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changeset 2:2b30861d95f4 draft

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author mvdbeek
date Sun, 29 Mar 2015 11:58:31 -0400
parents 9274c7b1e85c
children 5c5d12cbf8ed
files signature.py signature.xml test-data/Overlap_probabilities.pdf test-data/ensembl.fa test-data/signature.pdf test-data/signature.tab test-data/signature_data_frame.tab test-data/sr_bowtie.bam test-data/sr_bowtie.output test-data/transposons.fasta tool_dependencies.xml
diffstat 11 files changed, 10240 insertions(+), 5155 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- a/signature.py	Mon Feb 16 12:08:18 2015 +0100
+++ b/signature.py	Sun Mar 29 11:58:31 2015 -0400
@@ -6,86 +6,117 @@
 # 			  <13: R code>
 # version 2.0.0
 
-import sys, subprocess, argparse
+import sys
+import subprocess
+import argparse
 from smRtools import *
-from collections import defaultdict # test whether it is required
+from collections import defaultdict  # test whether it is required
+
 
 def Parser():
-  the_parser = argparse.ArgumentParser()
-  the_parser.add_argument('--input', action="store", type=str, help="input alignment file")
-  the_parser.add_argument('--inputFormat', action="store", type=str, choices=["tabular", "bam", "sam"], help="format of alignment file (tabular/bam/sam)")
-  the_parser.add_argument('--minquery', type=int, help="Minimum readsize of query reads (nt) - must be an integer")
-  the_parser.add_argument('--maxquery', type=int, help="Maximum readsize of query reads (nt) - must be an integer")
-  the_parser.add_argument('--mintarget', type=int, help="Minimum readsize of target reads (nt) - must be an integer")
-  the_parser.add_argument('--maxtarget', type=int, help="Maximum readsize of target reads (nt) - must be an integer")
-  the_parser.add_argument('--minscope', type=int, help="Minimum overlap analyzed (nt) - must be an integer")
-  the_parser.add_argument('--maxscope', type=int, help="Maximum overlap analyzed (nt) - must be an integer")
-  the_parser.add_argument('--outputOverlapDataframe', action="store", type=str, help="Overlap dataframe")
-  the_parser.add_argument('--referenceGenome', action='store', help="path to the bowtie-indexed or fasta reference")
-  the_parser.add_argument('--extract_index', action='store_true', help="specify if the reference is an indexed Bowtie reference")
-  the_parser.add_argument('--graph', action='store', choices=["global", "lattice"], help="small RNA signature is computed either globally or by item (global-lattice)")
-  the_parser.add_argument('--rcode', type=str, help="R code to be passed to the python script")
-  args = the_parser.parse_args()
-  return args
+    the_parser = argparse.ArgumentParser()
+    the_parser.add_argument(
+        '--input', action="store", type=str, help="input alignment file")
+    the_parser.add_argument('--inputFormat', action="store", type=str, choices=[
+                            "tabular", "bam", "sam"], help="format of alignment file (tabular/bam/sam)")
+    the_parser.add_argument(
+        '--minquery', type=int, help="Minimum readsize of query reads (nt) - must be an integer")
+    the_parser.add_argument(
+        '--maxquery', type=int, help="Maximum readsize of query reads (nt) - must be an integer")
+    the_parser.add_argument(
+        '--mintarget', type=int, help="Minimum readsize of target reads (nt) - must be an integer")
+    the_parser.add_argument(
+        '--maxtarget', type=int, help="Maximum readsize of target reads (nt) - must be an integer")
+    the_parser.add_argument(
+        '--minscope', type=int, help="Minimum overlap analyzed (nt) - must be an integer")
+    the_parser.add_argument(
+        '--maxscope', type=int, help="Maximum overlap analyzed (nt) - must be an integer")
+    the_parser.add_argument(
+        '--outputOverlapDataframe', action="store", type=str, help="Overlap dataframe")
+    the_parser.add_argument('--referenceGenome', action='store',
+                            help="path to the bowtie-indexed or fasta reference")
+    the_parser.add_argument('--extract_index', action='store_true',
+                            help="specify if the reference is an indexed Bowtie reference")
+    the_parser.add_argument('--graph', action='store', choices=[
+                            "global", "lattice"], help="small RNA signature is computed either globally or by item (global-lattice)")
+    the_parser.add_argument(
+        '--rcode', type=str, help="R code to be passed to the python script")
+    args = the_parser.parse_args()
+    return args
 
