# HG changeset patch
# User geert-vandeweyer
# Date 1407162425 14400
# Node ID 851fe29d1f20c4b775a1fb352f9cbcfea349e210
Uploaded
diff -r 000000000000 -r 851fe29d1f20 cuffquant_wrapper.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cuffquant_wrapper.xml Mon Aug 04 10:27:05 2014 -0400
@@ -0,0 +1,237 @@
+
+
+ Precompute gene expression levels
+
+ cufflinks
+
+ cuffquant 2>&1 | head -n 1
+
+ cuffquant
+ --no-update-check
+ ##--num-threads="\${GALAXY_SLOTS:-4}"
+ --num-threads=6
+ ## Set advanced SE data parameters?
+ #if $additional.sAdditional == "Yes":
+ -m $additional.frag_mean_len
+ -s $additional.frag_len_std_dev
+ #end if
+
+ ## Multi-read correct?
+ #if $multiread_correct :
+ -u
+ #end if
+
+ ## Bias correction?
+ #if $bias_correction.do_bias_correction == "Yes":
+ -b
+ #if $bias_correction.seq_source.index_source == "history":
+ ## Custom genome from history.
+ $bias_correction.seq_source.ref_file
+ #else:
+ ## Built-in genome.
+ ${__get_data_table_entry__('fasta_indexes', 'value', $gtf_input.dbkey, 'path')}
+ #end if
+ #end if
+
+ $length_correction
+
+ ## Set advanced parameters for cufflinks
+ #if $advanced_settings.sAdvanced == "Yes":
+ #if str($advanced_settings.library_type) != 'auto':
+ --library-type=$advanced_settings.library_type
+ #end if
+ #if $advanced_settings.mask_file:
+ --mask-file=$advanced_settings.mask_file
+ #end if
+ --max-mle-iterations=$advanced_settings.max_mle_iterations
+ --max-bundle-frags=$advanced_settings.max_bundle_frags
+ #end if
+ ## Inputs.
+ $gtf_input
+ #for $condition in $conditions:
+ #set samples = ','.join( [ str( $sample.sample ) for $sample in $condition.samples ] )
+ $samples
+ #end for
+
+
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+
+**Cuffquant Overview**
+
+Cuffquant is part of Cufflinks_. Cuffquant provides pre-calculation of gene expression levels. The resulting file can be provided to cuffdiff or cuffnorm for further processing. Please cite: Trapnell C, Williams BA, Pertea G, Mortazavi AM, Kwan G, van Baren MJ, Salzberg SL, Wold B, Pachter L. Transcript assembly and abundance estimation from RNA-Seq reveals thousands of new transcripts and switching among isoforms. Nature Biotechnology doi:10.1038/nbt.1621
+
+.. _Cufflinks: http://cufflinks.cbcb.umd.edu/
+
+------
+
+**Know what you are doing**
+
+.. class:: warningmark
+
+There is no such thing (yet) as an automated gearshift in expression analysis. It is all like stick-shift driving in San Francisco. In other words, running this tool with default parameters will probably not give you meaningful results. A way to deal with this is to **understand** the parameters by carefully reading the `documentation`__ and experimenting. Fortunately, Galaxy makes experimenting easy.
+
+.. __: http://cufflinks.cbcb.umd.edu/manual.html#cuffdiff
+
+------
+
+**Input format**
+
+Cuffquant takes Cufflinks or Cuffcompare GTF files as input along with two or more SAM files containing the fragment alignments for two or more samples.
+
+------
+
+**Outputs**
+
+Cuffquant produces one output file:
+
+1. Transcript expression values in binary format.
+
+-------
+
+**Settings**
+
+All of the options have a default value. You can change any of them. Most of the options in Cuffdiff have been implemented here.
+
+------
+
+**Cuffdiff parameter list**
+
+This is a list of implemented Cuffdiff options::
+
+ -m INT Average fragment length (SE reads); default 200
+ -s INT Fragment legnth standard deviation (SE reads); default 80
+ --max-mle-iterations INT Sets the number of iterations allowed during maximum likelihood estimation of abundances. Default: 5000
+ -u Multi read correction tells Cufflinks to do an initial estimation procedure to more accurately weight reads mapping to multiple locations in the genome.
