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planemo upload for repository https://github.com/pvanheus/spaln_galaxy_tool
author sanbi-uwc
date Sun, 14 Apr 2019 06:26:00 -0400
parents
children 971f683ce0f5
files spaln.xml test-data/genome.fasta test-data/output1.bed12 test-data/output1.tabular test-data/output1_gff_genes.gff3 test-data/output1_gff_matches.gff3 test-data/query.fasta
diffstat 7 files changed, 1265 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/spaln.xml	Sun Apr 14 06:26:00 2019 -0400
@@ -0,0 +1,183 @@
+<tool id="spaln" name="Spaln: align cDNA or Protein to genome" version="@TOOL_VERSION@+galaxy0">
+    <description>Maps and aligns a set of cDNA or protein sequences onto a whole genomic sequence.</description>
+    <macros>
+        <token name="@TOOL_VERSION@">2.3.3a</token>
+    </macros>
+    <edam_topics>
+        <edam_topic>topic_3512</edam_topic>
+    </edam_topics>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">spaln</requirement>
+    </requirements>
+    <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
+        #if str($db_type.db_type_select) == "nucl_db"
+            ALN_DBS='$db_type.genome_nucl_db.extra_files_path'
+        #elif str($db_type.db_type_select) == "prot_db"
+            ALN_DBS='$db_type.genome_prot_db.extra_files_path'
+        #end if
+        #if str($adv.adv_sel) == "yes"
+            #if str($adv.hsp_level)
+                #if str($db_type.db_type_select) == "fasta"
+                    #set query_mode = int($adv.hsp_level)
+                #elif str($db_type.db_type_select) in ("nucl_db", "prot_db")
+                    #set query_mode = 4 + int($adv.hsp_level)
+                #end if
+            #end if
+
+            #if str($db_type.db_type_select) == "nucl_db"
+                #if $adv.load_db
+                    #set db_mode = 'D'
+                #else
+                    #set db_mode = 'd'
+                #end if
+            #elif str($db_type.db_type_select) == "prot_db"
+                #if $adv.load_db
+                    #set db_mode = 'A'
+                #else
+                    #set db_mode = 'a'
+                #end if
+            #end if
+        #else
+            #if str($db_type.db_type_select) == "fasta"
+                #set query_mode = 4
+            #elif str($db_type.db_type_select) in ("nucl_db", "prot_db")
+                #set query_mode = 7
+                #if str($db_type.db_type_select) == "nucl_db"
+                    #set db_mode = 'd'
+                #elif str($db_type.db_type_select) == "prot_db"
+                    #set db_mode = 'a'
+                #end if
+            #end if
+        #end if
+	    spaln -t\${GALAXY_SLOTS:-1} -O$format -o '$output1' 
+        -Q$query_mode
+        #if str($adv.adv_sel) == "yes"
+            #if str($adv.spec.spec_specific) == "yes" and str($adv.spec.species).strip() != ""
+                -T'${$adv.spec.species}'
+                -yS'${adv.spec.species_contribution}'
+            #else
+                ${adv.spec.cross_species}
+            #end if
+        #end if
+        #if str($db_type.db_type_select) == "fasta"
+            '$genome'
+        #elif str($db_type.db_type_select) in ("nucl_db", "prot_db")
+            -${db_mode}'$db_type.genome_nucl_db.metadata.spalndb_name'
+        #end if
+        '$query'
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <conditional name="db_type" label="Genome DB">
+            <param type="select" name="db_type_select">
+                <option selected="true" value="fasta">FASTA</option>
+                <option value="nucl_db">Spaln Nucleotide DB</option>
+                <option value="prot_db">Spaln Amino Acid DB</option>
+            </param>
+            <when value="fasta">
+                <param type="data" name="genome" format="fasta" label="Genome sequence to search (FASTA format)" />
+                <param type="select" name="fasta_db_type" label="Database type">
+                    <option selected="true" value="nucl">Nucleotide</option>
+                    <option value="amino_acid">Amino Acid</option>
+                </param>
+            </when>
+            <when value="nucl_db">
+                <param type="data" name="genome_nucl_db" format="spalndbnp" label="Spaln Nucleotide DB" />
+            </when>
+            <when value="prot_db">
+                <param type="data" name="genome_prot_db" format="spalndba" label="Spaln Amino Acid DB" />
+            </when>
+        </conditional>
+        <param type="data" name="query" format="fasta" label="Query sequence(s) (nucleotide or amino acid)" />
+	<param argument="-O" type="select" name="format" label="Output format">
