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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/.shed.yml	Tue Sep 13 09:40:14 2016 -0400
@@ -0,0 +1,14 @@
+categories:
+- Sequence Analysis
+- Next Gen Mappers
+description: Fast and accurate alignment of BS-seq reads.
+long_description: |
+    A fast and accurate aligner of BS-seq data.
+
+    - Supports single-end and paired-end alignments
+    - Supports gapped alignments
+    - Faster and more sensitive than many other tools
+name: bwameth
+owner: dpryan79
+remote_repository_url: https://github.com/dpryan79/tools-iuc/tools/bwameth
+type: unrestricted

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+++ b/bwameth.xml	Tue Sep 13 09:40:14 2016 -0400
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+<tool id="bwameth" name="bwameth" version="0.20">
+  <description>Fast and accurate aligner of BS-Seq reads.</description>
+  <requirements>
+    <requirement type="package" version="0.20">bwameth</requirements>
+  </requirements>
+  <stdio>
+    <exit_code range="1:" />
+    <exit_code range=":-1" />
+    <regex match="Error:" />
+    <regex match="Exception:" />
+    <regex match="Exception :" />
+  </stdio>
+  <version_command>echo "0.20"</version_command>
+  <command>
+<![CDATA[
+
+    #if $referenceSource.source == "history":
+        mkdir index_dir &&
+        ln -s index_dir/genome.fa $referenceSource.reference &&
+        bwameth.py index index_dir/genome.fa
+        #set $index_path = './index_dir/genome.fa'
+    #else
+        #set $index_path = './referenceSource.index.fields.path
+    #end if
+
+    &&
+
+    #if $single_or_paired.single_or_paired_opts == 'single':
+        #set $files = $single_or_paired.input_singles
+    #else:
+        #set $files = " ".join([$single_or_paired.input_mate1, $single_or_paired.input_mate2])
+    #end if
+
+    bwameth.py
+        --threads "${GALAXY_SLOTS:-4}"
+        --reference "${index_path}"
+        #if str($readGroup).strip() != "":
+            --read-group "${readGroup}"
+        #end if
+        $files
+        | samtools view -Su - - | samtools sort -@ "${GALAXY_SLOTS:-4}" -o output.bam -
+]]>
+  </command>
+  <inputs>
+    <conditional name="referenceSource">
+      <param name="source" type="select" label="Select a genome reference from your history or a built-in index?">
+        <option value="history" selected=True>Use one from the history</option>
+        <option value="indexed">Use a built-in index</option>
+      </param>
+      <when value="history">
+        <param name="reference" type="data" format="fasta" metadata_name="dbkey" label="Select a genome" help="in FASTA format" />
+      </when>
+      <when value="indexed">
+        <param name="index" type="select" label="Select a reference genome" help="If your genome of interest is not listed, contact your Galaxy admin">
+          <options from_data_table="bwameth_indexes">
+            <filter type="sort_by" column="2"/>
+              <validator type="no_options" message="No indexes are available for the selected input dataset"/>
+          </options>
+        </param>
+      </when>
+    </conditional>
+
+    <conditional name="single_or_paired">
+      <param name="single_or_paired_opts" type="select" label="Is this library mate-paired?">
+        <option value="single">Single-end</option>
+        <option value="paired">Paired-end</option>
+      </param>
+      <when value="single">
+        <param name="input_singles" type="data" format="fastq" label="FASTQ" help="FASTQ file." />
+      </when>
+      <when value="paired">
+        <param name="input_mate1" type="data" format="fastq" label="First read in pair" help="FASTQ file." />
+        <param name="input_mate2" type="data" format="fastq" label="Second read in pair" help="FASTQ file." />
+      </when>
+    </conditional>
+    <param name="readGroup" type="text" value="" label="Read group" help="If desired, you can manually add read group information to the resulting BAM file. To do so, you MUST manually specify the entire string, such as '@RG\tID:foo\tSM:bar'" />
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data name="output" format="bam" from_work_dir="output.bam" label="${tool.name} on ${on_string}" />
+  </outputs>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="referenceSource" value="history" />
+      <param name="reference" value="ref.fa" />
+      <param name="single_or_paired_opts" value="paired" />
+      <param name="input_mate1" value="t_R1.fastq.gz" />
+      <param name="input_mate2" value="t_R2.fastq.gz" />
+      <output file="alignments.bam" ftype="bam" name="output" />
+    </test>
+  </tests>
+  <help>
+<![CDATA[
+
+**What it does**
+
+BWA-meth performs alignment of reads in a bisulfite-sequencing experiment (e.g., RRBS or WGBS) to a genome. The methodology employed for this is similar to bismark, where both the reads and the reference genome are *in silico* converted prior to alignment. Methylation extraction on the resulting BAM file can be done with the PileOMeth tool.
+]]>
+  </help>
+</tool>

