Mercurial > repos > sanbi-uwc > spaln
changeset 0:16574ba5eaa4 draft
planemo upload for repository https://github.com/pvanheus/spaln_galaxy_tool
author | sanbi-uwc |
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date | Sun, 14 Apr 2019 06:26:00 -0400 |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/spaln.xml Sun Apr 14 06:26:00 2019 -0400 @@ -0,0 +1,183 @@ +<tool id="spaln" name="Spaln: align cDNA or Protein to genome" version="@TOOL_VERSION@+galaxy0"> + <description>Maps and aligns a set of cDNA or protein sequences onto a whole genomic sequence.</description> + <macros> + <token name="@TOOL_VERSION@">2.3.3a</token> + </macros> + <edam_topics> + <edam_topic>topic_3512</edam_topic> + </edam_topics> + <requirements> + <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">spaln</requirement> + </requirements> + <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[ + #if str($db_type.db_type_select) == "nucl_db" + ALN_DBS='$db_type.genome_nucl_db.extra_files_path' + #elif str($db_type.db_type_select) == "prot_db" + ALN_DBS='$db_type.genome_prot_db.extra_files_path' + #end if + #if str($adv.adv_sel) == "yes" + #if str($adv.hsp_level) + #if str($db_type.db_type_select) == "fasta" + #set query_mode = int($adv.hsp_level) + #elif str($db_type.db_type_select) in ("nucl_db", "prot_db") + #set query_mode = 4 + int($adv.hsp_level) + #end if + #end if + + #if str($db_type.db_type_select) == "nucl_db" + #if $adv.load_db + #set db_mode = 'D' + #else + #set db_mode = 'd' + #end if + #elif str($db_type.db_type_select) == "prot_db" + #if $adv.load_db + #set db_mode = 'A' + #else + #set db_mode = 'a' + #end if + #end if + #else + #if str($db_type.db_type_select) == "fasta" + #set query_mode = 4 + #elif str($db_type.db_type_select) in ("nucl_db", "prot_db") + #set query_mode = 7 + #if str($db_type.db_type_select) == "nucl_db" + #set db_mode = 'd' + #elif str($db_type.db_type_select) == "prot_db" + #set db_mode = 'a' + #end if + #end if + #end if + spaln -t\${GALAXY_SLOTS:-1} -O$format -o '$output1' + -Q$query_mode + #if str($adv.adv_sel) == "yes" + #if str($adv.spec.spec_specific) == "yes" and str($adv.spec.species).strip() != "" + -T'${$adv.spec.species}' + -yS'${adv.spec.species_contribution}' + #else + ${adv.spec.cross_species} + #end if + #end if + #if str($db_type.db_type_select) == "fasta" + '$genome' + #elif str($db_type.db_type_select) in ("nucl_db", "prot_db") + -${db_mode}'$db_type.genome_nucl_db.metadata.spalndb_name' + #end if + '$query' + ]]></command> + <inputs> + <conditional name="db_type" label="Genome DB"> + <param type="select" name="db_type_select"> + <option selected="true" value="fasta">FASTA</option> + <option value="nucl_db">Spaln Nucleotide DB</option> + <option value="prot_db">Spaln Amino Acid DB</option> + </param> + <when value="fasta"> + <param type="data" name="genome" format="fasta" label="Genome sequence to search (FASTA format)" /> + <param