# HG changeset patch
# User matthias
# Date 1551278930 18000
# Node ID 466cc910d64036372c8f3ef87603bef1dce55174
# Parent  e1dbdd7175c83ef92b7cc046fda60608270b6617
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/stacks2 commit 4e87a14a5479800df9675c1cbcdbe1b11f63653b-dirty

diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 macros.xml
--- a/macros.xml	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/macros.xml	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -7,14 +7,10 @@
         </requirements>
     </xml>
 
-    <token name="@STACKS_VERSION@">2.2</token>
-    <token name="@WRAPPER_VERSION@">2</token>
-
-    <xml name="stdio">
-        <stdio>
-            <exit_code range="1:" level="fatal" description="Error in Stacks execution" />
-        </stdio>
-    </xml>
+    <token name="@STACKS_VERSION@">2.3c</token>
+    <token name="@WRAPPER_VERSION@">0</token>
+    <!-- fix to 18.01 since https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/7032 -->
+    <token name="@PROFILE@">18.01</token>
 
     <xml name="citation">
         <citations>
@@ -51,8 +47,8 @@
 `Stacks google group <http://groups.google.com/group/stacks-users>`_
 ]]></token>
 
+    <!-- enzyme list for procrad and denovo -->
     <xml name="enzymes">
-
         <option value="">Unspecified</option>
         <option value="aciI">aciI</option>
         <option value="ageI">ageI</option>
@@ -61,7 +57,7 @@
         <option value="apeKI">apeKI</option>
         <option value="apoI">apoI</option>
         <option value="aseI">aseI</option>
-	<option value="bamHI">bamHI</option>
+        <option value="bamHI">bamHI</option>
         <option value="bbvCI">bbvCI</option>
         <option value="bfaI">bfaI</option>
         <option value="bfuCI">bfuCI</option>
@@ -93,7 +89,7 @@
         <option value="nlaIII">nlaIII</option>
         <option value="notI">notI</option>
         <option value="nsiI">nsiI</option>
-	<option value="nspI">nspI</option>
+        <option value="nspI">nspI</option>
         <option value="pstI">pstI</option>
         <option value="rsaI">rsaI</option>
         <option value="sacI">sacI</option>
@@ -116,11 +112,11 @@
     ]]></token>
     <token name="@CAT_LOG_TO_STDERR@"><![CDATA[
         #if $output_log
-            cat $output_log 2>&1 
+            cat $output_log 2>&1
         #end if
     ]]></token>
     <xml name="in_log">
-        <param name="add_log" type="boolean" checked="false" truevalue="yes" falsevalue="no" label="Add log output as data set" />
+        <param name="add_log" type="boolean" checked="false" truevalue="yes" falsevalue="no" label="Add log output as dataset" />
     </xml>
     <xml name="out_log">
         <data format="txt" name="output_log" label="${tool.name} on ${on_string} log file">
@@ -129,112 +125,245 @@
     </xml>
 
     <!-- inputs from previous pipeline steps -->
-    <xml name="input_cat_macro">
-        <param name="input_cat" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Catalog files" help="output from a previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or cstacks" />
+    <xml name="input_stacks_macro">
+        <param name="input_stacks" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Loci and polymorphism" help="output from previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or ustacks" />
     </xml>
-    <xml name="input_tags_macro">
-        <param name="input_tags" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Samples stacks" help="output from previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or ustacks" />
+    <xml name="input_cat_macro">
+        <param name="input_cat" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Catalog of loci" help="output from a previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or cstacks" />
     </xml>
     <xml name="input_matches_macro">
         <param name="input_matches" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Matches to the catalog" help="output from previous Stacks pipeline steps e.g. denovo_map, refmap or sstacks" />
     </xml>
+    <xml name="bam_input_macro">
+        <param name="input_bam" format="bam" type="data" multiple="true" optional="false" label="Aligned data" help="either the matches to the catalog (bam), i.e. tsv2bam, or reads aligned to a reference" />
+    </xml>
     <xml name="input_aln_macro">
-        <param name="input_aln" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Output from previous Stacks pipeline steps (e.g. gstacks, denovo_map, or refmap)" argument="-P" />
+        <param name="input_aln" format="tabular,txt" type="data_collection" collection_type="list" label="Assembled contigs and variant sites" help="output from previous Stacks pipeline steps (e.g. gstacks, denovo_map, or refmap)" argument="-P" />
     </xml>
 
+    <!-- code for creating links to the data sets from previous pipeline steps
+         - stacks (i.e ustacks outputs POP.tags.tsv, POP.alleles.tsv, POP.snps.tsv)
+             also stores sample names in list (samples)
+         - cat (cstacks catalog.tags.tsv, catalog.alleles.tsv, catalog.snps.tsv)
+         - matches (sstacks POP.matches.tsv) -->
+    <token name="@LINK_STACKS_INPUT@"><![CDATA[
+    #set $samples = []
+    #for $input_file in $input_stacks
+        #set $filename = str($input_file.element_identifier)
+        #if not filename.endswith('.tsv')
+            #set $filename = $filename + ".tsv"
+        #end if
+        #if re.search('^(?!catalog).+\.(tags|alleles|snps)\.tsv$', $filename)
+            ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' &&
+            #if $filename.endswith('.tags.tsv')
+                $samples.append($filename[:-9])
+            #end if
+        #end if
+    #end for
+    ]]>
+    </token>
+    <token name="@LINK_CAT_INPUT@"><![CDATA[
+    #for $input_file in $input_cat
+        #set $filename = str($input_file.element_identifier)
+        #if not filename.endswith('.tsv')
+            #set $filename = $filename + ".tsv"
+        #end if
+        #if re.search('^catalog\.(tags|alleles|snps)\.tsv$', $filename)
+            ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' &&
+        #end if
+    #end for
+    ]]></token>
+    <token name="@LINK_MATCHES_INPUT@"><![CDATA[
+    #for $input_file in $input_matches
+        #set $filename = str($input_file.element_identifier)
+        #if not filename.endswith('.tsv')
+            #set $filename = $filename + ".tsv"
+        #end if
+        #if re.search('matches.tsv$', $filename)
+            ln -s '${input_file}' 'stacks_inputs/$filename' &&
+        #end if
+    #end for
+    ]]></token>
 
-    <!-- fastq input -->
-    <xml name="fastq_input_macro" token_fastq_optional="false">
+    <!-- fastq input for process_radtags/shortreads (non-batch) and clone/kmerfilter (batch)
+         for batch processing chose multiple=false and paired
+         otherwise multiple=true and listtype=list:paired -->
+    <xml name="fastq_input_bc" token_multiple="false" token_listtype="paired">
         <conditional name="input_type">
-            <param name="input_type_selector" type="select" label="Short read data from individuals" help="Single end data or forward reads. If a paired list is provided only the forward reads are used in ustacks">
-                <option value="manual" selected="true">single end or forward reads</option>
-                <option value="list">(paired) data set list</option>
+            <param name="input_type_select" type="select" label="Single-end or paired-end reads">
+                <option value="single" selected="True">Single-end files</option>
+                <option value="paired">Paired-end files</option>
             </param>
-            <when value="manual">
-                <param name="samples" argument="-f" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" type="data" label="Reads" multiple="true" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/>
+            <when value="single">
+                <param name="fqinputs" argument="-f" type="data" format="fastqsanger,fastqsanger.gz" multiple="@MULTIPLE@" label="Singles-end reads" />
+                <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location">
+                    <expand macro="barcode_encoding_single" type="Barcode" />
+                </param>
+            </when>
+            <when value="paired">
+                <param name="fqinputs" type="data_collection" collection_type="@LISTTYPE@" label="Paired-end reads" format="fastqsanger,fastqsanger.gz"/>
+                <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location">
+                    <expand macro="barcode_encoding_pair" type="Barcode" />
+                </param>
             </when>
-            <when value="list">
-                <param name="samples" argument="-f" type="data_collection" collection_type="list:paired" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" label="List for forward reads or read pairs" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/>
+        </conditional>
+        <yield/>
+    </xml>
+
+    <xml name="fastq_input_bc_file" token_multiple="false" token_listtype="paired">
+        <expand macro="fastq_input_bc" multiple="@MULTIPLE@" listtype="@LISTTYPE@">
+            <param name="barcode" argument="-b" type="data"  format="tabular,txt" label="Barcode file" />
+        </expand>
+    </xml>
+
+    <!-- fastq input (used in denovomap, tsv2bam, ustacks) -->
+    <xml name="fastq_input" token_fastq_optional="false" token_help="">
+        <conditional name="input_type">
+            <param name="input_type_select" type="select" label="Short read data from individuals" help="@HELP@">
+                <option value="single" selected="true">single end or forward reads</option>
+                <option value="paired">(paired) dataset list</option>
+            </param>
+            <when value="single">
+                <param name="fqinputs" argument="-f" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" type="data" label="Reads" multiple="true" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/>
+            </when>
+            <when value="paired">
+                <param name="fqinputs" argument="-f" type="data_collection" collection_type="list:paired" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fasta,fasta.gz" label="List for forward reads or read pairs" optional="@FASTQ_OPTIONAL@"/>
             </when>
         </conditional>
     </xml>
-    <!-- requires a variable $read_direction=None|"forward"|"reverse" to be set 
-         appends noting/.1/.2 to the link name for accessing the fastq data
-         sets variables $name and $data_path-->
-    <token name="@FASTQ_INPUT@"><![CDATA[
-    ## TODO should use sample.identidfier if possible (see corresp. preproc macro)
-    #set $name = $clean_ext($sample.name)
-    #set $data_path = "stacks_inputs/" + $name
-    #if $sample.is_collection:
-        #set $cur_sample=$sample[$read_direction]
-    #else:
-        #set $cur_sample=$sample
-    #end if
-    #if $read_direction == "forward":
-        #set $data_path =  $data_path + ".1"
-    #elif $read_direction == "reverse":
-        #set $data_path =  $data_path + ".2"
-    #end if
-    #if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger')
-        #set $data_path =  $data_path + ".fq"
-        #set inputype = "fastq"
-    #else if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger.gz')
-        #set $data_path = $data_path + ".fq.gz"
-        #set inputype = "gzfastq"
-    #else if $cur_sample.is_of_type('fasta')
-        #set $data_path = $data_path + ".fa"
-        #set inputype = "fasta"
-    #else
-        #set $data_path = $data_path + ".fa.gz"
-        #set inputype = "gzfasta"
-    #end if
-    ln -s '$cur_sample' '${data_path}' &&
+
+    <!-- helper functions for linking fastq data sets -->
+    <token name="@FASTQ_INPUT_FUNCTIONS@"><![CDATA[
+    #from os.path import splitext
+    #import re
+
+    #def clean_ext($identifier)
+        #while $identifier.endswith(('.1', '.2', '.fa', '.fq', '.fasta', '.fastq', '.gz', '.gzip', '.sam', '.bam'))
+            #set $identifier = splitext($identifier)[0]
+        #end while
+$identifier#slurp
+    #end def
+
+    #def fastq_input_foo( $sample, $read_direction="", $infix="" )
+        #set $name = $clean_ext($sample.element_identifier)
+        #if $sample.is_collection:
+            #set $cur_sample=$sample[$read_direction]
+        #else:
+            #set $cur_sample=$sample
+        #end if
+
+        #if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger')
+            #set $ext =  "fastq"
+            #set $inputype = "fastq"
+        #else if $cur_sample.is_of_type('fastqsanger.gz')
+            #set $ext = "fastq.gz"
+            #set $inputype = "gzfastq"
+        #else if $cur_sample.is_of_type('fasta')
+            #set $ext = "fasta"
+            #set $inputype = "fasta"
+        #else if $cur_sample.is_of_type('fasta.gz')
+            #set $ext = "fasta.gz"
+            #set $inputype = "gzfasta"
+        #else
+            #set $inputype = "UNKNOWN"
+        #end if
+        #set $data_path = "stacks_inputs/"+$name+$infix+"."+$ext
+        #set $link_cmd = "ln -s '%s' '%s' &&" % ($cur_sample, $data_path)
+        #return ($link_cmd, $data_path, $name, $inputype)
+    #end def
+
+    ## fastq_input_batch determine link command, access path(s), and input type
+    ## for batch tools
+    ##
+    ## inputs
+    ## - sample data set / pair
+    ## - type "single" / "paired"
+    ## return (link_command, fwd_path, rev_path, inputype)
+    ## - link_command bash command(s) to link the data sets
+    ## - fwd_path file name of the link to the forward data set
+    ## - rev_path file name of the link to the forward data set (if type=paired)
+    ## - inputype input type as used in stacks ([gz]fast(a|q))
+    #def fastq_input_batch($sample, $type)
+        #if $type == "single"
+            #set ($link_cmd, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "", "")
+            #return ($link_cmd, $path, "", $inputype)
+        #else:
+            #set ($fwd_link_cmd, $fwd_path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "forward", ".1")
+            #set ($rev_link_cmd, $rev_path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "reverse", ".2")
+            #return ( $fwd_link_cmd+$rev_link_cmd, $fwd_path, $rev_path, $inputype)
+        #end if
+    #end def
+
+    ## fastq_input_nonbatch determine link command, access path(s), and input type
+    ## for non-batch tools (procrad, shortreads, denovomap the former need R[12]_
+    ## and the latter needs .[12])
+    ##
+    ## inputs
+    ## - samples list of data set / pair
+    ## - type "single" / "paired"
+    ## - infix_pattern pattern for the infix of the files (needs to contain %d which is replaced by 1/2)
+    ## return (link_command, inputype)
+    ## - link_command bash command(s) to link the data sets
+    ## - inputype input type as used in stacks ([gz]fast(a|q))
+    #def fastq_input_nonbatch( $samples, $type, $infix_pattern )
+        #set $link_command = ""
+        #for $sample in $samples
+            #if $type == "single"
+                #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "", "")
+                #set link_command += lc
+            #else:
+                #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "forward", $infix_pattern % (1))
+                #set link_command += lc
+                #set ($lc, $path, $name, $inputype) = $fastq_input_foo($sample, "reverse", $infix_pattern % (2))
+                #set link_command += lc
+            #end if
+        #end for
+        #return ($link_command, $inputype)
+    #end def
     ]]></token>
 
-    <!-- macro and token for BAM input-->
-    <xml name="bam_input_macro">
-        <param name="input_bam" format="bam" type="data" multiple="true" optional="false" label="BAM files" />
-    </xml>
+    <!-- macro and token for BAM input, for each bam file w identifier NAME
+       - creates a link NAME.bam <- bam_inputs/NAME.INFIX.bam
+       - appends -B bam_inputs/NAME.INFIX.bam to variable bamlist
+
+         INFIX is set to"" per default, can be set with optional variable $infix
+         only needed for gstacks in denovo mode which needs .matches.bam -->
     <token name="@BAM_INPUT@"><![CDATA[
     #set $bamlist = ""
     #for $bam in $input_bam:
-        #set $filename = $clean_ext($bam.element_identifier)+".bam"
-        #if re.search('.*\.bam$', $filename)
+        #if $bam.is_of_type('bam')
+            #set $filename = $clean_ext($bam.element_identifier)+".bam"
             ln -s '$bam' bam_inputs/$filename &&
             #set bamlist += " -B 'bam_inputs/"+$filename+"'"
         #end if
     #end for
     ]]></token>
 
-    <token name="@CLEAN_EXT@">
-        <![CDATA[
-        #from os.path import splitext
-        #import re
-        #def clean_ext($identifier)
-            #while $identifier.endswith(('.1', '.2', '.fa', '.fq', '.fasta', '.fastq', '.gz', '.gzip', '.sam', '.bam'))
-                #set $identifier = splitext($identifier)[0]
-            #end while
-$identifier#slurp
-        #end def
-        ]]>
-    </token>
+    <token name="@EXTRACT_VCF@"><![CDATA[
+    ## the catalog.calls output is a gzip-ed vcf extract it
+    ## to make it usable in Galaxy (with the downside that we
+    ## need to gzip it again for downstream calls like populations)
+    && gunzip -c stacks_outputs/catalog.calls > stacks_outputs/catalog.calls.vcf
+    ]]></token>
 
-    <!-- tokens and macros for gapped alignment options 
-         the _onoff macro gives an empty conditional (which is not so nice 
+
+
+    <!-- tokens and macros for gapped alignment options
+         the _onoff macro gives an empty conditional (which is not so nice
          but allows to be used also in the full macro) -->
     <token name="@GAP_OPTIONS@"><![CDATA[
-#if $gapped.use_gapped == "yes"
-    --max_gaps $gapped.max_gaps
-    --min_aln_len $gapped.min_aln_len
-#else
-    --disable-gapped
-#end if
-]]></token>
+    #if $gapped.use_gapped == "yes"
+        --max_gaps $gapped.max_gaps
+        --min_aln_len $gapped.min_aln_len
+    #else
+        --disable-gapped
+    #end if
+    ]]></token>
     <token name="@GAP_OPTIONS_ONOFF@"><![CDATA[
-#if $gapped.use_gapped != "yes"
-    --disable-gapped
-#end if
-]]></token>
+    #if $gapped.use_gapped != "yes"
+        --disable-gapped
+    #end if
+    ]]></token>
     <xml name="gap_options">
         <expand macro="gap_options_onoff">
             <param argument="--max_gaps" type="float" value="2.0" label="Number of gaps allowed between stacks before merging"/>
@@ -254,10 +383,11 @@
         </conditional>
     </xml>
 
+
     <!-- ustacks outputs collection containing SAMPLE.tags.tsv, SAMPLE.snps.tsv, SAMPLE.alleles.tsv (SAMPLE!=catalog) -->
     <!-- TODO tags, snps, and alleles could go to sub collections; same for other tools -->
     <xml name="ustacks_outputs_macro" token_tooladd="">
-        <collection name="tabs" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Loci per sample">
+        <collection name="tabs" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Loci and polymorphism">
             <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;(?!catalog).+\.tags)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" />
             <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;(?!catalog).+\.snps)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" />
             <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;(?!catalog).+\.alleles)\.tsv$" ext="tabular" directory="stacks_outputs" />
@@ -277,11 +407,25 @@
     </xml>
     <!-- tsv2bam outputs collection containing SAMPLE.matches.bam -->
     <xml name="tsv2bam_outputs_macro" token_tooladd="">
-        <collection name="bams" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Loci">
+        <collection name="bams" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Matches to the catalog (bam)">
             <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.+\.matches)\.bam$" ext="bam" directory="stacks_outputs" />
         </collection>
     </xml>
-    <!-- gstacks outputs collection containing catalog.calls.vcf and catalog.fa.gz -->
+    <!-- gstacks outputs collection containing catalog.calls.vcf and catalog.fa.gz
+         + optional output alignments.bam (if no popmap is given) and POP.alns.bam otherwise-->
+    <xml name="gstacks_outputs_full_macro" token_tooladd="">
+        <expand macro="gstacks_outputs_macro"/>
+        <data format="txt" name="distribs" label="${tool.name} on ${on_string} log.distribs" from_work_dir="stacks_outputs/gstacks.log.distribs">
+            <filter>add_log_distribs</filter>
+        </data>
+        <collection name="gstacks_alns_out" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Read alignments">
+            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.*).alns.bam$" ext="bam" directory="stacks_outputs" />
+            <filter>mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap!=None</filter>
+        </collection>
+        <data name="gstacks_aln_out" format="bam" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Read alignment" from_work_dir="stacks_outputs/alignments.bam">
+            <filter>mode_cond['mode_select'] == 'denovo' and mode_cond['advanced_cond']['advanced_select'] == "yes" and mode_cond['advanced_cond']['write_alignments'] != "" and popmap==None</filter>
+        </data>
+    </xml>
     <xml name="gstacks_outputs_macro" token_tooladd="">
         <collection name="gstacks_out" type="list" label="${tool.name} @TOOLADD@ on ${on_string} Assembled contigs and variant sites">
             <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;catalog\.calls\.vcf)$" ext="vcf" directory="stacks_outputs" />
@@ -302,7 +446,7 @@
     <xml name="populations_output_full">
         <expand macro="populations_output_light"/>
 
