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author yating-l
date Tue, 16 May 2017 17:03:13 -0400
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files bed_to_bigbed.xml schemas/bigGenePred.as schemas/bigPsl.as schemas/cytoBand.as schemas/rmsk16.as schemas/spliceJunctions.as schemas/tRNAscan.as schemas/trf_simpleRepeat.as test-data/autosql_schemas.loc test-data/contigs.2bit test-data/contigs.fa test-data/contigs.info test-data/contigs_chromInfo.tab test-data/contigs_clip.bed test-data/contigs_cytoband.bb test-data/contigs_cytoband.bed test-data/contigs_gaps.bb test-data/contigs_gaps.bed test-data/contigs_gaps_advanced.bb test-data/contigs_gaps_index.bb test-data/contigs_narrowPeak.bb test-data/contigs_narrowPeak.bed test-data/cytoBand.as test-data/schemas/broadPeak.as test-data/schemas/narrowPeak.as tool-data/autosql_schemas.loc.sample tool_data_table_conf.xml.sample tool_data_table_conf.xml.test tool_dependencies.xml ucsc_macros.xml
diffstat 30 files changed, 2552 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/bed_to_bigbed.xml	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,264 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool id="bed_to_bigbed" name="bedToBigBed" version="1.0">
+    <description>Converts a BED file to a bigBed file</description>
+
+    <macros>
+        <import>ucsc_macros.xml</import>
+    </macros>
+
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="340">ucsc_bigbed</requirement>
+    </requirements>
+
+    <command detect_errors="exit_code">
+<![CDATA[
+    @OPTIONAL_PARAM_FUNC@
+
+    #if str($bed_clip) == "bedClip":
+        bedClip -verbose=2
+            "${bed_input}" "${chrominfo_input}" stdout |
+    #else
+        cat ${bed_input} |
+    #end if
+
+        sort -k 1,1 -k 2,2n  > "${bed_input}".sorted &&
+
+        bedToBigBed
+
+            ## Allow users to include spaces when specifying the extraIndex parameter
+            $optional_param("-extraIndex", $extra_index.replace(" ", ""))
+
+            $optional_param("-blockSize", $adv.block_size)
+            $optional_param("-itemsPerSlot", $adv.items_per_slot)
+            ${adv.no_compression}
+            ${adv.tab_separated}
+
+            ## Options for bedPlus format
+            #if str($bedplus.bedplus_selector) == "yes":
+
+                #set asql_src = $bedplus.autosql_source
+                #set asql_selector = str($asql_src['autosql_source_selector'])
+
+                #if asql_selector == "reference_schema":
+                    #set asql_key = str($asql_src['autosql_ref'])
+                    #set (asql_schema, asql_type) = asql_key.split("__")
+
+                    #import os.path
+                    #set asql_path = os.path.join($__tool_directory__, "schemas", asql_schema)
+
+                    -as=${asql_path}
+                    -type=${asql_type}
+
+                #elif asql_selector == "local_schema":
+                    #set asql_local = $asql_src['autosql_local']
+
+                    -as=${asql_local.fields.path}
+                    -type=${asql_local.fields.type}
+
+                #else
+                    #set asql_type = "bed%d+%d" % ($asql_src['num_bed_fields'], $asql_src['num_extra_fields'])
+
+                    -as=$asql_src['autosql_input']
+                    -type=${asql_type}
+                #end if
+            #end if
+
+            "${bed_input}".sorted "${chrominfo_input}" "${bigbed_output}"
+]]>
+    </command>
+
+    <expand macro="environment_LC_COLLATE" />
+
+    <inputs>
+        <param name="bed_input" type="data" format="bed" label="BED file" />
+
+        <param name="chrominfo_input" type="data" format="tabular"
+                label="Chromosomes sizes file" />
+
+        <param name="bed_clip" type="boolean" checked="false"
+                truevalue="bedClip" falsevalue=""
+                label="Remove BED items that extend beyond the scaffolds"
+                help="bedClip" />
+
+        <conditional name="bedplus">
+            <param name="bedplus_selector" type="select"
+                    label="BED file includes extra fields (in bedPlus format)?">
+                <option value="yes">Yes</option>
+                <option value="no" selected="true">No</option>
+            </param>
+
+            <when value="yes">
+                <conditional name="autosql_source">
+                    <param name="autosql_source_selector" type="select"
+                            label="Source of AutoSql schemas"
+                            help="The AutoSql schema defines each field in the bedPlus file">
+                        <option value="reference_schema">Reference schemas</option>
+                        <option value="local_schema">Locally installed schemas</option>
+                        <option value="custom_schema">Custom schema</option>
+                    </param>
+
+                    <when value="reference_schema">
+                        <param name="autosql_ref" type="select"
+                                label="Select a reference schema from the list">
+                            <option value="bigGenePred.as__bed12+8" selected="true">bigGenePred</option>
+                            <option value="bigPsl.as__bed12+12">bigPsl</option>
+                            <option value="cytoband.as__bed4+1">Cytoband</option>
+                            <option value="rmsk16.as__bed6+10">RepeatMasker</option>
+                            <option value="spliceJunctions.as__bed12+1">Splice junctions (regtools)</option>
+                            <option value="trf_simpleRepeat.as__bed4+12">Simple repeats (trfBig)</option>
+                            <option value="tRNAscan.as__bed4+1">tRNAscan-SE</option>
+                        </param>
+                    </when>
+
+                    <when value="local_schema">
+                        <param name="autosql_local" type="select"
+                                label="Select a locally installed AutoSql schema from the list">
+                            <options from_data_table="autosql_table">
+                                <filter type="sort_by" column="2" />
+                                <validator type="no_options" message="No AutoSql schemas available" />
+                            </options>
+                        </param>
+                    </when>
+
+                    <when value="custom_schema">
+                        <param name="autosql_input" type="data" format="txt"
+                            label="Specify a custom AutoSql file from History" />
+
+                        <param name="num_bed_fields" type="integer" min="3" max="12"
+                                value="3" label="Number of BED fields" />
+
+                        <param name="num_extra_fields" type="integer" min="1"
+                                value="1" label="Number of extra fields" />
+                    </when>
+                </conditional>
+            </when>
+
+            <when value="no"></when>
+        </conditional>
+
+        <param name="extra_index" type="text" label="Index fields" optional="true" value=""
+            help="Use a comma-separated list to specify the fields to index (-extraIndex)" />
+
+        <section name="adv" title="Advanced options" expanded="false">
+            <param name="block_size" type="integer" label="Block size"
+                    min="1" optional="true"
+                    help="Number of items to bundle in r-tree" />
+
+            <param name="items_per_slot" type="integer" label="Items per slot"
+                    min="1" optional="true"
+                    help="Number of data points bundled at the lowest level" />
+
+            <param name="no_compression" type="boolean" checked="false"
+                truevalue="-unc" falsevalue=""
+                label="Do not use compression"
+                help="-unc" />
