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Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_blastXmlToPsl_bb (in group default_group) -DEBUG:root:We DON'T add in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/185/dataset_210_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_HISAT2_Accepted_Hits_bam (in group default_group) -DEBUG:root:We DON'T add in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/185/dataset_210_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_TBLASTN_Alignment_to_proteins_bb (in group default_group) -DEBUG:root:We DON'T add in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/185/dataset_210_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_StringTie_Assembled_Transcripts_bb (in group default_group) -DEBUG:root:We DON'T add in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/185/dataset_210_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track cytoBandIdeo (in group default_group) 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--- a/test-data/all_datatypes/all_datatypes_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,103 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/Cytoband.bb">Cytoband.bb</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig">RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/Repeating_Elements_by_TrfBig.bb">Repeating_Elements_by_TrfBig.bb</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb">TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/blastXmlToPsl.bb">blastXmlToPsl.bb</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb">BLAT_alignment_bigpsl.bb</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai">HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb">BLAST_alignment_bigpsl.bb</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb">Augustus_Gene_Predictions.bb</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/regtools_junctions.bb">regtools_junctions.bb</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam">HISAT2_Accepted_Hits.bam</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb">StringTie_Assembled_Transcripts.bb</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/all_datatypes/myHub/Dbia3/groups.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -name default_group -label Default group -priority 2 -defaultIsClosed 0 -
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Binary file test-data/all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig has changed
Binary file test-data/all_datatypes/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb has changed
--- a/test-data/all_datatypes/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/all_datatypes/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/bam/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,20 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_154.dat -DEBUG:root:data_value: {u'index': u'/home/galaxy/galaxy/database/datasets/_metadata_files/000/metadata_6.dat', u'long_label': u'HISAT sequence alignment', u'name': u'HISAT2_Accepted_Hits', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Bam.Bam object at 0x7f0ce436b650>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/160/dataset_187_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_HISAT2_Accepted_Hits_bam (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/bam/bam.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,73 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai">HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam">HISAT2_Accepted_Hits.bam</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/bam/myHub/Dbia3/groups.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -name default_group -label Default group -priority 2 -defaultIsClosed 0 -
--- a/test-data/bam/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,12 +0,0 @@ - -track gonramp_HISAT2_Accepted_Hits_bam -longLabel HISAT sequence alignment -shortLabel HISAT sequence al -bigDataUrl tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam -type bam -visibility pack -thickDrawItem off -priority 10 -color 0,0,0 -group default_group -searchIndex name
--- a/test-data/bam/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/bam/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/bed_blast_alignment/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,29 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_199.dat -DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'BLAST alignment', u'name': u'BLAST_alignment_bigpsl', u'database': u'NCBI', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} -DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_199.dat -DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmpqOqZkp.chrom.sizes -DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/174/dataset_200_files/myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb -DEBUG:root:typeOption: bed12+12 -DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/bigPsl.as -DEBUG:root:tab option: True -DEBUG:root:Calling bedToBigBed: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<BedBlastAlignments.BedBlastAlignments object at 0x7fef7001b410>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/174/dataset_200_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_BLAST_alignment_bigpsl_bb (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/bed_blast_alignment/blast_alignment_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/BLAST_alignment_bigpsl.bb">BLAST_alignment_bigpsl.bb</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/bed_blast_alignment/inputs/BLAST_alignment_bigpsl Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,20 +0,0 @@ -contig14 31613 32039 FBpp0070070 1000 - 31613 32039 0 4 141,69,156,39, 0,147,219,387, 822 1227 - 1623 396,537,606,762, 45010 129 276 0 0 -contig14 32918 33596 FBpp0070070 1000 - 32918 33596 0 6 99,57,324,18,45,126, 0,99,156,480,507,552, 153 834 - 1623 789,891,951,1278,1296,1344, 45010 276 357 36 0 -contig15 1606 2032 FBpp0070070 1000 - 1606 2032 0 4 141,69,156,39, 0,147,219,387, 822 1227 - 1623 396,537,606,762, 50014 129 276 0 0 -contig15 2911 3589 FBpp0070070 1000 - 2911 3589 0 6 99,57,324,18,45,126, 0,99,156,480,507,552, 153 834 - 1623 789,891,951,1278,1296,1344, 50014 276 357 36 0 -contig36 38740 38977 FBpp0070566 1000 + 38740 38977 0 2 213,24, 0,213, 165 405 + 2046 165,381, 45010 135 102 0 0 -contig36 38740 38977 FBpp0070567 1000 + 38740 38977 0 2 213,24, 0,213, 165 405 + 1986 165,381, 45010 135 102 0 0 -contig36 40303 40558 FBpp0070566 1000 + 40303 40558 0 1 255, 0, 606 861 + 2046 606, 45010 99 156 0 0 -contig36 40303 40558 FBpp0070567 1000 + 40303 40558 0 1 255, 0, 606 861 + 1986 606, 45010 99 156 0 0 -contig36 41724 42168 FBpp0070566 1000 + 41724 42168 0 4 102,87,30,162, 0,165,252,282, 873 1386 + 2046 873,975,1116,1224, 45010 204 177 0 0 -contig36 41724 42168 FBpp0070567 1000 + 41724 42168 0 5 102,93,9,15,162, 0,165,258,267,282, 873 1326 + 1986 873,975,1086,1131,1164, 45010 207 174 0 0 -contig36 42322 42514 FBpp0070566 1000 + 42322 42514 0 2 39,150, 0,42, 1476 1665 + 2046 1476,1515, 45010 96 93 0 0 -contig36 42322 42514 FBpp0070567 1000 + 42322 42514 0 2 39,150, 0,42, 1416 1605 + 1986 1416,1455, 45010 96 93 0 0 -contig37 8733 8970 FBpp0070566 1000 + 8733 8970 0 2 213,24, 0,213, 165 405 + 2046 165,381, 50013 135 102 0 0 -contig37 8733 8970 FBpp0070567 1000 + 8733 8970 0 2 213,24, 0,213, 165 405 + 1986 165,381, 50013 135 102 0 0 -contig37 10296 10551 FBpp0070566 1000 + 10296 10551 0 1 255, 0, 606 861 + 2046 606, 50013 99 156 0 0 -contig37 10296 10551 FBpp0070567 1000 + 10296 10551 0 1 255, 0, 606 861 + 1986 606, 50013 99 156 0 0 -contig37 11717 12161 FBpp0070566 1000 + 11717 12161 0 4 102,87,30,162, 0,165,252,282, 873 1386 + 2046 873,975,1116,1224, 50013 204 177 0 0 -contig37 11717 12161 FBpp0070567 1000 + 11717 12161 0 5 102,93,9,15,162, 0,165,258,267,282, 873 1326 + 1986 873,975,1086,1131,1164, 50013 207 174 0 0 -contig37 12315 12507 FBpp0070566 1000 + 12315 12507 0 2 39,150, 0,42, 1476 1665 + 2046 1476,1515, 50013 96 93 0 0 -contig37 12315 12507 FBpp0070567 1000 + 12315 12507 0 2 39,150, 0,42, 1416 1605 + 1986 1416,1455, 50013 96 93 0 0
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--- a/test-data/bed_blat_alignment/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,29 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_196.dat -DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'BLAT alignment', u'name': u'BLAT_alignment_bigpsl', u'database': u'NCBI', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} -DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_196.dat -DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmphDNrBt.chrom.sizes -DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/172/dataset_198_files/myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb -DEBUG:root:typeOption: bed12+12 -DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/bigPsl.as -DEBUG:root:tab option: True -DEBUG:root:Calling bedToBigBed: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<bigPsl.bigPsl object at 0x7f9da3bd9690>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/172/dataset_198_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_BLAT_alignment_bigpsl_bb (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/bed_blat_alignment/blat_alignment_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigpsl.bb">BLAT_alignment_bigpsl.bb</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/bed_blat_alignment/inputs/BLAT_alignment_bigpsl Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,20 +0,0 @@ -contig1 651 13048 NM_001258471 1000 - 651 13042 0 5 1627,925,2096,325,177, 0,1725,2662,11889,12220, 348 5635 + 7050 1415,3155,4089,6185,6525, 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--- a/test-data/bed_cytoband/cytoband_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/Cytoband.bb">Cytoband.bb</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/bed_cytoband/inputs/Cytoband Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ -contig1 0 45179 contig1 gneg -contig10 0 43013 contig10 gneg -contig11 0 35013 contig11 gneg -contig12 0 56019 contig12 gneg -contig13 0 45015 contig13 gneg -contig14 0 45010 contig14 gneg -contig15 0 50014 contig15 gneg -contig16 0 45017 contig16 gneg -contig17 0 40013 contig17 gneg -contig18 0 40012 contig18 gneg -contig19 0 45013 contig19 gneg -contig2 0 45017 contig2 gneg -contig20 0 50014 contig20 gneg -contig21 0 50011 contig21 gneg -contig22 0 60010 contig22 gneg -contig23 0 50012 contig23 gneg -contig24 0 40010 contig24 gneg -contig25 0 75023 contig25 gneg -contig26 0 40013 contig26 gneg -contig27 0 50016 contig27 gneg -contig28 0 50013 contig28 gneg -contig29 0 50006 contig29 gneg -contig3 0 40006 contig3 gneg -contig30 0 70018 contig30 gneg -contig31 0 40012 contig31 gneg -contig32 0 40014 contig32 gneg -contig33 0 40016 contig33 gneg -contig34 0 50012 contig34 gneg -contig35 0 48011 contig35 gneg -contig36 0 45010 contig36 gneg -contig37 0 50013 contig37 gneg -contig38 0 50017 contig38 gneg -contig39 0 45019 contig39 gneg -contig4 0 55011 contig4 gneg -contig40 0 60015 contig40 gneg -contig41 0 60014 contig41 gneg -contig42 0 70020 contig42 gneg -contig43 0 50016 contig43 gneg -contig44 0 50013 contig44 gneg -contig45 0 50013 contig45 gneg -contig46 0 50012 contig46 gneg -contig47 0 35007 contig47 gneg -contig48 0 65012 contig48 gneg -contig49 0 30003 contig49 gneg -contig5 0 50018 contig5 gneg -contig50 0 40009 contig50 gneg -contig51 0 50015 contig51 gneg -contig52 0 40012 contig52 gneg -contig53 0 50013 contig53 gneg -contig54 0 35008 contig54 gneg -contig55 0 40015 contig55 gneg -contig56 0 55020 contig56 gneg -contig57 0 60013 contig57 gneg -contig58 0 50011 contig58 gneg -contig59 0 40011 contig59 gneg -contig6 0 40015 contig6 gneg -contig60 0 50013 contig60 gneg -contig61 0 40008 contig61 gneg -contig62 0 50017 contig62 gneg -contig63 0 55021 contig63 gneg -contig64 0 40016 contig64 gneg -contig65 0 45013 contig65 gneg -contig66 0 45011 contig66 gneg -contig67 0 44531 contig67 gneg -contig68 0 25628 contig68 gneg -contig69 0 44962 contig69 gneg -contig7 0 50017 contig7 gneg -contig70 0 55020 contig70 gneg -contig8 0 35012 contig8 gneg -contig9 0 60018 contig9 gneg
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--- a/test-data/bed_cytoband/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/bed_generic/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,32 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1199.dat -DEBUG:root:data_value: {u'order_index': u'10', u'name': u'TBLASTN_Alignment_to_proteins', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group'} -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmpmC5L13.sortedBed -DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmphIusrY.chrom.sizes -DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/905/dataset_1273_files/myHub/Dbia3/tracks/TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb -DEBUG:root:typeOption: None -DEBUG:root:autoSql: None -DEBUG:root:tab option: False -DEBUG:root:Calling bedToBigBed: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Bed.Bed object at 0x2cbbd10>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/905/dataset_1273_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/bed_generic/bed_generic.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb">TBLASTN_Alignment_to_proteins.bb</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/bed_generic/inputs/TBLASTN_Alignment_to_proteins Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,40 +0,0 @@ -contig2 16199 18659 ci-PA 358 - 16199 18659 0 18 126,114,27,174,186,84,69,45,204,108,117,144,123,150,24,48,495,165, 0,126,240,270,444,630,726,801,846,1056,1167,1290,1440,1566,1722,1746,1794,2295, -contig2 18939 20598 ci-PA 604 - 18939 20598 0 7 510,210,432,84,63,45,174, 0,564,774,1278,1368,1434,1485, -contig2 18712 18877 ci-PA 964 - 18712 18877 0 1 165, 0, -contig1 31366 33826 ci-PA 358 - 31366 33826 0 18 126,114,27,174,186,84,69,45,204,108,117,144,123,150,24,48,495,165, 0,126,240,270,444,630,726,801,846,1056,1167,1290,1440,1566,1722,1746,1794,2295, -contig1 34106 35765 ci-PA 604 - 34106 35765 0 7 510,210,432,84,63,45,174, 0,564,774,1278,1368,1434,1485, -contig1 33879 34044 ci-PA 964 - 33879 34044 0 1 165, 0, -contig24 12402 12561 ci-PA 0 - 12402 12561 0 2 63,96, 0,63, -contig24 12402 12570 ci-PA 0 - 12402 12570 0 4 21,42,90,15, 0,21,63,153, -contig23 32405 32564 ci-PA 0 - 32405 32564 0 2 63,96, 0,63, -contig23 32405 32573 ci-PA 0 - 32405 32573 0 4 21,42,90,15, 0,21,63,153, -contig67 20513 20759 ci-PA 0 - 20513 20759 0 4 81,51,21,93, 0,81,132,153, -contig67 20531 20753 ci-PA 0 - 20531 20753 0 4 111,24,51,36, 0,111,135,186, -contig67 18177 18309 ci-PA 0 - 18177 18309 0 1 132, 0, -contig67 20471 20660 ci-PA 0 - 20471 20660 0 1 189, 0, -contig66 35516 35762 ci-PA 0 - 35516 35762 0 4 81,51,21,93, 0,81,132,153, -contig66 35534 35756 ci-PA 0 - 35534 35756 0 4 111,24,51,36, 0,111,135,186, -contig66 33180 33312 ci-PA 0 - 33180 33312 0 1 132, 0, -contig66 35474 35663 ci-PA 0 - 35474 35663 0 1 189, 0, -contig2 18711 20598 ci-PC 584 - 18711 20598 0 8 99,510,210,432,84,63,48,171, 0,228,792,1002,1506,1596,1662,1716, -contig2 18601 18889 ci-PC 0 - 18601 18889 0 5 63,36,51,54,45, 0,75,123,180,243, -contig1 33878 35765 ci-PC 584 - 33878 35765 0 8 99,510,210,432,84,63,48,171, 0,228,792,1002,1506,1596,1662,1716, -contig1 33768 34056 ci-PC 0 - 33768 34056 0 5 63,36,51,54,45, 0,75,123,180,243, -contig2 16199 18659 ci-PB 358 - 16199 18659 0 18 126,114,27,174,186,84,69,45,204,108,117,144,123,150,24,48,495,165, 0,126,240,270,444,630,726,801,846,1056,1167,1290,1440,1566,1722,1746,1794,2295, -contig2 18939 20268 ci-PB 560 - 18939 20268 0 4 510,210,432,51, 0,564,774,1278, -contig2 18712 18877 ci-PB 964 - 18712 18877 0 1 165, 0, -contig1 31366 33826 ci-PB 358 - 31366 33826 0 18 126,114,27,174,186,84,69,45,204,108,117,144,123,150,24,48,495,165, 0,126,240,270,444,630,726,801,846,1056,1167,1290,1440,1566,1722,1746,1794,2295, -contig1 34106 35435 ci-PB 560 - 34106 35435 0 4 510,210,432,51, 0,564,774,1278, -contig1 33879 34044 ci-PB 964 - 33879 34044 0 1 165, 0, -contig24 12402 12561 ci-PB 0 - 12402 12561 0 2 63,96, 0,63, -contig24 12402 12570 ci-PB 0 - 12402 12570 0 4 21,42,90,15, 0,21,63,153, -contig23 32405 32564 ci-PB 0 - 32405 32564 0 2 63,96, 0,63, -contig23 32405 32573 ci-PB 0 - 32405 32573 0 4 21,42,90,15, 0,21,63,153, -contig67 20513 20759 ci-PB 0 - 20513 20759 0 4 81,51,21,93, 0,81,132,153, -contig67 20531 20753 ci-PB 0 - 20531 20753 0 4 111,24,51,36, 0,111,135,186, -contig67 18177 18309 ci-PB 0 - 18177 18309 0 1 132, 0, -contig67 20471 20660 ci-PB 0 - 20471 20660 0 1 189, 0, -contig66 35516 35762 ci-PB 0 - 35516 35762 0 4 81,51,21,93, 0,81,132,153, -contig66 35534 35756 ci-PB 0 - 35534 35756 0 4 111,24,51,36, 0,111,135,186, -contig66 33180 33312 ci-PB 0 - 33180 33312 0 1 132, 0, -contig66 35474 35663 ci-PB 0 - 35474 35663 0 1 189, 0,
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--- a/test-data/bed_generic/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email rmarenco@gwu.edu -descriptionUrl Dbia3.html
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--- a/test-data/bed_simple_repeats/bed_simple_repeats_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/Repeating_Elements_by_TrfBig.bb">Repeating_Elements_by_TrfBig.bb</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/bed_simple_repeats/inputs/Repeating_Elements_by_TrfBig Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,602 +0,0 @@ -contig1 9130 9428 trf 163 1.8 164 86 2 438 36 12 13 37 1.82 AAAAAAAATTATATCTTCGGTGTTTTTCAACATACAACCTCCTAAGCTTGGAAATAACATTTCTTAATCAGTTCTGAATTTCGAATTAAATTTTTATCAAAATCGGACAACTATACCATATAGCTGTCATAGGAAGGATTGGATAATTAGTGGTAAAATAATAT -contig1 15707 15757 trf 20 2.5 19 83 9 55 32 12 2 54 1.49 TATATCATTTATATCTCAG -contig1 16261 16302 trf 12 3.4 12 89 0 64 2 36 24 36 1.69 TCCGTCTGTCCG -contig1 23387 23483 trf 45 2.2 45 92 1 158 19 22 30 27 1.98 TCGGCGAAGAAATGTGCCACTTCGGCGGCACTTCTTGGAGTCACT -contig1 23451 23520 trf 24 2.9 24 80 0 75 15 26 27 30 1.96 TTCGGCGACACTTCTTGAAGTCAG -contig1 24200 24233 trf 15 2.2 15 94 0 57 51 12 15 21 1.75 AAACAATGGAATGCT -contig1 29159 29628 trf 162 2.9 160 80 8 518 37 12 11 38 1.80 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--- a/test-data/bed_splice_junctions/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,32 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_160.dat -DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'Splice junctions', u'name': u'regtools_junctions', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /tmp/tmpNmrPuS.sortedBed -DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmpKM2jLb.chrom.sizes -DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/175/dataset_201_files/myHub/Dbia3/tracks/regtools_junctions.bb -DEBUG:root:typeOption: bed12+1 -DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/spliceJunctions.as -DEBUG:root:tab option: False -DEBUG:root:Calling bedToBigBed: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<BedSpliceJunctions.BedSpliceJunctions object at 0x7f3fc157f690>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/175/dataset_201_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_regtools_junctions_bb (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/bed_splice_junctions/inputs/regtools_junctions Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,38 +0,0 @@ -contig16 1843 11364 JUNC00000001 1000 - 1843 11364 255,0,0 2 54,80 0,9441 13 -contig16 11386 11595 JUNC00000003 1000 - 11386 11595 255,0,0 2 77,78 0,131 13 -contig16 11617 11783 JUNC00000004 1000 - 11617 11783 255,0,0 2 65,25 0,141 1 -contig16 11624 11834 JUNC00000005 1000 - 11624 11834 255,0,0 2 81,76 0,134 20 -contig16 11782 11975 JUNC00000006 1000 - 11782 11975 255,0,0 2 76,54 0,139 10 -contig16 11806 11956 JUNC00000007 1000 - 11806 11956 255,0,0 2 55,35 0,115 1 -contig16 11921 12673 JUNC00000008 1000 - 11921 12673 255,0,0 2 54,73 0,679 13 -contig16 11939 17275 JUNC00000009 1000 - 11939 17275 255,0,0 2 36,54 0,5282 1 -contig16 12733 17294 JUNC00000011 1000 - 12733 17294 255,0,0 2 78,73 0,4488 10 -contig16 12782 21003 JUNC00000012 1000 - 12782 21003 255,0,0 2 29,61 0,8160 1 -contig16 12796 21322 JUNC00000013 1000 - 12796 21322 255,0,0 2 15,75 0,8451 1 -contig16 17254 17474 JUNC00000014 1000 - 17254 17474 255,0,0 2 83,69 0,151 15 -contig16 17307 21307 JUNC00000015 1000 - 17307 21307 255,0,0 2 30,60 0,3940 1 -contig16 21007 21283 JUNC00000016 1000 - 21007 21283 255,0,0 2 54,36 0,240 1 -contig16 21263 22512 JUNC00000017 1000 - 21263 22512 255,0,0 2 73,58 0,1191 7 -contig16 21316 23083 JUNC00000018 1000 - 21316 23083 255,0,0 2 20,70 0,1697 1 -contig16 22206 25361 JUNC00000019 1000 + 22206 25361 255,0,0 2 39,51 0,3104 1 -contig16 27016 27178 JUNC00000021 1000 + 27016 27178 255,0,0 2 33,70 0,92 2 -contig16 27196 34369 JUNC00000022 1000 + 27196 34369 255,0,0 2 57,32 0,7141 1 -contig16 29358 34416 JUNC00000023 1000 + 29358 34416 255,0,0 2 11,79 0,4979 1 -contig16 34568 34752 JUNC00000024 1000 + 34568 34752 255,0,0 2 51,68 0,116 2 -contig16 34573 34763 JUNC00000025 1000 + 34573 34763 255,0,0 2 46,44 0,146 1 -contig16 34782 34954 JUNC00000026 1000 + 34782 34954 255,0,0 2 53,66 0,106 4 -contig16 35110 42519 JUNC00000027 1000 + 35110 42519 255,0,0 2 64,64 0,7345 4 -contig16 42508 43097 JUNC00000029 1000 + 42508 43097 255,0,0 2 82,65 0,524 6 -contig16 43274 43495 JUNC00000030 1000 + 43274 43495 255,0,0 2 80,75 0,146 10 -contig17 1255 2504 JUNC00000031 1000 - 1255 2504 255,0,0 2 73,58 0,1191 7 -contig17 1308 3075 JUNC00000032 1000 - 1308 3075 255,0,0 2 20,70 0,1697 1 -contig17 2198 5353 JUNC00000033 1000 + 2198 5353 255,0,0 2 39,51 0,3104 1 -contig17 7008 7170 JUNC00000035 1000 + 7008 7170 255,0,0 2 33,70 0,92 2 -contig17 7188 14361 JUNC00000036 1000 + 7188 14361 255,0,0 2 57,32 0,7141 1 -contig17 9350 14408 JUNC00000037 1000 + 9350 14408 255,0,0 2 11,79 0,4979 1 -contig17 14560 14744 JUNC00000038 1000 + 14560 14744 255,0,0 2 51,68 0,116 2 -contig17 14565 14755 JUNC00000039 1000 + 14565 14755 255,0,0 2 46,44 0,146 1 -contig17 14774 14946 JUNC00000040 1000 + 14774 14946 255,0,0 2 53,66 0,106 4 -contig17 15102 22511 JUNC00000041 1000 + 15102 22511 255,0,0 2 64,64 0,7345 4 -contig17 22500 23089 JUNC00000043 1000 + 22500 23089 255,0,0 2 82,65 0,524 6 -contig17 23265 23487 JUNC00000044 1000 + 23265 23487 255,0,0 2 81,75 0,147 11
--- a/test-data/bed_splice_junctions/myHub/Dbia3/groups.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -name default_group -label Default group -priority 2 -defaultIsClosed 0 -
--- a/test-data/bed_splice_junctions/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,12 +0,0 @@ - -track gonramp_regtools_junctions_bb -longLabel Splice junctions -shortLabel Splice junctions -bigDataUrl tracks/regtools_junctions.bb -type bigBed 12 + -visibility dense -thickDrawItem off -priority 10 -color 0,0,0 -group default_group -searchIndex name
--- a/test-data/bed_splice_junctions/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/bed_splice_junctions/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/bed_splice_junctions/splice_junctions_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/regtools_junctions.bb">regtools_junctions.bb</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/big_bed/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,20 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_205.dat -DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'bigBed ', u'name': u'BLAT_alignment_bigbed', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<BigBed.BigBed object at 0x7fe280ba0710>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/180/dataset_206_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_BLAT_alignment_bigbed_bigbed (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/big_bed/bigbed_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/BLAT_alignment_bigbed.bigbed">BLAT_alignment_bigbed.bigbed</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/big_bed/myHub/Dbia3/groups.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -name default_group -label Default group -priority 2 -defaultIsClosed 0 -
--- a/test-data/big_bed/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,12 +0,0 @@ - -track gonramp_BLAT_alignment_bigbed_bigbed -longLabel bigBed -shortLabel bigBed -bigDataUrl tracks/BLAT_alignment_bigbed.bigbed -type bigBed 12 + -visibility hide -thickDrawItem off -priority 10 -color 0,0,0 -group default_group -searchIndex name
--- a/test-data/big_bed/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/big_bed/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/bigwig/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,20 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_157.dat -DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'RNA-Seq Coverage', u'name': u'RNA-Seq_Alignment_Coverage', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<BigWig.BigWig object at 0x7f8c591d1650>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/167/dataset_193_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_RNA_Seq_Alignment_Coverage_bigwig (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/bigwig/bigwig.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig">RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/bigwig/myHub/Dbia3/groups.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -name default_group -label Default group -priority 2 -defaultIsClosed 0 -
--- a/test-data/bigwig/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,14 +0,0 @@ - -track gonramp_RNA_Seq_Alignment_Coverage_bigwig -longLabel RNA-Seq Coverage -shortLabel RNA-Seq Coverage -bigDataUrl tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig -visibility full -priority 10 -color 0,0,0 -group default_group -type bigWig 1.000000 39.000000 -autoScale on -maxHeightPixels 100:32:8 -windowingFunction mean+whiskers -
--- a/test-data/bigwig/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/bigwig/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
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--- a/test-data/changed_label/changed_label_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,73 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai">HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam">HISAT2_Accepted_Hits.bam</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
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--- a/test-data/changed_label/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
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--- a/test-data/default_color/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,20 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_154.dat -DEBUG:root:data_value: {u'index': u'/home/galaxy/galaxy/database/datasets/_metadata_files/000/metadata_6.dat', u'long_label': u'', u'name': u'HISAT2_Accepted_Hits', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Bam.Bam object at 0x7ff90b812650>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/189/dataset_214_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_HISAT2_Accepted_Hits_bam (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/default_color/default_color_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,73 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai">HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam">HISAT2_Accepted_Hits.bam</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/default_color/myHub/Dbia3/groups.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -name default_group -label Default group -priority 2 -defaultIsClosed 0 -
--- a/test-data/default_color/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,12 +0,0 @@ - -track gonramp_HISAT2_Accepted_Hits_bam -longLabel HISAT2 Accepted Hits.bam -shortLabel HISAT2 Accepted H -bigDataUrl tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam -type bam -visibility pack -thickDrawItem off -priority 10 -color 0,0,0 -group default_group -searchIndex name
--- a/test-data/default_color/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/default_color/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/gff3/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,38 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_147.dat -DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'Augustus', u'name': u'Augustus_Gene_Predictions', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} -DEBUG:root:Calling gff3ToGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /tmp/tmpzTV91Q.sorted.bigGenePred -DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmpfTKTZ_.chrom.sizes -DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/168/dataset_194_files/myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb -DEBUG:root:typeOption: bed12+8 -DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/bigGenePred.as -DEBUG:root:tab option: True -DEBUG:root:Calling bedToBigBed: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Gff3.Gff3 object at 0x7f8d7b8a7710>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/168/dataset_194_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_Augustus_Gene_Predictions_bb (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/gff3/gff3_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb">Augustus_Gene_Predictions.bb</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/gff3/inputs/Augustus_Gene_Predictions Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6937 +0,0 @@ -##gff-version 3 -# This output was generated with AUGUSTUS (version 3.1.0). -# AUGUSTUS is a gene prediction tool written by Mario Stanke (mario.stanke@uni-greifswald.de), -# Oliver Keller, Stefanie König and Lizzy Gerischer. -# Please cite: Mario Stanke, Mark Diekhans, Robert Baertsch, David Haussler (2008), -# Using native and syntenically mapped cDNA alignments to improve de novo gene finding -# Bioinformatics 24: 637-644, doi 10.1093/bioinformatics/btn013 -# No extrinsic information on sequences given. -# Initialising the parameters using config directory /home/svc_galaxy/new/galaxy/tool_dependency/augustus/3.1/iuc/package_augustus_3_1/24009970003a/config/ ... -# fly version. Using default transition matrix. -# Looks like /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/000/dataset_98.dat is in fasta format. -# We have hints for 0 sequences and for 0 of the sequences in the input set. -# -# ----- prediction on sequence number 1 (length = 45179, name = contig1) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 1 on both strands -# start gene contig1.g1 -contig1 AUGUSTUS gene 553 34688 0.03 - . ID=contig1.g1 -contig1 AUGUSTUS transcript 553 34688 0.03 - . ID=contig1.g1.t1;Parent=contig1.g1 -contig1 AUGUSTUS CDS 553 578 0.41 - 2 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 -contig1 AUGUSTUS CDS 652 1047 0.25 - 2 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 -contig1 AUGUSTUS CDS 12541 12968 0.87 - 1 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 -contig1 AUGUSTUS CDS 32202 33826 0.89 - 0 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 -contig1 AUGUSTUS CDS 33880 34044 0.98 - 0 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 -contig1 AUGUSTUS CDS 34107 34619 0.99 - 0 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 -contig1 AUGUSTUS CDS 34674 34688 0.45 - 0 ID=contig1.g1.t1.cds;Parent=contig1.g1.t1 -contig1 AUGUSTUS start_codon 34686 34688 . - 0 Parent=contig1.g1.t1 -# coding sequence = [atggcagcactctcgcaaaaggactttaatgacggaaaccagagaaatcgtcagaggaaaagtactgtcactgagcagc -# cctcatcaacatcaggaagcgtggcccaagtagaagcggacagcgcatcgtcacatttgtctgatcgctgttataacaacatagcaagtactaccaaa -# agtattgttggtgatgtgaaaacaagcagacgctgtgaagactttataagtagtggatcagcttcgactccattaaatgaatatgattgtgccaacgc -# tgatacgacggatattaaagatgaacctggagattttatagaaacaaattgtcattggcgaagttgttgtattgaatttaatacgcaagatgagcttg -# ttaaacatatcaataatgaccatatccaaaccaataagaaggcctttgtctgtcgatgggaaaattgtacccgtggtgaaaaacctttcaaagcgcag -# tatatgctagttgtgcatatgcgtcgtcataccggcgaaaagccacataaatgcacatttgaaggctgttttaaggcatattcacgcttggaaaacct -# aaaaacacatttacggtcacacacaggtgaaaaaccctatatgtgcgagtatccgggatgcagcaaggcgtttagtaatgcaagcgatcgtgcaaagc -# atcaaaatcgtactcacagtaatgagaaaccgtacatttgtaaagctcctggttgcacgaaacgttacaccgacccaagttctttgcgtaaacatgtt -# aaaacagttcatggtgctgagttttatgctaataaaaaacacaagggattgcccctaaatgatgcgaactctcgcctccaccgagacagtggccaagg -# tcggcataatcttcaagagcataatattgactctagcccttgcagcgaagaacttcaggtgggaaaacttataggcatgtctagtcccagtattaaat -# ctgaatctgatgaaagttcaccacatcatcagttgttaagtggagttcgagcttcagactgttttttaacatattcacaagatggtgccgccgaacat -# ataactttagatgacggctgggattgtgacgatgacgttgacgtggccgacttaccaattgtcttgcgtgctatggtaaatgttggcagcggaaattc -# gatggccccgaccattggagggggtgttgttgcgaggcagcgatttagaagtcgtttgcaaactaaaggaataaactctagtatggttatgcttggca -# acatccccgaaagcaatcgcaccattggaataagcgaacttaaccagcgtataacagaacttaagatggagcctggtaccgcttgtgatattacagtt -# ccattgaatacggggctggaaaggatttcagaagacttatcacaaaatcaatcaaatataacattaaataagcaaagcttctttaccgcttccggctc -# tctccaaggacattttcgtcgcgatagccagaactccactgcaagtacatattatggtagcatgcaaagtcgccgcagtagtcaatcatctcaggtgt -# cttctatatctacaatgcgtccaggcccatcgtacaacacaaccacagcttccctctatgatccaatttccccaggatgctctcgacgctctagccaa -# atgtctaatgtagtcaactcctacgcacttacatcaacatcaggattgactgcaattaacaaggacttaaatgcaaacagcagcccaaatgcttctat -# taataaaccgggtcttggtggtcagtactttggtttttacaataacagtcttcctccacctccatcgtctcatttaattgccaccaatttgaagcatc -# tgcaggacacagactctaggagttgttatcacaacacaactggcggtcgattttccattcccaattgtacgccatctctacatttagactacaatgga -# ccggctggagagcaggaaattgataaagaaatcccgaataacatattacgacgtcaatctgagccaatgccaaacataagtttggatacactaacaaa -# tgtttctcctttaagtggcccactgcaaaatttgcagtttcccattggaaaggctaggaacgtgaatataacatcgtctagtaacgagaatactttaa -# gaaagggaccttgccatgctacaatgaagactgaaatgacaatgaccagcgagcagcatccaaatgagagaataaatttggatgaagttgaagagctt -# atacttcccgatgagatgcttcagtatttaaatttggtgaaggacgatcaaaattatatggagaaagatgatgttgctataagtacgcatcatcaatc -# cgtaaattgcacaaaagaatcgccggctcagttatcttctccctcaaatgatattgtcgcccagtttaaccttccttcaataacgtcagcatctaact -# atggaaatcgctcaaaaggatataatggagaaaacggtgaagactctcaatctaagaactattttacgcatctgagcttcgattttatgaacaatgtc -# ttgtttgcgggtgccacaaataaaatacttaaacttaacgagaacctgcgtgtgctgtctgaggctgtcactggacccgtaaatgattcaccacaatg -# tcatgcaggaggttgcccggaggacatagagacatcgctggtcaacaattacaataaaattctcgtagtaagctacgctcacgatggcattcttatat -# cgtgtggtagcattcgacaagaggaacgacttctccacgaacaagttacccattctgttgtaattttgcacattttacaagatgatcttgatgaaaaa -# gtccaatgtcgtgtaaacgatttggataccatatcgcaagttaaattaaaaattttggacgcaatttttaaaaatactccgttttctatgagaccatc -# tgtgcacgaagttgacttagaatggaggcatggaagaggaggtcatctcacattacaagatgaagacctaactacaaaaacaataaatggatggaaac -# gcctcaacacattggcccattatggagtaaaagaatcggctgtgatgtcacttatagcacggcaaaatgataactaccacataccgtatggcaaaaac -# caaaatcaggcaccttaccataattttataagcaattttcaatgctactaa] -# protein sequence = [MAALSQKDFNDGNQRNRQRKSTVTEQPSSTSGSVAQVEADSASSHLSDRCYNNIASTTKSIVGDVKTSRRCEDFISSG -# SASTPLNEYDCANADTTDIKDEPGDFIETNCHWRSCCIEFNTQDELVKHINNDHIQTNKKAFVCRWENCTRGEKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCT -# FEGCFKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYMCEYPGCSKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYICKAPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGAEFYANKKHKGLPL -# NDANSRLHRDSGQGRHNLQEHNIDSSPCSEELQVGKLIGMSSPSIKSESDESSPHHQLLSGVRASDCFLTYSQDGAAEHITLDDGWDCDDDVDVADLP -# IVLRAMVNVGSGNSMAPTIGGGVVARQRFRSRLQTKGINSSMVMLGNIPESNRTIGISELNQRITELKMEPGTACDITVPLNTGLERISEDLSQNQSN -# ITLNKQSFFTASGSLQGHFRRDSQNSTASTYYGSMQSRRSSQSSQVSSISTMRPGPSYNTTTASLYDPISPGCSRRSSQMSNVVNSYALTSTSGLTAI -# NKDLNANSSPNASINKPGLGGQYFGFYNNSLPPPPSSHLIATNLKHLQDTDSRSCYHNTTGGRFSIPNCTPSLHLDYNGPAGEQEIDKEIPNNILRRQ -# SEPMPNISLDTLTNVSPLSGPLQNLQFPIGKARNVNITSSSNENTLRKGPCHATMKTEMTMTSEQHPNERINLDEVEELILPDEMLQYLNLVKDDQNY -# MEKDDVAISTHHQSVNCTKESPAQLSSPSNDIVAQFNLPSITSASNYGNRSKGYNGENGEDSQSKNYFTHLSFDFMNNVLFAGATNKILKLNENLRVL -# SEAVTGPVNDSPQCHAGGCPEDIETSLVNNYNKILVVSYAHDGILISCGSIRQEERLLHEQVTHSVVILHILQDDLDEKVQCRVNDLDTISQVKLKIL -# DAIFKNTPFSMRPSVHEVDLEWRHGRGGHLTLQDEDLTTKTINGWKRLNTLAHYGVKESAVMSLIARQNDNYHIPYGKNQNQAPYHNFISNFQCY] -# end gene contig1.g1 -### -# -# ----- prediction on sequence number 2 (length = 45017, name = contig2) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 2 on both strands -# start gene contig2.g2 -contig2 AUGUSTUS gene 7855 39627 0.09 - . ID=contig2.g2 -contig2 AUGUSTUS transcript 7855 39627 0.09 - . ID=contig2.g2.t1;Parent=contig2.g2 -contig2 AUGUSTUS CDS 7855 7969 0.61 - 1 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 -contig2 AUGUSTUS CDS 17035 18659 0.78 - 0 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 -contig2 AUGUSTUS CDS 18713 18877 0.99 - 0 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 -contig2 AUGUSTUS CDS 18940 19452 0.98 - 0 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 -contig2 AUGUSTUS CDS 19507 20144 0.39 - 2 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 -contig2 AUGUSTUS CDS 39396 39481 0.69 - 1 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 -contig2 AUGUSTUS CDS 39575 39627 0.77 - 0 ID=contig2.g2.t1.cds;Parent=contig2.g2.t1 -contig2 AUGUSTUS start_codon 39625 39627 . - 0 Parent=contig2.g2.t1 -# coding sequence = [atgccatcggccaagaagccgccctccattctccattggggaaccactggagaccatgacaacaccgttggcatattgg -# gaatcggagttgaatggccaggagaagatgtggaagcatccgcgacactagaagcaggacatccttatgttaactgtgcgtcagcttttcaccttgcg -# ggactggggttgggatcaggagattttttgggcacccgaggaatgggctcactgggtgatctccatcatgcggctgtagcagcagcggctgcaggatc -# tctagccagcactgattttcacttcagcattgatggcaacaggcgattaagtagtcctcggccgcccggcggaagtattcgtgcaagcatcagcagaa -# aacgagcgctttcctcatcgccttattcggattcgtttgacattaactcaatgattcgattttcaccaaactccttagccacaattatgaatggctct -# cgaggaagcagcgcggcaagtggttcatatggtcatatttcagctagtgctattaatcctatatctcatgcacattcaacattggcaccacgtctaca -# gcatttgttacgtgcaagtgcaggtcttttaaatccgatgaatacacaacaagcagctgcggccgggttttctataagccacgctgcaagcgctgcag -# ccttaagcctcaacgacgttcatggtaatctaaatgatttaccaggccaaataacaccatcttcaacagcaagactagtagcggatgaacataaaatg -# gcagcactctcgcaaaaggactttaatgacggaaaccagagaaatcgtcagaggaaaagtactgtcactgagcagccctcatcaacatcaggaagcgt -# ggcccaagtagaagcggacagcgcatcgtcacatttgtctgatcgctgttataacaacatagcaagtactaccaaaagtattgttggtgatgtgaaaa -# caagcagacgctgtgaagactttataagtagtggatcagcttcgactccattaaatgaatatgattgtgccaacgctgatacgacggatattaaagat -# gaacctggagattttatagaaacaaattgtcattggcgaagttgttgtattgaatttaatacgcaagatgagcttgttaaacatatcaataatgacca -# tatccaaaccaataagaaggcctttgtctgtcgatgggaaaattgtacccgtggtgaaaaacctttcaaagcgcagtatatgctagttgtgcatatgc -# gtcgtcataccggcgaaaagccacataaatgcacatttgaaggctgttttaaggcatattcacgcttggaaaacctaaaaacacatttacggtcacac -# acaggtgaaaaaccctatatgtgcgagtatccgggatgcagcaaggcgtttagtaatgcaagcgatcgtgcaaagcatcaaaatcgtactcacagtaa -# tgagaaaccgtacatttgtaaagctcctggttgcacgaaacgttacaccgacccaagttctttgcgtaaacatgttaaaacagttcatggtgctgagt -# tttatgctaataaaaaacacaagggattgcccctaaatgatgcgaactctcgcctccaccgagacagtggccaaggtcggcataatcttcaagagcat -# aatattgactctagcccttgcagcgaagaacttcaggtgggaaaacttataggcatgtctagtcccagtattaaatctgaatctgatgaaagttcacc -# acatcatcagttgttaagtggagttcgagcttcagactgttttttaacatattcacaagatggtgccgccgaacatataactttagatgacggctggg -# attgtgacgatgacgttgacgtggccgacttaccaattgtcttgcgtgctatggtaaatgttggcagcggaaattcgatggccccgaccattggaggg -# ggtgttgttgcgaggcagcgatttagaagtcgtttgcaaactaaaggaataaactctagtatggttatgcttggcaacatccccgaaagcaatcgcac -# cattggaataagcgaacttaaccagcgtataacagaacttaagatggagcctggtaccgcttgtgatattacagttccattgaatacggggctggaaa -# ggatttcagaagacttatcacaaaatcaatcaaatataacattaaataagcaaagcttctttaccgcttccggctctctccaaggacattttcgtcgc -# gatagccagaactccactgcaagtacatattatggtagcatgcaaagtcgccgcagtagtcaatcatctcaggtgtcttctatatctacaatgcgtcc -# aggcccatcgtacaacacaaccacagcttccctctatgatccaatttccccaggatgctctcgacgctctagccaaatgtctaatgtagtcaactcct -# acgcacttacatcaacatcaggattgactgcaattaacaaggacttaaatgcaaacagcagcccaaatgcttctattaataaaccgggtcttggtggt -# cagtactttggtttttacaataacagtcttcctccacctccatcgtctcatttaattgccaccaatttgaagcatctgcaggacacagactctaggag -# ttgttatcacaacacaactggcggtcgattttccattcccaattgtacgccatctctacatttagactacaatggaccggctggagagcaggaaattg -# ataaagaaatcccgaataacatattacgacgtcaatctgagccaatgccaaacataagtttggatacactaacaaatgtttctcctttaagtggccca -# ctgcaaaatttgcagtttcccattggaaaggctaggaacgtgaatataacatcgtctagtaacgagaatactttaagaaagggaccttgccatgctac -# aatgaagactgaaatgacaatgaccagcgagcagcatccaaatgagagaataaatttggatgaagttgaagagcttatacttcccgatgagatgcttc -# agtatttaaatttggtgaaggacgatcaaaattatatggagaaagatgatgttgctataaggttcagactgcagatgagttcgtcgtcgatgcgcgtg -# atagacgatccttcatccagcgcaggtgtcgacctgcgaattctctccgtacagcgtcacgggaagaatccggaatag] -# protein sequence = [MPSAKKPPSILHWGTTGDHDNTVGILGIGVEWPGEDVEASATLEAGHPYVNCASAFHLAGLGLGSGDFLGTRGMGSLG -# DLHHAAVAAAAAGSLASTDFHFSIDGNRRLSSPRPPGGSIRASISRKRALSSSPYSDSFDINSMIRFSPNSLATIMNGSRGSSAASGSYGHISASAIN -# PISHAHSTLAPRLQHLLRASAGLLNPMNTQQAAAAGFSISHAASAAALSLNDVHGNLNDLPGQITPSSTARLVADEHKMAALSQKDFNDGNQRNRQRK -# STVTEQPSSTSGSVAQVEADSASSHLSDRCYNNIASTTKSIVGDVKTSRRCEDFISSGSASTPLNEYDCANADTTDIKDEPGDFIETNCHWRSCCIEF -# NTQDELVKHINNDHIQTNKKAFVCRWENCTRGEKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCFKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYMCEYPGCSKAFSN -# ASDRAKHQNRTHSNEKPYICKAPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGAEFYANKKHKGLPLNDANSRLHRDSGQGRHNLQEHNIDSSPCSEELQVGKLIGM -# SSPSIKSESDESSPHHQLLSGVRASDCFLTYSQDGAAEHITLDDGWDCDDDVDVADLPIVLRAMVNVGSGNSMAPTIGGGVVARQRFRSRLQTKGINS -# SMVMLGNIPESNRTIGISELNQRITELKMEPGTACDITVPLNTGLERISEDLSQNQSNITLNKQSFFTASGSLQGHFRRDSQNSTASTYYGSMQSRRS -# SQSSQVSSISTMRPGPSYNTTTASLYDPISPGCSRRSSQMSNVVNSYALTSTSGLTAINKDLNANSSPNASINKPGLGGQYFGFYNNSLPPPPSSHLI -# ATNLKHLQDTDSRSCYHNTTGGRFSIPNCTPSLHLDYNGPAGEQEIDKEIPNNILRRQSEPMPNISLDTLTNVSPLSGPLQNLQFPIGKARNVNITSS -# SNENTLRKGPCHATMKTEMTMTSEQHPNERINLDEVEELILPDEMLQYLNLVKDDQNYMEKDDVAIRFRLQMSSSSMRVIDDPSSSAGVDLRILSVQR -# HGKNPE] -# end gene contig2.g2 -### -# start gene contig2.g3 -contig2 AUGUSTUS gene 41706 42608 0.66 - . ID=contig2.g3 -contig2 AUGUSTUS transcript 41706 42608 0.66 - . ID=contig2.g3.t1;Parent=contig2.g3 -contig2 AUGUSTUS CDS 41706 42171 0.93 - 1 ID=contig2.g3.t1.cds;Parent=contig2.g3.t1 -contig2 AUGUSTUS CDS 42268 42608 0.7 - 0 ID=contig2.g3.t1.cds;Parent=contig2.g3.t1 -contig2 AUGUSTUS start_codon 42606 42608 . - 0 Parent=contig2.g3.t1 -# coding sequence = [atggcagtcggcaaaaataaaggtctttccaagggtggcaagaagggtggtaaaaagaaggtagtggaccccttttcac -# gcaaggattggtacgatgtgaaagccccgaatatgttccaaacccgtcaaatcggtaaaacgcttgtgaaccgcacccagggccaaagaatagcgtcg -# gactatctaaagggtcgcgtttttgaagtgtctctggcagatttgcaaaaggatatagatccggagcgctcattccgcaagttccgtcttattgccga -# agacgttcaagaccgaaacgtgctttgcaacttccatggcatggatctaactacagacaagtacaggtcaatggttaaaaagtggcaaactcttattg -# aagcgattgttgaagccaagactgtcgatggttaccttctgcgagtgttttgcattggatttactgccaaggatcagcagtctcagcgcaaaacatgc -# tatgctcaacagtcgcaggtccgcaagattcgcgctcgcatgactgacattattactaacgaagttagtggtgctgatttgaagcagcttgttaacaa -# actggcattggattccattgcaaaagatattgaaaaaagctgccagcgtatctatccattacatgatgtttacattcgtaaagtcaaggtattgaaga -# agccgcgtttcgatgtctcaaagctcttggagttgcatggtgatggtggcggcaaatctgtcgatgccgtcgtttccaccgaaggagccgtagttgac -# cgccccgagggttatgagcccccagtgcaggaagctgtctaa] -# protein sequence = [MAVGKNKGLSKGGKKGGKKKVVDPFSRKDWYDVKAPNMFQTRQIGKTLVNRTQGQRIASDYLKGRVFEVSLADLQKDI -# DPERSFRKFRLIAEDVQDRNVLCNFHGMDLTTDKYRSMVKKWQTLIEAIVEAKTVDGYLLRVFCIGFTAKDQQSQRKTCYAQQSQVRKIRARMTDIIT -# NEVSGADLKQLVNKLALDSIAKDIEKSCQRIYPLHDVYIRKVKVLKKPRFDVSKLLELHGDGGGKSVDAVVSTEGAVVDRPEGYEPPVQEAV] -# end gene contig2.g3 -### -# -# ----- prediction on sequence number 3 (length = 40006, name = contig3) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 3 on both strands -# start gene contig3.g4 -contig3 AUGUSTUS gene 6691 7593 0.64 - . 