-        <!-- log_fst_comp	populations.fst_summary.tsv	populations.phistats_summary.tsv	populations.phistats.tsv-->
+        <!-- log_fst_comp populations.fst_summary.tsv populations.phistats_summary.tsv populations.phistats.tsv-->
         <data format="tabular" name="out_phistats" label="${tool.name} on ${on_string} Phi_st statistics" from_work_dir="stacks_outputs/populations.phistats.tsv">
             <filter>advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'</filter>
         </data>
@@ -313,9 +457,9 @@
             <filter>advanced_options['log_fst_comp'] and fstats_conditional['fstats']=='yes'</filter>
         </data>
 
-        <!-- fasta_loci	populations.loci.fa
-             fasta_samples	populations.samples.fa
-             fasta_samples_raw	populations.samples-raw.fa-->
+        <!-- fasta_loci populations.loci.fa
+             fasta_samples populations.samples.fa
+             fasta_samples_raw populations.samples-raw.fa-->
         <data format="tabular" name="out_fasta_strict" label="${tool.name} on ${on_string} per-locus consensus sequences" from_work_dir="stacks_outputs/populations.loci.fa">
             <filter>populations_output['fasta_loci']</filter>
         </data>
@@ -326,8 +470,8 @@
             <filter>populations_output['fasta_samples_raw']</filter>
         </data>
 
-        <!-- phylip	populations.fixed.phylip	populations.fixed.phylip.log
-             phylip_var	populations.var.phylip	populations.var.phylip.log-->
+        <!-- phylip populations.fixed.phylip populations.fixed.phylip.log
+             phylip_var populations.var.phylip populations.var.phylip.log-->
         <data format="tabular" name="out_phylip_all_pop_fix" label="${tool.name} on ${on_string} Phylip nucleotides that are fixed-within, and variant among populations" from_work_dir="stacks_outputs/populations.fixed.phylip">
             <filter>populations_output['phylip']</filter>
         </data>
@@ -341,7 +485,7 @@
             <filter>populations_output['phylip_var']</filter>
         </data>
 
-        <!-- genepop	populations.haps.genepop populations.snps.genepop -->
+        <!-- genepop populations.haps.genepop populations.snps.genepop -->
         <data format="tabular" name="out_genepop_snps" label="${tool.name} on ${on_string} SNPs in GenePop format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.snps.genepop">
             <filter>populations_output['genepop']</filter>
         </data>
@@ -349,7 +493,7 @@
             <filter>populations_output['genepop']</filter>
         </data>
 
-        <!-- vcf	populations.haps.vcf populations.snps.vcf -->
+        <!-- vcf populations.haps.vcf populations.snps.vcf -->
         <data format="vcf" name="out_vcf_haplotypes_snps" label="${tool.name} on ${on_string} SNPs in VCF format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.snps.vcf">
             <filter>populations_output['vcf']</filter>
         </data>
@@ -357,7 +501,7 @@
             <filter>populations_output['vcf']</filter>
         </data>
 
-        <!--plink	populations.plink.map populations.plink.ped-->
+        <!--plink populations.plink.map populations.plink.ped-->
         <data format="tabular" name="out_plink_markers" label="${tool.name} on ${on_string} PLINK (makers)" from_work_dir="stacks_outputs/populations.plink.map">
             <filter>populations_output['plink']</filter>
         </data>
@@ -365,16 +509,20 @@
             <filter>populations_output['plink']</filter>
         </data>
 
-        <!--structure	populations.structure-->
+        <!--structure populations.structure-->
         <data format="tabular" name="out_structure" label="${tool.name} on ${on_string} Structure format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.structure">
             <filter>populations_output['structure']</filter>
         </data>
 
-        <!-- radpainter	populations.haps.radpainter -->
+        <!-- radpainter populations.haps.radpainter -->
         <data format="tabular" name="out_radpainter" label="${tool.name} on ${on_string} Radpainter format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.haps.radpainter">
             <filter>populations_output['radpainter']</filter>
         </data>
 
+        <!-- treemix populations.treemix -->
+        <data format="tabular" name="out_treemix" label="${tool.name} on ${on_string} Treemix format" from_work_dir="stacks_outputs/populations.treemix">
+            <filter>populations_output['treemix']</filter>
+        </data>
     </xml>
 
     <xml name="snp_options_alpha">
@@ -397,8 +545,8 @@
                 <expand macro="snp_options_alpha"/>
             </when>
             <when value="bounded">
-                <param argument="--bound_low" type="float" value="0.0" min="0.0" max="1.0" label="lower bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0"/>
-                <param argument="--bound_high" type="float" value="1.0" min="0.0" max="1.0" label="upper bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0" />
+                <param argument="--bound_low" type="float" value="0.0" min="0.0" max="1.0" label="Lower bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0"/>
+                <param argument="--bound_high" type="float" value="1.0" min="0.0" max="1.0" label="Upper bound for epsilon, the error rate" help="between 0 and 1.0" />
                 <expand macro="snp_options_alpha"/>
             </when>
             <when value="fixed">
@@ -414,11 +562,8 @@
 
     <!-- variant calling option for use in gstacks and denovomap -->
     <xml name="variant_calling_options_vg">
-        <param argument="--var-alpha" name="var_alpha" type="float" value="0.05" min="0" label="alpha threshold for discovering SNPs" />
-        <expand macro="variant_calling_options_g"/>
-    </xml>
-    <xml name="variant_calling_options_g">
-        <param argument="--gt-alpha" name="gt_alpha" type="float" value="0.05" min="0" label="alpha threshold for calling genotypes" />
+        <param argument="--var-alpha" name="var_alpha" type="float" value="0.01" min="0" label="Alpha threshold for discovering SNPs" />
+        <param argument="--gt-alpha" name="gt_alpha" type="float" value="0.05" min="0" label="Alpha threshold for calling genotypes" />
     </xml>
 
     <xml name="barcode_encoding_single" token_type="">
@@ -428,12 +573,12 @@
     </xml>
 
     <xml name="barcode_encoding_pair" token_type="">
-        <expand macro="barcode_encoding_single" type="@TYPE@">    
+        <expand macro="barcode_encoding_single" type="@TYPE@">
             <option value="--null_index">@TYPE@ is provded in FASTQ header (Illumina i7 read if both i5 and i7 read are provided) (--null_index)</option>
             <option value="--inline_inline">@TYPE@ is inline with sequence, occurs on single and paired-end read (--inline_inline)</option>
             <option value="--index_index">@TYPE@ is provded in FASTQ header (Illumina i5 and i7 reads) (--index_index)</option>
             <option value="--inline_index">@TYPE@ is inline with sequence on single-end read and occurs in FASTQ header (from either i5 or i7 read) (--inline_index)</option>
             <option value="--index_inline">@TYPE@ occurs in FASTQ header (Illumina i5 or i7 read) and is inline with sequence on single-end read (if single read data) or paired-end read (if paired data) (--index_inline)</option>
-        </expand>    
+        </expand>
     </xml>
 </macros>
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 macros_process.xml
--- a/macros_process.xml	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/macros_process.xml	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -3,60 +3,10 @@
 <!-- macros and tokens for process_radtags and process_short_reads -->
 
 <macros>
-    <!-- fastq input for process_radtags/shortreads-->
-    <xml name="process_inputs">
-        <conditional name="input_type">
-            <param name="options_type_selector" type="select" label="Single-end or paired-end reads files">
-                <option value="single" selected="True">Single-end files</option>
-                <option value="paired">Paired-end files</option>
-            </param>
-            <when value="single">
-                <param name="fqinputs" argument="-f" format="fastqsanger,fastqsanger.gz" multiple="true" type="data" label="singles-end reads infile(s)" help="input files" />
-                <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location">
-                    <expand macro="barcode_encoding_single" type="Barcode" />
-                </param>
-            </when>
-            <when value="paired">
-                <param name="fqinputs" type="data_collection" collection_type="list:paired" label="paired-end reads infile(s)" format="fastqsanger,fastqsanger.gz"/>
-                <param name="barcode_encoding" type="select" label="Barcode location">
-                    <expand macro="barcode_encoding_pair" type="Barcode" />
-                </param>
-            </when>
-        </conditional>
-        <param name="barcode" argument="-b" type="data"  format="tabular,txt" label="Barcode file" />
-    </xml>
-    <token name="@FASTQ_INPUT_PREPROC@"><![CDATA[
-    #for $input in $input_type.fqinputs:
-        #if $input_type.options_type_selector == "single"
-            #set $isfq=$input.is_of_type('fastqsanger')
-            #set $name=$clean_ext($input.element_identifier)
-        #else:
-            #set $isfq=$input.forward.is_of_type('fastqsanger')
-            ## TODO if https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/7031 is
-            ## backported use element_identifier consistently and fix release in <tool>?
-            #set $name=$clean_ext($input.name)
-        #end if
-    
-        #if $isfq:
-            #set $ext = "fastq"
-            #set inputype = "fastq"
-        #else
-            #set $ext = "fastq.gz"
-            #set inputype = "gzfastq"
-        #end if
-    
-        #if $input_type.options_type_selector == "single"
-            ln -s '$input' 'stacks_inputs/${name}.${ext}' &&
-        #else:
-            ## procrad needs _R[12]_ in the file name, so we add an add 0
-            ln -s '$input.forward' 'stacks_inputs/${name}_R1_0.${ext}' &&
-            ln -s '$input.reverse' 'stacks_inputs/${name}_R2_0.${ext}' &&
-        #end if
-    #end for
-    ]]></token>
+
     <token name="@PROCESS_IOOPTIONS@"><![CDATA[
     -p stacks_inputs/
-    #if $input_type.options_type_selector == "paired"
+    #if $input_type.input_type_select == "paired"
         --paired
     #end if
     -i $inputype
@@ -89,26 +39,26 @@
 
     <xml name="process_outputs">
         <collection name="demultiplexed" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads">
-            <filter>input_type['options_type_selector'] == "single"</filter>
+            <filter>input_type['input_type_select'] == "single"</filter>
             <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P&lt;name&gt;.+)" dir="stacks_outputs"/>
         </collection>
         <collection name="demultiplexed_paired" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Demultiplexed reads">
-            <filter>input_type['options_type_selector'] == "paired"</filter>
+            <filter>input_type['input_type_select'] == "paired"</filter>
             <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P&lt;identifier_0&gt;.+)\.(?P&lt;identifier_1&gt;[^.]+)" dir="stacks_outputs"/>
         </collection>
 
         <collection name="remaining" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Remaining orphan reads">
-            <filter>input_type['options_type_selector'] == "paired"</filter>
+            <filter>input_type['input_type_select'] == "paired"</filter>
             <expand macro="discover_faqgz_output_macro" pattern="(?P&lt;identifier_0&gt;.+)\.rem\.(?P&lt;identifier_1&gt;[^.]+)" dir="stacks_outputs/remaining"/>
         </collection>
 
         <!-- note irrespective of -y output is always named fastq and are never zipped -->
         <collection name="discarded" type="list" label="${tool.name} on ${on_string} Discarded reads">
-            <filter>capture is True and input_type['options_type_selector'] == "single"</filter>
+            <filter>capture is True and input_type['input_type_select'] == "single"</filter>
             <expand macro="discover_faq_output_macro" pattern="(?P&lt;name&gt;.*)" dir="stacks_outputs/discarded"/>
         </collection>
         <collection name="discarded_paired" type="list:paired" label="${tool.name} on ${on_string} Discarded reads">
-            <filter>capture is True and input_type['options_type_selector'] == "paired"</filter>
+            <filter>capture is True and input_type['input_type_select'] == "paired"</filter>
             <expand macro="discover_faq_output_macro" pattern="(?P&lt;identifier_0&gt;.+)\.(?P&lt;identifier_1&gt;[^.]+)" dir="stacks_outputs/discarded"/>
         </collection>
     </xml>
@@ -116,7 +66,7 @@
     <!-- FASTQ filtering options -->
     <xml name="process_filter">
         <conditional name="filter_cond" >
-            <param name="filter_select" type="select" label="do quality filtering">
+            <param name="filter_select" type="select" label="Do quality filtering">
                 <option value="yes">Yes</option>
                 <option value="no" selected="true">No</option>
             </param>
@@ -125,10 +75,10 @@
                 <param name="score" type="integer" value="10" min="0" max="40" argument="-s" label="Set the score limit. If the average score within the sliding window drops below this value, the read is discarded" />
                 <param name="remove" type="boolean" checked="false" truevalue="-c" falsevalue="" argument="-c" label="Clean data, remove any read with an uncalled base" />
                 <param name="discard" type="boolean" checked="false" truevalue="-q" falsevalue="" argument="-q" label="Discard reads with low quality scores"/>
-                <param argument="--filter_illumina" type="boolean" checked="false" truevalue="--filter_illumina" falsevalue="" label="discard reads that have been marked by Illumina's chastity/purity filter as failing" />
+                <param argument="--filter_illumina" type="boolean" checked="false" truevalue="--filter_illumina" falsevalue="" label="Discard reads that have been marked by Illumina's chastity/purity filter as failing" />
             </when>
             <when value="no">
-                <param argument="--len_limit" type="integer" value="" optional="true" label="minimum sequence length" help="useful if your data has already been trimmed"/>
+                <param argument="--len_limit" type="integer" value="" optional="true" label="Minimum sequence length" help="useful if your data has already been trimmed"/>
             </when>
         </conditional>
         <param name="capture" type="boolean" checked="false" truevalue="-D" falsevalue="" argument="-D" label="Capture discarded reads to a file" />
@@ -153,7 +103,7 @@
         && mv stacks_outputs/*discards stacks_outputs/discarded/
 
         ## fix the _R[12]_0 that was added for preparing the input
-        #if $input_type.options_type_selector == 'paired':
+        #if $input_type.input_type_select == 'paired':
             && find stacks_outputs/discarded/ -type f | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/_R1_0/.1/; s/_R2_0/.2/;')"; done
         #end if
         ## also remove the gz which is added by procrad (but its uncompressed)
@@ -167,20 +117,18 @@
         #end if
     #end if
     ## prepare paired read output for processing in galaxy
-    #if $input_type.options_type_selector == 'paired':
+    #if $input_type.input_type_select == 'paired':
         && mkdir stacks_outputs/remaining
         && find stacks_outputs -iregex ".*\.rem\.[12]\.f[aq]\(\.gz\)?" | while read file; do mv "\$file" stacks_outputs/remaining/; done
         && find stacks_outputs/ -iregex ".*.f[aq]\(\.gz\)?" | while read file; do mv "\$file" "\$(echo \$file | sed 's/\.1\./.forward./; s/\.2\./.reverse./')"; done
     #end if
     ]]></token>
 
-
-
     <!-- adapter trimming options -->
     <xml name="process_adapter">
-            <param argument="--adapter_1" type="text" value="" optional="true" label="adaptor sequence that may occur on the first read" />
-            <param argument="--adapter_2" type="text" value="" optional="true" label="adaptor sequence that may occur on the paired-read" />
-            <param argument="--adapter_mm" type="integer" value="" optional="true" label="number of mismatches allowed in the adapter sequence"/>
+            <param argument="--adapter_1" type="text" value="" optional="true" label="Adaptor sequence that may occur on the first read" />
+            <param argument="--adapter_2" type="text" value="" optional="true" label="Adaptor sequence that may occur on the paired-read" />
+            <param argument="--adapter_mm" type="integer" value="" optional="true" label="Number of mismatches allowed in the adapter sequence"/>
     </xml>
     <token name="@PROCESS_ADAPTER@"><![CDATA[
     ## Adapter options
@@ -202,9 +150,9 @@
                 <option value="-r">yes</option>
                 <option value="" selected="true">no</option>
             </param>
-	    <when value="-r">
-                <param argument="--barcode_dist_1" type="integer" value="" optional="true" label="number of allowed mismatches when rescuing first read barcodes" help="(default 1)"/>
-    	        <param argument="--barcode_dist_2" type="integer" value="" optional="true" label="number of allowed mismatches when rescuing paired read barcodes" help="(default value for single end barcodes)"/>
+            <when value="-r">
+                <param argument="--barcode_dist_1" type="integer" value="" optional="true" label="Number of allowed mismatches when rescuing first read barcodes" help="(default 1)"/>
+                <param argument="--barcode_dist_2" type="integer" value="" optional="true" label="Number of allowed mismatches when rescuing paired read barcodes" help="(default value for single end barcodes)"/>
             </when>
             <when value=""/>
         </conditional>
@@ -221,7 +169,7 @@
     #end if
     ]]></token>
 
