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planemo upload for repository https://github.com/COMBAT-TB/vcf_snps_utils commit 443745757700041f56328d9f35343178ea48bbb9
| author | sanbi-uwc |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/test.vcf Thu Aug 23 06:04:16 2018 -0400 @@ -0,0 +1,1641 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20180615 +##source=freeBayes v1.2.0-dirty +##reference=reference/ref.fa +##contig=<ID=NC_000962,length=4411532> +##phasing=none +##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data"> +##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus"> +##INFO=<ID=DPB,Number=1,Type=Float,Description="Total read depth per bp at the locus; bases in reads overlapping / bases in haplotype"> +##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes"> +##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes"> +##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]"> +##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Count of full observations of the reference haplotype."> +##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Count of full observations of this alternate haplotype."> +##INFO=<ID=PRO,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally"> +##INFO=<ID=PAO,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally"> +##INFO=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele quality sum in phred"> +##INFO=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele quality sum in phred"> +##INFO=<ID=PQR,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele quality sum in phred for partial observations"> +##INFO=<ID=PQA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele quality sum in phred for partial observations"> +##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand"> +##INFO=<ID=SRR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the reverse strand"> +##INFO=<ID=SAF,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the forward strand"> +##INFO=<ID=SAR,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the reverse strand"> +##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=SAP,Number=A,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=AB,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous"> +##INFO=<ID=ABP,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=RUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome"> +##INFO=<ID=RPP,Number=A,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=RPPR,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=RPL,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Left: number of reads supporting the alternate balanced to the left (5') of the alternate allele"> +##INFO=<ID=RPR,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Right: number of reads supporting the alternate balanced to the right (3') of the alternate allele"> +##INFO=<ID=EPP,Number=A,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=EPPR,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality"> +##INFO=<ID=DPRA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele depth ratio. Ratio between depth in samples with each called alternate allele and those without."> +##INFO=<ID=ODDS,Number=1,Type=Float,Description="The log odds ratio of the best genotype combination to the second-best."> +##INFO=<ID=GTI,Number=1,Type=Integer,Description="Number of genotyping iterations required to reach convergence or bailout."> +##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex."> +##INFO=<ID=CIGAR,Number=A,Type=String,Description="The extended CIGAR representation of each alternate allele, with the exception that '=' is replaced by 'M' to ease VCF parsing. Note that INDEL alleles do not have the first matched base (which is provided by default, per the spec) referred to by the CIGAR."> +##INFO=<ID=NUMALT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of unique non-reference alleles in called genotypes at this position."> +##INFO=<ID=MEANALT,Number=A,Type=Float,Description="Mean number of unique non-reference allele observations per sample with the corresponding alternate alleles."> +##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length"> +##INFO=<ID=MQM,Number=A,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles"> +##INFO=<ID=MQMR,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed reference alleles"> +##INFO=<ID=PAIRED,Number=A,Type=Float,Description="Proportion of observed alternate alleles which are supported by properly paired read fragments"> +##INFO=<ID=PAIREDR,Number=1,Type=Float,Description="Proportion of observed reference alleles which are supported by properly paired read fragments"> +##INFO=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block."> +##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Last position (inclusive) in gVCF output record."> +##filter=/net/datasrv3hs.sanbi.ac.za/datastore/cip0/software/conda/envs/__snippy@3.2/bin/snippy-vcf_filter --minqual 10 --mincov 10 --minfrac 0.9 snps.raw.vcf +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype"> +##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Number of observation for each allele"> +##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count"> +##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations"> +##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count"> +##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations"> +##FORMAT=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block."> +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT snps +NC_000962 1849 . C A 1972.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=3.32051;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=454.238;PAIRED=0.793651;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2189;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=3.32051;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=35;SAP=4.69922;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:519:0,519:0:0:519:17602:-1583.73,0 +NC_000962 1977 . A G 2042.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=3.79707;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=470.384;PAIRED=0.884058;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2267;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=3.29354;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=35;SAP=3.04177;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:390:0,390:0:0:390:13160:-1184.1,0 +NC_000962 4013 . T C 1817.08 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=59;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=4.81373;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=418.398;PAIRED=0.983051;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2016;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=3.34154;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=29;SAP=3.0471;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:539:0,539:0:0:539:18960:-1705.73,0 +NC_000962 7362 . G C 3375.02 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=13.359;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=777.126;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3750;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=10.0725;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=62;SAP=6.31642;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:639:0,639:0:0:639:22701:-2042.18,0 +NC_000962 7585 . G C 3420.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=9.29206;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=787.537;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3798;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.08785;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=48;SAP=7.97367;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:511:0,511:0:0:511:18091:-1627.5,0 +NC_000962 9304 . G A 4077.95 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=4.60697;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=938.984;PAIRED=0.970588;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4529;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=3.07417;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=82;SAP=15.5282;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:413:0,413:0:0:413:13949:-1255.04,0 +NC_000962 11820 . C G 2421.62 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=10.7579;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=557.599;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2728;QR=36;RO=1;RPL=38;RPP=3.68051;RPPR=5.18177;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=3.68051;SAR=38;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:462:0,462:0:0:462:16757:-1507.44,0 +NC_000962 11879 . A G 3060.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=704.675;PAIRED=0.99;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3398;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=13.5202;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=58;SAP=8.56927;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:386:0,386:0:0:386:13563:-1220.32,0 +NC_000962 14785 . T C 2890.35 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=4.13032;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=665.528;PAIRED=0.978947;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3209;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=11.2619;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=36;SAP=15.102;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:535:0,535:0:0:535:19279:-1734.27,0 +NC_000962 14861 . G T 3713.47 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=5.25601;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=855.058;PAIRED=0.991453;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4124;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=3.02886;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=44;SAP=18.6189;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:562:0,562:0:0:562:19683:-1770.74,0 +NC_000962 15117 . C G 2722.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=7.84676;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=626.791;PAIRED=0.988636;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3022;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=3.109;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=50;SAP=6.56362;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:436:0,436:0:0:436:15412:-1386.65,0 +NC_000962 16119 . C A 2218.35 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=5.48761;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=510.793;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2462;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=4.50892;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=33;SAP=3.7749;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:472:0,471:0:0:471:16301:-1466.29,0 +NC_000962 17654 . TGCT GGCC 3258.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X2M1X;DP=113;DPB=114;DPRA=0;EPP=3.72096;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=750.353;PAIRED=0.990909;PAIREDR=0;PAO=4;PQA=118;PQR=0;PRO=0;QA=3503;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=4.98437;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=52;SAP=3.72096;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:370:0,362:0:0:362:11711:-1101.25,0 +NC_000962 21795 . G A 3457.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=31.7304;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=796.021;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3839;QR=0;RO=0;RPL=76;RPP=28.8603;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=29;SAP=64.3591;SAR=86;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:515:0,515:0:0:515:17683:-1590.89,0 +NC_000962 25610 . G C 3129.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=7.10269;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=720.626;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3475;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=15.0369;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=57;SAP=5.09825;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:467:0,467:0:0:467:15932:-1433.46,0 +NC_000962 26959 . C G 2900.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=7.94546;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=667.8;PAIRED=0.989899;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3220;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=4.78696;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=54;SAP=4.78696;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:437:0,437:0:0:437:15091:-1357.76,0 +NC_000962 28366 . ATTAC ATAC 2890.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1M1D3M;DP=97;DPB=78.2;DPRA=0;EPP=3.84193;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=665.531;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=16;PQR=16;PRO=0.5;QA=3212;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=6.33681;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=53;SAP=6.33681;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:459:0,450:0:0:450:15557:-1399.39,0 +NC_000962 29964 . T C 3130.57 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=11.2045;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=720.84;PAIRED=0.981132;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3516;QR=36;RO=1;RPL=45;RPP=8.25461;RPPR=5.18177;RPR=61;RUN=1;SAF=56;SAP=3.74778;SAR=50;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:107:1,106:1:36:106:3516:-313.057,0 +NC_000962 34044 . T C 2528.7 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=84;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=3.94093;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=582.255;PAIRED=0.988095;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2847;QR=36;RO=1;RPL=40;RPP=3.42391;RPPR=5.18177;RPR=44;RUN=1;SAF=33;SAP=11.386;SAR=51;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:587:0,587:0:0:587:20255:-1822.28,0 +NC_000962 35608 . C T 2980.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=4.82359;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=686.235;PAIRED=0.989691;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3309;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=3.56996;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=73;SAP=56.7598;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:555:0,555:0:0:555:19174:-1724.94,0 +NC_000962 36008 . G C 3382.43 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=3.96888;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=778.832;PAIRED=0.981982;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3756;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=6.31642;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=63;SAP=7.41193;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:432:0,432:0:0:432:14804:-1331.99,0 +NC_000962 37031 . C G 3007.31 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=3.0318;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=692.459;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3339;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.54779;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=3.54779;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:541:0,541:0:0:541:18343:-1650.41,0 +NC_000962 37305 . C G 3091.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=6.07591;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=711.935;PAIRED=0.990196;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3433;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=7.18293;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=47;SAP=4.37279;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:481:0,481:0:0:481:16801:-1511.57,0 +NC_000962 37334 . A T 3576.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=9.18185;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=823.576;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3972;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=3.08649;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=3.08649;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:556:0,556:0:0:556:19991:-1798.39,0 +NC_000962 39158 . C G 3654.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=7.18621;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=841.391;PAIRED=0.991453;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4058;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=3.91972;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=64;SAP=5.25601;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:376:0,376:0:0:376:13576:-1221.33,0 +NC_000962 42281 . C A 5268.02 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=171;CIGAR=1X;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=4.03889;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1213.01;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5892;QR=36;RO=1;RPL=94;RPP=6.68022;RPPR=5.18177;RPR=77;RUN=1;SAF=54;SAP=53.4113;SAR=117;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:462:0,462:0:0:462:16141:-1452.26,0 +NC_000962 42967 . G C 4033.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=133;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=3.81032;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=928.76;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4482;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=6.68384;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=87;SAP=30.4558;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:493:0,493:0:0:493:16954:-1525.41,0 +NC_000962 44768 . A G 3288.02 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=3.49937;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=757.095;PAIRED=0.981982;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3651;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=10.0725;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=53;SAP=3.49937;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:474:0,474:0:0:474:16661:-1498.9,0 +NC_000962 48503 . T C 3562.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=6.14687;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=820.27;PAIRED=0.991453;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3996;QR=36;RO=1;RPL=54;RPP=4.51363;RPPR=5.18177;RPR=63;RUN=1;SAF=68;SAP=9.71031;SAR=49;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:519:0,519:0:0:519:18372:-1652.74,0 +NC_000962 49360 . C T 5025.14 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=161;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=15.9717;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1157.08;PAIRED=0.993789;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5582;QR=0;RO=0;RPL=100;RPP=23.5246;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=91;SAP=8.95825;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:461:0,461:0:0:461:15637:-1407.1,0 +NC_000962 49690 . GCCCTG GCTG 4022.66 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1M2D3M;DP=139;DPB=92.8333;DPRA=0;EPP=4.29416;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=926.252;PAIRED=0.963504;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=16;PQR=16;PRO=0.5;QA=4471;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.78696;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=70;SAP=3.15295;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:460:0,458:0:0:458:15479:-1392.56,0 +NC_000962 50557 . T C 3711.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=854.548;PAIRED=0.983871;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4125;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=7.49334;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=88;SAP=50.3624;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:486:1,485:1:24:485:17092:-1535.29,0 +NC_000962 51949 . A G 3087.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=26.4235;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=710.975;PAIRED=0.980198;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3432;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=6.64375;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=46;SAP=4.75178;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:525:0,525:0:0:525:18378:-1653.43,0 +NC_000962 54394 . A G 3162.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=5.96022;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=728.154;PAIRED=0.990566;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3514;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.09224;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=55;SAP=3.33807;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:557:0,557:0:0:557:19613:-1764.46,0 +NC_000962 57298 . C G 3453.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=3.08391;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=795.199;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3875;QR=36;RO=1;RPL=57;RPP=3.30474;RPPR=5.18177;RPR=61;RUN=1;SAF=53;SAP=5.66023;SAR=65;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:452:0,452:0:0:452:15105:-1359.11,0 +NC_000962 62049 . A G 2854.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=4.48875;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=657.237;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3169;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=8.9241;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=38;SAP=10.4949;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:409:0,409:0:0:409:13566:-1220.7,0 +NC_000962 63146 . G T 1793.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=58;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=3.60933;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=413.009;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1990;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=4.35811;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=23;SAP=8.40154;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:630:1,629:1:35:629:22526:-2022.91,0 +NC_000962 65150 . C T 2705.01 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=3.23494;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=622.851;PAIRED=0.988506;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3003;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=3.63429;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=40;SAP=4.23331;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:593:0,593:0:0:593:20005:-1799.9,0 +NC_000962 68337 . TCA TCCA 2307.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1M1I2M;DP=82;DPB=108.333;DPRA=0;EPP=3.69747;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=531.427;PAIRED=0.974684;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2601;QR=36;RO=1;RPL=41;RPP=3.25768;RPPR=5.18177;RPR=38;RUN=1;SAF=36;SAP=4.35716;SAR=43;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:510:0,504:0:0:504:16560:-1489.83,0 +NC_000962 69989 . G A 2252.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=3.75395;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=518.656;PAIRED=0.972603;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2500;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=3.27802;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=40;SAP=4.46786;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:467:0,466:0:0:466:15641:-1407.02,0 +NC_000962 70267 . G T 1556.19 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=50;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=358.326;PAIRED=0.98;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1726;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=3.18402;RPPR=0;RPR=24;RUN=1;SAF=22;SAP=4.57376;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:527:0,527:0:0:527:18465:-1661.19,0 +NC_000962 70816 . A G 3778.91 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=10.015;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=870.126;PAIRED=0.983871;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4199;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=7.49334;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=76;SAP=16.7396;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:510:0,510:0:0:510:17572:-1581,0 +NC_000962 71336 . G C 3049.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=3.0318;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=702.195;PAIRED=0.990099;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3386;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=3.2038;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=50;SAP=3.0318;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:331:0,331:0:0:331:11257:-1012.93,0 +NC_000962 75233 . C A 2813.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=13.3073;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=647.912;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3124;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=6.95631;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=42;SAP=4.90158;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:458:0,458:0:0:458:15777:-1419.48,0 +NC_000962 75940 . G C 4126.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=134;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=7.15878;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=950.142;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4583;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=7.15878;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=64;SAP=3.59368;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:509:0,509:0:0:509:17767:-1598.47,0 +NC_000962 76700 . G A 3024.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=4.78696;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=696.395;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3358;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=3.55865;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=47;SAP=3.55865;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:99:0,99:0:0:99:3358:-302.44,0 +NC_000962 78973 . GGGCATCCG GG 10319.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=369;CIGAR=1M7D1M;DP=369;DPB=84.1111;DPRA=0;EPP=31.0276;EPPR=0;GTI=0;LEN=7;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2376.25;PAIRED=0.875339;PAIREDR=0;PAO=9.5;PQA=250.5;PQR=250.5;PRO=9.5;QA=11467;QR=0;RO=0;RPL=166;RPP=11.0665;RPPR=0;RPR=203;RUN=1;SAF=217;SAP=27.8734;SAR=152;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:369:0,369:0:0:369:11467:-1031.99,0 +NC_000962 79480 . T C 1937.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=65;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=3.31097;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=446.101;PAIRED=0.492308;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2152;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=10.5269;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=35;SAP=3.84548;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:398:0,398:0:0:398:13883:-1249.09,0 +NC_000962 87468 . C T 2741.91 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=12.8806;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=631.347;PAIRED=0.988636;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3048;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.109;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=43;SAP=3.109;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:436:0,436:0:0:436:15545:-1398.49,0 +NC_000962 92199 . T G 4209.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=3.5851;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=969.204;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4675;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=3.26577;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=49;SAP=26.0662;SAR=87;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:383:0,382:0:0:382:13003:-1169.77,0 +NC_000962 94388 . G A 4658.97 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=149;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=4.77371;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1072.77;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5205;QR=27;RO=1;RPL=73;RPP=3.14146;RPPR=5.18177;RPR=76;RUN=1;SAF=75;SAP=3.02487;SAR=74;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:519:0,519:0:0:519:17521:-1576.52,0 +NC_000962 96894 . C T 3363.57 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=3.50834;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=774.49;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3735;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=11.7958;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=38;SAP=24.7051;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:524:0,524:0:0:524:18616:-1674.83,0 +NC_000962 97350 . A C 1961.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=66;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=5.11597;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=451.749;PAIRED=0.984848;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2217;QR=36;RO=1;RPL=43;RPP=16.1707;RPPR=5.18177;RPR=23;RUN=1;SAF=34;SAP=3.1419;SAR=32;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:622:1,621:1:34:621:21948:-1971.03,0 +NC_000962 98718 . C T 3056.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=11.5259;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=703.896;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3466;QR=68;RO=2;RPL=55;RPP=4.37279;RPPR=7.35324;RPR=47;RUN=1;SAF=50;SAP=3.09546;SAR=52;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:104:2,102:2:68:102:3466:-305.698,0 +NC_000962 99162 . TCGGTGTGCGC TC 1335.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=50;CIGAR=1M9D1M;DP=50;DPB=9.09091;DPRA=0;EPP=4.57376;EPPR=0;GTI=0;LEN=9;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=307.519;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1481;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=31;SAP=9.26414;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:271:0,267:0:0:267:8409:-756.493,0 +NC_000962 101539 . C T 4678.81 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=153;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=3.36512;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1077.34;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5197;QR=0;RO=0;RPL=82;RPP=4.72761;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=83;SAP=5.40885;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:428:0,428:0:0:428:14254:-1282.54,0 +NC_000962 105045 . G C 776.224 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=178.732;PAIRED=0.56;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=859;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=10;SAP=5.18177;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:20:0,20:0:0:20:714:-64.5794,0 +NC_000962 105139 . C A 2209.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=8.03741;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=508.711;PAIRED=0.534247;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2452;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=6.60959;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=27;SAP=13.7487;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:552:0,552:0:0:552:20057:-1804.16,0 +NC_000962 105736 . T C 3250.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=3.74778;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=748.378;PAIRED=0.981132;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3609;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=3.09224;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=50;SAP=3.74778;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:562:0,562:0:0:562:19640:-1766.97,0 +NC_000962 116000 . T G 3530.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=13.7928;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=813.006;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3921;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=3.30981;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=3.30981;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:484:0,484:0:0:484:15730:-1415.45,0 +NC_000962 122109 . A G 2847.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=4.86177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=655.635;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3164;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=4.13032;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=50;SAP=3.58174;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:456:0,456:0:0:456:15354:-1381.5,0 +NC_000962 122205 . T C 3860.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=129;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=3.1618;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=888.844;PAIRED=0.976744;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4327;QR=36;RO=1;RPL=65;RPP=3.02713;RPPR=5.18177;RPR=64;RUN=1;SAF=62;SAP=3.43113;SAR=67;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:504:0,504:0:0:504:17789:-1600.34,0 +NC_000962 123454 . C T 2636.66 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=85;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=3.03585;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=607.113;PAIRED=0.988235;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2927;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=8.75832;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=41;SAP=3.24022;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:557:0,557:0:0:557:19979:-1797.28,0 +NC_000962 123520 . T C 2850.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=6.40913;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=656.408;PAIRED=0.967391;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3165;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=3.38795;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=42;SAP=4.52089;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:556:0,556:0:0:556:19571:-1760.7,0 +NC_000962 125830 . GAAAAGT GAAAAAGT 1768.01 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=60;CIGAR=1M1I6M;DP=63;DPB=71.8571;DPRA=0;EPP=3.58936;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=407.099;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1964;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=3.15506;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=29;SAP=3.15506;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:420:0,415:0:0:415:14606:-1313.75,0 +NC_000962 131174 . TGGTGC TGGGTGC 13269.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=437;CIGAR=1M1I5M;DP=445;DPB=518.333;DPRA=0;EPP=6.11595;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3055.42;PAIRED=0.90389;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=1;PQR=1;PRO=0.5;QA=14751;QR=0;RO=0;RPL=186;RPP=24.0045;RPPR=0;RPR=251;RUN=1;SAF=225;SAP=3.85007;SAR=212;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:445:0,437:0:0:437:14751:-1326.95,0 +NC_000962 132417 . C G 3633.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=13.2625;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=836.623;PAIRED=0.967213;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4035;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=10.1299;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=58;SAP=3.65106;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:269:0,269:0:0:269:9760:-878.17,0 +NC_000962 133839 . C T 2239.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=3.27802;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=515.756;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2486;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=9.70319;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=9.70319;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:465:0,465:0:0:465:16653:-1498.18,0 +NC_000962 135329 . C T 1940.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=64;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=3.14602;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=446.771;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2153;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=16.582;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=25;SAP=9.66043;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:434:0,434:0:0:434:14658:-1318.86,0 +NC_000962 139297 . G T 2354.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=3.12166;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=542.069;PAIRED=0.974359;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2613;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=4.01252;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=40;SAP=3.12166;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:484:0,484:0:0:484:16849:-1515.86,0 +NC_000962 141623 . G A 3766.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=3.64073;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=867.254;PAIRED=0.983871;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4222;QR=36;RO=1;RPL=66;RPP=4.13106;RPPR=5.18177;RPR=58;RUN=1;SAF=67;SAP=4.76149;SAR=57;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:592:0,592:0:0:592:21384:-1923.67,0 +NC_000962 143207 . T C 4458.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=144;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=16.582;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1026.58;PAIRED=0.986111;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4952;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=7.89611;RPPR=0;RPR=81;RUN=1;SAF=72;SAP=3.0103;SAR=72;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:503:1,502:1:34:502:17875:-1604.71,0 +NC_000962 144699 . C A 5271.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=166;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=4.89399;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1213.83;PAIRED=0.993976;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5856;QR=0;RO=0;RPL=78;RPP=4.31842;RPPR=0;RPR=88;RUN=1;SAF=75;SAP=6.35908;SAR=91;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:542:0,542:0:0:542:18983:-1707.85,0 +NC_000962 146087 . T C 3487.7 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=4.22937;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=803.072;PAIRED=0.991228;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3873;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=3.08649;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=51;SAP=5.75321;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:518:0,518:0:0:518:18224:-1639.48,0 +NC_000962 146236 . C G 3560.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=3.67278;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=819.858;PAIRED=0.983051;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3954;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=3.67278;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=3.67278;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:429:0,429:0:0:429:14646:-1317.78,0 +NC_000962 147262 . G T 3233.09 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=105;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=8.98702;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=744.446;PAIRED=0.990476;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3590;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=5.51266;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=59;SAP=6.50534;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:585:0,585:0:0:585:20650:-1857.71,0 +NC_000962 154283 . T C 5026.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=165;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=4.60271;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1157.3;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5583;QR=0;RO=0;RPL=84;RPP=3.12874;RPPR=0;RPR=81;RUN=1;SAF=85;SAP=3.33931;SAR=80;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:560:0,560:0:0:560:18936:-1703.71,0 +NC_000962 162151 . GTTTTTCG GTTTTCG 2359.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1M1D6M;DP=81;DPB=72.625;DPRA=0;EPP=3.03779;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=543.4;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1.5;PQA=42;PQR=42;PRO=1.5;QA=2622;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=3.25768;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=46;SAP=7.6556;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:431:0,415:0:0:415:13616:-1224.89,0 +NC_000962 163705 . CC TT 2667.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=2X;DP=97;DPB=97.5;DPRA=0;EPP=8.26386;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=614.206;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=21;PQR=0;PRO=0;QA=2943;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=4.90158;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=62;SAP=25.4488;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:242:0,240:0:0:240:8555:-769.702,0 +NC_000962 177857 . G A 2821.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=3.03416;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=649.78;PAIRED=0.978022;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3133;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=3.03416;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=48;SAP=3.60686;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:477:0,477:0:0:477:16266:-1463.52,0 +NC_000962 182824 . G A 4974.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=160;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1145.48;PAIRED=0.9875;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5526;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=9.579;RPPR=0;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=9.579;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:459:0,459:0:0:459:15617:-1405.14,0 +NC_000962 183091 . C G 3393.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=4.56684;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=781.326;PAIRED=0.99115;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3768;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=11.4848;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=51;SAP=5.3355;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:430:0,430:0:0:430:14524:-1306.94,0 +NC_000962 188800 . T C 2598.57 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=85;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=3.24022;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=598.342;PAIRED=0.988235;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2929;QR=42;RO=2;RPL=52;RPP=12.2327;RPPR=7.35324;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=12.2327;SAR=52;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:443:0,443:0:0:443:15434:-1388.63,0 +NC_000962 190816 . A C 4260.52 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=141;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=11.1572;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=981.02;PAIRED=0.992908;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4732;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=5.61299;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=86;SAP=17.8102;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:509:1,508:1:34:508:18082:-1623.31,0 +NC_000962 194305 . CCA CGGCA 2241.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1M2I2M;DP=81;DPB=135;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=516.199;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2491;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=10.1372;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=48;SAP=12.0303;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:431:0,423:0:0:423:14294:-1285.86,0 +NC_000962 194681 . G C 3076.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=4.75178;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=708.354;PAIRED=0.990099;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3418;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.2038;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=51;SAP=3.0318;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:406:0,406:0:0:406:14044:-1263.62,0 +NC_000962 195682 . C G 1542.43 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=52;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=7.18621;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=355.157;PAIRED=0.980769;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1714;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=35;SAP=16.5402;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:444:0,444:0:0:444:15748:-1416.77,0 +NC_000962 196642 . C T 2409.94 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=3.12166;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=554.91;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2675;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=4.01252;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=34;SAP=5.79424;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:726:0,726:0:0:726:26065:-2344.62,0 +NC_000962 199470 . T G 2482.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=4.74748;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=571.696;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2756;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=46;SAP=6.91895;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:521:0,520:0:0:520:17997:-1618.87,0 +NC_000962 203038 . T C 2373.94 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=3.12166;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=546.619;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2635;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=37;SAP=3.45573;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:533:0,533:0:0:533:18833:-1694.28,0 +NC_000962 204094 . G T 3432.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=3.08926;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=790.43;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3812;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=10.9066;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=51;SAP=4.2737;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:504:0,504:0:0:504:17531:-1577.25,0 +NC_000962 206339 . T C 953.382 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=32;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=9.79615;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=204.607;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1060;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=4.09604;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=3;SAP=48.8827;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:439:1,438:1:25:438:15238:-1368.52,0 +NC_000962 206481 . CGGG GGGT 539.264 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=20;CIGAR=1X2M1X;DP=21;DPB=21.25;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=124.17;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=1;PQA=32;PQR=0;PRO=0;QA=594;QR=27;RO=1;RPL=16;RPP=18.6449;RPPR=5.18177;RPR=4;RUN=1;SAF=13;SAP=6.91895;SAR=7;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:242:8,232:8:253:232:8004:-704.976,0 +NC_000962 213147 . C A 3021.68 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=695.767;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3355;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.36483;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=58;SAP=10.1895;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:488:0,488:0:0:488:16514:-1485.84,0 +NC_000962 213281 . C T 2966.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=3.8246;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=683.128;PAIRED=0.979167;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3294;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.10078;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=64;SAP=26.1727;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:526:0,526:0:0:526:18002:-1619.62,0 +NC_000962 215977 . C T 3980.65 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=130;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=3.27756;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=916.578;PAIRED=0.984615;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4460;QR=36;RO=1;RPL=68;RPP=3.61163;RPPR=5.18177;RPR=62;RUN=1;SAF=67;SAP=3.27756;SAR=63;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:382:0,382:0:0:382:12627:-1136.25,0 +NC_000962 217201 . T C 3399.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=6.31642;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=782.774;PAIRED=0.981982;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3775;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=3.96888;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=62;SAP=6.31642;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:517:1,516:1:31:516:18040:-1619.95,0 +NC_000962 222925 . G A 5217.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=168;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=3.062;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1201.41;PAIRED=0.994048;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5796;QR=0;RO=0;RPL=100;RPP=16.2459;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=79;SAP=4.30284;SAR=89;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:425:0,425:0:0:425:14505:-1305.11,0 +NC_000962 223942 . T C 3946.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=130;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=3.61163;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=908.726;PAIRED=0.984615;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4383;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=4.68066;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=64;SAP=3.07711;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:388:0,388:0:0:388:13358:-1201.92,0 +NC_000962 225323 . T C 1830.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=60;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=3.15506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=421.499;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2031;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=3.58936;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:397:0,397:0:0:397:13291:-1195.99,0 +NC_000962 227098 . T C 4103.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=135;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=3.15506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=944.763;PAIRED=0.985185;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4557;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=3.41242;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=77;SAP=8.81698;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:553:0,553:0:0:553:19147:-1722.72,0 +NC_000962 230170 . C T 3563.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=5.70592;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=820.471;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3957;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=3.68421;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=63;SAP=4.88226;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:573:0,573:0:0:573:20306:-1826.77,0 +NC_000962 230576 . GTC GTTC 1435.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=50;CIGAR=1M1I2M;DP=55;DPB=71.6667;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=330.518;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1644;QR=49;RO=2;RPL=26;RPP=3.18402;RPPR=3.0103;RPR=24;RUN=1;SAF=22;SAP=4.57376;SAR=28;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:403:0,395:0:0:395:13285:-1194.97,0 +NC_000962 231114 . C G 2357.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=77;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=3.26411;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=542.895;PAIRED=0.987013;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2617;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=4.39215;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=37;SAP=3.26411;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:535:0,535:0:0:535:18971:-1706.65,0 +NC_000962 234477 . T G 1450.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=48;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=11.8771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=334.08;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1609;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=3.19126;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=30;SAP=9.52472;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:224:0,224:0:0:224:7553:-679.774,0 +NC_000962 234496 . CCT CGTCT 948.991 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=33;CIGAR=1M2I2M;DP=34;DPB=56;DPRA=0;EPP=3.0761;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=218.513;PAIRED=0.939394;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1054;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=6.23461;RPPR=0;RPR=20;RUN=1;SAF=17;SAP=3.0761;SAR=16;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:217:0,213:0:0:213:7259:-652.956,0 +NC_000962 240776 . T C 4193.91 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=135;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=6.62942;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=965.684;PAIRED=0.985185;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4658;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=3.79846;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=67;SAP=3.02638;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:135:0,135:0:0:135:4658:-419.391,0 +NC_000962 249522 . T C 4376.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=144;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=10.3089;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1007.75;PAIRED=0.972222;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4861;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=5.96592;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=80;SAP=6.8707;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:373:0,373:0:0:373:12508:-1125.48,0 +NC_000962 251574 . TG TA 2963.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1M1X;DP=98;DPB=99;DPRA=0;EPP=3.03269;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=682.344;PAIRED=0.989691;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=34;PQR=34;PRO=1;QA=3293;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=11.0918;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=24;SAP=56.7598;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:98:0,97:0:0:97:3293:-296.338,0 +NC_000962 251575 . G A 13732.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=444;CIGAR=1X;DP=444;DPB=444;DPRA=0;EPP=5.3774;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3161.98;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15263;QR=0;RO=0;RPL=224;RPP=3.08855;RPPR=0;RPR=220;RUN=1;SAF=149;SAP=107.261;SAR=295;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:444:0,444:0:0:444:15263:-1373.23,0 +NC_000962 261869 . T C 3858.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=5.49198;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=888.354;PAIRED=0.992063;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4287;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.28604;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=74;SAP=11.3515;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:395:0,395:0:0:395:13929:-1253.18,0 +NC_000962 262268 . A T 4550.15 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=147;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=3.02507;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1047.71;PAIRED=0.979592;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5054;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=5.50675;RPPR=0;RPR=80;RUN=1;SAF=64;SAP=8.34296;SAR=83;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:502:0,502:0:0:502:18154:-1633.05,0 +NC_000962 262782 . G A 3862.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=4.13106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=889.446;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4290;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=4.13106;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=60;SAP=3.29049;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:124:0,124:0:0:124:4290:-386.282,0 +NC_000962 264129 . G A 2102.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=67;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=5.63551;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=484.067;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2333;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=5.63551;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=36;SAP=3.82055;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:566:0,566:0:0:566:19824:-1783.51,0 +NC_000962 265554 . A C 2708.62 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=4.20583;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=623.682;PAIRED=0.988764;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3007;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=3.62026;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=59;SAP=23.5295;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:554:0,554:0:0:554:19329:-1739,0 +NC_000962 267751 . G C 3384.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=14.1779;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=779.389;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3761;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=4.94911;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=51;SAP=4.94911;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:498:0,498:0:0:498:17919:-1611.98,0 +NC_000962 270430 . G C 5440.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=180;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=0;EPP=30.8051;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1252.8;PAIRED=0.983333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6044;QR=0;RO=0;RPL=85;RPP=4.21667;RPPR=0;RPR=95;RUN=1;SAF=109;SAP=20.4303;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:428:0,428:0:0:428:14771:-1329,0 +NC_000962 273777 . C T 4938.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=160;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1137.19;PAIRED=0.99375;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5486;QR=0;RO=0;RPL=88;RPP=6.48466;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=88;SAP=6.48466;SAR=72;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:498:0,498:0:0:498:17237:-1550.86,0 +NC_000962 278021 . T C 2855.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=12.4515;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=657.457;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3170;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=6.40913;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=38;SAP=9.05266;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:500:0,500:0:0:500:17548:-1578.75,0 +NC_000962 278681 . C G 3150.37 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=4.04333;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=725.399;PAIRED=0.990291;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3498;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.03138;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=53;SAP=3.20004;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:475:0,475:0:0:475:16322:-1468.58,0 +NC_000962 282892 . C T 2752.7 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=22.3561;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=633.833;PAIRED=0.988636;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3056;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=7.84676;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=75;SAP=97.8642;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:400:0,400:0:0:400:14006:-1260.15,0 +NC_000962 283610 . GCGCT ACGCC 3520.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1X3M1X;DP=132;DPB=133.4;DPRA=0;EPP=31.4886;EPPR=0;GTI=0;LEN=5;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=766.949;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=3.5;PQA=114;PQR=0;PRO=0;QA=3883;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=16.9647;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=52;SAP=8.77716;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:347:0,346:0:0:346:11012:-1052.52,0 +NC_000962 285772 . A C 5445.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=177;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=4.49475;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1253.84;PAIRED=0.988701;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6049;QR=0;RO=0;RPL=87;RPP=3.12071;RPPR=0;RPR=90;RUN=1;SAF=66;SAP=27.8534;SAR=111;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:420:0,420:0:0:420:14999:-1349.44,0 +NC_000962 285871 . A G 6165.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=200;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=10.3499;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1419.56;PAIRED=0.995;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6849;QR=0;RO=0;RPL=86;RPP=11.5225;RPPR=0;RPR=114;RUN=1;SAF=91;SAP=6.52809;SAR=109;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:388:0,388:0:0:388:13320:-1198.42,0 +NC_000962 288260 . C T 3520.99 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=9.18185;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=810.738;PAIRED=0.95614;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3910;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=4.22937;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=53;SAP=4.22937;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:482:0,482:0:0:482:16513:-1485.7,0 +NC_000962 293029 . G A 4747.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=155;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=4.70545;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1093.09;PAIRED=0.993548;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5308;QR=32;RO=1;RPL=96;RPP=22.1893;RPPR=5.18177;RPR=59;RUN=1;SAF=74;SAP=3.69677;SAR=81;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:157:1,155:1:32:155:5308:-474.721,0 +NC_000962 293628 . ACCCCCGA ACCCCCCGA 1513.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=51;CIGAR=1M1I7M;DP=53;DPB=59.5;DPRA=0;EPP=15.3153;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=348.455;PAIRED=0.980392;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1681;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=12.5903;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=7;SAP=61.2994;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:328:0,321:0:0:321:10255:-922.59,0 +NC_000962 296312 . C T 2873.24 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=3.60686;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=661.587;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3190;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=7.04303;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=47;SAP=3.22506;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:567:0,567:0:0:567:19796:-1781.04,0 +NC_000962 304923 . A G 2876.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=10.4949;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=662.422;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3194;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=5.32038;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=44;SAP=3.84193;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:527:0,527:0:0:527:18471:-1661.84,0 +NC_000962 305188 . G T 3210.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=739.276;PAIRED=0.990385;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3565;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=6.01695;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=44;SAP=8.35546;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:514:0,514:0:0:514:18069:-1625.55,0 +NC_000962 305763 . G A 14969.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=491;CIGAR=1X;DP=491;DPB=491;DPRA=0;EPP=6.72967;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3446.84;PAIRED=0.922607;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16637;QR=0;RO=0;RPL=218;RPP=16.3885;RPPR=0;RPR=273;RUN=1;SAF=158;SAP=138.451;SAR=333;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:491:0,491:0:0:491:16637:-1496.94,0 +NC_000962 310973 . G A 3165.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=4.04333;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=728.914;PAIRED=0.980583;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3515;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=4.71796;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=63;SAP=14.1628;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:475:0,475:0:0:475:16085:-1447.18,0 +NC_000962 311613 . G T 3965.37 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=10.5506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=913.06;PAIRED=0.976378;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4404;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=3.84811;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=65;SAP=3.16418;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:497:0,497:0:0:497:17070:-1535.79,0 +NC_000962 325505 . T C 3886.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=6.33537;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=894.854;PAIRED=0.976562;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4316;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=3.28173;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=51;SAP=14.4784;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:485:0,485:0:0:485:17253:-1552.1,0 +NC_000962 333892 . G C 1770.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=58;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=21.1309;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=407.618;PAIRED=0.982759;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1964;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=15;SAP=32.3626;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:201:1,199:1:33:199:6763:-605.424,0 +NC_000962 335971 . A G 703.301 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=23;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=37.093;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=161.941;PAIRED=0.913043;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=778;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=30.2953;RPPR=0;RPR=20;RUN=1;SAF=22;SAP=44.6459;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:95:0,95:0:0:95:3391:-305.362,0 +NC_000962 336005 . G A 761.808 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=175.413;PAIRED=0.96;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=843;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=7.26639;RPPR=0;RPR=16;RUN=1;SAF=22;SAP=34.3664;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:201:0,201:0:0:201:7194:-647.419,0 +NC_000962 336050 . ATAG GTAC 901.201 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=30;CIGAR=1X2M1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=26.4622;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=207.509;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=998;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=17.1973;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=28;SAP=51.9408;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:70:0,70:0:0:70:2192:-208.814,0 +NC_000962 336074 . T C 732.986 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=24;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=26.1727;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=168.776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=811;QR=0;RO=0;RPL=20;RPP=26.1727;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=22;SAP=39.2015;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:31:0,31:0:0:31:990:-89.3904,0 +NC_000962 336081 . AC GT 651.948 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=22;CIGAR=2X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=34.9902;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=150.116;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=721;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=34.9902;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:11:0,11:0:0:11:336:-30.6874,0 +NC_000962 336113 . G A 441.592 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=18.5208;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=101.68;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=487;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=18.5208;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:14:0,14:0:0:14:487:-44.1592,0 +NC_000962 336380 . A T 538.767 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=4.1599;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=124.056;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=595;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=10;SAP=4.1599;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:129:0,129:0:0:129:4639:-417.593,0 +NC_000962 336400 . CAGCGA GAGGGG 537.727 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=18;CIGAR=1X2M1X1M1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=3.49285;EPPR=0;GTI=0;LEN=6;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=123.816;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=594;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=3.49285;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:109:0,109:0:0:109:3953:-364.083,0 +NC_000962 336480 . A G 639.445 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=20.4855;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=147.238;PAIRED=0.904762;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=707;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=0;RPR=21;RUN=1;SAF=17;SAP=20.4855;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:21:0,21:0:0:21:707:-63.9445,0 +NC_000962 336504 . G T 2224.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=4.9405;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=512.235;PAIRED=0.680556;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2469;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=126.543;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=40;SAP=4.9405;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:286:0,286:0:0:286:9062:-815.59,0 +NC_000962 336535 . TGTTGG GGGTGT 1926 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X1M1X2M1X;DP=63;DPB=63.3333;DPRA=0;EPP=5.80219;EPPR=0;GTI=0;LEN=6;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=443.478;PAIRED=0.603175;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=72;PQR=0;PRO=0;QA=2065;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=3.32051;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=29;SAP=3.872;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:179:0,172:0:0:172:5497:-499.853,0 +NC_000962 336546 . T G 1878.24 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=60;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=3.15506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=432.48;PAIRED=0.616667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2084;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=10.1038;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=28;SAP=3.58936;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:168:0,168:0:0:168:5946:-535.147,0 +NC_000962 336557 . CGGTTACA CTGGCTATGGCA 1171.43 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=39;CIGAR=1M1I2M1X2M3I2M;DP=40;DPB=59.5;DPRA=0;EPP=5.73856;EPPR=0;GTI=0;LEN=12;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=269.731;PAIRED=0.589744;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1301;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=9.74743;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=17;SAP=4.40227;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:83:0,82:0:0:82:2839:-255.439,0 +NC_000962 336590 . GAT CAG 1433.81 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=46;CIGAR=1X1M1X;DP=46;DPB=46.6667;DPRA=0;EPP=4.70971;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=330.146;PAIRED=0.717391;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=64;PQR=0;PRO=0;QA=1526;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=12.2627;RPPR=0;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=12.2627;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:160:0,160:0:0:160:5743:-522.992,0 +NC_000962 336611 . G C 1103.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=36;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=254.129;PAIRED=0.722222;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1223;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=18.4519;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=15;SAP=5.18177;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:141:0,141:0:0:141:4757:-428.268,0 +NC_000962 336617 . GGGT CGGC 937.562 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=32;CIGAR=1X2M1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=215.882;PAIRED=0.78125;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1042;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=9.79615;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=9.79615;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:119:0,119:0:0:119:3871:-359.829,0 +NC_000962 336728 . G A 392.212 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=21.1059;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=90.3101;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=432;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=1;SAP=21.1059;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:87:0,87:0:0:87:2562:-230.796,0 +NC_000962 338561 . G A 349.854 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=80.5568;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=385;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:11:0,11:0:0:11:385:-34.9854,0 +NC_000962 338618 . C G 703.019 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=26;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=8.35546;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=161.876;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=778;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=8.35546;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:26:0,26:0:0:26:778:-70.3019,0 +NC_000962 338844 . AC GT 2597.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=84;CIGAR=2X;DP=87;DPB=87.5;DPRA=0;EPP=11.386;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=598.072;PAIRED=0.678571;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=32;PQR=0;PRO=0;QA=2854;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=40.3389;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=66;SAP=62.5707;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:302:0,302:0:0:302:10274:-936.896,0 +NC_000962 340132 . G A 1515.7 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=49;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=6.59988;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=349.002;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1681;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=3.05462;RPPR=0;RPR=24;RUN=1;SAF=12;SAP=30.7077;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:482:0,482:0:0:482:17522:-1576.23,0 +NC_000962 340372 . T C 759.063 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=13.5202;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=174.781;PAIRED=0.96;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=840;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=13.5202;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:283:0,283:0:0:283:9430:-848.647,0 +NC_000962 341266 . G A 3691.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=13.2625;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=850.096;PAIRED=0.983607;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4100;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=5.57335;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=66;SAP=4.7902;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:504:0,504:0:0:504:17353:-1561.19,0 +NC_000962 342146 . A C 3410.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=7.41193;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=785.258;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3787;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=3.96888;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=51;SAP=4.59489;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:413:0,413:0:0:413:14300:-1286.66,0 +NC_000962 346275 . C G 4380.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=145;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=4.82236;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1008.57;PAIRED=0.993103;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4865;QR=0;RO=0;RPL=76;RPP=3.74411;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=79;SAP=5.54119;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:438:0,438:0:0:438:15410:-1386.44,0 +NC_000962 353309 . G A 3971.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=914.516;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4411;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=74;SAP=9.79615;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:403:0,403:0:0:403:13620:-1225.56,0 +NC_000962 353365 . G A 4220.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=139;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=3.40085;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=971.702;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4687;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=3.02592;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=76;SAP=5.65044;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:450:0,450:0:0:450:14783:-1330.18,0 +NC_000962 356528 . A G 3070.27 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=3.54779;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=706.956;PAIRED=0.990099;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3409;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=3.54779;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=72;SAP=42.7633;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:406:1,405:1:38:405:14247:-1278.01,0 +NC_000962 363464 . G A 3585.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=4.20835;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=825.65;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3982;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=4.20835;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=58;SAP=3.0103;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:483:0,483:0:0:483:16802:-1511.63,0 +NC_000962 364854 . C G 3368.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=4.98437;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=775.537;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3740;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=16.355;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=62;SAP=6.87947;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:531:0,531:0:0:531:18336:-1649.7,0 +NC_000962 372913 . A C 2050.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=3.04177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=472.039;PAIRED=0.985507;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2275;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=10.0912;RPPR=0;RPR=27;RUN=1;SAF=23;SAP=19.6583;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:541:0,541:0:0:541:19117:-1719.77,0 +NC_000962 373282 . TAAGT TAGT 15354.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=505;CIGAR=1M1D3M;DP=506;DPB=405.4;DPRA=0;EPP=16.9808;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3535.45;PAIRED=0.90495;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=16;PQR=16;PRO=1;QA=17068;QR=0;RO=0;RPL=272;RPP=9.55052;RPPR=0;RPR=233;RUN=1;SAF=185;SAP=81.3768;SAR=320;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:506:0,505:0:0:505:17068:-1535.42,0 +NC_000962 374353 . A G 2736.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=5.96253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=630.103;PAIRED=0.966292;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3038;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=5.96253;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=40;SAP=4.98658;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:699:0,698:0:0:698:24716:-2223.05,0 +NC_000962 376774 . T C 4355.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=145;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=9.61457;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1002.99;PAIRED=0.97931;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4838;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=3.14508;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=56;SAP=19.3188;SAR=89;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:374:0,374:0:0:374:12368:-1112.99,0 +NC_000962 377014 . C T 2767.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=3.22506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=637.352;PAIRED=0.978022;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3073;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=3.60686;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=30;SAP=25.942;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:489:0,489:0:0:489:17077:-1536.4,0 +NC_000962 379528 . G T 2461.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=3.98746;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=566.716;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2732;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=5.72464;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=62;SAP=55.5599;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:449:0,448:0:0:448:15820:-1423.06,0 +NC_000962 383716 . C T 3160.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=105;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=6.50534;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=727.67;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3509;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=4.02365;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=4.02365;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:235:0,235:0:0:235:7406:-666.587,0 +NC_000962 384380 . A C 2848.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=3.58174;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=655.997;PAIRED=0.989474;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3163;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=3.03316;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=50;SAP=3.58174;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:446:0,445:0:0:445:15639:-1406.7,0 +NC_000962 386432 . C G 4374.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=149;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=4.19076;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1007.34;PAIRED=0.979866;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4859;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=3.02487;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=87;SAP=12.1188;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:439:0,439:0:0:439:15091:-1357.79,0 +NC_000962 390828 . T C 3888.95 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=129;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=3.83512;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=895.463;PAIRED=0.992248;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4319;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=3.02713;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=3.02713;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:449:0,449:0:0:449:15253:-1372.36,0 +NC_000962 391853 . A G 3590.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=3.30474;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=826.697;PAIRED=0.991525;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3987;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=4.85053;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=57;SAP=3.30474;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:500:0,500:0:0:500:17202:-1547.68,0 +NC_000962 392261 . T C 2806.7 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=3.38795;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=646.267;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3116;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=3.38795;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=42;SAP=4.52089;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:493:1,492:1:26:492:17294:-1553.24,0 +NC_000962 396199 . T C 2697.81 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=23.5295;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=621.194;PAIRED=0.977528;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2995;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=3.22989;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=3.22989;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:667:1,666:1:27:666:24116:-2166.54,0 +NC_000962 403980 . G A 3102.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=3.54779;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=714.337;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3447;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.54779;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=34;SAP=26.4235;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:471:1,470:1:35:470:15781:-1416.46,0 +NC_000962 404326 . T C 2627.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=90;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=3.10681;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=604.958;PAIRED=0.988889;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2919;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=47;SAP=3.39634;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:509:0,509:0:0:509:17596:-1583.09,0 +NC_000962 414486 . C T 3110.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=3.03138;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=716.277;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3454;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.53736;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=50;SAP=3.20004;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:423:0,423:0:0:423:15224:-1369.55,0 +NC_000962 416827 . GGCCGCCGG GGCCGG 1491.66 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=52;CIGAR=1M3D5M;DP=54;DPB=36.8889;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=343.468;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=25;PQR=25;PRO=1;QA=1658;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=29;SAP=4.51363;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:461:0,451:0:0:451:14244:-1281.56,0 +NC_000962 420008 . A G 3304.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=3.32615;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=760.821;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3669;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=14.3809;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=66;SAP=12.5648;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:503:0,503:0:0:503:17749:-1596.79,0 +NC_000962 424320 . TCCTA TCCCTA 2099.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1M1I4M;DP=80;DPB=94.8;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=432.383;PAIRED=0.986111;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2333;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=4.9405;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=19;SAP=37.8745;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:483:0,466:0:0:466:15546:-1398.55,0 +NC_000962 424981 . G A 899.048 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=30;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=44.7026;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=207.013;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=998;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=7.64277;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=16;SAP=3.29983;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:508:0,508:0:0:508:17390:-1564.61,0 +NC_000962 425871 . C G 1983.53 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=65;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=3.84548;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=456.725;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2201;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=4.64726;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=32;SAP=3.04371;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:416:1,415:1:32:415:14703:-1319.59,0 +NC_000962 426968 . G C 497.196 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=31.7504;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=114.484;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=549;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=31.7504;SAR=16;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:17:0,17:0:0:17:549:-49.7196,0 +NC_000962 427098 . T A 418.795 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=6.62942;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=96.4311;PAIRED=0.4;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=462;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=5;SAP=6.62942;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:15:0,15:0:0:15:462:-41.8795,0 +NC_000962 428698 . C T 1740.