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+++ b/annotatePeaks_wrapper.sh	Thu Aug 13 11:24:59 2015 -0400
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+#
+# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
+# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
+# Contact: [e-mail], [e-mail]
+# This software is distributed under the terms of the GNU General
+# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
+
+#!/bin/bash
+
+REG="NA"
+CONTROLFILE="NA"
+PDF=0
+
+while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:m:h:d:x:y:p:" optionName; do
+case "$optionName" in
+
+f) CHIPFILE="$OPTARG";;
+c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
+l) LEFTPROM="$OPTARG";;
+r) RIGHTPROM="$OPTARG";;
+o) OUTPUT="$OPTARG";;
+u) OUTSTAT="$OPTARG";;
+v) GENOME="$OPTARG";;
+e) REG="$OPTARG";;
+m) MINSCORE="$OPTARG";;
+h) ENH="$OPTARG";;
+d) DOWNGENE="$OPTARG";;
+x) CONTROLSTAT="$OPTARG";;
+y) LOG="$OPTARG";;
+p) PDF="$OPTARG";;
+esac
+done
+
+echo $LOG
+
+LOCAL_PATH=`( cd -P $(dirname $0); pwd)`
+
+OUTPUT_DIR=`dirname $OUTPUT`
+R_PATH='Rscript --slave '
+
+echo "ChIP:" >$LOG
+
+if [ -r $REG ]; then
+  perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -selG $REG -o $OUTSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG
+ else
+  perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -o $OUTSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG
+fi
+
+
+
+if [ -r $CONTROLFILE ]; then
+echo "" >>$LOG
+echo "Control:" >>$LOG
+  #create a subset of control peaks (highest peaks, the same number as in the sample) 
+   perl $LOCAL_PATH/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o ${OUTPUT_DIR}/control.tmp  >>$LOG
+  if [ -r $REG ]; then
+    perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -selG $REG -o $CONTROLSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG
+  else
+    perl $LOCAL_PATH/annotatePeaks.pl -g $LOCAL_PATH/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf ${OUTPUT_DIR}/control.tmp -o $CONTROLSTAT -minScore $MINSCORE -lp $LEFTPROM -rp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE >>$LOG
+  fi
+  grep -v chrM $OUTSTAT > $OUTSTAT.tmp
+  $R_PATH $LOCAL_PATH/catDist.R --args $OUTSTAT.tmp $OUTPUT $CONTROLSTAT $PDF
+
+else
+  grep -v chrM $OUTSTAT > $OUTSTAT.tmp
+  $R_PATH $LOCAL_PATH/catDist.R --args $OUTSTAT.tmp $OUTPUT $PDF
+fi
+
+if [ -r $CONTROLFILE ]; then
+ # rm $OUTPUT.control.annotated*
+  rm ${OUTPUT_DIR}/control.tmp
+fi
+
+if [ -r $OUTSTAT.tmp ]; then
+  rm $OUTSTAT.tmp
+fi
+
+