Mercurial > repos > jbrayet > annotatepeaks
changeset 9:f027bb219eab draft
Deleted selected files
| author | jbrayet |
|---|---|
| date | Thu, 13 Aug 2015 11:22:35 -0400 |
| parents | 375c3d21e8fc |
| children | 88d7c8278ae6 |
| files | annotatePeaks_wrapper.sh |
| diffstat | 1 files changed, 0 insertions(+), 128 deletions(-) [+] |
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line diff
--- a/annotatePeaks_wrapper.sh Thu Aug 13 11:17:15 2015 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,128 +0,0 @@ -#:t:::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ -#:t::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ -#:::::::::::::z;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ -#::::::::::::i@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ -#::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@ -#:::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ -#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BEEESSE5EEEEBBM@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ -#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BEEEEEE35EE55E2355E5SBMB@@@@@@@@@@@@@@@@@$ -#::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE55533t3tttt::::::!!!!7755E755SBBMMM@@@MM -#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE2t3ttttt:::::::::::::::::::::::!7?5225EE -#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE31t::::::::::::::::::::::::::::::::3E5@ -#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEtt:::::::::::::::::::::::::::::::::353 -#::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE1ttz::::::::::::::::::::::::::::::::35 -#:::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEtz1::::::::::::::::::::::::::::::::t: -#:::::::::!3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt::::::::::::::::::::::::::::::::;zz -#::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEttt:::::z;z:::::::::::::::::::::::::13 -#::::::::::3B@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE3tt:czzztti;:::::::::::::::::::::::3 -#::::ttt::::3@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEE5EE25Ezt1EEEz5Etzzz;;;;::::::::::::::::: -#:::::::::::I9@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEE@@@@@@@@@@@@@@Ez;::::::::::: -#:::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@Ez:::::: -#::::::::::::::E@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BE5EBB@@@@@@@@@@@@@@@EEE::::: -#:::::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E1::35@@@@@@@@@@ME3MMME2:::::: -#:::::::::::::::?@@@@@@@@@@@@@@@@@@M@@@@@@@EE:::::3SB@@BBESEEt:::::::::::: -#::::::::::::::::J$@@@@@@@B@@@@@@@@@@@@@@@@EE:::::::!35E33t::::::::::::::: -#:::::::::::::::::3@E@@@EE5EESE5EESE@@@@@@@Et::::::::::::tz::::::::::::::: -#:::::::::::::::::J@E$@EEE5133555SE@@@@@@@@Et::::::::::::::::::::::::::::: -#::::::::::::::::::E@E@EEEEtt3523EEE@@@@@@@E:::::::::::::::::::::::::::::: -#:t::::::::::::::::JEE3@@@EEEEEEEEEE@@@@@@@E:::::::::t;::::::::::::::::::: -#:t:::::::::::::::::!5ES@EEEEEEEEES@@@@@@@@@E;:::;;;:3Ez:::::::::::::::::: -#:t::::::::::::::::::::JE@@EEEEEEE@@@@@@@@@@@@@@@@ME!:::;::::::::::::::::: -#:tz::::::::::::::::::::JE@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@EE!:::::::t:::::::::::::::: -#:t::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@ESBE:::::::::::::::::::::::::: -#:::::::::::::::::::::::::Q@@@@@@@@@@@@@@@@EE3EE;:::::zzzz:::::::::::::::: -#:::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@NN@@@@@@Ez::::::::::::::: -#:zt:::::::::::::::::::::::3@@@@EE@@@@@@@@@@EEEEt::;z113E5t::::::::::::::: -#::tt:::::::::::::::::::::::3@@@E@@@@@@@@@@@@@@@@BEt::::::::::::::::t::::: -#:tt:t:::::::::::::::::::::::?S@@@@@@@@@@@BBEEE51!::::::::::::::zzzEt::::: -#::::::::::::::::::::::::::::::3Q@@@@@@@BEEEEEt:::::::::::::;zz@@@EE:::::: -#::::::::::::::::::::::::::::::::75B@@@@@EEEtt;:::::::::;zz@@@@BEEEtz::::: -#::::::::::::::::::::::::::::::::::::?9@@@@@@@@@@@E2Ezg@@@@@B@@@EEEE1t:::: -#:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::3@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@EEEEEEEzzz:: -#::::::::::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEE5ttttt -#:::::::::::::::::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEEEEEEEEEtzt -#::::::::::::::::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@EEEEEEEEEEEE@@@ -#::::::::::::::::::::::::::g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE3EEEE@@@@@@@ -#:::::::::::::::::::::;;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEt33@@@@@@@@@@ -#:::::::::::::::::;g@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@E@@@@@@EEEtg@@@@@@@@@@@@ -#::::::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@EEEE@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ -#:::::::::::::@@@@@@@@@@@@@@@@@$@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ -#::::::::::;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ -# -# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie -# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012 -# Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr -# This software is distributed under the terms of the GNU General -# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007. - -#!/bin/bash - -REG="NA" -CONTROLFILE="NA" -PDF=0 - -while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:m:h:d:x:y:p:" optionName; do -case "$optionName" in - -f) CHIPFILE="$OPTARG";; -c) CONTROLFILE="$OPTARG";; -l) LEFTPROM="$OPTARG";; -r) RIGHTPROM="$OPTARG";; -o) OUTPUT="$OPTARG";; -u) OUTSTAT="$OPTARG";; -v) GENOME="$OPTARG";; -e) REG="$OPTARG";; -m) MINSCORE="$OPTARG";; -h) ENH="$OPTARG";; -d) DOWNGENE="$OPTARG";; -x) CONTROLSTAT="$OPTARG";; -y) LOG="$OPTARG";; -p) PDF="$OPTARG";; -esac -done - -echo $LOG - -LOCAL_PATH=`( cd -P $(dirname $0); pwd)` - -OUTPUT_DIR=`dirname $OUTPUT` -R_PATH='Rscript --slave ' - -echo "ChIP:" >$LOG - -if [ -r $REG ]; then - perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -selG $REG -o $OUTSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG - else - perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -o $OUTSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG -fi - - - -if [ -r $CONTROLFILE ]; then -echo "" >>$LOG -echo "Control:" >>$LOG - #create a subset of control peaks (highest peaks, the same number as in the sample) - perl $LOCAL_PATH/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o ${OUTPUT_DIR}/control.tmp >>$LOG - if [ -r $REG ]; then - perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -selG $REG -o $CONTROLSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG - else - perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -o $CONTROLSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG - fi - grep -v chrM $OUTSTAT > $OUTSTAT.tmp - $R_PATH $LOCAL_PATH/catDist.R --args $OUTSTAT.tmp $OUTPUT $CONTROLSTAT $PDF - -else - grep -v chrM $OUTSTAT > $OUTSTAT.tmp - $R_PATH $LOCAL_PATH/catDist.R --args $OUTSTAT.tmp $OUTPUT $PDF -fi - -if [ -r $CONTROLFILE ]; then - # rm $OUTPUT.control.annotated* - rm ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -fi - -if [ -r $OUTSTAT.tmp ]; then - rm $OUTSTAT.tmp -fi - -