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=57;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=3.9627;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=400.785;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1931;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=3.0484;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=29;SAP=3.0484;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:371:0,371:0:0:371:12967:-1166.65,0 +NC_000962 432536 . C T 1243.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=42;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=13.1438;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=286.325;PAIRED=0.97619;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1381;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=10.4553;RPPR=0;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=10.4553;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:639:0,639:0:0:639:22516:-2025.56,0 +NC_000962 441823 . C T 3493.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=9.29206;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=804.518;PAIRED=0.991071;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3880;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=6.81038;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=50;SAP=5.80219;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:362:0,362:0:0:362:12441:-1119.53,0 +NC_000962 445780 . C T 5559.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=178;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=10.0371;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1280.12;PAIRED=0.988764;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6176;QR=0;RO=0;RPL=77;RPP=10.0371;RPPR=0;RPR=101;RUN=1;SAF=106;SAP=17.1127;SAR=72;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:446:0,446:0:0:446:15719:-1414.27,0 +NC_000962 454295 . T C 3518.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=18.3566;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=810.126;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3907;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=5.21827;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=90;SAP=70.9099;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:318:0,316:0:0:316:10590:-952.63,0 +NC_000962 454333 . T G 4157.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=139;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=3.02592;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=957.211;PAIRED=0.992806;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4617;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=4.90057;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=79;SAP=8.64988;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:358:0,358:0:0:358:11948:-1075.16,0 +NC_000962 456594 . T C 4504.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=147;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=8.34296;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1037.16;PAIRED=0.993197;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5003;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=3.14325;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=99;SAP=41.4321;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:426:1,425:1:22:425:14888:-1337.27,0 +NC_000962 457452 . T G 3790.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=129;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=4.37378;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=872.695;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4209;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=3.1618;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=78;SAP=15.2816;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:347:0,347:0:0:347:11934:-1073.85,0 +NC_000962 459399 . A C 2759 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=4.48875;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=635.284;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3063;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.84193;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=45;SAP=3.37991;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:322:0,322:0:0:322:11085:-997.457,0 +NC_000962 460413 . C T 5687.14 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=184;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=5.32339;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1309.51;PAIRED=0.983696;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6321;QR=0;RO=0;RPL=94;RPP=3.19912;RPPR=0;RPR=90;RUN=1;SAF=79;SAP=10.9881;SAR=105;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:495:0,495:0:0:495:17566:-1580.34,0 +NC_000962 465300 . C T 4181.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=135;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=962.78;PAIRED=0.985185;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4644;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=3.41242;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=94;SAP=48.193;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:422:0,422:0:0:422:14518:-1306.29,0 +NC_000962 467497 . CGGGTGA CGGGGTGA 2080.62 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1M1I6M;DP=77;DPB=87.2857;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=479.082;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2339;QR=27;RO=1;RPL=32;RPP=4.9405;RPPR=5.18177;RPR=40;RUN=1;SAF=32;SAP=4.9405;SAR=40;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:320:0,305:0:0:305:10131:-911.412,0 +NC_000962 467508 . CGC CGGC 2185.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=76;CIGAR=1M1I2M;DP=78;DPB=103.333;DPRA=0;EPP=10.3247;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=503.137;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2448;QR=20;RO=1;RPL=35;RPP=4.03889;RPPR=5.18177;RPR=41;RUN=1;SAF=35;SAP=4.03889;SAR=41;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:337:0,332:0:0:332:10857:-976.765,0 +NC_000962 467516 . G C 2865.72 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=14.4341;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=659.856;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3184;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.86001;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=48;SAP=3.38795;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:362:0,362:0:0:362:12247:-1102.07,0 +NC_000962 467526 . C G 2829.65 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=18.6264;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=651.551;PAIRED=0.989362;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3144;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=6.33681;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=45;SAP=3.37991;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:395:0,395:0:0:395:13662:-1229.28,0 +NC_000962 467546 . G C 2895.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=15.102;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=666.77;PAIRED=0.989474;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3215;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=3.58174;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=44;SAP=4.13032;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:440:0,440:0:0:440:15196:-1367.3,0 +NC_000962 467557 . A C 2923.62 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=7.44372;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=673.189;PAIRED=0.989583;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3246;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=5.27225;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=52;SAP=4.45795;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:460:0,460:0:0:460:16069:-1445.71,0 +NC_000962 467564 . A C 2742.81 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=8.49998;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=631.554;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3049;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=3.0347;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=47;SAP=3.62026;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:490:0,490:0:0:490:17151:-1543.06,0 +NC_000962 467585 . G C 2895.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=4.13032;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=666.766;PAIRED=0.989474;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3215;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.21602;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=51;SAP=4.13032;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:520:0,520:0:0:520:18412:-1656.45,0 +NC_000962 467590 . T C 2816.53 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=5.83555;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=648.53;PAIRED=0.978495;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3130;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=4.15441;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=49;SAP=3.59403;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:509:0,509:0:0:509:18083:-1626.86,0 +NC_000962 467621 . T G 3018.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=694.936;PAIRED=0.959596;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3351;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.03223;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=58;SAP=9.34924;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:517:0,517:0:0:517:18388:-1654.25,0 +NC_000962 467638 . G T 3054.97 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=3.03223;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=703.433;PAIRED=0.969697;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3392;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=55;SAP=5.66432;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:521:0,521:0:0:521:18891:-1699.45,0 +NC_000962 475178 . T C 2700.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=3.03416;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=621.815;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2998;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=7.04303;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=43;SAP=3.60686;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:479:0,479:0:0:479:16140:-1452.18,0 +NC_000962 477234 . T G 4197.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=4.03217;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=966.509;PAIRED=0.977941;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4662;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=6.13977;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=49;SAP=26.0662;SAR=87;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:369:0,369:0:0:369:12113:-1090.07,0 +NC_000962 483935 . T G 1706.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=58;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=15.1406;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=392.908;PAIRED=0.965517;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1893;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=8.40154;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=31;SAP=3.60933;SAR=27;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:608:0,608:0:0:608:21210:-1908.04,0 +NC_000962 484596 . C T 1445.53 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=47;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=10.8184;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=332.845;PAIRED=0.957447;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1603;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=3.42611;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=19;SAP=6.75262;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:762:0,762:0:0:762:26537:-2387.47,0 +NC_000962 485810 . CAAATG CAATG 406.718 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=14;CIGAR=1M1D4M;DP=15;DPB=12.5;DPRA=0;EPP=12.937;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=89.107;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=451;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:785:0,782:0:0:782:28208:-2537.11,0 +NC_000962 489935 . G C 2041.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=4.50892;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=470.092;PAIRED=0.985915;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2362;QR=93;RO=3;RPL=32;RPP=4.50892;RPPR=3.73412;RPR=39;RUN=1;SAF=55;SAP=49.5287;SAR=16;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:591:1,590:1:35:590:20901:-1876.78,0 +NC_000962 491742 . T C 2333.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=76;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=7.12467;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=537.303;PAIRED=0.973684;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2590;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.12459;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=49;SAP=16.8392;SAR=27;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:601:0,601:0:0:601:21130:-1900.91,0 +NC_000962 492150 . G C 3600.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=3.08391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=828.97;PAIRED=0.974576;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3998;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=3.08391;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=56;SAP=3.67278;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:434:0,434:0:0:434:14920:-1342.43,0 +NC_000962 497491 . G A 2965.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=3.37991;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=682.927;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3293;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=5.32038;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=51;SAP=4.48875;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:464:0,464:0:0:464:16618:-1494.96,0 +NC_000962 498531 . A G 3852.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=4.70676;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=887.023;PAIRED=0.992188;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4318;QR=36;RO=1;RPL=58;RPP=5.45321;RPPR=5.18177;RPR=70;RUN=1;SAF=53;SAP=11.2212;SAR=75;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:507:1,505:1:35:505:18022:-1617.76,0 +NC_000962 498557 . C A 3757.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=865.104;PAIRED=0.991935;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4208;QR=32;RO=1;RPL=58;RPP=4.13106;RPPR=5.18177;RPR=66;RUN=1;SAF=44;SAP=25.7057;SAR=80;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:476:0,475:0:0:475:16141:-1452.08,0 +NC_000962 502589 . C G 2929 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=5.32038;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=674.426;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3252;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.37991;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=61;SAP=21.1213;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:490:0,490:0:0:490:16108:-1449.45,0 +NC_000962 503354 . G C 4503.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=145;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=8.41652;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1036.94;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5002;QR=0;RO=0;RPL=88;RPP=17.4019;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=63;SAP=8.41652;SAR=82;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:597:0,597:0:0:597:21242:-1910.9,0 +NC_000962 505974 . G A 3588.45 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=6.67934;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=826.272;PAIRED=0.974138;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3985;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=5.70592;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=63;SAP=4.88226;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:482:0,482:0:0:482:16081:-1446.96,0 +NC_000962 507028 . GCCCCCCGGGGCCGCA GCCCCCGGGGCCGCA 2838.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1M1D14M;DP=103;DPB=97.125;DPRA=0;EPP=3.37221;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=653.612;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1.5;PQA=23;PQR=23;PRO=1.5;QA=3155;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=4.45795;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=66;SAP=32.3252;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:419:0,414:0:0:414:13732:-1235.33,0 +NC_000962 513257 . T C 4316.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=141;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=4.25774;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=993.85;PAIRED=0.978723;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4794;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=3.1489;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=71;SAP=3.0257;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:478:0,478:0:0:478:17100:-1538.33,0 +NC_000962 515527 . G A 3369.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=4.59489;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=775.935;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3742;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.18637;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=47;SAP=8.66395;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:390:0,390:0:0:390:13471:-1212.02,0 +NC_000962 517358 . T C 4511.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=149;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=3.02487;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1038.81;PAIRED=0.993289;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5011;QR=0;RO=0;RPL=80;RPP=4.77371;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=91;SAP=18.881;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:377:1,376:1:36:376:13061:-1171.57,0 +NC_000962 518987 . C T 3135.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=5.09825;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=721.876;PAIRED=0.980769;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3484;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.09382;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=48;SAP=4.34659;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:403:0,403:0:0:403:13318:-1198.48,0 +NC_000962 524891 . C A 3251.09 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=6.44001;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=748.591;PAIRED=0.971963;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3610;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=8.8753;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=44;SAP=10.3365;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:357:0,357:0:0:357:12557:-1129.78,0 +NC_000962 533547 . C G 4308.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=142;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=7.96493;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=992.002;PAIRED=0.985915;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4785;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=3.98899;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=77;SAP=5.21236;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:403:0,403:0:0:403:14222:-1279.53,0 +NC_000962 541201 . A G 1836.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=62;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=3.15039;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=422.946;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2038;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=5.25182;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=33;SAP=3.57068;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:660:0,660:0:0:660:23919:-2151.52,0 +NC_000962 542014 . C G 2004.18 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=66;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=6.30041;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=461.479;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2224;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=16.1707;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=47;SAP=28.8048;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:662:0,662:0:0:662:24086:-2166.5,0 +NC_000962 542514 . C G 3306.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=5.46589;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=761.435;PAIRED=0.981308;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3672;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=7.57648;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=63;SAP=10.3365;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:509:0,509:0:0:509:18276:-1644.14,0 +NC_000962 546357 . A G 2385.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=549.313;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2648;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=3.98746;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=31;SAP=11.8048;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:543:0,543:0:0:543:19215:-1728.61,0 +NC_000962 549363 . C G 2311.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=10.1372;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=532.329;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2566;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=42;SAP=4.01252;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:569:0,569:0:0:569:19887:-1789.12,0 +NC_000962 551044 . T C 2924.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=4.13032;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=673.39;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3247;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=11.2619;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=48;SAP=3.03316;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:470:0,470:0:0:470:16397:-1475.28,0 +NC_000962 551525 . A C 4223.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=139;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=20.0228;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=972.518;PAIRED=0.992806;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4691;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=3.40085;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=64;SAP=4.90057;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:470:0,470:0:0:470:16662:-1498.99,0 +NC_000962 555991 . A G 3401.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=783.198;PAIRED=0.974359;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3777;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=3.02886;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=55;SAP=3.91972;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:420:0,420:0:0:420:14957:-1345.6,0 +NC_000962 561776 . CC TT 2797.66 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=2X;DP=92;DPB=93.5;DPRA=0;EPP=3.86001;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=644.184;PAIRED=0.978261;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=100;PQR=0;PRO=0;QA=3006;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=5.3706;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=60;SAP=21.515;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:381:0,381:0:0:381:13675:-1257.49,0 +NC_000962 565655 . A G 2222.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=12.7819;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=511.817;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2470;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=6.02623;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=38;SAP=3.49285;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:639:0,639:0:0:639:22217:-1998.81,0 +NC_000962 572591 . C T 2924.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=11.4393;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=673.394;PAIRED=0.978495;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3247;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.59403;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=31;SAP=25.4488;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:450:0,450:0:0:450:15417:-1387.14,0 +NC_000962 573262 . A G 4594.31 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=152;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=8.7247;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1057.88;PAIRED=0.986842;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5103;QR=0;RO=0;RPL=80;RPP=3.9246;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=3.9246;SAR=80;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:430:0,430:0:0:430:15077:-1356.48,0 +NC_000962 575907 . C T 4295.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=138;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=3.07324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=989.084;PAIRED=0.963768;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4771;QR=0;RO=0;RPL=76;RPP=6.09442;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=74;SAP=4.58383;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:293:0,293:0:0:293:9587:-862.766,0 +NC_000962 580772 . TGGGGGCACCACCCGCTTGCGGGGGAG AGG 1477.13 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=50;CIGAR=1X1M24D1M;DP=52;DPB=6.66667;DPRA=0;EPP=3.18402;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=3;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=340.122;PAIRED=0.98;PAIREDR=1;PAO=0.5;PQA=16;PQR=16;PRO=0.5;QA=1669;QR=28;RO=1;RPL=13;RPP=28.0257;RPPR=5.18177;RPR=37;RUN=1;SAF=25;SAP=3.0103;SAR=25;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:73:3,70:3:106:70:2303:-215.982,0 +NC_000962 583171 . A C 6111.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=197;CIGAR=1X;DP=197;DPB=197;DPRA=0;EPP=6.9895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1407.32;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6790;QR=0;RO=0;RPL=107;RPP=6.19586;RPPR=0;RPR=90;RUN=1;SAF=98;SAP=3.02132;SAR=99;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:375:1,374:1:37:374:12865:-1153.84,0 +NC_000962 584171 . T C 3816.13 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=4.11327;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=878.697;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4238;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=4.73369;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=35;SAP=57.0558;SAR=91;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:408:0,408:0:0:408:14361:-1292.05,0 +NC_000962 590436 . T C 4242.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=139;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=3.02592;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=976.82;PAIRED=0.978417;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4751;QR=36;RO=1;RPL=67;RPP=3.40085;RPPR=5.18177;RPR=72;RUN=1;SAF=60;SAP=8.64988;SAR=79;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:518:0,518:0:0:518:17872:-1607.94,0 +NC_000962 597816 . A G 3289.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=14.3809;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=757.51;PAIRED=0.981818;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3653;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=8.06391;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=58;SAP=3.72096;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:696:1,695:1:29:695:25011:-2246.87,0 +NC_000962 598475 . G A 2114.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=3.29354;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=486.958;PAIRED=0.985507;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2347;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=5.55942;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=15;SAP=50.8771;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:550:0,550:0:0:550:18031:-1622.41,0 +NC_000962 599868 . A G 2361.35 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=77;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=37.5565;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=543.72;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2621;QR=0;RO=0;RPL=24;RPP=26.7273;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=60;SAP=55.1538;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:592:0,592:0:0:592:21315:-1917.4,0 +NC_000962 605150 . G A 3902.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=125;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=3.86152;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=898.563;PAIRED=0.984;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4334;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=10.6713;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=67;SAP=4.41741;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:489:0,489:0:0:489:17078:-1536.52,0 +NC_000962 610120 . T G 2531.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=84;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=3.42391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=582.877;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2810;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.42391;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=48;SAP=6.73282;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:411:0,411:0:0:411:14382:-1294.01,0 +NC_000962 611048 . T G 3277.19 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=3.19295;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=754.601;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3639;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=25.1106;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=53;SAP=3.03059;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:543:0,542:0:0:542:19346:-1740.09,0 +NC_000962 618480 . A G 3142.27 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=3.20004;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=723.534;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3529;QR=36;RO=1;RPL=52;RPP=3.03138;RPPR=5.18177;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=3.03138;SAR=52;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:498:1,497:1:35:497:17597:-1579.5,0 +NC_000962 620625 . A G 3357.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=3.98647;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=773.031;PAIRED=0.990826;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3731;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=6.37708;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=59;SAP=4.62396;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:357:0,357:0:0:357:12333:-1109.74,0 +NC_000962 621598 . C T 4536.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=145;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=6.37983;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1044.6;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5039;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=3.38469;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=82;SAP=8.41652;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:430:0,430:0:0:430:15056:-1354.55,0 +NC_000962 623472 . A G 313.536 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=72.1944;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=345;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=3.20771;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=9;SAP=12.6832;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:239:0,239:0:0:239:7996:-719.647,0 +NC_000962 623508 . C G 8111.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=258;CIGAR=1X;DP=258;DPB=258;DPRA=0;EPP=17.8571;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1867.76;PAIRED=0.569767;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9014;QR=0;RO=0;RPL=130;RPP=3.04397;RPPR=0;RPR=128;RUN=1;SAF=132;SAP=3.3133;SAR=126;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:258:0,258:0:0:258:9014:-811.159,0 +NC_000962 627485 . G A 4144.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=134;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=4.04742;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=954.288;PAIRED=0.977612;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4603;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=4.04742;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=64;SAP=3.59368;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:293:0,293:0:0:293:10268:-923.892,0 +NC_000962 628864 . T C 4567.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=147;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=4.20683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1051.65;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5073;QR=0;RO=0;RPL=77;RPP=3.73412;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=75;SAP=3.14325;SAR=72;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:500:0,500:0:0:500:17354:-1561.38,0 +NC_000962 630722 . G C 4775.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=157;CIGAR=1X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=4.13061;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1099.59;PAIRED=0.974522;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5340;QR=32;RO=1;RPL=92;RPP=13.0931;RPPR=5.18177;RPR=65;RUN=1;SAF=71;SAP=6.12228;SAR=86;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:310:0,310:0:0:310:10660:-959.188,0 +NC_000962 637319 . G A 3913.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=125;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=4.41741;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=901.048;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4346;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=3.86152;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=43;SAP=29.4328;SAR=82;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:533:0,533:0:0:533:19054:-1714.13,0 +NC_000962 640954 . A G 3636.13 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=5.66023;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=837.249;PAIRED=0.991525;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4038;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=4.85053;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=57;SAP=3.30474;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:451:0,451:0:0:451:15968:-1436.63,0 +NC_000962 648002 . T G 2665.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=613.733;PAIRED=0.988636;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2959;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=11.0053;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=45;SAP=3.109;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:637:0,637:0:0:637:22808:-2051.75,0 +NC_000962 648856 . T C 3293.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=108;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=8.15749;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=758.343;PAIRED=0.990741;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3657;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.09072;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=57;SAP=3.73412;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:431:0,431:0:0:431:14908:-1341.39,0 +NC_000962 655986 . T G 3410.35 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=4.2737;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=785.263;PAIRED=0.990909;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3787;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=9.40627;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=51;SAP=4.2737;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:540:0,540:0:0:540:18850:-1695.91,0 +NC_000962 657081 . C T 2670.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=86;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=15.2311;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=614.98;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2965;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.1113;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=50;SAP=7.95924;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:548:0,548:0:0:548:18560:-1669.92,0 +NC_000962 657142 . C T 1976.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=66;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=25.2514;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=455.057;PAIRED=0.984848;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2196;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=3.53672;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=35;SAP=3.53672;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:549:0,549:0:0:549:19854:-1785.95,0 +NC_000962 658644 . C A 3548.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=3.18024;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=817.158;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3941;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=3.93554;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=64;SAP=6.20142;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:479:0,479:0:0:479:16388:-1474.51,0 +NC_000962 659341 . T C 2926.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=3.8246;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=673.813;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3249;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.8246;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=60;SAP=16.0391;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:431:0,431:0:0:431:15267:-1373.49,0 +NC_000962 662911 . T C 3971.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=129;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=4.37378;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=914.524;PAIRED=0.992248;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4411;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=10.4337;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=70;SAP=5.04711;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:473:0,473:0:0:473:15945:-1434.66,0 +NC_000962 665293 . A G 2372.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=3.03779;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=546.202;PAIRED=0.974684;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2633;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=10.954;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=46;SAP=7.6556;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:561:0,561:0:0:561:19219:-1729.25,0 +NC_000962 669033 . T A 4100.37 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=133;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=14.9126;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=944.145;PAIRED=0.984962;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4554;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=3.02663;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=72;SAP=4.98585;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:418:0,418:0:0:418:14628:-1316.12,0 +NC_000962 669398 . T C 2683.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=4.52089;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=617.885;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2979;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=10.6577;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=33;SAP=18.9659;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:402:0,402:0:0:402:14383:-1293.98,0 +NC_000962 670545 . G A 4420.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=142;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=3.98899;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1017.88;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4910;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=3.25497;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=78;SAP=6.00754;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:279:0,279:0:0:279:9012:-811.078,0 +NC_000962 671385 . C G 3498.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=3.91972;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=805.651;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3953;QR=64;RO=2;RPL=56;RPP=3.47429;RPPR=7.35324;RPR=61;RUN=1;SAF=57;SAP=3.17734;SAR=60;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:462:0,462:0:0:462:15948:-1434.9,0 +NC_000962 672491 . C G 670.909 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=4.58955;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=154.483;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=742;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=6.56362;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=13;SAP=4.58955;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:210:0,210:0:0:210:7060:-635.413,0 +NC_000962 672512 . ACCGGTGCCGCCGGTGCCGCCGGTGCCGC ACCGGTGCCGCCGGTGCCGC 1587.53 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=60;CIGAR=1M9D19M;DP=63;DPB=48.3448;DPRA=0;EPP=5.32654;EPPR=0;GTI=0;LEN=9;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=365.541;PAIRED=0.783333;PAIREDR=0;PAO=19.5;PQA=66;PQR=66;PRO=19.5;QA=1764;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=5.32654;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:63:0,60:0:0:60:1764:-158.753,0 +NC_000962 672721 . TGCCGCCGCCGCCGCCGGCGCCGCCGGT TGCCGCCGCCGCCGCCGCCGGCGCCGCCGGT 2234.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=77;CIGAR=1M3I27M;DP=80;DPB=89.5714;DPRA=0;EPP=4.39215;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=514.58;PAIRED=0.909091;PAIREDR=1;PAO=4.5;PQA=102;PQR=23;PRO=1.5;QA=2499;QR=94;RO=3;RPL=42;RPP=4.39215;RPPR=3.73412;RPR=35;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:80:3,77:3:94:77:2499:-223.479,0 +NC_000962 673238 . A G 816.724 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=26;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=11.3621;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=188.058;PAIRED=0.961538;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=904;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=11.3621;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:232:0,232:0:0:232:8274:-744.518,0 +NC_000962 673564 . C T 599.031 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=22.325;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=137.932;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=662;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=22.325;RPPR=0;RPR=16;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:119:0,119:0:0:119:3749:-337.592,0 +NC_000962 677500 . T G 11997.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=382;CIGAR=1X;DP=382;DPB=382;DPRA=0;EPP=9.58156;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2762.62;PAIRED=0.866492;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13335;QR=0;RO=0;RPL=210;RPP=11.2187;RPPR=0;RPR=172;RUN=1;SAF=206;SAP=8.12633;SAR=176;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:382:0,382:0:0:382:13335:-1199.79,0 +NC_000962 683829 . C T 3614.03 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=120;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=8.87328;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=832.16;PAIRED=0.983333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4049;QR=32;RO=1;RPL=57;RPP=3.66174;RPPR=5.18177;RPR=63;RUN=1;SAF=62;SAP=3.29983;SAR=58;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:481:0,481:0:0:481:17003:-1529.68,0 +NC_000962 685461 . C G 3920.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=130;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=3.07711;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=902.672;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4356;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=5.41562;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=69;SAP=4.07933;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:514:0,514:0:0:514:17845:-1605.45,0 +NC_000962 685608 . T C 3072.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=3.7767;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=707.579;PAIRED=0.980392;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3412;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=7.18293;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=40;SAP=13.3141;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:558:0,558:0:0:558:19767:-1778.31,0 +NC_000962 686264 . G A 3242.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=3.33807;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=746.585;PAIRED=0.981132;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3603;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=8.25461;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=38;SAP=21.4473;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:543:0,542:0:0:542:19181:-1725.36,0 +NC_000962 686972 . T C 1530.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=51;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=4.07475;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=352.518;PAIRED=0.960784;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1698;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=3.05288;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=17;SAP=15.3153;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:536:0,536:0:0:536:19065:-1715.06,0 +NC_000962 688792 . TGGGGCGGA TGGGGGCGGA 1836.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=61;CIGAR=1M1I8M;DP=61;DPB=67.7778;DPRA=0;EPP=13.2981;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=422.962;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2038;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=7.31765;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=30;SAP=3.0459;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:438:0,419:0:0:419:14354:-1291.15,0 +NC_000962 690450 . A C 4711.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=154;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=9.83493;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1084.8;PAIRED=0.993506;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5233;QR=0;RO=0;RPL=88;RPP=9.83493;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=60;SAP=19.3104;SAR=94;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:442:0,442:0:0:442:15143:-1362.53,0 +NC_000962 690465 . T G 4518.72 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=149;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=3.72441;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1040.47;PAIRED=0.993289;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5022;QR=0;RO=0;RPL=83;RPP=7.22208;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=56;SAP=22.9616;SAR=93;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:436:0,436:0:0:436:15669:-1409.62,0 +NC_000962 694531 . A G 3085.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=3.79203;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=710.474;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3426;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=7.26639;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=46;SAP=4.40004;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:376:0,376:0:0:376:12491:-1123.97,0 +NC_000962 696917 . G T 3960.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=7.42218;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=912.021;PAIRED=0.992063;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4399;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=4.11327;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=52;SAP=11.3515;SAR=74;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:596:0,596:0:0:596:21259:-1912.43,0 +NC_000962 698968 . G A 4889.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=158;CIGAR=1X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=3.88988;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1125.81;PAIRED=0.981013;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5431;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=4.38465;RPPR=0;RPR=84;RUN=1;SAF=71;SAP=6.52863;SAR=87;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:410:0,410:0:0:410:13495:-1214.31,0 +NC_000962 699840 . A C 3377.45 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=3.70827;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=777.687;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3786;QR=32;RO=1;RPL=47;RPP=9.29206;RPPR=5.18177;RPR=65;RUN=1;SAF=56;SAP=3.0103;SAR=56;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:426:0,426:0:0:426:15498:-1394.17,0 +NC_000962 705206 . T G 5046.72 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=163;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=11.3365;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1162.05;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5606;QR=0;RO=0;RPL=92;RPP=8.88527;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=93;SAP=10.0576;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:394:0,394:0:0:394:13913:-1251.79,0 +NC_000962 707334 . T C 5411.03 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=174;CIGAR=1X;DP=174;DPB=174;DPRA=0;EPP=17.4369;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1245.94;PAIRED=0.994253;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6011;QR=0;RO=0;RPL=81;RPP=4.80738;RPPR=0;RPR=93;RUN=1;SAF=75;SAP=10.1986;SAR=99;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:410:0,409:0:0:409:14263:-1282.97,0 +NC_000962 712693 . A G 3645.15 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=120;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=7.64277;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=839.328;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4048;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=3.08268;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=73;SAP=15.2429;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:349:0,349:0:0:349:12063:-1085.38,0 +NC_000962 713310 . T C 5409.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=176;CIGAR=1X;DP=176;DPB=176;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1245.55;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6009;QR=0;RO=0;RPL=93;RPP=4.24409;RPPR=0;RPR=83;RUN=1;SAF=89;SAP=3.05965;SAR=87;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:374:1,373:1:29:373:13241:-1188.39,0 +NC_000962 721373 . T G 4438.65 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=146;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=5.15203;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1022.04;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4930;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=3.06979;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=57;SAP=18.2404;SAR=89;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:450:0,450:0:0:450:15864:-1427.25,0 +NC_000962 725190 . G A 1538.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=49;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=40.2799;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=354.189;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1706;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=18;SAP=10.4997;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:385:0,385:0:0:385:13084:-1177.28,0 +NC_000962 731014 . TA TG 2141.37 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=68;CIGAR=1M1X;DP=71;DPB=73;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=493.069;PAIRED=0.970588;PAIREDR=1;PAO=4;PQA=132;PQR=0;PRO=0;QA=2318;QR=70;RO=2;RPL=31;RPP=4.1599;RPPR=7.35324;RPR=37;RUN=1;SAF=39;SAP=6.20364;SAR=29;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:71:2,68:2:70:68:2318:-214.137,0 +NC_000962 731015 . A G 15665.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=502;CIGAR=1X;DP=502;DPB=502;DPRA=0;EPP=29.3275;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3607.11;PAIRED=0.868526;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17412;QR=0;RO=0;RPL=280;RPP=17.5618;RPPR=0;RPR=222;RUN=1;SAF=216;SAP=24.2059;SAR=286;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:502:0,502:0:0:502:17412:-1566.55,0 +NC_000962 732491 . T C 2538.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=3.24576;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=584.529;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2818;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=5.12945;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=40;SAP=3.24576;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:479:0,479:0:0:479:16634:-1496.56,0 +NC_000962 738522 . T G 3327.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=3.51765;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=766.199;PAIRED=0.990654;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3695;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.03059;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=59;SAP=5.46589;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:531:0,531:0:0:531:18739:-1685.83,0 +NC_000962 754186 . A G 1889.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=62;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=11.9764;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=434.971;PAIRED=0.967742;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2096;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=6.51267;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=33;SAP=3.57068;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:303:0,303:0:0:303:10553:-949.578,0 +NC_000962 757139 . C A 2930.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=3.09893;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=674.842;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3254;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=57;SAP=8.68272;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:466:0,466:0:0:466:15956:-1435.66,0 +NC_000962 757182 . A G 2748.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=90;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=632.795;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3051;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=6.48466;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=48;SAP=3.87889;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:438:0,438:0:0:438:15395:-1385.06,0 +NC_000962 763031 . T C 3248.18 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=3.51765;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=747.921;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3609;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=4.65412;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=32;SAP=40.5342;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:475:0,475:0:0:475:17017:-1530.82,0 +NC_000962 767414 . G A 2144.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=10.0912;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=493.8;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2380;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=14.3712;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=45;SAP=16.8888;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:511:0,510:0:0:510:18140:-1631.67,0 +NC_000962 773497 . C A 3553.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=8.97265;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=818.281;PAIRED=0.991525;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3950;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=7.72129;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=65;SAP=5.66023;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:499:0,499:0:0:499:17531:-1577.11,0 +NC_000962 773651 . TGGGGGGTGCC TGGGGGTGCC 9270.02 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=342;CIGAR=1M1D9M;DP=343;DPB=312.727;DPRA=0;EPP=18.8836;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2134.5;PAIRED=0.918129;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=57.5;PQR=57.5;PRO=3;QA=10304;QR=0;RO=0;RPL=170;RPP=3.0357;RPPR=0;RPR=172;RUN=1;SAF=156;SAP=8.7247;SAR=186;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:343:0,342:0:0:342:10304:-927.002,0 +NC_000962 775639 . T C 3588.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=19.5724;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=826.277;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3985;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=17.4377;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=33;SAP=52.7701;SAR=85;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:447:0,447:0:0:447:15514:-1395.76,0 +NC_000962 776100 . G A 2834.57 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=652.683;PAIRED=0.978261;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3147;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=9.05266;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=34;SAP=16.6056;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:462:0,462:0:0:462:16117:-1450.03,0 +NC_000962 776182 . C T 2206.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=5.41974;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=508.085;PAIRED=0.958904;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2449;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=4.46786;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=35;SAP=3.27802;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:668:1,667:1:29:667:23336:-2096.58,0 +NC_000962 779615 . G C 3890.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=3.84811;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=895.876;PAIRED=0.992126;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4321;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=9.18275;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=65;SAP=3.16418;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:480:0,480:0:0:480:16557:-1489.67,0 +NC_000962 780630 . C A 3067.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=5.22609;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=706.328;PAIRED=0.989796;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3406;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=3.80798;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=48;SAP=3.09893;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:98:0,98:0:0:98:3406:-306.754,0 +NC_000962 781301 . C T 3481.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=4.56684;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=801.623;PAIRED=0.99115;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3906;QR=36;RO=1;RPL=46;RPP=11.4848;RPPR=5.18177;RPR=67;RUN=1;SAF=47;SAP=9.94748;SAR=66;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:484:0,484:0:0:484:16727:-1504.94,0 +NC_000962 781395 . T C 2911.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=3.56996;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=670.294;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3232;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=11.0918;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=41;SAP=8.04722;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:384:0,384:0:0:384:13182:-1186.06,0 +NC_000962 786965 . C T 3500.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=7.97367;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=805.965;PAIRED=0.991071;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3887;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.32051;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=3.32051;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:493:0,493:0:0:493:16922:-1522.47,0 +NC_000962 791249 . C T 3175.57 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=3.35092;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=731.203;PAIRED=0.970588;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3526;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=5.13919;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=37;SAP=19.7008;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:544:0,544:0:0:544:18097:-1628.25,0 +NC_000962 797736 . C T 2985.68 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=3.55865;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=687.479;PAIRED=0.979798;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3315;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=10.9285;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=45;SAP=4.78696;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:586:0,586:0:0:586:20556:-1849.2,0 +NC_000962 798355 . G C 2395.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=10.954;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=551.595;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2659;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=15.1321;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=30;SAP=12.9331;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:642:0,642:0:0:642:22552:-2028.76,0 +NC_000962 799666 . A G 3215.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=8.8753;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=740.309;PAIRED=0.990654;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3570;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=5.46589;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=65;SAP=13.7459;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:470:0,470:0:0:470:16239:-1461.06,0 +NC_000962 811753 . C T 2477.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=82;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=3.11623;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=570.445;PAIRED=0.987805;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2750;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=9.78953;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=41;SAP=3.0103;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:586:0,586:0:0:586:21255:-1912,0 +NC_000962 820483 . G T 3853.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=9.90386;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=887.377;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4280;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=18.5208;RPPR=0;RPR=78;RUN=1;SAF=85;SAP=36.3751;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:422:0,422:0:0:422:14630:-1316.26,0 +NC_000962 820752 . C T 4948.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=160;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=3.49888;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1139.49;PAIRED=0.99375;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5500;QR=0;RO=0;RPL=84;RPP=3.87889;RPPR=0;RPR=76;RUN=1;SAF=85;SAP=4.36747;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:426:0,425:0:0:425:14802:-1331.57,0 +NC_000962 830868 . GGCGCGCGCGT GGCGCGCGCGCGT 2461.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=86;CIGAR=1M2I10M;DP=92;DPB=108;DPRA=0;EPP=13.1102;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=2;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=566.822;PAIRED=0.988372;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2771;QR=35;RO=1;RPL=44;RPP=3.1113;RPPR=5.18177;RPR=42;RUN=1;SAF=27;SAP=28.866;SAR=59;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:356:1,342:1:26:342:11578:-1039.16,0 +NC_000962 835611 . C T 4471.02 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=147;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=4.7977;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1029.49;PAIRED=0.952381;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4966;QR=0;RO=0;RPL=76;RPP=3.3796;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=84;SAP=9.52472;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:487:0,487:0:0:487:17786:-1599.95,0 +NC_000962 835905 . G A 3059.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=4.08507;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=704.467;PAIRED=0.79798;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3397;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=5.66432;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=46;SAP=4.08507;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:396:0,396:0:0:396:13719:-1234.32,0 +NC_000962 837033 . A G 1552.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=50;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=4.57376;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=357.497;PAIRED=0.64;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1722;QR=0;RO=0;RPL=24;RPP=3.18402;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=6;SAP=65.7224;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:299:0,299:0:0:299:10165:-914.686,0 +NC_000962 838990 . C G 5059.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=166;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=41.155;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1165.07;PAIRED=0.885542;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5621;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=26.0855;RPPR=0;RPR=104;RUN=1;SAF=50;SAP=59.9918;SAR=116;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:166:0,166:0:0:166:5621:-505.982,0 +NC_000962 839123 . A G 3390 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=28.5942;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=780.577;PAIRED=0.872727;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3765;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=12.5648;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=45;SAP=10.9066;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:110:0,110:0:0:110:3765:-339,0 +NC_000962 839129 . C G 3859.68 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=129;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=15.2816;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=888.724;PAIRED=0.860465;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4287;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=7.87507;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=62;SAP=3.43113;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:129:0,129:0:0:129:4287:-385.968,0 +NC_000962 839194 . A G 4232.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=140;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=70.5741;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=974.637;PAIRED=0.792857;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4734;QR=29;RO=1;RPL=63;RPP=6.05036;RPPR=5.18177;RPR=77;RUN=1;SAF=52;SAP=23.1119;SAR=88;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:141:1,140:1:29:140:4734:-423.28,0 +NC_000962 839334 . A G 8246.35 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=269;CIGAR=1X;DP=269;DPB=269;DPRA=0;EPP=20.8422;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1898.79;PAIRED=0.903346;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9163;QR=0;RO=0;RPL=126;RPP=5.34322;RPPR=0;RPR=143;RUN=1;SAF=168;SAP=39.2473;SAR=101;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:269:0,269:0:0:269:9163:-824.635,0 +NC_000962 839348 . A G 7722.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=262;CIGAR=1X;DP=262;DPB=262;DPRA=0;EPP=9.50814;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1778.13;PAIRED=0.89313;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8581;QR=0;RO=0;RPL=110;RPP=17.6304;RPPR=0;RPR=152;RUN=1;SAF=169;SAP=50.8821;SAR=93;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:262:0,262:0:0:262:8581:-772.232,0 +NC_000962 839977 . C T 626.895 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=144.348;PAIRED=0.95;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=693;QR=0;RO=0;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:20:0,20:0:0:20:693:-62.6895,0 +NC_000962 840016 . GGC AAG 339.648 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=10;CIGAR=3X;DP=10;DPB=10.6667;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=78.2068;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=56;PQR=0;PRO=0;QA=318;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:10:0,10:0:0:10:318:-33.9648,0 +NC_000962 840496 . C G 3439 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=9.82684;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=791.859;PAIRED=0.86087;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3819;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=3.93554;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=28;SAP=68.7398;SAR=87;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:115:0,115:0:0:115:3819:-343.9,0 +NC_000962 840794 . AG GC 687.863 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=24;CIGAR=2X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=6.26751;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=158.386;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=761;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=6.26751;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=22;SAP=39.2015;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:166:0,166:0:0:166:5283:-478.604,0 +NC_000962 841764 . G C 3306.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=23.2247;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=761.432;PAIRED=0.981818;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3672;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=4.98437;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=53;SAP=3.32615;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:514:1,513:1:27:513:18147:-1629.83,0 +NC_000962 842030 . C T 2243.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=4.9405;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=516.584;PAIRED=0.986111;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2490;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=4.9405;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=28;SAP=10.7311;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:264:0,264:0:0:264:9396:-845.424,0 +NC_000962 842051 . G A 2318.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=8.03741;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=533.91;PAIRED=0.945205;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2574;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=161.528;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=8.03741;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:73:0,73:0:0:73:2574:-231.874,0 +NC_000962 842056 . CGT TTA 1710.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=48;CIGAR=3X;DP=48;DPB=50;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=393.902;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=6;PQA=163;PQR=0;PRO=0;QA=1735;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=107.241;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=3.0103;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:48:0,48:0:0:48:1735:-171.069,0 +NC_000962 842063 . CAC GAG 1489.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=47;CIGAR=1X1M1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=3.0565;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=343.028;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1655;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=105.07;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=3.0565;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:48:0,47:0:0:47:1655:-148.975,0 +NC_000962 847995 . T C 2019.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=68;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=6.20364;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=464.999;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2241;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=33;SAP=3.13803;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:495:0,495:0:0:495:17540:-1578.01,0 +NC_000962 852910 . C T 4556.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=148;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=6.76636;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1049.16;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5061;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=4.47751;RPPR=0;RPR=79;RUN=1;SAF=63;SAP=10.1116;SAR=85;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:450:1,449:1:22:449:16067:-1443.17,0 +NC_000962 854252 . GCCCCCCCCCAGG GCCCCCCCAGG 14536.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=500;CIGAR=1M2D10M;DP=504;DPB=427.308;DPRA=0;EPP=12.2;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3347.18;PAIRED=0.91;PAIREDR=0;PAO=4.5;PQA=94;PQR=94;PRO=4.5;QA=16158;QR=0;RO=0;RPL=283;RPP=21.9282;RPPR=0;RPR=217;RUN=1;SAF=234;SAP=7.45748;SAR=266;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:504:0,500:0:0:500:16158:-1453.66,0 +NC_000962 854252 . GCCCCCCCCCAGG GCCCCCCCCAGG 819.136 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=29;CIGAR=1M1D11M;DP=32;DPB=29.7692;DPRA=0;EPP=12.0706;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=188.613;PAIRED=1;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=999;QR=89;RO=3;RPL=12;RPP=4.88226;RPPR=3.73412;RPR=17;RUN=1;SAF=18;SAP=6.67934;SAR=11;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:32:3,29:3:89:29:999:-81.9136,0 +NC_000962 857696 . A G 3263.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=3.1896;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=751.397;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3626;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=3.98647;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=59;SAP=4.62396;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:543:0,543:0:0:543:19034:-1712.41,0 +NC_000962 861216 . T G 3470.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=6.2579;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=799.136;PAIRED=0.99115;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3854;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=7.33403;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=50;SAP=6.2579;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:478:0,478:0:0:478:16098:-1448.49,0 +NC_000962 866051 . G A 2802.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=12.4515;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=645.222;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3111;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=6.40913;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=40;SAP=6.40913;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:525:0,525:0:0:525:18598:-1673.17,0 +NC_000962 874835 . CCA CCGCA 1769.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1M2I2M;DP=66;DPB=109.333;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=2;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=407.404;PAIRED=0.984127;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1987;QR=21;RO=1;RPL=28;RPP=4.69922;RPPR=5.18177;RPR=35;RUN=1;SAF=38;SAP=8.83536;SAR=25;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:552:0,542:0:0:542:18574:-1670.82,0 +NC_000962 876141 . G T 2038.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=66;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=7.74806;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=469.362;PAIRED=0.969697;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2262;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=3.53672;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=38;SAP=6.30041;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:561:0,561:0:0:561:19967:-1796.22,0 +NC_000962 880562 . G T 3099.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=3.0318;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=713.58;PAIRED=0.970297;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3441;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=5.61177;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=48;SAP=3.54779;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:465:0,465:0:0:465:16545:-1488.43,0 +NC_000962 882257 . T C 4868.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=159;CIGAR=1X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=5.31834;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1121.05;PAIRED=0.987421;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5408;QR=0;RO=0;RPL=87;RPP=6.08314;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=70;SAP=7.9405;SAR=89;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:469:0,469:0:0:469:16365:-1472.41,0 +NC_000962 888992 . AACCTCAACACCCCCTCAAGTGAAGGAGGT AT 685.999 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=30;CIGAR=1M28D1M;DP=31;DPB=3.26667;DPRA=0;EPP=3.29983;EPPR=0;GTI=0;LEN=28;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=157.957;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=119;PRO=8;QA=880;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=44.7026;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=15;SAP=3.0103;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:47:0,44:0:0:44:1195:-112.807,0 +NC_000962 892416 . C T 1894.47 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=61;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=5.89373;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=436.218;PAIRED=0.983607;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2102;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=11.0198;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=29;SAP=3.33068;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:623:0,623:0:0:623:21129:-1901.01,0 +NC_000962 893733 . T G 4038.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=135;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=7.65886;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=929.875;PAIRED=0.985185;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4485;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=13.0634;RPPR=0;RPR=80;RUN=1;SAF=73;SAP=4.95658;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:327:0,327:0:0:327:10837:-975.177,0 +NC_000962 900221 . T C 3138.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=7.18293;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=722.699;PAIRED=0.990196;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3485;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=6.07591;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=6.07591;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:502:0,502:0:0:502:16540:-1488.23,0 +NC_000962 903537 . G T 3521.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=6.74371;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=810.943;PAIRED=0.982456;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3911;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=4.22937;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=51;SAP=5.75321;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:504:0,504:0:0:504:17464:-1571.22,0 +NC_000962 903550 . T C 3383.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=5.85295;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=779.049;PAIRED=0.990909;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3757;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.32615;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=54;SAP=3.08926;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:449:0,449:0:0:449:15372:-1383.13,0 +NC_000962 903913 . T C 3881.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=5.8999;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=893.804;PAIRED=0.984252;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4311;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=3.0274;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=69;SAP=5.07918;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:409:0,409:0:0:409:14257:-1282.7,0 +NC_000962 906857 . A G 4267.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=139;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=6.52527;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=982.682;PAIRED=0.985612;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4740;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=4.27569;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=60;SAP=8.64988;SAR=79;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:427:0,427:0:0:427:14824:-1333.72,0 +NC_000962 908186 . T C 3196.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=105;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=3.19643;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=735.955;PAIRED=0.990476;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3549;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=10.476;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=47;SAP=5.51266;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:394:0,394:0:0:394:13740:-1236.17,0 +NC_000962 916685 . CGGAGC CGA 3953.81 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1M3D1M1X;DP=140;DPB=71.5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=3;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=910.398;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=1;PQA=32;PQR=0;PRO=0;QA=4422;QR=60;RO=2;RPL=74;RPP=5.30951;RPPR=7.35324;RPR=62;RUN=1;SAF=70;SAP=3.26577;SAR=66;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:420:0,409:0:0:409:13962:-1297.82,0 +NC_000962 919351 . A C 3660.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=120;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=3.08268;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=842.842;PAIRED=0.991667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4065;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=10.2485;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=63;SAP=3.66174;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:557:1,556:1:39:556:19849:-1781.72,0 +NC_000962 921813 . C G 2048.27 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=67;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=3.30199;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=471.632;PAIRED=0.985075;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2273;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=38.3048;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=35;SAP=3.30199;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:238:0,238:0:0:238:7963:-716.675,0 +NC_000962 925453 . C T 676.137 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=25;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=3.79203;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=155.686;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=788;QR=36;RO=1;RPL=15;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=10;RUN=1;SAF=7;SAP=13.5202;SAR=18;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:295:0,295:0:0:295:10008:-900.594,0 +NC_000962 927110 . A G 6199.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=201;CIGAR=1X;DP=201;DPB=201;DPRA=0;EPP=17.8001;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1427.46;PAIRED=0.761194;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6888;QR=0;RO=0;RPL=82;RPP=17.8001;RPPR=0;RPR=119;RUN=1;SAF=85;SAP=13.3923;SAR=116;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:201:0,201:0:0:201:6888:-619.938,0 +NC_000962 927385 . A G 345.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=79.5128;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=380;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:177:0,177:0:0:177:5979:-538.197,0 +NC_000962 931123 . T C 2868.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=4.13032;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=660.556;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3185;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=4.13032;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=38;SAP=11.2619;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:536:0,536:0:0:536:19168:-1724.33,0 +NC_000962 932280 . T C 3716.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=121;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=7.04816;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=855.686;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4127;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=3.45895;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=67;SAP=6.04318;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:411:1,410:1:41:410:13474:-1208.36,0 +NC_000962 934230 . C G 4149.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=3.07417;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=955.533;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4649;QR=36;RO=1;RPL=77;RPP=8.18351;RPPR=5.18177;RPR=59;RUN=1;SAF=94;SAP=46.1843;SAR=42;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:527:0,527:0:0:527:18375:-1653.14,0 +NC_000962 934611 . G T 4065.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=132;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=3.60252;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=936.171;PAIRED=0.984848;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4518;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=7.22164;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=49;SAP=22.0271;SAR=83;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:473:0,473:0:0:473:16280:-1464.68,0 +NC_000962 940602 . C G 4214.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=140;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=4.56135;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=970.455;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4681;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=4.00297;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=59;SAP=10.5174;SAR=81;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:467:0,467:0:0:467:16167:-1454.56,0 +NC_000962 940748 . T G 4119.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=139;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=7.52509;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=948.527;PAIRED=0.971223;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4683;QR=104;RO=3;RPL=70;RPP=3.02592;RPPR=9.52472;RPR=69;RUN=1;SAF=58;SAP=11.2744;SAR=81;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:411:0,411:0:0:411:14439:-1299.13,0 +NC_000962 941845 . C A 2642.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=7.22845;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=608.412;PAIRED=0.988506;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2936;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=3.63429;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=50;SAP=7.22845;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:479:0,479:0:0:479:16187:-1456.43,0 +NC_000962 945214 . G A 2768.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=90;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=14.688;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=637.558;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3074;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=14.688;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=62;SAP=30.9017;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:502:0,502:0:0:502:18043:-1623.18,0 +NC_000962 949535 . T C 4789.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=155;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=9.18849;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1102.82;PAIRED=0.987097;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5320;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=7.05905;RPPR=0;RPR=86;RUN=1;SAF=67;SAP=9.18849;SAR=88;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:421:0,421:0:0:421:14829:-1334.2,0 +NC_000962 951702 . C T 3453.71 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=795.245;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3865;QR=27;RO=1;RPL=59;RPP=3.70827;RPPR=5.18177;RPR=53;RUN=1;SAF=75;SAP=31.0068;SAR=37;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:593:1,592:1:33:592:19988:-1795.04,0 +NC_000962 954101 . C T 4247.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=3.40655;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=978.113;PAIRED=0.978102;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4718;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=3.78696;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=77;SAP=7.591;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:455:0,455:0:0:455:14955:-1345.73,0 +NC_000962 954468 . C G 4141.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=133;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=3.15724;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=953.682;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4603;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=5.76954;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=72;SAP=4.98585;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:320:0,320:0:0:320:10784:-970.454,0 +NC_000962 955524 . A G 3961.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=130;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=5.41562;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=912.132;PAIRED=0.992308;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4403;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=8.42228;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=67;SAP=3.27756;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:472:0,472:0:0:472:16538:-1487.89,0 +NC_000962 957117 . T C 3583.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=19.5724;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=825.026;PAIRED=0.983051;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3979;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=17.4377;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=55;SAP=4.18805;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:441:0,441:0:0:441:14871:-1338.05,0 +NC_000962 960367 . A G 4585.