+	    <option value="0">GFF3 format genes</option>
+	    <option value="2">GFF3 format matches</option>
+	    <option value="3">BED format</option>
+	    <option value="4">Tabular format exon information</option>
+    </param>
+    <conditional name="adv">
+        <param name="adv_sel" type="select" label="Advanced options">
+            <option value="yes">Yes</option>
+            <option selected="true" value="no">No</option>
+        </param>
+        <when value="no"></when>
+        <when value="yes">
+            <param name="hsp_level" value="3" min="0" max="3" type="integer"
+            label="HSP level" help="0 for no HSP (only DP), 1 to 3 for recursive HSP search up to level 1, 2 or 3" />
+            <param name="load_db" type="boolean" label="Load database into memory" help="When querying against a pre-built database, should the database be loaded into memory?" />
+            <conditional name="spec">
+                <param name="spec_specific" type="select" label="Use species specific parameters">
+                    <option value="yes">Yes</option>
+                    <option selected="true" value="no">No</option>
+                </param>
+                <when value="yes">
+                    <param name="species" type="text" label="Species name" help="Taken from the table directory of the spaln distribution or entries in the 2nd and 3rd columns of the table/gnm2tab file" />
+                    <param name="species_contribution" value="100" type="float" min="0" max="100" label="% species-specific contribution"
+                    help="The percentile contribution of the species-specific splice signal. The other part is derived from the universal signal given to the dinucleotides at the ends of an intron." />
+                </when>
+                <when value="no">
+                    <param name="cross_species" type="boolean" truevalue="-yX" falsevalue="" label="Cross species comparison" />
+                </when>
+            </conditional>
+        </when>
+    </conditional>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="output1" format="tabular">
+	    <change_format>
+            <!-- these values correspond with the format options of the spaln command, not all of which are current supported -->
+            <when input="format" value="0" format="gff3" />
+            <when input="format" value="2" format="gff3" />
+            <when input="format" value="3" format="bed12" />
+            <when input="format" value="4" format="tabular" />
+            <when input="db_type.fasta_db_type" value="amino_acid" format="tabular" />
+            <when input="db_type.db_type_select" value="prot_db" format="tabular" />
+	    </change_format>
+	    <!-- <actions> .. <conditional> .. <when> .. <action> current does not work in Galaxy,
+		 something that https://github.com/galaxyproject/galaxy/pull/7197 is addressing, so this is
+                 commented out till that is merged 
+	    <actions>
+	        <conditional name="format">
+		    <when value="4">
+                        <action type="metadata" name="column_names" default="rID,gID,%id,ExonL,MisMch,Unpair,ref_l,ref_r,tgt_l,tgt_r,eScore,IntrnL,iScore,Sig3/I,Sig5/T  # -  X P DiNuc" />
+		    </when>
+		</conditional>
+	    </actions>
+            -->
+	</data>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="genome" ftype="fasta" value="genome.fasta" />
+            <param name="query" ftype="fasta" value="query.fasta" />
+            <param name="format" value="0"/>
+	        <output name="output1" value="output1_gff_genes.gff3" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="genome" ftype="fasta" value="genome.fasta" />
+            <param name="query" ftype="fasta" value="query.fasta" />
+            <param name="format" value="2"/>
+	        <output name="output1" value="output1_gff_matches.gff3" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="genome" ftype="fasta" value="genome.fasta" />
+            <param name="query" ftype="fasta" value="query.fasta" />
+            <param name="format" value="3"/>
+	        <output name="output1" value="output1.bed12" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="genome" ftype="fasta" value="genome.fasta" />
+            <param name="query" ftype="fasta" value="query.fasta" />
+            <param name="format" value="4"/>
+	        <output name="output1" value="output1.tabular" />
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+        Spaln_ (space-efficient spliced alignment) is a stand-alone program that maps and aligns a set of cDNA or
+        protein sequences onto a whole genomic sequence in a single job. 