+
+            <param name="tab_separated" type="boolean" checked="false"
+                truevalue="-tab" falsevalue=""
+                label="Expect fields to be tab-separated"
+                help="-tab" />
+        </section>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="bigbed_output" format="bigbed" />
+    </outputs>
+    <tests>
+       <test>
+            <!-- Test bedToBigBed with standard bed columns -->
+            <param name="bed_input" value="contigs_gaps.bed" ftype="bed" />
+            <param name="chrominfo_input" value="contigs_chromInfo.tab" ftype="tabular" />
+            <output name="bigbed_output" file="contigs_gaps.bb" />
+        </test>
+        <test>
+            <!-- Test bedToBigBed with name index that contains extra spaces -->
+            <param name="bed_input" value="contigs_gaps.bed" ftype="bed" />
+            <param name="chrominfo_input" value="contigs_chromInfo.tab" ftype="tabular" />
+            <param name="extra_index" value="  name  " />
+            <output name="bigbed_output" file="contigs_gaps_index.bb" />
+        </test>
+        <test>
+            <!-- Test bedToBigBed with advanced options -->
+            <param name="bed_input" value="contigs_gaps.bed" ftype="bed" />
+            <param name="chrominfo_input" value="contigs_chromInfo.tab" ftype="tabular" />
+            <param name="block_size" value="200" />
+            <param name="items_per_slot" value="500" />
+            <param name="no_compression" value="-unc" />
+            <param name="tab_separated" value="-tab" />
+            <output name="bigbed_output" file="contigs_gaps_advanced.bb" />
+        </test>
+        <test>
+            <!-- Test bedToBigBed with bedClip -->
+            <param name="bed_input" value="contigs_clip.bed" ftype="bed" />
+            <param name="chrominfo_input" value="contigs_chromInfo.tab" ftype="tabular" />
+            <param name="bed_clip" value="bedClip" />
+            <output name="bigbed_output" file="contigs_gaps.bb" />
+        </test>
+        <test>
+            <!-- Test bedToBigBed with bedPlus and G-OnRamp schema -->
+            <param name="bed_input" value="contigs_cytoband.bed" ftype="bed" />
+            <param name="chrominfo_input" value="contigs_chromInfo.tab" ftype="tabular" />
+            <param name="bedplus_selector" value="yes" />
+            <param name="autosql_source_selector" value="reference_schema" />
+            <param name="autosql_ref" value="cytoband.as__bed4+1" ftype="txt" />
+            <output name="bigbed_output" file="contigs_cytoband.bb" />
+        </test>
+        <test>
+            <!-- Test bedToBigBed with bedPlus and local schema -->
+            <param name="bed_input" value="contigs_narrowPeak.bed" ftype="bed" />
+            <param name="chrominfo_input" value="contigs_chromInfo.tab" ftype="tabular" />
+            <param name="bedplus_selector" value="yes" />
+            <param name="autosql_source_selector" value="local_schema" />
+            <param name="autosql_local" value="narrowPeak.as" />
+            <output name="bigbed_output" file="contigs_narrowPeak.bb" />
+        </test>
+        <test>
+            <!-- Test bedToBigBed with bedPlus and custom schema -->
+            <param name="bed_input" value="contigs_cytoband.bed" ftype="bed" />
+            <param name="chrominfo_input" value="contigs_chromInfo.tab" ftype="tabular" />
+            <param name="bedplus_selector" value="yes" />
+            <param name="autosql_source_selector" value="custom_schema" />
+            <param name="autosql_input" value="cytoband.as" ftype="txt" />
+            <param name="num_bed_fields" value="4" />
+            <param name="num_extra_fields" value="1" />
+            <output name="bigbed_output" file="contigs_cytoband.bb" />
+        </test>
+    </tests>
+    <help>
+<![CDATA[
+**What it does**
+
+This tool converts a `BED <https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1>`_
+file into a `bigBed <https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/bigBed.html>`_ file.
+
+----
+
+.. class:: infomark
+
+**Chromosomes sizes file**
+
+This tool requires a chromosomes sizes (``chrom.sizes``) file, which lists the size of
+each scaffold within an assembly. For genome assemblies that are hosted by UCSC,
+the ``chrom.sizes`` file is available through the
+`Sequence and Annotation Downloads <http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.html>`_ page.
+The `twoBitInfo <https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/twoBit.html>`_ tool
+can be used to generate the ``chrom.sizes`` for the genome assemblies that are not hosted
+by UCSC.
+
+----
+
+.. class:: infomark
+
+**AutoSql files**
+
+The BED input file could contain extra fields (i.e. bedPlus). The definitions for the
+fields in a bedPlus file can be specified using an
+`AutoSql <http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/AutoSql>`_ file.
+
+A large collection of AutoSql files are available through the
+`UCSC Genome Browser source tree <https://github.com/ucscGenomeBrowser/kent/tree/master/src/hg/lib>`_
+(files with the .as extension).
+
+    ]]></help>
+
+    <expand macro="citations" />
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/bigGenePred.as	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,25 @@
+table bigGenePred
+"bigGenePred gene models"
+   (
+   string chrom;       "Reference sequence chromosome or scaffold"
+   uint   chromStart;  "Start position in chromosome"
+   uint   chromEnd;    "End position in chromosome"
+   string name;        "Name or ID of item, ideally both human readable and unique"
+   uint score;         "Score (0-1000)"
+   char[1] strand;     "+ or - for strand"
+   uint thickStart;    "Start of where display should be thick (start codon)"
+   uint thickEnd;      "End of where display should be thick (stop codon)"
+   uint reserved;       "RGB value (use R,G,B string in input file)"
+   int blockCount;     "Number of blocks"
+   int[blockCount] blockSizes; "Comma separated list of block sizes"
+   int[blockCount] chromStarts; "Start positions relative to chromStart"
+   string name2;       "Alternative/human readable name"
+   string cdsStartStat; "Status of CDS start annotation (none, unknown, incomplete, or complete)"
+   string cdsEndStat;   "Status of CDS end annotation (none, unknown, incomplete, or complete)"
+   int[blockCount] exonFrames; "Exon frame {0,1,2}, or -1 if no frame for exon"
+   string type;        "Transcript type"
+   string geneName;    "Primary identifier for gene"
+   string geneName2;   "Alternative/human readable gene name"
+   string geneType;    "Gene type"
+   )
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/bigPsl.as	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,33 @@
+table bigPsl
+"bigPsl pairwise alignment"
+    (
+    string chrom;       "Reference sequence chromosome or scaffold"
+    uint   chromStart;  "Start position in chromosome"
+    uint   chromEnd;    "End position in chromosome"
+    string name;        "Name or ID of item, ideally both human readable and unique"
+    uint score;         "Score (0-1000)"
+    char[1] strand;     "+ or - for strand"
+    uint thickStart;    "Start of where display should be thick (start codon)"
+    uint thickEnd;      "End of where display should be thick (stop codon)"
+    uint reserved;       "RGB value (use R,G,B string in input file)"
+    int blockCount;     "Number of blocks"
+    int[blockCount] blockSizes; "Comma separated list of block sizes"
+    int[blockCount] chromStarts; "Start positions relative to chromStart"
+
+    uint    oChromStart;"Start position in other chromosome"
+    uint    oChromEnd;  "End position in other chromosome"
+    char[1] oStrand;    "+ or - for other strand"
+    uint    oChromSize; "Size of other chromosome."