+ -b ref.fasta bias correction. Bias detection and correction can significantly improve accuracy of transcript abundance estimates.
+ --no-effective-length-correction Use standard length correction
+ --no-length-correction Disable all length correction.
+ --library-type ff-firststrand,ff-secondstrand,ff-unstranded,fr-firstrand,fr-secondstrand,fr-unstranded,transfrags
+ --mask-file (gff3/gtf) Ignore all alignment within transcripts in this file
+ --max-bundle-frags Sets the maximum number of fragments a locus may have before being skipped. Skipped loci are listed in skipped.gtf.
+
+
diff -r 000000000000 -r 851fe29d1f20 repository_dependencies.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/repository_dependencies.xml Mon Aug 04 10:27:05 2014 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 851fe29d1f20 test-data/cuffcompare_out5.gtf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cuffcompare_out5.gtf Mon Aug 04 10:27:05 2014 -0400
@@ -0,0 +1,90 @@
+chr1 Cufflinks exon 3204755 3204833 . - . gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000001"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.13.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "c"; tss_id "TSS1";
+chr1 Cufflinks exon 3111450 3111490 . . . gene_id "XLOC_000002"; transcript_id "TCONS_00000002"; exon_number "1"; oId "CUFF.1.1"; class_code "u"; tss_id "TSS2";
+chr1 Cufflinks exon 3111546 3111576 . . . gene_id "XLOC_000003"; transcript_id "TCONS_00000003"; exon_number "1"; oId "CUFF.3.1"; class_code "u"; tss_id "TSS3";
+chr1 Cufflinks exon 3174766 3174792 . . . gene_id "XLOC_000004"; transcript_id "TCONS_00000051"; exon_number "1"; oId "CUFF.1.1"; class_code "u"; tss_id "TSS4";
+chr1 Cufflinks exon 3187402 3187428 . . . gene_id "XLOC_000005"; transcript_id "TCONS_00000052"; exon_number "1"; oId "CUFF.3.1"; class_code "u"; tss_id "TSS5";
+chr1 Cufflinks exon 3188522 3188548 . . . gene_id "XLOC_000006"; transcript_id "TCONS_00000053"; exon_number "1"; oId "CUFF.5.1"; class_code "u"; tss_id "TSS6";
+chr1 Cufflinks exon 3189811 3190789 . . . gene_id "XLOC_000007"; transcript_id "TCONS_00000054"; exon_number "1"; oId "CUFF.11.1"; class_code "u"; tss_id "TSS7";
+chr1 Cufflinks exon 3190859 3191434 . . . gene_id "XLOC_000008"; transcript_id "TCONS_00000055"; exon_number "1"; oId "CUFF.7.1"; class_code "u"; tss_id "TSS10";
+chr1 Cufflinks exon 3191513 3192077 . . . gene_id "XLOC_000009"; transcript_id "TCONS_00000056"; exon_number "1"; oId "CUFF.9.1"; class_code "u"; tss_id "TSS11";
+chr1 Cufflinks exon 3192251 3192336 . . . gene_id "XLOC_000010"; transcript_id "TCONS_00000057"; exon_number "1"; oId "CUFF.13.1"; class_code "u"; tss_id "TSS13";
+chr1 Cufflinks exon 3192442 3192494 . . . gene_id "XLOC_000011"; transcript_id "TCONS_00000009"; exon_number "1"; oId "CUFF.39.1"; class_code "u"; tss_id "TSS14";
+chr1 Cufflinks exon 3192551 3192629 . . . gene_id "XLOC_000012"; transcript_id "TCONS_00000010"; exon_number "1"; oId "CUFF.41.1"; class_code "u"; tss_id "TSS15";
+chr1 Cufflinks exon 3192650 3192676 . . . gene_id "XLOC_000013"; transcript_id "TCONS_00000058"; exon_number "1"; oId "CUFF.15.1"; class_code "u"; tss_id "TSS16";
+chr1 Cufflinks exon 3192732 3192811 . . . gene_id "XLOC_000014"; transcript_id "TCONS_00000011"; exon_number "1"; oId "CUFF.43.1"; class_code "u"; tss_id "TSS17";
