# HG changeset patch
# User yating-l
# Date 1494968593 14400
# Node ID 2c58335f1ec87f21c28977eca0f6d1dec6648b4d
planemo upload
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 bed_to_bigbed.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/bed_to_bigbed.xml Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,264 @@
+
+
+ Converts a BED file to a bigBed file
+
+
+ ucsc_macros.xml
+
+
+
+ ucsc_bigbed
+
+
+
+ "${bed_input}".sorted &&
+
+ bedToBigBed
+
+ ## Allow users to include spaces when specifying the extraIndex parameter
+ $optional_param("-extraIndex", $extra_index.replace(" ", ""))
+
+ $optional_param("-blockSize", $adv.block_size)
+ $optional_param("-itemsPerSlot", $adv.items_per_slot)
+ ${adv.no_compression}
+ ${adv.tab_separated}
+
+ ## Options for bedPlus format
+ #if str($bedplus.bedplus_selector) == "yes":
+
+ #set asql_src = $bedplus.autosql_source
+ #set asql_selector = str($asql_src['autosql_source_selector'])
+
+ #if asql_selector == "reference_schema":
+ #set asql_key = str($asql_src['autosql_ref'])
+ #set (asql_schema, asql_type) = asql_key.split("__")
+
+ #import os.path
+ #set asql_path = os.path.join($__tool_directory__, "schemas", asql_schema)
+
+ -as=${asql_path}
+ -type=${asql_type}
+
+ #elif asql_selector == "local_schema":
+ #set asql_local = $asql_src['autosql_local']
+
+ -as=${asql_local.fields.path}
+ -type=${asql_local.fields.type}
+
+ #else
+ #set asql_type = "bed%d+%d" % ($asql_src['num_bed_fields'], $asql_src['num_extra_fields'])
+
+ -as=$asql_src['autosql_input']
+ -type=${asql_type}
+ #end if
+ #end if
+
+ "${bed_input}".sorted "${chrominfo_input}" "${bigbed_output}"
+]]>
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
+
+
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+
+
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+
+
+
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+
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+
+
+
+
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+
+
+
+
+
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+
+
+
+
+
+
+
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+
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+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+`_
+file into a `bigBed `_ file.
+
+----
+
+.. class:: infomark
+
+**Chromosomes sizes file**
+
+This tool requires a chromosomes sizes (``chrom.sizes``) file, which lists the size of
+each scaffold within an assembly. For genome assemblies that are hosted by UCSC,
+the ``chrom.sizes`` file is available through the
+`Sequence and Annotation Downloads `_ page.
+The `twoBitInfo `_ tool
+can be used to generate the ``chrom.sizes`` for the genome assemblies that are not hosted
+by UCSC.
+
+----
+
+.. class:: infomark
+
+**AutoSql files**
+
+The BED input file could contain extra fields (i.e. bedPlus). The definitions for the
+fields in a bedPlus file can be specified using an
+`AutoSql `_ file.
+
+A large collection of AutoSql files are available through the
+`UCSC Genome Browser source tree `_
+(files with the .as extension).
+
+ ]]>
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 schemas/bigGenePred.as
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/bigGenePred.as Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,25 @@
+table bigGenePred
+"bigGenePred gene models"
+ (
+ string chrom; "Reference sequence chromosome or scaffold"
+ uint chromStart; "Start position in chromosome"
+ uint chromEnd; "End position in chromosome"
+ string name; "Name or ID of item, ideally both human readable and unique"
+ uint score; "Score (0-1000)"
+ char[1] strand; "+ or - for strand"
+ uint thickStart; "Start of where display should be thick (start codon)"
+ uint thickEnd; "End of where display should be thick (stop codon)"
+ uint reserved; "RGB value (use R,G,B string in input file)"
+ int blockCount; "Number of blocks"
+ int[blockCount] blockSizes; "Comma separated list of block sizes"
+ int[blockCount] chromStarts; "Start positions relative to chromStart"
+ string name2; "Alternative/human readable name"
+ string cdsStartStat; "Status of CDS start annotation (none, unknown, incomplete, or complete)"
+ string cdsEndStat; "Status of CDS end annotation (none, unknown, incomplete, or complete)"
+ int[blockCount] exonFrames; "Exon frame {0,1,2}, or -1 if no frame for exon"
+ string type; "Transcript type"
+ string geneName; "Primary identifier for gene"
+ string geneName2; "Alternative/human readable gene name"
+ string geneType; "Gene type"
+ )
+
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 schemas/bigPsl.as
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/bigPsl.as Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,33 @@
+table bigPsl
+"bigPsl pairwise alignment"
+ (
+ string chrom; "Reference sequence chromosome or scaffold"
+ uint chromStart; "Start position in chromosome"
+ uint chromEnd; "End position in chromosome"
+ string name; "Name or ID of item, ideally both human readable and unique"
+ uint score; "Score (0-1000)"
+ char[1] strand; "+ or - for strand"
+ uint thickStart; "Start of where display should be thick (start codon)"
+ uint thickEnd; "End of where display should be thick (stop codon)"
+ uint reserved; "RGB value (use R,G,B string in input file)"
+ int blockCount; "Number of blocks"
+ int[blockCount] blockSizes; "Comma separated list of block sizes"
+ int[blockCount] chromStarts; "Start positions relative to chromStart"
+
+ uint oChromStart;"Start position in other chromosome"
+ uint oChromEnd; "End position in other chromosome"
+ char[1] oStrand; "+ or - for other strand"
+ uint oChromSize; "Size of other chromosome."