--- a/bwameth/.shed.yml	Tue Sep 13 09:38:47 2016 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,14 +0,0 @@
-categories:
-- Sequence Analysis
-- Next Gen Mappers
-description: Fast and accurate alignment of BS-seq reads.
-long_description: |
-    A fast and accurate aligner of BS-seq data.
-
-    - Supports single-end and paired-end alignments
-    - Supports gapped alignments
-    - Faster and more sensitive than many other tools
-name: bwameth
-owner: dpryan79
-remote_repository_url: https://github.com/dpryan79/tools-iuc/tools/bwameth
-type: unrestricted

--- a/bwameth/bwameth.xml	Tue Sep 13 09:38:47 2016 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,99 +0,0 @@
-<tool id="bwameth" name="bwameth" version="0.20">
-  <description>Fast and accurate aligner of BS-Seq reads.</description>
-  <requirements>
-    <requirement type="package" version="0.20">bwameth</requirements>
-  </requirements>
-  <stdio>
-    <exit_code range="1:" />
-    <exit_code range=":-1" />
-    <regex match="Error:" />
-    <regex match="Exception:" />
-    <regex match="Exception :" />
-  </stdio>
-  <version_command>echo "0.20"</version_command>
-  <command>
-<![CDATA[
-
-    #if $referenceSource.source == "history":
-        mkdir index_dir &&
-        ln -s index_dir/genome.fa $referenceSource.reference &&
-        bwameth.py index index_dir/genome.fa
-        #set $index_path = './index_dir/genome.fa'
-    #else
-        #set $index_path = './referenceSource.index.fields.path
-    #end if
-
-    &&
-
-    #if $single_or_paired.single_or_paired_opts == 'single':
-        #set $files = $single_or_paired.input_singles
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-    #end if
-
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-        #if str($readGroup).strip() != "":
-            --read-group "${readGroup}"
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-        | samtools view -Su - - | samtools sort -@ "${GALAXY_SLOTS:-4}" -o output.bam -
-]]>
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-    <param name="readGroup" type="text" value="" label="Read group" help="If desired, you can manually add read group information to the resulting BAM file. To do so, you MUST manually specify the entire string, such as '@RG\tID:foo\tSM:bar'" />
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-**What it does**
-
-BWA-meth performs alignment of reads in a bisulfite-sequencing experiment (e.g., RRBS or WGBS) to a genome. The methodology employed for this is similar to bismark, where both the reads and the reference genome are *in silico* converted prior to alignment. Methylation extraction on the resulting BAM file can be done with the PileOMeth tool.
-]]>
-  </help>
-</tool>

