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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/FunAnn/annotate.pl Thu Jul 23 12:49:09 2020 +0000 @@ -0,0 +1,408 @@ +$fss=13468; + +unless (-e "CorGAT") + +{ + system("wget -i https://raw.githubusercontent.com/matteo14c/CorGAT_galaxy/dev/ann.txt"); + system("gzip -d GCF_009858895.2_ASM985889v3_genomic.fna.gz"); +} + + + + +$gen_code="genetic_code"; +die("need genetic code file in the current folder\n") unless -e "genetic_code"; +open(IN,$gen_code); +while(<IN>) +{ + ($triplet,$oneL)=(split()); + $code{$triplet}=$oneL; +} + +$genome="GCF_009858895.2_ASM985889v3_genomic.fna"; +die("need reference genome file in the current folder\n") unless -e "GCF_009858895.2_ASM985889v3_genomic.fna"; +open(IN,$genome); +while(<IN>) +{ + next if $_=~/^>/; + chomp; + $seq.=$_; +} +$table="annot_table.pl";#"simple_annot_mirror";#"annot_table.pl";#sl5 29728 29768 reg +die("need detailed annotation file for SARS-CoV-2 in the current folder") unless -e "annot_table.pl"; +open(IN,$table); + + +while(<IN>) +{ + chomp(); + ($gene,$b1,$b2,$e,$annot,$notes)=(split(/\t/)); + $annot{$b1}{$b2}=[$gene,$e,$annot,$notes]; + #print "$gene $b1 $b2 $e $annot $notes\n"; + $len=$b2-$b1+1; + if ($gene ne "nsp12" && $gene ne "orf1ab") + { + $seqgene=substr($seq,$b1-1,$len+3); #un codone inizio in più e un codone fine in più + }else{ + $len1=$fss-$b1+1; + $part1=substr($seq,$b1-1,$len1); + $len2=$b2-$fss+1; + $part2=substr($seq,$fss-1,$len2+3); + $seqgene="$part1$part2"; + + } + $annot_seq{$gene}=$seqgene; + $Lgenes{$gene}=length($seqgene); + ($NSTOP_G,$Tseq,$pos_Stop_R)=translate($seqgene,\%code); + @seq_res=split('',$Tseq); + for ($i=0;$i<=$#seq_res;$i++) + { + $pos=$i+1; + $res=$seq_res[$i]; + } +} +%AF_data=%{read_simple_table("af_data_new.csv")}; +%MFE_data=%{read_simple_table("MFE_annot.csv")}; +%epi_data=%{read_epitopes("epitopes_annot.csv")}; +%hyphy_data=%{read_hyphy("hyphy_novel.csv")}; + + + +$var_File=shift;#""cl7.csv";#"phenetic_indels_sars_cov2.csv"; +$out_File=shift; +open(OUT,">$out_File"); +die("no input\n") unless -e $var_File; +open(IN,$var_File); +$header=<IN>; +@header=(split(/\s+/,$header)); +print OUT "POS\tREF\tALT\tannot\tAF\tEpitopes\tHyphy\tMFE\n"; +while(<IN>) +{ + ($change,@pos)=(split()); + next unless $change=~/\|/; + ($pos,$allele)=(split(/_/,$change))[0,1]; + ($ref,$alt)=(split(/\|/,$allele))[0,1]; + $AF=$AF_data{"$pos$ref$alt"} ? $AF_data{"$pos$ref$alt"} : 0; + next if $alt=~/N/; + $annot_string=""; + $contained=0; + $epitope_string=""; + $hyphy_string=""; + $MFE_string= $MFE_data{"$pos$ref$alt"} ? $MFE_data{"$pos$ref$alt"} : "NA"; + #next if $ref eq"." || $alt eq "."; + foreach $b1 (sort{$a<=>$b} keys %annot) + { + foreach $b2 (sort{$a<=>$b} keys %{$annot{$b1}}) + { + if ($pos<=$b2 && $pos>=$b1) + { + $contained=1; + $type=$annot{$b1}{$b2}[1]; + $namegene=$annot{$b1}{$b2}[0]; + if ($type eq "cds") + { + #print "cds"; + @res=annot_CDS($pos,$ref,$alt,$namegene); + $annot_string.=$res[0]; + if ($namegene ne "orf1ab") + { + $hyphy_string.=$res[1]; + $epitope_string.=$res[2]; + } + }else{ + $rel_pos=$pos-$b1+1; + $annot_string.="$namegene:nc.$ref$rel_pos$alt,NA,NA;"; + $epitope_string="NA" if $epitope_string eq ""; + $hyphy_string="NA" if $hyphy_string eq ""; + } + } + } + } + $epitope_string=~s/\s+/;/g; + #$epitope_string="EpiT:$epitope_string" unless $epitope_string eq "NA"; + print OUT "$pos\t$ref\t$alt\t$annot_string\t$AF\t$epitope_string\t$hyphy_string\t$MFE_string\n" #if $contained==1; +} + +sub translate +{ + @orig_seq=split('',$_[0]); + %gen_code=%{$_[1]}; + $type=""; + $NSTOP=0; + $Tseq=""; + $pos_Stop=0; + for ($i=0;$i<=$#orig_seq;$i+=3) + { + $AA=join('',@orig_seq[$i..$i+2]); + $res=$gen_code{$AA}; + $pos_Stop=$i if $pos_Stop ==0 && $res eq "*"; + $NSTOP++ if $res eq "*"; + $Tseq.=$res; + } + #print "$seq\n"; + return($NSTOP,$Tseq,$pos_Stop); +} + +sub annot_CDS +{ + $pos=$_[0]; + $ref=$_[1]; + $alt=$_[2]; + $namegene=$_[3]; + my $hyphy_string="NA"; + my $epitopes_string="NA"; + #print "$pos $ref $alt $namegene\n"; + $pos_inG=$pos-$b1+1; + $pos_inG++ if $pos >$fss && ($annot{$b1}{$b2}[0] eq "nsp12" || $annot{$b1}{$b2}[0] eq "orf1ab"); + $mod=$pos_inG%3; + $rel_pos=int($pos_inG/3); + $rel_pos++ if $mod !=0; + + if (length($ref)==1 && $ref ne "."&& $alt ne ".") + { + + if ($mod ==1) + { + $triplet=substr($seq,$pos-1,3); + @Bs=split('',$triplet); + die("1\n $triplet b:$Bs[0] r:$ref") unless ($Bs[0] eq $ref); + $Bs[0]=$alt; + }elsif ($mod==2){ + $triplet=substr($seq,$pos-2,3); + @Bs=split('',$triplet); + die("2\n $triplet b:$Bs[1] r:$ref")unless ($Bs[1] eq $ref); + $Bs[1]=$alt; + }elsif ($mod==0){ + $triplet=substr($seq,$pos-3,3); + @Bs=split('',$triplet); + die("3\n $triplet b:$Bs[2] r:$ref")unless ($Bs[2] eq $ref); + $Bs[2]=$alt; + } + #print "$pos_inG $relpos $mod @Bs\n"; + $Atriplet=join("",@Bs); + $A1=$code{$triplet}; + $A2=$code{$Atriplet}; + $eff=$A1 eq $A2 ? 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