+ int[blockCount] oChromStarts; "Start positions relative to oChromStart"
+
+ lstring oSequence; "Sequence on other chrom (or edit list, or empty)"
+ string oCDS; "CDS in NCBI format"
+
+ uint chromSize;"Size of target chromosome"
+
+ uint match; "Number of bases matched."
+ uint misMatch; " Number of bases that don't match "
+ uint repMatch; " Number of bases that match but are part of repeats "
+ uint nCount; " Number of 'N' bases "
+ )
+
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 schemas/cytoBand.as
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/cytoBand.as Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,9 @@
+table cytoBandIdeo
+"cytoBandIdeo Describes the positions of cytogenetic bands with a chromosome"
+ (
+ string chrom; "Reference sequence chromosome or scaffold"
+ uint chromStart; "Start position in chromosome"
+ uint chromEnd; "End position in chromosome"
+ string name; "Name of item"
+ string gieStain; "Giemsa stain results: gneg gpos25 gpos50 gpos75 gpos100 acen gvar stalk"
+ )
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 schemas/rmsk16.as
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/rmsk16.as Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,21 @@
+
+table repeatMasker
+"RepeatMasker .out record"
+ (
+ string chrom; "Genomic sequence name"
+ uint chromStart; "Start in genomic sequence"
+ uint chromEnd; "End in genomic sequence"
+ string name; "Name of repeat"
+ uint score; "always 0 place holder"
+ char[1] strand; "Relative orientation + or -"
+ uint swScore; "Smith Waterman alignment score"
+ uint milliDiv; "Base mismatches in parts per thousand"
+ uint milliDel; "Bases deleted in parts per thousand"
+ uint milliIns; "Bases inserted in parts per thousand"
+ int genoLeft; "-#bases after match in genomic sequence"
+ string repClass; "Class of repeat"
+ string repFamily; "Family of repeat"
+ int repStart; "Start (if strand is +) or -#bases after match (if strand is -) in repeat sequence"
+ uint repEnd; "End in repeat sequence"
+ int repLeft; "-#bases after match (if strand is +) or start (if strand is -) in repeat sequence"
+ )
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 schemas/spliceJunctions.as
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/spliceJunctions.as Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,17 @@
+table spliceJunctions
+"Predicted splice junctions"
+ (
+ string chrom; "Reference sequence chromosome or scaffold"
+ uint chromStart; "Start position in chromosome"
+ uint chromEnd; "End position in chromosome"
+ string name; "Name of item"
+ uint score; "Score from 0-1000"
+ char[1] strand; "+ or -"
+ uint thickStart; "Start of where display should be thick (start codon)"
+ uint thickEnd; "End of where display should be thick (stop codon)"
+ uint reserved; "Used as itemRgb as of 2004-11-22"
+ int blockCount; "Number of blocks"
+ int[blockCount] blockSizes; "Comma separated list of block sizes"
+ int[blockCount] chromStarts; "Start positions relative to chromStart"
+ uint junctionScore; "Number of reads supporting the splice junction"
+ )
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 schemas/tRNAscan.as