type="select" name="fasta_db_type" label="Database type"> + <option selected="true" value="nucl">Nucleotide</option> + <option value="amino_acid">Amino Acid</option> + </param> + </when> + <when value="nucl_db"> + <param type="data" name="genome_nucl_db" format="spalndbnp" label="Spaln Nucleotide DB" /> + </when> + <when value="prot_db"> + <param type="data" name="genome_prot_db" format="spalndba" label="Spaln Amino Acid DB" /> + </when> + </conditional> + <param type="data" name="query" format="fasta" label="Query sequence(s) (nucleotide or amino acid)" /> + <param argument="-O" type="select" name="format" label="Output format"> + <option value="0">GFF3 format genes</option> + <option value="2">GFF3 format matches</option> + <option value="3">BED format</option> + <option value="4">Tabular format exon information</option> + </param> + <conditional name="adv"> + <param name="adv_sel" type="select" label="Advanced options"> + <option value="yes">Yes</option> + <option selected="true" value="no">No</option> + </param> + <when value="no"></when> + <when value="yes"> + <param name="hsp_level" value="3" min="0" max="3" type="integer" + label="HSP level" help="0 for no HSP (only DP), 1 to 3 for recursive HSP search up to level 1, 2 or 3" /> + <param name="load_db" type="boolean" label="Load database into memory" help="When querying against a pre-built database, should the database be loaded into memory?" /> + <conditional name="spec"> + <param name="spec_specific" type="select" label="Use species specific parameters"> + <option value="yes">Yes</option> + <option selected="true" value="no">No</option> + </param> + <when value="yes"> + <param name="species" type="text" label="Species name" help="Taken from the table directory of the spaln distribution or entries in the 2nd and 3rd columns of the table/gnm2tab file" /> + <param name="species_contribution" value="100" type="float" min="0" max="100" label="% species-specific contribution" + help="The percentile contribution of the species-specific splice signal. The other part is derived from the universal signal given to the dinucleotides at the ends of an intron." /> + </when> + <when value="no"> + <param name="cross_species" type="boolean" truevalue="-yX" falsevalue="" label="Cross species comparison" /> + </when> + </conditional> + </when> + </conditional> + </inputs> + <outputs> + <data name="output1" format="tabular"> + <change_format> + <!-- these values correspond with the format options of the spaln command, not all of which are current supported --> + <when input="format" value="0" format="gff3" /> + <when input="format" value="2" format="gff3" /> + <when input="format" value="3" format="bed12" /> + <when input="format" value="4" format="tabular" /> + <when input="db_type.fasta_db_type" value="amino_acid" format="tabular" /> + <when input="db_type.db_type_select" value="prot_db" format="tabular" /> + </change_format> + <!