diff src/mz_hdf5tosci.sci @ 0:03c9a3b59377 draft

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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/src/mz_hdf5tosci.sci	Mon Apr 26 16:28:21 2021 +0000
@@ -0,0 +1,103 @@
+function x_mz=mz_hdf5tosci(file_in,max_scans)
+    
+    // entrees: -------------------------
+    // file_in: un fichier au format HDF5 
+    // max_scans: valeur introduite pour accelerer la fonction de test
+    
+    // sorties: ---------------------------
+    // x_mz: une variable avec deux champs:
+    // x_mz.time
+    // x_mz.mzdata une liste dont chaque élément est un vecteur de 2 colonnes: m/z et intensités de signal
+    
+    // JCB 2 aout18
+    
+    h5close()
+    
+    // lecture du fichier HDF5 ----------------------------------
+    a=h5open(file_in,'r','stdio');  // que lecture   6jan20:stdio 
+    //pause
+    spectrum_chromatogram_index=h5read(a.root.ChromatogramIndex);
+    spectrum_chromatogram_index=spectrum_chromatogram_index(1);    // une valeur 
+    spectrum_time=h5read(a.root.ChomatogramTime);
+    spectrum_intensity=h5read(a.root.SpectrumIntensity);
+    spectrum_mz=h5read(a.root.SpectrumMZ);
+    spectrum_index=h5read(a.root.SpectrumIndex);                    
+    //spectrum_index=spectrum_index(1:spectrum_chromatogram_index); 
+    h5close(a)
+    
+    // reconstruction du spectre -----------------
+    if argn(2)<2 then
+        nbr_scans=max(size(spectrum_index));
+    else
+        nbr_scans=max_scans;
+    end
+
+ 
+    // 1- extraction du temps
+    //25juin20
+    time=spectrum_time;   
+    if size(time,1)==1 then
+        time=time';
+    end
+    //pas=(spectrum_time($)-spectrum_time(1))/(nbr_scans-1);
+    //time=[spectrum_time(1):pas:spectrum_time($)+pas]; // rajout de 1 par securite pour être sur d'arriver a nbr_scans 
+    //time=time(1:nbr_scans);    // nbr exact de RT 
+
+    mzdata=list();
+    
+    //disp(nbr_scans,'nbr_scans=')
+    
+    for i=1:nbr_scans;
+        if i==1 then 
+            plage_i=[1,double(spectrum_index(i))];
+        else 
+            plage_i=[double(spectrum_index(i-1))+1,double(spectrum_index(i))];
+        end
+        //disp(plage_i,'plage_i=')
+        // 2- extraction et reconstruction des m/z
+        // dans le fichier HDF5, ne sont enregistrées que les différences de m/z entre 2 mesures
+        mz_i=spectrum_mz(plage_i(1):plage_i(2));
+        
+        n=size(mz_i,2);
+        mz_i2=zeros(1,n);
+        
+        mz_i2(1)=mz_i(1);
+        for j=2:n;
+            mz_i2(j)=mz_i2(j-1)+mz_i(j);
+        end
+        
+        // 3- extraction des signaux
+        sig_i=spectrum_intensity(plage_i(1):plage_i(2));
+
+        // regroupement des m/z et signaux
+        sp_i=[mz_i2;sig_i];
+        
+        mzdata(i)=sp_i';
+       
+        
+    end
+    
+    // verif. que time est un vecteur colonne
+    if size(time,2)>1 then
+        time=time';
+    end
+    
+
+    // amelioration de la coherence des donnees 
+    index=time(2:$)-time(1:$-1);
+    index2=find(index<0);
+    if index2 ~=[] then
+        index3=min(index2); 
+    else;
+        index3=max(size(time));
+    end
+    
+    x_mz.time=time(1:index3);
+    mzdata2=list();
+    for i=1:min(index3,size(mzdata));             
+        mzdata2(i)=mzdata(i);
+    end
+    x_mz.mzdata=mzdata2;
+    
+    
+endfunction