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Deleted selected files

--- a/.shed.yml	Wed Sep 14 04:53:05 2016 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,14 +0,0 @@
-categories:
-- Sequence Analysis
-- Next Gen Mappers
-description: Fast and accurate alignment of BS-seq reads.
-long_description: |
-    A fast and accurate aligner of BS-seq data.
-
-    - Supports single-end and paired-end alignments
-    - Supports gapped alignments
-    - Faster and more sensitive than many other tools
-name: bwameth
-owner: dpryan79
-remote_repository_url: https://github.com/dpryan79/tools-iuc/tools/bwameth
-type: unrestricted

--- a/bwameth.xml	Wed Sep 14 04:53:05 2016 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,93 +0,0 @@
-<tool id="bwameth" name="bwameth" version="0.20">
-  <description>Fast and accurate aligner of BS-Seq reads.</description>
-  <requirements>
-    <requirement type="package" version="0.20">toolshed</requirement>
-    <requirement type="package" version="1.2">samtools</requirement>
-    <requirement type="package" version="0.7.12">bwa</requirement>
-  </requirements>
-  <stdio>
-    <exit_code range="1:" />
-    <exit_code range=":-1" />
-    <regex match="Error:" />
-    <regex match="Exception:" />
-    <regex match="Exception :" />
-  </stdio>
-  <version_command>bwameth.py --version</version_command>
-  <command interpreter="python">
-<![CDATA[
-    bwameth_wrapper.py 
-        -p "\${GALAXY_SLOTS:-4}"
-
-    #if $referenceSource.source != "indexed":
-        --makeIndex $referenceSource.reference
-    #else
-        --premadeIndex $referenceSource.index.fields.path
-    #end if
-
-    #if str($readGroup).strip() != "":
-        --readGroup "${readGroup}"
-    #end if
-
-    #if $single_or_paired.single_or_paired_opts == 'single':
-        $single_or_paired.input_singles
-    #else:
-        $single_or_paired.input_mate1 $single_or_paired.input_mate2
-    #end if
-]]>
-  </command>
-  <inputs>
-    <conditional name="referenceSource">
-      <param name="source" type="select" label="Select a genome reference from your history or a built-in index?">
-        <option value="history" selected="True">Use one from the history</option>
-        <option value="indexed">Use a built-in index</option>
-      </param>
-      <when value="history">
-        <param name="reference" type="data" format="fasta" metadata_name="dbkey" label="Select a genome" help="in FASTA format" />
-      </when>
-      <when value="indexed">
-        <param name="index" type="select" label="Select a reference genome" help="If your genome of interest is not listed, contact your Galaxy admin">
-          <options from_data_table="bwameth_indexes">
-            <filter type="sort_by" column="2"/>
-              <validator type="no_options" message="No indexes are available for the selected input dataset"/>
-          </options>
-        </param>
-      </when>
-    </conditional>
-
-    <conditional name="single_or_paired">
-      <param name="single_or_paired_opts" type="select" label="Is this library mate-paired?">
-        <option value="single">Single-end</option>
-        <option value="paired">Paired-end</option>
-      </param>
-      <when value="single">
-        <param name="input_singles" type="data" format="fastq" label="FASTQ" help="FASTQ file." />
-      </when>
-      <when value="paired">
-        <param name="input_mate1" type="data" format="fastq" label="First read in pair" help="FASTQ file." />
-        <param name="input_mate2" type="data" format="fastq" label="Second read in pair" help="FASTQ file." />
-      </when>
-    </conditional>
-    <param name="readGroup" type="text" value="" label="Read group" help="If desired, you can manually add read group information to the resulting BAM file. To do so, you MUST manually specify the entire string, such as '@RG\tID:foo\tSM:bar'" />
-  </inputs>
-  <outputs>
-    <data name="output" format="bam" from_work_dir="output.bam" label="${tool.name} on ${on_string}" />
-  </outputs>
-  <tests>
-    <test>
-      <param name="referenceSource" value="history" />
-      <param name="reference" value="ref.fa" />
-      <param name="single_or_paired_opts" value="paired" />
-      <param name="input_mate1" value="t_R1.fastq.gz" />
-      <param name="input_mate2" value="t_R2.fastq.gz" />
-      <output file="alignments.bam" ftype="bam" name="output" />
-    </test>
-  </tests>
-  <help>
-<![CDATA[
-
-**What it does**
-
-BWA-meth performs alignment of reads in a bisulfite-sequencing experiment (e.g., RRBS or WGBS) to a genome. The methodology employed for this is similar to bismark, where both the reads and the reference genome are *in silico* converted prior to alignment. Methylation extraction on the resulting BAM file can be done with the PileOMeth tool.