Binary file bwameth/test-data/output.bam has changed

--- a/bwameth/test-data/ref.fa	Tue Sep 13 09:38:47 2016 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,15001 +0,0 @@
->chrREF
-AGGTCCTACTtgtgtatttcacatttttcacgtttttcactgtttctcgccatattccaa
-gtcttacagtgtgtgtttcttattttgtaggttttttcagtgtttgtggccatattctag
-gtcttaacaggggagtttttaattttactcactggtcagttttcttgccataatcctggt
-cctaccataggtgtgtctcattttcacattttttcagtttactcgctatagcccaggtcc
-tacttgtgtatttcacctttttcaattatttttttaattatttctcgctatattctaggt
-cctatagtgcgtgtttctcattttccacattttttttttcagttttctcgaaatattaca
-ggttctacagtatgcatttcacattttccacgtttctgaatgtttctcgccatattccag
-gtcaaacagtgtttgtgtctcagtttccatgattttcagttttcttgccatactccaagt
-cctacagtgtgcatttctcttttttcacgtttttcagtgtttctcgccatattccagttc
-atacagtgtttgtgtctcattttccacgtttttcagttttgtcgccactacccaggtcct
-acttgtgtatttcacatttttcacgtttttcactgtttttcgccatattccaagtcttac
-agtgtgtgtttcttattttgtaggttttttcagtgtttgtggccatattctaggtcttca
-caggggaatgtttaattttactcactggtcagttttcttgccataattctggtcctacca
-tgtgtgtgtctcattttccacttttttcagtttacttgccatagcccaagtcctacttgt
-gtatttcacctttttcacgttttttaattggttctcgccatattctaggtcctgcagtgt
-atgtttctcattttccatgattttcaattttattgccaaactccaagtcctacagtgtgc
-atttctcattttccacattttttagtgtttctcgccatagtccaggtcctacattactca
-tttctcatttttcacgtttttcagtgtttctcaccatattccaggtcaaattgtatttgt
-gtttcattttccacgtttttcagtgtttctcgccatattccagttcatgcagtgtttgtg
-tctcattttccacgtttttcagttttgtcgccaatacccaggtcctacttgtgtacttca
-catttttcatgttttttgattgtttctcgccatattctaggtcctacagtgtgtgtttct
-cattttccatgactttcagttttctcgccttactccagttcctacaatgtgcatttctca
-ttttccacgtttttgagtgtttctcacaataatgcaggtcaaacagtgtttgtgtttcat
-tttccacctttttcagttttctcgcaatattccttgtccaacagtttgcatttcttattt
-ttcacgttttcagtctatctcgccatattccaggtcatagagtgttttagtctcattttg
-catgattttcagttttctagacatactccaagtcctacagtgtgtatttctcatttttca
-cgtttttcactctttctcaccgtattccaggtccgacagtgtttgtttctcatttttcac
-gtttttcagtgtttctcaatattccaggttctacttgtgagtttctcgttttcctcgttt
-gttagttttctcaccatattcctggtcctacagtgtgtgcgtcttattttccacgatttt
-cagttttctcgccataatccaggtctaacagtgtgcatttctcgtttttcacgtttttcg
-ctgtttctcgacatattctaggtcctacagtgcgtgtttctcattttccacattttttca
-gttttctcgccatattctaggttctacagtatgcatttaacattttccacctttctgagt
-gtttctcgccatattccaagtgaaacagtgtttgtgtctccttttccatgattttcagtt
-ttctcgccatactccaagttctacagtgtgcatttctcttttatcaattttttcagtgtt
-ttctcgccatattccaggtcatacagtgtttgtgtctcattttccacctttttcagtttt
-cttgtcatattcctgatcctacagtgtccatttctcattttcaacattttggagtgtttc
-ttgccatattccaggtaatacagtgtttgtgtttcattttccacgttttcagtgtttctc
-gccatattccagttcCTACCATGTGAGTTTCTCGttttccactttttttttttcagtttt
-ctggccataatcaaggtcctacagtgtgtatttctcatttttcacgtttttcattttttc
-tcacagtattccagttcatacagtgtttgtttctcatttttcacgtttttcagtgtttct
-cacagtattccagttcatacagtgtttgtgtctcattttccacgtttttcagttttgtcg
-ccactacccaggtcctacttgtgtatttcacatttttcacgtttttcactgtttctcgcc
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-tattccaggtcctacattgtgtgtttctcattttccatgattttcagttttctcgtcata
-ctccagttcCTACAGTGTGtgtgaggagccgcccttgcagtcaccattacaagatggcgc
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-tgcagaaggatctgagtgtgtcctgtgttttcgtcctcgttggcgagactccttatcaca
-GACCACAtctggtgccgaaacccgggacttcaacaacaccagcactaaggagacccccct
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-acctgttgttccttttaactttggttttaatctgaaagcaccgtgggacgggtcagtaga
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-GACTTCTGCTTTTTCAgagcagagtgtggtttactttcacttctgcttttcgtgccttaa
-gtcggatgtacataagccgcaggcacgatggggtcttcagaatcggttgtaaacacacta
-caagctgttcttaagcagagagacctcaagattgccacatgcaccctaaaaaattttgtc
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-gagattgatagctcagattctgatgagttagattctggcgaataggcagaattagaagag
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-aaaataagagggggggcataaagcagttgcccaagccctcagcacccccaccatatcaaa
-caagttgtggtgctagttcctttctgcctcaggaggaattaaaaaagattcagattgctt
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-aaattaaagaacttgctgaatctgtatgtaattatggagtcaatgccaacttcaccttgg
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-ggcgagaatgcctgaagcagcaggaaggattttttggagatcctgaacaggccatgcctc
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-CCCTTTCCTATTAAATAGTATACATGAAATGTAACTGTTGTGAAACTGATTAGAGAAATA
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-tccacctctgttagtttggtttttcgagacagggtttctttgtgtagccctggctgtact
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-ATGCACATGAACATAGCTCAGGTCCTCTAAGATGTCTCTTTATGCACATGAACATAGCTC