 args = Parser()
 
 if args.extract_index:
-  GenomeFormat = "bowtieIndex"
+    GenomeFormat = "bowtieIndex"
 else:
-  GenomeFormat = "fastaSource"
+    GenomeFormat = "fastaSource"
 
 if args.inputFormat == "tabular":
-  Genome = HandleSmRNAwindows (args.input, args.inputFormat, args.referenceGenome, GenomeFormat)
+    Genome = HandleSmRNAwindows(
+        args.input, args.inputFormat, args.referenceGenome, GenomeFormat)
 elif args.inputFormat == "sam":
-  Genome = HandleSmRNAwindows (args.input, args.inputFormat, args.referenceGenome, GenomeFormat)
+    Genome = HandleSmRNAwindows(
+        args.input, args.inputFormat, args.referenceGenome, GenomeFormat)
 else:
-  Genome = HandleSmRNAwindows (args.input, args.inputFormat, args.referenceGenome, GenomeFormat)
+    Genome = HandleSmRNAwindows(
+        args.input, args.inputFormat, args.referenceGenome, GenomeFormat)
 
 # replace objDic by Genome.instanceDict or... objDic = Genome.instanceDict
 objDic = Genome.instanceDict
 
 args.maxscope += 1
 
-general_frequency_table = dict ([(i,0) for i in range(args.minscope, args.maxscope)])
-general_percent_table = dict ([(i,0) for i in range(args.minscope, args.maxscope)])
-OUT = open (args.outputOverlapDataframe, "w")
+general_frequency_table = dict(
+    [(i, 0) for i in range(args.minscope, args.maxscope)])
+general_percent_table = dict(
+    [(i, 0) for i in range(args.minscope, args.maxscope)])
+OUT = open(args.outputOverlapDataframe, "w")
 
 if args.graph == "global":
-  ###### for normalized summing of local_percent_table(s)
-  readcount_dic = {}
-  Total_read_in_objDic = 0
-  for item in objDic:
-    readcount_dic[item] = objDic[item].readcount(args.minquery, args.maxquery)
-    Total_read_in_objDic += readcount_dic[item]
-  ######
-  for x in (objDic):
-    local_frequency_table = objDic[x].signature( args.minquery, args.maxquery, args.mintarget, args.maxtarget, range(args.minscope, args.maxscope) )
-    local_percent_table = objDic[x].hannon_signature( args.minquery, args.maxquery, args.mintarget, args.maxtarget, range(args.minscope, args.maxscope) )
-    try:
-      for overlap in local_frequency_table.keys():
-        general_frequency_table[overlap] = general_frequency_table.get(overlap, 0) + local_frequency_table[overlap]
-    except:
-      pass
-    try:
-      for overlap in local_percent_table.keys():
-        general_percent_table[overlap] = general_percent_table.get(overlap, 0) + (1./Total_read_in_objDic*readcount_dic[x]*local_percent_table[overlap])
-    except:
-      pass
-  print >> OUT, "overlap\tnum of pairs\tprobability"
-  for classe in sorted(general_frequency_table):
-    print >> OUT, "%i\t%i\t%f" % (classe, general_frequency_table[classe], general_percent_table[classe])
+    # for normalized summing of local_percent_table(s)
+    readcount_dic = {}
+    Total_read_in_objDic = 0
+    for item in objDic:
+        readcount_dic[item] = objDic[item].readcount(
+            args.minquery, args.maxquery)
+        Total_read_in_objDic += readcount_dic[item]
+    ######
+    for x in (objDic):
+        local_frequency_table = objDic[x].signature(
+            args.minquery, args.maxquery, args.mintarget, args.maxtarget, range(args.minscope, args.maxscope))
+        local_percent_table = objDic[x].hannon_signature(
+            args.minquery, args.maxquery, args.mintarget, args.maxtarget, range(args.minscope, args.maxscope))
+        try:
+            for overlap in local_frequency_table.keys():
+                general_frequency_table[overlap] = general_frequency_table.get(
+                    overlap, 0) + local_frequency_table[overlap]
+        except:
+            pass
+        try:
+            for overlap in local_percent_table.keys():
+                general_percent_table[overlap] = general_percent_table.get(
+                    overlap, 0) + (1. / Total_read_in_objDic * readcount_dic[x] * local_percent_table[overlap])
+        except:
+            pass
+    print >> OUT, "overlap\tnum of pairs\tprobability"
+    for classe in sorted(general_frequency_table):
+        print >> OUT, "%i\t%i\t%f" % (
+            classe, general_frequency_table[classe], general_percent_table[classe])
 
