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changeset 20:db2805f9df66 draft

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Replace simplejson with json.
author stemcellcommons
date Wed, 09 Apr 2014 18:06:03 -0400
parents e9c2c7d24e4e
children eed6c8dcef5d
files macs2_wrapper.py macs2_wrapper.xml
diffstat 2 files changed, 9 insertions(+), 12 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- a/macs2_wrapper.py	Wed Apr 09 18:03:05 2014 -0400
+++ b/macs2_wrapper.py	Wed Apr 09 18:06:03 2014 -0400
@@ -1,12 +1,9 @@
-#purpose: macs2 python wrapper
-#author: Ziru Zhou
-#date: November, 2012
+# macs2 python wrapper
+# based on http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/modencode-dcc/macs2
 
 import sys, subprocess, tempfile, shutil, glob, os, os.path, gzip
 from galaxy import eggs
-import pkg_resources
-pkg_resources.require( "simplejson" )
-import simplejson
+import json
 
 CHUNK_SIZE = 1024
 
@@ -57,8 +54,8 @@
 #==========================================================================================
 def main():
     #take in options file and output file names
-    options = simplejson.load( open( sys.argv[1] ) )
-    outputs = simplejson.load( open( sys.argv[2] ) )
+    options = json.load( open( sys.argv[1] ) )
+    outputs = json.load( open( sys.argv[2] ) )
 
     #=================================================================================
     #parse options and execute macs2
--- a/macs2_wrapper.xml	Wed Apr 09 18:03:05 2014 -0400
+++ b/macs2_wrapper.xml	Wed Apr 09 18:06:03 2014 -0400
@@ -114,7 +114,7 @@
   <configfiles>
 
     <configfile name="outputs_file">&lt;%
-import simplejson
+import json
 %&gt;
 ##=======================================================================================
 #set $__outputs = { 'command':str( $major_command.major_command_selector ) }
@@ -132,10 +132,10 @@
 	#set $__outputs['output_bdgcmp_file'] = str( $output_bdgcmp_file )
 #end if
 
-${ simplejson.dumps( __outputs ) }
+${ json.dumps( __outputs ) }
     </configfile>
     <configfile name="options_file">&lt;%
-import simplejson
+import json
 %&gt;
 ##=======================================================================================
 #set $__options = { 'experiment_name':str( $experiment_name ) }
@@ -192,7 +192,7 @@
 #end if
 ##=======================================================================================
 
-${ simplejson.dumps( __options ) }
+${ json.dumps( __options ) }
     </configfile>
   </configfiles>
   <tests>