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+#
+# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
+# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
+# Contact: [e-mail], [e-mail]
+# This software is distributed under the terms of the GNU General
+# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
+
+#!/bin/bash
+
+REG="NA"
+CONTROLFILE="NA"
+
+while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:p:" optionName; do
+case "$optionName" in
+
+f) CHIPFILE="$OPTARG";;
+c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
+l) STEP="$OPTARG";;
+r) RIGHT="$OPTARG";;
+o) OUTPUT="$OPTARG";;
+u) OUTSTAT="$OPTARG";;
+v) GENOME="$OPTARG";;
+e) REG="$OPTARG";;
+p) PDF="$OPTARG";;
+
+esac
+done
+
+LOCAL_DIR=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
+DOCKER_PATH='/usr/bin/maketssdist'
+
+
+OUTPUT_DIR=`dirname $OUTPUT`
+R_PATH='/usr/bin/R-3.1.0/bin/Rscript --slave '
+
+databasePath=$(find / -type d -name files | grep database)
+
+mkdir -p $databasePath/nebulaAnnotations
+mkdir -p $databasePath/nebulaAnnotations/noIdenticalTransc
+nebulaAnnotationPath=$databasePath/nebulaAnnotations
+[ ! -f $nebulaAnnotationPath/noIdenticalTransc/$GENOME.noIdenticalTransc.txt ] && curl -s -o $nebulaAnnotationPath/noIdenticalTransc/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -L https://github.com/jbrayet/nebula_tools_docker/raw/master/tools_data/noIdenticalTransc/$GENOME.noIdenticalTransc.txt
+
+noIdenticalTranscPath=$nebulaAnnotationPath/noIdenticalTransc
+
+
+if [ -r $REG ]; then
+  perl $DOCKER_PATHcrossBedWithGenes.pl -g $noIdenticalTranscPath/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CHIPFILE -reg $REG -o $OUTPUT.annotated
+ else
+  perl $DOCKER_PATH/crossBedWithGenes.pl -g $noIdenticalTranscPath/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CHIPFILE -o $OUTPUT.annotated
+fi
+
+if [ -r $CONTROLFILE ]; then
+   perl $DOCKER_PATH/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o ${OUTPUT_DIR}/control.tmp
+  if [ -r $REG ]; then
+    perl $DOCKER_PATH/crossBedWithGenes.pl -g $noIdenticalTranscPath/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -reg $REG -o $OUTPUT.control.annotated
+  else
+    perl $DOCKER_PATH/crossBedWithGenes.pl -g $noIdenticalTranscPath/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -o $OUTPUT.control.annotated
+  fi
+    $R_PATH $DOCKER_PATH/makeTSSdist.R --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF
+else
+  $R_PATH $DOCKER_PATH/makeTSSdist.R --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF
+fi
+
+rm $OUTPUT.annotated*
+
+if [ -r $CONTROLFILE ]; then
+  rm $OUTPUT.control.annotated*
+  rm ${OUTPUT_DIR}/control.tmp
+fi