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ID=contig3.g4.t1;Parent=contig3.g4 -contig3 AUGUSTUS CDS 6691 7156 0.95 - 1 ID=contig3.g4.t1.cds;Parent=contig3.g4.t1 -contig3 AUGUSTUS CDS 7253 7593 0.67 - 0 ID=contig3.g4.t1.cds;Parent=contig3.g4.t1 -contig3 AUGUSTUS start_codon 7591 7593 . - 0 Parent=contig3.g4.t1 -# coding sequence = [atggcagtcggcaaaaataaaggtctttccaagggtggcaagaagggtggtaaaaagaaggtagtggaccccttttcac -# gcaaggattggtacgatgtgaaagccccgaatatgttccaaacccgtcaaatcggtaaaacgcttgtgaaccgcacccagggccaaagaatagcgtcg -# gactatctaaagggtcgcgtttttgaagtgtctctggcagatttgcaaaaggatatagatccggagcgctcattccgcaagttccgtcttattgccga -# agacgttcaagaccgaaacgtgctttgcaacttccatggcatggatctaactacagacaagtacaggtcaatggttaaaaagtggcaaactcttattg -# aagcgattgttgaagccaagactgtcgatggttaccttctgcgagtgttttgcattggatttactgccaaggatcagcagtctcagcgcaaaacatgc -# tatgctcaacagtcgcaggtccgcaagattcgcgctcgcatgactgacattattactaacgaagttagtggtgctgatttgaagcagcttgttaacaa -# actggcattggattccattgcaaaagatattgaaaaaagctgccagcgtatctatccattacatgatgtttacattcgtaaagtcaaggtattgaaga -# agccgcgtttcgatgtctcaaagctcttggagttgcatggtgatggtggcggcaaatctgtcgatgccgtcgtttccaccgaaggagccgtagttgac -# cgccccgagggttatgagcccccagtgcaggaagctgtctaa] -# protein sequence = [MAVGKNKGLSKGGKKGGKKKVVDPFSRKDWYDVKAPNMFQTRQIGKTLVNRTQGQRIASDYLKGRVFEVSLADLQKDI -# DPERSFRKFRLIAEDVQDRNVLCNFHGMDLTTDKYRSMVKKWQTLIEAIVEAKTVDGYLLRVFCIGFTAKDQQSQRKTCYAQQSQVRKIRARMTDIIT -# NEVSGADLKQLVNKLALDSIAKDIEKSCQRIYPLHDVYIRKVKVLKKPRFDVSKLLELHGDGGGKSVDAVVSTEGAVVDRPEGYEPPVQEAV] -# end gene contig3.g4 -### -# start gene contig3.g5 -contig3 AUGUSTUS gene 29077 31134 0.18 + . ID=contig3.g5 -contig3 AUGUSTUS transcript 29077 31134 0.18 + . 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ID=contig4.g6 -contig4 AUGUSTUS transcript 19075 51981 0.04 + . ID=contig4.g6.t1;Parent=contig4.g6 -contig4 AUGUSTUS start_codon 19075 19077 . + 0 Parent=contig4.g6.t1 -contig4 AUGUSTUS CDS 19075 19109 0.47 + 0 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 -contig4 AUGUSTUS CDS 19167 19247 0.44 + 1 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 -contig4 AUGUSTUS CDS 20791 20940 0.57 + 1 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 -contig4 AUGUSTUS CDS 31331 31523 0.57 + 1 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 -contig4 AUGUSTUS CDS 36906 37059 0.52 + 0 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 -contig4 AUGUSTUS CDS 37833 37902 0.74 + 2 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 -contig4 AUGUSTUS CDS 50913 51073 0.7 + 1 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 -contig4 AUGUSTUS CDS 51131 51361 0.58 + 2 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 -contig4 AUGUSTUS CDS 51833 51981 0.41 + 2 ID=contig4.g6.t1.cds;Parent=contig4.g6.t1 -# coding sequence = [atgctaagttctgatatgtctcaagtggcttcatggcacacgccctctgtatactctgcatctagttttaggactcctt -# atccttcctccttaccgataaatactacactttcaagtgacttccctttccgattttcgcctagccttttaccttcagtgcacgccacgtcgcaccat -# gttttaaatgcgcatactgctattgtgggagttaactccaaacaagaatgtggtgttcaggatacaacaacgaacaatagatatccaagaaacttgga -# tacaaaaaattcatcgaatacacaatcaaacgacgctaaggagacatcaaatgataaaaaaaaaccgcatatcaaaaaaccactaaatgcgtttatgc -# tctatatgaaggaaatgcgcgctaaagttgttgccgaatgtacactaaaagaatcggctgctattaatcagattttgggaagacggtggcatgccttg -# gggcgtgaagagcaagcgaagtattacgagttggcgcgaagggagcgacaactgcacatgcaaatgtatcccgattggagctctcgtacaaatgcctc -# tcggggcaagaaacggaagcggaagcaagataccaacgacggaggtaacaatatgaaaaaatgccgagctcgatttggtctggatcaacagaatcaat -# ggtgcaaaccttgcaggcgcaaaaagaaatgcattcgttatatggaagcactaaatgaaaatgggcccaccgaagacgggagcggtattgatgaacac -# ggaagccagctaagtgatgacgacgatgacgactacgatgatgataaactgggaggaagttgtggaagcgctgacgaaagctgtctaagtggattgtc -# cagtttacagagcccatcgacaacaatgagtttggcgagcccacttaatatgaataccaacactgcaactaatgctcttttgatcgtcaacgcagatc -# cgccgacttcacaacaacggccaacatctgtgtctacatcaggatcgagtagtgggtcaactagtagcatcagcacaaccccaaatacctcaagtaca -# gtttcgccagttacagctaaaatgattgagccgacaatgttgtcggtgagtactcatgctgtaaatagcactgagtgccataaaggatcagatccaca -# agcaaatgcatctgtaaagactacaagcgctggcgcttccgaaactggcgtcattagcgtttcataa] -# protein sequence = [MLSSDMSQVASWHTPSVYSASSFRTPYPSSLPINTTLSSDFPFRFSPSLLPSVHATSHHVLNAHTAIVGVNSKQECGV -# QDTTTNNRYPRNLDTKNSSNTQSNDAKETSNDKKKPHIKKPLNAFMLYMKEMRAKVVAECTLKESAAINQILGRRWHALGREEQAKYYELARRERQLH -# MQMYPDWSSRTNASRGKKRKRKQDTNDGGNNMKKCRARFGLDQQNQWCKPCRRKKKCIRYMEALNENGPTEDGSGIDEHGSQLSDDDDDDYDDDKLGG -# SCGSADESCLSGLSSLQSPSTTMSLASPLNMNTNTATNALLIVNADPPTSQQRPTSVSTSGSSSGSTSSISTTPNTSSTVSPVTAKMIEPTMLSVSTH -# AVNSTECHKGSDPQANASVKTTSAGASETGVISVS] -# end gene contig4.g6 -### -# -# ----- prediction on sequence number 5 (length = 50018, name = contig5) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 5 on both strands -# start gene contig5.g7 -contig5 AUGUSTUS gene 43345 45058 0.19 - . 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ID=contig5.g7.t1;Parent=contig5.g7 -contig5 AUGUSTUS CDS 43345 44665 0.2 - 1 ID=contig5.g7.t1.cds;Parent=contig5.g7.t1 -contig5 AUGUSTUS CDS 44724 44948 0.88 - 1 ID=contig5.g7.t1.cds;Parent=contig5.g7.t1 -contig5 AUGUSTUS CDS 45006 45058 0.94 - 0 ID=contig5.g7.t1.cds;Parent=contig5.g7.t1 -contig5 AUGUSTUS start_codon 45056 45058 . - 0 Parent=contig5.g7.t1 -# coding sequence = [atggaactaaaacccgataatgtccccattgcccgaccccgggtgcaactagggttcctcgtatcatttttagtagacg -# cacgtggtggatcaatgcgcggatatcggcacagtggcgtgagaataatcgttcccccaaaggcctgtgctgaacccacaagactaacatgtcgttat -# gttaaaccgcatagggtagtcaaccctcctcctttaatggagggggaagcacttgtgagtcgtatattggaaatgtcacctgttgatggaattttttt -# aagtccgatcactctagaagttcctcatttcggcacccttagagaaaacgagcgcgaaattattatactgcgttccgacgacggagaaagttggcgag -# agcataacctatacgaaagtgagggaaatataaacgatttttataaaggcgaacacgttggcgactttaatcaaatggatgaattacatacagatcgt -# atcgttcgaatagtaacgcaaaacataccgcacttttttgctgttgtttcacgtgttcgtcaagaagtccacgctatcggacctgatggtggcacagt -# tttctctacagcagtaccgcaggttcaagctatatttccacctcatgccttgaccaagaaaattcgagtcggccttcaggcacagccggtggacttgg -# ttggatgttctaagctgcttggccaaggtgttgctgtctcaccaatagtcactgtggaaccacgccgaagaaaatttcataaggcaattacacttagt -# attcctgctccaaaagcttgtaccaaaagtatggttaatgcatgctacggtaatggaaattcgaattcgcctactcttagactactgtgttccattac -# cggtggtcaaacgcgtgcaacttgggaggatgttactggatcaactccgctttcttttgttaaagatagtattacatttacaactacagtttcagccc -# gtttttggctgatggattgtcgcaatgttgtagacgccggacgaatggcaagcgaactttacagtcatttgaccaaagttccttttcttgtaaagttt -# gttgtcttcgctaaacgtctctctaaaatagaagcaaaattttcagtgttttgtatgacagatgataaagaggacaagacgcttgaacaacaggaata -# ctttacagaggttgcaaaaagtagggatattgaagtattgcaggatcaaaatatatacctagaatttgctggtagtatcgtccctgttttaaaaaccg -# gtgagcaacttagtaccaaattccaagcattttgcgaaaatcgtctctcatttattgctcatattaaagatccagaatttccacaaggtcgtatctgt -# tttatgaccaatccaaaggctgggcctgatgaattgccacagaatcctctttgtactttgaatgtgtcagtagatttaaaaactatgacaaagcatct -# ggaaaacataaatgagagtgtgagtttgagtggtaacatgaactataatgatctgctaagttcagaaaaaagaacagaaacagcgccgtctgagaaag -# atataaaaaaattgattttaccggagtttataagaaattcagcgaaatga] -# protein sequence = [MELKPDNVPIARPRVQLGFLVSFLVDARGGSMRGYRHSGVRIIVPPKACAEPTRLTCRYVKPHRVVNPPPLMEGEALV -# SRILEMSPVDGIFLSPITLEVPHFGTLRENEREIIILRSDDGESWREHNLYESEGNINDFYKGEHVGDFNQMDELHTDRIVRIVTQNIPHFFAVVSRV -# RQEVHAIGPDGGTVFSTAVPQVQAIFPPHALTKKIRVGLQAQPVDLVGCSKLLGQGVAVSPIVTVEPRRRKFHKAITLSIPAPKACTKSMVNACYGNG -# NSNSPTLRLLCSITGGQTRATWEDVTGSTPLSFVKDSITFTTTVSARFWLMDCRNVVDAGRMASELYSHLTKVPFLVKFVVFAKRLSKIEAKFSVFCM -# TDDKEDKTLEQQEYFTEVAKSRDIEVLQDQNIYLEFAGSIVPVLKTGEQLSTKFQAFCENRLSFIAHIKDPEFPQGRICFMTNPKAGPDELPQNPLCT -# LNVSVDLKTMTKHLENINESVSLSGNMNYNDLLSSEKRTETAPSEKDIKKLILPEFIRNSAK] -# end gene contig5.g7 -### -# -# ----- prediction on sequence number 6 (length = 40015, name = contig6) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 6 on both strands -# start gene contig6.g8 -contig6 AUGUSTUS gene 13336 15049 0.08 - . ID=contig6.g8 -contig6 AUGUSTUS transcript 13336 15049 0.08 - . ID=contig6.g8.t1;Parent=contig6.g8 -contig6 AUGUSTUS CDS 13336 14656 0.17 - 1 ID=contig6.g8.t1.cds;Parent=contig6.g8.t1 -contig6 AUGUSTUS CDS 14715 14939 0.91 - 1 ID=contig6.g8.t1.cds;Parent=contig6.g8.t1 -contig6 AUGUSTUS CDS 14997 15049 0.42 - 0 ID=contig6.g8.t1.cds;Parent=contig6.g8.t1 -contig6 AUGUSTUS start_codon 15047 15049 . - 0 Parent=contig6.g8.t1 -# coding sequence = [atggaactaaaacccgataatgtccccattgcccgaccccgggtgcaactagggttcctcgtatcatttttagtagacg -# cacgtggtggatcaatgcgcggatatcggcacagtggcgtgagaataatcgttcccccaaaggcctgtgctgaacccacaagactaacatgtcgttat -# gttaaaccgcatagggtagtcaaccctcctcctttaatggagggggaagcacttgtgagtcgtatattggaaatgtcacctgttgatggaattttttt -# aagtccgatcactctagaagttcctcatttcggcacccttagagaaaacgagcgcgaaattattatactgcgttccgacgacggagaaagttggcgag -# agcataacctatacgaaagtgagggaaatataaacgatttttataaaggcgaacacgttggcgactttaatcaaatggatgaattacatacagatcgt -# atcgttcgaatagtaacgcaaaacataccgcacttttttgctgttgtttcacgtgttcgtcaagaagtccacgctatcggacctgatggtggcacagt -# tttctctacagcagtaccgcaggttcaagctatatttccacctcatgccttgaccaagaaaattcgagtcggccttcaggcacagccggtggacttgg -# ttggatgttctaagctgcttggccaaggtgttgctgtctcaccaatagtcactgtggaaccacgccgaagaaaatttcataaggcaattacacttagt -# attcctgctccaaaagcttgtaccaaaagtatggttaatgcatgctacggtaatggaaattcgaattcgcctactcttagactactgtgttccattac -# cggtggtcaaacgcgtgcaacttgggaggatgttactggatcaactccgctttcttttgttaaagatagtattacatttacaactacagtttcagccc -# gtttttggctgatggattgtcgcaatgttgtagacgccggacgaatggcaagcgaactttacagtcatttgaccaaagttccttttcttgtaaagttt -# gttgtcttcgctaaacgtctctctaaaatagaagcaaaattttcagtgttttgtatgacagatgataaagaggacaagacgcttgaacaacaggaata -# ctttacagaggttgcaaaaagtagggatattgaagtattgcaggatcaaaatatatacctagaatttgctggtagtatcgtccctgttttaaaaaccg -# gtgagcaacttagtaccaaattccaagcattttgcgaaaatcgtctctcatttattgctcatattaaagatccagaatttccacaaggtcgtatctgt -# tttatgaccaatccaaaggctgggcctgatgaattgccacagaatcctctttgtactttgaatgtgtcagtagatttaaaaactatgacaaagcatct -# ggaaaacataaatgagagtgtgagtttgagtggtaacatgaactataatgatctgctaagttcagaaaaaagaacagaaacagcgccgtctgagaaag -# atataaaaaaattgattttaccggagtttataagaaattcagcgaaatga] -# protein sequence = [MELKPDNVPIARPRVQLGFLVSFLVDARGGSMRGYRHSGVRIIVPPKACAEPTRLTCRYVKPHRVVNPPPLMEGEALV -# SRILEMSPVDGIFLSPITLEVPHFGTLRENEREIIILRSDDGESWREHNLYESEGNINDFYKGEHVGDFNQMDELHTDRIVRIVTQNIPHFFAVVSRV -# RQEVHAIGPDGGTVFSTAVPQVQAIFPPHALTKKIRVGLQAQPVDLVGCSKLLGQGVAVSPIVTVEPRRRKFHKAITLSIPAPKACTKSMVNACYGNG -# NSNSPTLRLLCSITGGQTRATWEDVTGSTPLSFVKDSITFTTTVSARFWLMDCRNVVDAGRMASELYSHLTKVPFLVKFVVFAKRLSKIEAKFSVFCM -# TDDKEDKTLEQQEYFTEVAKSRDIEVLQDQNIYLEFAGSIVPVLKTGEQLSTKFQAFCENRLSFIAHIKDPEFPQGRICFMTNPKAGPDELPQNPLCT -# LNVSVDLKTMTKHLENINESVSLSGNMNYNDLLSSEKRTETAPSEKDIKKLILPEFIRNSAK] -# end gene contig6.g8 -### -# -# ----- prediction on sequence number 7 (length = 50017, name = contig7) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 7 on both strands -# start gene contig7.g9 -contig7 AUGUSTUS gene 3332 5045 0.23 - . ID=contig7.g9 -contig7 AUGUSTUS transcript 3332 5045 0.23 - . ID=contig7.g9.t1;Parent=contig7.g9 -contig7 AUGUSTUS CDS 3332 4652 0.41 - 1 ID=contig7.g9.t1.cds;Parent=contig7.g9.t1 -contig7 AUGUSTUS CDS 4711 4935 0.85 - 1 ID=contig7.g9.t1.cds;Parent=contig7.g9.t1 -contig7 AUGUSTUS CDS 4993 5045 0.52 - 0 ID=contig7.g9.t1.cds;Parent=contig7.g9.t1 -contig7 AUGUSTUS start_codon 5043 5045 . - 0 Parent=contig7.g9.t1 -# coding sequence = [atggaactaaaacccgataatgtccccattgcccgaccccgggtgcaactagggttcctcgtatcatttttagtagacg -# cacgtggtggatcaatgcgcggatatcggcacagtggcgtgagaataatcgttcccccaaaggcctgtgctgaacccacaagactaacatgtcgttat -# gttaaaccgcatagggtagtcaaccctcctcctttaatggagggggaagcacttgtgagtcgtatattggaaatgtcacctgttgatggaattttttt -# aagtccgatcactctagaagttcctcatttcggcacccttagagaaaacgagcgcgaaattattatactgcgttccgacgacggagaaagttggcgag -# agcataacctatacgaaagtgagggaaatataaacgatttttataaaggcgaacacgttggcgactttaatcaaatggatgaattacatacagatcgt -# atcgttcgaatagtaacgcaaaacataccgcacttttttgctgttgtttcacgtgttcgtcaagaagtccacgctatcggacctgatggtggcacagt -# tttctctacagcagtaccgcaggttcaagctatatttccacctcatgccttgaccaagaaaattcgagtcggccttcaggcacagccggtggacttgg -# ttggatgttctaagctgcttggccaaggtgttgctgtctcaccaatagtcactgtggaaccacgccgaagaaaatttcataaggcaattacacttagt -# attcctgctccaaaagcttgtaccaaaagtatggttaatgcatgctacggtaatggaaattcgaattcgcctactcttagactactgtgttccattac -# cggtggtcaaacgcgtgcaacttgggaggatgttactggatcaactccgctttcttttgttaaagatagtattacatttacaactacagtttcagccc -# gtttttggctgatggattgtcgcaatgttgtagacgccggacgaatggcaagcgaactttacagtcatttgaccaaagttccttttcttgtaaagttt -# gttgtcttcgctaaacgtctctctaaaatagaagcaaaattttcagtgttttgtatgacagatgataaagaggacaagacgcttgaacaacaggaata -# ctttacagaggttgcaaaaagtagggatattgaagtattgcaggatcaaaatatatacctagaatttgctggtagtatcgtccctgttttaaaaaccg -# gtgagcaacttagtaccaaattccaagcattttgcgaaaatcgtctctcatttattgctcatattaaagatccagaatttccacaaggtcgtatctgt -# tttatgaccaatccaaaggctgggcctgatgaattgccacagaatcctctttgtactttgaatgtgtcagtagatttaaaaactatgacaaagcatct -# ggaaaacataaatgagagtgtgagtttgagtggtaacatgaactataatgatctgctaagttcagaaaaaagaacagaaacagcgccgtctgagaaag -# atataaaaaaattgattttaccggagtttataagaaattcagcgaaatga] -# protein sequence = [MELKPDNVPIARPRVQLGFLVSFLVDARGGSMRGYRHSGVRIIVPPKACAEPTRLTCRYVKPHRVVNPPPLMEGEALV -# SRILEMSPVDGIFLSPITLEVPHFGTLRENEREIIILRSDDGESWREHNLYESEGNINDFYKGEHVGDFNQMDELHTDRIVRIVTQNIPHFFAVVSRV -# RQEVHAIGPDGGTVFSTAVPQVQAIFPPHALTKKIRVGLQAQPVDLVGCSKLLGQGVAVSPIVTVEPRRRKFHKAITLSIPAPKACTKSMVNACYGNG -# NSNSPTLRLLCSITGGQTRATWEDVTGSTPLSFVKDSITFTTTVSARFWLMDCRNVVDAGRMASELYSHLTKVPFLVKFVVFAKRLSKIEAKFSVFCM -# TDDKEDKTLEQQEYFTEVAKSRDIEVLQDQNIYLEFAGSIVPVLKTGEQLSTKFQAFCENRLSFIAHIKDPEFPQGRICFMTNPKAGPDELPQNPLCT -# LNVSVDLKTMTKHLENINESVSLSGNMNYNDLLSSEKRTETAPSEKDIKKLILPEFIRNSAK] -# end gene contig7.g9 -### -# start gene contig7.g10 -contig7 AUGUSTUS gene 38941 46896 0.08 + . ID=contig7.g10 -contig7 AUGUSTUS transcript 38941 46896 0.08 + . ID=contig7.g10.t1;Parent=contig7.g10 -contig7 AUGUSTUS start_codon 38941 38943 . + 0 Parent=contig7.g10.t1 -contig7 AUGUSTUS CDS 38941 39182 0.69 + 0 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 -contig7 AUGUSTUS CDS 39248 39354 0.65 + 1 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 -contig7 AUGUSTUS CDS 39978 40351 0.32 + 2 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 -contig7 AUGUSTUS CDS 40423 40623 0.3 + 0 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 -contig7 AUGUSTUS CDS 44971 46896 0.35 + 0 ID=contig7.g10.t1.cds;Parent=contig7.g10.t1 -# coding sequence = [atgaacgtaagcggatatcgtcgttcccatatacgaactgcaatttgctgggcctgtattattttaactggtggcctac -# tacgcctcgtcttacattggtggcgtcatttgtatctatatgccacatgctctcgatgtcccttggaggaggcagaacaagttttggtaaccgaggat -# tatcaaggaaagcacaaggtgtaccacgtaaagcaaattcgagtacttactgcgaaccactttgaggccctattgaaaaaggaacggccggacgcaga -# actcatgaatgtagggagtgatgcagaacacgccgtgcaactatcggttcatttcacctcagcgcaattcaaaaggtgtactatgcagtgcgatgcag -# tattactatcaggaaattgcattttagatgagtctatgcttaccggcgaaagtgtgccagtcacgaaaactcctttaccatcaaagcgtgacatgata -# tttgataaaaccgaacatgccaggcatacacttttttgtgggacaaaggtcattcagactcgctatattggatcaaaaaaagtattggcgttcgtaat -# aaacactggaaacataacagctaagggagaactaatacgatctattctttatcccccacctgttgactacaaatttgagcaagattcctataaattta -# ttcagttcctggcagtaattgcttgtgtcggatttatttatacgcttgtaacaaaaataatgcgtggcacggatcccgtaaaaatagcagtagaatct -# ctggaccttattactatcgtagtcccaccagcactgccagctgcaatgaccgtcggtcgtttctatgcacaaaagcggttaaaggctagtgaaatatt -# ttgcatttcccctcggtccataaatgtagccggaggcataaattgctgctgttttgacaagaccggtactctgacagaagatggacttgatatgtggg -# gggtggtgcccaaatcatcaacaaatcagtttcaaatacctttaaaaaccgtggaccgcctgccttacgatcattttctttttggcatggtaacgtgt -# cactctataacaataatgaacggtatattgatgggggatcctttggatttgaaaatgtttaattctacgggttggacaatagaagattcaaataacat -# accagataatgaaaaatatggtattctttatccaactattttaagacaaccaaggatttgctcttccgacttgagatcatcggattcaaaaaaaaaga -# gtcaaatcagccgtcaatcgtctgtagacgatttattagcaactgttggtatctcgcaaaatcaaaaaaattttgatcatggaattgttcgagaattt -# ccatttacgtcgagtcttcagcgaatgtccgttattactcgttgtctcagcgaccaagtatttaatgtttactgcaaaggttccccagagatgttaca -# gacactttgcacaccgcaaagcctacccgataactattccgaacagctatcgacatttgctaaaagaggataccgaattattgccattgcattcaaac -# ctcttgtgcaaaaaatgaactattcaaaaatacagcgcctatcccgcgaagaggttgaaagcaacttggaatttcttggttttgtggtactcgaaaat -# cgccttaagccagatactgctaaagtaatcaaagcgttaaactcagcaaagattcgaactattatgattactggcgataatattttaactgctatgag -# tgttgcacgtgattgtggtattgtaagtgcatcacaagctgttataacagtgcatgcagatccgcttggaaatagtggaaatatacaaagcaataata -# cagatagcattgttgataagaaaacagccagactctataagctgcagtacacattagatttggggagtaaaatatcttctccatctcttttaacaaca -# aagtgcaatagtaaccatattcccaaggaaaatcgtgaggataaatttagtaccgttggtgatcaaactctgtttcgccttgagtcgacgaattcatt -# agttaacgaatcgagttccagttatgcagaaagtattctgccgacgagcgatagtttggccagtgtaaagaccacagacacatggacccataatgagc -# caacagatgtagatgctgagctaggaataaaccgcactcaggacgaaagctggcgccaacactacatattcgcaatggatggcggaacttggcaaatt -# ataaaagatcactttccagatgaaatggccattcttttaacacggggatcgatttacgcccgaatgtcacccgatcagaaacaggcactagttataga -# acttcaaaatttggactactgtgttgccatgtgcggtgatggtgccaacgattgcggtgcgctaaaggtggctcatgctggtatttcgctaagtgaga -# ccgaagcatccattgcgtcgccctttacttcacgtaatcccacgatttcggctgttttaaaagttattaaggaaggacgtgccgcattagtcacatcc -# tttggaatttttaaatatatggcagcatattcattggttcagtttatatctgttatggttctttattctatcgactcgaatttgacagacaagcagta -# tctttacgtagaccttggacttatatcaatttttgccttcttttttggtaaaactggatcatttgatggaaatttggtcgaacaagtgcctctcagtt -# cattgatatcttctactccattagcatcccttttacttcatctcactgttgtaactggatttcaagtaattggtaaggatattaatagtactagttta -# caaaataaaattcataaacccggttga] -# protein sequence = [MNVSGYRRSHIRTAICWACIILTGGLLRLVLHWWRHLYLYATCSRCPLEEAEQVLVTEDYQGKHKVYHVKQIRVLTAN -# HFEALLKKERPDAELMNVGSDAEHAVQLSVHFTSAQFKRCTMQCDAVLLSGNCILDESMLTGESVPVTKTPLPSKRDMIFDKTEHARHTLFCGTKVIQ -# TRYIGSKKVLAFVINTGNITAKGELIRSILYPPPVDYKFEQDSYKFIQFLAVIACVGFIYTLVTKIMRGTDPVKIAVESLDLITIVVPPALPAAMTVG -# RFYAQKRLKASEIFCISPRSINVAGGINCCCFDKTGTLTEDGLDMWGVVPKSSTNQFQIPLKTVDRLPYDHFLFGMVTCHSITIMNGILMGDPLDLKM -# FNSTGWTIEDSNNIPDNEKYGILYPTILRQPRICSSDLRSSDSKKKSQISRQSSVDDLLATVGISQNQKNFDHGIVREFPFTSSLQRMSVITRCLSDQ -# VFNVYCKGSPEMLQTLCTPQSLPDNYSEQLSTFAKRGYRIIAIAFKPLVQKMNYSKIQRLSREEVESNLEFLGFVVLENRLKPDTAKVIKALNSAKIR -# TIMITGDNILTAMSVARDCGIVSASQAVITVHADPLGNSGNIQSNNTDSIVDKKTARLYKLQYTLDLGSKISSPSLLTTKCNSNHIPKENREDKFSTV -# GDQTLFRLESTNSLVNESSSSYAESILPTSDSLASVKTTDTWTHNEPTDVDAELGINRTQDESWRQHYIFAMDGGTWQIIKDHFPDEMAILLTRGSIY -# ARMSPDQKQALVIELQNLDYCVAMCGDGANDCGALKVAHAGISLSETEASIASPFTSRNPTISAVLKVIKEGRAALVTSFGIFKYMAAYSLVQFISVM -# VLYSIDSNLTDKQYLYVDLGLISIFAFFFGKTGSFDGNLVEQVPLSSLISSTPLASLLLHLTVVTGFQVIGKDINSTSLQNKIHKPG] -# end gene contig7.g10 -### -# -# ----- prediction on sequence number 8 (length = 35012, name = contig8) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 8 on both strands -# start gene contig8.g11 -contig8 AUGUSTUS gene 8930 26669 0.02 + . ID=contig8.g11 -contig8 AUGUSTUS transcript 8930 26669 0.02 + . ID=contig8.g11.t1;Parent=contig8.g11 -contig8 AUGUSTUS start_codon 8930 8932 . + 0 Parent=contig8.g11.t1 -contig8 AUGUSTUS CDS 8930 9171 0.51 + 0 ID=contig8.g11.t1.cds;Parent=contig8.g11.t1 -contig8 AUGUSTUS CDS 9237 9343 0.59 + 1 ID=contig8.g11.t1.cds;Parent=contig8.g11.t1 -contig8 AUGUSTUS CDS 9967 10340 0.24 + 2 ID=contig8.g11.t1.cds;Parent=contig8.g11.t1 -contig8 AUGUSTUS CDS 10412 10612 0.22 + 0 ID=contig8.g11.t1.cds;Parent=contig8.g11.t1 -contig8 AUGUSTUS CDS 14960 16832 0.58 + 0 ID=contig8.g11.t1.cds;Parent=contig8.g11.t1 -contig8 AUGUSTUS CDS 26515 26669 0.46 + 2 ID=contig8.g11.t1.cds;Parent=contig8.g11.t1 -# coding sequence = [atgaacgtaagcggatatcgtcgttcccatatacgaactgcaatttgctgggcctgtattattttaactggtggcctac -# tacgcctcgtcttacattggtggcgtcatttgtatctatatgccacatgctctcgatgtcccttggaggaggcagaacaagttttggtaaccgaggat -# tatcaaggaaagcacaaggtgtaccacgtaaagcaaattcgagtacttactgcgaaccactttgaggccctattgaaaaaggaacggccggacgcaga -# actcatgaatgtagggagtgatgcagaacacgccgtgcaactatcggttcatttcacctcagcgcaattcaaaaggtgtactatgcagtgcgatgcag -# tattactatcaggaaattgcattttagatgagtctatgcttaccggcgaaagtgtgccagtcacgaaaactcctttaccatcaaagcgtgacatgata -# tttgataaaaccgaacatgccaggcatacacttttttgtgggacaaaggtcattcagactcgctatattggatcaaaaaaagtattggcgttcgtaat -# aaacactggaaacataacagctaagggagaactaatacgatctattctttatcccccacctgttgactacaaatttgagcaagattcctataaattta -# ttcagttcctggcagtaattgcttgtgtcggatttatttatacgcttgtaacaaaaataatgcgtggcacggatcccgtaaaaatagcagtagaatct -# ctggaccttattactatcgtagtcccaccagcactgccagctgcaatgaccgtcggtcgtttctatgcacaaaagcggttaaaggctagtgaaatatt -# ttgcatttcccctcggtccataaatgtagccggaggcataaattgctgctgttttgacaagaccggtactctgacagaagatggacttgatatgtggg -# gggtggtgcccaaatcatcaacaaatcagtttcaaatacctttaaaaaccgtggaccgcctgccttacgatcattttctttttggcatggtaacgtgt -# cactctataacaataatgaacggtatattgatgggggatcctttggatttgaaaatgtttaattctacgggttggacaatagaagattcaaataacat -# accagataatgaaaaatatggtattctttatccaactattttaagacaaccaaggatttgctcttccgacttgagatcatcggattcaaaaaaaaaga -# gtcaaatcagccgtcaatcgtctgtagacgatttattagcaactgttggtatctcgcaaaatcaaaaaaattttgatcatggaattgttcgagaattt -# ccatttacgtcgagtcttcagcgaatgtccgttattactcgttgtctcagcgaccaagtatttaatgtttactgcaaaggttccccagagatgttaca -# gacactttgcacaccgcaaagcctacccgataactattccgaacagctatcgacatttgctaaaagaggataccgaattattgccattgcattcaaac -# ctcttgtgcaaaaaatgaactattcaaaaatacagcgcctatcccgcgaagaggttgaaagcaacttggaatttcttggttttgtggtactcgaaaat -# cgccttaagccagatactgctaaagtaatcaaagcgttaaactcagcaaagattcgaactattatgattactggcgataatattttaactgctatgag -# tgttgcacgtgattgtggtattgtaagtgcatcacaagctgttataacagtgcatgcagatccgcttggaaatagtggaaatatacaaagcaataata -# cagatagcattgttgataagaaaacagccagactctataagctgcagtacacattagatttggggagtaaaatatcttctccatctcttttaacaaca -# aagtgcaatagtaaccatattcccaaggaaaatcgtgaggataaatttagtaccgttggtgatcaaactctgtttcgccttgagtcgacgaattcatt -# 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[MNVSGYRRSHIRTAICWACIILTGGLLRLVLHWWRHLYLYATCSRCPLEEAEQVLVTEDYQGKHKVYHVKQIRVLTAN -# HFEALLKKERPDAELMNVGSDAEHAVQLSVHFTSAQFKRCTMQCDAVLLSGNCILDESMLTGESVPVTKTPLPSKRDMIFDKTEHARHTLFCGTKVIQ -# TRYIGSKKVLAFVINTGNITAKGELIRSILYPPPVDYKFEQDSYKFIQFLAVIACVGFIYTLVTKIMRGTDPVKIAVESLDLITIVVPPALPAAMTVG -# RFYAQKRLKASEIFCISPRSINVAGGINCCCFDKTGTLTEDGLDMWGVVPKSSTNQFQIPLKTVDRLPYDHFLFGMVTCHSITIMNGILMGDPLDLKM -# FNSTGWTIEDSNNIPDNEKYGILYPTILRQPRICSSDLRSSDSKKKSQISRQSSVDDLLATVGISQNQKNFDHGIVREFPFTSSLQRMSVITRCLSDQ -# VFNVYCKGSPEMLQTLCTPQSLPDNYSEQLSTFAKRGYRIIAIAFKPLVQKMNYSKIQRLSREEVESNLEFLGFVVLENRLKPDTAKVIKALNSAKIR -# TIMITGDNILTAMSVARDCGIVSASQAVITVHADPLGNSGNIQSNNTDSIVDKKTARLYKLQYTLDLGSKISSPSLLTTKCNSNHIPKENREDKFSTV -# GDQTLFRLESTNSLVNESSSSYAESILPTSDSLASVKTTDTWTHNEPTDVDAELGINRTQDESWRQHYIFAMDGGTWQIIKDHFPDEMAILLTRGSIY -# ARMSPDQKQALVIELQNLDYCVAMCGDGANDCGALKVAHAGISLSETEASIASPFTSRNPTISAVLKVIKEGRAALVTSFGIFKYMAAYSLVQFISVM -# VLYSIDSNLTDKQYLYVDLGLISIFAFFFGKTGSFDGNLVEQVPLSSLISSTPLASLLLHLTVVTGFQVIDSWAFTEVDDDDMLIVKYADDTAVMVRS -# PSIDIATLGLPEYVTKNGQPKGK] -# end gene contig8.g11 -### -# -# ----- prediction on sequence number 9 (length = 60018, name = contig9) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 9 on both strands -# start gene contig9.g12 -contig9 AUGUSTUS gene 8930 48218 0.01 + . 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[atgaacgtaagcggatatcgtcgttcccatatacgaactgcaatttgctgggcctgtattattttaactggtggcctac -# tacgcctcgtcttacattggtggcgtcatttgtatctatatgccacatgctctcgatgtcccttggaggaggcagaacaagttttggtaaccgaggat -# tatcaaggaaagcacaaggtgtaccacgtaaagcaaattcgagtacttactgcgaaccactttgaggccctattgaaaaaggaacggccggacgcaga -# actcatgaatgtagggagtgatgcagaacacgccgtgcaactatcggttcatttcacctcagcgcaattcaaaaggtgtactatgcagtgcgatgcag -# tattactatcaggaaattgcattttagatgagtctatgcttaccggcgaaagtgtgccagtcacgaaaactcctttaccatcaaagcgtgacatgata -# tttgataaaaccgaacatgccaggcatacacttttttgtgggacaaaggtcattcagactcgctatattggatcaaaaaaagtattggcgttcgtaat -# aaacactggaaacataacagctaagggagaactaatacgatctattctttatcccccacctgttgactacaaatttgagcaagattcctataaattta -# ttcagttcctggcagtaattgcttgtgtcggatttatttatacgcttgtaacaaaaataatgcgtggcacggatcccgtaaaaatagcagtagaatct -# ctggaccttattactatcgtagtcccaccagcactgccagctgcaatgaccgtcggtcgtttctatgcacaaaagcggttaaaggctagtgaaatatt -# ttgcatttcccctcggtccataaatgtagccggaggcataaattgctgctgttttgacaagaccggtactctgacagaagatggacttgatatgtggg 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ID=contig10.g13 -contig10 AUGUSTUS transcript 850 15075 0.07 + . ID=contig10.g13.t1;Parent=contig10.g13 -contig10 AUGUSTUS start_codon 850 852 . + 0 Parent=contig10.g13.t1 -contig10 AUGUSTUS CDS 850 1074 0.57 + 0 ID=contig10.g13.t1.cds;Parent=contig10.g13.t1 -contig10 AUGUSTUS CDS 1132 1326 0.85 + 0 ID=contig10.g13.t1.cds;Parent=contig10.g13.t1 -contig10 AUGUSTUS CDS 14537 14774 0.61 + 0 ID=contig10.g13.t1.cds;Parent=contig10.g13.t1 -contig10 AUGUSTUS CDS 14882 15075 0.44 + 2 ID=contig10.g13.t1.cds;Parent=contig10.g13.t1 -# coding sequence = [atggaagaagcaaggtataatcttgccactcacgttatgtcaaatggagtagaactaattattgcctgtgaaagggaaa -# aacctatggaaaagatcgtggcaactacccaaaaacttacaaatgttattagtcgactgataatacaacaattcgacaagccctcgactctggctcca -# agtacattaaaaaatcagatgattttaacattgccttcaattaaacaggaaaccattttacttcctcataattcttttattacaaacatttttctaac -# cacgtgcacctatatcacaacatatgtggaaaatggaagctcgaatgtagtaaaagaaaaaatggttatatcaaacaccattacgcaagatcgaaagt -# atttgcatgcaagtaatcctatgataatagacatcactttttcaaggccaatagaacctcagaaatactcgaagccttactgcgcaacgcatgtcacc -# acatatgtaaacacaaaggagaatccggcggactgcgccactcgagtgaagaccaccgcattaaccaaccactcaggaagtgtgctcatggtcaacaa -# tcgaagcacaaaactggtacgcgttgtagcttacgccttacgcatcatccaaaagaccaaggacattaaatctctaacgctgacaaatgccatacatt -# tggaaatggccaccgatcttagcatagacacattcctggcatgtcttcggcgtttcatgtcccttcgaggaaagtgctcacagatcttcagcgacaat -# ggaacgaatttagttgatcccaaacacgctttagatgagatgcaccgcaggagcacaaagcaatgtaacacaatcgttggccaatga] -# protein sequence = [MEEARYNLATHVMSNGVELIIACEREKPMEKIVATTQKLTNVISRLIIQQFDKPSTLAPSTLKNQMILTLPSIKQETI -# LLPHNSFITNIFLTTCTYITTYVENGSSNVVKEKMVISNTITQDRKYLHASNPMIIDITFSRPIEPQKYSKPYCATHVTTYVNTKENPADCATRVKTT -# ALTNHSGSVLMVNNRSTKLVRVVAYALRIIQKTKDIKSLTLTNAIHLEMATDLSIDTFLACLRRFMSLRGKCSQIFSDNGTNLVDPKHALDEMHRRST -# KQCNTIVGQ] -# end gene contig10.g13 -### -# start gene contig10.g14 -contig10 AUGUSTUS gene 21687 22382 0.44 - . ID=contig10.g14 -contig10 AUGUSTUS transcript 21687 22382 0.44 - . ID=contig10.g14.t1;Parent=contig10.g14 -contig10 AUGUSTUS CDS 21687 22382 0.44 - 0 ID=contig10.g14.t1.cds;Parent=contig10.g14.t1 -contig10 AUGUSTUS start_codon 22380 22382 . - 0 Parent=contig10.g14.t1 -# coding sequence = [atggtggtgatgacgttcggagcggcttgttcgccgtgctcagtgaagaccataaatccttcaagatacgtccaagcag -# aacattgcgcggtgcaggccatcagtgcgtatcactggcacccagcgacggatgactttaaattcagcgtaaaataccaccaagaccaccaagagcaa -# attcttaagtctagctatgacgacattcgacccgataggattcttgagcttcttcatggtaaccgccaaattgctgatgaacgaggtttggaggagag -# gagtttaatgagacgagccgctgataagttagccaaagcgtttgagaactggaggcttgaaatgaattacgtgagcgatttccgctgtccactctact -# tctttggcacgggatgcgtacgtgaactgcagctacatttgtttgtggactccagccgatcggcgttcgcagcagttgcattttgtagggcgacttat -# gacgacaatgatgtgccgtcttacttcatgtgttccaagacgaaatgcttcccgatgaactatcccacgcctggagctccaagcagccgtattaggaa -# ccaggcagacggtcaggttcatacgatcctaatcctcaggtttatacgacggtgtcgtggattaaaggacgagtgtgaggtcgaggtcttacagcttc -# tgagtgcttggaggcagaacggaaactga] -# protein sequence = [MVVMTFGAACSPCSVKTINPSRYVQAEHCAVQAISAYHWHPATDDFKFSVKYHQDHQEQILKSSYDDIRPDRILELLH -# GNRQIADERGLEERSLMRRAADKLAKAFENWRLEMNYVSDFRCPLYFFGTGCVRELQLHLFVDSSRSAFAAVAFCRATYDDNDVPSYFMCSKTKCFPM -# NYPTPGAPSSRIRNQADGQVHTILILRFIRRCRGLKDECEVEVLQLLSAWRQNGN] -# end gene contig10.g14 -### -# -# ----- prediction on sequence number 11 (length = 35013, name = contig11) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 11 on both strands -# start gene contig11.g15 -contig11 AUGUSTUS gene 682 1377 0.49 - . ID=contig11.g15 -contig11 AUGUSTUS transcript 682 1377 0.49 - . ID=contig11.g15.t1;Parent=contig11.g15 -contig11 AUGUSTUS CDS 682 1377 0.49 - 0 ID=contig11.g15.t1.cds;Parent=contig11.g15.t1 -contig11 AUGUSTUS start_codon 1375 1377 . - 0 Parent=contig11.g15.t1 -# coding sequence = [atggtggtgatgacgttcggagcggcttgttcgccgtgctcagtgaagaccataaatccttcaagatacgtccaagcag -# aacattgcgcggtgcaggccatcagtgcgtatcactggcacccagcgacggatgactttaaattcagcgtaaaataccaccaagaccaccaagagcaa -# attcttaagtctagctatgacgacattcgacccgataggattcttgagcttcttcatggtaaccgccaaattgctgatgaacgaggtttggaggagag -# gagtttaatgagacgagccgctgataagttagccaaagcgtttgagaactggaggcttgaaatgaattacgtgagcgatttccgctgtccactctact -# tctttggcacgggatgcgtacgtgaactgcagctacatttgtttgtggactccagccgatcggcgttcgcagcagttgcattttgtagggcgacttat -# gacgacaatgatgtgccgtcttacttcatgtgttccaagacgaaatgcttcccgatgaactatcccacgcctggagctccaagcagccgtattaggaa -# ccaggcagacggtcaggttcatacgatcctaatcctcaggtttatacgacggtgtcgtggattaaaggacgagtgtgaggtcgaggtcttacagcttc -# tgagtgcttggaggcagaacggaaactga] -# protein sequence = [MVVMTFGAACSPCSVKTINPSRYVQAEHCAVQAISAYHWHPATDDFKFSVKYHQDHQEQILKSSYDDIRPDRILELLH -# GNRQIADERGLEERSLMRRAADKLAKAFENWRLEMNYVSDFRCPLYFFGTGCVRELQLHLFVDSSRSAFAAVAFCRATYDDNDVPSYFMCSKTKCFPM -# NYPTPGAPSSRIRNQADGQVHTILILRFIRRCRGLKDECEVEVLQLLSAWRQNGN] -# end gene contig11.g15 -### -# -# ----- prediction on sequence number 12 (length = 56019, name = contig12) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 12 on both strands -# start gene contig12.g16 -contig12 AUGUSTUS gene 11355 43960 0.01 - . 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Parent=contig12.g16.t1 -# coding sequence = [atgcctaaaacaagccagaactttcgaatcaaggttaaaaagcgatattattcagaaagagtccccaaccttttaaaaa -# aatcaaatggaggacaactaccaacaataccaatgtaccctggtgatattccatcttattctccgccgtctcgagcattctttacaccgccacttccg -# ccggagtatcaaaacccttttgctgacaagcctaccttgcgtggaaccaataatgagggtctaattgcaattaataggcgtccgatcccaccccctag -# tttgatgcctagtcaagatcggatcccaattcgaccaccagatctgggtggcaatagtaacgatgctattgtcaatccattagcggatttaagttacg -# ctaattctggttttgatgaaaagcactctcttgattctagtggagctgtgcctgatgtgtccacaacagatcgtaaaaaagctctcaatacaccggca -# cgtgccagcggcgaagacgtattaaacgaaaaggcaaacagggtaaagggacacggctctcttgaaccagatgccaatgatcctagtaagagacaaga -# agttttacccaatataagacgtattctgggatcaaatggaaagaacagtgatataccagctgtgttgttaaagcaagttactcagcgaccccaaataa -# acatgcgccaaccgccgtcttcgccagttgtactgattgaaaagcctttaacgaacgaggaaaaaacagatgctgatggatcctccatggttagtcct -# aatattaatcagagcaagtaccaccctggtcagttggactactacgacaattctaatcagactataggaaccacaccatcagcagctgctgctattgg -# 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tctgtttgtactactggccgcccttcaaatattcggtgccatatgtatttcatcgtctcgtcaaaataatatagtagatgtcgactggcttcaatggg -# gatatcagttctctctacgtcttatagagatagcgataattactttaatatcgtgggtaactgggcttaaaaccagtgccgggcatgatacattaaat -# gctgtaaatgtggatgttcgaatggttggttccggagtgggacctatgggtgcgtatagcccggaaaatggcggctcaactaacaatgccatcagaga -# aaaaaatgttggaaacggcaccggcactcacaactcaaatatgacaaatttttttctgccgtgcacgtcaagctctagtcaggagcaatttgaaggcg -# actatccagctatttgcaatgctaataccaatcttcatacatacacaatgcgcacaggtaaactaatatatgacgacagctatgccctgaattctata -# gggcccacacccactggatcttcaaacagtcgcccctgcgaatatcaactgcaggagcctatgtatcagaggccttatgatacgggttcaattggaag -# tgctgtaaatagtcagaacgggacagattatggaaataaagctactcagaactacaagcaacaacatcaaatgcactttcacgagcagcccacgtata -# tgagtacagactacatgacggatgctgcatcagaccattacgaaaatccgaattttaatttgcgaaccgctaacagtacaaaagctgaacaaatgcaa -# aaagaaatgtatgataataatggagttggttctaccttaggatccggatctacacagcaccaagtggtacttttgaaaaatgacaattgctattctga -# 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ID=contig12.g17 -contig12 AUGUSTUS transcript 51846 54525 0.42 + . 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ID=contig13.g18 -contig13 AUGUSTUS transcript 5833 21375 0.37 + . ID=contig13.g18.t1;Parent=contig13.g18 -contig13 AUGUSTUS start_codon 5833 5835 . + 0 Parent=contig13.g18.t1 -contig13 AUGUSTUS CDS 5833 5864 0.99 + 0 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 -contig13 AUGUSTUS CDS 5926 6048 0.94 + 1 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 -contig13 AUGUSTUS CDS 8287 8491 0.58 + 1 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 -contig13 AUGUSTUS CDS 8553 8681 0.61 + 0 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 -contig13 AUGUSTUS CDS 11775 11852 0.66 + 0 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 -contig13 AUGUSTUS CDS 11914 12134 0.55 + 0 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 -contig13 AUGUSTUS CDS 21090 21375 0.7 + 1 ID=contig13.g18.t1.cds;Parent=contig13.g18.t1 -# coding sequence = [atggatccgttcgatgtttcagataggaacagctggtactttggtcccatgtcccgacaagaagccactgaagtattaa -# tgaatgagcgtgaacgaggggtatttttggttcgcgacagtaactcaatagcaggggattacgtcctttgcgtaagagaagatacaaaagttagcaac -# tacatcattaacaaagttcaacaacaggatcacttcgtttaccgcataggggatcaatcttttgataatctaccgaaactattaacattttacacact -# tcattacttggatacaacccctctaagaagacctgctctcaaaaaagaggaaaaagttataggaaagttcgattttcatggcagcgaccaagatgatc -# tgccgtttcaaagaggtgaaattcttactgtaattcgaaaagacgaagatcaatggtggactgcccgaaattcgtctgggaaaattgggcaaataccg -# gttccttatatatgtcggcatgatgatgatgaagatccccttaaaaatgttgacttaaattttcgtggaagcacactaaagaggacggatttaaaccg -# aaaactgcctgcatacgcccgcgtaaaacagtcaagagttccaaacgcctatgataagactgcattgaaattggaaattggtgatataattaaagtca -# ctaaaacaaatattaatggacaatgggagggggaattaaatggaagaaatggtcacttcccattcacgcacgttgaatttgtcgatgattgtgattta -# ggcaataactccacagaaatacgaagtgactcgggaagaaatgtgccaattcggcgtcacttctcggagtcacttcggcgaaacttccaaaatcattt -# cggcgatatcgcattcggatcgcagaaacgactaccgtcgggaaaaaaatttgcctcttcggcggcccttgtcgaagtcacgaagacacttccaggag -# ttacttttgcgacacttcttgaagtgacttcggtgacacttccaggagacttttctttccgacgggagtcacttccgaatgcgatatctcgtacgaca -# gttttcaccttttag] -# protein sequence = [MDPFDVSDRNSWYFGPMSRQEATEVLMNERERGVFLVRDSNSIAGDYVLCVREDTKVSNYIINKVQQQDHFVYRIGDQ -# SFDNLPKLLTFYTLHYLDTTPLRRPALKKEEKVIGKFDFHGSDQDDLPFQRGEILTVIRKDEDQWWTARNSSGKIGQIPVPYICRHDDDEDPLKNVDL -# NFRGSTLKRTDLNRKLPAYARVKQSRVPNAYDKTALKLEIGDIIKVTKTNINGQWEGELNGRNGHFPFTHVEFVDDCDLGNNSTEIRSDSGRNVPIRR -# HFSESLRRNFQNHFGDIAFGSQKRLPSGKKFASSAALVEVTKTLPGVTFATLLEVTSVTLPGDFSFRRESLPNAISRTTVFTF] -# end gene contig13.g18 -### -# -# ----- prediction on sequence number 14 (length = 45010, name = contig14) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 14 on both strands -# start gene contig14.g19 -contig14 AUGUSTUS gene 27307 36522 0.16 + . 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ID=contig14.g20 -contig14 AUGUSTUS transcript 36874 37842 0.96 + . 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ID=contig15.g21 -contig15 AUGUSTUS transcript 2942 6515 0.26 + . ID=contig15.g21.t1;Parent=contig15.g21 -contig15 AUGUSTUS start_codon 2942 2944 . + 0 Parent=contig15.g21.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 2942 2977 0.74 + 0 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 3367 3482 0.76 + 0 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 4221 4570 0.84 + 1 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 5195 5408 0.57 + 2 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 5651 6515 0.88 + 1 ID=contig15.g21.t1.cds;Parent=contig15.g21.t1 -# coding sequence = [atgaaagtaaagaacgcgttgcatcatattttcattctgtacgatacaccgacatcaacttcaagcagtcgggattttt -# tgggtttccatgtgcctcccagtttggatacggtcttattgctggacttgactctgttggaggaaatggaatggcgcgaccgattggccgatttggaa -# aagaaaattagggacctgatagattatcacgacggagctctcgacgcgttggatggaaagatcgtcaaaccggatccattgccaaaaggtgcctcagc -# agcagatgaaaagcagcacaaggagaagagcgacttttttcgtaaggccaacagctatgcaaaatccatgattaccactgcggtcacggactcggtgt -# accagaagatcatggacaaggagacagcacacgatacgtgggaagccctgaaaaatcagtttgaagcaacagcgaaagaccaggtattcaggatatgc -# aacgagtttttcgctttctcttggaatccagttttggctgcccaagacaataatccaaatagtcgttttgagtcgttagcaaccgagtgcaccctcaa -# aataaacgacaatattgtcctcgttggagccagagacgttggaggaacactctacagagcagcgatcgagcccatactttcagaacgaaacgtcgatg -# tcaacgtcgcaacttcaggaacttcaattctccaactctatcacgagaggtttcgatatgggtacatcgtcaagcagaaatcagaggtcaaggacgtg -# ctgcgacacatggtttttcacgccaagcaacaagggcacacaattcgagaactcctgagcgacaatggaggagaattcgactgtgcagaagtgagaga -# aactcttcaggaagctggtataacttttcgactcaccgctccgtatactccagaacaaaatagtggtgtcgagagagagaatcgaacgatagtcaaaa -# tggcgagaactttcaagtattctaatccagaaataaaatttccagaagcaatttgggccgagttggtcagcacagcagtctacgttctcaataggacg -# ggcaaatcttcgttgaagggtctgagcccttaccaactttggctgggcaagaaaccaagaatcaaacatcttcgaatcgtaggatcgacgtgctacgt -# acacattccatgccaaaaaaaggagaatatggacgaaaaagctgaaaaagggtacctggtgggttacgagggcgatgagagatatcgtatttacttac -# cagagaagcacaaagtagtcgtgtcgagggacgtaaaatttcaagagaaattcagcaattgtgaaccaggcgtcaacctaccattccaagattttgga -# tccaaggacgtcgtagaagacaaggaagaagaagacgtgagcttgcaccagagcaaggacgaggataaggaagaagaagacgcggatttgcacaagag -# cgaggacgaagacacacttcatgagcaagacttgaaagaagacacaaccgaaacaggaagcgaagacaattacgaaaccggagtagaaacaagctttg -# acgaagaaaacaacaagagaaaaccgcaataa] -# protein sequence = [MKVKNALHHIFILYDTPTSTSSSRDFLGFHVPPSLDTVLLLDLTLLEEMEWRDRLADLEKKIRDLIDYHDGALDALDG -# KIVKPDPLPKGASAADEKQHKEKSDFFRKANSYAKSMITTAVTDSVYQKIMDKETAHDTWEALKNQFEATAKDQVFRICNEFFAFSWNPVLAAQDNNP -# NSRFESLATECTLKINDNIVLVGARDVGGTLYRAAIEPILSERNVDVNVATSGTSILQLYHERFRYGYIVKQKSEVKDVLRHMVFHAKQQGHTIRELL -# SDNGGEFDCAEVRETLQEAGITFRLTAPYTPEQNSGVERENRTIVKMARTFKYSNPEIKFPEAIWAELVSTAVYVLNRTGKSSLKGLSPYQLWLGKKP -# RIKHLRIVGSTCYVHIPCQKKENMDEKAEKGYLVGYEGDERYRIYLPEKHKVVVSRDVKFQEKFSNCEPGVNLPFQDFGSKDVVEDKEEEDVSLHQSK -# DEDKEEEDADLHKSEDEDTLHEQDLKEDTTETGSEDNYETGVETSFDEENNKRKPQ] -# end gene contig15.g21 -### -# start gene contig15.g22 -contig15 AUGUSTUS gene 6867 7835 0.91 + . ID=contig15.g22 -contig15 AUGUSTUS transcript 6867 7835 0.91 + . 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ID=contig15.g23 -contig15 AUGUSTUS transcript 18680 42088 0.05 + . ID=contig15.g23.t1;Parent=contig15.g23 -contig15 AUGUSTUS start_codon 18680 18682 . + 0 Parent=contig15.g23.