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7:a074dbf35f0c

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##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus">
##INFO=<ID=DPB,Number=1,Type=Float,Description="Total read depth per bp at the locus; bases in reads overlapping / bases in haplotype">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]">
##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Count of full observations of the reference haplotype.">
##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Count of full observations of this alternate haplotype.">
##INFO=<ID=PRO,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally">
##INFO=<ID=PAO,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally">
##INFO=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele quality sum in phred">
##INFO=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele quality sum in phred">
##INFO=<ID=PQR,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele quality sum in phred for partial observations">
##INFO=<ID=PQA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele quality sum in phred for partial observations">
##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
##INFO=<ID=SRR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the reverse strand">
##INFO=<ID=SAF,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the forward strand">
##INFO=<ID=SAR,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the reverse strand">
##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=SAP,Number=A,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=AB,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
##INFO=<ID=ABP,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=RUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome">
##INFO=<ID=RPP,Number=A,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=RPPR,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=RPL,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Left: number of reads supporting the alternate balanced to the left (5') of the alternate allele">
##INFO=<ID=RPR,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Right: number of reads supporting the alternate balanced to the right (3') of the alternate allele">
##INFO=<ID=EPP,Number=A,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=EPPR,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
##INFO=<ID=DPRA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele depth ratio.  Ratio between depth in samples with each called alternate allele and those without.">
##INFO=<ID=ODDS,Number=1,Type=Float,Description="The log odds ratio of the best genotype combination to the second-best.">
##INFO=<ID=GTI,Number=1,Type=Integer,Description="Number of genotyping iterations required to reach convergence or bailout.">
##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex.">
##INFO=<ID=CIGAR,Number=A,Type=String,Description="The extended CIGAR representation of each alternate allele, with the exception that '=' is replaced by 'M' to ease VCF parsing.  Note that INDEL alleles do not have the first matched base (which is provided by default, per the spec) referred to by the CIGAR.">
##INFO=<ID=NUMALT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of unique non-reference alleles in called genotypes at this position.">
##INFO=<ID=MEANALT,Number=A,Type=Float,Description="Mean number of unique non-reference allele observations per sample with the corresponding alternate alleles.">
##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length">
##INFO=<ID=MQM,Number=A,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles">
##INFO=<ID=MQMR,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed reference alleles">
##INFO=<ID=PAIRED,Number=A,Type=Float,Description="Proportion of observed alternate alleles which are supported by properly paired read fragments">
##INFO=<ID=PAIREDR,Number=1,Type=Float,Description="Proportion of observed reference alleles which are supported by properly paired read fragments">
##INFO=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block.">
##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Last position (inclusive) in gVCF output record.">
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##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
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NC_000962	1413148	.	C	T	2418.42	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=78;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=3.45573;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=556.861;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2687;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=8.46682;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=25;SAP=24.8364;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:455:0,455:0:0:455:15389:-1384.73,0
NC_000962	1414021	.	C	T	3426.52	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=109;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=3.1896;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=788.985;PAIRED=0.972477;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3805;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=3.03022;RPPR=0;RPR=55;RUN=1;SAF=44;SAP=11.7958;SAR=65;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:544:0,544:0:0:544:19385:-1743.97,0
NC_000962	1421179	.	A	G	12248.5	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=404;CIGAR=1X;DP=404;DPB=404;DPRA=0;EPP=4.75178;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2820.31;PAIRED=0.90099;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13612;QR=0;RO=0;RPL=204;RPP=3.0963;RPPR=0;RPR=200;RUN=1;SAF=193;SAP=4.75178;SAR=211;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:404:0,404:0:0:404:13612:-1224.85,0
NC_000962	1428406	.	G	C	5476.75	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=178;CIGAR=1X;DP=179;DPB=179;DPRA=0;EPP=17.1127;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1261.07;PAIRED=0.983146;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6124;QR=36;RO=1;RPL=94;RPP=4.23023;RPPR=5.18177;RPR=84;RUN=1;SAF=88;SAP=3.0591;SAR=90;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:425:0,425:0:0:425:14798:-1331.41,0
