Mercurial > repos > radisson > priam_search
changeset 3:3dc67282161b
Deleted selected files
| author | radisson |
|---|---|
| date | Tue, 10 Apr 2012 09:50:05 -0400 |
| parents | e0f7a0cf3589 |
| children | 0a2bf6e7d720 |
| files | README.txt |
| diffstat | 1 files changed, 0 insertions(+), 22 deletions(-) [+] |
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--- a/README.txt Tue Apr 10 09:46:51 2012 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,22 +0,0 @@ -Installation de PRIAM_search sur galaxy. - -paramétrage de PRIAM_search.jar : - -Dans un premier temps il vous faut téléchargé l'utilitaire à cette adresse : -http://prodomweb.univ-lyon1.fr/priam/utilities/PRIAM_search.jar - -Puis selectionner la version de PRIAM que vous souhaiter utilisé. En fonction de la version de votre formatrpsdb il se peux que vous rencontriez des problemes, à partire de la version 2.2.24 de formatrpsbd vous pouvez utilisé la version d'octobre 2011 : -http://priam.prabi.fr/ - -ensuite il faut verifier que vous ayez bien le BLAST d'installer et défini dans vos variable d'environnement : - -taper "~$ blastpgp -", si votre ordinateur vous renvoie sur l'aide de blastpgp, pas besoin de redéfinir l'emplacement des fichier binaire de votre BLAST. - -Ensuite il faut lancer PRIAM_search.jar une premiere fois en ligne de commande, pour installer la librairie de la version que vous utilisez. - -java -jar PRIAM_search.jar -i seq_prot.fasta -n create_lib -p "path to release". - -seq_prot.fasta est fournie avec, "path to release" signifie chemin vers la version de priam dont vous voulez installer la librairie. - -une fois ceci fait, il ne vous reste plus qu'a modifier le fichier tools_conf.xml dans la racine de votre galaxy pour ajouter PRIAM_search.xml a votre serveur. -