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/tRNAscan.as Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,17 @@
+table tRNAscan
+"tRNAs identified by tRNAscan-SE"
+ (
+ string chrom; "Reference sequence chromosome or scaffold"
+ uint chromStart; "Start position in chromosome"
+ uint chromEnd; "End position in chromosome"
+ string name; "Name of item"
+ uint score; "Score from 0-1000"
+ char[1] strand; "+ or -"
+ uint thickStart; "Start of where display should be thick (start codon)"
+ uint thickEnd; "End of where display should be thick (stop codon)"
+ uint reserved; "Used as itemRgb as of 2004-11-22"
+ int blockCount; "Number of blocks"
+ int[blockCount] blockSizes; "Comma separated list of block sizes"
+ int[blockCount] chromStarts; "Start positions relative to chromStart"
+ float trnaScore; "tRNA (COVE / CM) score"
+ )
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 schemas/trf_simpleRepeat.as
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/schemas/trf_simpleRepeat.as Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,20 @@
+table simpleRepeat
+"Describes the Simple Tandem Repeats"
+ (
+ string chrom; "Reference sequence chromosome or scaffold"
+ uint chromStart; "Start position in chromosome"
+ uint chromEnd; "End position in chromosome"
+ string name; "Simple Repeats tag name"
+ uint period; "Length of repeat unit"
+ float copyNum; "Mean number of copies of repeat"
+ uint consensusSize; "Length of consensus sequence"
+ uint perMatch; "Percentage Match"
+ uint perIndel; "Percentage Indel"
+ uint score; "Alignment Score = 2*match-7*mismatch-7*indel; minscore=50"
+ uint A; "Percent of A's in repeat unit"
+ uint C; "Percent of C's in repeat unit"
+ uint G; "Percent of G's in repeat unit"
+ uint T; "Percent of T's in repeat unit"
+ float entropy; "Entropy"
+ lstring sequence; "Sequence of repeat unit element"
+ )
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 test-data/autosql_schemas.loc
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/autosql_schemas.loc Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+narrowPeak.as narrowPeak bed6+4 ${__HERE__}/schemas/narrowPeak.as
+broadPeak.as broadPeak bed6+3 ${__HERE__}/schemas/broadPeak.as
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 test-data/contigs.2bit
Binary file test-data/contigs.2bit has changed
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 test-data/contigs.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/contigs.fa Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,1984 @@
+>contig10
+TATTATTTTTTTTAGGCTAAGCACTTAACATCTTCCGTAATTCAAAACAA
+TCAATTTAAAATTTACTCCAGTTTTGGCAGGATATGACCTCGAACCTTTT
+CGCATCGACACCGAGAATTGTTTTACTTTTCTTCGATTCTGCATTATCAA
+GGAAAAATATGCAATTGATATCAGTTAAAAAGAACCTTCAATGGTAGATA
+GGTAATCGGTGTAATGGGCGGCAGTCTTTTGGGTCGGTGCTGAATGCTTG
+CCTAAGTATGGACTCAACGGCTATAAGGGGTGTGCCAAGACTATCCGAAT
+ACAATACTGGGAAAAATGTTTTCTCTGCCGACTGGTCATAACGAAGTTTT
+CGCTATTTTGCATTACTTCTTACAAAACGAAACATGGCCCTTTAAACCAC
+TTTCATTACATTAAAATTAAATTTTTGTTGAAATTTGTGAGGATATTTAT
+TTTAAGTACATTAATGTCGCAGGGGCGAATAAAGGAAGTTTTACTTTTAA
+TATGCATGACCGGATGACCATTTTTATTAACATCCAATAATATTTATATA
+ATAATATTTTTATTATTATTCTTAATGAAGAAGAAGAATTGATGGAGATC