+    int[blockCount] oChromStarts; "Start positions relative to oChromStart"
+
+    lstring  oSequence;  "Sequence on other chrom (or edit list, or empty)"
+    string   oCDS;       "CDS in NCBI format"
+
+    uint    chromSize;"Size of target chromosome"
+
+    uint match;        "Number of bases matched."
+    uint misMatch; " Number of bases that don't match "
+    uint repMatch; " Number of bases that match but are part of repeats "
+    uint nCount;   " Number of 'N' bases "
+    )
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/cytoBand.as	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,9 @@
+table cytoBandIdeo
+"cytoBandIdeo Describes the positions of cytogenetic bands with a chromosome"
+    (
+    string chrom;      "Reference sequence chromosome or scaffold"
+    uint   chromStart; "Start position in chromosome"
+    uint   chromEnd;   "End position in chromosome"
+    string name;       "Name of item"
+    string   gieStain; "Giemsa stain results: gneg gpos25 gpos50 gpos75 gpos100 acen gvar stalk"
+    )
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/rmsk16.as	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,21 @@
+
+table repeatMasker
+"RepeatMasker .out record"
+    (
+    string chrom;    "Genomic sequence name"
+    uint chromStart;     "Start in genomic sequence"
+    uint chromEnd;       "End in genomic sequence"
+    string name;     "Name of repeat"
+    uint score;       "always 0 place holder"
+    char[1] strand;     "Relative orientation + or -"
+    uint swScore;       "Smith Waterman alignment score"
+    uint milliDiv;      "Base mismatches in parts per thousand"
+    uint milliDel;      "Bases deleted in parts per thousand"
+    uint milliIns;      "Bases inserted in parts per thousand"
+    int  genoLeft;      "-#bases after match in genomic sequence"
+    string repClass;    "Class of repeat"
+    string repFamily;   "Family of repeat"
+    int repStart;       "Start (if strand is +) or -#bases after match (if strand is -) in repeat sequence"
+    uint repEnd;        "End in repeat sequence"
+    int repLeft;        "-#bases after match (if strand is +) or start (if strand is -) in repeat sequence"
+    )
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/spliceJunctions.as	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,17 @@
+table spliceJunctions
+"Predicted splice junctions"
+    (
+    string chrom;      "Reference sequence chromosome or scaffold"
+    uint   chromStart; "Start position in chromosome"
+    uint   chromEnd;   "End position in chromosome"
+    string name;       "Name of item"
+    uint   score;      "Score from 0-1000"
+    char[1] strand;    "+ or -"
+    uint thickStart;   "Start of where display should be thick (start codon)"
+    uint thickEnd;     "End of where display should be thick (stop codon)"
+    uint reserved;     "Used as itemRgb as of 2004-11-22"
+    int blockCount;    "Number of blocks"
+    int[blockCount] blockSizes; "Comma separated list of block sizes"
+    int[blockCount] chromStarts; "Start positions relative to chromStart"
+    uint junctionScore;   "Number of reads supporting the splice junction"
+    )
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/tRNAscan.as	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,17 @@
+table tRNAscan
+"tRNAs identified by tRNAscan-SE"
+  (
+    string chrom;      "Reference sequence chromosome or scaffold"
+    uint   chromStart; "Start position in chromosome"
+    uint   chromEnd;   "End position in chromosome"
+    string name;       "Name of item"
+    uint   score;      "Score from 0-1000"
+    char[1] strand;    "+ or -"
+    uint thickStart;   "Start of where display should be thick (start codon)"
+    uint thickEnd;     "End of where display should be thick (stop codon)"
+    uint reserved;     "Used as itemRgb as of 2004-11-22"
+    int blockCount;    "Number of blocks"
+    int[blockCount] blockSizes; "Comma separated list of block sizes"
+    int[blockCount] chromStarts; "Start positions relative to chromStart"
+    float trnaScore;   "tRNA (COVE / CM) score"
+  )
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/trf_simpleRepeat.as	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,20 @@
+table simpleRepeat
+"Describes the Simple Tandem Repeats"
+   (
+   string chrom;      	"Reference sequence chromosome or scaffold"
