Mercurial > repos > chrisd > snipfinder
changeset 9:6cf3cccd1891 draft
planemo upload for repository https://github.com/cdeanj/galaxytools/tree/master/tools/snpfinder commit 9ec663f5b7eff4d043a3d24112810ec0e78e5c2e-dirty
| author | chrisd |
|---|---|
| date | Tue, 08 Mar 2016 00:28:01 -0500 |
| parents | cd01941e9a2d |
| children | cbf16dc35d4b |
| files | test-data/output.txt test-data/ref.fa test-data/sampe.sam test-data/sampe_result test-data/samse.sam test-data/samse_result test-data/test.sam variant_caller.xml |
| diffstat | 8 files changed, 69 insertions(+), 14 deletions(-) [+] |
line wrap: on
line diff
--- a/test-data/output.txt Wed Feb 24 15:16:23 2016 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,1 +0,0 @@ -Chr,Haplotype,Frequency
--- a/test-data/ref.fa Wed Feb 24 15:16:23 2016 -0500 +++ b/test-data/ref.fa Tue Mar 08 00:28:01 2016 -0500 @@ -1,2 +1,2 @@ ->seq1 -AAAAAAAAAA +>chr2:172936693-172938111 +TTATGGCTTTAAAAATATTGTAACAGTGTCTGAATCAAACTTTAGTAAAATCTCTTTGGGTTATATCTGAGAAGCTTTTATTGAAGACTTTGAACAAAATTGTGTTTTTGACAGTTTTAAATTATAGGCTAACTAGCCTGGGAAAAAAGGATAGTGTCTCTCTGTTCTTTCATAGGAAATGTTGAATCAGACCCCTACTGGGAAAAGAAATTTAATGCATATCTCACTATCTTACTGTCCATGAATATAATAGAAATGAATTCAAAATGCAGTTTTATTTTTGCAAATGGGATGAGTCGATAGATGCACCTCATATTTTTGAACACCTAGGGTTCAACAAATTTACTGGTGGTGCTCTTGCATTTTAACAAAATTTATTCTTCAGTAGAAGGGGGCAGAGAACACTAGATTCTTATTCAAGCATTCTATCGAGCTCTGCATTCATGGCTGTGTCTAAAGGGCATGTCAGCCTTTGATTCTCTCTGAGAGGTAATTATCCTTTTCCTGTCACGGAACAACAAATGATAGCTAACTACAGAGGCACATTTGCAGTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAATTTAATTGTGCAACACAGCTGCACATGGGCTTTTGAGCATTTCTGTTGTTCTCCCTGTCTCGCTATTCCTCCCTCCAGATCTATTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATTTTTACTCTCTGTACTTTCTTGTTAAAGTAATTTTCCTTTGTGGCTCTCATTCTTTTTCCCCCATTGAAGGCTATGAATGTAGAAAATTATCACAATTACTCATATAATTGAGCCTCTTTGTAGCAAGTGCAACTCCAGTAGCCTTTCTCCATCATGAAAATGGTTTCATTATAGGGTTTTTCATATTCTCTGACACCATCTACACAGAGGAACAGGCGTGCAGATGAGATGTGCTAGGAACAGGCTAGATCAGTAAGGTCACAGTAGGAATAATTAGCTCTGCTATGGAAAGAGCATCTAGGCCTTTTACTGCTACATAAATGTACTGTCCATGGCTTTTAGTCACAAAAAAAACTTACTAACAAATGGAGCTCCCGCCTACTACTTTGAAAAAAAGATTTGTATCAACACTACAATTTTCCATCATTAAGACTAATAACACAGAGCCTAGTATACATCAAGGGGAATAAAAAGAAAAATCTCACATTCAAGTGGCGGCTGGGTGCTGACCTTTGTTCCCTTTTTTTGTGTACGACTTAACTCTTTACAAAAAAGAGCCACACGCCACACCAACATGCAGGTGAACTCCAGCTAGTACTAGCAAAGCATAGCATTCAGTTGGAAAATTTGATAAATCTCCATGCAGGATAATGCATTTCATTACATATTCACTACATTAATTCTAGCTACATT
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sampe.sam Tue Mar 08 00:28:01 2016 -0500 @@ -0,0 +1,22 @@ +@SQ SN:chr2:172936693-172938111 LN:1418 +@PG ID:bwa PN:bwa VN:0.7.12-r1039 CL:bwa sampe ref.fa forward.sai reverse.sai lane1.fq lane2.fq +chr2:172936693-172938111_82_621_1:0:0_0:0:0_0 81 chr2:172936693-172938111 552 37 70M = 82 -540 GTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAATTTAATTGTGCAACACAGCTGCACATGGGCTTT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_82_621_1:0:0_0:0:0_0 161 chr2:172936693-172938111 82 37 70M = 552 540 TGAAGACTTTGAACCAAATTGTGTTTTTGACAGTTTTAAATTATAGGCTAACTAGCCTGGGAAAAAAGGA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:14A55 +chr2:172936693-172938111_127_617_0:0:0_2:0:0_1 99 