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 18680 18703 0.86 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 20847 21365 0.44 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 22142 22216 0.74 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 25912 25977 1 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 26035 26127 0.97 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 28671 28925 0.78 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 29386 29481 0.68 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 31952 32036 0.94 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 36538 36768 0.63 + 2 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 37576 38003 0.64 + 2 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 38052 38166 0.94 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 41530 41966 0.76 + 2 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 -contig15 AUGUSTUS CDS 42029 42088 0.72 + 0 ID=contig15.g23.t1.cds;Parent=contig15.g23.t1 -# coding sequence = [atggatcccgcttcaaatattgtggaaaatgtagttgaaccaaaaaatgacagtgctggtgtaattcaaatggctcctg -# aaaatattgaccactctatcgaaaatcagagcactacatcaacagatgataaagacgatgccgatttaataattgatgatagcgaatctgatgaatat -# agttcagatagcaaaaaaactgcagatgtagcagaaactgaggatttaattaaggttacagaaactgctaagacctcattgttatcagatgcggatgg -# cacagttgaaataaatgaaaacacagaaatgaaatctgaggaccccatcatagaagccttatctattaaatcagaccaggaaacttcggtttcagcca -# atacaaaagtcgataaaagctccaccgtttcggaggagaatccaaaggtggatgtaatagatgcgaataccataagtgtaatcttacccaatgcttca -# aaagcaaatgttccacaagatacatcaacaattataattgaagacgacgaagttaaaagaactgaagaagtggaagccgatgaacctaaaacatgtga -# actggctgccgaaaactctaaaaatgaagttgcgtcctctattgaaaacgttaatgaatttaaagaagttggtaaaaatgctgttgaagacaaagact -# taaatgtatttaatgagacacagcaaggcaaggaggcggaacaagtcactaaccaatctgaccttttaaatgacgacactacagaaagggatctaaga -# ttgtctagtcaggctgacttcaataaccaaattctggacattatatcggacattgatataaatataaaggcccaggaaaaaataactcaacttaaaga -# gcaagaactgaagcttatacagaaacagaacgaattggcaaatcaaatacatcagcaacaaatcttagctcagcagctgaatgccaaaaatacaaata -# aacaaagtcaatgccaacaacaaaatgcgcgtgatgtactaacactacatcaaaataatttcgtcgttaaatgccgccagtacacacgggtactgaat -# gctctcgaagacaaggcaagtcagcaagaggggtcaaacaatacgaagcttacggtgcctataggtaaagaatccacaaatatatcaaagaacattga -# tttgcgcaaaatatttactcctgcgaccgatgctactgaaatattgcctaaaaataggaatgagagctccagtgacgttgtagatccatataaagaga -# attccgaaacgaattccacattggaacttagaaagttggaaaaaatgccgctaaagcttataatgaacccaaacggaagagtccgtgattataattcg -# ctcaaagatttaattaacgttgaaactggcctgttatcgcctgacaattgcgctgaactaataactgcacttcaacttcatcaaggacgaggtgccga -# actgtttgcaaaacgccgcagaaaggctgataattggatagtcgatgaaaccaatttagagactcaaaatcctccgtctggtattccagattaccagc -# agtatcaacaaaaaccggctacatcaccaaacattttgccagcatattctgatgcaggaaaacatcgcgttcagttgaatattcatcaaaatcagtta -# attgaaaaatattcaaagccaggattgcaggtggttcagtctccttgggatgcagctttacaaactggttcggccagtacggcgtttttggaagataa -# ggatagcaaaagtcaatgtctttcccctgctgccgtatcaccaacaccgtacttccaaagtggtaggagggatataacggatactgtggaacctacgc -# actatagtcctctgaaagattataaaaatgccaatgcttctacaccgcaatcaatcaatgtaccctcgaatccccaaagggatcttgcatatacacca -# gccgttgctcagggctggggaggtcgcaatgtgaaactacctaaaggcttatacgtaccgaaagagatatctctttctagctatgcagcacctccaca -# gcagtacgccggtcacgatgcacattttgagtcgccgaacaatggctctgcttcgcgccctttatcaaggaccaacttttctacataccaaagttctg -# ttggaaataatggaactggccagttcccaatatcaaaggcgttctcacccgaattaggcactgtaccgccaaggcagcagctgtacgcgccgtctagc -# tatcaaagaatacccgcatttgaaaacgtcgcgcctcaggttaactttaaccctgcgcctttgacctttgataaaatggcaagatacgaacaacccaa -# cagaaataattcgactagtgcaagctcacagtatcttaatgtgaaacaaaattcgcgagtgcgtaatgtttcgccaacaccatttggaattatgtgga -# ccattgcctggcaggccaacttctccactatcgaacaaagttccaatctttaa] -# protein sequence = [MDPASNIVENVVEPKNDSAGVIQMAPENIDHSIENQSTTSTDDKDDADLIIDDSESDEYSSDSKKTADVAETEDLIKV -# TETAKTSLLSDADGTVEINENTEMKSEDPIIEALSIKSDQETSVSANTKVDKSSTVSEENPKVDVIDANTISVILPNASKANVPQDTSTIIIEDDEVK -# RTEEVEADEPKTCELAAENSKNEVASSIENVNEFKEVGKNAVEDKDLNVFNETQQGKEAEQVTNQSDLLNDDTTERDLRLSSQADFNNQILDIISDID -# INIKAQEKITQLKEQELKLIQKQNELANQIHQQQILAQQLNAKNTNKQSQCQQQNARDVLTLHQNNFVVKCRQYTRVLNALEDKASQQEGSNNTKLTV -# PIGKESTNISKNIDLRKIFTPATDATEILPKNRNESSSDVVDPYKENSETNSTLELRKLEKMPLKLIMNPNGRVRDYNSLKDLINVETGLLSPDNCAE -# LITALQLHQGRGAELFAKRRRKADNWIVDETNLETQNPPSGIPDYQQYQQKPATSPNILPAYSDAGKHRVQLNIHQNQLIEKYSKPGLQVVQSPWDAA -# LQTGSASTAFLEDKDSKSQCLSPAAVSPTPYFQSGRRDITDTVEPTHYSPLKDYKNANASTPQSINVPSNPQRDLAYTPAVAQGWGGRNVKLPKGLYV -# PKEISLSSYAAPPQQYAGHDAHFESPNNGSASRPLSRTNFSTYQSSVGNNGTGQFPISKAFSPELGTVPPRQQLYAPSSYQRIPAFENVAPQVNFNPA -# PLTFDKMARYEQPNRNNSTSASSQYLNVKQNSRVRNVSPTPFGIMWTIAWQANFSTIEQSSNL] -# end gene contig15.g23 -### -# start gene contig15.g24 -contig15 AUGUSTUS gene 44931 45338 0.66 - . ID=contig15.g24 -contig15 AUGUSTUS transcript 44931 45338 0.66 - . ID=contig15.g24.t1;Parent=contig15.g24 -contig15 AUGUSTUS CDS 44931 45338 0.66 - 0 ID=contig15.g24.t1.cds;Parent=contig15.g24.t1 -contig15 AUGUSTUS start_codon 45336 45338 . - 0 Parent=contig15.g24.t1 -# coding sequence = [atgagcatagctaaagagctgttggatgacgtcaacgacgacccagatttactcaaaagggtcataactggtgacgact -# catgggtatatggttatgatatcgaaaccaaagcccaatcgtcacaatggaagagcccaggtgagccaagaccgaaaaaagcaccccaagttcgatca -# aatgtcaaagttttgatcactgtattcttcgattaccatggcgtggtgcatctggagttcttaccatatggtcgtacggttaataaacagtattatct -# ggaagttatgcgccgtttgcaagaagcaatacgaaagaaacgtccagaattgtggaaaaacaattcatggcttttagatcacgataatgcccctgatc -# actcatctttgcttatgagcgattttttggcctaa] -# protein sequence = [MSIAKELLDDVNDDPDLLKRVITGDDSWVYGYDIETKAQSSQWKSPGEPRPKKAPQVRSNVKVLITVFFDYHGVVHLE -# FLPYGRTVNKQYYLEVMRRLQEAIRKKRPELWKNNSWLLDHDNAPDHSSLLMSDFLA] -# end gene contig15.g24 -### -# -# ----- prediction on sequence number 16 (length = 45017, name = contig16) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 16 on both strands -# start gene contig16.g25 -contig16 AUGUSTUS gene 23971 43623 0.15 + . ID=contig16.g25 -contig16 AUGUSTUS transcript 23971 43623 0.15 + . ID=contig16.g25.t1;Parent=contig16.g25 -contig16 AUGUSTUS start_codon 23971 23973 . + 0 Parent=contig16.g25.t1 -contig16 AUGUSTUS CDS 23971 24235 0.79 + 0 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 -contig16 AUGUSTUS CDS 24335 25126 0.53 + 2 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 -contig16 AUGUSTUS CDS 26889 27049 0.75 + 2 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 -contig16 AUGUSTUS CDS 27109 27253 0.91 + 0 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 -contig16 AUGUSTUS CDS 30805 30886 0.81 + 2 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 -contig16 AUGUSTUS CDS 38071 38214 0.61 + 1 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 -contig16 AUGUSTUS CDS 42456 42590 0.98 + 1 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 -contig16 AUGUSTUS CDS 43033 43110 1 + 1 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 -contig16 AUGUSTUS CDS 43167 43354 1 + 1 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 -contig16 AUGUSTUS CDS 43421 43623 0.94 + 2 ID=contig16.g25.t1.cds;Parent=contig16.g25.t1 -# coding sequence = [atgtcctcggacatgactcttcaaaaagagctcatttgccgtctgaaacttctgtctagttgcattaattttgcacaag -# tgggaattaagttggaaattagcgatttatccgagactatacttgaggacaaagttctattgaaaaaaatctacagcgccctcaagaaacaacaactt -# catcggaccctacattccaaagaaccgaataaaaaaagtgttaacaggtcttcttcattgtctagcctaaaaattggtgaacatgaaaatctcaactg -# tgttataaaaagcatcgagtttccaaacaagtgtcttttgagcgatcaaaaaattgaaagaagcgtgaaaacttgtggaactcaaactagttttattc -# aacttagcgaactaaaaagtttggcggaacagtataagtgtatggttcaaaactgcgataataatttacaagtattccaagaatttgataaacaggat -# ggtttaacttcttcacgctcgacctgtagaaaaagttcgatagacgaagacatttctcagtcagtaagcgatacgattaagcgttatctaaaaatggc -# aagaaagaaaagtgtacaaggttctgactcaaatcgatttaagtcagttaactatgatcaaaatctcaaaaatattaaagcaaagggcgaaattaatc -# caccagcactcaatgatggattgaataaggctgtacaaactttagatgcttggccagttattgcattggattttattaagggaaacgaaagttctata -# tatctgcaaaacgctcacttagaatggataagatctgaagatgaacgagaacagaaacaattagaatggaacaaaaaacaaaaacaaattgataaaga -# agagcatactcctcatgaaatcaataggggaaacgcctcacattattcaacctgcacatctgctcccacatcgccaaccagccattccaagttggaaa -# aagctataaggacttctagcgggttgctttcttcaagttctcagtttatttcgagcattttgcacgggcatagcagtgcaggaagtcagtactcgaat -# cttgggaatgactcagtaaatatgcaaaaatcaaaatcactatctaatgttggacaatttgtaagtaaaaaaatttggggaagtcgtttcaaaagcca -# aagtaaacgcaatttttcgaaaggactaaaggatttgccttctgtaaaatggcatccttcggacaattgtatatggatttccgaagatggcgaaaggt -# ttcaaattgttgatactttattgataaggctgtcgaaaagagaaacagatttagttaaagattttgcattagaaaaaattgaggaactaaatattgga -# aatattgatgcggatatccgaaccggggacctctcgcatcagaggcagatgccataccagttgagctatcgcgtcatgttacgcgcggtcgtgattgt -# agacatgaaaatcatagaggtggattgcctggtggataccggagctgctgtctccatattgagcaacagggtctttgatcaaattccgaacgtcaccc -# ttgagggatgttcgtcaaagctgcgcagattggtaaaaaggaccatgatcaatcactatgaagaaatttttaagatatcagcagaattgcttgatgtt -# atctatacccgagtgatggaagcttgccccgaacagttatacgagttgatatcaatgaaattaaatggatacgaatggaacctaaatcaattagacga -# tccgcagccaagcagtttaggagatgtcatgtttgagcctgcagttcaagaaaaacgcctggatcatattaatcatttaaatggaaatcaagaaaaaa -# agaatgttctaaaaaaatcttctaaaagtagtttaattaatacaaagagatgtcaagaagaaaactttgaaattttcaccgctagtctgaaaatacct -# gtgccggaaaaagcgcacatacatagtaaagagtctatagaatgtagagatgataaaacggcacgccgaagaatttgtcagcctcgaataccaacaga -# cattactacaatgagttcagatgtcgtcgaactggaaaaaaaaacgaaagcagctacatcagatgatatctatcaatcagaattgcgggaaaaggcca -# tttataagcagcagcacttaaaatctagcacaaggccagtaaatcaagggctctaa] -# protein sequence = [MSSDMTLQKELICRLKLLSSCINFAQVGIKLEISDLSETILEDKVLLKKIYSALKKQQLHRTLHSKEPNKKSVNRSSS -# LSSLKIGEHENLNCVIKSIEFPNKCLLSDQKIERSVKTCGTQTSFIQLSELKSLAEQYKCMVQNCDNNLQVFQEFDKQDGLTSSRSTCRKSSIDEDIS -# QSVSDTIKRYLKMARKKSVQGSDSNRFKSVNYDQNLKNIKAKGEINPPALNDGLNKAVQTLDAWPVIALDFIKGNESSIYLQNAHLEWIRSEDEREQK -# QLEWNKKQKQIDKEEHTPHEINRGNASHYSTCTSAPTSPTSHSKLEKAIRTSSGLLSSSSQFISSILHGHSSAGSQYSNLGNDSVNMQKSKSLSNVGQ -# FVSKKIWGSRFKSQSKRNFSKGLKDLPSVKWHPSDNCIWISEDGERFQIVDTLLIRLSKRETDLVKDFALEKIEELNIGNIDADIRTGDLSHQRQMPY -# QLSYRVMLRAVVIVDMKIIEVDCLVDTGAAVSILSNRVFDQIPNVTLEGCSSKLRRLVKRTMINHYEEIFKISAELLDVIYTRVMEACPEQLYELISM -# KLNGYEWNLNQLDDPQPSSLGDVMFEPAVQEKRLDHINHLNGNQEKKNVLKKSSKSSLINTKRCQEENFEIFTASLKIPVPEKAHIHSKESIECRDDK -# TARRRICQPRIPTDITTMSSDVVELEKKTKAATSDDIYQSELREKAIYKQQHLKSSTRPVNQGL] -# end gene contig16.g25 -### -# -# ----- prediction on sequence number 17 (length = 40013, name = contig17) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 17 on both strands -# start gene contig17.g26 -contig17 AUGUSTUS gene 3963 23615 0.14 + . ID=contig17.g26 -contig17 AUGUSTUS transcript 3963 23615 0.14 + . ID=contig17.g26.t1;Parent=contig17.g26 -contig17 AUGUSTUS start_codon 3963 3965 . + 0 Parent=contig17.g26.t1 -contig17 AUGUSTUS CDS 3963 4227 0.84 + 0 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 -contig17 AUGUSTUS CDS 4327 5118 0.47 + 2 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 -contig17 AUGUSTUS CDS 6881 7041 0.78 + 2 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 -contig17 AUGUSTUS CDS 7101 7245 0.95 + 0 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 -contig17 AUGUSTUS CDS 10797 10878 0.81 + 2 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 -contig17 AUGUSTUS CDS 18063 18206 0.61 + 1 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 -contig17 AUGUSTUS CDS 22448 22582 1 + 1 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 -contig17 AUGUSTUS CDS 23025 23102 1 + 1 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 -contig17 AUGUSTUS CDS 23159 23346 0.98 + 1 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 -contig17 AUGUSTUS CDS 23413 23615 0.74 + 2 ID=contig17.g26.t1.cds;Parent=contig17.g26.t1 -# coding sequence = [atgtcctcggacatgactcttcaaaaagagctcatttgccgtctgaaacttctgtctagttgcattaattttgcacaag -# tgggaattaagttggaaattagcgatttatccgagactatacttgaggacaaagttctattgaaaaaaatctacagcgccctcaagaaacaacaactt -# catcggaccctacattccaaagaaccgaataaaaaaagtgttaacaggtcttcttcattgtctagcctaaaaattggtgaacatgaaaatctcaactg -# tgttataaaaagcatcgagtttccaaacaagtgtcttttgagcgatcaaaaaattgaaagaagcgtgaaaacttgtggaactcaaactagttttattc -# aacttagcgaactaaaaagtttggcggaacagtataagtgtatggttcaaaactgcgataataatttacaagtattccaagaatttgataaacaggat -# ggtttaacttcttcacgctcgacctgtagaaaaagttcgatagacgaagacatttctcagtcagtaagcgatacgattaagcgttatctaaaaatggc -# aagaaagaaaagtgtacaaggttctgactcaaatcgatttaagtcagttaactatgatcaaaatctcaaaaatattaaagcaaagggcgaaattaatc -# caccagcactcaatgatggattgaataaggctgtacaaactttagatgcttggccagttattgcattggattttattaagggaaacgaaagttctata -# tatctgcaaaacgctcacttagaatggataagatctgaagatgaacgagaacagaaacaattagaatggaacaaaaaacaaaaacaaattgataaaga -# agagcatactcctcatgaaatcaataggggaaacgcctcacattattcaacctgcacatctgctcccacatcgccaaccagccattccaagttggaaa -# aagctataaggacttctagcgggttgctttcttcaagttctcagtttatttcgagcattttgcacgggcatagcagtgcaggaagtcagtactcgaat -# cttgggaatgactcagtaaatatgcaaaaatcaaaatcactatctaatgttggacaatttgtaagtaaaaaaatttggggaagtcgtttcaaaagcca -# aagtaaacgcaatttttcgaaaggactaaaggatttgccttctgtaaaatggcatccttcggacaattgtatatggatttccgaagatggcgaaaggt -# ttcaaattgttgatactttattgataaggctgtcgaaaagagaaacagatttagttaaagattttgcattagaaaaaattgaggaactaaatattgga -# aatattgatgcggatatccgaaccggggacctctcgcatcagaggcagatgccataccagttgagctatcgcgtcatgttacgcgcggtcgtgattgt -# agacatgaaaatcatagaggtggattgcctggtggataccggagctgctgtctccatattgagcaacagggtctttgatcaaattccgaacgtcaccc -# ttgagggatgttcgtcaaagctgcgcagattggtaaaaaggaccatgatcaatcactatgaagaaatttttaagatatcagcagaattgcttgatgtt -# atctatacccgagtgatggaagcttgccccgaacagttatacgagttgatatcaatgaaattaaatggatacgaatggaacctaaatcaattagacga -# tccgcagccaagcagtttaggagatgtcatgtttgagcctgcagttcaagaaaaacgcctggatcatattaatcatttaaatggaaatcaagaaaaaa -# agaatgttctaaaaaaatcttctaaaagtagtttaattaatacaaagagatgtcaagaagaaaactttgaaattttcaccgctagtctgaaaatacct -# gtgccggaaaaagcgcacatacatagtaaagagtctatagaatgtagagatgataaaacggcacgccgaagaatttgtcagcctcgaataccaacaga -# cattactacaatgagttcagatgtcgtcgaactggaaaaaaaaacgaaagcagctacatcagatgatatctatcaatcagaattgcgggaaaaggcca -# tttataagcagcagcacttaaaatctagcacaaggccagtaaatcaagggctctaa] -# protein sequence = [MSSDMTLQKELICRLKLLSSCINFAQVGIKLEISDLSETILEDKVLLKKIYSALKKQQLHRTLHSKEPNKKSVNRSSS -# LSSLKIGEHENLNCVIKSIEFPNKCLLSDQKIERSVKTCGTQTSFIQLSELKSLAEQYKCMVQNCDNNLQVFQEFDKQDGLTSSRSTCRKSSIDEDIS -# QSVSDTIKRYLKMARKKSVQGSDSNRFKSVNYDQNLKNIKAKGEINPPALNDGLNKAVQTLDAWPVIALDFIKGNESSIYLQNAHLEWIRSEDEREQK -# QLEWNKKQKQIDKEEHTPHEINRGNASHYSTCTSAPTSPTSHSKLEKAIRTSSGLLSSSSQFISSILHGHSSAGSQYSNLGNDSVNMQKSKSLSNVGQ -# FVSKKIWGSRFKSQSKRNFSKGLKDLPSVKWHPSDNCIWISEDGERFQIVDTLLIRLSKRETDLVKDFALEKIEELNIGNIDADIRTGDLSHQRQMPY -# QLSYRVMLRAVVIVDMKIIEVDCLVDTGAAVSILSNRVFDQIPNVTLEGCSSKLRRLVKRTMINHYEEIFKISAELLDVIYTRVMEACPEQLYELISM -# KLNGYEWNLNQLDDPQPSSLGDVMFEPAVQEKRLDHINHLNGNQEKKNVLKKSSKSSLINTKRCQEENFEIFTASLKIPVPEKAHIHSKESIECRDDK -# TARRRICQPRIPTDITTMSSDVVELEKKTKAATSDDIYQSELREKAIYKQQHLKSSTRPVNQGL] -# end gene contig17.g26 -### -# -# ----- prediction on sequence number 18 (length = 40012, name = contig18) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 18 on both strands -# (none) -# -# ----- prediction on sequence number 19 (length = 45013, name = contig19) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 19 on both strands -# start gene contig19.g27 -contig19 AUGUSTUS gene 29061 34294 0.14 + . ID=contig19.g27 -contig19 AUGUSTUS transcript 29061 34294 0.14 + . ID=contig19.g27.t1;Parent=contig19.g27 -contig19 AUGUSTUS start_codon 29061 29063 . + 0 Parent=contig19.g27.t1 -contig19 AUGUSTUS CDS 29061 29126 0.74 + 0 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 -contig19 AUGUSTUS CDS 29277 29928 0.98 + 0 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 -contig19 AUGUSTUS CDS 31020 31348 0.59 + 2 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 -contig19 AUGUSTUS CDS 33803 34126 0.31 + 0 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 -contig19 AUGUSTUS CDS 34184 34294 0.34 + 0 ID=contig19.g27.t1.cds;Parent=contig19.g27.t1 -# coding sequence = [atgattattactataaaaaatcttcaacagcaaacttttactattgagtttgcgccagaaaaaacggttttggacctga -# agaaaaaaatattcgacgagcgcggtgcggaatatgttgccgaaaagcagaaactcatttatgcaggcgtcattttgactgatgagcgtactattgga -# tcatacaatgtcgatgaaaagaagttcatagtagtgatgttgacacgcgattcatctagtgtaaagcacaatcaaaattgtccaaaggaaactgagaa -# gttgacaaccactaagaatgtaaagtccccagaaaacttaaacactaataacgcttctgccactgggattacagaagatcagttacctgtcccaacac -# gtgaaacaatagctccagttccaagaccaatttcccgtaacgatttgattggcgagttggccaatgcttccttacagtcgcgcgctgaatctaacttg -# ctaatgggtgacgaatacaaccaaactgttctgtcaatggtggaaatgggttacccccgcgagcaggtggaacgtgcgatggccgctagctacaataa -# cccagaaagagccgttgagtacctcattaatggaatacccgctgaggaggaagctatatataatgttgtggatgaatccacaaatccaagagtaatca -# cctccggacctcaagcgtcatctgtcgatcgtccaccagaatcaaattcagctgaacaggagaaacgtggaagaaagcgatccacttctacaaaattt -# gacacgagccttataaggaagtcgaaaaaggagccattcctttcttcgaaggatcttaaaaactacatgaacgcatccgtaacgagtcgcaccattcg -# caacagactgattgagcacggtttaaaagcgcattcagcaaggagagttccttttatgagcaagaggcatacagaaaggcgactctgctttgccaaaa -# accaccagacccgccagaactggaaaaatgtcctttggtccgatgaaacaaaaattgatttgtttggatctgatggtagaccccatattggtcagaca -# aacccagctcttttacaacttatttctgagaaccaagatgcgtttcttaacatgctaaatcaaccgattgaaagcgaatcagaaacaaatgagtcaga -# agcgcgcggttcaaacgctcgtacgcagtcgaattctgctgagattgaaagcctgttttcgtcagaattggaaggagctgttgcagcacaaagaacag -# ccgctggcggaagtgtgattcaaagagataacgcacataatattgaagatttggaacaaccttcaggagtctcaaccattcgtctaaatcgccaagac -# caggacgcaatagaaaggctgaaagcacttggattcccagaggctcttgtactgcaagcttacttcgcgtgtgaaaaggatgaggaacttgcagctaa -# tttcttactttcttctagctttgatgattag] -# protein sequence = [MIITIKNLQQQTFTIEFAPEKTVLDLKKKIFDERGAEYVAEKQKLIYAGVILTDERTIGSYNVDEKKFIVVMLTRDSS -# SVKHNQNCPKETEKLTTTKNVKSPENLNTNNASATGITEDQLPVPTRETIAPVPRPISRNDLIGELANASLQSRAESNLLMGDEYNQTVLSMVEMGYP -# REQVERAMAASYNNPERAVEYLINGIPAEEEAIYNVVDESTNPRVITSGPQASSVDRPPESNSAEQEKRGRKRSTSTKFDTSLIRKSKKEPFLSSKDL -# KNYMNASVTSRTIRNRLIEHGLKAHSARRVPFMSKRHTERRLCFAKNHQTRQNWKNVLWSDETKIDLFGSDGRPHIGQTNPALLQLISENQDAFLNML -# NQPIESESETNESEARGSNARTQSNSAEIESLFSSELEGAVAAQRTAAGGSVIQRDNAHNIEDLEQPSGVSTIRLNRQDQDAIERLKALGFPEALVLQ -# AYFACEKDEELAANFLLSSSFDD] -# end gene contig19.g27 -### -# -# ----- prediction on sequence number 20 (length = 50014, name = contig20) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 20 on both strands -# start gene contig20.g28 -contig20 AUGUSTUS gene 24058 29291 0.09 + . ID=contig20.g28 -contig20 AUGUSTUS transcript 24058 29291 0.09 + . 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ID=contig21.g29 -contig21 AUGUSTUS transcript 14668 45952 0.09 - . 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ID=contig22.g30 -contig22 AUGUSTUS transcript 4664 35948 0.14 - . ID=contig22.g30.t1;Parent=contig22.g30 -contig22 AUGUSTUS CDS 4664 4885 0.97 - 0 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 25835 25973 0.99 - 1 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 28416 28567 0.98 - 0 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 28629 28840 0.91 - 2 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 29229 29369 0.65 - 2 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 30326 30413 1 - 0 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 30470 30914 1 - 1 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 31246 31924 0.76 - 2 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 35241 35451 0.98 - 0 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 35580 35855 0.46 - 0 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 35943 35948 0.49 - 0 ID=contig22.g30.t1.cds;Parent=contig22.g30.t1 -contig22 AUGUSTUS start_codon 35946 35948 . - 0 Parent=contig22.g30.t1 -# coding sequence = [atgcgcgaggaagaggaacatcatggttggattgaaggattggccattcttatttctgttattgtagtagttatagtaa -# cagctttcaatgattactcaaaggaaagacaattccgaggtctgcaaaatcgtattgagggcgaacataagttttcagttatccgaggaggggaggtg -# tgccaaatttcagttggagatattctggttggagatattgctcaggtcaaatatggagacttgttgccggcagatggttgtctcattcaaagtaacga -# cctaaaggtggacgaatcgtccttaactggcgaatccgatcatgtcaaaaagggtgcagacgttgatcccatggttctatcaggcacgcatgttatgg -# aaggaagcggtaaaatggttgttactgccgtaggggttaactcccaagcaggcataatttttacgcttcttggcgccgcagttgatgagcaagaagca -# gaaattaaaaagatgaaaaagggtgaaaacgacggtcgcgcccaaacaaaagggacccaagcgctaactcaacgccaaccagtaccaagcgaaggaac -# aaaatctgaatctgagggaaatcatgtgccgcaatcctcctcgtcgtcagcagctgtagaaacaggacataagaaggaaaaatctgtgctacaagcaa -# agttgacaaaactagctatacagattggatatgctgggtctactattgccgtacttacagtcataattttgattattcagttttgtattaagacattc -# gttattgacgaaaaaccatggaagaacacttatgccaataacttggttaagcatttgataattggtgttacagtattagtagtagctgtaccagaggg -# acttcctctggccgttaccctatctttagcatactcggtcaagaaaatgatgaaggacaataatttagttcgccatttggatgcttgtgaaacaatgg -# gtaatgctactgccatttgctctgataaaaccggaactcttacgaccaatcgtatgactgttgtacaatcctacatatgtgaaaaattatgcaaggtt -# ttgccaacgctaagcgacataccacagcatgtgggaaacttgattacaatgggaatatctgttaactcagcttatacttcaaatataatggtaatagt -# ttttatttcatcccggtgtgcttttatctatggccatgagggtaccctggaaaagtttacaagggatatgcaggagcgtctaatacgggaagttattg -# aaccaatggcttgtgacggtctgcgcacaatatctgtggcgtaccgcgactttgtgcctggtaaagctgcaattaatgaagtgcatattgatggcgag -# cccaactgggacgacgaggaaaacattatgacgaatcttacgtgcctctgtgtggttggtatagaagatccagttcgtcccgaagtacctgacgccat -# tcgtaaatgccaacgagctggtataacggttcgcatggtaactggagacaacatcaacacagcacgatcaattgccagcaaatgtggtattttgcgtc -# ccaatgacgactttcttattctggaaggcaaagagtttaacaggcgtattcgggatagcaatggagatatccaacaacatcttattgataaagtatgg -# ccaaaattgagggttttagcacgatcatcaccaaccgacaagtatacgttggttaaagcaacagagtttccaactccagatctattactccgtaaacc -# ctatggccgcacaaaacccttaatatctcgcacaatgatgaaaaacatacttggtcaggcgctttatcagttggtaataatatttggactgctctttg -# tcggcgatttaattcttgatattgaatctggacgtggacaagaacttaatgctggaccaacacagcactttactattatctttaatacatttgtcatg -# atgacattatttaacgaaataaacgcaagaaaaattcacgggcaacgtaacgttattgaaggacttcttacaaatcccatattttacaccatatggat -# cttcactatgatatcacaggtgttaataattcaatatggaaaaatggctttctcgaccaaggctttgtctttagatcagtggctctggtgtatatttt -# ttggaatcggtactcttgtctggggtcagctgattacctcagtgcctaccagaaaattaccaaaaatattatcatggggtcgcggccatccagaggag -# tacacggatgccatgaacttgggcgaggaacgttttgattcaattgattctgataagaagccaagggctgggcaaatcctatggattcgtggacttac -# gcgcttgcaaactcaaattcgtgtggtgaacgcattccggcaaggtctggacgcccgttacggtgatcataccaacacgtccctggcagaggtactgc -# gtaagcagacttctctgagcaaacgcctttcggaaacatcctccattgagtatgccgacaatatacccgatgagctgaccataccagaaattgatgtc -# gaacgtttatcatcacacagtcacactgaaaccgctgtttaa] -# protein sequence = [MREEEEHHGWIEGLAILISVIVVVIVTAFNDYSKERQFRGLQNRIEGEHKFSVIRGGEVCQISVGDILVGDIAQVKYG -# DLLPADGCLIQSNDLKVDESSLTGESDHVKKGADVDPMVLSGTHVMEGSGKMVVTAVGVNSQAGIIFTLLGAAVDEQEAEIKKMKKGENDGRAQTKGT -# QALTQRQPVPSEGTKSESEGNHVPQSSSSSAAVETGHKKEKSVLQAKLTKLAIQIGYAGSTIAVLTVIILIIQFCIKTFVIDEKPWKNTYANNLVKHL -# IIGVTVLVVAVPEGLPLAVTLSLAYSVKKMMKDNNLVRHLDACETMGNATAICSDKTGTLTTNRMTVVQSYICEKLCKVLPTLSDIPQHVGNLITMGI -# SVNSAYTSNIMVIVFISSRCAFIYGHEGTLEKFTRDMQERLIREVIEPMACDGLRTISVAYRDFVPGKAAINEVHIDGEPNWDDEENIMTNLTCLCVV -# GIEDPVRPEVPDAIRKCQRAGITVRMVTGDNINTARSIASKCGILRPNDDFLILEGKEFNRRIRDSNGDIQQHLIDKVWPKLRVLARSSPTDKYTLVK -# ATEFPTPDLLLRKPYGRTKPLISRTMMKNILGQALYQLVIIFGLLFVGDLILDIESGRGQELNAGPTQHFTIIFNTFVMMTLFNEINARKIHGQRNVI -# EGLLTNPIFYTIWIFTMISQVLIIQYGKMAFSTKALSLDQWLWCIFFGIGTLVWGQLITSVPTRKLPKILSWGRGHPEEYTDAMNLGEERFDSIDSDK -# KPRAGQILWIRGLTRLQTQIRVVNAFRQGLDARYGDHTNTSLAEVLRKQTSLSKRLSETSSIEYADNIPDELTIPEIDVERLSSHSHTETAV] -# end gene contig22.g30 -### -# start gene contig22.g31 -contig22 AUGUSTUS gene 36900 58827 0.07 + . ID=contig22.g31 -contig22 AUGUSTUS transcript 36900 58827 0.07 + . ID=contig22.g31.t1;Parent=contig22.g31 -contig22 AUGUSTUS start_codon 36900 36902 . + 0 Parent=contig22.g31.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 36900 37419 0.7 + 0 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 48394 48703 0.99 + 2 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 48769 48980 1 + 1 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 49745 49896 0.78 + 2 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 50047 51108 0.88 + 0 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 51770 52268 0.6 + 0 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 52350 52879 0.45 + 2 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 53483 53714 0.96 + 0 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 53776 53942 0.77 + 2 ID=contig22.g31.t1.cds;Parent=contig22.g31.t1 -contig22 AUGUSTUS CDS 55547 55816 0.78 + 0 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ID=contig23.g34 -contig23 AUGUSTUS transcript 40426 45565 0.55 - . 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ID=contig24.g36 -contig24 AUGUSTUS transcript 20423 25562 0.54 - . ID=contig24.g36.t1;Parent=contig24.g36 -contig24 AUGUSTUS CDS 20423 20482 0.64 - 0 ID=contig24.g36.t1.cds;Parent=contig24.g36.t1 -contig24 AUGUSTUS CDS 20543 20620 0.84 - 0 ID=contig24.g36.t1.cds;Parent=contig24.g36.t1 -contig24 AUGUSTUS CDS 24621 25562 0.88 - 0 ID=contig24.g36.t1.cds;Parent=contig24.g36.t1 -contig24 AUGUSTUS start_codon 25560 25562 . - 0 Parent=contig24.g36.t1 -# coding sequence = [atgttcaagatggacgccgcagacttctggcagcatgcacgtgccccgttcagcctgcagtacaattcgccgaatcagc -# cgcaagcaccccaccacaccctgcaccaatcccttccgcaggagcacgaggtgttggccgacgtccatccaggaggcccagccaccggctcgggcgta -# gtaaacagcagcagctctattggcgtatccagcccccactctgctctgggcggcaaggccgagtccagccacattctgcagcagcactcagggcagca -# gtcctacgggggcgactccttccgaggctcacagtcgccccagctaagcagccaccacctgttgttcaacgcagctgcggcagctgctgcggcggccc -# acctgaagtccacggccatgcagaacaacctctcgccgatgagggaccaggcccagagtgaccatcgcaactatggccacagccccttgaccgccctg -# tgtgggatcaagcccaagcaggagatagacgccaagccgaccctccagccgctgaacgagtgccgccagccgctggcccaggcgcaatcgcaatccca -# gcctacgtacggaacaaacttttacgacgtgggcgaagcgacggcgggcgatgtctccgaggcggatggacgagcgctgaccattgggctcggcatcc -# caagtaagaggacctccgaggagacgcaggccggtctgcagacccaacagacgacgggggcagaccggggcttgcataccccgcagtgcccttctatg -# tctcccgggactgggggcagttccaactcaggtacgggaaccagacccgatccaatacagatcaacaagaccctgtcgcagggtcagcagtctcctca -# gcactccacaacggcgtccggcggcaccacgactcccgacattaagtacagcaacgacaaaatggctaacgaaattcagcttcagctatcccggtcga -# gcagcgcagccgcgatcagtgaacgcacccttgaagaatgttggtcaaccctgcaacgacttcagctgcagaacagcacatcccatcacatcaccgaa -# cacttacttaccaataactag] -# protein sequence = [MFKMDAADFWQHARAPFSLQYNSPNQPQAPHHTLHQSLPQEHEVLADVHPGGPATGSGVVNSSSSIGVSSPHSALGGK -# AESSHILQQHSGQQSYGGDSFRGSQSPQLSSHHLLFNAAAAAAAAAHLKSTAMQNNLSPMRDQAQSDHRNYGHSPLTALCGIKPKQEIDAKPTLQPLN -# ECRQPLAQAQSQSQPTYGTNFYDVGEATAGDVSEADGRALTIGLGIPSKRTSEETQAGLQTQQTTGADRGLHTPQCPSMSPGTGGSSNSGTGTRPDPI -# QINKTLSQGQQSPQHSTTASGGTTTPDIKYSNDKMANEIQLQLSRSSSAAAISERTLEECWSTLQRLQLQNSTSHHITEHLLTNN] -# end gene contig24.g36 -### -# -# ----- prediction on sequence number 25 (length = 75023, name = contig25) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 25 on both strands -# start gene contig25.g37 -contig25 AUGUSTUS gene 63496 72888 0.14 - . ID=contig25.g37 -contig25 AUGUSTUS transcript 63496 72888 0.14 - . ID=contig25.g37.t1;Parent=contig25.g37 -contig25 AUGUSTUS CDS 63496 64309 0.62 - 1 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 -contig25 AUGUSTUS CDS 64370 65052 0.57 - 0 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 -contig25 AUGUSTUS CDS 65106 65290 0.97 - 2 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 -contig25 AUGUSTUS CDS 65762 67777 0.42 - 2 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 -contig25 AUGUSTUS CDS 70910 71131 0.95 - 2 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 -contig25 AUGUSTUS CDS 72321 72656 0.99 - 2 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 -contig25 AUGUSTUS CDS 72717 72888 0.63 - 0 ID=contig25.g37.t1.cds;Parent=contig25.g37.t1 -contig25 AUGUSTUS start_codon 72886 72888 . - 0 Parent=contig25.g37.t1 -# coding sequence = [atgctctcgacaacaatgccccacagtccagcccaaacacagtcacagtcgcatccgaacgccgatgcttcaacaagtg -# catctggagtagggatcgggaatggggtcgccggcaccagcaggagctctccaaagaccactaaaaatgaaacctgttccactctgtctccggatcaa -# 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ID=contig26.g38 -contig26 AUGUSTUS transcript 13481 22873 0.21 - . ID=contig26.g38.t1;Parent=contig26.g38 -contig26 AUGUSTUS CDS 13481 14294 0.77 - 1 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 14355 15037 0.73 - 0 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 15091 15275 0.98 - 2 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 15747 17762 0.44 - 2 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 20895 21116 0.95 - 2 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 22306 22641 1 - 2 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 22702 22873 0.67 - 0 ID=contig26.g38.t1.cds;Parent=contig26.g38.t1 -contig26 AUGUSTUS start_codon 22871 22873 . - 0 Parent=contig26.g38.t1 -# coding sequence = [atgctctcgacaacaatgccccacagtccagcccaaacacagtcacagtcgcatccgaacgccgatgcttcaacaagtg -# catctggagtagggatcgggaatggggtcgccggcaccagcaggagctctccaaagaccactaaaaatgaaacctgttccactctgtctccggatcaa -# ataaaagttatgccagacgaaggagcagagaaaaacggactttcaagtagtgataaaggtgtgggcccttcggctggcagcagcggagccggaggagt -# tgcaaatattccatccgagggacaatcttcttccttgacgtctgctgttggtacaccgacactgaggcagaactcctcaaacagcgttaactcgtgcc -# tggctgcctcaccgaacaataccagtgaactctcgaatagcagtagtgtgcctgctacaatgggaatttctcaattggtcgatagtgacgagcatgct -# aagaaaaagaaaaacagtgtaaaggatgaggatgtcgaaacaggatctattaaagcgaaaggaatcgcttctggaagcggttgcggaacggggtcctc -# atctgctctttccgttggcattgttattaaggaagaaccttccgacgttttaagcaacttagtaaatatgaaaaaagaagaaagggaaaatcactctc -# caaacatgtcacctgtcggatttggttccattggtaactctcaggagaactccgctacgtcagtaaaaacagaaagaaattcgaccgatagtatcccc -# gaaaagaagccttcttccttggtgataagtaatgacgaaatgggcattgaaggagttaactgcaatccgttaaactcagatattgaatctttaaataa -# cccacctatctcaaacatattagcgatcggcatgaatgcgtcccaagcaacttctggtacgggagttggagctggaaccggaggtggggctggtaacc -# ttttgacaggaactggcaatctaccatcctctggtggcagcaattgcttagattacatgcaacagcagaatcacatatttgtattttcaactcaactg -# gctaacaaaggagccgaatcagttttgagtggtcagtttcaaaccattattgcgtatcactgcacccagccagcgacaaaaaactttctagaagactt -# tttcatgaaaaatcctctaaagatgaacaagttgcagcgccacagtgccttgggtatgccatggataggcatgggacccggaggacaaactcccccta -# atcctcctgtatcaaagataactcaacagcagccaaatctaaagcctgcaagtctcttgaaaaaccagttcaatcataacgaaaatagcaaacgtagt -# tctgtgccaagcaacacttttgtcgaccaagccgatcccttgtccaatgagggtgaactaatgtgctgggagagtggacccggaagcagcggtgccag -# tggtgccgcacaaaattcacgaaacaatatagacagtataagtacttccagtgagtcccaggcgataaagatactggaagcagctggtgttgatttgg -# gccaaggcacaaaagaaagcgacccaaattcgacgcacgaaaacaacattgtttcactgcaaggagttaaggttccagacgaaaaccttacaccacaa -# cagcgtcagcaccgggaagagcagctcgcgaaactaaagaaaatgaatcaatttctttttccagaaaatgaaaattcagtaggaacaattgtaagttc -# acagatgcagaaaataccaggtgacctgatgatgggtattccgggtggcggaggatctataataaattctcaattgcggcaaatgcatatgccaggaa -# acgcgaagcaggaactttcgacgggtacaagctcagggctcccagaggaggttatgcttcctgtcgatgtcatatcagatataaattctgcaatggga -# 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KGIASGSGCGTGSSSALSVGIVIKEEPSDVLSNLVNMKKEERENHSPNMSPVGFGSIGNSQENSATSVKTERNSTDSIPEKKPSSLVISNDEMGIEGV -# NCNPLNSDIESLNNPPISNILAIGMNASQATSGTGVGAGTGGGAGNLLTGTGNLPSSGGSNCLDYMQQQNHIFVFSTQLANKGAESVLSGQFQTIIAY -# HCTQPATKNFLEDFFMKNPLKMNKLQRHSALGMPWIGMGPGGQTPPNPPVSKITQQQPNLKPASLLKNQFNHNENSKRSSVPSNTFVDQADPLSNEGE -# LMCWESGPGSSGASGAAQNSRNNIDSISTSSESQAIKILEAAGVDLGQGTKESDPNSTHENNIVSLQGVKVPDENLTPQQRQHREEQLAKLKKMNQFL -# FPENENSVGTIVSSQMQKIPGDLMMGIPGGGGSIINSQLRQMHMPGNAKQELSTGTSSGLPEEVMLPVDVISDINSAMGCNNSQKSSLQCGSGGAAGP -# VTGTSTGAINVNMHCSSSVTSSGNMMGSSTNMLASFGNTNCNVNVIGSVPDMSKELSGQDSLLHPLQGTQIEWSKIQQQFFEERIKGGKARQATGPVA -# PPQHTNSGTGSNASSSQVRSLQGPPPPYHSTQRSASVPIATQSPNPSSPNNLSLPSPRTTGAAMGLPTNSPSMDGATSLSGSAPPAISTTSQGGTTGV -# LSVNKNCFQSDAPSPSNQNRNRNNGSSGVLTHNLNSNPSTPLSHLSPKEMESFGDNIKSRRPSPQGQRSPGNGLTEANTEARFAAASPGVIFNPHQHM -# QNNTNTYKIGTPNMQIERQAPAQGGSVQFSRRSDNIPLNPNSGNRPPQNKMTQNFDPISSLAQMSQQLTSCVSSMGSPAGSSGMSMMGGPTDINMEHA -# MISGLEGPGMDVINQNNCHPMNAVMNSMGQRMMNPKMCVPGGPSSLPGFNPNSPNGVLRESPLGPGPVPGPGPMNSPNFQGVLPPGARMMGRMPIGFG -# SNFNPNIQVKASTPNTIQYMPVRPQNASNNNNNGASNVRMPPSLEFLQSGDGGPGMPGMMVGSGSGPMLMNSSGDHQNKISNNPGAGNGINFFQNCNQ -# MGIIDDEGGLASHDVAMNIGQPSMIRGMRPHGMRPHAMAPRMQASVNRQIPFAHGPDGLDCVGDTSAFFNNATCNSTGPPMFTASQQSNQAKPQHLKN -# IPTGLCQNQTGLGVGPAVSQGQIQLQGQGQGQGQGQTLIGPSNNNLMPTAGNVVPTNGVSGINFVGPSSNDLKYAQQYHSFQQQLYATNTRSQQQQQM -# HQQQQSNMLTMPPNLSPTPAFFVNK] -# end gene contig26.g38 -### -# start gene contig26.g39 -contig26 AUGUSTUS gene 29102 36266 0.39 + . ID=contig26.g39 -contig26 AUGUSTUS transcript 29102 36266 0.39 + . ID=contig26.g39.t1;Parent=contig26.g39 -contig26 AUGUSTUS start_codon 29102 29104 . + 0 Parent=contig26.g39.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 29102 29217 0.99 + 0 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 29275 29409 1 + 1 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 31905 31949 0.84 + 1 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 32205 32279 0.64 + 1 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 32354 32492 0.97 + 1 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 34887 35151 0.77 + 0 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 35660 35786 0.95 + 2 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 35888 35975 0.99 + 1 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 -contig26 AUGUSTUS CDS 36033 36266 0.98 + 0 ID=contig26.g39.t1.cds;Parent=contig26.g39.t1 -# coding sequence = [atgccgttgtttggcaaaaaggattccggcaagaaagccaaggcgaaggacataagggagctaaataagcaagtgtcaa -# tcgaggagaaatacaatcttcatgggcttttgggaactggggccttttcagaagtacgccttgccgaaagtaaagaaacccctggtgatcactttgct -# gttaaaattatcgacaaaaaagctcttaagggcaaggaggaatctctggagaatgaaattcgggttttaagaaggttcagtgcaaatcatttcgatgg -# caaatgtccaaacggaacgcgattaactcatccaaatatagtgcaactcctggaaacgtatgaagacaagtcgaaggtgtacctagttatggagttgg -# ttactggtggcgaactttttgaccgcattgtggaaaaggggtcctacactgaaaaggacgcttctcatctgataagacagattctagaagcggtagat -# tatatgcatgagcaaggtgtcgtccatcgtgaccttaagccggaaaacttactatactatagtcctgacgatgatagcaaaattatgattagcgactt -# tggattatctaaaatggaggattctggaattatggctacagcatgcggaactcccggatatgtcgctccagaagtgctggcacaaaaaccatatggaa -# aagccgttgatgtgtggagtattggagtaatatcgtatatcttattatgtggttaccctccgttttatgatgaaaatgatgctaatctgttcgctcag -# attttaaaaggagaatttgaattcgattcaccatattgggatgaaataagcgagtccgccaagcattttattaaaaatttgatgtgcgtatcagtaga -# gatgagatatacatgcaagcaagctctggctcatgcttggatttctggaaatgaggcaagtagcagaaacattcacggaaccgtgtcagagcaactaa -# agaaaaatttcgcaaaatcccgttggaagcaagcttactacgcggcgacagtgatccgacagatgcagcgaatggcgctaaacagcaatagcagtgca -# aattttgattctactggtgatttcagtaaccaaaaagactctaaaaactcaacagcagcgtctggatcacacatttccaatgttttatcagcgcagaa -# atcagcacaaagtgatgcacaagaagatggtgagacgctaggcagcacaaatggagcatcacagtag] -# protein sequence = [MPLFGKKDSGKKAKAKDIRELNKQVSIEEKYNLHGLLGTGAFSEVRLAESKETPGDHFAVKIIDKKALKGKEESLENE -# IRVLRRFSANHFDGKCPNGTRLTHPNIVQLLETYEDKSKVYLVMELVTGGELFDRIVEKGSYTEKDASHLIRQILEAVDYMHEQGVVHRDLKPENLLY -# YSPDDDSKIMISDFGLSKMEDSGIMATACGTPGYVAPEVLAQKPYGKAVDVWSIGVISYILLCGYPPFYDENDANLFAQILKGEFEFDSPYWDEISES -# AKHFIKNLMCVSVEMRYTCKQALAHAWISGNEASSRNIHGTVSEQLKKNFAKSRWKQAYYAATVIRQMQRMALNSNSSANFDSTGDFSNQKDSKNSTA -# ASGSHISNVLSAQKSAQSDAQEDGETLGSTNGASQ] -# end gene contig26.g39 -### -# -# ----- prediction on sequence number 27 (length = 50016, name = contig27) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 27 on both strands -# start gene contig27.g40 -contig27 AUGUSTUS gene 4094 11258 0.32 + . 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-# caaatagtcaaattctgaacatgaaaaagtctaagaagcgagtcaatcatggaaacagcttatctgatccaagtaaagtaaatatagaaaagatgttc -# aaaaagcagaataggcataagcaaaagagtgttcaacttgaaactcaaactttgagcgactttcccattgaagcggacatgaatacagaaaattttat -# cgcagctgatatcccttgtgcggaacctgtagtgttaaagcagattgagattggatcccaaagttctgtttttccagtacaaccaggaggaatacaac -# aaacacaagtatcattgcagtcaaaaaaaaatgcatcagaaccggaacgaagtaagctggatatatttaaaaaaatttctaagccgcgcactccccgt -# caggatggtggagcaactcaggtacctcctggaataggcgtacgtgtatttggaagtaccatgcctgtttcgacgttaattagtcttccatctgggac -# tactataacacctacacccccagtaggccagactccggaggacgcaaataatcctaattcgaaaattaaccaatatggtgtattgggccaaaagctat -# cttctcctaaagatgacatagaaatgtcaactattaatcccataaaggcaaagaagcggggccgaaaacctggaggaaaaaatttggtaaaacaaact -# cattttacatcacattcccttattgaatcgtctaaaaaggaaaagtcaacgcgtgtaggtgcttttaagctagcgtcatctgagacgctggtatcaca -# aaattccttaagcgtatctatgccaacagagcctctgaacctcagcagcacagatcaggcttcaatcgaatatttaccaaactttcacgcaaaaaagg -# 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atattccgctgagctacaagataaatgcaacatttcaccaccaccgggagatccaaaaattgaaaacagcgcgcgccttcgacgttataggcataact -# tagaataa] -# protein sequence = [MHLQDYLRNDENASSPGDGNHNHTCQPPCNQEQYISLNRDCQKNLFRLHPPPPSKPPPLAGAILQSRLLKQISSGANA -# ENAEALEEHRYPNALQRSATLPAKHNRLGVRSRVTFKVPSSITPAVDPGSEPDPGQNQVVAAERDGIVLNPKERESCKMTSEDLLQPGHVVKERWKVV -# RKIGGGGFGEIYEGQDLITREQVALKVESARQPKQVLKMEVAVLKKLQGKEHSNFSVGRLPYNCRRVYMLDFGLARQYTTGTGEVRCPRAAAGFRGTV -# RYASINAHRNREMGRHDDLWSLFYMLVEFVNGQLPWRKIKDKEQVGLTKEKYDHRILLKHLPSDLKQFLEHIQSLTYADRPDYAMLIGLFERCMKRRG -# VKESDPYDWEKVDSATIGNISTSGNPPVPVKNDYIHGNITQMTVAASNASGTEYYLQLEDKAPNMFLPTKPNAESESTVDVAPKSIFEEKFVDSNDAE -# CANKAFLSGEQQQQKSQVKKLNLPESANQQVQKLENVANEKSSEDKRASQEPKSTFGRLRVLTAPPMSVHDLTTGGHIQQGTDLSIKQDPSSSNAGPA -# AGNSSSSKLAINQHGQIFGITLMPQVNRRSATSTNLRPSSSGGNTNPIHRINIGSAGGGGGTGSNTARSSVAGDHSVTQFALIDDENVSALQQVTKGG -# ALTLASQWKSQFDDSEDTTDNEWNREPQSQPNLEQLIKLDIPLPLNEAKHFCQNVVTDTGILTKPPIEGNEKPKSKIPIRQSKCASWAGADTTVYSSK -# 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ID=contig28.g43 -contig28 AUGUSTUS transcript 2292 8820 0.12 - . ID=contig28.g43.t1;Parent=contig28.g43 -contig28 AUGUSTUS CDS 2292 2412 1 - 1 ID=contig28.g43.t1.cds;Parent=contig28.g43.t1 -contig28 AUGUSTUS CDS 2470 2662 0.68 - 2 ID=contig28.g43.t1.cds;Parent=contig28.g43.t1 -contig28 AUGUSTUS CDS 2762 2932 0.39 - 2 ID=contig28.g43.t1.cds;Parent=contig28.g43.t1 -contig28 AUGUSTUS CDS 2992 3370 0.91 - 0 ID=contig28.g43.t1.cds;Parent=contig28.g43.t1 -contig28 AUGUSTUS CDS 4170 5011 0.87 - 2 ID=contig28.g43.t1.cds;Parent=contig28.g43.t1 -contig28 AUGUSTUS CDS 5075 5185 0.67 - 2 ID=contig28.g43.t1.cds;Parent=contig28.g43.t1 -contig28 AUGUSTUS CDS 6426 8108 0.49 - 2 ID=contig28.g43.t1.cds;Parent=contig28.g43.t1 -contig28 AUGUSTUS CDS 8168 8686 0.89 - 2 ID=contig28.g43.t1.cds;Parent=contig28.g43.t1 -contig28 AUGUSTUS CDS 8766 8820 0.7 - 0 ID=contig28.g43.t1.cds;Parent=contig28.g43.t1 -contig28 AUGUSTUS start_codon 8818 8820 . - 0 Parent=contig28.g43.t1 -# coding sequence = [atgcagaagtttacgcaggagtttgcccgagatctgcactgtaatatggaacatgcaaatcggatcgagcccagtctta -# gagatgcacagctcagtatgaaaaatcttaacattaatattcaagaactgttggattacattgggaatgtggagcctgtcggtttcaccagggatgtg -# ccccattttcccatcagaaaagctataaatatgaactttctcaagcctggaagcgcagaaactctgacacgtcccgtctatatatttgagtatttgcc -# gccaatgcaagaccctgagccgcgggagagtcagagcgaggctcaaagggaattttttcaaaaacaagaattagtgtccaaggcagagttcaatgtga -# caagttcggcggaaaaactaagcaccaatcaagtcgattcctcttctcccaacgcggtgataaacttttcatcgaatttcttagactcggatgttggt -# cgttcagtccgtgaaatgagcagcgttgttatgactacaggcggatttattagtccagccatcgaaggaaaactgccagagccctttataccggatat -# aattgaaaaatttaaaggtttagacgcaccgcctccgtcgttgatagctgtcagccatttggaacattctgaaaaagaattgattacatctgaaaaag -# acgcagtaaacacacgaacaataaattcagaaactaaaaacttcaatcacaatgctgtattattgataagtgatagcgcagatgcatcgttgttatat -# tcttcgaatagccttccgatgtcatccgctttgactgctacaatatcaaagaagaacagaaaaccgaaaccggacctagcaatcgaacatggtcaaat -# cgttaaatcaaatatctctttcggaaagtctcaagaaaagtcccagcgaaaagctttaaaaatgtttcaaaaactttcgaagagccaaaatgacgctt -# 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ID=contig30.g46.t1;Parent=contig30.g46 -contig30 AUGUSTUS start_codon 28638 28640 . + 0 Parent=contig30.g46.t1 -contig30 AUGUSTUS CDS 28638 28655 0.18 + 0 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 -contig30 AUGUSTUS CDS 33827 33869 0.95 + 0 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 -contig30 AUGUSTUS CDS 33930 33948 0.96 + 2 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 -contig30 AUGUSTUS CDS 44322 45962 0.97 + 1 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 -contig30 AUGUSTUS CDS 47860 48041 0.96 + 1 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 -contig30 AUGUSTUS CDS 49613 51223 0.99 + 2 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 -contig30 AUGUSTUS CDS 57010 58428 0.87 + 2 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 -contig30 AUGUSTUS CDS 58492 58712 0.89 + 2 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 -contig30 AUGUSTUS CDS 58776 59129 0.92 + 0 ID=contig30.g46.t1.cds;Parent=contig30.g46.t1 -contig30 AUGUSTUS CDS 59374 59514 1 + 0 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-contig31 AUGUSTUS CDS 25461 25510 0.28 + 2 ID=contig31.g47.t1.cds;Parent=contig31.g47.t1 -# coding sequence = [atgtttaattgtgcagctatacgctccaataatggtaatgactacggctctccaatgtccagttctgatgtggaaactt -# ttaacggcaaaatagtttacaatctcgatggcagtgcatacattattgccacagacaatgccaatggaagtgcatcggggtctgctaaaagttgttat -# gcctcaatttcgacatcagtaaaaaaacttttgaaggtcaaagatcgtggacaggaagaaaacgaaaaggaacaccagcatcaatatcatcaagatca -# aagcgaaacacaggagcaggaactagctgatgtggacgctggtcctggtgtcgaaaccttgggaggagcttcctacaaatcgagtccaaaaatacatt -# cctttcgtgttgtgtccgcgcaagatgcaaactctacttgccaggatcaaatcagagcatttaaaatccaaaaaccaattttaatgtgctttatttgc -# aagttgtcctttggcaacgttaagtcctttagcttgcatgcgaacagtgaacacagactcaacctggaagagctggaccagcagctacttaatcgcga -# gtactcgagtgccattattcagcgaaatatggatgaaaagccgcagatatcctttctacagcccttggataacaatgctgcctgtgctaccagcgatg -# acaccgataaggttcaaatagcccctgagggaagttgccccactcttactccatctccgcatccagttctcggtaatgaggatgaggtggagctagag -# 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ID=contig32.g50 -contig32 AUGUSTUS transcript 9315 31071 0.09 - . ID=contig32.g50.t1;Parent=contig32.g50 -contig32 AUGUSTUS CDS 9315 9325 0.27 - 2 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 -contig32 AUGUSTUS CDS 9382 9437 0.39 - 1 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 -contig32 AUGUSTUS CDS 19927 22118 0.81 - 0 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 -contig32 AUGUSTUS CDS 24947 25309 0.99 - 0 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 -contig32 AUGUSTUS CDS 25407 25572 0.98 - 1 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 -contig32 AUGUSTUS CDS 26120 26752 0.96 - 1 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 -contig32 AUGUSTUS CDS 29696 29964 0.86 - 0 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 -contig32 AUGUSTUS CDS 30286 31071 0.8 - 0 ID=contig32.g50.t1.cds;Parent=contig32.g50.t1 -contig32 AUGUSTUS start_codon 31069 31071 . - 0 Parent=contig32.g50.t1 -# coding sequence = [atggcatcaaagcgtgatgtcagcttggcacagtcagatgggacagtgccgacggtgccattgacgccatcaaccccat -# 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ID=contig33.g51 -contig33 AUGUSTUS transcript 4558 16069 0.21 - . ID=contig33.g51.t1;Parent=contig33.g51 -contig33 AUGUSTUS CDS 4558 4630 0.27 - 1 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 -contig33 AUGUSTUS CDS 4925 7116 0.72 - 0 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 -contig33 AUGUSTUS CDS 9945 10307 0.99 - 0 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 -contig33 AUGUSTUS CDS 10405 10570 1 - 1 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 -contig33 AUGUSTUS CDS 11118 11750 0.96 - 1 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 -contig33 AUGUSTUS CDS 14694 14962 0.86 - 0 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 -contig33 AUGUSTUS CDS 15284 16069 0.82 - 0 ID=contig33.g51.t1.cds;Parent=contig33.g51.t1 -contig33 AUGUSTUS start_codon 16067 16069 . - 0 Parent=contig33.g51.t1 -# coding sequence = [atggcatcaaagcgtgatgtcagcttggcacagtcagatgggacagtgccgacggtgccattgacgccatcaaccccat -# acttaagtagttcagaaagtggcaacaatgaacaaggcaaatatatatctggcctgccgaataatcgtaaacgcctgaagctgtccactcttgaacta -# 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cagaatctcagtccgcgggtaggaaatcaaacccagcacaatactccccaaccaggacatatcgtctcagacgtttctcgcaagagcttgtgtggcct -# cgaatcgctggttgatcaaataccagcaataagggaacacgaatgcagcaatataccattggcaacagcagcggcagcagcggctgctgttgaaagtc -# gtcttttaggcttgcaacaacagcagcagcatcagcagcagcagcaacaacagcagcaggaacagcagcatatacagcagcaacaacaacaatcacaa -# caacagcaccagcagcaacaacaacatcaacaacagcaccagcaaccaaaacgctgcattccagagaattcggtgcaaacggaatcatgtagaccgtc -# aagagagaatagcaacgtcagcaacaacaatttttctgtaagcagtctagctgcatccgctttgactgcaagaactgagaacgaagctatatatggca -# acagtggagaaacccgagtcatcagtgaaagtagcaatagtaacaacaacaattgtggcaacagcatcgagtattctattcatagtccatccggatat -# catcatcatgcccctcacttaatgggcgctataggggcgaacattaacaactcagagcccaatccgcatcacctttcccatcctcatccacctcctca -# ctcacatccgcatacaattcatccctcacatcatctgagcgtatttgatcacttgaaaccgtccgacataagtgggtacggcggtttttga] -# protein sequence = [MASKRDVSLAQSDGTVPTVPLTPSTPYLSSSESGNNEQGKYISGLPNNRKRLKLSTLELNSSQGSDVDSPIEPDLDPN -# ARISESKADDYADMENHLPGNCNSVIEGASSGDISKIKGPEKLVQFEKNCYVPPDQALVTSVELVVPAPQNSSLSIQVGRSEETKQSALREPSEASSS -# TIDNKLQYSTSGPYNSSSSTNILANDKIDGCANDSSNLNLRTPTKLAVTTATSDILNNDRRASLWAPHHDQSRQTQQQSSEPKQEPNSPLFGTHQSDH -# IQRQHQQQPPSQHPMECHANLHQSASISQQHEQHLQHERQQIHQHQHQPTQQHHPLHENYHDIIMEEFHEEPSTAFKLTLSPSNAKPENQDDGYETSA -# GDVLTPNSHSSSTHSVTPQHQMQHPNIVLIHQNQKKPDELGLAKNLLTGEAHADPATCSSNGIQGQLHATQTHLELSGDTRCSSHTSAVNPYSFMGEE -# MRMHSPVNRPMETVTTETARYASVPAPMSTSNGNQESLSGELYQHTHHSTSILEPTESSQCDLHSKPTPKKRGRKKKLVADSTQISTPSSQQEMSAMT -# AICEDGGVDHIKAMKPKERKKHDRFNGMSEDEVIKRTIPDHLCDNLDIVIVGINPGLFAAYKGHHYAGPGNHFWKCLYLAGLTQEQMSADEDHKLLKQ -# GIGFTNMVARATKGSADLTRKEIKEGSRILLEKLQRFRPKVAVFNGKLIFEVFSGKKEFHFGRQPDLVDGTDTYIWVMPSSSARCAQLPRAADKVPFY -# AALKKFRDFLNGLIPHIDESECVFTDQRIRQCSEQQQVETSGKNKQTHQTSLGDPQASLTFVGNCGGTSTGATECGNVTEEADDKLMPHLTGKMSFSN -# TATDRGTFSFTGDDRSMLPITNHNTAPNESTYLSVFGAQQTLPQQPIEKKKRGRPKKIKGQEIIDHSVGGKISIGGQHMPQHDFNNILNLSVIPAGGC -# 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ID=contig33.g53 -contig33 AUGUSTUS transcript 33454 37281 0.72 - . 