-]]>
-  </help>
-</tool>

--- a/bwameth_indexes.loc.sample	Wed Sep 14 04:53:05 2016 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,10 +0,0 @@
-# This is a sample file distributed with Galaxy that is used to define a
-# list of bwa-meth indices, using three columns tab separated:
-#
-# bwameth_index_id\tSome description text\t/path/to/genome.fasta
-#
-# An index can be created with the following command:
-#
-# bwameth.py index /some/path/genome.fa
-#
-# "/some/path/genome.fa" would then be the last column in the line

--- a/bwameth_wrapper.py	Wed Sep 14 04:53:05 2016 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,42 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-import argparse
-import subprocess
-import os
-import shlex
-
-def createIndex(fname):
-    """
-    Create an index for a file, return where it is
-    """
-    d = os.mkdir("index_dir")
-    os.link(fname, "index_dir/genome.fa")
-    cmd = "{}/bwameth.py index index_dir/genome.fa".format(os.path.dirname(__file__))
-    proc = subprocess.Popen(args=shlex.split(cmd))
-    returncode = proc.wait()
-    if returncode != 0:
-        raise Exception("Error during '%s'" % cmd)
-    return "index_dir/genome.fa"
-
-
-parser = argparse.ArgumentParser(description="A wrapper around bwameth for Galaxy. There's minimal argument checking done")
-parser.add_argument('-p', '--numThreads', type=int, default=4, help="number of threads")
-parser.add_argument('--makeIndex', help="Given a fasta file, index it")
-parser.add_argument('--premadeIndex', help="If an index already exists, this is the fasta file associated with it (the index files must be in the same directory")
-parser.add_argument('--readGroup', help="The read group text, if desired")
-parser.add_argument('files', nargs="+", help="Fasta files (possibly gzipped, if the file names end in .gz)")
-args = parser.parse_args()
-
-if "makeIndex" in args:
-    ifile = createIndex(args.makeIndex)
-else:
-    ifile = args.premadeIndex
-
-files = " ".join(['{}'.format(x) for x in args.files])
-if "readGroup" in args:
-    files = "{} --read-group '{}'".format(files, args.readGroup)
-
-cmd = "{}/bwameth.py -p {} '{}' {} | samtools view -Su - - | samtools sort -@ {} -o output.bam -".format(os.path.dirname(__file__), args.numThreads, ifile, files, args.numThreads)
-proc = subprocess.Popen(args=shlex.split(cmd))
-returncode = proc.wait()
-if returncode != 0:
-    raise Exception("Error during '%s'" % cmd)

Binary file test-data/output.bam has changed

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ref.fa	Wed Sep 14 04:53:15 2016 -0400
@@ -0,0 +1,15001 @@
+>chrREF
+AGGTCCTACTtgtgtatttcacatttttcacgtttttcactgtttctcgccatattccaa
+gtcttacagtgtgtgtttcttattttgtaggttttttcagtgtttgtggccatattctag
+gtcttaacaggggagtttttaattttactcactggtcagttttcttgccataatcctggt
+cctaccataggtgtgtctcattttcacattttttcagtttactcgctatagcccaggtcc
+tacttgtgtatttcacctttttcaattatttttttaattatttctcgctatattctaggt
+cctatagtgcgtgtttctcattttccacattttttttttcagttttctcgaaatattaca
