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--- a/TrackHub.py	Tue Mar 14 17:41:29 2017 -0400
+++ b/TrackHub.py	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -54,16 +54,18 @@
     #TODO: hard coded the bam and bigwig tracks. Need to allow users to customize the settings
     def addTrack(self, track):
         if track['dataType'] == 'bam':
+            self.createTrackList()
             json_file = os.path.join(self.json, "trackList.json")
             bam_track = dict()
             bam_track['type'] = 'JBrowse/View/Track/Alignments2'
             bam_track['storeClass'] = 'JBrowse/Store/SeqFeature/BAM'
             bam_track['label'] = track['fileName']
             bam_track['urlTemplate'] = os.path.join('../raw', track['fileName'])
-            #bam_track['baiUrlTemplate'] = os.path.join('../raw', track['fileName'])
+            bam_track['baiUrlTemplate'] = os.path.join('../raw', track['index'])
             utils.add_tracks_to_json(json_file, bam_track, 'add_tracks')
             print "add bam track\n"
         elif track['dataType'] == 'bigwig':
+            self.createTrackList()
             json_file = os.path.join(self.json, "trackList.json")
             bigwig_track = dict()
             bigwig_track['label'] = track['fileName']
@@ -113,6 +115,13 @@
             #htmlstr = htmlstr % zipfile
             htmlfile.write(htmlstr)
 
+    def createTrackList(self):
+        trackList = os.path.join(self.json, "trackList.json")
+        if not os.path.exists(trackList):
+            os.mknod(trackList)
+            #open(trackList,'w').close()
+            
+
    
 
 

Binary file TrackHub.pyc has changed

Binary file bedToGff3.pyc has changed

Binary file blastxmlToGff3.pyc has changed

--- a/jbrowse_hub.py	Tue Mar 14 17:41:29 2017 -0400
+++ b/jbrowse_hub.py	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -83,8 +83,6 @@
     array_inputs_blastxml = args.blastxml
     if array_inputs_bam:
         all_datatype_dictionary['bam'] = array_inputs_bam
-    if array_inputs_bai:
-        all_datatype_dictionary['bai'] = array_inputs_bai
     if array_inputs_bed_simple_repeats:
         all_datatype_dictionary['bedSimpleRepeats'] = array_inputs_bed_simple_repeats
     if array_inputs_bed_splice_junctions:
@@ -115,91 +113,6 @@
     jbrowseHub = TrackHub.TrackHub(all_tracks, reference, out_path, tool_directory, genome, extra_files_path)
     jbrowseHub.createHub()
          