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=150;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=5.09491;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1055.8;PAIRED=0.986667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5093;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=3.53145;RPPR=0;RPR=78;RUN=1;SAF=87;SAP=11.3488;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:419:0,419:0:0:419:14931:-1343.29,0 +NC_000962 969762 . C G 1514.99 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=49;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=348.84;PAIRED=0.918367;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1683;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:228:0,228:0:0:228:7706:-693.567,0 +NC_000962 972980 . C T 4964.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=162;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=5.63751;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1143.21;PAIRED=0.975309;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5515;QR=0;RO=0;RPL=91;RPP=8.37196;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=77;SAP=3.86817;SAR=85;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:395:0,395:0:0:395:14300:-1286.44,0 +NC_000962 979704 . G C 3119.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=7.18293;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=718.233;PAIRED=0.990196;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3499;QR=32;RO=1;RPL=49;RPP=3.35092;RPPR=5.18177;RPR=53;RUN=1;SAF=39;SAP=15.2727;SAR=63;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:360:0,360:0:0:360:12406:-1116.24,0 +NC_000962 986463 . G C 2140.93 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=5.48761;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=492.967;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2379;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=8.17902;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=32;SAP=4.50892;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:630:0,629:0:0:629:22368:-2011.77,0 +NC_000962 987585 . AGGGGGGCA AGGGGGGGCA 1418.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=50;CIGAR=1M1I8M;DP=54;DPB=59.8889;DPRA=0;EPP=5.78978;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=326.59;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0.5;PQA=11.5;PQR=11.5;PRO=0.5;QA=1643;QR=67;RO=2;RPL=21;RPP=5.78978;RPPR=7.35324;RPR=29;RUN=1;SAF=30;SAP=7.35324;SAR=20;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:356:3,336:3:106:336:11146:-993.154,0 +NC_000962 990001 . G C 4029.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=131;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=3.15949;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=927.905;PAIRED=0.984733;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4499;QR=21;RO=1;RPL=76;RPP=10.3204;RPPR=5.18177;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=10.3204;SAR=76;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:498:0,498:0:0:498:16619:-1495.35,0 +NC_000962 991896 . T C 2948.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=17.989;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=678.992;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3274;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=3.36483;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=63;SAP=20.3821;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:535:0,535:0:0:535:19232:-1730.08,0 +NC_000962 993346 . A C 1725.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=57;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=11.5819;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=397.265;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1914;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=7.61992;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=22;SAP=9.44853;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:655:0,655:0:0:655:23029:-2071.67,0 +NC_000962 996205 . T C 1850.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=62;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=3.57068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=426.045;PAIRED=0.967742;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2053;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=3.15039;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=27;SAP=5.25182;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:675:0,675:0:0:675:23638:-2126.48,0 +NC_000962 996346 . G A 1396.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=45;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=8.84915;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=321.457;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1548;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=5.37479;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=18;SAP=6.91895;SAR=27;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:690:0,690:0:0:690:24437:-2198.32,0 +NC_000962 1010204 . CGGTT CGGGTT 2361.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1M1I4M;DP=82;DPB=98.4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=543.759;PAIRED=0.975309;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2624;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=43;SAP=3.68051;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:424:0,398:0:0:398:13616:-1224.78,0 +NC_000962 1011511 . A C 2521.52 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=3.03646;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=580.602;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2799;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.03646;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=45;SAP=4.29225;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:392:0,392:0:0:392:13544:-1218.65,0 +NC_000962 1022003 . A C 2164.31 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=13.7487;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=498.352;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2402;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=5.41974;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=39;SAP=3.75395;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:619:0,619:0:0:619:22216:-1998.45,0 +NC_000962 1024346 . A G 3609.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=831.039;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4008;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=3.67278;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=63;SAP=4.18805;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:431:0,431:0:0:431:14995:-1349.02,0 +NC_000962 1025106 . T C 2885.06 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=5.27225;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=664.31;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3206;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=20.744;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=41;SAP=7.44372;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:525:0,525:0:0:525:18465:-1661.22,0 +NC_000962 1028217 . G A 2989.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=14.8527;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=688.31;PAIRED=0.979381;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3319;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=4.10723;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=49;SAP=3.03269;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:440:0,440:0:0:440:15098:-1358.46,0 +NC_000962 1034208 . CGCTG CG 3607.03 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1M3D1M;DP=129;DPB=55.8;DPRA=0;EPP=3.45166;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=830.55;PAIRED=0.99187;PAIREDR=0;PAO=1.5;PQA=48;PQR=48;PRO=1.5;QA=4009;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=10.7958;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=65;SAP=3.87536;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:297:0,270:0:0:270:8450:-760.204,0 +NC_000962 1034758 . C T 2954.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=680.233;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3280;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=3.1027;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=35;SAP=16.3163;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:438:0,438:0:0:438:15195:-1367.09,0 +NC_000962 1037012 . T C 2018.14 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=68;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=3.52123;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=464.694;PAIRED=0.985294;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2242;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=3.13803;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=39;SAP=6.20364;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:443:0,443:0:0:443:15298:-1376.37,0 +NC_000962 1037911 . C T 3238.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=3.19295;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=745.745;PAIRED=0.981308;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3599;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=7.57648;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=59;SAP=5.46589;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:434:0,434:0:0:434:14425:-1298,0 +NC_000962 1040251 . C A 1970.91 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=65;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=3.04371;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=453.819;PAIRED=0.984615;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2187;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=7.05258;RPPR=0;RPR=27;RUN=1;SAF=38;SAP=7.05258;SAR=27;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:409:0,409:0:0:409:13719:-1234.47,0 +NC_000962 1047165 . T C 3787.31 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=5.53201;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=872.06;PAIRED=0.991935;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4206;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=3.64073;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=63;SAP=3.08035;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:557:1,556:1:26:556:19299:-1733.75,0 +NC_000962 1054784 . C G 3665.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=121;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=3.45895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=844.09;PAIRED=0.983471;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4071;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=8.19671;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=74;SAP=16.093;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:501:0,500:0:0:500:17358:-1561.35,0 +NC_000962 1068151 . T C 2661.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=17.2236;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=612.913;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2955;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=3.89863;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=49;SAP=5.47788;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:447:0,447:0:0:447:15223:-1369.72,0 +NC_000962 1068432 . A G 3019.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=6.13722;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=695.362;PAIRED=0.98;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3353;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=3.35774;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=50;SAP=3.0103;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:504:0,504:0:0:504:17881:-1608.61,0 +NC_000962 1070702 . T C 4260.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=142;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=13.3477;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=981.025;PAIRED=0.992958;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4732;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=3.98899;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=85;SAP=14.9993;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:460:0,460:0:0:460:15862:-1427.12,0 +NC_000962 1071966 . A G 4432.37 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=151;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=3.13973;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1020.59;PAIRED=0.993377;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4923;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=4.17513;RPPR=0;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=4.17513;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:412:0,412:0:0:412:14027:-1262.1,0 +NC_000962 1074558 . G A 3245.7 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=6.44001;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=747.35;PAIRED=0.579439;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3604;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=11.96;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=55;SAP=3.19295;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:441:0,441:0:0:441:14697:-1322.43,0 +NC_000962 1075279 . T C 2580.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=85;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=6.10145;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=594.26;PAIRED=0.964706;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2865;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=4.26209;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=41;SAP=3.24022;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:488:0,488:0:0:488:17671:-1589.56,0 +NC_000962 1076309 . G T 4557.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=146;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=10.2089;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1049.36;PAIRED=0.965753;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5062;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=5.15203;RPPR=0;RPR=79;RUN=1;SAF=83;SAP=8.95954;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:490:0,489:0:0:489:16285:-1464.96,0 +NC_000962 1076689 . A C 3868.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=3.62103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=890.694;PAIRED=0.984375;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4326;QR=27;RO=1;RPL=56;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=72;RUN=1;SAF=57;SAP=6.33537;SAR=71;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:509:0,509:0:0:509:17339:-1560.09,0 +NC_000962 1076880 . C T 4374.71 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=141;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=3.0257;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1007.32;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4859;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=3.76493;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=61;SAP=8.56989;SAR=80;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:477:0,477:0:0:477:16481:-1482.79,0 +NC_000962 1077312 . A G 3121.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=13.5202;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=718.77;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3466;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=3.35774;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=57;SAP=7.26639;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:466:0,465:0:0:465:16085:-1446.9,0 +NC_000962 1079927 . C A 5654.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=182;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=4.72839;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1302.07;PAIRED=0.994505;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6282;QR=0;RO=0;RPL=91;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=91;RUN=1;SAF=84;SAP=5.34881;SAR=98;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:455:0,455:0:0:455:15670:-1409.97,0 +NC_000962 1080192 . G A 5939.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=189;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=4.95199;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1367.73;PAIRED=0.989418;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6599;QR=0;RO=0;RPL=81;RPP=11.386;RPPR=0;RPR=108;RUN=1;SAF=97;SAP=3.29753;SAR=92;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:378:0,378:0:0:378:12971:-1167.19,0 +NC_000962 1081681 . T C 2952.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=679.923;PAIRED=0.989583;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3281;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=3.10078;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=57;SAP=10.339;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:513:0,513:0:0:513:17482:-1572.91,0 +NC_000962 1087193 . G C 3104.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=3.09546;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=714.824;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3447;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=17.4016;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=52;SAP=3.09546;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:525:0,525:0:0:525:18370:-1652.72,0 +NC_000962 1090188 . AGGGCCA AGGGGCCA 2448.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=84;CIGAR=1M1I6M;DP=85;DPB=97.1429;DPRA=0;EPP=5.59539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=563.813;PAIRED=0.988095;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2721;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=41;SAP=3.1137;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:405:0,396:0:0:396:13786:-1240.07,0 +NC_000962 1093406 . A G 3479.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=13.1759;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=801.206;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3864;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=19.1714;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=46;SAP=11.4848;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:473:0,473:0:0:473:16115:-1450.02,0 +NC_000962 1093928 . G A 3654.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=120;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=10.2485;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=841.431;PAIRED=0.958333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4059;QR=0;RO=0;RPL=120;RPP=263.587;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=50;SAP=10.2485;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:120:0,120:0:0:120:4059:-365.429,0 +NC_000962 1095644 . C T 1044.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=33;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=58.3499;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=240.469;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1157;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=58.3499;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:102:0,102:0:0:102:3030:-272.881,0 +NC_000962 1095678 . A G 626.032 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=21;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=144.149;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=732;QR=36;RO=1;RPL=16;RPP=15.5221;RPPR=5.18177;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=15.5221;SAR=16;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:175:1,174:1:40:174:5722:-511.099,0 +NC_000962 1096633 . T G 1016.31 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=34;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=12.2071;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=234.014;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1126;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=23;SAP=12.2071;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:83:0,83:0:0:83:2973:-267.758,0 +NC_000962 1097220 . C T 3886.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=7.95168;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=894.835;PAIRED=0.992126;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4316;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=3.16418;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=61;SAP=3.43776;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:477:0,477:0:0:477:17167:-1544.37,0 +NC_000962 1097442 . C T 2794.09 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=5.3706;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=643.363;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3102;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=21.515;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=51;SAP=5.3706;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:539:0,539:0:0:539:18281:-1644.77,0 +NC_000962 1098523 . T A 2746.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=3.62026;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=632.391;PAIRED=0.977528;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3049;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=4.20583;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=54;SAP=11.8182;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:524:0,524:0:0:524:18040:-1623.15,0 +NC_000962 1099058 . G A 2284.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=76;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=526.111;PAIRED=0.986842;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2536;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=34;SAP=4.83891;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:574:0,574:0:0:574:20569:-1850.37,0 +NC_000962 1100234 . T C 3313.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=3.96888;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=762.903;PAIRED=0.990991;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3682;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=3.02986;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=3.02986;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:525:0,525:0:0:525:18697:-1681.9,0 +NC_000962 1102117 . G A 947.099 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=31;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=3.08035;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=218.078;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1049;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=14.8483;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=8;SAP=18.771;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:751:0,751:0:0:751:26863:-2416.45,0 +NC_000962 1102468 . C A 1396.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=45;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=3.05855;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=321.452;PAIRED=0.955556;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1548;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=3.05855;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=21;SAP=3.44459;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:652:0,652:0:0:652:22244:-2001.28,0 +NC_000962 1102646 . G A 1011.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=33;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=3.60252;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=233;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1121;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=3.60252;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=13;SAP=6.23461;SAR=20;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:730:0,730:0:0:730:25762:-2317.53,0 +NC_000962 1103656 . C T 2024.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=66;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=3.53672;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=466.243;PAIRED=0.984848;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2247;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=4.19474;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=43;SAP=16.1707;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:768:0,768:0:0:768:26818:-2412.57,0 +NC_000962 1104690 . T G 30224.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=916;CIGAR=1X;DP=916;DPB=916;DPRA=0;EPP=56.3489;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6959.55;PAIRED=0.932314;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33604;QR=0;RO=0;RPL=443;RPP=5.14384;RPPR=0;RPR=473;RUN=1;SAF=548;SAP=79.8178;SAR=368;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:916:0,916:0:0:916:33604:-3022.49,0 +NC_000962 1105686 . CT GC 1112.53 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=37;CIGAR=2X;DP=37;DPB=38;DPRA=0;EPP=12.9286;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=256.169;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=64;PQR=0;PRO=0;QA=1169;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=4.47751;RPPR=0;RPR=16;RUN=1;SAF=18;SAP=3.06899;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:590:0,590:0:0:590:20780:-1923.22,0 +NC_000962 1106422 . T C 19581.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=613;CIGAR=1X;DP=613;DPB=613;DPRA=0;EPP=7.8598;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4508.91;PAIRED=0.910277;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21767;QR=0;RO=0;RPL=300;RPP=3.60896;RPPR=0;RPR=313;RUN=1;SAF=271;SAP=20.8674;SAR=342;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:613:0,613:0:0:613:21767:-1958.19,0 +NC_000962 1106422 . TC CC 1651.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=55;CIGAR=1X1M;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=14.4204;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=360.022;PAIRED=0.963636;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1835;QR=0;RO=0;RPL=19;RPP=14.4204;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=37;SAP=17.2631;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:59:0,55:0:0:55:1835:-165.169,0 +NC_000962 1107940 . A C 3203.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=3.09224;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=737.619;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3557;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=8.25461;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=43;SAP=11.2045;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:517:0,516:0:0:516:17960:-1615.55,0 +NC_000962 1108322 . G T 2778.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=10.0615;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=639.842;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3085;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=7.13366;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=53;SAP=10.0615;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:405:0,405:0:0:405:13757:-1237.72,0 +NC_000962 1108521 . G A 3505.66 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=3.08649;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=807.209;PAIRED=0.991228;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3893;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=6.74371;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=78;SAP=36.611;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:567:0,567:0:0:567:20450:-1839.65,0 +NC_000962 1109975 . A G 4140.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=138;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=5.27618;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=953.482;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4599;QR=0;RO=0;RPL=78;RPP=8.10854;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=67;SAP=3.26206;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:438:0,438:0:0:438:15616:-1404.9,0 +NC_000962 1111678 . G A 3808.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=6.49889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=877.023;PAIRED=0.991803;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4230;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=7.56683;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=59;SAP=3.29508;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:360:0,359:0:0:359:12603:-1133.76,0 +NC_000962 1126889 . G C 3612.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=121;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=3.45895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=831.869;PAIRED=0.991736;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4012;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=56;SAP=4.46393;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:413:0,413:0:0:413:14385:-1294.32,0 +NC_000962 1127493 . T C 4350.65 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=143;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=3.38993;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1001.77;PAIRED=0.986014;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4904;QR=68;RO=2;RPL=75;RPP=3.75437;RPPR=7.35324;RPR=68;RUN=1;SAF=58;SAP=14.0803;SAR=85;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:542:1,541:1:39:541:19080:-1712.62,0 +NC_000962 1127648 . C A 4453.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=144;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=3.07062;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1025.55;PAIRED=0.979167;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4947;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=3.25157;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=63;SAP=7.89611;SAR=81;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:563:0,563:0:0:563:18905:-1700.89,0 +NC_000962 1128883 . G A 4507.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=145;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=4.82236;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1037.98;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5007;QR=0;RO=0;RPL=78;RPP=4.82236;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=78;SAP=4.82236;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:377:0,377:0:0:377:13110:-1179.61,0 +NC_000962 1144585 . A G 2216.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=8.76177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=510.364;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2460;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=4.06669;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=26;SAP=17.2129;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:490:0,489:0:0:489:17190:-1546.12,0 +NC_000962 1145848 . A C 3699.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=120;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=10.2485;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=851.839;PAIRED=0.991667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4144;QR=32;RO=1;RPL=60;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=60;RUN=1;SAF=52;SAP=7.64277;SAR=68;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:434:2,431:2:62:431:15099:-1352.59,0 +NC_000962 1148259 . A G 3083.78 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=12.4917;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=710.068;PAIRED=0.990099;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3424;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.54779;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=46;SAP=4.75178;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:536:0,536:0:0:536:18368:-1652.65,0 +NC_000962 1148930 . C T 4018.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=129;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=9.08706;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=925.285;PAIRED=0.984496;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4463;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=3.83512;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=67;SAP=3.43113;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:439:0,439:0:0:439:15392:-1384.88,0 +NC_000962 1149551 . C T 3577.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=3.17453;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=823.783;PAIRED=0.991597;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3973;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.46649;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=70;SAP=11.0575;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:406:0,406:0:0:406:14486:-1303.27,0 +NC_000962 1150585 . G A 4646.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=150;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=3.53145;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1069.89;PAIRED=0.98;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5161;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=23.9143;RPPR=0;RPR=94;RUN=1;SAF=68;SAP=5.84769;SAR=82;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:466:0,466:0:0:466:15885:-1429.18,0 +NC_000962 1151054 . C G 3674 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=5.14646;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=845.969;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4080;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=15.8802;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=41;SAP=32.6871;SAR=82;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:529:0,529:0:0:529:18436:-1658.71,0 +NC_000962 1163134 . T C 3862.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=125;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=3.16665;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=889.452;PAIRED=0.968;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4290;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=3.86152;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=59;SAP=3.86152;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:523:0,523:0:0:523:18883:-1698.67,0 +NC_000962 1164336 . G A 3658.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=5.25601;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=842.426;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4063;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.17734;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=69;SAP=11.1951;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:497:0,497:0:0:497:17036:-1532.77,0 +NC_000962 1165521 . TAC TAAC 1808.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=59;CIGAR=1M1I2M;DP=62;DPB=82;DPRA=0;EPP=4.81373;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=416.447;PAIRED=0.983051;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2010;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=43.0905;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=36;SAP=9.23028;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:309:0,304:0:0:304:10210:-918.515,0 +NC_000962 1168009 . GCCCCCGA GCCCCGA 1562.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=55;CIGAR=1M1D6M;DP=61;DPB=53.375;DPRA=0;EPP=6.20829;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=359.794;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1736;QR=0;RO=0;RPL=24;RPP=4.94488;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=20;SAP=11.8936;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:437:0,437:0:0:437:14884:-1339.09,0 +NC_000962 1168715 . CTTCC CTTTCC 2455.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1M1I4M;DP=88;DPB=105.2;DPRA=0;EPP=3.24576;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=565.438;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2729;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.03646;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=46;SAP=5.12945;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:394:0,389:0:0:389:12965:-1166.33,0 +NC_000962 1168776 . T G 2848.93 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=3.37991;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=655.991;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3166;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=7.53805;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=37;SAP=12.2506;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:489:0,489:0:0:489:16905:-1521.08,0 +NC_000962 1172085 . C A 2294.81 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=9.70319;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=528.4;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2547;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=4.46786;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=30;SAP=8.03741;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:574:0,574:0:0:574:21123:-1900,0 +NC_000962 1173750 . G T 3570.45 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=4.22937;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=822.127;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3969;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=58;SAP=3.08649;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:445:0,445:0:0:445:15987:-1438.26,0 +NC_000962 1175343 . C T 3745.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=862.525;PAIRED=0.983607;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4160;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=4.7902;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=63;SAP=3.29508;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:413:0,413:0:0:413:13999:-1259.69,0 +NC_000962 1177157 . G A 3142.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=4.37279;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=723.523;PAIRED=0.990196;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3489;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=42;SAP=9.90792;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:497:0,497:0:0:497:17392:-1564.71,0 +NC_000962 1178116 . T C 2800.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=21.1213;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=644.813;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3109;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=6.33681;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=52;SAP=5.32038;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:514:0,514:0:0:514:18711:-1683.14,0 +NC_000962 1190093 . A C 1343.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=44;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=19.0002;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=309.434;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1490;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=66.97;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=35;SAP=36.372;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:94:0,94:0:0:94:3452:-310.83,0 +NC_000962 1191497 . T A 899.464 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=29;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=24.6501;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=207.109;PAIRED=0.551724;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=996;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=24.6501;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=12;SAP=4.88226;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:29:0,29:0:0:29:996:-89.9464,0 +NC_000962 1197157 . T G 2958.72 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=3.09893;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=681.27;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3285;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=3.09893;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=58;SAP=10.1895;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:487:0,487:0:0:487:17658:-1588.48,0 +NC_000962 1199883 . C T 4263.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=139;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=5.65044;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=981.631;PAIRED=0.992806;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4775;QR=36;RO=1;RPL=67;RPP=3.40085;RPPR=5.18177;RPR=72;RUN=1;SAF=76;SAP=5.65044;SAR=63;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:140:1,139:1:36:139:4775:-426.317,0 +NC_000962 1200418 . A G 2138.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=70;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=6.1124;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=492.345;PAIRED=0.985714;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2373;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=7.47733;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=31;SAP=4.99565;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:531:0,531:0:0:531:19277:-1734.04,0 +NC_000962 1201581 . A C 2673.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=3.63429;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=615.605;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2968;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=18.61;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=59;SAP=26.9963;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:470:0,470:0:0:470:16450:-1479.94,0 +NC_000962 1211369 . A C 3363.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=11.6375;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=774.487;PAIRED=0.990991;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3735;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=5.3774;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=52;SAP=3.96888;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:453:0,453:0:0:453:15773:-1419.12,0 +NC_000962 1212432 . C A 356.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=82.1654;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=393;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:214:0,214:0:0:214:7164:-644.772,0 +NC_000962 1215104 . ATTGG ATGG 2102.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=1M1D3M;DP=72;DPB=57.6;DPRA=0;EPP=5.48761;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=484.201;PAIRED=0.985915;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2336;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=5.48761;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=29;SAP=8.17902;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:491:0,490:0:0:490:16857:-1516.34,0 +NC_000962 1215742 . GC AA 1849.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=62;CIGAR=2X;DP=63;DPB=64;DPRA=0;EPP=6.51267;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=425.968;PAIRED=0.983871;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=46;PQR=0;PRO=0;QA=2009;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=3.15039;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=24;SAP=9.87495;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:515:0,513:0:0:513:18227:-1680.49,0 +NC_000962 1217065 . C A 6138.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=201;CIGAR=1X;DP=201;DPB=201;DPRA=0;EPP=26.8749;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1413.38;PAIRED=0.890547;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6820;QR=0;RO=0;RPL=91;RPP=6.91031;RPPR=0;RPR=110;RUN=1;SAF=37;SAP=177.257;SAR=164;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:201:0,201:0:0:201:6820:-613.822,0 +NC_000962 1217157 . A C 947.952 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=32;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=218.274;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1050;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=4.09604;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=24;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:167:0,167:0:0:167:5333:-480.088,0 +NC_000962 1218658 . G C 2859.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=13.0905;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=658.481;PAIRED=0.978947;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3175;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=19.6735;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=64;SAP=27.9022;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:228:0,228:0:0:228:7597:-683.751,0 +NC_000962 1218895 . CG CA 2723.53 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1M1X;DP=93;DPB=94;DPRA=0;EPP=4.17955;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=627.115;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=23;PQR=23;PRO=1;QA=3026;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=9.90651;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=54;SAP=9.90651;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:93:0,91:0:0:91:3026:-272.353,0 +NC_000962 1218896 . G A 9430.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=298;CIGAR=1X;DP=298;DPB=298;DPRA=0;EPP=42.9129;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2171.5;PAIRED=0.88255;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10481;QR=0;RO=0;RPL=98;RPP=78.8224;RPPR=0;RPR=200;RUN=1;SAF=186;SAP=42.9129;SAR=112;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:298:0,298:0:0:298:10481:-943.073,0 +NC_000962 1220680 . T C 3113.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=105;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=4.68544;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=716.901;PAIRED=0.980952;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3497;QR=36;RO=1;RPL=49;RPP=4.02365;RPPR=5.18177;RPR=56;RUN=1;SAF=63;SAP=12.1305;SAR=42;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:519:0,519:0:0:519:18369:-1652.49,0 +NC_000962 1224367 . T C 5632.62 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=180;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1296.96;PAIRED=0.861111;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6258;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=43.5927;RPPR=0;RPR=119;RUN=1;SAF=118;SAP=40.8422;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:180:0,180:0:0:180:6258:-563.262,0 +NC_000962 1227830 . G T 3682 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=121;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=6.04318;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=847.813;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4089;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=9.48883;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=68;SAP=7.04816;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:517:0,517:0:0:517:18816:-1692.62,0 +NC_000962 1230778 . G A 3834.02 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=3.02795;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=882.817;PAIRED=0.99187;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4258;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=4.44029;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=67;SAP=5.14646;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:536:0,536:0:0:536:18978:-1707.33,0 +NC_000962 1248382 . A G 3763.95 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=7.49334;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=866.681;PAIRED=0.991935;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4180;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=3.08035;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=51;SAP=11.486;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:466:0,466:0:0:466:16504:-1484.83,0 +NC_000962 1248936 . G C 2987.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=14.6134;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=687.911;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3317;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=3.03223;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=47;SAP=3.55865;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:474:0,474:0:0:474:16291:-1465.76,0 +NC_000962 1248978 . T C 3427.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=3.08785;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=789.198;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3806;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=4.25114;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=55;SAP=3.08785;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:404:0,404:0:0:404:13688:-1231.59,0 +NC_000962 1250340 . A G 5175.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=169;CIGAR=1X;DP=169;DPB=169;DPRA=0;EPP=3.6399;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1191.68;PAIRED=0.994083;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5749;QR=0;RO=0;RPL=82;RPP=3.33152;RPPR=0;RPR=87;RUN=1;SAF=83;SAP=3.12594;SAR=86;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:456:0,456:0:0:456:16283:-1464.89,0 +NC_000962 1251199 . C T 3731.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=120;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=8.87328;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=859.218;PAIRED=0.991667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4144;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=3.29983;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=47;SAP=15.2429;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:570:0,570:0:0:570:19778:-1779.37,0 +NC_000962 1252053 . AGGCC AGCC 1860.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1M1D3M;DP=65;DPB=52;DPRA=0;EPP=7.18091;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=428.375;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2067;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=5.80219;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=32;SAP=3.04477;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:468:0,458:0:0:458:15150:-1362.93,0 +NC_000962 1252164 . T C 3307.78 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=108;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=3.332;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=761.646;PAIRED=0.981481;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3673;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.73412;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=55;SAP=3.09072;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:509:0,509:0:0:509:17330:-1559.23,0 +NC_000962 1254562 . A G 1675.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=55;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=11.8936;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=385.872;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1859;QR=0;RO=0;RPL=24;RPP=4.94488;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=29;SAP=3.36563;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:620:0,620:0:0:620:22425:-2017.14,0 +NC_000962 1265070 . G T 3696.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=3.90444;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=851.124;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4105;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=3.90444;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=53;SAP=6.09416;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:509:0,509:0:0:509:17958:-1615.64,0 +NC_000962 1267597 . G A 2507.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=3.66436;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=577.281;PAIRED=0.987952;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2813;QR=27;RO=1;RPL=44;RPP=3.66436;RPPR=5.18177;RPR=39;RUN=1;SAF=43;SAP=3.24576;SAR=40;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:522:0,522:0:0:522:17998:-1619.29,0 +NC_000962 1273250 . GCT GACT 2799.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1M1I2M;DP=98;DPB=130.667;DPRA=0;EPP=3.21602;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=644.686;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=10;PQR=10;PRO=0.5;QA=3112;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=3.58174;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=46;SAP=3.21602;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:525:0,519:0:0:519:17249:-1551.66,0 +NC_000962 1275957 . T C 2366.72 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=4.35716;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=544.958;PAIRED=0.987342;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2627;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=4.35716;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=43;SAP=4.35716;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:413:0,413:0:0:413:14711:-1323.5,0 +NC_000962 1276588 . C G 387.249 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=3.63072;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=89.1675;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=427;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=6;SAP=3.63072;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:14:0,14:0:0:14:427:-38.7249,0 +NC_000962 1276842 . GGCCC ACCCG 502.565 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=15;CIGAR=2X2M1X;DP=15;DPB=15.4;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=0;GTI=0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=115.72;PAIRED=0.8;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=64;PQR=0;PRO=0;QA=491;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=4.31318;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:15:0,15:0:0:15:491:-50.2565,0 +NC_000962 1280738 . TGGCA TGCA 2475 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=84;CIGAR=1M1D3M;DP=88;DPB=70.6;DPRA=0;EPP=8.07707;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=569.89;PAIRED=0.988095;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2779;QR=29;RO=1;RPL=36;RPP=6.73282;RPPR=5.18177;RPR=48;RUN=1;SAF=39;SAP=3.94093;SAR=45;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:403:0,403:0:0:403:13292:-1196.08,0 +NC_000962 1281118 . T C 3734.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=121;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=8.19671;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=859.833;PAIRED=0.991736;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4147;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=4.46393;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=51;SAP=9.48883;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:461:1,460:1:37:460:16542:-1484.35,0 +NC_000962 1281771 . T C 2281.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=4.06669;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=525.286;PAIRED=0.972973;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2532;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=25;SAP=19.9126;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:506:0,506:0:0:506:17858:-1606.6,0 +NC_000962 1285001 . A C 2761.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=4.17955;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=635.913;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3066;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=3.03416;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=44;SAP=3.22506;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:577:0,577:0:0:577:19790:-1780.44,0 +NC_000962 1286766 . G C 3366.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=4.2737;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=775.12;PAIRED=0.972727;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3738;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.32615;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=60;SAP=4.98437;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:434:0,434:0:0:434:14906:-1341.22,0 +NC_000962 1288698 . G A 3219.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=4.04333;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=741.339;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3575;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=4.71796;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=50;SAP=3.20004;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:498:0,498:0:0:498:17182:-1545.91,0 +NC_000962 1292102 . A G 3988.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=130;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=8.42228;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=918.46;PAIRED=0.992308;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4430;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=7.28643;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=63;SAP=3.27756;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:425:0,425:0:0:425:15472:-1391.8,0 +NC_000962 1293333 . C G 2812.06 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=11.6246;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=647.5;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3122;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=13.5336;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=7;SAP=144.49;SAR=84;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:429:0,429:0:0:429:14744:-1326.59,0 +NC_000962 1299305 . G A 2442.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=562.366;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2711;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=6.91895;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=40;SAP=3.0103;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:327:1,326:1:31:326:10593:-950.172,0 +NC_000962 1302818 . G C 13879.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=444;CIGAR=1X;DP=444;DPB=444;DPRA=0;EPP=8.01838;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3195.97;PAIRED=0.873874;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15427;QR=0;RO=0;RPL=236;RPP=6.84461;RPPR=0;RPR=208;RUN=1;SAF=200;SAP=12.4787;SAR=244;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:444:0,444:0:0:444:15427:-1387.99,0 +NC_000962 1306259 . A G 3094.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=7.10269;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=712.557;PAIRED=0.990385;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3436;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=5.09825;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=62;SAP=11.3621;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:482:0,482:0:0:482:16469:-1481.84,0 +NC_000962 1307598 . C G 2966.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=9.34924;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=683.139;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3294;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=4.08507;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=56;SAP=6.71716;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:405:0,404:0:0:404:14136:-1271.4,0 +NC_000962 1313337 . AA AGC 554.344 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=19;CIGAR=1M1I1X;DP=20;DPB=30;DPRA=0;EPP=22.325;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=127.642;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=32;PQR=0;PRO=0;QA=583;QR=0;RO=0;RPL=16;RPP=22.325;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=4;SAP=16.8392;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:191:0,190:0:0:190:6810:-615.304,0 +NC_000962 1315191 . A C 3312.24 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=3.51765;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=762.671;PAIRED=0.990654;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3678;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=5.46589;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=65;SAP=13.7459;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:541:0,541:0:0:541:18585:-1672.1,0 +NC_000962 1315884 . G A 3021.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=8.68272;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=695.72;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3357;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=4.4284;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=48;SAP=3.09893;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:375:0,375:0:0:375:13311:-1197.56,0 +NC_000962 1317655 . C T 4025.68 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=132;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=3.0761;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=926.948;PAIRED=0.992424;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4471;QR=0;RO=0;RPL=78;RPP=12.4858;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=83;SAP=22.0271;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:474:0,474:0:0:474:16288:-1465.42,0 +NC_000962 1322741 . A G 2219.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=510.989;PAIRED=0.986486;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2467;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=4.88833;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=38;SAP=3.12768;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:547:0,547:0:0:547:19814:-1782.38,0 +NC_000962 1327890 . G A 3363.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=3.72096;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=774.488;PAIRED=0.990909;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3738;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.32615;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=59;SAP=4.2737;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:510:0,510:0:0:510:17814:-1602.61,0 +NC_000962 1328687 . G C 4959.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=160;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=9.579;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1141.96;PAIRED=0.9875;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5509;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=6.48466;RPPR=0;RPR=88;RUN=1;SAF=83;SAP=3.49888;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:474:0,474:0:0:474:16779:-1509.43,0 +NC_000962 1329234 . G A 5618.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=181;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=3.0223;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1293.72;PAIRED=0.983425;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6244;QR=0;RO=0;RPL=95;RPP=3.98206;RPPR=0;RPR=86;RUN=1;SAF=86;SAP=3.98206;SAR=95;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:393:0,393:0:0:393:13241:-1191.38,0 +NC_000962 1333669 . T G 3611.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=3.67278;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=831.57;PAIRED=0.991525;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4013;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=6.61715;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=60;SAP=3.08391;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:377:0,376:0:0:376:12585:-1132.09,0 +NC_000962 1336164 . C T 5531.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=177;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=4.00402;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1273.7;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6145;QR=0;RO=0;RPL=85;RPP=3.61144;RPPR=0;RPR=92;RUN=1;SAF=84;SAP=4.00402;SAR=93;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:388:1,387:1:39:387:13823:-1239.77,0 +NC_000962 1340208 . G A 3747.72 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=3.16919;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=862.944;PAIRED=0.97561;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4162;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=3.16919;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=53;SAP=8.11238;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:415:0,415:0:0:415:14373:-1293.23,0 +NC_000962 1343955 . T C 2744.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=631.97;PAIRED=0.988636;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3047;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=12.8806;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=42;SAP=3.40511;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:88:0,88:0:0:88:3047:-274.461,0 +NC_000962 1349213 . C T 1915.14 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=62;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=3.57068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=440.977;PAIRED=0.983871;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2125;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=8.05372;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=34;SAP=4.27115;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:551:1,550:1:33:550:19122:-1717.05,0 +NC_000962 1349733 . G C 3562.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.91972;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=820.27;PAIRED=0.982906;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3956;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=3.17734;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=69;SAP=11.1951;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:484:0,484:0:0:484:17080:-1536.61,0 +NC_000962 1351172 . A G 4115.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=132;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=3.27351;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=947.658;PAIRED=0.984848;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4571;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=3.27351;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=82;SAP=19.8557;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:406:1,405:1:32:405:13875:-1245.24,0 +NC_000962 1351407 . C G 4125.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=138;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=3.26206;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=949.877;PAIRED=0.992754;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4621;QR=36;RO=1;RPL=62;RPP=6.09442;RPPR=5.18177;RPR=76;RUN=1;SAF=83;SAP=15.3468;SAR=55;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:399:0,399:0:0:399:13603:-1224.01,0 +NC_000962 1356413 . C G 2782.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=90;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=640.673;PAIRED=0.988889;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3089;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.39634;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=52;SAP=7.73928;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:442:0,442:0:0:442:15378:-1383.56,0 +NC_000962 1357308 . T G 3143.13 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=6.07591;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=723.733;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3490;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=7.18293;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=91;SAP=139.26;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:419:0,418:0:0:418:15019:-1350.81,0 +NC_000962 1360209 . T C 3583.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=3.02855;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=825.033;PAIRED=0.983193;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3979;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.46649;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=83;SAP=43.3194;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:405:0,405:0:0:405:13967:-1256.62,0 +NC_000962 1361190 . G A 5402.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=175;CIGAR=1X;DP=175;DPB=175;DPRA=0;EPP=4.51172;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1243.88;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6001;QR=0;RO=0;RPL=93;RPP=4.51172;RPPR=0;RPR=82;RUN=1;SAF=104;SAP=16.5231;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:475:0,475:0:0:475:15850:-1426.21,0 +NC_000962 1361285 . C T 5302.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=168;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=6.31921;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1220.87;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5890;QR=0;RO=0;RPL=81;RPP=3.47562;RPPR=0;RPR=87;RUN=1;SAF=101;SAP=17.9521;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:412:1,411:1:31:411:14238:-1277.97,0 +NC_000962 1362006 . T C 3626.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=4.18805;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=834.978;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4027;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=5.66023;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=56;SAP=3.67278;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:476:0,476:0:0:476:17274:-1553.92,0 +NC_000962 1365837 . CGGGGTTGC CGGGGGGTTGC 2526.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1M2I8M;DP=91;DPB=111.222;DPRA=0;EPP=4.98658;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=581.768;PAIRED=0.988764;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2807;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=3.0347;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=41;SAP=4.20583;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:406:0,399:0:0:399:13453:-1210.14,0 +NC_000962 1366541 . CAG GGT 9104.91 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=294;CIGAR=3X;DP=296;DPB=297.667;DPRA=0;EPP=3.7489;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2096.48;PAIRED=0.870748;PAIREDR=0;PAO=5;PQA=128;PQR=0;PRO=0;QA=9993;QR=0;RO=0;RPL=152;RPP=3.7489;RPPR=0;RPR=142;RUN=1;SAF=188;SAP=52.6735;SAR=106;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:296:0,294:0:0:294:9993:-910.491,0 +NC_000962 1367484 . T G 2625.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=11.0053;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=604.621;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2915;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=3.89863;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=50;SAP=6.56362;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:584:0,584:0:0:584:20979:-1887.19,0 +NC_000962 1368322 . CGGCA CGGGCA 3558.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1M1I4M;DP=127;DPB=151.6;DPRA=0;EPP=8.77716;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=819.389;PAIRED=0.991803;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3955;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=3.29508;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=63;SAP=3.29508;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:402:0,389:0:0:389:13078:-1176.45,0 +NC_000962 1370852 . T G 3540.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=3.02855;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=815.22;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3955;QR=21;RO=1;RPL=64;RPP=4.48836;RPPR=5.18177;RPR=55;RUN=1;SAF=57;SAP=3.46649;SAR=62;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:507:0,507:0:0:507:17571:-1580.87,0 +NC_000962 1374065 . T C 4236.27 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=139;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=3.77578;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=975.438;PAIRED=0.971223;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4705;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=3.40085;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=87;SAP=22.1474;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:431:0,431:0:0:431:14955:-1345.5,0 +NC_000962 1374073 . G A 4095.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=134;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=8.26073;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=943.107;PAIRED=0.977612;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4549;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=8.26073;RPPR=0;RPR=76;RUN=1;SAF=82;SAP=17.5948;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:435:0,435:0:0:435:15210:-1368.45,0 +NC_000962 1374201 . A G 3711.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=121;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=4.46393;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=854.58;PAIRED=0.991736;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4161;QR=36;RO=1;RPL=64;RPP=3.88966;RPPR=5.18177;RPR=57;RUN=1;SAF=71;SAP=10.9245;SAR=50;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:619:0,619:0:0:619:21819:-1962.81,0 +NC_000962 1375044 . C G 2912 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=3.21178;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=670.513;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3233;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=4.82359;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=50;SAP=3.21178;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:377:0,377:0:0:377:12959:-1165.98,0 +NC_000962 1375724 . A C 3917.13 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=131;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=15.0943;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=901.952;PAIRED=0.992366;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4380;QR=27;RO=1;RPL=64;RPP=3.15949;RPPR=5.18177;RPR=67;RUN=1;SAF=82;SAP=21.0617;SAR=49;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:434:0,434:0:0:434:14984:-1348.18,0 +NC_000962 1382628 . T C 2835.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=6.95631;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=652.895;PAIRED=0.989247;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3148;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=3.03365;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=65;SAP=34.9753;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:465:0,465:0:0:465:16345:-1470.49,0 +NC_000962 1390763 . C T 4223.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=5.30951;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=972.518;PAIRED=0.985294;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4691;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=3.07417;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=53;SAP=17.3803;SAR=83;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:527:0,527:0:0:527:18698:-1682.18,0 +NC_000962 1393626 . A G 3871.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=4.70676;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=891.532;PAIRED=0.992188;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4300;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=5.45321;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=51;SAP=14.4784;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:396:0,396:0:0:396:13788:-1240.58,0 +NC_000962 1396922 . T C 3498.53 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=3.02952;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=805.565;PAIRED=0.982301;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3885;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=3.18325;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=57;SAP=3.02952;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:435:0,435:0:0:435:15367:-1382.62,0 +NC_000962 1406760 . TCG TGCG 2750.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1M1I2M;DP=95;DPB=126.667;DPRA=0;EPP=21.1213;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=633.335;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3056;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=8.9241;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=66;SAP=36.3678;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:345:0,343:0:0:343:11327:-1018.95,0 +NC_000962 1411210 . T G 3261.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=751.074;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3622;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=3.74778;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=47;SAP=5.96022;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:414:0,414:0:0:414:13979:-1257.9,0 +NC_000962 1413129 . CGGGGGGCGTC CGGGGGCGTC 2083.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=1M1D9M;DP=75;DPB=68.2727;DPRA=0;EPP=3.28556;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=479.834;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=16;PQR=16;PRO=0.5;QA=2316;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=3.28556;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=21;SAP=28.7315;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:392:0,390:0:0:390:13058:-1174.72,0 +NC_000962 1413148 . C T 2418.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=3.45573;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=556.861;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2687;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=8.46682;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=25;SAP=24.8364;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:455:0,455:0:0:455:15389:-1384.73,0 +NC_000962 1414021 . C T 3426.52 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=3.1896;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=788.985;PAIRED=0.972477;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3805;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.03022;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=44;SAP=11.7958;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:544:0,544:0:0:544:19385:-1743.97,0 +NC_000962 1421179 . A G 12248.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=404;CIGAR=1X;DP=404;DPB=404;DPRA=0;EPP=4.75178;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2820.31;PAIRED=0.90099;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13612;QR=0;RO=0;RPL=204;RPP=3.0963;RPPR=0;RPR=200;RUN=1;SAF=193;SAP=4.75178;SAR=211;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:404:0,404:0:0:404:13612:-1224.85,0 +NC_000962 1428406 . G C 5476.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=178;CIGAR=1X;DP=179;DPB=179;DPRA=0;EPP=17.1127;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1261.07;PAIRED=0.983146;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6124;QR=36;RO=1;RPL=94;RPP=4.23023;RPPR=5.18177;RPR=84;RUN=1;SAF=88;SAP=3.0591;SAR=90;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:425:0,425:0:0:425:14798:-1331.41,0 +NC_000962 1440469 . C G 3787.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=8.68415;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=872.065;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4206;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=6.44263;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=58;SAP=4.13106;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:513:0,513:0:0:513:18022:-1621.32,0 +NC_000962 1445781 . A G 2569.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=86;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=3.1113;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=591.692;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2855;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=7.95924;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=28;SAP=25.735;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:443:1,442:1:20:442:15349:-1379.04,0 +NC_000962 1457144 . C T 2522.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=11.8048;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=580.806;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2800;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=3.98746;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=44;SAP=4.74748;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:492:0,491:0:0:491:17146:-1542.31,0 +NC_000962 1468208 . A C 1836.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=61;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=5.89373;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=422.944;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2038;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=37.2199;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=25;SAP=7.31765;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:204:0,204:0:0:204:6969:-627.25,0 +NC_000962 1471659 . C T 1961.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=65;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=3.84548;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=451.643;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2179;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=5.71629;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=26;SAP=8.65613;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:581:0,581:0:0:581:19695:-1772.04,0 +NC_000962 1477596 . C T 2534.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=12.4549;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=583.49;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2813;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=5.12945;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=60;SAP=38.8265;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:551:0,551:0:0:551:19213:-1728.54,0 +NC_000962 1479085 . T C 3905.14 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=13.6967;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=899.191;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4337;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=10.5506;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=52;SAP=12.0553;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:461:0,461:0:0:461:15865:-1427.48,0 +NC_000962 1482627 . T C 3316.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=23.2247;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=763.72;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3683;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=4.98437;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=71;SAP=23.2247;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:373:0,373:0:0:373:12830:-1154.37,0 +NC_000962 1484708 . A C 3459.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.30981;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=796.662;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3882;QR=36;RO=1;RPL=52;RPP=5.70592;RPPR=5.18177;RPR=64;RUN=1;SAF=54;SAP=4.20835;SAR=62;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:416:0,416:0:0:416:14522:-1306.61,0 +NC_000962 1489253 . GC AT 309.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=10;CIGAR=2X;DP=10;DPB=10.5;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=71.3503;PAIRED=0.6;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=2;PQR=0;PRO=0;QA=339;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=6.48466;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:10:0,10:0:0:10:339:-30.987,0 +NC_000962 1490905 . A G 3060.78 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=11.5259;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=704.771;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3402;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=11.5259;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=54;SAP=3.7767;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:518:0,518:0:0:518:17700:-1592.53,0 +NC_000962 1498951 . G T 3673 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=11.0575;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=845.74;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4079;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=3.46649;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=66;SAP=6.09416;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:463:0,463:0:0:463:15832:-1424.42,0 +NC_000962 1499274 . C G 3118.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=4.37279;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=718.034;PAIRED=0.990196;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3465;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=56;SAP=5.13919;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:377:0,377:0:0:377:13070:-1175.95,0 +NC_000962 1501700 . G A 4305.47 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=143;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=7.3988;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=991.371;PAIRED=0.993007;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4782;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=12.501;RPPR=0;RPR=84;RUN=1;SAF=93;SAP=31.0876;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:378:0,378:0:0:378:12708:-1143.6,0 +NC_000962 1526311 . G T 2506.19 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=3.66436;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=577.072;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2782;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=5.12945;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=51;SAP=12.4549;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:680:0,680:0:0:680:24316:-2187.35,0 +NC_000962 1526819 . C A 3261 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=105;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=10.476;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=750.873;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3621;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=18.0865;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=57;SAP=4.68544;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:561:0,561:0:0:561:19677:-1770.22,0 +NC_000962 1533241 . G C 1657.7 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=53;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=32.8783;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=381.7;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1839;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=118.098;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=32.8783;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:53:0,53:0:0:53:1839:-165.77,0 +NC_000962 1533241 . GGT CGT 917.474 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=31;CIGAR=1X2M;DP=33;DPB=33.3333;DPRA=0;EPP=4.76149;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=200.903;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=7;PQR=0;PRO=0;QA=1020;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=4.76149;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:33:0,31:0:0:31:1020:-91.7474,0 +NC_000962 1533583 . G A 1567 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=50;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=14.1282;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=360.815;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1738;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=28.0257;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=10;SAP=42.0968;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:76:0,76:0:0:76:2635:-237.379,0 +NC_000962 1535007 . T C 1890.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=3.04477;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=435.376;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2098;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=3.04477;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=33;SAP=3.32051;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:394:0,394:0:0:394:13548:-1219,0 +NC_000962 1536251 . G T 3969.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=8.50684;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=914.1;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4409;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=3.28173;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=59;SAP=4.70676;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:445:0,445:0:0:445:15326:-1378.94,0 +NC_000962 1540141 . T C 3273.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=3.50834;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=753.78;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3635;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=6.37708;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=46;SAP=8.76769;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:416:0,416:0:0:416:14989:-1348.44,0 +NC_000962 1541798 . C T 1923.24 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=3.04477;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=442.843;PAIRED=0.555556;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2134;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=3.04477;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=29;SAP=3.872;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:467:0,467:0:0:467:15301:-1376.82,0 +NC_000962 1544255 . C T 1743.31 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=56;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=5.49198;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=401.411;PAIRED=0.946429;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1934;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=4.40625;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=35;SAP=10.6105;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:527:0,527:0:0:527:18092:-1627.7,0 +NC_000962 1546703 . C T 2614.14 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=86;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=3.41429;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=601.927;PAIRED=0.976744;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2902;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=48;SAP=5.53527;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:311:0,311:0:0:311:10515:-946.192,0 +NC_000962 1547125 . T C 2357.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=75;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=4.429;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=542.892;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2617;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=11.3777;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=30;SAP=9.52472;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:620:0,620:0:0:620:22430:-2017.69,0 +NC_000962 1552547 . G A 4521.95 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=147;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=5.50675;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1041.22;PAIRED=0.993197;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5025;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=7.27939;RPPR=0;RPR=82;RUN=1;SAF=46;SAP=47.6954;SAR=101;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:466:0,466:0:0:466:16184:-1456.03,0 +NC_000962 1556787 . T C 3235.