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author peterjc
date Wed, 29 Oct 2014 11:26:49 -0400
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->138043
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->138059
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->138207
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->138208
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->138233
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->138237
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->138238
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->138261
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->138378
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->138389
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+GATAAGGGGTATATTTAATGTATTGTATCAAATTGTGAATAAGAAAGTAGGATGGAGCTT
+TCTAGAGGTTGGGCCTTAGTTCTGTTATCCTCATTGCTTTTAACCAATAAGTTAAATGAA
+GTTAGAGTTATGGTCTTCAGGTTAGATTATGGACCAGATCTGTGAGGGTCAGCATGGAAA
+TTCACATTCAACAAGGTAGCACACAGGACCAAGAGCAGCACATGCAATCAACTGGAATAA
+TATAGTAATCCTGTAACTGGGTTTGAAAAAATAATCAACAAAAGATACAATTCAAGGGTT
+AGGTTGCAGAGAGCTGGCTTGAGAGTAGTTATTATGAAAAAGGCCTCAAGGAGTACGTGT
+TCAGTATGCTCTAAGATGATAAAGTGGCTGTTAAAAAGGGAGTTGATTTGAGGAAGTATT
+ACTTAGCATTCATGCATATTGGGCTTAGGCTCTAGCCCTGCCACTATCATTGTCTTCTCT
+GGACTGTGAAGTCACTGAGGACAAGGAAACTAAATTTAATGTCTGTATCACTAGTGCCTA
+GAATTTCTGGACACTTAGTAGTCACCATCAGGCGTTTATTTAATGAATGAGAAGCAAAGT
+GACCTTGGTTACTTTTTTACCCTGAGGGGCTCAGCACTCATTAGGACTTGGTGCCTAATT
+TTATAAAAAGTCACTAAGCTCAAGTGCTTGGATGAAAGGACAGCGTGGATAAAAAGGTTT
+TTAAAACATGGATGTTAAGGCTGTTTTGCTTGGAGAAGACTTGGGACTGGGACAGTCTTT
+AGATATTATTTGAAATGCTGGCACTGTCTATCTGGATCCCAGGGCTTGAACTAGGATTTG
+AGGAAGTCACAGGGAAGCAGATTTCAGTCTGACATTTATTCAGTGCAAGTTTTTTGGTGC
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+CACAGCCTAGTCAGGCATATGGATATGTAAACAATGACTGTAACGTGTTATAGATGTAAA
+GACAAAATAAAGGTTAAAGAGGGCATAAAGGAGCACTCAATTGCAGAGATTTGAGGACAT
+TATTTTTATTTTGAGCTTTAAAAAGATGAATAGGTGTTCTCAGGAGGTAGGGATCTGGCT
+GAGAGGGAATAATCTGAGCAAAGGTATGAAACAGCCTAATGCATTAGAGAAAAAAGTTCT
+TTTAGTAAGGCATTTGGGGTTGGGGAAGCTAGAAAAAGAAATGGGAGCTGGTCACACAGG
+GCCTTGTGTGCCAGACTAAGGGGTTTGTAGTATATATTGTAGGCAGAAGAGATCCATCAA
+CAGATTGCAAGCAAGGAAGTATGTTCACTTTAAAGTTTGAGAAAGAATAGTGTGGAAGCA
+CGTCTCAAATTTAGACTTACTTGTTCCCCCTCTGAACCGTGAATCAGACCATTTCAGGTA
+GAAGTCTTCCCCGGTTTATCTGATCTACTCGGGGCCTCAGGCTTCTCAGCTGGGAAGAGA
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+GCTTCTTAGCCAGCTACCTCTTCGAGTTTTTCAAATTGTGAGGGGGACCATAAAAGGATG
+GAAACTTTTAGATGACATTCTACAAATTATTTTTTTCTTTAAATTAAAAGAACCTAGCCA
+ATAAGATAGAGAATGGGCATCTAAGGCATCTCAGAGCTCTCTGATGAAGCCAGGTTGTCA
+AAGATCATTTGCAAAAGAAGGGAAAACTGGCATGACAAAAGCTACAGAGAGGAGAGTGAA
+ATATAGAAGTGTTTGAAATGTTCAAGCTCACAATAAGCTTAAATTTATAGAAAATGCTAA
+GGTTGTCAAGAAGGCTTTTTTTTTTTTCTTTTTTAAACCTGAGGGCAAAAAGGAATGGAT
+AAAGTAGTGTAATGGATTGACAATCAGGAAGAACAGAATAACTCAGTTTTTTTTTCTCCT
+ACAAGGAGATATGGCTGGACCAAAATAAAATGACATGAAATTGCAAAAATGAAAAT
+>ENA|M10051|M10051.1 Human insulin receptor mRNA, complete cds.