+chr1 Cufflinks exon 3192941 3193042 . . . gene_id "XLOC_000015"; transcript_id "TCONS_00000012"; exon_number "1"; oId "CUFF.45.1"; class_code "u"; tss_id "TSS18";
+chr1 Cufflinks exon 3194186 3194226 . . . gene_id "XLOC_000016"; transcript_id "TCONS_00000013"; exon_number "1"; oId "CUFF.47.1"; class_code "u"; tss_id "TSS19";
+chr1 Cufflinks exon 3194303 3194329 . . . gene_id "XLOC_000017"; transcript_id "TCONS_00000014"; exon_number "1"; oId "CUFF.49.1"; class_code "u"; tss_id "TSS20";
+chr1 Cufflinks exon 3194707 3194733 . . . gene_id "XLOC_000018"; transcript_id "TCONS_00000059"; exon_number "1"; oId "CUFF.17.1"; class_code "u"; tss_id "TSS21";
+chr1 Cufflinks exon 3195084 3195110 . . . gene_id "XLOC_000019"; transcript_id "TCONS_00000015"; exon_number "1"; oId "CUFF.51.1"; class_code "u"; tss_id "TSS22";
+chr1 Cufflinks exon 3195451 3195477 . . . gene_id "XLOC_000020"; transcript_id "TCONS_00000016"; exon_number "1"; oId "CUFF.53.1"; class_code "u"; tss_id "TSS23";
+chr1 Cufflinks exon 3197090 3197116 . . . gene_id "XLOC_000021"; transcript_id "TCONS_00000017"; exon_number "1"; oId "CUFF.55.1"; class_code "u"; tss_id "TSS24";
+chr1 Cufflinks exon 3197247 3197273 . . . gene_id "XLOC_000022"; transcript_id "TCONS_00000018"; exon_number "1"; oId "CUFF.57.1"; class_code "u"; tss_id "TSS25";
+chr1 Cufflinks exon 3197347 3197373 . . . gene_id "XLOC_000023"; transcript_id "TCONS_00000019"; exon_number "1"; oId "CUFF.59.1"; class_code "u"; tss_id "TSS26";
+chr1 Cufflinks exon 3197426 3197452 . . . gene_id "XLOC_000024"; transcript_id "TCONS_00000060"; exon_number "1"; oId "CUFF.19.1"; class_code "u"; tss_id "TSS27";
+chr1 Cufflinks exon 3200023 3200191 . . . gene_id "XLOC_000025"; transcript_id "TCONS_00000020"; exon_number "1"; oId "CUFF.7.1"; class_code "u"; tss_id "TSS28";
+chr1 Cufflinks exon 3200326 3200352 . . . gene_id "XLOC_000026"; transcript_id "TCONS_00000021"; exon_number "1"; oId "CUFF.5.1"; class_code "u"; tss_id "TSS29";
+chr1 Cufflinks exon 3200431 3200457 . . . gene_id "XLOC_000027"; transcript_id "TCONS_00000062"; exon_number "1"; oId "CUFF.21.1"; class_code "u"; tss_id "TSS30";
+chr1 Cufflinks exon 3201008 3201039 . . . gene_id "XLOC_000028"; transcript_id "TCONS_00000063"; exon_number "1"; oId "CUFF.26.1"; class_code "u"; tss_id "TSS31";
+chr1 Cufflinks exon 3201078 3201481 . . . gene_id "XLOC_000029"; transcript_id "TCONS_00000022"; exon_number "1"; oId "CUFF.9.1"; class_code "u"; tss_id "TSS32";
+chr1 Cufflinks exon 3201597 3201666 . . . gene_id "XLOC_000030"; transcript_id "TCONS_00000065"; exon_number "1"; oId "CUFF.29.1"; class_code "u"; tss_id "TSS33";
+chr1 Cufflinks exon 3201673 3201699 . . . gene_id "XLOC_000031"; transcript_id "TCONS_00000023"; exon_number "1"; oId "CUFF.11.1"; class_code "u"; tss_id "TSS34";
+chr1 Cufflinks exon 3201726 3201809 . . . gene_id "XLOC_000032"; transcript_id "TCONS_00000066"; exon_number "1"; oId "CUFF.31.1"; class_code "u"; tss_id "TSS35";
+chr1 Cufflinks exon 3211522 3211561 . . . gene_id "XLOC_000033"; transcript_id "TCONS_00000067"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.33.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS36";