-    <!-- advanced options that are shared --> 
+    <!-- advanced options that are shared -->
     <xml name="common_advanced">
         <param name="truncate" type="integer" value="" optional="True" argument="-t" label="Truncate final read length to this value" />
         <param argument="--retain_header" type="boolean" checked="false" truevalue="--retain_header" falsevalue="" label="Retain unmodified FASTQ headers in the output" />
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 news.txt
--- a/news.txt	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,181 +0,0 @@
-Stacks 2.2 - Aug 22, 2018
---------------------------
-    Feature: Added the --bestrad flag to process_radtags. When used it will look for reads that need transposed
-             before they are processed.
-    Feature: gstacks: New option --max-debrujin-reads to control the construction of the de Bruijn graph; replaces 
-             --min-kmer-freq which is now deprecated
-    Bugfix: Added run number to output FASTQ headers in process_radtags to make sure read IDs are always unique.
-
-Stacks 2.1 - June 25, 2018
---------------------------
-    Bugfix: Fixed a performance regression in sstacks. Recent changes in sstacks made it more likely to
-            invoke the gapped algorithm to match to the catalog. In some cases, matches to the catalog
-            would be marked as ambiguous alignments and dropped from the next stages of analysis due to 
-            differences in CIGAR strings from the gapped alignment. 
-    Feature: ustacks Changed --high_cov_thres default value from 2.0 to 3.0.
-    Feature: gstacks: Changed --min-kmer-freq default value from 0.05 to 0.01.
-    Feature: Added further checks on zlib calls.
-
-Stacks 2.0 - Apr 23, 2018
--------------------------
-    Feature: modified cstacks and ustacks gapped alignment algorithms to always align the two stacks/alleles
-             with the most k-mers in common, removed the previous minimum k-mer limit.
-    Feature: modified cstacks so that when a sample locus matches two or more catalog loci, those catalog
-             loci are combined, or rolled-up, reducing undermerged loci that generate excess homozygote calls.
-    Feature: modified tsv2bam so that when two loci from the same sample match the same catalog locus, those
-             loci are combined.
-    Bugfix: corrected BbvCI restriction enzyme to add the missing negative strand sequence.
-    Bugfix: corrected the catalog writing routines for unzipped output files to include missing column.
-    Bugfix: populations: Fixed the filtering of monomorphic loci.
-    Bugfix: populations: Now preserving sample ordering in all outputs.
-    Bugfix: Fixed ICPC compilation.
-
-    2.0b - May 1, 2018
-    Feature: gstacks: Removed the assertion that the first basepair of each locus should
-             be part of a cutsite (now a warning).
-    Feature: gstacks: The reported effective coverage is now a more realistic weighted mean.
-    Bugfix: populations: Fixed STRUCTURE output being corrupted for some unordereds population maps.
-
-Stacks 2.0 Beta 10 - Apr 10, 2018
----------------------------------
-    Feature: Improved gapped alignment for secondary reads in ustacks.
-    Feature: Improved populations performance.
-    Feature: Added enzymes Cac8I, MslI.
-    Feature: Made population maps more tolerant to spurious extra spaces and lines.
-    Feature: populations: VCF output: changed the format of the catalog locus field and made the column 1-based.
-    Feature: gstacks: increased haplotyping rates by adding a filtering of spurious SNPs step.
-    Bugfix:  Fixed populations dramatric slow-down on datasets with more than several hundred samples.
-    Bugfix:  Restored the NS/locus distribution in populations's distributions log.
-    Bugfix:  Fixed the populations --radpainter export.
-    Bugfix:  stacks-dist-extract: Fixed OSX compatibility.
-    Bugfix:  Fixed breaking bug in populations --in-vcf mode filtering statistics.
-
-Stacks 2.0 Beta 9 - Mar 12, 2018
---------------------------------
-    Feature: Cleaned up tags/snps/alleles/matches files. We removed the batch ID from ustacks and cstacks
-             output, and the deprecated log likelihood fields from ustacks and cstacks. We also removed
-             the chromosome/bp/strand fields as they are no longer used in these files.
-    Feature: Renamed gstacks output files that represent the new components of the catalog:
-               gstacks.fa.gz => catalog.fa.gz; gstacks.vcf.gz => catalog.calls
-    Feature: Removed read length restrictions from ustacks/cstacks/sstacks core, reads/loci can vary in
-             length throughout the pipeline.
-    Feature: Reimplemented PLINK export format for the populations program.
-    Bugfix: Updated to HTSLib 1.7; changed to a custom build system that will work with the Stacks build
-            system.
-    Bugfix: Made gapped alignments mandatory in ustacks, cstacks, and sstacks. Added check for frameshift
-            at 3' end of the read -- if found, a match is deferred to the gapped aligner.
-
-Stacks 2.0 Beta 8 - Feb 03, 2018
---------------------------------
-    Feature: populations: Now calculated deviation from Hardy-Weinberg equilibrium at the SNP level
-             (using an exact test), and at the haplotype level (using Guo+Thompson's MCMC algorithm).
-    Feature: populations: Added an export type for FineRADStructure.
-    Feature: populations: Added the GQ/GL fields in the VCF SNPs output.
-    Feature: gstacks: Made the default behavior regarding paired-end reads more logical (in
-             reference-based mode --paired has been replaced with --unpaired).
-    Feature: gstacks: Added details about samples and coverages to the log outputs.
-    Feautre: Added enzymes NspI, BbvCI, fixed BfuCI.
-    Bugfix:  corrected a major performance bottleneck in populations when smoothing population statistics
-             across the genome.
-    Bugfix:  populations: The VCF output now preserves the input sample order.
-    Bugfix:  gstacks: Fixed the handling of a rare special case in the PCR duplicates code.
-    Bugfix:  gstacks: Fixed 100% being added to all per-thread timings.
-
-Stacks 2.0 Beta 7 - Dec 29, 2017
---------------------------------
-    Feature: gstacks: Added an option to remove PCR duplicates based on insert
-             size (--rm-pcr-duplicates, plus the related --rm-unpaired-reads).
-    Feature: populations: Added a haplotype Genepop export.
-    Feature: populations: improved the help; changed the output names for SNP
-             files to 'populations.snps.EXT'; added option --no_hap_exports.
-    Feature: gstacks and populations: Clarified the logs; moved distributions
-             to a separate '.xlog' file and added script stacks-xlog-extract.
-    Feature: gstacks: Tweaked the help/interface; especially, replaced --spacer
-             with --suffix (for BAM directory input).
-    Feature: Added enzymes BfuI and HinP1.
-    Feature: Added option --inline_null to clone_filter.
-    Bugfix: gstacks: Fixed a typo preventing the paired reads from being merged.
-    Bugfix: populations: Fixed a segfault that occurred with some large datasets.
-    Bugfix: Made VCF outputs more standard compliant.
-    Bugfix: populations: Repaired --fasta_samples and --fasta_samples_raw.
-    Bugfix: populations: Fixed population aborting at the end of the run
-            when an export option was specified multiple times.
-    Bugfix: gstacks: Adjusted progression report for catalog asymmetry.
-    Bugfix: Fixed installation of stacks-integrate-alignments on MacOS.
-
-Stacks 2.0 Beta 6 - Dec 02, 2017
---------------------------------
-    Feature: Implmented the VCF haplotypes output.
-    Bugfix:  Corrected asset failure in populations when exporting data for genepop or structure output.
-
-Stacks 2.0 Beta 5 - Nov 27, 2017
---------------------------------
-    Feature: Reimplemented structure, phylip, and phylip_var exports.
-    Bugfix: Tightened up the overlap algorithm to require 80% of overlapping sequence to be
-            aligned and of the aligned sequence, 80% must be identities.
-    Bugfix: Fixed segfault in gstacks when compiled with CLANG on OS X.
-    Bugfix: gstacks: Fixed how misphasings are reported.
-
-Stacks 2.0 Beta 4 - Nov 07, 2017
---------------------------------
-    Bugfix: Continued improving overlap algorithm to join SE and PE contigs.
-    Bugfix: Improved build system to handle new timing functions in gstacks.
-
-Stacks 2.0 Beta 3 - Nov 01, 2017
---------------------------------
-    Feature: Added output to populations describing mean PE contig size and mean number of
-             genotyped sites per locus, which reflects the current filtering paramters.
-    Feature: Improved the output of gstacks and populations.
-    Feature: Added script `stacks-integrate-alignments`.
-    Bugfix: made further improvements to the single-end/paired-end locus overlapping algorithm.
-    Bugfix: fixed all depths being null in populations' VCF output.
-    Bugfix: Numerically tweaked the marukilow model to remove a limit case.
-
-Stacks 2.0 Beta 2 - Oct 19, 2017
---------------------------------
-    Feature: gstacks: Made it possible to read from multiple BAM files at the same time; modified the
-             interface accordingly.
-    Feature: gstacks: Parallelized the reference-based mode.
-    Feature: gstacks: Added various statistics & improvements to the log output.
-    Feature: gstacks: Improved how the forward & paired-end reads are merged (in denovo mode; no more trimming).
-    Feature: populations: Added code to calculate the overlap between RAD loci when a reference is available.
-    Feature: populations: Added VCF ouput (--vcf).
-    Feature: Updated the denovo_map.pl and ref_map.pl wrappers, samples must now be specified using --samples and --popmap.
-    Bugfix: Fixed three memory leaks in populations; improved reference-aligned batch logic.
-    Bugfix: Improved overlapping code in gstacks to merge more single and paired-end contigs together.
-    Bugfix: Now compiles on Apple OS X.
-    Bugfix: Fixed a bug that skewed the fixed-site (no-SNP) likelihood in the marukilow model.
-
-Stacks 2.0 Beta 1 - Oct 09, 2017
---------------------------------
-    Feature: Paired-end sequencing data can be utilized fully. In particular, when the shearing-based
-             protocol is used, the software will assemble a local contig from the paired reads across
-             the population, possibly overlap it with the forward-reads region, then align all reads to the
-             assembled contig. This new approach also fully supports double-digest protocols.
-    Feature: Haplotype calling and diploidy-violation dectection now rely on a novel, more powerful algorithm.
-    Feature: SNP and genotype-calling now uses the diploid models of Maruki and Lynch (2017).
-    Feature: The rxstacks program has been replaced with the gstacks program, and there is no need to re-run
-	     some of the earlier steps of the pipeline anymore.
-    Feature: The memory footprint of the populations program has been considerably reduced and can be scaled
-	     for any size data set.
-    Feature: The reference-based pipeline has been simplified, and now only comprises two steps: gstacks and populations.
-    Feature: Added --null_inline mode to clone_filter (and process_radtags) for previously unseen type
-             of oligo combination.
-
-Stacks 1.48 - Nov 20, 2017
----------------------------
-    Feature: Added HinP1I restriction enzyme.
-    Feature: Added --null_inline mode to clone_filter (and process_radtags) for previously unseen type
-             of oligo combination.
-
-Stacks 1.47 - Sept 06, 2017
----------------------------
-    Feature: Improved populations's fasta output options (especially,
-             added a option to export locus consensus sequences).
-    Feature: denovo_map.pl and red_map.pl now stop if a component
-             of the pipeline fails.
-    Feature: Improved the output of denovo_map.pl and ref_map.pl.
-    Bugfix: Added a format check in Fasta/GzFasta to avoid a potential
-            segfault when working on FastQ files.
-    Bugfix: Fixed a bug in count_fixed_catalog_snps.py that could cause
-            overwrites when working with uncompressed files.
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 stacks_refmap.xml
--- a/stacks_refmap.xml	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/stacks_refmap.xml	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,16 +1,16 @@
-<tool id="stacks2_refmap" name="Stacks2: reference map" version="@STACKS_VERSION@+galaxy@WRAPPER_VERSION@">
+<tool id="stacks2_refmap" name="Stacks2: reference map" profile="@PROFILE@" version="@STACKS_VERSION@+galaxy@WRAPPER_VERSION@">
     <description>the Stacks pipeline with a reference genome (ref_map.pl)</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
     </macros>
     <expand macro="requirements"/>
-    <expand macro="stdio"/>
-    <command><![CDATA[
-@CLEAN_EXT@
+    <expand macro="version_cmd"/>
+    <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
+@FASTQ_INPUT_FUNCTIONS@
 mkdir bam_inputs stacks_outputs&&
 @BAM_INPUT@
 
-ref_map.pl 
+ref_map.pl
 --samples bam_inputs
 #if str($popmap) != 'None':
     --popmap '$popmap'
@@ -21,13 +21,17 @@
 --var-alpha $model_options.var_alpha
 --gt-alpha $model_options.gt_alpha
 
-&& mv stacks_outputs/ref_map.log $output_log
+@EXTRACT_VCF@
+
+#if $output_log
+    && mv stacks_outputs/ref_map.log $output_log
+#end if
     ]]></command>
 
     <inputs>
         <expand macro="bam_input_macro"/>
         <param argument="--popmap" type="data" format="tabular,txt" label="Population map" />
-        <param name="paired_select" type="select" label="paired end options" help="select single/paired for single end data or to select advanced paired end options, --unpaired: treat reverse reads as if they were forward reads; --ignore-pe-reads: ignore paired-end reads even if present in the input">
+        <param name="paired_select" type="select" label="Paired end options" help="select single/paired for single end data or to select advanced paired end options, --unpaired: treat reverse reads as if they were forward reads; --ignore-pe-reads: ignore paired-end reads even if present in the input">
             <option value="" selected="true">single/paired</option>
             <option value="--unpaired" selected="true">ignore read pairing (--unpaired)</option>
             <option value="--ignore-pe-reads" selected="true">ignore paired-end reads (--ignore-pe-reads)</option>
@@ -50,7 +54,16 @@
             <param name="popmap" ftype="tabular" value="denovo_map/popmap_cstacks.tsv" />
             <param name="add_log" value="yes" />
             <output ftype="txt" name="output_log"><assert_contents><has_text text="ref_map.pl is done." /></assert_contents></output>
-            <!-- TODO test for outputs -->
+            <output_collection name="gstacks_out" type="list" count="2">
+                <element name="catalog.calls.vcf" file="refmap/catalog.calls.vcf" ftype="vcf" lines_diff="2"/>
+                <element name="catalog.fa.gz" file="refmap/catalog.fa.gz" ftype="fasta.gz" compare="sim_size"/>
+            </output_collection>
+            <output ftype="tabular" name="out_haplotypes" value="refmap/populations.haplotypes.tsv"/>
+            <output ftype="tabular" name="out_hapstats" value="refmap/populations.hapstats.tsv"/>
+            <output ftype="txt" name="out_populations_log_distribs" value="refmap/populations.log.distribs"/>
+            <output ftype="tabular" name="out_sumstats_sum" value="refmap/populations.sumstats_summary.tsv"/>
+            <output ftype="tabular" name="out_sumstats" value="refmap/populations.sumstats.tsv"/>
+            <output ftype="tabular" name="out_sql" value="refmap/populations.markers.tsv"/>
         </test>
         <test>
             <param name="input_bam" ftype="bam" value="refmap/PopA_01.bam,refmap/PopA_02.bam"/>
@@ -65,6 +78,14 @@
             </assert_command>
             <param name="add_log" value="yes" />
             <output ftype="txt" name="output_log"><assert_contents><has_text text="ref_map.pl is done." /></assert_contents></output>
+            <output_collection name="gstacks_out" type="list" count="2"/>
+            <output ftype="tabular" name="out_haplotypes"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output>
+            <output ftype="tabular" name="out_hapstats"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output>
+            <output ftype="txt" name="out_populations_log_distribs"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output>
+            <output ftype="tabular" name="out_sumstats_sum"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output>
+            <output ftype="tabular" name="out_sumstats"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output>
+            <output ftype="tabular" name="out_sql"><assert_contents><has_text text="#"/></assert_contents></output>
+
         </test>
     </tests>
 
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 stdout
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/PopA_01.1.fq
--- a/test-data/PopA_01.1.fq	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,264 +0,0 @@
-@lane1_fakedata0_0 1:N:0:/1
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
-+
-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
-@lane1_fakedata0_1 1:N:0:/1
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-@lane1_fakedata0_2 1:N:0:/1
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-@lane1_fakedata0_3 1:N:0:/1
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-@lane1_fakedata0_4 1:N:0:/1
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-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
-@lane1_fakedata0_6 1:N:0:/1
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-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
-@lane1_fakedata0_7 1:N:0:/1
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-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
-@lane1_fakedata0_8 1:N:0:/1
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-+
-BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
-@lane1_fakedata0_9 1:N:0:/1
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
-+
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+cstacks parameters selected:
+  Loci matched based on sequence identity.
+  Number of mismatches allowed between stacks: 1
+  Gapped alignments: enabled
+Constructing catalog from 2 samples.
+
+Initializing new catalog...
+  Parsing stacks_inputs/PopA_01.tags.tsv
+  Parsing stacks_inputs/PopA_01.snps.tsv
+  Parsing stacks_inputs/PopA_01.alleles.tsv
+  3 loci were newly added to the catalog.
+
+Processing sample stacks_inputs/PopA_02 [2 of 2]
+  Parsing stacks_inputs/PopA_02.tags.tsv
+  Parsing stacks_inputs/PopA_02.snps.tsv
+  Parsing stacks_inputs/PopA_02.alleles.tsv
+Searching for sequence matches...
+  3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash.
+Searching for gapped alignments...
+Merging matches into catalog...
+  3 loci were matched to a catalog locus.
+  0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments.
+  0 loci were newly added to the catalog.
+  0 loci matched more than one catalog locus, linking them.
+    0 linked catalog loci were merged into 0 loci.
+
+Writing catalog in directory 'stacks_inputs/'.
+Final catalog contains 3 loci.
+cstacks is done.
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Binary file test-data/demultiplexed/PopA_01.1.fq.gz has changed
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->2 pos=2:1:+ NS=2
-AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
->3 pos=3:1:+ NS=2
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/gstacks/catalog.fa.gz
Binary file test-data/gstacks/catalog.fa.gz has changed
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/gstacks/gstacks.log
--- a/test-data/gstacks/gstacks.log	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/gstacks/gstacks.log	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,24 +1,34 @@
-gstacks v2.2, executed 2018-11-27 19:48:29
-/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/gstacks -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1 --var-alpha 0.05 --gt-alpha 0.05
+gstacks v2.3b, executed 2019-02-22 12:51:51
+gstacks -P bam_inputs -M /tmp/tmpZcvUSM/files/000/dataset_3.dat -O stacks_outputs -t 1 --model marukilow --var-alpha 0.01 --gt-alpha 0.05
 Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'.
 
 Configuration for this run:
   Input mode: denovo
-  Population map: '/tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat'
-  Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam'
+  Population map: '/tmp/tmpZcvUSM/files/000/dataset_3.dat'
+  Input files: 2, e.g. 'bam_inputs/PopA_01.matches.bam'
   Output to: 'stacks_outputs/'
-  Model: marukilow (var_alpha: 0.05, gt_alpha: 0.05)
+  Model: marukilow (var_alpha: 0.01, gt_alpha: 0.05)
 
 Reading BAM headers...
 Processing all loci...
 20%...
 50%...
 100%
-Input appears to be single-end (no paired-end reads were seen).
+
+Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci:
+  0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%);
+  0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%);
+  For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled;
+    Average contig size was 204.3 bp;
+  0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%)
+    Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan;
+  Out of 252 paired-end reads in these loci (mean 84.0 reads per locus),
+    252 were successfuly aligned (100.0%);
+  Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci).
 
