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changeset 0:9947321ac2a0 draft

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author jbrayet
date Tue, 05 Jan 2016 08:05:37 -0500
parents
children 0d3b8e48c423
files annotateGenes_hist_wrapper.sh
diffstat 1 files changed, 153 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/annotateGenes_hist_wrapper.sh	Tue Jan 05 08:05:37 2016 -0500
@@ -0,0 +1,153 @@
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+#:::::::::::::z;@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+#::::::::::::i@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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+#
+# Copyleft ↄ⃝ 2012 Institut Curie
+# Author(s): Valentina Boeva, Alban Lermine (Institut Curie) 2012
+# Contact: valentina.boeva@curie.fr, alban.lermine@curie.fr
+# This software is distributed under the terms of the GNU General
+# Public License, either Version 2, June 1991 or Version 3, June 2007.
+#!/bin/bash
+
+REG="NA"
+CONTROLFILE="NA"
+BOOTSTRAP=1
+
+while getopts "f:c:l:o:r:u:v:e:h:d:x:y:p:b:" optionName; do
+case "$optionName" in
+
+f) CHIPFILE="$OPTARG";;
+c) CONTROLFILE="$OPTARG";;
+l) LEFTPROM="$OPTARG";;
+r) RIGHTPROM="$OPTARG";;
+o) OUTPUT="$OPTARG";;
+u) OUTSTAT="$OPTARG";;
+v) GENOME="$OPTARG";;
+e) REG="$OPTARG";;
+h) ENH="$OPTARG";;
+d) DOWNGENE="$OPTARG";;
+x) CONTROLSTAT="$OPTARG";;
+y) LOG="$OPTARG";;
+p) PDF="$OPTARG";;
+b) BOOTSTRAP="$OPTARG";;
+
+esac
+done
+
+LOGTMP=$OUTPUT.log.tmp
+
+echo "$@" >> $LOGTMP
+
+env >> $LOGTMP
+
+LOCAL_DIR=$(dirname $(readlink -f $0))
+DOCKER_PATH='/usr/bin/annotateGenes_histones'
+
+OUTPUT_DIR=`dirname $OUTPUT`
+R_PATH='Rscript --slave '
+
+databasePath=$(find / -type d -name files | grep database)
+
+mkdir -p $databasePath/nebulaAnnotations
+mkdir -p $databasePath/nebulaAnnotations/noIdenticalTransc
+nebulaAnnotationPath=$databasePath/nebulaAnnotations
+[ ! -f $nebulaAnnotationPath/noIdenticalTransc/$GENOME.noIdenticalTransc.txt ] && curl -s -o $nebulaAnnotationPath/noIdenticalTransc/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -L https://github.com/jbrayet/nebula_tools_docker/raw/master/tools_data/noIdenticalTransc/$GENOME.noIdenticalTransc.txt
+
+noIdenticalTranscPath=$nebulaAnnotationPath/noIdenticalTransc
+
+echo "ChIP:" >$LOG
+
+if [ -r $REG ]; then
+  echo "1:  perl $DOCKER_PATH/geneAnnotation_hist.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -selG $REG -o $OUTSTAT  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE" >> $LOGTMP
+  perl $DOCKER_PATH/geneAnnotation_hist.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -selG $REG -o $OUTSTAT  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE  >>$LOG 2>> $LOGTMP
+ else
+  echo "2: perl $DOCKER_PATH/geneAnnotation_hist.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -o $OUTSTAT  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE " >> $LOGTMP
+  perl $DOCKER_PATH/geneAnnotation_hist.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CHIPFILE -o $OUTSTAT  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE  >>$LOG 2>> $LOGTMP
+fi
+
+
+
+if [ -r $CONTROLFILE ]; then
+echo "" >>$LOG
+echo "Control:" >>$LOG
+  #create a subset of control peaks (highest peaks, the same number as in the sample) 
+   echo "   perl $DOCKER_PATH/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o $CONTROLFILE.tmp -n $BOOTSTRAP " >>$LOGTMP
+   perl $DOCKER_PATH/createControlPeakSubSet.pl -f $CHIPFILE -c $CONTROLFILE -o $CONTROLFILE.tmp -n $BOOTSTRAP >>$LOGTMP 2>>$LOGTMP
+  if [ -r $REG ]; then
+    echo "5: perl $DOCKER_PATH/geneAnnotation_hist.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp -selG $REG -o $CONTROLSTAT  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE ">> $LOGTMP
+    perl $DOCKER_PATH/geneAnnotation_hist.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp -selG $REG -o $CONTROLSTAT  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE  >>$LOG 2>> $LOGTMP
+	for (( i=2; i<=$BOOTSTRAP; i++ ))
+	do
+           perl $DOCKER_PATH/geneAnnotation_hist.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp$i -selG $REG -o $CONTROLSTAT$i  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE  >>$LOG 2>> $LOGTMP
+	done
+  else
+    perl $DOCKER_PATH/geneAnnotation_hist.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp -o $CONTROLSTAT  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE  >>$LOG 2>> $LOGTMP
+    for (( i=2; i<=$BOOTSTRAP; i++ ))
+     do
+        perl $DOCKER_PATH/geneAnnotation_hist.pl -g $LOCAL_DIR/$GENOME.noIdenticalTransc.txt -tf $CONTROLFILE.tmp$i -o $CONTROLSTAT$i  -lp $LEFTPROM -rightp $RIGHTPROM -enh $ENH -dg $DOWNGENE  >>$LOG 2>> $LOGTMP
+    done
+
+  fi
+  echo "3: $R_PATH $DOCKER_PATH/geneDist_hist.R | R --slave --args $OUTSTAT $OUTPUT $LOG $CONTROLSTAT $PDF $BOOTSTRAP " >>$LOGTMP
+  $R_PATH $DOCKER_PATH/geneDist_hist.R  --args $OUTSTAT $OUTPUT $LOG $CONTROLSTAT $PDF $BOOTSTRAP 2>>$LOGTMP >>$LOGTMP
+else
+  echo "4: $R_PATH $DOCKER_PATH/geneDist_hist.R | /bioinfo/local/R/bin/R --slave --args $OUTSTAT $OUTPUT $LOG $PDF" >>$LOGTMP
+  $R_PATH $DOCKER_PATH/geneDist_hist.R  --args $OUTSTAT $OUTPUT $LOG $PDF 2>>$LOGTMP >>$LOGTMP
+fi
+
+if [ -r $LOGTMP ]; then
+  rm $LOGTMP
+fi
+
+if [ -r $OUTPUT.annotated ]; then
+  rm $OUTPUT.annotated*
+fi
+
+