changeset 0:851fe29d1f20 draft

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author geert-vandeweyer
date Mon, 04 Aug 2014 10:27:05 -0400
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children e14baafb20bd
files cuffquant_wrapper.xml repository_dependencies.xml test-data/cuffcompare_out5.gtf test-data/cuffdiff_in1.sam test-data/cuffdiff_in2.sam tool-data/fasta_indexes.loc.sample tool_data_table_conf.xml.sample tool_dependencies.xml
diffstat 8 files changed, 1172 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cuffquant_wrapper.xml	Mon Aug 04 10:27:05 2014 -0400
@@ -0,0 +1,237 @@
+<tool id="cuffquant" name="Cuffquant" version="0.0.1">
+    <!-- Wrapper supports Cuffdiff versions 2.2.1 -->
+    <description>Precompute gene expression levels</description>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="2.2.1">cufflinks</requirement>
+    </requirements>
+    <version_command>cuffquant 2>&amp;1 | head -n 1</version_command>
+    <command>
+        cuffquant
+            --no-update-check
+            ##--num-threads="\${GALAXY_SLOTS:-4}"
+	    --num-threads=6
+            ## Set advanced SE data parameters?
+            #if $additional.sAdditional == "Yes":
+                -m $additional.frag_mean_len
+                -s $additional.frag_len_std_dev
+            #end if
+
+            ## Multi-read correct?
+            #if $multiread_correct :
+            -u
+            #end if
+
+            ## Bias correction?
+            #if $bias_correction.do_bias_correction == "Yes":
+               -b
+                #if $bias_correction.seq_source.index_source == "history":
+                    ## Custom genome from history.
+                    $bias_correction.seq_source.ref_file
+                #else:
+                    ## Built-in genome.
+                    ${__get_data_table_entry__('fasta_indexes', 'value', $gtf_input.dbkey, 'path')}
+                #end if
+            #end if
+
+	    $length_correction
+
+	    ## Set advanced parameters for cufflinks
+ 	    #if $advanced_settings.sAdvanced == "Yes":
+		#if str($advanced_settings.library_type) != 'auto':
+			--library-type=$advanced_settings.library_type
+		#end if
+		#if $advanced_settings.mask_file:
+			--mask-file=$advanced_settings.mask_file
+	    	#end if
+		--max-mle-iterations=$advanced_settings.max_mle_iterations
+		--max-bundle-frags=$advanced_settings.max_bundle_frags
+	    #end if
+            ## Inputs.
+            $gtf_input
+            #for $condition in $conditions:
+                #set samples = ','.join( [ str( $sample.sample ) for $sample in $condition.samples ] )
+                $samples
+            #end for
+    </command>
+    <inputs>
+        <param format="gtf,gff3" name="gtf_input" type="data" label="Transcripts" help="A transcript annotation (GFF3 or GTF) file produced by cufflinks, cuffcompare, or other source."/>
+
+        <repeat name="conditions" title="Condition" min="1">
+            <param name="name" title="Condition name" type="text" label="Name"/>
+            <repeat name="samples" title="Replicate" min="1">
+                <param name="sample" label="Add replicate" type="data" format="sam,bam"/>
+            </repeat>
+        </repeat>
+
+
+        <param name="multiread_correct" type="boolean" label="Use multi-read correct" help="Tells Cufflinks to do an initial estimation procedure to more accurately weight reads mapping to multiple locations in the genome." />
+
+        <conditional name="bias_correction">
+            <param name="do_bias_correction" type="select" label="Perform Bias Correction" help="Bias detection and correction can significantly improve accuracy of transcript abundance estimates.">
+                <option value="No">No</option>
+                <option value="Yes">Yes</option>
+            </param>
+            <when value="Yes">
+                <conditional name="seq_source">
+                  <param name="index_source" type="select" label="Reference sequence data">
+                    <option value="cached">Locally cached</option>
+                    <option value="history">History</option>
+                  </param>
+                  <when value="cached">
