Mercurial > repos > dpryan79 > bwameth
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| author | dpryan79 |
|---|---|
| date | Tue, 13 Sep 2016 15:59:44 -0400 |
| parents | ec46d28f5789 |
| children | 24b3fdf9c32f |
| files | .shed.yml bwameth.py bwameth.xml bwameth_wrapper.py test-data/output.bam test-data/ref.fa test-data/t_R1.fastq.gz test-data/t_R2.fastq.gz tool-data/bwameth_indexes.loc.sample tool_data_table_conf.xml.sample tool_dependencies.xml |
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--- a/.shed.yml Tue Sep 13 09:53:46 2016 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,14 +0,0 @@ -categories: -- Sequence Analysis -- Next Gen Mappers -description: Fast and accurate alignment of BS-seq reads. -long_description: | - A fast and accurate aligner of BS-seq data. - - - Supports single-end and paired-end alignments - - Supports gapped alignments - - Faster and more sensitive than many other tools -name: bwameth -owner: dpryan79 -remote_repository_url: https://github.com/dpryan79/tools-iuc/tools/bwameth -type: unrestricted
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/bwameth.py Tue Sep 13 15:59:44 2016 -0400 @@ -0,0 +1,450 @@ +#!/usr/bin/env python +""" +map bisulfite converted reads to an insilico converted genome using bwa mem. +A command to this program like: + + python bwameth.py --reference ref.fa A.fq B.fq + +Gets converted to: + + bwa mem -pCMR ref.fa.bwameth.c2t '<python bwameth.py c2t A.fq B.fq' + +So that A.fq has C's converted to T's and B.fq has G's converted to A's +and both are streamed directly to the aligner without a temporary file. +The output is a corrected, sorted, indexed BAM. +""" +from __future__ import print_function +import tempfile +import sys +import os +import os.path as op +import argparse +from subprocess import check_call +from operator import itemgetter +from itertools import groupby, repeat, chain +import re + +try: + from itertools import izip + import string + maketrans = string.maketrans +except ImportError: # python3 + izip = zip + maketrans = str.maketrans +from toolshed import nopen, reader, is_newer_b + +__version__ = "0.2.0" + +def checkX(cmd): + for p in os.environ['PATH'].split(":"): + if os.access(os.path.join(p, cmd), os.X_OK): + break + else: + raise Exception("executable for '%s' not found" % cmd) + +checkX('samtools') +checkX('bwa') + +class BWAMethException(Exception): pass + +def comp(s, _comp=maketrans('ATCG', 'TAGC')): + return s.translate(_comp) + +def wrap(text, width=100): # much faster than textwrap + try: xrange + except NameError: xrange = range + for s in xrange(0, len(text), width): + yield text[s:s+width] + +def run(cmd): + list(nopen("|%s" % cmd.lstrip("|"))) + +def fasta_iter(fasta_name): + fh = nopen(fasta_name) + faiter = (x[1] for x in groupby(fh, lambda line: line[0] == ">")) + for header in faiter: + header = next(header)[1:].strip() + yield header, "".join(s.strip() for s in next(faiter)).upper() + +def convert_reads(fq1s, fq2s, out=sys.stdout): + + for fq1, fq2 in zip(fq1s.split(","), fq2s.split(",")): + sys.stderr.write("converting reads in %s,%s\n" % (fq1, fq2)) + fq1 = nopen(fq1) + if fq2 != "NA": + fq2 = nopen(fq2) + q2_iter = izip(*[fq2] * 4) + else: + sys.stderr.write("WARNING: running bwameth in single-end mode\n") + q2_iter = repeat((None, None, None, None)) + q1_iter = izip(*[fq1] * 4) + + lt80 = 0 + for pair in izip(q1_iter, q2_iter): + for read_i, (name, seq, _, qual) in enumerate(pair): + if name is None: continue + name = name.rstrip("\r\n").split(" ")[0] + if name[0] != "@": + sys.stderr.write("""ERROR!!!! +ERROR!!! FASTQ conversion failed +ERROR!!! expecting FASTQ 4-tuples, but found a record %s that doesn't start with "@" +""" % name) + sys.exit(1) + if name.endswith(("_R1", "_R2")): + name = name[:-3] + elif name.endswith(("/1", "/2")): + name = name[:-2] + + seq = seq.upper().rstrip('\n') + if len(seq) < 80: + lt80 += 1 + + char_a, char_b = ['CT', 'GA'][read_i] + # keep original sequence as name. + name = " ".join((name, + "YS:Z:" + seq + + "\tYC:Z:" + char_a + char_b + '\n')) + seq = seq.replace(char_a, char_b) + out.write("".join((name, seq, "\n+\n", qual))) + + out.flush() + if lt80 > 50: + sys.stderr.write("WARNING: %i reads with length < 80\n" % lt80) + sys.stderr.write(" : this program is designed for long reads\n") + return 0 + +def convert_fasta(ref_fasta, just_name=False): + out_fa = ref_fasta + ".bwameth.c2t" + if just_name: + return out_fa + msg = "c2t in %s to %s" % (ref_fasta, out_fa) + if is_newer_b(ref_fasta, out_fa): + sys.stderr.write("already converted: %s\n" % msg) + return out_fa + sys.stderr.write("converting %s\n" % msg) + try: + fh = open(out_fa, "w") + for header, seq in fasta_iter(ref_fasta): + ########### Reverse ###################### + fh.write(">r%s\n" % header) + + #if non_cpg_only: + # for ctx in "TAG": # use "ATC" for fwd + # seq = seq.replace('G' + ctx, "A" + ctx) + # for line in wrap(seq): + # print >>fh, line + #else: + for line in wrap(seq.replace("G", "A")): + fh.write(line + '\n') + + ########### Forward ###################### + fh.write(">f%s\n" % header) + for line in wrap(seq.replace("C", "T")): + fh.write(line + '\n') + fh.close() + except: + try: + fh.close() + except UnboundLocalError: + pass + os.unlink(out_fa) + raise + return out_fa + + +def bwa_index(fa): + if is_newer_b(fa, (fa + '.amb', fa + '.sa')): + return + sys.stderr.write("indexing: %s\n" % fa) + try: + run("bwa index -a bwtsw %s" % fa) + except: + if op.exists(fa + ".amb"): + os.unlink(fa + ".amb") + raise + +class Bam(object): + __slots__ = 'read flag chrom pos mapq cigar chrom_mate pos_mate tlen \ + seq qual other'.split() + def __init__(self, args): + for a, v in zip(self.__slots__[:11], args): + setattr(self, a, v) + self.other = args[11:] + self.flag = int(self.flag) + self.pos = int(self.pos) + self.tlen = int(float(self.tlen)) + + def __repr__(self): + return "Bam({chr}:{start}:{read}".format(chr=self.chrom, + start=self.pos, + read=self.read) + + def __str__(self): + return "\t".join(str(getattr(self, s)) for s in self.__slots__[:11]) \ + + "\t" + "\t".join(self.other) + + def is_first_read(self): + return bool(self.flag & 0x40) + + def is_second_read(self): + return bool(self.flag & 0x80) + + def is_plus_read(self): + return not (self.flag & 0x10) + + def is_minus_read(self): + return bool(self.flag & 0x10) + + def is_mapped(self): + return not (self.flag & 0x4) + + def cigs(self): + if self.cigar == "*": + yield (0, None) + raise StopIteration + cig_iter = groupby(self.cigar, lambda c: c.isdigit()) + for g, n in cig_iter: + yield int("".join(n)), "".join(next(cig_iter)[1]) + + def cig_len(self): + return sum(c[0] for c in self.cigs() if c[1] in + ("M", "D", "N", "EQ", "X", "P")) + + def left_shift(self): + left = 0 + for n, cig in self.cigs(): + if cig == "M": break + if cig == "H": + left += n + return left + + def right_shift(self): + right = 0 + for n, cig in reversed(list(self.cigs())): + if cig == "M": break + if cig == "H": + right += n + return -right or None + + @property + def original_seq(self): + try: + return next(x for x in self.other if x.startswith("YS:Z:"))[5:] + except: + sys.stderr.write(repr(self.other) + "\n") + sys.stderr.write(self.read + "\n") + raise + + @property + def ga_ct(self): + return [x for x in self.other if x.startswith("YC:Z:")] + + def longest_match(self, patt=re.compile("\d+M")): + return max(int(x[:-1]) for x in patt.findall(self.cigar)) + + +def rname(fq1, fq2=""): + fq1, fq2 = fq1.split(",")[0], fq2.split(",")[0] + def name(f): + n = op.basename(op.splitext(f)[0]) + if n.endswith('.fastq'): n = n[:-6] + if n.endswith(('.fq', '.r1', '.r2')): n = n[:-3] + return n + return "".join(a for