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=4.32138;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=745.08;PAIRED=0.990566;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3593;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=5.96022;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=38;SAP=21.4473;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:429:1,428:1:35:428:15093:-1354.39,0 +NC_000962 1559237 . G T 7550.71 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=260;CIGAR=1X;DP=260;DPB=260;DPRA=0;EPP=3.04371;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1738.62;PAIRED=0.865385;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8389;QR=0;RO=0;RPL=143;RPP=8.65613;RPPR=0;RPR=117;RUN=1;SAF=56;SAP=185.948;SAR=204;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:260:0,260:0:0:260:8389:-755.071,0 +NC_000962 1561939 . G C 2100.45 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=483.646;PAIRED=0.986111;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2331;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=4.9405;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=30;SAP=7.35324;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:444:0,444:0:0:444:15304:-1376.9,0 +NC_000962 1563717 . C T 3100.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=3.80798;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=713.83;PAIRED=0.989796;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3445;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=3.36483;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=47;SAP=3.36483;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:507:0,507:0:0:507:17857:-1606.46,0 +NC_000962 1570566 . C A 3419.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=3.70827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=787.322;PAIRED=0.991071;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3797;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.70827;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=58;SAP=3.32051;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:478:0,478:0:0:478:16670:-1499.8,0 +NC_000962 1573660 . T G 1853.99 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=60;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=426.898;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2057;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=6.62942;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=48;SAP=49.9141;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:432:0,432:0:0:432:15665:-1409.25,0 +NC_000962 1576481 . T G 3421.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=3.18637;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=787.741;PAIRED=0.972973;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3799;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=6.31642;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=56;SAP=3.02986;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:622:0,622:0:0:622:21306:-1916.91,0 +NC_000962 1576527 . G T 3797.14 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=3.02795;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=874.325;PAIRED=0.98374;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4217;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=4.44029;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=4.44029;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:514:0,514:0:0:514:18344:-1650.31,0 +NC_000962 1577241 . G A 3471.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=4.56684;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=799.341;PAIRED=0.99115;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3855;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=4.56684;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=68;SAP=13.1759;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:456:0,455:0:0:455:15890:-1429.42,0 +NC_000962 1588899 . G T 3467.03 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=5.70592;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=798.313;PAIRED=0.991379;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3850;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=5.70592;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=48;SAP=10.4981;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:503:0,503:0:0:503:17955:-1615.21,0 +NC_000962 1593331 . G A 2151.77 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=16.8888;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=495.463;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2388;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=3.79707;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=18;SAP=37.2818;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:337:0,337:0:0:337:10864:-977.622,0 +NC_000962 1594906 . G A 2951.08 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=7.44372;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=679.511;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3279;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=13.9581;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=52;SAP=4.45795;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:468:0,468:0:0:468:16594:-1492.89,0 +NC_000962 1595342 . T C 2717.81 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=7.84676;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=625.798;PAIRED=0.977273;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3020;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=41;SAP=3.89863;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:399:1,398:1:30:398:13983:-1255.01,0 +NC_000962 1606673 . G T 3647.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.91972;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=839.943;PAIRED=0.991453;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4051;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=14.61;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=66;SAP=7.18621;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:439:0,439:0:0:439:15004:-1350.08,0 +NC_000962 1608276 . A C 2214.72 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=3.04088;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=509.957;PAIRED=0.985915;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2458;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=4.50892;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=43;SAP=9.89173;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:527:2,525:2:56:525:18043:-1618.19,0 +NC_000962 1609840 . A G 4657.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=153;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=3.70574;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1072.36;PAIRED=0.980392;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5173;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=4.72761;RPPR=0;RPR=82;RUN=1;SAF=97;SAP=26.8681;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:429:0,429:0:0:429:14820:-1333.47,0 +NC_000962 1613035 . T C 1669.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=55;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=7.78754;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=384.419;PAIRED=0.981818;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1852;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=3.04978;RPPR=0;RPR=27;RUN=1;SAF=23;SAP=6.20829;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:476:0,476:0:0:476:17150:-1542.73,0 +NC_000962 1616061 . C T 3578.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=12.0706;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=823.941;PAIRED=0.982759;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3976;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=6.67934;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=70;SAP=13.7928;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:459:0,459:0:0:459:15825:-1423.8,0 +NC_000962 1617302 . G T 3553.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=4.9151;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=818.188;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3946;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=4.22937;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=49;SAP=7.88659;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:524:0,523:0:0:523:18318:-1647.82,0 +NC_000962 1618978 . T C 1872.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=61;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=7.31765;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=431.249;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2078;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=5.89373;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=56;SAP=95.6005;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:194:0,194:0:0:194:6790:-611.064,0 +NC_000962 1620181 . C G 4112.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=3.5851;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=946.846;PAIRED=0.992647;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4597;QR=27;RO=1;RPL=70;RPP=3.26577;RPPR=5.18177;RPR=66;RUN=1;SAF=75;SAP=6.13977;SAR=61;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:385:0,385:0:0:385:13702:-1232.74,0 +NC_000962 1624791 . C G 4269.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=139;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=3.1509;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=983.083;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4742;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=3.1509;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=70;SAP=3.02592;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:279:0,279:0:0:279:9392:-845.202,0 +NC_000962 1625332 . CGGTGGTGGTGGTGTC CGGTGGTGGTGGTGGTGTC 1574.06 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=54;CIGAR=1M3I15M;DP=58;DPB=68.3125;DPRA=0;EPP=3.17115;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=3;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=362.441;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1777;QR=28;RO=1;RPL=31;RPP=5.5839;RPPR=5.18177;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=5.5839;SAR=31;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:316:3,308:3:97:308:9914:-883.18,0 +NC_000962 1627351 . T C 3403.15 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=5.80219;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=783.604;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3779;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=5.80219;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=70;SAP=18.2106;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:438:1,437:1:31:437:15345:-1377.49,0 +NC_000962 1630148 . A C 3192.15 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=105;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=8.98702;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=735.021;PAIRED=0.990476;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3547;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=6.50534;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=50;SAP=3.52732;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:469:0,469:0:0:469:16156:-1453.62,0 +NC_000962 1636172 . TCCGCCGCCGCCA TCCGCCGCCGCCGCCA 3990.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=143;CIGAR=1M3I12M;DP=154;DPB=187.846;DPRA=0;EPP=3.75437;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=918.747;PAIRED=0.622378;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=1;PQR=1;PRO=0.5;QA=4435;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=128.758;RPPR=0;RPR=117;RUN=1;SAF=95;SAP=36.5542;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:154:0,143:0:0:143:4435:-399.007,0 +NC_000962 1636826 . C A 1965.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=10.7656;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=452.584;PAIRED=0.984127;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2181;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=15.4532;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=8;SAP=79.1497;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:238:0,238:0:0:238:7578:-682.07,0 +NC_000962 1636918 . C T 843.24 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=29;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=12.0706;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=194.163;PAIRED=1;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1000;QR=63;RO=2;RPL=23;RPP=24.6501;RPPR=7.35324;RPR=6;RUN=1;SAF=3;SAP=42.621;SAR=26;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:31:2,29:2:63:29:1000:-84.324,0 +NC_000962 1637192 . G A 834.646 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=28;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=14.1779;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=192.184;PAIRED=0.964286;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=924;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=14.1779;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:28:0,28:0:0:28:924:-83.4646,0 +NC_000962 1637197 . T C 591.568 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=11.386;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=136.214;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=654;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=11.386;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:21:0,21:0:0:21:654:-59.1568,0 +NC_000962 1638364 . C T 2357.81 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=8.33041;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=542.906;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2729;QR=108;RO=3;RPL=34;RPP=6.91895;RPPR=3.73412;RPR=46;RUN=1;SAF=39;SAP=3.11887;SAR=41;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:232:0,232:0:0:232:8467:-761.821,0 +NC_000962 1639594 . C A 3632.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=836.409;PAIRED=0.991525;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4064;QR=27;RO=1;RPL=57;RPP=3.30474;RPPR=5.18177;RPR=61;RUN=1;SAF=80;SAP=35.472;SAR=38;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:393:0,393:0:0:393:13568:-1220.77,0 +NC_000962 1643864 . T C 4503.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=144;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1036.94;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5005;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=62;SAP=9.04217;SAR=82;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:441:1,440:1:30:440:15482:-1389.87,0 +NC_000962 1645802 . T C 3090.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=6.5732;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=711.645;PAIRED=0.990291;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3434;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=28.8361;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=60;SAP=9.10307;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:548:0,548:0:0:548:18624:-1675.66,0 +NC_000962 1647436 . G A 1433.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=46;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=6.03148;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=330.157;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1590;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=3.76559;RPPR=0;RPR=21;RUN=1;SAF=16;SAP=12.2627;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:670:0,670:0:0:670:24533:-2206.72,0 +NC_000962 1650072 . A G 5804.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=192;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=22.9607;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1336.49;PAIRED=0.989583;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6448;QR=0;RO=0;RPL=93;RPP=3.41745;RPPR=0;RPR=99;RUN=1;SAF=72;SAP=29.068;SAR=120;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:404:0,404:0:0:404:13869:-1247.89,0 +NC_000962 1651308 . A G 4105.02 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=134;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=10.8535;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=945.216;PAIRED=0.992537;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4562;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=8.26073;RPPR=0;RPR=76;RUN=1;SAF=78;SAP=10.8535;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:554:0,554:0:0:554:19571:-1760.65,0 +NC_000962 1669158 . T C 2689.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=3.109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=619.332;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2986;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=41;SAP=3.89863;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:420:0,420:0:0:420:14832:-1334.41,0 +NC_000962 1676290 . C A 4013.06 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=4.39525;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=924.04;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4457;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=5.07918;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=52;SAP=12.0553;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:444:0,444:0:0:444:15467:-1391.57,0 +NC_000962 1678706 . A C 3720.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=4.48836;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=856.579;PAIRED=0.991597;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4134;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=16.3128;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=56;SAP=3.90444;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:379:0,378:0:0:378:13069:-1175.63,0 +NC_000962 1688064 . A G 4350.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=144;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1001.74;PAIRED=0.993056;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4832;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=3.55317;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=81;SAP=7.89611;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:388:0,388:0:0:388:13492:-1214,0 +NC_000962 1688300 . T C 4631.18 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=152;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=6.66752;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1066.37;PAIRED=0.986842;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5144;QR=0;RO=0;RPL=89;RPP=12.6676;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=87;SAP=9.92473;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:351:0,351:0:0:351:12148:-1093.02,0 +NC_000962 1689349 . C T 2779.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=3.22989;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=640.114;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3089;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=4.98658;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=4.98658;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:524:0,524:0:0:524:18225:-1639.7,0 +NC_000962 1692141 . A C 1474.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=48;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=339.474;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1635;QR=0;RO=0;RPL=19;RPP=7.5342;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=27;SAP=4.6389;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:921:0,921:0:0:921:33386:-3002.91,0 +NC_000962 1693561 . A G 1351.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=43;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=5.48477;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=311.106;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1498;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=3.0608;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=3.0608;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:643:0,643:0:0:643:22223:-1999.34,0 +NC_000962 1695037 . G A 2380.27 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=77;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=3.71532;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=548.077;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2642;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.0385;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=28;SAP=15.4469;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:696:1,695:1:21:695:22935:-2061.49,0 +NC_000962 1695796 . C T 1925.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=4.69922;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=443.296;PAIRED=0.984127;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2139;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=3.04477;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=33;SAP=3.32051;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:657:0,656:0:0:656:22276:-2003.97,0 +NC_000962 1696671 . CAAAAACCCG CAAAACCCG 12222.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=438;CIGAR=1M1D8M;DP=463;DPB=421;DPRA=0;EPP=3.50607;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2814.41;PAIRED=0.90411;PAIREDR=1;PAO=17;PQA=452;PQR=452;PRO=17;QA=13604;QR=20;RO=1;RPL=209;RPP=4.99338;RPPR=5.18177;RPR=229;RUN=1;SAF=279;SAP=74.4012;SAR=159;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:463:1,438:1:20:438:13604:-1222.28,0 +NC_000962 1697727 . C T 18879 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=600;CIGAR=1X;DP=600;DPB=600;DPRA=0;EPP=18.7752;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4347.05;PAIRED=0.903333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20985;QR=0;RO=0;RPL=317;RPP=7.194;RPPR=0;RPR=283;RUN=1;SAF=292;SAP=3.93679;SAR=308;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:600:0,600:0:0:600:20985:-1887.9,0 +NC_000962 1697896 . C T 1670.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=55;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=6.20829;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=384.625;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1853;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=3.36563;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=30;SAP=3.99733;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:637:0,636:0:0:636:22146:-1992.08,0 +NC_000962 1698911 . G A 1938.53 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=3.32051;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=446.362;PAIRED=0.984127;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2151;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=3.32051;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=36;SAP=5.80219;SAR=27;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:509:0,509:0:0:509:17384:-1563.99,0 +NC_000962 1699849 . G A 2318.18 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=10.5224;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=533.78;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2573;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=7.23587;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=34;SAP=4.06669;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:540:0,540:0:0:540:18894:-1699.83,0 +NC_000962 1701215 . C T 1667.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=55;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=6.20829;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=384.001;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1850;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=3.99733;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=38;SAP=20.4216;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:690:0,690:0:0:690:24364:-2191.77,0 +NC_000962 1701684 . G A 3235.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=105;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=7.66346;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=745.069;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3593;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=6.50534;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=41;SAP=13.9504;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:401:0,401:0:0:401:13759:-1237.97,0 +NC_000962 1706119 . T C 2362.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=544.068;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2625;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=4.01252;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=39;SAP=3.0103;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:533:0,533:0:0:533:19277:-1734.01,0 +NC_000962 1706685 . C A 1973.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=65;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=5.71629;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=454.445;PAIRED=0.953846;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2220;QR=27;RO=1;RPL=36;RPP=4.64726;RPPR=5.18177;RPR=29;RUN=1;SAF=13;SAP=53.8228;SAR=52;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:506:0,506:0:0:506:17972:-1616.78,0 +NC_000962 1709432 . C T 2417.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=5.23675;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=556.66;PAIRED=0.987342;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2719;QR=32;RO=1;RPL=44;RPP=5.23675;RPPR=5.18177;RPR=35;RUN=1;SAF=36;SAP=4.35716;SAR=43;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:614:1,613:1:25:613:21733:-1952.59,0 +NC_000962 1711670 . C T 3620.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=7.72129;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=833.724;PAIRED=0.991525;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4021;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=3.08391;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=59;SAP=3.0103;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:562:0,562:0:0:562:20103:-1808.43,0 +NC_000962 1713192 . A G 2338.37 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=3.45573;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=538.43;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2599;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=24.8364;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=44;SAP=5.79424;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:518:0,518:0:0:518:17830:-1604.1,0 +NC_000962 1715165 . G C 1416.68 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=47;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=3.42611;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=326.202;PAIRED=0.87234;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1571;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=4.16534;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=4.16534;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:610:0,609:0:0:609:21605:-1943.31,0 +NC_000962 1716472 . A G 3036.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=4.75178;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=699.093;PAIRED=0.990099;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3371;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=9.22372;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=53;SAP=3.54779;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:480:0,480:0:0:480:16381:-1473.79,0 +NC_000962 1722200 . C G 2176.94 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=75;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=6.51361;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=501.259;PAIRED=0.986667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2416;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=18.3264;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=33;SAP=5.35549;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:398:0,398:0:0:398:13240:-1191.35,0 +NC_000962 1722228 . A C 1960.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=67;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=38.3048;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=451.322;PAIRED=0.970149;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2175;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=34.1563;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=36;SAP=3.82055;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:381:0,381:0:0:381:13230:-1190.39,0 +NC_000962 1728837 . A G 2028.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=67;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=4.59839;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=467.074;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2251;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=3.04271;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=44;SAP=17.3031;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:657:1,656:1:22:656:23288:-2092.77,0 +NC_000962 1733134 . C T 2225.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=3.7749;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=512.45;PAIRED=0.985915;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2470;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=3.7749;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=35;SAP=3.04088;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:556:0,556:0:0:556:19472:-1751.86,0 +NC_000962 1733325 . C G 2925.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=3.55865;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=673.53;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3250;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=6.71716;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=46;SAP=4.08507;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:506:0,506:0:0:506:17540:-1578.1,0 +NC_000962 1741352 . C T 5221.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=166;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1202.36;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5803;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=7.2486;RPPR=0;RPR=92;RUN=1;SAF=95;SAP=10.545;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:352:0,352:0:0:352:11900:-1070.82,0 +NC_000962 1752561 . T C 1499.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=53;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=24.6841;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=345.305;PAIRED=0.981132;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1666;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=6.32897;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=32;SAP=7.96781;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:445:1,444:1:32:444:15475:-1389.1,0 +NC_000962 1753519 . GCCCCGT GCCCCCGT 6036.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=206;CIGAR=1M1I6M;DP=213;DPB=242.714;DPRA=0;EPP=11.2745;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1390.02;PAIRED=0.84466;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6710;QR=0;RO=0;RPL=91;RPP=9.08199;RPPR=0;RPR=115;RUN=1;SAF=106;SAP=3.38978;SAR=100;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:213:0,206:0:0:206:6710:-603.679,0 +NC_000962 1756358 . CGGGCA CGGCA 2843.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1M1D4M;DP=99;DPB=82.5;DPRA=0;EPP=4.13032;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=654.785;PAIRED=0.989474;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3160;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=5.77607;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=63;SAP=24.9765;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:444:0,444:0:0:444:14764:-1328.47,0 +NC_000962 1759252 . G T 2288.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=75;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=526.943;PAIRED=0.96;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2540;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=5.35549;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=30;SAP=9.52472;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:540:0,540:0:0:540:18894:-1699.85,0 +NC_000962 1760292 . A G 2732.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=4.98658;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=629.2;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3036;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.0347;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=27;SAP=32.8985;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:510:0,510:0:0:510:17682:-1590.9,0 +NC_000962 1770944 . AC AT 1664.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=55;CIGAR=1M1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=6.20829;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=383.175;PAIRED=0.963636;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1846;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=3.36563;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=20;SAP=11.8936;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:55:0,55:0:0:55:1846:-166.411,0 +NC_000962 1770945 . C T 17731.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=547;CIGAR=1X;DP=548;DPB=548;DPRA=0;EPP=33.0576;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4082.89;PAIRED=0.906764;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19714;QR=0;RO=0;RPL=310;RPP=24.1653;RPPR=0;RPR=237;RUN=1;SAF=315;SAP=30.3581;SAR=232;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:548:0,547:0:0:547:19714:-1773.18,0 +NC_000962 1774659 . C T 2433.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=4.74748;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=560.39;PAIRED=0.975;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2704;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.44459;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=34;SAP=6.91895;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:644:1,643:1:36:643:22682:-2036.86,0 +NC_000962 1778430 . T C 5824.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=190;CIGAR=1X;DP=190;DPB=190;DPRA=0;EPP=9.59329;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1341.25;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6471;QR=0;RO=0;RPL=97;RPP=3.19316;RPPR=0;RPR=93;RUN=1;SAF=106;SAP=8.54184;SAR=84;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:359:0,359:0:0:359:12394:-1115.17,0 +NC_000962 1779279 . A T 427.854 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=98.517;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=472;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:15:0,15:0:0:15:472:-42.7854,0 +NC_000962 1792777 . TT CC 3471.81 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=2X;DP=117;DPB=117.5;DPRA=0;EPP=5.70592;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=799.414;PAIRED=0.982759;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=14;PQR=0;PRO=0;QA=3844;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=6.67934;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=6.67934;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:415:0,413:0:0:413:14394:-1316.59,0 +NC_000962 1798355 . G A 3487.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=4.59489;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=803.071;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3873;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.49937;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=51;SAP=4.59489;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:408:0,408:0:0:408:13415:-1207.17,0 +NC_000962 1803265 . G A 2980.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=3.56996;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=686.235;PAIRED=0.989691;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3309;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=8.04722;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=45;SAP=4.10723;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:484:0,484:0:0:484:17500:-1574.27,0 +NC_000962 1804409 . C A 3902.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=3.28604;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=898.602;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4337;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=6.38815;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=59;SAP=4.11327;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:437:0,437:0:0:437:14870:-1337.93,0 +NC_000962 1811375 . G T 2915.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=6.33681;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=671.327;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3237;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=6.33681;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=46;SAP=3.1027;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:508:0,508:0:0:508:17857:-1606.45,0 +NC_000962 1817976 . A T 3038.78 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=3.36483;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=699.705;PAIRED=0.979592;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3374;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=46;SAP=3.80798;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:406:0,406:0:0:406:13847:-1245.88,0 +NC_000962 1829557 . C T 2945.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=3.03316;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=678.161;PAIRED=0.968421;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3270;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=3.03316;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=48;SAP=3.03316;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:454:0,454:0:0:454:16083:-1446.97,0 +NC_000962 1831220 . A C 3777.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=17.3899;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=869.784;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4235;QR=36;RO=1;RPL=72;RPP=7.95168;RPPR=5.18177;RPR=55;RUN=1;SAF=66;SAP=3.43776;SAR=61;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:477:0,477:0:0:477:16438:-1478.99,0 +NC_000962 1831226 . A G 3559.24 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=10.3712;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=819.545;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3955;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=4.18805;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=68;SAP=8.97265;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:439:0,439:0:0:439:15008:-1350.39,0 +NC_000962 1831288 . C T 3115.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=10.621;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=717.41;PAIRED=0.980583;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3463;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=6.5732;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=52;SAP=3.03138;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:416:0,416:0:0:416:14391:-1294.91,0 +NC_000962 1834177 . A C 3386.72 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=9.40627;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=779.821;PAIRED=0.981818;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3763;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=3.0103;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:548:0,548:0:0:548:19732:-1775.02,0 +NC_000962 1836286 . G C 4380.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=142;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1008.66;PAIRED=0.992958;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4869;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=3.56081;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=57;SAP=14.9993;SAR=85;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:390:0,390:0:0:390:13875:-1248.28,0 +NC_000962 1839759 . G C 3888.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=5.49198;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=895.453;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4319;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=87;SAP=42.7172;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:446:1,445:1:27:445:15329:-1376.53,0 +NC_000962 1844339 . A G 3304.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=4.2737;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=760.811;PAIRED=0.972727;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3669;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=4.98437;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=61;SAP=5.85295;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:363:0,363:0:0:363:12794:-1151.05,0 +NC_000962 1847919 . C G 4251.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=140;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=9.21451;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=978.953;PAIRED=0.978571;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4722;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=3.07234;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=91;SAP=30.3709;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:509:0,509:0:0:509:18286:-1645,0 +NC_000962 1849051 . C T 3700.03 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=120;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=13.4334;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=851.962;PAIRED=0.975;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4109;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=3.66174;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=53;SAP=6.55704;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:470:0,470:0:0:470:16650:-1497.94,0 +NC_000962 1849609 . T C 2732.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=4.20583;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=629.272;PAIRED=0.988764;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3034;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.62026;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=56;SAP=15.9171;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:475:0,475:0:0:475:16409:-1476.32,0 +NC_000962 1849934 . A G 3601.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=5.25601;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=829.171;PAIRED=0.991453;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3999;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=5.25601;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=54;SAP=4.51363;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:472:0,472:0:0:472:16365:-1472.35,0 +NC_000962 1854300 . T C 4449.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=146;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=3.06979;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1024.52;PAIRED=0.979452;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4942;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=3.96218;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=57;SAP=18.2404;SAR=89;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:382:0,381:0:0:381:13228:-1189.92,0 +NC_000962 1856777 . G C 3610.94 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=4.48836;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=831.449;PAIRED=0.97479;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4010;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=5.21827;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=83;SAP=43.3194;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:417:0,417:0:0:417:14897:-1340.18,0 +NC_000962 1859559 . C A 2695.14 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=4.23331;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=620.578;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2992;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=10.2236;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=40;SAP=4.23331;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:411:0,411:0:0:411:13902:-1250.88,0 +NC_000962 1862466 . C T 3784.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=3.16919;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=871.432;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4203;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=5.14646;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=62;SAP=3.02795;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:123:0,123:0:0:123:4203:-378.458,0 +NC_000962 1876976 . C A 3475.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=6.74371;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=800.332;PAIRED=0.991228;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3862;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=4.22937;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=63;SAP=5.75321;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:318:0,318:0:0:318:11134:-1001.8,0 +NC_000962 1877744 . A C 3611.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=9.07545;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=831.666;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4011;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=13.7928;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=39;SAP=30.0414;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:557:0,556:0:0:556:18879:-1698.16,0 +NC_000962 1885385 . T G 2606.95 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=86;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=5.53527;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=600.271;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2894;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=3.41429;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=43;SAP=3.0103;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:539:0,539:0:0:539:18997:-1709.06,0 +NC_000962 1885770 . GCG GCA 2150.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=2M1X;DP=76;DPB=76.6667;DPRA=0;EPP=8.17902;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=495.079;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=16;PQR=16;PRO=0.5;QA=2389;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=3.28556;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=26;SAP=14.0512;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:76:0,71:0:0:71:2389:-215.01,0 +NC_000962 1885772 . G A 12523.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=423;CIGAR=1X;DP=423;DPB=423;DPRA=0;EPP=11.6397;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2883.6;PAIRED=0.91253;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13917;QR=0;RO=0;RPL=224;RPP=6.21874;RPPR=0;RPR=199;RUN=1;SAF=166;SAP=45.5209;SAR=257;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:423:0,423:0:0:423:13917:-1252.33,0 +NC_000962 1888373 . T C 2800.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=3.37991;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=644.812;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3109;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=4.48875;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=64;SAP=29.7148;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:456:1,455:1:27:455:15496:-1391.53,0 +NC_000962 1891388 . C G 15858.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=501;CIGAR=1X;DP=501;DPB=501;DPRA=0;EPP=5.71922;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3651.46;PAIRED=0.922156;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17627;QR=0;RO=0;RPL=271;RPP=10.2962;RPPR=0;RPR=230;RUN=1;SAF=185;SAP=77.3908;SAR=316;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:501:0,501:0:0:501:17627:-1585.81,0 +NC_000962 1891388 . CC GC 2031.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=66;CIGAR=1X1M;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=4.19474;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=453.277;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2280;QR=23;RO=1;RPL=38;RPP=6.30041;RPPR=5.18177;RPR=28;RUN=1;SAF=50;SAP=41.044;SAR=16;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:71:1,66:1:23:66:2280:-203.151,0 +NC_000962 1892017 . T C 2715.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=3.03416;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=625.346;PAIRED=0.978022;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3015;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=11.6246;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=52;SAP=7.04303;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:494:1,493:1:39:493:17941:-1609.95,0 +NC_000962 1894300 . GGC GGTCTTGCCGCGC 2491.01 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=90;CIGAR=1M10I2M;DP=92;DPB=392;DPRA=0;EPP=3.39634;EPPR=0;GTI=0;LEN=10;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=573.577;PAIRED=0.988889;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2768;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=6.48466;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=54;SAP=10.8276;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:248:0,241:0:0:241:7703:-693.042,0 +NC_000962 1894422 . A G 4034.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=133;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=18.7004;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=929.021;PAIRED=0.977444;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4557;QR=72;RO=2;RPL=64;RPP=3.41847;RPPR=7.35324;RPR=69;RUN=1;SAF=67;SAP=3.02663;SAR=66;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:415:0,415:0:0:415:14475:-1302.38,0 +NC_000962 1901493 . T C 2787.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=7.04303;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=641.913;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3095;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.22506;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=45;SAP=3.03416;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:507:0,507:0:0:507:17656:-1588.46,0 +NC_000962 1902337 . A C 3590.45 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=3.68421;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=826.732;PAIRED=0.982759;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3991;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=4.20835;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=67;SAP=9.07545;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:517:0,517:0:0:517:17799:-1601.47,0 +NC_000962 1906078 . A G 3146.77 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=9.90792;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=724.571;PAIRED=0.990196;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3494;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=5.13919;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=44;SAP=7.18293;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:464:1,463:1:29:463:15755:-1414.68,0 +NC_000962 1907296 . G C 3139.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=9.10307;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=722.914;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3516;QR=27;RO=1;RPL=49;RPP=3.53736;RPPR=5.18177;RPR=54;RUN=1;SAF=59;SAP=7.75381;SAR=44;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:605:0,605:0:0:605:21073:-1895.77,0 +NC_000962 1916137 . A G 4505.15 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=146;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=5.15203;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1037.35;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5004;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=11.5772;RPPR=0;RPR=85;RUN=1;SAF=86;SAP=13.0645;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:407:0,407:0:0:407:14550:-1309.06,0 +NC_000962 1917972 . A G 5176.01 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=167;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=3.64744;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1191.82;PAIRED=0.982036;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5752;QR=0;RO=0;RPL=77;RPP=5.20778;RPPR=0;RPR=90;RUN=1;SAF=96;SAP=11.1371;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:408:0,408:0:0:408:14098:-1268.51,0 +NC_000962 1924008 . G A 2417.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=556.563;PAIRED=0.974359;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2683;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=3.12166;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=39;SAP=3.0103;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:559:0,559:0:0:559:19348:-1740.7,0 +NC_000962 1931179 . C A 2824.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=3.86001;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=650.288;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3138;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=9.05266;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=51;SAP=5.3706;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:452:0,452:0:0:452:15587:-1402.45,0 +NC_000962 1931718 . G C 3225.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=4.65412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=742.786;PAIRED=0.981308;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3582;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=4.00471;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=49;SAP=4.65412;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:400:0,400:0:0:400:13692:-1231.94,0 +NC_000962 1933988 . G A 1599.37 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=52;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=9.02361;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=368.269;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1774;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=3.67845;RPPR=0;RPR=24;RUN=1;SAF=18;SAP=13.7006;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:613:0,613:0:0:613:22126:-1990.37,0 +NC_000962 1944107 . A G 3140.27 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=9.10307;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=723.073;PAIRED=0.990291;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3489;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=16.1867;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=65;SAP=18.3793;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:427:0,427:0:0:427:14576:-1311.49,0 +NC_000962 1944402 . T C 3527.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=4.9151;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=812.186;PAIRED=0.982456;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3917;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=6.74371;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=62;SAP=4.9151;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:482:0,482:0:0:482:16727:-1504.94,0 +NC_000962 1945950 . G T 5889.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=190;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=3.19316;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1356.15;PAIRED=0.994737;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6583;QR=36;RO=1;RPL=99;RPP=3.74174;RPPR=5.18177;RPR=91;RUN=1;SAF=94;SAP=3.05602;SAR=96;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:423:0,423:0:0:423:14534:-1307.7,0 +NC_000962 1947282 . A G 3175.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=3.09382;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=731.188;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3526;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.34437;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=53;SAP=3.09382;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:536:0,536:0:0:536:19044:-1713.21,0 +NC_000962 1950767 . T C 1916.65 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=64;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=14.0034;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=441.324;PAIRED=0.96875;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2129;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=3.14602;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=32;SAP=3.0103;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:540:0,540:0:0:540:19066:-1715.27,0 +NC_000962 1955760 . CGAAG CG 2056.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1M3D1M;DP=72;DPB=28.8;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=473.485;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2282;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=15.074;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=25;SAP=17.6074;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:334:0,334:0:0:334:10822:-973.905,0 +NC_000962 1955913 . CCCGGAAGTCGATGACCGTTG CT 1944.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=62;CIGAR=1M19D1X;DP=62;DPB=5.90476;DPRA=0;EPP=6.51267;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=447.818;PAIRED=0.983871;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2158;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=6.51267;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=28;SAP=4.27115;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:216:0,216:0:0:216:7929:-720.455,0 +NC_000962 1955941 . G C 2900.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=3.38795;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=667.807;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3220;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=4.52089;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=38;SAP=9.05266;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:360:0,360:0:0:360:12607:-1134.3,0 +NC_000962 1960284 . C A 4307.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=139;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=18.0231;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=991.775;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4784;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=3.1509;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=58;SAP=11.2744;SAR=81;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:423:0,423:0:0:423:14973:-1347.13,0 +NC_000962 1961735 . A G 3411.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=4.56684;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=785.463;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3791;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.95191;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=56;SAP=3.02952;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:456:0,456:0:0:456:16092:-1447.77,0 +NC_000962 1967026 . C T 2597.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=84;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=3.1137;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=597.997;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2883;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.94093;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=44;SAP=3.42391;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:507:0,506:0:0:506:16805:-1511.78,0 +NC_000962 1967237 . C A 3368.94 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=108;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=3.332;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=775.728;PAIRED=0.990741;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3741;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.73412;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=3.73412;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:571:0,571:0:0:571:19849:-1785.78,0 +NC_000962 1967543 . C A 3709 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=3.29508;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=854.029;PAIRED=0.991803;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4119;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=4.14943;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=54;SAP=6.49889;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:490:0,490:0:0:490:16600:-1493.61,0 +NC_000962 1971725 . G C 2315.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=76;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=3.46745;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=533.159;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2570;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=4.83891;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=4.83891;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:450:0,450:0:0:450:15526:-1396.93,0 +NC_000962 1980652 . G T 4181.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=134;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=4.6308;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=962.776;PAIRED=0.992537;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4644;QR=0;RO=0;RPL=82;RPP=17.5948;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=82;SAP=17.5948;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:445:0,445:0:0:445:15510:-1395.54,0 +NC_000962 1983291 . C T 2292.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=3.12166;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=527.769;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2548;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=163.811;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=39;SAP=3.0103;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:234:0,234:0:0:234:8078:-726.97,0 +NC_000962 1983313 . T G 11973.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=383;CIGAR=1X;DP=383;DPB=383;DPRA=0;EPP=11.6338;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2757.03;PAIRED=0.934726;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13307;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=348.909;RPPR=0;RPR=315;RUN=1;SAF=208;SAP=9.18454;SAR=175;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:383:0,383:0:0:383:13307:-1197.36,0 +NC_000962 1986639 . C T 328.997 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=4.78696;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=75.7544;PAIRED=0.272727;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=362;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=4.78696;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:11:0,11:0:0:11:362:-32.8997,0 +NC_000962 2003105 . C T 3261.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=751.078;PAIRED=0.95283;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3622;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=3.33807;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=60;SAP=7.02548;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:436:0,436:0:0:436:15387:-1384.43,0 +NC_000962 2003827 . A C 3968.13 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=131;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=8.99428;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=913.696;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4407;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=3.02688;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=76;SAP=10.3204;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:454:0,453:0:0:453:15945:-1434.2,0 +NC_000962 2009290 . GCCCCCAG GCCCCAG 3306.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1M1D6M;DP=113;DPB=99.125;DPRA=0;EPP=6.87947;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=761.291;PAIRED=0.990909;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3674;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=8.06391;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=51;SAP=4.2737;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:371:0,368:0:0:368:12546:-1128.56,0 +NC_000962 2010614 . G A 1860.27 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=60;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=14.7363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=428.342;PAIRED=0.95;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2064;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=14.7363;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=22;SAP=12.2752;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:575:0,575:0:0:575:20204:-1817.58,0 +NC_000962 2011314 . C T 2459.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=9.19487;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=566.303;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2730;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=3.69747;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=3.69747;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:426:0,426:0:0:426:14243:-1281.57,0 +NC_000962 2022868 . T C 4155.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=135;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=5.72866;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=956.907;PAIRED=0.97037;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4618;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=8.81698;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=73;SAP=4.95658;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:464:0,464:0:0:464:15869:-1427.9,0 +NC_000962 2023628 . C G 2768.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=20.4059;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=637.547;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3074;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=4.94315;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=43;SAP=3.60686;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:563:0,563:0:0:563:20045:-1803.26,0 +NC_000962 2034070 . A C 3412.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=7.25883;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=785.681;PAIRED=0.991304;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3789;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=3.02918;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=66;SAP=8.4673;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:474:0,474:0:0:474:16632:-1496.37,0 +NC_000962 2043895 . C T 3597.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.47429;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=828.346;PAIRED=0.991453;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3995;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=3.91972;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=46;SAP=14.61;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:466:0,466:0:0:466:16181:-1455.79,0 +NC_000962 2045310 . A G 3434.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=8.4673;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=790.848;PAIRED=0.982609;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3814;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=7.25883;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=50;SAP=7.25883;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:413:0,413:0:0:413:14727:-1324.97,0 +NC_000962 2049065 . T C 4076.99 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=134;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=6.18648;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=938.762;PAIRED=0.992537;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4528;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=57;SAP=9.49231;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:504:0,504:0:0:504:17901:-1610.41,0 +NC_000962 2049097 . G C 3609.15 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=3.30474;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=831.036;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4008;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=4.85053;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=53;SAP=5.66023;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:514:0,514:0:0:514:18291:-1645.55,0 +NC_000962 2050822 . G C 3567.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=3.68421;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=821.513;PAIRED=0.974138;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3962;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=7.80251;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=59;SAP=3.08518;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:427:0,427:0:0:427:15184:-1366.13,0 +NC_000962 2051746 . T C 1820.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=59;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=7.46366;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=419.23;PAIRED=0.983051;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2020;QR=0;RO=0;RPL=20;RPP=16.2968;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=45;SAP=38.3795;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:503:1,502:1:30:502:17847:-1602.63,0 +NC_000962 2052035 . G T 2424.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=5.72464;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=558.228;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2691;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=3.44459;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=39;SAP=3.11887;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:545:0,545:0:0:545:19300:-1736.34,0 +NC_000962 2055271 . A G 3748.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=3.02795;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=863.075;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4165;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=3.87536;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=38;SAP=42.0085;SAR=85;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:456:0,456:0:0:456:15943:-1434.35,0 +NC_000962 2057774 . A T 2424.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=4.35716;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=558.225;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2691;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=6.33623;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=41;SAP=3.25768;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:454:0,454:0:0:454:15922:-1432.44,0 +NC_000962 2061958 . A G 327.144 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=75.3277;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=4.78696;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=1;SAP=19.0002;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:151:0,151:0:0:151:4828:-434.671,0 +NC_000962 2064267 . CCTCC CCTCG 1667.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=54;CIGAR=4M1X;DP=58;DPB=58.4;DPRA=0;EPP=13.3047;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=369.533;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=32;PQR=0;PRO=0;QA=1854;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=3.6537;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=28;SAP=3.17115;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:58:0,54:0:0:54:1854:-166.751,0 +NC_000962 2064271 . C G 17397 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=541;CIGAR=1X;DP=541;DPB=541;DPRA=0;EPP=3.33542;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4005.82;PAIRED=0.898336;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19339;QR=0;RO=0;RPL=279;RPP=4.17029;RPPR=0;RPR=262;RUN=1;SAF=246;SAP=12.6475;SAR=295;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:541:0,541:0:0:541:19339:-1739.7,0 +NC_000962 2067684 . G A 2690.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=6.56362;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=619.465;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3010;QR=21;RO=1;RPL=45;RPP=3.109;RPPR=5.18177;RPR=43;RUN=1;SAF=51;SAP=7.84676;SAR=37;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:543:0,543:0:0:543:18903:-1700.68,0 +NC_000962 2069771 . C A 3816.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=4.14943;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=878.755;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4241;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=3.0815;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=83;SAP=37.4691;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:441:0,441:0:0:441:15292:-1375.85,0 +NC_000962 2072313 . C A 2905.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=4.90158;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=669.045;PAIRED=0.989247;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3226;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=5.83555;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=46;SAP=3.03365;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:501:0,501:0:0:501:17919:-1612.02,0 +NC_000962 2074754 . C T 2526.01 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=3.68051;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=581.636;PAIRED=0.987654;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2804;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=17.1919;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=40;SAP=3.03711;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:613:0,613:0:0:613:21992:-1978.39,0 +NC_000962 2078246 . C G 2444.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=6.2541;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=562.777;PAIRED=0.987654;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2713;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=10.7579;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=40;SAP=3.03711;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:422:0,422:0:0:422:15043:-1353.34,0 +NC_000962 2082053 . A G 4668.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=152;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=17.6392;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1074.86;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5185;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=5.81036;RPPR=0;RPR=83;RUN=1;SAF=89;SAP=12.6676;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:501:0,501:0:0:501:17590:-1582.49,0 +NC_000962 2086672 . C T 2686.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=6.03039;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=618.502;PAIRED=0.988506;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2982;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=6.03039;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=43;SAP=3.03526;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:514:0,514:0:0:514:18201:-1637.42,0 +NC_000962 2094911 . ACAGCGTCAGCGTC ACAGCGTC 1889.7 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=65;CIGAR=1M6D7M;DP=66;DPB=37.7143;DPRA=0;EPP=23.8898;EPPR=0;GTI=0;LEN=6;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=435.119;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2099;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=4.64726;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=30;SAP=3.84548;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:375:0,373:0:0:373:12352:-1111.22,0 +NC_000962 2096186 . A G 4385.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=143;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=4.24029;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1009.81;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4874;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=6.42695;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=56;SAP=17.6032;SAR=87;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:442:0,442:0:0:442:15128:-1361.18,0 +NC_000962 2097270 . C T 3020.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=3.8246;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=695.562;PAIRED=0.979167;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3354;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.10078;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=50;SAP=3.37221;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:362:0,362:0:0:362:12394:-1115.25,0 +NC_000962 2108141 . T C 2735.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=3.60686;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=629.903;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3037;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=3.22506;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=51;SAP=5.89764;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:287:0,287:0:0:287:10096:-908.423,0 +NC_000962 2108890 . A C 2831.66 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=4.13032;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=652.015;PAIRED=0.978947;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3146;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.21602;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=47;SAP=3.03316;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:304:0,304:0:0:304:10743:-966.65,0 +NC_000962 2109523 . CGGTA CGGGTA 1962.52 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=68;CIGAR=1M1I4M;DP=71;DPB=85;DPRA=0;EPP=3.52123;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=451.887;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2181;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=3.13803;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=47;SAP=24.5973;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:405:0,390:0:0:390:12945:-1164.58,0 +NC_000962 2112832 . A C 3341.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=15.4614;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=769.309;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3710;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.50834;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=60;SAP=5.42083;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:546:0,545:0:0:545:18774:-1688.87,0 +NC_000962 2116903 . C T 3606.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.47429;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=830.413;PAIRED=0.991453;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4005;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=9.71031;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=64;SAP=5.25601;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:395:0,395:0:0:395:13001:-1169.85,0 +NC_000962 2122395 . C T 3082.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=3.09716;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=709.858;PAIRED=0.99;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3423;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=7.26639;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=52;SAP=3.35774;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:518:0,518:0:0:518:18303:-1646.64,0 +NC_000962 2122976 . C G 3610.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=3.68421;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=831.25;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4009;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=6.67934;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=52;SAP=5.70592;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:461:0,460:0:0:460:15599:-1403.29,0 +NC_000962 2123169 . T G 3009.08 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=692.867;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3341;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=3.79203;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=52;SAP=3.35774;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:574:0,574:0:0:574:20548:-1848.54,0 +NC_000962 2128870 . A G 3952.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=3.16418;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=910.173;PAIRED=0.992126;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4390;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.16418;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=54;SAP=9.18275;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:559:0,559:0:0:559:19484:-1752.88,0 +NC_000962 2135154 . G T 2894.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=3.1027;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=666.561;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3214;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=3.84193;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=28;SAP=36.3678;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:516:0,516:0:0:516:18605:-1673.7,0 +NC_000962 2135870 . T C 2232.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=75;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=514.092;PAIRED=0.986667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2478;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=7.90335;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=33;SAP=5.35549;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:487:1,486:1:35:486:17542:-1574.57,0 +NC_000962 2137521 . ACA ACTCCGATCACCA 7428.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=258;CIGAR=1M10I2M;DP=264;DPB=1124.67;DPRA=0;EPP=7.85824;EPPR=0;GTI=0;LEN=10;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1710.46;PAIRED=0.903101;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=8;PQR=8;PRO=0.5;QA=8257;QR=0;RO=0;RPL=156;RPP=27.553;RPPR=0;RPR=102;RUN=1;SAF=139;SAP=6.37692;SAR=119;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:264:0,258:0:0:258:8257:-742.842,0 +NC_000962 2138436 . A G 2678.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=90;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=616.642;PAIRED=0.988889;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2973;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=4.55446;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=46;SAP=3.10681;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:502:1,501:1:36:501:17384:-1560.49,0 +NC_000962 2138453 . C T 2840.03 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=7.63648;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=653.941;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3156;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=6.40913;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=45;SAP=3.10471;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:474:0,474:0:0:474:16153:-1453.39,0 +NC_000962 2141408 . TGGGGGGGTGCC TGGGGGGGGTGCC 9849.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=330;CIGAR=1M1I11M;DP=354;DPB=382.25;DPRA=0;EPP=3.11558;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2267.91;PAIRED=0.909091;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11043;QR=94;RO=3;RPL=182;RPP=10.617;RPPR=3.73412;RPR=148;RUN=1;SAF=183;SAP=11.5383;SAR=147;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:354:3,330:3:94:330:11043:-984.939,0 +NC_000962 2142266 . C A 1719.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=56;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=5.49198;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=396.022;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1908;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=6.88793;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=37;SAP=15.5738;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:474:0,474:0:0:474:16409:-1476.32,0 +NC_000962 2143328 . G C 3087.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=7.26639;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=710.887;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3428;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=7.26639;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=40;SAP=11.6962;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:450:0,450:0:0:450:16002:-1439.63,0 +NC_000962 2145557 . C T 3219.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=4.71796;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=741.349;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3575;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=3.03138;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=35;SAP=25.9689;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:103:0,103:0:0:103:3575:-321.964,0 +NC_000962 2147022 . A C 2536.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=28.1523;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=584.123;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2856;QR=36;RO=1;RPL=43;RPP=3.24576;RPPR=5.18177;RPR=40;RUN=1;SAF=46;SAP=5.12945;SAR=37;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:432:0,432:0:0:432:15098:-1358.42,0 +NC_000962 2151222 . T G 3117.06 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=717.728;PAIRED=0.980392;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3461;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=6.07591;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=38;SAP=17.4016;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:468:0,468:0:0:468:16379:-1473.56,0 +NC_000962 2154724 . C A 3149.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=3.34437;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=725.178;PAIRED=0.971154;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3497;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.09382;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=49;SAP=3.76196;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:426:0,426:0:0:426:15410:-1386.35,0 +NC_000962 2158109 . T C 3028.91 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=10.9285;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=697.431;PAIRED=0.989899;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3363;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=5.66432;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=51;SAP=3.20771;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:461:0,461:0:0:461:16379:-1473.54,0 +NC_000962 2158403 . C T 3051.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=4.40004;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=702.603;PAIRED=0.97;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3388;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=10.0459;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=53;SAP=3.79203;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:100:0,100:0:0:100:3388:-305.136,0 +NC_000962 2160998 . G A 3814.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=3.16919;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=878.302;PAIRED=0.99187;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4239;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=4.44029;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=64;SAP=3.45166;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:384:0,384:0:0:384:12359:-1112.11,0 +NC_000962 2161343 . GTTTTAC GTTTTTAC 2924.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1M1I6M;DP=101;DPB=114.857;DPRA=0;EPP=3.56996;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=673.459;PAIRED=0.979381;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3302;QR=52;RO=2;RPL=47;RPP=3.21178;RPPR=3.0103;RPR=50;RUN=1;SAF=43;SAP=5.71904;SAR=54;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:409:0,407:0:0:407:14095:-1267.81,0 +NC_000962 2161902 . G A 2186.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=7.23587;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=503.493;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2487;QR=57;RO=2;RPL=35;RPP=3.47981;RPPR=7.35324;RPR=39;RUN=1;SAF=26;SAP=17.2129;SAR=48;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:516:1,515:1:32:515:18219:-1635.86,0 +NC_000962 2163790 . A C 631.855 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=22;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=9.32731;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=145.49;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=701;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=9.32731;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:100:0,100:0:0:100:3582:-322.516,0 +NC_000962 2165286 . A C 1777.43 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=60;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=3.15506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=409.269;PAIRED=0.983333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1972;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=4.31318;RPPR=0;RPR=27;RUN=1;SAF=44;SAP=31.3842;SAR=16;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:488:0,487:0:0:487:17000:-1529.19,0 +NC_000962 2165503 . T A 2924.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=673.293;PAIRED=0.989583;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3247;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=0;RPR=96;RUN=1;SAF=60;SAP=16.0391;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:96:0,96:0:0:96:3247:-292.407,0 +NC_000962 2167926 . A G 1962.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=67;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=12.3768;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=451.943;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2178;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=3.04271;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=36;SAP=3.82055;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:489:0,489:0:0:489:16933:-1523.47,0 +NC_000962 2172380 . A C 3056.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=4.37279;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=703.853;PAIRED=0.970588;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3394;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.7767;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=61;SAP=11.5259;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:452:0,452:0:0:452:14949:-1345.16,0 +NC_000962 2172964 . T G 2485.7 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=3.66436;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=572.355;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2831;QR=68;RO=2;RPL=41;RPP=3.03646;RPPR=7.35324;RPR=42;RUN=1;SAF=45;SAP=4.29225;SAR=38;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:545:1,544:1:35:544:18768:-1685.09,0 +NC_000962 2173860 . A C 2325.35 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=76;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=5.8675;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=535.431;PAIRED=0.986842;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2581;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=3.46745;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=43;SAP=5.8675;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:632:0,632:0:0:632:22769:-2048.19,0 +NC_000962 2174193 . A G 2911.