diff src/mz_hdf5nantestosci.sci @ 0:03c9a3b59377 draft

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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/src/mz_hdf5nantestosci.sci	Mon Apr 26 16:28:21 2021 +0000
@@ -0,0 +1,101 @@
+function x_mz=mz_hdf5nantestosci(file_in,cvparam_txt,max_scans)
+    
+    // entrees: -------------------------
+    // file_in: un fichier au format md5 (HDF5) du format de BIBS-Nantes
+    //      rappel: mzxml de Nantes -> md5 avec msconvert 
+    // cvparam_txt: l'export en txt de CVParam avec HDFView; un fichier texte
+    // max_scans: valeur introduite pour accelerer la fonction de test
+    
+    // sorties: ---------------------------
+    // x_mz: une variable avec deux champs:
+    // x_mz.time
+    // x_mz.mzdata une liste dont chaque élément est un vecteur de 2 colonnes: m/z et intensités de signal
+    
+    // JCB 2 aout18
+    
+    
+    
+    // lecture du fichier HDF5 ----------------------------------
+    a=h5open(file_in,'a');
+    //h5dump(a.root.CVParam)  
+    //spectrum_time=h5read(a, "/CVParam",[1 22],[1 1]);    
+    spectrum_intensity=h5read(a.root.SpectrumIntensity);  // intensite du signal; un vecteur (1 x 4E08)
+    spectrum_mz=h5read(a.root.SpectrumMZ);                // m/z; un vecteur (1 x 4E08)
+    spectrum_index=h5read(a.root.SpectrumIndex);          // index d'identification des spectres 
+                                                          // dans les variables précédentes
+                                                          // ex: 112166 227841 -> 1° spectre de 1 à 112166
+                                                          //                      2° spectre de 112167 à 227841
+                                                          //                      etc  
+    h5close(a)
+     
+    if argn(2)<3 then
+        nbr_scans=max(size(spectrum_index));
+    else
+        nbr_scans=max_scans;
+    end
+ 
+    // 1- reconstruction du spectre --------------------------------------------
+    time=spectrum_index(1:nbr_scans);
+    mzdata=list();
+    
+    for i=1:nbr_scans;
+        if i==1 then 
+            plage_i=[1,double(spectrum_index(i))];
+        else 
+            plage_i=[double(spectrum_index(i-1))+1,double(spectrum_index(i))];
+        end
+        
+        // 2- extraction et reconstruction des m/z
+        // dans le fichier HDF5, ne sont enregistrées que les différences de m/z entre 2 mesures
+        mz_i=spectrum_mz(plage_i(1):plage_i(2));
+        
+        n=size(mz_i,2);
+        mz_i2=zeros(1,n);
+        
+        mz_i2(1)=mz_i(1);
+        for j=2:n;
+            mz_i2(j)=mz_i2(j-1)+mz_i(j);
+        end
+        
+        // 3- extraction des signaux
+        sig_i=spectrum_intensity(plage_i(1):plage_i(2));
+
+        // regroupement des m/z et signaux
+        sp_i=[mz_i2;sig_i];
+        
+        mzdata(i)=sp_i';
+
+        
+    end
+    
+    
+    // 2- Reconstruction des temps de retention --------------------------------
+
+    // lecture du fichier
+    a=mopen(cvparam_txt);
+    txt=mgetl(a)
+    mclose(a)
+
+    // tri des lignes + extraction des RT
+    n=size(txt,1);
+    x_rt=[];
+  
+    for i=1:n;
+                x_temp=strsplit(txt(i,:),'	18');        // valeur 18 trouvee avec tab avant
+                if max(size(x_temp))>1 then
+                    x_temp2=stripblanks(x_temp(1));
+                    x_temp2=strtod(x_temp2);
+                    if x_rt==[] then
+                        x_rt=x_temp2;
+                    else
+                        x_rt=[x_rt;x_temp2];
+                    end
+                end
+    end
+
+    // 3- prepaaration de la sortie --------------------------------------------
+    x_mz.time=x_rt';
+    x_mz.mzdata=mzdata;
+    
+    
+endfunction