chr2:172936693-172938111 127 60 70M = 548 491 GGCTAACTAGCCTGGGAAAAAAGGATAGTGTCTCTCTGTTCTTTCATAGGAAATGTTGAATCAGACCCCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_127_617_0:0:0_2:0:0_1 147 chr2:172936693-172938111 548 60 70M = 127 -491 TGCAGTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAAGTTAATGGTGCAACACAGCTGCACATGGG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:41T5T22 +chr2:172936693-172938111_695_1174_2:0:0_0:0:0_2 83 chr2:172936693-172938111 1105 60 70M = 695 -480 TACTACTTTGAAAAAAAGATTTGTATCAACACTACAATTTTCCATCATTAAGACTAATAACACAGAGCCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_695_1174_2:0:0_0:0:0_2 163 chr2:172936693-172938111 695 60 70M = 1105 480 ATTTTTTCCCCTTTTTGTCTGTTCTTCCATTTTTACTCTCTGTACTTTCTTGTAAAAGTAATTTTCCTTT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:20C32T16 +chr2:172936693-172938111_675_1201_1:0:0_1:0:0_3 97 chr2:172936693-172938111 675 37 70M = 1132 527 TTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATTTTTACTCTCTGTACTTTGT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:68C1 +chr2:172936693-172938111_675_1201_1:0:0_1:0:0_3 145 chr2:172936693-172938111 1132 37 70M = 675 -527 AACACTACAATTTTCCATCTTTAAGACTAATAACACAGAGCCTAGTATACATCAAGGGGAATAAAAAGAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:19A50 +chr2:172936693-172938111_133_602_2:0:0_0:0:0_4 99 chr2:172936693-172938111 133 60 70M = 533 470 CTCGCGTGGGAAAAAAGGATAGTGTCTCTCTGTTCTTTCATAGGAAATGTTGAATCAGACCCCTACTGGG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2A2C64 +chr2:172936693-172938111_133_602_2:0:0_0:0:0_4 147 chr2:172936693-172938111 533 60 70M = 133 -470 CTACAGAGGCACATTTGCAGTAGTCACATTCATCAACTGCAGAAAAAAAAATTCAATTTAATTGTGCAAC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_268_735_1:0:0_1:0:0_5 83 chr2:172936693-172938111 666 60 70M = 268 -468 CATCTATTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATTTTTACTCTCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:0G69 +chr2:172936693-172938111_268_735_1:0:0_1:0:0_5 163 chr2:172936693-172938111 268 60 70M = 666 468 TGCAGATTTATTTTTGCAAATGGGATGAGTCGATAGATGCACCTCATATTTTTGAACACCTAGGGTTCAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:5T64 +chr2:172936693-172938111_380_811_2:0:0_1:0:0_6 99 chr2:172936693-172938111 380 60 70M = 742 432 CTTCAGTAGAAGGGGGCAGAGAACACTAGCTTCTTCTTCAAGCATTCTATCGAGCTCTGCATTCATGGCT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:29A5A34 +chr2:172936693-172938111_380_811_2:0:0_1:0:0_6 147 chr2:172936693-172938111 742 60 70M = 380 -432 TCTTGTTAAAGTAATTTTCCTTTGTGGCTCTCATTCTTTTTCCCCCATTGAAGGCTAGGAATGTAGAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:57T12 +chr2:172936693-172938111_440_981_0:0:0_0:0:0_7 81 chr2:172936693-172938111 912 37 70M = 440 -542 TCTCTGACACCATCTACACAGAGGAACAGGCGTGCAGATGAGATGTGCTAGGAACAGGCTAGATCAGTAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_440_981_0:0:0_0:0:0_7 161 chr2:172936693-172938111 440 37 70M = 912 542 ATTCATGGCTGTGTCTAAAGGGCATGTCAGCCTTTGATTCTCTCTGAGAGGTAATTATCCTTTTCCTGTC 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_59_532_2:0:0_2:0:0_8 83 chr2:172936693-172938111 463 60 70M = 59 -474 