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1 function x_mz=mz_hdf5tosci(file_in,max_scans)
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3 // entrees: -------------------------
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4 // file_in: un fichier au format HDF5
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5 // max_scans: valeur introduite pour accelerer la fonction de test
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7 // sorties: ---------------------------
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8 // x_mz: une variable avec deux champs:
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9 // x_mz.time
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10 // x_mz.mzdata une liste dont chaque élément est un vecteur de 2 colonnes: m/z et intensités de signal
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12 // JCB 2 aout18
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14 h5close()
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16 // lecture du fichier HDF5 ----------------------------------
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17 a=h5open(file_in,'r','stdio'); // que lecture 6jan20:stdio
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18 //pause
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19 spectrum_chromatogram_index=h5read(a.root.ChromatogramIndex);
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20 spectrum_chromatogram_index=spectrum_chromatogram_index(1); // une valeur
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21 spectrum_time=h5read(a.root.ChomatogramTime);
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22 spectrum_intensity=h5read(a.root.SpectrumIntensity);
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23 spectrum_mz=h5read(a.root.SpectrumMZ);
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24 spectrum_index=h5read(a.root.SpectrumIndex);
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25 //spectrum_index=spectrum_index(1:spectrum_chromatogram_index);
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26 h5close(a)
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28 // reconstruction du spectre -----------------
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29 if argn(2)<2 then
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30 nbr_scans=max(size(spectrum_index));
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31 else
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32 nbr_scans=max_scans;
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33 end
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36 // 1- extraction du temps
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37 //25juin20
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38 time=spectrum_time;
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39 if size(time,1)==1 then
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40 time=time';
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41 end
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42 //pas=(spectrum_time($)-spectrum_time(1))/(nbr_scans-1);
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43 //time=[spectrum_time(1):pas:spectrum_time($)+pas]; // rajout de 1 par securite pour être sur d'arriver a nbr_scans
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44 //time=time(1:nbr_scans); // nbr exact de RT
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46 mzdata=list();
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48 //disp(nbr_scans,'nbr_scans=')
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50 for i=1:nbr_scans;
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51 if i==1 then
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52 plage_i=[1,double(spectrum_index(i))];
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53 else
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54 plage_i=[double(spectrum_index(i-1))+1,double(spectrum_index(i))];
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55 end
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56 //disp(plage_i,'plage_i=')
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57 // 2- extraction et reconstruction des m/z
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58 // dans le fichier HDF5, ne sont enregistrées que les différences de m/z entre 2 mesures
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59 mz_i=spectrum_mz(plage_i(1):plage_i(2));
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60
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61 n=size(mz_i,2);
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62 mz_i2=zeros(1,n);
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63
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64 mz_i2(1)=mz_i(1);
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65 for j=2:n;
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66 mz_i2(j)=mz_i2(j-1)+mz_i(j);
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67 end
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69 // 3- extraction des signaux
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70 sig_i=spectrum_intensity(plage_i(1):plage_i(2));
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71
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72 // regroupement des m/z et signaux
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73 sp_i=[mz_i2;sig_i];
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75 mzdata(i)=sp_i';
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78 end
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80 // verif. que time est un vecteur colonne
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81 if size(time,2)>1 then
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82 time=time';
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83 end
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84
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86 // amelioration de la coherence des donnees
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87 index=time(2:$)-time(1:$-1);
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88 index2=find(index<0);
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89 if index2 ~=[] then
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90 index3=min(index2);
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91 else;
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92 index3=max(size(time));
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93 end
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95 x_mz.time=time(1:index3);
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96 mzdata2=list();
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97 for i=1:min(index3,size(mzdata));
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98 mzdata2(i)=mzdata(i);
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99 end
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100 x_mz.mzdata=mzdata2;
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101
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102
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103 endfunction
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