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changeset 84:82061ad8d339 draft

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author jbrayet
date Thu, 13 Aug 2015 07:12:44 -0400
parents 6c2d870433af
children 2cbe9eb68f51
files makeTSSdist_wrapper.sh
diffstat 1 files changed, 130 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/makeTSSdist_wrapper.sh	Thu Aug 13 07:12:44 2015 -0400
@@ -0,0 +1,130 @@
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+#
+# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
+# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
+# Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr
+# This software is distributed under the terms of the GNU General
+# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
+
+#!/bin/bash
+
+REG="NA"
+CONTROLFILE="NA"
+
+while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:p:" optionName; do
+case "$optionName" in
+
+f) CHIPFILE="$OPTARG";;
+c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
+l) STEP="$OPTARG";;
+r) RIGHT="$OPTARG";;
+o) OUTPUT="$OPTARG";;
+u) OUTSTAT="$OPTARG";;
+v) GENOME="$OPTARG";;
+e) REG="$OPTARG";;
+p) PDF="$OPTARG";;
+
+esac
+done
+
+LOCAL_DIR=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
+
+OUTPUT_DIR=`dirname $OUTPUT`
+R_PATH='Rscript --slave '
+
+
+
+if [ -r $REG ]; then
+  perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CHIPFILE -reg $REG -o $OUTPUT.annotated
+ else
+  perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CHIPFILE -o $OUTPUT.annotated
+fi
+
+#########previous version:
+if [ -r $CONTROLFILE ]; then
+   perl $LOCAL_DIR/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o ${OUTPUT_DIR}/control.tmp
+  if [ -r $REG ]; then
+    perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -reg $REG -o $OUTPUT.control.annotated
+  else
+    perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -o $OUTPUT.control.annotated
+  fi
+    $R_PATH $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF
+else
+  $R_PATH $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF
+fi
+#########end previous version##############
+
+
+#########bootstrap version:
+#if [ -r $CONTROLFILE ]; then
+#  if [ -r $REG ]; then
+#    perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CONTROLFILE -reg $REG -o $OUTPUT.control.annotated >> $LOGTMP 2>> $LOGTMP
+#  else
+#    perl $LOCAL_DIR/crossBedWithGenes.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -f $CONTROLFILE -o $OUTPUT.control.annotated >> $LOGTMP 2>> $LOGTMP
+#  fi
+#  echo "3: cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist_bootstrap.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF $NUMBER_BOOTSTRAP" >> $LOGTMP
+#  cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $OUTPUT.control.annotated $PDF $NUMBER_BOOTSTRAP>>$LOGTMP 2>>$LOGTMP
+#else
+#  echo "4:  cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF 2>>$LOGTMP" >>$LOGTMP
+#  cat $LOCAL_DIR/makeTSSdist.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $STEP $RIGHT $OUTPUT.annotated $OUTPUT $OUTSTAT $PDF 2>>$LOGTMP >>$LOGTMP
+#fi
+
+#exit
+#########end bootstrap version##############
+
+
+rm $OUTPUT.annotated*
+
+if [ -r $CONTROLFILE ]; then
+  rm $OUTPUT.control.annotated*
+  rm ${OUTPUT_DIR}/control.tmp
+fi