ATGGCAGCCTTTGATTCTCTCTGAGAGGTAATTTTCCTTTTCCTGTCACGGAACAACAAATGATAGCTAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:3T29A36 +chr2:172936693-172938111_59_532_2:0:0_2:0:0_8 163 chr2:172936693-172938111 59 60 70M = 463 474 GGTTATATCTGAGAAGCTTTTATTGAAGACTTTGAACAAAATTGTGTTTTTGACAGTTTTCAATTATCGG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:60A6A2 +chr2:172936693-172938111_642_1121_0:0:0_3:0:0_9 83 chr2:172936693-172938111 1052 60 70M = 642 -480 GGTCCATGGCTTTTAGTCACAAAAAAAACTTAATAACAAATGGAGCTCCCCCCTACTACTTTGAAAAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:3 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:0T31C17G19 +chr2:172936693-172938111_642_1121_0:0:0_3:0:0_9 163 chr2:172936693-172938111 642 60 70M = 1052 480 CCTGTCTCGCTATTCCTCCCTCCAGATCTATTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTG 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sampe_result Tue Mar 08 00:28:01 2016 -0500 @@ -0,0 +1,8 @@ +Chr,Haplotype,Frequency +chr2:172936693-172938111,1052T->G:1084C->A:1102G->C:,1 +chr2:172936693-172938111,119A->C:126A->C:466T->G:496A->T:,1 +chr2:172936693-172938111,135A->C:138C->G:,1 +chr2:172936693-172938111,273T->A:666G->C:,1 +chr2:172936693-172938111,409A->C:415A->C:799T->G:,1 +chr2:172936693-172938111,589T->G:595T->G:,1 +chr2:172936693-172938111,715C->G:748T->A:,1
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/samse.sam Tue Mar 08 00:28:01 2016 -0500 @@ -0,0 +1,12 @@ +@SQ SN:chr2:172936693-172938111 LN:1418 +@PG ID:bwa PN:bwa VN:0.7.12-r1039 CL:bwa samse ref.fa aln_sa.sai lane1.fq +chr2:172936693-172938111_860_1331_0:0:0_1:0:0_0 0 chr2:172936693-172938111 860 37 70M * 0 0 CCAGTAGCCTTTCTCCATCATGAAAATGGTTTCATTATAGGGTTTTTCATATTCTCTGACACCATCTACA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_732_1257_1:0:0_4:0:0_1 0 chr2:172936693-172938111 732 37 70M * 0 0 CTCTGAACTTTCTTGTTAAAGTAATTTTCCTTTGTGGCTCTCATTCTTTTTCCCCCATTGAAGGCTATGA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:5T64 +chr2:172936693-172938111_742_1203_2:0:0_2:0:0_2 16 chr2:172936693-172938111 1134 37 70M * 0 0 CACTACAATTTTCCATCATTAAGACTAATAACACAGAGCCTAGTATAAATCAAGGGCAATAAAAAGAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:47C8G13 +chr2:172936693-172938111_198_767_3:0:0_2:0:0_3 0 chr2:172936693-172938111 198 37 70M * 0 0 CTGGGAAAAGAAATTAAATGCATATCTCACTATCTTACTGTCCAAGAATATAATAGAAAAGAATTCAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:3 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:15T28T14T10 +chr2:172936693-172938111_453_1032_2:0:0_1:0:0_4 0 chr2:172936693-172938111 453 37 70M * 0 0 TCTAAAGGGCATGTCATCCTTAGATTCTCTCTGAGAGGTAATTATCCTTTTCCTGTCACGGAACAACAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:16G4T48 +chr2:172936693-172938111_49_530_3:0:0_2:0:0_5 0 chr2:172936693-172938111 49 37 70M * 0 0 AAACTCTTTGGGTTATATCTGAGAATCTTTTATTGAAGACTTTGAACAAAATTGTGTTTTTGACATTTTT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:3 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:2T22G39G4 +chr2:172936693-172938111_148_725_2:0:0_1:0:0_6 16 chr2:172936693-172938111 656 37 70M * 0 0 CCTCCCTCCAGATCTTTTTTTTAAACTTTTTTTCTGGTTATTTTTTCCCCTTTTTGTCTCTTCTTCCATT 