+chr1 Cufflinks exon 3212214 3212292 . . . gene_id "XLOC_000034"; transcript_id "TCONS_00000024"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.15.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS37";
+chr1 Cufflinks exon 3212368 3212439 . . . gene_id "XLOC_000035"; transcript_id "TCONS_00000025"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.19.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS38";
+chr1 Cufflinks exon 3212718 3212801 . . . gene_id "XLOC_000036"; transcript_id "TCONS_00000068"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.35.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS39";
+chr1 Cufflinks exon 3213096 3213192 . . . gene_id "XLOC_000037"; transcript_id "TCONS_00000026"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.17.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS40";
+chr1 Cufflinks exon 3213119 3213242 . . . gene_id "XLOC_000037"; transcript_id "TCONS_00000069"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.37.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS40";
+chr1 Cufflinks exon 3240607 3240633 . . . gene_id "XLOC_000038"; transcript_id "TCONS_00000070"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.39.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS41";
+chr1 Cufflinks exon 3242480 3242512 . . . gene_id "XLOC_000039"; transcript_id "TCONS_00000071"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.41.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS42";
+chr1 Cufflinks exon 3242634 3242923 . . . gene_id "XLOC_000040"; transcript_id "TCONS_00000027"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.25.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS43";
+chr1 Cufflinks exon 3242925 3243005 . . . gene_id "XLOC_000041"; transcript_id "TCONS_00000072"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.43.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS44";
+chr1 Cufflinks exon 3243019 3243079 . . . gene_id "XLOC_000042"; transcript_id "TCONS_00000028"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.21.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS45";
+chr1 Cufflinks exon 3243109 3243154 . . . gene_id "XLOC_000043"; transcript_id "TCONS_00000073"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.45.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS46";
+chr1 Cufflinks exon 3243348 3243401 . . . gene_id "XLOC_000044"; transcript_id "TCONS_00000029"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.23.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS47";
+chr1 Cufflinks exon 3254080 3254106 . . . gene_id "XLOC_000045"; transcript_id "TCONS_00000074"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.47.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS48";
+chr1 Cufflinks exon 3256975 3257011 . . . gene_id "XLOC_000046"; transcript_id "TCONS_00000030"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.27.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS49";
+chr1 Cufflinks exon 3277156 3277182 . . . gene_id "XLOC_000047"; transcript_id "TCONS_00000075"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.49.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS50";
+chr1 Cufflinks exon 3277191 3277218 . . . gene_id "XLOC_000048"; transcript_id "TCONS_00000031"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.61.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS51";