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ID=contig34.g54.t1;Parent=contig34.g54 -contig34 AUGUSTUS start_codon 230 232 . + 0 Parent=contig34.g54.t1 -contig34 AUGUSTUS CDS 230 272 0.99 + 0 ID=contig34.g54.t1.cds;Parent=contig34.g54.t1 -contig34 AUGUSTUS CDS 322 384 0.95 + 2 ID=contig34.g54.t1.cds;Parent=contig34.g54.t1 -contig34 AUGUSTUS CDS 448 560 0.95 + 2 ID=contig34.g54.t1.cds;Parent=contig34.g54.t1 -contig34 AUGUSTUS CDS 2129 2254 0.6 + 0 ID=contig34.g54.t1.cds;Parent=contig34.g54.t1 -# coding sequence = [atgtccgatttgggaagcggagatgaaggcatctcaggatcaaaatacaatgtcacaaacatagagggttcctcaagta -# ggaacgatttcgaatcctctgtaaaaggtggaagtggtgtggagcaggaattggctaccaaaatgcttcaaatacaatccaagcgattttatttggat -# gttaaacaaaatcggagaggtcgttttataaaagtggctgaggtgtcacaaaccattactagaggtggacctagatcgcaaatcgctttaccagccca -# aggcatgatcgagttccgtgatgcccttacagatttgttagaagagtttggagctaacgatggagggtaa] -# protein sequence = [MSDLGSGDEGISGSKYNVTNIEGSSSRNDFESSVKGGSGVEQELATKMLQIQSKRFYLDVKQNRRGRFIKVAEVSQTI -# TRGGPRSQIALPAQGMIEFRDALTDLLEEFGANDGG] -# end gene contig34.g54 -### -# start gene contig34.g55 -contig34 AUGUSTUS gene 8442 12269 0.69 - . ID=contig34.g55 -contig34 AUGUSTUS transcript 8442 12269 0.69 - . 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ID=contig34.g57 -contig34 AUGUSTUS transcript 39193 45655 0.2 - . ID=contig34.g57.t1;Parent=contig34.g57 -contig34 AUGUSTUS CDS 39193 39600 0.8 - 0 ID=contig34.g57.t1.cds;Parent=contig34.g57.t1 -contig34 AUGUSTUS CDS 41289 41467 0.85 - 2 ID=contig34.g57.t1.cds;Parent=contig34.g57.t1 -contig34 AUGUSTUS CDS 42321 43243 0.26 - 1 ID=contig34.g57.t1.cds;Parent=contig34.g57.t1 -contig34 AUGUSTUS CDS 43929 45655 0.33 - 0 ID=contig34.g57.t1.cds;Parent=contig34.g57.t1 -contig34 AUGUSTUS start_codon 45653 45655 . - 0 Parent=contig34.g57.t1 -# coding sequence = [atggagtccataagtgaaataattgaccaccagacttttagccaggatctggttgaagatgcaacagatttcatctctg -# tggggcacaactcggagcgtcagtctcatccgcaccacgaacatcaggagggagaacctgattccggcgaggacctggcgatttccctgcaaacgatg -# acttcctgcccaagaacggacggatctagtggagggaagaagcaccggcctggatctggatctggatccgggttggtttcgggatcgggatctgattc -# tgttgtgatggttatcgactcaatgggccacagcaatagacagacaacatttcaaattgtgtcccagcagatgcatccgagaatgccattgcccttcg -# ggttgctccagcaaaatagtcaaaacacgcagcaatgcccgcagcgcatagtgagtagcagcccagtggactttgtagcgtccgacattagcttggat -# ggtctgacagtagattcgatgtcccaatcggttctctcccaagagatggcgataaagcaggagcagaagctacttattgcccaatcgaagagcgtgga -# tcaaggccataagcgcattcgaatgcacgtggaagtggcgaatgtaaatgcaagtcttggcgtggacgtggatgaaatggatgatatttcctccgacg -# acgtcggctgcgacgatgaggggataacgctgaaccagcatcatcagcagctcttggaacagcagcagcaatacggcctaactagccaccatccgcat -# caccaagctcattctcaggcgcttcacggtctacaccacagatcagctcagctggaaatgggattggaggcggatcatggcgaggttctgtcggtcat -# cgtccactcgcaggacagcgacaaagaggtggacggcgaaggagatgccgatggagagggagacggggatccagaggacgacgatgatcgggactctc -# gcagtcgagggcagatgcttagccacagctcgtatcagacgctgacctcggtaaatgatcgactatcaccgcctgggttcagtcagacatcttacgcc -# accctgacccctatccaaccactcccgcctatatcgacaatgtccgaaaagttcgcgtactccggccacatctctggaggagacagcggcgacgcgga -# tgtcaatggtggagaaggagttggaggagtggtcgacggtggagaggttaccaaccattccaccgatgctgctgggacgggtttaatcattagtggta -# atccggcgtcctcctcattccctgcccttaccatgcccatgggaagtgggcacttaagtctgggcgtgttgagcggtgtacaatctccatattcctca -# tatgagaagctatcgtcaatgatttcacccccacccaatagctacttggtctcgtgcgatctgcatgcctcggcttcggcacgcgtctctaactcatc -# tcaactgcagctaaaccacaacgggcaaaaaaaagaatcagcaatagctcacgaacacccccatggtcatgccgatgtcaatggggggaagtttccct -# acaccggccacatatctggaggagatagtgcagataccgatgtcaatggcgagaagttttcatactctgatcacatctctggaggagacagcggagac -# gcagatgtcaatgcagaaaaattcgtttactctgatcacatctctggagcagaaagcgttcccggtgtcaacggaggaacgaattggctccaaatgca -# ccctgagcaggaggtgcggcttcatatgccggctgacctggaggctcggttccacattccgctagaacgaagatctcggcttaacatgccgcctgagc -# ggggacacatgaatcgccacctccctacggccactcctatttgccctgcggactggaagtcagatgattggaagcacggcaacggaagcgttgttagt -# ctgtctgccgatctgccagttgtagtgtctctcactccaacccctccccccgtaacagacgattcaggggccggactcaaactgaatgagcgactgtc -# cccagggcaaagaacaccttttttcctggacaaagatcaagaaagcaacaccgtgacgacagaacagtgtagcccgaacatccacggtaccccgcact -# cagtgtgtgccatccgcaaccagccccaatcagctctcctaaacggctttcaaggttccagccagcaggccaagatttctgtccctgcctcgccaaaa -# tcgtccgtaacctgtgcgggcggaggatcgagccgcaatggacacaccagcgacatggaggagatcaacacgaaagatctggctcagcgcatctcggc -# agaactgaaacggtacagcattccacaggcgatctttgcacagcgtgttctctgtcgctcgcaaggtactttgtccgatctactgcgcaacccgaagc -# cgtggtcgaagctcaagtccggcagggagacatttcgaaggatgtacaaatggctccaggagcccgagtttcagcgtatgtctgctctacggatggcc -# gctgcacaaattcctcagcgaactttggggcctgggctggcacttggaccaacaacgggctccacatccgtcataccgaccgatttggattctcatgc -# cgggccagcaatgacaccaaatgctccgcccaatgaatcggcctcttcgtctgcatctacacctgtcacaaacgtgtccgttgcgaacgtcgttagtt -# gtcgtcgaaaggaagagcctcagatcgagcaaatgcctcagccaaaaaaaccacgactggtctttaccgatcttcaacgacgaacactacaagctatt -# ttcaaagagaccaaaagaccttcgaaggagatgcaagtgacgatcgcgcggcagctgggactagagcctacaacagtaggcaatttctttatgaacgc -# acgtcggagatcgatggataagtggcgggacgacgactccaaaaccagcatgcatttatcgcatagccgccaacaacaacgggacgagcaggaagagg -# acgagagccacagtcaaagtcagattcaaattcagagccataatccggctagcttaacacaggaaaactactccagtctacatacaacggccatgtcg -# cctcttggagactttgacgaagaagctgatatggacttggagcttgaaagtcatgacttcgatttggtggacccagatgaccatggagataccaatga -# tccaaactgcgacatgttgtga] -# protein sequence = [MESISEIIDHQTFSQDLVEDATDFISVGHNSERQSHPHHEHQEGEPDSGEDLAISLQTMTSCPRTDGSSGGKKHRPGS -# GSGSGLVSGSGSDSVVMVIDSMGHSNRQTTFQIVSQQMHPRMPLPFGLLQQNSQNTQQCPQRIVSSSPVDFVASDISLDGLTVDSMSQSVLSQEMAIK -# QEQKLLIAQSKSVDQGHKRIRMHVEVANVNASLGVDVDEMDDISSDDVGCDDEGITLNQHHQQLLEQQQQYGLTSHHPHHQAHSQALHGLHHRSAQLE -# MGLEADHGEVLSVIVHSQDSDKEVDGEGDADGEGDGDPEDDDDRDSRSRGQMLSHSSYQTLTSVNDRLSPPGFSQTSYATLTPIQPLPPISTMSEKFA -# YSGHISGGDSGDADVNGGEGVGGVVDGGEVTNHSTDAAGTGLIISGNPASSSFPALTMPMGSGHLSLGVLSGVQSPYSSYEKLSSMISPPPNSYLVSC -# DLHASASARVSNSSQLQLNHNGQKKESAIAHEHPHGHADVNGGKFPYTGHISGGDSADTDVNGEKFSYSDHISGGDSGDADVNAEKFVYSDHISGAES -# VPGVNGGTNWLQMHPEQEVRLHMPADLEARFHIPLERRSRLNMPPERGHMNRHLPTATPICPADWKSDDWKHGNGSVVSLSADLPVVVSLTPTPPPVT -# DDSGAGLKLNERLSPGQRTPFFLDKDQESNTVTTEQCSPNIHGTPHSVCAIRNQPQSALLNGFQGSSQQAKISVPASPKSSVTCAGGGSSRNGHTSDM -# EEINTKDLAQRISAELKRYSIPQAIFAQRVLCRSQGTLSDLLRNPKPWSKLKSGRETFRRMYKWLQEPEFQRMSALRMAAAQIPQRTLGPGLALGPTT -# GSTSVIPTDLDSHAGPAMTPNAPPNESASSSASTPVTNVSVANVVSCRRKEEPQIEQMPQPKKPRLVFTDLQRRTLQAIFKETKRPSKEMQVTIARQL -# GLEPTTVGNFFMNARRRSMDKWRDDDSKTSMHLSHSRQQQRDEQEEDESHSQSQIQIQSHNPASLTQENYSSLHTTAMSPLGDFDEEADMDLELESHD -# FDLVDPDDHGDTNDPNCDML] -# end gene contig34.g57 -### -# -# ----- prediction on sequence number 35 (length = 48011, name = contig35) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 35 on both strands -# start gene contig35.g58 -contig35 AUGUSTUS gene 5595 8883 0.09 + . ID=contig35.g58 -contig35 AUGUSTUS transcript 5595 8883 0.09 + . ID=contig35.g58.t1;Parent=contig35.g58 -contig35 AUGUSTUS start_codon 5595 5597 . + 0 Parent=contig35.g58.t1 -contig35 AUGUSTUS CDS 5595 5643 0.26 + 0 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 -contig35 AUGUSTUS CDS 6642 6811 0.31 + 2 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 -contig35 AUGUSTUS CDS 6865 6983 0.72 + 0 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 -contig35 AUGUSTUS CDS 7293 7358 0.7 + 1 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 -contig35 AUGUSTUS CDS 8135 8609 0.57 + 1 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 -contig35 AUGUSTUS CDS 8675 8773 0.97 + 0 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 -contig35 AUGUSTUS CDS 8854 8883 0.72 + 0 ID=contig35.g58.t1.cds;Parent=contig35.g58.t1 -# coding sequence = [atggagggctgtacccgagtttctgaactgttatgtaaacgttactcagacctttgtcaattagatgaaagtttttccc -# gactggccggatatgggtccagtcctgacgtgggatcccgttccctctgggctggtcagggtgttttacggtcaggttctgtaatcagttgctttttg -# ttctgccaacaaagcctcaagcagtacatagcaaaacgcaagattgagcgaggaagacgtttatatgagcaaaacaaccaaacagaggccgtgcgtac -# ttggcgtagtgcccttaaaggaacctgtcagccagaggactgcttccagctactaggatacttgtaccaggcccacatggactggggcaaatttcgtg -# aagctattgaatttggccaccagcagcttggaatttcagaagaactggattcgccaaatatgcgtgctgagacgtacctaaacctcagcagagctcac -# gcttgtttgggaggcctggagcgatcactgagctatgctaggcactcactttacaatgagtgcggcactaaatgccgaagtggacttgtccatttgac -# ggttgcacgagtgtatcttgaaatgggtggattcaccagggcattggagggcttgcagggagcctacaagatagctacagccgttggagatccgtctc -# tagagttacaagtgtatgtcgcactgtctgagctttttggacggctccaggataacgataaaagcgcatcttatgcttctaaggcgtacgatttatct -# cgttccttacagctgggtgaccttaactcatgccaccatagagccgcgttattgcgaatggctgcatctctgcgaaagaagggcgagctcggagatgc -# acaggattattgcaaggaagccacaaagctgtcccttatatctggagatcaggccacatacacgcgaagtattcgcgttatgggtgacatttaccgga -# agaaaatggatatggactctagaaacggtaaaaaacttgaagaatag] -# protein sequence = [MEGCTRVSELLCKRYSDLCQLDESFSRLAGYGSSPDVGSRSLWAGQGVLRSGSVISCFLFCQQSLKQYIAKRKIERGR -# RLYEQNNQTEAVRTWRSALKGTCQPEDCFQLLGYLYQAHMDWGKFREAIEFGHQQLGISEELDSPNMRAETYLNLSRAHACLGGLERSLSYARHSLYN -# ECGTKCRSGLVHLTVARVYLEMGGFTRALEGLQGAYKIATAVGDPSLELQVYVALSELFGRLQDNDKSASYASKAYDLSRSLQLGDLNSCHHRAALLR -# MAASLRKKGELGDAQDYCKEATKLSLISGDQATYTRSIRVMGDIYRKKMDMDSRNGKKLEE] -# end gene contig35.g58 -### -# start gene contig35.g59 -contig35 AUGUSTUS gene 14188 20650 0.27 - . ID=contig35.g59 -contig35 AUGUSTUS transcript 14188 20650 0.27 - . ID=contig35.g59.t1;Parent=contig35.g59 -contig35 AUGUSTUS CDS 14188 14595 0.87 - 0 ID=contig35.g59.t1.cds;Parent=contig35.g59.t1 -contig35 AUGUSTUS CDS 16284 16462 0.91 - 2 ID=contig35.g59.t1.cds;Parent=contig35.g59.t1 -contig35 AUGUSTUS CDS 17316 18238 0.29 - 1 ID=contig35.g59.t1.cds;Parent=contig35.g59.t1 -contig35 AUGUSTUS CDS 18924 20650 0.38 - 0 ID=contig35.g59.t1.cds;Parent=contig35.g59.t1 -contig35 AUGUSTUS start_codon 20648 20650 . - 0 Parent=contig35.g59.t1 -# coding sequence = [atggagtccataagtgaaataattgaccaccagacttttagccaggatctggttgaagatgcaacagatttcatctctg -# tggggcacaactcggagcgtcagtctcatccgcaccacgaacatcaggagggagaacctgattccggcgaggacctggcgatttccctgcaaacgatg -# acttcctgcccaagaacggacggatctagtggagggaagaagcaccggcctggatctggatctggatccgggttggtttcgggatcgggatctgattc -# tgttgtgatggttatcgactcaatgggccacagcaatagacagacaacatttcaaattgtgtcccagcagatgcatccgagaatgccattgcccttcg -# ggttgctccagcaaaatagtcaaaacacgcagcaatgcccgcagcgcatagtgagtagcagcccagtggactttgtagcgtccgacattagcttggat -# ggtctgacagtagattcgatgtcccaatcggttctctcccaagagatggcgataaagcaggagcagaagctacttattgcccaatcgaagagcgtgga -# tcaaggccataagcgcattcgaatgcacgtggaagtggcgaatgtaaatgcaagtcttggcgtggacgtggatgaaatggatgatatttcctccgacg -# acgtcggctgcgacgatgaggggataacgctgaaccagcatcatcagcagctcttggaacagcagcagcaatacggcctaactagccaccatccgcat -# caccaagctcattctcaggcgcttcacggtctacaccacagatcagctcagctggaaatgggattggaggcggatcatggcgaggttctgtcggtcat -# cgtccactcgcaggacagcgacaaagaggtggacggcgaaggagatgccgatggagagggagacggggatccagaggacgacgatgatcgggactctc -# gcagtcgagggcagatgcttagccacagctcgtatcagacgctgacctcggtaaatgatcgactatcaccgcctgggttcagtcagacatcttacgcc -# accctgacccctatccaaccactcccgcctatatcgacaatgtccgaaaagttcgcgtactccggccacatctctggaggagacagcggcgacgcgga -# tgtcaatggtggagaaggagttggaggagtggtcgacggtggagaggttaccaaccattccaccgatgctgctgggacgggtttaatcattagtggta -# atccggcgtcctcctcattccctgcccttaccatgcccatgggaagtgggcacttaagtctgggcgtgttgagcggtgtacaatctccatattcctca -# tatgagaagctatcgtcaatgatttcacccccacccaatagctacttggtctcgtgcgatctgcatgcctcggcttcggcacgcgtctctaactcatc -# tcaactgcagctaaaccacaacgggcaaaaaaaagaatcagcaatagctcacgaacacccccatggtcatgccgatgtcaatggggggaagtttccct -# acaccggccacatatctggaggagatagtgcagataccgatgtcaatggcgagaagttttcatactctgatcacatctctggaggagacagcggagac -# gcagatgtcaatgcagaaaaattcgtttactctgatcacatctctggagcagaaagcgttcccggtgtcaacggaggaacgaattggctccaaatgca -# ccctgagcaggaggtgcggcttcatatgccggctgacctggaggctcggttccacattccgctagaacgaagatctcggcttaacatgccgcctgagc -# ggggacacatgaatcgccacctccctacggccactcctatttgccctgcggactggaagtcagatgattggaagcacggcaacggaagcgttgttagt -# ctgtctgccgatctgccagttgtagtgtctctcactccaacccctccccccgtaacagacgattcaggggccggactcaaactgaatgagcgactgtc -# cccagggcaaagaacaccttttttcctggacaaagatcaagaaagcaacaccgtgacgacagaacagtgtagcccgaacatccacggtaccccgcact -# cagtgtgtgccatccgcaaccagccccaatcagctctcctaaacggctttcaaggttccagccagcaggccaagatttctgtccctgcctcgccaaaa -# 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cctcttggagactttgacgaagaagctgatatggacttggagcttgaaagtcatgacttcgatttggtggacccagatgaccatggagataccaatga -# tccaaactgcgacatgttgtga] -# protein sequence = [MESISEIIDHQTFSQDLVEDATDFISVGHNSERQSHPHHEHQEGEPDSGEDLAISLQTMTSCPRTDGSSGGKKHRPGS -# GSGSGLVSGSGSDSVVMVIDSMGHSNRQTTFQIVSQQMHPRMPLPFGLLQQNSQNTQQCPQRIVSSSPVDFVASDISLDGLTVDSMSQSVLSQEMAIK -# QEQKLLIAQSKSVDQGHKRIRMHVEVANVNASLGVDVDEMDDISSDDVGCDDEGITLNQHHQQLLEQQQQYGLTSHHPHHQAHSQALHGLHHRSAQLE -# MGLEADHGEVLSVIVHSQDSDKEVDGEGDADGEGDGDPEDDDDRDSRSRGQMLSHSSYQTLTSVNDRLSPPGFSQTSYATLTPIQPLPPISTMSEKFA -# YSGHISGGDSGDADVNGGEGVGGVVDGGEVTNHSTDAAGTGLIISGNPASSSFPALTMPMGSGHLSLGVLSGVQSPYSSYEKLSSMISPPPNSYLVSC -# DLHASASARVSNSSQLQLNHNGQKKESAIAHEHPHGHADVNGGKFPYTGHISGGDSADTDVNGEKFSYSDHISGGDSGDADVNAEKFVYSDHISGAES -# VPGVNGGTNWLQMHPEQEVRLHMPADLEARFHIPLERRSRLNMPPERGHMNRHLPTATPICPADWKSDDWKHGNGSVVSLSADLPVVVSLTPTPPPVT -# DDSGAGLKLNERLSPGQRTPFFLDKDQESNTVTTEQCSPNIHGTPHSVCAIRNQPQSALLNGFQGSSQQAKISVPASPKSSVTCAGGGSSRNGHTSDM -# 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ID=contig36.g61.t1;Parent=contig36.g61 -contig36 AUGUSTUS start_codon 6039 6041 . + 0 Parent=contig36.g61.t1 -contig36 AUGUSTUS CDS 6039 6053 0.37 + 0 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 -contig36 AUGUSTUS CDS 6572 6752 0.93 + 0 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 -contig36 AUGUSTUS CDS 9124 9609 0.76 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 -contig36 AUGUSTUS CDS 11616 12503 0.27 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 -contig36 AUGUSTUS CDS 12564 12740 0.92 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 -contig36 AUGUSTUS CDS 19141 19269 0.99 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 -contig36 AUGUSTUS CDS 19333 19428 0.8 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 -contig36 AUGUSTUS CDS 19774 20144 0.54 + 2 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 -contig36 AUGUSTUS CDS 20992 21138 0.65 + 0 ID=contig36.g61.t1.cds;Parent=contig36.g61.t1 -contig36 AUGUSTUS CDS 21203 21532 0.57 + 0 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gttaccgagaattttgcccactttaacgagacacccacgggaaaagaaattactattattgagaagcaaaatggaacatgtgtcgaaaacgcggaacc -# gtacgaggccccaacatatttatgtaaaggtgatggaaaatggaccattcttactggtggctgtcgttgcaaggccggctatgaaccaaacaatttaa -# ataaaacttgcacagaatgtccccttggtacgtttaaatcaccagaggtaaccaaatgtacgccatgtccgcctaactcaaattcttcaaaaactgca -# tcaccattttgcaagtgtatgccgggatactatagacatccaagtgacggccgacatatgccttgttacagtccaccatctgcgcctacaaatctaac -# gttgttgtttgttgatcaaacgagtgccataatatcttggagcgctccaaccaagaataaaacgaacacgggcaaaacgctgtctaataagtaccaca -# gtgatattgtgtacaagatccggtgcaatatgtgcagcccaaatgttatgtacaatccgtcaagtgacacatttaacgaaacgaaaataacattaaca -# aatcttgaaccggttacgacatatacagtgcaagtacacgcaaccaatagcgtgtcgcatcttaccgacttaagccggcaccccaacgaatcgtcact -# aataacaaccaatgacacaccattttctaatgtgtcgtttttcaccattcccttggatttgaatgaaataaagaccagtcacgcagaaattgtgttta -# ctacagagtctgttttgctatctacagcttttaacttacgtatattggccataactagtaaagatgccgatttggagtgggacaagccaattcaaagt -# 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ID=contig37.g62 -contig37 AUGUSTUS transcript 8638 12756 0.32 + . ID=contig37.g62.t1;Parent=contig37.g62 -contig37 AUGUSTUS start_codon 8638 8640 . + 0 Parent=contig37.g62.t1 -contig37 AUGUSTUS CDS 8638 8643 0.95 + 0 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 -contig37 AUGUSTUS CDS 8701 8987 0.52 + 0 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 -contig37 AUGUSTUS CDS 11885 12254 0.97 + 1 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 -contig37 AUGUSTUS CDS 12316 12519 0.99 + 0 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 -contig37 AUGUSTUS CDS 12580 12756 0.79 + 0 ID=contig37.g62.t1.cds;Parent=contig37.g62.t1 -# coding sequence = [atgaagttggttaaaattgaacagctccccgaacgcggatcatggtcatccaaaatggatttcatactatctgtagtag -# gtctagcaattggcttgggaaatgtttggcgatttccttatttgtgctataaaaatggaggaggcgcatttatattaccgtacatcataacgttgttc -# ctagctggaattccaatgttttttatggagttagctcttggtcaaatgttgacaattggtggtcttggtgtatttaaaattgcacccatatttaaagg -# taaggcctttttcatattggacgcgcttattgtctgcacagttaattctagcaccagtatgtttgctggattcgtaatattttctgtaataggattta -# tggctcacgaacagcagagaccagtagctgaggtagcagcatcaggacctggactggcgtttcttgtttatccttcggcggttctgcagctgccaggt -# tctccaatgtggtcttgtctctttttctttatgctgttgctcatcggattggattcgcaattttgtacaatggaggggttcatcactgcgattattga -# tgaatggccacagctgctgcggaaacgcaaagaaatttttattgctattgtatgcgcacttagctatttagttggcttaacctgtattacacaaggcg -# gcatgtatatatttcaaattttggattcgtatgcagttagcggcttctgcttactgtggctcatattctttgagtgcgtctcaatatcttggtgctac -# ggagttgatcgattttatgatggaataaaggatatgatcggatactatcccacagtttggtggaaattctgttggtgtgttaccacccctgctatatg -# cttgggcgtcttcttctttaacatagttcagtggaccccaattaaatatttggagtatagttacccatggtgggcgcacgcttttggttggtttacgg -# ctttgtcatccatgctatatataccaatatatatgttctggctgtggaaacgaactcctggtgacttgagtgaggtaccctaa] -# protein sequence = [MKLVKIEQLPERGSWSSKMDFILSVVGLAIGLGNVWRFPYLCYKNGGGAFILPYIITLFLAGIPMFFMELALGQMLTI -# GGLGVFKIAPIFKGKAFFILDALIVCTVNSSTSMFAGFVIFSVIGFMAHEQQRPVAEVAASGPGLAFLVYPSAVLQLPGSPMWSCLFFFMLLLIGLDS -# QFCTMEGFITAIIDEWPQLLRKRKEIFIAIVCALSYLVGLTCITQGGMYIFQILDSYAVSGFCLLWLIFFECVSISWCYGVDRFYDGIKDMIGYYPTV -# WWKFCWCVTTPAICLGVFFFNIVQWTPIKYLEYSYPWWAHAFGWFTALSSMLYIPIYMFWLWKRTPGDLSEVP] -# end gene contig37.g62 -### -# start gene contig37.g63 -contig37 AUGUSTUS gene 18828 41476 0.01 - . 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RFYGFCVDILETISHEVGFDYILDLVPDRKYGAKDPESAAFLTTERMINPIENAEDLASQTEISYGTLDSGSTMTFFRDSMIETYKKMWRSMDNKKTT -# AFTSTYEDGIKRVNQGNYAYLMESTMLDYIVQRDCNLTQIGGLLDTKGYGIATPKGSPWRDKISLAILELQEKGDIQMLYDKWWKNTDETCIRRSTIK -# QSKANALGLESIERIMIPVRSLQRSEGDVFEPLE] -# end gene contig37.g63 -### -# start gene contig37.g64 -contig37 AUGUSTUS gene 48349 49385 0.52 + . 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ID=contig39.g68 -contig39 AUGUSTUS transcript 18343 30272 0.16 + . 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sequence number 41 on both strands -# start gene contig41.g71 -contig41 AUGUSTUS gene 4006 27824 0.06 + . ID=contig41.g71 -contig41 AUGUSTUS transcript 4006 27824 0.06 + . ID=contig41.g71.t1;Parent=contig41.g71 -contig41 AUGUSTUS start_codon 4006 4008 . + 0 Parent=contig41.g71.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 4006 4013 0.39 + 0 ID=contig41.g71.t1.cds;Parent=contig41.g71.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 6193 6506 0.34 + 1 ID=contig41.g71.t1.cds;Parent=contig41.g71.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 8605 8784 0.99 + 2 ID=contig41.g71.t1.cds;Parent=contig41.g71.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 12469 12634 1 + 2 ID=contig41.g71.t1.cds;Parent=contig41.g71.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 15417 15597 1 + 1 ID=contig41.g71.t1.cds;Parent=contig41.g71.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 17904 18570 0.83 + 0 ID=contig41.g71.t1.cds;Parent=contig41.g71.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 25190 25363 0.96 + 2 ID=contig41.g71.t1.cds;Parent=contig41.g71.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 25897 26172 0.98 + 2 ID=contig41.g71.t1.cds;Parent=contig41.g71.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 26300 26660 0.98 + 2 ID=contig41.g71.t1.cds;Parent=contig41.g71.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 27230 27824 0.48 + 1 ID=contig41.g71.t1.cds;Parent=contig41.g71.t1 -# coding sequence = [atggtatcgacgcgaattgcaccgtcgccatctggacgaattcacttttcaaccttgattcgccctgcaaggacctgcg -# cagcgtgcatccggcggaaaacaatacattaccggattaagcttggatgggccaggcaaaagtcgatcacgaatagcagtgcatcgctcaaaaagttg -# agaatacaaggaggttcgaggagacctcgtcgtataatgtttacattgcaaccaactccgacggctataggcaccgtagttcctccctggtccgcggg -# aacattgatagagcgtcttccgtccttggaagacatggctcacaaggacaatgtgattgctctgagaaatttaccatgtttgggtgccgctggtggaa -# gcggactaggcggtattgccggaaagccttcccctacaatggaagctgtggaagccagcacagcgtcacagccccattcgacatcgtcctacttcgca -# acaacttactaccatttaactgatgatgaatgtcacagtggagtaaatcagttgggtggagttttcgttggcggaagacctttgccagactcgacacg -# acagaaaattgtcgaactggcccattctggagcaaggccctgtgatatttctcggattcttcaagtgtccaatggatgtgtgagcaaaattctcggaa -# gatactatgaaacgggcagtataagaccacgggctatcggtggttccaagccacgtgtggccacagccgaagtggttagcaaaatatcacaatataaa -# cgcgagtgcccgagtatatttgcttgggaaattcgggatagattacttcaggagaacgtttgcaccaacgataatattccaagtgtatcctccataaa -# ccgtgttttgcgaaacctggcggcccagaaggagcaacaaagctcgggaactagtagctctggagccggccccgcaaactcgagcagcggaaaactgg -# ccgccaacagcagtggaaacatcaccaacggctcgaacggcacgagagtcacattgacctcctccactgatctcatgcagacggccacgccgttaaac -# tcttcggaaagcggcggcgcgagcaattccgccgaggggagcgagcaggagtcgatttacgagaagcttaggctcctaaacacacagcacgccgccgg -# atcgggatcgggatcgctggacccagccatagcagtcccgttagtgggtcagtcgcccagccatttcggaccccattctagccacccactcaaccagc -# tggtgcacggtaaccagcaggctcttcagcagcagcagagctggccgccgcgccactactcctctgtaccttggtacccttcctccctgagtggcagt -# gaaattcccatatcatcggcttccaatgtcgcgccgatggcgtacacgtcggggccttcagtcgcccagcctctaagtccgtcgaacgacatcgcaag -# cctgggaagtgccggccacctgagaaactgccccgtgatcacggaggacattcatctaaagaaggaactcgatggtcatcagtccgatgaaacagcct -# ccggtgagggtgaaaactccaatggtggcgcttcaaatttaggaaacaatgaggatgatcaagctcggttaatattgaaaagaaagttgcaacgcaat -# cgaacatcttttacaaatgaccagatagacagtctagaaaaagagtttgaacgaacacactacccagatgtttttgcacgtgaacgattggctggaaa -# gattggtttgccagaggctaggattcaggtttggttctcgaaccgccgtgcaaaatggcgtcgagaggagaagctccgaaaccagagaagaacaccaa -# attccacaggagctagtggaacctcttcctcaacatcagccactgcctccttaacagatagtcccaacagcctaagtgcttgttcctctttgctgtcg -# ggatcagctgcgggtccttcagtcaataccattaatggtttatcctcgccgaattcattgcccaccgttgccagtgtcccagcggttggtactggcat -# tgagagtaccggcagtccaacaccgaccttgcatattcgatctgcctgctcctctgacacagccgctggacgtcacggtgaagactgtagaagagttt -# gttcaccgggcccccatggggttggaggccagcaaagtagccatcatcaccagagcaacgggcacgcccatgcccatgcacatgcgcttgttcctgct -# atttcgcccagactcaattttaacagtggcagttttggcgcgatgtattcaaacatgcatcacacggccttatctatgagcgacacttacggaacggt -# aacacccataccgagcttcaaccacgtcggatcgttggccccaccatcaccaatatcgcaacaaggcgatcttacgccaccatctttgtatccgtgcc -# acatgagtctacgaccgccgccaatcgcaccgccacaccaccacatagtggcgggtgagatgggaaaccctgcgggaggcgttggcaacgtccaaccg -# gccaatctgggagcaaactgcagtggatcgggatacgaagttctgtccgcctacgcgttgccccctcccccgttaccatcgagcagtgcatctgcatc -# aaacttctcaacatcatccagtactagcgctaatgtgacctcccatcacaacatgccccaagaaccatgcccctcaccatgcaactcaaactcaaacc -# acctgggtgttggacacagctcagtattcgcgaccgactcgatttcgccggctgtatcttcatatgcacatatgagctacaactacgcttcggctgcc -# aacaacgtgacatcttcctcttccggcgaagctccagcgcatgttgctccaggaaagcaacagttctttgcctcatgcttttattcaccttgggtata -# a] -# protein sequence = [MVSTRIAPSPSGRIHFSTLIRPARTCAACIRRKTIHYRIKLGWARQKSITNSSASLKKLRIQGGSRRPRRIMFTLQPT -# PTAIGTVVPPWSAGTLIERLPSLEDMAHKDNVIALRNLPCLGAAGGSGLGGIAGKPSPTMEAVEASTASQPHSTSSYFATTYYHLTDDECHSGVNQLG -# GVFVGGRPLPDSTRQKIVELAHSGARPCDISRILQVSNGCVSKILGRYYETGSIRPRAIGGSKPRVATAEVVSKISQYKRECPSIFAWEIRDRLLQEN -# VCTNDNIPSVSSINRVLRNLAAQKEQQSSGTSSSGAGPANSSSGKLAANSSGNITNGSNGTRVTLTSSTDLMQTATPLNSSESGGASNSAEGSEQESI -# YEKLRLLNTQHAAGSGSGSLDPAIAVPLVGQSPSHFGPHSSHPLNQLVHGNQQALQQQQSWPPRHYSSVPWYPSSLSGSEIPISSASNVAPMAYTSGP -# SVAQPLSPSNDIASLGSAGHLRNCPVITEDIHLKKELDGHQSDETASGEGENSNGGASNLGNNEDDQARLILKRKLQRNRTSFTNDQIDSLEKEFERT -# HYPDVFARERLAGKIGLPEARIQVWFSNRRAKWRREEKLRNQRRTPNSTGASGTSSSTSATASLTDSPNSLSACSSLLSGSAAGPSVNTINGLSSPNS -# LPTVASVPAVGTGIESTGSPTPTLHIRSACSSDTAAGRHGEDCRRVCSPGPHGVGGQQSSHHHQSNGHAHAHAHALVPAISPRLNFNSGSFGAMYSNM -# HHTALSMSDTYGTVTPIPSFNHVGSLAPPSPISQQGDLTPPSLYPCHMSLRPPPIAPPHHHIVAGEMGNPAGGVGNVQPANLGANCSGSGYEVLSAYA -# LPPPPLPSSSASASNFSTSSSTSANVTSHHNMPQEPCPSPCNSNSNHLGVGHSSVFATDSISPAVSSYAHMSYNYASAANNVTSSSSGEAPAHVAPGK -# QQFFASCFYSPWV] -# end gene contig41.g71 -### -# start gene contig41.g72 -contig41 AUGUSTUS gene 35171 58958 0.01 + . ID=contig41.g72 -contig41 AUGUSTUS transcript 35171 58958 0.01 + . ID=contig41.g72.t1;Parent=contig41.g72 -contig41 AUGUSTUS start_codon 35171 35173 . + 0 Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 35171 35483 0.31 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 39079 39241 0.23 + 2 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 40493 40693 0.94 + 1 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 40765 41036 0.55 + 1 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 43582 43805 1 + 2 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 43867 44269 0.95 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 44418 45247 0.49 + 2 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 47876 47998 0.99 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 50623 50937 0.99 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 52323 52448 0.65 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 52835 53011 0.57 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 53321 53548 0.56 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 54373 54546 0.95 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -contig41 AUGUSTUS CDS 58917 58958 0.36 + 0 ID=contig41.g72.t1.cds;Parent=contig41.g72.t1 -# coding sequence = [atgggggtggctgaagatttcgctcccagctttgttaaaaagccgcaactgcatcaagaggatgatggcaatcgtttga -# tttttgagtgccagttattgtcgtctccaaaaccggacattgaatggtttcgaagtgacaataaactagtagaagatggccgaaccaaattcaaaatt -# caacccgttgaagataataaatatacggtagtattagagcttgacgatgtggttgaaacggatgctggactgtacaaagtcaaagccaagaacaagtc -# gggggaagtctctgcgtctattaatttaaatttcacacacaaatcgacggtttcgcgccgacattcgcgaaaaaacccgctatacgacaggaagaaga -# tggaaaacgactattatttgagtgccgcgttaacgctgatccaatacccaccattatttggttccacaacggagcagctgttaaggaatcaatacgcc -# ataaggtcccatggcgagactatactaaacgaatccaaacgctacaaaatgtcactgacaatggatcaaaaactatatcacatggcgtgtctcgagat -# aagcagtgtggtctcctctgaccaaggtgaatatcgcgcgcaagcgaaaaacaagcacggttctggagtcgcaactattaatcttaatttcgaaagtg -# gatcgaaaaaaattccagatggaaagtcgccacgctttccaaaaaaaccaacgatccgccaagaagaggacctactcatcatggaatgcgtattggaa -# gcgcatccggtcccagacattgtctggtattgctcagataaggaaatatccgataatcaaagaacgaaaatgacccgcaaggcaataactaaagacaa -# ctacgttttgaccctggaaatccaaaaccccacaaaagaagatggcggcaactatcgctgtaacgcaattaatatgtatggcgaaagtgcgagcgacg -# ccaatggttttgcaccatcatttatcgagaaaccaaggataatcccaaatgagtctggcacactaataacaatgaagtgcaagtgcaaggccaaacct -# gagccaaccgtaacttggtacaggggtcaagacatggtggagaagagtaagaagataaaaataaatacaacagttattgcggaagacacttacgaact -# gacattggaaataaaggatcccggggcaactgatggtggaacctacaggtgcaatgtcaaaaacgaatatggtgaatcaaacgccaatcttaacctta -# acattgaagcggagcctgagccggagggtgaggggccaacgttcattgaaaagccgcgcattgtatccgaaaacaacggtaaattggttataatggag -# tgcaaggtcaaggcagatccaaaaccagatgtaatttggttccgcaacggagaagtcataaaggaaagcaacaaaatcaaaacgtttattgagcagcg -# tggtgaccaatactacattaagctggagctattagatccccaactagaggactctggcctttacaagtgcaacattaagaacaccctcggcgagctga -# atgcgaatcttacattgaatatagaaattgttcccgtcattaaagataaacctaaaattattaagattatcaaaaaacgaactgttattatcgagtgc -# acagttgcatcaaagttcgaacctaagtgtacttggtataaggaaacaaacactgtaaaagaaagcaagagacacgtttacctggtggagcaaactaa -# ggacggagagtttgctgtcaaactagagataaacgatgttgaagagagtgataagggcgcttacaaattggtggctagtaacgaaaaaggacaagctg -# tatctcaagttgtcaatctcgttgatattcccgaggaggaacgcaagcccagcaagccggaaatctcccgaaagctcgttgatcaaaaggtttccgag -# tcaaagactttcgagcttttaatcagtctggcccagtcagatcgcaagtgcaaaatcgagtggtacaagggcagcaccttaatacgcgaaaccaaaga -# cattaccaccacgttcgatggaacaactgcacgactcacatttagctcggcaagaacggaacacacttcaaactataaagtcattgtgaccaacgaag -# taggcaaggccgaatcgtcgtgcaagattacagtggagaaaggcacaaagaagaaagaggaacaacccaaagaaaaggataagtcgaaggcagaaaag -# gaaaaagaggaaaaggtaaataaaaatataaatacatctaaatgtgtgcaggacacgcatcaggtcttagaatctgtaacggcacaggagattcaaag -# caaggaacgccaggtcgtagctaagatggaagagcattatataaatcagaaatctagcactcaactaaacactgcaagtattgtgtctgtcgaagaag -# agatctcggcagaagtacgacgccaatcagtagtcaaaatgcaggacgagatcacagtcgatgataaaagggtatcgtcgagaaggacatccctggct -# gtaatagaggagcaaaaacctgccgaagaactgccaaagctgcgtaaaacatctatcgctcaagtaaaagaagatgcaaagcctgaagttgcaaaacc -# aaaagcgaaagctaaagcaaaaccaaaaccaaaatacgaagagctcccagaaattccagactacgaacgtccacagctagaaaagtatgaaagatctg -# attttacgcccaccgactttggtcgtgaacttgaaataccaaacaaaatggaaaaacccatattagatagtggaaagaaggaatctgaggcaccagtc -# cagaaaaatggaattcctaaaaagtcggaaataattgaaaagcctgcagaggaacccaagggcttgaaaatcggcaaaggtaaactacccgatgaaga -# tgacagtcgagacggcgctattcttaagccagtcattattgagccagagcaggccgataaaccatctgtactagatattataaagcagcgacgtcgat -# cctctatcagaaatctgatgactaaggaaccaattcaaaatgaatcattccttggggtagttttaaagcccgtgataaaggatgctaaagagcaggtt -# gcgcctcagcaagctatacagttaacgaaggcaaatgcgacagagcagttatctcatacaaaggcaatcaaggcgaaagtttcggacctaaaaaagcc -# agaagctctagcgacccttgaggatgattatgagcggcccgtgttagaaaaatgtgaccctgtcaacttcgataacaacaaatcagagaaacctacac -# cagcaattatcacaccggacactaaacacccacaagtaaaattgccggtagaagaacctaaggaagagaagccaaaggtttccaggatgcaaccgcct -# tccccaggtgagccaccgaagatagaagtaatacgggagaagcgaccatctctagcaccggagccgccaagtcgccgtggatctcttatcccgccagc -# cgatactggacgtcggccgtctctgatcatcaatgatgagacccttagcatcatcgaaatcactgcgttggtcaaaatttag] -# protein sequence = [MGVAEDFAPSFVKKPQLHQEDDGNRLIFECQLLSSPKPDIEWFRSDNKLVEDGRTKFKIQPVEDNKYTVVLELDDVVE -# TDAGLYKVKAKNKSGEVSASINLNFTHKSTVSRRHSRKNPLYDRKKMENDYYLSAALTLIQYPPLFGSTTEQLLRNQYAIRSHGETILNESKRYKMSL -# TMDQKLYHMACLEISSVVSSDQGEYRAQAKNKHGSGVATINLNFESGSKKIPDGKSPRFPKKPTIRQEEDLLIMECVLEAHPVPDIVWYCSDKEISDN -# QRTKMTRKAITKDNYVLTLEIQNPTKEDGGNYRCNAINMYGESASDANGFAPSFIEKPRIIPNESGTLITMKCKCKAKPEPTVTWYRGQDMVEKSKKI -# KINTTVIAEDTYELTLEIKDPGATDGGTYRCNVKNEYGESNANLNLNIEAEPEPEGEGPTFIEKPRIVSENNGKLVIMECKVKADPKPDVIWFRNGEV -# IKESNKIKTFIEQRGDQYYIKLELLDPQLEDSGLYKCNIKNTLGELNANLTLNIEIVPVIKDKPKIIKIIKKRTVIIECTVASKFEPKCTWYKETNTV -# KESKRHVYLVEQTKDGEFAVKLEINDVEESDKGAYKLVASNEKGQAVSQVVNLVDIPEEERKPSKPEISRKLVDQKVSESKTFELLISLAQSDRKCKI -# EWYKGSTLIRETKDITTTFDGTTARLTFSSARTEHTSNYKVIVTNEVGKAESSCKITVEKGTKKKEEQPKEKDKSKAEKEKEEKVNKNINTSKCVQDT -# HQVLESVTAQEIQSKERQVVAKMEEHYINQKSSTQLNTASIVSVEEEISAEVRRQSVVKMQDEITVDDKRVSSRRTSLAVIEEQKPAEELPKLRKTSI -# AQVKEDAKPEVAKPKAKAKAKPKPKYEELPEIPDYERPQLEKYERSDFTPTDFGRELEIPNKMEKPILDSGKKESEAPVQKNGIPKKSEIIEKPAEEP -# KGLKIGKGKLPDEDDSRDGAILKPVIIEPEQADKPSVLDIIKQRRRSSIRNLMTKEPIQNESFLGVVLKPVIKDAKEQVAPQQAIQLTKANATEQLSH -# TKAIKAKVSDLKKPEALATLEDDYERPVLEKCDPVNFDNNKSEKPTPAIITPDTKHPQVKLPVEEPKEEKPKVSRMQPPSPGEPPKIEVIREKRPSLA -# PEPPSRRGSLIPPADTGRRPSLIINDETLSIIEITALVKI] -# end gene contig41.g72 -### -# -# ----- prediction on sequence number 42 (length = 70020, name = contig42) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 42 on both strands -# start gene contig42.g73 -contig42 AUGUSTUS gene 5165 63391 0.01 + . ID=contig42.g73 -contig42 AUGUSTUS transcript 5165 63391 0.01 + . ID=contig42.g73.t1;Parent=contig42.g73 -contig42 AUGUSTUS start_codon 5165 5167 . + 0 Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 5165 5477 0.8 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 9073 9235 0.38 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 10487 10687 0.89 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 10759 11030 0.75 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 13576 13799 1 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 13861 14263 0.95 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 14412 15241 0.54 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 17870 17992 0.99 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 20617 20931 1 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 22317 22442 0.68 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 22829 23005 0.6 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 23315 23542 0.48 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 24367 24540 0.99 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 30507 30654 0.95 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 31052 31425 0.95 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 33445 34090 0.3 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 34314 34667 0.62 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 35289 37001 0.84 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 38584 39303 0.66 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 39596 40359 0.57 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 40445 40580 1 + 0 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 40773 41663 1 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 41730 44402 1 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 45248 45529 1 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 45588 45887 0.77 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 45951 50220 0.4 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 50278 54041 0.5 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 54225 55421 0.91 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 55493 56471 0.51 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 56532 56873 1 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 57569 58611 0.9 + 1 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -contig42 AUGUSTUS CDS 62757 63391 0.99 + 2 ID=contig42.g73.t1.cds;Parent=contig42.g73.t1 -# coding sequence = [atgggggtggctgaagatttcgctcccagctttgttaaaaagccgcaactgcatcaagaggatgatggcaatcgtttga -# tttttgagtgccagttattgtcgtctccaaaaccggacattgaatggtttcgaagtgacaataaactagtagaagatggccgaaccaaattcaaaatt -# caacccgttgaagataataaatatacggtagtattagagcttgacgatgtggttgaaacggatgctggactgtacaaagtcaaagccaagaacaagtc -# gggggaagtctctgcgtctattaatttaaatttcacacacaaatcgacggtttcgcgccgacattcgcgaaaaaacccgctatacgacaggaagaaga -# tggaaaacgactattatttgagtgccgcgttaacgctgatccaatacccaccattatttggttccacaacggagcagctgttaaggaatcaatacgcc -# ataaggtcccatggcgagactatactaaacgaatccaaacgctacaaaatgtcactgacaatggatcaaaaactatatcacatggcgtgtctcgagat -# aagcagtgtggtctcctctgaccaaggtgaatatcgcgcgcaagcgaaaaacaagcacggttctggagtcgcaactattaatcttaatttcgaaagtg -# gatcgaaaaaaattccagatggaaagtcgccacgctttccaaaaaaaccaacgatccgccaagaagaggacctactcatcatggaatgcgtattggaa -# gcgcatccggtcccagacattgtctggtattgctcagataaggaaatatccgataatcaaagaacgaaaatgacccgcaaggcaataactaaagacaa -# ctacgttttgaccctggaaatccaaaaccccacaaaagaagatggcggcaactatcgctgtaacgcaattaatatgtatggcgaaagtgcgagcgacg 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IIDCKPSDSGKYSCKATNCHGSDETECVVIVEALDKSSSKRKVVSGDKAPKIVSHLESRFVRDGDAVTLACRIIGAEHFDVVWLHNNKEIKPSKDFQY -# TNEANIYRLQIAEIFPEDGGTYTCEAFNDVGESFSTCTINVTVPGDEPKHPAFVKFPTSVSLLEGEATTFECELDSELLNLVWVKDGKPIDETLSRYS -# FTKDDNRYAFTVAKCNMDDVGQYQAKAVARKGESICAFSINVHNADA] -# end gene contig42.g73 -### -# -# ----- prediction on sequence number 43 (length = 50016, name = contig43) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 43 on both strands -# start gene contig43.g74 -contig43 AUGUSTUS gene 584 33383 0.01 + . 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ID=contig43.g75 -contig43 AUGUSTUS transcript 39583 44773 0.09 - . 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gtacctaaatatggtcttcttacatcagataaaataaaaaaagatctaagttctttaaaatatataaaacctttcaaggcgaaacgttttaaatcgtt -# tatttcaccgtttcttggcgttgcaaagtgtttaccaacgtgtcgacgtgctaaacacaaagttaagaaatggcttaactcttcgattcacttcggac -# aaatttcacaacattttgaagtttccgaaattaaagcagaacataaatttaataattccagtccgctaaaggttaacattgatgttccgatttctggt -# atcaacagccatattaaaaatcacgtgccaacacaagttaatcccaacatcaatatattaccatcacctgaaactttatttaatacgagctctgggaa -# tgctttcagtaatagtttattaaaattggctaatgataataatcctgaaacaagcgatacaagtagtgataacgattatcaaggtgacagtcctcata -# gtgctagtagttcaagcacttttagcttttctagtttaaaagaaactcaagactccataaatgaaaagcttaaaaataagaggattgaatcactcggc -# acaaaagcaaagttacatcatcgaaataaaagaatatatgcaggcgatgatatgaaaaaaaaaaaacatttacaaaaagaatttaatattccaggcaa -# gcggataaagactgttttaaatggaaatttgtttaatctgagtagtaataacaacagcagtgatagcgagaatgaagcagagaattataatgaaaacg -# aatacgaaaacagtaatagggaggaatatgccattgttcaacgcccactaggtgatggtggagctaccagcaatcatattgtattaacaataaagaaa -# 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SDIGNLKKTIPNSYVKDATKIRNTTHISMGKGKSISKTHRSAFRSRNTRYRQAVQKNVKGRIKTIDLELKHLFHLKPKANNHISDLKLHNKLFFHHEL -# CIENDVGIKEKIINYSSSSSSYDDDSEAENTSTEEEEKVKKSSSFGAHNLEFETETSAGAAVQVKFESENDSILTSSNDSDIADEGEREEINYTVDEC -# NDFRNNNMLQSFNSICAESTVASIKSAPPIASLESQTKYNSDDSNRCFNNNLHVGLTNEISNISQKSTESAELTNKLPLLGVEYRTGIRPSPDAAPTS -# LADKDIPRIQQFKEWHQVLQLKSYNNEPLIVLPYVLLE] -# end gene contig43.g75 -### -# -# ----- prediction on sequence number 44 (length = 50013, name = contig44) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 44 on both strands -# start gene contig44.g76 -contig44 AUGUSTUS gene 1472 4761 0.08 - . 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ID=contig44.g77 -contig44 AUGUSTUS transcript 11632 20182 0.11 - . 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ID=contig45.g78 -contig45 AUGUSTUS transcript 1628 10178 0.11 - . 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ID=contig46.g79 -contig46 AUGUSTUS transcript 42718 44481 0.73 - . ID=contig46.g79.t1;Parent=contig46.g79 -contig46 AUGUSTUS CDS 42718 44481 0.73 - 0 ID=contig46.g79.t1.cds;Parent=contig46.g79.t1 -contig46 AUGUSTUS start_codon 44479 44481 . - 0 Parent=contig46.g79.t1 -# coding sequence = [atggctcactctgacttgggtgcttcgcaggcgaccacggccgaccaggatcacggggccacatcgaacaacagtcatg -# tgcctaagcaaactgtgccgagcatatatccccttggaacctcgcgaaacccgcaagctcaagccacgacaatggctctagagcaataccggctgcag -# ctgtacaactacgcccttaatattgaacgatttagatgccctcaatacggtggcaccggaggcgccgccacaagtgctccatggctgcatttaagccc -# ctacggaccccatatatcgggcaatattccagcagtcaatcgaatggccgcgctctcaacgatttcactcttcccccaatcgcaacggatctttcaac -# ccgaggagcctaaaccgcaacacagttacattggtcttatagccatggccattttgagctcaacagagatgaagttggtcctgtcagacatttaccaa -# tatattttggataattatccgtattttagaagccgcggtccgggttggaggaactccatcagacataatctctcattgaatgattgtttcatcaaatc -# cggtcgcagtgcaaacggcaaggggcactactgggcaatacacccggcaaacatggatgattttcgcaaaggcgatttcagacgtcgcaaggctcagc -# gtaaagtccgaaaacacatgggtctgtcggtagatgatgccagcactgactcgcccagcccgccgcccttggatctcacaaccccacctccgcccaat -# tcccagtcggcactgcaactgtcgtctctggcatatccttaccaccatcagtatataggccagttctttaaccgcaactcagcacccggcctgtcaca -# gtactgcgcagagcctgcaattgtgatgcaacgacagcaggccaaccaggtggatcaggcgatccaaccagcccaacttcagcagcaacatggccagc -# atcagcacattgcttatatcaactccaccacgacaacaaccattgcaaatatgttctcgcagacacggaagcgccagttcgacgtggcgtcgctactg -# gcacccgatgtgcagatcgttgacattgtctccgaagatcaagagtcctctgtcaggccatcgagcacggcgaggactacgactcaaacgcaccacac -# agtcatcaccaagcaaaccatacaccgggaagtggtcttgggactggaacaacctgtgactgaggcagacattgacactgatgtcgatgtagaagtga -# atgtggatgtggtcgacgaaagcatcaatccagatcccgatgcttatccggagacggatgaccaagaaaatggcagaggaaccgtgaagcaaatattc -# tccgtggaggacaataactcgtaccttagcgacggcaggctgtcttcgttcgatgccgaccccgaccacgatcccgaagaccttgaacagcacaacta -# ttcaatttccagctcggcagcaaggtccttgggcagtagcagtagccaacacgaggagtccagctcactagaggaatgtccactggcagagtccactg -# cagggcccttgactgtagcgagaccgcccacccttacagcagccattccaaatgcatatattgaactcaaccatgttgatccccacatgcttagtagg -# tactacgggacatacatggccgccgctgcccgaagagctagtatagaggcgtcgaaagcagtaaggccatcctcaataacgccacctccgaaaatcga -# agtagtctcacggaagtaa] -# protein sequence = [MAHSDLGASQATTADQDHGATSNNSHVPKQTVPSIYPLGTSRNPQAQATTMALEQYRLQLYNYALNIERFRCPQYGGT -# GGAATSAPWLHLSPYGPHISGNIPAVNRMAALSTISLFPQSQRIFQPEEPKPQHSYIGLIAMAILSSTEMKLVLSDIYQYILDNYPYFRSRGPGWRNS -# IRHNLSLNDCFIKSGRSANGKGHYWAIHPANMDDFRKGDFRRRKAQRKVRKHMGLSVDDASTDSPSPPPLDLTTPPPPNSQSALQLSSLAYPYHHQYI -# GQFFNRNSAPGLSQYCAEPAIVMQRQQANQVDQAIQPAQLQQQHGQHQHIAYINSTTTTTIANMFSQTRKRQFDVASLLAPDVQIVDIVSEDQESSVR -# PSSTARTTTQTHHTVITKQTIHREVVLGLEQPVTEADIDTDVDVEVNVDVVDESINPDPDAYPETDDQENGRGTVKQIFSVEDNNSYLSDGRLSSFDA -# DPDHDPEDLEQHNYSISSSAARSLGSSSSQHEESSSLEECPLAESTAGPLTVARPPTLTAAIPNAYIELNHVDPHMLSRYYGTYMAAAARRASIEASK -# AVRPSSITPPPKIEVVSRK] -# end gene contig46.g79 -### -# -# ----- prediction on sequence number 47 (length = 35007, name = contig47) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 47 on both strands -# start gene contig47.g80 -contig47 AUGUSTUS gene 2708 4471 0.7 - . 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ID=contig47.g81 -contig47 AUGUSTUS transcript 22954 34914 0.22 - . ID=contig47.g81.t1;Parent=contig47.g81 -contig47 AUGUSTUS CDS 22954 23079 0.9 - 0 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 -contig47 AUGUSTUS CDS 23132 23286 1 - 2 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 -contig47 AUGUSTUS CDS 28046 28120 0.96 - 2 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 -contig47 AUGUSTUS CDS 28179 29141 0.91 - 2 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 -contig47 AUGUSTUS CDS 29810 32428 0.65 - 2 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 -contig47 AUGUSTUS CDS 34008 34293 0.9 - 0 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 -contig47 AUGUSTUS CDS 34351 34524 0.95 - 0 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 -contig47 AUGUSTUS CDS 34579 34914 0.91 - 0 ID=contig47.g81.t1.cds;Parent=contig47.g81.t1 -contig47 AUGUSTUS start_codon 34912 34914 . - 0 Parent=contig47.g81.t1 -# coding sequence = [atgacagattcaatgaaattcggtccggaatggttgcgcaatatgtcagccgagccctcgggctctcccagtacttaca -# 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ctgtacgactgttaagctcgaagacctcgccattgtgggctgtcaataatgtagttggtaatggtggcgatgacaatcttcctgaatgggctatggaa -# aatccatcagagttgggtggtagttttgatgctagtggagcctttcatggtgatgctgatcctcaaaataacaaaagtttaaaagccaaaggttttaa -# ctctgatcagagcttgtcaaaatctaaaagtgaaccccttaatgagaatgatagtgtaaacgataaaacttctgaagtctctttaacgaatttatcgg -# cttcgcaggaattacccgaaagccgtttgtctccagtaaactcaacaacaaaaacggatgtcatccatggggatatttcagatcgaatcaaagaagtt -# gccgatgaagtggaaaaacttataacagaagatgataataaaccctttacgaattcaaaccaacttcaaagtgatagcggtcactttcctgctgcgct -# gccaagcttgacagataatgagttgagcacgacaccgatttctgtgaatccttctatagtgcgacagcaagtagctaccaccatgcctatacaaatcg -# caactacaatttcagaagcaactcaaccatctcatcagcattcaactgttccgttttcaaatctggttgctatgcagcaccataacatgcaacatcag -# ccacatttttcaatggttcctacgccacatttgatcaatccaaatctcaatgaattatggttttatcgggatccccaggcaaatgtacagggtccatt -# cagtgcgatggagatgaccgaatggtaccgtgctgggtactttaatgaaaatttgttcgtgcgacgattctccgataataggtttagacccttgggcg -# 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ID=contig48.g83 -contig48 AUGUSTUS transcript 19507 60769 0.05 - . 