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5
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2 #:t::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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3 #:::::::::::::z;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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4 #::::::::::::i@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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5 #::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@
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6 #:::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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11 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE31t::::::::::::::::::::::::::::::::3E5@
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12 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEtt:::::::::::::::::::::::::::::::::353
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13 #::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE1ttz::::::::::::::::::::::::::::::::35
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14 #:::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEtz1::::::::::::::::::::::::::::::::t:
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15 #:::::::::!3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt::::::::::::::::::::::::::::::::;zz
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16 #::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt:::::z;z:::::::::::::::::::::::::13
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17 #::::::::::3B@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE3tt:czzztti;:::::::::::::::::::::::3
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18 #::::ttt::::3@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE5EE25Ezt1EEEz5Etzzz;;;;:::::::::::::::::
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19 #:::::::::::I9@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE@@@@@@@@@@@@@@Ez;:::::::::::
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20 #:::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@Ez::::::
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21 #::::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BE5EBB@@@@@@@@@@@@@@@EEE:::::
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22 #:::::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E1::35@@@@@@@@@@ME3MMME2::::::
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23 #:::::::::::::::?@@@@@@@@@@@@@@@@@@M@@@@@@@EE:::::3SB@@BBESEEt::::::::::::
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24 #::::::::::::::::J$@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@EE:::::::!35E33t:::::::::::::::
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25 #:::::::::::::::::3@E@@@EE5EESE5EESE@@@@@@@Et::::::::::::tz:::::::::::::::
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26 #:::::::::::::::::J@E$@EEE5133555SE@@@@@@@@Et:::::::::::::::::::::::::::::
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33 #:::::::::::::::::::::::::Q@@@@@@@@@@@@@@@@EE3EE;:::::zzzz::::::::::::::::
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34 #:::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@NN@@@@@@Ez:::::::::::::::
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38 #::::::::::::::::::::::::::::::3Q@@@@@@@BEEEEEt:::::::::::::;zz@@@EE::::::
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39 #::::::::::::::::::::::::::::::::75B@@@@@EEEtt;:::::::::;zz@@@@BEEEtz:::::
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40 #::::::::::::::::::::::::::::::::::::?9@@@@@@@@@@@E2Ezg@@@@@B@@@EEEE1t::::
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41 #:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@EEEEEEEzzz::
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42 #::::::::::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE5ttttt
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43 #:::::::::::::::::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEEEEEtzt
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44 #::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@EEEEEEEEEEEE@@@
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45 #::::::::::::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE3EEEE@@@@@@@
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46 #:::::::::::::::::::::;;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEt33@@@@@@@@@@
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47 #:::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@@@@@EEEtg@@@@@@@@@@@@
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48 #::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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49 #:::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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50 #::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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51 #
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52 # Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
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53 # Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
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54 # Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr
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55 # This software is distributed under the terms of the GNU General
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56 # Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
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57
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58 #!/bin/bash
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59
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60 REG="NA"
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61 CONTROLFILE="NA"
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62
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63 while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:p:" optionName; do
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64 case "$optionName" in
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65
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66 f) CHIPFILE="$OPTARG";;
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67 c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
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68 l) STEP="$OPTARG";;
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69 r) RIGHT="$OPTARG";;
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70 o) OUTPUT="$OPTARG";;
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71 u) OUTSTAT="$OPTARG";;
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72 v) GENOME="$OPTARG";;
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73 e) REG="$OPTARG";;
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74 p) PDF="$OPTARG";;
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75
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76 esac
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77 done
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78
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79 LOCAL_DIR=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
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80 DOCKER_PATH='/usr/bin/maketssdist'
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81
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82
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83 OUTPUT_DIR=`dirname $OUTPUT`
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84 R_PATH='/usr/bin/R-3.1.0/bin/Rscript --slave '
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85
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86 databasePath=$(find / -type d -name files | grep database)
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87
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88 mkdir -p $databasePath/nebulaAnnotations
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89 mkdir -p $databasePath/nebulaAnnotations/noIdenticalTransc
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90 nebulaAnnotationPath=$databasePath/nebulaAnnotations
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91 [ ! -f $nebulaAnnotationPath/noIdenticalTransc/$GENOME.noIdenticalTransc.txt ] && curl -s -o $nebulaAnnotationPath/noIdenticalTransc/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -L https://github.com/jbrayet/nebula_tools_docker/raw/master/tools_data/noIdenticalTransc/$GENOME.noIdenticalTransc.txt
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92
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93 noIdenticalTranscPath=$nebulaAnnotationPath/noIdenticalTransc
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94
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95
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96 if [ -r $REG ]; then
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97 perl $DOCKER_PATHcrossBedWithGenes.pl -g $noIdenticalTranscPath/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CHIPFILE -reg $REG -o $OUTPUT.annotated
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98 else
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|
99 perl $DOCKER_PATH/crossBedWithGenes.pl -g $noIdenticalTranscPath/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CHIPFILE -o $OUTPUT.annotated
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100 fi
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101
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|
102 if [ -r $CONTROLFILE ]; then
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103 perl $DOCKER_PATH/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o ${OUTPUT_DIR}/control.tmp
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|
104 if [ -r $REG ]; then
|
|
|
105 perl $DOCKER_PATH/crossBedWithGenes.pl -g $noIdenticalTranscPath/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -reg $REG -o $OUTPUT.control.annotated
|
|
|
106 else
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|
|
107 perl $DOCKER_PATH/crossBedWithGenes.pl -g $noIdenticalTranscPath/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -o $OUTPUT.control.annotated
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|
|
108 fi
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|
|
109 $R_PATH $DOCKER_PATH/makeTSSdist.R --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF
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|
110 else
|
|
|
111 $R_PATH $DOCKER_PATH/makeTSSdist.R --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF
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112 fi
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113
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114 rm $OUTPUT.annotated*
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115
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116 if [ -r $CONTROLFILE ]; then
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|
117 rm $OUTPUT.control.annotated*
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|
118 rm ${OUTPUT_DIR}/control.tmp
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|
119 fi
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