-AGGTCCTCTAAGATGTCTCTTTATGCACATGAACATAGCTCAGGTCCTCTAAGATGTCTC
-TTTATGCACATGAACATAGCTCAGGTCCTCTAAGATGTCTCTTTATGCACATGAACATAG
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-TGTCTCTTTATGCACATGAACATAGCTCAAAATGGAAACGGCCAAGTCAGAACCATCTCT
-GGTTCTAAGCATTTTTGGTGAAGCTCAGTTGCTCTTCACTGCCCTTCAGTAGATGTTTGC
-TTCTGTCCAGGCTTTCATGTATGTTGACCTAGGTACACGTATGGACTGGGAGGAGCGGTG
-AGTATCACTCCAGAATTTTCCAGGGTGTTTTTTTTTTTTTTTGAGGATTAttgtttttgt
-tttgttttgttttgtttctgtttttgagactgtgtctcactatgtagccctggttaccct
-ggaactagttatgtaaaccaggctggtgacaaactcttagagatattcctgactctgtct
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-tctctctctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtAAGTGTCTAGAATagacatcatg
-tggttgctgggatttgaactcaggacctccggaagagcagttggcgctcttaagaactga
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-tctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttcCATCTA
-TAGATGACTTCTGGGAACGGACCTTGTCCCTTGCTGCCGCTCACTGAAATTGTTTCTTTC
-TCCCACTTTCCGCTTCTAATCAGGTTGCCATGAACACCTTTGACACACACGACTCCATAC
-ACTTGTGTATCCTTGTGTTTCCCAAGAGCAGTGGCATGTCAGTGAACCACATTTGGCATC
-ACTGGCCCTCTGGGAATACTCTCCCCAGCCTTTACCCAGCCTAACATGAGCAATGCGTCT
-CTCATTGTCACAGGAGAGGAAACAGTCCTCCAGTATGGCTTCTTCCTCTGCTGATTTCCT
-CACTATGTTCTTTGCTTTGAGGTGACAAGCCAAGGGCTCAGAGCATGCTGCCTCCTCTCC
-TGGGGGTGGGCCTGGAGGAATTCTCTCAGCCCACAGTCATGGGTGCCTTAGGTCACTTTC
-CCAGGGAGGCTACCAGGAAGTGGTGCTCCACATGCACTTGGTGACGTGCCACGCATGACC
-ACAGGGCGGTGTGGATGACCTTCTGTAGCCTCGGGGGCTTGGAAGCATCAGCTAGGGGAG
-AAATGGAAAGTTTCAGCCTTTTCTGTACACCTATGGGGAAGTAGAAATGTTCCCTTACCC
-CAGCAGCTCAGACCTCAACCATTACCGTTGACAGCTCTGTCTCCTATGGATAAGGCTACT
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-AAGTGAGTTAGTAGTTTTGtttgtttgtttttaagacagtgtttctctgtgtaaccctgg
-tggtcctagaacttgctctgtagaccaggctggccctcaaactcacagagacctgcctgc
-ctctgcctccaaaggactagaactaaaggcgtgtgccaccactgcccagctGACTCAACA
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-ttcaagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactctgtagaccagg
-ctgacctcgaactcagaaatccgcctgcctctgcctcccaagtgctgggattaaaggcat
-gcaccaccacacccggctAATATGTACATTTTATGTGGTATTTGGAACATAACTATACAA
-CTAAATGtatttgttcatttgtttatttgtttgtttgtttaAGTTCCAGCAGGAAAGGTG
-GTACAGGGGGATAGGGAAGGCTGGCCCCGCCCTCTGAAATAGAAAAGATTGTAGCCTTCC
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-cacaatggtctggaattccagtatcaggggacctgacactctcacacggacataagtgca
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-agtacccataaaacaatggggttaaaccttcagggctgcatgagaggattgtggctgcct
-gGCTGGTCCAGCTCAGACCCTTCCCAATTCCCCGATGGTACTGTCACCCGCAACCCGCTG
-ACTTCTCCACCCCTGTCTCCTCCAGGACCTCAGAGGCTGCAGCACCCTGCTCCCCTATTC
-CCAATGAGCCAGTGGCAGCCACTCCCGCCAACGGCTCAGCAGGAGGGTGTCAACCTCGGC
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-TCCGCTTCGGCCAGAAGCACGAGCTCAAGTTCGCTTTCCCCAATGGCCGAAACGACTTCC
-ACTACCCGTCGTACTTTGCACGAAGCCTGGTGCAGGACTACCGGCCTGGGGCGTGCTTCA
-ACATCATCTGCAACCACATGCGCTTCCACTATGAGGAAGTGCGCGGGCTGGTGCGGCCGG
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-ACTTTGGATCCGTGGTGCCGCTCACCTGGAAGCTGTCGAGCCGCGACAAGCTGGCCGAGT
-TCCTGCAGGACCCCGATCGCTACTACGACCCGAGCAGCTACAACGCGCACTACCTCCGCA
-ACCTGCTCTTCTTCGATCTGGGCTATGATAGTAGCCTGGACCCGGCCAGCCCGCGCGTGC
-AGGAGCACATCCTGGAGGTGGAGCGCCGCTTCCACTTGGTGCTACTGCAGGAGTACTTCG
-ACGAATCCCTGGTGCTGCTCCGAGAGCTGCTGTGCTGGGACCTGGAGGACGTGCTGTATT
-TCAAGCTCAATGCGCGGCGCGACTCGCCGGTTCCGCGGCTCTCTGGCGAGCTGTACCGCC
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-CCGAAATCCAGTACCTGTCTGACCTCGGTGCCAATCTCTGGGTCACCAAGCTCTGGAAGT
-TCCTTAGGGACTTTCTAAGGTGGTGATGTATCCTGCCCACCTCCTGTTTGGCTTCCTGAT
-GCAGCAAGGCCGGGCAGGGAGCCTCTGGCACCTAGCCTTCCCTAGCCACACCTAGTGCCA
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-CGGAGAGGTATTTAACTAATTATGCCATTTTTTTTTTATTAAATCCCCTTTATTTCCAGC
-CTCCTCTTACAAGGGGAGACGCAGAAGTAAAGAAATTTTATGTGTGTGTGtgtttttttt
-ttgtttgttttttgttttttgttttttttttttgtttttttttttttgttGTTGTTAATC
-GGTCTCACTGTGGTGATTGGAGGGTGTCTGGGATGGGACCTTTGGAAGGGCGTCTATAGA
-CTGGAGTGCAGCAGAGGGCAGGGGCCTGGTGTGTTTGTTACTTGCTGAAGTCGTGTGTGG
-CTCAGAGACTTCCACAAGCTGCCAAAACATGGAAGATCATATGTGAGGCTGAGTGCTGGT
-TGTGTTCCTCCTTCTTGGATGAGTGCTATGAGAATAGGATTTCAGCACAAAGGTTTAGTG
-GAATAGGGATTTTAATGACCTCATGTGACCAAATCAGGGAGGGAGCCGTTTTACTGCTCA
-GGCTATAAAGAACTGATGGAGCTGTTTGGCAGCTGTGGCGACCAGGTTAGAGCAGAGATT
-AGAAACAAATGTGTGTGTGAAGTGTGCATGTGTACACATGACCGGGAGGCTGGGAGCAGC
-ATTCCATGGGGTGCGGAGCTGCAGGCCCTGGATCGCACAAGTTCTCAAGTGACTacagta
-actcttggaggcagacacaattagtgtccctttctagatgtggtatctgaCTCCTAAGGG
-ACTTGCTGGGGGAGGGACATGCTGGGGGAGGATCACATCAAATTCAGGACCATGAGCTAA

