Mercurial > repos > jjohnson > metagene_annotator

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planemo upload for repository https://github.com/jj-umn/galaxytools/tree/master/metagene_annotator commit 61e37af61a74217d9ccfa25cb5c328ca81cd781f-dirty
author jjohnson
date Tue, 20 Mar 2018 16:16:18 -0400
parents 5e2cfbb37c9e
children 170a6bd39e6f
files metagene_annotator.xml test-data/metasequences1.fasta test-data/metasequences2.fasta
diffstat 3 files changed, 34 insertions(+), 5 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- a/metagene_annotator.xml	Mon Mar 19 21:31:35 2018 -0400
+++ b/metagene_annotator.xml	Tue Mar 20 16:16:18 2018 -0400
@@ -1,4 +1,4 @@
-<tool id="metagene_annotator" name="MetaGeneAnnotator" version="0.1.0">
+<tool id="metagene_annotator" name="MetaGeneAnnotator" version="0.1.1">
     <description>gene-finding program for prokaryote and phage</description>
     <requirements>
         <requirement type="package">metagene_annotator</requirement>
@@ -6,7 +6,10 @@
     </requirements>
     <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
         #set $output_list = str($output_formats).split(',')
-        mga $input $multiple_species > mga_output
+        touch mga_output
+        #for $input in $inputs:
+            && mga ${input} $multiple_species >> mga_output
+        #end for
         #if 'tsv' in $output_list or 'bed' in $output_list:
             && python '$__tool_directory__/convert_mga.py' -v mga_output
             #if 'tsv' in $output_list
@@ -18,7 +21,7 @@
         #end if
     ]]></command>
     <inputs>
-        <param name="input" type="data" format="fasta" label="prokaryote DNA sequences"/>
+        <param name="inputs" type="data" format="fasta" multiple="true" label="prokaryote DNA sequences"/>
         <param name="multiple_species" type="boolean" truevalue="-m" falsevalue="-s" checked="true" 
                label="MetaGenomic - Sequences are from multiple organisms" />
         <param name="output_formats" type="select" multiple="true" display="checkboxes" label="output formats">
@@ -48,7 +51,7 @@
     </outputs>
     <tests>
         <test>
-            <param name="input" value="metasequences.fasta" ftype="fasta"/>
+            <param name="inputs" value="metasequences.fasta" ftype="fasta"/>
             <param name="multiple_species" value="True"/>
             <param name="output_formats" value="txt,tsv,bed"/>
             <output name="mga_txt" value="m_mga.txt"/> 
@@ -56,7 +59,13 @@
             <output name="mga_bed" value="m_mga.bed"/> 
         </test>
         <test>
-            <param name="input" value="metasequences.fasta" ftype="fasta"/>
+            <param name="inputs" value="metasequences.fasta" ftype="fasta"/>
+            <param name="multiple_species" value="False"/>
+            <param name="output_formats" value="bed"/>
+            <output name="mga_bed" value="m_mga.bed"/> 