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=10.9285;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=670.291;PAIRED=0.969697;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3232;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.03223;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=53;SAP=4.08507;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:525:0,524:0:0:524:18778:-1689,0 +NC_000962 2177366 . C T 2744.65 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=4.20583;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=631.978;PAIRED=0.966292;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3047;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=4.98658;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=41;SAP=4.20583;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:643:0,643:0:0:643:22691:-2041.27,0 +NC_000962 2179825 . G C 2571.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=85;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=5.07959;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=592.192;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2855;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.03585;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=46;SAP=4.26209;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:478:0,478:0:0:478:16656:-1498.5,0 +NC_000962 2185674 . A G 4364.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=142;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=4.53951;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1005.04;PAIRED=0.992958;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4888;QR=36;RO=1;RPL=66;RPP=4.53951;RPPR=5.18177;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=4.53951;SAR=66;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:532:0,532:0:0:532:18624:-1675.61,0 +NC_000962 2187587 . G C 3063.95 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=5.66432;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=705.501;PAIRED=0.989899;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3402;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=4.08507;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=58;SAP=9.34924;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:612:0,612:0:0:612:21789:-1960.25,0 +NC_000962 2191498 . G T 3709.93 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=10.1299;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=854.243;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4120;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=6.49889;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=57;SAP=4.14943;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:411:0,411:0:0:411:14414:-1296.81,0 +NC_000962 2199052 . C G 1441.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=47;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=6.75262;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=331.811;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1598;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=4.16534;RPPR=0;RPR=21;RUN=1;SAF=22;SAP=3.42611;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:587:0,587:0:0:587:20913:-1881.28,0 +NC_000962 2202500 . C T 2461.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=9.19487;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=566.718;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2732;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.03779;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=35;SAP=5.23675;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:484:0,484:0:0:484:17476:-1572.12,0 +NC_000962 2207398 . T C 13995.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=451;CIGAR=1X;DP=451;DPB=451;DPRA=0;EPP=6.52029;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3222.59;PAIRED=0.931264;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15555;QR=0;RO=0;RPL=237;RPP=5.55733;RPPR=0;RPR=214;RUN=1;SAF=205;SAP=11.104;SAR=246;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:451:0,451:0:0:451:15555:-1399.56,0 +NC_000962 2207591 . TTC TCTC 2234.52 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=75;CIGAR=1M1I2M;DP=79;DPB=104.333;DPRA=0;EPP=6.51361;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=514.517;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2483;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=35;SAP=3.73412;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:633:0,630:0:0:630:21429:-1927.69,0 +NC_000962 2209465 . G A 3787.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=5.14646;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=872.142;PAIRED=0.99187;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4209;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.87536;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=57;SAP=4.44029;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:413:0,413:0:0:413:14114:-1269.89,0 +NC_000962 2211826 . A G 3754.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=8.77716;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=864.597;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4170;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=8.77716;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=60;SAP=3.0815;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:470:0,470:0:0:470:16540:-1488.02,0 +NC_000962 2216443 . C A 4270.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=141;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=3.76493;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=983.294;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4773;QR=27;RO=1;RPL=60;RPP=9.80193;RPPR=5.18177;RPR=81;RUN=1;SAF=65;SAP=4.87376;SAR=76;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:231:1,230:1:35:230:8065:-722.298,0 +NC_000962 2216963 . C G 4956.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=163;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=3.34335;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1141.36;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5506;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=3.34335;RPPR=0;RPR=84;RUN=1;SAF=86;SAP=4.08938;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:347:0,347:0:0:347:12384:-1114.22,0 +NC_000962 2220512 . T G 3298.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=108;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=759.574;PAIRED=0.990741;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3663;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.73412;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=61;SAP=6.95112;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:513:0,512:0:0:512:18439:-1658.37,0 +NC_000962 2221584 . G C 2679.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=3.23494;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=617.057;PAIRED=0.988506;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2975;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.23494;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=41;SAP=3.63429;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:587:0,587:0:0:587:20259:-1822.62,0 +NC_000962 2223014 . A T 1827.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=59;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=11.2913;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=420.887;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2028;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=3.0471;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=26;SAP=4.81373;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:610:0,610:0:0:610:21345:-1920.34,0 +NC_000962 2223293 . T C 2060.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=67;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=3.04271;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=474.537;PAIRED=0.940299;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2287;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=3.30199;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=40;SAP=8.4876;SAR=27;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:525:0,525:0:0:525:17882:-1608.91,0 +NC_000962 2225365 . T C 2090.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=68;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=4.1599;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=481.375;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2320;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=3.13803;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=38;SAP=5.05404;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:602:0,602:0:0:602:21681:-1950.32,0 +NC_000962 2228967 . A G 3244.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=3.34437;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=747.146;PAIRED=0.990385;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3603;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=7.10269;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=49;SAP=3.76196;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:510:0,510:0:0:510:17861:-1606.95,0 +NC_000962 2229801 . C G 3063.97 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=4.06379;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=705.504;PAIRED=0.970297;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3402;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=4.06379;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=48;SAP=3.54779;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:457:0,457:0:0:457:15896:-1430.23,0 +NC_000962 2230045 . G A 2997.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=690.257;PAIRED=0.979798;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3331;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=7.94546;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=7.94546;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:560:0,560:0:0:560:19463:-1751.06,0 +NC_000962 2235087 . G A 3307.77 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=3.33807;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=761.642;PAIRED=0.990566;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3673;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=9.64763;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=77;SAP=50.2091;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:460:0,460:0:0:460:15798:-1421.46,0 +NC_000962 2241031 . AGGTC AGTC 2393.93 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1M1D3M;DP=82;DPB=65.4;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=551.222;PAIRED=0.9875;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2661;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.98746;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=45;SAP=5.72464;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:448:0,441:0:0:441:14651:-1317.98,0 +NC_000962 2244421 . G T 3391.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=3.03022;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=780.913;PAIRED=0.990826;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3766;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.1896;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=43;SAP=13.5489;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:439:0,439:0:0:439:15581:-1401.77,0 +NC_000962 2245864 . C A 2936.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=4.86177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=676.087;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3260;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=3.21602;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=3.21602;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:498:0,498:0:0:498:17215:-1548.9,0 +NC_000962 2247677 . A C 3099.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=7.10269;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=713.597;PAIRED=0.951923;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3497;QR=53;RO=2;RPL=56;RPP=4.34659;RPPR=7.35324;RPR=48;RUN=1;SAF=47;SAP=5.09825;SAR=57;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:661:0,661:0:0:661:23453:-2109.87,0 +NC_000962 2251605 . G A 3036.99 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=699.293;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3372;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=6.13722;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=40;SAP=11.6962;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:553:0,553:0:0:553:19291:-1735.51,0 +NC_000962 2251999 . A G 2578.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=4.29225;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=593.672;PAIRED=0.975904;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2865;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.03646;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=50;SAP=10.5712;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:508:0,508:0:0:508:17615:-1584.87,0 +NC_000962 2260100 . C T 3091.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=3.03223;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=711.929;PAIRED=0.989899;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3433;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=6.71716;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=50;SAP=3.03223;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:497:0,497:0:0:497:17880:-1608.43,0 +NC_000962 2260525 . C T 4378.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=143;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=3.38993;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1008.26;PAIRED=0.993007;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4866;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=11.0432;RPPR=0;RPR=83;RUN=1;SAF=90;SAP=23.7987;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:404:0,404:0:0:404:13708:-1233.4,0 +NC_000962 2261075 . G A 4162.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=132;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=4.65535;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=958.423;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4623;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=7.22164;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=67;SAP=3.0761;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:132:0,132:0:0:132:4623:-416.238,0 +NC_000962 2264782 . C A 2315.47 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=76;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=533.156;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2610;QR=36;RO=1;RPL=45;RPP=8.61041;RPPR=5.18177;RPR=31;RUN=1;SAF=29;SAP=12.2676;SAR=47;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:413:0,413:0:0:413:14465:-1301.41,0 +NC_000962 2265059 . T G 2480.13 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=3.03711;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=571.071;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2753;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=14.8328;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=41;SAP=3.03711;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:425:0,425:0:0:425:14755:-1327.59,0 +NC_000962 2267015 . T C 3099.65 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=4.04333;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=713.72;PAIRED=0.990291;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3444;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=9.10307;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=58;SAP=6.5732;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:480:0,480:0:0:480:16830:-1514.21,0 +NC_000962 2268433 . C A 1831.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=59;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=22.4799;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=421.717;PAIRED=0.898305;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2032;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=7.46366;RPPR=0;RPR=24;RUN=1;SAF=20;SAP=16.2968;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:771:0,771:0:0:771:27659:-2487.97,0 +NC_000962 2268627 . G C 1109.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=36;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=255.583;PAIRED=0.805556;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1230;QR=0;RO=0;RPL=19;RPP=3.25157;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=27;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:714:0,713:0:0:713:25414:-2285.78,0 +NC_000962 2269545 . G A 3565.24 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=3.69603;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=820.926;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3962;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=6.74371;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=56;SAP=3.08649;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:415:0,415:0:0:415:14327:-1289.09,0 +NC_000962 2269780 . T C 3571.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=6.14687;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=822.456;PAIRED=0.991453;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3969;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=6.14687;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=55;SAP=3.91972;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:433:0,433:0:0:433:15171:-1364.91,0 +NC_000962 2270102 . A G 2274.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=75;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=4.429;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=523.83;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2525;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=4.429;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=31;SAP=7.90335;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:479:0,479:0:0:479:16605:-1494.01,0 +NC_000962 2273733 . TCG TG 2949.77 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1M1D1M;DP=99;DPB=66;DPRA=0;EPP=3.03223;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=679.209;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3275;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=6.71716;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=44;SAP=5.66432;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:430:0,429:0:0:429:14175:-1275.21,0 +NC_000962 2282787 . C T 2825.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=3.22506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=650.539;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3139;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=8.37933;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=39;SAP=7.04303;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:522:0,522:0:0:522:18351:-1651.02,0 +NC_000962 2283191 . G C 2337.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=76;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=4.03889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=538.339;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2595;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=16.8392;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=38;SAP=3.0103;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:467:0,467:0:0:467:16158:-1453.72,0 +NC_000962 2285251 . C A 2260.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=5.41974;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=520.524;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2509;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=3.27802;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=28;SAP=11.607;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:473:0,473:0:0:473:16637:-1496.82,0 +NC_000962 2287121 . A G 2066.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=16.8888;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=475.772;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2293;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=5.55942;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=34;SAP=3.04177;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:510:0,510:0:0:510:18198:-1637.07,0 +NC_000962 2288085 . G C 2844.47 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=10.4949;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=654.963;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3158;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.84193;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=40;SAP=7.53805;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:497:0,497:0:0:497:17927:-1612.67,0 +NC_000962 2294007 . T C 2950.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=679.409;PAIRED=0.989899;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3276;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=5.66432;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=53;SAP=4.08507;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:531:0,531:0:0:531:18399:-1655.32,0 +NC_000962 2296042 . G C 1986.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=67;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=8.4876;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=457.372;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2207;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=5.63551;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=46;SAP=23.2666;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:293:0,293:0:0:293:10050:-904.332,0 +NC_000962 2298194 . G T 4121.03 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=133;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=6.68384;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=948.903;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4577;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=3.41847;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=63;SAP=3.81032;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:370:0,370:0:0:370:12372:-1113.31,0 +NC_000962 2300237 . A G 1835.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=62;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=3.15039;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=422.534;PAIRED=0.983871;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2036;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=23.184;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=31;SAP=3.0103;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:301:0,301:0:0:301:10454:-940.683,0 +NC_000962 2300546 . A T 3004.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=3.03269;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=691.829;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3336;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=6.79359;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=46;SAP=3.56996;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:314:0,314:0:0:314:11066:-995.713,0 +NC_000962 2300552 . TGGA GGGG 3071.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X2M1X;DP=107;DPB=107.75;DPRA=0;EPP=3.53736;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=707.252;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=64;PQR=0;PRO=0;QA=3349;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=6.5732;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=46;SAP=5.56125;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:328:0,328:0:0:328:11482:-1109.06,0 +NC_000962 2302033 . G A 1025.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=33;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=4.65535;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=236.111;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1136;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=14;SAP=4.65535;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:46:0,46:0:0:46:1492:-134.548,0 +NC_000962 2311099 . C G 4308.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=143;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=3.14697;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=992.003;PAIRED=0.993007;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4825;QR=36;RO=1;RPL=78;RPP=5.57659;RPPR=5.18177;RPR=65;RUN=1;SAF=59;SAP=12.501;SAR=84;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:320:1,319:1:33:319:10958:-982.718,0 +NC_000962 2314689 . C A 2739.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=3.109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=630.726;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3041;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.40511;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=43;SAP=3.109;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:407:0,407:0:0:407:14116:-1270.08,0 +NC_000962 2315386 . C A 2633.06 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=85;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=3.24022;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=606.284;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2923;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=6.10145;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=47;SAP=5.07959;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:502:0,502:0:0:502:16059:-1444.94,0 +NC_000962 2316123 . C A 3092.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=3.7767;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=712.171;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3437;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.35092;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=55;SAP=4.37279;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:376:0,376:0:0:376:12920:-1162.58,0 +NC_000962 2318725 . C T 2671.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=6.56362;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=615.188;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3006;QR=36;RO=1;RPL=49;RPP=5.47788;RPPR=5.18177;RPR=39;RUN=1;SAF=35;SAP=11.0053;SAR=53;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:430:0,430:0:0:430:15107:-1359.2,0 +NC_000962 2320320 . C T 3851.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=9.90386;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=886.75;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4277;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=5.49198;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=58;SAP=4.73369;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:424:0,424:0:0:424:14407:-1296.4,0 +NC_000962 2321975 . T C 5261.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=173;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=10.8552;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1211.59;PAIRED=0.99422;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5845;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=5.83447;RPPR=0;RPR=94;RUN=1;SAF=98;SAP=9.65024;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:387:1,386:1:35:386:13165:-1181.07,0 +NC_000962 2328543 . T C 4468.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=147;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=3.02507;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1028.87;PAIRED=0.993197;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4963;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=3.14325;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=83;SAP=8.34296;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:398:0,398:0:0:398:13626:-1226.09,0 +NC_000962 2329533 . A G 6208.24 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=203;CIGAR=1X;DP=203;DPB=203;DPRA=0;EPP=3.27772;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1429.5;PAIRED=0.995074;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6897;QR=0;RO=0;RPL=108;RPP=4.81808;RPPR=0;RPR=95;RUN=1;SAF=85;SAP=14.6592;SAR=118;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:434:0,434:0:0:434:15383:-1383.93,0 +NC_000962 2331620 . A C 3836.77 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=4.11327;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=883.449;PAIRED=0.984127;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4301;QR=36;RO=1;RPL=65;RPP=3.28604;RPPR=5.18177;RPR=61;RUN=1;SAF=64;SAP=3.07924;SAR=62;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:385:0,385:0:0:385:13084:-1177.34,0 +NC_000962 2331789 . G T 3422.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=108;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=18.7736;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=788.156;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3801;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.09072;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=51;SAP=3.73412;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:472:0,472:0:0:472:16667:-1499.49,0 +NC_000962 2334007 . A G 2858.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=4.13032;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=658.207;PAIRED=0.989474;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3176;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=4.86177;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=48;SAP=3.03316;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:524:1,523:1:25:523:18516:-1663.27,0 +NC_000962 2335075 . A G 2597.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=85;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=3.03585;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=597.99;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2883;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.03585;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=47;SAP=5.07959;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:554:1,553:1:25:553:19595:-1760.32,0 +NC_000962 2335494 . A G 3536.27 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=3.08649;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=814.256;PAIRED=0.982456;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3927;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=4.22937;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=57;SAP=3.0103;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:392:1,391:1:31:391:13364:-1199.45,0 +NC_000962 2336125 . TCTCAA GCTCGG 2113.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=75;CIGAR=1X3M2X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=6.51361;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=6;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=486.734;PAIRED=0.986667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2415;QR=66;RO=2;RPL=42;RPP=5.35549;RPPR=7.35324;RPR=33;RUN=1;SAF=30;SAP=9.52472;SAR=45;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:456:0,455:0:0:455:15237:-1483.56,0 +NC_000962 2337179 . C T 2012.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=4.55236;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=463.333;PAIRED=0.985507;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2233;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=6.81824;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=39;SAP=5.55942;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:535:0,535:0:0:535:18796:-1691.05,0 +NC_000962 2338810 . TA CG 1985.18 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=2X;DP=71;DPB=71.5;DPRA=0;EPP=3.04088;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=457.104;PAIRED=0.985915;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=21;PQR=0;PRO=0;QA=2182;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=22.1254;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=32;SAP=4.50892;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:381:0,381:0:0:381:13466:-1248.87,0 +NC_000962 2339255 . A G 1620.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=54;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=7.03155;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=373.23;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1798;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=4.45795;RPPR=0;RPR=24;RUN=1;SAF=14;SAP=30.1939;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:598:0,598:0:0:598:20638:-1856.78,0 +NC_000962 2339833 . CCC CCT 1107.81 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=36;CIGAR=2M1X;DP=37;DPB=37.3333;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=255.083;PAIRED=0.972222;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=10.5;PQR=10.5;PRO=0.5;QA=1230;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=6.8707;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=10;SAP=18.4519;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:37:0,36:0:0:36:1230:-110.781,0 +NC_000962 2339835 . C T 12588.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=414;CIGAR=1X;DP=414;DPB=414;DPRA=0;EPP=6.55599;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2898.64;PAIRED=0.886473;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13990;QR=0;RO=0;RPL=213;RPP=3.76559;RPPR=0;RPR=201;RUN=1;SAF=217;SAP=5.10834;SAR=197;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:414:0,414:0:0:414:13990:-1258.86,0 +NC_000962 2340621 . C G 3352.71 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=5.75321;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=771.99;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3723;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=4.22937;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=58;SAP=3.08649;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:156:0,156:0:0:156:5358:-482.313,0 +NC_000962 2341636 . C G 4291.06 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=138;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=4.58383;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=988.053;PAIRED=0.992754;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4770;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=5.27618;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=61;SAP=7.03854;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:488:1,487:1:33:487:17031:-1528.92,0 +NC_000962 2342649 . AGA AGGCGTACACACGA 1242.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=45;CIGAR=1M11I2M;DP=46;DPB=211;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=11;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=286.084;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1381;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=3.44459;RPPR=0;RPR=24;RUN=1;SAF=30;SAP=13.8677;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:239:0,233:0:0:233:7558:-679.984,0 +NC_000962 2344246 . G C 2396.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=3.03711;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=551.792;PAIRED=0.987654;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2660;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=3.03711;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=36;SAP=5.18177;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:652:0,652:0:0:652:22680:-2040.34,0 +NC_000962 2344499 . T G 2631.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=6.03039;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=605.863;PAIRED=0.988506;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2921;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=7.22845;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=47;SAP=4.23331;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:579:0,579:0:0:579:20422:-1837.22,0 +NC_000962 2345037 . C A 4239.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=6.57659;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=976.237;PAIRED=0.970803;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4709;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=11.395;RPPR=0;RPR=80;RUN=1;SAF=75;SAP=5.68898;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:438:0,438:0:0:438:15050:-1354.17,0 +NC_000962 2346316 . CCG CCA 2478.7 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=2M1X;DP=82;DPB=83.3333;DPRA=0;EPP=3.03779;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=570.741;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=58;PQR=22;PRO=1;QA=2718;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=7.6556;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=40;SAP=3.03779;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:82:0,79:0:0:79:2718:-247.87,0 +NC_000962 2346318 . G A 18199.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=571;CIGAR=1X;DP=571;DPB=571;DPRA=0;EPP=12.1411;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4190.57;PAIRED=0.905429;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20230;QR=0;RO=0;RPL=272;RPP=5.78264;RPPR=0;RPR=299;RUN=1;SAF=290;SAP=3.31834;SAR=281;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:571:0,571:0:0:571:20230:-1819.94,0 +NC_000962 2348446 . C G 3886.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=3.64073;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=894.831;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4316;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.64073;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=48;SAP=16.7396;SAR=76;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:411:0,411:0:0:411:14248:-1281.94,0 +NC_000962 2354791 . A G 4180.45 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=139;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=3.77578;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=962.583;PAIRED=0.992806;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4643;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=8.64988;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=64;SAP=4.90057;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:376:0,376:0:0:376:13253:-1192.34,0 +NC_000962 2357268 . TGCCGCCGCCGCCGCCGCCGA TGCCGCCGCCGCCGCCGA 888.758 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=32;CIGAR=1M3D17M;DP=33;DPB=30.8095;DPRA=0;EPP=9.79615;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=204.644;PAIRED=0.96875;PAIREDR=1;PAO=2;PQA=44.5;PQR=44.5;PRO=2;QA=1011;QR=24;RO=1;RPL=11;RPP=9.79615;RPPR=5.18177;RPR=21;RUN=1;SAF=22;SAP=12.7819;SAR=10;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:183:0,182:0:0:182:5745:-516.949,0 +NC_000962 2358029 . TGGCC TGGGCC 2290.95 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1M1I4M;DP=82;DPB=98;DPRA=0;EPP=3.03779;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=527.51;PAIRED=0.987342;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2581;QR=35;RO=1;RPL=44;RPP=5.23675;RPPR=5.18177;RPR=35;RUN=1;SAF=29;SAP=15.1321;SAR=50;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:377:0,369:0:0:369:12413:-1116.67,0 +NC_000962 2361604 . C G 4319.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=143;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=3.14697;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=994.624;PAIRED=0.993007;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4800;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=14.0803;RPPR=0;RPR=85;RUN=1;SAF=63;SAP=7.3988;SAR=80;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:387:1,386:1:34:386:12826:-1150.75,0 +NC_000962 2362041 . C A 4395.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=141;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=6.47542;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1012.08;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4882;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=6.47542;RPPR=0;RPR=78;RUN=1;SAF=65;SAP=4.87376;SAR=76;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:379:0,379:0:0:379:13798:-1241.29,0 +NC_000962 2364475 . T C 3759.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=125;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=865.631;PAIRED=0.992;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4175;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=9.28151;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=72;SAP=9.28151;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:514:0,514:0:0:514:18192:-1636.63,0 +NC_000962 2368564 . TAATATT TATATT 1014.99 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=34;CIGAR=1M1D5M;DP=36;DPB=31.1429;DPRA=0;EPP=9.39698;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=233.71;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=17.5;PQR=17.5;PRO=1;QA=1127;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=21;SAP=7.09778;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:537:0,537:0:0:537:18082:-1649.84,0 +NC_000962 2369186 . G C 2402.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=8.33041;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=553.196;PAIRED=0.95;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2669;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=3.44459;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=29;SAP=16.1477;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:453:0,453:0:0:453:15671:-1410.01,0 +NC_000962 2369326 . C G 2078.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=68;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=11.1853;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=478.674;PAIRED=0.985294;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2307;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=3.13803;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=23;SAP=18.4661;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:500:0,500:0:0:500:17633:-1586.31,0 +NC_000962 2372493 . C G 1009.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=34;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=4.03217;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=232.378;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1158;QR=36;RO=1;RPL=32;RPP=60.4905;RPPR=5.18177;RPR=2;RUN=1;SAF=19;SAP=4.03217;SAR=15;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:35:0,35:0:0:35:1147:-103.524,0 +NC_000962 2381572 . ACCCCCAG ACCCCAG 2645.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1M1D6M;DP=96;DPB=84.125;DPRA=0;EPP=3.1027;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=609.239;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=16;PQR=16;PRO=0.5;QA=2940;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.37991;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=3.37991;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:345:0,345:0:0:345:10281:-925.332,0 +NC_000962 2386389 . G A 3431.02 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=3.49937;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=790.021;PAIRED=0.990991;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3810;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=3.49937;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=3.49937;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:505:0,505:0:0:505:17263:-1553.24,0 +NC_000962 2387733 . T C 2745.53 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=3.22989;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=632.182;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3048;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=3.22989;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=85;SAP=163.089;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:360:0,359:0:0:359:12634:-1136.34,0 +NC_000962 2388641 . G A 3928.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=16.5217;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=904.571;PAIRED=0.97619;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4363;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=52;SAP=11.3515;SAR=74;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:407:0,407:0:0:407:13685:-1231.38,0 +NC_000962 2399734 . G A 4310.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=141;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=15.9621;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=992.611;PAIRED=0.992908;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4788;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=3.0257;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=69;SAP=3.1489;SAR=72;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:470:0,470:0:0:470:16771:-1508.72,0 +NC_000962 2406842 . ACG AG 1951.97 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=68;CIGAR=1M1D1M;DP=68;DPB=45.3333;DPRA=0;EPP=3.52123;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=449.459;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2166;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=40;SAP=7.60871;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:459:0,450:0:0:450:15699:-1412.18,0 +NC_000962 2411496 . G A 3751.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=3.0815;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=863.902;PAIRED=0.983607;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4169;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=3.65106;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=68;SAP=6.49889;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:436:0,436:0:0:436:15334:-1379.63,0 +NC_000962 2413246 . C A 5023.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=161;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=8.95825;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1156.67;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5580;QR=0;RO=0;RPL=82;RPP=3.13169;RPPR=0;RPR=79;RUN=1;SAF=86;SAP=4.64228;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:344:0,344:0:0:344:11944:-1074.69,0 +NC_000962 2415652 . TCCCG TCCCC 8930.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=289;CIGAR=4M1X;DP=320;DPB=323.8;DPRA=0;EPP=12.2146;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1911.85;PAIRED=0.889273;PAIREDR=0;PAO=6.5;PQA=37;PQR=0;PRO=0;QA=9986;QR=0;RO=0;RPL=139;RPP=3.91946;RPPR=0;RPR=150;RUN=1;SAF=209;SAP=128.047;SAR=80;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:320:0,289:0:0:289:9986:-893.022,0 +NC_000962 2415656 . G C 5017.09 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=163;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=17.5179;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1155.23;PAIRED=0.993865;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5573;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=6.86033;RPPR=0;RPR=90;RUN=1;SAF=74;SAP=6.00773;SAR=89;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:163:0,163:0:0:163:5573:-501.709,0 +NC_000962 2421816 . A G 5966.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=191;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=0;EPP=3.02167;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1373.76;PAIRED=0.979058;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6628;QR=0;RO=0;RPL=99;RPP=3.56738;RPPR=0;RPR=92;RUN=1;SAF=97;SAP=3.11262;SAR=94;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:365:0,365:0:0:365:12736:-1145.94,0 +NC_000962 2421975 . GCA GGGAACA 3015.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1M4I2M;DP=114;DPB=262.333;DPRA=0;EPP=12.3076;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=694.343;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=18;PQR=18;PRO=0.5;QA=3351;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=6.5732;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=45;SAP=6.5732;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:307:0,299:0:0:299:9750:-877.116,0 +NC_000962 2423819 . CCCA GCCG 563.703 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=19;CIGAR=1X2M1X;DP=20;DPB=20.75;DPRA=0;EPP=3.12459;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=124.207;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=32;PQR=11.5;PRO=0.5;QA=594;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=4.03889;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=9;SAP=3.12459;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:190:0,188:0:0:188:5994:-551.426,0 +NC_000962 2424925 . A G 3322.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=3.98647;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=764.965;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3689;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=4.62396;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=56;SAP=3.1896;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:506:0,506:0:0:506:18587:-1671.98,0 +NC_000962 2425471 . T C 3402.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=3.72096;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=783.392;PAIRED=0.990909;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3778;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=20.7769;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=46;SAP=9.40627;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:457:0,457:0:0:457:15583:-1402.07,0 +NC_000962 2428517 . A G 3011.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=3.03138;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=693.5;PAIRED=0.970874;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3456;QR=108;RO=3;RPL=54;RPP=3.53736;RPPR=9.52472;RPR=49;RUN=1;SAF=50;SAP=3.20004;SAR=53;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:436:0,436:0:0:436:15058:-1354.79,0 +NC_000962 2439204 . A G 401.977 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=14;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=92.5585;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=483;QR=36;RO=1;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:15:1,14:1:36:14:483:-40.1977,0 +NC_000962 2440926 . G T 2954.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=12.0581;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=680.23;PAIRED=0.979167;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3280;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=4.45795;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=40;SAP=8.80089;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:428:0,428:0:0:428:15154:-1363.38,0 +NC_000962 2442468 . C T 3090.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=13.7347;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=711.721;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3432;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=67;SAP=31.7269;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:377:0,377:0:0:377:13305:-1197.14,0 +NC_000962 2448458 . C T 2324.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=77;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=3.0385;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=535.219;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2580;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=3.0385;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=30;SAP=11.1604;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:514:0,514:0:0:514:17971:-1616.82,0 +NC_000962 2449249 . T C 11981 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=383;CIGAR=1X;DP=383;DPB=383;DPRA=0;EPP=11.6338;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2758.73;PAIRED=0.916449;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13316;QR=0;RO=0;RPL=173;RPP=10.772;RPPR=0;RPR=210;RUN=1;SAF=96;SAP=209.844;SAR=287;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:383:0,383:0:0:383:13316:-1198.1,0 +NC_000962 2451700 . A C 2630.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=5.47788;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=605.791;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2923;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=6.56362;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=49;SAP=5.47788;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:341:0,341:0:0:341:11952:-1075.38,0 +NC_000962 2462871 . G A 2365.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=77;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=6.42261;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=544.763;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2630;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=6.42261;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=45;SAP=7.77626;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:470:0,470:0:0:470:15929:-1433.21,0 +NC_000962 2470591 . A C 3114.35 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=9.90792;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=717.106;PAIRED=0.990196;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3458;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=11.5259;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=59;SAP=8.46027;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:442:0,442:0:0:442:15096:-1358.3,0 +NC_000962 2474686 . C T 2633.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=84;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=4.66476;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=606.496;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2924;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=52;SAP=13.3506;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:355:0,355:0:0:355:12106:-1089.28,0 +NC_000962 2491597 . G T 4543.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=147;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=30.3236;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1046.15;PAIRED=0.993197;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5082;QR=32;RO=1;RPL=73;RPP=3.02507;RPPR=5.18177;RPR=74;RUN=1;SAF=78;SAP=4.20683;SAR=69;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:437:0,437:0:0:437:15249:-1372.02,0 +NC_000962 2499726 . G A 3962.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=3.43776;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=912.44;PAIRED=0.992126;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4401;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=3.43776;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=48;SAP=19.4417;SAR=79;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:419:0,419:0:0:419:15301:-1376.49,0 +NC_000962 2505085 . G A 3706.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=3.17453;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=853.412;PAIRED=0.991597;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4116;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=4.48836;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=60;SAP=3.02855;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:490:0,490:0:0:490:17625:-1585.6,0 +NC_000962 2509140 . G C 4742.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=151;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=7.1663;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1092.04;PAIRED=0.986755;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5268;QR=0;RO=0;RPL=85;RPP=8.2017;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=61;SAP=15.1044;SAR=90;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:383:0,382:0:0:382:13086:-1177.2,0 +NC_000962 2509722 . A G 2991.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=688.728;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3321;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=6.71716;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=40;SAP=10.9285;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:387:0,387:0:0:387:13415:-1206.92,0 +NC_000962 2510350 . C G 3055 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=3.09893;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=703.44;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3396;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=4.4284;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=53;SAP=4.4284;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:524:0,524:0:0:524:18543:-1668.21,0 +NC_000962 2516567 . G C 2168.45 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=70;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=23.9805;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=499.303;PAIRED=0.971429;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2409;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=6.1124;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=24;SAP=18.0245;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:501:0,501:0:0:501:17888:-1609.27,0 +NC_000962 2521342 . T C 4169.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=11.395;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=960.085;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4631;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=10.0002;RPPR=0;RPR=79;RUN=1;SAF=82;SAP=14.5651;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:332:0,332:0:0:332:11441:-1029.49,0 +NC_000962 2521428 . A G 4579 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=149;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=22.9616;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1054.35;PAIRED=0.986577;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5086;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=4.19076;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=85;SAP=9.43728;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:454:1,453:1:34:453:15803:-1418.39,0 +NC_000962 2522955 . T G 2845.35 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=6.95631;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=655.166;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3159;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=4.90158;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=25;SAP=46.1829;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:403:0,403:0:0:403:14087:-1267.41,0 +NC_000962 2523205 . GCG GCGCCG 3709.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1M3I2M;DP=142;DPB=279;DPRA=0;EPP=14.5651;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=3;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=854.08;PAIRED=0.927007;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4249;QR=126;RO=4;RPL=64;RPP=4.29416;RPPR=11.6962;RPR=73;RUN=1;SAF=46;SAP=35.1069;SAR=91;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:142:4,137:4:126:137:4249:-370.922,0 +NC_000962 2525722 . CGGGGGAGGAC CGGGGAGGAC 2467.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=82;CIGAR=1M1D9M;DP=89;DPB=81.4545;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=568.223;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=23;PQR=23;PRO=1;QA=2742;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=11.5903;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=39;SAP=3.434;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:406:0,405:0:0:405:13829:-1244.08,0 +NC_000962 2526974 . T C 3472.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=15.6647;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=799.558;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3856;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.08518;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=52;SAP=5.70592;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:484:0,484:0:0:484:16777:-1509.44,0 +NC_000962 2529680 . A G 3765.72 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=125;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=867.09;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4182;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=3.86152;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=55;SAP=6.91895;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:472:0,472:0:0:472:16257:-1462.8,0 +NC_000962 2531742 . A G 5029.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=166;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=3.2196;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1158.06;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5589;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=11.8532;RPPR=0;RPR=96;RUN=1;SAF=99;SAP=16.4054;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:589:0,589:0:0:589:20940:-1883.71,0 +NC_000962 2533377 . T C 3766.62 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=4.44029;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=867.295;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4183;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.87536;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=55;SAP=5.99387;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:425:0,425:0:0:425:14926:-1342.83,0 +NC_000962 2534562 . GGAG GG 2983.95 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1M2D1M;DP=104;DPB=52.25;DPRA=0;EPP=13.116;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=687.079;PAIRED=0.990385;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=7;PQR=7;PRO=0.5;QA=3313;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.34437;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=53;SAP=3.09382;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:278:0,278:0:0:278:9199:-827.832,0 +NC_000962 2536599 . C T 3508.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=8.56389;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=807.835;PAIRED=0.938053;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3896;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=3.02952;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=61;SAP=4.56684;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:405:0,405:0:0:405:14274:-1284.23,0 +NC_000962 2536628 . GGGGGAGC GAGGGGAGC 9585.95 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=317;CIGAR=1M1I7M;DP=332;DPB=378.5;DPRA=0;EPP=3.56516;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2207.25;PAIRED=0.880126;PAIREDR=0;PAO=6;PQA=161;PQR=334;PRO=14;QA=10829;QR=0;RO=0;RPL=175;RPP=10.47;RPPR=0;RPR=142;RUN=1;SAF=155;SAP=3.34595;SAR=162;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:332:0,317:0:0:317:10829:-958.595,0 +NC_000962 2536892 . T C 4254.43 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=138;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=36.3062;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=979.618;PAIRED=0.985507;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4728;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=3.07324;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=90;SAP=30.7674;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:354:1,353:1:41:353:12347:-1106.84,0 +NC_000962 2543395 . T C 2422.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=5.72464;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=557.803;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2689;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.11887;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=52;SAP=18.6449;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:572:0,572:0:0:572:20171:-1814.63,0 +NC_000962 2546684 . C A 1764.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=58;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=3.16006;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=406.383;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1958;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=4.35811;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=20;SAP=15.1406;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:422:0,422:0:0:422:14731:-1325.27,0 +NC_000962 2548700 . C T 2189.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=4.50892;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=504.152;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2430;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=5.48761;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=33;SAP=3.7749;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:504:0,504:0:0:504:16952:-1525.31,0 +NC_000962 2550014 . T C 290.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=66.8256;PAIRED=0.3;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=6.48466;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:10:0,10:0:0:10:319:-29.022,0 +NC_000962 2551576 . CT GC 2825.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=2X;DP=94;DPB=96;DPRA=0;EPP=5.3706;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=650.526;PAIRED=0.695652;PAIREDR=0;PAO=4;PQA=92;PQR=0;PRO=0;QA=3048;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=5.3706;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=46;SAP=3.0103;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:428:0,427:0:0:427:15072:-1381.72,0 +NC_000962 2552826 . G A 2464.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=5.72464;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=567.542;PAIRED=0.9875;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2739;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=5.72464;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=30;SAP=13.8677;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:634:0,634:0:0:634:22206:-1997.78,0 +NC_000962 2562644 . G T 2138.24 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=3.29354;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=492.348;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2373;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=8.32883;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=37;SAP=3.79707;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:604:0,603:0:0:603:20970:-1886.3,0 +NC_000962 2564368 . GCA GCCA 1503.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=53;CIGAR=1M1I2M;DP=57;DPB=74.6667;DPRA=0;EPP=12.2288;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=346.088;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1691;QR=21;RO=1;RPL=32;RPP=7.96781;RPPR=5.18177;RPR=21;RUN=1;SAF=26;SAP=3.05127;SAR=27;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:451:1,437:1:20:437:14544:-1306.48,0 +NC_000962 2566766 . CGA CGGC 2394.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1M1I1M1X;DP=87;DPB=115;DPRA=0;EPP=4.32391;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=551.392;PAIRED=0.975309;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=36;PQR=0;PRO=0;QA=2625;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=41;SAP=3.03711;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:422:0,406:0:0:406:14297:-1325.14,0 +NC_000962 2573756 . C A 3079.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=709.023;PAIRED=0.98;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3419;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=39;SAP=13.5202;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:421:0,421:0:0:421:14781:-1329.84,0 +NC_000962 2578626 . A G 2633.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=6.56362;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=606.483;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2924;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=40;SAP=4.58955;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:498:0,498:0:0:498:17442:-1569.25,0 +NC_000962 2581052 . G A 2783.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=3.86001;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=640.869;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3090;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=10.6577;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=42;SAP=4.52089;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:473:0,473:0:0:473:16720:-1504.2,0 +NC_000962 2586076 . C G 3749.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=3.87536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=863.358;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4164;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=3.02795;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=57;SAP=4.44029;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:403:0,403:0:0:403:13912:-1251.7,0 +NC_000962 2586127 . A G 4359.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=144;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1003.81;PAIRED=0.993056;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4842;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=3.07062;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=61;SAP=10.3089;SAR=83;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:423:0,423:0:0:423:14204:-1278.09,0 +NC_000962 2589036 . G C 2768.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=4.94315;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=637.557;PAIRED=0.989011;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3104;QR=27;RO=1;RPL=42;RPP=4.17955;RPPR=5.18177;RPR=49;RUN=1;SAF=35;SAP=13.5336;SAR=56;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:425:0,425:0:0:425:14694:-1322.15,0 +NC_000962 2589216 . G C 3492.19 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=6.2579;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=804.106;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3878;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=3.95191;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=51;SAP=5.3355;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:457:0,457:0:0:457:16209:-1458.28,0 +NC_000962 2589353 . A G 14619.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=469;CIGAR=1X;DP=469;DPB=469;DPRA=0;EPP=75.3541;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3366.18;PAIRED=0.886994;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16249;QR=0;RO=0;RPL=185;RPP=48.389;RPPR=0;RPR=284;RUN=1;SAF=230;SAP=3.38533;SAR=239;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:469:0,469:0:0:469:16249:-1461.91,0 +NC_000962 2598400 . A G 5008.57 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=164;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=8.30657;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1153.27;PAIRED=0.981707;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5566;QR=0;RO=0;RPL=78;RPP=3.8577;RPPR=0;RPR=86;RUN=1;SAF=88;SAP=4.91696;SAR=76;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:431:0,431:0:0:431:14963:-1346.27,0 +NC_000962 2600260 . A G 4141.78 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=8.18351;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=953.68;PAIRED=0.985294;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4600;QR=0;RO=0;RPL=78;RPP=9.39698;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=63;SAP=4.60697;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:436:0,436:0:0:436:14638:-1317.01,0 +NC_000962 2601576 . T G 3918.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=4.70676;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=902.297;PAIRED=0.984375;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4356;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.07816;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=40;SAP=42.0968;SAR=88;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:516:0,516:0:0:516:18048:-1623.68,0 +NC_000962 2601760 . G A 2754.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=23.0785;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=634.248;PAIRED=0.945055;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3058;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.22506;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=41;SAP=4.94315;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:524:0,523:0:0:523:18332:-1648.89,0 +NC_000962 2608117 . C A 3877.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=125;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=5.11229;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=892.771;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4306;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=5.94613;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=44;SAP=26.7923;SAR=81;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:515:0,515:0:0:515:17386:-1564.39,0 +NC_000962 2609847 . G T 4405.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=142;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=5.21236;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1014.37;PAIRED=0.985915;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4893;QR=0;RO=0;RPL=80;RPP=7.96493;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=75;SAP=3.98899;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:354:0,354:0:0:354:11981:-1078.08,0 +NC_000962 2612256 . G T 3087.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=3.20004;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=710.886;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3428;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=12.3076;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=49;SAP=3.53736;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:416:0,416:0:0:416:14123:-1270.71,0 +NC_000962 2612632 . C A 2669.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=5.47788;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=614.766;PAIRED=0.965909;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2964;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=4.58955;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=41;SAP=3.89863;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:484:1,483:1:20:483:16031:-1440.43,0 +NC_000962 2614909 . GCCGG GCGG 1274.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=45;CIGAR=1M1D3M;DP=45;DPB=36;DPRA=0;EPP=5.37479;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=293.461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1413;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=5.37479;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=22;SAP=3.05855;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:548:0,547:0:0:547:18650:-1677.53,0 +NC_000962 2619271 . T C 2477.08 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=16.8502;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=570.368;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2752;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=5.12945;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=27;SAP=25.0128;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:531:0,531:0:0:531:18779:-1689.38,0 +NC_000962 2623778 . G A 4200.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=5.68898;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=967.197;PAIRED=0.992701;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4741;QR=72;RO=2;RPL=63;RPP=4.92817;RPPR=7.35324;RPR=74;RUN=1;SAF=67;SAP=3.15295;SAR=70;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:487:0,487:0:0:487:16300:-1466.66,0 +NC_000962 2625924 . T C 1781.08 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=58;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=10.3484;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=410.108;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1976;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=89.2702;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=21;SAP=12.5947;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:246:0,246:0:0:246:8665:-779.738,0 +NC_000962 2626004 . G A 320.182 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=73.7246;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=352;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=3.87889;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=7;SAP=6.48466;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:10:0,10:0:0:10:352:-32.0182,0 +NC_000962 2626018 . T C 365.918 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.9056;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=84.2556;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=4;SAP=5.9056;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:18:0,18:0:0:18:637:-57.6564,0 +NC_000962 2627618 . C A 2475.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=3.69747;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=570.037;PAIRED=0.987342;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2748;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=5.23675;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=40;SAP=3.03779;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:482:0,482:0:0:482:16817:-1513.01,0 +NC_000962 2627946 . A G 2365.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=77;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=13.1908;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=544.762;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2626;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=3.26411;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=47;SAP=11.1604;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:548:0,548:0:0:548:19118:-1719.97,0 +NC_000962 2630740 . T C 2955.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=3.10078;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=680.53;PAIRED=0.989583;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3284;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.10078;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=58;SAP=12.0581;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:444:0,444:0:0:444:15771:-1418.85,0 +NC_000962 2631371 . C T 2127.45 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=8.32883;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=489.864;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2361;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=10.0912;RPPR=0;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=10.0912;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:566:0,566:0:0:566:19698:-1772.27,0 +NC_000962 2632341 . CAAAACT CAAAAACT 1782.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=59;CIGAR=1M1I6M;DP=59;DPB=67.4286;DPRA=0;EPP=7.46366;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=410.526;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1978;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=3.0471;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=27;SAP=3.93042;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:587:2,573:2:59:573:20040:-1797.25,0 +NC_000962 2634282 . T G 1782 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=59;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=3.0471;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=410.32;PAIRED=0.694915;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1977;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=5.99147;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=28;SAP=3.34154;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:547:0,547:0:0:547:18996:-1709.09,0 +NC_000962 2635577 . T C 598.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=137.704;PAIRED=0.7;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=661;QR=0;RO=0;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:20:0,20:0:0:20:661:-59.804,0 +NC_000962 2637162 . C T 2231.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=3.28556;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=513.892;PAIRED=0.661972;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2477;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=3.28556;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=38;SAP=3.7749;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:394:0,393:0:0:393:13856:-1246.3,0 +NC_000962 2637541 . C T 2538.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=3.24576;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=584.532;PAIRED=0.987952;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2818;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.03646;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=24;SAP=35.0591;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:525:0,525:0:0:525:18378:-1653.39,0 +NC_000962 2642383 . C T 3041.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=3.56996;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=700.33;PAIRED=0.989691;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3377;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=4.10723;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=35;SAP=19.3299;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:470:0,470:0:0:470:16608:-1494.18,0 +NC_000962 2647905 . G A 3229.57 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=8.25461;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=743.636;PAIRED=0.981132;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3589;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=9.64763;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=49;SAP=4.32138;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:374:0,374:0:0:374:12326:-1109.15,0 +NC_000962 2656225 . A G 3402.24 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=3.08649;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=783.394;PAIRED=0.991228;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3778;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=4.22937;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=43;SAP=17.9439;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:477:0,477:0:0:477:16627:-1495.92,0 +NC_000962 2660319 . C G 4641.95 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=151;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=3.36982;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1068.85;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5156;QR=0;RO=0;RPL=84;RPP=7.1663;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=80;SAP=4.17513;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:551:0,551:0:0:551:19455:-1750.22,0 +NC_000962 2663795 . G A 4639.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=148;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=3.06899;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1068.21;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5153;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=3.94932;RPPR=0;RPR=78;RUN=1;SAF=71;SAP=3.5385;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:385:0,385:0:0:385:12593:-1133.2,0 +NC_000962 2673818 . C G 4353.15 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=143;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=15.781;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1002.35;PAIRED=0.993007;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4835;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=6.42695;RPPR=0;RPR=79;RUN=1;SAF=72;SAP=3.02549;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:436:0,436:0:0:436:15042:-1353.47,0 +NC_000962 2678835 . T C 2275.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=3.12768;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=524.036;PAIRED=0.972973;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2526;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=8.76177;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=40;SAP=4.06669;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:505:0,505:0:0:505:17692:-1591.77,0 +NC_000962 2680658 . T G 2654.62 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=3.63429;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=611.249;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2947;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=5.03202;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=42;SAP=3.23494;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:512:0,512:0:0:512:17681:-1590.73,0 +NC_000962 2692100 . C T 3158.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=5.13919;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=727.262;PAIRED=0.990196;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3507;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=5.13919;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=66;SAP=22.1704;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:462:0,462:0:0:462:15834:-1424.57,0 +NC_000962 2695378 . C G 2493.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=6.2541;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=574.179;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2772;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.25157;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=44;SAP=4.32391;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:518:0,518:0:0:518:18591:-1672.42,0 +NC_000962 2697489 . C T 2220.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=9.70319;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=511.199;PAIRED=0.972603;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2464;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=4.46786;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=43;SAP=8.03741;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:432:0,432:0:0:432:15193:-1366.93,0 +NC_000962 2703902 . CGC CGGC 1811.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=60;CIGAR=1M1I2M;DP=66;DPB=86.3333;DPRA=0;EPP=6.62942;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=393.06;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2013;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=10.1038;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=24;SAP=8.22183;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:272:0,254:0:0:254:8410:-756.519,0 +NC_000962 2706663 . G T 3172.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=12.4917;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=730.571;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3523;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=7.84774;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=52;SAP=3.2038;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:524:0,524:0:0:524:18846:-1695.34,0 +NC_000962 2711722 . T G 4850.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=160;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1116.91;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5388;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=5.67035;RPPR=0;RPR=87;RUN=1;SAF=67;SAP=12.1848;SAR=93;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:343:0,342:0:0:342:11450:-1030.01,0 +NC_000962 2713795 . C T 4424.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=141;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=7.46105;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1018.7;PAIRED=0.985816;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4914;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=5.61299;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=79;SAP=7.46105;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:360:0,360:0:0:360:12020:-1081.65,0 +NC_000962 2714846 . C T 3676.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=3.30474;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=846.563;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4083;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=3.30474;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=64;SAP=4.85053;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:455:0,455:0:0:455:15834:-1424.63,0 +NC_000962 2718852 . T G 2519.72 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=3.11887;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=580.187;PAIRED=0.975;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2797;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.44459;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=31;SAP=11.8048;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:550:0,550:0:0:550:19616:-1764.68,0 +NC_000962 2721562 . C G 2524.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=85;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=3.64897;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=581.219;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2802;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=7.3277;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=36;SAP=7.3277;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:485:0,485:0:0:485:17472:-1571.74,0 +NC_000962 2723506 . T C 3015.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=3.80798;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=694.428;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3351;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=3.09893;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=40;SAP=10.1895;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:493:1,491:1:23:491:16912:-1519.37,0 +NC_000962 2729058 . A C 3054.09 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=8.46027;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=703.231;PAIRED=0.990196;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3395;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=4.37279;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=48;SAP=3.7767;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:487:0,487:0:0:487:16856:-1516.53,0 +NC_000962 2734074 . T C 3960.97 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=131;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=3.15949;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=912.046;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4399;QR=0;RO=0;RPL=78;RPP=13.3704;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=77;SAP=11.7791;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:298:1,297:1:36:297:10167:-911.245,0 +NC_000962 2734481 . TAC TC 3064.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1M1D1M;DP=106;DPB=71.3333;DPRA=0;EPP=11.3621;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=705.648;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3426;QR=21;RO=1;RPL=60;RPP=8.35546;RPPR=5.18177;RPR=44;RUN=1;SAF=38;SAP=19.3799;SAR=66;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:510:0,502:0:0:502:16702:-1502.53,0 +NC_000962 2737572 . C A 2118.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=70;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=15.4187;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=487.704;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2395;QR=42;RO=2;RPL=33;RPP=3.50664;RPPR=7.35324;RPR=37;RUN=1;SAF=16;SAP=47.8047;SAR=54;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:369:0,369:0:0:369:12486:-1123.48,0 +NC_000962 2738274 . A C 5319.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=171;CIGAR=1X;DP=171;DPB=171;DPRA=0;EPP=5.8675;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1224.82;PAIRED=0.994152;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5909;QR=0;RO=0;RPL=87;RPP=3.12459;RPPR=0;RPR=84;RUN=1;SAF=62;SAP=31.0617;SAR=109;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:392:0,392:0:0:392:13545:-1218.71,0 +NC_000962 2740693 . T C 1681.