (mean+3*stdev)... - Blacklisted 0 stacks. -Coverage after repeat removal: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%) - -Assembling stacks (max. dist. M=2)... - Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks. -Coverage after assembling stacks: mean=18.33; stdev=6.55; max=26; n_reads=55(91.7%) - -Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)... - Merged 5 out of 5 secondary reads (100.0%), 0 merged with gapped alignments. -Coverage after merging secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) - -Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... - Assembled 3 stacks into 3 stacks. -Coverage after gapped assembly: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) - -Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)... - Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%). -Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) - -Final coverage: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%) -Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly... -Writing tags, SNPs, and alleles files... -Refetching read IDs...done. -ustacks is done. - -Depths of Coverage for Processed Samples: -PopA_01: 22.00x -PopA_02: 20.00x - -cstacks -========== -/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/cstacks -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -p 1 -n 1 - -cstacks parameters selected: - Loci matched based on sequence identity. - Number of mismatches allowed between stacks: 1 - Gapped alignments: enabled -Constructing catalog from 2 samples. - -Initializing new catalog... - Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv - Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv - Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv - 3 loci were newly added to the catalog. - -Processing sample stacks_outputs/PopA_02 [2 of 2] - Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv - Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv - Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv -Searching for sequence matches... - 3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash. -Searching for gapped alignments... -Merging matches into catalog... - 3 loci were matched to a catalog locus. - 0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments. - 0 loci were newly added to the catalog. - 0 loci matched more than one catalog locus, linking them. - 0 linked catalog loci were merged into 0 loci. - -Writing catalog in directory 'stacks_outputs/'. -Final catalog contains 3 loci. -cstacks is done. - -sstacks -========== -/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/sstacks -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -p 1 - -Searching for matches by sequence identity... - Parsing stacks_outputs/catalog.tags.tsv - Parsing stacks_outputs/catalog.snps.tsv - Parsing stacks_outputs/catalog.alleles.tsv -Populating kmer dictionary for exact matches...done. -Populating kmer dictionary for gapped alignments...done. - -Processing sample 'stacks_outputs/PopA_01' [1 of 2] - Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv - Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv - Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv -Searching for sequence matches... -3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. - 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. - 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. - 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. - 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. -Searching for gapped alignments... -Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. - 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. - 0 loci matched no catalog locus; - 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. - 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. - 0 loci had no verified haplotypes. - 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. -Outputing to file stacks_outputs/PopA_01.matches.tsv - -Processing sample 'stacks_outputs/PopA_02' [2 of 2] - Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv - Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv - Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv -Searching for sequence matches... -3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci. - 3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes. - 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. - 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. - 4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified. -Searching for gapped alignments... -Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted. - 0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified. - 0 loci matched no catalog locus; - 0 loci matched more than one catalog locus and were excluded. - 0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded. - 0 loci had no verified haplotypes. - 0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded. -Outputing to file stacks_outputs/PopA_02.matches.tsv - -sstacks is done. - -tsv2bam -========== -/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/tsv2bam -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1 -R stacks_inputs/ - -Logging to 'stacks_outputs/tsv2bam.log'. -Configuration for this run: - Stacks directory: 'stacks_outputs/' - Population map: '/tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat' - Num. samples: 2 - Paired-end reads directory: 'stacks_inputs/' - -Paired-end reads files found, e.g. 