 else:
-  print >> OUT, "overlap\tnum of pairs\tprobability\titem"
-  for x in (objDic):
-    local_frequency_table = objDic[x].signature( args.minquery, args.maxquery, args.mintarget, args.maxtarget, range(args.minscope, args.maxscope) )
-    local_percent_table = objDic[x].hannon_signature( args.minquery, args.maxquery, args.mintarget, args.maxtarget, range(args.minscope, args.maxscope) )
-    for classe in range(args.minscope, args.maxscope):
-      print >> OUT, "%i\t%i\t%f\t%s" % (classe, local_frequency_table[classe], local_percent_table[classe], x)
+    print >> OUT, "overlap\tnum of pairs\tprobability\titem"
+    for x in (objDic):
+        local_frequency_table = objDic[x].signature(
+            args.minquery, args.maxquery, args.mintarget, args.maxtarget, range(args.minscope, args.maxscope))
+        local_percent_table = objDic[x].hannon_signature(
+            args.minquery, args.maxquery, args.mintarget, args.maxtarget, range(args.minscope, args.maxscope))
+        for classe in range(args.minscope, args.maxscope):
+            print >> OUT, "%i\t%i\t%f\t%s" % (
+                classe, local_frequency_table[classe], local_percent_table[classe], x)
 
 OUT.close()
 