+
+        .. _Spaln: http://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~aln_user/spaln/
+    ]]></help>
+    <citations>
+        <citation type="doi">0.1093/nar/gkn105</citation>
+    </citations>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/genome.fasta	Sun Apr 14 06:26:00 2019 -0400
@@ -0,0 +1,1000 @@
+>scaffold_1
+TGCTTTTCTGAGATTTATGTCAGCTCCCCATTGGGAGATACAGGAGAATCCAATATATTC
+CTGTCTCGCTTCTTTTATATTTATCCTTTCTACACCTGACATCCTCAGTGATTGAAGTGA
+CAAAAAGTGGAGCGCACGCAGTGGTCATTACCCTCCAATGGTACTTCTAATTAAGGAAAG
+ATTTTTTGCATTCACTGAGCAAAACACTTATTTGCATGAATGGAAAATCATAAATGAGGG
+GTCCATTAAACAAATTTCCTAATTGTTTGCTTTTTTTTCTTCCTACTTCACCATCCCTCT
+AAAGCTATTACTCTCTATTCTACCCCATTATCGAGTGCACAAACACCAGCCCCAAATTGT
+CTTATCTCTGCTTTGATAAATGATATTTTTTTCTCTTATAATTGTGTTTCTCTCTAGATG
+TGCGGTGTCCATCAAGACACTGGATGTCACGTGGTCACTCCTGTGAAGAGCGAACTGTGT
+GGAACCCGAAGTACTGTGTGGTTGCTGACTGTCAGATGCTGCTTCTGAATGAGGAGGAGG
+TGGTGAGAGCAGACAGCACAATCTCTTGTCTGGCATGTTCCTCTGTGTCACCATTGTCTC
+TCTCATCTGCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCCTTGTCAATGTCATTACACAATTTATG
+TTGGTGCACTGCATGTCAGAGTCTGAACTTTGTTGGACATCTACTTTCTGTCACCTGATA
+CCTCATACTTTACACTCTAATCCCTTTTTCCTTTCTAACTGCTGCTGTGTTAAGCTGTCA
+TATTAATATACTAAATAATGATAATATTAATTCTAATAATGATAGTGAATGGAGATTCAC
+AATGAAGAAACACAAGGTCCAGACTGAACCCCTGTGCTGTGTGAAGAGTTCACTCTACAT
+TTACATTCATCCCACATCAGAGACCAGCAATAGCCAGGTTAAGCAGAGCAAGGCTGAGTC
+TGGCTCTTTGCCTCTGTTGTTTTGATTAGTGTCACACTGGATTATGCTAGTTTGTGTGAG
+ATTAGAGGTCCTGTTGTTACGAGCAAATCAGCAGTCAGCAGGGTAATCTAAATTACATTG
+TTCTGTCGGCAATATCCTCTCCTCGCTCAACAGCTTTGTGTGAGCTCATATTTAAAGCCC
+CCACAGTAGTGCAGTGCATAAAATCATGCAGATACAGATCAGAAGCTTCAGGTAATGTTT
+ACATCAAACATCAGGGGGAAAATGTGATCTCAGTGCCTCTGACCGTGGTGTGATTGTTGG
+TGCCGGACAGGCTGGTTTGAGTATTTCTAAAACTGCTGATCTCCTGGGATTTTCACACAC
+GGCATTCTCTAGAGTTTACTCAGAACGGTGTGGAAAGCAAAAAAACATCCCGCGAGCTGC
+AATCCTGCGGATGGAAACACCTTGTTGATGGGATATGTCAGAGGAATGGCCAGGCTGGAT
+CAATCTGACAGAAAGGCGGTAACTCAGATAAGCACTCTCTACAACTGTGGTGAGCAGAAA