+                    <param name="index" type="select" label="Using reference genome">
+                      <options from_data_table="fasta_indexes">
+                        <filter type="data_meta" ref="gtf_input" key="dbkey" column="1" />
+                        <validator type="no_options" message="No reference genome is available for the build associated with the selected input dataset" />
+                      </options>
+                    </param>
+                  </when>
+                  <when value="history">
+                      <param name="ref_file" type="data" format="fasta" label="Using reference file" />
+                  </when>
+                </conditional>
+            </when>
+            <when value="No"></when>
+        </conditional>
+
+	<param name="length_correction" type="select" label="apply length correction" help="mode of length normalization to transcript fpkm.">
+            <option value="" selected="true">cufflinks effective length correction</option>
+            <option value="--no-effective-length-correction">standard length correction</option>
+	    <option value="--no-length-correction">no length correction at all (use raw counts)</option>
+        </param>
+
+        <conditional name="additional">
+            <param name="sAdditional" type="select" label="Set Additional Parameters for single end reads? (not recommended for paired-end reads)">
+                <option value="No" selected="True">No</option>
+                <option value="Yes">Yes</option>
+            </param>
+            <when value="No"></when>
+            <when value="Yes">
+                <param name="frag_mean_len" type="integer" value="200" label="Average Fragment Length"/>
+                <param name="frag_len_std_dev" type="integer" value="80" label="Fragment Length Standard Deviation"/>
+            </when>
+        </conditional>
+
+        <conditional name="advanced_settings">
+	    	<param name="sAdvanced" type="select" label="Set Advanced Cuffquant parameters? ">
+                	<option value="No" selected="True">No</option>
+                	<option value="Yes">Yes</option>
+            	</param>
+		<when value="No"></when>
+		<when value="Yes">
+			<param type="select" name="library_type" label="Library prep used for input reads" help="">
+				<option value="auto" selected="True">Auto Detect</option>
+				<option value="ff-firststrand">ff-firststrand</option>
+				<option value="ff-secondstrand">ff-secondstrand</option>
+				<option value="ff-unstranded">ff-unstranded</option>
+				<option value="fr-firststrand">fr-firststrand</option>
+				<option value="fr-secondstrand">fr-secondstrand</option>
+				<option value="fr-unstranded" >fr-unstranded</option>
+				<option value="transfrags">transfrags</option>
+			</param>
+			<param name="mask_file" type="data" format="gtf,gff3" label="Mask File" help="Ignore all alignment within transcripts in this file" optional="True" />
+			<param name="max_mle_iterations" value="5000" type="integer" label="Max MLE iterations" help="Maximum iterations allowed for Maximal Likelyhood Estimation calculations" />
+			<param name="max_bundle_frags" type="integer" value="500000" label="Maximum number of fragments per locus" help="Sets the maximum number of fragments a locus may have before being skipped. Skipped loci are listed in skipped.gtf. Default: 500,000" />
+			
+		    </when>
+		</conditional>
+    </inputs>
+
+    <stdio>
+        <regex match="Error" source="both" level="fatal" description="Error"/>
+        <regex match=".*" source="both" level="log" description="tool progress"/>
+    </stdio>
+
+    <outputs>
+
+        <!-- Standard datasets. -->
+        <data format="cxb" name="out_file" label="${tool.name} on ${on_string}: Abundances.cxb" from_work_dir="abundances.cxb" />
+    </outputs>
+
+    <tests>
+        <test>
+                <!--
+                    cuffdiff cuffcompare_out5.gtf cuffdiff_in1.sam cuffdiff_in2.sam 
+                -->
+                <!-- 
+                    NOTE: as of version 0.0.6 of the wrapper, tests cannot be run because multiple inputs to a repeat
+                    element are not supported.
