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1 function x_mz=mz_hdf5nantestosci(file_in,cvparam_txt,max_scans)
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3 // entrees: -------------------------
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4 // file_in: un fichier au format md5 (HDF5) du format de BIBS-Nantes
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5 // rappel: mzxml de Nantes -> md5 avec msconvert
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6 // cvparam_txt: l'export en txt de CVParam avec HDFView; un fichier texte
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7 // max_scans: valeur introduite pour accelerer la fonction de test
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9 // sorties: ---------------------------
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10 // x_mz: une variable avec deux champs:
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11 // x_mz.time
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12 // x_mz.mzdata une liste dont chaque élément est un vecteur de 2 colonnes: m/z et intensités de signal
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14 // JCB 2 aout18
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18 // lecture du fichier HDF5 ----------------------------------
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19 a=h5open(file_in,'a');
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20 //h5dump(a.root.CVParam)
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21 //spectrum_time=h5read(a, "/CVParam",[1 22],[1 1]);
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22 spectrum_intensity=h5read(a.root.SpectrumIntensity); // intensite du signal; un vecteur (1 x 4E08)
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23 spectrum_mz=h5read(a.root.SpectrumMZ); // m/z; un vecteur (1 x 4E08)
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24 spectrum_index=h5read(a.root.SpectrumIndex); // index d'identification des spectres
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25 // dans les variables précédentes
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26 // ex: 112166 227841 -> 1° spectre de 1 à 112166
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27 // 2° spectre de 112167 à 227841
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28 // etc
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29 h5close(a)
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31 if argn(2)<3 then
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32 nbr_scans=max(size(spectrum_index));
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33 else
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34 nbr_scans=max_scans;
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35 end
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37 // 1- reconstruction du spectre --------------------------------------------
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38 time=spectrum_index(1:nbr_scans);
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39 mzdata=list();
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41 for i=1:nbr_scans;
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42 if i==1 then
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43 plage_i=[1,double(spectrum_index(i))];
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44 else
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45 plage_i=[double(spectrum_index(i-1))+1,double(spectrum_index(i))];
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46 end
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47
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48 // 2- extraction et reconstruction des m/z
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49 // dans le fichier HDF5, ne sont enregistrées que les différences de m/z entre 2 mesures
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50 mz_i=spectrum_mz(plage_i(1):plage_i(2));
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52 n=size(mz_i,2);
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53 mz_i2=zeros(1,n);
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55 mz_i2(1)=mz_i(1);
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56 for j=2:n;
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57 mz_i2(j)=mz_i2(j-1)+mz_i(j);
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58 end
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60 // 3- extraction des signaux
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61 sig_i=spectrum_intensity(plage_i(1):plage_i(2));
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63 // regroupement des m/z et signaux
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64 sp_i=[mz_i2;sig_i];
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66 mzdata(i)=sp_i';
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67
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69 end
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72 // 2- Reconstruction des temps de retention --------------------------------
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74 // lecture du fichier
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75 a=mopen(cvparam_txt);
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76 txt=mgetl(a)
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77 mclose(a)
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79 // tri des lignes + extraction des RT
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80 n=size(txt,1);
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81 x_rt=[];
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83 for i=1:n;
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84 x_temp=strsplit(txt(i,:),' 18'); // valeur 18 trouvee avec tab avant
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85 if max(size(x_temp))>1 then
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86 x_temp2=stripblanks(x_temp(1));
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87 x_temp2=strtod(x_temp2);
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88 if x_rt==[] then
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89 x_rt=x_temp2;
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90 else
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91 x_rt=[x_rt;x_temp2];
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92 end
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93 end
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94 end
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96 // 3- prepaaration de la sortie --------------------------------------------
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97 x_mz.time=x_rt';
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98 x_mz.mzdata=mzdata;
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99
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100
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101 endfunction
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