'stacks_inputs/PopA_01.2.fq'. -Loading the catalog... -Processing sample 'PopA_01'... -Processing sample 'PopA_02'... - -Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records. -Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records. - -tsv2bam is done. - -gstacks -========== -/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/gstacks -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1 --var-alpha 0.05 --gt-alpha 0.05 - -Logging to 'stacks_outputs/gstacks.log'. -Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'. - -Configuration for this run: - Input mode: denovo - Population map: '/tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat' - Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam' - Output to: 'stacks_outputs/' - Model: marukilow (var_alpha: 0.05, gt_alpha: 0.05) - -Reading BAM headers... -Processing all loci... -20%... -50%... -100% - -Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci: - 0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%); - 0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%); - For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled; - Average contig size was 100.3 bp; - 0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%) - Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan; - Out of 126 paired-end reads in these loci (mean 42.0 reads per locus), - 126 were successfuly aligned (100.0%); - Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci). - -Genotyped 3 loci: - effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x - mean number of sites per locus: 194.3 - a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing - -gstacks is done. - -populations -========== -/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/populations -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1 - -Logging to 'stacks_outputs/populations.log'. -Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. -populations parameters selected: - Percent samples limit per population: 0 - Locus Population limit: 1 - Log liklihood filtering: off; threshold: 0 - Minor allele frequency cutoff: 0 - Maximum observed heterozygosity cutoff: 1 - Applying Fst correction: none. - Pi/Fis kernel smoothing: off - Fstats kernel smoothing: off - Bootstrap resampling: off - -Parsing population map... -The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s). -Working on 2 samples. -Working on 1 population(s): - 1: PopA_01, PopA_02 -Working on 1 group(s) of populations: - defaultgrp: 1 - -Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv' -Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv' -Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv' -Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv' - -Processing data in batches: - * load a batch of catalog loci and apply filters - * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics - * write the above statistics in the output files - * export the genotypes/haplotypes in specified format(s) -More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. -Now processing... -Batch 1 - -Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci. -Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained. -Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%); - Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33); -Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%); - Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00); -Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33). - -Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv): - 1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0 -Populations is done. -denovo_map.pl is done. - -denovo_map.pl completed at 2018-11-28 13:45:54
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/gstacks.log Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,34 +0,0 @@ -gstacks v2.2, executed 2018-11-28 13:45:54 -/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/gstacks -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1 --var-alpha 0.05 --gt-alpha 0.05 -Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'. - -Configuration for this run: - Input mode: denovo - Population map: '/tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat' - Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam' - Output to: 'stacks_outputs/' - Model: marukilow (var_alpha: 0.05, gt_alpha: 0.05) - -Reading BAM headers... -Processing all loci... -20%... -50%... -100% - -Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci: - 0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%); - 0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%); - For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled; - Average contig size was 100.3 bp; - 0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%) - Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan; - Out of 126 paired-end reads in these loci (mean 42.0 reads per locus), - 126 were successfuly aligned (100.0%); - Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci). - -Genotyped 3 loci: - effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x - mean number of sites per locus: 194.3 - a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing - -gstacks is done.
