diff src/mz_eic5_step2.sci @ 0:245b2c2b3d75 draft

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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/src/mz_eic5_step2.sci	Tue Apr 27 14:13:47 2021 +0000
@@ -0,0 +1,70 @@
+function x_tr_mz3=mz_eic5_step2(resbary,diff_mz_min,signal_thresh,durb_wats)
+
+    // avant 8jan20: function [x_tr_mz3,resbary]=mz_eic5_step2(resbary,diff_mz_min,signal_thresh,durb_wats)
+
+    // fonction qui suit: mz_eic5_step1
+    
+    // cette fonction mobilise les fonctions suivantes:
+    //  exec('mz_3_extract_all_mz2.sci',-1);
+    //  exec('mz_4_scan_mz_raw6.sci',-1);
+    //  exec('mz_5_tr_matrix6bis.sci',-1);
+    //  exec('mz_6bis_durbin_watson.sci',-1)
+    //  exec('mz_6_rescan_mz2.sci',-1)
+    //  exec('mz_7_dwcleaning.sci',-1)
+
+    // Arguments:
+    // resbary: le SM au format barycentrique = centroide 
+    // diff_mz_min: seuil de m/z; ex: 0,0024
+    // signal_thresh: un signal minimum regroupant plusieurs signaux sur le même TR; ex: 30000 sur vin   
+    // durb_wats:   Durbin_Watson; on recherche durb_wats=0; ex de seuil: 1      
+
+    
+    // extraction de tous les m/z de resbary
+    allmz=mz_3_extract_all_mz2(resbary); 
+
+
+    // tri de la liste de m/z  
+    allmz2=mz_4_scan_mz_raw6(allmz,diff_mz_min,signal_thresh);
+    clear allmz;   //8jan20
+
+
+    // calcul de la matrice x_tr_mz3:
+    // avant 8jan20: [x_tr_mz,calculs_stats_tr_mz]=mz_5_tr_matrix6bis(resbary,allmz2,diff_mz_min,signal_thresh);
+    x_tr_mz=mz_5_tr_matrix6bis(resbary,allmz2,diff_mz_min,signal_thresh);
+    clear resbary allmz2; // 8jan20
+    
+        
+    x_tr_mz2=mz_6_rescan_mz2(x_tr_mz,1.2*diff_mz_min);
+        clear x_tr_mz ; // 8jan20
+    
+    
+    x_tr_mz3=mz_7_dwcleaning(x_tr_mz2,durb_wats);
+
+
+    
+endfunction
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