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1 function x_tr_mz3=mz_eic5_step2(resbary,diff_mz_min,signal_thresh,durb_wats)
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2
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3 // avant 8jan20: function [x_tr_mz3,resbary]=mz_eic5_step2(resbary,diff_mz_min,signal_thresh,durb_wats)
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5 // fonction qui suit: mz_eic5_step1
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7 // cette fonction mobilise les fonctions suivantes:
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8 // exec('mz_3_extract_all_mz2.sci',-1);
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9 // exec('mz_4_scan_mz_raw6.sci',-1);
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10 // exec('mz_5_tr_matrix6bis.sci',-1);
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11 // exec('mz_6bis_durbin_watson.sci',-1)
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12 // exec('mz_6_rescan_mz2.sci',-1)
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13 // exec('mz_7_dwcleaning.sci',-1)
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15 // Arguments:
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16 // resbary: le SM au format barycentrique = centroide
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17 // diff_mz_min: seuil de m/z; ex: 0,0024
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18 // signal_thresh: un signal minimum regroupant plusieurs signaux sur le même TR; ex: 30000 sur vin
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19 // durb_wats: Durbin_Watson; on recherche durb_wats=0; ex de seuil: 1
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22 // extraction de tous les m/z de resbary
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23 allmz=mz_3_extract_all_mz2(resbary);
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26 // tri de la liste de m/z
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27 allmz2=mz_4_scan_mz_raw6(allmz,diff_mz_min,signal_thresh);
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28 clear allmz; //8jan20
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31 // calcul de la matrice x_tr_mz3:
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32 // avant 8jan20: [x_tr_mz,calculs_stats_tr_mz]=mz_5_tr_matrix6bis(resbary,allmz2,diff_mz_min,signal_thresh);
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33 x_tr_mz=mz_5_tr_matrix6bis(resbary,allmz2,diff_mz_min,signal_thresh);
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34 clear resbary allmz2; // 8jan20
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37 x_tr_mz2=mz_6_rescan_mz2(x_tr_mz,1.2*diff_mz_min);
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38 clear x_tr_mz ; // 8jan20
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41 x_tr_mz3=mz_7_dwcleaning(x_tr_mz2,durb_wats);
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45 endfunction
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