+chr1 Cufflinks exon 3277914 3278390 . . . gene_id "XLOC_000049"; transcript_id "TCONS_00000076"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.51.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS52";
+chr1 Cufflinks exon 3280118 3280144 . . . gene_id "XLOC_000050"; transcript_id "TCONS_00000077"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.53.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS54";
+chr1 Cufflinks exon 3280499 3280525 . . . gene_id "XLOC_000051"; transcript_id "TCONS_00000078"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.55.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS55";
+chr1 Cufflinks exon 3280687 3280741 . . . gene_id "XLOC_000052"; transcript_id "TCONS_00000033"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.65.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS56";
+chr1 Cufflinks exon 3282505 3282531 . . . gene_id "XLOC_000053"; transcript_id "TCONS_00000079"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.57.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS57";
+chr1 Cufflinks exon 3282651 3282677 . . . gene_id "XLOC_000054"; transcript_id "TCONS_00000080"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.59.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS58";
+chr1 Cufflinks exon 3282761 3282832 . . . gene_id "XLOC_000055"; transcript_id "TCONS_00000081"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.61.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS59";
+chr1 Cufflinks exon 3284967 3284993 . . . gene_id "XLOC_000056"; transcript_id "TCONS_00000082"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.63.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS60";
+chr1 Cufflinks exon 3290489 3290553 . . . gene_id "XLOC_000057"; transcript_id "TCONS_00000034"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.67.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS61";
+chr1 Cufflinks exon 3290799 3290859 . . . gene_id "XLOC_000058"; transcript_id "TCONS_00000083"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.65.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS62";
+chr1 Cufflinks exon 3290920 3291273 . . . gene_id "XLOC_000059"; transcript_id "TCONS_00000084"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.69.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS63";
+chr1 Cufflinks exon 3299444 3299640 . . . gene_id "XLOC_000060"; transcript_id "TCONS_00000085"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.67.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "i"; tss_id "TSS65";
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+EAS38_1_199_494_378 16 chr1 3198110 255 35M * 0 0 GCCATGCCAGAATGCTAGGACAATAGTTAAATTAA ?Dhh\hKPhhhhUhZhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:1
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+EAS38_1_80_292_639 0 chr1 3200090 255 35M * 0 0 GATACTCTTAACTGATATGGGAATCAAGCCACACG hhhhhhhhhhhhhhhhhhhYcEhhh^d^TOhh]K? NM:i:1
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+EAS38_1_156_372_572 16 chr1 3201665 255 35M * 0 0 TGTGTGTTTATTGAGAGTATGTGAGAAGATACCTG hhhhhhhEhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_79_182_652 16 chr1 3201849 255 35M * 0 0 TACAAAAAGCTATCATATAACAATCCATCTATCAT IAYhhhhhbhXhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:1