-## Run the R script that is defined in the xml using the Rscript binary provided with R.
-R_command="Rscript "+ args.rcode
+# Run the R script that is defined in the xml using the Rscript binary
+# provided with R.
+R_command = "Rscript " + args.rcode
 process = subprocess.Popen(R_command.split())
--- a/signature.xml	Mon Feb 16 12:08:18 2015 +0100
+++ b/signature.xml	Sun Mar 29 11:58:31 2015 -0400
@@ -1,13 +1,15 @@
 <tool id="signature" name="Small RNA Signatures" version="2.0.1">
-	<description></description>
-	<requirements>
-        	<requirement type="package" version="0.12.7">bowtie</requirement>
-        	<requirement type="package" version="0.1.18">samtools</requirement>
-        	<requirement type="package" version="0.7.7">pysam</requirement>
-        	<requirement type="package" version="2.14">biocbasics</requirement>
-        	<requirement type="package" version="3.0.3">R</requirement>
-	</requirements>
-	<command interpreter="python">
+    <description />
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="0.12.7">bowtie</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.1.18">samtools</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.7.7">pysam</requirement>
+        <requirement type="package" version="2.14">biocbasics</requirement>
+        <requirement type="package" version="3.0.3">R</requirement>
+        <requirement type="package" version="1.9">numpy</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.14">scipy</requirement>
+    </requirements>
+    <command interpreter="python">
            signature.py
            --input $refGenomeSource.input
            --inputFormat $refGenomeSource.input.ext
@@ -28,37 +30,67 @@
 	  --graph $graph_type 
           --rcode $sigplotter
        </command>
+    <inputs>
+        <conditional name="refGenomeSource">
+            <param help="Built-ins were indexed using default options" label="Will you select a reference genome from your history or use a built-in index?" name="genomeSource" type="select">
+                <option value="indexed">Use a built-in index</option>
+                <option value="history">Use one from the history</option>
+            </param>
+            <when value="indexed">
+                <param format="tabular,sam,bam" label="Compute signature from this bowtie standard output" name="input" type="data">
+                    <validator message="database not set for this bowtie output. Select the database(=genome used for matching) manually, or select a reference fasta from your history." metadata_column="0" metadata_name="dbkey" table_name="bowtie_indexes" type="dataset_metadata_in_data_table" />
+                </param>
+            </when>
+            <when value="history">
+                <param format="fasta" label="Select the fasta reference" name="ownFile" type="data" />
+                <param format="tabular,sam,bam" label="Compute signature from this bowtie standard output" name="input" type="data" />
+            </when>
+        </conditional>
+        <param help="'23' = 23 nucleotides" label="Min size of query small RNAs" name="minquery" size="3" type="integer" value="23" />
+        <param help="'29' = 29 nucleotides" label="Max size of query small RNAs" name="maxquery" size="3" type="integer" value="29" />
+        <param help="'23' = 23 nucleotides" label="Min size of target small RNAs" name="mintarget" size="3" type="integer" value="23" />
+        <param help="'29' = 29 nucleotides" label="Max size of target small RNAs" name="maxtarget" size="3" type="integer" value="29" />
+        <param help="'1' = 1 nucleotide overlap" label="Minimal relative overlap analyzed" name="minscope" size="3" type="integer" value="1" />
+        <param help="'1' = 1 nucleotide overlap" label="Maximal relative overlap analyzed" name="maxscope" size="3" type="integer" value="26" />
+        <param help="Signature can be computed globally or by item present in the alignment file" label="Graph type" name="graph_type" type="select">
+            <option selected="True" value="global">Global</option>
+            <option value="lattice">Lattice</option>
+        </param>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data format="tabular" label="signature data frame" name="output" />
+        <data format="pdf" label="Overlap probabilities" name="output2" />
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="genomeSource" value="history" />
+            <param ftype="fasta" name="ownFile" value="ensembl.fa" />
+            <param ftype="bam" name="input" value="sr_bowtie.bam" />
+            <param name="minquery" value="23" />
+            <param name="maxquery" value="29" />
+            <param name="mintarget" value="23" />
+            <param name="maxtarget" value="29" />
+            <param name="minscope" value="5" />
+            <param name="maxscope" value="15" />
+            <param name="graph_type" value="global" />
+            <output file="signature.tab" ftype="tabular" name="output" />
+            <output file="signature.pdf" ftype="pdf" name="output2" />
+        </test>
+    </tests>
+    <help>
 
-	<inputs>
-          <conditional name="refGenomeSource">
-             <param name="genomeSource" type="select" label="Will you select a reference genome from your history or use a built-in index?" help="Built-ins were indexed using default options">
-               <option value="indexed">Use a built-in index</option>
-               <option value="history">Use one from the history</option>
-             </param>
-	     <when value="indexed">
-  	        <param name="input" type="data" format="tabular,sam,bam" label="Compute signature from this bowtie standard output">
-		  <validator type="dataset_metadata_in_data_table" table_name="bowtie_indexes" metadata_name="dbkey" metadata_column="0" message="database not set for this bowtie output. Select the database(=genome used for matching) manually, or select a reference fasta from your history."/>
-	        </param>
-	     </when>
-             <when value="history">
-                <param name="ownFile" type="data" format="fasta"  label="Select the fasta reference" />
-  	        <param name="input" type="data" format="tabular,sam,bam" label="Compute signature from this bowtie standard output"/>
-             </when>
-          </conditional>  <!-- refGenomeSource -->
-		<param name="minquery" type="integer" size="3" value="23" label="Min size of query small RNAs" help="'23' = 23 nucleotides"/>
-		<param name="maxquery" type="integer" size="3" value="29" label="Max size of query small RNAs" help="'29' = 29 nucleotides"/>
-                <param name="mintarget" type="integer" size="3" value="23" label="Min size of target small RNAs" help="'23' = 23 nucleotides"/>
-                <param name="maxtarget" type="integer" size="3" value="29" label="Max size of target small RNAs" help="'29' = 29 nucleotides"/>
-                <param name="minscope" type="integer" size="3" value="1" label="Minimal relative overlap analyzed" help="'1' = 1 nucleotide overlap"/>
-                <param name="maxscope" type="integer" size="3" value="26" label="Maximal relative overlap analyzed" help="'1' = 1 nucleotide overlap"/>
-		<param name="graph_type" type="select" label="Graph type" help="Signature can be computed globally or by item present in the alignment file">
-		  <option value="global" selected="True">Global</option>
-                  <option value="lattice">Lattice</option>
-		</param>
-	</inputs>
+**What it does**
+
+This tool computes the number of pairs by overlap classes (in nt) from a bowtie output file, the z-score calculated from these numbers of pairs, and the ping-pong signal as described in Brennecke et al (2009) Science.   
+The numerical options set the min and max size of both the query small rna class and the target small rna class.   
+Three type of signals are plotted in separate pdf files, the number of pairs founds, the z-score calculated from these numbers of pairs, and the ping-pong signal as described in Brennecke et al (2009) Science.   
 