+AGCGTTCTCAGAATGCACAACACGTTCAACCTTGAGGAAGATGTTGCTACAGCAGCAGAT
+GAAGACCACGTCTGGTTCCACTCCTGTCAGCCAAGAACATCTCAGACTGCACAGGACACC
+AAAACAAAAACACATCCTGTTTTCTACTGGTGGTAGAGTCACAATTTGGCAATAAGATAA
+ATCCATGGACCCAACTTGCCTTGTGTCAATAGACCAAGCTGCTGGTGGTCTTGGGGAATG
+TTTTCTTTACACTTTCACACTATCGGCCTATATAAAATCCTATTATAAACTGCTGTACAG
+TGCATTGGGTTTGATAAGCCCTCTAAGTCTGTATATCATGATCTCATTGATACCTGCGGC
+AATACACCCCCACAAACGCAGCTCCCTGCATTTTAAGTATTATAGAGAGTAATTTCACTG
+TCCATGTCTTTTTTGATCATAAAGCAGGTCTAGGTGCTGTATACAACACTGTATTGAAAT
+GCTGAAGCAGGTCTAGGTGCTGTATACAACACTGTATTGAAATGCTGAAGCCAATATATC
+AATCTATCTGTCTATATTTTATGAAATATCAGAGCATTTTAGTCCAAATTTGTCTGTTTT
+GTTCATTGCAATGCTGACTGCTTAACATTTTCCTCAGTGGTGGCCATCACCACAGCATTT
+ACTGGTGAGTTTTACCAAGCTACAGTGGGCCACAATGAGTTACCTGTTATTGGCCTGGCT
+CTATGGCATGCAGAAAACAGTCAGCCAATCAGAGGACAGACTCAGAGACAGACACAAAGT
+GCCCTGTTCTTGTTAGAGCAGAGATAAATGAGACAGAGGAGATGTAAAACTATACTGAGA
+TGGTTTTTTGGTTCTTAAAACCACAAATATATTGTATTACGGATATCAAAACTTCAAATA
+AAACCAGTAAAGTGTAAAACATGGGACCTCTAAATGAAGGGCTGTTTTGTTTCGTAGTTC
+TAGATTATGTCACTATGTGGCCTCGGTCTCTGTCTGCGTAAAGCGGCTACATGTAGAATT
+TGACCCACTTTGGTGCCCACATATGGTAACTAAAACACTACAGACAGTATGCACTCCAAC
+CCTATATAATTTATGTCCTTCAGTGAAGCCTACAAAATGTGCAGCATGATTTGCTATGAT
+TAATACCTAGAATTATATTAAATTTTAGAAGTTTAGAGAGATGGCTTATACCTTTTTCTG
+AGCATGGAGTCATCTCATGTAATTTGTCACATACCTTTGGCCAGCTTAAACCTGGTCATT
+CCAGTGAGAGCTGCTCACCCAAATGTTTCTGTATGCACCTCCTGCTGTGGGTGCCAATAG
+CTCATGCAAGTTGGTGTCTTTCAACTAAGGCCACTATGTGAGGACCATCAGCAGCAAATT
+AAATTAGAAGTGCCTTGGAGTTTCTCAGGCCCTCTTCTATGATCATTAAGGTCTCAGTGA
+CAGAACAGTGCCCCTTTGAGGGACTATGGCATCTTGAGCACTTAAGTTGGCCGAATGTTT
+GATCTCAAATATGAGTGCACTGTTTCAAAGTCACAAAAGCCTCTGGACAAGGCATAGTTA
+CTGGGCTTGGTTAACCTTTTTTTCATACCGGCGTGACTGCTGGAACTTGGAACATGTAGC
+CTAAGTTTCCCTTTGTCTGCAATTACTGAGGTATGCCATGTTGAAATAGAACAATAATTG
+CAGGGAGGAATTATTCCAATCGACCCATCGGCAGGCTTTCCAATACAGTGCTTTTTGTTT
+CACAGCAACAAAGAACAAGAGCTTTTAAATGCATCCATCTGGACCCTGACTATGAAAGGT
+CATTGGTAACGCTGCTGGATTTCTGTTATGTCAGCAAACTGCAGGTCAAAGCGATGATAC
+AGTCTTATAATGGCTTTCTCCAAGTGAAGGTGGGATAACATGGTTTAAACAAGCTCAGTT