 Genotyped 3 loci:
-  effective per-sample coverage: mean=21.0x, stdev=1.0x, min=20.0x, max=22.0x
-  mean number of sites per locus: 94.0
-  a consistent phasing was found for 2 of out 2 (100.0%) diploid loci needing phasing
+  effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x
+  mean number of sites per locus: 194.3
+  a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing
 
 gstacks is done.
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/gstacks/gstacks.log.distribs
--- a/test-data/gstacks/gstacks.log.distribs	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/gstacks/gstacks.log.distribs	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -5,30 +5,39 @@
 # For mean_cov_ns, the coverage at each locus is weighted by the number of
 # samples present at that locus (i.e. coverage at shared loci counts more).
 sample	n_loci	n_used_fw_reads	mean_cov	mean_cov_ns
-PopA_01	3	66	22.000	22.000
-PopA_02	3	60	20.000	20.000
+PopA_01	3	96	32.000	32.000
+PopA_02	3	90	30.000	30.000
 END effective_coverages_per_sample
 
 BEGIN phasing_rates_per_sample
 sample	n_gts	n_multisnp_hets	n_phased	misphasing_rate
-PopA_01	1	1	1	0.000
-PopA_02	1	1	1	0.000
+PopA_01	3	2	2	0.000
+PopA_02	3	3	3	0.000
 END phasing_rates_per_sample
 
 BEGIN clockings
 Num. threads: 1
 Parallel time: 0.0
 Average thread time spent:
-     0.0  reading (18.1%)
-     0.0  processing (74.5%)
-             0.0  counting nucleotides (6.9%)
-             0.0  genotyping (5.8%)
-             0.0  haplotyping (1.6%)
-             0.0  computing consensus (6.6%)
-             0.0  building_vcf (48.0%)
-     0.0  writing_fa (3.4%)
-     0.0  writing_vcf (2.0%)
-     0.0  clocking (0.6%)
-Total time spent writing vcf: 0.0 (1.9%)
+     0.0  reading (2.9%)
+     0.0  processing (95.7%)
+             0.0 pre-alignments block (69.1%)
+             0.0  reformatting fw-reads (0.2%)
+             0.0  assembling (21.2%)
+             0.0  initializing alignments (4.4%)
+             0.0  aligning (41.3%)
+             0.0  merging read pairs (2.0%)
+             0.0 post-alignments block (25.2%)
+             0.0  filtering reads (0.0%)
+             0.0  counting nucleotides (4.0%)
+             0.0  genotyping (1.9%)
+             0.0  haplotyping (1.2%)
+             0.0  computing consensus (0.1%)
+             0.0  building_fa (0.1%)
+             0.0  building_vcf (17.8%)
+     0.0  writing_fa (0.1%)
+     0.0  writing_vcf (1.0%)
+     0.0  clocking (0.2%)
+Total time spent writing vcf: 0.0 (1.0%)
 VCFwrite block size: mean=1.0(n=3); max=1
 END clockings
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/kmerfilter/kfreqdist.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/kmerfilter/kfreqdist.tsv	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -0,0 +1,3 @@
+# KmerFrequency	Count
+1	408
+2	136
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/.populations.log.distribs.swp
Binary file test-data/populations/.populations.log.distribs.swp has changed
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/blacklist.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/blacklist.tsv	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -0,0 +1,1 @@
+666
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.fixed.phylip
--- a/test-data/populations/populations.fixed.phylip	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,3 +1,3 @@
 1	0
 1
-# Stacks v2.2;  Phylip sequential; November 28, 2018
+# Stacks v2.3b;  Phylip sequential; February 25, 2019
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.fixed.phylip.log
--- a/test-data/populations/populations.fixed.phylip.log	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.fixed.phylip.log	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,2 +1,2 @@
-# Stacks v2.2;  Phylip sequential; November 28, 2018
+# Stacks v2.3b;  Phylip sequential; February 25, 2019
 # Seq Pos	Locus ID	Column	Population
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.haplotypes.tsv
--- a/test-data/populations/populations.haplotypes.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.haplotypes.tsv	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,4 +1,4 @@
 # Catalog Locus ID	Cnt	PopA_01	PopA_02
 1	0	AC/CA	AC/CA
-2	0	consensus	consensus
-3	0	consensus	consensus
+2	0	CG/TT	CG/TT
+3	0	GG/GG	AA/GG
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.haps.genepop
--- a/test-data/populations/populations.haps.genepop	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.haps.genepop	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,5 +1,5 @@
-Stacks v2.2; GenePop v4.1.3; November 28, 2018
-1
+Stacks v2.3b; GenePop v4.1.3; February 25, 2019
+1,2,3
 pop
-PopA_01,	0102
-PopA_02,	0102
+PopA_01,	0102	0102	0101
+PopA_02,	0102	0102	0102
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.haps.radpainter
--- a/test-data/populations/populations.haps.radpainter	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.haps.radpainter	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,2 +1,4 @@
 PopA_01	PopA_02
 AC/CA	AC/CA
+CG/TT	CG/TT
+GG	AA/GG
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.haps.vcf
--- a/test-data/populations/populations.haps.vcf	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.haps.vcf	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,6 +1,6 @@
 ##fileformat=VCFv4.2
-##fileDate=20181128
-##source="Stacks v2.2"
+##fileDate=20190225
+##source="Stacks v2.3b"
 ##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele">
 ##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency">
 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
@@ -14,3 +14,5 @@
 ##INFO=<ID=loc_strand,Number=1,Type=Character,Description="Genomic strand the corresponding Stacks locus aligns on">
 #CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	PopA_01	PopA_02
 1	1	.	AC	CA	.	PASS	snp_columns=34,89	GT	0/1	0/1
+2	1	.	CG	TT	.	PASS	snp_columns=145,157	GT	0/1	0/1
+3	1	.	GG	AA	.	PASS	snp_columns=163,182	GT	0/0	0/1
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.hapstats.tsv
--- a/test-data/populations/populations.hapstats.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.hapstats.tsv	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,3 +1,5 @@
 # 1	PopA_01,PopA_02
 # Locus ID	Chr	BP	Pop ID	N	Haplotype Cnt	Gene Diversity	Smoothed Gene Diversity	Smoothed Gene Diversity P-value	Haplotype Diversity	Smoothed Haplotype Diversity	Smoothed Haplotype Diversity P-value	HWE P-value	HWE P-value SE	Haplotypes
-1	un	-91	1	4	2	0.66667	0.00000	0.00000	1.33333	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	AC:2;CA:2
+1	un	-201	1	4	2	0.66667	0.00000	0.00000	1.33333	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	AC:2;CA:2
+2	un	3	1	4	2	0.66667	0.00000	0.00000	1.33333	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	CG:2;TT:2
+3	un	206	1	4	2	0.50000	0.00000	0.00000	1.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	AA:1;GG:3
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.loci.fa
--- a/test-data/populations/populations.loci.fa	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.loci.fa	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,7 +1,7 @@
-Stacks version 2.2; November 28, 2018
+Stacks version 2.3b; February 25, 2019
 >CLocus_1
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
 >CLocus_2
-AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
+AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
 >CLocus_3
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
+AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.log
--- a/test-data/populations/populations.log	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.log	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,10 +1,10 @@
-populations v2.2, executed 2018-11-27 19:48:37
-/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/populations -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1
+populations v2.3b, executed 2019-02-25 23:06:32
+populations -t 1 -P stacks_inputs -O stacks_outputs -M /tmp/tmp4FNQre/files/000/dataset_3.dat -p 1 -r 0.0 --min_maf 0.0 --min_mac 0 --merge_prune_lim 1.0
 Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'.
 populations parameters selected:
   Percent samples limit per population: 0
   Locus Population limit: 1
-  Log liklihood filtering: off; threshold: 0
+  Percent samples overall: 0
   Minor allele frequency cutoff: 0
   Maximum observed heterozygosity cutoff: 1
   Applying Fst correction: none.
@@ -35,9 +35,13 @@
 Batch 1 
 
 Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci.
-Kept 3 loci, composed of 282 sites; 0 of those sites were filtered, 2 variant sites remained.
-Mean genotyped sites per locus: 94.00bp (stderr 0.00).
+Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained.
+Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%);
+  Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33);
+Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%);
+  Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00);
+Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33).
 
 Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv):
-  1: 2 samples per locus; pi: 0.66667; all/variant/polymorphic sites: 282/2/2; private alleles: 0
+  1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0
 Populations is done.
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.log.distribs
--- a/test-data/populations/populations.log.distribs	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.log.distribs	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -21,8 +21,7 @@
 BEGIN snps_per_loc_prefilters
 # Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering.
 n_snps	n_loci
-0	2
-2	1
+2	3
 END snps_per_loc_prefilters
 