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=55;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=3.36563;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=387.116;PAIRED=0.981818;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1865;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=6.20829;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=35;SAP=11.8936;SAR=20;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:376:0,376:0:0:376:12942:-1164.5,0 +NC_000962 2741209 . G A 3326.62 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=105;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=7.66346;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=765.982;PAIRED=0.980952;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3694;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=4.68544;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=54;SAP=3.19643;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:559:0,559:0:0:559:19967:-1796.25,0 +NC_000962 2751804 . C T 3321.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=5.05886;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=764.748;PAIRED=0.990566;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3688;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=4.32138;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=65;SAP=14.81;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:385:0,385:0:0:385:13588:-1222.55,0 +NC_000962 2752122 . G C 3378.81 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=778.001;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3752;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=3.08926;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=57;SAP=3.32615;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:460:0,460:0:0:460:15891:-1429.81,0 +NC_000962 2752698 . C A 19199 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=626;CIGAR=1X;DP=626;DPB=626;DPRA=0;EPP=5.00833;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4420.73;PAIRED=0.920128;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21340;QR=0;RO=0;RPL=304;RPP=4.13419;RPPR=0;RPR=322;RUN=1;SAF=297;SAP=6.56236;SAR=329;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:626:0,626:0:0:626:21340:-1919.9,0 +NC_000962 2760152 . A G 5489.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=178;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=6.96287;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1263.97;PAIRED=0.97191;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6098;QR=0;RO=0;RPL=88;RPP=3.0591;RPPR=0;RPR=90;RUN=1;SAF=86;SAP=3.44947;SAR=92;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:485:0,485:0:0:485:16751:-1507.06,0 +NC_000962 2774555 . T C 4164.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=4.92817;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=958.855;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4625;QR=0;RO=0;RPL=88;RPP=27.1184;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=63;SAP=4.92817;SAR=74;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:358:0,358:0:0:358:12075:-1086.59,0 +NC_000962 2775361 . C T 4201.08 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=135;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=3.41242;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=967.334;PAIRED=0.97037;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4666;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=4.95658;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=68;SAP=3.02638;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:444:0,444:0:0:444:15553:-1399.26,0 +NC_000962 2779136 . T C 3222.93 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=3.19295;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=742.107;PAIRED=0.981308;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3581;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=8.8753;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=57;SAP=4.00471;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:479:0,479:0:0:479:17021:-1531.25,0 +NC_000962 2780415 . G A 3516.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=12.2295;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=809.703;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3945;QR=36;RO=1;RPL=55;RPP=3.31507;RPPR=5.18177;RPR=59;RUN=1;SAF=65;SAP=7.88659;SAR=49;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:393:0,393:0:0:393:13884:-1249.1,0 +NC_000962 2786952 . A G 3049.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=3.7767;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=702.193;PAIRED=0.980392;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3386;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=3.09546;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=50;SAP=3.09546;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:493:0,493:0:0:493:17506:-1574.87,0 +NC_000962 2789798 . G T 2442.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=5.23675;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=562.364;PAIRED=0.987342;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2711;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=3.69747;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=39;SAP=3.03779;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:524:0,524:0:0:524:18796:-1690.89,0 +NC_000962 2791098 . C T 2900.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=3.03365;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=667.809;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3220;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.59403;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=44;SAP=3.59403;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:428:0,428:0:0:428:14090:-1267.82,0 +NC_000962 2793810 . C A 3269.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=6.44001;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=752.828;PAIRED=0.990654;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3666;QR=32;RO=1;RPL=62;RPP=8.8753;RPPR=5.18177;RPR=45;RUN=1;SAF=40;SAP=17.8047;SAR=67;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:486:0,486:0:0:486:16637:-1496.91,0 +NC_000962 2794071 . G A 3458 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=5.3774;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=796.234;PAIRED=0.990991;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3840;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=13.359;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=53;SAP=3.49937;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:546:0,546:0:0:546:19366:-1742.21,0 +NC_000962 2800087 . G A 4480.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=146;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=13.0645;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1031.78;PAIRED=0.993151;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4980;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=5.15203;RPPR=0;RPR=79;RUN=1;SAF=77;SAP=3.96218;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:440:0,440:0:0:440:15388:-1384.46,0 +NC_000962 2802041 . C T 1118.01 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=37;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=19.9713;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=257.432;PAIRED=0.972973;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1239;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=4.47751;RPPR=0;RPR=16;RUN=1;SAF=12;SAP=12.9286;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:268:0,268:0:0:268:8529:-767.624,0 +NC_000962 2802268 . CCCGCCGCCGCCGCCGGGGCT CCCGCCGCCGCCGGGGCT 3190.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1M3D17M;DP=116;DPB=101.857;DPRA=0;EPP=30.5156;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=734.671;PAIRED=0.868421;PAIREDR=0;PAO=5;PQA=10;PQR=10;PRO=5;QA=3546;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=6.74371;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=70;SAP=15.8868;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:116:0,114:0:0:114:3546:-319.063,0 +NC_000962 2806102 . G A 2512.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=82;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=3.434;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=578.525;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2789;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=5.65844;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=53;SAP=18.2636;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:424:0,424:0:0:424:14045:-1263.82,0 +NC_000962 2807486 . C A 1038.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=34;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=5.30951;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=239.207;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1151;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=9.39698;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=9.39698;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:824:0,824:0:0:824:29655:-2667.46,0 +NC_000962 2808452 . T C 3724.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=3.02795;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=857.548;PAIRED=0.96748;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4136;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=6.98251;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=67;SAP=5.14646;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:421:0,421:0:0:421:14418:-1297.26,0 +NC_000962 2809621 . T C 3001.02 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=4.75178;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=691.011;PAIRED=0.990099;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3332;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.0318;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=41;SAP=10.7717;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:379:0,379:0:0:379:12898:-1160.58,0 +NC_000962 2809633 . A C 3295.18 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=108;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=758.743;PAIRED=0.990741;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3659;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=4.2971;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=50;SAP=4.2971;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:394:0,394:0:0:394:13507:-1215.29,0 +NC_000962 2817502 . A C 3619.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=833.531;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4020;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=11.917;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=49;SAP=10.3712;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:555:0,555:0:0:555:20043:-1802.95,0 +NC_000962 2818837 . A G 3027.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=6.64375;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=697.219;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3362;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=4.06379;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=52;SAP=3.2038;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:522:0,522:0:0:522:18265:-1643.21,0 +NC_000962 2820608 . A G 3330.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=108;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=8.15749;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=766.818;PAIRED=0.981481;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3698;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=35.1803;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=56;SAP=3.332;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:108:0,108:0:0:108:3698:-333.025,0 +NC_000962 2821342 . C T 2455.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=6.33623;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=565.473;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2726;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.69747;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=39;SAP=3.03779;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:417:0,417:0:0:417:13741:-1236.47,0 +NC_000962 2825466 . G A 3817.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=5.49198;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=879.026;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4242;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=4.73369;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=67;SAP=4.11327;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:406:1,405:1:31:405:14405:-1292.91,0 +NC_000962 2825581 . T G 3922.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=3.84811;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=903.219;PAIRED=0.992126;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4359;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=3.0274;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=66;SAP=3.43776;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:516:0,516:0:0:516:18279:-1644.46,0 +NC_000962 2827984 . G T 2862.47 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=12.4515;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=659.108;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3178;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=3.38795;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=32;SAP=21.515;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:474:0,474:0:0:474:16875:-1518.13,0 +NC_000962 2828019 . T C 2695.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=3.89863;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=620.573;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2992;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=4.58955;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=35;SAP=11.0053;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:404:0,404:0:0:404:14308:-1287.27,0 +NC_000962 2830525 . C A 2068.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=68;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=3.52123;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=476.395;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2296;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=4.1599;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=37;SAP=4.1599;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:517:0,517:0:0:517:18278:-1644.39,0 +NC_000962 2833329 . G A 2615.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=85;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=8.75832;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=602.138;PAIRED=0.988235;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2903;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=3.64897;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=39;SAP=4.26209;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:521:0,521:0:0:521:18296:-1646,0 +NC_000962 2835984 . T C 3304.57 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=5.46589;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=760.906;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3673;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=10.3365;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=54;SAP=3.03059;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:437:0,437:0:0:437:15515:-1395.88,0 +NC_000962 2841022 . A G 3195.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=11.96;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=735.746;PAIRED=0.990654;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3588;QR=36;RO=1;RPL=53;RPP=3.03059;RPPR=5.18177;RPR=54;RUN=1;SAF=43;SAP=11.96;SAR=64;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:407:0,407:0:0:407:14363:-1292.23,0 +NC_000962 2847281 . A G 4288.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=138;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=12.0738;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=987.427;PAIRED=0.992754;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4763;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=3.26206;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=46;SAP=36.3062;SAR=92;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:480:0,480:0:0:480:16882:-1518.85,0 +NC_000962 2850631 . T C 3001.01 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=10.339;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=691.007;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3332;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=5.27225;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=54;SAP=6.26751;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:583:0,583:0:0:583:21156:-1903.01,0 +NC_000962 2851161 . AAACATT AC 2607.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=85;CIGAR=1M5D1X;DP=86;DPB=25.2857;DPRA=0;EPP=8.75832;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=600.295;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2933;QR=35;RO=1;RPL=33;RPP=12.2327;RPPR=5.18177;RPR=52;RUN=1;SAF=43;SAP=3.03585;SAR=42;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:406:0,406:0:0:406:13696:-1235.46,0 +NC_000962 2855259 . A G 2921.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=3.56996;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=672.783;PAIRED=0.979381;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3244;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=9.47994;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=43;SAP=5.71904;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:398:0,398:0:0:398:13779:-1239.72,0 +NC_000962 2865760 . A G 3614.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.02886;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=832.282;PAIRED=0.991453;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4014;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=3.02886;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=42;SAP=23.2217;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:460:0,460:0:0:460:16404:-1475.8,0 +NC_000962 2865882 . T C 3573.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=822.763;PAIRED=0.974359;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3968;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=3.91972;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=48;SAP=11.1951;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:568:1,567:1:35:567:19379:-1740.11,0 +NC_000962 2866607 . G A 2413.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=7.6556;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=555.732;PAIRED=0.987342;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2679;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=12.9331;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=34;SAP=6.33623;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:621:0,621:0:0:621:22283:-2004.44,0 +NC_000962 2866647 . G A 1866.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=61;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=9.02635;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=429.787;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2071;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=118.668;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=22;SAP=13.2981;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:275:0,275:0:0:275:9316:-838.398,0 +NC_000962 2866671 . G A 1033.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=33;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=14.1309;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=237.881;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1147;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=14.1309;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:36:0,36:0:0:36:1151:-103.876,0 +NC_000962 2866677 . A C 952.607 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=30;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=17.1973;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=219.346;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1055;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=17.1973;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:10:0,10:0:0:10:326:-29.6562,0 +NC_000962 2866863 . C G 1419.37 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=49;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=15.8176;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=326.822;PAIRED=0.979592;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1574;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=16;SAP=15.8176;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:171:0,171:0:0:171:6082:-547.398,0 +NC_000962 2866876 . ATTGCCG GTTGTCA 1726.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=60;CIGAR=1X3M1X1M1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=12.2752;EPPR=0;GTI=0;LEN=7;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=397.471;PAIRED=0.966667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1915;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=124.758;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=21;SAP=14.7363;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:202:0,202:0:0:202:6934:-636.875,0 +NC_000962 2867207 . C G 744.617 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=3.79203;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=171.454;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=824;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=3.79203;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:121:0,121:0:0:121:4304:-387.467,0 +NC_000962 2867263 . G A 424.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=12.937;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=97.7195;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=468;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=3;SAP=12.937;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:14:0,14:0:0:14:468:-42.439,0 +NC_000962 2867298 . C A 814.926 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=26;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=30.0702;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=187.644;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=902;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=24.391;RPPR=0;RPR=21;RUN=1;SAF=3;SAP=36.4176;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:26:0,26:0:0:26:902:-81.4926,0 +NC_000962 2867347 . A G 467.654 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=6.62942;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=107.681;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=516;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=4.31318;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=1;SAP=27.4756;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:15:0,15:0:0:15:516:-46.7654,0 +NC_000962 2867552 . A G 355.945 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=81.9594;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=392;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:12:0,12:0:0:12:392:-35.5945,0 +NC_000962 2867575 . T C 702.295 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=24;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=161.709;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=777;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=0;RPR=24;RUN=1;SAF=10;SAP=4.45795;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:24:0,24:0:0:24:815:-73.6562,0 +NC_000962 2867594 . G A 1129.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=37;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=10.1116;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=260.137;PAIRED=0.972973;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1252;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=13;SAP=10.1116;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:130:0,130:0:0:130:4599:-414.019,0 +NC_000962 2867756 . T C 1970.93 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=64;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=4.23175;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=453.823;PAIRED=0.984375;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2187;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=3.55317;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=45;SAP=25.9465;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:274:0,274:0:0:274:9340:-840.564,0 +NC_000962 2867880 . TAT TT 1754.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=58;CIGAR=1M1D1M;DP=58;DPB=39.3333;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=403.896;PAIRED=0.982759;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=25;PQR=25;PRO=1;QA=1946;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=3.60933;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=44;SAP=36.7056;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:602:0,585:0:0:585:19677:-1769.97,0 +NC_000962 2870621 . C T 3342.62 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=4.65412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=769.667;PAIRED=0.990654;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3714;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=3.51765;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=57;SAP=4.00471;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:108:0,107:0:0:107:3714:-334.262,0 +NC_000962 2880702 . G C 2626.72 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=3.109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=604.824;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2916;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=3.109;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=54;SAP=12.8806;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:543:0,543:0:0:543:19187:-1726.1,0 +NC_000962 2881597 . AGGGGGGCA AGGGGGCA 1646.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=56;CIGAR=1M1D7M;DP=61;DPB=54.4444;DPRA=0;EPP=8.59409;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=379.081;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1829;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=10.6105;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=23;SAP=6.88793;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:442:0,439:0:0:439:14811:-1332.34,0 +NC_000962 2881974 . G A 2437.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=3.25768;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=561.337;PAIRED=0.949367;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2706;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=5.23675;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=40;SAP=3.03779;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:594:0,594:0:0:594:19975:-1797.18,0 +NC_000962 2884068 . A C 2633.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=86;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=13.1102;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=606.497;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2924;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=9.47422;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=46;SAP=3.91929;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:498:0,498:0:0:498:17946:-1614.39,0 +NC_000962 2886570 . A G 3525.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=15.6647;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=811.775;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3915;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.08518;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=58;SAP=3.0103;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:451:0,451:0:0:451:15347:-1380.9,0 +NC_000962 2888201 . T C 3425.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=10.7656;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=788.775;PAIRED=0.991071;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3804;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=3.08785;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=39;SAP=25.423;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:368:0,368:0:0:368:12956:-1165.68,0 +NC_000962 2889633 . T C 3966.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=130;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=3.61163;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=913.413;PAIRED=0.992308;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4408;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=3.27756;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=53;SAP=12.6316;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:263:0,263:0:0:263:8982:-808.277,0 +NC_000962 2891267 . C T 3907.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=125;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=3.16665;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=899.809;PAIRED=0.992;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4340;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=3.16665;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=68;SAP=5.11229;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:505:0,505:0:0:505:16808:-1512.29,0 +NC_000962 2891379 . A C 3525.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=7.25883;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=811.775;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3915;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=4.53977;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=65;SAP=7.25883;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:521:0,521:0:0:521:17784:-1600.13,0 +NC_000962 2891728 . A G 4139.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=7.591;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=953.265;PAIRED=0.992701;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4598;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=4.29416;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=87;SAP=24.7092;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:422:0,422:0:0:422:14648:-1317.83,0 +NC_000962 2894208 . G A 3078.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=9.22372;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=708.927;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3422;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=3.2038;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=61;SAP=12.4917;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:425:0,425:0:0:425:14511:-1305.62,0 +NC_000962 2898522 . T C 5082.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=165;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=3.33931;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1170.34;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5646;QR=0;RO=0;RPL=95;RPP=11.2356;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=60;SAP=29.6602;SAR=105;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:492:0,492:0:0:492:16817:-1513.12,0 +NC_000962 2898926 . G C 3307.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=5.85295;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=761.641;PAIRED=0.990909;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3713;QR=36;RO=1;RPL=60;RPP=4.98437;RPPR=5.18177;RPR=50;RUN=1;SAF=49;SAP=5.85295;SAR=61;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:111:1,110:1:36:110:3713:-330.776,0 +NC_000962 2903439 . G A 3708.08 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=10.3712;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=853.816;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4118;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.30474;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=44;SAP=19.5724;SAR=74;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:384:0,384:0:0:384:12556:-1129.87,0 +NC_000962 2910461 . G T 3415.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=3.03022;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=786.501;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3793;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=5.42083;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=48;SAP=6.37708;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:395:0,395:0:0:395:13536:-1217.96,0 +NC_000962 2911293 . C G 3480.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=3.49071;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=801.416;PAIRED=0.982301;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3865;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=3.49071;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=70;SAP=17.0192;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:465:0,465:0:0:465:16175:-1455.23,0 +NC_000962 2912294 . T G 3556.97 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=18.8904;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=819.023;PAIRED=0.991304;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3950;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=3.48236;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=65;SAP=7.25883;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:413:0,413:0:0:413:13739:-1236.26,0 +NC_000962 2916854 . C G 15010.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=474;CIGAR=1X;DP=475;DPB=475;DPRA=0;EPP=10.3402;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3456.28;PAIRED=0.875527;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16723;QR=35;RO=1;RPL=209;RPP=17.3768;RPPR=5.18177;RPR=265;RUN=1;SAF=256;SAP=9.6255;SAR=218;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:475:1,474:1:35:474:16723:-1501.04,0 +NC_000962 2922845 . GCCA GTCT 1096.94 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=37;CIGAR=1M1X1M1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=45.7942;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=252.579;PAIRED=0.972973;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1218;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=19.9713;RPPR=0;RPR=27;RUN=1;SAF=32;SAP=45.7942;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:38:0,37:0:0:37:1218:-109.694,0 +NC_000962 2922846 . CCA TCT 5716.78 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=180;CIGAR=1X1M1X;DP=180;DPB=186.333;DPRA=0;EPP=76.4061;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1316.34;PAIRED=0.911111;PAIREDR=0;PAO=13;PQA=381;PQR=0;PRO=6;QA=5970;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=24.2907;RPPR=0;RPR=111;RUN=1;SAF=78;SAP=9.95901;SAR=102;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:180:0,180:0:0:180:5970:-571.678,0 +NC_000962 2923391 . T C 4023.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=131;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=28.2226;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=926.464;PAIRED=0.992366;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4471;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=8.99428;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=87;SAP=33.6596;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:296:0,296:0:0:296:9926:-893.225,0 +NC_000962 2925962 . T C 2642.91 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=6.03039;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=608.552;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2934;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=7.22845;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=7.22845;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:459:0,459:0:0:459:16366:-1472.37,0 +NC_000962 2927939 . T C 3077.47 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=11.5259;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=708.614;PAIRED=0.980392;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3417;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=11.5259;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=66;SAP=22.1704;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:528:0,528:0:0:528:19151:-1722.73,0 +NC_000962 2931137 . T G 4139.08 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=135;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=3.41242;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=953.059;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4597;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=13.0634;RPPR=0;RPR=80;RUN=1;SAF=72;SAP=4.31318;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:510:0,510:0:0:510:18021:-1621.26,0 +NC_000962 2932201 . A G 3655.02 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=16.3128;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=841.598;PAIRED=0.991597;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4059;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=9.59771;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=46;SAP=16.3128;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:514:0,514:0:0:514:17305:-1557.14,0 +NC_000962 2939373 . G C 3817.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=3.84811;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=879.098;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4240;QR=0;RO=0;RPL=77;RPP=15.4749;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=69;SAP=5.07918;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:499:0,498:0:0:498:17745:-1596.1,0 +NC_000962 2939657 . T C 4876.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=161;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=4.10278;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1122.83;PAIRED=0.987578;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5419;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=6.90816;RPPR=0;RPR=89;RUN=1;SAF=83;SAP=3.34749;SAR=78;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:400:0,400:0:0:400:13810:-1242.6,0 +NC_000962 2948230 . G A 3508.06 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=5.29507;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=807.76;PAIRED=0.982609;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3898;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.02918;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=54;SAP=3.93554;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:409:0,409:0:0:409:13199:-1187.78,0 +NC_000962 2954439 . T C 2655.52 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=11.0053;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=611.456;PAIRED=0.988636;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2948;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=3.89863;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=46;SAP=3.40511;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:88:0,88:0:0:88:2948:-265.552,0 +NC_000962 2955957 . A C 2703.19 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=3.03526;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=622.432;PAIRED=0.965517;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3001;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=3.23494;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=50;SAP=7.22845;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:521:0,521:0:0:521:17520:-1576.41,0 +NC_000962 2969197 . A G 2544 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=85;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=3.64897;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=585.777;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2824;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=6.10145;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=34;SAP=10.3933;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:518:0,518:0:0:518:17552:-1579.31,0 +NC_000962 2974933 . A G 3955.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=4.70676;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=910.719;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4395;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=4.09604;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=57;SAP=6.33537;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:332:0,332:0:0:332:11771:-1059.06,0 +NC_000962 2975227 . T G 3913.24 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=130;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=14.302;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=901.058;PAIRED=0.992308;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4346;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=4.07933;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=65;SAP=3.0103;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:512:0,512:0:0:512:18755:-1687.07,0 +NC_000962 2980861 . A G 2254.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=75;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=3.03925;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=519.056;PAIRED=0.986667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2505;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=3.03925;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=39;SAP=3.27088;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:538:0,538:0:0:538:19248:-1731.61,0 +NC_000962 2983873 . A G 4334.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=141;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=3.0257;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=998.008;PAIRED=0.985816;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4814;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=3.76493;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=56;SAP=15.9621;SAR=85;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:391:0,391:0:0:391:13727:-1234.98,0 +NC_000962 2984740 . A G 5233.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=172;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=3.0608;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1205.09;PAIRED=0.994186;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5816;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=14.3727;RPPR=0;RPR=101;RUN=1;SAF=90;SAP=3.81829;SAR=82;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:481:0,481:0:0:481:17006:-1529.95,0 +NC_000962 2988630 . C G 4093.14 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=134;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=6.18648;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=942.481;PAIRED=0.985075;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4546;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=55;SAP=12.3444;SAR=79;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:415:0,415:0:0:415:14406:-1296.17,0 +NC_000962 2994187 . T C 5769.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=186;CIGAR=1X;DP=186;DPB=186;DPRA=0;EPP=10.9023;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1328.38;PAIRED=0.983871;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6409;QR=0;RO=0;RPL=109;RPP=14.9651;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=79;SAP=12.1632;SAR=107;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:411:0,410:0:0:410:14094:-1267.71,0 +NC_000962 2999078 . G A 15190.7 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=476;CIGAR=1X;DP=476;DPB=476;DPRA=0;EPP=17.3165;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3497.79;PAIRED=0.878151;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16885;QR=0;RO=0;RPL=249;RPP=5.21827;RPPR=0;RPR=227;RUN=1;SAF=195;SAP=36.7502;SAR=281;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:476:0,476:0:0:476:16885:-1519.07,0 +NC_000962 3003115 . C G 3930.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=3.28173;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=904.991;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4365;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=3.62103;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=71;SAP=6.33537;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:500:0,500:0:0:500:17527:-1576.89,0 +NC_000962 3005185 . G T 4381.93 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=141;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=11.1572;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1008.98;PAIRED=0.992908;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4867;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=3.1489;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=67;SAP=3.76493;SAR=74;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:416:0,416:0:0:416:14557:-1309.71,0 +NC_000962 3009692 . A G 3316.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=3.50834;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=763.711;PAIRED=0.990826;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3723;QR=36;RO=1;RPL=55;RPP=3.03022;RPPR=5.18177;RPR=54;RUN=1;SAF=57;SAP=3.50834;SAR=52;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:500:0,500:0:0:500:17617:-1584.94,0 +NC_000962 3009834 . A G 3569.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=3.48236;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=821.928;PAIRED=0.991304;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3964;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=9.82684;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=60;SAP=3.48236;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:516:0,516:0:0:516:18134:-1631.43,0 +NC_000962 3010420 . A G 4170.53 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=19.3602;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=960.3;PAIRED=0.977941;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4632;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.5851;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=73;SAP=4.60697;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:400:0,400:0:0:400:13904:-1251.01,0 +NC_000962 3010993 . C T 3061.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=12.6832;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=704.886;PAIRED=0.989899;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3399;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=5.66432;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=54;SAP=4.78696;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:419:0,419:0:0:419:14258:-1282.93,0 +NC_000962 3017465 . T C 3041.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=3.80798;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=700.329;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3377;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=41;SAP=8.68272;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:613:1,612:1:24:612:22001:-1976.68,0 +NC_000962 3021892 . GTTCGACGACTTCGACGACT GTTCGACGACT 771.672 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=28;CIGAR=1M9D10M;DP=30;DPB=16.95;DPRA=0;EPP=3.32051;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=9;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=177.684;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=883;QR=26;RO=1;RPL=16;RPP=4.25114;RPPR=5.18177;RPR=12;RUN=1;SAF=11;SAP=5.80219;SAR=17;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:242:0,241:0:0:241:7304:-657.203,0 +NC_000962 3024021 . C A 3426.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=110;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=18.487;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=788.975;PAIRED=0.990909;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3805;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=14.3809;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=48;SAP=6.87947;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:389:0,389:0:0:389:13413:-1206.92,0 +NC_000962 3024343 . G A 4228.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=138;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=3.07324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=973.549;PAIRED=0.971014;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4696;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=7.03854;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=85;SAP=19.1233;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:431:0,431:0:0:431:15204:-1367.85,0 +NC_000962 3027798 . T C 3231.31 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=3.09382;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=744.037;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3588;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=3.34437;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=51;SAP=3.09382;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:265:0,265:0:0:265:9356:-841.828,0 +NC_000962 3028884 . C T 2333.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=75;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=18.3264;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=537.294;PAIRED=0.973333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2590;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=7.90335;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=27;SAP=15.7786;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:566:0,566:0:0:566:19924:-1792.43,0 +NC_000962 3031168 . A G 4226.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=4.03217;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=973.136;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4694;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.5851;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=77;SAP=8.18351;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:403:0,403:0:0:403:14239:-1281.06,0 +NC_000962 3033189 . G A 3519.19 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=3.31507;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=810.324;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3908;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=3.31507;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=46;SAP=12.2295;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:481:2,479:2:66:479:17134:-1535.09,0 +NC_000962 3036323 . G T 2628.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=6.03039;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=605.249;PAIRED=0.988506;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2958;QR=36;RO=1;RPL=48;RPP=5.03202;RPPR=5.18177;RPR=39;RUN=1;SAF=37;SAP=7.22845;SAR=50;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:593:0,593:0:0:593:20936:-1883.43,0 +NC_000962 3036826 . C T 2252.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=3.12768;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=518.655;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2500;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=12.5178;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=42;SAP=5.94472;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:675:0,675:0:0:675:24966:-2245.56,0 +NC_000962 3037377 . T C 1415.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=47;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=3.0565;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=325.933;PAIRED=0.978723;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1572;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=3.42611;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=21;SAP=4.16534;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:267:0,267:0:0:267:8672:-780.455,0 +NC_000962 3040220 . C T 3892.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=4.76149;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=896.279;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4323;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=11.486;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=66;SAP=4.13106;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:426:1,425:1:35:425:14647:-1314.38,0 +NC_000962 3041871 . G T 4285.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=138;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=3.26206;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=986.805;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4760;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=3.57677;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=47;SAP=33.4739;SAR=91;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:509:1,508:1:40:508:17651:-1583.96,0 +NC_000962 3048912 . C G 2392.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=3.03711;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=550.973;PAIRED=0.975309;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2656;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.68051;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=23;SAP=35.8505;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:321:0,321:0:0:321:11260:-1013.13,0 +NC_000962 3054081 . A G 3232.18 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=4.32138;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=744.238;PAIRED=0.990566;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3589;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=4.32138;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=64;SAP=12.9253;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:452:0,452:0:0:452:16227:-1459.83,0 +NC_000962 3054321 . A G 2632.14 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=30.1911;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=606.073;PAIRED=0.988506;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2922;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=12.0207;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=17;SAP=73.1214;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:300:0,300:0:0:300:9985:-898.631,0 +NC_000962 3054724 . A G 5570.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=191;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=0;EPP=15.3911;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1282.71;PAIRED=0.874346;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6189;QR=0;RO=0;RPL=127;RPP=48.1337;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=80;SAP=13.9359;SAR=111;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:191:0,191:0:0:191:6189:-557.074,0 +NC_000962 3069167 . A G 2479.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=3.66436;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=570.859;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2752;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=7.43173;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=43;SAP=3.24576;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:509:0,509:0:0:509:17876:-1608.21,0 +NC_000962 3075639 . T C 3713.47 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=4.48836;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=855.058;PAIRED=0.983193;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4124;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=3.02855;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=69;SAP=9.59771;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:519:1,518:1:34:518:18033:-1619.08,0 +NC_000962 3078178 . C T 2898.45 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=3.03365;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=667.393;PAIRED=0.989247;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3218;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=3.22044;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=46;SAP=3.03365;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:464:0,464:0:0:464:16187:-1456.43,0 +NC_000962 3078579 . G A 2741.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=4.98658;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=631.342;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3044;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.62026;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=36;SAP=10.0615;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:498:1,497:1:27:497:17184:-1543.32,0 +NC_000962 3079877 . A G 5106.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=166;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=19.9635;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1175.73;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5672;QR=0;RO=0;RPL=94;RPP=9.34158;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=71;SAP=10.545;SAR=95;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:469:0,469:0:0:469:16354:-1471.35,0 +NC_000962 3080795 . A G 3347.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=108;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=6.95112;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=770.758;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3720;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=49;SAP=5.02092;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:510:0,510:0:0:510:18321:-1648.12,0 +NC_000962 3086788 . T C 1735.19 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=57;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=3.0484;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=399.541;PAIRED=0.982456;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1925;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=3.9627;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=30;SAP=3.35316;SAR=27;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:695:0,695:0:0:695:25563:-2299.31,0 +NC_000962 3103682 . T C 4048.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=135;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=3.15506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=932.122;PAIRED=0.977778;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4496;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=14.7363;RPPR=0;RPR=81;RUN=1;SAF=83;SAP=18.468;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:453:0,453:0:0:453:15778:-1419.57,0 +NC_000962 3104189 . A G 3823.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=9.90386;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=880.335;PAIRED=0.968254;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4246;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=74;SAP=11.3515;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:630:0,630:0:0:630:22275:-2003.88,0 +NC_000962 3110140 . G T 4512.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=145;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=3.38469;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1038.94;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5035;QR=21;RO=1;RPL=78;RPP=4.82236;RPPR=5.18177;RPR=67;RUN=1;SAF=90;SAP=21.3555;SAR=55;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:372:0,372:0:0:372:12825:-1154,0 +NC_000962 3111476 . C T 4880.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=161;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=11.4399;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1123.67;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5423;QR=0;RO=0;RPL=91;RPP=8.95825;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=69;SAP=10.1451;SAR=92;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:399:1,398:1:33:398:13351:-1198.07,0 +NC_000962 3112877 . G A 3932.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=3.62103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=905.403;PAIRED=0.984375;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4367;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=4.09604;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=57;SAP=6.33537;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:465:0,465:0:0:465:15590:-1402.72,0 +NC_000962 3113872 . A T 3798.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=3.64073;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=874.534;PAIRED=0.975806;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4218;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.64073;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=42;SAP=31.0293;SAR=82;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:418:0,418:0:0:418:13888:-1249.67,0 +NC_000962 3115384 . G C 2138.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=70;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=3.50664;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=492.351;PAIRED=0.985714;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2373;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=3.50664;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=38;SAP=4.12706;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:610:0,609:0:0:609:21755:-1956.78,0 +NC_000962 3117998 . TGA TGG 9618.52 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=324;CIGAR=2M1X;DP=348;DPB=355.333;DPRA=0;EPP=10.7579;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2104.84;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0;PAO=10.5;PQA=193.5;PQR=0;PRO=0;QA=10758;QR=0;RO=0;RPL=209;RPP=62.2298;RPPR=0;RPR=115;RUN=1;SAF=218;SAP=87.0811;SAR=106;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:348:0,324:0:0:324:10758:-961.852,0 +NC_000962 3118000 . A G 3853.91 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=129;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=26.0548;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=887.395;PAIRED=0.992248;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4280;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=3.02713;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=55;SAP=9.08706;SAR=74;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:129:0,129:0:0:129:4280:-385.391,0 +NC_000962 3127926 . A G 282.948 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=10.8276;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=65.1511;PAIRED=0.7;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=311;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=8;SAP=10.8276;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:10:0,10:0:0:10:311:-28.2948,0 +NC_000962 3127931 . T A 1045.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=35;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=6.05036;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=240.657;PAIRED=0.342857;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1158;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=14;SAP=6.05036;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:35:0,35:0:0:35:1158:-104.516,0 +NC_000962 3133054 . CG GC 3907.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=2X;DP=128;DPB=129.5;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=899.819;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=96;PQR=0;PRO=0;QA=4244;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=4.70676;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=4.70676;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:204:0,204:0:0:204:6909:-639.214,0 +NC_000962 3133536 . T C 3932.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=905.412;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4367;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=6.33537;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=69;SAP=4.70676;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:548:0,548:0:0:548:19819:-1782.9,0 +NC_000962 3135606 . A G 3516.52 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=3.30981;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=809.708;PAIRED=0.982759;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3909;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=7.80251;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=68;SAP=10.4981;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:478:0,478:0:0:478:16953:-1525.2,0 +NC_000962 3135912 . G C 3035.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=4.10723;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=698.88;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3370;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=70.7289;RPPR=0;RPR=76;RUN=1;SAF=56;SAP=8.04722;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:56:0,56:0:0:56:1773:-159.818,0 +NC_000962 3135950 . CG GC 4026.62 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=132;CIGAR=2X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=3.60252;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=927.164;PAIRED=0.984848;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4476;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=17.8158;RPPR=0;RPR=81;RUN=1;SAF=74;SAP=7.22164;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:147:0,146:0:0:146:4864:-443.614,0 +NC_000962 3137058 . G A 4245.18 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=42.9271;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=977.489;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4715;QR=0;RO=0;RPL=77;RPP=8.18351;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=60;SAP=7.09778;SAR=76;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:463:0,463:0:0:463:15580:-1401.81,0 +NC_000962 3137736 . G T 4619.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=147;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=6.33398;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1063.65;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5131;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=3.02507;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=81;SAP=6.33398;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:388:0,388:0:0:388:13336:-1199.93,0 +NC_000962 3144623 . C T 3367.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=4.62396;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=775.317;PAIRED=0.981651;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3739;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=3.03022;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=50;SAP=4.62396;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:563:0,563:0:0:563:19741:-1776.06,0 +NC_000962 3155477 . C G 4657.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=154;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=9.83493;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1072.39;PAIRED=0.993506;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5203;QR=27;RO=1;RPL=91;RPP=14.0651;RPPR=5.18177;RPR=63;RUN=1;SAF=75;SAP=3.23591;SAR=79;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:155:1,154:1:27:154:5203:-465.733,0 +NC_000962 3156201 . CGGGTGTTGC CGGGGTGTTGC 2876.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1M1I9M;DP=105;DPB=116.6;DPRA=0;EPP=3.80798;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=662.395;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2.5;PQA=73;PQR=73;PRO=2.5;QA=3197;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=4.4284;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=45;SAP=4.4284;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:381:0,367:0:0:367:12369:-1112.65,0 +NC_000962 3162802 . AAAC AAAG 3712.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=3M1X;DP=128;DPB=131.75;DPRA=0;EPP=3.45166;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=854.745;PAIRED=0.98374;PAIREDR=1;PAO=4.5;PQA=134;PQR=66;PRO=2.5;QA=4081;QR=24;RO=1;RPL=46;RPP=19.976;RPPR=5.18177;RPR=77;RUN=1;SAF=67;SAP=5.14646;SAR=56;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:128:1,123:1:24:123:4081:-371.211,0 +NC_000962 3162805 . C G 7832.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=244;CIGAR=1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=99.267;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1803.47;PAIRED=0.872951;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8704;QR=0;RO=0;RPL=80;RPP=65.805;RPPR=0;RPR=164;RUN=1;SAF=106;SAP=12.1234;SAR=138;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:244:0,244:0:0:244:8704:-783.236,0 +NC_000962 3165636 . G A 5100.66 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=162;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=12.0715;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1174.47;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5666;QR=0;RO=0;RPL=86;RPP=4.35072;RPPR=0;RPR=76;RUN=1;SAF=72;SAP=7.35324;SAR=90;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:497:0,497:0:0:497:16739:-1506.09,0 +NC_000962 3166086 . G A 3608.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=3.48236;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=830.829;PAIRED=0.965217;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4007;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=12.9991;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=40;SAP=26.1412;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:514:0,514:0:0:514:17841:-1605.16,0 +NC_000962 3174496 . A G 4184.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=135;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=3.41242;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=963.622;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4648;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.41242;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=55;SAP=13.0634;SAR=80;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:422:0,422:0:0:422:14828:-1334.05,0 +NC_000962 3174692 . ACCCCCCGCAA ACCCCCGCAA 2269.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=75;CIGAR=1M1D9M;DP=77;DPB=70.2727;DPRA=0;EPP=13.4623;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=522.58;PAIRED=0.986667;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=28.5;PQR=28.5;PRO=1;QA=2522;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=7.90335;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=27;SAP=15.7786;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:329:0,327:0:0:327:10169:-914.836,0 +NC_000962 3177452 . C A 2947 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=4.48875;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=678.572;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3272;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=10.4949;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=51;SAP=4.48875;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:520:1,519:1:34:519:18352:-1647.63,0 +NC_000962 3177884 . C A 3574.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=5.75321;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=823.164;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3970;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=3.69603;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=55;SAP=3.31507;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:480:0,480:0:0:480:16701:-1502.61,0 +NC_000962 3180988 . C A 3548.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=3.69603;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=817.158;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3941;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=9.18185;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=62;SAP=4.9151;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:428:0,428:0:0:428:14619:-1315.34,0 +NC_000962 3186860 . T G 2003.31 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=67;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=5.63551;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=461.278;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2223;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=8.4876;RPPR=0;RPR=27;RUN=1;SAF=32;SAP=3.30199;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:366:0,366:0:0:366:12430:-1118.46,0 +NC_000962 3189242 . A G 3554.27 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=8.4673;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=818.402;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3947;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=8.4673;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=62;SAP=4.53977;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:497:1,496:1:27:496:17679:-1587.78,0 +NC_000962 3190145 . TCCCCCCAT TCCCCCAT 3503.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1M1D7M;DP=118;DPB=104.778;DPRA=0;EPP=5.70592;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=806.769;PAIRED=0.991379;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3894;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=3.30981;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=68;SAP=10.4981;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:388:0,388:0:0:388:13067:-1175.73,0 +NC_000962 3194241 . CGC CGGC 1136.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=39;CIGAR=1M1I2M;DP=42;DPB=55;DPRA=0;EPP=9.74743;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=261.763;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=1;PQA=36;PQR=0;PRO=0;QA=1251;QR=24;RO=1;RPL=39;RPP=87.6977;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=9.74743;SAR=25;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:55:0,50:0:0:50:1429:-137.451,0 +NC_000962 3200282 . C T 3470.62 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=15.0207;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=799.14;PAIRED=0.973451;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3854;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=3.18325;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=68;SAP=13.1759;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:500:0,500:0:0:500:17281:-1554.77,0 +NC_000962 3209156 . G A 3182.7 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=3.20004;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=732.844;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3534;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=7.75381;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=53;SAP=3.20004;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:498:0,498:0:0:498:17259:-1552.79,0 +NC_000962 3214869 . A G 3496.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=8.28388;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=805.067;PAIRED=0.991597;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3886;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=3.02855;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=3.02855;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:482:0,482:0:0:482:16122:-1450.69,0 +NC_000962 3215622 . CGT CT 1859.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1M1D1M;DP=64;DPB=43;DPRA=0;EPP=3.04477;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=428.191;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2066;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=21;RUN=1;SAF=25;SAP=8.83536;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:198:0,192:0:0:192:6357:-571.786,0 +NC_000962 3226181 . A C 3906.06 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=14.4784;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=899.404;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4338;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=4.09604;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=59;SAP=4.70676;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:480:0,480:0:0:480:16883:-1518.88,0 +NC_000962 3228143 . G T 4475.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=148;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=5.88603;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1030.61;PAIRED=0.97973;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5007;QR=32;RO=1;RPL=66;RPP=6.76636;RPPR=5.18177;RPR=82;RUN=1;SAF=83;SAP=7.76406;SAR=65;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:362:0,362:0:0:362:11589:-1042.93,0 +NC_000962 3238119 . CGTGGTGC CGTGC 2896.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1M3D4M;DP=103;DPB=64.5;DPRA=0;EPP=6.07591;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=666.903;PAIRED=0.990196;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=16;PQR=16;PRO=0.5;QA=3218;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.35092;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=72;SAP=40.564;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:314:0,311:0:0:311:10140:-912.196,0 +NC_000962 3245271 . C T 2468.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=5.23675;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=568.374;PAIRED=0.936709;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2740;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=4.35716;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=43;SAP=4.35716;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:638:1,637:1:32:637:22336:-2006.2,0 +NC_000962 3247316 . C G 3583.06 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=3.02855;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=825.03;PAIRED=0.991597;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3979;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=3.02855;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=63;SAP=3.90444;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:438:0,438:0:0:438:14878:-1338.69,0 +NC_000962 3247851 . GCCCGG ACTCGC 1276.35 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=44;CIGAR=1X1M1X2M1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=3.79993;EPPR=0;GTI=0;LEN=6;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=293.891;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1415;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=22.751;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=12;SAP=22.751;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:72:0,72:0:0:72:2368:-231.617,0 +NC_000962 3247864 . CGCAAAA CTAGGGA 1207.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=42;CIGAR=1M4I1M4D1M;DP=43;DPB=42.4286;DPRA=0;EPP=8.18047;EPPR=0;GTI=0;LEN=7;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=278.092;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1342;QR=0;RO=0;RPL=20;RPP=3.21711;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=12;SAP=19.7617;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:61:0,60:0:0:60:1926:-173.342,0 +NC_000962 3247874 . GTTT ATTC 1262.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=43;CIGAR=1X2M1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=14.3727;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=290.76;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1403;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=3.46479;RPPR=0;RPR=20;RUN=1;SAF=12;SAP=21.2406;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:68:0,67:0:0:67:2152:-202.207,0 +NC_000962 3247883 . T C 1869.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=62;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=11.9764;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=430.404;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2074;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=5.25182;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=22;SAP=14.358;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:271:1,270:1:39:270:9519:-852.653,0 +NC_000962 3248074 . GC AT 829.169 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=27;CIGAR=2X;DP=27;DPB=27.5;DPRA=0;EPP=5.02092;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=190.923;PAIRED=0.962963;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=32;PQR=0;PRO=0;QA=886;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=26.2531;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=10;SAP=6.95112;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:27:0,27:0:0:27:886:-82.9169,0 +NC_000962 3249025 . T G 4139.08 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=6.13977;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=953.058;PAIRED=0.985294;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4597;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=3.07417;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=62;SAP=5.30951;SAR=74;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:534:0,534:0:0:534:18520:-1666.27,0 +NC_000962 3256494 . A G 3401.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=5.42083;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=783.182;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3777;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.03022;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=50;SAP=4.62396;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:495:0,495:0:0:495:17131:-1541.34,0 +NC_000962 3263440 . T C 12211.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=397;CIGAR=1X;DP=408;DPB=408;DPRA=0;EPP=5.90377;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2811.73;PAIRED=0.874055;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13954;QR=378;RO=11;RPL=210;RPP=5.90377;RPPR=4.78696;RPR=187;RUN=1;SAF=156;SAP=42.5289;SAR=241;SRF=3;SRP=7.94546;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:408:11,397:11:378:397:13954:-1221.12,0 +NC_000962 3266030 . A G 4741.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=154;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=7.57885;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1091.85;PAIRED=0.987013;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5267;QR=0;RO=0;RPL=76;RPP=3.0667;RPPR=0;RPR=78;RUN=1;SAF=80;SAP=3.51792;SAR=74;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:443:0,443:0:0:443:15324:-1378.74,0 +NC_000962 3269581 . A G 3746.81 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=3.87536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=862.734;PAIRED=0.99187;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4161;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=3.02795;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=51;SAP=10.7958;SAR=72;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:482:0,482:0:0:482:16892:-1519.76,0 +NC_000962 3270784 . A G 3694.62 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=121;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=3.17181;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=850.717;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4103;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=4.46393;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=66;SAP=5.18177;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:400:0,399:0:0:399:14012:-1260.48,0 +NC_000962 3276703 . T G 3248.43 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=105;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=22.8844;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=747.978;PAIRED=0.980952;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3607;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=4.68544;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=51;SAP=3.19643;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:401:0,401:0:0:401:14208:-1278.27,0 +NC_000962 3284640 . A G 1929.52 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=64;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=3.55317;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=444.287;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2144;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=26;SAP=7.89611;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:563:0,563:0:0:563:19402:-1745.62,0 +NC_000962 3284855 . C T 1804.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=58;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=5.40641;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=415.501;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2002;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=3.16006;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=21;SAP=12.5947;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:532:0,532:0:0:532:19221:-1729.08,0 +NC_000962 3296843 . A G 3636.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=3.16919;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=837.259;PAIRED=0.97561;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4078;QR=36;RO=1;RPL=64;RPP=3.45166;RPPR=5.18177;RPR=59;RUN=1;SAF=50;SAP=12.3494;SAR=73;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:457:0,457:0:0:457:15508:-1395.34,0 +NC_000962 3304966 . G A 2956.03 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=6.79359;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=680.652;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3282;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=14.8527;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=50;SAP=3.21178;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:595:1,594:1:33:594:20794:-1867.49,0 +NC_000962 3308606 . G A 2200.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=6.71098;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=506.643;PAIRED=0.985915;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2442;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=6.71098;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=14;SAP=59.5603;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:649:0,649:0:0:649:22625:-2035.52,0 +NC_000962 3310427 . T C 2443.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=23.0483;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=562.575;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2712;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=5.23675;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=5.23675;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:576:0,576:0:0:576:20658:-1858.33,0 +NC_000962 3310626 . T C 2856.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=9.05266;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=657.656;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3171;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=3.10471;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=59;SAP=18.9659;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:455:0,454:0:0:454:16051:-1443.77,0 +NC_000962 3314412 . A G 2910.13 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=670.083;PAIRED=0.989796;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3234;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=5.22609;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=51;SAP=3.36483;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:368:0,368:0:0:368:12851:-1156.27,0 +NC_000962 3316955 . A C 2225.52 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=6.02623;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=512.445;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2470;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=3.49285;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=35;SAP=3.13094;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:542:0,542:0:0:542:19012:-1710.46,0 +NC_000962 3326554 . A C 3369.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=4.65412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=775.929;PAIRED=0.990654;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3742;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=8.8753;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=46;SAP=7.57648;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:497:0,497:0:0:497:17141:-1542.18,0 +NC_000962 3331361 . ACGCGCGCCGG ACGCGCCGG 2151.78 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=1M2D8M;DP=78;DPB=63.8182;DPRA=0;EPP=3.12768;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=495.466;PAIRED=0.986486;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2391;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=49.9611;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=35;SAP=3.47981;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:236:0,235:0:0:235:7894:-710.223,0 +NC_000962 3335708 . G C 5335.15 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=176;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=20.8262;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1228.46;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5930;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=7.00778;RPPR=0;RPR=97;RUN=1;SAF=98;SAP=7.94546;SAR=78;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:460:0,460:0:0:460:16138:-1451.91,0 +NC_000962 3336620 . TAAGT TAGT 378.376 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=13;CIGAR=1M1D3M;DP=13;DPB=10.4;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=87.1244;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=417;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=16.5402;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=4;SAP=7.18621;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:13:0,13:0:0:13:417:-37.8376,0 +NC_000962 3336825 . T C 1807.13 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=61;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=18.709;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=416.107;PAIRED=0.95082;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2005;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=9.02635;RPPR=0;RPR=24;RUN=1;SAF=35;SAP=5.89373;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:318:0,318:0:0:318:10880:-979.013,0 +NC_000962 3338603 . G C 4304.97 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=140;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=13.4954;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=991.255;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4817;QR=32;RO=1;RPL=80;RPP=9.21451;RPPR=5.18177;RPR=60;RUN=1;SAF=49;SAP=30.3709;SAR=91;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:395:0,395:0:0:395:14203:-1277.75,0 +NC_000962 3352932 . C G 4982.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=165;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=3.12874;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1147.16;PAIRED=0.993939;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5534;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=11.2356;RPPR=0;RPR=95;RUN=1;SAF=100;SAP=19.1318;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:448:0,448:0:0:448:15828:-1424.01,0 +NC_000962 3355057 . C T 3490.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=9.59771;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=803.619;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3915;QR=36;RO=1;RPL=60;RPP=3.02855;RPPR=5.18177;RPR=59;RUN=1;SAF=65;SAP=5.21827;SAR=54;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:491:0,491:0:0:491:17472:-1571.85,0 +NC_000962 3358235 . A T 3296.