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/gstacks.log.distribs Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,36 +0,0 @@ -# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. -# e.g. `stacks-dist-extract gstacks.log.distribs dist_name` - -BEGIN effective_coverages_per_sample -# For mean_cov_ns, the coverage at each locus is weighted by the number of -# samples present at that locus (i.e. coverage at shared loci counts more). -sample n_loci n_used_fw_reads mean_cov mean_cov_ns -PopA_01 3 96 32.000 32.000 -PopA_02 3 90 30.000 30.000 -END effective_coverages_per_sample - -BEGIN phasing_rates_per_sample -sample n_gts n_multisnp_hets n_phased misphasing_rate -PopA_01 3 2 2 0.000 -PopA_02 3 3 3 0.000 -END phasing_rates_per_sample - -BEGIN clockings -Num. threads: 1 -Parallel time: 0.0 -Average thread time spent: - 0.0 reading (7.5%) - 0.0 processing (90.3%) - 0.0 assembling (7.0%) - 0.0 aligning/overlapping (50.0%) - 0.0 counting nucleotides (3.4%) - 0.0 genotyping (1.9%) - 0.0 haplotyping (1.4%) - 0.0 computing consensus (1.3%) - 0.0 building_vcf (18.6%) - 0.0 writing_fa (0.7%) - 0.0 writing_vcf (1.0%) - 0.0 clocking (0.2%) -Total time spent writing vcf: 0.0 (1.0%) -VCFwrite block size: mean=1.0(n=3); max=1 -END clockings
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.fixed.phylip Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,3 +0,0 @@ -1 0 -1 -# Stacks v2.2; Phylip sequential; November 28, 2018
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.fixed.phylip.log Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,2 +0,0 @@ -# Stacks v2.2; Phylip sequential; November 28, 2018 -# Seq Pos Locus ID Column Population
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.fst_summary.tsv Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,1 +0,0 @@ - 1
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,4 +0,0 @@ -# Catalog Locus ID Cnt PopA_01 PopA_02 -1 0 AC/CA AC/CA -2 0 CG/TT CG/TT -3 0 GG/GG AA/GG
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.haps.genepop Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -Stacks v2.2; GenePop v4.1.3; November 28, 2018 -1,2,3 -pop -PopA_01, 0102 0102 0101 -PopA_02, 0102 0102 0102
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.haps.radpainter Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,4 +0,0 @@ -PopA_01 PopA_02 -AC/CA AC/CA -CG/TT CG/TT -GG AA/GG
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.haps.vcf Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,18 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.2 -##fileDate=20181128 -##source="Stacks v2.2" -##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele"> -##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency"> -##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> -##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data"> -##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth"> -##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> -##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality"> -##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood"> -##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> -##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> -##INFO=<ID=loc_strand,Number=1,Type=Character,Description="Genomic strand the corresponding Stacks locus aligns on"> -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 -1 1 . AC CA . PASS snp_columns=34,89 GT 0/1 0/1 -2 1 . CG TT . PASS snp_columns=145,157 GT 0/1 0/1 -3 1 . GG AA . PASS snp_columns=163,182 GT 0/0 0/1
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.hapstats.tsv Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -# 1 PopA_01,PopA_02 -# Locus ID Chr BP Pop ID N Haplotype Cnt Gene Diversity Smoothed Gene Diversity Smoothed Gene Diversity P-value Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity Smoothed Haplotype Diversity P-value HWE P-value HWE P-value SE Haplotypes -1 un -201 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AC:2;CA:2 -2 un 3 1 4 2 0.66667 0.00000 0.00000 1.33333 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 CG:2;TT:2 -3 un 206 1 4 2 0.50000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 AA:1;GG:3
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.loci.fa Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,7 +0,0 @@ -Stacks version 2.2; November 28, 2018 ->CLocus_1 -AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG ->CLocus_2 -AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG ->CLocus_3 -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.log Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,65 +0,0 @@ -populations v2.2, executed 2018-11-28 13:45:58 -/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/populations -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1 --fstats --fasta_loci --fasta_samples --vcf --genepop --structure --radpainter --plink --phylip --phylip_var --phylip_var_all --fasta_samples_raw -Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. -populations parameters selected: - Percent samples limit per population: 0 - Locus Population limit: 1 - Log liklihood filtering: off; threshold: 0 - Minor allele frequency cutoff: 0 - Maximum observed heterozygosity cutoff: 1 - Applying Fst correction: none. - Pi/Fis kernel smoothing: off - Fstats kernel smoothing: off - Bootstrap resampling: off - -Parsing population map... -The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s). -Working on 2 samples. -Working on 1 population(s): - 1: PopA_01, PopA_02 -Working on 1 group(s) of