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NSTKQTQGQQMDPTPTFITTSAENFSSESSTANVTMTSPPRLYKNAEDTLYAATVSNITDVNHFYSEGLIDSNSALEGNISDTYDESYNEMILTDKLV -# DEQIVGRDSGYGLTENPYSYHVSCVGQDDTTKACSQLHDIPIDTSFVIEQAEIKSGLVHFPESTTKKGGTTSGGMFGSILGKAAAAVQSATHAVNQGA -# SSVASVVSQKQSVVPTAHNIRDLSPNAIKRDSNRDSVGFNVMNVDYSYQLGNEESLSSHYENTGDDYENSNIKMHEYGTYTDNKAFVNYHSNGNQSQF -# QDDTAIFGQSKVIGNGTKILPTVPPAGSTGKKLPTVNGKSGLLIKQMPTEIYDDESELDELDGSPLIGKKPSYHIDSEQDDYYLGLQQTTPSNQANGY -# YEHVNNGYDYREDYFNEEDEYKYLEQQREQEKLHQPKNKKYLKQTKGVLSTTQPQSSLDFIDEGQDDDFMYENYHSEEDSGNYLDESSSGSVGPSEGR -# NLKMDSNGDASLASTSNQMKRDSFTNNSLHKLDTVVGESTSNLTGIIKEKMCSDLDERSEDINDQLSDLTDINKLTLLKKKSLLRGETEEVVGGHMQM -# IRQPEITARQRWHWAYNKIIMQLNPLGQGIPKEKSQFQKRDSKPNTEERFAFAENALRSQIQIKEQLRHQQQSTMYATSLANTPAAASVEAQFLNQPT -# ERPNYPLRVNSLHHKNLTAAEKQQSQMQPPICKSPMGMDASYSSYQNTNGSMVSIKSEQQLCQIYNSQQHSDYIISDYMDKIATRISLLETELKFAWR -# ALDLLSTEYGKIWVRLEKLENISIEQQSVVSNLMDLIGAANQEQQQSDFEGLDYPLFQDEDQLLPLVMNDTMGLAMVLEAEQSDPDYNKELHFGDHNH -# 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ID=contig49.g84.t1;Parent=contig49.g84 -contig49 AUGUSTUS CDS 1470 1532 0.77 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 -contig49 AUGUSTUS CDS 1598 1672 0.97 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 -contig49 AUGUSTUS CDS 4928 5059 1 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 -contig49 AUGUSTUS CDS 6707 12505 0.93 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 -contig49 AUGUSTUS CDS 20638 24656 0.44 - 2 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 -contig49 AUGUSTUS CDS 24717 25701 0.61 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 -contig49 AUGUSTUS CDS 25755 25760 0.96 - 0 ID=contig49.g84.t1.cds;Parent=contig49.g84.t1 -contig49 AUGUSTUS start_codon 25758 25760 . - 0 Parent=contig49.g84.t1 -# coding sequence = [atgacgcactatgcaaggcatgattactttcataatacccaaaacggtgccttatcctctgacaccggtcgatcacctt -# atagtcatattccttacagagcacagaacagcagagaatattatgccgagccgtacgatttaggcaatcatggactagaggaatatagtagtgagtgc -# 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ccatatttcaacacgtggacgactagcggtggcaattacctaccattcgaagttggacaaggtgctaatatttcaactcaatcctacacagtcacgac -# taaagctgaatcagtaatgtcaccattaacaagtttcatccctcctctgttcatatcttcgaattttaattccaagaatttaacggaagatatcgtat -# tttcaacaacaagttctcctcacgacaaaaacacaactgttagttacagttcatctaacaacgcgttcacaaaaactgtttacgtaaataatcccgaa -# gaggtgccagttaccacaagcgaaaacgctataccgccgtcatcggacttaacgttaaggtcaccatcgtcattagttcctattctatcttacacgga -# ttacatgaagcaatttgagttaccagatttgcctcagccaatcatggaactttcagaaaatatacctgttactcacagtgattctaattctgttccta -# tcaatgatattgctactaatgccgaattttcctgtcctcccaatgagttggatgttacaagtaaatgtagtgacccattaccttcgtatttgggtgaa -# ctttttgatgcatataacgtgcccagcctttcgattgagaatcaagaatctcccatcaagggtcaaattggcgatttatttaacattgcaatcgtacc -# ccaggtaccaattaacaccatagaatgttcagtagaccctccgaatcgatttaatttattgccagaggctgatgcggtagaaaaccatgcggtagcat -# tcgatgataatttttacgatagttttaatgttgacataaaagaactgacggcatctgttgcaaacattgaaccagaaaatggttcacgcaacttccca -# 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cgccgcggctgtaacctgtcggactctgaattagatatgccggactttactccatcggataacgataaaagctctataaccggaagtaaaattttaag -# aaatcatttcgaggatgaagtggatgaagattttgaccaatccacctgtgcctatgaggataacaaggaattgggtggttcaatggaggagttaaagg -# acagtatgccacataatttgtttgctgttctaggcgacctcaaaaaagttcaaagccccacaacaactattgctgtctcggcgacaattcccgttaag -# aacagttccattacaaatagtaataaaataagcactctggaaaatgtaaccattaaaatgccagagattctcttggagacaaaatcacaggcgtgcct -# tcaaaaactgaactcagtttatgctgacgactttggcgatgagaacgtacttggaaactcggtcagcatggatgcgaatgtccccaccctaagcattc -# tggaaacaactgaagatgtcggggatacagcattaagtacattcctgacaacgccaacagcaacaacaacaacaacagtccctcgtaatctcagttcc -# aatggtgttttgtgggtcacgcagcagtgtttagaccttccaaacaatactggctatgggtcgcgggaagatgacgataatcgaagccagcattctgc -# tcgcactctctcttcttcgcgcaggcaaagcactgaggatagcatagacacagacgacgaatacttttattatgagcttcggcagctggaggagcagg -# aacagcgctgtgcggaactttctggaattgcatctgccgaatcgcatgatgataacgaggtgctattttcccagatagggcaacttgtccaaaacgat -# tttaacggaggagcccgatgtcgatctgatgtctgtgaaaatgacctagaaactattaatttttctccaagtgaaagtgtgaagttacggatgtctga -# agtatttattgagcttaaaagcgtcgttaaattacagtcagacgtatttgctgacgctgctgttaaagagttggttgttgcaaaggcagcaggtgaaa -# aatttgcggcagtatgtgacatgcatagtgcttggcaggacgtaaacggcgatttccaagagacagcctcagaaatggattcgactgacgatgccgag -# atcgaaaataaaaaccatcgaaagttgcgacgattaaagaaaacacgcgatcgaaatgttaatatttctgacgatgcagccagttcaagttcgtcatg -# cctttctgaaaatgaatgtgaacacaagagtaaaaatagacctattgatcattgtattaataaatccgatggagaaaaggatgaaataaatagaccaa -# tcaaatcgacggcttctagtgagacatctggacctgatacgccggcagagataagcgatgttgagataagcgagacagaaaatgatctgagagatgat -# ggaaacccattgcttgacaatccagagtttctattggatgtaaatgaaaaatcgaatccacaatctggaaacaatttaaaaaaagaggccctagaacc -# ggctcagagtaatatgcagtcaatggagaatattaaaaccgaaccagttccacctaacacccctaaaatgttaattagtcaagaatcagattttgatg -# gatcccaggttataggtagcaatggtgaagcgggtcttggcagtagcaagtggaaattattaaaaactttaaaggagcgcaagatcgaggagaaaaat -# aatcaagataaaattaaagaagatgaaatgaccaaggacagggagaagaatggcggtggtactggagatattggattacgtaccaatggacatcctgg -# tgacaatcctttctacagtaatattgacagcatgccggatattcggcctcgcagaaaatcaattccccttgtttctgagctgacaatggctgctacaa -# aacgaaatgctggacttacatctgctgttccacgtgcaacgcttaacgacgaagaactgctatcacacaccattttattttactacaatatcactgaa -# gcggtgcgacgcgaagcggcatga] -# protein sequence = [MTHYARHDYFHNTQNGALSSDTGRSPYSHIPYRAQNSREYYAEPYDLGNHGLEEYSSECHLTSDRVLTTIDKRNNSYE -# YDYIECYEAQEQRDVESESIDNWNENHSGVGAQYGFEYANQKCTSAKVLPTLPVNKTGSGPSKPSATQMDIIFKTKGMCIEKDQRFGVCMAKADEYDL -# RILPGDYQNIYADNLNGYAGFAYPSTFLNNAVPAAPSRALPQTNRSSFYLGQDIFGLNADEAQREEQSKCDFGMDQAVTMDSGSTSYDVLEKMSRPYT -# SMLPLDYSDYHDSYYNTDNLSTYSDTPPTTNSQLKLQKQRKLSLMMAMTTASVIASDSILGNNISTNAATKASDRFLETECSGGIVTLSGPGAVTGTP -# PVALSTIIKTRKLPKVLPAPQFNSSLHLNSSTANALSSPVYSSDTAAEKSHRPKQLPKLPTSLPQIKPYSIHNSNLTTLSAADELPSYSLKSNTASSP -# LAITETVATTSYLSSTETKTCPSKKPNEVYLTKSIDDGLTPPWTPSPPTQLKQYFSPSAELPSQIVQKNSPTSHLPDIEKAKSDIKPDLHENLNESIL -# ECKKSPEPCSEPESALFNISEYPKPYTLDIIPFSGEKENHITNAASTSTTTHSYDDNGELCTELIKLQYSEPSGDSHLFPYFNTWTTSGGNYLPFEVG -# QGANISTQSYTVTTKAESVMSPLTSFIPPLFISSNFNSKNLTEDIVFSTTSSPHDKNTTVSYSSSNNAFTKTVYVNNPEEVPVTTSENAIPPSSDLTL -# RSPSSLVPILSYTDYMKQFELPDLPQPIMELSENIPVTHSDSNSVPINDIATNAEFSCPPNELDVTSKCSDPLPSYLGELFDAYNVPSLSIENQESPI -# KGQIGDLFNIAIVPQVPINTIECSVDPPNRFNLLPEADAVENHAVAFDDNFYDSFNVDIKELTASVANIEPENGSRNFPSSSVENSTDIDDKPSDEFI -# NEKTVGTRDLNQNLSSGQGGYYKPSQAQQKASVVASAATSVLGGISKGLKGGLDGVFSGVSSTVEVSQTTNSTKKGFSFNLASKLVPSVGGLLSSSSS -# NSTKQTQGQQMDPTPTFITTSAENFSSESSTANVTMTSPPRLYKNAEDTLYAATVSNITDVNHFYSEGLIDSNSALEGNISDTYDESYNEMILTDKLV -# DEQIVGRDSGYGLTENPYSYHVSCVGQDDTTKACSQLHDIPIDTSFVIEQAEIKSGLVHFPESTTKKGGTTSGGMFGSILGKAAAAVQSATHAVNQGA -# SSVASVVSQKQSVVPTAHNIRDLSPNAIKRDSNRDSVGFNVMNVDYSYQLGNEESLSSHYENTGDDYENSNIKMHEYGTYTDNKAFVNYHSNGNQSQF -# QDDTAIFGQSKVIGNGTKILPTVPPAGSTGKKLPTVNGKSGLLIKQMPTEIYDDESELDELDGSPLIGKKPSYHIDSEQDDYYLGLQQTTPSNQANGY -# 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-# ttgtactggagttggaatcactaataacagccaaattacattgaccagttcgcatataggaacaactatgggagtcgctctgggcacgactgcagcag -# gcacaacctacatgcacgagaaaaatattgttggcgttagcgtcagttgtgttgataccagtagaaagtatgatttcaaaaacagtagtttgataaaa -# aataatagcttccaagcagcggcagagtatgtttcaacgggaaacaatagttctggtaatagccgttcaaatccacaaagtggggcaatatttcgtgg -# accacctccaacggcgaataccccacgcggtgccaccagcggtgcaacacgccatgttcatgttcaacccatgtactcacagccccttcaccaaaata -# tggtgatacaacaatacacacaatataacccgcgacaacaaacatttccaacttctcacttgcaatatgcaccagccccaatgccctactaccagtac -# caatacgtgccaactattcaacagcagcctccgccacatactcgtagtgccgtatcggttagtacgaacgtcaatgtgggaaacactttgcaaccagt -# ccagtccggaccaaatgggcctctgacagctccaggatcaacttcgtcgcagctacaattgatcactagcacagtgcagccaggaacaaacaatgtaa -# tgggtgttggtggtcctggcagtggaatgggacagacaaactctaacacagataatgacttttcggagcaggttactcttccaaacactcccacagtt -# gtcttgtcagaaggtcaaatacgtattccacagcaagatactgttggaataaataatttaagcaatacaacatcacaaggatccgaaacacggacaaa -# 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number 51 (length = 50015, name = contig51) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 51 on both strands -# start gene contig51.g86 -contig51 AUGUSTUS gene 1559 30331 0.01 - . 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contig51.g87 -contig51 AUGUSTUS gene 36903 47091 0.01 + . ID=contig51.g87 -contig51 AUGUSTUS transcript 36903 47091 0.01 + . ID=contig51.g87.t1;Parent=contig51.g87 -contig51 AUGUSTUS start_codon 36903 36905 . + 0 Parent=contig51.g87.t1 -contig51 AUGUSTUS CDS 36903 37584 0.49 + 0 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 -contig51 AUGUSTUS CDS 39880 40423 0.97 + 2 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 -contig51 AUGUSTUS CDS 42313 42446 0.87 + 1 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 -contig51 AUGUSTUS CDS 45674 45733 0.63 + 2 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 -contig51 AUGUSTUS CDS 45795 46090 0.82 + 2 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 -contig51 AUGUSTUS CDS 46765 47091 0.33 + 0 ID=contig51.g87.t1.cds;Parent=contig51.g87.t1 -# coding sequence = [atgaaactaacaagagacaaaattataattctggccatcatgctgatgctgagtccagtagccaacttaaagagtctta -# ataacgtacatactcaggacactgtgtcggtgtctttgcctggcgatataatacttggtgggttatttcccgtccatgaaaaaggtgaaggtgctcca -# tgtggaccaaaagtatataacagaggagtacaacgcctggaggcaatgctctatgctatagatcgcgtaaataacgactctaatattcttcccggaat -# aacgataggggtgcatatacttgacacctgttcgagggacacatatgcccttaaccagtcacttcagtttgtaagagcttccctcaacaacttggaca -# cttctgtgtttgagtgttcagattcgtcaagcccacaaataagaaaaaacgcttcatcgggacccgttttcggagttattggtggatcctacagttca -# gtgtctctgcaagtagccaacttgctgcgtctgtttcatattccccaaatatcaccggcatcaactgctaaaacgctatcggacaaatcacgatttga -# tctatttgctagaacagtaccgccagacacttttcaatccgtagcccttgtagatatactcaaaaattttaattggtcctatgtatccacgatacact -# cggagggatcttatggtgaatatgggattgaagcttttcacaaggaagccaccgaacggcacgtatgcatagcggtagccgagaaagtgccaagcgca -# gcagacgataaagtttttgacttaataattggcaaacttcaaaagaagcccaacgcccgcggagttgtactctttacaagagccgaggatgcgcgccg -# cattcttcaggcagctaagcgcgctaatttatcacaaccgtttcactggatagcaagtgacggttggggcaagcaacaaaaacttcttgaaggcttgg -# aggatattgccgagggcgctataactgtagaactacagtcggaaataatcgaagattttgatcactatatgatgcagctgacgccggaaacaaatcaa -# aggaacccgtggtttgctgagtactgggaggacacgttcaattgcattctcgaaccagtgtcggatcaaacaaattccccaaccagtatcgattccac -# tgagataaagatcgctaccaagtctaaaacaacatgcgaagatagctttcggttatctgagaaagttggatacgaacaggagtccaaaactcaatttg -# ttgtggatgctgtatacgcatttgcctatgcacttcataatttacataatgatcgttgtaatacacaaagcgaccaaacgtcggaacaacgaaagcac -# caccatactcagcgccttaagtatattagtccacaatcccaggtggtaataacagcctctttaatcgcaatacaggttcttatcaccatgatttggat -# ggtagttgaacctccaggaactcgtttctattatccagaccgaacagaagtgatccttaagtgcaaaatacaggacatgtccttccttttttcacagt -# tgtataatatgattctcataacaatatgcacagtttatgctattaaaacgaggaaaataccagaaaattttaatgagtcaaagtttattggattcact -# atgtacaccacttgtataatctggctagcttttgtacccatatactttggaactggaaattcttatgaggtgtacatcctcgtctttcacccggataa -# aaacgtccgtaagttaaccatgaacagcaccgtctacaggcgttcagctgcaactggagctcagggtgcgcccagcagctccgtatatagtcgcacac -# aggcaggcaacactgtaccgacaggaggggcgttgggtactacagcatcaagtgcccttcaaacacaaaacagctctaatcttgacgagccttcgggc -# caatcagctgttgttcacaaaagcagtgattatagtaatggcgaattcatgcccgaggaatgcgaatgtgctgaggcattctgcaaccgagtaaaaaa -# ttaa] -# protein sequence = [MKLTRDKIIILAIMLMLSPVANLKSLNNVHTQDTVSVSLPGDIILGGLFPVHEKGEGAPCGPKVYNRGVQRLEAMLYA -# IDRVNNDSNILPGITIGVHILDTCSRDTYALNQSLQFVRASLNNLDTSVFECSDSSSPQIRKNASSGPVFGVIGGSYSSVSLQVANLLRLFHIPQISP -# ASTAKTLSDKSRFDLFARTVPPDTFQSVALVDILKNFNWSYVSTIHSEGSYGEYGIEAFHKEATERHVCIAVAEKVPSAADDKVFDLIIGKLQKKPNA -# RGVVLFTRAEDARRILQAAKRANLSQPFHWIASDGWGKQQKLLEGLEDIAEGAITVELQSEIIEDFDHYMMQLTPETNQRNPWFAEYWEDTFNCILEP -# VSDQTNSPTSIDSTEIKIATKSKTTCEDSFRLSEKVGYEQESKTQFVVDAVYAFAYALHNLHNDRCNTQSDQTSEQRKHHHTQRLKYISPQSQVVITA -# SLIAIQVLITMIWMVVEPPGTRFYYPDRTEVILKCKIQDMSFLFSQLYNMILITICTVYAIKTRKIPENFNESKFIGFTMYTTCIIWLAFVPIYFGTG -# NSYEVYILVFHPDKNVRKLTMNSTVYRRSAATGAQGAPSSSVYSRTQAGNTVPTGGALGTTASSALQTQNSSNLDEPSGQSAVVHKSSDYSNGEFMPE -# ECECAEAFCNRVKN] -# end gene contig51.g87 -### -# -# ----- prediction on sequence number 52 (length = 40012, name = contig52) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 52 on both strands -# start gene contig52.g88 -contig52 AUGUSTUS gene 6895 17083 0.02 + . ID=contig52.g88 -contig52 AUGUSTUS transcript 6895 17083 0.02 + . ID=contig52.g88.t1;Parent=contig52.g88 -contig52 AUGUSTUS start_codon 6895 6897 . + 0 Parent=contig52.g88.t1 -contig52 AUGUSTUS CDS 6895 7576 0.42 + 0 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 -contig52 AUGUSTUS CDS 9872 10415 0.97 + 2 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 -contig52 AUGUSTUS CDS 12305 12438 0.82 + 1 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 -contig52 AUGUSTUS CDS 15666 15725 0.52 + 2 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 -contig52 AUGUSTUS CDS 15787 16082 0.85 + 2 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 -contig52 AUGUSTUS CDS 16757 17083 0.33 + 0 ID=contig52.g88.t1.cds;Parent=contig52.g88.t1 -# coding sequence = [atgaaactaacaagagacaaaattataattctggccatcatgctgatgctgagtccagtagccaacttaaagagtctta -# ataacgtacatactcaggacactgtgtcggtgtctttgcctggcgatataatacttggtgggttatttcccgtccatgaaaaaggtgaaggtgctcca -# tgtggaccaaaagtatataacagaggagtacaacgcctggaggcaatgctctatgctatagatcgcgtaaataacgactctaatattcttcccggaat -# aacgataggggtgcatatacttgacacctgttcgagggacacatatgcccttaaccagtcacttcagtttgtaagagcttccctcaacaacttggaca -# cttctgtgtttgagtgttcagattcgtcaagcccacaaataagaaaaaacgcttcatcgggacccgttttcggagttattggtggatcctacagttca -# gtgtctctgcaagtagccaacttgctgcgtctgtttcatattccccaaatatcaccggcatcaactgctaaaacgctatcggacaaatcacgatttga -# tctatttgctagaacagtaccgccagacacttttcaatccgtagcccttgtagatatactcaaaaattttaattggtcctatgtatccacgatacact -# cggagggatcttatggtgaatatgggattgaagcttttcacaaggaagccaccgaacggcacgtatgcatagcggtagccgagaaagtgccaagcgca -# gcagacgataaagtttttgacttaataattggcaaacttcaaaagaagcccaacgcccgcggagttgtactctttacaagagccgaggatgcgcgccg -# cattcttcaggcagctaagcgcgctaatttatcacaaccgtttcactggatagcaagtgacggttggggcaagcaacaaaaacttcttgaaggcttgg -# aggatattgccgagggcgctataactgtagaactacagtcggaaataatcgaagattttgatcactatatgatgcagctgacgccggaaacaaatcaa -# aggaacccgtggtttgctgagtactgggaggacacgttcaattgcattctcgaaccagtgtcggatcaaacaaattccccaaccagtatcgattccac -# tgagataaagatcgctaccaagtctaaaacaacatgcgaagatagctttcggttatctgagaaagttggatacgaacaggagtccaaaactcaatttg -# ttgtggatgctgtatacgcatttgcctatgcacttcataatttacataatgatcgttgtaatacacaaagcgaccaaacgtcggaacaacgaaagcac -# caccatactcagcgccttaagtatattagtccacaatcccaggtggtaataacagcctctttaatcgcaatacaggttcttatcaccatgatttggat -# ggtagttgaacctccaggaactcgtttctattatccagaccgaacagaagtgatccttaagtgcaaaatacaggacatgtccttccttttttcacagt -# tgtataatatgattctcataacaatatgcacagtttatgctattaaaacgaggaaaataccagaaaattttaatgagtcaaagtttattggattcact -# atgtacaccacttgtataatctggctagcttttgtacccatatactttggaactggaaattcttatgaggtgtacatcctcgtctttcacccggataa -# aaacgtccgtaagttaaccatgaacagcaccgtctacaggcgttcagctgcaactggagctcagggtgcgcccagcagctccgtatatagtcgcacac -# aggcaggcaacactgtaccgacaggaggggcgttgggtactacagcatcaagtgcccttcaaacacaaaacagctctaatcttgacgagccttcgggc -# caatcagctgttgttcacaaaagcagtgattatagtaatggcgaattcatgcccgaggaatgcgaatgtgctgaggcattctgcaaccgagtaaaaaa -# ttaa] -# protein sequence = [MKLTRDKIIILAIMLMLSPVANLKSLNNVHTQDTVSVSLPGDIILGGLFPVHEKGEGAPCGPKVYNRGVQRLEAMLYA -# IDRVNNDSNILPGITIGVHILDTCSRDTYALNQSLQFVRASLNNLDTSVFECSDSSSPQIRKNASSGPVFGVIGGSYSSVSLQVANLLRLFHIPQISP -# ASTAKTLSDKSRFDLFARTVPPDTFQSVALVDILKNFNWSYVSTIHSEGSYGEYGIEAFHKEATERHVCIAVAEKVPSAADDKVFDLIIGKLQKKPNA -# RGVVLFTRAEDARRILQAAKRANLSQPFHWIASDGWGKQQKLLEGLEDIAEGAITVELQSEIIEDFDHYMMQLTPETNQRNPWFAEYWEDTFNCILEP -# VSDQTNSPTSIDSTEIKIATKSKTTCEDSFRLSEKVGYEQESKTQFVVDAVYAFAYALHNLHNDRCNTQSDQTSEQRKHHHTQRLKYISPQSQVVITA -# SLIAIQVLITMIWMVVEPPGTRFYYPDRTEVILKCKIQDMSFLFSQLYNMILITICTVYAIKTRKIPENFNESKFIGFTMYTTCIIWLAFVPIYFGTG -# NSYEVYILVFHPDKNVRKLTMNSTVYRRSAATGAQGAPSSSVYSRTQAGNTVPTGGALGTTASSALQTQNSSNLDEPSGQSAVVHKSSDYSNGEFMPE -# ECECAEAFCNRVKN] -# end gene contig52.g88 -### -# start gene contig52.g89 -contig52 AUGUSTUS gene 23254 30182 0.17 - . ID=contig52.g89 -contig52 AUGUSTUS transcript 23254 30182 0.17 - . ID=contig52.g89.t1;Parent=contig52.g89 -contig52 AUGUSTUS CDS 23254 23318 0.81 - 2 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 -contig52 AUGUSTUS CDS 23377 23658 0.38 - 2 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 -contig52 AUGUSTUS CDS 24806 25012 0.59 - 2 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 -contig52 AUGUSTUS CDS 27339 27713 0.95 - 2 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 -contig52 AUGUSTUS CDS 27778 27907 0.94 - 0 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 -contig52 AUGUSTUS CDS 29022 30182 0.7 - 0 ID=contig52.g89.t1.cds;Parent=contig52.g89.t1 -contig52 AUGUSTUS start_codon 30180 30182 . - 0 Parent=contig52.g89.t1 -# coding sequence = [atgagctcgcgtcgtgccatgagaaatagggagcgggcaaataactactatcagcgttttgtacctacagaatcccttc -# aaatgtgcggagaagataaagataaggataaggatgcgacgacgcaagggcagtcttttaagtcgcccgtcatcgatcatcgcagcatatcatcatct -# caccttatgccggcatttgcgaaaagacgtattgctgcatcgagcggtaccaacaacggggaaacaaacgaaacttcagtcagcacgtgtgatgctgc -# accaagtgcacatcaaagaagggaaagcaagggaaaagtccccagttcacctaatcgaaagagcagcgaacttgatatggcagaaacacgcttgaatt -# atgttcatcaggagcacgatcaatacatgtcatcatcgccaacgttttcgacttcccggcaggaaaggcggattggtagtggtcgcttgttgcccaga -# agtgataattgggaattcaaaagccaaaagactaaggagcccaacaccgagactgagaaggatgcgtctccaaatggaagtggaggtgcaagcgttgc -# taatcaacagaatcaaaaccaacaccaccaacgcgtattcagtgggaggttggtcgatcgtgttactgaacacacagatcgccgttttcaaaatgaca -# cgaagaggtcagttgaccgacagggcgtaggtaatcgacgcatatctaataaggagccttgtagtaatcaaaatcgtggcaagcgcgcaaactcctat -# cacgttcacgaagagccagaatggttcagtgcaggaccaacatcacagcttgaaactattgacttacacggctttgacgacctggacaacaatgaaga -# ccgttccgaaatggataatgaaaaatttctacaaattgatacaaatttagctgcgcaaacgacgattgatgaagcttcgagaagaaatagcaacgtca -# gtttaaatttgagcgacgcatatcaaagtgatgatataatagacactggtgaaaatatactgaaatgcattcaaaactcatcggaactctgcaaacaa -# aatcagaacgaacaaagtcaattccaatgcagccaaagtactgaaagtgaatttaattttgatgcctttcttaacatgcatcctttggataattccct -# aatgaataatgatgaaaacgaaaaaggtgaagcaacggggacatcacgctttagccgatggtttcgacataaggaaactgcaaataataatgaacttc -# caggtttgcaagactttaatgctcaagaaaaaattggtattccgagtgttaaggatttagaagcgcaaatgactaaagtagacatgcggccggattat -# gtaaacactgtaggaggaccattctctcaagttgtgcaagcggaaaaacctattcctagggacactgagggattcaaaaaattactgcaacagttggg -# ctatcaatctaggcagcatcatcctggcaatgacgtttaccatataataaatcattcaaatataactaatcatgaccatcttgagtcaaatcaacagc -# ataagataaacaactgccattcccaacactcagcgttaagtgtccacgggccaaacataccgagtaatagtcacatatttgcgcaaaaacgtttggaa -# acccatcacctaatgcaaagccttatttgcggggacgtttctctggacttcttggaaaaagagttgggtaatcctagcactgcaccttccacaaagga -# agttattgcgtcagtcctccgtgaatactcccataacaagagaaatcctgtgtccattggggatcacaaaatgtttacacattcaacgtttcttcaag -# ctcaaccagttcatccgcattattctgaagtactgaggaaaatgacagccgataaggaaacaactcaaacaccgagttcttctcatagccaacagcca -# caatatcaaatgcatccacagcatgccaagcaacttagtgagacgcagccaacagcacctatagccgtgcagcctcgaatgatattgggaggtggaaa -# ctttgtcattggcccaaataaccaaccaatatctcccaatttgcaacagtgccgaaatcaacagggaataaaatggactcctggtaatatgcagatgg -# tgcaagggaaatcatttggagtcaattttgccatgtccgtctgtctgtcttaccgtatgaatgctgagatctcggcaacttaa] -# protein sequence = [MSSRRAMRNRERANNYYQRFVPTESLQMCGEDKDKDKDATTQGQSFKSPVIDHRSISSSHLMPAFAKRRIAASSGTNN -# GETNETSVSTCDAAPSAHQRRESKGKVPSSPNRKSSELDMAETRLNYVHQEHDQYMSSSPTFSTSRQERRIGSGRLLPRSDNWEFKSQKTKEPNTETE -# KDASPNGSGGASVANQQNQNQHHQRVFSGRLVDRVTEHTDRRFQNDTKRSVDRQGVGNRRISNKEPCSNQNRGKRANSYHVHEEPEWFSAGPTSQLET -# IDLHGFDDLDNNEDRSEMDNEKFLQIDTNLAAQTTIDEASRRNSNVSLNLSDAYQSDDIIDTGENILKCIQNSSELCKQNQNEQSQFQCSQSTESEFN -# FDAFLNMHPLDNSLMNNDENEKGEATGTSRFSRWFRHKETANNNELPGLQDFNAQEKIGIPSVKDLEAQMTKVDMRPDYVNTVGGPFSQVVQAEKPIP -# RDTEGFKKLLQQLGYQSRQHHPGNDVYHIINHSNITNHDHLESNQQHKINNCHSQHSALSVHGPNIPSNSHIFAQKRLETHHLMQSLICGDVSLDFLE -# KELGNPSTAPSTKEVIASVLREYSHNKRNPVSIGDHKMFTHSTFLQAQPVHPHYSEVLRKMTADKETTQTPSSSHSQQPQYQMHPQHAKQLSETQPTA -# PIAVQPRMILGGGNFVIGPNNQPISPNLQQCRNQQGIKWTPGNMQMVQGKSFGVNFAMSVCLSYRMNAEISAT] -# end gene contig52.g89 -### -# start gene contig52.g90 -contig52 AUGUSTUS gene 32268 33026 0.91 - . ID=contig52.g90 -contig52 AUGUSTUS transcript 32268 33026 0.91 - . 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ID=contig53.g91 -contig53 AUGUSTUS transcript 3247 10175 0.15 - . 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ID=contig53.g92 -contig53 AUGUSTUS transcript 12261 24119 0.04 - . 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ID=contig55.g94 -contig55 AUGUSTUS transcript 6802 33037 0.13 + . ID=contig55.g94.t1;Parent=contig55.g94 -contig55 AUGUSTUS start_codon 6802 6804 . + 0 Parent=contig55.g94.t1 -contig55 AUGUSTUS CDS 6802 6809 0.33 + 0 ID=contig55.g94.t1.cds;Parent=contig55.g94.t1 -contig55 AUGUSTUS CDS 12258 12438 0.74 + 1 ID=contig55.g94.t1.cds;Parent=contig55.g94.t1 -contig55 AUGUSTUS CDS 29483 29737 0.99 + 0 ID=contig55.g94.t1.cds;Parent=contig55.g94.t1 -contig55 AUGUSTUS CDS 29800 29948 1 + 0 ID=contig55.g94.t1.cds;Parent=contig55.g94.t1 -contig55 AUGUSTUS CDS 32756 32875 0.53 + 1 ID=contig55.g94.t1.cds;Parent=contig55.g94.t1 -contig55 AUGUSTUS CDS 32929 33037 0.43 + 1 ID=contig55.g94.t1.cds;Parent=contig55.g94.t1 -# coding sequence = [atgcttctatattatgaaacaggatcaattaaacctcgagcgataggtggttcaaaaccacgagtagctacaaccccgg -# tcgtacaaaaaattgcggactataaacgggaatgtcccagcatatttgcatgggaaataagggatagactgctgtccgagcaagtttgcaatagtgat -# aacattccaagtgtctggttctcaaaccgccgcgccaaatggcgtcgggaagaaaagatgagaactcagaggcggtcggccgataatgttggtggcag -# tggtcgagccagcacgacaaataatccttcggggacagctgtaaattccacagtagcaacgtcgaataactcaacacccggcattaccagctcaacac -# tcaacgtatcggaacgggcgtcatcggctataattagcaatagcatacccgagacaccgaatgggccaactgttctgggtggagacgctaacgccgca -# cacaccacctctgaaagtccaccacttcaggcagttgcaccgcggctacccttgaacactggctttaacgccatgtactcatctatcccgcaacccat -# agctacaatggctgaaaactacaagatctccatatgtaccaccacaccaccgaaacacagcttgcaatcctgcagctgcgcaccagcagccacctcag -# catggcgtttatgccaacagttctccaatgacatcatcaaatacaggggtcatttctgcaggcgtttcggtgcctgtccagatttcaacgcaaaatgc -# atcggacctcgcgggaagcaactactggccacgtcttcagtgatcgtcaatctttaa] -# protein sequence = [MLLYYETGSIKPRAIGGSKPRVATTPVVQKIADYKRECPSIFAWEIRDRLLSEQVCNSDNIPSVWFSNRRAKWRREEK -# MRTQRRSADNVGGSGRASTTNNPSGTAVNSTVATSNNSTPGITSSTLNVSERASSAIISNSIPETPNGPTVLGGDANAAHTTSESPPLQAVAPRLPLN -# TGFNAMYSSIPQPIATMAENYKISICTTTPPKHSLQSCSCAPAATSAWRLCQQFSNDIIKYRGHFCRRFGACPDFNAKCIGPRGKQLLATSSVIVNL] -# end gene contig55.g94 -### -# -# ----- prediction on sequence number 56 (length = 55020, name = contig56) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 56 on both strands -# start gene contig56.g95 -contig56 AUGUSTUS gene 1802 28037 0.09 + . ID=contig56.g95 -contig56 AUGUSTUS transcript 1802 28037 0.09 + . 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ID=contig56.g96 -contig56 AUGUSTUS transcript 38038 53620 0.04 - . ID=contig56.g96.t1;Parent=contig56.g96 -contig56 AUGUSTUS CDS 38038 38205 0.98 - 0 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 -contig56 AUGUSTUS CDS 38270 38415 1 - 2 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 -contig56 AUGUSTUS CDS 38468 38598 1 - 1 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 -contig56 AUGUSTUS CDS 38660 39046 0.99 - 1 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 -contig56 AUGUSTUS CDS 39119 39314 0.99 - 2 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 -contig56 AUGUSTUS CDS 46743 47855 0.2 - 2 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 -contig56 AUGUSTUS CDS 49901 51146 0.62 - 0 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 -contig56 AUGUSTUS CDS 52391 53620 0.35 - 0 ID=contig56.g96.t1.cds;Parent=contig56.g96.t1 -contig56 AUGUSTUS start_codon 53618 53620 . - 0 Parent=contig56.g96.t1 -# coding sequence = [atgaattttattcttagtgtgctgctaatagcaactctaggagataaatatgaccacaggctgaacttaatagcaggtt -# 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gcactaaattcaacttggttcaggccggtttcttgggaaaacctagctcggatttggctcaaagtctgggtatatccattcaggatgacgtgttattc -# gctgctttttcaaaaggcgacggaaacacaccaactaacaactctgcactatgcatttactcattgaaatccattcgtcgtaaatttatgcaaaacat -# aaaatcctgttttaacggtaatgggatgaggggacttgactttatatcacccagcatgccatgtgttttaacgaaactacaaacaattggagaggatt -# tttgtggactcgatgtaaattctccgttgggaggagagaatcctattacttcagtgccggttgctatgtttaacacgaagttaacttcagttgctgca -# acgagcactagtggatataccgttgtattcgtgggcacagcagatggatacctcaagaaagttgtagtcgaatcttcatctgttgcgaatgagtacgc -# cagttttcctgtggacttgggctctgaaattaatcaggatatgcagtttgacaaccaaaacctttacatgtatgtcatgtccgaaactaaagtatcaa -# aagttaaagtgtttgattgctctgattacaagacatgtggagaatgcctaggtgctagagacccatattgcggttggtgctcattggagaataaatgt -# agcccacgatccaattgccaggacgacgccaacgatcctttatattgggtcagctataaaactgggaaatgtactacaataacaagtgttgtgcctca -# ccagctacagcgtactactgctcggactttagagcttatcatagatcacttgccgcaactaaaggagaatttaatatgtgcatttaccacagaggata -# 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ID=contig57.g99 -contig57 AUGUSTUS transcript 45155 52058 0.09 - . ID=contig57.g99.t1;Parent=contig57.g99 -contig57 AUGUSTUS CDS 45155 45219 0.46 - 2 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 -contig57 AUGUSTUS CDS 47394 47486 0.71 - 2 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 -contig57 AUGUSTUS CDS 49327 49453 0.99 - 0 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 -contig57 AUGUSTUS CDS 49515 49624 0.85 - 2 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 -contig57 AUGUSTUS CDS 49898 50170 0.92 - 2 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 -contig57 AUGUSTUS CDS 51823 51917 0.97 - 1 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 -contig57 AUGUSTUS CDS 51994 52058 0.99 - 0 ID=contig57.g99.t1.cds;Parent=contig57.g99.t1 -contig57 AUGUSTUS start_codon 52056 52058 . - 0 Parent=contig57.g99.t1 -# coding sequence = [atggctgcaccagcagcctgtacgcgtttttcggacaactacgacatcaaagaagaactgggaaaaggggcattttcaa -# tagtgaaaagatgcgtccaaaagtcaactggatttgaatttgctgcaaaaattataaatacaaaaaagttaactgcaagagaggctgatgcatcacat -# tgtattcaacaaatattggaatcggtcaatcactgccaccaaaatggtgtggtgcatcgagatctgaaaccagagaatttactattagctagtaaggc -# aaagggtgcagcagtgaaactcgctgactttggtctagccattgaagttcaaggcgatcatcaggcttggtttggatttgctggcactccaggatatc -# tgtcgccagaggtattgaaaaaggagccctatggcaaatcggtagatatatgggcatgtgaatgggatacggtcaccccagaagcaaaaaatcttatt -# aatcaaatgctcacagtaaatccaaacaaacgaataaccgccgccgaggctttaaagcacccatggatttgtcaacgagaacgcgttgcttccgttgt -# gcatcgacaagaaactgtggactgtctcaagaagttcaatgcgcgccggaagctaaagggagctatacttacaaccatgttggctaccagaaattttt -# ccagcagaagtatgatcaccaagaagggtgacggatctcaagtcaaggaatctaccgattcttctagcactacccttgaagacgatgatattaaagca -# atccagtattcgtcaacgaaaacagatattaccgatattacagatatcaccaagcggtggtag] -# protein sequence = [MAAPAACTRFSDNYDIKEELGKGAFSIVKRCVQKSTGFEFAAKIINTKKLTAREADASHCIQQILESVNHCHQNGVVH -# RDLKPENLLLASKAKGAAVKLADFGLAIEVQGDHQAWFGFAGTPGYLSPEVLKKEPYGKSVDIWACEWDTVTPEAKNLINQMLTVNPNKRITAAEALK -# HPWICQRERVASVVHRQETVDCLKKFNARRKLKGAILTTMLATRNFSSRSMITKKGDGSQVKESTDSSSTTLEDDDIKAIQYSSTKTDITDITDITKR -# W] -# end gene contig57.g99 -### -# -# ----- prediction on sequence number 58 (length = 50011, name = contig58) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 58 on both strands -# start gene contig58.g100 -contig58 AUGUSTUS gene 5202 7547 0.98 + . 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ID=contig58.g100.t1;Parent=contig58.g100 -contig58 AUGUSTUS start_codon 5202 5204 . + 0 Parent=contig58.g100.t1 -contig58 AUGUSTUS CDS 5202 5265 1 + 0 ID=contig58.g100.t1.cds;Parent=contig58.g100.t1 -contig58 AUGUSTUS CDS 6041 6352 1 + 2 ID=contig58.g100.t1.cds;Parent=contig58.g100.t1 -contig58 AUGUSTUS CDS 6406 7547 0.98 + 2 ID=contig58.g100.t1.cds;Parent=contig58.g100.t1 -# coding sequence = [atgttcgcgttacgtgctgcctccaaagccgataagaatttgcttccatttttggggcaactgtctcgtggccatgctg -# ccaaggctgcaaaggctgcggctgccgccaacggaaagattgtcgctgtaattggtgctgtcgtcgacgtgcagttcgatgataatttgccgccaatt -# ctgaacgccttggaagtcgacaaccgctctcctcggctcgtgctcgaagtggcccagcacctgggagaaaacactgtgcgcaccattgccatggacgg -# cactgagggcttggttcgcggacagaaggttctcgatactggttatccaattcgtattccagttggtgctgaaaccctgggtcgcattatcaatgtga -# ttggcgagcccatcgatgagcgtggaccaatcgaaaccgacaagaccgcagctattcacgctgaggcccctgaattcgttcagatgtccgttgagcag -# gagattctggtcactggaatcaaagtagttgatctcctggctccttatgcgaagggcggaaaaattggtttgtttggcggtgccggcgtgggtaaaac -# tgtgttaatcatggagttgattaacaacgtggctaaggcccacggtggatactctgtttttgctggagtcggcgaacgcacccgcgaaggaaacgatt -# tgtacaatgagatgatcgagggtggtgtcatttcactgaaggacaagacttccaaggtggccctggtttacggccaaatgaacgagccccctggtgcc -# cgtgcccgtgttgctcttactgggctgaccgttgccgagtacttccgtgatcaagaaggacaggatgtgttgctgtttatcgacaacattttccggtt -# tactcaagctgggtcagaggtgtccgctttgttgggccgtattccctccgccgtcggttaccaaccaactttagccactgatatgggttctatgcagg -# aacgtattaccaccaccaaaaagggatctattacttccgttcaggctatctatgtgcccgctgacgatttgactgatcctgctccagccactactttc -# gctcacttggacgccactactgtcctgtcgcgagcgattgccgaactgggtatttaccctgctgtggatcctttggattccacgtcaagaattatgga -# ccctaacattattggacaggaacattacaacgttgctcgtggtgtgcagaaaatcctacaggattacaaatcccttcaggatatcattgccattctgg -# gtatggatgagttgtctgaggaagataagctcacagttgctcgcgctcggaagattcagcgtttcttgtcgcagccattccaagttgctgaagtcttt -# actgggcatgctggtaaactggtgcctctggaacaaaccataaaaggtttttcatcgattctggctggggattatgatcatctgcctgaagttgcttt -# ctacatggttggcccaatcgaagaagttgtggagaaggctgaccgtctggcaaaggaagcagcttaa] -# protein sequence = [MFALRAASKADKNLLPFLGQLSRGHAAKAAKAAAAANGKIVAVIGAVVDVQFDDNLPPILNALEVDNRSPRLVLEVAQ -# HLGENTVRTIAMDGTEGLVRGQKVLDTGYPIRIPVGAETLGRIINVIGEPIDERGPIETDKTAAIHAEAPEFVQMSVEQEILVTGIKVVDLLAPYAKG -# GKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYNEMIEGGVISLKDKTSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQE -# GQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGSMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIY -# PAVDPLDSTSRIMDPNIIGQEHYNVARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVARARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHAGKLVPLEQTIKGFSS -# ILAGDYDHLPEVAFYMVGPIEEVVEKADRLAKEAA] -# end gene contig58.g100 -### -# start gene contig58.g101 -contig58 AUGUSTUS gene 20148 27051 0.14 - . ID=contig58.g101 -contig58 AUGUSTUS transcript 20148 27051 0.14 - . ID=contig58.g101.t1;Parent=contig58.g101 -contig58 AUGUSTUS CDS 20148 20212 0.52 - 2 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 -contig58 AUGUSTUS CDS 22387 22479 0.76 - 2 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 -contig58 AUGUSTUS CDS 24320 24446 0.97 - 0 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 -contig58 AUGUSTUS CDS 24508 24617 0.89 - 2 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 -contig58 AUGUSTUS CDS 24891 25163 0.92 - 2 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 -contig58 AUGUSTUS CDS 26816 26910 0.97 - 1 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 -contig58 AUGUSTUS CDS 26987 27051 0.66 - 0 ID=contig58.g101.t1.cds;Parent=contig58.g101.t1 -contig58 AUGUSTUS start_codon 27049 27051 . - 0 Parent=contig58.g101.t1 -# coding sequence = [atggctgcaccagcagcctgtacgcgtttttcggacaactacgacatcaaagaagaactgggaaaaggggcattttcaa -# tagtgaaaagatgcgtccaaaagtcaactggatttgaatttgctgcaaaaattataaatacaaaaaagttaactgcaagagaggctgatgcatcacat -# tgtattcaacaaatattggaatcggtcaatcactgccaccaaaatggtgtggtgcatcgagatctgaaaccagagaatttactattagctagtaaggc -# aaagggtgcagcagtgaaactcgctgactttggtctagccattgaagttcaaggcgatcatcaggcttggtttggatttgctggcactccaggatatc -# tgtcgccagaggtattgaaaaaggagccctatggcaaatcggtagatatatgggcatgtgaatgggatacggtcaccccagaagcaaaaaatcttatt -# aatcaaatgctcacagtaaatccaaacaaacgaataaccgccgccgaggctttaaagcacccatggatttgtcaacgagaacgcgttgcttccgttgt -# gcatcgacaagaaactgtggactgtctcaagaagttcaatgcgcgccggaagctaaagggagctatacttacaaccatgttggctaccagaaattttt -# ccagcagaagtatgatcaccaagaagggtgacggatctcaagtcaaggaatctaccgattcttctagcactacccttgaagacgatgatattaaagca -# atccagtattcgtcaacgaaaacagatattaccgatattacagatatcaccaagcggtggtag] -# protein sequence = [MAAPAACTRFSDNYDIKEELGKGAFSIVKRCVQKSTGFEFAAKIINTKKLTAREADASHCIQQILESVNHCHQNGVVH -# RDLKPENLLLASKAKGAAVKLADFGLAIEVQGDHQAWFGFAGTPGYLSPEVLKKEPYGKSVDIWACEWDTVTPEAKNLINQMLTVNPNKRITAAEALK -# HPWICQRERVASVVHRQETVDCLKKFNARRKLKGAILTTMLATRNFSSRSMITKKGDGSQVKESTDSSSTTLEDDDIKAIQYSSTKTDITDITDITKR -# W] -# end gene contig58.g101 -### -# -# ----- prediction on sequence number 59 (length = 40011, name = contig59) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 59 on both strands -# start gene contig59.g102 -contig59 AUGUSTUS gene 10148 17051 0.11 - . ID=contig59.g102 -contig59 AUGUSTUS transcript 10148 17051 0.11 - . ID=contig59.g102.t1;Parent=contig59.g102 -contig59 AUGUSTUS CDS 10148 10212 0.53 - 2 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 -contig59 AUGUSTUS CDS 12387 12479 0.65 - 2 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 -contig59 AUGUSTUS CDS 14320 14446 0.98 - 0 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 -contig59 AUGUSTUS CDS 14508 14617 0.88 - 2 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 -contig59 AUGUSTUS CDS 14891 15163 0.94 - 2 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 -contig59 AUGUSTUS CDS 16816 16910 0.96 - 1 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 -contig59 AUGUSTUS CDS 16987 17051 0.55 - 0 ID=contig59.g102.t1.cds;Parent=contig59.g102.t1 -contig59 AUGUSTUS start_codon 17049 17051 . - 0 Parent=contig59.g102.t1 -# coding sequence = [atggctgcaccagcagcctgtacgcgtttttcggacaactacgacatcaaagaagaactgggaaaaggggcattttcaa -# tagtgaaaagatgcgtccaaaagtcaactggatttgaatttgctgcaaaaattataaatacaaaaaagttaactgcaagagaggctgatgcatcacat -# tgtattcaacaaatattggaatcggtcaatcactgccaccaaaatggtgtggtgcatcgagatctgaaaccagagaatttactattagctagtaaggc -# aaagggtgcagcagtgaaactcgctgactttggtctagccattgaagttcaaggcgatcatcaggcttggtttggatttgctggcactccaggatatc -# tgtcgccagaggtattgaaaaaggagccctatggcaaatcggtagatatatgggcatgtgaatgggatacggtcaccccagaagcaaaaaatcttatt -# aatcaaatgctcacagtaaatccaaacaaacgaataaccgccgccgaggctttaaagcacccatggatttgtcaacgagaacgcgttgcttccgttgt -# gcatcgacaagaaactgtggactgtctcaagaagttcaatgcgcgccggaagctaaagggagctatacttacaaccatgttggctaccagaaattttt -# ccagcagaagtatgatcaccaagaagggtgacggatctcaagtcaaggaatctaccgattcttctagcactacccttgaagacgatgatattaaagca -# atccagtattcgtcaacgaaaacagatattaccgatattacagatatcaccaagcggtggtag] -# protein sequence = [MAAPAACTRFSDNYDIKEELGKGAFSIVKRCVQKSTGFEFAAKIINTKKLTAREADASHCIQQILESVNHCHQNGVVH -# RDLKPENLLLASKAKGAAVKLADFGLAIEVQGDHQAWFGFAGTPGYLSPEVLKKEPYGKSVDIWACEWDTVTPEAKNLINQMLTVNPNKRITAAEALK -# HPWICQRERVASVVHRQETVDCLKKFNARRKLKGAILTTMLATRNFSSRSMITKKGDGSQVKESTDSSSTTLEDDDIKAIQYSSTKTDITDITDITKR -# W] -# end gene contig59.g102 -### -# -# ----- prediction on sequence number 60 (length = 50013, name = contig60) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 60 on both strands -# start gene contig60.g103 -contig60 AUGUSTUS gene 22241 32526 0.14 + . ID=contig60.g103 -contig60 AUGUSTUS transcript 22241 32526 0.14 + . ID=contig60.g103.t1;Parent=contig60.g103 -contig60 AUGUSTUS start_codon 22241 22243 . + 0 Parent=contig60.g103.t1 -contig60 AUGUSTUS CDS 22241 22251 0.2 + 0 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 -contig60 AUGUSTUS CDS 22372 29494 0.15 + 1 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 -contig60 AUGUSTUS CDS 29560 29780 1 + 0 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 -contig60 AUGUSTUS CDS 29847 31965 0.97 + 1 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 -contig60 AUGUSTUS CDS 32025 32145 1 + 0 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 -contig60 AUGUSTUS CDS 32204 32526 0.98 + 2 ID=contig60.g103.t1.cds;Parent=contig60.g103.t1 -# coding sequence = [atgtacgaaattattctaaccattggactgagtagcggggctttcagtgaatccgatgacaccagtctgaaagtatccg -# ggtcagcaaaaatttattcgaagggaaactgtgggtatacgttgcagctaagttccgtgaaggtgtccaatacaaaagagtccgtagagaaaaggatt -# ttgaacaacattcaaaaaccagttcagttcacgctggttagtggacatctggagccacaaatttgttcagactccagcgacttggattactcgctgaa -# tattaagcgggcagttatatcattactgcaatctggaacaaagaccgaaaacgaagttgacgttttcggccagtgccccactcatacttcgacgtcca -# ctgtaggcaatgcaaacataataacgaaggttcgcaacttaaacagatgtgcacatagggagcagattaacagtggtctggtgtccgggaaagtgaac -# gagaaagctggtatcacgtctagcctactattgcaggcaaattatataaaagagtcaaagattgtgaacagtcttcttgaaaatgttcagctgacaga -# aacatacaagtttgttggaactactaaaggaaattcggaaattagtgcaaaggtagtcacaacattaaaactaaaaaatcctaccggaacaaaagcta -# actcgccatctactggctccactgttagaagcgtgattttccaaagaccagaaacctacacatcgaaaaatataaacgctctgaaaacgatactatct -# gatcttgtggatttgactggcgattatgtgaaaaaagatagcgctaaaaagtttgtagaatttattaggttgcttcgccaatctgatagtgagacttt -# attagagctggctgcatacccacatccaaacaaagtcttagcccgcaaggtatacttagatggattgttccgtactagtaccgcagagtcagccagag -# ttatattgaaacagcttcctaagtttgatgataaggagaaactactagcgatactgtctttaaacttggttaaaagtgtggacaaggagacactcaat -# caagcagctgctcagctgctaccgaacgctcctaaggaattgtatctagctgtgggtaccttggttgctaaattttgtttaggaaaaaattgccaagg -# acctgaaattgatgccatatctaaaaagtttacggatggcctaaaacggtgtaagccaaatactaagaaggaagaagaacggattgtctatattttaa -# agggaataggaaatgcaaagagcttaggtggcaacactgctgctgtccttagtgagtgcgcctccacgggccgttccaatcgtatacgtgtagcggct -# ttgagagcattttcaacaattgattgcaatggagcactgcgaactaaggctttggaactacttaagaaccgcaacgaggactcagagttacgtattga -# agcctatttgtcttcaatttcatgtcccaacgcagaggtggccaaccagatttcagatatagtcaattccgaaacagttaaccaggtaggaggattta -# tttcatctaatttaaaagccattcgggactcgacagacgccagccgtgagcagcaaaggtaccatttagggaacattcgagtgactaagaaatttcct -# gcggattacagacgatacagtttcaacaatgaagtttcctacaaactggaatcccttggccttggagctagttctgactatcaattaatttattcgca -# acatgggttcttaccccgatcatctcgtatcaatgttacaactgaaatttttggaactaacttcaacgtatttgaagcaagcgtacgtcaggaaaatt -# ttgaggatgtgctggaatattatctgggaccgaaggggttgttaaacaaagatttcaatgaaatagttaagatcattgaagttggaaacaacgcggct -# gctagtgctggtggtcgagcccgacgctcaattgccgacgatgttgctaagatatcgaaaaagtataaaacttacggtgctaaaagtgtgcaagatct -# 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ID=contig61.g105.t1;Parent=contig61.g105 -contig61 AUGUSTUS start_codon 7236 7238 . + 0 Parent=contig61.g105.t1 -contig61 AUGUSTUS CDS 7236 7246 0.37 + 0 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 -contig61 AUGUSTUS CDS 7367 14489 0.32 + 1 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 -contig61 AUGUSTUS CDS 14555 14775 1 + 0 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 -contig61 AUGUSTUS CDS 14842 16960 0.95 + 1 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 -contig61 AUGUSTUS CDS 17020 17140 1 + 0 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 -contig61 AUGUSTUS CDS 17199 17521 0.97 + 2 ID=contig61.g105.t1.cds;Parent=contig61.g105.t1 -# coding sequence = [atgtacgaaattattctaaccattggactgagtagcggggctttcagtgaatccgatgacaccagtctgaaagtatccg -# ggtcagcaaaaatttattcgaagggaaactgtgggtatacgttgcagctaagttccgtgaaggtgtccaatacaaaagagtccgtagagaaaaggatt -# ttgaacaacattcaaaaaccagttcagttcacgctggttagtggacatctggagccacaaatttgttcagactccagcgacttggattactcgctgaa -# 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ID=contig63.g108 -contig63 AUGUSTUS transcript 4369 17721 0.09 + . ID=contig63.g108.t1;Parent=contig63.g108 -contig63 AUGUSTUS start_codon 4369 4371 . + 0 Parent=contig63.g108.