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=108;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=6.95112;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=758.948;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3660;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.73412;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=60;SAP=5.9056;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:642:1,641:1:40:641:22811:-2048.08,0 +NC_000962 3359073 . C T 3189 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=4.71796;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=734.295;PAIRED=0.990291;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3581;QR=36;RO=1;RPL=53;RPP=3.20004;RPPR=5.18177;RPR=50;RUN=1;SAF=53;SAP=3.20004;SAR=50;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:641:0,641:0:0:641:22507:-2024.83,0 +NC_000962 3363338 . A G 2618.66 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=85;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=3.64897;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=602.968;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2907;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=6.10145;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=42;SAP=3.03585;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:559:0,559:0:0:559:19648:-1767.68,0 +NC_000962 3367075 . C T 3488.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=3.96888;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=803.274;PAIRED=0.981982;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3874;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=4.59489;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=65;SAP=10.0725;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:481:1,480:1:21:480:16400:-1473.46,0 +NC_000962 3367765 . G A 3408.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=3.50834;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=784.928;PAIRED=0.990826;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3788;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.03022;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=32;SAP=43.3519;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:491:0,491:0:0:491:16228:-1460.18,0 +NC_000962 3375165 . A C 4653.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=150;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=3.53145;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1071.53;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5169;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=11.3488;RPPR=0;RPR=87;RUN=1;SAF=79;SAP=3.93679;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:301:0,301:0:0:301:10060:-905.308,0 +NC_000962 3378554 . C T 294.762 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=67.8715;PAIRED=0.4;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:10:0,10:0:0:10:324:-29.4762,0 +NC_000962 3379024 . G A 362.987 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=7.18621;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=83.5809;PAIRED=0.230769;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=4;SAP=7.18621;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:13:0,13:0:0:13:400:-36.2987,0 +NC_000962 3379718 . T C 397.421 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=4.51363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=91.5096;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=438;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=8;SAP=4.51363;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:13:0,13:0:0:13:438:-39.7421,0 +NC_000962 3379726 . CCCCGGCCAAC ACCCCGTCACA 415.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=15;CIGAR=1X3M1X1M1X2M2X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=3.15506;EPPR=0;GTI=0;LEN=11;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=89.5243;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=462;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=7;SAP=3.15506;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:16:0,15:0:0:15:462:-41.579,0 +NC_000962 3379742 . T C 940.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=30;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=5.61607;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=216.646;PAIRED=0.966667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1042;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=51.9408;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=14;SAP=3.29983;SAR=16;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:118:0,118:0:0:118:4309:-387.882,0 +NC_000962 3379751 . A C 1223.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=40;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=4.96463;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=281.679;PAIRED=0.975;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1356;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=34.2795;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=23;SAP=4.96463;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:172:0,170:0:0:170:5872:-528.236,0 +NC_000962 3379757 . A C 1199.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=40;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=276.28;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1330;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=29.2851;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=21;SAP=3.22745;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:218:0,218:0:0:218:7549:-679.301,0 +NC_000962 3379763 . G A 1468.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=47;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=3.42611;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=338.031;PAIRED=0.978723;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1628;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=36.6912;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=21;SAP=4.16534;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:275:0,275:0:0:275:9692:-872.072,0 +NC_000962 3379784 . CCCCC ACCCG 1910.09 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1X3M1X;DP=70;DPB=72.4;DPRA=0;EPP=3.04177;EPPR=0;GTI=0;LEN=5;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=439.814;PAIRED=0.971014;PAIREDR=0;PAO=4;PQA=128;PQR=98;PRO=3;QA=2093;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=41.5618;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=34;SAP=3.04177;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:446:0,423:0:0:423:14319:-1324.15,0 +NC_000962 3401871 . A G 3524.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=4.20835;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=811.577;PAIRED=0.991379;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3914;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=6.67934;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=47;SAP=12.0706;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:376:0,375:0:0:375:12827:-1153.77,0 +NC_000962 3402816 . C T 3927.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=5.07918;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=904.432;PAIRED=0.976378;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4365;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=7.95168;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=79;SAP=19.4417;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:485:0,485:0:0:485:16792:-1510.82,0 +NC_000962 3404376 . C G 2500.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=4.29225;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=575.713;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2778;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.03646;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=36;SAP=6.17594;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:511:0,511:0:0:511:18273:-1643.88,0 +NC_000962 3408150 . T C 2811.18 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=5.3706;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=647.298;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3121;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=10.6577;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=38;SAP=9.05266;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:502:0,502:0:0:502:17415:-1566.88,0 +NC_000962 3412611 . T C 1156.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=40;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=266.325;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1282;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=4.96463;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=4.96463;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:466:0,466:0:0:466:16403:-1475.75,0 +NC_000962 3420825 . A G 2458.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=6.2541;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=566.094;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2729;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.25157;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=46;SAP=6.2541;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:496:0,496:0:0:496:17275:-1554.14,0 +NC_000962 3425854 . C T 3617.24 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=18.6189;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=832.901;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4017;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=3.17734;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=53;SAP=5.25601;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:505:0,505:0:0:505:17845:-1605.4,0 +NC_000962 3428917 . C A 3701.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=120;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=17.1973;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=852.383;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4111;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=19.2963;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=45;SAP=19.2963;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:462:0,462:0:0:462:16106:-1449.15,0 +NC_000962 3440464 . TGTGG GGTGC 3396.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X3M1X;DP=116;DPB=116.4;DPRA=0;EPP=3.02952;EPPR=0;GTI=0;LEN=5;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=782.151;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=32;PQR=0;PRO=0;QA=3743;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=5.3355;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=64;SAP=7.33403;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:416:0,411:0:0:411:13553:-1282.78,0 +NC_000962 3446699 . C G 3213.01 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=4.00471;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=739.822;PAIRED=0.990654;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3570;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=4.00471;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=38;SAP=22.513;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:420:0,420:0:0:420:13932:-1253.62,0 +NC_000962 3447293 . T G 2126.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=70;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=4.99565;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=489.658;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2360;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=3.13438;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=45;SAP=15.4187;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:520:0,520:0:0:520:17860:-1606.92,0 +NC_000962 3450725 . T C 5217.68 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=167;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=4.06353;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1201.42;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5796;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=11.1371;RPPR=0;RPR=96;RUN=1;SAF=87;SAP=3.64744;SAR=80;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:464:0,464:0:0:464:15790:-1420.69,0 +NC_000962 3454263 . C G 4185.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=138;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=4.58383;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=963.829;PAIRED=0.985507;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4649;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=57;SAP=12.0738;SAR=81;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:476:0,476:0:0:476:16515:-1485.88,0 +NC_000962 3455686 . G C 4268.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=140;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=4.56135;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=982.88;PAIRED=0.978571;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4741;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=3.25847;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=81;SAP=10.5174;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:512:0,512:0:0:512:17883:-1608.96,0 +NC_000962 3456666 . A G 3207.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=13.7459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=738.651;PAIRED=0.990654;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3562;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=6.44001;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=50;SAP=4.00471;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:531:1,530:1:39:530:19127:-1716.72,0 +NC_000962 3462135 . G C 3513.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=7.25883;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=809.073;PAIRED=0.982609;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3902;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=6.20142;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=66;SAP=8.4673;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:382:0,381:0:0:381:12854:-1156.37,0 +NC_000962 3466919 . C G 2341.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=76;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=16.8392;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=539.089;PAIRED=0.986842;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2601;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=8.61041;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=42;SAP=4.83891;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:517:0,517:0:0:517:17924:-1612.52,0 +NC_000962 3467465 . C G 3117.06 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=4.71796;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=717.73;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3461;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=3.20004;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=43;SAP=9.10307;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:501:0,501:0:0:501:16909:-1521.42,0 +NC_000962 3473996 . GAG GAAG 3186.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1M1I2M;DP=111;DPB=147.667;DPRA=0;EPP=4.32138;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=733.73;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3541;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=46;SAP=7.02548;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:493:0,475:0:0:475:16647:-1497.41,0 +NC_000962 3477940 . ACA ACG 1459.68 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=48;CIGAR=2M1X;DP=49;DPB=49.6667;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=336.104;PAIRED=0.979167;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=15.5;PQR=15.5;PRO=0.5;QA=1621;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=3.19126;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=25;SAP=3.19126;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:49:0,48:0:0:48:1621:-145.968,0 +NC_000962 3477942 . A G 21412.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=673;CIGAR=1X;DP=673;DPB=673;DPRA=0;EPP=3.27165;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4930.34;PAIRED=0.915305;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23802;QR=0;RO=0;RPL=336;RPP=3.01353;RPPR=0;RPR=337;RUN=1;SAF=359;SAP=9.54408;SAR=314;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:673:0,673:0:0:673:23802:-2141.22,0 +NC_000962 3480474 . G A 2428.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=3.25768;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=559.258;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2696;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.03779;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=45;SAP=6.33623;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:673:0,673:0:0:673:24139:-2171.51,0 +NC_000962 3480789 . T C 2251.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=73;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=3.04005;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=518.504;PAIRED=0.986301;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2502;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=3.04005;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=41;SAP=5.41974;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:556:0,556:0:0:556:19174:-1725.09,0 +NC_000962 3482717 . A G 1929.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=64;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=3.14602;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=444.191;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2143;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=42.2325;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=36;SAP=5.18177;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:287:0,287:0:0:287:10429:-938.321,0 +NC_000962 3486977 . A G 2528.65 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=85;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=3.24022;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=582.244;PAIRED=0.988235;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2810;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=5.07959;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=38;SAP=5.07959;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:545:0,545:0:0:545:19354:-1741.17,0 +NC_000962 3487108 . C T 3043.24 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=7.26639;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=700.731;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3379;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=10.0459;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=42;SAP=8.56927;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:603:1,602:1:38:602:21873:-1963.7,0 +NC_000962 3490438 . C G 2346.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=17.5509;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=540.291;PAIRED=0.949367;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2608;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=4.35716;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=44;SAP=5.23675;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:599:0,599:0:0:599:21248:-1911.5,0 +NC_000962 3498198 . C T 3185.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=8.35546;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=733.479;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3537;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.09382;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=53;SAP=3.09382;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:581:0,581:0:0:581:20425:-1837.56,0 +NC_000962 3500149 . G A 4001.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=3.62103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=921.354;PAIRED=0.976562;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4444;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=3.62103;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=64;SAP=3.0103;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:505:0,505:0:0:505:18237:-1640.61,0 +NC_000962 3500243 . G C 4426.01 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=144;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1019.13;PAIRED=0.993056;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4916;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=3.25157;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=62;SAP=9.04217;SAR=82;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:552:0,552:0:0:552:19488:-1753.21,0 +NC_000962 3503895 . C T 3219.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=3.51765;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=741.336;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3578;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=8.8753;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=52;SAP=3.19295;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:534:0,534:0:0:534:18742:-1686.12,0 +NC_000962 3508970 . A G 3656.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=5.66023;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=842.017;PAIRED=0.991525;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4061;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=60;SAP=3.08391;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:453:0,453:0:0:453:15395:-1385.1,0 +NC_000962 3509626 . C A 1855.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=60;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=10.1038;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=427.311;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2059;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=14.7363;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=38;SAP=12.2752;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:547:0,547:0:0:547:18896:-1699.99,0 +NC_000962 3510120 . T G 2969.52 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=3.8246;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=683.757;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3297;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=20.744;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=55;SAP=7.44372;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:548:0,548:0:0:548:19355:-1741.27,0 +NC_000962 3518167 . A G 4981.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=163;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=3.66307;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1146.93;PAIRED=0.993865;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5533;QR=0;RO=0;RPL=77;RPP=4.08938;RPPR=0;RPR=86;RUN=1;SAF=102;SAP=25.4044;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:365:0,365:0:0:365:12906:-1161.2,0 +NC_000962 3518555 . A G 5950.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=194;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=3.72666;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1370.24;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6611;QR=0;RO=0;RPL=97;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=97;RUN=1;SAF=80;SAP=15.9496;SAR=114;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:341:0,341:0:0:341:12048:-1084,0 +NC_000962 3529067 . G C 6044.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=202;CIGAR=1X;DP=205;DPB=205;DPRA=0;EPP=9.20222;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1391.87;PAIRED=0.732673;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6818;QR=99;RO=3;RPL=96;RPP=4.08529;RPPR=9.52472;RPR=106;RUN=1;SAF=81;SAP=20.2101;SAR=121;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:1071:0,1071:0:0:1071:36309:-3266.65,0 +NC_000962 3530955 . C G 3405.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=10.0725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=784.22;PAIRED=0.963964;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3782;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=5.3774;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=66;SAP=11.6375;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:485:0,484:0:0:484:17020:-1530.95,0 +NC_000962 3535572 . C A 3912.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=3.0274;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=900.841;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4385;QR=36;RO=1;RPL=63;RPP=3.0274;RPPR=5.18177;RPR=64;RUN=1;SAF=70;SAP=5.8999;SAR=57;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:498:0,498:0:0:498:17096:-1538.13,0 +NC_000962 3542049 . G A 2261.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=6.60959;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=520.728;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2510;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=3.04005;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=33;SAP=4.46786;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:599:0,599:0:0:599:20949:-1884.73,0 +NC_000962 3542219 . G A 2874.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=3.1027;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=661.802;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3191;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=5.32038;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=62;SAP=23.801;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:502:0,502:0:0:502:17768:-1598.44,0 +NC_000962 3550347 . C T 3344.65 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=108;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=770.135;PAIRED=0.990741;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3714;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=5.9056;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=52;SAP=3.332;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:513:0,513:0:0:513:18235:-1640.54,0 +NC_000962 3550789 . C G 4219.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=140;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=3.07234;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=971.497;PAIRED=0.921429;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4686;QR=0;RO=0;RPL=82;RPP=11.9444;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=55;SAP=16.9698;SAR=85;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:481:0,481:0:0:481:16382:-1473.95,0 +NC_000962 3556275 . A G 2841.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=3.10078;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=654.34;PAIRED=0.989583;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3155;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=18.3011;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=48;SAP=3.0103;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:483:0,483:0:0:483:16750:-1507.03,0 +NC_000962 3568607 . G C 16103.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=510;CIGAR=1X;DP=510;DPB=510;DPRA=0;EPP=23.8735;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3708.03;PAIRED=0.894118;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17900;QR=0;RO=0;RPL=242;RPP=5.88857;RPPR=0;RPR=268;RUN=1;SAF=246;SAP=4.38982;SAR=264;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:510:0,510:0:0:510:17900:-1610.38,0 +NC_000962 3571828 . G C 3072.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=707.371;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3411;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=64;SAP=17.4016;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:554:0,553:0:0:553:19543:-1757.74,0 +NC_000962 3576231 . T C 4226.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=141;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=3.1489;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=973.15;PAIRED=0.992908;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4694;QR=0;RO=0;RPL=77;RPP=5.61299;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=5.61299;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:387:0,387:0:0:387:13535:-1217.76,0 +NC_000962 3577497 . C T 4614.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=152;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=11.239;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1062.64;PAIRED=0.993421;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5126;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=3.5246;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=61;SAP=15.8677;SAR=91;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:394:0,394:0:0:394:14342:-1290.21,0 +NC_000962 3580636 . CTTTGC CTTGC 2769.81 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1M1D4M;DP=100;DPB=83.8333;DPRA=0;EPP=6.95631;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=637.773;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3078;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=3.22044;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=62;SAP=25.4488;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:474:0,473:0:0:473:16429:-1477.8,0 +NC_000962 3581414 . A G 4766.14 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=156;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1097.44;PAIRED=0.99359;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5298;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=3.06598;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=73;SAP=4.40227;SAR=83;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:487:1,486:1:39:486:17339:-1555.97,0 +NC_000962 3587446 . G A 3411.19 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=3.1896;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=785.455;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3788;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=5.42083;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=47;SAP=7.4927;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:468:0,468:0:0:468:16262:-1463.08,0 +NC_000962 3590686 . GTC GCTC 749.242 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=24;CIGAR=1M1I2M;DP=24;DPB=32;DPRA=0;EPP=39.2015;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=172.519;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=829;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=46.8017;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=46.8017;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:211:0,210:0:0:210:7130:-641.459,0 +NC_000962 3591063 . T C 2767.09 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=3.22506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=637.145;PAIRED=0.978022;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3072;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=3.03416;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=48;SAP=3.60686;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:417:0,417:0:0:417:14464:-1301.37,0 +NC_000962 3597249 . C G 2746.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=90;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=3.10681;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=632.386;PAIRED=0.966667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3049;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=4.55446;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=47;SAP=3.39634;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:504:0,504:0:0:504:17479:-1572.57,0 +NC_000962 3600576 . C T 4478.66 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=145;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=3.02528;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1031.25;PAIRED=0.97931;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4977;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=8.41652;RPPR=0;RPR=82;RUN=1;SAF=96;SAP=36.0916;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:444:0,444:0:0:444:15674:-1410.19,0 +NC_000962 3604821 . G C 5603.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=183;CIGAR=1X;DP=183;DPB=183;DPRA=0;EPP=7.29391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1290.29;PAIRED=0.983607;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6225;QR=0;RO=0;RPL=96;RPP=3.97144;RPPR=0;RPR=87;RUN=1;SAF=99;SAP=5.68014;SAR=84;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:343:0,343:0:0:343:11530:-1037.5,0 +NC_000962 3610391 . AGT ACGT 2571.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1M1I2M;DP=91;DPB=121.333;DPRA=0;EPP=3.109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=592.041;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2857;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=3.89863;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=42;SAP=3.40511;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:467:0,466:0:0:466:16085:-1446.87,0 +NC_000962 3612813 . T C 3572.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=9.59771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=822.548;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3967;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=3.17453;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=57;SAP=3.46649;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:484:0,484:0:0:484:16459:-1480.86,0 +NC_000962 3614982 . T C 3704.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=120;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=5.61607;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=852.995;PAIRED=0.991667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4118;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=3.66174;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=77;SAP=23.9288;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:440:0,440:0:0:440:15664:-1409.25,0 +NC_000962 3621423 . A G 3488.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=5.3355;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=803.164;PAIRED=0.964602;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3876;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.95191;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=69;SAP=15.0207;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:575:1,574:1:34:574:20182:-1812.26,0 +NC_000962 3622441 . A C 4712.99 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=154;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=8.65049;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1085.21;PAIRED=0.980519;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5265;QR=27;RO=1;RPL=70;RPP=5.77399;RPPR=5.18177;RPR=84;RUN=1;SAF=71;SAP=5.04077;SAR=83;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:487:0,487:0:0:487:16886:-1519.2,0 +NC_000962 3625065 . T G 3552.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=10.4981;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=818.084;PAIRED=0.982759;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3948;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=4.20835;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=50;SAP=7.80251;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:453:0,453:0:0:453:15549:-1398.96,0 +NC_000962 3626562 . G A 2791.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=5.89764;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=642.746;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3099;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=3.22506;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=34;SAP=15.6335;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:345:0,345:0:0:345:12001:-1079.77,0 +NC_000962 3628520 . G A 3125.14 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=3.09546;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=719.589;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3470;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=7.18293;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=7.18293;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:522:1,519:1:29:519:17876:-1605.44,0 +NC_000962 3638093 . G A 3439.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=5.3774;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=792.042;PAIRED=0.981982;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3822;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=8.66395;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=63;SAP=7.41193;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:517:0,516:0:0:516:18550:-1668.52,0 +NC_000962 3643985 . A C 2092.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=7.23587;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=481.906;PAIRED=0.972973;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2346;QR=21;RO=1;RPL=33;RPP=4.88833;RPPR=5.18177;RPR=41;RUN=1;SAF=38;SAP=3.12768;SAR=36;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:511:2,508:2:63:508:17777:-1593.36,0 +NC_000962 3653988 . G A 4192.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=133;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=7.72876;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=965.465;PAIRED=0.992481;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4657;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=4.33278;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=65;SAP=3.15724;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:603:0,603:0:0:603:21654:-1947.98,0 +NC_000962 3664457 . C A 3644.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=3.30981;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=839.111;PAIRED=0.991379;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4047;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=10.4981;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=60;SAP=3.30981;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:484:0,484:0:0:484:17075:-1536.14,0 +NC_000962 3665753 . G A 3388.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=3.49937;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=780.286;PAIRED=0.990991;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3763;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=4.59489;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=54;SAP=3.18637;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:430:0,430:0:0:430:14897:-1340.35,0 +NC_000962 3670040 . C T 3053.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=17.6895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=703.018;PAIRED=0.97;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3390;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=59;SAP=10.0459;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:495:0,495:0:0:495:16660:-1499.03,0 +NC_000962 3670070 . G A 2715.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=4.94315;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=625.296;PAIRED=0.989011;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3054;QR=36;RO=1;RPL=41;RPP=4.94315;RPPR=5.18177;RPR=50;RUN=1;SAF=55;SAP=11.6246;SAR=36;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:483:0,483:0:0:483:16068:-1445.84,0 +NC_000962 3674157 . T A 6537.45 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=211;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0;EPP=3.51458;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1505.3;PAIRED=0.995261;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7263;QR=0;RO=0;RPL=103;RPP=3.26758;RPPR=0;RPR=108;RUN=1;SAF=117;SAP=8.45442;SAR=94;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:361:0,361:0:0:361:12544:-1128.7,0 +NC_000962 3675504 . G T 2433.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=3.11887;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=560.297;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2701;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.98746;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=50;SAP=13.8677;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:410:0,410:0:0:410:14592:-1312.85,0 +NC_000962 3678249 . A C 4694.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=153;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=3.02449;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1080.86;PAIRED=0.993464;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5214;QR=0;RO=0;RPL=80;RPP=3.70574;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=95;SAP=22.44;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:403:0,403:0:0:403:14085:-1267.25,0 +NC_000962 3680932 . G A 4701.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=153;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=5.40885;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1082.52;PAIRED=0.980392;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5222;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=5.40885;RPPR=0;RPR=83;RUN=1;SAF=86;SAP=8.13384;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:390:0,390:0:0:390:13699:-1232.55,0 +NC_000962 3681548 . A C 4920.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=163;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=10.0576;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1133.07;PAIRED=0.98773;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5466;QR=0;RO=0;RPL=82;RPP=3.02362;RPPR=0;RPR=81;RUN=1;SAF=69;SAP=11.3365;SAR=94;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:387:0,387:0:0:387:13283:-1195.22,0 +NC_000962 3689523 . G T 3634.32 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=19.8579;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=836.832;PAIRED=0.991379;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4036;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=3.30981;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=55;SAP=3.68421;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:410:0,410:0:0:410:14382:-1293.97,0 +NC_000962 3690016 . A G 3544.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=3.08391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=816.129;PAIRED=0.991525;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3936;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=5.66023;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=71;SAP=13.61;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:473:0,473:0:0:473:16144:-1452.54,0 +NC_000962 3693681 . A C 5596.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=189;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=8.07707;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1288.67;PAIRED=0.984127;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6217;QR=0;RO=0;RPL=88;RPP=4.95199;RPPR=0;RPR=101;RUN=1;SAF=123;SAP=40.3389;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:379:0,379:0:0:379:12861:-1157.21,0 +NC_000962 3704596 . G C 2077.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=68;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=478.263;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2305;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=6.20364;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=35;SAP=3.13803;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:597:0,597:0:0:597:21333:-1919.08,0 +NC_000962 3704770 . A G 2338.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=3.69747;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=538.54;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2596;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=4.35716;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=51;SAP=17.5509;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:466:1,465:1:35:465:16647:-1494.08,0 +NC_000962 3709472 . C G 2917.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=6.79359;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=671.849;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3242;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.03269;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=3.03269;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:588:0,588:0:0:588:20675:-1859.97,0 +NC_000962 3714211 . G T 4454.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=142;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=4.53951;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1025.74;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4948;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=3.56081;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=66;SAP=4.53951;SAR=76;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:460:0,460:0:0:460:16286:-1465.22,0 +NC_000962 3714757 . A C 3823.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=127;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=3.16418;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=880.481;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4270;QR=21;RO=1;RPL=68;RPP=4.39525;RPPR=5.18177;RPR=59;RUN=1;SAF=58;SAP=5.07918;SAR=69;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:509:0,509:0:0:509:18491:-1663.37,0 +NC_000962 3718357 . C T 4651.77 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=148;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=3.5385;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1071.11;PAIRED=0.986486;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5167;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=4.47751;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=88;SAP=14.5132;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:447:0,447:0:0:447:15893:-1429.88,0 +NC_000962 3721806 . G C 3816.08 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=7.42218;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=878.684;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4238;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=57;SAP=5.49198;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:517:0,517:0:0:517:18155:-1633.38,0 +NC_000962 3730993 . A G 785.575 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=26;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=51.1168;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=180.885;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=873;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=8.35546;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=18;SAP=11.3621;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:284:1,283:1:24:283:9926:-890.69,0 +NC_000962 3732139 . A G 1270.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=41;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=18.3165;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=292.456;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1408;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=92.0407;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=18.3165;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:87:0,87:0:0:87:3024:-272.352,0 +NC_000962 3732624 . A G 660.543 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=22;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=6.56362;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=152.096;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=733;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=9.32731;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=13;SAP=4.58955;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:241:0,241:0:0:241:8075:-726.692,0 +NC_000962 3735802 . C G 620.583 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=3.44459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=142.894;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=686;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=6.91895;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=6;SAP=9.95901;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:81:0,81:0:0:81:2688:-242.171,0 +NC_000962 3736628 . T G 3865.99 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=131;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=15.0943;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=890.176;PAIRED=0.992366;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4329;QR=32;RO=1;RPL=63;RPP=3.4247;RPPR=5.18177;RPR=68;RUN=1;SAF=75;SAP=8.99428;SAR=56;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:427:0,427:0:0:427:15143:-1362.32,0 +NC_000962 3738416 . TGGGCCGCC TGGCCGCC 3850.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=131;CIGAR=1M1D7M;DP=131;DPB=116.444;DPRA=0;EPP=39.627;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=886.607;PAIRED=0.793893;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4277;QR=0;RO=0;RPL=80;RPP=16.9508;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=77;SAP=11.7791;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:131:0,131:0:0:131:4277:-385.048,0 +NC_000962 3741572 . G A 1626.31 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=54;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=3.17115;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=374.472;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1804;QR=0;RO=0;RPL=24;RPP=4.45795;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=12;SAP=39.2015;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:263:0,262:0:0:262:8473:-762.424,0 +NC_000962 3742991 . AGGGGGGGATT AGGGGGGGGATT 12406.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=404;CIGAR=1M1I10M;DP=443;DPB=480.909;DPRA=0;EPP=3.78429;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2856.67;PAIRED=0.881188;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13898;QR=106;RO=3;RPL=235;RPP=26.4235;RPPR=3.73412;RPR=169;RUN=1;SAF=199;SAP=3.2038;SAR=205;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:443:3,404:3:106:404:13898:-1240.64,0 +NC_000962 3743656 . G A 3438.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=3.18637;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=791.676;PAIRED=0.981982;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3818;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=15.2371;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=53;SAP=3.49937;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:465:1,464:1:35:464:15902:-1427.25,0 +NC_000962 3743899 . G A 3175.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=6.5732;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=731.278;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3529;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=5.56125;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=62;SAP=12.3076;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:349:0,349:0:0:349:11868:-1067.94,0 +NC_000962 3746409 . A G 2518.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=3.23494;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=579.975;PAIRED=0.977011;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2799;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=4.23331;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=4.23331;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:435:0,435:0:0:435:15075:-1356.4,0 +NC_000962 3750177 . AA TC 1681.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=59;CIGAR=2X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=4.81373;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=387.254;PAIRED=0.983051;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1905;QR=36;RO=1;RPL=27;RPP=3.93042;RPPR=5.18177;RPR=32;RUN=1;SAF=26;SAP=4.81373;SAR=33;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:135:0,135:0:0:135:4669:-456.671,0 +NC_000962 3750185 . CGAC GGTG 3875.27 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X1M2X;DP=116;DPB=118.75;DPRA=0;EPP=5.29507;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=892.313;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=11;PQA=319;PQR=0;PRO=0;QA=3988;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=23.5732;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=23.5732;SAR=74;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:116:0,115:0:0:115:3988:-387.527,0 +NC_000962 3750193 . G A 1534.58 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=51;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=10.206;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=353.349;PAIRED=0.980392;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1742;QR=36;RO=1;RPL=31;RPP=8.16222;RPPR=5.18177;RPR=20;RUN=1;SAF=21;SAP=6.45911;SAR=30;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:158:0,158:0:0:158:5450:-490.584,0 +NC_000962 3750205 . CGACAT TGACGG 6805.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=207;CIGAR=1X3M2X;DP=207;DPB=210.333;DPRA=0;EPP=6.04197;EPPR=0;GTI=0;LEN=6;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1567.08;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=20;PQA=541;PQR=0;PRO=0;QA=7021;QR=0;RO=0;RPL=87;RPP=14.4341;RPPR=0;RPR=120;RUN=1;SAF=89;SAP=11.8326;SAR=118;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:207:0,207:0:0:207:7021:-680.576,0 +NC_000962 3750407 . G C 1433.77 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=48;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=17.6677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=330.139;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1590;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=5.9056;RPPR=0;RPR=20;RUN=1;SAF=25;SAP=3.19126;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:429:0,427:0:0:427:15043:-1353.09,0 +NC_000962 3750417 . AAGCT TAGCC 1509.06 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=47;CIGAR=1X3M1X;DP=49;DPB=50.6;DPRA=0;EPP=5.27418;EPPR=0;GTI=0;LEN=5;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=347.474;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=6;PQA=192;PQR=0;PRO=2;QA=1483;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=5.27418;RPPR=0;RPR=20;RUN=1;SAF=26;SAP=4.16534;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:380:0,378:0:0:378:12840:-1308.01,0 +NC_000962 3752207 . A G 1250.15 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=44;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=287.859;PAIRED=0.977273;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1386;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=6.16881;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=19;SAP=4.78696;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:497:0,497:0:0:497:17569:-1580.61,0 +NC_000962 3753116 . C T 1338.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=43;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=7.10075;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=308.199;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1484;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=58.0041;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=18;SAP=5.48477;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:129:1,128:1:27:128:4231:-378.279,0 +NC_000962 3753164 . T G 1923.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=8.83536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=442.839;PAIRED=0.936508;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2134;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=5.80219;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=37;SAP=7.18091;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:366:0,366:0:0:366:12887:-1159.42,0 +NC_000962 3754508 . G C 3977.99 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=132;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=8.34028;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=915.966;PAIRED=0.984848;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4418;QR=0;RO=0;RPL=76;RPP=9.59052;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=35;SAP=66.2462;SAR=97;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:457:0,457:0:0:457:16134:-1451.56,0 +NC_000962 3758029 . C G 3149.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=3.03138;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=725.185;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3500;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=5.56125;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=54;SAP=3.53736;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:104:0,103:0:0:103:3500:-314.944,0 +NC_000962 3761016 . GCCCCCCGCGCCCGCGGT GCCCCCGCGCCCGCGGT 9124.31 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=313;CIGAR=1M1D16M;DP=321;DPB=308.556;DPRA=0;EPP=6.6803;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2100.95;PAIRED=0.913738;PAIREDR=0;PAO=22.5;PQA=678.5;PQR=678.5;PRO=22.5;QA=10142;QR=0;RO=0;RPL=148;RPP=5.01527;RPPR=0;RPR=165;RUN=1;SAF=158;SAP=3.07274;SAR=155;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:321:0,313:0:0:313:10142:-912.431,0 +NC_000962 3761191 . A G 3126.09 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=3.19295;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=719.808;PAIRED=0.962617;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3474;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=3.51765;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=41;SAP=15.6941;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:396:1,395:1:37:395:13659:-1225.19,0 +NC_000962 3762013 . A C 2226.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=3.12768;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=512.651;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2471;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=3.12768;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=32;SAP=5.94472;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:527:0,527:0:0:527:18799:-1691.1,0 +NC_000962 3775409 . T C 4509.68 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=145;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=23.512;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1038.39;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5009;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=3.02528;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=75;SAP=3.38469;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:435:0,435:0:0:435:15234:-1370.58,0 +NC_000962 3775441 . A C 4539.37 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=148;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=5.88603;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1045.23;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5042;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=3.06899;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=82;SAP=6.76636;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:418:0,417:0:0:417:14462:-1301.01,0 +NC_000962 3778011 . GG AT 4282.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=142;CIGAR=2X;DP=143;DPB=144;DPRA=0;EPP=4.53951;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=986.045;PAIRED=0.964789;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=64;PQR=0;PRO=0;QA=4696;QR=0;RO=0;RPL=79;RPP=6.92507;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=73;SAP=3.25497;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:384:0,384:0:0:384:13024:-1217.96,0 +NC_000962 3778396 . C T 4767.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=152;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=8.7247;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1097.84;PAIRED=0.993421;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5296;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=5.06748;RPPR=0;RPR=82;RUN=1;SAF=76;SAP=3.0103;SAR=76;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:411:0,411:0:0:411:14527:-1307.05,0 +NC_000962 3794867 . CCG CCACG 1906.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=67;CIGAR=1M2I2M;DP=72;DPB=116.667;DPRA=0;EPP=8.4876;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=439.028;PAIRED=0.761194;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2119;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=4.59839;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=25;SAP=12.3768;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:464:0,459:0:0:459:15573:-1400.89,0 +NC_000962 3798095 . A C 3066.65 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=706.122;PAIRED=0.71;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3405;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=46;SAP=4.40004;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:494:0,494:0:0:494:16944:-1524.49,0 +NC_000962 3798596 . A G 1001.94 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=34;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=5.30951;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=230.705;PAIRED=0.970588;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1110;QR=0;RO=0;RPL=16;RPP=3.26577;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=16;SAP=3.26577;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:752:0,752:0:0:752:27467:-2470.57,0 +NC_000962 3802140 . ACGGCGGGGCCGGCGGCGGC AC 661.989 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=32;CIGAR=1M18D1M;DP=34;DPB=8.05;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=18;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=139.563;PAIRED=0.90625;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=44.5;PRO=4;QA=756;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=9.79615;RPPR=0;RPR=21;RUN=1;SAF=1;SAP=64.083;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:34:0,32:0:0:32:756:-66.1989,0 +NC_000962 3804299 . G A 3245.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=3.76196;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=747.347;PAIRED=0.980769;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3604;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=7.10269;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=38;SAP=19.3799;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:473:1,472:1:33:472:15964:-1433.14,0 +NC_000962 3811672 . GTAA TTAG 2624.18 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X2M1X;DP=85;DPB=86.5;DPRA=0;EPP=3.24576;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=604.241;PAIRED=0.987952;PAIREDR=0;PAO=6;PQA=168;PQR=0;PRO=0;QA=2748;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.24576;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=42;SAP=3.03646;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:480:0,479:0:0:479:17094:-1751.2,0 +NC_000962 3815477 . G T 3693.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=3.17453;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=850.512;PAIRED=0.97479;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4102;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=14.4151;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=63;SAP=3.90444;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:527:0,527:0:0:527:18760:-1687.69,0 +NC_000962 3817117 . C A 3515.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=6.2579;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=809.494;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3904;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=6.2579;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=44;SAP=15.0207;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:437:0,437:0:0:437:14688:-1321.58,0 +NC_000962 3821845 . G T 3262.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=751.279;PAIRED=0.981132;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3623;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=8.25461;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=40;SAP=16.8586;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:472:0,472:0:0:472:16542:-1488.28,0 +NC_000962 3823159 . A T 3539.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=7.88659;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=815.087;PAIRED=0.991228;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3931;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=3.08649;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=43;SAP=17.9439;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:520:0,520:0:0:520:17366:-1562.57,0 +NC_000962 3826501 . C T 3188.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=3.34437;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=734.086;PAIRED=0.990385;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3540;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=8.35546;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=54;SAP=3.34437;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:552:0,552:0:0:552:19368:-1742.5,0 +NC_000962 3826684 . C T 3598.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=828.553;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3996;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=6.14687;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=72;SAP=16.5402;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:523:0,523:0:0:523:17839:-1605.04,0 +NC_000962 3829770 . T C 3797.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=125;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=874.339;PAIRED=0.984;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4217;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=6.91895;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=52;SAP=10.6713;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:394:0,394:0:0:394:13939:-1254.05,0 +NC_000962 3830349 . C T 4107.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=131;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=3.82253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=945.796;PAIRED=0.992366;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4562;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=3.15949;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=78;SAP=13.3704;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:409:0,409:0:0:409:13556:-1219.82,0 +NC_000962 3830695 . A G 4518.77 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=151;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=9.35215;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1040.49;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5019;QR=0;RO=0;RPL=77;RPP=3.13973;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=80;SAP=4.17513;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:417:0,417:0:0:417:14852:-1336.15,0 +NC_000962 3834486 . T C 3200.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=105;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=10.476;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=736.997;PAIRED=0.990476;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3554;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.19643;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=28;SAP=52.6646;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:531:0,531:0:0:531:18817:-1692.85,0 +NC_000962 3838871 . A G 4711.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=155;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=4.14507;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1084.81;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5237;QR=0;RO=0;RPL=77;RPP=3.02431;RPPR=0;RPR=78;RUN=1;SAF=97;SAP=24.3187;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:421:0,421:0:0:421:14666:-1319.6,0 +NC_000962 3841790 . A G 2813.91 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=15.362;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=647.926;PAIRED=0.892473;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3124;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=9.75821;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=31;SAP=25.4488;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:1165:0,1165:0:0:1165:40069:-3604.67,0 +NC_000962 3842161 . GAAG AAAC 608.986 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=18;CIGAR=1X2M1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=140.224;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=673;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:18:0,18:0:0:18:673:-60.8986,0 +NC_000962 3842173 . G A 1355.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=40;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=58.6;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=312.068;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1503;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=58.6;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:40:0,40:0:0:40:1503:-135.53,0 +NC_000962 3842186 . T A 2246.37 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=66;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=91.9749;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=517.246;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2494;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=91.9749;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:66:0,66:0:0:66:2494:-224.637,0 +NC_000962 3842463 . TAAACACT TAACACT 16364.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=582;CIGAR=1M1D6M;DP=629;DPB=559.625;DPRA=0;EPP=7.3234;EPPR=24.2907;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3768.04;PAIRED=0.905498;PAIREDR=1;PAO=9.5;PQA=309;PQR=309;PRO=9.5;QA=19699;QR=1508;RO=45;RPL=311;RPP=8.97998;RPPR=100.727;RPR=271;RUN=1;SAF=223;SAP=72.0198;SAR=359;SRF=12;SRP=24.2907;SRR=33;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:629:45,582:45:1508:582:19699:-1636.44,0 +NC_000962 3842620 . A G 1079.31 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=36;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=248.521;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1196;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=18;SAP=3.0103;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:626:1,625:1:34:625:21609:-1940.65,0 +NC_000962 3842625 . A G 1135.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=38;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=3.23888;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=261.381;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1298;QR=36;RO=1;RPL=23;RPP=6.66752;RPPR=5.18177;RPR=15;RUN=1;SAF=17;SAP=3.9246;SAR=21;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:641:0,641:0:0:641:22660:-2038.49,0 +NC_000962 3843407 . CGGGGGTA CGGGGTA 1350.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=47;CIGAR=1M1D6M;DP=49;DPB=42.875;DPRA=0;EPP=5.27418;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=311.016;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1501;QR=0;RO=0;RPL=20;RPP=5.27418;RPPR=0;RPR=27;RUN=1;SAF=23;SAP=3.0565;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:356:0,353:0:0:353:12278:-1104.39,0 +NC_000962 3844756 . GCCCCCAG GCCCCAG 2398.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=82;CIGAR=1M1D6M;DP=84;DPB=73.5;DPRA=0;EPP=3.96363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=552.385;PAIRED=0.573171;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2666;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=3.96363;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=48;SAP=8.20065;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:426:0,426:0:0:426:14287:-1285.54,0 +NC_000962 3844992 . T A 3924.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=4.73369;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=903.598;PAIRED=0.690476;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4361;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=9.90386;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=47;SAP=20.6578;SAR=79;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:558:0,558:0:0:558:19890:-1789.32,0 +NC_000962 3845695 . C T 2582.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=7.5409;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=594.681;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2867;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=3.25157;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=49;SAP=10.7579;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:556:0,556:0:0:556:19668:-1769.39,0 +NC_000962 3846842 . G T 660.016 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=23;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=10.6577;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=151.974;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=730;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=10.6577;SAR=16;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:23:0,23:0:0:23:730:-66.0016,0 +NC_000962 3847010 . GCAGC CCAGG 1172.93 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=38;CIGAR=1X3M1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=0;GTI=0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=270.078;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1300;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:38:0,38:0:0:38:1300:-117.293,0 +NC_000962 3847022 . T C 1181.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=37;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=272.142;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1310;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=0;SAP=83.3548;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:37:0,37:0:0:37:1310:-118.19,0 +NC_000962 3847039 . G A 1338.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=38;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=308.125;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1484;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:38:0,38:0:0:38:1484:-133.817,0 +NC_000962 3847052 . G A 745.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=171.697;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=825;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:22:0,22:0:0:22:825:-74.567,0 +NC_000962 3847215 . T C 440.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=101.427;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=486;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=27.4756;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=5;SAP=6.62942;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:170:0,170:0:0:170:5874:-528.737,0 +NC_000962 3847221 . T C 6292.93 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=200;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=34.6704;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1449;PAIRED=0.99;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6993;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=437.305;RPPR=0;RPR=200;RUN=1;SAF=127;SAP=34.6704;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:200:0,200:0:0:200:6993:-629.293,0 +NC_000962 3847235 . CTGC TTTT 8230.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=252;CIGAR=1X1M2X;DP=253;DPB=254.25;DPRA=0;EPP=24.5527;EPPR=0;GTI=0;LEN=4;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1895.14;PAIRED=0.984127;PAIREDR=0;PAO=5;PQA=103;PQR=0;PRO=0;QA=9047;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=405.043;RPPR=0;RPR=234;RUN=1;SAF=161;SAP=45.2334;SAR=91;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:253:0,252:0:0:252:9047:-823.05,0 +NC_000962 3851887 . AT CC 2141.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=2X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=37.2818;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=492.994;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2379;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=3.04177;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=39;SAP=5.55942;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:193:0,192:0:0:192:6422:-581.218,0 +NC_000962 3859893 . C T 4376.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=140;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=11.9444;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1007.72;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4861;QR=0;RO=0;RPL=78;RPP=6.98099;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=74;SAP=4.00297;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:480:0,480:0:0:480:16339:-1470.11,0 +NC_000962 3862472 . GAACC GACC 2782.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1M1D3M;DP=97;DPB=77.6;DPRA=0;EPP=3.37221;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=640.676;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3092;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.8246;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=53;SAP=5.27225;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:297:0,294:0:0:294:9430:-848.393,0 +NC_000962 3863138 . G A 3203.78 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=737.699;PAIRED=0.990566;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3593;QR=32;RO=1;RPL=42;RPP=12.9253;RPPR=5.18177;RPR=64;RUN=1;SAF=51;SAP=3.33807;SAR=55;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:494:0,494:0:0:494:16884:-1519.11,0 +NC_000962 3863681 . C G 4162.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=135;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=958.443;PAIRED=0.992593;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4623;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.41242;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=89;SAP=32.7514;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:420:0,420:0:0:420:14205:-1278.16,0 +NC_000962 3864995 . T C 3333.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=5.75321;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=767.58;PAIRED=0.991228;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3704;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=4.22937;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=58;SAP=3.08649;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:448:0,448:0:0:448:15563:-1400.23,0 +NC_000962 3868586 . G C 5305.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=177;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=0;EPP=9.50018;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1221.55;PAIRED=0.988701;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6001;QR=104;RO=3;RPL=91;RPP=3.31701;RPPR=3.73412;RPR=86;RUN=1;SAF=89;SAP=3.02257;SAR=88;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:554:0,552:0:0:552:19211:-1727.94,0 +NC_000962 3870010 . A G 3762.15 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=3.29508;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=866.268;PAIRED=0.983607;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4178;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=64;SAP=3.65106;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:430:1,429:1:24:429:14524:-1304.47,0 +NC_000962 3871246 . T C 5805.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=190;CIGAR=1X;DP=190;DPB=190;DPRA=0;EPP=3.19316;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1336.7;PAIRED=0.994737;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6449;QR=0;RO=0;RPL=81;RPP=11.9705;RPPR=0;RPR=109;RUN=1;SAF=80;SAP=13.2962;SAR=110;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:275:0,275:0:0:275:9256:-832.929,0 +NC_000962 3873497 . GCCGCA GCCCCGCA 1964.31 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=67;CIGAR=1M2I5M;DP=70;DPB=93;DPRA=0;EPP=3.30199;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=452.3;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2183;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=3.30199;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=38;SAP=5.63551;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:339:0,338:0:0:338:10331:-929.462,0 +NC_000962 3874206 . G A 3467.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=3.49071;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=798.512;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3927;QR=72;RO=2;RPL=59;RPP=3.49071;RPPR=3.0103;RPR=54;RUN=1;SAF=41;SAP=21.4774;SAR=72;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:432:0,432:0:0:432:14819:-1333.34,0 +NC_000962 3874722 . ATTTAC ATTAC 2092.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=70;CIGAR=1M1D4M;DP=71;DPB=59.1667;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=481.912;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2325;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=9.09042;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=31;SAP=4.99565;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:371:0,370:0:0:370:12151:-1093.16,0 +NC_000962 3877421 . A G 3232.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=108;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=6.95112;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=744.246;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3589;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=50;SAP=4.2971;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:573:0,573:0:0:573:20081:-1806.58,0 +NC_000962 3883178 . A C 3740.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=5.53201;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=861.284;PAIRED=0.983871;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4154;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=4.76149;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=71;SAP=8.68415;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:640:0,640:0:0:640:22845:-2054.98,0 +NC_000962 3884906 . A G 9282.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=304;CIGAR=1X;DP=304;DPB=304;DPRA=0;EPP=18.1249;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2137.29;PAIRED=0.898026;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10315;QR=0;RO=0;RPL=86;RPP=127.47;RPPR=0;RPR=218;RUN=1;SAF=187;SAP=38.011;SAR=117;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:304:0,304:0:0:304:10315:-928.212,0 +NC_000962 3884906 . AA GA 2295.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=1X1M;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=26.0162;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=507.722;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2551;QR=0;RO=0;RPL=19;RPP=41.0404;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=54;SAP=36.9322;SAR=20;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:78:0,74:0:0:74:2551:-229.585,0 +NC_000962 3885886 . T C 3810.68 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=6.44263;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=877.441;PAIRED=0.991935;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4232;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=8.68415;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=64;SAP=3.29049;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:522:1,521:1:35:521:17783:-1596.54,0 +NC_000962 3886068 . A C 3155.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=4.34659;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=726.635;PAIRED=0.990385;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3580;QR=72;RO=2;RPL=49;RPP=3.76196;RPPR=3.0103;RPR=55;RUN=1;SAF=47;SAP=5.09825;SAR=57;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:106:2,104:2:72:104:3580:-315.574,0 +NC_000962 3892133 . A G 591.712 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=38.1882;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=136.247;PAIRED=0.95;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=654;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=0;RPR=20;RUN=1;SAF=19;SAP=38.1882;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:20:0,20:0:0:20:654:-59.1712,0 +NC_000962 3892671 . A G 1574.37 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=55;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=3.36563;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=362.512;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1749;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=7.78754;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=28;SAP=3.04978;SAR=27;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:702:1,700:1:25:700:24923:-2239.37,0 +NC_000962 3893480 . G A 2962.27 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=3.58174;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=682.087;PAIRED=0.989474;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3289;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=3.58174;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=53;SAP=5.77607;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:495:0,495:0:0:495:16911:-1521.6,0 +NC_000962 3894732 . A G 3062.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=5.61177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=705.129;PAIRED=0.990099;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3403;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=3.54779;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=63;SAP=16.4476;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:160:0,160:0:0:160:5446:-490.251,0 +NC_000962 3895585 . C T 4139.01 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=132;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=4.06314;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=953.043;PAIRED=0.992424;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4597;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=3.60252;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=59;SAP=6.23461;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:457:0,457:0:0:457:15603:-1403.97,0 +NC_000962 3895727 . C A 3269.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=3.51765;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=752.739;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3630;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.51765;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=39;SAP=20.0777;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:456:0,456:0:0:456:16085:-1447.13,0 +NC_000962 3896340 . T G 3091.88 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=11.5259;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=711.932;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3433;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.35092;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=62;SAP=13.3141;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:534:0,534:0:0:534:18855:-1696.23,0 +NC_000962 3898408 . A G 3354.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=3.32051;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=772.332;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3727;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=5.80219;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=66;SAP=10.7656;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:588:0,588:0:0:588:19849:-1785.87,0 +NC_000962 3902318 . ATTGG ATTTGG 2453.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1M1I4M;DP=90;DPB=107.2;DPRA=0;EPP=14.5479;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=565.032;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2727;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=4.29225;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=54;SAP=19.3617;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:436:0,413:0:0:413:14061:-1264.85,0 +NC_000962 3906311 . G A 3672.15 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=120;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=4.81986;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=845.545;PAIRED=0.983333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4078;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=11.7686;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=66;SAP=5.61607;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:537:1,536:1:35:536:18809:-1688.68,0 +NC_000962 3908465 . A G 3259.19 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=5.46589;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=750.457;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3619;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=3.51765;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=57;SAP=4.00471;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:455:0,455:0:0:455:15513:-1395.77,0 +NC_000962 3909235 . G C 3587.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=115;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=3.18024;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=826.067;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3984;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=6.20142;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=40;SAP=26.1412;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:436:1,435:1:20:435:14465:-1299.57,0 +NC_000962 3916386 . G T 3213.35 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=105;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=8.98702;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=739.902;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3568;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=3.19643;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=61;SAP=8.98702;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:412:0,412:0:0:412:14573:-1311.16,0 +NC_000962 3927595 . G A 1771.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=8.83536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=407.98;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1966;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=25;SAP=8.83536;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:63:0,63:0:0:63:1966:-177.183,0 +NC_000962 3927605 . TG AA 2456.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=79;CIGAR=2X;DP=80;DPB=81.5;DPRA=0;EPP=15.1321;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=565.543;PAIRED=0.848101;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=100;PQR=0;PRO=0;QA=2629;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=174.557;RPPR=0;RPR=79;RUN=1;SAF=29;SAP=15.1321;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:80:0,79:0:0:79:2629:-245.612,0 +NC_000962 3928281 . TAACGGCGGCAACGGCGGCAACGGCGGCAACGGCGGCAACGGCGGCAACGGCGGCAACGGCGGCA TAACGGCGGCAACGGCGGCAACGGCGGCAACGGCGGCAACGGCGGCA 227.006 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=12;CIGAR=1M18D46M;DP=12;DPB=8.90769;DPRA=0;EPP=5.9056;EPPR=0;GTI=0;LEN=18;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=52.27;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0;PAO=6;PQA=116;PQR=161;PRO=8;QA=297;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=5.9056;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:12:0,12:0:0:12:297:-22.7006,0 +NC_000962 3934542 . T G 1043.35 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=35;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=41.7866;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=240.239;PAIRED=0.971429;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1156;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=5;SAP=41.7866;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:35:0,35:0:0:35:1156:-104.335,0 +NC_000962 3934733 . GG CA 739.621 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=28;CIGAR=2X;DP=28;DPB=29.5;DPRA=0;EPP=55.4358;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=170.304;PAIRED=0.678571;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=49;PQR=0;PRO=0;QA=770;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=1;SAP=55.4358;SAR=27;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:28:0,28:0:0:28:770:-73.9621,0 +NC_000962 3940802 . A G 5816.