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0
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1 function res_out=mz_sci2hdf5(res,h5name)
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2
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3 // entrees: -------------------------
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4 // res: une structure avec les champs .time et .mzdata
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5
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6 // sorties:
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7 // newname2: le nom du fichier de sortie, au format .h5
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8 // avec les champs:
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9 // ChromatogramIndex
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10 // ChomatogramTime
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11 // SpectrumIntensity
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12 // SpectrumMZ
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13 // SpectrumIndex
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15 // preparer les donnes .dat au format .h5
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16 // load(filedat_in) // donne res.time et res.bary
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17
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18 n=length(res.time);
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19
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20 ChromatogramIndex=n;
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21
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22 ChomatogramTime=res.time;
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23
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24 SpectrumIntensity=[];
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25 SpectrumMZ=[];
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26 SpectrumIndex=[];
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27
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28 for i=1:n;
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29 mz_i=res.mzdata(i); // une matrice de 2 colonnes
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30 diff_i=mz_i(2:$,1)-mz_i(1:$-1,1);
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31 if i==1 then
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32 SpectrumIntensity=mz_i(:,2);
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33 SpectrumMZ=[mz_i(1,1); diff_i];
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34 SpectrumIndex=size(mz_i,1);
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35 else
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36 SpectrumIntensity=[SpectrumIntensity; mz_i(:,2)];
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37 SpectrumMZ=[SpectrumMZ; mz_i(1,1); diff_i];
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38 SpectrumIndex=[SpectrumIndex;SpectrumIndex($)+size(mz_i,1)];
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39 end
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40 end
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41
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42 // on a reconstitue les champs au format h5
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43
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44 b=h5open(h5name,"w");
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45 h5write(b,"ChromatogramIndex",ChromatogramIndex);
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46 h5write(b,"ChomatogramTime",ChomatogramTime');
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47 h5write(b,"SpectrumIntensity",SpectrumIntensity');
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48 h5write(b,"SpectrumMZ",SpectrumMZ');
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49 h5write(b,"SpectrumIndex",SpectrumIndex');
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50 h5close(b)
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51
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52 res_out=1;
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53
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54 endfunction
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