 BEGIN samples_per_loc_postfilters
@@ -41,6 +40,5 @@
 BEGIN snps_per_loc_postfilters
 # Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering).
 n_snps	n_loci
-0	2
-2	1
+2	3
 END snps_per_loc_postfilters
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.markers.tsv
--- a/test-data/populations/populations.markers.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.markers.tsv	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,4 +1,4 @@
 # Catalog Locus ID		Total Genotypes	Max	Genotype Freqs	F	Mean Log Likelihood	Genotype Map	
 1		2	100.00000	ab:2(100.0%);	0.00000	1.00000	AC:a;CA:b;	
-2		0	0.00000		0.00000	1.00000		
-3		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+2		2	100.00000	ab:2(100.0%);	0.00000	1.00000	CG:a;TT:b;	
+3		2	50.00000	aa:1(50.0%);ab:1(50.0%);	0.00000	1.00000	AA:b;GG:a;	
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.plink.map
--- a/test-data/populations/populations.plink.map	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.plink.map	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,3 +1,7 @@
-# Stacks v2.2;  PLINK v1.07; November 28, 2018
+# Stacks v2.3b;  PLINK v1.07; February 25, 2019
 un	1_33	0	35
 un	1_88	0	90
+un	2_144	0	350
+un	2_156	0	362
+un	3_162	0	572
+un	3_181	0	591
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.plink.ped
--- a/test-data/populations/populations.plink.ped	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.plink.ped	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,3 +1,3 @@
-# Stacks v2.2;  PLINK v1.07; November 28, 2018
-1	PopA_01	0	0	0	0	A	C	A	C
-1	PopA_02	0	0	0	0	A	C	A	C
+# Stacks v2.3b;  PLINK v1.07; February 25, 2019
+1	PopA_01	0	0	0	0	A	C	A	C	C	T	G	T	G	G	G	G
+1	PopA_02	0	0	0	0	A	C	A	C	C	T	G	T	A	G	A	G
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.samples-raw.fa
--- a/test-data/populations/populations.samples-raw.fa	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/populations/populations.samples-raw.fa	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,17 +1,25 @@
-Stacks version 2.2; November 28, 2018
+Stacks version 2.3b; February 25, 2019
 >CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01]
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGAC
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
 >CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01]
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC
+AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
 >CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02]
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 >CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02]
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 >CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01]
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+>CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01]
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 >CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02]
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+>CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_1 [PopA_02]
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 >CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_0 [PopA_01]
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+>CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_1 [PopA_01]
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 >CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_0 [PopA_02]
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+>CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_1 [PopA_02]
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-Stacks version 2.2; November 28, 2018
+Stacks version 2.3b; February 25, 2019
 >CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01]
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 >CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01]
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 >CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02]
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 >CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02]
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC
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 >CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01]
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 >CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01]
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 >CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02]
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+1_33,1_88,2_144,2_156,3_162,3_181
 pop
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-# Stacks v2.2;  Structure v2.3; November 28, 2018
-		1_33	1_88
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-PopA_01	1	2	2
-PopA_02	1	1	1
-PopA_02	1	2	2
+# Stacks v2.3b;  Structure v2.3; February 25, 2019
+		1_33	1_88	2_144	2_156	3_162	3_181
+PopA_01	1	1	1	2	3	3	3
+PopA_01	1	2	2	4	4	3	3
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+PopA_02	1	2	2	4	4	3	3
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@@ -2,3 +2,7 @@
 # Locus ID	Chr	BP	Col	Pop ID	P Nuc	Q Nuc	N	P	Obs Het	Obs Hom	Exp Het	Exp Hom	Pi	Smoothed Pi	Smoothed Pi P-value	Fis	Smoothed Fis	Smoothed Fis P-value	HWE P-value	Private
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+3	un	591	181	1	G	A	2	0.75000000	0.50000	0.50000	0.37500	0.62500	0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0
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 # Variant positions
 # Pop ID	Private	Num_Indv	Var	StdErr	P	Var	StdErr	Obs_Het	Var	StdErr	Obs_Hom	Var	StdErr	Exp_Het	Var	StdErr	Exp_Hom	Var	StdErr	Pi	Var	StdErr	Fis	Var	StdErr
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 # All positions (variant and fixed)
 # Pop ID	Private	Sites	Variant_Sites	Polymorphic_Sites	%Polymorphic_Loci	Num_Indv	Var	StdErr	P	Var	StdErr	Obs_Het	Var	StdErr	Obs_Hom	Var	StdErr	Exp_Het	Var	StdErr	Exp_Hom	Var	StdErr	Pi	Var	StdErr	Fis	Var	StdErr
-1	0	282	2	2	0.70922	2.00000	0.00000	0.00000	0.99645	0.00177	0.00250	0.00709	0.00707	0.00501	0.99291	0.00707	0.00501	0.00355	0.00177	0.00250	0.99645	0.00177	0.00250	0.00473	0.00314	0.00334	-0.00355	0.00177	0.00000
+1	0	583	6	6	1.02916	2.00000	0.00000	0.00000	0.99571	0.00191	0.00181	0.00858	0.00766	0.00362	0.99142	0.00766	0.00362	0.00472	0.00218	0.00193	0.99528	0.00218	0.00193	0.00629	0.00387	0.00258	-0.00343	0.00171	0.00000
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.treemix
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/populations/populations.treemix	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -0,0 +1,7 @@
+1
+2,2
+2,2
+2,2
+2,2
+3,1
+3,1
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/populations/populations.var.phylip
--- a/test-data/populations/populations.var.phylip	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
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@@ -1,3 +1,3 @@
-1	2
-1	MM
-# Stacks v2.2;  Phylip sequential; November 28, 2018
+1	6
+1	MMYKRR
+# Stacks v2.3b;  Phylip sequential; February 25, 2019
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--- a/test-data/populations/populations.var.phylip.log	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
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@@ -1,4 +1,8 @@
-# Stacks v2.2;  Phylip sequential; November 28, 2018
+# Stacks v2.3b;  Phylip sequential; February 25, 2019
 # Seq Pos	Locus ID	Column	Population
 0	1	33	1:M,
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Binary file test-data/refmap/PopA_03.bam has changed
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/refmap/PopA_04.bam
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+13	1	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	2	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	3	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	4	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	5	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	6	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	7	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	8	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	9	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	10	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	11	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	12	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	13	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	14	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	15	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	16	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	17	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	18	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	19	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	20	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	21	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	22	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	23	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	24	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	25	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	26	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	27	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	28	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	29	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	30	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	31	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	32	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	33	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	34	.	A	C	40	.	DP=28;AD=15,13;AF=0.464	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	0|1:34:.:40:18:9,9:-19.72,0.00,-19.78	0|1:34:.:40:10:6,4:-8.39,-0.00,-13.94
+13	35	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	36	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	37	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	38	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	39	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	40	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	41	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	42	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	43	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	44	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	45	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	46	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	47	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	48	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	49	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	50	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	51	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	52	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	53	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	54	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	55	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	56	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	57	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	58	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	59	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	60	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	61	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	62	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	63	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	64	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	65	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	66	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	67	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	68	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	69	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	70	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	71	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	72	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	73	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	74	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	75	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	76	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	77	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	78	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	79	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	80	.	T	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	81	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	82	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	83	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	84	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	85	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	86	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	87	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	88	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	89	.	C	A	40	.	DP=28;AD=15,13;AF=0.464	GT:PS:FT:GQ:DP:AD:GL	0|1:34:.:40:18:9,9:-19.72,0.00,-19.78	0|1:34:.:40:10:6,4:-8.39,-0.00,-13.94
+13	90	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	91	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	92	.	G	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	93	.	A	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
+13	94	.	C	.	.	.	DP=28;AD=28	DP	18	10
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/refmap/catalog.fa.gz
Binary file test-data/refmap/catalog.fa.gz has changed
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/refmap/populations.haplotypes.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.haplotypes.tsv	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -0,0 +1,14 @@
+# Catalog Locus ID	Cnt	PopA_01	PopA_02
+1	0	consensus	consensus
+2	0	consensus	consensus
+3	0	consensus	consensus
+4	0	consensus	consensus
+5	0	consensus	consensus
+6	0	consensus	consensus
+7	0	consensus	consensus
+8	0	consensus	consensus
+9	0	consensus	consensus
+10	0	AC/CA	AC/CA
+11	0	consensus	consensus
+12	0	AC/CA	AC/CA
+13	0	AC/CA	AC/CA
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/refmap/populations.hapstats.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.hapstats.tsv	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -0,0 +1,5 @@
+# 1	PopA_01,PopA_02
+# Locus ID	Chr	BP	Pop ID	N	Haplotype Cnt	Gene Diversity	Smoothed Gene Diversity	Smoothed Gene Diversity P-value	Haplotype Diversity	Smoothed Haplotype Diversity	Smoothed Haplotype Diversity P-value	HWE P-value	HWE P-value SE	Haplotypes
+10	Contig_3091	-92	1	4	2	0.66667	0.00000	0.00000	1.33333	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	AC:2;CA:2
+12	Contig_3358	-92	1	4	2	0.66667	0.00000	0.00000	1.33333	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	AC:2;CA:2
+13	Contig_3569	-92	1	4	2	0.66667	0.00000	0.00000	1.33333	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	AC:2;CA:2
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/refmap/populations.log.distribs
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.log.distribs	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -0,0 +1,59 @@
+# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility.
+#       e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name`
+
+BEGIN batch_progress
+Contig_95: analyzed 1 loci; filtered 0 loci; 1 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 0 were covered by multiple loci (0.0%).
+Contig_1381: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_2103: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_2644: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_3015: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_3253: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+Contig_3569: analyzed 2 loci; filtered 0 loci; 2 loci seen.
+    94 genomic sites, of which 94 were covered by multiple loci (100.0%).
+END batch_progress
+
+BEGIN samples_per_loc_prefilters
+# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering.
+n_samples	n_loci
+0	13
+END samples_per_loc_prefilters
+
+BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters
+
+# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering.
+# Absent samples at locus	Count
+2	13
+END missing_samples_per_loc_prefilters
+
+BEGIN snps_per_loc_prefilters
+# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering.
+n_snps	n_loci
+0	10
+2	3
+END snps_per_loc_prefilters
+
+BEGIN samples_per_loc_postfilters
+# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering.
+n_samples	n_loci
+0	13
+END samples_per_loc_postfilters
+
+BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters
+
+# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering.
+# Absent samples at locus	Count
+2	13
+END missing_samples_per_loc_postfilters
+
+BEGIN snps_per_loc_postfilters
+# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering).
+n_snps	n_loci
+0	10
+2	3
+END snps_per_loc_postfilters
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/refmap/populations.markers.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.markers.tsv	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -0,0 +1,14 @@
+# Catalog Locus ID		Total Genotypes	Max	Genotype Freqs	F	Mean Log Likelihood	Genotype Map	
+1		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+2		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+3		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+4		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+5		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+6		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+7		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+8		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+9		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+10		2	100.00000	ab:2(100.0%);	0.00000	1.00000	AC:a;CA:b;	
+11		0	0.00000		0.00000	1.00000		
+12		2	100.00000	ab:2(100.0%);	0.00000	1.00000	AC:a;CA:b;	
+13		2	100.00000	ab:2(100.0%);	0.00000	1.00000	AC:a;CA:b;	
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/refmap/populations.sumstats.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.sumstats.tsv	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -0,0 +1,8 @@
+# 1	PopA_01,PopA_02
+# Locus ID	Chr	BP	Col	Pop ID	P Nuc	Q Nuc	N	P	Obs Het	Obs Hom	Exp Het	Exp Hom	Pi	Smoothed Pi	Smoothed Pi P-value	Fis	Smoothed Fis	Smoothed Fis P-value	HWE P-value	Private
+10	Contig_3091	34	33	1	A	C	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
+10	Contig_3091	89	88	1	A	C	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
+12	Contig_3358	34	33	1	A	C	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
+12	Contig_3358	89	88	1	A	C	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
+13	Contig_3569	34	33	1	A	C	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
+13	Contig_3569	89	88	1	A	C	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/refmap/populations.sumstats_summary.tsv
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/refmap/populations.sumstats_summary.tsv	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -0,0 +1,6 @@
+# Variant positions
+# Pop ID	Private	Num_Indv	Var	StdErr	P	Var	StdErr	Obs_Het	Var	StdErr	Obs_Hom	Var	StdErr	Exp_Het	Var	StdErr	Exp_Hom	Var	StdErr	Pi	Var	StdErr	Fis	Var	StdErr
+1	0	2.00000	0.00000	0.00000	0.50000	0.00000	0.00000	1.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.50000	0.00000	0.00000	0.50000	0.00000	0.00000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000
+# All positions (variant and fixed)
+# Pop ID	Private	Sites	Variant_Sites	Polymorphic_Sites	%Polymorphic_Loci	Num_Indv	Var	StdErr	P	Var	StdErr	Obs_Het	Var	StdErr	Obs_Hom	Var	StdErr	Exp_Het	Var	StdErr	Exp_Hom	Var	StdErr	Pi	Var	StdErr	Fis	Var	StdErr
+1	0	1222	6	6	0.49100	2.00000	0.00000	0.00000	0.99755	0.00122	0.00100	0.00491	0.00489	0.00200	0.99509	0.00489	0.00200	0.00245	0.00122	0.00100	0.99755	0.00122	0.00100	0.00327	0.00217	0.00133	-0.00245	0.00122	0.00000
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/refmap/reference.fasta
--- a/test-data/refmap/reference.fasta	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,7680 +0,0 @@
->Contig_1
-AATTCACAAGAAGCTAACATGAAGTTTGGATGATCAGTTTCGTCGTACGTAGCCTCGCCTGCTTGCGTAATACCAAAAGAGGTCTATGAGCTGCNNNNNNNNNNCGGGAATTAAAACCGAGGCCCGGAATCCCACTTGGTCTAACTGAGAGGGGAGAGCTGGACGCGCCATTTCTTTCAAACAAAAGAAAAGCGTTTCTGGTGG
->Contig_2
-AATTCTCCAAATCAGGTAGGTACACCTTCCTGAAGAAGCATAAGCCCCCAAGCCGTCCTTTATGACTGATTAGTTGTAACGTGACACGGGCGGGNNNNNNNNNNCGGATATTCAAAGCAATTTCAGAAGCCGCAACCCGGTAACCGAGCGTTCCTTGGACAGAACGGGCAGCGCAGTCCAGCCTTCTTAGCGAACAATTTACGC
->Contig_3
-AATTCTTAGATGATGAGACTCAAACAGTTCGGTCGAAAGCTTAAGTTACTGTATTCACATCTTTCCAGGCTCACGTGATTTCCTGTACGCGTTGNNNNNNNNNNCGGGCAGCTTTCCAAGGGGACAACCAGTCATCGTGCTGCCTCAGGGTGTCATGAGGATCATAATAGTCTCGGTTCCCGTCGCTATCCTATTCCCGATTTG
->Contig_4
-AATTCAGCCAGAGAATGAGTACGTATAAAATAAACACTGGAGGTTTGCTACGCTCTGTAGGAAAAAACCTATTGTATGCGATGTCACGTGTTTANNNNNNNNNNCGGATTGAAGTAGGACACGATGAGCTCAGGTTCGGGTTTAAATCGTGGCTGATCGTTAAGCTTAATCGGGGGTATTGGTGGTGTCACCTGATTTACAGTT
->Contig_5
-AATTCTCGATTCTTCTCTATATCTGATACAACCCCAGAGATTTCCACACTAAGCCTGGCCTCGTAGTACGAACACCGACCTTGGGGCCATTTCTNNNNNNNNNNCGGCTGGACGCAATAGCTAGCCACCCTCGCTATCGAGTTTTAGGTAGCTAGACAGCATCTGGGCACTTACACTGGAAGACGGAACACAGATACCTATTCT
->Contig_6
-AATTCTCTCATAGCATAAACTGGTACTGGGATGGGAGGAACGTGGCGTGGACAACGGCTAATCTTGAGAGAGGTGAGGTACGGAAGGCACCAGGNNNNNNNNNNCGGCGGTGGGAGACATGCCCGTACAAATGGAGGAGATCGCTATCTGTCAGCTGGTCCTTTCTGACCAAATCGCCGGGCAGTAACATGACGATAATGTGAG
->Contig_7
-AATTCTGAGCCAATAAACAACAGGCGCGTGCGGCTTGGTCCCGTCAGAACTACCTATCAGCGTATAATAGTAGGATTCAGGTATTACCCACGGGNNNNNNNNNNCGGACGTATCTTGCACTCCAAACTCGGATGCGACATCGCCCTGAAGCGGTTGCCCAGAGGTGGAGCAGAGCCCGCCATACGATGGAAATTTCTTGTCCAC
->Contig_8
-AATTCCCATGCAGGATAACGTCTCAATGACGATTCTAAAAAAACTCACAACCAAGTGCTGGAAGATGTTGGACAAAAAGAAGACTATGAACTATNNNNNNNNNNCGGTTATGGAAGCACACCGTCATCTAGACCGCTTCGAATTCTAAGAGCTTAGGGCTAACGTGGGGCACTTAGTATTCCGCATCTGAGATTGGTGCAAAGG
->Contig_9
-AATTCGGGGCAAGCAGGAGAACTGATTATATGGGGTGAGGTGGGATCCGTACGTGCGACGAATGGTTTTAGCTAGTTATAAGTATTGAATTTTCNNNNNNNNNNCGGTTTCGGGGAGATGAATACCTTGGCTACTCAGTGAGAATAACAGACGTTGGCACTGCGCGGCTCGCATCCGCGGGTCCTTCGTGTAGAACTGCCCAGA
->Contig_10
-AATTCATTATATCTACGGATACAATCCACGGTCAATTTCAAATTAACATTACAACGCTAAGCTCAACCCCAATCGTTGGATAACTCAGACCCGTNNNNNNNNNNCGGGCATGCGGGATTAGAGTCAACTTAGGTTGAAGTTAAATTGTAGTCCCTCCCACAAGCTCATAATTCGCTGCCTTGTGTTATTCTATCAGCAACTCGT
->Contig_11
-AATTCCGGCGACCGAGTAGTAGTGCCTCACGTTGTTACGGGTACAAAGAGTACATTAAGCGGGGATACCAGTTATTCCTTAGGTTGCTGGTTTANNNNNNNNNNCGGGCCCGTGTACATTCTAAAAAATAAATGTTCCCCATGATTGTCTAACTGGATGGGAACTTTCCATATTGTTATTTATCTTGCCGTGCTCTAATCATGC
->Contig_12
-AATTCAGGGTCTTGCTGAGGTGTGTGATGTTTGTCTCTGCATTGATGCGCCAATAAGCACCTTGGGCAAAATTAGCTACAGCGGACATCGGCGANNNNNNNNNNCGGTTAGGCTTCTAGTCATACTGCCGTAGAGCCCTCTTTATGCAGTGCGGATGCTGAGGAGCGAAAGAGAGTCCCAGTCTTTTTCCGGATGAAACCAAGC
->Contig_13
-AATTCCTCGTAGAATCTGGGCGTGCGTAGAGGCCGCGATGTTCGATTTCGACTGTCTACAGTTATCACGGCATGCACTGATGTGGAGGTCGCGGNNNNNNNNNNCGGGTTACCGCCAAGGACCTGGTGATCTTTAAGCAGGAGGCGCTTTTTTCATCGCTTATAAATCTATACATGAGGCGCGATTCGACTACAAGACGTTGAA
->Contig_14
-AATTCGTGGGGTTAGCTCCTGCTGGAGAGGGAATTGAGCGCTACCAGAGTCCACGGCAGTTTTAATTCGATAACGGGACCGATGACTGGGCCCTNNNNNNNNNNCGGAGCATAATCTTCAGTGCACAGGATATGTCGAATAGCGGCCATGCAGCGAGGACGTATCTCGTTTATGGCCGGACGTGTTCAGGTGATGTGTCGTAAG
->Contig_15
-AATTCAACAACGCGGCCGCTGTTGTTAACTGCCGGCAAGTCCTGAGCGTACTAGTTGCACCCAGACTTGGAAACAAGTAATACTGACACACAATNNNNNNNNNNCGGGCTTAGGCGCAGAGCTCATGGCACGTGTCAAGAGGCGTACATAAAAGGGGCACCCCAGGGGATCTCCAGTAGCTTTACTAGACCCGCCGCTTCTCCC
->Contig_16
-AATTCGCGTCGTCCCAGGTCGTAGCAAAGCTCTCATAGTACACTCCTGGGCACTGGGATAGAAGCACCTGGGATGCGACCGTATGTATACCGTGNNNNNNNNNNCGGCGTATGAGAGCACAGACACAAGCACCAGCTGAAGGGATAGCGTAGAGAATTTTTGACCGTGAAGAAGTCTGTGCATCTTTACAGGCAGACCCAGTAG
->Contig_17
-AATTCCCGTAAGGAACGCCCTTGAATGAAGGATAGTCTCAGAGGTGACACCTACGCCGCTTACGGAAGATCGGATATGGGTCGCACTGGAGCCTNNNNNNNNNNCGGAATCTTATACGGCACTTGCATGGGAGAGTGCCGACGGTCGGCGATATTCCGCTTACATTGCCGTGTGTCGGCAGGAACGCAACCCATAAGATGACAA
->Contig_18
-AATTCTAATATTTCGGGATCTGCGCAAGCCCAGGGTAGATCATGGGTAAGCGAAACCCCTGGCTCTGCAGCGTGTATCGTTCTAGTGCGTACTGNNNNNNNNNNCGGAAGAATGTGCCCGCGACTGCTTTTCCAGGCCTGACTGGAGCTATAACTCGGGCGACCGGTAGGTCCAGGGGACCCGCCCATAACGGCGGGGTTCAGT
->Contig_19
-AATTCCTCGGACGATCGGCGCTGATTCGTCGGCGAGGGTGTGACCAAGAAATTTCAACATTCAGTGCTTAGATATCAAAAACTTGGTCCGGCGCNNNNNNNNNNCGGGCGATCAGAATATCGACGTGAGATTCAAGAATTTTAGGAGGGTTGATGTCAGTATTACAAGTTAGGCATGTGAGGTGAAGGCAGCCGGGTTACATAT
->Contig_20
-AATTCAGACTAGGTGGTGCGGTCACCGGCCTCCATATCGGCAACCCAGCTGGAGCAGTTTACATGTTGTTCTCAAGAGCAACGCACCGTTCTGANNNNNNNNNNCGGGGATAATCGTGTGGTTTGAAGTCAGGTACTGGAATGCTTCACCCATCCTGTACCAGCAAACATTAACGAACTACGCCCTAGCTTGCGTGATCCTCAC
->Contig_21
-AATTCATTCGGATTAGGGCTGAGGCTGAAACAAGCTCGGACGTTTATCGTACCGCGCAGTGCACTCGCGGGCTTGGGAGTGGAATCTCAACTATNNNNNNNNNNCGGCACGAGTACTAACCCTTGTAACTCTGGGCTTCAAAAATATTGACCCGAGTCTTGCCCGCCCACTTGCCCGTACTACGCCGGCGAATGATGACTAGTG
->Contig_22
-AATTCGGTGAGCGGATGATAAAATCGATGTAGGGACTTATTACATCGCCCCGAGGTCCGGGCCCATCGGTTCGCGGTACAACCAGTCATACCTANNNNNNNNNNCGGTAACCATCCTCCATCCCCGCTGCCATGATACATTTTTGTATCGTATTGTGATCAGCCCCACTCGTGGTATTCGTTTTAGATCCTCCTATTCGCTTTT
->Contig_23
-AATTCCTTTTAGGGGGCGCAAGGTTCAGGCATGAGCTAACTTTCCCATCCGACTAACAGCGGCTCCATTAGACAGGTCGGAAGCCTGAAGGCTANNNNNNNNNNCGGGAATCAGGACTAAAATAACTTTAATTGTTTCTAAACGTGGCGTGTAGTATGCCGACAGCCGATTTCGTAGATTAGAATTATGCAGGTATGTGGGGCG
->Contig_24
-AATTCCTATAGGCGCTGCACGTCCCTTAACGTAGTGCTATTGGGGTCGTATATGGGTCGATGTGAAAGATGTTGAAACCTCAACGGTCGAATTCNNNNNNNNNNCGGAGCTTGTCATATGCTCGGTTCCCTGTTTTAAGTTTGGTCGTACCTACCTAGGAGACCGCGGTTGTGCTGTTCTTGCACCGGTGGTGAACGGCCAGGG
->Contig_25
-AATTCCAGTAACCAGGACCCAGACTGCTAAGCCGACCGTACCCAGACCGCTGGGGCACAGTACGGATCACCCACTGGAACGTATCGCGTCCTCANNNNNNNNNNCGGCCGCTATGATCGACGTTCGGAACGTTTTACCAATTTGGCGGAAATCAATACTTTCGGGCGTGAAGTTCAGATATGGTAGCTGTACTTCCGGCGGCAC
->Contig_26
-AATTCGGCGCTATCAGCACCATAATCGCGCTCGCGAGCATAACAGTGTTCGTCGGCTAGGTCCATATATGGTTAAACCCCAACGAAGATCTGAGNNNNNNNNNNCGGTTGCATAGTTTAAACTATTAAAACACCTAGAGCCCTTTGAGTCAGGTTAGCTAATAGCCGATTGTATCCTGGGCAGGAACCTCCGTGACCGCTGGAA
->Contig_27
-AATTCGCACCTACAAGAGTGGCGATAAGTGTAGCGACATCATGGCCAGGGTCCGTGTCTCGGAGTCTCTACTACCCTTTATTTTCTACTGACGCNNNNNNNNNNCGGACTGAGCTGTTGGAAGAGAATCTTGTTCTTTGTGAATTCCATTTACCCACGAGTACCCCGTGCTTTGCTTGTAGCATTTCTGGGTCGAGCCGAACGT
->Contig_28
-AATTCACAGTTTAGACGACACGTGCAATTTATTACGGTTTTCAGCAACGCTTAGAGTGCAATCTATCATGAGATGTATCGCACGAGATATTAGANNNNNNNNNNCGGTTTCCAGTGTATGGGCGACTAACCAGGCGTCTAACTAATTCTCGACGTTTGCCCGTGCTTGGCGGTGGCACTCGATATGAAAATGTTCTGTGGGTCA
->Contig_29
-AATTCTCTACTAGACATAACTGTGCTAATGTGGGGAACTCCACGCCTCGCAGTCGCATAATTTTGAAGGTGGCGGGCGCTGACCCACATTAACANNNNNNNNNNCGGCACATAGGTACGCTTCTAAACCTAAACATAACCAAAATTCCCAAAGGCCTCACTCTGCCTTTATAGTAGACATCAGTAGAACGTAAGGGTGTGAATC
->Contig_30
-AATTCAAAAACAAGGTCCGTTCTACTGATCGCTCAAGCCCTGGCCCTGACAGGGGTGCCTTTTTATGGAGTCCCTCTTAGGACGTACGTGGAAANNNNNNNNNNCGGGGTAGGTCAATCTCAAGTCTCTCAGCGTAGAAACAAAACGGTGCGAATTGCGTAAGAACACTACTCGAACCTTCCGGAGGCGTAAATTTGCCCGTAG
->Contig_31
-AATTCAGACCGGCTTCGACACACCGAGAATCCGCAACGTTCTTTTAATAGTGGGGATCACCCGCGCTCTGTATTTTTCATTAGGCCCAGGACCGNNNNNNNNNNCGGCGAAGCAATGCGTGGGCGGACTTATTTTAGTACTTTAAGACGGCGCCCTCACTCCAACCGAGAACCGTGCGGGAGGATTTGACGGTACGGACTCTAA
->Contig_32
-AATTCTGAAACAAGCGATAAAGGGCGCTAAACATACCGAGAGTGCCGGGGTCGGAAGATTATCAACGTTACGGGGAGGGAGATGGCACAGGACTNNNNNNNNNNCGGGGTCCCACCTCTCCACGTGTGAGAGGGGCGGGGTTCGGACGGACTGGTCCTTGCCGCTTTGCCTTAACATAGACTACTGAACCAGATCGGATGGGGC
->Contig_33
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->Contig_34
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->Contig_35
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->Contig_36
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->Contig_37
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->Contig_38
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->Contig_39
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->Contig_40
-AATTCCGAGAGGCGCGCCTGTGAACGCAGTCGCTGGACCTAGATTCAAGCAGTGTGAAGTGAAGTGTTCATTTGATGAAGTAGTTCCTTCCGTTNNNNNNNNNNCGGCGATAAGCCTCTAGATCCAATTCCTGTAAGCAAAGCACTCAGGACCCCAAGCATACAAACTTGAATGAGTCAAGGGCAGTGTCGTTCTTATAGATGT
->Contig_41
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->Contig_42
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->Contig_43
-AATTCGAAAGGGTAATTAGGGCAAGCATGATCTCCGCTCTACTGATTCGCACGTCCCTCCGGCATGTCCTCTTCCGAACTGAATTTCTATATGCNNNNNNNNNNCGGGAGCCAAGTGATACATAATCACGCTACTACGTCAGCTCAGTTACCACGGCAAAACTTTTAAAAAATGAGCTGAAAGATATTACAATAAGTCGTCGTA
->Contig_44
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->Contig_45
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->Contig_46
-AATTCGACCGGGTTGCCTTCGTAAAGGTCGACAGAAGCGTCTACTCCACCGGGGCGAATCATGCATGAATCCTGTGAGATGCGGCCTGTGCGCCNNNNNNNNNNCGGCCCCACAGAGATTCGCAAGCGCAGATAAGTCCGTGTCTGGATATGGGGGGCCGATCCTGAAAGTGGTTTAAAATCAGACTGCGGGCCCGCCCTCACT
->Contig_47
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->Contig_48
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->Contig_49
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->Contig_50
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->Contig_51
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->Contig_52
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->Contig_53
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->Contig_54
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->Contig_55
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->Contig_56
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->Contig_57
-AATTCCCGACGGGTCTGAATACAAAGTCGGTCGTGTTTCTATTATGGTTCCTCCCACCAGACCTCCGATTACTATTACTCTAACCTGATGTCCTNNNNNNNNNNCGGCCCTACCAGCCGAAGGCAATCGATCAGTGCATGTGGATCAAACATCGGGTTAGCTCCGGCCGACATCGACAAGTACGCGTCGACAACAACGCATAAT
->Contig_58
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->Contig_59
-AATTCTCCCCTGGCAGGAAATTAACTAATCCGACTTGTCACTCGTTGGCAACGCGATACCCTCGGATGACCAAAAGTCACCTCCAGACAGGCACNNNNNNNNNNCGGGCTAGGTAGAAATTAATAGCTACCGGGCGCCTGATTCGAACCGAGGAGTCCAAGACCTCTAAAGCCTAAAATCTTGAGTGTGCTCACTGATTATCTG
->Contig_60
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->Contig_61
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->Contig_62
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->Contig_63
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->Contig_64
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->Contig_65
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->Contig_66
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->Contig_67
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->Contig_68
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->Contig_69
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->Contig_70
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->Contig_71
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->Contig_72
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->Contig_73
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->Contig_74
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->Contig_75
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->Contig_76
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->Contig_77
-AATTCCCTTTGCAGTTAGCGTGCTCTCAACTAGTCACATCTAGCATCGTACGTGTCCGACACTCGGATCTGGTTGTTGGATCACAAAATCTGCCNNNNNNNNNNCGGCTACTCGTGTTTTAGCCTCCTCACTTTCAATCACTAATCACCCTGTGCTGCAGATGTGTATCGGTAGCAGCGTTGGGTACGCCGGTACGGCTCTACA
->Contig_78
-AATTCCGAACTTTTCACGCCCTCGTATCAGATGTGTAGAACAAGGACTCGGTTCAAATAACATTCATGCTGGCCGAGGCGAACACTGTCCTGGGNNNNNNNNNNCGGGGCCAACTCTCGCCTAAAGACAATGCGAGATGCATCAATTTACATCGGTACCGTACCGAATACTCGAATTCAGGGCTGTCGAAAATATCCCGTCGCA
->Contig_79
-AATTCTCTTAGTTAACCCATTAAATCTCGATTATCACCCGAGGGCATACCGGGTGGTATCACCACGTGTCAGAGCACCCTATCACGCTTCTCACNNNNNNNNNNCGGTTGCCGGTTCGCATCCCCATCCCCCGGATCTTCGCTCTCGCCTCGATAAGCGCGAGAACTTTTAACAATTCAACCAAGGAATGCTCGAATAGGTCCG
->Contig_80
-AATTCGGCACGCCCACATAGAGCCACCTTAGATGATGGCTATCGGCCGGTTCGGCGGTCAGTGCACGTGGACATACATCCCCACTTGCGGGTAGNNNNNNNNNNCGGGGAGTATAAGGTTGCCGGAAAATGAAAGGGGGACTGAAACGTTGACAAGACCTTCTCGGGTCTACAGGACCTCTTCGAATCTGCGAATTTGCGCCTC
->Contig_81
-AATTCGCCAGTGCTTAGGCGAGCTTTTCAGTCTTATGACCATTCGAGCTTGCCACGCGAAGTACTGTAGGTCGAATGCTTTACCGACATAATTGNNNNNNNNNNCGGTATTTATGTGGTGATATAGGCGACGACAGCACTGACGAAATAATGCTTTCCCGCTATTGGGTGACTCTATCGGCCTCTTATGTTTGTGCGTTACAAC
->Contig_82
-AATTCTTAAGGTAGCAGATGTTGTAATGTTTAAGGTTTTAGAATGCTACGCCCCATTTTACCGACGATGGATGAGCGGAGAGTTACACAAAAGCNNNNNNNNNNCGGTACTCTACACGTCTCAGTATTAAACCGGGCGGTGTCACGGTCTTACTTCATCGCAGTATGTCCTGGGCAGTTAGATCCGCAGACAACCAGCCACTTT
->Contig_83
-AATTCTCAGTTCGAATCAATCAATTCTCAGGGTGCTTGGAGCCGGGGAAAGCAACCAACCCGTGTAAAGTTAACAAGACATGGGTTTACAGATTNNNNNNNNNNCGGACTAAACTCCCAAGTTATCGCAGTGCAGGGAGGCCATTTTCAACTCACACGAAGCTGAATCCTCCTGAGATTCTAGTTTTGTAACGAGTCGGAGTCG
->Contig_84
-AATTCTCGATCAACAAAATAACAGTCTCGCCGATGCGCAGTTTGCTTCAGGACCCTCGGACTGGAAATGTTTCCGGGCGGCACCAATTAAACATNNNNNNNNNNCGGCTAGAAATTACTTGGTGTTCCGCTCGAAATCGTGGCCCTGTTACACATAAGCCCCCGTCCTAGTACTGGACACGTTCTCTATAGAGTAAATGTTACA
->Contig_85
-AATTCCAGGCTTTTCTCGACCATTGGGGTGATTTCTCGATCTGTGAGTACACGGTAGGTTAAAAAAGCATCCCCTAGCATGCAGTTACTCCGTCNNNNNNNNNNCGGAAAAGGCCGGTCATGTCTACGGTGGGGTGGACATGCTTAGTTAATAGCGTAGGAATACTCCAGTCTGTGGGCTGATGGGGCACCGTGCAGATCTATA
->Contig_86
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->Contig_87
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->Contig_88
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->Contig_89
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->Contig_90
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->Contig_91
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->Contig_92
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->Contig_95
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->Contig_109
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->Contig_130
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->Contig_164
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->Contig_170
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->Contig_171
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->Contig_172
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->Contig_173
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->Contig_174
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->Contig_175
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->Contig_176
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->Contig_177
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->Contig_178
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->Contig_179
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->Contig_185
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->Contig_186
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->Contig_187
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->Contig_188
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->Contig_189
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->Contig_190