+EAS38_1_186_626_713 16 chr1 3202147 255 35M * 0 0 CATTTATCAATCAATCTAATCTAACTTATCTATCT hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_16_258_505 16 chr1 3203603 255 35M * 0 0 TTCCAGCTGGGAGGGTGAGTCTTCAGAGTTCATCA ?AIDSAPEhhhhhhhhhhhhhhfhhhhhhhhhhhh NM:i:1
+EAS38_1_197_118_218 16 chr1 3204368 255 35M * 0 0 GGTGAGGTAGGCTGATGGATTTGTAGACTGGATTC VPGgUMhAXhh@GchGdhhOXLhfhhfhhhhhhhh NM:i:1
+EAS38_1_141_404_857 0 chr1 3204755 255 35M * 0 0 TTTTTAATGGCATACACATTGCATCTGTATGCTCT hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh_hdhhhhIhEh NM:i:0
+EAS38_1_125_490_276 16 chr1 3204799 255 35M * 0 0 AATTGTGACCCAAAGTCTCTAGTAGACACATCATT h\]@VFQ@QPAhhhhGhhI_hhhhhhhhhhhhhhh NM:i:1
+EAS38_1_171_771_691 16 chr1 3205563 255 35M * 0 0 TATGGGTATTTTGCCTGCATATATGTCTATGCACC ]hOhKfhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_284_911_331 0 chr1 3210849 255 35M * 0 0 CTCTGTATTCTCTTCTTCTATTCACATCTCTACAA hhhhhhhhhhhhhhhhhhhbhhhhhbhhhhhFhhG NM:i:0
+EAS38_1_101_808_273 0 chr1 3212214 255 35M * 0 0 AGATGGTTGGTTGTAGTTTGACCCTTGAAGTTTAT hhhhhhhhhhhhhh^XhhhhJ]hhhhHLHR\hhKh NM:i:0
+EAS38_1_161_452_506 16 chr1 3212258 255 35M * 0 0 CCGGAGTTCCCGGTGTGTTGCTACTGGCATGGTGG HJ>@_ZEEc]R[hWhfhhThhhhh]hhhhhhhhhh NM:i:2
+EAS38_1_246_740_824 0 chr1 3212368 255 35M * 0 0 TGTGTTGTTCTCTTCCACCAGAATGAACTATTGTG hhhhhhhhhhhhhh]hh[OhhhhhhOZZhMh_`Lh NM:i:0
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+EAS38_1_71_507_507 0 chr1 3212368 255 35M * 0 0 TGTGTTGTTCTCTTCCACCAGAATGAACTATTGTT hhhhhhhhhhhhhhhhhhhg]LQhhhOhhShhHc? NM:i:1
+EAS38_1_156_360_657 0 chr1 3212393 255 35M * 0 0 AACTATTGTGAGTCTAGAGCTTCTCCAAATGCCTC hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhXhVhChhhhhdbh NM:i:0
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+EAS38_1_316_581_646 0 chr1 3213096 255 35M * 0 0 TTTTAATCTTATCTCCTCACTGCCTCCCTCTTAGG hhhhhhhhhhhhhhhhhgdhh_dRhhG^hfhYKJF NM:i:0
+EAS38_1_90_952_487 16 chr1 3214147 255 35M * 0 0 TCCCTGGATGAAGGAGGTTCAATTGGATTGAATTA DCQNQXOaeUhhUThcNhh`hhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_191_680_14 0 chr1 3225128 255 35M * 0 0 ATATTTTCCAACAGGTAAGAAGTATGCAAGCTCCA hhMhhhhhhchhhJJUIhEOPPDHhE[T@@IDD?A NM:i:1
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+EAS38_1_198_267_632 0 chr1 3242722 255 35M * 0 0 CGACACACCCCTTCTGCATACTGGCCTGTCACTGA hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhQhJT?ISHLA NM:i:2
+EAS38_1_19_755_678 0 chr1 3242782 255 35M * 0 0 GAGAACAGCAACTCCTCCTATAGCTTCTAGAGACA hhhhhhhhhhVRhUZghFgEhYhLQROfI?OCIGE NM:i:0
+EAS38_1_243_907_786 0 chr1 3242782 255 35M * 0 0 GAGAACAGCAACTCCTCCTATAGCTTCTAGAGACC hhhhhVhhNhhhhUahhWhJWhZOKhO\MPTGN?> NM:i:1
+EAS38_1_278_440_897 0 chr1 3242782 255 35M * 0 0 GAGAACAGCAACTCCTCCTATAGCTTCTAGAGACA hhhhhhhhhhhhhehh_YhhhhhDhhDhNMEXANO NM:i:0
+EAS38_1_173_938_288 0 chr1 3242827 255 35M * 0 0 GCACTGGGCCTTTCTTCTGTGTCTGAGCTATTTCA hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhINhg?e\hVhhHhC NM:i:1
+EAS38_1_157_930_237 16 chr1 3242836 255 35M * 0 0 CTTTCTTCTGTGTCTGAGCTATTGCATTATATCTT PMUNNFZYHhFaVhUhhh^Shhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_266_172_602 16 chr1 3242889 255 35M * 0 0 TTCTAATCACTGATGCATTAATTAAAAGAATCATA XJLLBhchhNehhhhYhhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:1