populations: - defaultgrp: 1 - -FASTA consensus sequences for each locus in the metapopulation will be written to 'stacks_outputs/populations.loci.fa' -FASTA consensus sequences for each sample will be written to 'stacks_outputs/populations.samples.fa' -SNPs and calls will be written in VCF format to 'stacks_outputs/populations.snps.vcf' -Haplotypes will be written in VCF format to 'stacks_outputs/populations.haps.vcf' -Polymorphic sites in GenePop format will be written to 'stacks_outputs/populations.snps.genepop' -Polymorphic loci in GenePop format will be written to 'stacks_outputs/populations.haps.genepop' -Polymorphic sites in Structure format will be written to 'stacks_outputs/populations.structure' -Polymorphic loci in RADpainter/fineRADstructure format will be written to 'stacks_outputs/populations.haps.radpainter' -Polymorphic sites in PLINK format will be written to 'stacks_outputs/populations.plink.ped' -Fixed difference sites in Phylip format will be written to 'stacks_outputs/populations.fixed.phylip' - Individual sites written will be logged to 'stacks_outputs/populations.fixed.phylip.log' -Polymorphic sites in Phylip format will be written to 'stacks_outputs/populations.var.phylip' - Individual sites written will be logged to 'stacks_outputs/populations.var.phylip.log' -Raw FASTA consensus sequences for each sample will be written to 'stacks_outputs/populations.samples-raw.fa' -Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv' -Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv' -Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv' -Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv' - -Processing data in batches: - * load a batch of catalog loci and apply filters - * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics - * compute F-statistics - * write the above statistics in the output files - * export the genotypes/haplotypes in specified format(s) -More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'. -Now processing... -Batch 1 - -Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci. -Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained. -Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%); - Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33); -Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%); - Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00); -Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33). - -Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv): - 1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0 - -Population pair divergence statistics (more in populations.fst_summary.tsv and populations.phistats_summary.tsv): - -Populations is done.
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.log.distribs Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,45 +0,0 @@ -# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility. -# e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name` - -BEGIN batch_progress -Batch 1: analyzed 3 loci; filtered 0 loci; 3 loci seen. - Calculating F statistics...done. -END batch_progress - -BEGIN samples_per_loc_prefilters -# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering. -n_samples n_loci -0 3 -END samples_per_loc_prefilters - -BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters - -# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering. -# Absent samples at locus Count -2 3 -END missing_samples_per_loc_prefilters - -BEGIN snps_per_loc_prefilters -# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering. -n_snps n_loci -2 3 -END snps_per_loc_prefilters - -BEGIN samples_per_loc_postfilters -# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering. -n_samples n_loci -0 3 -END samples_per_loc_postfilters - -BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters - -# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering. -# Absent samples at locus Count -2 3 -END missing_samples_per_loc_postfilters - -BEGIN snps_per_loc_postfilters -# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering). -n_snps n_loci -2 3 -END snps_per_loc_postfilters
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.markers.tsv Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,4 +0,0 @@ -# Catalog Locus ID Total Genotypes Max Genotype Freqs F Mean Log Likelihood Genotype Map -1 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 AC:a;CA:b; -2 2 100.00000 ab:2(100.0%); 0.00000 1.00000 CG:a;TT:b; -3 2 50.00000 aa:1(50.0%);ab:1(50.0%); 0.00000 1.00000 AA:b;GG:a;
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.phistats_summary.tsv Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -# Phi_st Means - 1 - -# Fst' Means - 1
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.plink.map Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,7 +0,0 @@ -# Stacks v2.2; PLINK v1.07; November 28, 2018 -un 1_33 0 35 -un 1_88 0 90 -un 2_144 0 350 -un 2_156 0 362 -un 3_162 0 572 -un 3_181 0 591
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.plink.ped Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,3 +0,0 @@ -# Stacks v2.2; PLINK v1.07; November 28, 2018 -1 PopA_01 0 0 0 0 A C A C C T G T G G G G -1 PopA_02 0 0 0 0 A C A C C T G T A G A G