Binary file bwameth/test-data/t_R1.fastq.gz has changed

Binary file bwameth/test-data/t_R2.fastq.gz has changed

--- a/bwameth/tool-data/bwameth_indexes.loc.sample	Tue Sep 13 09:38:47 2016 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,10 +0,0 @@
-# This is a sample file distributed with Galaxy that is used to define a
-# list of bwa-meth indices, using three columns tab separated:
-#
-# bwameth_index_id\tSome description text\t/path/to/genome.fasta
-#
-# An index can be created with the following command:
-#
-# bwameth.py index /some/path/genome.fa
-#
-# "/some/path/genome.fa" would then be the last column in the line

--- a/bwameth/tool_data_table_conf.xml.sample	Tue Sep 13 09:38:47 2016 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,6 +0,0 @@
-<tables>
-    <table name="bwameth_indexes" comment_char="#">
-        <columns>value, name, path</columns>
-        <file path="tool-data/bwameth_indexes.loc" />
-    </table>
-</tables>

--- a/bwameth/tool_dependencies.xml	Tue Sep 13 09:38:47 2016 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,6 +0,0 @@
-<?xml version="1.0"?>
-<tool_dependency>
-    <package name="bwameth" version="0.20">
-       <repository changeset_revision="831f8397a424" name="package_python_2_7_bwameth_0_20" owner="dpryan79" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
-    </package>
-</tool_dependency>