a, b in zip(name(fq1), name(fq2)) if a == b) or 'bm' + + +def bwa_mem(fa, mfq, extra_args, threads=1, rg=None, + paired=True, set_as_failed=None): + conv_fa = convert_fasta(fa, just_name=True) + if not is_newer_b(conv_fa, (conv_fa + '.amb', conv_fa + '.sa')): + raise BWAMethException("first run bwameth.py index %s" % fa) + + if not rg is None and not rg.startswith('@RG'): + rg = '@RG\tID:{rg}\tSM:{rg}'.format(rg=rg) + + # penalize clipping and unpaired. lower penalty on mismatches (-B) + cmd = "|bwa mem -T 40 -B 2 -L 10 -CM " + + if paired: + cmd += ("-U 100 -p ") + cmd += "-R '{rg}' -t {threads} {extra_args} {conv_fa} {mfq}" + cmd = cmd.format(**locals()) + sys.stderr.write("running: %s\n" % cmd.lstrip("|")) + as_bam(cmd, fa, set_as_failed) + + +def as_bam(pfile, fa, set_as_failed=None): + """ + pfile: either a file or a |process to generate sam output + fa: the reference fasta + set_as_failed: None, 'f', or 'r'. If 'f'. Reads mapping to that strand + are given the sam flag of a failed QC alignment (0x200). + """ + sam_iter = nopen(pfile) + + for line in sam_iter: + if not line[0] == "@": break + handle_header(line) + else: + sys.stderr.flush() + raise Exception("bad or empty fastqs") + sam_iter2 = (x.rstrip().split("\t") for x in chain([line], sam_iter)) + for read_name, pair_list in groupby(sam_iter2, itemgetter(0)): + pair_list = [Bam(toks) for toks in pair_list] + + for aln in handle_reads(pair_list, set_as_failed): + sys.stdout.write(str(aln) + '\n') + +def handle_header(line, out=sys.stdout): + toks = line.rstrip().split("\t") + if toks[0].startswith("@SQ"): + sq, sn, ln = toks # @SQ SN:fchr11 LN:122082543 + # we have f and r, only print out f + chrom = sn.split(":")[1] + if chrom.startswith('r'): return + chrom = chrom[1:] + toks = ["%s\tSN:%s\t%s" % (sq, chrom, ln)] + if toks[0].startswith("@PG"): + #out.write("\t".join(toks) + "\n") + toks = ["@PG\tID:bwa-meth\tPN:bwa-meth\tVN:%s\tCL:\"%s\"" % ( + __version__, + " ".join(x.replace("\t", "\\t") for x in sys.argv))] + out.write("\t".join(toks) + "\n") + + +def handle_reads(alns, set_as_failed): + + for aln in alns: + orig_seq = aln.original_seq + assert len(aln.seq) == len(aln.qual), aln.read + # don't need this any more. + aln.other = [x for x in aln.other if not x.startswith('YS:Z')] + + # first letter of chrom is 'f' or 'r' + direction = aln.chrom[0] + aln.chrom = aln.chrom.lstrip('fr') + + if not aln.is_mapped(): + aln.seq = orig_seq + continue + + assert direction in 'fr', (direction, aln) + aln.other.append('YD:Z:' + direction) + + if set_as_failed == direction: + aln.flag |= 0x200 + + # here we have a heuristic that if the longest match is not 44% of the + # sequence length, we mark it as failed QC and un-pair it. At the end + # of the loop we set all members of this pair to be unmapped + if aln.longest_match() < (len(orig_seq) * 0.44): + aln.flag |= 0x200 # fail qc + aln.flag &= (~0x2) # un-pair + aln.mapq = min(int(aln.mapq), 1) + + mate_direction = aln.chrom_mate[0] + if mate_direction not in "*=": + aln.chrom_mate = aln.chrom_mate[1:] + + # adjust the original seq to the cigar + l, r = aln.left_shift(), aln.right_shift() + if aln.is_plus_read(): + aln.seq = orig_seq[l:r] + else: + aln.seq = comp(orig_seq[::-1][l:r]) + + if any(aln.flag & 0x200 for aln in alns): + for aln in alns: + aln.flag |= 0x200 + aln.flag &= (~0x2) + return alns + +def cnvs_main(args): + __doc__ = """ + calculate CNVs from BS-Seq bams or vcfs + """ + p = argparse.ArgumentParser(__doc__) + p.add_argument("--regions", help="optional target regions", default='NA') + p.add_argument("bams", nargs="+") + + a = p.parse_args(args) + r_script = """ +options(stringsAsFactors=FALSE) +suppressPackageStartupMessages(library(cn.mops)) +suppressPackageStartupMessages(library(snow)) +args = commandArgs(TRUE) +regions = args[1] +bams = args[2:length(args)] +n = length(bams) +if(is.na(regions)){ + bam_counts = getReadCountsFromBAM(bams, parallel=min(n, 4), mode="paired") + res = cn.mops(bam_counts, parallel=min(n, 4), priorImpact=20) +} else { + segments = read.delim(regions, header=FALSE) + gr = GRanges(segments[,1], IRanges(segments[,2], segments[,3])) + bam_counts = getSegmentReadCountsFromBAM(bams, GR=gr, mode="paired", parallel=min(n, 4)) + res = exomecn.mops(bam_counts, parallel=min(n, 4), priorImpact=20) +} +res = calcIntegerCopyNumbers(res) + +df = as.data.frame(cnvs(res)) +write.table(df, row.names=FALSE, quote=FALSE, sep="\t") +""" + with tempfile.NamedTemporaryFile(delete=True) as rfh: + rfh.write(r_script + '\n') + rfh.flush() + for d in reader('|Rscript {rs_name} {regions} {bams}'.format( + rs_name=rfh.name, regions=a.regions, bams=" ".join(a.bams)), + header=False): + print("\t".join(d)) + + +def convert_fqs(fqs): + script = __file__ + return "'<%s %s c2t %s %s'" % (sys.executable, script, fqs[0], + fqs[1] if len(fqs) > 1 + else ','.join(['NA'] * len(fqs[0].split(",")))) + +def main(args=sys.argv[1:]): + + if len(args) > 0 and args[0] == "index": + assert len(args) == 2, ("must specify fasta as 2nd argument") + sys.exit(bwa_index(convert_fasta(args[1]))) + + if len(args) > 0 and args[0] == "c2t": + sys.exit(convert_reads(args[1], args[2])) + + if len(args) > 0 and args[0] == "cnvs": + sys.exit(cnvs_main(args[1:])) + + p = argparse.ArgumentParser(__doc__) + p.add_argument("--reference", help="reference fasta", required=True) + p.add_argument("-t", "--threads", type=int, default=6) + p.add_argument("--read-group", help="read-group to add to bam in same" + " format as to bwa: '@RG\\tID:foo\\tSM:bar'") + p.add_argument('--set-as-failed', help="flag alignments to this strand" + " as not passing QC (0x200). Targetted BS-Seq libraries are often" + " to a single strand, so we can flag them as QC failures. Note" + " f == OT, r == OB. Likely, this will be 'f' as we will expect" + " reads to align to the original-bottom (OB) strand and will flag" + " as failed those aligning to the forward, or original top (OT).", + default=None, choices=('f', 'r')) + p.add_argument('--version', action='version', version='bwa-meth.py {}'.format(__version__)) + + p.add_argument("fastqs", nargs="+", help="bs-seq fastqs to align. Run" + "multiple sets separated by commas, e.g. ... a_R1.fastq,b_R1.fastq" + " a_R2.fastq,b_R2.fastq note that the order must be maintained.") + + args, pass_through_args = p.parse_known_args(args) + + # for the 2nd file. use G => A and bwa's support for streaming. + conv_fqs_cmd = convert_fqs(args.fastqs) + + bwa_mem(args.reference, conv_fqs_cmd, ' '.join(map(str, pass_through_args)), + threads=args.threads, rg=args.read_group or + rname(*args.fastqs), + paired=len(args.fastqs) == 2, + set_as_failed=args.set_as_failed) + +if __name__ == "__main__": + main(sys.argv[1:])
--- a/bwameth.xml Tue Sep 13 09:53:46 2016 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,99 +0,0 @@ -<tool id="bwameth" name="bwameth" version="0.20"> - <description>Fast and accurate aligner of BS-Seq reads.</description> - <requirements> - <requirement type="package" version="0.20">bwameth</requirement> - </requirements> - <stdio> - <exit_code range="1:" /> - <exit_code range=":-1" /> - <regex match="Error:" /> - <regex match="Exception:" /> - <regex match="Exception :" /> - </stdio> - <version_command>bwameth.py --version</version_command> - <command> -<![CDATA[ - - #if $referenceSource.source == "history": - mkdir index_dir && - ln -s index_dir/genome.fa $referenceSource.reference && - bwameth.py index index_dir/genome.fa - #set $index_path = './index_dir/genome.fa' - #else - #set $index_path = './referenceSource.index.fields.path - #end if - - && - - #if $single_or_paired.single_or_paired_opts == 'single': - #set $files = $single_or_paired.input_singles - #else: - #set $files = " ".join([$single_or_paired.input_mate1, $single_or_paired.input_mate2]) - #end if - - bwameth.py - --threads "${GALAXY_SLOTS:-4}" - --reference "${index_path}" - #if str($readGroup).strip() != "": - --read-group "${readGroup}" - #end if - $files - | samtools view -Su - - | samtools sort -@ "${GALAXY_SLOTS:-4}" -o output.bam - -]]> - </command> - <inputs> - <conditional name="referenceSource"> - <param name="source" type="select" label="Select a genome reference from your history or a built-in index?"