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->Contig_192
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->Contig_196
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->Contig_208
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->Contig_245
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->Contig_246
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->Contig_247
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->Contig_248
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->Contig_249
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->Contig_250
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->Contig_251
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->Contig_252
-AATTCGGACTGTCTTAAGTCATCGAGAGATTATATGAGCGGGACTTTTCAGCTTTAGAGTAGGGTACCGTTAGAACCAGATCGACAACTTAATGNNNNNNNNNNCGGTCCTTACAAACCAGTTAGGGGTTATGATGGCCAAGAGCATAAGATATGTTTGTCGCTCGTAGCGGAACAACACGCTAATAGCCGGCATAAGAGGCAA
->Contig_253
-AATTCGGTCGGTCACGTGTGAGTACGGGTATATCTGTGCTTGGCCGCCCTATTCTTTATCCATACTACCTGAAGAAGCAACTGCTTGTAACATTNNNNNNNNNNCGGAGCATTGAATCACTCGACCGTACGTTTTGAGCAATTCGACTCTATCTCGGTTTTCTTAGCGCAGTACGTGCCTTTCCTTACGCTTGATAGCGTCAGG
->Contig_254
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->Contig_255
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->Contig_256
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->Contig_257
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->Contig_258
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->Contig_259
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->Contig_260
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->Contig_261
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->Contig_262
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->Contig_263
-AATTCTGGGAAGGTCGCCATTTCACAGCTGACTTACTGCGAGCGTCTGAACTGGCCCCATAACTGGCAGTAAGCTGCCTTCTAGCACGTGAAGTNNNNNNNNNNCGGTACTGACAGCGTAATGCCCATCCGCCCTTTACAACGTACTACTTATAATCACGGCTAGTTTGGCGCCGTCTCTCGCCTCGGTAGAGCTGCCAAGATC
->Contig_264
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->Contig_265
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->Contig_266
-AATTCGTAACTCAGGCTAGCCACCCTGACTGCGTCTTGACAGGCTCAAGTATTAACACAATCAAAGTTGAACAATTCGTTTCTCTTACGGAGTANNNNNNNNNNCGGGAGCACGTACAACAGGCTAGAGTAACAGCAATTTGGAATAAAGAGAATGGTTACGAAGACCCGACCTCCTTCCTATTCGTTGGTGTCCCATGTGATT
->Contig_267
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->Contig_268
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->Contig_269
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->Contig_270
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->Contig_271
-AATTCCCGTCGCCAAGAGGTCTCTTTTAGTCGTTGTGTGTTGATCGCGAAACGCAGGCCCCGTACTCTATTCTAGTGATAGCAAACCGGAGTTGNNNNNNNNNNCGGAAGAATGAGTGGAGTATAGTTATCTTCGCGTTCGTAGGGCTCCCTCTGGGGGTCTCTTGTGACTGATCTCGAGAGCAGTAGCGATTTTACCTCATTA
->Contig_272
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->Contig_273
-AATTCATGTGGTTGGACATAACGCAAGTGGTATTATCCCAGCAGGCATATGGGAAGCACAAGCAGCTACTCAGACCGAGCTGTTTAGTTAAGACNNNNNNNNNNCGGTACAAGACCGAGCGTGGTTAGTCACAGCACCCCACACAGGTGGTGGGTTTGTGTTCTCATTGGGTCTGGCTGGTCAAATCCGAAACGCGGCGGGAGT
->Contig_274
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->Contig_275
-AATTCTAGTATTTCTCCCAAACGCCCGTACGGCCTCTAAGTTTAAGGCTATATCAACACAAATTATACTTCTGCCCCGGTTATTGCGCCTAAATNNNNNNNNNNCGGAATGGCCCAGCAGGCCCTTCGACGTACAGGACGTGGACGCCTAAGCAACGTGTACATAAGAATTTCATGTTAAGAGCACCTGACCAACTTATTTGAC
->Contig_276
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->Contig_277
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->Contig_278
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->Contig_279
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->Contig_280
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->Contig_281
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->Contig_282
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->Contig_283
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->Contig_284
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->Contig_285
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->Contig_286
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->Contig_287
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->Contig_288
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->Contig_289
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->Contig_290
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->Contig_291
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->Contig_292
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->Contig_293
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->Contig_299
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->Contig_300
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->Contig_301
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->Contig_302
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->Contig_303
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->Contig_304
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->Contig_305
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->Contig_306
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->Contig_307
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->Contig_308
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->Contig_309
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->Contig_310
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->Contig_311
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->Contig_313
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->Contig_314
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->Contig_315
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->Contig_316
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->Contig_317
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->Contig_318
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->Contig_319
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->Contig_320
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->Contig_321
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->Contig_323
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->Contig_324
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->Contig_325
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->Contig_326
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->Contig_327
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->Contig_328
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->Contig_329
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->Contig_330
-AATTCACGCCTAGGAAGTATAAGTCACTACGAAGACTCGGTGCTACATCTGTATAAGCATACCAGGTCAAATGTGCCTCCTCCTGGCGGGCTTCNNNNNNNNNNCGGTAACGCAGGTATTTGAAGCAATTTAATGGTAGCTAACCTCACCTCTTCGACCCCCGAGACACCTCCAGTTCGTCGGCCATGGCTGTGACCTACTAAG
->Contig_331
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->Contig_332
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->Contig_333
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->Contig_334
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->Contig_335
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->Contig_336
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->Contig_337
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->Contig_338
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->Contig_339
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->Contig_340
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->Contig_344
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->Contig_351
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->Contig_410
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->Contig_414
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->Contig_415
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->Contig_416
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->Contig_417
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->Contig_418
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->Contig_419
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->Contig_420
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->Contig_421
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->Contig_422
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->Contig_423
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->Contig_424
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->Contig_425
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->Contig_426
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->Contig_427
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->Contig_428
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->Contig_429
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->Contig_430
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->Contig_431
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->Contig_432
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->Contig_433
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->Contig_434
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->Contig_435
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->Contig_436
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->Contig_437
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->Contig_438
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->Contig_439
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->Contig_440
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->Contig_442
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->Contig_444
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->Contig_445
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->Contig_448
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->Contig_449
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->Contig_450
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->Contig_452
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->Contig_453
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->Contig_454
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->Contig_455
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->Contig_470
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->Contig_480
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->Contig_486
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->Contig_489
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->Contig_490
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->Contig_491
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->Contig_492
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->Contig_493
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->Contig_494
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->Contig_495
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->Contig_496
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->Contig_497
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->Contig_498
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->Contig_499
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->Contig_502
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->Contig_576
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->Contig_579
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->Contig_580
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->Contig_581
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->Contig_582
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->Contig_583
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->Contig_584
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->Contig_585
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->Contig_586
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->Contig_587
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->Contig_588
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->Contig_589
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->Contig_590
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->Contig_591
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->Contig_592
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->Contig_593
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->Contig_594
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->Contig_595
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->Contig_596
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->Contig_597
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->Contig_598
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->Contig_599
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->Contig_600
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->Contig_601
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->Contig_603
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->Contig_604
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->Contig_606
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->Contig_607
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->Contig_610
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->Contig_616
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->Contig_618
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->Contig_658
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->Contig_659
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->Contig_660
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->Contig_661
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->Contig_662
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->Contig_663
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->Contig_664
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->Contig_665
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->Contig_666
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->Contig_667
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->Contig_668
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->Contig_669
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->Contig_670
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->Contig_671
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->Contig_672
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->Contig_673
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->Contig_674
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->Contig_675
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->Contig_676
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->Contig_677
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->Contig_678
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->Contig_679
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->Contig_680
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->Contig_681
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->Contig_682
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->Contig_683
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->Contig_684
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->Contig_689
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->Contig_690
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->Contig_695
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->Contig_696
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->Contig_697
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->Contig_699
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->Contig_700
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->Contig_701
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->Contig_702
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->Contig_703
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->Contig_704
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->Contig_733
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->Contig_735
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->Contig_736
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->Contig_737
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->Contig_738
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->Contig_739
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->Contig_740
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->Contig_741
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->Contig_742
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->Contig_743
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->Contig_744
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->Contig_745
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->Contig_746
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->Contig_747
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->Contig_748
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->Contig_749
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->Contig_750
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->Contig_751
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->Contig_752
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->Contig_754
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->Contig_755
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->Contig_756
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->Contig_758
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->Contig_761
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->Contig_762
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->Contig_763
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->Contig_764
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->Contig_765
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->Contig_768
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->Contig_769
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->Contig_770
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->Contig_771
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->Contig_772
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->Contig_773
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->Contig_777
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->Contig_778
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->Contig_784
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->Contig_820
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->Contig_821
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->Contig_823
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->Contig_824
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->Contig_825
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->Contig_826
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->Contig_827
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->Contig_987
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->Contig_988
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->Contig_989
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->Contig_1155
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->Contig_1156
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->Contig_1157
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->Contig_1158
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->Contig_1159
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->Contig_1160
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->Contig_1170
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->Contig_1171
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->Contig_1172
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->Contig_1174
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->Contig_1176
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->Contig_1177
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->Contig_1178
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->Contig_1179
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->Contig_1181
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->Contig_1225
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->Contig_1229
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->Contig_1230
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->Contig_1234
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->Contig_1235
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->Contig_1236
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->Contig_1237
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->Contig_1238
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->Contig_1241
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->Contig_1251
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->Contig_1313
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->Contig_1314
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->Contig_1315
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->Contig_1316
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->Contig_1318
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->Contig_1395
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->Contig_1397
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->Contig_1398
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->Contig_1399
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->Contig_1400
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->Contig_1401
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->Contig_1402
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->Contig_1403
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->Contig_1404
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->Contig_1405
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->Contig_1406
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->Contig_1407
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->Contig_1408
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->Contig_1409
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->Contig_1410
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->Contig_1411
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->Contig_1412
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->Contig_1413
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->Contig_1414
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->Contig_1415
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->Contig_1416
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->Contig_1417
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->Contig_1418
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->Contig_1420
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->Contig_1421
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->Contig_1422
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->Contig_1423
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->Contig_1424
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->Contig_1425
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->Contig_1432
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->Contig_1434
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->Contig_1435
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->Contig_1436
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->Contig_1438
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->Contig_1439
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->Contig_1448
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->Contig_1449
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->Contig_1450
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->Contig_1451
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->Contig_1453
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->Contig_1454
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->Contig_1456
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->Contig_1471
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->Contig_1472
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->Contig_1473
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->Contig_1474
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->Contig_1475
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->Contig_1476
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->Contig_1477
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->Contig_1478
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->Contig_1480
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->Contig_1558
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->Contig_1561
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->Contig_1562
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->Contig_1563
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->Contig_1564
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->Contig_1565
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->Contig_1566
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->Contig_1568
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->Contig_1569
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->Contig_1570
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->Contig_1571
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->Contig_1575
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->Contig_1576
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->Contig_1577
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->Contig_1578
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->Contig_1595
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->Contig_1600
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->Contig_1636
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->Contig_1637
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->Contig_1638
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->Contig_1640
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->Contig_1642
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->Contig_1643
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->Contig_1644
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->Contig_1723
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->Contig_1724
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->Contig_1726
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->Contig_1727
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->Contig_1728
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->Contig_1741
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->Contig_1796
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->Contig_1798
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->Contig_1800
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->Contig_1805
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->Contig_1806
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->Contig_1808
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->Contig_1809
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->Contig_1810
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->Contig_1888
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->Contig_2131
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->Contig_2132
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->Contig_2135
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->Contig_2136
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->Contig_2147
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->Contig_2149
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->Contig_2154
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->Contig_2212
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->Contig_2213
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->Contig_2214
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->Contig_2215
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->Contig_2216
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->Contig_2217
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->Contig_2218
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->Contig_2219
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->Contig_2220
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->Contig_2221
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->Contig_2222
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->Contig_2223
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->Contig_2224
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->Contig_2225
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->Contig_2227
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->Contig_2228
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->Contig_2229
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->Contig_2230
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->Contig_2231
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->Contig_2233
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->Contig_2234
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->Contig_2235
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->Contig_2236
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->Contig_2244
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->Contig_2248
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->Contig_2250
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->Contig_2289
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->Contig_2290
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->Contig_2298
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->Contig_2299
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->Contig_2538
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->Contig_2618
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->Contig_2619
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->Contig_2620
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->Contig_2621
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->Contig_2622
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->Contig_2623
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->Contig_2624
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->Contig_2625
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->Contig_2626
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->Contig_2627
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->Contig_2628
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->Contig_2629
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->Contig_2630
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->Contig_2631
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->Contig_2633
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->Contig_2634
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->Contig_2635
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->Contig_2639
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->Contig_2640
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->Contig_2696
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->Contig_2700
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->Contig_2701
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->Contig_2702
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->Contig_2703
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->Contig_2704
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->Contig_2705
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->Contig_2707
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->Contig_2709
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->Contig_2781
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->Contig_2782
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->Contig_2783
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->Contig_2784
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->Contig_2785
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->Contig_2786
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->Contig_2787
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->Contig_2788
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->Contig_2789
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->Contig_2790
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->Contig_2797
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->Contig_2799
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->Contig_2800
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->Contig_2803
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->Contig_2806
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->Contig_2807
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->Contig_2859
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->Contig_2864
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->Contig_2865
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->Contig_2866
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->Contig_2867
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->Contig_3029
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->Contig_3186
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->Contig_3188
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->Contig_3189
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->Contig_3190
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->Contig_3191
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->Contig_3192
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->Contig_3193
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->Contig_3194
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->Contig_3196
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->Contig_3198
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->Contig_3267
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->Contig_3268
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->Contig_3269
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->Contig_3274
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->Contig_3275
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->Contig_3434
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->Contig_3835
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     0 loci had no verified haplotypes.
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   Parsing stacks_inputs/PopA_02.tags.tsv
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     0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
     0 loci had no verified haplotypes.
     0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded.
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+Outputing to file stacks_inputs/PopA_02.matches.tsv
 