+   uint   chromStart; 	"Start position in chromosome"
+   uint   chromEnd;   	"End position in chromosome"
+   string name;       	"Simple Repeats tag name"
+   uint   period;     	"Length of repeat unit"
+   float  copyNum;    	"Mean number of copies of repeat"
+   uint   consensusSize;	"Length of consensus sequence"
+   uint   perMatch;  	"Percentage Match"
+   uint   perIndel;  	"Percentage Indel"
+   uint   score; 	"Alignment Score = 2*match-7*mismatch-7*indel; minscore=50"
+   uint   A;  	"Percent of A's in repeat unit"
+   uint   C;  	"Percent of C's in repeat unit"
+   uint   G;  	"Percent of G's in repeat unit"
+   uint   T;  	"Percent of T's in repeat unit"
+   float   entropy;  	"Entropy"
+   lstring sequence;    	"Sequence of repeat unit element"
+   )
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/autosql_schemas.loc	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+narrowPeak.as	narrowPeak	bed6+4	${__HERE__}/schemas/narrowPeak.as
+broadPeak.as	broadPeak	bed6+3	${__HERE__}/schemas/broadPeak.as
Binary file test-data/contigs.2bit has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/contigs.fa	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1984 @@
+>contig10
+TATTATTTTTTTTAGGCTAAGCACTTAACATCTTCCGTAATTCAAAACAA
+TCAATTTAAAATTTACTCCAGTTTTGGCAGGATATGACCTCGAACCTTTT
+CGCATCGACACCGAGAATTGTTTTACTTTTCTTCGATTCTGCATTATCAA
+GGAAAAATATGCAATTGATATCAGTTAAAAAGAACCTTCAATGGTAGATA
+GGTAATCGGTGTAATGGGCGGCAGTCTTTTGGGTCGGTGCTGAATGCTTG
+CCTAAGTATGGACTCAACGGCTATAAGGGGTGTGCCAAGACTATCCGAAT
+ACAATACTGGGAAAAATGTTTTCTCTGCCGACTGGTCATAACGAAGTTTT
+CGCTATTTTGCATTACTTCTTACAAAACGAAACATGGCCCTTTAAACCAC
+TTTCATTACATTAAAATTAAATTTTTGTTGAAATTTGTGAGGATATTTAT
+TTTAAGTACATTAATGTCGCAGGGGCGAATAAAGGAAGTTTTACTTTTAA
+TATGCATGACCGGATGACCATTTTTATTAACATCCAATAATATTTATATA
+ATAATATTTTTATTATTATTCTTAATGAAGAAGAAGAATTGATGGAGATC
+ATCTGTTTTTTTTTACATGTTAATCTTAAAGATATTAAAAAAAAAACACC
+CAGCACTGTGTTCTTTACACGATTTTCTTTTTCTTCGTATCCTCCGATTT
+GTATTTAACAAATATCGACCAATAAATTTAATATAAAATTATCTTTTGGA
+ATCAATATAGAAAACAGTGGAAGACATGTTTCTTGCTTCCAAGCAGTTAA
+CAGGTCGGGAAGAATTAATACGAGGTATGTACAGGTGTCGGAGAACACAA
+TGGAAGAAGCAAGGTATAATCTTGCCACTCACGTTATGTCAAATGGAGTA
+GAACTAATTATTGCCTGTGAAAGGGAAAAACCTATGGAAAAGATCGTGGC
+AACTACCCAAAAACTTACAAATGTTATTAGTCGACTGATAATACAACAAT
+TCGACAAGCCCTCGACTCTGGCTCCAAGTACATTAAAAAATCAGATGATT
+TTAACATTGCCTTCAATTAAACAGGTAAGATTTATTACAAAATATTGAAT
+AATTTACAAATCGCGTTAATTCATTCTGCAGGAAACCATTTTACTTCCTC
+ATAATTCTTTTATTACAAACATTTTTCTAACCACGTGCACCTATATCACA
+ACATATGTGGAAAATGGAAGCTCGAATGTAGTAAAAGAAAAAATGGTTAT
+ATCAAACACCATTACGCAAGATCGAAAGTATTTGCATGCAAGTAATCCTA
+TGATAATAGACATCACTTTTTCAAGGGTAAGCATCAAATCAATTGTAAAA
+TTGCACGTCTTAAAACTTGTTTGTTATTTTTAATGTTCAGACTCCAGAAC
+TAGTGGTTGGAATGTTCCCAACAAGATATCATTATTTTAACACAATACGT
+AGAGACCAACCGGATTCAACTCTAATGGTAGTCACTTCAAAATATACTGT
+TATAAATACAATCACGAGACCTGCACATTCTTTGACTTTTATAAATTCAG
+GCGACAATCTTTCGCCCACCACAAATACCTACATCAGTCAAATATTTTTT
+ACTAAAACTGTCTACGGCAAAAACCAAACACCAACATATGGCACAAGTAT
+AAGTAATCTTACACAAGTCGTTATTACAGAATCCCTTTCAGAAACCGGTC
+CAGCTTATATAAGTTCAATAGGACCTGAGTATTTTTCAATTTCGGACAAA
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+TACTCAACCAAGTCCTTATTAGAAACGAATACTCTATGTTCAGCAAAATT
+TAATAATAGTTTGACTATGGTAGCTTCATATGTTTCTTTGACAAAGACAG
+TCTGCGAAAGTGATCCAAAAGTATCTAACAATAACTTAAAGCTTCACACT
+AACACTATAAATAATATTGCTACCAATACAGTGGGTAGTTCGCTGATAAA
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+ACAACCAACGCCAAACTATTGTAACAATGGCCACATTGGGGGCAGGTGAA
+ACTATTAAAGTAACTGCCGTGAATATAATCAAAAAACCAAATTGGAAATA
+TATTTCCACTTTGGCAAAGGCAAAGGAATATTGTAATTCTGAAATGAGTG
+ATACATGTACATCTAATGACACAAAATCAACTTTTAGTTCAAAACTACCC
+CACTTTTCTGAAAATACTATAAATATATCAGAAAAAAGCAGCGTCATCAA
+GAACATTTATAGGAACAATATTACACAATTTTTATTAGAGGAAACTGAAA
+ATAATGAAATGTTGATAAAAAATAAAAAACTAATAAAGCCTTCAATGTTC
+AGTTCATTAGTGTCTTCACAGGGCACAAGCTCTGAAAACTGGAATTTAGA
+GCGTTTTCGCCCAATGCTGAATGTCGTAGCAAACTTAATTAAAAACCAAC
+TAACTAATACACAATATACGCAACTTCATACACATTCATTTATAAAAGGC
+AAATCAGGAACAACAACGAAAAATCCTATTTATATACCTTTAAAGCGAAA
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+ATTTACTCGGAAAATTAAAAATTATGGCATTACATATACATCCCCCAATG
+ACGTATGTACTAAATAAGTGTCTAAAACATAATCTAAAAAAACTTTCATC
+TTCCGTCGGATATAAAGGAACATCTATGGTGTATAGGAACGCGTTCATTA
+ATCCAGGTATTCCCATTAGACCCGGAGAGGTTATAACAGCCAGCGCTAAT
+GTTATATTTGGAAAGCCAAGTATTGAGCAAAACATTAGAACTACGATAAC
+GAATCGTCCCTTAACTTCGATAAATTCGATTTACCCCAGTGATGAAAGGA