> - <option value="history" selected=True>Use one from the history</option> - <option value="indexed">Use a built-in index</option> - </param> - <when value="history"> - <param name="reference" type="data" format="fasta" metadata_name="dbkey" label="Select a genome" help="in FASTA format" /> - </when> - <when value="indexed"> - <param name="index" type="select" label="Select a reference genome" help="If your genome of interest is not listed, contact your Galaxy admin"> - <options from_data_table="bwameth_indexes"> - <filter type="sort_by" column="2"/> - <validator type="no_options" message="No indexes are available for the selected input dataset"/> - </options> - </param> - </when> - </conditional> - - <conditional name="single_or_paired"> - <param name="single_or_paired_opts" type="select" label="Is this library mate-paired?"> - <option value="single">Single-end</option> - <option value="paired">Paired-end</option> - </param> - <when value="single"> - <param name="input_singles" type="data" format="fastq" label="FASTQ" help="FASTQ file." /> - </when> - <when value="paired"> - <param name="input_mate1" type="data" format="fastq" label="First read in pair" help="FASTQ file." /> - <param name="input_mate2" type="data" format="fastq" label="Second read in pair" help="FASTQ file." /> - </when> - </conditional> - <param name="readGroup" type="text" value="" label="Read group" help="If desired, you can manually add read group information to the resulting BAM file. To do so, you MUST manually specify the entire string, such as '@RG\tID:foo\tSM:bar'" /> - </inputs> - <outputs> - <data name="output" format="bam" from_work_dir="output.bam" label="${tool.name} on ${on_string}" /> - </outputs> - <tests> - <test> - <param name="referenceSource" value="history" /> - <param name="reference" value="ref.fa" /> - <param name="single_or_paired_opts" value="paired" /> - <param name="input_mate1" value="t_R1.fastq.gz" /> - <param name="input_mate2" value="t_R2.fastq.gz" /> - <output file="alignments.bam" ftype="bam" name="output" /> - </test> - </tests> - <help> -<![CDATA[ - -**What it does** - -BWA-meth performs alignment of reads in a bisulfite-sequencing experiment (e.g., RRBS or WGBS) to a genome. The methodology employed for this is similar to bismark, where both the reads and the reference genome are *in silico* converted prior to alignment. Methylation extraction on the resulting BAM file can be done with the PileOMeth tool. -]]> - </help> -</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/bwameth_wrapper.py Tue Sep 13 15:59:44 2016 -0400 @@ -0,0 +1,42 @@ +#!/usr/bin/env python +import argparse +import subprocess +import os +import shlex + +def createIndex(fname): + """ + Create an index for a file, return where it is + """ + d = os.mkdir("index_dir") + os.link(fname, "index_dir/genome.fa") + cmd = "{}/bwameth.py index index_dir/genome.fa".format(os.path.dirname(__file__)) + proc = subprocess.Popen(args=shlex.split(cmd)) + returncode = proc.wait() + if returncode != 0: + raise Exception("Error during '%s'" % cmd) + return "index_dir/genome.fa" + + +parser = argparse.ArgumentParser(description="A wrapper around bwameth for Galaxy. There's minimal argument checking done") +parser.add_argument('-p', '--numThreads', type=int, default=4, help="number of