+                <param name="gtf_input" value="cuffcompare_out5.gtf" ftype="gtf" />
+                <param name="do_groups" value="No" />
+                <param name="aligned_reads1" value="cuffdiff_in1.sam" ftype="sam" />
+                <param name="aligned_reads2" value="cuffdiff_in2.sam" ftype="sam" />
+                <param name="fdr" value="0.05" />
+                <param name="min_alignment_count" value="0" />
+                <param name="do_bias_correction" value="No" />
+                <param name="do_normalization" value="No" />
+                <param name="multiread_correct" value="No"/>
+                <param name="sAdditional" value="No"/>
+                <output name="splicing_diff" file="cuffdiff_out9.txt"/>
+                <output name="promoters_diff" file="cuffdiff_out10.txt"/>
+                <output name="cds_diff" file="cuffdiff_out11.txt"/>
+                <output name="cds_exp_fpkm_tracking" file="cuffdiff_out4.txt"/>
+                <output name="cds_fpkm_tracking" file="cuffdiff_out8.txt"/>
+                <output name="tss_groups_exp" file="cuffdiff_out3.txt" lines_diff="200"/>
+                <output name="tss_groups_fpkm_tracking" file="cuffdiff_out7.txt"/>
+                <output name="genes_exp" file="cuffdiff_out2.txt" lines_diff="200"/>
+                <output name="genes_fpkm_tracking" file="cuffdiff_out6.txt" lines_diff="200"/>
+                <output name="isoforms_exp" file="cuffdiff_out1.txt" lines_diff="200"/>
+                <output name="isoforms_fpkm_tracking" file="cuffdiff_out5.txt" lines_diff="200"/>
+                -->
+        </test>
+    </tests>
+
+    <help>
+**Cuffquant Overview**
+
+Cuffquant is part of Cufflinks_. Cuffquant provides pre-calculation of gene expression levels. The resulting file can be provided to cuffdiff or cuffnorm for further processing.  Please cite: Trapnell C, Williams BA, Pertea G, Mortazavi AM, Kwan G, van Baren MJ, Salzberg SL, Wold B, Pachter L. Transcript assembly and abundance estimation from RNA-Seq reveals thousands of new transcripts and switching among isoforms. Nature Biotechnology doi:10.1038/nbt.1621
+
+.. _Cufflinks: http://cufflinks.cbcb.umd.edu/
+        
+------
+
+**Know what you are doing**
+
+.. class:: warningmark
+
+There is no such thing (yet) as an automated gearshift in expression analysis. It is all like stick-shift driving in San Francisco. In other words, running this tool with default parameters will probably not give you meaningful results. A way to deal with this is to **understand** the parameters by carefully reading the `documentation`__ and experimenting. Fortunately, Galaxy makes experimenting easy.
+
+.. __: http://cufflinks.cbcb.umd.edu/manual.html#cuffdiff
+
+------
+
+**Input format**
+
+Cuffquant takes Cufflinks or Cuffcompare GTF files as input along with two or more SAM files containing the fragment alignments for two or more samples.
+
+------
+
+**Outputs**
+
+Cuffquant produces one output file:
+
+1. Transcript expression values in binary format.
+    
+-------
+
+**Settings**
+
+All of the options have a default value. You can change any of them. Most of the options in Cuffdiff have been implemented here.
+
+------
+
+**Cuffdiff parameter list**
+
+This is a list of implemented Cuffdiff options::
+
+  -m INT                         Average fragment length (SE reads); default 200
+  -s INT                         Fragment legnth standard deviation (SE reads); default 80
+  --max-mle-iterations INT       Sets the number of iterations allowed during maximum likelihood estimation of abundances. Default: 5000
+  -u                             Multi read correction tells Cufflinks to do an initial estimation procedure to more accurately weight reads mapping to multiple locations in the genome.
+  -b ref.fasta			 bias correction. Bias detection and correction can significantly improve accuracy of transcript abundance estimates.
+  --no-effective-length-correction  Use standard length correction
+  --no-length-correction         Disable all length correction.
+  --library-type                 ff-firststrand,ff-secondstrand,ff-unstranded,fr-firstrand,fr-secondstrand,fr-unstranded,transfrags
+  --mask-file (gff3/gtf)         Ignore all alignment within transcripts in this file
+  --max-bundle-frags             Sets the maximum number of fragments a locus may have before being skipped. Skipped loci are listed in skipped.gtf.