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 4369 4421 0.53 + 0 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 4822 5122 0.55 + 1 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 5190 5442 0.77 + 0 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 11546 11653 0.84 + 2 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 11995 12117 0.56 + 2 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 17609 17721 0.4 + 2 ID=contig63.g108.t1.cds;Parent=contig63.g108.t1 -# coding sequence = [atgatggcaaacggcagcgtatgggatacagtggcgatcctctttatccaaatcgctctgggcagtatgattttttgtg -# gccgagttttatcggacgccgccggcttcctattttggtatgccggggcctgcgatggtttcagcatcctggacagtgatggatccacctccatgggt -# tctggagtgcctccacagtgcccatcgctgtgtggatcaaggtgcacctgtgccttgttctgtttagtaaagtgtggactttttccagcacttacttg -# cgtgtatgcctggcgggacgtttgttggcgttcatgcgcccttggatttgttttcgtatccttctgttacaagctgaatatttggcctgggaagtggt -# gtatcaaggatgagcacaagctacttgccgagctaggcaacttgacagcaggcaccggaaactgtgcatcatcatattatgaggcttcaaacggattt -# tccacaaactcgatatctggatctggttcgggtccgacgccgtctagcagtgatacgtctatgttgtacgacagtatttcaacaatttcgcaatctca -# aagctcactttatacaccaacaattggaccatcaattggctgtagttcagttgtgcccagcacagattacgcctacaaccccgcctatacacaatatg -# gtggcgcatacggatcatatggctatggggctggtgggggcttgataaattcatcctactactacgagagcggacaacctcagtcgacattgacgcca -# gacctggtcaggtctcctttagctgcaactcgggccaactccctggcttccgctgcgtcgccaggaagtggaaagtccgagttttctgactcggaact -# atcctctgacaaagcatctgtttgcattggatttatagttatagtcaaagctgaatcatcccaaactaagccatcatcaacaatctaa] -# protein sequence = [MMANGSVWDTVAILFIQIALGSMIFCGRVLSDAAGFLFWYAGACDGFSILDSDGSTSMGSGVPPQCPSLCGSRCTCAL -# FCLVKCGLFPALTCVYAWRDVCWRSCALGFVFVSFCYKLNIWPGKWCIKDEHKLLAELGNLTAGTGNCASSYYEASNGFSTNSISGSGSGPTPSSSDT -# SMLYDSISTISQSQSSLYTPTIGPSIGCSSVVPSTDYAYNPAYTQYGGAYGSYGYGAGGGLINSSYYYESGQPQSTLTPDLVRSPLAATRANSLASAA -# SPGSGKSEFSDSELSSDKASVCIGFIVIVKAESSQTKPSSTI] -# end gene contig63.g108 -### -# start gene contig63.g109 -contig63 AUGUSTUS gene 20635 28361 0.05 - . ID=contig63.g109 -contig63 AUGUSTUS transcript 20635 28361 0.05 - . ID=contig63.g109.t1;Parent=contig63.g109 -contig63 AUGUSTUS CDS 20635 20703 0.21 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 22334 22879 0.68 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 26229 26336 0.84 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 26403 26903 0.91 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 26957 27099 0.99 - 2 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 28214 28361 0.36 - 0 ID=contig63.g109.t1.cds;Parent=contig63.g109.t1 -contig63 AUGUSTUS start_codon 28359 28361 . - 0 Parent=contig63.g109.t1 -# coding sequence = [atgggcgagggccattgtttatcacctataatcatgactgtacacaaatacatgggctgcatttacattgcagtgatat -# tgtctgcacatctgtttgctggagttgtaacttcaagtgaaaatgatgatgaatacttaacacaaaaagaggtcatattagaaaagtcgtatcatggg -# ttgattcgagaaaacgaaacactagtggaaataactccattaataaaagtggatgaagaaaaaatttgcaactttcatattcttaaaaagccatatca -# tgagattccatttgaaattgaactggttaataacctggggattttaaaagctcgccggacgttaaattgcgagaaacgaaagagctatcatttcgaaa -# tcgttgcggtatattgcgatggaacaccttcaaatacagctaatgttcatattactgttatcgacataaatgaatatgcaccaacatttatagaaccg -# tcttacgtaacagaagtagacgaaggtcgtctttacaatgagatcttaagagtggaagctactgataaggactgtactccactttttggcgatgtttg -# caaatatgagatactaaacaatgacgaaccattctcaatagataacgagggcttaatcaaaaatactgaaccactttctcataaggcatcacataacc -# acatactatctgttgttgcgtacgactgtgcgatgaaagaatctgccgcaataatggttagcatcaaagttcgacgagtgtgtgagacgaagttctta -# ggcatgccagaacgtattgattatacgtccggtagcactgaaagccttcaactttttcccaacgcccgattggatttgtgtgatatttcttgtaagaa -# tgaataccttagtattcatgcatcgatagctcttaagacaaaacacatctcatttggatgcgatcgggacctatcaaattgtacttcgagccaaaaag -# tgaaagaccttttgccgcatggtgcagaatggaccaaagaattgagctacgacgaaggcgtagaacctatatttcactttgacgggtctactggagta -# gtggttcctgacactgttatcaatcattacgatttctcatcgcgtccttttagcattctcaccatgtttagacataatagtcaaggtgtggctaataa -# acatgttaaggaacatattgtctgcagtgctgatgaccacaaaatgaatcgccatcatatggcattgtttgttcgcaactgtcgtcttatacttttat -# taagaaaaaactttaacgagggtgatcttaatatctttagccctgctgaatggcgttggaaaatacctgaggtttgcgataatgaatggcatcactat -# gttcttaatgttgaagatccgtccaaagttgatttatttatcgatggcgtacgttttgaaaattctattgaggatcgacatagcaatccggagttcct -# atgggagctatatgatatagttgtcctatccggctggttccgacttatatacaacctgcaatag] -# protein sequence = [MGEGHCLSPIIMTVHKYMGCIYIAVILSAHLFAGVVTSSENDDEYLTQKEVILEKSYHGLIRENETLVEITPLIKVDE -# EKICNFHILKKPYHEIPFEIELVNNLGILKARRTLNCEKRKSYHFEIVAVYCDGTPSNTANVHITVIDINEYAPTFIEPSYVTEVDEGRLYNEILRVE -# ATDKDCTPLFGDVCKYEILNNDEPFSIDNEGLIKNTEPLSHKASHNHILSVVAYDCAMKESAAIMVSIKVRRVCETKFLGMPERIDYTSGSTESLQLF -# PNARLDLCDISCKNEYLSIHASIALKTKHISFGCDRDLSNCTSSQKVKDLLPHGAEWTKELSYDEGVEPIFHFDGSTGVVVPDTVINHYDFSSRPFSI -# LTMFRHNSQGVANKHVKEHIVCSADDHKMNRHHMALFVRNCRLILLLRKNFNEGDLNIFSPAEWRWKIPEVCDNEWHHYVLNVEDPSKVDLFIDGVRF -# ENSIEDRHSNPEFLWELYDIVVLSGWFRLIYNLQ] -# end gene contig63.g109 -### -# start gene contig63.g110 -contig63 AUGUSTUS gene 36899 51455 0.1 + . ID=contig63.g110 -contig63 AUGUSTUS transcript 36899 51455 0.1 + . ID=contig63.g110.t1;Parent=contig63.g110 -contig63 AUGUSTUS start_codon 36899 36901 . + 0 Parent=contig63.g110.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 36899 36901 0.99 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 36954 37086 1 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 37151 37311 0.95 + 2 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 40574 40738 0.92 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 40795 40953 0.7 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 42037 42240 0.97 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 45152 45256 0.84 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 50734 51124 0.8 + 0 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 -contig63 AUGUSTUS CDS 51178 51455 0.33 + 2 ID=contig63.g110.t1.cds;Parent=contig63.g110.t1 -# coding sequence = [atggtacggaaaaaacgcgacactttagaaaagaaaaacataatagaccgaagcacccttaacaggatatgtttctcat -# acatgatattttcaatgcttataattgcaaccgcccttcctccagtgatacgcgtaggtgccatatttaccgaagatgagcgtgaaagcagtatcgaa -# tcggcctttaaatacgcgatttaccggatcaacaaggaaaaaaaccttcttcccaatacacaacttgtatacgatattgagtatgtgccccgagatga -# ttcgtttcgcaccactaaaaaggacttggaaacgtatgatcttgaggattttaggtataacagcgtaaatataactgcatttcgtttggtcgatgtca -# atagcaaaagatatctagaggttattgatcaaatgcagagattgcagcataatggattacaaagaatcaatggaattccttatatacagacagaatcc -# gctttaatgtttgattcggtatacgcctttgcttctgggttacactttttaaatttagatagccgtcccaatttttctgtcaaaaacctctcatgcac -# ctccgaccaaacttgggatgacggaatttctttgtataaccaaataaacgctgctattacagatggtttaacaggaaatattaattttgtggaaggtc -# gccgagacaagtttaaacttgatattctaaaattgaagcaagaaaaaattcaaaaggtgggatactggcagcccgaggtcggtattaacatttcggat -# ccaacggctttctacgattctaatattgcaaatataacattggtcgttatgacaagagagcgtgctgatctggctgtagcctcaatgacaattaacta -# tgctcgggaaagtgttatagactttacaaaaccatttatgaatttgggcattggtatcctttttaaggattctaaaattggtatatatcaaaaaatgt -# ggcgttatatggagaatcggaaagcagctgtatttgttaaaacgtacgaagatggaattaagcgtgtaatggaaggcagctatgcatttttaatggaa -# tccaccatgcttgactatgcagttcaacgcgattgtaatttaactcaaataggtggcttactggattctaaaggttacggcatcgccacaccaaaagg -# atctccttggagagataaaatttcactcgccattttagagctacaagaaaaaggtattattcaaatattatatgataaatggtggaaaaatacgggtg -# atgtttgcaacagagacgataagagcaaggagtccaaggccaatgcactaggagtagaaaatattggtggagtatttgttgtccttctctgtggactt -# gcacttgccgttgtcgtggctatatttgagttttgctggaactccagaaaaaatttaaataccgaaaatcaatctctgtgctcagaaatggcccaaga -# acttcgttttgcaatgcactgccacggatcaaaatcaaagcatagaccacgtaaacggaattgcttaaagtgctcatcaggaccaacatacgttccga -# gtaatatgagtattccaaatgtcggcgttcactataattattttaattaa] -# protein sequence = [MVRKKRDTLEKKNIIDRSTLNRICFSYMIFSMLIIATALPPVIRVGAIFTEDERESSIESAFKYAIYRINKEKNLLPN -# TQLVYDIEYVPRDDSFRTTKKDLETYDLEDFRYNSVNITAFRLVDVNSKRYLEVIDQMQRLQHNGLQRINGIPYIQTESALMFDSVYAFASGLHFLNL -# DSRPNFSVKNLSCTSDQTWDDGISLYNQINAAITDGLTGNINFVEGRRDKFKLDILKLKQEKIQKVGYWQPEVGINISDPTAFYDSNIANITLVVMTR -# ERADLAVASMTINYARESVIDFTKPFMNLGIGILFKDSKIGIYQKMWRYMENRKAAVFVKTYEDGIKRVMEGSYAFLMESTMLDYAVQRDCNLTQIGG -# LLDSKGYGIATPKGSPWRDKISLAILELQEKGIIQILYDKWWKNTGDVCNRDDKSKESKANALGVENIGGVFVVLLCGLALAVVVAIFEFCWNSRKNL -# NTENQSLCSEMAQELRFAMHCHGSKSKHRPRKRNCLKCSSGPTYVPSNMSIPNVGVHYNYFN] -# end gene contig63.g110 -### -# -# ----- prediction on sequence number 64 (length = 40016, name = contig64) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 64 on both strands -# start gene contig64.g111 -contig64 AUGUSTUS gene 5630 13356 0.04 - . ID=contig64.g111 -contig64 AUGUSTUS transcript 5630 13356 0.04 - . ID=contig64.g111.t1;Parent=contig64.g111 -contig64 AUGUSTUS CDS 5630 5698 0.11 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 -contig64 AUGUSTUS CDS 7329 7874 0.63 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 -contig64 AUGUSTUS CDS 11224 11331 0.83 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 -contig64 AUGUSTUS CDS 11398 11898 0.92 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 -contig64 AUGUSTUS CDS 11952 12094 0.98 - 2 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 -contig64 AUGUSTUS CDS 13209 13356 0.44 - 0 ID=contig64.g111.t1.cds;Parent=contig64.g111.t1 -contig64 AUGUSTUS start_codon 13354 13356 . - 0 Parent=contig64.g111.t1 -# coding sequence = [atgggcgagggccattgtttatcacctataatcatgactgtacacaaatacatgggctgcatttacattgcagtgatat -# tgtctgcacatctgtttgctggagttgtaacttcaagtgaaaatgatgatgaatacttaacacaaaaagaggtcatattagaaaagtcgtatcatggg -# ttgattcgagaaaacgaaacactagtggaaataactccattaataaaagtggatgaagaaaaaatttgcaactttcatattcttaaaaagccatatca -# tgagattccatttgaaattgaactggttaataacctggggattttaaaagctcgccggacgttaaattgcgagaaacgaaagagctatcatttcgaaa -# tcgttgcggtatattgcgatggaacaccttcaaatacagctaatgttcatattactgttatcgacataaatgaatatgcaccaacatttatagaaccg -# tcttacgtaacagaagtagacgaaggtcgtctttacaatgagatcttaagagtggaagctactgataaggactgtactccactttttggcgatgtttg -# caaatatgagatactaaacaatgacgaaccattctcaatagataacgagggcttaatcaaaaatactgaaccactttctcataaggcatcacataacc -# acatactatctgttgttgcgtacgactgtgcgatgaaagaatctgccgcaataatggttagcatcaaagttcgacgagtgtgtgagacgaagttctta -# ggcatgccagaacgtattgattatacgtccggtagcactgaaagccttcaactttttcccaacgcccgattggatttgtgtgatatttcttgtaagaa -# tgaataccttagtattcatgcatcgatagctcttaagacaaaacacatctcatttggatgcgatcgggacctatcaaattgtacttcgagccaaaaag -# tgaaagaccttttgccgcatggtgcagaatggaccaaagaattgagctacgacgaaggcgtagaacctatatttcactttgacgggtctactggagta -# gtggttcctgacactgttatcaatcattacgatttctcatcgcgtccttttagcattctcaccatgtttagacataatagtcaaggtgtggctaataa -# acatgttaaggaacatattgtctgcagtgctgatgaccacaaaatgaatcgccatcatatggcattgtttgttcgcaactgtcgtcttatacttttat -# taagaaaaaactttaacgagggtgatcttaatatctttagccctgctgaatggcgttggaaaatacctgaggtttgcgataatgaatggcatcactat -# gttcttaatgttgaagatccgtccaaagttgatttatttatcgatggcgtacgttttgaaaattctattgaggatcgacatagcaatccggagttcct -# atgggagctatatgatatagttgtcctatccggctggttccgacttatatacaacctgcaatag] -# protein sequence = [MGEGHCLSPIIMTVHKYMGCIYIAVILSAHLFAGVVTSSENDDEYLTQKEVILEKSYHGLIRENETLVEITPLIKVDE -# EKICNFHILKKPYHEIPFEIELVNNLGILKARRTLNCEKRKSYHFEIVAVYCDGTPSNTANVHITVIDINEYAPTFIEPSYVTEVDEGRLYNEILRVE -# ATDKDCTPLFGDVCKYEILNNDEPFSIDNEGLIKNTEPLSHKASHNHILSVVAYDCAMKESAAIMVSIKVRRVCETKFLGMPERIDYTSGSTESLQLF -# PNARLDLCDISCKNEYLSIHASIALKTKHISFGCDRDLSNCTSSQKVKDLLPHGAEWTKELSYDEGVEPIFHFDGSTGVVVPDTVINHYDFSSRPFSI -# LTMFRHNSQGVANKHVKEHIVCSADDHKMNRHHMALFVRNCRLILLLRKNFNEGDLNIFSPAEWRWKIPEVCDNEWHHYVLNVEDPSKVDLFIDGVRF -# ENSIEDRHSNPEFLWELYDIVVLSGWFRLIYNLQ] -# end gene contig64.g111 -### -# start gene contig64.g112 -contig64 AUGUSTUS gene 21894 36450 0.08 + . ID=contig64.g112 -contig64 AUGUSTUS transcript 21894 36450 0.08 + . 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ID=contig65.g113 -contig65 AUGUSTUS transcript 1885 42915 0.02 + . ID=contig65.g113.t1;Parent=contig65.g113 -contig65 AUGUSTUS start_codon 1885 1887 . + 0 Parent=contig65.g113.t1 -contig65 AUGUSTUS CDS 1885 1887 0.99 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 -contig65 AUGUSTUS CDS 1940 2072 0.99 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 -contig65 AUGUSTUS CDS 2137 2297 0.9 + 2 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 -contig65 AUGUSTUS CDS 5560 5724 0.89 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 -contig65 AUGUSTUS CDS 5781 5939 0.71 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 -contig65 AUGUSTUS CDS 7023 7226 0.91 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 -contig65 AUGUSTUS CDS 10138 10242 0.84 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 -contig65 AUGUSTUS CDS 15720 16110 0.97 + 0 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 -contig65 AUGUSTUS CDS 42380 42915 0.14 + 2 ID=contig65.g113.t1.cds;Parent=contig65.g113.t1 -# coding sequence = [atggtacggaaaaaacgcgacactttagaaaagaaaaacataatagaccgaagcacccttaacaggatatgtttctcat -# acatgatattttcaatgcttataattgcaaccgcccttcctccagtgatacgcgtaggtgccatatttaccgaagatgagcgtgaaagcagtatcgaa -# tcggcctttaaatacgcgatttaccggatcaacaaggaaaaaaaccttcttcccaatacacaacttgtatacgatattgagtatgtgccccgagatga -# ttcgtttcgcaccactaaaaaggacttggaaacgtatgatcttgaggattttaggtataacagcgtaaatataactgcatttcgtttggtcgatgtca -# atagcaaaagatatctagaggttattgatcaaatgcagagattgcagcataatggattacaaagaatcaatggaattccttatatacagacagaatcc -# gctttaatgtttgattcggtatacgcctttgcttctgggttacactttttaaatttagatagccgtcccaatttttctgtcaaaaacctctcatgcac -# ctccgaccaaacttgggatgacggaatttctttgtataaccaaataaacgctgctattacagatggtttaacaggaaatattaattttgtggaaggtc -# gccgagacaagtttaaacttgatattctaaaattgaagcaagaaaaaattcaaaaggtgggatactggcagcccgaggtcggtattaacatttcggat -# ccaacggctttctacgattctaatattgcaaatataacattggtcgttatgacaagagagcgtgctgatctggctgtagcctcaatgacaattaacta -# tgctcgggaaagtgttatagactttacaaaaccatttatgaatttgggcattggtatcctttttaaggattctaaaattggtatatatcaaaaaatgt -# ggcgttatatggagaatcggaaagcagctgtatttgttaaaacgtacgaagatggaattaagcgtgtaatggaaggcagctatgcatttttaatggaa -# tccaccatgcttgactatgcagttcaacgcgattgtaatttaactcaaataggtggcttactggattctaaaggttacggcatcgccacaccaaaagg -# atctccttggagagataaaatttcactcgccattttagagctacaagaaaaaggtattattcaaatattatatgataaatggtggaaaaatacgggtg -# atgtttgcaacagagacgataagagcaaggagtccaaggccaatgcactaggagtagaaaatattgatgttaaaagtctaaattcaaagaaagaggtt -# caaataattgaatcaggtaaaaattctgatgttccgcgcaaaaccacaaattcattatcaatagagacaatacaattcaaggaagaaatgcaattgca -# agcccgaaatcgcatagactctattaaacgcactctagttggaggtgaacgtgttgatgacctaaaactaaaagaacagcaccaagctaaaaaaatgg -# cagcacaacgtcacttaagtgctatcgcctatgcattaaacagagttcaatgtgaggatcgtgatctcttgcagggacattatgctactataacccaa -# gaaataaatataaaaaataatcacattaagaagtgtaaagaaaaaattaaaatgcttgaaatggaagtttccgatttaaactctgagtttcaattgga -# tagagaggattatttggacgaaatacgaaatcttggtcgtcaaataaagttttatcaacaattggtttataaatttaatccaagttttcaaaaaaatg -# gaagaaactggtaa] -# protein sequence = [MVRKKRDTLEKKNIIDRSTLNRICFSYMIFSMLIIATALPPVIRVGAIFTEDERESSIESAFKYAIYRINKEKNLLPN -# TQLVYDIEYVPRDDSFRTTKKDLETYDLEDFRYNSVNITAFRLVDVNSKRYLEVIDQMQRLQHNGLQRINGIPYIQTESALMFDSVYAFASGLHFLNL -# DSRPNFSVKNLSCTSDQTWDDGISLYNQINAAITDGLTGNINFVEGRRDKFKLDILKLKQEKIQKVGYWQPEVGINISDPTAFYDSNIANITLVVMTR -# ERADLAVASMTINYARESVIDFTKPFMNLGIGILFKDSKIGIYQKMWRYMENRKAAVFVKTYEDGIKRVMEGSYAFLMESTMLDYAVQRDCNLTQIGG -# LLDSKGYGIATPKGSPWRDKISLAILELQEKGIIQILYDKWWKNTGDVCNRDDKSKESKANALGVENIDVKSLNSKKEVQIIESGKNSDVPRKTTNSL -# SIETIQFKEEMQLQARNRIDSIKRTLVGGERVDDLKLKEQHQAKKMAAQRHLSAIAYALNRVQCEDRDLLQGHYATITQEINIKNNHIKKCKEKIKML -# EMEVSDLNSEFQLDREDYLDEIRNLGRQIKFYQQLVYKFNPSFQKNGRNW] -# end gene contig65.g113 -### -# -# ----- prediction on sequence number 66 (length = 45011, name = contig66) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 66 on both strands -# (none) -# -# ----- prediction on sequence number 67 (length = 44531, name = contig67) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 67 on both strands -# start gene contig67.g114 -contig67 AUGUSTUS gene 7489 44111 0.03 + . ID=contig67.g114 -contig67 AUGUSTUS transcript 7489 44111 0.03 + . 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ID=contig68.g115 -contig68 AUGUSTUS transcript 4505 24961 0.03 - . 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ID=contig69.g116 -contig69 AUGUSTUS transcript 30000 43409 0.03 + . ID=contig69.g116.t1;Parent=contig69.g116 -contig69 AUGUSTUS start_codon 30000 30002 . + 0 Parent=contig69.g116.t1 -contig69 AUGUSTUS CDS 30000 30334 0.73 + 0 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 -contig69 AUGUSTUS CDS 31328 31448 1 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 -contig69 AUGUSTUS CDS 40335 40510 0.93 + 0 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 -contig69 AUGUSTUS CDS 40569 40800 0.98 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 -contig69 AUGUSTUS CDS 40859 41109 0.67 + 0 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 -contig69 AUGUSTUS CDS 41958 42188 0.57 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 -contig69 AUGUSTUS CDS 42238 42382 0.98 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 -contig69 AUGUSTUS CDS 42438 42544 0.99 + 0 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 -contig69 AUGUSTUS CDS 42702 42781 0.98 + 1 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 -contig69 AUGUSTUS CDS 42839 43045 0.24 + 2 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 -contig69 AUGUSTUS CDS 43387 43409 0.22 + 2 ID=contig69.g116.t1.cds;Parent=contig69.g116.t1 -# coding sequence = [atgattgatccaagttcgagtgaagaagaaggcgaagatgaccccattgctaatgtgtcatcgaaaggacgtcttacac -# atgcacccaagggcacaaacaccgtttccatattaggtggggtttcaggtcccggtgtaggatcaaatatggctatttctggttctaatggtgatttg -# gccgggaatcaaagacaatctaatataagttctattagtaaccgaaatgatgctggaaacgtggcaggagttggaggctcctctaacaaaaatgagca -# aatacatggtagccgagttgacggcggcaatcttgaggtgcccaacagctgtattcccagcggtgtttcgcaagaaactttaaatcaaagtattggat -# cgtcgagggccaactctttgccacggccattgtcaccatcaccatctttaaccagcgaaaagcctgacactggagatccacatgcttttcttaaaggt -# gaaactcaaataatggcggatgaagcctttcaaaatgctgtacagagttatcacgacgtgtttcttaaatcggagcgagttttaaagatggtccaatc -# tggagcatcatcgcaacatgattttcgcgaagtttttcgtaacaacatagaaaaacgagtcagatctttacctgagattgatggtcttagtaaggaaa -# ctgtactaacttcttggatggcaaaattcgacataatattaaaaggaactggagaagaggactcgaagcgaccatctcggatgcagcaatcacttaat -# agcgagttaattctttcaaaagagcaattgtatgatatgtttcaacaaatattgttagtaaagaaatttgagcatcaaattttgtataacgccttgat -# gctagactctgccgatgaacaagcagcggctataagacgggaattagatggaagaatgcaacgtgtaggagaaatggagaaaaatcgcaaacttatgc -# caaaatttgttcttaaagaaatggagtcactttacgtcgaggaacttaagtcgtcaatcaatcttttaatggctaatcttgaatctcttccagtatcg -# aaaggaaatatggatagtaaatatggacttcaaaaacttaaacgatataatcacaggaaattgatactgcggtctcacggatccttgtccaagttgga -# gggtgactctgaagatggttctacacaattaacaaagttggatgttgtacttacctttcaattggaagtgatcgttatggaggttaaaggtcttaaat -# cattagctcctaatcgcattgtgtactgcacaatggaagttgaaaatggagaaaagcttcaaacggatcaagcggaagcatcaaaaccaatgtgggat -# acgcaaggtgattttacaaccacacatccactgccagttgtcaaggtcaaattgtacacagagaaccccggaatgctggcattggaagataaggaact -# gggaaaagtaatccttaaacctacccctctttcatccaaatcacctgagtggcatcgaatggtcattccaaaaaaccttcctgaccaagatatacgga -# ttaagatagcttgccgacttgataaacctttaaatatgaaacactgtggttataaggaaaaaaaatccgagccgtctgagatgatgcagcttgatgga -# tatacagtagattacatagaagccgccagtgcaaatttgatgtttggcatcgatttaaacggtggacgatttttcttcaacgctgtacgtgagggtga -# tagtatttcctttgcttgcgatgatgagaatgaatgcagtttatgggtaatggccatgtacagggcaactggtcaatcccataagccaactccaccaa -# taacacaagataagaattcagcaatgtcaaaaattcaaggtgagtcacaagacaagtcgatctag] -# protein sequence = [MIDPSSSEEEGEDDPIANVSSKGRLTHAPKGTNTVSILGGVSGPGVGSNMAISGSNGDLAGNQRQSNISSISNRNDAG -# NVAGVGGSSNKNEQIHGSRVDGGNLEVPNSCIPSGVSQETLNQSIGSSRANSLPRPLSPSPSLTSEKPDTGDPHAFLKGETQIMADEAFQNAVQSYHD -# VFLKSERVLKMVQSGASSQHDFREVFRNNIEKRVRSLPEIDGLSKETVLTSWMAKFDIILKGTGEEDSKRPSRMQQSLNSELILSKEQLYDMFQQILL -# VKKFEHQILYNALMLDSADEQAAAIRRELDGRMQRVGEMEKNRKLMPKFVLKEMESLYVEELKSSINLLMANLESLPVSKGNMDSKYGLQKLKRYNHR -# KLILRSHGSLSKLEGDSEDGSTQLTKLDVVLTFQLEVIVMEVKGLKSLAPNRIVYCTMEVENGEKLQTDQAEASKPMWDTQGDFTTTHPLPVVKVKLY -# TENPGMLALEDKELGKVILKPTPLSSKSPEWHRMVIPKNLPDQDIRIKIACRLDKPLNMKHCGYKEKKSEPSEMMQLDGYTVDYIEAASANLMFGIDL -# NGGRFFFNAVREGDSISFACDDENECSLWVMAMYRATGQSHKPTPPITQDKNSAMSKIQGESQDKSI] -# end gene contig69.g116 -### -# -# ----- prediction on sequence number 70 (length = 55020, name = contig70) ----- -# -# Predicted genes for sequence number 70 on both strands -# start gene contig70.g117 -contig70 AUGUSTUS gene 47 47328 0.01 + . ID=contig70.g117 -contig70 AUGUSTUS transcript 47 47328 0.01 + . ID=contig70.g117.t1;Parent=contig70.g117 -contig70 AUGUSTUS start_codon 47 49 . + 0 Parent=contig70.g117.t1 -contig70 AUGUSTUS CDS 47 381 0.82 + 0 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 -contig70 AUGUSTUS CDS 1375 1495 0.97 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 -contig70 AUGUSTUS CDS 10382 10557 0.95 + 0 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 -contig70 AUGUSTUS CDS 10616 10847 0.99 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 -contig70 AUGUSTUS CDS 10906 11156 0.58 + 0 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 -contig70 AUGUSTUS CDS 12005 12235 0.46 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 -contig70 AUGUSTUS CDS 12285 12429 0.99 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 -contig70 AUGUSTUS CDS 12485 12591 1 + 0 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 -contig70 AUGUSTUS CDS 12749 12828 0.93 + 1 ID=contig70.g117.t1.cds;Parent=contig70.g117.t1 -contig70 AUGUSTUS CDS 12886 13092 0.66 + 2 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agcgagttaattctttcaaaagagcaattgtatgatatgtttcaacaaatattgttagtaaagaaatttgagcatcaaattttgtataacgccttgat -# gctagactctgccgatgaacaagcagcggctataagacgggaattagatggaagaatgcaacgtgtaggagaaatggagaaaaatcgcaaacttatgc -# caaaatttgttcttaaagaaatggagtcactttacgtcgaggaacttaagtcgtcaatcaatcttttaatggctaatcttgaatctcttccagtatcg -# aaaggaaatatggatagtaaatatggacttcaaaaacttaaacgatataatcacaggaaattgatactgcggtctcacggatccttgtccaagttgga -# gggtgactctgaagatggttctacacaattaacaaagttggatgttgtacttacctttcaattggaagtgatcgttatggaggttaaaggtcttaaat -# cattagctcctaatcgcattgtgtactgcacaatggaagttgaaaatggagaaaagcttcaaacggatcaagcggaagcatcaaaaccaatgtgggat -# acgcaaggtgattttacaaccacacatccactgccagttgtcaaggtcaaattgtacacagagaaccccggaatgctggcattggaagataaggaact -# gggaaaagtaatccttaaacctacccctctttcatccaaatcacctgagtggcatcgaatggtcattccaaaaaaccttcctgaccaagatatacgga -# ttaagatagcttgccgacttgataaacctttaaatatgaaacactgtggttataaggaaaaaaaatccgagccgtctgagatgatgcagcttgatgga -# tatacagtagattacatagaagccgccagtgcaaatttgatgtttggcatcgatttaaacggtggacgatttttcttcaacgctgtacgtgagggtga -# tagtatttcctttgcttgcgatgatgagaatgaatgcagtttatgggtaatggccatgtacagggcaactggtcaatcccataagccaactccaccaa -# taacacaagataagaattcagcaatgtcaaaaattcaaggtgctcgcgttgcgccagacggcagcatttttctgtgggcgtcgttttttgttgcagct -# gcgacgcgaaactcctcgtcataccattggttccgtgtgggtgggcgcttgaacccaatggttgtttcagcagcagctcgcatggagtgggatatgtg -# cgcccagagtccgctggcatcaacatggagagggataggttggtggagcagttccgaaaggggacagccatatgaccttgtggatgtcgaggttccga -# aatctggtgctactcactaccatgtttcgtgccgtggcgaagtcaatcagcctgagaccgttgttcgagatggtctcatggaggctgaatcgaccgac -# ggtggggtcaaagatgcgttcgcgaccgagctttgcgttgaagtcccggaggataaacttcacgtcgtggtctggggatggtttagtcctggtcaagt -# tttcgtgttggacgaatattgcgctcgctatggtgtgcggggatgctaccgacatttatgctacctttctgatttactggatcgtgcagaaaagcaac -# acatgatagatccaacactaattcactattcatttgcgttttgcgcaagccacgttcacggaaatcgacctgatggggtaggaagcattacgcatgag -# gaaaaggaaaaattttctgaaatcaaagaacgcctacgtcagttactggagtttcaaataaccaattttagatactgttttcctttcggtcgccccga -# aggcgctcttaaagcgacattatctttactagagagagtgctaatgaaagacattgttacccctgttccacctgaagaagttcgtcaaatgattaaaa -# aaagtttagagacggcagcgcttgtaaattacacccgtctctccaataaagctaagattgaaggcacttttccgttcaagggacacgtgccagggaaa -# tcctatcggaatttcaaaatttttccaagcactttcctgtacacgggaaacgtcccagggaaagcctatcggaaaggtcccagggaaatcccgtcgga -# tattcaggatttgcgaggagaggttattgttccgcccccaaaaaaactagaggacctaattcacttagcagaactttgtgttgatctgttgcaacaaa -# atgaagagcactatggagaactgcgcaaacatgacaaaatggataaaattaaaatgcgtaaggaagatgatgatgtaccaaaaggccacaatgaaagc -# gatattgatttaaccgccaatactggactcagtagcacatcagacctggcttctgcagcatcaactaatggatcgtcatttcgttattataatttgag -# gaatgggcgttttcatcagcacctgcgagacacattcgcaccattagtcgtgcggtacgtggatctgatggaatcttcaatagctcagtcgattcata -# agggatttgaaaaagaacgctgggaaagtaaagggaacggatgtgccacctctgaagacttattttggaaactagatgctctacagtcgtttataaga -# gacctgcactggccagacgcagagtttcgacaacatttagaacagcgtcttaaaatgatggccgtcgatatgatagagcaatgtatacaacgaactga -# ttcgtcttttcagtcgtggctaaaaaaaaacattgccttcatatcaactgattatattttaccttcagaaatgtgcgctatggtcaatgtgatattag -# atgctaaaaatcaaagctttaaattgactactattgacggcattgatttgtataaatttcatgcaaaaattgacgaccaaatcgacaaagcgaatgta -# gctatgacacaaggtctaactggtaaacttatgtcagtgctagagtcgactttgtcaaaattagcacgatacgacgaaggtagcctaatcggctcgat -# tcttagttttacaaatgtatcgagctcgggaaaggatctcgggcaaggatatgtaaatttctttagaaataatatggatcaagtacgaggaaaaattg -# gcgacgatttatggaccctgaatttctttgagcagtggtactcgcagcagattaacatgctatgtaattggctttcggaacgtttggaccacgctctg -# cactacgctcaagtttcatctatttctcacattatcaagaaaatatattcagacttcgaattacaaggtgtattagaagataaattaaactctaaagc -# atatcaagcagtcgcacagcgaatggcgacagaggaagcgacatgtgctttgacaatgcctgatgttagcgaagatgaaccctgtgacgacattcgag -# aaggggaagaagaagatactggcgacgaatctacctctaacataccaaggggcttaccaaaaccaaaaattgctgccgctcaagctgctgctgttacc -# aacgttgttgccggccgtgtgggtaatttactcggcaaaggcattggcggccttagttcaaagttgggaagtggaagttggttttaa] -# protein sequence = [MIDPSSSEEEGEDDPIANVSSKGRLTHAPKGTNTVSILGGVSGPGVGSNMAISGSNGDLAGNQRQSNISSISNRNDAG -# NVAGVGGSSNKNEQIHGSRVDGGNLEVPNSCIPSGVSQETLNQSIGSSRANSLPRPLSPSPSLTSEKPDTGDPHAFLKGETQIMADEAFQNAVQSYHD -# VFLKSERVLKMVQSGASSQHDFREVFRNNIEKRVRSLPEIDGLSKETVLTSWMAKFDIILKGTGEEDSKRPSRMQQSLNSELILSKEQLYDMFQQILL -# VKKFEHQILYNALMLDSADEQAAAIRRELDGRMQRVGEMEKNRKLMPKFVLKEMESLYVEELKSSINLLMANLESLPVSKGNMDSKYGLQKLKRYNHR -# KLILRSHGSLSKLEGDSEDGSTQLTKLDVVLTFQLEVIVMEVKGLKSLAPNRIVYCTMEVENGEKLQTDQAEASKPMWDTQGDFTTTHPLPVVKVKLY -# TENPGMLALEDKELGKVILKPTPLSSKSPEWHRMVIPKNLPDQDIRIKIACRLDKPLNMKHCGYKEKKSEPSEMMQLDGYTVDYIEAASANLMFGIDL -# NGGRFFFNAVREGDSISFACDDENECSLWVMAMYRATGQSHKPTPPITQDKNSAMSKIQGARVAPDGSIFLWASFFVAAATRNSSSYHWFRVGGRLNP -# MVVSAAARMEWDMCAQSPLASTWRGIGWWSSSERGQPYDLVDVEVPKSGATHYHVSCRGEVNQPETVVRDGLMEAESTDGGVKDAFATELCVEVPEDK -# LHVVVWGWFSPGQVFVLDEYCARYGVRGCYRHLCYLSDLLDRAEKQHMIDPTLIHYSFAFCASHVHGNRPDGVGSITHEEKEKFSEIKERLRQLLEFQ -# ITNFRYCFPFGRPEGALKATLSLLERVLMKDIVTPVPPEEVRQMIKKSLETAALVNYTRLSNKAKIEGTFPFKGHVPGKSYRNFKIFPSTFLYTGNVP -# GKAYRKGPREIPSDIQDLRGEVIVPPPKKLEDLIHLAELCVDLLQQNEEHYGELRKHDKMDKIKMRKEDDDVPKGHNESDIDLTANTGLSSTSDLASA -# ASTNGSSFRYYNLRNGRFHQHLRDTFAPLVVRYVDLMESSIAQSIHKGFEKERWESKGNGCATSEDLFWKLDALQSFIRDLHWPDAEFRQHLEQRLKM -# MAVDMIEQCIQRTDSSFQSWLKKNIAFISTDYILPSEMCAMVNVILDAKNQSFKLTTIDGIDLYKFHAKIDDQIDKANVAMTQGLTGKLMSVLESTLS -# KLARYDEGSLIGSILSFTNVSSSGKDLGQGYVNFFRNNMDQVRGKIGDDLWTLNFFEQWYSQQINMLCNWLSERLDHALHYAQVSSISHIIKKIYSDF -# ELQGVLEDKLNSKAYQAVAQRMATEEATCALTMPDVSEDEPCDDIREGEEEDTGDESTSNIPRGLPKPKIAAAQAAAVTNVVAGRVGNLLGKGIGGLS -# SKLGSGSWF] -# end gene contig70.g117 -### -# command line: -# augustus --strand=both --noInFrameStop=false --gff3=on --uniqueGeneId=true --protein=on --codingseq=on --introns=off --stop=off --stop=off --cds=on --singlestrand=false /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/000/dataset_98.dat --UTR=off --genemodel=complete --species=fly
--- a/test-data/gff3/myHub/Dbia3/groups.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -name default_group -label Default group -priority 2 -defaultIsClosed 0 -
--- a/test-data/gff3/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,12 +0,0 @@ - -track gonramp_Augustus_Gene_Predictions_bb -longLabel Augustus -shortLabel Augustus -bigDataUrl tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb -type bigGenePred -visibility dense -thickDrawItem off -priority 10 -color 0,0,0 -group default_group -searchIndex name
--- a/test-data/gff3/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/gff3/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/gff3_multi_fasta/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,38 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1188.dat -DEBUG:root:data_value: {u'order_index': u'10', u'name': u'Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group'} -DEBUG:root:Calling gff3ToGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmpESpr1K.sorted.bigGenePred -DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmpl9r8fF.chrom.sizes -DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/916/dataset_1284_files/myHub/Dbia3/tracks/Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb -DEBUG:root:typeOption: bed12+8 -DEBUG:root:autoSql: /home/svc_galaxy/new/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/d786bca6a75d/hubarchivecreator/bigGenePred.as -DEBUG:root:tab option: True -DEBUG:root:Calling bedToBigBed: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Gff3.Gff3 object at 0x1e8acd0>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/916/dataset_1284_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/gff3_multi_fasta/gff3_multi_fasta_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb">Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/gff3_multi_fasta/inputs/Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,2081 +0,0 @@ -##gff-version 3 -##sequence-region contig1 1 45179 -contig1 GlimmerHMM mRNA 641 20329 . - . 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ID=contig1.path1.gene2;Name=contig1.path1.gene2 -contig1 GlimmerHMM CDS 22912 23136 . - 0 ID=contig1.cds2.1;Parent=contig1.path1.gene2;Name=contig1.path1.gene2;Note=final-exon -contig1 GlimmerHMM CDS 23431 23705 . - 2 ID=contig1.cds2.2;Parent=contig1.path1.gene2;Name=contig1.path1.gene2;Note=internal-exon -contig1 GlimmerHMM CDS 26810 26939 . - 0 ID=contig1.cds2.3;Parent=contig1.path1.gene2;Name=contig1.path1.gene2;Note=initial-exon -contig1 GlimmerHMM mRNA 29101 41509 . - . 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ID=contig2.path1.gene1;Name=contig2.path1.gene1 -contig2 GlimmerHMM CDS 2231 2376 . - 2 ID=contig2.cds1.1;Parent=contig2.path1.gene1;Name=contig2.path1.gene1;Note=final-exon -contig2 GlimmerHMM CDS 2719 2819 . - 1 ID=contig2.cds1.2;Parent=contig2.path1.gene1;Name=contig2.path1.gene1;Note=internal-exon -contig2 GlimmerHMM CDS 5059 5162 . - 0 ID=contig2.cds1.3;Parent=contig2.path1.gene1;Name=contig2.path1.gene1;Note=initial-exon -contig2 GlimmerHMM mRNA 7745 11772 . - . ID=contig2.path1.gene2;Name=contig2.path1.gene2 -contig2 GlimmerHMM CDS 7745 7969 . - 0 ID=contig2.cds2.1;Parent=contig2.path1.gene2;Name=contig2.path1.gene2;Note=final-exon -contig2 GlimmerHMM CDS 8264 8538 . - 2 ID=contig2.cds2.2;Parent=contig2.path1.gene2;Name=contig2.path1.gene2;Note=internal-exon -contig2 GlimmerHMM CDS 11643 11772 . - 0 ID=contig2.cds2.3;Parent=contig2.path1.gene2;Name=contig2.path1.gene2;Note=initial-exon -contig2 GlimmerHMM mRNA 13934 36373 . - . ID=contig2.path1.gene3;Name=contig2.path1.gene3 -contig2 GlimmerHMM CDS 13934 13985 . - 1 ID=contig2.cds3.1;Parent=contig2.path1.gene3;Name=contig2.path1.gene3;Note=final-exon -contig2 GlimmerHMM CDS 16198 18659 . - 0 ID=contig2.cds3.2;Parent=contig2.path1.gene3;Name=contig2.path1.gene3;Note=internal-exon -contig2 GlimmerHMM CDS 18713 18877 . - 0 ID=contig2.cds3.3;Parent=contig2.path1.gene3;Name=contig2.path1.gene3;Note=internal-exon -contig2 GlimmerHMM CDS 18940 19452 . - 0 ID=contig2.cds3.4;Parent=contig2.path1.gene3;Name=contig2.path1.gene3;Note=internal-exon -contig2 GlimmerHMM CDS 19507 20144 . - 2 ID=contig2.cds3.5;Parent=contig2.path1.gene3;Name=contig2.path1.gene3;Note=internal-exon -contig2 GlimmerHMM CDS 31678 31795 . - 0 ID=contig2.cds3.6;Parent=contig2.path1.gene3;Name=contig2.path1.gene3;Note=internal-exon -contig2 GlimmerHMM CDS 36245 36373 . - 0 ID=contig2.cds3.7;Parent=contig2.path1.gene3;Name=contig2.path1.gene3;Note=initial-exon -contig2 GlimmerHMM mRNA 39405 43538 . - . 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ID=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1 -contig4 GlimmerHMM CDS 3984 4148 . + 0 ID=contig4.cds1.1;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=initial-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 6591 6636 . + 0 ID=contig4.cds1.2;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 7276 7394 . + 2 ID=contig4.cds1.3;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 8392 8432 . + 0 ID=contig4.cds1.4;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 9291 9307 . + 1 ID=contig4.cds1.5;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 9588 9685 . + 2 ID=contig4.cds1.6;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 13122 13233 . + 0 ID=contig4.cds1.7;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 13464 13533 . + 2 ID=contig4.cds1.8;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 18109 18283 . + 1 ID=contig4.cds1.9;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 18722 18782 . + 0 ID=contig4.cds1.10;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 19022 19109 . + 2 ID=contig4.cds1.11;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 20791 20940 . + 1 ID=contig4.cds1.12;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 24938 26941 . + 1 ID=contig4.cds1.13;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 28563 28613 . + 1 ID=contig4.cds1.14;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 31331 31523 . + 1 ID=contig4.cds1.15;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 31759 31924 . + 0 ID=contig4.cds1.16;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 35604 35644 . + 2 ID=contig4.cds1.17;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 36906 37059 . + 0 ID=contig4.cds1.18;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 37833 37902 . + 2 ID=contig4.cds1.19;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 39954 40085 . + 1 ID=contig4.cds1.20;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=internal-exon -contig4 GlimmerHMM CDS 50913 51981 . + 1 ID=contig4.cds1.21;Parent=contig4.path1.gene1;Name=contig4.path1.gene1;Note=final-exon -##sequence-region contig5 1 50018 -contig5 GlimmerHMM mRNA 408 37153 . + . ID=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1 -contig5 GlimmerHMM CDS 408 1939 . + 0 ID=contig5.cds1.1;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=initial-exon -contig5 GlimmerHMM CDS 3561 3611 . + 1 ID=contig5.cds1.2;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon -contig5 GlimmerHMM CDS 6329 6521 . + 1 ID=contig5.cds1.3;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon -contig5 GlimmerHMM CDS 6757 6922 . + 0 ID=contig5.cds1.4;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon -contig5 GlimmerHMM CDS 10602 10642 . + 2 ID=contig5.cds1.5;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon -contig5 GlimmerHMM CDS 11904 12057 . + 0 ID=contig5.cds1.6;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon -contig5 GlimmerHMM CDS 12831 12900 . + 2 ID=contig5.cds1.7;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon -contig5 GlimmerHMM CDS 14952 15083 . + 1 ID=contig5.cds1.8;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon -contig5 GlimmerHMM CDS 25911 26859 . + 1 ID=contig5.cds1.9;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon -contig5 GlimmerHMM CDS 36466 36760 . + 0 ID=contig5.cds1.10;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=internal-exon -contig5 GlimmerHMM CDS 36969 37153 . + 2 ID=contig5.cds1.11;Parent=contig5.path1.gene1;Name=contig5.path1.gene1;Note=final-exon -contig5 GlimmerHMM mRNA 43345 44908 . - . ID=contig5.path1.gene2;Name=contig5.path1.gene2 -contig5 GlimmerHMM CDS 43345 44665 . - 1 ID=contig5.cds2.1;Parent=contig5.path1.gene2;Name=contig5.path1.gene2;Note=final-exon -contig5 GlimmerHMM CDS 44724 44908 . - 0 ID=contig5.cds2.2;Parent=contig5.path1.gene2;Name=contig5.path1.gene2;Note=initial-exon -##sequence-region contig6 1 40015 -contig6 GlimmerHMM mRNA 6658 7144 . + . ID=contig6.path1.gene1;Name=contig6.path1.gene1 -contig6 GlimmerHMM CDS 6658 6751 . + 0 ID=contig6.cds1.1;Parent=contig6.path1.gene1;Name=contig6.path1.gene1;Note=initial-exon -contig6 GlimmerHMM CDS 6960 7144 . + 2 ID=contig6.cds1.2;Parent=contig6.path1.gene1;Name=contig6.path1.gene1;Note=final-exon -contig6 GlimmerHMM mRNA 13336 36917 . - . ID=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2 -contig6 GlimmerHMM CDS 13336 14656 . - 1 ID=contig6.cds2.1;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=final-exon -contig6 GlimmerHMM CDS 14997 15090 . - 2 ID=contig6.cds2.2;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon -contig6 GlimmerHMM CDS 18113 18398 . - 0 ID=contig6.cds2.3;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon -contig6 GlimmerHMM CDS 19779 19872 . - 1 ID=contig6.cds2.4;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon -contig6 GlimmerHMM CDS 20931 21078 . - 2 ID=contig6.cds2.5;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon -contig6 GlimmerHMM CDS 21782 22112 . - 0 ID=contig6.cds2.6;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon -contig6 GlimmerHMM CDS 26021 26962 . - 0 ID=contig6.cds2.7;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon -contig6 GlimmerHMM CDS 27027 27130 . - 2 ID=contig6.cds2.8;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon -contig6 GlimmerHMM CDS 28828 29941 . - 0 ID=contig6.cds2.9;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon -contig6 GlimmerHMM CDS 32704 32811 . - 0 ID=contig6.cds2.10;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=internal-exon -contig6 GlimmerHMM CDS 36864 36917 . - 0 ID=contig6.cds2.11;Parent=contig6.path1.gene2;Name=contig6.path1.gene2;Note=initial-exon -##sequence-region contig7 1 50017 -contig7 GlimmerHMM mRNA 3332 26913 . - . ID=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1 -contig7 GlimmerHMM CDS 3332 4652 . - 1 ID=contig7.cds1.1;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=final-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 4993 5086 . - 2 ID=contig7.cds1.2;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 8109 8394 . - 0 ID=contig7.cds1.3;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 9775 9868 . - 1 ID=contig7.cds1.4;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 10927 11074 . - 2 ID=contig7.cds1.5;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 11778 12108 . - 0 ID=contig7.cds1.6;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 16017 16958 . - 0 ID=contig7.cds1.7;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 17023 17126 . - 2 ID=contig7.cds1.8;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 18824 19937 . - 0 ID=contig7.cds1.9;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 22700 22807 . - 0 ID=contig7.cds1.10;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 26860 26913 . - 0 ID=contig7.cds1.11;Parent=contig7.path1.gene1;Name=contig7.path1.gene1;Note=initial-exon -contig7 GlimmerHMM mRNA 32769 33038 . - . ID=contig7.path1.gene2;Name=contig7.path1.gene2 -contig7 GlimmerHMM CDS 32769 33038 . - 0 ID=contig7.cds2.1;Parent=contig7.path1.gene2;Name=contig7.path1.gene2;Note=single-exon -contig7 GlimmerHMM mRNA 37329 49928 . + . ID=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3 -contig7 GlimmerHMM CDS 37329 37570 . + 0 ID=contig7.cds3.1;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=initial-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 38750 38793 . + 1 ID=contig7.cds3.2;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 38894 39182 . + 2 ID=contig7.cds3.3;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 39248 39354 . + 1 ID=contig7.cds3.4;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 39429 39655 . + 2 ID=contig7.cds3.5;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 39848 40351 . + 0 ID=contig7.cds3.6;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 40423 40623 . + 0 ID=contig7.cds3.7;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 44971 46843 . + 0 ID=contig7.cds3.8;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=internal-exon -contig7 GlimmerHMM CDS 49915 49928 . + 2 ID=contig7.cds3.9;Parent=contig7.path1.gene3;Name=contig7.path1.gene3;Note=final-exon -##sequence-region contig8 1 35012 -contig8 GlimmerHMM mRNA 2758 3027 . - . ID=contig8.path1.gene1;Name=contig8.path1.gene1 -contig8 GlimmerHMM CDS 2758 3027 . - 0 ID=contig8.cds1.1;Parent=contig8.path1.gene1;Name=contig8.path1.gene1;Note=single-exon -contig8 GlimmerHMM mRNA 7318 33446 . + . 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ID=contig9.path1.gene1;Name=contig9.path1.gene1 -contig9 GlimmerHMM CDS 2758 3027 . - 0 ID=contig9.cds1.1;Parent=contig9.path1.gene1;Name=contig9.path1.gene1;Note=single-exon -contig9 GlimmerHMM mRNA 7318 38632 . + . 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ID=contig9.path1.gene3;Name=contig9.path1.gene3 -contig9 GlimmerHMM CDS 40665 40692 . + 0 ID=contig9.cds3.1;Parent=contig9.path1.gene3;Name=contig9.path1.gene3;Note=initial-exon -contig9 GlimmerHMM CDS 41154 41207 . + 2 ID=contig9.cds3.2;Parent=contig9.path1.gene3;Name=contig9.path1.gene3;Note=internal-exon -contig9 GlimmerHMM CDS 41626 48168 . + 2 ID=contig9.cds3.3;Parent=contig9.path1.gene3;Name=contig9.path1.gene3;Note=internal-exon -contig9 GlimmerHMM CDS 49775 50088 . + 2 ID=contig9.cds3.4;Parent=contig9.path1.gene3;Name=contig9.path1.gene3;Note=internal-exon -contig9 GlimmerHMM CDS 50146 50340 . + 0 ID=contig9.cds3.5;Parent=contig9.path1.gene3;Name=contig9.path1.gene3;Note=internal-exon -contig9 GlimmerHMM CDS 50911 54199 . + 0 ID=contig9.cds3.6;Parent=contig9.path1.gene3;Name=contig9.path1.gene3;Note=internal-exon -contig9 GlimmerHMM CDS 54256 54494 . + 2 ID=contig9.cds3.7;Parent=contig9.path1.gene3;Name=contig9.path1.gene3;Note=internal-exon -contig9 GlimmerHMM CDS 54562 54691 . + 0 ID=contig9.cds3.8;Parent=contig9.path1.gene3;Name=contig9.path1.gene3;Note=internal-exon -contig9 GlimmerHMM CDS 54752 55279 . + 2 ID=contig9.cds3.9;Parent=contig9.path1.gene3;Name=contig9.path1.gene3;Note=internal-exon -contig9 GlimmerHMM CDS 55372 55813 . + 2 ID=contig9.cds3.10;Parent=contig9.path1.gene3;Name=contig9.path1.gene3;Note=internal-exon -contig9 GlimmerHMM CDS 57513 57603 . + 1 ID=contig9.cds3.11;Parent=contig9.path1.gene3;Name=contig9.path1.gene3;Note=final-exon -##sequence-region contig10 1 43013 -contig10 GlimmerHMM mRNA 850 15075 . + . ID=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1 -contig10 GlimmerHMM CDS 850 1074 . + 0 ID=contig10.cds1.1;Parent=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1;Note=initial-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 1132 1326 . + 0 ID=contig10.cds1.2;Parent=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 1897 5185 . + 0 ID=contig10.cds1.3;Parent=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 5242 5480 . + 2 ID=contig10.cds1.4;Parent=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 5548 5677 . + 0 ID=contig10.cds1.5;Parent=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 5738 6265 . + 2 ID=contig10.cds1.6;Parent=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 8447 8561 . + 2 ID=contig10.cds1.7;Parent=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 10885 11146 . + 1 ID=contig10.cds1.8;Parent=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 11823 12040 . + 0 ID=contig10.cds1.9;Parent=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 12828 13008 . + 1 ID=contig10.cds1.10;Parent=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 13180 13398 . + 0 ID=contig10.cds1.11;Parent=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 14537 14774 . + 0 ID=contig10.cds1.12;Parent=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 14882 15075 . + 2 ID=contig10.cds1.13;Parent=contig10.path1.gene1;Name=contig10.path1.gene1;Note=final-exon -contig10 GlimmerHMM mRNA 17334 17940 . + . ID=contig10.path1.gene2;Name=contig10.path1.gene2 -contig10 GlimmerHMM CDS 17334 17563 . + 0 ID=contig10.cds2.1;Parent=contig10.path1.gene2;Name=contig10.path1.gene2;Note=initial-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 17910 17940 . + 1 ID=contig10.cds2.2;Parent=contig10.path1.gene2;Name=contig10.path1.gene2;Note=final-exon -contig10 GlimmerHMM mRNA 21687 22382 . - . ID=contig10.path1.gene3;Name=contig10.path1.gene3 -contig10 GlimmerHMM CDS 21687 22382 . - 0 ID=contig10.cds3.1;Parent=contig10.path1.gene3;Name=contig10.path1.gene3;Note=single-exon -contig10 GlimmerHMM mRNA 24696 27471 . + . ID=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4 -contig10 GlimmerHMM CDS 24696 24708 . + 0 ID=contig10.cds4.1;Parent=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4;Note=initial-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 25731 25835 . + 2 ID=contig10.cds4.2;Parent=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 27079 27199 . + 2 ID=contig10.cds4.3;Parent=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 27285 27471 . + 1 ID=contig10.cds4.4;Parent=contig10.path1.gene4;Name=contig10.path1.gene4;Note=final-exon -contig10 GlimmerHMM mRNA 30099 42172 . - . ID=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5 -contig10 GlimmerHMM CDS 30099 30244 . - 2 ID=contig10.cds5.1;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=final-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 31348 31714 . - 0 ID=contig10.cds5.2;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 34057 34150 . - 1 ID=contig10.cds5.3;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 36047 36093 . - 0 ID=contig10.cds5.4;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 41616 41718 . - 1 ID=contig10.cds5.5;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 41777 41874 . - 0 ID=contig10.cds5.6;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=internal-exon -contig10 GlimmerHMM CDS 42107 42172 . - 0 ID=contig10.cds5.7;Parent=contig10.path1.gene5;Name=contig10.path1.gene5;Note=initial-exon -##sequence-region contig11 1 35013 -contig11 GlimmerHMM mRNA 682 1377 . - . ID=contig11.path1.gene1;Name=contig11.path1.gene1 -contig11 GlimmerHMM CDS 682 1377 . - 0 ID=contig11.cds1.1;Parent=contig11.path1.gene1;Name=contig11.path1.gene1;Note=single-exon -contig11 GlimmerHMM mRNA 3691 6466 . + . ID=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2 -contig11 GlimmerHMM CDS 3691 3703 . + 0 ID=contig11.cds2.1;Parent=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2;Note=initial-exon -contig11 GlimmerHMM CDS 4726 4830 . + 2 ID=contig11.cds2.2;Parent=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2;Note=internal-exon -contig11 GlimmerHMM CDS 6074 6194 . + 2 ID=contig11.cds2.3;Parent=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2;Note=internal-exon -contig11 GlimmerHMM CDS 6280 6466 . + 1 ID=contig11.cds2.4;Parent=contig11.path1.gene2;Name=contig11.path1.gene2;Note=final-exon -contig11 GlimmerHMM mRNA 9094 32965 . - . 