Binary file test-data/output.bam has changed

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ref.fa	Tue Sep 13 09:40:14 2016 -0400
@@ -0,0 +1,15001 @@
+>chrREF
+AGGTCCTACTtgtgtatttcacatttttcacgtttttcactgtttctcgccatattccaa
+gtcttacagtgtgtgtttcttattttgtaggttttttcagtgtttgtggccatattctag
+gtcttaacaggggagtttttaattttactcactggtcagttttcttgccataatcctggt
+cctaccataggtgtgtctcattttcacattttttcagtttactcgctatagcccaggtcc
+tacttgtgtatttcacctttttcaattatttttttaattatttctcgctatattctaggt
+cctatagtgcgtgtttctcattttccacattttttttttcagttttctcgaaatattaca
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+gtcaaacagtgtttgtgtctcagtttccatgattttcagttttcttgccatactccaagt
+cctacagtgtgcatttctcttttttcacgtttttcagtgtttctcgccatattccagttc
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+gtatttcacctttttcacgttttttaattggttctcgccatattctaggtcctgcagtgt
+atgtttctcattttccatgattttcaattttattgccaaactccaagtcctacagtgtgc
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+catttttcatgttttttgattgtttctcgccatattctaggtcctacagtgtgtgtttct
+cattttccatgactttcagttttctcgccttactccagttcctacaatgtgcatttctca
+ttttccacgtttttgagtgtttctcacaataatgcaggtcaaacagtgtttgtgtttcat
+tttccacctttttcagttttctcgcaatattccttgtccaacagtttgcatttcttattt
+ttcacgttttcagtctatctcgccatattccaggtcatagagtgttttagtctcattttg
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+cgccatattctccgtcctaaagtgtgcatttttcacttttcacgtttttgagtgtatctt
+gccatattccaggttaaacagtgtttgtatcccattttccactttttcgggtttcttgcc
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+ctccagttcCTACAGTGTGtgtgaggagccgcccttgcagtcaccattacaagatggcgc
+tgacatccggtgttctaactggtaaacaagtagtctgcgcatgtgctggggtatttttcc
+attccttgtgccctgtctatcccgtggcgtcatctgggctgatggtgagcagccagtcag
+ggcgaggcacgtctccaaccgctcttcgtgggctataaaagggacaagtttcctgtgttc
+tgggtctcctcctccccagaagctgattcatctatctctcgagatgcattaaagctttgc
+tgcagaaggatctgagtgtgtcctgtgttttcgtcctcgttggcgagactccttatcaca
+GACCACAtctggtgccgaaacccgggacttcaacaacaccagcactaaggagacccccct
+ggagatagggcagattcagaactgcagtggataagctcggagagtcatgtctgatcttga
+acctgttgttccttttaactttggttttaatctgaaagcaccgtgggacgggtcagtaga
+agctttggtttttgtaactctggtgcttatcttctttctcctggtgtcttatcgtgttca
+tcgtggttggtgttaattttgaggtgcggtcagtccgacgtagataagcggtggcaccgt
+cattctcggtcagtctctcgtacgtaagggagtggagcgtggcattttgctttcacttta
+cttTCACTTCTGCTCCAGGAGCGGACTTCTGCTTTAGAGGCAGCCTTCTGCTTTAAAAGT
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+Gaagtggaaatctcagagccaggtgtgacatatttccttccctacgagctatgtgccaag
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+AGTACAGATGTACAGTTTTGCTCTAATGAATACATTCATTCTTTACAGTGTATAACAAGG
+CAGCTTTTTTAACATCTGGTCCTCAGAATCCTTGTCTGTGTAATGAACATAAAAGGTCTA
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+AAGGGTAAGAGTGAGAGGACAGCCTCTGTGGACAGACTGGTGACAGTCCCAGGCTTTACA
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+ACAGGAAACAGCTAGACCTGAGATTGCTGTGCTGGCTAAGCTTGAGTTTCAGGTTAAGAG
+CAGGAATCTAGGAGTTTCAAGCTAGGAGATTCCCTCCAAGGCCCCGGGACACCATCTCCA
+GCCAAGCCCCAAACCTGCAAAATGGGTCTAGGCATGTGACCCTATTATTTGCTCAGGTAG
+GCTGCCCAGCATGGCATAAACTCTTTGATGATGAAGGACTTCATGTTCAGAGAAGCCGGG
+CTTCCTCTGGATGCCTCCGTCTATTAGCTATCACCCTGGGGGTCCTGTATTAGCCAATAA
+AAGTCTGTGTCTGGTACATATTAGCATCTTTAGGTCTGAGCTACTTGTAGGTGTGTGTTT
+GGCCTGTGACTTTGTTGTTCCATGCTCTGCCTCTGTGGGCCTTAGTTTCTTTTTTATATG
+ATGGGCCTGAGATGGGTAGTTGACCCAGAGAGCATCCAGAAAGTCTGAATAAGCTGTGCA
+CATAGGTGTGTGTACCAGTTCACCTCTTTCCAGTTTCCCTCACGGTCTTTGTCTTCAAGC
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+TGAGCTACCTGGATGTTGGGGTCTAAAGAGGGGAGCGGGTCACCCAGGGCTGTCCAGCCA
+GGGGACAGCAAGAAGACCATGGCACCTGGGCATTCCATTCATTATCCCTAGGGAGGGAGC
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+AAAAGGGCAGACAGTCACGGCCCAAGGTGAGTGTGCCCCCTGTGTCCAGCAGGGAGAGCA
+GAGGGTCTGTGTGGTGCTAGCACTCTCAGCCAGCAGTACCAACCTGGGCAAGTTTCACAG
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+cttcccctgtgctgtgtgaccttgagaatattgttgccttctctgagatttggtttccct
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+GTGCACACAACAGAGTGGGGCCAGCCTGGGACCATGGGAGGGACAGAGTAATGATCAGTA