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=202;CIGAR=1X;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=4.55828;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1339.32;PAIRED=0.866337;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6462;QR=0;RO=0;RPL=97;RPP=3.69829;RPPR=0;RPR=105;RUN=1;SAF=104;SAP=3.3973;SAR=98;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:202:0,202:0:0:202:6462:-581.659,0 +NC_000962 3941276 . ACCGGCGGGGC AC 578.097 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=20;CIGAR=1M9D1M;DP=20;DPB=3.63636;DPRA=0;EPP=30.8051;EPPR=0;GTI=0;LEN=9;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=133.112;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=639;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=30.8051;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:21:0,21:0:0:21:725:-65.1788,0 +NC_000962 3942481 . C G 2063.57 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=67;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=3.04271;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=475.154;PAIRED=0.985075;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2290;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=6.93191;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=38;SAP=5.63551;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:67:0,67:0:0:67:2290:-206.357,0 +NC_000962 3942481 . CGGC GGGC 5093.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=164;CIGAR=1X3M;DP=182;DPB=183.25;DPRA=0;EPP=10.6369;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1081.58;PAIRED=0.859756;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=17.5;PQR=0;PRO=0;QA=5679;QR=0;RO=0;RPL=77;RPP=4.33437;RPPR=0;RPR=87;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=123;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:182:0,164:0:0:164:5679:-509.386,0 +NC_000962 3942640 . T C 1240.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=40;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=58.6;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=285.702;PAIRED=0.95;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1378;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=65.7659;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=65.7659;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:330:0,330:0:0:330:11346:-1020.91,0 +NC_000962 3943019 . C G 7046.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=235;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=7.89842;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1622.53;PAIRED=0.625532;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7833;QR=0;RO=0;RPL=101;RPP=13.073;RPPR=0;RPR=134;RUN=1;SAF=114;SAP=3.46308;SAR=121;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:236:0,235:0:0:235:7833:-704.655,0 +NC_000962 3944465 . CGGGGGCGCCGGCGGCA CGGGGCGCCGGCGGCA 3295.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1M1D15M;DP=124;DPB=120.176;DPRA=0;EPP=18.771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=758.892;PAIRED=0.887097;PAIREDR=0;PAO=8;PQA=204;PQR=212;PRO=12;QA=3668;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=4.76149;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=50;SAP=13.0971;SAR=74;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:124:0,124:0:0:124:3668:-329.583,0 +NC_000962 3952308 . C A 2837.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=90;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=3.39634;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=653.3;PAIRED=0.988889;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3150;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=4.55446;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=46;SAP=3.10681;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:443:0,443:0:0:443:15101:-1358.76,0 +NC_000962 3952800 . G A 2773.37 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=7.84676;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=638.593;PAIRED=0.965909;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3079;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=3.89863;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=44;SAP=3.0103;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:486:0,486:0:0:486:16192:-1456.94,0 +NC_000962 3958403 . A G 3974.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=130;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=4.07933;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=915.141;PAIRED=0.976923;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4414;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=3.61163;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=69;SAP=4.07933;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:565:0,565:0:0:565:19848:-1785.64,0 +NC_000962 3959418 . C T 3425.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=3.18637;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=788.774;PAIRED=0.990991;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3804;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=3.96888;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=56;SAP=3.02986;SAR=55;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:387:0,387:0:0:387:13556:-1219.69,0 +NC_000962 3959730 . T C 2959.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=681.473;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3286;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=3.37221;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=3.37221;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:363:0,363:0:0:363:12893:-1159.98,0 +NC_000962 3962187 . G A 2932.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=8.26386;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=675.258;PAIRED=0.989247;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3256;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=6.95631;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=39;SAP=8.26386;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:473:0,473:0:0:473:16291:-1465.82,0 +NC_000962 3964518 . G A 1295.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=41;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=11.961;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=298.261;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1436;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=9.41879;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=11;SAP=22.1298;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:845:0,845:0:0:845:30399:-2734.51,0 +NC_000962 3968006 . A C 2858.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=658.27;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3174;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=9.05266;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=24;SAP=48.7056;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:480:0,480:0:0:480:16740:-1506.09,0 +NC_000962 3969423 . GGCCGCCGCCGCCGCCT GGCCGCCGCCGCCT 8774.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=315;CIGAR=1M3D13M;DP=317;DPB=261.118;DPRA=0;EPP=19.5617;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2020.37;PAIRED=0.926984;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=4;PQR=4;PRO=2;QA=9752;QR=0;RO=0;RPL=146;RPP=6.65699;RPPR=0;RPR=169;RUN=1;SAF=156;SAP=3.07234;SAR=159;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:317:0,315:0:0:315:9752:-877.433,0 +NC_000962 3970594 . C G 2703.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=3.22506;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=622.439;PAIRED=0.989011;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3001;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.60686;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=42;SAP=4.17955;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:501:0,501:0:0:501:17613:-1584.52,0 +NC_000962 3976595 . G T 2649.91 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=3.89863;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=610.165;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2944;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=6.56362;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=51;SAP=7.84676;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:497:0,497:0:0:497:17507:-1575.02,0 +NC_000962 3979990 . C G 2879.53 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=18.6264;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=663.037;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3197;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=4.48875;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=47;SAP=3.0103;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:405:0,405:0:0:405:13612:-1224.85,0 +NC_000962 3981983 . G A 4149.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=135;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=4.95658;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=955.531;PAIRED=0.977778;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4609;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=5.72866;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=70;SAP=3.41242;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:538:0,538:0:0:538:19048:-1713.62,0 +NC_000962 3983561 . T C 4228.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=142;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=5.21236;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=973.572;PAIRED=0.978873;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4696;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=3.07147;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=81;SAP=9.12712;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:142:0,142:0:0:142:4696:-422.817,0 +NC_000962 3984321 . G A 2648.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=6.03039;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=609.801;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2940;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=3.03526;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=25;SAP=37.1798;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:522:0,522:0:0:522:18359:-1651.73,0 +NC_000962 3987370 . CGGCGCA CGCGCA 2688.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1M1D5M;DP=93;DPB=79.8571;DPRA=0;EPP=4.94315;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=618.946;PAIRED=0.989011;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=7;PQR=7;PRO=0.5;QA=2987;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=8.37933;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=48;SAP=3.60686;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:479:0,478:0:0:478:16453:-1491.73,0 +NC_000962 3993058 . G A 3030.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=11.8735;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=697.837;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3365;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=4.4284;RPPR=0;RPR=53;RUN=1;SAF=48;SAP=3.09893;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:446:0,446:0:0:446:15519:-1396.25,0 +NC_000962 3994271 . C A 3358.84 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=3.03022;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=773.401;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3732;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.03022;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=50;SAP=4.62396;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:110:0,109:0:0:109:3732:-335.884,0 +NC_000962 4001622 . T C 4438.66 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=145;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=4.22333;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1022.04;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4930;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=10.9324;RPPR=0;RPR=84;RUN=1;SAF=84;SAP=10.9324;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:498:1,497:1:41:497:18239:-1636.51,0 +NC_000962 4005114 . G C 4908.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=161;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=3.67118;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1130.18;PAIRED=0.993789;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5455;QR=0;RO=0;RPL=84;RPP=3.67118;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=81;SAP=3.02379;SAR=80;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:408:0,407:0:0:407:14138:-1271.67,0 +NC_000962 4005607 . T C 6005.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=192;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=11.8771;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1382.76;PAIRED=0.958333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6674;QR=0;RO=0;RPL=83;RPP=10.6557;RPPR=0;RPR=109;RUN=1;SAF=83;SAP=10.6557;SAR=109;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:466:0,466:0:0:466:16385:-1474.21,0 +NC_000962 4008747 . A G 2220.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=8.92153;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=511.2;PAIRED=0.972222;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2464;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=12.7819;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=42;SAP=7.35324;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:516:0,516:0:0:516:18099:-1628.34,0 +NC_000962 4022388 . G A 5016.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=160;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1155;PAIRED=0.9875;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5572;QR=0;RO=0;RPL=100;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=82;SAP=3.22745;SAR=78;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:461:0,461:0:0:461:16376:-1473.34,0 +NC_000962 4024273 . T C 3930.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=130;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=4.68066;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=905.122;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4368;QR=0;RO=0;RPL=81;RPP=20.1148;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=57;SAP=7.28643;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:368:0,368:0:0:368:12198:-1097.64,0 +NC_000962 4026899 . G A 4657.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=148;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=3.24505;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1072.35;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5173;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=3.06899;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=75;SAP=3.06899;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:480:0,480:0:0:480:16735:-1505.6,0 +NC_000962 4028752 . A G 2234.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=75;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=3.03925;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=514.504;PAIRED=0.986667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2480;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=7.90335;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=42;SAP=5.35549;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:491:0,491:0:0:491:16871:-1517.91,0 +NC_000962 4032218 . G A 2203.02 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=4.9405;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=507.264;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2445;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=8.92153;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=9;SAP=90.9549;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:302:0,302:0:0:302:9915:-892.265,0 +NC_000962 4032625 . G T 2376.33 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=16.4846;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=547.171;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2640;QR=0;RO=0;RPL=24;RPP=28.0658;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=74;SAP=139.423;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:181:0,180:0:0:180:5902:-531.088,0 +NC_000962 4033577 . A G 4623.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=151;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=20.6265;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1064.71;PAIRED=0.993377;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5136;QR=0;RO=0;RPL=76;RPP=3.02468;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=83;SAP=6.24594;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:409:0,409:0:0:409:14103:-1269.01,0 +NC_000962 4034827 . C T 3964.27 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=14.4784;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=912.807;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4405;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=3.62103;RPPR=0;RPR=67;RUN=1;SAF=50;SAP=16.3106;SAR=78;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:412:0,412:0:0:412:13273:-1194.39,0 +NC_000962 4037283 . T G 1811.71 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=58;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=3.60933;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=417.161;PAIRED=0.982759;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2010;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=26;SAP=4.35811;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:287:0,286:0:0:286:9857:-886.652,0 +NC_000962 4041581 . C T 1548.08 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=50;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=3.70517;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=356.458;PAIRED=0.94;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1717;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=5.78978;RPPR=0;RPR=21;RUN=1;SAF=22;SAP=4.57376;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:546:0,546:0:0:546:18840:-1695.03,0 +NC_000962 4050811 . G A 3683.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=121;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=8.19671;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=848.227;PAIRED=0.983471;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4091;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=58;SAP=3.45895;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:448:0,448:0:0:448:15796:-1421.18,0 +NC_000962 4053050 . A G 604.328 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=139.152;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=668;QR=0;RO=0;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:20:0,20:0:0:20:668:-60.4328,0 +NC_000962 4055801 . G A 3500.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=5.3774;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=805.969;PAIRED=0.972973;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3887;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.18637;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=41;SAP=19.4626;SAR=70;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:523:0,523:0:0:523:18285:-1645,0 +NC_000962 4056416 . C A 1576.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=52;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=3.17734;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=363.08;PAIRED=0.980769;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1749;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=11.1951;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=34;SAP=13.7006;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:689:0,689:0:0:689:24200:-2177.1,0 +NC_000962 4056693 . G T 1981.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=5.80219;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=456.312;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2199;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=3.04477;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=3.04477;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:639:0,639:0:0:639:22836:-2054.31,0 +NC_000962 4059143 . A C 3044.15 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=5.13919;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=700.942;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3380;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=7.18293;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=42;SAP=9.90792;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:515:0,515:0:0:515:17713:-1593.62,0 +NC_000962 4059904 . A G 3050.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=102;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=5.13919;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=702.407;PAIRED=0.990196;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3387;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=4.37279;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=4.37279;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:515:0,515:0:0:515:17846:-1605.62,0 +NC_000962 4060100 . G A 384.964 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=88.6413;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=424;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=3.73412;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:12:0,12:0:0:12:424:-38.4964,0 +NC_000962 4060588 . T C 3124.23 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=5.56125;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=719.381;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3469;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=10.621;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=10.621;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:343:0,343:0:0:343:12116:-1090.12,0 +NC_000962 4069292 . G A 3624.91 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=116;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=834.666;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4028;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.08518;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=71;SAP=15.6647;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:497:0,497:0:0:497:16195:-1457.27,0 +NC_000962 4070059 . C T 3978.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=4.73369;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=916.164;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4419;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=6.38815;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=62;SAP=3.07924;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:126:0,126:0:0:126:4419:-397.885,0 +NC_000962 4075422 . T C 2531.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=88;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=4.58955;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=582.943;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2958;QR=144;RO=4;RPL=47;RPP=3.89863;RPPR=11.6962;RPR=41;RUN=1;SAF=37;SAP=7.84676;SAR=51;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:356:0,356:0:0:356:12089:-1087.81,0 +NC_000962 4080525 . C T 2336.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=77;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=3.26411;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=538.021;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2660;QR=63;RO=2;RPL=40;RPP=3.26411;RPPR=7.35324;RPR=37;RUN=1;SAF=34;SAP=5.29458;SAR=43;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:552:0,552:0:0:552:19717:-1773.7,0 +NC_000962 4089058 . T C 4112.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=134;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=7.15878;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=946.831;PAIRED=0.985075;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4567;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=3.07512;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=75;SAP=7.15878;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:551:0,551:0:0:551:19603:-1763.54,0 +NC_000962 4095001 . CGA CA 2693.93 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1M1D1M;DP=93;DPB=62;DPRA=0;EPP=14.4341;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=620.3;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2993;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=12.4515;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=41;SAP=5.3706;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:416:0,415:0:0:415:12829:-1154.31,0 +NC_000962 4095295 . T C 3602.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=6.09416;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=829.595;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4001;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=8.28388;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=72;SAP=14.4151;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:568:0,568:0:0:568:20111:-1809.26,0 +NC_000962 4098444 . A G 4688.71 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=152;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=6.66752;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1079.62;PAIRED=0.986842;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5208;QR=0;RO=0;RPL=81;RPP=4.4389;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=69;SAP=5.81036;SAR=83;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:152:0,152:0:0:152:5208:-468.871,0 +NC_000962 4100975 . T C 3112.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=5.61177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=716.69;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3456;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=4.75178;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=66;SAP=23.6715;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:522:0,522:0:0:522:17802:-1601.62,0 +NC_000962 4104877 . G A 3387.31 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=4.94911;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=779.958;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3865;QR=100;RO=3;RPL=51;RPP=4.94911;RPPR=3.73412;RPR=61;RUN=1;SAF=48;SAP=7.97367;SAR=64;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:489:0,489:0:0:489:17172:-1544.91,0 +NC_000962 4107074 . T C 4186.8 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=140;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=5.24381;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=964.045;PAIRED=0.992857;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4650;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=3.25847;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=90;SAP=27.8271;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:540:0,540:0:0:540:19590:-1762.25,0 +NC_000962 4109342 . G A 3126.06 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=4.75178;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=719.802;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3471;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=3.0318;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=58;SAP=7.84774;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:477:0,477:0:0:477:16389:-1474.54,0 +NC_000962 4111303 . G C 2661.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=12.0207;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=612.913;PAIRED=0.977011;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2955;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=6.03039;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=63;SAP=40.9736;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:429:0,428:0:0:428:14903:-1340.52,0 +NC_000962 4112429 . T C 3411.28 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=25.0298;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=785.475;PAIRED=0.973684;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3828;QR=36;RO=1;RPL=66;RPP=9.18185;RPPR=5.18177;RPR=48;RUN=1;SAF=54;SAP=3.69603;SAR=60;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:426:0,426:0:0:426:15005:-1349.96,0 +NC_000962 4115890 . G C 2705.02 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=11.8182;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=622.853;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3003;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=7.13366;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=45;SAP=3.0347;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:525:0,525:0:0:525:17850:-1606.03,0 +NC_000962 4116610 . G A 2985.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=96;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=5.27225;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=687.481;PAIRED=0.989583;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3315;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=4.45795;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=53;SAP=5.27225;SAR=43;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:540:0,540:0:0:540:19010:-1710.2,0 +NC_000962 4120390 . G C 2910.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=95;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=3.58174;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=670.075;PAIRED=0.978947;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3231;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=3.03316;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=51;SAP=4.13032;SAR=44;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:645:0,645:0:0:645:22970:-2066.36,0 +NC_000962 4122287 . G T 3915.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=7.42218;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=901.668;PAIRED=0.992063;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4349;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=3.63072;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=67;SAP=4.11327;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:439:0,439:0:0:439:14505:-1305.25,0 +NC_000962 4123770 . G A 3794.47 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=8.77716;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=873.708;PAIRED=0.991803;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4214;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=4.14943;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=4.14943;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:359:0,359:0:0:359:12158:-1093.98,0 +NC_000962 4124321 . G A 4404.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=141;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=6.47542;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1014.26;PAIRED=0.985816;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4895;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=3.76493;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=47;SAP=37.03;SAR=94;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:142:0,141:0:0:141:4895:-440.489,0 +NC_000962 4124349 . GCCCTCCCA GCTCCCA 3028.4 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=104;CIGAR=1M2D6M;DP=105;DPB=81.6667;DPRA=0;EPP=8.35546;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=697.314;PAIRED=0.980769;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3365;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=3.76196;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=47;SAP=5.09825;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:365:0,362:0:0:362:11207:-1008.33,0 +NC_000962 4133316 . A T 1835.65 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=61;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=3.33068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=422.674;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2039;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=9.02635;RPPR=0;RPR=24;RUN=1;SAF=35;SAP=5.89373;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:303:0,303:0:0:303:9936:-894.125,0 +NC_000962 4137829 . C T 4415.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=143;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=5.57659;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1016.73;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4940;QR=32;RO=1;RPL=85;RPP=14.0803;RPPR=5.18177;RPR=58;RUN=1;SAF=80;SAP=7.3988;SAR=63;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:479:0,479:0:0:479:16740:-1506.13,0 +NC_000962 4145737 . A G 4392.78 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=144;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=3.07062;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1011.47;PAIRED=0.993056;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4879;QR=0;RO=0;RPL=86;RPP=14.8328;RPPR=0;RPR=58;RUN=1;SAF=75;SAP=3.55317;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:478:0,478:0:0:478:16469:-1481.88,0 +NC_000962 4151855 . A G 5096.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=164;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=3.48696;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1173.45;PAIRED=0.993902;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5661;QR=0;RO=0;RPL=89;RPP=5.60547;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=78;SAP=3.8577;SAR=86;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:471:0,471:0:0:471:16190:-1456.72,0 +NC_000962 4156099 . C A 4302.74 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=3.15295;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=990.742;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4779;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=5.68898;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=64;SAP=4.29416;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:414:0,414:0:0:414:14643:-1317.39,0 +NC_000962 4156503 . C T 4057.15 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=131;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=10.3204;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=934.194;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4506;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=4.35297;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=69;SAP=3.82253;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:452:0,452:0:0:452:15098:-1358.51,0 +NC_000962 4158493 . C T 5279.76 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=170;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=6.28028;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1215.71;PAIRED=0.988235;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5865;QR=0;RO=0;RPL=93;RPP=6.28028;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=76;SAP=7.14887;SAR=94;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:476:0,476:0:0:476:16784:-1509.95,0 +NC_000962 4159195 . T C 3520.17 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=120;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=8.87328;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=810.548;PAIRED=0.966667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3909;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=3.66174;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=56;SAP=4.16842;SAR=64;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:356:0,356:0:0:356:12321:-1108.62,0 +NC_000962 4160371 . C A 3265.47 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=5.05886;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=751.903;PAIRED=0.95283;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3626;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=3.74778;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=52;SAP=3.09224;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:506:0,506:0:0:506:18011:-1620.34,0 +NC_000962 4162339 . A G 2863.95 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=3.59403;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=659.449;PAIRED=0.989247;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3182;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=5.83555;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=5.83555;SAR=52;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:570:0,570:0:0:570:20591:-1852.32,0 +NC_000962 4166441 . G A 3734.18 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=121;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=3.45895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=859.827;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4147;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=3.02825;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=59;SAP=3.17181;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:486:0,486:0:0:486:16630:-1496.21,0 +NC_000962 4167656 . A G 2653.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=3.63429;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=611.048;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2946;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=3.63429;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=39;SAP=5.03202;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:534:0,534:0:0:534:19249:-1731.54,0 +NC_000962 4169852 . G T 3165.59 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=3.03138;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=728.904;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3515;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=9.10307;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=62;SAP=12.3076;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:503:0,502:0:0:502:17755:-1597.04,0 +NC_000962 4170739 . G C 3207 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=103;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=3.20004;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=738.439;PAIRED=0.980583;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3561;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=5.56125;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=41;SAP=12.3076;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:577:0,577:0:0:577:19549:-1758.86,0 +NC_000962 4170964 . GGGTC GAGGTC 2362.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1M1I4M;DP=81;DPB=97.8;DPRA=0;EPP=3.45573;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=544.019;PAIRED=0.974359;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=21;PQR=0;PRO=0;QA=2604;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=8.46682;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=43;SAP=4.79202;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:405:0,395:0:0:395:12892:-1190.57,0 +NC_000962 4174131 . G C 2058.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=25.9524;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=473.998;PAIRED=0.985507;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2288;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=4.55236;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=28;SAP=8.32883;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:583:0,583:0:0:583:20758:-1867.36,0 +NC_000962 4179089 . C T 3884.42 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=6.38815;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=894.421;PAIRED=0.992063;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4314;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=3.07924;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=60;SAP=3.63072;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:469:0,469:0:0:469:16196:-1457.19,0 +NC_000962 4179832 . G C 3703.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=121;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=852.717;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4115;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=5.18177;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=61;SAP=3.02825;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:569:0,569:0:0:569:20222:-1819.24,0 +NC_000962 4182387 . G C 2833.7 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=6.33681;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=652.483;PAIRED=0.989362;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3146;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=4.48875;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=54;SAP=7.53805;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:503:0,503:0:0:503:17437:-1568.88,0 +NC_000962 4182695 . G A 2883.13 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=3.03416;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=663.865;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3201;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=3.03416;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=33;SAP=17.9243;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:457:0,457:0:0:457:15866:-1427.5,0 +NC_000962 4186678 . G A 3928.5 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=904.571;PAIRED=0.984127;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4363;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=8.59409;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=55;SAP=7.42218;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:545:0,545:0:0:545:19162:-1723.94,0 +NC_000962 4187485 . T C 2702.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=8.37933;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=622.237;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3000;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=4.94315;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=44;SAP=3.22506;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:499:0,499:0:0:499:18028:-1621.71,0 +NC_000962 4187817 . A G 2984.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=4.10723;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=687.282;PAIRED=0.989691;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3314;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=5.71904;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=57;SAP=9.47994;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:381:0,381:0:0:381:13711:-1233.51,0 +NC_000962 4189210 . G T 5500.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=175;CIGAR=1X;DP=175;DPB=175;DPRA=0;EPP=10.7656;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1266.45;PAIRED=0.988571;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6110;QR=0;RO=0;RPL=100;RPP=10.7656;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=89;SAP=3.12198;SAR=86;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:346:0,346:0:0:346:11853:-1066.59,0 +NC_000962 4189930 . C G 2439.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=10.7579;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=561.749;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2708;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=6.2541;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=25;SAP=28.7731;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:483:0,483:0:0:483:15947:-1434.95,0 +NC_000962 4191582 . G A 3571.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=4.18805;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=822.341;PAIRED=0.991525;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4053;QR=84;RO=3;RPL=53;RPP=5.66023;RPPR=9.52472;RPR=65;RUN=1;SAF=64;SAP=4.85053;SAR=54;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:480:0,480:0:0:480:16932:-1523.34,0 +NC_000962 4193344 . G T 2738.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=3.0347;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=630.515;PAIRED=0.988764;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3040;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=8.49998;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=65;SAP=44.0243;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:537:0,537:0:0:537:19946:-1794.1,0 +NC_000962 4194501 . G A 3694.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=5.21827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=850.8;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4106;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=16.3128;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=56;SAP=3.90444;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:449:0,449:0:0:449:15693:-1411.98,0 +NC_000962 4197138 . CTTGC CTTTGC 2622.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=86;CIGAR=1M1I4M;DP=88;DPB=105.4;DPRA=0;EPP=32.1989;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=603.893;PAIRED=0.988372;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2915;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=9.47422;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=45;SAP=3.41429;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:417:0,415:0:0:415:14369:-1292.49,0 +NC_000962 4198611 . CGGGGGTGGAA CGGGGTGGAA 2285.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=77;CIGAR=1M1D9M;DP=79;DPB=71.8182;DPRA=0;EPP=3.71532;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=526.345;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2540;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=7.77626;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=40;SAP=3.26411;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:466:0,461:0:0:461:16200:-1457.15,0 +NC_000962 4204168 . T C 3490.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=5.3355;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=803.803;PAIRED=0.982301;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3879;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=11.4848;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=50;SAP=6.2579;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:619:0,619:0:0:619:22060:-1984.45,0 +NC_000962 4204441 . A G 2840.89 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=94;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=14.1911;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=654.138;PAIRED=0.989362;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3154;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=8.9241;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=35;SAP=16.3163;SAR=59;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:583:0,583:0:0:583:21289:-1915.01,0 +NC_000962 4205120 . A G 1603.78 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=55;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=3.99733;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=369.283;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1779;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=3.36563;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=26;SAP=3.36563;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:548:0,548:0:0:548:19336:-1739.49,0 +NC_000962 4205325 . A G 2230.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=77;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=4.39215;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=513.674;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2476;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=6.42261;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=35;SAP=4.39215;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:525:0,525:0:0:525:18184:-1636.02,0 +NC_000962 4210274 . A G 3961.82 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=131;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=3.15949;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=912.242;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4400;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=6.73993;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=70;SAP=4.35297;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:572:0,572:0:0:572:20320:-1827.94,0 +NC_000962 4212832 . GACCA GA 1568.72 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=53;CIGAR=1M3D1M;DP=53;DPB=21.2;DPRA=0;EPP=9.93443;EPPR=0;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=361.211;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1740;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=6.32897;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=35;SAP=14.851;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:407:0,407:0:0:407:13691:-1231.91,0 +NC_000962 4214988 . G A 3046.9 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=98;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=3.80798;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=701.575;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3383;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=4.4284;RPPR=0;RPR=45;RUN=1;SAF=53;SAP=4.4284;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:514:0,514:0:0:514:18266:-1643.27,0 +NC_000962 4215484 . G C 4305.45 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=138;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=3.57677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=991.367;PAIRED=0.971014;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4782;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=7.03854;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=75;SAP=5.27618;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:551:0,551:0:0:551:19120:-1720.17,0 +NC_000962 4215793 . A C 4309.08 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=141;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=3.1489;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=992.203;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4786;QR=0;RO=0;RPL=67;RPP=3.76493;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=66;SAP=4.25774;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:591:0,591:0:0:591:21221:-1908.91,0 +NC_000962 4217557 . A G 4828.16 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=158;CIGAR=1X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=22.8559;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1111.72;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5363;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=12.3009;RPPR=0;RPR=92;RUN=1;SAF=84;SAP=4.38465;SAR=74;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:465:0,465:0:0:465:16161:-1453.96,0 +NC_000962 4218416 . C A 3290.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=3.33807;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=757.561;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3656;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=4.32138;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=50;SAP=3.74778;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:480:0,480:0:0:480:16778:-1509.44,0 +NC_000962 4218941 . G A 4022.97 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=130;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=3.07711;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=926.323;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4468;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=9.69175;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=79;SAP=16.1059;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:543:0,543:0:0:543:18641:-1677.16,0 +NC_000962 4221070 . ACCTG ACTG 3615.49 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1M1D3M;DP=119;DPB=95.2;DPRA=0;EPP=6.09416;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=832.497;PAIRED=0.966387;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4015;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=4.48836;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=59;SAP=3.02855;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:553:0,553:0:0:553:19347:-1740.6,0 +NC_000962 4221423 . C T 4443.13 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=145;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=7.33827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1023.07;PAIRED=0.97931;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4935;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=3.02528;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=70;SAP=3.38469;SAR=75;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:488:0,488:0:0:488:16719:-1504.3,0 +NC_000962 4221490 . C G 4804.83 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=158;CIGAR=1X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=6.52863;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1106.35;PAIRED=0.987342;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5337;QR=0;RO=0;RPL=76;RPP=3.50507;RPPR=0;RPR=82;RUN=1;SAF=81;SAP=3.2302;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:365:0,365:0:0:365:12529:-1127.39,0 +NC_000962 4222073 . A G 3880.87 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=893.604;PAIRED=0.992188;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4310;QR=0;RO=0;RPL=65;RPP=3.07816;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=33;SAP=68.2223;SAR=95;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:364:0,364:0:0:364:12424:-1117.9,0 +NC_000962 4222882 . A G 4517.3 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=148;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=6.76636;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1040.15;PAIRED=0.993243;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5021;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=3.06899;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=85;SAP=10.1116;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:483:0,483:0:0:483:16845:-1515.57,0 +NC_000962 4223172 . T C 4998.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=165;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=3.65516;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1150.88;PAIRED=0.993939;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5552;QR=0;RO=0;RPL=76;RPP=5.23441;RPPR=0;RPR=89;RUN=1;SAF=86;SAP=3.65516;SAR=79;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:349:1,348:1:33:348:12172:-1091.86,0 +NC_000962 4229167 . T C 2453.11 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=81;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=9.04217;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=564.851;PAIRED=0.938272;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2723;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.25157;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=57;SAP=32.2045;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:322:0,322:0:0:322:10476:-942.735,0 +NC_000962 4231865 . C A 1513.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=48;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=3.19126;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=348.602;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1679;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=107.241;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=3.19126;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:231:0,231:0:0:231:7670:-690.3,0 +NC_000962 4231948 . TGC TCGC 755.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=26;CIGAR=1M1I2M;DP=27;DPB=35.6667;DPRA=0;EPP=4.34659;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=173.891;PAIRED=0.884615;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=839;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=15;SAP=4.34659;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:27:0,26:0:0:26:839:-75.52,0 +NC_000962 4234960 . A C 3926.73 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=11.2212;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=904.162;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4361;QR=0;RO=0;RPL=78;RPP=16.3106;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=47;SAP=22.6214;SAR=81;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:593:0,593:0:0:593:20712:-1863.39,0 +NC_000962 4236237 . C T 3600.19 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=117;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=5.25601;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=828.974;PAIRED=0.991453;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3998;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=3.17734;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=49;SAP=9.71031;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:513:0,513:0:0:513:17419:-1567.23,0 +NC_000962 4242643 . C T 4931.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=156;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=11.028;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1135.53;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5478;QR=0;RO=0;RPL=93;RPP=15.538;RPPR=0;RPR=63;RUN=1;SAF=69;SAP=7.52028;SAR=87;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:439:0,439:0:0:439:15049:-1354.05,0 +NC_000962 4243460 . C T 4779.56 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=154;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=3.23591;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1100.53;PAIRED=0.987013;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5309;QR=0;RO=0;RPL=80;RPP=3.51792;RPPR=0;RPR=74;RUN=1;SAF=85;SAP=6.62002;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:401:0,401:0:0:401:13479:-1212.87,0 +NC_000962 4248115 . C T 3364.44 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=3.51765;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=774.692;PAIRED=0.981308;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3736;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=6.44001;RPPR=0;RPR=60;RUN=1;SAF=49;SAP=4.65412;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:597:0,597:0:0:597:21088:-1897.15,0 +NC_000962 4251297 . G C 2736.53 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=4.17955;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=630.11;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3038;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=4.94315;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=58;SAP=17.9243;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:484:0,484:0:0:484:16730:-1505.2,0 +NC_000962 4252066 . T C 4639.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=154;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1068.23;PAIRED=0.993506;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5153;QR=0;RO=0;RPL=86;RPP=7.57885;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=77;SAP=3.0103;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:453:0,453:0:0:453:15981:-1437.74,0 +NC_000962 4254290 . T G 2551.19 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=86;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=587.433;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2832;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=51.8937;RPPR=0;RPR=65;RUN=1;SAF=46;SAP=3.91929;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:233:0,233:0:0:233:7976:-717.803,0 +NC_000962 4254431 . G A 3260.41 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=3.33807;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=750.737;PAIRED=0.990566;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3623;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=3.74778;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=49;SAP=4.32138;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:497:0,497:0:0:497:17386:-1564.16,0 +NC_000962 4255922 . A G 3883.55 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=126;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=5.49198;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=894.219;PAIRED=0.992063;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4313;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=11.3515;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=41;SAP=36.3751;SAR=85;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:499:0,499:0:0:499:17498:-1574.26,0 +NC_000962 4256210 . G T 3818.64 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=7.49334;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=879.273;PAIRED=0.991935;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4244;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=13.0971;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=74;SAP=13.0971;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:463:0,463:0:0:463:15665:-1409.48,0 +NC_000962 4257220 . A G 5725.1 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=187;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=6.36621;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1318.25;PAIRED=0.983957;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6360;QR=0;RO=0;RPL=93;RPP=3.02191;RPPR=0;RPR=94;RUN=1;SAF=93;SAP=3.02191;SAR=94;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:423:1,422:1:35:422:15234:-1366.94,0 +NC_000962 4258106 . G A 4217.78 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=12.9167;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=971.181;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4687;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=3.02615;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=52;SAP=20.2711;SAR=85;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:480:0,480:0:0:480:16482:-1482.95,0 +NC_000962 4262388 . C T 3765.67 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=123;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=3.02795;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=867.078;PAIRED=0.97561;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4182;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=3.02795;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=63;SAP=3.16919;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:522:0,522:0:0:522:18636:-1676.48,0 +NC_000962 4264381 . GAG GCAG 2960.51 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=97;CIGAR=1M1I2M;DP=97;DPB=129.333;DPRA=0;EPP=14.8527;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=681.683;PAIRED=0.969072;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3287;QR=0;RO=0;RPL=59;RPP=12.8827;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=51;SAP=3.56996;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:479:0,475:0:0:475:16281:-1464.5,0 +NC_000962 4267647 . T C 3727.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=121;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=3.45895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=858.386;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4140;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=3.02825;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=64;SAP=3.88966;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:334:0,334:0:0:334:11233:-1010.81,0 +NC_000962 4277356 . G C 2630.38 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=4.20583;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=605.666;PAIRED=0.988764;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2920;QR=0;RO=0;RPL=51;RPP=7.13366;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=39;SAP=5.96253;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:89:0,89:0:0:89:2920:-263.038,0 +NC_000962 4280708 . G A 4211.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=136;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=4.60697;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=969.758;PAIRED=0.985294;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4680;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=7.09778;RPPR=0;RPR=76;RUN=1;SAF=73;SAP=4.60697;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:484:0,484:0:0:484:17062:-1535.01,0 +NC_000962 4284429 . G A 1797.22 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=60;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=3.58936;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=413.824;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1994;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=22;SAP=12.2752;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:574:1,573:1:34:573:20328:-1825.44,0 +NC_000962 4287164 . A G 1991.6 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=66;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=4.19474;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=458.583;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2210;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=18.9344;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=34;SAP=3.1419;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:542:0,542:0:0:542:18643:-1677.3,0 +NC_000962 4290135 . C T 2767.08 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=5.96253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=637.145;PAIRED=0.977528;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3072;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.22989;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=50;SAP=5.96253;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:478:0,478:0:0:478:16876:-1518.25,0 +NC_000962 4296015 . G A 3103.26 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=100;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=6.13722;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=714.551;PAIRED=0.98;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3448;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=8.56927;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=8.56927;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:535:0,535:0:0:535:18992:-1708.52,0 +NC_000962 4301075 . G C 2104.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=68;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=5.05404;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=484.684;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2336;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=6.20364;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=35;SAP=3.13803;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:570:0,570:0:0:570:19927:-1792.77,0 +NC_000962 4302036 . T C 3481.39 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=3.49071;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=801.62;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3866;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=17.0192;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=56;SAP=3.02952;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:389:0,389:0:0:389:13804:-1241.83,0 +NC_000962 4303498 . TGA TGGA 2127.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=73;CIGAR=1M1I2M;DP=80;DPB=104.333;DPRA=0;EPP=4.46786;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=489.787;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2389;QR=25;RO=1;RPL=41;RPP=5.41974;RPPR=5.18177;RPR=32;RUN=1;SAF=35;SAP=3.27802;SAR=38;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:473:0,463:0:0:463:15769:-1418.48,0 +NC_000962 4305063 . GAAACT GAAAACT 2229.12 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=76;CIGAR=1M1I5M;DP=81;DPB=94;DPRA=0;EPP=3.12459;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=513.274;PAIRED=0.986842;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2477;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=4.83891;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=27;SAP=16.8392;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:478:0,470:0:0:470:15975:-1437.05,0 +NC_000962 4306155 . C T 2800.36 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=90;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=5.42305;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=644.806;PAIRED=0.988889;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3109;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.39634;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=45;SAP=3.0103;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:444:0,444:0:0:444:15527:-1396.96,0 +NC_000962 4307179 . G A 4035.54 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=131;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=3.02688;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=929.218;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4485;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=3.82253;RPPR=0;RPR=62;RUN=1;SAF=77;SAP=11.7791;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:460:0,460:0:0:460:16221:-1459.4,0 +NC_000962 4308395 . G A 3559.66 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=4.22937;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=819.642;PAIRED=0.991228;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3953;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=3.69603;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=61;SAP=4.22937;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:482:1,481:1:30:481:17202:-1544.55,0 +NC_000962 4309927 . T G 4578.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=150;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=3.06821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1054.14;PAIRED=0.986667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5089;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=3.0103;RPPR=0;RPR=75;RUN=1;SAF=73;SAP=3.24192;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:493:0,493:0:0:493:17645:-1587.35,0 +NC_000962 4311664 . C T 4027.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=128;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=3.28173;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=927.358;PAIRED=0.992188;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4473;QR=0;RO=0;RPL=69;RPP=4.70676;RPPR=0;RPR=59;RUN=1;SAF=77;SAP=14.4784;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:391:0,391:0:0:391:13850:-1246.12,0 +NC_000962 4313128 . C T 2704.61 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=90;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=3.10681;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=622.759;PAIRED=0.988889;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3005;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=6.48466;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=53;SAP=9.18693;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:434:0,434:0:0:434:13852:-1246.5,0 +NC_000962 4314645 . A G 4367.63 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=146;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=3.54573;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1005.69;PAIRED=0.993151;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4851;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=4.49761;RPPR=0;RPR=78;RUN=1;SAF=88;SAP=16.3961;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:553:0,553:0:0:553:19150:-1722.99,0 +NC_000962 4314800 . G A 4075.14 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=129;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=7.87507;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=938.335;PAIRED=0.992248;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4526;QR=0;RO=0;RPL=72;RPP=6.79775;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=72;SAP=6.79775;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:550:1,549:1:37:549:19156:-1719.78,0 +NC_000962 4319985 . G C 1952.01 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=28.1373;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=449.467;PAIRED=0.984127;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2166;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=3.872;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=32;SAP=3.04477;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:522:0,522:0:0:522:17996:-1619.22,0 +NC_000962 4322039 . ACCGCA ACGCA 1467.34 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=50;CIGAR=1M1D4M;DP=51;DPB=42.5;DPRA=0;EPP=11.5225;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=337.869;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1630;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=3.70517;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=27;SAP=3.70517;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:529:0,528:0:0:528:18362:-1651.54,0 +NC_000962 4329782 . G A 1871.96 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=61;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=11.0198;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=431.034;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2077;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=18.709;RPPR=0;RPR=20;RUN=1;SAF=23;SAP=11.0198;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:588:0,588:0:0:588:21221:-1908.93,0 +NC_000962 4338595 . GCT GT 2050.05 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=69;CIGAR=1M1D1M;DP=69;DPB=46;DPRA=0;EPP=10.0912;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=472.042;PAIRED=0.971014;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2275;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=3.29354;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=35;SAP=3.04177;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:421:0,421:0:0:421:13811:-1242.84,0 +NC_000962 4338732 . G A 2257.86 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=74;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=4.88833;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=519.892;PAIRED=0.986486;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2506;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=4.88833;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=32;SAP=5.94472;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:570:0,570:0:0:570:20830:-1873.74,0 +NC_000962 4340028 . G C 3084.66 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=101;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=3.2038;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=710.27;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3425;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=12.4917;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=39;SAP=14.3837;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:505:0,505:0:0:505:18120:-1630.07,0 +NC_000962 4350305 . G A 2696.92 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=87;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=14.0174;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=620.989;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2994;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=5.03202;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=26;SAP=33.5856;SAR=61;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:593:0,592:0:0:592:20196:-1816.94,0 +NC_000962 4351039 . G T 2714.02 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=89;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=5.96253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=624.925;PAIRED=0.988764;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3013;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=4.98658;RPPR=0;RPR=49;RUN=1;SAF=59;SAP=23.5295;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:633:0,633:0:0:633:22671:-2039.46,0 +NC_000962 4356110 . G C 2532.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=83;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=3.24576;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=583.081;PAIRED=0.975904;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2811;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=10.5712;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=45;SAP=4.29225;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:578:0,578:0:0:578:20390:-1834.3,0 +NC_000962 4357597 . C G 5116.97 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=167;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=4.06353;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1178.23;PAIRED=0.976048;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5684;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=6.76812;RPPR=0;RPR=92;RUN=1;SAF=80;SAP=3.64744;SAR=87;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:450:0,450:0:0:450:15325:-1378.91,0 +NC_000962 4357804 . T G 4333.46 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=144;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=6.8707;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=997.816;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4813;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=3.9754;RPPR=0;RPR=76;RUN=1;SAF=50;SAP=32.2045;SAR=94;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:462:0,461:0:0:461:16137:-1451.44,0 +NC_000962 4359165 . G C 1623.65 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=63;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=4.69922;EPPR=18.2106;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=373.859;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2053;QR=248;RO=7;RPL=27;RPP=5.80219;RPPR=18.2106;RPR=36;RUN=1;SAF=25;SAP=8.83536;SAR=38;SRF=0;SRP=18.2106;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:534:3,531:3:97:531:18427:-1648.8,0 +NC_000962 4359653 . C T 1845.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=61;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=7.31765;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=425.024;PAIRED=0.983607;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2048;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=3.90025;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=3.90025;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:590:0,590:0:0:590:21428:-1927.53,0 +NC_000962 4359828 . G A 2209.29 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=72;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=8.92153;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=508.708;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2452;QR=0;RO=0;RPL=35;RPP=3.13094;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=54;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:538:0,538:0:0:538:18461:-1660.96,0 +NC_000962 4362568 . T G 3920.45 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=130;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=902.717;PAIRED=0.992308;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4354;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=7.28643;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=74;SAP=8.42228;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:408:0,407:0:0:407:13930:-1253.28,0 +NC_000962 4366195 . T C 3440.94 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=3.32051;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=792.306;PAIRED=0.973214;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3821;QR=0;RO=0;RPL=60;RPP=4.25114;RPPR=0;RPR=52;RUN=1;SAF=62;SAP=5.80219;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:458:1,457:1:29:457:15493:-1391.07,0 +NC_000962 4366272 . G C 3646.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=14.4151;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=839.533;PAIRED=0.966387;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4049;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=3.17453;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=70;SAP=11.0575;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:415:0,415:0:0:415:14474:-1302.24,0 +NC_000962 4368084 . G C 2947.91 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=99;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=4.08507;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=678.78;PAIRED=0.979798;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3277;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=5.66432;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=42;SAP=7.94546;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:452:0,452:0:0:452:15791:-1420.72,0 +NC_000962 4370038 . G T 3631.62 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=3.67278;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=836.212;PAIRED=0.966102;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4073;QR=36;RO=1;RPL=53;RPP=5.66023;RPPR=5.18177;RPR=65;RUN=1;SAF=63;SAP=4.18805;SAR=55;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:479:0,479:0:0:479:16814:-1512.78,0 +NC_000962 4372353 . G C 2534.09 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=82;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=3.96363;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=583.495;PAIRED=0.987805;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2813;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=3.434;RPPR=0;RPR=43;RUN=1;SAF=29;SAP=18.2636;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:522:0,522:0:0:522:17464:-1571.32,0 +NC_000962 4375149 . T C 5027.95 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=165;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=3.65516;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1157.73;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5585;QR=0;RO=0;RPL=95;RPP=11.2356;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=84;SAP=3.12874;SAR=81;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:339:0,339:0:0:339:11654:-1048.68,0 +NC_000962 4375628 . G T 4267.69 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=3.40655;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=982.672;PAIRED=0.985401;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4740;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=3.40655;RPPR=0;RPR=66;RUN=1;SAF=52;SAP=20.2711;SAR=85;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:500:0,500:0:0:500:17582:-1581.84,0 +NC_000962 4378504 . T C 1557.04 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=52;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=5.68288;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=358.522;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1727;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=4.51363;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=31;SAP=7.18621;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:629:0,629:0:0:629:22320:-2007.96,0 +NC_000962 4379044 . CGGGGGTC CGGGGTC 13590.2 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=457;CIGAR=1M1D6M;DP=464;DPB=408.125;DPRA=0;EPP=3.01505;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3129.27;PAIRED=0.897155;PAIREDR=0;PAO=4.5;PQA=127;PQR=127;PRO=4.5;QA=15108;QR=0;RO=0;RPL=233;RPP=3.39518;RPPR=0;RPR=224;RUN=1;SAF=200;SAP=18.4482;SAR=257;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:464:0,457:0:0:457:15108:-1359.02,0 +NC_000962 4379680 . C G 3543.91 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=118;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=4.85053;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=816.015;PAIRED=0.991525;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3939;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=3.30474;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=51;SAP=7.72129;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:474:0,473:0:0:473:16749:-1506.55,0 +NC_000962 4382054 . T C 2798.07 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=4.15441;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=644.28;PAIRED=0.967742;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3109;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.59403;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=58;SAP=15.362;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:427:0,427:0:0:427:15007:-1350.14,0 +NC_000962 4382275 . G T 3518.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=113;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=3.02952;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=810.107;PAIRED=0.973451;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3907;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=4.56684;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=77;SAP=35.3134;SAR=36;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:510:0,510:0:0:510:18373:-1652.89,0 +NC_000962 4383144 . CCCGT CCGGGGCCGT 2570 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1M5I4M;DP=94;DPB=186;DPRA=0;EPP=3.38795;EPPR=0;GTI=0;LEN=5;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=591.764;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2856;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=5.3706;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=5.3706;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=ins GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:368:0,359:0:0:359:11684:-1051.15,0 +NC_000962 4383655 . A G 3369.85 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=5.3774;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=775.937;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3742;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=7.41193;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=42;SAP=17.2716;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:398:0,398:0:0:398:13830:-1244.35,0 +NC_000962 4384007 . C G 2679.79 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=3.86001;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=617.045;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2975;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=24.253;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=42;SAP=4.52089;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:526:0,525:0:0:525:18839:-1694.53,0 +NC_000962 4384127 . A G 3404.48 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=13.982;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=783.912;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3816;QR=32;RO=1;RPL=60;RPP=3.69603;RPPR=5.18177;RPR=54;RUN=1;SAF=61;SAP=4.22937;SAR=53;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:446:0,446:0:0:446:15988:-1438.32,0 +NC_000962 4386228 . T C 2234.45 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=76;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=8.61041;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=514.502;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2480;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=4.83891;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=45;SAP=8.61041;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:436:0,436:0:0:436:14471:-1302.22,0 +NC_000962 4393178 . A G 3321.25 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=7.57648;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=764.747;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3688;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=11.96;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=58;SAP=4.65412;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:449:1,448:1:40:448:14738:-1322.18,0 +NC_000962 4393590 . C G 4143.97 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=6.57659;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=954.184;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4626;QR=21;RO=1;RPL=73;RPP=4.29416;RPPR=5.18177;RPR=64;RUN=1;SAF=77;SAP=7.591;SAR=60;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:453:0,453:0:0:453:15525:-1396.9,0 +NC_000962 4397736 . C T 3438.21 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=19.4626;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=791.678;PAIRED=0.990991;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3818;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.18637;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=51;SAP=4.59489;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:569:0,569:0:0:569:20164:-1814.05,0 +NC_000962 4400660 . ACCCGCCCGGA ACCGCCCGGA 1097.75 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=36;CIGAR=1M1D9M;DP=38;DPB=34.5455;DPRA=0;EPP=43.7857;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=252.766;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1219;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=27.1378;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=27;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:200:0,199:0:0:199:6822:-613.69,0 +NC_000962 4407588 . T C 3691.98 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=122;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=3.0815;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=850.11;PAIRED=0.97541;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4100;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=8.77716;RPPR=0;RPR=70;RUN=1;SAF=60;SAP=3.0815;SAR=62;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:443:0,443:0:0:443:15147:-1362.89,0 +NC_000962 4407927 . T G 3381.57 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=3.70827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=778.636;PAIRED=0.991071;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3755;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=14.1779;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=55;SAP=3.08785;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:547:0,547:0:0:547:19336:-1739.57,0 +NC_000962 4408923 . C T 2818.13 PASS AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=93;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=5.83555;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=648.899;PAIRED=0.978495;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3131;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=3.59403;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=45;SAP=3.22044;SAR=48;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1:426:0,426:0:0:426:14063:-1265.43,0