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+ACAGAGTACGCCACTTTATTAAAGCCTCCACCACTGCCTGCAAATCGACT
+ACTACAGTACACATCAACATTCCAGTCTCAAATGGGAAGAACGAGGAATG
+CTGCAAAAAATTGGTTTTCACCAATTACAGTTTTACAAAACAATCCGATT
+TATGATTACTATTCATCTGAGACACAAATAAACTTAAATACTGACTTTTT
+TGTATTTCGAATACCACAAATTGTTGGTGAAAGTCGGCCAGCTACTGCAA
+GTTATACTGTGTCAAACACGCTTGACTATTCTTTAATTCATGATTGTTCT
+TTCGACTCTTTAAAACCAACTTTGTCTTACATGACGCCTATTTCTACATT
+TTCTACCCTTCACCAAATTAACCTTAAAAATGACGTCATTAGCCATACAA
+TTAATATGCAAGCTCGCCCTCTAACGTTTAAAAGGGAATCCGATAATATT
+CCGCACGCAACAACCGTAAGAGGTCATATGGATAGTTTTTTAATTTCACA
+AATTAAAATACCTTTTAATGACAAAAATGTTGAAGTCCAGTTGACGGCCA
+ACCGGAAAAGAGTTTTTCCCGTTCAATATAAGGACTTAACGTCAGATGAG
+ACTAATATTAAATTGGAACAACGAACTAATATATTAAGCAACTATGAGAA
+TGCTCAGCATTTATTTTCCTTTAAGGATATTAAAACCCATAGCGGATTAA
+ACAATTATACTTCTATATACAAAAATGAATATTTTTCTCAAACTACTTCT
+AACCTCAATCATTCAGATAATATGAATGGTAAACCAATAAGACATGATAA
+TGGAATTCCTAAAGAAAATATAGAACAATTTACAGAGCTAGATCAAAAAG
+CAGAAAACTCAAACAAATCATTGTACTTTTTAAGGTTTAATTCTACTAAA
+AAACGCGATCTTAACAGTACAACTACATTAAATATCTGGTCTTCAATGAT
+TAAATATTTAAGTATAGCCATGCCTAAGAGTGTACACACAAATACAAAAT
+CGTTGATGTCTACAAAAAGACGTATTGAGACTGGCAATACAAACATGGTG
+TTTCTGACAACAGGTGACCATTTGCGTGTCGAACCCTTAACAGAAAATAC
+AATTAATTCAGTAAATTCTGAATTTATCTCGAGCACAAACATCTTTAACA
+CAAATTACTCAGTTATCGCTACTGAACCCTCTCAACTAAGATCAAGAATA
+TATAAAGAATCAAATATGTTTGGCCTTACGTCAAACAACAACCTCCAGGT
+AAAACCATCTTTTGTAAAACCCCTGCGCAGTTCAGCAATGCCAGTTATAA
+ATGCAATTACATTTTCACACGTTTTAGTAAGAGCACCGCATTCTGACTTT
+GGTCCAAACTGGCAAGATTCGACATTAGGCATAATATGCCACACTGAAAG
+TTGCAAAAAAAAATTATTAAAAGAATTTAAGCACGATATCAAAATGCTTG
+AACCATCTGAAATGTTGCAGGATGAAATACCTTCAGTTTCAAAAAAAACA
+TCTGAATGGGATAAGATTTCAGTGCTAGCAGAAAATTCGAACGCCATAAT
+CCCTATGCATTCTACACCTTCGCATACTAACAAAACAATTAAATATTTTA
+AAATAGTAACCCCCACTAAAACAAACCGGGTTAGTATAAAAAACGTATCT
+ACAATCAAAACAAATTTTGATGCAAATAAATACATATTTATGAATCACTC
+TATCGCTAACCTATCGAAATACTATATGAAGGAACCAATTTCGATTGGTT
+CAGACAAATTATTTACATCCTCAAGGATAAGCAACCAGTCACAAGTAATT
+GACAAAAGTAATGTTACAACTTTAAGTGACGTGCCTCAAAGATTAAAGAC
+TTCAGACTATCTAGCGAACGAATCTTTTACAGAAAACATTTTAGGGTTTT
+CCAAGCACTCAGGGCTCAGAAGCAAATCAAGCTTAGGTTCTAATCGAGAT
+GAGCATGTGTATGCTTCCAGCGACATAGATAGTATGCTCTTTGGTGCTAT
+TGTTGCTGATTCATTTTTAAAGACAAATTATGCAAAAAAAAACAAATCTT
+TTAATGGTTGCCATCCGCCGTGCAGATTGAACAAAAATGAATTATGCGTT
+ACTTATGCTAATAATACCGAGTCCTCGAGTCTTTGTGAATGCCGACCAAG
+TTTTGGACGCATGTTTCCCGACCGACCTTGCAGACGTACGTATTACTGTT
+ATATTTTTCTTACAAACTACATCCCTTTATGTTTATTTTAGCTACTTATA
+CTTACGAAATGAAGATTCAAGTCAACTGGGCGGGCAACCACTCTATAAAG
+CTTGGCGATATCATGAAAAGTAATTTGAAAAATGAAACTTCTTATATAAA
+TACAATTTTATTAGAAGCAGCTGATCGCATGGTTATGCAATCTGATTATA
+GAGATATTTTTCATGGTGTTCAGTTACGAAAAGTTTTTGTAGAAGAAAAA
+GATAAGTTAACGGTTACGTTCCTGCTACAGGTAAGCATTCAATGAAAGCT
+AATATTAAATTAAAAATTCTGGAAAAAAATAATATATATATACGCAGTTG
+TCAGAGAATAGTGATGAGGATCAACTTAATTCCGTCTTTCAAAAGTATTT
+ACGGCAAAGCAACTTCAGTATTGGAGGCACTGGATTTTACACTTCAAAAA
+ACAGTCTACACTTACTAGAATTTAAAGGTTTTTATTTTAAATGCTTAAGG
+TTATTCTCTTAAAATGTTATCATTTTAATCGTTTTAGATTTTGACGAATG
+TCGTTACGAAAACTTTAACGACTGTTCTACTGATGCCAACTGTTTTAATT
+TGGTTGGCAGCTACACTTGCAGTTGCAAAGAGGGTTACACAGATTCATCT
+AATAATTATTTATACCCAGGTCGACATTGCTCAAATAATATAATCGGCTG
+CGATGATTGTAACTATAATGGCAAATGTATGAATAAGTCGGATGACCACG
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+AGCTTAAAAGGCTAGACAACGGAAAAGCAAGCAAATTATGCACTGCGCCT
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+ATTCTAAAGAGGCAAGTAAGAGAAGAAAATTGGGATTAATAATAAATATT
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+CTCTTACTTGAGCAATGATTTTAATATCAAGAGTACAACTAAAGAACACG
+GTTTTTTGCATAGTAGTGAAGACCATAGCCCAGAAGAAGACCAAACAGAG
+CGATCTCTTACCCTTATGATTCCAAGGGCAAAATATTGTTTACCCTACAT
+TGCTCAAAACTCTCATTTACCTCATCACGCTAATAAATCATTTATGGATA
+ATACAGAGCAAAGGGCAGTACATACAGATGATGGTAATACAAACATATGC
+CGAACTTTTGCTTTTAATTGTCTTAACAATTTTACATTGCCAGAAAATAT
+ATTCTACAGAGGCACCAACAGACCCAGAACTGATCTTGTATCTGCTGGCT
+TCCAGGTATCTGTCCTTGTTAGTGAGAAAAATGTATTGGAAATTCCCATG
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+ATGATTCCTTGCGGCACCAAGCGCCGCATAAAGCACAAACTGGTAGCGCC
+CTTAGCGGCTAGTGCGCAGAAATTTCTGTTTTTTCGACACATCATTTTTA
+CCATGAAATAATGTCAGATTGGTACCCAAAAATGTAATTTTCTCGAATTC
+TCTCTTTGCGAATATTTCTTGACATCGAAAATGAGAGGACATATTATTAC
+ATGAGTGGAAGCGCAATTCGAAAGGTCCCAGGTTCAAGTACGCTTCAAGG
+CAGAGTATGCTTTAAGTATTTAAGAATAATATCTAACATGTCCTTATAAT
+GGTAATAACAATGATGCATTTAAATGCTGCATTTAAATGTCAGATTTCAA
+TAAAAACAAGAAAGGACAAGACGAAGTTTGTATATCCTTGCAGTTATAAG
+AAACATCATGTGAAATTTTTAAGGATTGTTGCTGACTTCAGTGATAATAA
+AAAAAATAATTATTTAATGTTTTTTTCGACCATTTTTTGAGATCTAAGTC