+GGGGGGCTGCGCGGCCGGGTCGGTGCGCACACGAGAAGGACGCGCGGCCCCCAGCGCTCT
+TGGGGGCCGCCTCGGAGCATGACCCCCGCGGGCCAGCGCCGCGCGCCTGATCCGAGGAGA
+CCCCGCGCTCCCGCAGCCATGGGCACCGGGGGCCGGCGGGGGGCGGCGGCCGCGCCGCTG
+CTGGTGGCGGTGGCCGCGCTGCTACTGGGCGCCGCGGGCCACCTGTACCCCGGAGAGGTG
+TGTCCCGGCATGGATATCCGGAACAACCTCACTAGGTTGCATGAGCTGGAGAATTGCTCT
+GTCATCGAAGGACACTTGCAGATACTCTTGATGTTCAAAACGAGGCCCGAAGATTTCCGA
+GACCTCAGTTTCCCCAAACTCATCATGATCACTGATTACTTGCTGCTCTTCCGGGTCTAT
+GGGCTCGAGAGCCTGAAGGACCTGTTCCCCAACCTCACGGTCATCCGGGGATCACGACTG
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+AACCTGATGAACATCACCCGGGGTTCTGTCCGCATCGAGAAGAACAATGAGCTCTGTTAC
+TTGGCCACTATCGACTGGTCCCGTATCCTGGATTCCGTGGAGGATAATCACATCGTGTTG
+AACAAAGATGACAACGAGGAGTGTGGAGACATCTGTCCGGGTACCGCGAAGGGCAAGACC
+AACTGCCCCGCCACCGTCATCAACGGGCAGTTTGTCGAACGATGTTGGACTCATAGTCAC
+TGCCAGAAAGTTTGCCCGACCATCTGTAAGTCACACGGCTGCACCGCCGAAGGCCTCTGT
+TGCCACAGCGAGTGCCTGGGCAACTGTTCTCAGCCCGACGACCCCACCAAGTGCGTGGCC
+TGCCGCAACTTCTACCTGGACGGCAGGTGTGTGGAGACCTGCCCGCCCCCGTACTACCAC
+TTCCAGGACTGGCGCTGTGTGAACTTCAGCTTCTGCCAGGACCTGCACCACAAATGCAAG
+AACTCGCGGAGGCAGGGCTGCCACCAATACGTCATTCACAACAACAAGTGCATCCCTGAG
+TGTCCCTCCGGGTACACGATGAATTCCAGCAACTTGCTGTGCACCCCATGCCTGGGTCCC
+TGTCCCAAGGTGTGCCACCTCCTAGAAGGCGAGAAGACCATCGACTCGGTGACGTCTGCC
+CAGGAGCTCCGAGGATGCACCGTCATCAACGGGAGTCTGATCATCAACATTCGAGGAGGC
+AACAATCTGGCAGCTGAGCTAGAAGCCAACCTCGGCCTCATTGAAGAAATTTCAGGGTAT
+CTAAAAATCCGCCGATCCTACGCTCTGGTGTCACTTTCCTTCTTCCGGAAGTTACGTCTG
+ATTCGAGGAGAGACCTTGGAAATTGGGAACTACTCCTTCTATGCCTTGGACAACCAGAAC
+CTAAGGCAGCTCTGGGACTGGAGCAAACACAACCTCACCACCACTCAGGGGAAACTCTTC
+TTCCACTATAACCCCAAACTCTGCTTGTCAGAAATCCACAAGATGGAAGAAGTTTCAGGA
+ACCAAGGGGCGCCAGGAGAGAAACGACATTGCCCTGAAGACCAATGGGGACAAGGCATCC
+TGTGAAAATGAGTTACTTAAATTTTCTTACATTCGGACATCTTTTGACAAGATCTTGCTG
+AGATGGGAGCCGTACTGGCCCCCCGACTTCCGAGACCTCTTGGGGTTCATGCTGTTCTAC
+AAAGAGGCCCCTTATCAGAATGTGACGGAGTTCGATGGGCAGGATGCGTGTGGTTCCAAC
+AGTTGGACGGTGGTAGACATTGACCCACCCCTGAGGTCCAACGACCCCAAATCACAGAAC
+CACCCAGGGTGGCTGATGCGGGGTCTCAAGCCCTGGACCCAGTATGCCATCTTTGTGAAG