threads") +parser.add_argument('--makeIndex', help="Given a fasta file, index it") +parser.add_argument('--premadeIndex', help="If an index already exists, this is the fasta file associated with it (the index files must be in the same directory") +parser.add_argument('--readGroup', help="The read group text, if desired") +parser.add_argument('files', nargs="+", help="Fasta files (possibly gzipped, if the file names end in .gz)") +args = parser.parse_args() + +if "makeIndex" in args: + ifile = createIndex(args.makeIndex) +else: + ifile = args.premadeIndex + +files = " ".join(['{}'.format(x) for x in args.files]) +if "readGroup" in args: + files = "{} --read-group '{}'".format(files, args.readGroup) + +cmd = "{}/bwameth.py -p {} '{}' {} | samtools view -Su - - | samtools sort -@ {} -o output.bam -".format(os.path.dirname(__file__), args.numThreads, ifile, files, args.numThreads) +proc = subprocess.Popen(args=shlex.split(cmd)) +returncode = proc.wait() +if returncode != 0: + raise Exception("Error during '%s'" % cmd)
--- a/test-data/ref.fa Tue Sep 13 09:53:46 2016 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,15001 +0,0 @@ ->chrREF -AGGTCCTACTtgtgtatttcacatttttcacgtttttcactgtttctcgccatattccaa -gtcttacagtgtgtgtttcttattttgtaggttttttcagtgtttgtggccatattctag -gtcttaacaggggagtttttaattttactcactggtcagttttcttgccataatcctggt -cctaccataggtgtgtctcattttcacattttttcagtttactcgctatagcccaggtcc -tacttgtgtatttcacctttttcaattatttttttaattatttctcgctatattctaggt -cctatagtgcgtgtttctcattttccacattttttttttcagttttctcgaaatattaca -ggttctacagtatgcatttcacattttccacgtttctgaatgtttctcgccatattccag -gtcaaacagtgtttgtgtctcagtttccatgattttcagttttcttgccatactccaagt -cctacagtgtgcatttctcttttttcacgtttttcagtgtttctcgccatattccagttc -atacagtgtttgtgtctcattttccacgtttttcagttttgtcgccactacccaggtcct -acttgtgtatttcacatttttcacgtttttcactgtttttcgccatattccaagtcttac -agtgtgtgtttcttattttgtaggttttttcagtgtttgtggccatattctaggtcttca -caggggaatgtttaattttactcactggtcagttttcttgccataattctggtcctacca -tgtgtgtgtctcattttccacttttttcagtttacttgccatagcccaagtcctacttgt 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-GGTCTCACTGTGGTGATTGGAGGGTGTCTGGGATGGGACCTTTGGAAGGGCGTCTATAGA -CTGGAGTGCAGCAGAGGGCAGGGGCCTGGTGTGTTTGTTACTTGCTGAAGTCGTGTGTGG -CTCAGAGACTTCCACAAGCTGCCAAAACATGGAAGATCATATGTGAGGCTGAGTGCTGGT -TGTGTTCCTCCTTCTTGGATGAGTGCTATGAGAATAGGATTTCAGCACAAAGGTTTAGTG -GAATAGGGATTTTAATGACCTCATGTGACCAAATCAGGGAGGGAGCCGTTTTACTGCTCA -GGCTATAAAGAACTGATGGAGCTGTTTGGCAGCTGTGGCGACCAGGTTAGAGCAGAGATT -AGAAACAAATGTGTGTGTGAAGTGTGCATGTGTACACATGACCGGGAGGCTGGGAGCAGC -ATTCCATGGGGTGCGGAGCTGCAGGCCCTGGATCGCACAAGTTCTCAAGTGACTacagta -actcttggaggcagacacaattagtgtccctttctagatgtggtatctgaCTCCTAAGGG -ACTTGCTGGGGGAGGGACATGCTGGGGGAGGATCACATCAAATTCAGGACCATGAGCTAA
--- a/tool-data/bwameth_indexes.loc.sample Tue Sep 13 09:53:46 2016 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -# This is a sample file distributed with Galaxy that is used to define a -# list of bwa-meth indices, using three columns tab separated: -# -# bwameth_index_id\tSome description text\t/path/to/genome.fasta -# -# An index can be created with the following command: -# -# bwameth.py index /some/path/genome.fa -# -# "/some/path/genome.fa" would then be the last column in the line
--- a/tool_data_table_conf.xml.sample Tue Sep 13 09:53:46 2016 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -<tables> - <table name="bwameth_indexes" comment_char="#"> - <columns>value, name, path</columns> - <file path="tool-data/bwameth_indexes.loc" /> - </table> -</tables>
--- a/tool_dependencies.xml Tue Sep 13 09:53:46 2016 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,6 +0,0 @@ -<?xml version="1.0"?> -<tool_dependency> - <package name="bwameth" version="0.20"> - <repository changeset_revision="831f8397a424" name="package_python_2_7_bwameth_0_20" owner="dpryan79" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" /> - </package> -</tool_dependency>