+        </test>
+        <test>
+            <param name="inputs" value="metasequences1.fasta,metasequences2.fasta" ftype="fasta"/>
             <param name="multiple_species" value="False"/>
             <param name="output_formats" value="bed"/>
             <output name="mga_bed" value="m_mga.bed"/> 
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/metasequences1.fasta	Tue Mar 20 16:16:18 2018 -0400
@@ -0,0 +1,12 @@
+>1/1
+CTGGGAATGGGTGTCTTGAGATAATTTCTTTATTCAATTAAGCTCTAAACCTAAATTTCTTACTTCATCTTTAAATAAGAATTTAAGAGGTTCGACTAATTTTAATCTCATTTTTTTTGGTAATCCGCCTACATTATGATGAGATTTGATTTTTGACGTTTGGCTTCCTGTTACTGATCTGCTTTCAATAAGATCTGGATAAAGAGTTCCTTGAGCTAAAAATTTTACATTCTTAATTTTTTTTGCATATCTTTCAAAATTTTAATAATAAATTTCCAATTATTTTTCTTTTCTTTCTGGATCTGAAACGTTTGTTAACTTTTTTAAAAATTCTTTTTCAGCATTAACGTATATTAAATTCATCTTTAGCCTTTCTTAAAAGTATTAACTACTTGTTTTCCTCATTTTTCTAAGAAGACCAGTGTTAACAAAAATACAATATAGCTTTTTACCATAGCTTTATTTAATAATGAGCACTACACTACTATCAACTCCTCCTGAAAGGGCACAAATAACTTATTTTCACCAACTTGATTTCTAACCTCTTTAATTAATTTCATCTTTTGATCTTTTGATGACCAGTTTTTTTAATTTTAATATTAAGGAAATAAAATTTTTAATAATTTTTTACCATTTTCTGTATGTGGTAACTTCAGGATGAAACTGAACACCATAAAATTTATTTGTATTGTCTCCAACAATTGCCAAATTTTGAATTTTGACTTGATGCAATTACTCCTAAAATTTTAGGTAATTTTGAAACTTGATTCAGCATGACTCATCCATACTTTATGAATTTTTTTTTGATTAAAGAAATTTTTTAATTAAAAGACTATCTTTTTTTTATAGACATTAGCTAAACCAAACTCCCGATGCTTTGATTGTTTGACCTTTCCACCATTTAATTTTGACAAGATTTGGTGACCAAACAAATTCCTAATATTGGTATATTGTTTTTAAGTATTTCTTTATCAAGAAATATCTATTAATTTCATAAACGTTAAGGGGACCTCCTGATAAAATGATACCTTTAATTACTTGTATCAATATTTTTATTTTTAATCTTTTTATGACTAATAATTTCTGAGAATACCCTAGTTCTCTTATTCTTCTGGCAATCAATTGTGTAAATTGAGACCAAATCTATGATTAATATTTTATTTAAACTTTGATCAAGAATCATTTTTTGGCTCTATATTCGCTAGAGTCTCCAAAATATCTTTATTTATCATCACATAGTTTTTTACAAACTTTTGTAAATGTTATTTTGATAGATCTTTTACTTTTGAATAATTTGATTTTCTAAAGCAATTTTCATTAACATTAATATTGGCTTCTTCGTTATCAGGTTCGATTAATAATGTTGTTTCTAAATTTTTTTCTTTCTTTTTTTGATCCTCTTCAAAATTATAATCTTTGCCAAGTACAAATATGAATTTGAGTCTTTAGGATTAAAAACATACTTCTTTCAACATAAATCTTGCATCGTCATATTTTTCTGTCTTTAAAAAGTTCTAAGCCTTTATCAAAAAAAATTCTCATTACCAAAAGATGTTGCTTGCTAAATTTATGAAAAATAAATTAATACAGTTTTTTTTAATTTTATCATCATTATCAATCATCATCTTTTTACTATATCAACGTTATGTACCATACTTTCGTAAATCCAGCTTTTGTAATCTTTACAAATTTTGGTTTATTTCTTAAATATTTAATTGTGTCTTAGAACCAGATAACCATCGACGATTTCAAACCGACCAATAAGTTGGAAAATTATTTTTCAACCTTACTTTTATATTTAGCAAATCCTTCTACACCTTCAGGTACATATTTGAGATATCTTTTTGTTTTGATTGAAAATATCTATCAGCTGAACCTTTATTCATAGCACCCCACTGATCCATACCTCTAAAACTTTTAATAACTTTCCCACCTCTTCTAATTAATTTACCTGGGGTCTCATCGGTGCCTGCAAATAAATGAACCACCATCACTGCATCTGCTCCTGCATCAAAAGCTTTGGCTAAATCACCAGTGTATTTAATGCCTCCATCAGAGATAAGATCTTAACATTTTTATTTTTAACTCGTTTCTTAACTGTTAAAATTGCACTTAACTGAGGAACTCCAATACCTGCCACTAATCGTGTGGATACAGATAGACCCAGGGCCTATACCCACTTTAATTATATCTACCCCTAATTTTAAAAAATGTTGCAGCTTCTGGTGGTAGCTATTATTACATGCACACTAAAGCTGTCTTTTATTTTTCTTTTTTTAATGAATTTAATTATCTCTGAAACTTTTTGTATGACCATGGG
+>2/1
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+>3/1
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