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ID=contig12.path1.gene3;Name=contig12.path1.gene3 -contig12 GlimmerHMM CDS 51846 51877 . + 0 ID=contig12.cds3.1;Parent=contig12.path1.gene3;Name=contig12.path1.gene3;Note=initial-exon -contig12 GlimmerHMM CDS 51939 52061 . + 1 ID=contig12.cds3.2;Parent=contig12.path1.gene3;Name=contig12.path1.gene3;Note=internal-exon -contig12 GlimmerHMM CDS 54300 54504 . + 1 ID=contig12.cds3.3;Parent=contig12.path1.gene3;Name=contig12.path1.gene3;Note=internal-exon -contig12 GlimmerHMM CDS 54566 54694 . + 0 ID=contig12.cds3.4;Parent=contig12.path1.gene3;Name=contig12.path1.gene3;Note=internal-exon -contig12 GlimmerHMM CDS 54943 54981 . + 0 ID=contig12.cds3.5;Parent=contig12.path1.gene3;Name=contig12.path1.gene3;Note=final-exon -##sequence-region contig13 1 45015 -contig13 GlimmerHMM mRNA 5833 12716 . + . 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ID=contig15.path1.gene4;Name=contig15.path1.gene4 -contig15 GlimmerHMM CDS 44931 45401 . - 0 ID=contig15.cds4.1;Parent=contig15.path1.gene4;Name=contig15.path1.gene4;Note=single-exon -##sequence-region contig16 1 45017 -contig16 GlimmerHMM mRNA 5783 6209 . + . ID=contig16.path1.gene1;Name=contig16.path1.gene1 -contig16 GlimmerHMM CDS 5783 6209 . + 0 ID=contig16.cds1.1;Parent=contig16.path1.gene1;Name=contig16.path1.gene1;Note=final-exon -contig16 GlimmerHMM mRNA 10493 17535 . - . ID=contig16.path1.gene2;Name=contig16.path1.gene2 -contig16 GlimmerHMM CDS 10493 10561 . - 0 ID=contig16.cds2.1;Parent=contig16.path1.gene2;Name=contig16.path1.gene2;Note=final-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 11381 11463 . - 2 ID=contig16.cds2.2;Parent=contig16.path1.gene2;Name=contig16.path1.gene2;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 11518 11682 . - 2 ID=contig16.cds2.3;Parent=contig16.path1.gene2;Name=contig16.path1.gene2;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 11922 11975 . - 2 ID=contig16.cds2.4;Parent=contig16.path1.gene2;Name=contig16.path1.gene2;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 12601 12811 . - 0 ID=contig16.cds2.5;Parent=contig16.path1.gene2;Name=contig16.path1.gene2;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 17222 17337 . - 2 ID=contig16.cds2.6;Parent=contig16.path1.gene2;Name=contig16.path1.gene2;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 17406 17535 . - 0 ID=contig16.cds2.7;Parent=contig16.path1.gene2;Name=contig16.path1.gene2;Note=initial-exon -contig16 GlimmerHMM mRNA 20474 20749 . + . ID=contig16.path1.gene3;Name=contig16.path1.gene3 -contig16 GlimmerHMM CDS 20474 20749 . + 0 ID=contig16.cds3.1;Parent=contig16.path1.gene3;Name=contig16.path1.gene3;Note=single-exon -contig16 GlimmerHMM mRNA 23317 43623 . + . ID=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4 -contig16 GlimmerHMM CDS 23317 25126 . + 0 ID=contig16.cds4.1;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=initial-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 26889 27049 . + 2 ID=contig16.cds4.2;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 27109 27253 . + 0 ID=contig16.cds4.3;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 29072 29164 . + 2 ID=contig16.cds4.4;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 29221 29331 . + 2 ID=contig16.cds4.5;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 30805 30886 . + 2 ID=contig16.cds4.6;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 33017 33107 . + 1 ID=contig16.cds4.7;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 34338 34619 . + 0 ID=contig16.cds4.8;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 34685 34835 . + 0 ID=contig16.cds4.9;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 34991 35174 . + 2 ID=contig16.cds4.10;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 42456 42590 . + 1 ID=contig16.cds4.11;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 43033 43110 . + 1 ID=contig16.cds4.12;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 43293 43354 . + 1 ID=contig16.cds4.13;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=internal-exon -contig16 GlimmerHMM CDS 43421 43623 . + 2 ID=contig16.cds4.14;Parent=contig16.path1.gene4;Name=contig16.path1.gene4;Note=final-exon -##sequence-region contig17 1 40013 -contig17 GlimmerHMM mRNA 466 741 . + . ID=contig17.path1.gene1;Name=contig17.path1.gene1 -contig17 GlimmerHMM CDS 466 741 . + 0 ID=contig17.cds1.1;Parent=contig17.path1.gene1;Name=contig17.path1.gene1;Note=single-exon -contig17 GlimmerHMM mRNA 3309 23615 . + . ID=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2 -contig17 GlimmerHMM CDS 3309 5118 . + 0 ID=contig17.cds2.1;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=initial-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 6881 7041 . + 2 ID=contig17.cds2.2;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 7101 7245 . + 0 ID=contig17.cds2.3;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 9064 9156 . + 2 ID=contig17.cds2.4;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 9213 9323 . + 2 ID=contig17.cds2.5;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 10797 10878 . + 2 ID=contig17.cds2.6;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 13009 13099 . + 1 ID=contig17.cds2.7;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 14330 14611 . + 0 ID=contig17.cds2.8;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 14677 14827 . + 0 ID=contig17.cds2.9;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 14983 15166 . + 2 ID=contig17.cds2.10;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 22448 22582 . + 1 ID=contig17.cds2.11;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 23025 23102 . + 1 ID=contig17.cds2.12;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 23285 23346 . + 1 ID=contig17.cds2.13;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 23413 23615 . + 2 ID=contig17.cds2.14;Parent=contig17.path1.gene2;Name=contig17.path1.gene2;Note=final-exon -contig17 GlimmerHMM mRNA 26312 36998 . - . ID=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3 -contig17 GlimmerHMM CDS 26312 26334 . - 2 ID=contig17.cds3.1;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=final-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 28963 29116 . - 0 ID=contig17.cds3.2;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 30713 31824 . - 2 ID=contig17.cds3.3;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 31877 32056 . - 2 ID=contig17.cds3.4;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 33479 34076 . - 0 ID=contig17.cds3.5;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 34131 34286 . - 0 ID=contig17.cds3.6;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=internal-exon -contig17 GlimmerHMM CDS 36948 36998 . - 0 ID=contig17.cds3.7;Parent=contig17.path1.gene3;Name=contig17.path1.gene3;Note=initial-exon -##sequence-region contig18 1 40012 -contig18 GlimmerHMM mRNA 1303 11989 . - . ID=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1 -contig18 GlimmerHMM CDS 1303 1325 . - 2 ID=contig18.cds1.1;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=final-exon -contig18 GlimmerHMM CDS 3954 4107 . - 0 ID=contig18.cds1.2;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon -contig18 GlimmerHMM CDS 5704 6815 . - 2 ID=contig18.cds1.3;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon -contig18 GlimmerHMM CDS 6868 7047 . - 2 ID=contig18.cds1.4;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon -contig18 GlimmerHMM CDS 8470 9067 . - 0 ID=contig18.cds1.5;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon -contig18 GlimmerHMM CDS 9122 9277 . - 0 ID=contig18.cds1.6;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=internal-exon -contig18 GlimmerHMM CDS 11939 11989 . - 0 ID=contig18.cds1.7;Parent=contig18.path1.gene1;Name=contig18.path1.gene1;Note=initial-exon -contig18 GlimmerHMM mRNA 18320 30118 . - . 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ID=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7 -contig20 GlimmerHMM CDS 46751 46866 . + 0 ID=contig20.cds7.1;Parent=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7;Note=initial-exon -contig20 GlimmerHMM CDS 46977 47075 . + 1 ID=contig20.cds7.2;Parent=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7;Note=internal-exon -contig20 GlimmerHMM CDS 47706 47868 . + 1 ID=contig20.cds7.3;Parent=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7;Note=internal-exon -contig20 GlimmerHMM CDS 49661 49963 . + 0 ID=contig20.cds7.4;Parent=contig20.path1.gene7;Name=contig20.path1.gene7;Note=final-exon -##sequence-region contig21 1 50011 -contig21 GlimmerHMM mRNA 2380 2466 . + . ID=contig21.path1.gene1;Name=contig21.path1.gene1 -contig21 GlimmerHMM CDS 2380 2466 . + 0 ID=contig21.cds1.1;Parent=contig21.path1.gene1;Name=contig21.path1.gene1;Note=final-exon -contig21 GlimmerHMM mRNA 6741 11405 . + . 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ID=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1 -contig23 GlimmerHMM CDS 3228 3333 . + 0 ID=contig23.cds1.1;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=initial-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 4779 5084 . + 2 ID=contig23.cds1.2;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 8387 8696 . + 2 ID=contig23.cds1.3;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 8762 8973 . + 1 ID=contig23.cds1.4;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 9031 9219 . + 2 ID=contig23.cds1.5;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 9738 9889 . + 2 ID=contig23.cds1.6;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 10040 11101 . + 0 ID=contig23.cds1.7;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 11763 12872 . + 0 ID=contig23.cds1.8;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 13476 13707 . + 0 ID=contig23.cds1.9;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 13769 13935 . + 2 ID=contig23.cds1.10;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 15540 15809 . + 0 ID=contig23.cds1.11;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 17576 17635 . + 0 ID=contig23.cds1.12;Parent=contig23.path1.gene1;Name=contig23.path1.gene1;Note=final-exon -contig23 GlimmerHMM mRNA 20555 32675 . - . ID=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2 -contig23 GlimmerHMM CDS 20555 21226 . - 0 ID=contig23.cds2.1;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=final-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 21361 21933 . - 0 ID=contig23.cds2.2;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 22038 22105 . - 2 ID=contig23.cds2.3;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 22166 22501 . - 2 ID=contig23.cds2.4;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 23512 23677 . - 0 ID=contig23.cds2.5;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 23850 24034 . - 2 ID=contig23.cds2.6;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 26014 26138 . - 1 ID=contig23.cds2.7;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 29840 29955 . - 0 ID=contig23.cds2.8;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 30045 30130 . - 2 ID=contig23.cds2.9;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 32411 32675 . - 0 ID=contig23.cds2.10;Parent=contig23.path1.gene2;Name=contig23.path1.gene2;Note=initial-exon -contig23 GlimmerHMM mRNA 38390 42829 . - . ID=contig23.path1.gene3;Name=contig23.path1.gene3 -contig23 GlimmerHMM CDS 38390 38648 . - 1 ID=contig23.cds3.1;Parent=contig23.path1.gene3;Name=contig23.path1.gene3;Note=final-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 40546 40623 . - 1 ID=contig23.cds3.2;Parent=contig23.path1.gene3;Name=contig23.path1.gene3;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 42558 42829 . - 0 ID=contig23.cds3.3;Parent=contig23.path1.gene3;Name=contig23.path1.gene3;Note=initial-exon -contig23 GlimmerHMM mRNA 45599 48088 . + . ID=contig23.path1.gene4;Name=contig23.path1.gene4 -contig23 GlimmerHMM CDS 45599 45652 . + 0 ID=contig23.cds4.1;Parent=contig23.path1.gene4;Name=contig23.path1.gene4;Note=initial-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 47100 47148 . + 0 ID=contig23.cds4.2;Parent=contig23.path1.gene4;Name=contig23.path1.gene4;Note=internal-exon -contig23 GlimmerHMM CDS 48036 48088 . + 2 ID=contig23.cds4.3;Parent=contig23.path1.gene4;Name=contig23.path1.gene4;Note=final-exon -##sequence-region contig24 1 40010 -contig24 GlimmerHMM mRNA 552 12672 . - . ID=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1 -contig24 GlimmerHMM CDS 552 1223 . - 0 ID=contig24.cds1.1;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=final-exon -contig24 GlimmerHMM CDS 1358 1930 . - 0 ID=contig24.cds1.2;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon -contig24 GlimmerHMM CDS 2035 2102 . - 2 ID=contig24.cds1.3;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon -contig24 GlimmerHMM CDS 2163 2498 . - 2 ID=contig24.cds1.4;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon -contig24 GlimmerHMM CDS 3509 3674 . - 0 ID=contig24.cds1.5;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon -contig24 GlimmerHMM CDS 3847 4031 . - 2 ID=contig24.cds1.6;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon -contig24 GlimmerHMM CDS 6011 6135 . - 1 ID=contig24.cds1.7;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon -contig24 GlimmerHMM CDS 9837 9952 . - 0 ID=contig24.cds1.8;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon -contig24 GlimmerHMM CDS 10042 10127 . - 2 ID=contig24.cds1.9;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=internal-exon -contig24 GlimmerHMM CDS 12408 12672 . - 0 ID=contig24.cds1.10;Parent=contig24.path1.gene1;Name=contig24.path1.gene1;Note=initial-exon -contig24 GlimmerHMM mRNA 18387 22826 . - . ID=contig24.path1.gene2;Name=contig24.path1.gene2 -contig24 GlimmerHMM CDS 18387 18645 . - 1 ID=contig24.cds2.1;Parent=contig24.path1.gene2;Name=contig24.path1.gene2;Note=final-exon -contig24 GlimmerHMM CDS 20543 20620 . - 1 ID=contig24.cds2.2;Parent=contig24.path1.gene2;Name=contig24.path1.gene2;Note=internal-exon -contig24 GlimmerHMM CDS 22555 22826 . - 0 ID=contig24.cds2.3;Parent=contig24.path1.gene2;Name=contig24.path1.gene2;Note=initial-exon -contig24 GlimmerHMM mRNA 25596 28085 . + . ID=contig24.path1.gene3;Name=contig24.path1.gene3 -contig24 GlimmerHMM CDS 25596 25649 . + 0 ID=contig24.cds3.1;Parent=contig24.path1.gene3;Name=contig24.path1.gene3;Note=initial-exon -contig24 GlimmerHMM CDS 27097 27145 . + 0 ID=contig24.cds3.2;Parent=contig24.path1.gene3;Name=contig24.path1.gene3;Note=internal-exon -contig24 GlimmerHMM CDS 28033 28085 . + 2 ID=contig24.cds3.3;Parent=contig24.path1.gene3;Name=contig24.path1.gene3;Note=final-exon -contig24 GlimmerHMM mRNA 30126 38563 . + . 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ID=contig28.path1.gene4;Name=contig28.path1.gene4 -contig28 GlimmerHMM CDS 40606 40834 . + 0 ID=contig28.cds4.1;Parent=contig28.path1.gene4;Name=contig28.path1.gene4;Note=initial-exon -contig28 GlimmerHMM CDS 41863 42332 . + 2 ID=contig28.cds4.2;Parent=contig28.path1.gene4;Name=contig28.path1.gene4;Note=final-exon -contig28 GlimmerHMM mRNA 48486 48731 . - . ID=contig28.path1.gene5;Name=contig28.path1.gene5 -contig28 GlimmerHMM CDS 48486 48731 . - 0 ID=contig28.cds5.1;Parent=contig28.path1.gene5;Name=contig28.path1.gene5;Note=single-exon -##sequence-region contig29 1 50006 -contig29 GlimmerHMM mRNA 193 17769 . - . 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ID=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5 -contig30 GlimmerHMM CDS 39146 39424 . + 0 ID=contig30.cds5.1;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=initial-exon -contig30 GlimmerHMM CDS 39475 39629 . + 0 ID=contig30.cds5.2;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=internal-exon -contig30 GlimmerHMM CDS 44322 45962 . + 1 ID=contig30.cds5.3;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=internal-exon -contig30 GlimmerHMM CDS 47860 48041 . + 1 ID=contig30.cds5.4;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=internal-exon -contig30 GlimmerHMM CDS 49613 51223 . + 2 ID=contig30.cds5.5;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=internal-exon -contig30 GlimmerHMM CDS 53011 53280 . + 2 ID=contig30.cds5.6;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=internal-exon -contig30 GlimmerHMM CDS 57010 58428 . + 2 ID=contig30.cds5.7;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=internal-exon -contig30 GlimmerHMM CDS 58492 58712 . + 2 ID=contig30.cds5.8;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=internal-exon -contig30 GlimmerHMM CDS 58776 59129 . + 0 ID=contig30.cds5.9;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=internal-exon -contig30 GlimmerHMM CDS 59374 59514 . + 0 ID=contig30.cds5.10;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=internal-exon -contig30 GlimmerHMM CDS 59569 62496 . + 0 ID=contig30.cds5.11;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=internal-exon -contig30 GlimmerHMM CDS 64713 65304 . + 0 ID=contig30.cds5.12;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=internal-exon -contig30 GlimmerHMM CDS 65607 65646 . + 2 ID=contig30.cds5.13;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=internal-exon -contig30 GlimmerHMM CDS 67233 67260 . + 1 ID=contig30.cds5.14;Parent=contig30.path1.gene5;Name=contig30.path1.gene5;Note=final-exon -##sequence-region contig31 1 40012 -contig31 GlimmerHMM mRNA 6659 32508 . + . ID=contig31.path1.gene1;Name=contig31.path1.gene1 -contig31 GlimmerHMM CDS 6659 6783 . + 0 ID=contig31.cds1.1;Parent=contig31.path1.gene1;Name=contig31.path1.gene1;Note=initial-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 7853 8034 . + 1 ID=contig31.cds1.2;Parent=contig31.path1.gene1;Name=contig31.path1.gene1;Note=internal-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 9606 11216 . + 2 ID=contig31.cds1.3;Parent=contig31.path1.gene1;Name=contig31.path1.gene1;Note=internal-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 13004 13273 . + 2 ID=contig31.cds1.4;Parent=contig31.path1.gene1;Name=contig31.path1.gene1;Note=internal-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 17003 18421 . + 2 ID=contig31.cds1.5;Parent=contig31.path1.gene1;Name=contig31.path1.gene1;Note=internal-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 18485 18705 . + 2 ID=contig31.cds1.6;Parent=contig31.path1.gene1;Name=contig31.path1.gene1;Note=internal-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 18769 19122 . + 0 ID=contig31.cds1.7;Parent=contig31.path1.gene1;Name=contig31.path1.gene1;Note=internal-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 19367 19507 . + 0 ID=contig31.cds1.8;Parent=contig31.path1.gene1;Name=contig31.path1.gene1;Note=internal-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 19562 22489 . + 0 ID=contig31.cds1.9;Parent=contig31.path1.gene1;Name=contig31.path1.gene1;Note=internal-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 24706 25297 . + 0 ID=contig31.cds1.10;Parent=contig31.path1.gene1;Name=contig31.path1.gene1;Note=internal-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 32181 32356 . + 2 ID=contig31.cds1.11;Parent=contig31.path1.gene1;Name=contig31.path1.gene1;Note=internal-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 32440 32508 . + 0 ID=contig31.cds1.12;Parent=contig31.path1.gene1;Name=contig31.path1.gene1;Note=final-exon -contig31 GlimmerHMM mRNA 35323 35987 . - . ID=contig31.path1.gene2;Name=contig31.path1.gene2 -contig31 GlimmerHMM CDS 35323 35808 . - 0 ID=contig31.cds2.1;Parent=contig31.path1.gene2;Name=contig31.path1.gene2;Note=final-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 35835 35987 . - 0 ID=contig31.cds2.2;Parent=contig31.path1.gene2;Name=contig31.path1.gene2;Note=initial-exon -contig31 GlimmerHMM mRNA 38034 39914 . - . ID=contig31.path1.gene3;Name=contig31.path1.gene3 -contig31 GlimmerHMM CDS 38034 38140 . - 2 ID=contig31.cds3.1;Parent=contig31.path1.gene3;Name=contig31.path1.gene3;Note=final-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 39393 39448 . - 1 ID=contig31.cds3.2;Parent=contig31.path1.gene3;Name=contig31.path1.gene3;Note=internal-exon -contig31 GlimmerHMM CDS 39745 39914 . - 0 ID=contig31.cds3.3;Parent=contig31.path1.gene3;Name=contig31.path1.gene3;Note=initial-exon -##sequence-region contig32 1 40014 -contig32 GlimmerHMM mRNA 5312 5976 . - . ID=contig32.path1.gene1;Name=contig32.path1.gene1 -contig32 GlimmerHMM CDS 5312 5797 . - 0 ID=contig32.cds1.1;Parent=contig32.path1.gene1;Name=contig32.path1.gene1;Note=final-exon -contig32 GlimmerHMM CDS 5824 5976 . - 0 ID=contig32.cds1.2;Parent=contig32.path1.gene1;Name=contig32.path1.gene1;Note=initial-exon -contig32 GlimmerHMM mRNA 8023 9903 . - . ID=contig32.path1.gene2;Name=contig32.path1.gene2 -contig32 GlimmerHMM CDS 8023 8129 . - 2 ID=contig32.cds2.1;Parent=contig32.path1.gene2;Name=contig32.path1.gene2;Note=final-exon -contig32 GlimmerHMM CDS 9382 9437 . - 1 ID=contig32.cds2.2;Parent=contig32.path1.gene2;Name=contig32.path1.gene2;Note=internal-exon -contig32 GlimmerHMM CDS 9734 9903 . - 0 ID=contig32.cds2.3;Parent=contig32.path1.gene2;Name=contig32.path1.gene2;Note=initial-exon -contig32 GlimmerHMM mRNA 12268 14868 . + . ID=contig32.path1.gene3;Name=contig32.path1.gene3 -contig32 GlimmerHMM CDS 12268 12400 . + 0 ID=contig32.cds3.1;Parent=contig32.path1.gene3;Name=contig32.path1.gene3;Note=initial-exon -contig32 GlimmerHMM CDS 14432 14868 . + 2 ID=contig32.cds3.2;Parent=contig32.path1.gene3;Name=contig32.path1.gene3;Note=final-exon -contig32 GlimmerHMM mRNA 19560 21269 . - . ID=contig32.path1.gene4;Name=contig32.path1.gene4 -contig32 GlimmerHMM CDS 19560 21269 . - 0 ID=contig32.cds4.1;Parent=contig32.path1.gene4;Name=contig32.path1.gene4;Note=single-exon -contig32 GlimmerHMM mRNA 23284 39594 . - . ID=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5 -contig32 GlimmerHMM CDS 23284 23340 . - 0 ID=contig32.cds5.1;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=final-exon -contig32 GlimmerHMM CDS 24947 25309 . - 0 ID=contig32.cds5.2;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon -contig32 GlimmerHMM CDS 25407 25572 . - 1 ID=contig32.cds5.3;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon -contig32 GlimmerHMM CDS 26120 26752 . - 1 ID=contig32.cds5.4;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon -contig32 GlimmerHMM CDS 29696 31284 . - 0 ID=contig32.cds5.5;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon -contig32 GlimmerHMM CDS 35135 35187 . - 2 ID=contig32.cds5.6;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=internal-exon -contig32 GlimmerHMM CDS 39492 39594 . - 0 ID=contig32.cds5.7;Parent=contig32.path1.gene5;Name=contig32.path1.gene5;Note=initial-exon -##sequence-region contig33 1 40016 -contig33 GlimmerHMM mRNA 4558 6267 . - . ID=contig33.path1.gene1;Name=contig33.path1.gene1 -contig33 GlimmerHMM CDS 4558 6267 . - 0 ID=contig33.cds1.1;Parent=contig33.path1.gene1;Name=contig33.path1.gene1;Note=single-exon -contig33 GlimmerHMM mRNA 8282 22510 . - . ID=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2 -contig33 GlimmerHMM CDS 8282 8338 . - 0 ID=contig33.cds2.1;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=final-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 9945 10307 . - 0 ID=contig33.cds2.2;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 10405 10570 . - 1 ID=contig33.cds2.3;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 11118 11750 . - 1 ID=contig33.cds2.4;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 14694 16282 . - 0 ID=contig33.cds2.5;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 20938 20956 . - 1 ID=contig33.cds2.6;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 22380 22510 . - 0 ID=contig33.cds2.7;Parent=contig33.path1.gene2;Name=contig33.path1.gene2;Note=initial-exon -contig33 GlimmerHMM mRNA 25242 30390 . + . ID=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3 -contig33 GlimmerHMM CDS 25242 25284 . + 0 ID=contig33.cds3.1;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=initial-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 25460 25572 . + 2 ID=contig33.cds3.2;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 25920 26022 . + 0 ID=contig33.cds3.3;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 26958 27076 . + 2 ID=contig33.cds3.4;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 27141 27262 . + 0 ID=contig33.cds3.5;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 30074 30179 . + 1 ID=contig33.cds3.6;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 30235 30390 . + 0 ID=contig33.cds3.7;Parent=contig33.path1.gene3;Name=contig33.path1.gene3;Note=final-exon -contig33 GlimmerHMM mRNA 33024 37281 . - . ID=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4 -contig33 GlimmerHMM CDS 33024 33029 . - 0 ID=contig33.cds4.1;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=final-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 33092 33183 . - 2 ID=contig33.cds4.2;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 33492 34143 . - 0 ID=contig33.cds4.3;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 34200 34387 . - 2 ID=contig33.cds4.4;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 36532 36733 . - 0 ID=contig33.cds4.5;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 36795 36904 . - 2 ID=contig33.cds4.6;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 36967 37091 . - 1 ID=contig33.cds4.7;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=internal-exon -contig33 GlimmerHMM CDS 37184 37281 . - 0 ID=contig33.cds4.8;Parent=contig33.path1.gene4;Name=contig33.path1.gene4;Note=initial-exon -##sequence-region contig34 1 50012 -contig34 GlimmerHMM mRNA 230 5378 . + . ID=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1 -contig34 GlimmerHMM CDS 230 272 . + 0 ID=contig34.cds1.1;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=initial-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 448 560 . + 2 ID=contig34.cds1.2;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 908 1010 . + 0 ID=contig34.cds1.3;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 1946 2064 . + 2 ID=contig34.cds1.4;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 2129 2250 . + 0 ID=contig34.cds1.5;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 5062 5167 . + 1 ID=contig34.cds1.6;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 5223 5378 . + 0 ID=contig34.cds1.7;Parent=contig34.path1.gene1;Name=contig34.path1.gene1;Note=final-exon -contig34 GlimmerHMM mRNA 8012 12269 . - . 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ID=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3 -contig34 GlimmerHMM CDS 17622 18265 . + 0 ID=contig34.cds3.1;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=initial-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 19470 19780 . + 1 ID=contig34.cds3.2;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 19851 20477 . + 2 ID=contig34.cds3.3;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 21634 21924 . + 2 ID=contig34.cds3.4;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 25170 25303 . + 2 ID=contig34.cds3.5;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 27428 27501 . + 0 ID=contig34.cds3.6;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 29518 29633 . + 1 ID=contig34.cds3.7;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 31647 31816 . + 2 ID=contig34.cds3.8;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 31870 31988 . + 0 ID=contig34.cds3.9;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 32298 32363 . + 1 ID=contig34.cds3.10;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 33140 33614 . + 1 ID=contig34.cds3.11;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 33680 33778 . + 0 ID=contig34.cds3.12;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 34168 34359 . + 0 ID=contig34.cds3.13;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 34926 35125 . + 0 ID=contig34.cds3.14;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=internal-exon -contig34 GlimmerHMM CDS 35336 35714 . + 1 ID=contig34.cds3.15;Parent=contig34.path1.gene3;Name=contig34.path1.gene3;Note=final-exon -contig34 GlimmerHMM mRNA 39193 44680 . - . 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ID=contig39.path1.gene2;Name=contig39.path1.gene2 -contig39 GlimmerHMM CDS 18343 18390 . + 0 ID=contig39.cds2.1;Parent=contig39.path1.gene2;Name=contig39.path1.gene2;Note=initial-exon -contig39 GlimmerHMM CDS 18502 19020 . + 0 ID=contig39.cds2.2;Parent=contig39.path1.gene2;Name=contig39.path1.gene2;Note=internal-exon -contig39 GlimmerHMM CDS 22197 22514 . + 0 ID=contig39.cds2.3;Parent=contig39.path1.gene2;Name=contig39.path1.gene2;Note=internal-exon -contig39 GlimmerHMM CDS 22747 23698 . + 0 ID=contig39.cds2.4;Parent=contig39.path1.gene2;Name=contig39.path1.gene2;Note=internal-exon -contig39 GlimmerHMM CDS 25189 25340 . + 2 ID=contig39.cds2.5;Parent=contig39.path1.gene2;Name=contig39.path1.gene2;Note=internal-exon -contig39 GlimmerHMM CDS 26146 26370 . + 0 ID=contig39.cds2.6;Parent=contig39.path1.gene2;Name=contig39.path1.gene2;Note=internal-exon -contig39 GlimmerHMM CDS 29949 30268 . + 0 ID=contig39.cds2.7;Parent=contig39.path1.gene2;Name=contig39.path1.gene2;Note=internal-exon -contig39 GlimmerHMM CDS 33466 33514 . + 1 ID=contig39.cds2.8;Parent=contig39.path1.gene2;Name=contig39.path1.gene2;Note=final-exon -contig39 GlimmerHMM mRNA 35574 41017 . + . ID=contig39.path1.gene3;Name=contig39.path1.gene3 -contig39 GlimmerHMM CDS 35574 36216 . + 0 ID=contig39.cds3.1;Parent=contig39.path1.gene3;Name=contig39.path1.gene3;Note=initial-exon -contig39 GlimmerHMM CDS 37575 38992 . + 2 ID=contig39.cds3.2;Parent=contig39.path1.gene3;Name=contig39.path1.gene3;Note=internal-exon -contig39 GlimmerHMM CDS 40979 41017 . + 0 ID=contig39.cds3.3;Parent=contig39.path1.gene3;Name=contig39.path1.gene3;Note=final-exon -##sequence-region contig40 1 60015 -contig40 GlimmerHMM mRNA 560 1677 . + . ID=contig40.path1.gene1;Name=contig40.path1.gene1 -contig40 GlimmerHMM CDS 560 1202 . + 0 ID=contig40.cds1.1;Parent=contig40.path1.gene1;Name=contig40.path1.gene1;Note=initial-exon -contig40 GlimmerHMM CDS 1580 1677 . + 2 ID=contig40.cds1.2;Parent=contig40.path1.gene1;Name=contig40.path1.gene1;Note=final-exon -contig40 GlimmerHMM mRNA 4227 16682 . - . 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ID=contig41.path1.gene3;Name=contig41.path1.gene3 -contig41 GlimmerHMM CDS 28424 28598 . - 1 ID=contig41.cds3.1;Parent=contig41.path1.gene3;Name=contig41.path1.gene3;Note=final-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 30447 30602 . - 1 ID=contig41.cds3.2;Parent=contig41.path1.gene3;Name=contig41.path1.gene3;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 31183 31508 . - 0 ID=contig41.cds3.3;Parent=contig41.path1.gene3;Name=contig41.path1.gene3;Note=initial-exon -contig41 GlimmerHMM mRNA 35171 58924 . + . ID=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4 -contig41 GlimmerHMM CDS 35171 35483 . + 0 ID=contig41.cds4.1;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=initial-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 36372 36508 . + 2 ID=contig41.cds4.2;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 37207 37228 . + 0 ID=contig41.cds4.3;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 37496 37526 . + 2 ID=contig41.cds4.4;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 39079 39241 . + 1 ID=contig41.cds4.5;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 39536 39677 . + 0 ID=contig41.cds4.6;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 40202 40343 . + 2 ID=contig41.cds4.7;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 40493 40693 . + 1 ID=contig41.cds4.8;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 40765 41066 . + 1 ID=contig41.cds4.9;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 41145 41247 . + 2 ID=contig41.cds4.10;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 41508 41608 . + 1 ID=contig41.cds4.11;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 42768 42957 . + 2 ID=contig41.cds4.12;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 43159 43291 . + 1 ID=contig41.cds4.13;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 43867 44269 . + 0 ID=contig41.cds4.14;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 44418 45091 . + 2 ID=contig41.cds4.15;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 45128 45343 . + 0 ID=contig41.cds4.16;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 46167 46307 . + 0 ID=contig41.cds4.17;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 46703 47044 . + 0 ID=contig41.cds4.18;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 47580 47624 . + 0 ID=contig41.cds4.19;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 47876 47998 . + 0 ID=contig41.cds4.20;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 48076 48135 . + 0 ID=contig41.cds4.21;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 48304 48399 . + 0 ID=contig41.cds4.22;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 50623 50937 . + 0 ID=contig41.cds4.23;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 52323 52448 . + 0 ID=contig41.cds4.24;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 52639 52674 . + 0 ID=contig41.cds4.25;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 52835 53011 . + 0 ID=contig41.cds4.26;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 53321 53548 . + 0 ID=contig41.cds4.27;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 54373 54546 . + 0 ID=contig41.cds4.28;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 58116 58263 . + 0 ID=contig41.cds4.29;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=internal-exon -contig41 GlimmerHMM CDS 58917 58924 . + 2 ID=contig41.cds4.30;Parent=contig41.path1.gene4;Name=contig41.path1.gene4;Note=final-exon -##sequence-region contig42 1 70020 -contig42 GlimmerHMM mRNA 1140 1502 . - . 