+ACCCTGGTCACCTTTTCGGATGAACGCCGGACCTATGGGGCCAAGAGTGACATCATTTAT
+GTCCAGACAGATGCCACCAACCCCTCTGTGCCCCTGGATCCAATCTCAGTGTCTAACTCA
+TCATCCCAGATTATTCTGAAGTGGAAACCACCCTCCGACCCCAATGGCAACATCACCCAC
+TACCTGGTTTTCTGGGAGAGGCAGGCGGAAGACAGTGAGCTGTTCGAGCTGGATTATTGC
+CTCAAAGGGCTGAAGCTGCCCTCGAGGACCTGGTCTCCACCATTCGAGTCTGAAGATTCT
+CAGAAGCACAACCAGAGTGAGTATGAGGATTCGGCCGGCGAATGCTGCTCCTGTCCAAAG
+ACAGACTCTCAGATCCTGAAGGAGCTGGAGGAGTCCTCGTTTAGGAAGACGTTTGAGGAT
+TACCTGCACAACGTGGTTTTCGTCCCCAGAAAAACCTCTTCAGGCACTGGTGCCGAGGAC
+CCTAGGCCATCTCGGAAACGCAGGTCCCTTGGCGATGTTGGGAATGTGACGGTGGCCGTG
+CCCACGGTGGCAGCTTTCCCCAACACTTCCTCGACCAGCGTGCCCACGAGTCCGGAGGAG
+CACAGGCCTTTTGAGAAGGTGGTGAACAAGGAGTCGCTGGTCATCTCCGGCTTGCGACAC
+TTCACGGGCTATCGCATCGAGCTGCAGGCTTGCAACCAGGACACCCCTGAGGAACGGTGC
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+GGCCCTGTGACGCATGAAATCTTTGAGAACAACGTCGTCCACTTGATGTGGCAGGAGCCG
+AAGGAGCCCAATGGTCTGATCGTGCTGTATGAAGTGAGTTATCGGCGATATGGTGATGAG
+GAGCTGCATCTCTGCGTCTCCCGCAAGCACTTCGCTCTGGAACGGGGCTGCAGGCTGCGT
+GGGCTGTCACCGGGGAACTACAGCGTGCGAATCCGGGCCACCTCCCTTGCGGGCAACGGC
+TCTTGGACGGAACCCACCTATTTCTACGTGACAGACTATTTAGACGTCCCGTCAAATATT
+GCAAAAATTATCATCGGCCCCCTCATCTTTGTCTTTCTCTTCAGTGTTGTGATTGGAAGT
+ATTTATCTATTCCTGAGAAAGAGGCAGCCAGATGGGCCGCTGGGACCGCTTTACGCTTCT
+TCAAACCCTGAGTATCTCAGTGCCAGTGATGTGTTTCCATGCTCTGTGTACGTGCCGGAC
+GAGTGGGAGGTGTCTCGAGAGAAGATCACCCTCCTTCGAGAGCTGGGGCAGGGCTCCTTC
+GGCATGGTGTATGAGGGCAATGCCAGGGACATCATCAAGGGTGAGGCAGAGACCCGCGTG
+GCGGTGAAGACGGTCAACGAGTCAGCCAGTCTCCGAGAGCGGATTGAGTTCCTCAATGAG
+GCCTCGGTCATGAAGGGCTTCACCTGCCATCACGTGGTGCGCCTCCTGGGAGTGGTGTCC
+AAGGGCCAGCCCACGCTGGTGGTGATGGAGCTGATGGCTCACGGAGACCTGAAGAGCTAC
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+CAGCCTTACCAAGGCCTGTCTAATGAACAGGTGTTGAAATTTGTCATGGATGGAGGGTAT
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+GAGGAGCTGGAGATGGAGTTTGAGGACATGGAGAATGTGCCCCTGGACCGTTCCTCGCAC
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+>ENA|BC112106|BC112106.1 Homo sapiens rhodopsin, mRNA (cDNA clone MGC:138311 IMAGE:8327574), complete cds.
