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0
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1 function [res]= mz_1_read_txt(xfichier, pas )
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3 // lecture d'un fichier texte, obtenu par exportation d'un fichier .mzML
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5 // xfichier: le nom du fichier texte ex: xfichier -> '151123-vinrose_acet3%_T5h_cpl-pos.txt'
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6 // pas: le pas d'acquisition des données: pas=10 -> 1/10, pas = 1 -> 1/1 = toutes
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7 // pas est un multiple de 10
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8 // res: une structure
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10 // ex: res=mz_read_txt('151123-vinrose_acet3%_T5h_cpl-pos.txt',2);
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12 // compatibilité version 5.5.2 et 6.0.0
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13 version=getversion();
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14 version=strsplit(version,'-');
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15 version=version(2);
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16 version=part(version,1);
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17 version=strtod(version);
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18 if version < 6 then
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19 stacksize('max')
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20 end
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21
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22 // pas par défaut: pas =1 / on garde toutes les données
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23 if argn(2)==1 then
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24 pas=1;
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25 end
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27 // ouverture du fichier:
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28 id=mopen(xfichier,'rt');
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30 // initialisation:
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31 i=1;
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32 x_out=list();
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33 x_masses=[];
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34 x_time=[];
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35 end_file=0;
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36 list_index=1;
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37
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38 // début de la boucle while, pour collecter les données de masse
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39 while end_file==0;
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40
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41 line=mgetl(id,1);
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42 line=stripblanks(line) //enlève les blancs de début et fin, pas les blancs intermédiaires
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43
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44 if meof(id)==0 & line~=[] then // on continue...
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45
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46 // temps départ de l'acquisition:
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47 if regexp(line,'/scan start time/')~=[] then
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48 [a]=strsplit(line,',');
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49 time=strtod(a(2));
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50 end
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51
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52 // arrêt de boucle à la fin des spectres de masse:
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53 if (i<=10*pas) | (x_time($-1)<x_time($)) then // 10*pas pour avoir des valeurs dans x_time
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55 // extraction des données:
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56 if regexp(line,'/binary:/')~=[] then
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57
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58 a=strsplit(line,']');
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59 xtemp=stripblanks(a(2)); // extrait les données (1 x 1) et enlève les blancs de début et de fin
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60 xtemp=strsplit(xtemp,' '); // met xtemp sous forme d'un vecteur vectical de chaines de caractères
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61 xtemp=strtod(xtemp); // mise en alpha-numérique
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63 xtemp=xtemp(isnan(xtemp)==%F); // suppression des nan rajoutés accidentellement en fin de fichier xtemp, 16mars17
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65 if x_masses==[] then
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66 x_masses=xtemp;
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67 else
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68 if size(x_masses,1)==size(xtemp,1) then
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69 x_masses=[x_masses xtemp];
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70 else
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71 disp('erreur de dimensions ligne 73 de mz_read_txt' )
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72 disp(size(x_masses),'size(x_masses)=')
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73 disp(size(xtemp),'size(x_temp)=')
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74 pause
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75 clear x_masses
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76 end
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77
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78 end
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79 end
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80
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81
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82 // sélection d'un spectre de masse et d'une unité de temps par unité de pas:
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83 if size(x_masses,2)==2 then
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84 if floor(i/pas)==ceil(i/pas) then // on en garde 1/pas
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85 if x_time==[] then
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86 x_time=time;
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87 else
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88 x_time=[x_time;time];
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89 end
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90 x_out(list_index)=x_masses;
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91 //disp(size(x_out(list_index)),'size(x_out(list_index))=')
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92 list_index=list_index+1;
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93 end
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94 //disp(i,'i=')
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95 //disp(list_index,'list_index=')
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96 x_masses=[];
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97 i=i+1;
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98 end
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99 else // ligne 53
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100 end_file=1;
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101 end // ligne 53
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102
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103 else // ligne 44
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104 //end_file=meof(id) // on arrête la boucle while
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105 end_file=1;
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106 end // ligne 44
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107
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108 end // ligne 39
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109
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110 mclose(id)
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111
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112 res.time=x_time;
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113 if size(res.time,1)==1 then
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114 res.time=res.time';
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115 end
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116 res.mzdata=x_out;
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120 endfunction
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