+ATCTGTTTTTTTTTACATGTTAATCTTAAAGATATTAAAAAAAAAACACC
+CAGCACTGTGTTCTTTACACGATTTTCTTTTTCTTCGTATCCTCCGATTT
+GTATTTAACAAATATCGACCAATAAATTTAATATAAAATTATCTTTTGGA
+ATCAATATAGAAAACAGTGGAAGACATGTTTCTTGCTTCCAAGCAGTTAA
+CAGGTCGGGAAGAATTAATACGAGGTATGTACAGGTGTCGGAGAACACAA
+TGGAAGAAGCAAGGTATAATCTTGCCACTCACGTTATGTCAAATGGAGTA
+GAACTAATTATTGCCTGTGAAAGGGAAAAACCTATGGAAAAGATCGTGGC
+AACTACCCAAAAACTTACAAATGTTATTAGTCGACTGATAATACAACAAT
+TCGACAAGCCCTCGACTCTGGCTCCAAGTACATTAAAAAATCAGATGATT
+TTAACATTGCCTTCAATTAAACAGGTAAGATTTATTACAAAATATTGAAT
+AATTTACAAATCGCGTTAATTCATTCTGCAGGAAACCATTTTACTTCCTC
+ATAATTCTTTTATTACAAACATTTTTCTAACCACGTGCACCTATATCACA
+ACATATGTGGAAAATGGAAGCTCGAATGTAGTAAAAGAAAAAATGGTTAT
+ATCAAACACCATTACGCAAGATCGAAAGTATTTGCATGCAAGTAATCCTA
+TGATAATAGACATCACTTTTTCAAGGGTAAGCATCAAATCAATTGTAAAA
+TTGCACGTCTTAAAACTTGTTTGTTATTTTTAATGTTCAGACTCCAGAAC
+TAGTGGTTGGAATGTTCCCAACAAGATATCATTATTTTAACACAATACGT
+AGAGACCAACCGGATTCAACTCTAATGGTAGTCACTTCAAAATATACTGT
+TATAAATACAATCACGAGACCTGCACATTCTTTGACTTTTATAAATTCAG
+GCGACAATCTTTCGCCCACCACAAATACCTACATCAGTCAAATATTTTTT
+ACTAAAACTGTCTACGGCAAAAACCAAACACCAACATATGGCACAAGTAT
+AAGTAATCTTACACAAGTCGTTATTACAGAATCCCTTTCAGAAACCGGTC
+CAGCTTATATAAGTTCAATAGGACCTGAGTATTTTTCAATTTCGGACAAA
+AAAAAAAATTATTTACTTCGGTAATAGAAATATCTGACTATCTAATGATA
+TACTCAACCAAGTCCTTATTAGAAACGAATACTCTATGTTCAGCAAAATT
+TAATAATAGTTTGACTATGGTAGCTTCATATGTTTCTTTGACAAAGACAG
+TCTGCGAAAGTGATCCAAAAGTATCTAACAATAACTTAAAGCTTCACACT
+AACACTATAAATAATATTGCTACCAATACAGTGGGTAGTTCGCTGATAAA
+CTCAGATCTTTTATTTTCTATCAAATCCGCACTTATGCTTAAAAAGAGAA
+ACAACCAACGCCAAACTATTGTAACAATGGCCACATTGGGGGCAGGTGAA
+ACTATTAAAGTAACTGCCGTGAATATAATCAAAAAACCAAATTGGAAATA
+TATTTCCACTTTGGCAAAGGCAAAGGAATATTGTAATTCTGAAATGAGTG
+ATACATGTACATCTAATGACACAAAATCAACTTTTAGTTCAAAACTACCC
+CACTTTTCTGAAAATACTATAAATATATCAGAAAAAAGCAGCGTCATCAA
+GAACATTTATAGGAACAATATTACACAATTTTTATTAGAGGAAACTGAAA
+ATAATGAAATGTTGATAAAAAATAAAAAACTAATAAAGCCTTCAATGTTC
+AGTTCATTAGTGTCTTCACAGGGCACAAGCTCTGAAAACTGGAATTTAGA
+GCGTTTTCGCCCAATGCTGAATGTCGTAGCAAACTTAATTAAAAACCAAC
+TAACTAATACACAATATACGCAACTTCATACACATTCATTTATAAAAGGC
+AAATCAGGAACAACAACGAAAAATCCTATTTATATACCTTTAAAGCGAAA
+TGTGAAAGGCAAACCCTTAAACATGACGAATGCAAAACCAAATACGGCTG
+ATTTACTCGGAAAATTAAAAATTATGGCATTACATATACATCCCCCAATG
+ACGTATGTACTAAATAAGTGTCTAAAACATAATCTAAAAAAACTTTCATC
+TTCCGTCGGATATAAAGGAACATCTATGGTGTATAGGAACGCGTTCATTA
+ATCCAGGTATTCCCATTAGACCCGGAGAGGTTATAACAGCCAGCGCTAAT
+GTTATATTTGGAAAGCCAAGTATTGAGCAAAACATTAGAACTACGATAAC
+GAATCGTCCCTTAACTTCGATAAATTCGATTTACCCCAGTGATGAAAGGA
+TCCATTCCACTATGGTACACAGTTCCTTTTCGTATGAAAATGAAATTATG
+ACAGAGTACGCCACTTTATTAAAGCCTCCACCACTGCCTGCAAATCGACT
+ACTACAGTACACATCAACATTCCAGTCTCAAATGGGAAGAACGAGGAATG
+CTGCAAAAAATTGGTTTTCACCAATTACAGTTTTACAAAACAATCCGATT
+TATGATTACTATTCATCTGAGACACAAATAAACTTAAATACTGACTTTTT
+TGTATTTCGAATACCACAAATTGTTGGTGAAAGTCGGCCAGCTACTGCAA
+GTTATACTGTGTCAAACACGCTTGACTATTCTTTAATTCATGATTGTTCT
+TTCGACTCTTTAAAACCAACTTTGTCTTACATGACGCCTATTTCTACATT
+TTCTACCCTTCACCAAATTAACCTTAAAAATGACGTCATTAGCCATACAA
+TTAATATGCAAGCTCGCCCTCTAACGTTTAAAAGGGAATCCGATAATATT
+CCGCACGCAACAACCGTAAGAGGTCATATGGATAGTTTTTTAATTTCACA
+AATTAAAATACCTTTTAATGACAAAAATGTTGAAGTCCAGTTGACGGCCA
+ACCGGAAAAGAGTTTTTCCCGTTCAATATAAGGACTTAACGTCAGATGAG
+ACTAATATTAAATTGGAACAACGAACTAATATATTAAGCAACTATGAGAA