+ggttctacagtatgcatttcacattttccacgtttctgaatgtttctcgccatattccag
+gtcaaacagtgtttgtgtctcagtttccatgattttcagttttcttgccatactccaagt
+cctacagtgtgcatttctcttttttcacgtttttcagtgtttctcgccatattccagttc
+atacagtgtttgtgtctcattttccacgtttttcagttttgtcgccactacccaggtcct
+acttgtgtatttcacatttttcacgtttttcactgtttttcgccatattccaagtcttac
+agtgtgtgtttcttattttgtaggttttttcagtgtttgtggccatattctaggtcttca
+caggggaatgtttaattttactcactggtcagttttcttgccataattctggtcctacca
+tgtgtgtgtctcattttccacttttttcagtttacttgccatagcccaagtcctacttgt
+gtatttcacctttttcacgttttttaattggttctcgccatattctaggtcctgcagtgt
+atgtttctcattttccatgattttcaattttattgccaaactccaagtcctacagtgtgc
+atttctcattttccacattttttagtgtttctcgccatagtccaggtcctacattactca
+tttctcatttttcacgtttttcagtgtttctcaccatattccaggtcaaattgtatttgt
+gtttcattttccacgtttttcagtgtttctcgccatattccagttcatgcagtgtttgtg
+tctcattttccacgtttttcagttttgtcgccaatacccaggtcctacttgtgtacttca
+catttttcatgttttttgattgtttctcgccatattctaggtcctacagtgtgtgtttct
+cattttccatgactttcagttttctcgccttactccagttcctacaatgtgcatttctca
+ttttccacgtttttgagtgtttctcacaataatgcaggtcaaacagtgtttgtgtttcat
+tttccacctttttcagttttctcgcaatattccttgtccaacagtttgcatttcttattt
+ttcacgttttcagtctatctcgccatattccaggtcatagagtgttttagtctcattttg
+catgattttcagttttctagacatactccaagtcctacagtgtgtatttctcatttttca
+cgtttttcactctttctcaccgtattccaggtccgacagtgtttgtttctcatttttcac
+gtttttcagtgtttctcaatattccaggttctacttgtgagtttctcgttttcctcgttt
+gttagttttctcaccatattcctggtcctacagtgtgtgcgtcttattttccacgatttt
+cagttttctcgccataatccaggtctaacagtgtgcatttctcgtttttcacgtttttcg
+ctgtttctcgacatattctaggtcctacagtgcgtgtttctcattttccacattttttca
+gttttctcgccatattctaggttctacagtatgcatttaacattttccacctttctgagt
+gtttctcgccatattccaagtgaaacagtgtttgtgtctccttttccatgattttcagtt
+ttctcgccatactccaagttctacagtgtgcatttctcttttatcaattttttcagtgtt
+ttctcgccatattccaggtcatacagtgtttgtgtctcattttccacctttttcagtttt
+cttgtcatattcctgatcctacagtgtccatttctcattttcaacattttggagtgtttc
+ttgccatattccaggtaatacagtgtttgtgtttcattttccacgttttcagtgtttctc
+gccatattccagttcCTACCATGTGAGTTTCTCGttttccactttttttttttcagtttt
+ctggccataatcaaggtcctacagtgtgtatttctcatttttcacgtttttcattttttc
+tcacagtattccagttcatacagtgtttgtttctcatttttcacgtttttcagtgtttct
+cacagtattccagttcatacagtgtttgtgtctcattttccacgtttttcagttttgtcg
+ccactacccaggtcctacttgtgtatttcacatttttcacgtttttcactgtttctcgcc
+atattccaagtcttacagtgtgtgtttcttattttgtaggttttttcagtgtttgtggcc
+atattctaggtcttcacaggggagtgtttaattttactcactggtcagttttcttgccat
+aatcctggtcctaccatgtgtgtgtctcattttccacttttttcagtttacttgccatag
+cccaagtcctacttgtgtatttcacctttttcacgttttttaattggttctcgccatatt
+ctaggtcctacagtgtatgtttctcattttccatgattttcaattttcttgccaaactcc
+aagtcctacagtgtgcatttctcattttccacattttttagtgtttctcgccatagtcca
+ggtcctacattattcatttctcatttttcacgtttttcagtgtttctcaccatattccag
+gtcaaattgtgtttgtgtttcattttccacgtttttcagtgtttctcgccatattccagt
+tcctaccatgtgagtttctcgttttccacgtttttttttcagttttctcaccataatcag
+ggtcctacgtgtccatttctcattgttcacatttttcagattttcctcactatattccag
+gacatacagtatttttgtctcattttccacgttttcagctgtcataccatattgcaggtc
+atactgtgtttgtgtcccattttccacgtttttgagtgtttctcgccatattccaagtca