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.samples-raw.fa Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,25 +0,0 @@ -Stacks version 2.2; November 28, 2018 ->CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01] -AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG ->CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01] -AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG ->CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02] -AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG ->CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02] -AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG ->CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01] -AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG ->CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01] -AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG ->CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02] -AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG ->CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_1 [PopA_02] -AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG ->CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_0 [PopA_01] -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG ->CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_1 [PopA_01] -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG ->CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_0 [PopA_02] -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAAAGGGGGATGGGAGGTCCTACTGTCGCATGGGAGAATACACGG ->CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_1 [PopA_02] -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.samples.fa Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,25 +0,0 @@ -Stacks version 2.2; November 28, 2018 ->CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01] -AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG ->CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01] -AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG ->CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02] -AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG ->CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02] -AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG ->CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01] -AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG ->CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01] -AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG ->CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02] -AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG ->CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_1 [PopA_02] -AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG ->CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_0 [PopA_01] -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG ->CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_1 [PopA_01] -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG ->CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_0 [PopA_02] -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAAAGGGGGATGGGAGGTCCTACTGTCGCATGGGAGAATACACGG ->CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_1 [PopA_02] -AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.snps.genepop Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -# Stacks v2.2; GenePop v4.1.3; November 28, 2018 -1_33,1_88,2_144,2_156,3_162,3_181 -pop -PopA_01, 0102 0102 0204 0304 0303 0303 -PopA_02, 0102 0102 0204 0304 0103 0103
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.snps.vcf Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,21 +0,0 @@ -##fileformat=VCFv4.2 -##fileDate=20181128 -##source="Stacks v2.2" -##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele"> -##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency"> -##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> -##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data"> -##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth"> -##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> -##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality"> -##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood"> -##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> -##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> -##INFO=<ID=loc_strand,Number=1,Type=Character,Description="Genomic strand the corresponding Stacks locus aligns on"> -#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT PopA_01 PopA_02 -1 34 . A C . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:18:9,9:40:-20.07,0.00,-20.07 0/1:12:6,6:40:-13.54,-0.00,-13.54 -1 89 . A C . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:18:9,9:40:-20.07,0.00,-20.07 0/1:12:6,6:40:-13.54,-0.00,-13.54 -2 145 . C T . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:17:9,8:40:-17.57,0.00,-20.29 0/1:13:5,8:40:-18.77,-0.00,-10.39 -2 157 . G T . PASS NS=2;AF=0.500 GT:DP:AD:GQ:GL 0/1:17:9,8:40:-17.57,0.00,-20.29 0/1:13:5,8:40:-18.77,-0.00,-10.39 -3 163 . G A . PASS NS=2;AF=0.250 GT:DP:AD:GQ:GL 0/0:23:23,0:40:-0.00,-6.89,-68.45 0/1:23:11,12:40:-28.67,0.00,-25.99 -3 182 . G A . PASS NS=2;AF=0.250 GT:DP:AD:GQ:GL 0/0:23:23,0:40:-0.00,-6.89,-68.45 0/1:23:11,12:40:-28.67,0.00,-25.99
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.structure Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -# Stacks v2.2; Structure v2.3; November 28, 2018 - 1_33 1_88 2_144 2_156 3_162 3_181 -PopA_01 1 1 1 2 3 3 3 -PopA_01 1 2 2 4 4 3 3 -PopA_02 1 1 1 2 3 1 1 -PopA_02 1 2 2 4 4 3 3