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:15A54 +chr2:172936693-172938111_198_788_0:0:0_0:0:0_7 0 chr2:172936693-172938111 198 37 70M * 0 0 CTGGGAAAAGAAATTTAATGCATATCTCACTATCTTACTGTCCATGAATATAATAGAAATGAATTCAAAA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:70 +chr2:172936693-172938111_839_1328_2:0:0_3:0:0_8 16 chr2:172936693-172938111 1259 37 70M * 0 0 GACTGAACTCTTTACAAAAAAGAGCCACACGCCACACCAACATGCTGGTGTACTCCAGCTAGTACTAGCA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:3 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:3 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:4T40A4A19 +chr2:172936693-172938111_892_1355_1:0:0_0:0:0_9 0 chr2:172936693-172938111 892 37 70M * 0 0 CATTATAGGGTTTTTCATATTCTCTGACACCATCTACACAGAGGAACAGGCGTGCAGCTGAGATGTGCTA 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:57A12
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/samse_result Tue Mar 08 00:28:01 2016 -0500 @@ -0,0 +1,9 @@ +Chr,Haplotype,Frequency +chr2:172936693-172938111,1181C->A:1190G->C:,1 +chr2:172936693-172938111,1263T->G:1304A->T:1309A->T:,1 +chr2:172936693-172938111,213T->A:242T->A:257T->A:,1 +chr2:172936693-172938111,469G->T:474T->A:,1 +chr2:172936693-172938111,51T->A:74G->T:114G->T:,1 +chr2:172936693-172938111,671A->T:,1 +chr2:172936693-172938111,737T->A:,1 +chr2:172936693-172938111,949A->C:,1
--- a/test-data/test.sam Wed Feb 24 15:16:23 2016 -0500 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,1 +0,0 @@ -QNAME 0 seq1 3 0 5M 0 0 0 CCCCC ;;;;;
--- a/variant_caller.xml Wed Feb 24 15:16:23 2016 -0500 +++ b/variant_caller.xml Tue Mar 08 00:28:01 2016 -0500 @@ -1,11 +1,11 @@ <tool id="snp_caller" name="Snip Finder" version="0.1.0"> + <description> Identifies snips for both single-end and paired-end data</description> <requirements> <requirement type="package" version="0.1">snp_caller</requirement> </requirements> <stdio> <exit_code range="1:" /> </stdio> - <description> Identifies snips for both single-end and paired-end data</description> <command><![CDATA[ snp -amr_fp $input1 @@ -40,23 +40,29 @@ <outputs> <data name="output1" format="tabular" /> </outputs> + <tests> + <test> + <param name="input1" value="ref.fa"/> + <param name="sam_type.samse_input2" value="samse.sam"/> + <output name="output1" value="samse_result"/> + </test> + <test> + <param name="input1" value="ref.fa"/> + <param name="sam_type.sampe_input2" value="sampe.sam"/> + <output name="output1" value="sampe_result"/> + </test> + </tests> <help><![CDATA[ - This program parses a SAM file and looks for single nucleotide polymorphisms (SNPs). In single-end mode, only alignments with bit four not set are considered. In paired-end mode, only reads that mapped in a proper pair are considered. When filtering on unique alignments, only alignments with the XT:A:U field are considered. - -Program: SNP Caller - +Program: snpfinder Contact: Chris Dean <cdean11@rams.colostate.edu> - Usage: snp [options] - Options: - -amr_fp amr database path -samse single-end sam file path -sampe paired-end sam file path -b filter on unique alignments - - ]]></help> + <citations> + </citations> </tool>