+TAGACTAGTCCGATTTTTATTAAATTGAATTCGAAATTCAGAACCAATTA
+AAAAATGTTATTTCCAAACTTAGAAGGTTATATGTTAAAAAACACAGTCG
+ATATGATATAGTCTTTTTAATAAAATTTAATTCGAAATTCAGAACTAATT
+ACAAAATATTATTTATAAGAAGGTTATATGTTAAAAAACATTGAAGATAA
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+CTATATGATATAGTCGTCCGATTTTAATAAAATTTAATTCGAAGTTTAGA
+ACTAATTAAAAAATGTTGTTTCTAAGCTTAGAAGGTTATATGTTTAAAAA
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+TTCCTATGACAGCTATATGATAAGTAGTCCGATTTTGATAAAATTTAGTT
+CGAAATTCAGCACTAATTAAAAAATGTTATTTCTGAGAAGGTTATATGTT
+AAAAAACACCAAAGATAAAATTTTGTTTTCATTTTGTCCCCGATAGTTCC
+TATGGGAGCTATAAGATATAGTTGTCCAATTCGGTTGCTTCCGACTTATA
+TACTACCAGCAATAGAAAGAAGTCTTTTGGGAAAGTTTCAGCCCGATAGT
+CTTAGAACTGAGAGACTAGTTTGCGTAGAAACGGACAGACAGACGGACGA
+ACAGACGGACGGACGGACATGGCTAGATCGACTCGTCTAGTGACGCTGAT
+CAAGAATAGAGTTACCTTATGGGGTCAGAAACGCTTCCTTCTACCTGTTA
+CATACATACTTTCCAAAGAATTTAGTATACCCTTTTACTCTACGAGTAAC
+GGGTATAAATACAAATTACGTTAAAAATTGGACATGCAGGTTCTAAATAA
+AAAATTAACGGTATAGTCGAGTTCCCCGACTGTCAGATATCCTTTACTCA
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+ATCAATAGGTATTAATGAGACAAATACACTTCAGTTATTTTTTTCTAGCA
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+CGGCAGTGATCCTGATTAAGAATATATACACTTTATGGGGTCGGAAAACG
+CTTTTTTCTACCTTCTACATACTTTCGGACGAATATAGTATATCCTTTTA
+TTCTACGAGTAACGGGTTAACAAGAGAGAGACGAGTGTCTCGACTATTAA
+AAACCAGTTTCTCAGCTTTTAAATTAAAAATTTATAAAACTTAACTAATT
+GTTAAGATGGCCGTTTTAAAATCGTATTAAGCACATGAGTTTCGACATAT
+GTACGAGAGTTAGTCTGATTATAAGGGAAAACAAAAAAATTTACAGCACT
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+TAGTACTTATTAAGCACTTGAAATAACTTAAAAGGAAATCCTAACTGAAA
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+ATACTCTGCAAAGCTCAAAAAAGCTTTTTAATGAGCTTTTCAGTGCATCT
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+ATATATTTGAGTATTTTGATATAAATAACTTTTGTTTTCCTTAAAATAAG
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+TCTAAAAAATGTGTAATTTGTAAGTTGCTTTTGCAAGATTTGGCTTTGAG
+CAGTTTACTAACTTCATTGGACTATAACTAACGTTATTCAATCATATTCA
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+TCCAAAATGATAACCAACTACGTCCAACTCTTAAGATTATTGCACTTTTT
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+ACACTAAGTTTTTTGAGAAGAAAAATCAGAAATGGCTTGATATGCCGATC
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+TGGAACAAGCAACTTGTGAACAATTGATGGTGGCTACAAGCTCCAGTTTG
+TATAAATATGGAAAGCGAACAGCTTCAGAAATTGTTGCCACACTTAATAC
+AGATGAGAGTGCTGGACAACAAATAAAGAAGTCATTGGACACACCAGTGA
+AATTACCTGTTCCTTTCTCACCTGATGAAGCGCTTGCACTGTATGTAGAT
+TTTGGGACCACACAAAACATACATACCAGCTTACGCGAATAAGTGCCAAA
+GAGAGGAATGGAGATATATACCCCAACTACCAAAGGCTGCAAAAAGCAAA
+GATTATGTGTTAACCAGACGTACTAAAAGTAACCGATTATTCCGCTGAAA
+TAACTCTACAGAATTTAGTAGACCATACGGTAAACCGTATCATAAATGCG
+CACTCGCGGGTTGTTGAAAATCATGTTGCAGGGGAAAATAATATCAGAAG
+TTTGACTGCAATTTACAAATGGGGCTGCGATGGAAGCAGTGGCCACGCGA
+CCTATCGCCAAAAGTTTCAAGATGGTGAAACAAGTATGGTCGATGAGCAT
+TTATTTACTGTTTGCCTTGTACCATTACAAGTTCAGCTTGGTTCGACAAT
+ATTGTGGAAGAACACGAGACCTTCATCAACCCGCTATTGTCGTCCCATAA
+AACTCATTTGTCAGAAAGAGACAAGTGAATTAATAACTTTGGAGACTGAC
+AATGTTAAAAGCCAAATAACGTCGATCAAGCCAACACTGACAAGCTCATA
+TACCATACTCCATGAATTTCATCTGACATTGGTGGAGGGTAAAACATTTG
+GTGTTCTGGCAGAAGCATCCACACAGACATGCTGAATTTGTAGAGCAGAA
+CCAAAAGACATGAACAATTTGGATCTGGTGAAGCGTTACCCGATTGATCC
+AGATCTATTAAAATATGGCTTATCTAGTCTTCATGCGTAGATTAGATTCT
+TTGAATGTGTTTACATTTATCATACAGACTTTCCATTAAAAAATGGCAAG
+TTCGCGGCACAGATAAGCCAGAGGTGGAAGCTAGAAAATTAAAAATACAG
+TCCGAACTAAGGAAAGAAATGGGCATTTTAGTGGACATACCAATGGCTGG
+TAGTGGCAATACCAACAATGGTAATACAGCTAGACGATTTTTCAGTCAAC
+CTGAATTGGTACCACGCATCACAGGAGTTAGCGAGGCACTCATTTATAAT
+TTTAGTGTTATTCTGCGTGCATAAACTTGTGGCTACAAAATCAATATCGA
+TGCATTTAGTTCGTATGCCATGAAATCAATGTTTGTCGAATTGTATCCAT
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+ATTATTTCAGTCGGAATTTGCAACGCATTGAAGGAGACGTTTTCGACCCC
+ATAAAGTATACATATTCTTGATCAGCATCACTAGACGAGTCGATCTATTC
+ATGTCCGTCTTACCGTATGTCCGTCCGTTTCTACGCAAACTAGTCTTTCA
+ATTGTAAGCTATCGGTTTGAAACTTTCATAAAAATCTTCGTTCTTTTGCA
+TTTGATATATAAATCGGAAAGAGCCGGATCGGACAACTATATCTTATAGC
+TCCCATAGAAACTATCGAGAAAAAATATTTAAAAATTACACCTTTAGTGT
+TTATCAACATATAACCTCCTACGCTTGGAAAGAACATTTTTAATGAGTTC
+TGAATTAGCTGCCCTCGCTTTTAACCTAGTTGTGTTCTCACATAAAATAA
+GTGTCAAATGACACCTCAACTGTCCAACAAAAGTTCTGATATCAACTTTT
+GTTTAGAAAATGTAATATACATTCTACTAAATAAATACACTTTCTACATT
+TTTACCCGTTACTCGTAAAGTAAAAGCGTATAATTAAATCGTCGGAAAGT
+ATGTAACAGGTAGGAGTAAGCGTTTCCGATCCAATAAAGTACATATATTT
+AGCGGCAACAGCTTTTATGATAGAAACAAAATTTTAACTAAAATTTGTGT
+GTCTCATCACCGGCTAATCTAAAAAAATGTGGCACGCCCACAATGGCAAA
+CGCTTAAATTTGTCTGCCGCCCACAACATCTACTGAAAAGTTAGTCGCCA
