Mercurial > repos > galaxyp > proteomiqon_labeledproteinquantification
changeset 0:6b19fc8791b2 draft
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/proteomiqon_labeledproteinquantification commit eda2d62c81b38ed3975482d0198e3dd75ff1d74f"
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</section> + <section name="LabeledGroupFilters"> + <section name="Light"> + <param name="Tukey" value="1"/> + <param name="Stdev" value="2"/> + </section> + <section name="Heavy"> + <param name="Tukey" value=""/> + <param name="Stdev" value="2"/> + </section> + <section name="Ratio"> + <param name="Tukey" value=""/> + <param name="Stdev" value=""/> + </section> + </section> + <section name="LabeledAggregation"> + <param name="labeledAggregationLight" value="Sum"/> + <param name="labeledAggregationHeavy" value="Median"/> + <param name="labeledAggregationRatio" value="Median"/> + </section> + </section> + <param name="outputParamfile" value="true"/> + <output name="out_paramfile" file="result_5.json"/> + </test> + <test expect_num_outputs="2"> + <param name="proteinassignedquantpepions" value="sample.quantAndProt"/> + <param name="CorrelationLightHeavyThreshold" value="1.0"/> + <conditional name="ModificationFilterCond"> + <param name="ModificationFilter" value="UseOnly"/> + <param 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protein, as well as the intensity of each peptide. +The information available for each peptide now needs to be aggragated for their proteins. + +This tool performs the aggregation from the peptides to the protein in several steps. +The first step for the labeled protein quantification is the aggregation of the differently labeled peptides. Peptides with the same sequence, modifications and +charge are aggregated and the ratio between the intensity from the light and heavy version is calculated. +The next two aggregation steps are optional. One of them is the aggregation based on charge state. Similarily to the first step, peptides with the same sequence and +modifications, but different charge states are being aggregated. +The next optional step does the same for peptides with the same sequence, but different modifications. Those steps build upon each other. +The last step is the aggregation of all peptides of a protein. The result of each aggregation step is given as a tab separated file. +The aggregation is performed according to the given parameters for each step. If an optional aggregation is not performed, the next step takes the result from +the prior aggregation. For example, if aggregation by charge and modification are skipped, the protein aggregation gets a collection of peptides, where a peptidesequence can occur with different charge states and modifications. + +Further Reading +--------------- +Additional information about the tool can be found in the `documentation <https://csbiology.github.io/ProteomIQon/tools/LabeledProteinQuantification.html>`_. + ]]> + </help> +</tool> \ No newline at end of file
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