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--- a/test-data/ustacks/PopB_04.tags.tsv Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,29 +0,0 @@ -# ustacks version 2.2; generated on 2018-11-07 16:54:52 -32 1 consensus AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT 0 0 0 -32 1 model OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO -32 1 primary 0 lane1_fakedata0_0 1:N:0:/1 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -32 1 primary 0 lane1_fakedata0_1 1:N:0:/1 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -32 1 primary 0 lane1_fakedata0_2 1:N:0:/1 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -32 1 primary 0 lane1_fakedata0_3 1:N:0:/1 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -32 1 primary 0 lane1_fakedata0_4 1:N:0:/1 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -32 1 primary 0 lane1_fakedata0_5 1:N:0:/1 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -32 1 primary 0 lane1_fakedata0_6 1:N:0:/1 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -32 1 primary 0 lane1_fakedata0_7 1:N:0:/1 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -32 1 primary 0 lane1_fakedata0_8 1:N:0:/1 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -32 1 primary 0 lane1_fakedata0_9 1:N:0:/1 AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT -32 2 consensus AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGAGGCTGCCAGACGCGAGAC 0 0 0 -32 2 model OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOUOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO -32 2 primary 0 lane1_fakedata7_7 1:N:0:/1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGAGGCTGCCAGACGCGAGAC -32 2 primary 0 lane1_fakedata7_8 1:N:0:/1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGAGGCTGCCAGACGCGAGAC -32 2 primary 0 lane1_fakedata7_9 1:N:0:/1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGAGGCTGCCAGACGCGAGAC -32 2 primary 0 lane1_fakedata7_10 1:N:0:/1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGAGGCTGCCAGACGCGAGAC -32 2 primary 0 lane1_fakedata7_11 1:N:0:/1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGAGGCTGCCAGACGCGAGAC -32 2 secondary lane1_fakedata7_6 1:N:0:/1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAAACGAGGCTGCCAGACGCGAGAC -32 3 consensus AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC 0 0 0 -32 3 model OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOUOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO -32 3 primary 0 lane1_fakedata7_0 1:N:0:/1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC -32 3 primary 0 lane1_fakedata7_1 1:N:0:/1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC -32 3 primary 0 lane1_fakedata7_2 1:N:0:/1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC -32 3 primary 0 lane1_fakedata7_3 1:N:0:/1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC -32 3 primary 0 lane1_fakedata7_5 1:N:0:/1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC -32 3 secondary lane1_fakedata7_4 1:N:0:/1 AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATGTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC
--- a/test-data/ustacks/ustacks.log Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ b/test-data/ustacks/ustacks.log Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500 @@ -1,5 +1,5 @@ ustacks parameters selected: - Input file: 'stacks_inputs/PopA_01.1.fq' + Input file: 'stacks_inputs/PopA_01.1.fastq' Sample ID: 1 Min depth of coverage to create a stack (m): 3 Repeat removal algorithm: enabled @@ -45,7 +45,7 @@ Refetching read IDs...done. ustacks is done. ustacks parameters selected: - Input file: 'stacks_inputs/PopA_02.1.fq' + Input file: 'stacks_inputs/PopA_02.1.fastq' Sample ID: 2 Min depth of coverage to create a stack (m): 3 Repeat removal algorithm: enabled
--- a/todo.txt Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,44 +0,0 @@ -For new tools I tried to add sections analogous to the strcuture -of stacks help output. Since we break compatibility to the stacks 1.48 -wrappers anyway we should think of doing this for the tools that were -present already in 1.48 as well. Furthermore stacks help does not categorize -the single letter options (-x,...), would be nice to put them in the correct -section / conditional as well. - -Raw Reads - process_radtags planemo test-data-generated-wdefaults sufficient-test - process_shortreads parameters " - clone_filter - parameters - kmer_filter - -Core - - ustacks parameters planemo test-data-generated-wdefaults sufficient-test - cstacks parameters planemo test-data-generated-wdefaults sufficient-test - sstacks parameters planemo test-data-generated-wdefaults sufficient-test - tsv2bam parameters planemo test-data-generated-wdefaults sufficient-test - gstacks parameters planemo test-data-generated-wdefaults -populations parameters planemo test-data-generated-wdefaults - -tools - tool - -Execution control - - denovo_map.pl - ref_map.pl - -TODO -- tools that accept iput from multiple previous stacks tools need a condition - to separate: 1) separate inputs 2) input from pipeline output - - alternatively let the user merge the collections - -- change input description in fastq_input_macro using tools -- remove pipes (as in tsv2bam) -- make log output optional -- denovo should also unzip stacks_outputs/catalog.calls to get the vcf -- loops in procrad and ustacks should not use name only (multiple elements might have the same name) -- help updates -- test stacks_summary from bioconda