-- <actions> .. <conditional> .. <when> .. <action> current does not work in Galaxy, + something that https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/7197 is addressing, so this is + commented out till that is merged + <actions> + <conditional name="format"> + <when value="4"> + <action type="metadata" name="column_names" default="rID,gID,%id,ExonL,MisMch,Unpair,ref_l,ref_r,tgt_l,tgt_r,eScore,IntrnL,iScore,Sig3/I,Sig5/T # - X P DiNuc" /> + </when> + </conditional> + </actions> + --> + </data> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="genome" ftype="fasta" value="genome.fasta" /> + <param name="query" ftype="fasta" value="query.fasta" /> + <param name="format" value="0"/> + <output name="output1" value="output1_gff_genes.gff3" /> + </test> + <test> + <param name="genome" ftype="fasta" value="genome.fasta" /> + <param name="query" ftype="fasta" value="query.fasta" /> + <param name="format" value="2"/> + <output name="output1" value="output1_gff_matches.gff3" /> + </test> + <test> + <param name="genome" ftype="fasta" value="genome.fasta" /> + <param name="query" ftype="fasta" value="query.fasta" /> + <param name="format" value="3"/> + <output name="output1" value="output1.bed12" /> + </test> + <test> + <param name="genome" ftype="fasta" value="genome.fasta" /> + <param name="query" ftype="fasta" value="query.fasta" /> + <param name="format" value="4"/> + <output name="output1" value="output1.tabular" /> + </test> + </tests> + <help><![CDATA[ + Spaln_ (space-efficient spliced alignment) is a stand-alone program that maps and aligns a set of cDNA or + protein sequences onto a whole genomic sequence in a single job. + + .. _Spaln: http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~aln_user/spaln/ + ]]></help> + <citations> + <citation type="doi">0.1093/nar/gkn105</citation> + </citations> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/genome.fasta Sun Apr 14 06:26:00 2019 -0400 @@ -0,0 +1,1000 @@ +>scaffold_1 +TGCTTTTCTGAGATTTATGTCAGCTCCCCATTGGGAGATACAGGAGAATCCAATATATTC +CTGTCTCGCTTCTTTTATATTTATCCTTTCTACACCTGACATCCTCAGTGATTGAAGTGA +CAAAAAGTGGAGCGCACGCAGTGGTCATTACCCTCCAATGGTACTTCTAATTAAGGAAAG +ATTTTTTGCATTCACTGAGCAAAACACTTATTTGCATGAATGGAAAATCATAAATGAGGG +GTCCATTAAACAAATTTCCTAATTGTTTGCTTTTTTTTCTTCCTACTTCACCATCCCTCT +AAAGCTATTACTCTCTATTCTACCCCATTATCGAGTGCACAAACACCAGCCCCAAATTGT +CTTATCTCTGCTTTGATAAATGATATTTTTTTCTCTTATAATTGTGTTTCTCTCTAGATG +TGCGGTGTCCATCAAGACACTGGATGTCACGTGGTCACTCCTGTGAAGAGCGAACTGTGT +GGAACCCGAAGTACTGTGTGGTTGCTGACTGTCAGATGCTGCTTCTGAATGAGGAGGAGG +TGGTGAGAGCAGACAGCACAATCTCTTGTCTGGCATGTTCCTCTGTGTCACCATTGTCTC +TCTCATCTGCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCCTTGTCAATGTCATTACACAATTTATG +TTGGTGCACTGCATGTCAGAGTCTGAACTTTGTTGGACATCTACTTTCTGTCACCTGATA +CCTCATACTTTACACTCTAATCCCTTTTTCCTTTCTAACTGCTGCTGTGTTAAGCTGTCA +TATTAATATACTAAATAATGATAATATTAATTCTAATAATGATAGTGAATGGAGATTCAC +AATGAAGAAACACAAGGTCCAGACTGAACCCCTGTGCTGTGTGAAGAGTTCACTCTACAT +TTACATTCATCCCACATCAGAGACCAGCAATAGCCAGGTTAAGCAGAGCAAGGCTGAGTC +TGGCTCTTTGCCTCTGTTGTTTTGATTAGTGTCACACTGGATTATGCTAGTTTGTGTGAG +ATTAGAGGTCCTGTTGTTACGAGCAAATCAGCAGTCAGCAGGGTAATCTAAATTACATTG +TTCTGTCGGCAATATCCTCTCCTCGCTCAACAGCTTTGTGTGAGCTCATATTTAAAGCCC +CCACAGTAGTGCAGTGCATAAAATCATGCAGATACAGATCAGAAGCTTCAGGTAATGTTT +ACATCAAACATCAGGGGGAAAATGTGATCTCAGTGCCTCTGACCGTGGTGTGATTGTTGG +TGCCGGACAGGCTGGTTTGAGTATTTCTAAAACTGCTGATCTCCTGGGATTTTCACACAC +GGCATTCTCTAGAGTTTACTCAGAACGGTGTGGAAAGCAAAAAAACATCCCGCGAGCTGC +AATCCTGCGGATGGAAACACCTTGTTGATGGGATATGTCAGAGGAATGGCCAGGCTGGAT +CAATCTGACAGAAAGGCGGTAACTCAGATAAGCACTCTCTACAACTGTGGTGAGCAGAAA +AGCGTTCTCAGAATGCACAACACGTTCAACCTTGAGGAAGATGTTGCTACAGCAGCAGAT +GAAGACCACGTCTGGTTCCACTCCTGTCAGCCAAGAACATCTCAGACTGCACAGGACACC +AAAACAAAAACACATCCTGTTTTCTACTGGTGGTAGAGTCACAATTTGGCAATAAGATAA +ATCCATGGACCCAACTTGCCTTGTGTCAATAGACCAAGCTGCTGGTGGTCTTGGGGAATG +TTTTCTTTACACTTTCACACTATCGGCCTATATAAAATCCTATTATAAACTGCTGTACAG +TGCATTGGGTTTGATAAGCCCTCTAAGTCTGTATATCATGATCTCATTGATACCTGCGGC +AATACACCCCCACAAACGCAGCTCCCTGCATTTTAAGTATTATAGAGAGTAATTTCACTG +TCCATGTCTTTTTTGATCATAAAGCAGGTCTAGGTGCTGTATACAACACTGTATTGAAAT +GCTGAAGCAGGTCTAGGTGCTGTATACAACACTGTATTGAAATGCTGAAGCCAATATATC +AATCTATCTGTCTATATTTTATGAAATATCAGAGCATTTTAGTCCAAATTTGTCTGTTTT +GTTCATTGCAATGCTGACTGCTTAACATTTTCCTCAGTGGTGGCCATCACCACAGCATTT +ACTGGTGAGTTTTACCAAGCTACAGTGGGCCACAATGAGTTACCTGTTATTGGCCTGGCT +CTATGGCATGCAGAAAACAGTCAGCCAATCAGAGGACAGACTCAGAGACAGACACAAAGT +GCCCTGTTCTTGTTAGAGCAGAGATAAATGAGACAGAGGAGATGTAAAACTATACTGAGA +TGGTTTTTTGGTTCTTAAAACCACAAATATATTGTATTACGGATATCAAAACTTCAAATA +AAACCAGTAAAGTGTAAAACATGGGACCTCTAAATGAAGGGCTGTTTTGTTTCGTAGTTC +TAGATTATGTCACTATGTGGCCTCGGTCTCTGTCTGCGTAAAGCGGCTACATGTAGAATT +TGACCCACTTTGGTGCCCACATATGGTAACTAAAACACTACAGACAGTATGCACTCCAAC +CCTATATAATTTATGTCCTTCAGTGAAGCCTACAAAATGTGCAGCATGATTTGCTATGAT +TAATACCTAGAATTATATTAAATTTTAGAAGTTTAGAGAGATGGCTTATACCTTTTTCTG 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+ATATTCCTCCATTTTATACAACCTTTAGAAAACACTGGAGTGAACAAAAATGTGAGGTTC +AAAAGTGAGAGGAAAGAAAAATCAGTGTGTGCAGCAAGACTGTAAGAGTCCCTGAACAAA +AGTGTTGATTTATTGTTGGCTGTGAAAGTTTTTGCTGCAGGGGTTTTTGTAAACAGTGAC +TCTTCTTTATGTCTTTGTTTCTATCTTTTTGTGTTTTCTTTTTTCATCTTATTCTATTTT +TCTCTCTCTCTCTTCGGTCAGTTTCTCTTCTTCTCCTCCTCATACTCATGCTTCTCTTTT +ACTCTAATGGAAAACATAGAATTGAGGTGCAGTATCACTGAGAACAGCCAATGCTGATAC +TGTCATTTGTTATAGGATGTTTACTTAAGAAATGATTGTGGCCTTATTTGCCAAAGACGA +TTAGGCCCTGAGCCATTTGTACAGCCAATGTGACACCTCCGTAACCATAAGAAAAATTAT +GCTTCCACAAACAGAAAGAGAGACAAATACAGACAGTGAAAGCAAAACTATGAGAGAAGG +GATAGCCATCTCAGCATTCAGCCAGTGTGTCACATGTCCAGAGGGCTGCAATATGAAGCC +AATAAACTGAGAGAAAGGTGTGATTCCAGAGGGCTTTCCGGACTTTAAACTTTTCTCATT +TTCACCTTCAGCTCGTTGTGAAGCCTTCAATTGTTCCTTGGTCACATGAAGCCCCCTGTG +TGTAAAATTGACATTCAGCTTATTACTCTCATCTACATCTCTAAAGTTGCACATGACTGC +CAGTAGAGGGTGCTCATGATTTGAGACAAGTAACTTTTCTGTGCTTGTGTCAACAGTTAA +AAATTCCCTATGGATACTTGAAAGAAATGCACCAGTGTTTAAATTTAGACTCAGTCCAAG +TAGGCTTTGCCATTTGCTTTACTGTTGTAATCAAATCAGTGCTCACAGTACATCAGTGGC 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