NC_000962	1440469	.	C	G	3787.33	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=124;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=8.68415;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=872.065;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4206;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=6.44263;RPPR=0;RPR=69;RUN=1;SAF=58;SAP=4.13106;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:513:0,513:0:0:513:18022:-1621.32,0
NC_000962	1445781	.	A	G	2569.69	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=86;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=3.1113;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=591.692;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2855;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=7.95924;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=28;SAP=25.735;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:443:1,442:1:20:442:15349:-1379.04,0
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NC_000962	1498951	.	G	T	3673	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=119;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=11.0575;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=845.74;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4079;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=3.46649;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=66;SAP=6.09416;SAR=53;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:463:0,463:0:0:463:15832:-1424.42,0
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NC_000962	2338810	.	TA	CG	1985.18	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=71;CIGAR=2X;DP=71;DPB=71.5;DPRA=0;EPP=3.04088;EPPR=0;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=457.104;PAIRED=0.985915;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=21;PQR=0;PRO=0;QA=2182;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=22.1254;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=32;SAP=4.50892;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=mnp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:381:0,381:0:0:381:13466:-1248.87,0
NC_000962	2339255	.	A	G	1620.92	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=54;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=7.03155;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=373.23;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1798;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=4.45795;RPPR=0;RPR=24;RUN=1;SAF=14;SAP=30.1939;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:598:0,598:0:0:598:20638:-1856.78,0
NC_000962	2339833	.	CCC	CCT	1107.81	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=36;CIGAR=2M1X;DP=37;DPB=37.3333;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=255.083;PAIRED=0.972222;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=10.5;PQR=10.5;PRO=0.5;QA=1230;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=6.8707;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=10;SAP=18.4519;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:37:0,36:0:0:36:1230:-110.781,0
NC_000962	2339835	.	C	T	12588.6	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=414;CIGAR=1X;DP=414;DPB=414;DPRA=0;EPP=6.55599;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2898.64;PAIRED=0.886473;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13990;QR=0;RO=0;RPL=213;RPP=3.76559;RPPR=0;RPR=201;RUN=1;SAF=217;SAP=5.10834;SAR=197;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:414:0,414:0:0:414:13990:-1258.86,0
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NC_000962	3247851	.	GCCCGG	ACTCGC	1276.35	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=44;CIGAR=1X1M1X2M1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=3.79993;EPPR=0;GTI=0;LEN=6;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=293.891;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1415;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=22.751;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=12;SAP=22.751;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=complex	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:72:0,72:0:0:72:2368:-231.617,0
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NC_000962	3670070	.	G	A	2715.63	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=91;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=4.94315;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=625.296;PAIRED=0.989011;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3054;QR=36;RO=1;RPL=41;RPP=4.94315;RPPR=5.18177;RPR=50;RUN=1;SAF=55;SAP=11.6246;SAR=36;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:483:0,483:0:0:483:16068:-1445.84,0
NC_000962	3674157	.	T	A	6537.45	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=211;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0;EPP=3.51458;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1505.3;PAIRED=0.995261;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7263;QR=0;RO=0;RPL=103;RPP=3.26758;RPPR=0;RPR=108;RUN=1;SAF=117;SAP=8.45442;SAR=94;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:361:0,361:0:0:361:12544:-1128.7,0
NC_000962	3675504	.	G	T	2433.34	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=3.11887;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=560.297;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2701;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=3.98746;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=50;SAP=13.8677;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:410:0,410:0:0:410:14592:-1312.85,0