 sstacks is done.
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Binary file test-data/tmp/stacks_outputs/PopA_01.matches.bam has changed
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--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/PopA_01.matches.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
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-3	1	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	2	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	3	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	4	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	5	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	6	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	7	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	8	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	9	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	10	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	11	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	12	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	13	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	14	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	15	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	16	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	17	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	18	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	19	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	20	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	21	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	22	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	23	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	24	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	25	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	26	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	27	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	28	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	29	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	30	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	31	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	32	.	A	.	.	.	DP=56;AD=55	DP	28	28
-3	33	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	34	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	35	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	36	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	37	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	38	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	39	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	40	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	41	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	42	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	43	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	44	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	45	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	46	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	47	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	48	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	49	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	50	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	51	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	52	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	53	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	54	.	A	.	.	.	DP=56;AD=55	DP	28	28
-3	55	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	56	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	57	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	58	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	59	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	60	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	61	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	62	.	A	.	.	.	DP=56;AD=55	DP	28	28
-3	63	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	64	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	65	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	66	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	67	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	68	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	69	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	70	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	71	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	72	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	73	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	74	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	75	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	76	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	77	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	78	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	79	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	80	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	81	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	82	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	83	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	84	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	85	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	86	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	87	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	88	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	89	.	G	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	90	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	91	.	C	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	92	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	93	.	A	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
-3	94	.	T	.	.	.	DP=56;AD=56	DP	28	28
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.fa
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.fa	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,6 +0,0 @@
->1 NS=2
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC
->2 NS=2
-AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA
->3 NS=2
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.fa.gz
Binary file test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.fa.gz has changed
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.snps.tsv
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.snps.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,3 +0,0 @@
-# cstacks version 2.2; catalog generated on 2018-11-28 13:45:54
-0	1	33	E	0	A	C	-	-
-0	1	88	E	0	A	C	-	-
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.tags.tsv
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/catalog.tags.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,4 +0,0 @@
-# cstacks version 2.2; catalog generated on 2018-11-28 13:45:54
-0	1	consensus	0	1_1,2_1	AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC	0	0	0
-0	2	consensus	0	1_2,2_3	AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGA	0	0	0
-0	3	consensus	0	1_3,2_2	AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTAT	0	0	0
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/denovo_map.log
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/denovo_map.log	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,309 +0,0 @@
-denovo_map.pl version 2.2 started at 2018-11-28 13:45:54
-/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/denovo_map.pl --samples stacks_inputs --popmap /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -o stacks_outputs -T 1 -M 2 -n 1 --var-alpha 0.05 --gt-alpha 0.05 --paired
-
-ustacks
-==========
-
-Sample 1 of 2 'PopA_01'
-----------
-/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/ustacks -t fastq -f stacks_inputs/PopA_01.1.fq -o stacks_outputs -i 1 --name PopA_01 -p 1 -M 2
-ustacks parameters selected:
-  Input file: 'stacks_inputs/PopA_01.1.fq'
-  Sample ID: 1
-  Min depth of coverage to create a stack (m): 3
-  Repeat removal algorithm: enabled
-  Max distance allowed between stacks (M): 2
-  Max distance allowed to align secondary reads: 4
-  Max number of stacks allowed per de novo locus: 3
-  Deleveraging algorithm: disabled
-  Gapped assembly: enabled
-  Minimum alignment length: 0.8
-  Model type: SNP
-  Alpha significance level for model: 0.05
-
-Loading RAD-Tags...
-
-Loaded 66 reads; formed:
-  4 stacks representing 63 primary reads (95.5%)
-  3 secondary stacks representing 3 secondary reads (4.5%)
-
-Stack coverage: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%)
-Removing repetitive stacks: cov > 39 (mean+3*stdev)...
-  Blacklisted 0 stacks.
-Coverage after repeat removal: mean=15.75; stdev=7.46; max=27; n_reads=63(95.5%)
-
-Assembling stacks (max. dist. M=2)...
-  Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks.
-Coverage after assembling stacks: mean=21.00; stdev=4.24; max=27; n_reads=63(95.5%)
-
-Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)...
-  Merged 3 out of 3 secondary reads (100.0%), 1 merged with gapped alignments.
-Coverage after merging secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
-
-Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
-  Assembled 3 stacks into 3 stacks.
-Coverage after gapped assembly: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
-
-Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
-  Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%).
-Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
-
-Final coverage: mean=22.00; stdev=4.32; max=28; n_reads=66(100.0%)
-Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly...
-Writing tags, SNPs, and alleles files...
-Refetching read IDs...done.
-ustacks is done.
-
-Sample 2 of 2 'PopA_02'
-----------
-/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/ustacks -t fastq -f stacks_inputs/PopA_02.1.fq -o stacks_outputs -i 2 --name PopA_02 -p 1 -M 2
-ustacks parameters selected:
-  Input file: 'stacks_inputs/PopA_02.1.fq'
-  Sample ID: 2
-  Min depth of coverage to create a stack (m): 3
-  Repeat removal algorithm: enabled
-  Max distance allowed between stacks (M): 2
-  Max distance allowed to align secondary reads: 4
-  Max number of stacks allowed per de novo locus: 3
-  Deleveraging algorithm: disabled
-  Gapped assembly: enabled
-  Minimum alignment length: 0.8
-  Model type: SNP
-  Alpha significance level for model: 0.05
-
-Loading RAD-Tags...
-
-Loaded 60 reads; formed:
-  4 stacks representing 55 primary reads (91.7%)
-  5 secondary stacks representing 5 secondary reads (8.3%)
-
-Stack coverage: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%)
-Removing repetitive stacks: cov > 42 (mean+3*stdev)...
-  Blacklisted 0 stacks.
-Coverage after repeat removal: mean=13.75; stdev=9.12; max=26; n_reads=55(91.7%)
-
-Assembling stacks (max. dist. M=2)...
-  Assembled 4 stacks into 3; blacklisted 0 stacks.
-Coverage after assembling stacks: mean=18.33; stdev=6.55; max=26; n_reads=55(91.7%)
-
-Merging secondary stacks (max. dist. N=4 from consensus)...
-  Merged 5 out of 5 secondary reads (100.0%), 0 merged with gapped alignments.
-Coverage after merging secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
-
-Assembling stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
-  Assembled 3 stacks into 3 stacks.
-Coverage after gapped assembly: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
-
-Merging secondary stacks, allowing for gaps (min. match length 80.0%)...
-  Merged 0 out of 0 secondary reads (-nan%).
-Coverage after merging gapped secondary stacks: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
-
-Final coverage: mean=20.00; stdev=6.53; max=28; n_reads=60(100.0%)
-Calling consensus sequences and haplotypes for catalog assembly...
-Writing tags, SNPs, and alleles files...
-Refetching read IDs...done.
-ustacks is done.
-
-Depths of Coverage for Processed Samples:
-PopA_01: 22.00x
-PopA_02: 20.00x
-
-cstacks
-==========
-/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/cstacks -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -p 1 -n 1
-
-cstacks parameters selected:
-  Loci matched based on sequence identity.
-  Number of mismatches allowed between stacks: 1
-  Gapped alignments: enabled
-Constructing catalog from 2 samples.
-
-Initializing new catalog...
-  Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv
-  Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv
-  Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv
-  3 loci were newly added to the catalog.
-
-Processing sample stacks_outputs/PopA_02 [2 of 2]
-  Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv
-  Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv
-  Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv
-Searching for sequence matches...
-  3 loci in the catalog, 184 kmers in the catalog hash.
-Searching for gapped alignments...
-Merging matches into catalog...
-  3 loci were matched to a catalog locus.
-  0 loci were matched to a catalog locus using gapped alignments.
-  0 loci were newly added to the catalog.
-  0 loci matched more than one catalog locus, linking them.
-    0 linked catalog loci were merged into 0 loci.
-
-Writing catalog in directory 'stacks_outputs/'.
-Final catalog contains 3 loci.
-cstacks is done.
-
-sstacks
-==========
-/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/sstacks -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -p 1
-
-Searching for matches by sequence identity...
-  Parsing stacks_outputs/catalog.tags.tsv
-  Parsing stacks_outputs/catalog.snps.tsv
-  Parsing stacks_outputs/catalog.alleles.tsv
-Populating kmer dictionary for exact matches...done.
-Populating kmer dictionary for gapped alignments...done.
-
-Processing sample 'stacks_outputs/PopA_01' [1 of 2]
-  Parsing stacks_outputs/PopA_01.tags.tsv
-  Parsing stacks_outputs/PopA_01.snps.tsv
-  Parsing stacks_outputs/PopA_01.alleles.tsv
-Searching for sequence matches...
-3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci.
-  3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes.
-  0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
-  0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
-  4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified.
-Searching for gapped alignments...
-Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted.
-  0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified.
-  0 loci matched no catalog locus;
-    0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
-    0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
-    0 loci had no verified haplotypes.
-    0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded.
-Outputing to file stacks_outputs/PopA_01.matches.tsv
-
-Processing sample 'stacks_outputs/PopA_02' [2 of 2]
-  Parsing stacks_outputs/PopA_02.tags.tsv
-  Parsing stacks_outputs/PopA_02.snps.tsv
-  Parsing stacks_outputs/PopA_02.alleles.tsv
-Searching for sequence matches...
-3 sample loci compared against the catalog containing 3 loci.
-  3 matching loci, 0 contained no verified haplotypes.
-  0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
-  0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
-  4 total haplotypes examined from matching loci, 4 verified.
-Searching for gapped alignments...
-Out of 3 query loci, 0 gapped alignments attempted.
-  0 loci matched one catalog locus; 0 total haplotypes examined, 0 verified.
-  0 loci matched no catalog locus;
-    0 loci matched more than one catalog locus and were excluded.
-    0 loci contained SNPs unaccounted for in the catalog and were excluded.
-    0 loci had no verified haplotypes.
-    0 loci had inconsistent alignments to a catalog locus and were excluded.
-Outputing to file stacks_outputs/PopA_02.matches.tsv
-
-sstacks is done.
-
-tsv2bam
-==========
-/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/tsv2bam -P stacks_outputs  -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1 -R stacks_inputs/
-
-Logging to 'stacks_outputs/tsv2bam.log'.
-Configuration for this run:
-  Stacks directory: 'stacks_outputs/'
-  Population map: '/tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat'
-  Num. samples: 2
-  Paired-end reads directory: 'stacks_inputs/'
-
-Paired-end reads files found, e.g. 'stacks_inputs/PopA_01.2.fq'.
-Loading the catalog...
-Processing sample 'PopA_01'...
-Processing sample 'PopA_02'...
-
-Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records.
-Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records.
-
-tsv2bam is done.
-
-gstacks
-==========
-/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/gstacks -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1 --var-alpha 0.05 --gt-alpha 0.05
-
-Logging to 'stacks_outputs/gstacks.log'.
-Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'.
-
-Configuration for this run:
-  Input mode: denovo
-  Population map: '/tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat'
-  Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam'
-  Output to: 'stacks_outputs/'
-  Model: marukilow (var_alpha: 0.05, gt_alpha: 0.05)
-
-Reading BAM headers...
-Processing all loci...
-20%...
-50%...
-100%
-
-Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci:
-  0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%);
-  0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%);
-  For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled;
-    Average contig size was 100.3 bp;
-  0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%)
-    Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan;
-  Out of 126 paired-end reads in these loci (mean 42.0 reads per locus),
-    126 were successfuly aligned (100.0%);
-  Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci).
-
-Genotyped 3 loci:
-  effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x
-  mean number of sites per locus: 194.3
-  a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing
-
-gstacks is done.
-
-populations
-==========
-/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/populations -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1
-
-Logging to 'stacks_outputs/populations.log'.
-Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'.
-populations parameters selected:
-  Percent samples limit per population: 0
-  Locus Population limit: 1
-  Log liklihood filtering: off; threshold: 0
-  Minor allele frequency cutoff: 0
-  Maximum observed heterozygosity cutoff: 1
-  Applying Fst correction: none.
-  Pi/Fis kernel smoothing: off
-  Fstats kernel smoothing: off
-  Bootstrap resampling: off
-
-Parsing population map...
-The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s).
-Working on 2 samples.
-Working on 1 population(s):
-    1: PopA_01, PopA_02
-Working on 1 group(s) of populations:
-    defaultgrp: 1
-
-Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv'
-Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv'
-Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv'
-Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv'
-
-Processing data in batches:
-  * load a batch of catalog loci and apply filters
-  * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics
-  * write the above statistics in the output files
-  * export the genotypes/haplotypes in specified format(s)
-More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'.
-Now processing...
-Batch 1 
-
-Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci.
-Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained.
-Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%);
-  Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33);
-Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%);
-  Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00);
-Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33).
-
-Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv):
-  1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0
-Populations is done.
-denovo_map.pl is done.
-
-denovo_map.pl completed at 2018-11-28 13:45:54
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/gstacks.log
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/gstacks.log	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,34 +0,0 @@
-gstacks v2.2, executed 2018-11-28 13:45:54
-/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/gstacks -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1 --var-alpha 0.05 --gt-alpha 0.05
-Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/gstacks.log.distribs'.
-
-Configuration for this run:
-  Input mode: denovo
-  Population map: '/tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat'
-  Input files: 2, e.g. 'stacks_outputs/PopA_01.matches.bam'
-  Output to: 'stacks_outputs/'
-  Model: marukilow (var_alpha: 0.05, gt_alpha: 0.05)
-
-Reading BAM headers...
-Processing all loci...
-20%...
-50%...
-100%
-
-Attempted to assemble and align paired-end reads for 3 loci:
-  0 loci had no or almost no paired-end reads (0.0%);
-  0 loci had paired-end reads that couldn't be assembled into a contig (0.0%);
-  For the remaining 3 loci (100.0%), a paired-end contig was assembled;
-    Average contig size was 100.3 bp;
-  0 paired-end contigs overlapped the forward region (0.0%)
-    Mean overlap: -nanbp; mean size of overlapped loci after merging: -nan;
-  Out of 126 paired-end reads in these loci (mean 42.0 reads per locus),
-    126 were successfuly aligned (100.0%);
-  Mean insert length was -nan, stdev: nan (based on aligned reads in overlapped loci).
-
-Genotyped 3 loci:
-  effective per-sample coverage: mean=31.0x, stdev=1.0x, min=30.0x, max=32.0x
-  mean number of sites per locus: 194.3
-  a consistent phasing was found for 5 of out 5 (100.0%) diploid loci needing phasing
-
-gstacks is done.
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/gstacks.log.distribs
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/gstacks.log.distribs	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,36 +0,0 @@
-# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility.
-#       e.g. `stacks-dist-extract gstacks.log.distribs dist_name`
-
-BEGIN effective_coverages_per_sample
-# For mean_cov_ns, the coverage at each locus is weighted by the number of
-# samples present at that locus (i.e. coverage at shared loci counts more).
-sample	n_loci	n_used_fw_reads	mean_cov	mean_cov_ns
-PopA_01	3	96	32.000	32.000
-PopA_02	3	90	30.000	30.000
-END effective_coverages_per_sample
-
-BEGIN phasing_rates_per_sample
-sample	n_gts	n_multisnp_hets	n_phased	misphasing_rate
-PopA_01	3	2	2	0.000
-PopA_02	3	3	3	0.000
-END phasing_rates_per_sample
-
-BEGIN clockings
-Num. threads: 1
-Parallel time: 0.0
-Average thread time spent:
-     0.0  reading (7.5%)
-     0.0  processing (90.3%)
-             0.0  assembling (7.0%)
-             0.0  aligning/overlapping (50.0%)
-             0.0  counting nucleotides (3.4%)
-             0.0  genotyping (1.9%)
-             0.0  haplotyping (1.4%)
-             0.0  computing consensus (1.3%)
-             0.0  building_vcf (18.6%)
-     0.0  writing_fa (0.7%)
-     0.0  writing_vcf (1.0%)
-     0.0  clocking (0.2%)
-Total time spent writing vcf: 0.0 (1.0%)
-VCFwrite block size: mean=1.0(n=3); max=1
-END clockings
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.fixed.phylip
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.fixed.phylip	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,3 +0,0 @@
-1	0
-1
-# Stacks v2.2;  Phylip sequential; November 28, 2018
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.fixed.phylip.log
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.fixed.phylip.log	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,2 +0,0 @@
-# Stacks v2.2;  Phylip sequential; November 28, 2018
-# Seq Pos	Locus ID	Column	Population
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.fst_summary.tsv
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.fst_summary.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,1 +0,0 @@
-	1