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ID=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2 -contig42 GlimmerHMM CDS 5165 5477 . + 0 ID=contig42.cds2.1;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=initial-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 6366 6502 . + 2 ID=contig42.cds2.2;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 7201 7222 . + 0 ID=contig42.cds2.3;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 7490 7520 . + 2 ID=contig42.cds2.4;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 9073 9235 . + 1 ID=contig42.cds2.5;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 9530 9671 . + 0 ID=contig42.cds2.6;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 10196 10337 . + 2 ID=contig42.cds2.7;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 10487 10687 . + 1 ID=contig42.cds2.8;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 10759 11060 . + 1 ID=contig42.cds2.9;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 11139 11241 . + 2 ID=contig42.cds2.10;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 11502 11602 . + 1 ID=contig42.cds2.11;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 12762 12951 . + 2 ID=contig42.cds2.12;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 13153 13285 . + 1 ID=contig42.cds2.13;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 13861 14263 . + 0 ID=contig42.cds2.14;Parent=contig42.path1.gene2;Name=contig42.path1.gene2;Note=internal-exon -contig42 GlimmerHMM CDS 14412 15085 . + 2 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ID=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1 -contig43 GlimmerHMM CDS 593 646 . + 0 ID=contig43.cds1.1;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=initial-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 983 1417 . + 0 ID=contig43.cds1.2;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 1628 1705 . + 0 ID=contig43.cds1.3;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 3383 4082 . + 0 ID=contig43.cds1.4;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 4306 4659 . + 2 ID=contig43.cds1.5;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 5281 6993 . + 2 ID=contig43.cds1.6;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 8396 9295 . + 2 ID=contig43.cds1.7;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 9588 10351 . + 2 ID=contig43.cds1.8;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 10437 10572 . + 0 ID=contig43.cds1.9;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 10765 11655 . + 2 ID=contig43.cds1.10;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 11722 14394 . + 2 ID=contig43.cds1.11;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 15580 25413 . + 2 ID=contig43.cds1.12;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 25485 26463 . + 2 ID=contig43.cds1.13;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 26524 26865 . + 1 ID=contig43.cds1.14;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 27561 28603 . + 1 ID=contig43.cds1.15;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 29343 29399 . + 2 ID=contig43.cds1.16;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 31746 32048 . + 2 ID=contig43.cds1.17;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 32749 33383 . + 2 ID=contig43.cds1.18;Parent=contig43.path1.gene1;Name=contig43.path1.gene1;Note=final-exon -contig43 GlimmerHMM mRNA 39583 49156 . - . ID=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2 -contig43 GlimmerHMM CDS 39583 42419 . - 2 ID=contig43.cds2.1;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=final-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 44160 44231 . - 2 ID=contig43.cds2.2;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 44291 44971 . - 2 ID=contig43.cds2.3;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 46441 47293 . - 0 ID=contig43.cds2.4;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 48708 48891 . - 1 ID=contig43.cds2.5;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=internal-exon -contig43 GlimmerHMM CDS 49050 49156 . - 0 ID=contig43.cds2.6;Parent=contig43.path1.gene2;Name=contig43.path1.gene2;Note=initial-exon -##sequence-region contig44 1 50013 -contig44 GlimmerHMM mRNA 395 9144 . - . ID=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1 -contig44 GlimmerHMM CDS 395 520 . - 0 ID=contig44.cds1.1;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=final-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 1242 2407 . - 2 ID=contig44.cds1.2;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 4148 4219 . - 2 ID=contig44.cds1.3;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 4279 4959 . - 2 ID=contig44.cds1.4;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 6429 7281 . - 0 ID=contig44.cds1.5;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 8696 8879 . - 1 ID=contig44.cds1.6;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=internal-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 9038 9144 . - 0 ID=contig44.cds1.7;Parent=contig44.path1.gene1;Name=contig44.path1.gene1;Note=initial-exon -contig44 GlimmerHMM mRNA 11632 14837 . - . ID=contig44.path1.gene2;Name=contig44.path1.gene2 -contig44 GlimmerHMM CDS 11632 12468 . - 0 ID=contig44.cds2.1;Parent=contig44.path1.gene2;Name=contig44.path1.gene2;Note=final-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 13947 14837 . - 0 ID=contig44.cds2.2;Parent=contig44.path1.gene2;Name=contig44.path1.gene2;Note=initial-exon -contig44 GlimmerHMM mRNA 16854 18627 . + . ID=contig44.path1.gene3;Name=contig44.path1.gene3 -contig44 GlimmerHMM CDS 16854 16926 . + 0 ID=contig44.cds3.1;Parent=contig44.path1.gene3;Name=contig44.path1.gene3;Note=initial-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 16985 17067 . + 2 ID=contig44.cds3.2;Parent=contig44.path1.gene3;Name=contig44.path1.gene3;Note=internal-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 18082 18627 . + 0 ID=contig44.cds3.3;Parent=contig44.path1.gene3;Name=contig44.path1.gene3;Note=final-exon -contig44 GlimmerHMM mRNA 21455 27740 . + . ID=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4 -contig44 GlimmerHMM CDS 21455 21722 . + 0 ID=contig44.cds4.1;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=initial-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 21925 22013 . + 2 ID=contig44.cds4.2;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 25199 25326 . + 0 ID=contig44.cds4.3;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 25564 25722 . + 1 ID=contig44.cds4.4;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 25885 25941 . + 1 ID=contig44.cds4.5;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 27123 27162 . + 1 ID=contig44.cds4.6;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=internal-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 27693 27740 . + 0 ID=contig44.cds4.7;Parent=contig44.path1.gene4;Name=contig44.path1.gene4;Note=final-exon -contig44 GlimmerHMM mRNA 30550 47582 . - . ID=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5 -contig44 GlimmerHMM CDS 30550 30677 . - 2 ID=contig44.cds5.1;Parent=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5;Note=final-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 37567 37756 . - 0 ID=contig44.cds5.2;Parent=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5;Note=internal-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 37808 37912 . - 0 ID=contig44.cds5.3;Parent=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5;Note=internal-exon -contig44 GlimmerHMM CDS 47484 47582 . - 0 ID=contig44.cds5.4;Parent=contig44.path1.gene5;Name=contig44.path1.gene5;Note=initial-exon -##sequence-region contig45 1 50013 -contig45 GlimmerHMM mRNA 1628 4833 . - . ID=contig45.path1.gene1;Name=contig45.path1.gene1 -contig45 GlimmerHMM CDS 1628 2464 . - 0 ID=contig45.cds1.1;Parent=contig45.path1.gene1;Name=contig45.path1.gene1;Note=final-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 3943 4833 . - 0 ID=contig45.cds1.2;Parent=contig45.path1.gene1;Name=contig45.path1.gene1;Note=initial-exon -contig45 GlimmerHMM mRNA 6850 8623 . + . ID=contig45.path1.gene2;Name=contig45.path1.gene2 -contig45 GlimmerHMM CDS 6850 6922 . + 0 ID=contig45.cds2.1;Parent=contig45.path1.gene2;Name=contig45.path1.gene2;Note=initial-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 6981 7063 . + 2 ID=contig45.cds2.2;Parent=contig45.path1.gene2;Name=contig45.path1.gene2;Note=internal-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 8078 8623 . + 0 ID=contig45.cds2.3;Parent=contig45.path1.gene2;Name=contig45.path1.gene2;Note=final-exon -contig45 GlimmerHMM mRNA 11451 17736 . + . ID=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3 -contig45 GlimmerHMM CDS 11451 11718 . + 0 ID=contig45.cds3.1;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=initial-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 11921 12009 . + 2 ID=contig45.cds3.2;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 15195 15322 . + 0 ID=contig45.cds3.3;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 15560 15718 . + 1 ID=contig45.cds3.4;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 15881 15937 . + 1 ID=contig45.cds3.5;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 17119 17158 . + 1 ID=contig45.cds3.6;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=internal-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 17689 17736 . + 0 ID=contig45.cds3.7;Parent=contig45.path1.gene3;Name=contig45.path1.gene3;Note=final-exon -contig45 GlimmerHMM mRNA 20546 37578 . - . ID=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4 -contig45 GlimmerHMM CDS 20546 20673 . - 2 ID=contig45.cds4.1;Parent=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4;Note=final-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 27563 27752 . - 0 ID=contig45.cds4.2;Parent=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4;Note=internal-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 27804 27908 . - 0 ID=contig45.cds4.3;Parent=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4;Note=internal-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 37480 37578 . - 0 ID=contig45.cds4.4;Parent=contig45.path1.gene4;Name=contig45.path1.gene4;Note=initial-exon -contig45 GlimmerHMM mRNA 42096 44534 . - . ID=contig45.path1.gene5;Name=contig45.path1.gene5 -contig45 GlimmerHMM CDS 42096 42122 . - 0 ID=contig45.cds5.1;Parent=contig45.path1.gene5;Name=contig45.path1.gene5;Note=final-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 43859 44007 . - 2 ID=contig45.cds5.2;Parent=contig45.path1.gene5;Name=contig45.path1.gene5;Note=internal-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 44462 44534 . - 0 ID=contig45.cds5.3;Parent=contig45.path1.gene5;Name=contig45.path1.gene5;Note=initial-exon -contig45 GlimmerHMM mRNA 47223 48562 . + . ID=contig45.path1.gene6;Name=contig45.path1.gene6 -contig45 GlimmerHMM CDS 47223 47380 . + 0 ID=contig45.cds6.1;Parent=contig45.path1.gene6;Name=contig45.path1.gene6;Note=initial-exon -contig45 GlimmerHMM CDS 48457 48562 . + 1 ID=contig45.cds6.2;Parent=contig45.path1.gene6;Name=contig45.path1.gene6;Note=final-exon -##sequence-region contig46 1 50012 -contig46 GlimmerHMM mRNA 1660 12572 . - . 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ID=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1 -contig53 GlimmerHMM CDS 2425 2666 . - 2 ID=contig53.cds1.1;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=final-exon -contig53 GlimmerHMM CDS 2725 3054 . - 2 ID=contig53.cds1.2;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon -contig53 GlimmerHMM CDS 3370 3778 . - 0 ID=contig53.cds1.3;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon -contig53 GlimmerHMM CDS 4799 5005 . - 0 ID=contig53.cds1.4;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon -contig53 GlimmerHMM CDS 6122 6185 . - 1 ID=contig53.cds1.5;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon -contig53 GlimmerHMM CDS 6277 6351 . - 1 ID=contig53.cds1.6;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon -contig53 GlimmerHMM CDS 6471 6621 . - 2 ID=contig53.cds1.7;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon -contig53 GlimmerHMM CDS 7332 7706 . - 2 ID=contig53.cds1.8;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon -contig53 GlimmerHMM CDS 7771 7900 . - 0 ID=contig53.cds1.9;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=internal-exon -contig53 GlimmerHMM CDS 9015 9302 . - 0 ID=contig53.cds1.10;Parent=contig53.path1.gene1;Name=contig53.path1.gene1;Note=initial-exon -contig53 GlimmerHMM mRNA 11537 30690 . - . 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ID=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2 -contig56 GlimmerHMM CDS 34254 34259 . - 0 ID=contig56.cds2.1;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=final-exon -contig56 GlimmerHMM CDS 38270 38415 . - 2 ID=contig56.cds2.2;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon -contig56 GlimmerHMM CDS 38468 38598 . - 1 ID=contig56.cds2.3;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon -contig56 GlimmerHMM CDS 38660 39046 . - 1 ID=contig56.cds2.4;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon -contig56 GlimmerHMM CDS 39119 39314 . - 2 ID=contig56.cds2.5;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon -contig56 GlimmerHMM CDS 42325 42642 . - 2 ID=contig56.cds2.6;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon -contig56 GlimmerHMM CDS 42829 42845 . - 1 ID=contig56.cds2.7;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon -contig56 GlimmerHMM CDS 43625 43782 . - 0 ID=contig56.cds2.8;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon -contig56 GlimmerHMM CDS 44006 44091 . - 2 ID=contig56.cds2.9;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon -contig56 GlimmerHMM CDS 45924 47736 . - 0 ID=contig56.cds2.10;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon -contig56 GlimmerHMM CDS 47840 47992 . - 0 ID=contig56.cds2.11;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon -contig56 GlimmerHMM CDS 48826 49832 . - 2 ID=contig56.cds2.12;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon -contig56 GlimmerHMM CDS 49901 51146 . - 0 ID=contig56.cds2.13;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=internal-exon -contig56 GlimmerHMM CDS 52391 53620 . - 0 ID=contig56.cds2.14;Parent=contig56.path1.gene2;Name=contig56.path1.gene2;Note=initial-exon -##sequence-region contig57 1 60013 -contig57 GlimmerHMM mRNA 4241 23607 . - . 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ID=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2 -contig60 GlimmerHMM CDS 6088 6219 . - 0 ID=contig60.cds2.1;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=final-exon -contig60 GlimmerHMM CDS 6286 6406 . - 1 ID=contig60.cds2.2;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon -contig60 GlimmerHMM CDS 6466 6814 . - 2 ID=contig60.cds2.3;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon -contig60 GlimmerHMM CDS 6867 7161 . - 0 ID=contig60.cds2.4;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon -contig60 GlimmerHMM CDS 8050 8303 . - 2 ID=contig60.cds2.5;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon -contig60 GlimmerHMM CDS 8356 8755 . - 0 ID=contig60.cds2.6;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=internal-exon -contig60 GlimmerHMM CDS 12696 12743 . - 0 ID=contig60.cds2.7;Parent=contig60.path1.gene2;Name=contig60.path1.gene2;Note=initial-exon -contig60 GlimmerHMM mRNA 18443 31744 . + . ID=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3 -contig60 GlimmerHMM CDS 18443 18518 . + 0 ID=contig60.cds3.1;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=initial-exon -contig60 GlimmerHMM CDS 22222 22251 . + 2 ID=contig60.cds3.2;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=internal-exon -contig60 GlimmerHMM CDS 22314 29494 . + 2 ID=contig60.cds3.3;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=internal-exon -contig60 GlimmerHMM CDS 29560 29780 . + 0 ID=contig60.cds3.4;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=internal-exon -contig60 GlimmerHMM CDS 29847 31557 . + 1 ID=contig60.cds3.5;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=internal-exon -contig60 GlimmerHMM CDS 31589 31744 . + 0 ID=contig60.cds3.6;Parent=contig60.path1.gene3;Name=contig60.path1.gene3;Note=final-exon -contig60 GlimmerHMM mRNA 33955 38754 . - . 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ID=contig63.path1.gene1;Name=contig63.path1.gene1 -contig63 GlimmerHMM CDS 1003 1486 . + 0 ID=contig63.cds1.1;Parent=contig63.path1.gene1;Name=contig63.path1.gene1;Note=final-exon -contig63 GlimmerHMM mRNA 4369 12161 . + . ID=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2 -contig63 GlimmerHMM CDS 4369 4421 . + 0 ID=contig63.cds2.1;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=initial-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 4822 5122 . + 1 ID=contig63.cds2.2;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 5190 5442 . + 0 ID=contig63.cds2.3;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 5599 5697 . + 2 ID=contig63.cds2.4;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 7498 7920 . + 2 ID=contig63.cds2.5;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 11546 11653 . + 2 ID=contig63.cds2.6;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 11995 12161 . + 2 ID=contig63.cds2.7;Parent=contig63.path1.gene2;Name=contig63.path1.gene2;Note=final-exon -contig63 GlimmerHMM mRNA 15926 33054 . - . ID=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3 -contig63 GlimmerHMM CDS 15926 15960 . - 2 ID=contig63.cds3.1;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=final-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 17594 17717 . - 0 ID=contig63.cds3.2;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 19057 19187 . - 2 ID=contig63.cds3.3;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 19270 19353 . - 2 ID=contig63.cds3.4;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 19425 19979 . - 2 ID=contig63.cds3.5;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 21715 22879 . - 0 ID=contig63.cds3.6;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 24636 24897 . - 1 ID=contig63.cds3.7;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 25155 25472 . - 1 ID=contig63.cds3.8;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 25711 25784 . - 0 ID=contig63.cds3.9;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 26229 26336 . - 0 ID=contig63.cds3.10;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 26403 26903 . - 0 ID=contig63.cds3.11;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 26957 27099 . - 2 ID=contig63.cds3.12;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 28214 28374 . - 1 ID=contig63.cds3.13;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 31124 31349 . - 2 ID=contig63.cds3.14;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=internal-exon -contig63 GlimmerHMM CDS 32955 33054 . - 0 ID=contig63.cds3.15;Parent=contig63.path1.gene3;Name=contig63.path1.gene3;Note=initial-exon -contig63 GlimmerHMM mRNA 36087 52795 . + . 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ID=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2 -contig65 GlimmerHMM CDS 23382 23414 . - 0 ID=contig65.cds2.1;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=final-exon -contig65 GlimmerHMM CDS 23537 23954 . - 1 ID=contig65.cds2.2;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon -contig65 GlimmerHMM CDS 24021 24422 . - 1 ID=contig65.cds2.3;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon -contig65 GlimmerHMM CDS 27407 27523 . - 1 ID=contig65.cds2.4;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon -contig65 GlimmerHMM CDS 27589 27830 . - 0 ID=contig65.cds2.5;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon -contig65 GlimmerHMM CDS 31753 31776 . - 0 ID=contig65.cds2.6;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=internal-exon -contig65 GlimmerHMM CDS 33002 33004 . - 0 ID=contig65.cds2.7;Parent=contig65.path1.gene2;Name=contig65.path1.gene2;Note=initial-exon -contig65 GlimmerHMM mRNA 37164 44203 . + . ID=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3 -contig65 GlimmerHMM CDS 37164 37235 . + 0 ID=contig65.cds3.1;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=initial-exon -contig65 GlimmerHMM CDS 38418 38642 . + 0 ID=contig65.cds3.2;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon -contig65 GlimmerHMM CDS 38929 38999 . + 0 ID=contig65.cds3.3;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon -contig65 GlimmerHMM CDS 39651 39735 . + 1 ID=contig65.cds3.4;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon -contig65 GlimmerHMM CDS 41433 42041 . + 0 ID=contig65.cds3.5;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon -contig65 GlimmerHMM CDS 42103 42911 . + 0 ID=contig65.cds3.6;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon -contig65 GlimmerHMM CDS 43509 43707 . + 1 ID=contig65.cds3.7;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=internal-exon -contig65 GlimmerHMM CDS 44192 44203 . + 0 ID=contig65.cds3.8;Parent=contig65.path1.gene3;Name=contig65.path1.gene3;Note=final-exon -##sequence-region contig66 1 45011 -contig66 GlimmerHMM mRNA 3375 12997 . - . 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ID=contig68.path1.gene2;Name=contig68.path1.gene2 -contig68 GlimmerHMM CDS 20638 21050 . + 0 ID=contig68.cds2.1;Parent=contig68.path1.gene2;Name=contig68.path1.gene2;Note=initial-exon -contig68 GlimmerHMM CDS 21149 21485 . + 1 ID=contig68.cds2.2;Parent=contig68.path1.gene2;Name=contig68.path1.gene2;Note=internal-exon -contig68 GlimmerHMM CDS 21721 22125 . + 0 ID=contig68.cds2.3;Parent=contig68.path1.gene2;Name=contig68.path1.gene2;Note=internal-exon -contig68 GlimmerHMM CDS 24220 24318 . + 0 ID=contig68.cds2.4;Parent=contig68.path1.gene2;Name=contig68.path1.gene2;Note=final-exon -##sequence-region contig69 1 44962 -contig69 GlimmerHMM mRNA 450 4874 . - . 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Binary file test-data/gff3_multi_fasta/myHub/Dbia3/tracks/Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb has changed
--- a/test-data/gff3_multi_fasta/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/gff3_multi_fasta/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email rmarenco@gwu.edu -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/gtf/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,38 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_158.dat -DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'StringTie transcripts', u'name': u'StringTie_Assembled_Transcripts', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} -DEBUG:root:Calling gtfToGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /tmp/tmpO0sxeA.sortedBed.bigGenePred -DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmp9W1pAA.chrom.sizes -DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/169/dataset_195_files/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb -DEBUG:root:typeOption: bed12+8 -DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/bigGenePred.as -DEBUG:root:tab option: True -DEBUG:root:Calling bedToBigBed: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Gtf.Gtf object at 0x7f8acc88c650>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/169/dataset_195_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_StringTie_Assembled_Transcripts_bb (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/gtf/gtf_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb">StringTie_Assembled_Transcripts.bb</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/gtf/inputs/StringTie_Assembled_Transcripts Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,11 +0,0 @@ -# stringtie /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1193.dat -o /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1197.dat -p 1 -# StringTie version 1.2.3 -contig16 StringTie transcript 1751 17824 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; cov "14.618678"; FPKM "322160.531250"; TPM "866155.937500"; -contig16 StringTie exon 1751 1897 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "1"; cov "6.787892"; -contig16 StringTie exon 11285 11463 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "2"; cov "19.860081"; -contig16 StringTie exon 11518 11705 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "3"; cov "23.926477"; -contig16 StringTie exon 11759 11858 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "4"; cov "17.452721"; -contig16 StringTie exon 11922 11975 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "5"; cov "11.461867"; -contig16 StringTie exon 12601 12811 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "6"; cov "11.876496"; -contig16 StringTie exon 17222 17337 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "7"; cov "15.915709"; -contig16 StringTie exon 17406 17824 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "8"; cov "11.738873";
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--- a/test-data/gtf/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,12 +0,0 @@ - -track gonramp_StringTie_Assembled_Transcripts_bb -longLabel StringTie transcripts -shortLabel StringTie transcr -bigDataUrl tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb -type bigGenePred -visibility dense -thickDrawItem off -priority 10 -color 0,0,0 -group default_group -searchIndex name
--- a/test-data/gtf/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/gtf/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/gtf_gff/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,60 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1184.dat -DEBUG:root:data_value: {u'order_index': u'10', u'name': u'Augustus_Gene_Predictions', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group'} -DEBUG:root:Calling gff3ToGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmp7sqcWp.sorted.bigGenePred -DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmpp6ZdZ_.chrom.sizes -DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/911/dataset_1279_files/myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb -DEBUG:root:typeOption: bed12+8 -DEBUG:root:autoSql: /home/svc_galaxy/new/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/d786bca6a75d/hubarchivecreator/bigGenePred.as -DEBUG:root:tab option: True -DEBUG:root:Calling bedToBigBed: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1197.dat -DEBUG:root:data_value: {u'order_index': u'11', u'name': u'StringTie_Assembled_Transcripts', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group'} -DEBUG:root:Calling gtfToGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmp66b4It.sortedBed.bigGenePred -DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmpp6ZdZ_.chrom.sizes -DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/911/dataset_1279_files/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb -DEBUG:root:typeOption: bed12+8 -DEBUG:root:autoSql: /home/svc_galaxy/new/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/d786bca6a75d/hubarchivecreator/bigGenePred.as -DEBUG:root:tab option: True -DEBUG:root:Calling bedToBigBed: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Gtf.Gtf object at 0x1ecae10>, <Gff3.Gff3 object at 0x1ecad10>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/911/dataset_1279_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track StringTie_Assembled_Transcripts.bb (in group default_group) -DEBUG:root:We DON'T add in /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/911/dataset_1279_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track Augustus_Gene_Predictions.bb (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/gtf_gff/gtf_gff_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,73 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb">Augustus_Gene_Predictions.bb</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb">StringTie_Assembled_Transcripts.bb</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/gtf_gff/myHub/Dbia3/groups.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -name default_group -label Default group -priority 2 -defaultIsClosed 0 -
--- a/test-data/gtf_gff/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,22 +0,0 @@ - track StringTie_Assembled_Transcripts.bb - longLabel StringTie Assembled Transcripts - shortLabel StringTie Assem - bigDataUrl tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb - type bigGenePred - visibility dense - thickDrawItem off - priority 11 - color 0,0,0 - group default_group - - track Augustus_Gene_Predictions.bb - longLabel Augustus Gene Predictions - shortLabel Augustus Gene P - bigDataUrl tracks/Augustus_Gene_Predictions.bb - type bigGenePred - visibility dense - thickDrawItem off - priority 10 - color 0,0,0 - group default_group -
--- a/test-data/gtf_gff/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/gtf_gff/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email rmarenco@gwu.edu -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/one_group_two_tracks/Hub_Archive_Creator_on_data_15,_data_19,_and_data_1_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,76 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam">HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_on_data_15:_Assembled_transcripts.bb">StringTie_on_data_15:_Assembled_transcripts.bb</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam.bai">HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam.bai</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/one_group_two_tracks/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,42 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_154.dat -DEBUG:root:data_value: {u'index': u'/home/galaxy/galaxy/database/datasets/_metadata_files/000/metadata_5.dat', u'long_label': u'HISAT sequence alignment', u'name': u'HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2', u'database': u'', u'track_color': u'#c0504d', u'group_name': u'RNA-Seq', u'order_index': u'11'} -DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_158.dat -DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'StringTie transcripts ', u'name': u'StringTie_on_data_15:_Assembled_transcripts', u'database': u'', u'track_color': u'#c0504d', u'group_name': u'RNA-Seq', u'order_index': u'10'} -DEBUG:root:Calling gtfToGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /tmp/tmpp_i4_J.sortedBed.bigGenePred -DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmpTsX28d.chrom.sizes -DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/150/dataset_177_files/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_on_data_15:_Assembled_transcripts.bb -DEBUG:root:typeOption: bed12+8 -DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/bigGenePred.as -DEBUG:root:tab option: True -DEBUG:root:Calling bedToBigBed: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Bam.Bam object at 0x7f11363da650>, <Gtf.Gtf object at 0x7f11363da6d0>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/150/dataset_177_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group RNA-Seq -DEBUG:root:We just added track gonramp_HISAT2_on_data_1__data_3__and_data_2_bam (in group rna-seq) -DEBUG:root:We DON'T add in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/150/dataset_177_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group RNA-Seq -DEBUG:root:We just added track gonramp_StringTie_on_data_15__Assembled_transcripts_bb (in group rna-seq) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/one_group_two_tracks/myHub/Dbia3/groups.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -name rna-seq -label RNA-Seq -priority 2 -defaultIsClosed 0 -
--- a/test-data/one_group_two_tracks/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,24 +0,0 @@ - -track gonramp_HISAT2_on_data_1__data_3__and_data_2_bam -longLabel HISAT sequence alignment -shortLabel HISAT sequence al -bigDataUrl tracks/HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam -type bam -visibility pack -thickDrawItem off -priority 11 -color 192,80,77 -group rna-seq -searchIndex name - -track gonramp_StringTie_on_data_15__Assembled_transcripts_bb -longLabel StringTie transcripts -shortLabel StringTie transcr -bigDataUrl tracks/StringTie_on_data_15:_Assembled_transcripts.bb -type bigGenePred -visibility dense -thickDrawItem off -priority 10 -color 192,80,77 -group rna-seq -searchIndex name
Binary file test-data/one_group_two_tracks/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam has changed
Binary file test-data/one_group_two_tracks/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_on_data_1,_data_3,_and_data_2.bam.bai has changed
Binary file test-data/one_group_two_tracks/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_on_data_15:_Assembled_transcripts.bb has changed
--- a/test-data/one_group_two_tracks/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/one_group_two_tracks/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/only_genome/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,16 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/only_genome/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/only_genome/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/only_genome/only_genome.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,54 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/psl/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,36 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_191.dat -DEBUG:root:data_value: {u'long_label': u'BLAST Alignment', u'name': u'blastXmlToPsl', u'database': u'', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group', u'order_index': u'10'} -DEBUG:root:Calling pslToBigPsl: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Hello -DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /tmp/tmp2i4e0Tpsl -DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /tmp/tmp1BIsqk.chrom.sizes -DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/166/dataset_192_files/myHub/Dbia3/tracks/blastXmlToPsl.bb -DEBUG:root:typeOption: bed12+12 -DEBUG:root:autoSql: /home/galaxy/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/6aa28a85cc38/hubarchivecreator/bigPsl.as -DEBUG:root:tab option: True -DEBUG:root:Calling bedToBigBed: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Psl.Psl object at 0x7fc17d9d0690>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/166/dataset_192_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track gonramp_blastXmlToPsl_bb (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/psl/inputs/blastXmlToPsl Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,20 +0,0 @@ -276 357 36 0 4 12 1 9 +- FBpp0070070 1623 153 834 contig14 45010 32918 33596 6 126,45,18,324,57,99, 153,282,327,348,675,735, 11414,11540,11594,11612,11936,11993, -129 276 0 0 0 0 3 21 +- FBpp0070070 1623 822 1227 contig14 45010 31613 32039 4 39,156,69,141, 822,861,1017,1086, 12971,13022,13181,13256, -276 357 36 0 4 12 1 9 +- FBpp0070070 1623 153 834 contig15 50014 2911 3589 6 126,45,18,324,57,99, 153,282,327,348,675,735, 46425,46551,46605,46623,46947,47004, -129 276 0 0 0 0 3 21 +- FBpp0070070 1623 822 1227 contig15 50014 1606 2032 4 39,156,69,141, 822,861,1017,1086, 47982,48033,48192,48267, -204 177 0 0 2 132 1 63 ++ FBpp0070566 2046 873 1386 contig36 45010 41724 42168 4 102,87,30,162, 873,975,1116,1224, 41724,41889,41976,42006, -135 102 0 0 1 3 0 0 ++ FBpp0070566 2046 165 405 contig36 45010 38740 38977 2 213,24, 165,381, 38740,38953, -99 156 0 0 0 0 0 0 ++ FBpp0070566 2046 606 861 contig36 45010 40303 40558 1 255, 606, 40303, -96 93 0 0 0 0 1 3 ++ FBpp0070566 2046 1476 1665 contig36 45010 42322 42514 2 39,150, 1476,1515, 42322,42364, -204 177 0 0 2 132 1 63 ++ FBpp0070566 2046 873 1386 contig37 50013 11717 12161 4 102,87,30,162, 873,975,1116,1224, 11717,11882,11969,11999, -135 102 0 0 1 3 0 0 ++ FBpp0070566 2046 165 405 contig37 50013 8733 8970 2 213,24, 165,381, 8733,8946, -99 156 0 0 0 0 0 0 ++ FBpp0070566 2046 606 861 contig37 50013 10296 10551 1 255, 606, 10296, -96 93 0 0 0 0 1 3 ++ FBpp0070566 2046 1476 1665 contig37 50013 12315 12507 2 39,150, 1476,1515, 12315,12357, -207 174 0 0 3 72 1 63 ++ FBpp0070567 1986 873 1326 contig36 45010 41724 42168 5 102,93,9,15,162, 873,975,1086,1131,1164, 41724,41889,41982,41991,42006, -135 102 0 0 1 3 0 0 ++ FBpp0070567 1986 165 405 contig36 45010 38740 38977 2 213,24, 165,381, 38740,38953, -99 156 0 0 0 0 0 0 ++ FBpp0070567 1986 606 861 contig36 45010 40303 40558 1 255, 606, 40303, -96 93 0 0 0 0 1 3 ++ FBpp0070567 1986 1416 1605 contig36 45010 42322 42514 2 39,150, 1416,1455, 42322,42364, -207 174 0 0 3 72 1 63 ++ FBpp0070567 1986 873 1326 contig37 50013 11717 12161 5 102,93,9,15,162, 873,975,1086,1131,1164, 11717,11882,11975,11984,11999, -135 102 0 0 1 3 0 0 ++ FBpp0070567 1986 165 405 contig37 50013 8733 8970 2 213,24, 165,381, 8733,8946, -99 156 0 0 0 0 0 0 ++ FBpp0070567 1986 606 861 contig37 50013 10296 10551 1 255, 606, 10296, -96 93 0 0 0 0 1 3 ++ FBpp0070567 1986 1416 1605 contig37 50013 12315 12507 2 39,150, 1416,1455, 12315,12357,
--- a/test-data/psl/myHub/Dbia3/groups.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -name default_group -label Default group -priority 2 -defaultIsClosed 0 -
--- a/test-data/psl/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,12 +0,0 @@ - -track gonramp_blastXmlToPsl_bb -longLabel BLAST Alignment -shortLabel BLAST Alignment -bigDataUrl tracks/blastXmlToPsl.bb -type bigPsl -visibility dense -thickDrawItem off -priority 10 -color 0,0,0 -group default_group -searchIndex name
--- a/test-data/psl/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/psl/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/psl/psl_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/blastXmlToPsl.bb">blastXmlToPsl.bb</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
--- a/test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/__main__.log Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,38 +0,0 @@ -DEBUG:root:#### Welcome in HubArchiveCreator Debug Mode #### - -DEBUG:root:Calling faToTwoBit: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling twoBitInfo: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:input_false_path: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1329.dat -DEBUG:root:data_value: {u'order_index': u'10', u'name': u'StringTie_Assembled_Transcripts', u'track_color': u'#000000', u'group_name': u'Default group'} -DEBUG:root:Calling gtfToGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling genePredToBigGenePred: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:Calling sort: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:sorted_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmptjLL_6.sortedBed.bigGenePred -DEBUG:root:chrom_sizes_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/tmp/tmp5N24Cj.chrom.sizes -DEBUG:root:big_bed_file_name: /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/964/dataset_1331_files/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb -DEBUG:root:typeOption: bed12+8 -DEBUG:root:autoSql: /home/svc_galaxy/new/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/rmarenco/hubarchivecreator/d786bca6a75d/hubarchivecreator/bigGenePred.as -DEBUG:root:tab option: True -DEBUG:root:Calling bedToBigBed: -DEBUG:root:--------- -DEBUG:root: -DEBUG:root:----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -DEBUG:root:all_datatype_ordered_dictionary keys are: [<Gtf.Gtf object at 0x179fd10>] -DEBUG:root:----- Beginning of Track adding processing ----- -DEBUG:root:We just added in /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/jobs_directory/000/964/dataset_1331_files/myHub/Dbia3/groups.txt the group Default group -DEBUG:root:We just added track StringTie_Assembled_Transcripts.bb (in group default_group) -DEBUG:root:----- End of Track adding processing ----- -DEBUG:root:#### End of HubArchiveCreator Debug Mode: Bye! ####
--- a/test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/inputs/stringtie_assembled_transcripts Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,11 +0,0 @@ -# stringtie /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1102.dat -o /home/svc_galaxy/new/galaxy/database/files/001/dataset_1103.dat -p 1 -# StringTie version 1.1.0 -contig16 StringTie transcript 1751 17824 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; cov "14.618678"; FPKM "322160.531250"; TPM "880020.875000"; -contig16 StringTie exon 1751 1897 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "1"; cov "6.787892"; -contig16 StringTie exon 11285 11463 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "2"; cov "19.860081"; -contig16 StringTie exon 11518 11705 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "3"; cov "23.926477"; -contig16 StringTie exon 11759 11858 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "4"; cov "17.452721"; -contig16 StringTie exon 11922 11975 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "5"; cov "11.461867"; -contig16 StringTie exon 12601 12811 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "6"; cov "11.876496"; -contig16 StringTie exon 17222 17337 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "7"; cov "15.915709"; -contig16 StringTie exon 17406 45020 1000 - . gene_id "STRG.1"; transcript_id "STRG.1.1"; exon_number "8"; cov "11.738873";
--- a/test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/myHub/Dbia3/groups.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -name default_group -label Default group -priority 2 -defaultIsClosed 0 -
--- a/test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,11 +0,0 @@ - track StringTie_Assembled_Transcripts.bb - longLabel StringTie Assembled Transcripts - shortLabel StringTie Assem - bigDataUrl tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb - type bigGenePred - visibility dense - thickDrawItem off - priority 10 - color 0,0,0 - group default_group -
Binary file test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb has changed
--- a/test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
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--- a/test-data/stringtie_chromosome_end_coordinates/stringtie_chromosome_end_coordinates_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb">StringTie_Assembled_Transcripts.bb</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
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Binary file test-data/two_groups_multiple_tracks/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam has changed
Binary file test-data/two_groups_multiple_tracks/myHub/Dbia3/tracks/HISAT2_Accepted_Hits.bam.bai has changed
Binary file test-data/two_groups_multiple_tracks/myHub/Dbia3/tracks/Multi-Fasta_GlimmerHMM_Gene_Predictions.bb has changed
Binary file test-data/two_groups_multiple_tracks/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig has changed
Binary file test-data/two_groups_multiple_tracks/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb has changed
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--- a/test-data/two_groups_no_track/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/two_groups_no_track/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/two_groups_no_track/two_groups_no_track_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,54 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -
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Binary file test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig has changed
Binary file test-data/two_groups_one_track_both/myHub/Dbia3/tracks/StringTie_Assembled_Transcripts.bb has changed
--- a/test-data/two_groups_one_track_both/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/two_groups_one_track_both/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
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--- a/test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/groups.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -name default_group -label Default group -priority 2 -defaultIsClosed 0 -
--- a/test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/trackDb.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,14 +0,0 @@ - -track gonramp_RNA_Seq_Alignment_Coverage_bigwig -longLabel RNA-Seq Alignment Coverage -shortLabel RNA-Seq Alignment -bigDataUrl tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig -visibility full -priority 10 -color 0,0,0 -group default_group -type bigWig 1.000000 39.000000 -autoScale on -maxHeightPixels 100:32:8 -windowingFunction mean+whiskers -
Binary file test-data/two_groups_one_track_first/myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig has changed
--- a/test-data/two_groups_one_track_first/myHub/genomes.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -genome Dbia3 -trackDb Dbia3/trackDb.txt -groups Dbia3/groups.txt -description Dbia3 -twoBitPath Dbia3/Dbia3.2bit -organism Dbia3 -defaultPos contig25 -orderKey 4500 -scientificName Dbia3 -htmlPath Dbia3/description.html
--- a/test-data/two_groups_one_track_first/myHub/hub.txt Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -hub gonrampDbia3 -shortLabel Dbia3 -longLabel Dbia3 -genomesFile genomes.txt -email gonramp@temporary.domain -descriptionUrl Dbia3.html
--- a/test-data/two_groups_one_track_first/two_groups_one_track_first_trackhub.html Wed Sep 27 16:24:14 2017 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ - -<html> - <body> - <p> - The following has been generated by Hub Archive Creator: - </p> - <ul> - - <li> - myHub - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3.html">Dbia3.html</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/genomes.txt">genomes.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/hub.txt">hub.txt</a> - </li> - <li> - Dbia3 - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/groups.txt">groups.txt</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/Dbia3.2bit">Dbia3.2bit</a> - </li> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/description.html">description.html</a> - </li> - <li> - tracks - </li> - <ul> - - <li> - <a href="myHub/Dbia3/tracks/RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig">RNA-Seq_Alignment_Coverage.bigwig</a> - </li> - - </ul> - <li> - <a href="myHub/Dbia3/trackDb.txt">trackDb.txt</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - <li> - . - </li> - <ul> - - <li> - <a href="./__main__.log">__main__.log</a> - </li> - - </ul> - - </ul> - </body> -</html> - - -