-    
-
-'''
-    if reference:
-        p = subprocess.Popen(['JBrowse-1.12.1/bin/prepare-refseqs.pl', '--fasta', reference, '--out', out_path])
-        # Wait for process to terminate.
-        p.communicate()
-    else:
-        parser.print_help()
-
-   
-    if input_simple_repeats:
-        bedToGff3(input_simple_repeats, chrom_size, 'trfbig', 'repeats.gff3')
-        label = "repeats"
-        p = subprocess.Popen(['JBrowse-1.12.1/bin/flatfile-to-json.pl', '--gff', 'repeats.gff3', '--trackType', 'CanvasFeatures', '--trackLabel', label, '--out', out_path])
-        p.communicate()
-    if input_splice_junctions:
-        bedToGff3(input_splice_junctions, chrom_size, 'regtools', 'regtools.gff3')
-        label = "regtools"
-        p = subprocess.Popen(['JBrowse-1.12.1/bin/flatfile-to-json.pl', '--gff', 'regtools.gff3', '--trackType', 'CanvasFeatures', '--trackLabel', label, '--out', out_path])
-        p.communicate()
-        attr = dict()
-        track = dict()
-        attr['glyph'] = 'JBrowse/View/FeatureGlyph/Segments'
-        track['regtools'] = attr
-        json_file = os.path.join(out_path, "trackList.json")
-        utils.add_tracks_to_json(json_file, track, 'add_attr')
-    if blastxml:
-        blastxmlToGff3.blastxml2gff3(blastxml, "blast.gff3")
-        label = "blast"
-        p = subprocess.Popen(['JBrowse-1.12.1/bin/flatfile-to-json.pl', '--gff', 'blast.gff3', '--trackType', 'CanvasFeatures', '--trackLabel', label, '--out', out_path])
-        p.communicate()
-    if array_inputs_gff3:
-        for gff3 in array_inputs_gff3:
-            label = os.path.basename(gff3)
-            label = label.replace('.', '_')
-            p = subprocess.Popen(['JBrowse-1.12.1/bin/flatfile-to-json.pl', '--gff', gff3, '--trackType', 'CanvasFeatures', '--trackLabel', label, '--out', out_path])
-            p.communicate()
-            if 'Augustus' in label:
-                attr = dict()
-                track = dict()
-                attr['transcriptType'] = 'transcript'
-                track['Augustus'] = attr
-                json_file = os.path.join(out_path, "trackList.json")
-                utils.add_tracks_to_json(json_file, track, 'add_attr')
-    if bam:
-        json_file = os.path.join(out_path, "trackList.json")
-        bam_track = dict()
-        bam_track['type'] = 'JBrowse/View/Track/Alignments2'
-        bam_track['label'] = 'alignments'
-        bam_track['urlTemplate'] = '../raw/HISAT_on_data_3,_data_2,_and_data_1.bam'
-        utils.add_tracks_to_json(json_file, bam_track, 'add_tracks')
-        print "add bam track\n"
-    if bigwig:
-        json_file = os.path.join(out_path, "trackList.json")
-        bigwig_track = dict()
-        bigwig_track['label'] = 'rnaseq'
-        bigwig_track['key'] = 'RNA-Seq Coverage'
-        bigwig_track['urlTemplate'] = '../raw/Convert_Bam_to_BigWig_on_data_3_and_data_15.bigwig'
-        bigwig_track['type'] = 'JBrowse/View/Track/Wiggle/XYPlot'
-        bigwig_track['variance_band'] = True
-        bigwig_track['style'] = dict()
-        bigwig_track['style']['pos_color'] = '#FFA600'
-        bigwig_track['style']['neg_color'] = '#005EFF'
-        bigwig_track['style']['clip_marker_color'] = 'red'
-        bigwig_track['style']['height'] = 100
-        utils.add_tracks_to_json(json_file, bigwig_track, 'add_tracks')
-    
-    if gtf:
-        utils.gtfToGff3(gtf, 'stringtie.gff3', chrom_size)
-        label = os.path.basename('stringtie')
-        p = subprocess.Popen(['JBrowse-1.12.1/bin/flatfile-to-json.pl', '--gff', 'stringtie.gff3', '--trackType', 'CanvasFeatures', '--trackLabel', label, '--out', out_path])
-        p.communicate()
-        attr = dict()
-        track = dict()
-        attr['glyph'] = 'JBrowse/View/FeatureGlyph/Segments'
-        track['stringtie'] = attr
-        json_file = os.path.join(out_path, "trackList.json")
-        utils.add_tracks_to_json(json_file, track, 'add_attr')
-        
-    # Index name, it takes a long time, exclude it for now
-    p = subprocess.Popen(['JBrowse-1.12.1/bin/generate-names.pl', '-v', '--out', out_path])
-    p.communicate()
-    print "finished name index \n"
-'''
 
 if __name__ == "__main__":
     main(sys.argv)

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+The JBrowse Hub is created: <br><li><a href = "./unknown.zip">Download</a></li>
\ No newline at end of file

--- a/trackObject.py	Tue Mar 14 17:41:29 2017 -0400
+++ b/trackObject.py	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -5,6 +5,8 @@
 import utils
 import bedToGff3
 import blastxmlToGff3
+import tempfile
+import subprocess
 
 class trackObject:
     def __init__(self, chrom_size, genome, extra_files_path):
@@ -30,7 +32,14 @@
         '''
         fileName = os.path.basename(dataFile)
         des_path = os.path.join(self.raw_folder, fileName)
+        track = {}
         if dataType == 'gff3_mrna' or dataType == 'gff3_transcript' or dataType == 'fasta' or dataType == 'bam' or dataType == 'bigwig' or dataType == 'bai':
+            if dataType == 'bam':
+                bam_index = utils.createBamIndex(dataFile)
+                indexname = os.path.basename(bam_index)
+                des_path_for_index = os.path.join(self.raw_folder, indexname)
+                shutil.copyfile(bam_index, des_path_for_index)  
+                track['index'] = indexname
             try:
                 shutil.copyfile(dataFile, des_path)
             except shutil.Error as err1:
@@ -45,10 +54,8 @@
             blastxmlToGff3.blastxml2gff3(dataFile, des_path)
         elif dataType == 'gtf':
             utils.gtfToGff3(dataFile, des_path, self.chrom_size)
-        track = {
-            'fileName': fileName,
-            'dataType': dataType
-        }
+        track['fileName'] = fileName
+        track['dataType'] = dataType
         self.tracks.append(track)
 
 

Binary file trackObject.pyc has changed

Binary file unknown.zip has changed

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/.htaccess	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,10 @@
+# This Apache .htaccess file is generated by JBrowse (GenomeDB) for
+# allowing cross-origin requests as defined by the Cross-Origin
+# Resource Sharing working draft from the W3C
+# (http://www.w3.org/TR/cors/).  In order for Apache to pay attention
+# to this, it must have mod_headers enabled, and its AllowOverride
+# configuration directive must allow FileInfo overrides.
+<IfModule mod_headers.c>
+    Header onsuccess set Access-Control-Allow-Origin *
+    Header onsuccess set Access-Control-Allow-Headers X-Requested-With,Range
+</IfModule>