+TGCTCAGCATTTATTTTCCTTTAAGGATATTAAAACCCATAGCGGATTAA
+ACAATTATACTTCTATATACAAAAATGAATATTTTTCTCAAACTACTTCT
+AACCTCAATCATTCAGATAATATGAATGGTAAACCAATAAGACATGATAA
+TGGAATTCCTAAAGAAAATATAGAACAATTTACAGAGCTAGATCAAAAAG
+CAGAAAACTCAAACAAATCATTGTACTTTTTAAGGTTTAATTCTACTAAA
+AAACGCGATCTTAACAGTACAACTACATTAAATATCTGGTCTTCAATGAT
+TAAATATTTAAGTATAGCCATGCCTAAGAGTGTACACACAAATACAAAAT
+CGTTGATGTCTACAAAAAGACGTATTGAGACTGGCAATACAAACATGGTG
+TTTCTGACAACAGGTGACCATTTGCGTGTCGAACCCTTAACAGAAAATAC
+AATTAATTCAGTAAATTCTGAATTTATCTCGAGCACAAACATCTTTAACA
+CAAATTACTCAGTTATCGCTACTGAACCCTCTCAACTAAGATCAAGAATA
+TATAAAGAATCAAATATGTTTGGCCTTACGTCAAACAACAACCTCCAGGT
+AAAACCATCTTTTGTAAAACCCCTGCGCAGTTCAGCAATGCCAGTTATAA
+ATGCAATTACATTTTCACACGTTTTAGTAAGAGCACCGCATTCTGACTTT
+GGTCCAAACTGGCAAGATTCGACATTAGGCATAATATGCCACACTGAAAG
+TTGCAAAAAAAAATTATTAAAAGAATTTAAGCACGATATCAAAATGCTTG
+AACCATCTGAAATGTTGCAGGATGAAATACCTTCAGTTTCAAAAAAAACA
+TCTGAATGGGATAAGATTTCAGTGCTAGCAGAAAATTCGAACGCCATAAT
+CCCTATGCATTCTACACCTTCGCATACTAACAAAACAATTAAATATTTTA
+AAATAGTAACCCCCACTAAAACAAACCGGGTTAGTATAAAAAACGTATCT
+ACAATCAAAACAAATTTTGATGCAAATAAATACATATTTATGAATCACTC
+TATCGCTAACCTATCGAAATACTATATGAAGGAACCAATTTCGATTGGTT
+CAGACAAATTATTTACATCCTCAAGGATAAGCAACCAGTCACAAGTAATT
+GACAAAAGTAATGTTACAACTTTAAGTGACGTGCCTCAAAGATTAAAGAC
+TTCAGACTATCTAGCGAACGAATCTTTTACAGAAAACATTTTAGGGTTTT
+CCAAGCACTCAGGGCTCAGAAGCAAATCAAGCTTAGGTTCTAATCGAGAT
+GAGCATGTGTATGCTTCCAGCGACATAGATAGTATGCTCTTTGGTGCTAT
+TGTTGCTGATTCATTTTTAAAGACAAATTATGCAAAAAAAAACAAATCTT
+TTAATGGTTGCCATCCGCCGTGCAGATTGAACAAAAATGAATTATGCGTT
+ACTTATGCTAATAATACCGAGTCCTCGAGTCTTTGTGAATGCCGACCAAG
+TTTTGGACGCATGTTTCCCGACCGACCTTGCAGACGTACGTATTACTGTT
+ATATTTTTCTTACAAACTACATCCCTTTATGTTTATTTTAGCTACTTATA
+CTTACGAAATGAAGATTCAAGTCAACTGGGCGGGCAACCACTCTATAAAG
+CTTGGCGATATCATGAAAAGTAATTTGAAAAATGAAACTTCTTATATAAA
+TACAATTTTATTAGAAGCAGCTGATCGCATGGTTATGCAATCTGATTATA
+GAGATATTTTTCATGGTGTTCAGTTACGAAAAGTTTTTGTAGAAGAAAAA
+GATAAGTTAACGGTTACGTTCCTGCTACAGGTAAGCATTCAATGAAAGCT
+AATATTAAATTAAAAATTCTGGAAAAAAATAATATATATATACGCAGTTG
+TCAGAGAATAGTGATGAGGATCAACTTAATTCCGTCTTTCAAAAGTATTT
+ACGGCAAAGCAACTTCAGTATTGGAGGCACTGGATTTTACACTTCAAAAA
+ACAGTCTACACTTACTAGAATTTAAAGGTTTTTATTTTAAATGCTTAAGG
+TTATTCTCTTAAAATGTTATCATTTTAATCGTTTTAGATTTTGACGAATG
+TCGTTACGAAAACTTTAACGACTGTTCTACTGATGCCAACTGTTTTAATT
+TGGTTGGCAGCTACACTTGCAGTTGCAAAGAGGGTTACACAGATTCATCT
+AATAATTATTTATACCCAGGTCGACATTGCTCAAATAATATAATCGGCTG
+CGATGATTGTAACTATAATGGCAAATGTATGAATAAGTCGGATGACCACG
+GGCATCAGGGGATAACCTTATGTAAATGCTTTTCTTGGTACGCTGGAACA
+AAGTGTCAAGTTAACATGAAGGTCATAATAGTCTTTCTTTTTATGAGTGG
+AACCTTTTTGTCCTTTTTTCTTCTTTTATTCTTCCTTAAAACAAACACCA
+AGCTTAAAAGGCTAGACAACGGAAAAGCAAGCAAATTATGCACTGCGCCT
+TCCAATATAAATCCTAGTTTATTAACATCAACCGAAATAATTCGACCAAC
+TTACAGTAAAAAAGAATCTATCAGTAAATTAGGTCAATGCATGACTTCCA
+ATTCTAAAGAGGCAAGTAAGAGAAGAAAATTGGGATTAATAATAAATATT
+TATATTTTCTTTTATAGAAATATATTGGTGTGCATAATACTTATTTTAAA
+CCTGCAGAACTTAAAGAAAGGTTGACACATAGTTACAAGGCTTCTTCATC
+CTCTTACTTGAGCAATGATTTTAATATCAAGAGTACAACTAAAGAACACG
+GTTTTTTGCATAGTAGTGAAGACCATAGCCCAGAAGAAGACCAAACAGAG
+CGATCTCTTACCCTTATGATTCCAAGGGCAAAATATTGTTTACCCTACAT
+TGCTCAAAACTCTCATTTACCTCATCACGCTAATAAATCATTTATGGATA
+ATACAGAGCAAAGGGCAGTACATACAGATGATGGTAATACAAACATATGC
+CGAACTTTTGCTTTTAATTGTCTTAACAATTTTACATTGCCAGAAAATAT