+AAATGGATCAGAGCATCAACTGCTGTGAACAAGCAATCACACGGTCAAGGTCAAACATTT
+ACACTTCTGAGAGATCTGGAGAGTATGTCATGGCAGTATTGCTTTTCAGTTATTTCAGTA
+ACTGATTACGCCTTGTACTTAGTCTCAGAATTAGTGATTTGATTCAAAGTGTTTTATATA
+TGTATATTTCAAAGCAAAAATACAGCTTAGGTAAAGCTCCTTAGACTCATGCAGCCTAAT
+TTACTGTAGACATTCCTCCATGTACAGTACTGTGCAAATGTTTTAGGCAGTTTTAGGCAC
+TAAAGGTGAACTGAGGATGCAGTCCCACGATTAATTTTTATTCATCAGTTAACCTCATGT
+GAAGTGTAGTAAACAGAAAAAACCTAAATCAGATCAGTATTTCTTATGACCCCCCTCCCC
+TACCACCCATCTTTAAAACAGCTCCAGTTCTCCTCAATCCCCCTGTACTTAGGTAGTTTT
+TTTCTAGCGTCTTGGAGAAGTTGCCTCAGTTCTTCTGTGGATTTTAGGCTGTCTCTGTGT
+CTTCTGTCTCCTCATGTATTCTCAGACTGACTCCATGATGTTGAGATCAGGGCTCTGTGG
+TGGGGGGGTCAGACCATCTGTTGCGGGACTCCTTGTTCTTCTTGTCTCTGAGGATAGTTC
+TTTATGATGCTGACTGTGTGATTGGACTCATTGTCCTGCTGCAGAATTAATCTGGGACTG
+ATCAGACATCTCCCTGATTGTACTGACAAAGGATAAGAGCAAAAACCTGTAGACTGCCTA
+AAACTTCTGCACAGTACTGCACAATACTGTATGTATGTGTGATAATACTCAGAAGTGATA
+TAGAGTGGTTCAGGAGAAGCCTTAACTTACTTGTTCTTCTTTTCCCTATGATGCAATTTC
+TCTCCAAGCAAACAGTACATAATGAAATATGTCTAAGAAAACACTAGCTGTTTGTCTTTT
+TGAAACACATTTAATAATTCAGATTTAGCCACAAATTAAAAATGAGCTTATACTTTGAAC
+TTGCCCATTGGTTTTGATGTATGAAGCTGACAGATTTAGTCCACTGCATACTGCACTTTT
+TTGGATAGTGAAATAAATTAATTTATTATGCAGCATTTAAGCATATTGCTGTTATCTAGA
+ATTTTATATATTAATAGGTATATATTATATTAACTCTTCATTTGCTTAAATTTGGCCTGT
+ATATTCCTCCATTTTATACAACCTTTAGAAAACACTGGAGTGAACAAAAATGTGAGGTTC
+AAAAGTGAGAGGAAAGAAAAATCAGTGTGTGCAGCAAGACTGTAAGAGTCCCTGAACAAA
+AGTGTTGATTTATTGTTGGCTGTGAAAGTTTTTGCTGCAGGGGTTTTTGTAAACAGTGAC
+TCTTCTTTATGTCTTTGTTTCTATCTTTTTGTGTTTTCTTTTTTCATCTTATTCTATTTT
+TCTCTCTCTCTCTTCGGTCAGTTTCTCTTCTTCTCCTCCTCATACTCATGCTTCTCTTTT
+ACTCTAATGGAAAACATAGAATTGAGGTGCAGTATCACTGAGAACAGCCAATGCTGATAC
+TGTCATTTGTTATAGGATGTTTACTTAAGAAATGATTGTGGCCTTATTTGCCAAAGACGA
+TTAGGCCCTGAGCCATTTGTACAGCCAATGTGACACCTCCGTAACCATAAGAAAAATTAT
+GCTTCCACAAACAGAAAGAGAGACAAATACAGACAGTGAAAGCAAAACTATGAGAGAAGG
+GATAGCCATCTCAGCATTCAGCCAGTGTGTCACATGTCCAGAGGGCTGCAATATGAAGCC
+AATAAACTGAGAGAAAGGTGTGATTCCAGAGGGCTTTCCGGACTTTAAACTTTTCTCATT