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/049.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig69":{"prefix":[],"exact":[["contig69",44962,"contig69",null,0,44962,20000]]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/0df.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig68":{"prefix":[],"exact":[["contig68",25628,"contig68",null,0,25628,20000]]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/238.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig6":{"prefix":["contig60","contig61","contig62","contig63","contig64","contig65","contig66","contig67","contig68","contig69"],"exact":[["contig6",40015,"contig6",null,0,40015,20000]]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/25d.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig48":{"exact":[["contig48",65012,"contig48",null,0,65012,20000]],"prefix":[]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/2ae.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig7":{"prefix":["contig70"],"exact":[["contig7",50017,"contig7",null,0,50017,20000]]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/2cb.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig49":{"exact":[["contig49",30003,"contig49",null,0,30003,20000]],"prefix":[]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/314.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig4":{"exact":[["contig4",55011,"contig4",null,0,55011,20000]],"prefix":["contig40","contig41","contig42","contig43","contig44","contig45","contig46","contig47","contig48","contig49"]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/31c.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig58":{"prefix":[],"exact":[["contig58",50011,"contig58",null,0,50011,20000]]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/382.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig5":{"exact":[["contig5",50018,"contig5",null,0,50018,20000]],"prefix":["contig50","contig51","contig52","contig53","contig54","contig55","contig56","contig57","contig58","contig59"]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/38a.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig59":{"prefix":[],"exact":[["contig59",40011,"contig59",null,0,40011,20000]]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/40c.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig39":{"prefix":[],"exact":[["contig39",45019,"contig39",null,0,45019,20000]]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/49a.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig38":{"exact":[["contig38",50017,"contig38",null,0,50017,20000]],"prefix":[]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/54d.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig29":{"exact":[["contig29",50006,"contig29",null,0,50006,20000]],"prefix":[]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/5db.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig28":{"exact":[["contig28",50013,"contig28",null,0,50013,20000]],"prefix":[]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/618.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig18":{"prefix":[],"exact":[["contig18",40012,"contig18",null,0,40012,20000]]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/621.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig2":{"exact":[["contig2",45017,"contig2",null,0,45017,20000]],"prefix":["contig20","contig21","contig22","contig23","contig24","contig25","contig26","contig27","contig28","contig29"]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/652.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"co":{"prefix":["contig1","contig10","contig11","contig12","contig13","contig14","contig15","contig16","contig17","contig18","contig19","contig2","contig20","contig21","contig22","contig23","contig24","contig25","contig26","contig27",{"hitLimit":1,"name":"too many matches"}],"exact":[]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/68e.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig19":{"prefix":[],"exact":[["contig19",45013,"contig19",null,0,45013,20000]]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/6b7.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig3":{"exact":[["contig3",40006,"contig3",null,0,40006,20000]],"prefix":["contig30","contig31","contig32","contig33","contig34","contig35","contig36","contig37","contig38","contig39"]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/75c.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"con":{"exact":[],"prefix":["contig1","contig10","contig11","contig12","contig13","contig14","contig15","contig16","contig17","contig18","contig19","contig2","contig20","contig21","contig22","contig23","contig24","contig25","contig26","contig27",{"name":"too many matches","hitLimit":1}]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/79b.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig1":{"exact":[["contig1",45179,"contig1",null,0,45179,20000]],"prefix":["contig10","contig11","contig12","contig13","contig14","contig15","contig16","contig17","contig18","contig19"]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/827.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig35":{"prefix":[],"exact":[["contig35",48011,"contig35",null,0,48011,20000]]}}
\ No newline at end of file

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/unknown/json/names/84a.json	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1 @@
+{"contig27":{"prefix":[],"exact":[["contig27",50016,"contig27",null,0,50016,20000]]}}
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+         "storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/BAM",
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+   },
+   "formatVersion" : 1
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Binary file unknown/raw/HISAT_on_data_3,_data_2,_and_data_1.bam has changed

Binary file unknown/raw/HISAT_on_data_3,_data_2,_and_data_1.bam.bai has changed

--- a/utils.py	Tue Mar 14 17:41:29 2017 -0400
+++ b/utils.py	Wed Mar 15 10:51:23 2017 -0400
@@ -150,3 +150,12 @@
     the function is simply replacing '.' to '_' for the dirs
     '''
     return input_path.replace('.', '_')
+
+def createBamIndex(bamfile):
+    p = subprocess.Popen(['samtools', 'index', bamfile])
+    p.communicate()
+    filename = bamfile + '.bai'
+    if os.path.exists(filename):
+        return filename
+    else:
+        raise ValueError('Did not find bai file')

Binary file utils.pyc has changed