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,4 +0,0 @@
-# Catalog Locus ID	Cnt	PopA_01	PopA_02
-1	0	AC/CA	AC/CA
-2	0	CG/TT	CG/TT
-3	0	GG/GG	AA/GG
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.haps.genepop
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.haps.genepop	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,5 +0,0 @@
-Stacks v2.2; GenePop v4.1.3; November 28, 2018
-1,2,3
-pop
-PopA_01,	0102	0102	0101
-PopA_02,	0102	0102	0102
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.haps.radpainter
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.haps.radpainter	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,4 +0,0 @@
-PopA_01	PopA_02
-AC/CA	AC/CA
-CG/TT	CG/TT
-GG	AA/GG
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.haps.vcf
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.haps.vcf	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,18 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.2
-##fileDate=20181128
-##source="Stacks v2.2"
-##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele">
-##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency">
-##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
-##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">
-##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth">
-##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
-##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
-##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood">
-##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
-##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
-##INFO=<ID=loc_strand,Number=1,Type=Character,Description="Genomic strand the corresponding Stacks locus aligns on">
-#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	PopA_01	PopA_02
-1	1	.	AC	CA	.	PASS	snp_columns=34,89	GT	0/1	0/1
-2	1	.	CG	TT	.	PASS	snp_columns=145,157	GT	0/1	0/1
-3	1	.	GG	AA	.	PASS	snp_columns=163,182	GT	0/0	0/1
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.hapstats.tsv
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.hapstats.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,5 +0,0 @@
-# 1	PopA_01,PopA_02
-# Locus ID	Chr	BP	Pop ID	N	Haplotype Cnt	Gene Diversity	Smoothed Gene Diversity	Smoothed Gene Diversity P-value	Haplotype Diversity	Smoothed Haplotype Diversity	Smoothed Haplotype Diversity P-value	HWE P-value	HWE P-value SE	Haplotypes
-1	un	-201	1	4	2	0.66667	0.00000	0.00000	1.33333	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	AC:2;CA:2
-2	un	3	1	4	2	0.66667	0.00000	0.00000	1.33333	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	CG:2;TT:2
-3	un	206	1	4	2	0.50000	0.00000	0.00000	1.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	AA:1;GG:3
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.loci.fa
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.loci.fa	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,7 +0,0 @@
-Stacks version 2.2; November 28, 2018
->CLocus_1
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
->CLocus_2
-AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
->CLocus_3
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.log
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.log	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,65 +0,0 @@
-populations v2.2, executed 2018-11-28 13:45:58
-/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/populations -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1 --fstats --fasta_loci --fasta_samples --vcf --genepop --structure --radpainter --plink --phylip --phylip_var --phylip_var_all --fasta_samples_raw
-Locus/sample distributions will be written to 'stacks_outputs/populations.log.distribs'.
-populations parameters selected:
-  Percent samples limit per population: 0
-  Locus Population limit: 1
-  Log liklihood filtering: off; threshold: 0
-  Minor allele frequency cutoff: 0
-  Maximum observed heterozygosity cutoff: 1
-  Applying Fst correction: none.
-  Pi/Fis kernel smoothing: off
-  Fstats kernel smoothing: off
-  Bootstrap resampling: off
-
-Parsing population map...
-The population map contained 2 samples, 1 population(s), 1 group(s).
-Working on 2 samples.
-Working on 1 population(s):
-    1: PopA_01, PopA_02
-Working on 1 group(s) of populations:
-    defaultgrp: 1
-
-FASTA consensus sequences for each locus in the metapopulation  will be written to 'stacks_outputs/populations.loci.fa'
-FASTA consensus sequences for each sample will be written to 'stacks_outputs/populations.samples.fa'
-SNPs and calls will be written in VCF format to 'stacks_outputs/populations.snps.vcf'
-Haplotypes will be written in VCF format to 'stacks_outputs/populations.haps.vcf'
-Polymorphic sites in GenePop format will be written to 'stacks_outputs/populations.snps.genepop'
-Polymorphic loci in GenePop format will be written to 'stacks_outputs/populations.haps.genepop'
-Polymorphic sites in Structure format will be written to 'stacks_outputs/populations.structure'
-Polymorphic loci in RADpainter/fineRADstructure format will be written to 'stacks_outputs/populations.haps.radpainter'
-Polymorphic sites in PLINK format will be written to 'stacks_outputs/populations.plink.ped'
-Fixed difference sites in Phylip format will be written to 'stacks_outputs/populations.fixed.phylip'
-   Individual sites written will be logged to 'stacks_outputs/populations.fixed.phylip.log'
-Polymorphic sites in Phylip format will be written to 'stacks_outputs/populations.var.phylip'
-   Individual sites written will be logged to 'stacks_outputs/populations.var.phylip.log'
-Raw FASTA consensus sequences for each sample will be written to 'stacks_outputs/populations.samples-raw.fa'
-Genotyping markers will be written to 'stacks_outputs/populations.markers.tsv'
-Raw Genotypes/Haplotypes will be written to 'stacks_outputs/populations.haplotypes.tsv'
-Population-level summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.sumstats.tsv'
-Population-level haplotype summary statistics will be written to 'stacks_outputs/populations.hapstats.tsv'
-
-Processing data in batches:
-  * load a batch of catalog loci and apply filters
-  * compute SNP- and haplotype-wise per-population statistics
-  * compute F-statistics
-  * write the above statistics in the output files
-  * export the genotypes/haplotypes in specified format(s)
-More details in 'stacks_outputs/populations.log.distribs'.
-Now processing...
-Batch 1 
-
-Removed 0 loci that did not pass sample/population constraints from 3 loci.
-Kept 3 loci, composed of 613 sites; 0 of those sites were filtered, 6 variant sites remained.
-Number of loci with PE contig: 3.00 (100.0%);
-  Mean length of loci: 194.33bp (stderr 0.33);
-Number of loci with SE/PE overlap: 0.00 (0.0%);
-  Mean length of overlapping loci: -nanbp (stderr -0.00); mean overlap: -nanbp (stderr -0.00);
-Mean genotyped sites per locus: 194.33bp (stderr 0.33).
-
-Population summary statistics (more detail in populations.sumstats_summary.tsv):
-  1: 2 samples per locus; pi: 0.61111; all/variant/polymorphic sites: 583/6/6; private alleles: 0
-
-Population pair divergence statistics (more in populations.fst_summary.tsv and populations.phistats_summary.tsv):
-
-Populations is done.
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.log.distribs
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.log.distribs	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,45 +0,0 @@
-# Note: Individual distributions can be extracted using the `stacks-dist-extract` utility.
-#       e.g. `stacks-dist-extract populations.log.distribs dist_name`
-
-BEGIN batch_progress
-Batch 1: analyzed 3 loci; filtered 0 loci; 3 loci seen.
-    Calculating F statistics...done.
-END batch_progress
-
-BEGIN samples_per_loc_prefilters
-# Distribution of valid samples matched to a catalog locus prior to filtering.
-n_samples	n_loci
-0	3
-END samples_per_loc_prefilters
-
-BEGIN missing_samples_per_loc_prefilters
-
-# Distribution of missing samples for each catalog locus prior to filtering.
-# Absent samples at locus	Count
-2	3
-END missing_samples_per_loc_prefilters
-
-BEGIN snps_per_loc_prefilters
-# Distribution of the number of SNPs per catalog locus prior to filtering.
-n_snps	n_loci
-2	3
-END snps_per_loc_prefilters
-
-BEGIN samples_per_loc_postfilters
-# Distribution of valid samples matched to a catalog locus after filtering.
-n_samples	n_loci
-0	3
-END samples_per_loc_postfilters
-
-BEGIN missing_samples_per_loc_postfilters
-
-# Distribution of missing samples for each catalog locus after filtering.
-# Absent samples at locus	Count
-2	3
-END missing_samples_per_loc_postfilters
-
-BEGIN snps_per_loc_postfilters
-# Distribution of the number of SNPs per catalog locus (after filtering).
-n_snps	n_loci
-2	3
-END snps_per_loc_postfilters
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.markers.tsv
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.markers.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,4 +0,0 @@
-# Catalog Locus ID		Total Genotypes	Max	Genotype Freqs	F	Mean Log Likelihood	Genotype Map	
-1		2	100.00000	ab:2(100.0%);	0.00000	1.00000	AC:a;CA:b;	
-2		2	100.00000	ab:2(100.0%);	0.00000	1.00000	CG:a;TT:b;	
-3		2	50.00000	aa:1(50.0%);ab:1(50.0%);	0.00000	1.00000	AA:b;GG:a;	
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.phistats.tsv
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.phistats_summary.tsv
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.phistats_summary.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,5 +0,0 @@
-# Phi_st Means
-	1
-
-# Fst' Means
-	1
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.plink.map
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.plink.map	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,7 +0,0 @@
-# Stacks v2.2;  PLINK v1.07; November 28, 2018
-un	1_33	0	35
-un	1_88	0	90
-un	2_144	0	350
-un	2_156	0	362
-un	3_162	0	572
-un	3_181	0	591
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+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,3 +0,0 @@
-# Stacks v2.2;  PLINK v1.07; November 28, 2018
-1	PopA_01	0	0	0	0	A	C	A	C	C	T	G	T	G	G	G	G
-1	PopA_02	0	0	0	0	A	C	A	C	C	T	G	T	A	G	A	G
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--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.samples-raw.fa	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,25 +0,0 @@
-Stacks version 2.2; November 28, 2018
->CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01]
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
->CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01]
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
->CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02]
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
->CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02]
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
->CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01]
-AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
->CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01]
-AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
->CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02]
-AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
->CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_1 [PopA_02]
-AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
->CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_0 [PopA_01]
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
->CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_1 [PopA_01]
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
->CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_0 [PopA_02]
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAAAGGGGGATGGGAGGTCCTACTGTCGCATGGGAGAATACACGG
->CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_1 [PopA_02]
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
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--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.samples.fa	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,25 +0,0 @@
-Stacks version 2.2; November 28, 2018
->CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_0 [PopA_01]
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
->CLocus_1_Sample_1_Locus_1_Allele_1 [PopA_01]
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
->CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_0 [PopA_02]
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATAATCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGCGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
->CLocus_1_Sample_2_Locus_1_Allele_1 [PopA_02]
-AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATCTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGACNNNNNNNNNNCGTCAGAGGGCTTATATCGTGAGTGATAGCAGCAGTTTCTCTCTACCACATAGTTATACACCATTGGGCCAGCTCGTTGAAAACTACTGATGCTGATCGG
->CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_0 [PopA_01]
-AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
->CLocus_2_Sample_1_Locus_2_Allele_1 [PopA_01]
-AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
->CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_0 [PopA_02]
-AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTACATAGCATTCCTGAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
->CLocus_2_Sample_2_Locus_2_Allele_1 [PopA_02]
-AATTCTCTACACCACAGCATCAATTCTAAAAATGACTACCAGAGAGACAACTCCGCAGTTAAACACTCTGACTGCCACGCCAGCTACCTCTAGANNNNNNNNNNGGCTGCTGGACGTCCTTCGCTCGGTACCTTGACTGGATTATATAGCATTCCTTAGTTCACGGCCAATATCGCCAACCGTTGAGTGAGTTTAGTGAACCGG
->CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_0 [PopA_01]
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
->CLocus_3_Sample_1_Locus_3_Allele_1 [PopA_01]
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
->CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_0 [PopA_02]
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAAAGGGGGATGGGAGGTCCTACTGTCGCATGGGAGAATACACGG
->CLocus_3_Sample_2_Locus_3_Allele_1 [PopA_02]
-AATTCGGCTTGCAACGCAAGTGACGATTCCCACGGACATAACTGATCTAAGTAACTTCCAAATCTGGGAATGGGATTTCATAATTAAGGACTATNNNNNNNNNNTACGACGAGCAATCCACAGACCTAGGCCCATCGAAGCGTCTTATGATTGATAACATCAGAGGGGGATGGGAGGTCCTGCTGTCGCATGGGAGAATACACGG
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--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.snps.genepop	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
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@@ -1,5 +0,0 @@
-# Stacks v2.2; GenePop v4.1.3; November 28, 2018
-1_33,1_88,2_144,2_156,3_162,3_181
-pop
-PopA_01,	0102	0102	0204	0304	0303	0303
-PopA_02,	0102	0102	0204	0304	0103	0103
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.snps.vcf
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.snps.vcf	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,21 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.2
-##fileDate=20181128
-##source="Stacks v2.2"
-##INFO=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Total Depth for Each Allele">
-##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency">
-##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
-##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data">
-##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allele Depth">
-##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
-##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality">
-##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood">
-##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
-##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
-##INFO=<ID=loc_strand,Number=1,Type=Character,Description="Genomic strand the corresponding Stacks locus aligns on">
-#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	PopA_01	PopA_02
-1	34	.	A	C	.	PASS	NS=2;AF=0.500	GT:DP:AD:GQ:GL	0/1:18:9,9:40:-20.07,0.00,-20.07	0/1:12:6,6:40:-13.54,-0.00,-13.54
-1	89	.	A	C	.	PASS	NS=2;AF=0.500	GT:DP:AD:GQ:GL	0/1:18:9,9:40:-20.07,0.00,-20.07	0/1:12:6,6:40:-13.54,-0.00,-13.54
-2	145	.	C	T	.	PASS	NS=2;AF=0.500	GT:DP:AD:GQ:GL	0/1:17:9,8:40:-17.57,0.00,-20.29	0/1:13:5,8:40:-18.77,-0.00,-10.39
-2	157	.	G	T	.	PASS	NS=2;AF=0.500	GT:DP:AD:GQ:GL	0/1:17:9,8:40:-17.57,0.00,-20.29	0/1:13:5,8:40:-18.77,-0.00,-10.39
-3	163	.	G	A	.	PASS	NS=2;AF=0.250	GT:DP:AD:GQ:GL	0/0:23:23,0:40:-0.00,-6.89,-68.45	0/1:23:11,12:40:-28.67,0.00,-25.99
-3	182	.	G	A	.	PASS	NS=2;AF=0.250	GT:DP:AD:GQ:GL	0/0:23:23,0:40:-0.00,-6.89,-68.45	0/1:23:11,12:40:-28.67,0.00,-25.99
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.structure
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.structure	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,6 +0,0 @@
-# Stacks v2.2;  Structure v2.3; November 28, 2018
-		1_33	1_88	2_144	2_156	3_162	3_181
-PopA_01	1	1	1	2	3	3	3
-PopA_01	1	2	2	4	4	3	3
-PopA_02	1	1	1	2	3	1	1
-PopA_02	1	2	2	4	4	3	3
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.sumstats.tsv
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.sumstats.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,8 +0,0 @@
-# 1	PopA_01,PopA_02
-# Locus ID	Chr	BP	Col	Pop ID	P Nuc	Q Nuc	N	P	Obs Het	Obs Hom	Exp Het	Exp Hom	Pi	Smoothed Pi	Smoothed Pi P-value	Fis	Smoothed Fis	Smoothed Fis P-value	HWE P-value	Private
-1	un	35	33	1	A	C	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
-1	un	90	88	1	A	C	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
-2	un	350	144	1	C	T	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
-2	un	362	156	1	G	T	2	0.50000000	1.00000	0.00000	0.50000	0.50000	0.66667	0.00000	0.00000	-0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0
-3	un	572	162	1	G	A	2	0.75000000	0.50000	0.50000	0.37500	0.62500	0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0
-3	un	591	181	1	G	A	2	0.75000000	0.50000	0.50000	0.37500	0.62500	0.50000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0.00000	0
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.sumstats_summary.tsv
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.sumstats_summary.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,6 +0,0 @@
-# Variant positions
-# Pop ID	Private	Num_Indv	Var	StdErr	P	Var	StdErr	Obs_Het	Var	StdErr	Obs_Hom	Var	StdErr	Exp_Het	Var	StdErr	Exp_Hom	Var	StdErr	Pi	Var	StdErr	Fis	Var	StdErr
-1	0	2.00000	0.00000	0.00000	0.58333	0.01667	0.05270	0.83333	0.06667	0.10541	0.16667	0.06667	0.10541	0.45833	0.00417	0.02635	0.54167	0.00417	0.02635	0.61111	0.00741	0.03514	-0.33333	0.06667	0.00000
-# All positions (variant and fixed)
-# Pop ID	Private	Sites	Variant_Sites	Polymorphic_Sites	%Polymorphic_Loci	Num_Indv	Var	StdErr	P	Var	StdErr	Obs_Het	Var	StdErr	Obs_Hom	Var	StdErr	Exp_Het	Var	StdErr	Exp_Hom	Var	StdErr	Pi	Var	StdErr	Fis	Var	StdErr
-1	0	583	6	6	1.02916	2.00000	0.00000	0.00000	0.99571	0.00191	0.00181	0.00858	0.00766	0.00362	0.99142	0.00766	0.00362	0.00472	0.00218	0.00193	0.99528	0.00218	0.00193	0.00629	0.00387	0.00258	-0.00343	0.00171	0.00000
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.var.phylip
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.var.phylip	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,3 +0,0 @@
-1	6
-1	MMYKRR
-# Stacks v2.2;  Phylip sequential; November 28, 2018
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/populations.var.phylip.log
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/populations.var.phylip.log	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,8 +0,0 @@
-# Stacks v2.2;  Phylip sequential; November 28, 2018
-# Seq Pos	Locus ID	Column	Population
-0	1	33	1:M,
-1	1	88	1:M,
-2	2	144	1:Y,
-3	2	156	1:K,
-4	3	162	1:R,
-5	3	181	1:R,
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tmp/stacks_outputs/tsv2bam.log
--- a/test-data/tmp/stacks_outputs/tsv2bam.log	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,17 +0,0 @@
-tsv2bam v2.2, executed 2018-11-28 13:45:54
-/home/berntm/miniconda3/envs/__stacks@2.2/bin/tsv2bam -P stacks_outputs -M /tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat -t 1 -R stacks_inputs/
-Configuration for this run:
-  Stacks directory: 'stacks_outputs/'
-  Population map: '/tmp/tmpSlCHrR/files/000/dataset_3.dat'
-  Num. samples: 2
-  Paired-end reads directory: 'stacks_inputs/'
-
-Paired-end reads files found, e.g. 'stacks_inputs/PopA_01.2.fq'.
-Loading the catalog...
-Processing sample 'PopA_01'...
-Processing sample 'PopA_02'...
-
-Sample 'PopA_01': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 66 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 132 records.
-Sample 'PopA_02': matched 3 sample loci to 3 catalog loci; found a paired-end read for 60 (100.0%) of the assembled forward reads; wrote 120 records.
-
-tsv2bam is done.
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tsv2bam/PopA_01.bam
Binary file test-data/tsv2bam/PopA_01.bam has changed
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tsv2bam/PopA_01.matches.bam
Binary file test-data/tsv2bam/PopA_01.matches.bam has changed
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tsv2bam/PopA_02.bam
Binary file test-data/tsv2bam/PopA_02.bam has changed
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/tsv2bam/PopA_02.matches.bam
Binary file test-data/tsv2bam/PopA_02.matches.bam has changed
diff -r e1dbdd7175c8 -r 466cc910d640 test-data/ustacks/PopA_01.alleles.tsv
--- a/test-data/ustacks/PopA_01.alleles.tsv	Fri Jan 04 03:29:08 2019 -0500
+++ b/test-data/ustacks/PopA_01.alleles.tsv	Wed Feb 27 09:48:50 2019 -0500
@@ -1,3 +1,3 @@
-# ustacks version 2.2; generated on 2018-11-16 15:12:15
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-32	3	secondary		lane1_fakedata7_4 1:N:0:/1	AATTCGTTTGCTGCTTCAGGAATGTCTCGTATACTCTGAGTATGTGCGTACGTACGCTATTTAGATGGATAACCGACGCTGCCAGACGAGAGAC			
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+  Input file: 'stacks_inputs/PopA_01.1.fastq'
   Sample ID: 1
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   Repeat removal algorithm: enabled
@@ -45,7 +45,7 @@
 Refetching read IDs...done.
 ustacks is done.
 ustacks parameters selected:
-  Input file: 'stacks_inputs/PopA_02.1.fq'
+  Input file: 'stacks_inputs/PopA_02.1.fastq'
   Sample ID: 2
   Min depth of coverage to create a stack (m): 3
   Repeat removal algorithm: enabled
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@@ -1,44 +0,0 @@
-For new tools I tried to add sections analogous to the strcuture
-of stacks help output. Since we break compatibility to the stacks 1.48
-wrappers anyway we should think of doing this for the tools that were
-present already in 1.48 as well. Furthermore stacks help does not categorize
-the single letter options (-x,...), would be nice to put them in the correct
-section / conditional as well.
-
-Raw Reads
-    process_radtags planemo test-data-generated-wdefaults sufficient-test
-    process_shortreads parameters "
-    clone_filter
-        parameters
-    kmer_filter
-        
-Core
-
-    ustacks parameters planemo test-data-generated-wdefaults sufficient-test
-    cstacks parameters planemo test-data-generated-wdefaults sufficient-test
-    sstacks parameters planemo test-data-generated-wdefaults sufficient-test
-    tsv2bam parameters planemo test-data-generated-wdefaults sufficient-test
-    gstacks parameters planemo test-data-generated-wdefaults
-populations parameters planemo test-data-generated-wdefaults
-
-tools
-    tool 
-
-Execution control
-
-    denovo_map.pl
-    ref_map.pl
-
-TODO
-- tools that accept iput from multiple previous stacks tools need a condition
-  to separate: 1) separate inputs 2) input from pipeline output
-  
-  alternatively let the user merge the collections
-
-- change input description in fastq_input_macro using tools 
-- remove pipes (as in tsv2bam)
-- make log output optional
-- denovo should also unzip stacks_outputs/catalog.calls to get the vcf
-- loops in procrad and ustacks should not use name only (multiple elements might have the same name)
-- help updates
-- test stacks_summary from bioconda