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author | jcb-mpl |
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date | Mon, 26 Apr 2021 16:29:40 +0000 |
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function res_out=mz_sci2hdf5(res,h5name) // entrees: ------------------------- // res: une structure avec les champs .time et .mzdata // sorties: // newname2: le nom du fichier de sortie, au format .h5 // avec les champs: // ChromatogramIndex // ChomatogramTime // SpectrumIntensity // SpectrumMZ // SpectrumIndex // preparer les donnes .dat au format .h5 // load(filedat_in) // donne res.time et res.bary n=length(res.time); ChromatogramIndex=n; ChomatogramTime=res.time; SpectrumIntensity=[]; SpectrumMZ=[]; SpectrumIndex=[]; for i=1:n; mz_i=res.mzdata(i); // une matrice de 2 colonnes diff_i=mz_i(2:$,1)-mz_i(1:$-1,1); if i==1 then SpectrumIntensity=mz_i(:,2); SpectrumMZ=[mz_i(1,1); diff_i]; SpectrumIndex=size(mz_i,1); else SpectrumIntensity=[SpectrumIntensity; mz_i(:,2)]; SpectrumMZ=[SpectrumMZ; mz_i(1,1); diff_i]; SpectrumIndex=[SpectrumIndex;SpectrumIndex($)+size(mz_i,1)]; end end // on a reconstitue les champs au format h5 b=h5open(h5name,"w"); h5write(b,"ChromatogramIndex",ChromatogramIndex); h5write(b,"ChomatogramTime",ChomatogramTime'); h5write(b,"SpectrumIntensity",SpectrumIntensity'); h5write(b,"SpectrumMZ",SpectrumMZ'); h5write(b,"SpectrumIndex",SpectrumIndex'); h5close(b) res_out=1; endfunction