+ATTCTACAGAGGCACCAACAGACCCAGAACTGATCTTGTATCTGCTGGCT
+TCCAGGTATCTGTCCTTGTTAGTGAGAAAAATGTATTGGAAATTCCCATG
+TAAGTAACATACTTATTATTTTCAGCATATAGTAGGAGAGGGATGGAGAT
+ATGATTCCTTGCGGCACCAAGCGCCGCATAAAGCACAAACTGGTAGCGCC
+CTTAGCGGCTAGTGCGCAGAAATTTCTGTTTTTTCGACACATCATTTTTA
+CCATGAAATAATGTCAGATTGGTACCCAAAAATGTAATTTTCTCGAATTC
+TCTCTTTGCGAATATTTCTTGACATCGAAAATGAGAGGACATATTATTAC
+ATGAGTGGAAGCGCAATTCGAAAGGTCCCAGGTTCAAGTACGCTTCAAGG
+CAGAGTATGCTTTAAGTATTTAAGAATAATATCTAACATGTCCTTATAAT
+GGTAATAACAATGATGCATTTAAATGCTGCATTTAAATGTCAGATTTCAA
+TAAAAACAAGAAAGGACAAGACGAAGTTTGTATATCCTTGCAGTTATAAG
+AAACATCATGTGAAATTTTTAAGGATTGTTGCTGACTTCAGTGATAATAA
+AAAAAATAATTATTTAATGTTTTTTTCGACCATTTTTTGAGATCTAAGTC
+TAGACTAGTCCGATTTTTATTAAATTGAATTCGAAATTCAGAACCAATTA
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+ATATGATATAGTCTTTTTAATAAAATTTAATTCGAAATTCAGAACTAATT
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+AGTCAAAACTTTGCTATACATTATAATAAAAAAGTTTTACACACAATGTG
+AATAGTTTGTTTAGCATTTATATACACACAAGTGTATCACCACATACATA
+TGTATTTATGTATATTTCGATTAAGAGAACTAACTATTGCTTACTGCTAC
+ATTTACACATTTGATATATATGTATCACATTATTTTTTTCATAACATATT
+TTAAAACCCACTAGGAATTACATGAATTAAATTATATTTAATTATTTTGT
+TAATAATCTTGGTTTTACATACTTAATTATTAGTTTTTGGGATGACAATT
+CATGGGTAGAATATTGAGATTTACACATATATATTGTACTTATAACAGTA
+TAAAAAATATTACCAGTTTTGTCCATGCCCTCTTGCAAATATCCAAATCC
+TACACAGTTTCGGATAAATCCATTATGCACGAGTACGCTTGCTTGCACAA
+ATGCACAAAACAAGTTTTTGGTTTTTTTCACTTCGGATTAAACAGCATAT
+ACATACATATGCATTCAGATGTGTACACATAGGCAATACATTTACGTATA
+CTTGGGAAACACAACTAGATGAATAGTTTTGATAACCAATCAACATTATT
+ATCTTCCATTAGAATAAATTCTCACTCTAAACATAAAAATTAAAGATTAT
+TAACATAAACAATTCAACTTATTATCAGGCTCGACTTTTCACTGTGTGCA
+ACACATCTACAAAATGGCGGATTCATAATCGATGAACAGTCGGTGACACC
+GATATAAATGTATATATCATTTACCGTAAACGTATTTATCGTGTGTTTAC
+AACTAATAACGCTTACACACTTATAAATGTGTGTATGTCTGCCAGAATCG
+AATTTATCGTGTACTTGTAACTAATAACGCATGCACACTTAGCCGGGAAT
+ACTTTCTTAAAGTTGTAGAACTCACATCGGCGAAGCGGTTAGCCTATGGT
+TTATAGGAGTGAGTGAGAGGTAAATAGTGTCGATCTGTTTGACCATGATA
+CATGGATTGAATGGGTGATCTTTAAAGTCTAGTGTTGGTTTAGTGTTGAT
+AATACTGGCTTGAATACAACAAATTGTAAGCAGCAACAAATTGTAAACAA
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+TAACAGATGTAATATATGCAAAAAAAAAGATAAACCAAATTATAAATATA
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+CTGGCACTCCTATAAGTGCATAGGGTTACTACAATAACTTTCGCGTGTTG
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+GGTTAAGCATCCGCTGCATCAGAAGAAAGTCTTAAACTACTGATCAACAT
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+GTGGATATGAACGAATATACAAATAACGATACATCGATGACTCGATGCTT
+CTGACAGCTCTAAACTTAGATACACATACAATTGTGCAAACAATAATCAA
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+ACATGTATATGCTGAACATTAATACATTTTCTTAATAGCTGGTACTTTGG
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+GAGGGGTATTTTTGGTTCGCGACAGTAACTCAATAGCAGGGGATTACGTC
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+TGTTTAAAAGGTATTTTCTCACAGATTTTCTCACTAATTAGTAAAAAAAA
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+AAAATGTTATTAAATTATTGATCACCGATTTTTTGGGATTCTTAAAAACT
+AGATATTCGATTTTAAAAAACCTTCATAACTTGAAAGCGTTTTAGATTCC
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+TTGTCATTGAGGTACCTTTTTTATTATACACAGTTTAATTGATCCGAATT
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+ATATCAACAAATTTAGCAA