+CCAGCTGGAGCCCTGAGTGGCTGAGCTCAGGCCTTCGCAGCATTCTTGGGTGGGAGCAGC
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+CCTAGGACTCTGTGGCCGACTATAGGCGTCTCCCATCCCCTACACCTTCCCCCAGCCACA
+GCCATCCCACCAG
--- a/tools/mummer/README.rst	Wed Oct 29 08:17:29 2014 -0400
+++ b/tools/mummer/README.rst	Wed Oct 29 11:26:49 2014 -0400
@@ -75,7 +75,7 @@
 For making the "Galaxy Tool Shed" http://toolshed.g2.bx.psu.edu/ tarball use
 the following command from the Galaxy root folder::
 
-    $ tar -czf mummer.tar.gz tools/mummer/README.rst tools/mummer/mummer.xml tools/mummer/mummer.py tools/mummer/tool_dependencies.xml test-data/B_anthracis_Mslice.fasta test-data/B_anthracis_contigs.fasta test-data/B_anthracis_Mslice_vs_contigs.png test-data/B_anthracis_Mslice_vs_contigs.pdf
+    $ tar -czf mummer.tar.gz tools/mummer/README.rst tools/mummer/mummer.xml tools/mummer/mummer.py tools/mummer/tool_dependencies.xml test-data/magic.png test-data/magic.pdf test-data/rhodopsin_nucs.fasta test-data/three_human_mRNA.fasta
 
 Check this worked::
 
@@ -84,10 +84,10 @@
     tools/mummer/mummer.xml
     tools/mummer/mummer.py
     tools/mummer/tool_dependencies.xml
-    test-data/B_anthracis_Mslice.fasta
-    test-data/B_anthracis_contigs.fasta
-    test-data/B_anthracis_Mslice_vs_contigs.png
-    test-data/B_anthracis_Mslice_vs_contigs.pdf
+    test-data/magic.png
+    test-data/magic.pdf
+    test-data/rhodopsin_nucs.fasta
+    test-data/three_human_mRNA.fasta
 
 
 Licence (MIT)
--- a/tools/mummer/mummer.xml	Wed Oct 29 08:17:29 2014 -0400
+++ b/tools/mummer/mummer.xml	Wed Oct 29 11:26:49 2014 -0400
@@ -47,12 +47,29 @@
     <requirements>
     </requirements>
     <tests>
+        <!-- Because exact graphical output is fragile w.r.t. dependency versions,
+             all I am trying to verify is a valid PNG and PDF are produced.
+             Rather than genomes, for size + speed just comparing 3 and 6 genes. -->
         <test>
-            <param name="fasta_a" value="B_anthracis_Mslice.fasta" ftype="fasta" />
-            <param name="fasta_b" value="B_anthracis_contigs.fasta" ftype="fasta" />
-            <param name="algorithm" value="nucmer" ftype="fasta" />
-            <output name="pdf_output" file="B_anthracis_Mslice_vs_contigs.pdf" ftype="pdf" lines_diff="10" />
-	    <output name="png_output" file="B_anthracis_Mslice_vs_contigs.png" ftype="png" />
+            <param name="fasta_a" value="three_human_mRNA.fasta" ftype="fasta" />
+            <param name="fasta_b" value="rhodopsin_nucs.fasta" ftype="fasta" />
+            <param name="algorithm" value="mummer" />
+            <output name="pdf_output" file="magic.pdf" ftype="pdf" compare="contains" />
+            <output name="png_output" file="magic.png" ftype="png" compare="contains" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="fasta_a" value="three_human_mRNA.fasta" ftype="fasta" />
+            <param name="fasta_b" value="rhodopsin_nucs.fasta" ftype="fasta" />
+            <param name="algorithm" value="nucmer" />
+            <output name="pdf_output" file="magic.pdf" ftype="pdf" compare="contains" />
+            <output name="png_output" file="magic.png" ftype="png" compare="contains" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="fasta_a" value="three_human_mRNA.fasta" ftype="fasta" />
+            <param name="fasta_b" value="rhodopsin_nucs.fasta" ftype="fasta" />
+            <param name="algorithm" value="promer" />
+            <output name="pdf_output" file="magic.pdf" ftype="pdf" compare="contains" />
+            <output name="png_output" file="magic.png" ftype="png" compare="contains" />
         </test>
     </tests>
     <help>
--- a/tools/mummer/tool_dependencies.xml	Wed Oct 29 08:17:29 2014 -0400
+++ b/tools/mummer/tool_dependencies.xml	Wed Oct 29 11:26:49 2014 -0400
@@ -7,6 +7,6 @@
         <repository changeset_revision="9345d2740f0c" name="package_ghostscript_9_10" owner="devteam" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
     </package>
     <package name="gnuplot" version="4.6">
-        <repository changeset_revision="e1e78b23b0da" name="package_gnuplot_4_6" owner="iuc" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
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     </package>
 </tool_dependency>