+TTCACCTTCAGCTCGTTGTGAAGCCTTCAATTGTTCCTTGGTCACATGAAGCCCCCTGTG
+TGTAAAATTGACATTCAGCTTATTACTCTCATCTACATCTCTAAAGTTGCACATGACTGC
+CAGTAGAGGGTGCTCATGATTTGAGACAAGTAACTTTTCTGTGCTTGTGTCAACAGTTAA
+AAATTCCCTATGGATACTTGAAAGAAATGCACCAGTGTTTAAATTTAGACTCAGTCCAAG
+TAGGCTTTGCCATTTGCTTTACTGTTGTAATCAAATCAGTGCTCACAGTACATCAGTGGC
+AAAAGCAATTAGCTTAATTGAGTTAGTAGGGAGTGAAAAGATAGATCACTATTTCCTGGC
+AGCGATATATTTTTCTCAGTTAACCTTCTCACAGAAAATTAGTTAGATGAGTTTCTTATC
+TCATTAGAACCATTGTTGTTTATTATTTAAACCTGACCTTTATCCAGAGAATGTTTTTCA
+CAGTAAGCATGTGTTTCACTCCAGCTCATACAGACACACCTTGTGGCCAGTCAGGGAATG
+TGCATTAAAACTAATGTTCTCTCTGGTAGAGCCATTCTGCCTATTCTGTTATTCACCAAA
+ACTTTCCTGCCCAGATTTTTCCATCTAGTCAGGGGACTTTTTCCTCAGCTGAACTGTCAG
+TAGCCAGCTGCTCTGACCTTTACTCACCTCAGAGATTACTCATTCAAGTTATTTTACCAA
+TGATGGAATAAAGTGAATACACACATCGTGACTTCATCATACTTTCCCTCCTTTACCGTA
+CTTTCCTAACATCAGTTAGCAAATTATACACTTAAATATGCTAAAATAGAGATTTGTTTC
+AAATTGAAGAGCAACACAGGACACATTTGCTTACACAAGTGACTCTATCTTATTTTTTAA
+GTGGCTGTCATCCTCAATATCATCAATATTTTAGGCATGTGAATGTAGGTAATGAGTATT
+ACTAATTAATAATTGGATGAGTTTATGAATTCATCATTAAATAAGATTATTATGATAAAG
+CTACACATTATACTGCAATTCCGGGCCAACACTATTGTTTCGCCCTTACAGTACAGGACT
+GTACATATCACTGTCACTACAAATTGTTTCAGTGAGGCTCAGATTACAGCTCATCTTGCT
+TAGTCATTACGGCTCAGACCACCAGACAATGTCTTTACGTCAGAGAAAGTCTGAGTGAGA
+GCTGTCCTTAAAACCAAGTCCCATGAGGCAAGTAAAGAGGTGACTCGCTGAGAGGATCAG
+GGAGAGGGACAGAGAGATAAACAGACAGACATGGAAACAGAGGGACATAGAAAACAAGAC
+AGAGAGGGTGCTGCATTGAGTCGAGAGGTGTGAGGATGTTCGATAAGCCATTATCACTCT
+GCTCGGAGGACGTCAGGCCCTATCCTTTTTTCTTTGAGTCACCACTTTCTCACCACAGCC
+ATCCTTCTTCCTTTGTCTGTTTAATCTTTTGCAGCCAAACATTTGGTATGCAAACTATAG
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+++ b/test-data/query.fasta	Sun Apr 14 06:26:00 2019 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+>NP_001121846.1 uncharacterized protein LOC100148058 [Danio rerio]
+MQRRRNTMENPLFCSSPNQHHGWIQVSDMRSPPGHWMSCGHSCAEHAVWNPKFCVVTDYQMLLLDKEEIH
+PLLLQEKRTDSSKSRLLRRTISVPVETHFPGFQSHLSVDNNERASGAGEGRREDEGFLQFFTVINKRIFQ
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+