+GAGCAAATGTCTGCCCTGTGCAAGCCCTGAGTCTGTGTTCCATCTAAACATTGAGCATCC
+CATAATGACAGACTATTGGTATTGTTTTTAGAGGAGAAATTAGAAGAAGACAGTCTTGCT
+TAGGGCATACAGCAAGCTGGAGTGTGAGTGAATGGGTGTATGTATGTGTGTTTTGGCACT
+TAAAATTATATTTAATTAGTTATTATGGGGAAGAggtgagagtgtggaggtcagagcaca
+acttcctggacctggggatcaaacttaggttatcagttttggtagcaagcgccttttctt
+taccagcagagccgtcttgccTTCATACTTAGTTCCTTGAAACAGGTCTCTCTGTCCACA
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+tacctggcttcagatctgggctttaagatcagaatcctgcctgtaggtactggctctCTC
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+TATGACGTCTGTGTTTGGCTCACTCATGGCAGGGCACGGGAAGTTTATTTGTCCCTTTAA
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+caccatcatcaccaccaccatcatcaccaccaccaccaccCTCCTTAAtgctggggacag
+aacccaggggccgatgcacactaaacagactttaccacaattaccttcTTGGGGCCTTTG
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+TAAGACTGTCACCCAGGTGGTAGCTGCCTGATTAAAGGTCTGATCTACTCTCTTCCCCCA
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+TCTGGGGTGAATTACCTGCAGCTGGGTCAAAAGTGTGTGGGGGTATACCTCTCCTGTGAG
+GCAGGACTGGGCCCGTGATCAACAATGATGACAATGGCTAATTGTCACTGCTATTAATAA
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+tggctcaaaatcctgccctgcccttatttgctgagtgacattgagcaaaccttgccaccc
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+gagcttggtggccataagcctttaatcccagcacagaggcaggtggatctcaatgagttg
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+tccacctctgttagtttggtttttcgagacagggtttctttgtgtagccctggctgtact
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+CTCTTTATGCACATGAACATAGCTCAGGTCCTCTAAGATGTCTCTTTATGCACATGAACA
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+TGTCTCTTTATGCACATGAACATAGCTCAAAATGGAAACGGCCAAGTCAGAACCATCTCT
+GGTTCTAAGCATTTTTGGTGAAGCTCAGTTGCTCTTCACTGCCCTTCAGTAGATGTTTGC
+TTCTGTCCAGGCTTTCATGTATGTTGACCTAGGTACACGTATGGACTGGGAGGAGCGGTG
+AGTATCACTCCAGAATTTTCCAGGGTGTTTTTTTTTTTTTTTGAGGATTAttgtttttgt
+tttgttttgttttgtttctgtttttgagactgtgtctcactatgtagccctggttaccct
+ggaactagttatgtaaaccaggctggtgacaaactcttagagatattcctgactctgtct
+cccaagtgttgggattaaaggtgtatatcgttttgcctggttGAAATGTATTTATTCTAA
+TGTGTGTTTGCatctctgtctctgtctctgtctctgtctctctctctctctctctctctc
+tctctctctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtAAGTGTCTAGAATagacatcatg
+tggttgctgggatttgaactcaggacctccggaagagcagttggcgctcttaagaactga
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+tctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttcCATCTA
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+TCCCACTTTCCGCTTCTAATCAGGTTGCCATGAACACCTTTGACACACACGACTCCATAC
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+ACTGGCCCTCTGGGAATACTCTCCCCAGCCTTTACCCAGCCTAACATGAGCAATGCGTCT
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+CACTATGTTCTTTGCTTTGAGGTGACAAGCCAAGGGCTCAGAGCATGCTGCCTCCTCTCC
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+CCAGGGAGGCTACCAGGAAGTGGTGCTCCACATGCACTTGGTGACGTGCCACGCATGACC
+ACAGGGCGGTGTGGATGACCTTCTGTAGCCTCGGGGGCTTGGAAGCATCAGCTAGGGGAG
+AAATGGAAAGTTTCAGCCTTTTCTGTACACCTATGGGGAAGTAGAAATGTTCCCTTACCC
+CAGCAGCTCAGACCTCAACCATTACCGTTGACAGCTCTGTCTCCTATGGATAAGGCTACT
+GCGTCCACATCACATTGGCACCCCAAACAAATAACAAAAACTCACCAAGACACCCTGTGA
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+tggtcctagaacttgctctgtagaccaggctggccctcaaactcacagagacctgcctgc
+ctctgcctccaaaggactagaactaaaggcgtgtgccaccactgcccagctGACTCAACA
+GttttggttttttgttgttgttgttttggttttttgttttggtttttTGttttattgttt
+ttcaagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactctgtagaccagg
+ctgacctcgaactcagaaatccgcctgcctctgcctcccaagtgctgggattaaaggcat
+gcaccaccacacccggctAATATGTACATTTTATGTGGTATTTGGAACATAACTATACAA
+CTAAATGtatttgttcatttgtttatttgtttgtttgtttaAGTTCCAGCAGGAAAGGTG
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+GTATGAACCGAGGCCTAGGGCTGAGACGGGATTTTCTCCTTTGTTTCCCAAAATGCATTC
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+CTAAAAGTTAGAACCACACTCGGCAGACTTTTCTCTCTGTCCATTTCGCCTGCTCTCTTT
+GAGTTGAGTTCGCTGTCTTCTAAGGTTCTGACACTGCCCCAGAGTCCACAGAGCTGGCAA