+CAAAAATGTCGTTCGCTGCTTTTATATCTCTATTTCCCTCTTGCTCCCTT
+AAGCTGAGTAACGGGTATCTGATGGTCACAAGTGTTGATATCAGAACTTT
+GGTTTGCTGTAGGTGCGATCGTCACTAGATTTTTAACTCGTTAAAAGGTA
+TATTTGTTTGAACTGTACACTTAAGACATGTTTAACAACAACACTTAAAA
+AATGTTTAACAACACAAATTATGTGGTTTAGTTTCTAGTTCACAAAAATA
+AGCAAAATATTTTTTTTTAGATATCGACTGTAGAAAAGGAAGAAAACCCG
+ATATCAACAAATTTAGCAA
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/contigs.info	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+contig10	43013
+contig12	56019
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/contigs_chromInfo.tab	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+contig10	43013
+contig12	56019
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/contigs_clip.bed	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+contig10	16942	16962	gap_0
+contig10	43000	43020	gap_0c
+contig12	18710	18730	gap_1
+contig12	29582	29904	gap_2
+contig12	30821	30841	gap_3
+contig12	56000	56050	gap_3c
Binary file test-data/contigs_cytoband.bb has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/contigs_cytoband.bed	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+contig10	0	43013	contig10	gneg
+contig12	0	56019	contig12	gneg
Binary file test-data/contigs_gaps.bb has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/contigs_gaps.bed	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+contig10	16942	16962	gap_0
+contig12	18710	18730	gap_1
+contig12	29582	29904	gap_2
+contig12	30821	30841	gap_3
Binary file test-data/contigs_gaps_advanced.bb has changed
Binary file test-data/contigs_gaps_index.bb has changed
Binary file test-data/contigs_narrowPeak.bb has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/contigs_narrowPeak.bed	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,23 @@
+contig10	29293	30237	Dbia3_RNAPolII_peak_14	43	.	1.85913	5.82848	4.31471	454
+contig10	41584	41725	Dbia3_RNAPolII_peak_15	66	.	2.99338	8.45513	6.67755	65
+contig10	41923	42288	Dbia3_RNAPolII_peak_16	227	.	6.26069	25.2043	22.7042	134
+contig10	42422	42786	Dbia3_RNAPolII_peak_17	109	.	4.74739	13.0069	10.9283	276
+contig10	42867	43003	Dbia3_RNAPolII_peak_18	64	.	3.99979	8.20015	6.4461	62
+contig12	8	455	Dbia3_RNAPolII_peak_27	24	.	2.02747	3.68963	2.43688	127
+contig12	1214	1453	Dbia3_RNAPolII_peak_28	21	.	2.26055	3.34573	2.14043	232
+contig12	11920	12187	Dbia3_RNAPolII_peak_29	205	.	5.21714	22.9828	20.5501	133
+contig12	12450	12771	Dbia3_RNAPolII_peak_30	88	.	3.8092	10.7636	8.81599	222
+contig12	13090	13330	Dbia3_RNAPolII_peak_31	80	.	2.96013	9.91508	8.01972	141
+contig12	13398	13644	Dbia3_RNAPolII_peak_32	106	.	3.88928	12.7651	10.6963	64
+contig12	14026	14173	Dbia3_RNAPolII_peak_33	15	.	1.89175	2.64745	1.55315	126
+contig12	15237	15866	Dbia3_RNAPolII_peak_34	69	.	2.93501	8.75705	6.95194	307
+contig12	27278	27925	Dbia3_RNAPolII_peak_35	310	.	3.90843	33.7955	31.0199	472
+contig12	28488	28809	Dbia3_RNAPolII_peak_36	71	.	2.07841	8.94355	7.12267	238
+contig12	38542	40965	Dbia3_RNAPolII_peak_37	133	.	2.91779	15.5616	13.3741	857
+contig12	41118	42206	Dbia3_RNAPolII_peak_38	120	.	2.85079	14.1831	12.054	250
+contig12	42271	42970	Dbia3_RNAPolII_peak_39	103	.	2.87711	12.3733	10.3251	352
+contig12	43235	43400	Dbia3_RNAPolII_peak_40	51	.	2.23418	6.80588	5.1906	79
+contig12	46431	46574	Dbia3_RNAPolII_peak_41	28	.	2.04283	4.17179	2.85265	48
+contig12	47964	48175	Dbia3_RNAPolII_peak_42	35	.	1.83966	5.01959	3.59674	131
+contig12	49594	50287	Dbia3_RNAPolII_peak_43	418	.	6.75016	45.1119	41.843	405
+contig12	50866	52128	Dbia3_RNAPolII_peak_44	188	.	4.73354	21.2184	18.8412	975
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cytoBand.as	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,9 @@
+table cytoBandIdeo
+"cytoBandIdeo Describes the positions of cytogenetic bands with a chromosome"
+    (
+    string chrom;      "Reference sequence chromosome or scaffold"
+    uint   chromStart; "Start position in chromosome"
+    uint   chromEnd;   "End position in chromosome"
+    string name;       "Name of item"
+    string   gieStain; "Giemsa stain results: gneg gpos25 gpos50 gpos75 gpos100 acen gvar stalk"
+    )
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/schemas/broadPeak.as	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,13 @@
+table broadPeak
+"BED6+3 Peaks of signal enrichment based on pooled, normalized (interpreted) data."