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@@ -0,0 +1,2 @@
+contig10 43013
+contig12 56019
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@@ -0,0 +1,2 @@
+contig10 43013
+contig12 56019
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@@ -0,0 +1,6 @@
+contig10 16942 16962 gap_0
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+contig12 0 56019 contig12 gneg
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+contig12 29582 29904 gap_2
+contig12 30821 30841 gap_3
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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@@ -0,0 +1,23 @@
+contig10 29293 30237 Dbia3_RNAPolII_peak_14 43 . 1.85913 5.82848 4.31471 454
+contig10 41584 41725 Dbia3_RNAPolII_peak_15 66 . 2.99338 8.45513 6.67755 65
+contig10 41923 42288 Dbia3_RNAPolII_peak_16 227 . 6.26069 25.2043 22.7042 134
+contig10 42422 42786 Dbia3_RNAPolII_peak_17 109 . 4.74739 13.0069 10.9283 276
+contig10 42867 43003 Dbia3_RNAPolII_peak_18 64 . 3.99979 8.20015 6.4461 62
+contig12 8 455 Dbia3_RNAPolII_peak_27 24 . 2.02747 3.68963 2.43688 127
+contig12 1214 1453 Dbia3_RNAPolII_peak_28 21 . 2.26055 3.34573 2.14043 232
+contig12 11920 12187 Dbia3_RNAPolII_peak_29 205 . 5.21714 22.9828 20.5501 133
+contig12 12450 12771 Dbia3_RNAPolII_peak_30 88 . 3.8092 10.7636 8.81599 222
+contig12 13090 13330 Dbia3_RNAPolII_peak_31 80 . 2.96013 9.91508 8.01972 141
+contig12 13398 13644 Dbia3_RNAPolII_peak_32 106 . 3.88928 12.7651 10.6963 64
+contig12 14026 14173 Dbia3_RNAPolII_peak_33 15 . 1.89175 2.64745 1.55315 126
+contig12 15237 15866 Dbia3_RNAPolII_peak_34 69 . 2.93501 8.75705 6.95194 307
+contig12 27278 27925 Dbia3_RNAPolII_peak_35 310 . 3.90843 33.7955 31.0199 472
+contig12 28488 28809 Dbia3_RNAPolII_peak_36 71 . 2.07841 8.94355 7.12267 238
+contig12 38542 40965 Dbia3_RNAPolII_peak_37 133 . 2.91779 15.5616 13.3741 857
+contig12 41118 42206 Dbia3_RNAPolII_peak_38 120 . 2.85079 14.1831 12.054 250
+contig12 42271 42970 Dbia3_RNAPolII_peak_39 103 . 2.87711 12.3733 10.3251 352
+contig12 43235 43400 Dbia3_RNAPolII_peak_40 51 . 2.23418 6.80588 5.1906 79
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+contig12 47964 48175 Dbia3_RNAPolII_peak_42 35 . 1.83966 5.01959 3.59674 131
+contig12 49594 50287 Dbia3_RNAPolII_peak_43 418 . 6.75016 45.1119 41.843 405
+contig12 50866 52128 Dbia3_RNAPolII_peak_44 188 . 4.73354 21.2184 18.8412 975
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 test-data/cytoBand.as
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cytoBand.as Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,9 @@
+table cytoBandIdeo
+"cytoBandIdeo Describes the positions of cytogenetic bands with a chromosome"
+ (
+ string chrom; "Reference sequence chromosome or scaffold"
+ uint chromStart; "Start position in chromosome"
+ uint chromEnd; "End position in chromosome"
+ string name; "Name of item"
+ string gieStain; "Giemsa stain results: gneg gpos25 gpos50 gpos75 gpos100 acen gvar stalk"
+ )
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/schemas/broadPeak.as Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,13 @@
+table broadPeak
+"BED6+3 Peaks of signal enrichment based on pooled, normalized (interpreted) data."