+EAS38_1_149_88_885 0 chr1 3243019 255 35M * 0 0 TTCTCTATATTCCTAGAGTTGTGTGGAAACTAATA hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhadLhObALgf NM:i:1
+EAS38_1_62_896_441 16 chr1 3243045 255 35M * 0 0 AAAATCATATGATACCATTTATGCTTGCCAGAACG hh_CZJh[hhhhhhhhhhXhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:1
+EAS38_1_12_294_576 16 chr1 3243367 255 35M * 0 0 AGAATAATAAATTATCCTATAAGCTGGGCTTGATG _hhhQhhahhhNNhDh[\hNhhhhWhhhhdhh>hh NM:i:1
+EAS38_1_2_533_514 16 chr1 3243367 255 35M * 0 0 AGAATAATAAATGATCCTATAAGCGGGGCTTGGTG hahhPh\ChZhhXhPhBNRZKhhh\hhhhhhhhhh NM:i:2
+EAS38_1_305_285_786 16 chr1 3243648 255 35M * 0 0 CAAAATATTGTTAGATTTGTTTGAGAGATTTGTTG hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_67_916_874 0 chr1 3243986 255 35M * 0 0 GATTATAATACCCTCGTTGAGATTTGTTTGTTATT hhhhhhhhhhhhhhhhhhh\hZhhhhhhhh^hfhh NM:i:0
+EAS38_1_123_564_954 16 chr1 3254091 255 35M * 0 0 GGAGTGACTGGCCTCCCCTCTTCTTTATAAAGCGT CDM?P NM:i:2
+EAS38_1_183_306_813 16 chr1 3277183 255 35M * 0 0 CCCATATTATCTTGGAGGTAGGATGATAGTGGTTT ehhhhhdhVNhZhhhhh[hhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_288_251_841 16 chr1 3277184 255 35M * 0 0 CCATATTATCTTGGAGGTAGGATGATAGTGGTTTC U[h^hNhh]hehhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_40_672_870 16 chr1 3277184 255 35M * 0 0 CCATATTATCTTGGAGGTAGGATGATAGTGGTTTC Uhh]hMhhNhhgQ[h_Nhh_fhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_325_652_299 0 chr1 3278086 255 35M * 0 0 TTTCTGTTTTAAATTAATTACCTTTATTCCATGTC hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhPhh NM:i:0
+EAS38_1_188_971_708 16 chr1 3278146 255 35M * 0 0 TCTTCCTCTTCGTTAGTTTGAATTTATTTCGTTCT P_QOhhWhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_295_186_302 16 chr1 3278229 255 35M * 0 0 CTTGTTGAGTGTTCTGCATGGAATAGAGGCATTTT CDG@ENd`[KQF@J?TEOBXYXaR\`V`hRhLhPh NM:i:1
+EAS38_1_314_975_553 16 chr1 3279235 255 35M * 0 0 ATTTGATAGGGACAGAATAAAAAGTGATAATTCTG hNJaVhahQDLhhhhhhRhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_220_655_831 16 chr1 3279355 255 35M * 0 0 AGAAAATACTTGCTTATTGCTGGAACACGTGACAT hShchXMRhK]Rhahhhhhhh^QhhhShhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_267_333_743 16 chr1 3280494 255 35M * 0 0 CGTGATGCATCACCAGGGTATCCATGTATAGACTA FQNFhGVHhPfehVehKhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_165_158_507 16 chr1 3280679 255 35M * 0 0 GGGAACGTTATTTGGTGTCTATTGTGATTATTTCC hhbU`ZhhhhdX`hhYhhNhhhghhhhhhhhhchh NM:i:0
+EAS38_1_218_851_888 16 chr1 3280707 255 35M * 0 0 TATTTCCTAAATGCCCCTCNGTTTTTGTATGTTCT MPDILT_PI[`OLhc]hCh;hhh\VhKhhhdhhhh NM:i:1
+EAS38_1_144_853_896 16 chr1 3282690 255 35M * 0 0 GTATCACAAAGGCTCTTTTAACTCAAGAGTTTCTG MhhhhhhhhhXhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_232_504_623 0 chr1 3290489 255 35M * 0 0 TCCCTACATCTCTCCATGTTACTGTAAATGATAGT hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh\Oee_PK`OV@ NM:i:1
+EAS38_1_238_304_582 0 chr1 3290527 255 35M * 0 0 TCATTCTTATTTAGCACTGAAATAATAACCGCCTA hhhhhhhhhhhhhMhhhhhhK]hRehha\DCGWhK NM:i:0
+EAS38_1_125_161_809 0 chr1 3290844 255 35M * 0 0 GCTACTGGGTGGTCTGCATAGCTTAGTGATACACT hh`bhhhhSYhhTE[QH@RFT>RJEVDCFLMCCBI NM:i:0