+    </help>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/repository_dependencies.xml	Mon Aug 04 10:27:05 2014 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<repositories description="This requires the cuffquant cxb data format definition.">
+    <repository changeset_revision="27ec5b7e46aa" name="cuffquant_datatype" owner="geert-vandeweyer" toolshed="http://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
+</repositories>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cuffcompare_out5.gtf	Mon Aug 04 10:27:05 2014 -0400
@@ -0,0 +1,90 @@
+chr1	Cufflinks	exon	3204755	3204833	.	-	.	gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000001"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.13.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "c"; tss_id "TSS1";
+chr1	Cufflinks	exon	3111450	3111490	.	.	.	gene_id "XLOC_000002"; transcript_id "TCONS_00000002"; exon_number "1"; oId "CUFF.1.1"; class_code "u"; tss_id "TSS2";
+chr1	Cufflinks	exon	3111546	3111576	.	.	.	gene_id "XLOC_000003"; transcript_id "TCONS_00000003"; exon_number "1"; oId "CUFF.3.1"; class_code "u"; tss_id "TSS3";
+chr1	Cufflinks	exon	3174766	3174792	.	.	.	gene_id "XLOC_000004"; transcript_id "TCONS_00000051"; exon_number "1"; oId "CUFF.1.1"; class_code "u"; tss_id "TSS4";
+chr1	Cufflinks	exon	3187402	3187428	.	.	.	gene_id "XLOC_000005"; transcript_id "TCONS_00000052"; exon_number "1"; oId "CUFF.3.1"; class_code "u"; tss_id "TSS5";
+chr1	Cufflinks	exon	3188522	3188548	.	.	.	gene_id "XLOC_000006"; transcript_id "TCONS_00000053"; exon_number "1"; oId "CUFF.5.1"; class_code "u"; tss_id "TSS6";
+chr1	Cufflinks	exon	3189811	3190789	.	.	.	gene_id "XLOC_000007"; transcript_id "TCONS_00000054"; exon_number "1"; oId "CUFF.11.1"; class_code "u"; tss_id "TSS7";
+chr1	Cufflinks	exon	3190859	3191434	.	.	.	gene_id "XLOC_000008"; transcript_id "TCONS_00000055"; exon_number "1"; oId "CUFF.7.1"; class_code "u"; tss_id "TSS10";
+chr1	Cufflinks	exon	3191513	3192077	.	.	.	gene_id "XLOC_000009"; transcript_id "TCONS_00000056"; exon_number "1"; oId "CUFF.9.1"; class_code "u"; tss_id "TSS11";
+chr1	Cufflinks	exon	3192251	3192336	.	.	.	gene_id "XLOC_000010"; transcript_id "TCONS_00000057"; exon_number "1"; oId "CUFF.13.1"; class_code "u"; tss_id "TSS13";
+chr1	Cufflinks	exon	3192442	3192494	.	.	.	gene_id "XLOC_000011"; transcript_id "TCONS_00000009"; exon_number "1"; oId "CUFF.39.1"; class_code "u"; tss_id "TSS14";
+chr1	Cufflinks	exon	3192551	3192629	.	.	.	gene_id "XLOC_000012"; transcript_id "TCONS_00000010"; exon_number "1"; oId "CUFF.41.1"; class_code "u"; tss_id "TSS15";
+chr1	Cufflinks	exon	3192650	3192676	.	.	.	gene_id "XLOC_000013"; transcript_id "TCONS_00000058"; exon_number "1"; oId "CUFF.15.1"; class_code "u"; tss_id "TSS16";
+chr1	Cufflinks	exon	3192732	3192811	.	.	.	gene_id "XLOC_000014"; transcript_id "TCONS_00000011"; exon_number "1"; oId "CUFF.43.1"; class_code "u"; tss_id "TSS17";
+chr1	Cufflinks	exon	3192941	3193042	.	.	.	gene_id "XLOC_000015"; transcript_id "TCONS_00000012"; exon_number "1"; oId "CUFF.45.1"; class_code "u"; tss_id "TSS18";
+chr1	Cufflinks	exon	3194186	3194226	.	.	.	gene_id "XLOC_000016"; transcript_id "TCONS_00000013"; exon_number "1"; oId "CUFF.47.1"; class_code "u"; tss_id "TSS19";
+chr1	Cufflinks	exon	3194303	3194329	.	.	.	gene_id "XLOC_000017"; transcript_id "TCONS_00000014"; exon_number "1"; oId "CUFF.49.1"; class_code "u"; tss_id "TSS20";
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+chr1	Cufflinks	exon	3195451	3195477	.	.	.	gene_id "XLOC_000020"; transcript_id "TCONS_00000016"; exon_number "1"; oId "CUFF.53.1"; class_code "u"; tss_id "TSS23";