+AAGCAGTACCCTTTGCGAGCCCTGGCAGCGATGGAAACTCCCTGGGACTAATGTCTTGAC
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+GCCCTGCAAGTCCAAGGCCAAGGGGTTACTGCTGGGAGCTCTCTTCACCAGTTTCCTATT
+GCTGCTGTACTCCTATGTGGTACCTCCACTGTATCCCAACATGGCCTTCACGTGAGTGAC
+ATCAAAGTGGGCATGGGGCGGGCACCTTCATGGTCTACAGTGGAAGCTTTCTATTGGACA
+ACTACCCAGTACCACCTGCACCATGATGTACTGGGCAGACATTCTGGCAGAACTCTTGGT
+GCAACCCAGGCCTCAGTGTGTGCCTGGCCCACAGAGCAGGAAAATCATCCAACACTGTGG
+CTAAGACTTGAATTATAATCTGAGGCCCCAACAGGGCCACAGTAAGGTCCAGGATAGAGA
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+AACTTAGGCCTATGCGACTGTGTCCCTCTTCTTAAGCAGCCGGGCTCTCCCATCTCCTTG
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+CTGAAAATCATTGCCAGGAAGTGATTTTAATGAAACAAAACAAggagctaaggagatagc
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+agtacccataaaacaatggggttaaaccttcagggctgcatgagaggattgtggctgcct
+gGCTGGTCCAGCTCAGACCCTTCCCAATTCCCCGATGGTACTGTCACCCGCAACCCGCTG
+ACTTCTCCACCCCTGTCTCCTCCAGGACCTCAGAGGCTGCAGCACCCTGCTCCCCTATTC
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+GTGCCACCTTCATCACCGTCATCCGCGACCCTGCTCGTCTCTTCGAGTCTTCCTTCCACT
+ACTTTGGATCCGTGGTGCCGCTCACCTGGAAGCTGTCGAGCCGCGACAAGCTGGCCGAGT
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+TCAAGCTCAATGCGCGGCGCGACTCGCCGGTTCCGCGGCTCTCTGGCGAGCTGTACCGCC
+GAGCCACCGCCTGGAACCTGCTGGACGTGCGCCTCTACCGTCACTTCAACGCCAGCTTCT
+GGCGAAAGGTGGAAGCTTTCGGGCGTGAGCGCATGGCGCGCGAGGTAGCCGAGCTGCGCC
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+CCATCCAGGACTCGGCCATGCAGCCCTGGCAACCCCTGGGCATCAAGTCCATCCTGGGTT
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+TCCTTAGGGACTTTCTAAGGTGGTGATGTATCCTGCCCACCTCCTGTTTGGCTTCCTGAT
+GCAGCAAGGCCGGGCAGGGAGCCTCTGGCACCTAGCCTTCCCTAGCCACACCTAGTGCCA
+CCCTGGGGTCCCTAGGGTCATAGCTGTCTGGGACTAGTCTCTCTGCAGGAGAGAGCCTAA
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+CTCCTCTTACAAGGGGAGACGCAGAAGTAAAGAAATTTTATGTGTGTGTGtgtttttttt
+ttgtttgttttttgttttttgttttttttttttgtttttttttttttgttGTTGTTAATC
+GGTCTCACTGTGGTGATTGGAGGGTGTCTGGGATGGGACCTTTGGAAGGGCGTCTATAGA
+CTGGAGTGCAGCAGAGGGCAGGGGCCTGGTGTGTTTGTTACTTGCTGAAGTCGTGTGTGG
+CTCAGAGACTTCCACAAGCTGCCAAAACATGGAAGATCATATGTGAGGCTGAGTGCTGGT
+TGTGTTCCTCCTTCTTGGATGAGTGCTATGAGAATAGGATTTCAGCACAAAGGTTTAGTG
+GAATAGGGATTTTAATGACCTCATGTGACCAAATCAGGGAGGGAGCCGTTTTACTGCTCA
+GGCTATAAAGAACTGATGGAGCTGTTTGGCAGCTGTGGCGACCAGGTTAGAGCAGAGATT
+AGAAACAAATGTGTGTGTGAAGTGTGCATGTGTACACATGACCGGGAGGCTGGGAGCAGC
+ATTCCATGGGGTGCGGAGCTGCAGGCCCTGGATCGCACAAGTTCTCAAGTGACTacagta
+actcttggaggcagacacaattagtgtccctttctagatgtggtatctgaCTCCTAAGGG
+ACTTGCTGGGGGAGGGACATGCTGGGGGAGGATCACATCAAATTCAGGACCATGAGCTAA

Binary file test-data/t_R1.fastq.gz has changed

Binary file test-data/t_R2.fastq.gz has changed

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/bwameth_indexes.loc.sample	Tue Sep 13 09:40:14 2016 -0400
@@ -0,0 +1,10 @@
+# This is a sample file distributed with Galaxy that is used to define a
+# list of bwa-meth indices, using three columns tab separated:
+#
+# bwameth_index_id\tSome description text\t/path/to/genome.fasta
+#
+# An index can be created with the following command:
+#
+# bwameth.py index /some/path/genome.fa
+#
+# "/some/path/genome.fa" would then be the last column in the line

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample	Tue Sep 13 09:40:14 2016 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+<tables>
+    <table name="bwameth_indexes" comment_char="#">
+        <columns>value, name, path</columns>
+        <file path="tool-data/bwameth_indexes.loc" />
+    </table>
+</tables>

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml	Tue Sep 13 09:40:14 2016 -0400
@@ -0,0 +1,6 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool_dependency>
+    <package name="bwameth" version="0.20">
+       <repository changeset_revision="831f8397a424" name="package_python_2_7_bwameth_0_20" owner="dpryan79" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    </package>
+</tool_dependency>