-  <configfiles>
-    <configfile name="sigplotter">
+        </help>
+    <citations>
+            <citation type="doi">10.1007/978-1-4939-0931-5_12</citation>
+    </citations>
+    <configfiles>
+        <configfile name="sigplotter">
       graph_type = "${graph_type}"
 
       globalgraph = function () {
@@ -112,40 +144,5 @@
         treillisgraph()
       }
     </configfile>
-  </configfiles>
-
-        <outputs>
-                <data name="output" format="tabular" label = "signature data frame"/>
-                <data name="output2" format="pdf" label="Overlap probabilities"/>
-        </outputs>
-
-        <help>
-
-**What it does**
-
-This tool computes the number of pairs by overlap classes (in nt) from a bowtie output file, the z-score calculated from these numbers of pairs, and the ping-pong signal as described in Brennecke et al (2009) Science.
-The numerical options set the min and max size of both the query small rna class and the target small rna class
-Three type of signals are plotted in separate pdf files, the number of pairs founds, the z-score calculated from these numbers of pairs, and the ping-pong signal as described in Brennecke et al (2009) Science.
-
-        </help>
-
-<tests>
-  <test>
-      <param name="genomeSource" value="history" />
-      <param name="ownFile" value ="ensembl.fa" ftype="fasta" />
-      <param name="input" value="sr_bowtie.bam" ftype="bam" />
-      <param name="minquery" value="23" />
-      <param name="maxquery" value="29" />
-      <param name="mintarget" value="23" />
-      <param name="maxtarget" value="29" />
-      <param name="minscope" value="5" />
-      <param name="maxscope" value="15" />
-      <param name="graph_type" value="global" />
-      <output name="output" ftype="tabular" file="signature.tab"/>
-      <output name="output2" ftype="pdf" file="signature.pdf"/>
-  </test>
-</tests>
-
-
+    </configfiles>
 </tool>
-
Binary file test-data/Overlap_probabilities.pdf has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ensembl.fa	Sun Mar 29 11:58:31 2015 -0400
@@ -0,0 +1,10060 @@
+>FBgn0026065_Idefix
+GTGACATATCCATAAGTCCCTAAGACTTAAGCATATGCCTACATACTAATACACTTACAA
+CACATACACCCCAATACAACATACACTACTCCGGATGTACCCAACAGATACCAGATAAGA
+ATAAGATTGTTATATGATCCTCGAGAATGGAAAAAACCCCAATTCTAGATAAGTCACCCA
+CTGGTAGACTAAACATCCGTCCCCTAATTTAAACAATTCCTTGCTTAAGCCTCACCCCAT
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         It's clunky but this is the most convenient way iuc could get anything installed into the package_r3
         Note we use cran at fred hutch since no fastest mirror thingy