+chr1	Cufflinks	exon	3197090	3197116	.	.	.	gene_id "XLOC_000021"; transcript_id "TCONS_00000017"; exon_number "1"; oId "CUFF.55.1"; class_code "u"; tss_id "TSS24";
+chr1	Cufflinks	exon	3197247	3197273	.	.	.	gene_id "XLOC_000022"; transcript_id "TCONS_00000018"; exon_number "1"; oId "CUFF.57.1"; class_code "u"; tss_id "TSS25";
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+EAS38_1_170_391_724	16	chr1	3291373	255	35M	*	0	0	AAGTAAACCCTTTCTCCTGTAAGTTTCCTTTGGTC	_hhWhgQhhhUbchhhhhhhhhhhhhhhhhhhXhh	NM:i:0
+EAS38_1_315_950_278	16	chr1	3291611	255	35M	*	0	0	TCCATGCCCAGTTTCAGGTGGGAAAACAACTAAGT	QAchLb^ChhhhhYhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	NM:i:0
+EAS38_1_330_167_763	16	chr1	3299360	255	35M	*	0	0	AAAAATCTTTTTTCTTCTTCTTTCTTTCTTTCTAT	hhhhhhhhLh__hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh=h	NM:i:1
+EAS38_1_7_984_851	16	chr1	3299360	255	35M	*	0	0	AAAAATCTTTTTTCTTCTTNTTTCTTTCTTTCTTT	NLPMNN`LEdULNhVhhhh;Phhhhhhhhhhhhhh	NM:i:1
+EAS38_1_133_814_850	0	chr1	3299443	1	35M	*	0	0	TTTGAGACAGGGTTTCTTTATATAGCCATGGTTGG	hhhhhhhhhhhhEhhChhhhhhhhhOTUhhf?SSG	NM:i:2
+EAS38_1_303_411_338	16	chr1	3299602	255	35M	*	0	0	GAGATGAATACTGGGTAGAAAATAAAAAAATTTAC	ThYhFHhhI_JXh_XhhhhhhhYhhhhhhhhhhhh	NM:i:0
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/fasta_indexes.loc.sample	Mon Aug 04 10:27:05 2014 -0400
@@ -0,0 +1,29 @@
+#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools
+#to use a directory of Samtools indexed sequences data files.  You will need
+#to create these data files and then create a fasta_indexes.loc file
+#similar to this one (store it in this directory) that points to
+#the directories in which those files are stored. The fasta_indexes.loc
+#file has this format (white space characters are TAB characters):
+#
+# <unique_build_id>	<dbkey>	<display_name>	<file_base_path>
+#
+#So, for example, if you had hg19 Canonical indexed stored in
+#
+# /depot/data2/galaxy/hg19/sam/,
+#
+#then the fasta_indexes.loc entry would look like this:
+#
+#hg19canon	hg19	Human (Homo sapiens): hg19 Canonical	/depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa
+#
+#and your /depot/data2/galaxy/hg19/sam/ directory
+#would contain hg19canon.fa and hg19canon.fa.fai files.
+#
+#Your fasta_indexes.loc file should include an entry per line for
+#each index set you have stored.  The file in the path does actually
+#exist, but it should never be directly used. Instead, the name serves
+#as a prefix for the index file.  For example:
+#
+#hg18canon	hg18	Human (Homo sapiens): hg18 Canonical	/depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18canon.fa
+#hg18full	hg18	Human (Homo sapiens): hg18 Full	/depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18full.fa
+#hg19canon	hg19	Human (Homo sapiens): hg19 Canonical	/depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa
+#hg19full	hg19	Human (Homo sapiens): hg19 Full	/depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19full.fa
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample	Mon Aug 04 10:27:05 2014 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+<tables>
+    <table name="fasta_indexes" comment_char="#">
+        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
+        <file path="tool-data/fasta_indexes.loc" />
+    </table>
+</tables>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml	Mon Aug 04 10:27:05 2014 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool_dependency>
+    <package name="cufflinks" version="2.2.1">
+        <repository changeset_revision="8eb211c00b6f" name="package_cufflinks_2_2_1" owner="geert-vandeweyer" toolshed="http://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    </package>
+</tool_dependency>