diff src/mz_1_read_txt.sci @ 0:03c9a3b59377 draft

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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/src/mz_1_read_txt.sci	Mon Apr 26 16:28:21 2021 +0000
@@ -0,0 +1,120 @@
+function [res]= mz_1_read_txt(xfichier, pas )
+    
+     // lecture d'un fichier texte, obtenu par exportation d'un fichier .mzML 
+
+     // xfichier: le nom du fichier texte  ex: xfichier -> '151123-vinrose_acet3%_T5h_cpl-pos.txt'
+     // pas:      le pas d'acquisition des données: pas=10 -> 1/10, pas = 1 -> 1/1 = toutes 
+     //           pas est un multiple de 10  
+     // res:      une structure 
+     
+     // ex: res=mz_read_txt('151123-vinrose_acet3%_T5h_cpl-pos.txt',2);
+    
+     // compatibilité version 5.5.2 et 6.0.0
+     version=getversion();
+     version=strsplit(version,'-');
+     version=version(2);
+     version=part(version,1);
+     version=strtod(version);
+     if version < 6 then
+         stacksize('max')
+     end
+
+     // pas par défaut: pas =1 / on garde toutes les données
+     if argn(2)==1 then
+         pas=1;
+     end
+
+     // ouverture du fichier:
+     id=mopen(xfichier,'rt');
+     
+     // initialisation:
+     i=1;
+     x_out=list();
+     x_masses=[];
+     x_time=[];
+     end_file=0;
+     list_index=1;
+
+     // début de la boucle while, pour collecter les données de masse
+     while end_file==0;
+ 
+         line=mgetl(id,1);
+         line=stripblanks(line)  //enlève les blancs de début et fin, pas les blancs intermédiaires
+         
+         if meof(id)==0 & line~=[] then      // on continue... 
+             
+             // temps départ de l'acquisition: 
+             if regexp(line,'/scan start time/')~=[] then 
+                 [a]=strsplit(line,',');
+                 time=strtod(a(2));         
+             end 
+
+             // arrêt de boucle à la fin des spectres de masse:
+             if (i<=10*pas) | (x_time($-1)<x_time($))  then   // 10*pas pour avoir des valeurs dans x_time 
+
+                // extraction des données: 
+                if regexp(line,'/binary:/')~=[]   then 
+                   
+                    a=strsplit(line,']');
+                    xtemp=stripblanks(a(2));     // extrait les données (1 x 1) et enlève les blancs de début et de fin 
+                    xtemp=strsplit(xtemp,' ');   // met xtemp sous forme d'un vecteur vectical de chaines de caractères 
+                    xtemp=strtod(xtemp);         // mise en alpha-numérique 
+                    
+                    xtemp=xtemp(isnan(xtemp)==%F);  // suppression des nan rajoutés accidentellement en fin de fichier xtemp, 16mars17
+                    
+                    if x_masses==[] then  
+                        x_masses=xtemp;       
+                    else
+                        if size(x_masses,1)==size(xtemp,1) then
+                            x_masses=[x_masses xtemp];
+                        else
+                            disp('erreur de dimensions ligne 73 de mz_read_txt' )
+                            disp(size(x_masses),'size(x_masses)=')
+                            disp(size(xtemp),'size(x_temp)=')
+                            pause
+                            clear x_masses
+                        end
+
+                    end
+                end
+  
+    
+                // sélection d'un spectre de masse et d'une unité de temps par unité de pas: 
+                if size(x_masses,2)==2 then 
+                    if floor(i/pas)==ceil(i/pas) then // on en garde 1/pas 
+                        if x_time==[] then
+                            x_time=time;
+                        else
+                            x_time=[x_time;time];
+                        end
+                        x_out(list_index)=x_masses;
+                        //disp(size(x_out(list_index)),'size(x_out(list_index))=')    
+                        list_index=list_index+1;
+                    end
+                    //disp(i,'i=')
+                    //disp(list_index,'list_index=')
+                    x_masses=[];
+                    i=i+1;
+                end
+             else  // ligne 53
+                end_file=1;
+             end  // ligne 53
+         
+         else  // ligne 44 
+             //end_file=meof(id)    // on arrête la boucle while 
+             end_file=1;
+         end  // ligne 44
+
+     end  // ligne 39
+    
+     mclose(id)
+     
+     res.time=x_time;
+     if size(res.time,1)==1 then
+         res.time=res.time';
+     end
+     res.mzdata=x_out;
+     
+    
+    
+endfunction