+(
+ string chrom; "Reference sequence chromosome or scaffold"
+ uint chromStart; "Start position in chromosome"
+ uint chromEnd; "End position in chromosome"
+ string name; "Name given to a region (preferably unique). Use . if no name is assigned."
+ uint score; "Indicates how dark the peak will be displayed in the browser (0-1000)"
+ char[1] strand; "+ or - or . for unknown"
+ float signalValue; "Measurement of average enrichment for the region"
+ float pValue; "Statistical significance of signal value (-log10). Set to -1 if not used."
+ float qValue; "Statistical significance with multiple-test correction applied (FDR -log10). Set to -1 if not used."
+)
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 test-data/schemas/narrowPeak.as
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/schemas/narrowPeak.as Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,14 @@
+table narrowPeak
+"BED6+4 Peaks of signal enrichment based on pooled, normalized (interpreted) data."
+(
+ string chrom; "Reference sequence chromosome or scaffold"
+ uint chromStart; "Start position in chromosome"
+ uint chromEnd; "End position in chromosome"
+ string name; "Name given to a region (preferably unique). Use . if no name is assigned"
+ uint score; "Indicates how dark the peak will be displayed in the browser (0-1000) "
+ char[1] strand; "+ or - or . for unknown"
+ float signalValue; "Measurement of average enrichment for the region"
+ float pValue; "Statistical significance of signal value (-log10). Set to -1 if not used."
+ float qValue; "Statistical significance with multiple-test correction applied (FDR -log10). Set to -1 if not used."
+ int peak; "Point-source called for this peak; 0-based offset from chromStart. Set to -1 if no point-source called."
+)
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 tool-data/autosql_schemas.loc.sample
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/autosql_schemas.loc.sample Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,21 @@
+# This is a sample file which specifies the location of the UCSC AutoSql
+# schemas used to create bigBed files with extra fields. AutoSql was
+# originally developed to facilitate the generation of SQL and C code
+# from the same schema (see: http://www.linuxjournal.com/article/5949).
+#
+# Many AutoSql schemas are available for download through the
+# UCSC Kent source tree (http://genome-source.cse.ucsc.edu/gitweb/).
+# These schemas are available under the following directories:
+#
+# - ${KENT_SRC}/hg/lib
+# - ${KENT_SRC}/hg/lib/encode/
+#
+#
+# The autosql_schemas.loc file has the following format:
+# (The different columns are separated by the TAB character.)
+#
+#
+# narrowPeak.as narrowPeak bed6+4 /path/to/hg/lib/encode/narrowPeak.as
+# broadPeak.as broadPeak bed6+3 /path/to/hg/lib/encode/broadPeak.as
+# ...
+#
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 tool_data_table_conf.xml.sample
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,7 @@
+
+
+
+ value, name, type, path
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 tool_data_table_conf.xml.test
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.test Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,7 @@
+
+
+
+ value, name, type, path
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 tool_dependencies.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+
+
+
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 2c58335f1ec8 ucsc_macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/ucsc_macros.xml Tue May 16 17:03:13 2017 -0400
@@ -0,0 +1,44 @@
+
+
+
+ ucsc_twobit
+
+
+
+
+
+
+ C
+
+
+
+
+
+
+ @article{Kent01062002,
+author = {Kent, W. James and Sugnet, Charles W. and Furey, Terrence S. and Roskin, Krishna M. and Pringle, Tom H. and Zahler, Alan M. and Haussler, and David},
+title = {The Human Genome Browser at UCSC},
+volume = {12},
+number = {6},
+pages = {996-1006},
+year = {2002},
+doi = {10.1101/gr.229102},
+URL = {http://genome.cshlp.org/content/12/6/996.abstract},
+eprint = {http://genome.cshlp.org/content/12/6/996.full.pdf+html},
+journal = {Genome Research}
+}
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