NC_000962	3678249	.	A	C	4694.12	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=153;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=3.02449;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1080.86;PAIRED=0.993464;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5214;QR=0;RO=0;RPL=80;RPP=3.70574;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=95;SAP=22.44;SAR=58;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:403:0,403:0:0:403:14085:-1267.25,0
NC_000962	3680932	.	G	A	4701.33	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=153;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=5.40885;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1082.52;PAIRED=0.980392;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5222;QR=0;RO=0;RPL=70;RPP=5.40885;RPPR=0;RPR=83;RUN=1;SAF=86;SAP=8.13384;SAR=67;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:390:0,390:0:0:390:13699:-1232.55,0
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NC_000962	4223172	.	T	C	4998.2	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=165;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=3.65516;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1150.88;PAIRED=0.993939;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5552;QR=0;RO=0;RPL=76;RPP=5.23441;RPPR=0;RPR=89;RUN=1;SAF=86;SAP=3.65516;SAR=79;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:349:1,348:1:33:348:12172:-1091.86,0
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NC_000962	4254431	.	G	A	3260.41	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=106;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=3.33807;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=750.737;PAIRED=0.990566;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3623;QR=0;RO=0;RPL=56;RPP=3.74778;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=49;SAP=4.32138;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:497:0,497:0:0:497:17386:-1564.16,0
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NC_000962	4383655	.	A	G	3369.85	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=5.3774;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=775.937;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3742;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=7.41193;RPPR=0;RPR=48;RUN=1;SAF=42;SAP=17.2716;SAR=69;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:398:0,398:0:0:398:13830:-1244.35,0
NC_000962	4384007	.	C	G	2679.79	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=3.86001;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=617.045;PAIRED=0.98913;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2975;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=24.253;RPPR=0;RPR=61;RUN=1;SAF=42;SAP=4.52089;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:526:0,525:0:0:525:18839:-1694.53,0
NC_000962	4384127	.	A	G	3404.48	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=114;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=13.982;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=783.912;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3816;QR=32;RO=1;RPL=60;RPP=3.69603;RPPR=5.18177;RPR=54;RUN=1;SAF=61;SAP=4.22937;SAR=53;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:446:0,446:0:0:446:15988:-1438.32,0
NC_000962	4386228	.	T	C	2234.45	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=76;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=8.61041;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=514.502;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2480;QR=0;RO=0;RPL=42;RPP=4.83891;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=45;SAP=8.61041;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:436:0,436:0:0:436:14471:-1302.22,0
NC_000962	4393178	.	A	G	3321.25	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=107;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=7.57648;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=764.747;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3688;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=11.96;RPPR=0;RPR=64;RUN=1;SAF=58;SAP=4.65412;SAR=49;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:449:1,448:1:40:448:14738:-1322.18,0
NC_000962	4393590	.	C	G	4143.97	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=137;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=6.57659;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=954.184;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4626;QR=21;RO=1;RPL=73;RPP=4.29416;RPPR=5.18177;RPR=64;RUN=1;SAF=77;SAP=7.591;SAR=60;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:453:0,453:0:0:453:15525:-1396.9,0
NC_000962	4397736	.	C	T	3438.21	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=111;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=19.4626;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=791.678;PAIRED=0.990991;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3818;QR=0;RO=0;RPL=57;RPP=3.18637;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=51;SAP=4.59489;SAR=60;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:569:0,569:0:0:569:20164:-1814.05,0
NC_000962	4400660	.	ACCCGCCCGGA	ACCGCCCGGA	1097.75	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=36;CIGAR=1M1D9M;DP=38;DPB=34.5455;DPRA=0;EPP=43.7857;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=252.766;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1219;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=27.1378;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=27;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=del	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:200:0,199:0:0:199:6822:-613.69,0
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NC_000962	4407927	.	T	G	3381.57	PASS	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=112;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=3.70827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=778.636;PAIRED=0.991071;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3755;QR=0;RO=0;RPL=68;RPP=14.1779;RPPR=0;RPR=44;RUN=1;SAF=55;SAP=3.08785;SAR=57;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:547:0,547:0:0:547:19336:-1739.57,0
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