+(
+    string chrom;        "Reference sequence chromosome or scaffold"
+    uint   chromStart;   "Start position in chromosome"
+    uint   chromEnd;     "End position in chromosome"
+    string name;	 "Name given to a region (preferably unique). Use . if no name is assigned."
+    uint   score;        "Indicates how dark the peak will be displayed in the browser (0-1000)"
+    char[1]   strand;     "+ or - or . for unknown"
+    float  signalValue;  "Measurement of average enrichment for the region"
+    float  pValue;       "Statistical significance of signal value (-log10). Set to -1 if not used."
+    float  qValue;       "Statistical significance with multiple-test correction applied (FDR -log10). Set to -1 if not used."
+)
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/schemas/narrowPeak.as	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,14 @@
+table narrowPeak
+"BED6+4 Peaks of signal enrichment based on pooled, normalized (interpreted) data."
+(
+    string chrom;        "Reference sequence chromosome or scaffold"
+    uint   chromStart;   "Start position in chromosome"
+    uint   chromEnd;     "End position in chromosome"
+    string name;	 "Name given to a region (preferably unique). Use . if no name is assigned"
+    uint   score;        "Indicates how dark the peak will be displayed in the browser (0-1000) "
+    char[1]  strand;     "+ or - or . for unknown"
+    float  signalValue;  "Measurement of average enrichment for the region"
+    float  pValue;       "Statistical significance of signal value (-log10). Set to -1 if not used."
+    float  qValue;       "Statistical significance with multiple-test correction applied (FDR -log10). Set to -1 if not used."
+    int   peak;         "Point-source called for this peak; 0-based offset from chromStart. Set to -1 if no point-source called."
+)
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/autosql_schemas.loc.sample	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,21 @@
+# This is a sample file which specifies the location of the UCSC AutoSql
+# schemas used to create bigBed files with extra fields. AutoSql was
+# originally developed to facilitate the generation of SQL and C code
+# from the same schema (see: http://www.linuxjournal.com/article/5949).
+#
+# Many AutoSql schemas are available for download through the
+# UCSC Kent source tree (http://genome-source.cse.ucsc.edu/gitweb/).
+# These schemas are available under the following directories:
+#
+# - ${KENT_SRC}/hg/lib
+# - ${KENT_SRC}/hg/lib/encode/
+#
+#
+# The autosql_schemas.loc file has the following format:
+# (The different columns are separated by the TAB character.)
+#
+# <unique_id>	<display_name>	<type>	<file_path>
+# narrowPeak.as	narrowPeak	bed6+4	/path/to/hg/lib/encode/narrowPeak.as
+# broadPeak.as	broadPeak	bed6+3	/path/to/hg/lib/encode/broadPeak.as
+# ...
+#
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,7 @@
+<tables>
+    <!-- Path to local UCSC AutoSql schemas (sample) -->
+    <table name="autosql_table" comment_char="#">
+        <columns>value, name, type, path</columns>
+        <file path="tool-data/autosql_schemas.loc" />
+    </table>
+</tables>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.test	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,7 @@
+<tables>
+    <!-- Path to local UCSC AutoSql schemas for testing -->
+    <table name="autosql_table" comment_char="#">
+        <columns>value, name, type, path</columns>
+        <file path="${__HERE__}/test-data/autosql_schemas.loc" />
+    </table>
+</tables>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool_dependency>
+    <package name="ucsc_bigbed" version="340">
+        <repository changeset_revision="dd9b230c079d" name="package_ucsc_bigbed_340" owner="yating-l" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    </package>
+</tool_dependency>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/ucsc_macros.xml	Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,44 @@
+<macros>
+    <xml name="requirements_twobit">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="340">ucsc_twobit</requirement>
+            <yield />
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="environment_LC_COLLATE">
+        <environment_variables>
+            <!-- Sort uppercase letters before lowercase (required by UCSC tools) -->
+            <environment_variable name="LC_COLLATE">C</environment_variable>
+            <yield />
+        </environment_variables>
+    </xml>
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="bibtex">
+        @article{Kent01062002,
+author = {Kent, W. James and Sugnet, Charles W. and Furey, Terrence S. and Roskin, Krishna M. and Pringle, Tom H. and Zahler, Alan M. and Haussler,  and David},
+title = {The Human Genome Browser at UCSC},
+volume = {12},
+number = {6},
+pages = {996-1006},
+year = {2002},
+doi = {10.1101/gr.229102},
+URL = {http://genome.cshlp.org/content/12/6/996.abstract},
+eprint = {http://genome.cshlp.org/content/12/6/996.full.pdf+html},
+journal = {Genome Research}
+}
+            </citation>
+            <yield />
+        </citations>
+    </xml>
+
+    <token name="@OPTIONAL_PARAM_FUNC@">
+<![CDATA[
+        #def optional_param($_flag, $_flag_value, $_sep="=")
+            #if str($_flag_value) and str($_flag_value).strip():
+                ${_flag}${_sep}${_flag_value}
+            #end if
+        #end def
+]]>
+    </token>
+</macros>