+EAS38_1_155_358_888 16 chr1 3290932 255 35M * 0 0 GTGGAATTGTAGGGGTGAAAAAAGACATTTCTGAG ghhRhhhhfhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_157_904_203 0 chr1 3291089 255 35M * 0 0 ACAGCCCTGGATGATTTTTGAATGGGAATAATCCC hhhhhhhhhhLhh]hhhhhM^hhNI_@hhQ^hUMW NM:i:0
+EAS38_1_180_814_759 16 chr1 3291152 255 35M * 0 0 AACACCTAGTCATTGTTGGTGGCACTGTCTGTAAG NNWAgXVhhVh_RYhhSeYJh_hhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_170_391_724 16 chr1 3291373 255 35M * 0 0 AAGTAAACCCTTTCTCCTGTAAGTTTCCTTTGGTC _hhWhgQhhhUbchhhhhhhhhhhhhhhhhhhXhh NM:i:0
+EAS38_1_315_950_278 16 chr1 3291611 255 35M * 0 0 TCCATGCCCAGTTTCAGGTGGGAAAACAACTAAGT QAchLb^ChhhhhYhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0
+EAS38_1_330_167_763 16 chr1 3299360 255 35M * 0 0 AAAAATCTTTTTTCTTCTTCTTTCTTTCTTTCTAT hhhhhhhhLh__hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh=h NM:i:1
+EAS38_1_7_984_851 16 chr1 3299360 255 35M * 0 0 AAAAATCTTTTTTCTTCTTNTTTCTTTCTTTCTTT NLPMNN`LEdULNhVhhhh;Phhhhhhhhhhhhhh NM:i:1
+EAS38_1_133_814_850 0 chr1 3299443 1 35M * 0 0 TTTGAGACAGGGTTTCTTTATATAGCCATGGTTGG hhhhhhhhhhhhEhhChhhhhhhhhOTUhhf?SSG NM:i:2
+EAS38_1_303_411_338 16 chr1 3299602 255 35M * 0 0 GAGATGAATACTGGGTAGAAAATAAAAAAATTTAC ThYhFHhhI_JXh_XhhhhhhhYhhhhhhhhhhhh NM:i:0
diff -r 000000000000 -r 851fe29d1f20 tool-data/fasta_indexes.loc.sample
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/fasta_indexes.loc.sample Mon Aug 04 10:27:05 2014 -0400
@@ -0,0 +1,29 @@
+#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools
+#to use a directory of Samtools indexed sequences data files. You will need
+#to create these data files and then create a fasta_indexes.loc file
+#similar to this one (store it in this directory) that points to
+#the directories in which those files are stored. The fasta_indexes.loc
+#file has this format (white space characters are TAB characters):
+#
+#
+#
+#So, for example, if you had hg19 Canonical indexed stored in
+#
+# /depot/data2/galaxy/hg19/sam/,
+#
+#then the fasta_indexes.loc entry would look like this:
+#
+#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa
+#
+#and your /depot/data2/galaxy/hg19/sam/ directory
+#would contain hg19canon.fa and hg19canon.fa.fai files.
+#
+#Your fasta_indexes.loc file should include an entry per line for
+#each index set you have stored. The file in the path does actually
+#exist, but it should never be directly used. Instead, the name serves
+#as a prefix for the index file. For example:
+#
+#hg18canon hg18 Human (Homo sapiens): hg18 Canonical /depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18canon.fa
+#hg18full hg18 Human (Homo sapiens): hg18 Full /depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18full.fa
+#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa
+#hg19full hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Full /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19full.fa
diff -r 000000000000 -r 851fe29d1f20 tool_data_table_conf.xml.sample
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample Mon Aug 04 10:27:05 2014 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+
+
+ value, dbkey, name, path
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 851fe29d1f20 tool_dependencies.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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