+aattgtgtttgtgtttcattttccacgtttttcagtgtttcttgccatattccaggtcct
+actgtgtcagtttctctttgtgctggtttgtcagttttctcaccatattcctggtcctac
+agtgtgtgtgtcttattttccactttttttcagttttctcgccataatctaattctaaca
+gtgtgtatttctcgtttttcacgtttttcgctgttactcgccatattccaggtcctaaca
+tgtgagtttctcatttttcacatttttcagttttctcgccgtaatccagatcctataatg
+tgcctttctcattttacacgtttttcagtatttttccccatatcccaggtcatacagtgt
+ttcagtctcatttttcaggtttttcactgtttctcagcatattacaggtcctaccatgtg
+agtttctcattttccacatttttcagttttctaaccatattccaggttctacagtatgca
+tttaacattttccacgttttttagtgtttctcaccatattccaggtgaaacagtgttagt
+gtctcattttccatgattttcagttttctcgccatactccaagacctacagtgtgcattt
+ctcttttttcacatttttcagtttttctcactattgtttgagtctcattttccacgtttt
+tcagttttcctccgtattccaggtcctacattgtgtgtttctcattttccatgattttca
+gttttctcatcatactccaggtcctacagtgtgcatttctcattttccatgtttttgagt
+gtttctctccatattccaagtgacacagtgtttgtgtctcattttccacatttttcagtt
+ttcttgctatattcaaggtcctacagtgtccaatttcattttccacgtttttgagtgttt
+ctcgctatactccacgtcctacagcttgcatttctcattttccacatttttgagtgtttc
+tcgccactttccagttaaaaacactgtttgtgtctcatttatcgcatttttcagttttct
+cgccatattctccgtcctaaagtgtgcatttttcacttttcacgtttttgagtgtatctt
+gccatattccaggttaaacagtgtttgtatcccattttccactttttcgggtttcttgcc
+atattccaggtcctatagtgtccatttctcagttttccacgtttttgagtgtttctctcc
+atattccaggtcaaattgtgtttgtgtttcattttccacgtttatcagtgtttcttgcca
+tattccatttccttccatgtgagtttctcattttccacgttttttttttcagttttctca
+ccataatcagggtcctacagtgtgcatttctcatttttcacatttttcatatttttctca
+ctatatttcaggacatacagtgtttgtgtctcattttccacgtttttcagttttcctcca
+tattccaggtcctacattgtgtgtttctcattttccatgattttcagttttctcgtcata
+ctccagttcCTACAGTGTGtgtgaggagccgcccttgcagtcaccattacaagatggcgc
+tgacatccggtgttctaactggtaaacaagtagtctgcgcatgtgctggggtatttttcc
+attccttgtgccctgtctatcccgtggcgtcatctgggctgatggtgagcagccagtcag
+ggcgaggcacgtctccaaccgctcttcgtgggctataaaagggacaagtttcctgtgttc
+tgggtctcctcctccccagaagctgattcatctatctctcgagatgcattaaagctttgc
+tgcagaaggatctgagtgtgtcctgtgttttcgtcctcgttggcgagactccttatcaca
+GACCACAtctggtgccgaaacccgggacttcaacaacaccagcactaaggagacccccct
+ggagatagggcagattcagaactgcagtggataagctcggagagtcatgtctgatcttga
+acctgttgttccttttaactttggttttaatctgaaagcaccgtgggacgggtcagtaga
+agctttggtttttgtaactctggtgcttatcttctttctcctggtgtcttatcgtgttca
+tcgtggttggtgttaattttgaggtgcggtcagtccgacgtagataagcggtggcaccgt
+cattctcggtcagtctctcgtacgtaagggagtggagcgtggcattttgctttcacttta
+cttTCACTTCTGCTCCAGGAGCGGACTTCTGCTTTAGAGGCAGCCTTCTGCTTTAAAAGT
+GAACTTCTGCTTTTGAGAGCGTATTTCCTTCTGCTTTTTGGAGCAGCTGCCTCGGAAGCA
+GACTTCTGCTTTTTCAgagcagagtgtggtttactttcacttctgcttttcgtgccttaa
+gtcggatgtacataagccgcaggcacgatggggtcttcagaatcggttgtaaacacacta
+caagctgttcttaagcagagagacctcaagattgccacatgcaccctaaaaaattttgtc
+gcagcggttgaccgtgtcgccccatggtatgcttgctcgggctcactgaccatagcttca
+tgggataaactaggaagagacctagataaaaaaattgaggaaggagatttgtgcctaggc
+accaaggccatttggaaactgataaagaattgcttagaagatgagacctgacgacttgca
+gtggttgagggacaagaaacattagaagaggttcaagacagcatatcagaaaccgaacgg
+agcgagagaattggagctcctaagaaaacagacatgaaggaaaaaggacctccccggatg
+ttagatagggggagagataaggaaaaaggacctccctggaagttagatagggggagagat
+aaggaaaaaggacctccctggaagttagatagggggagagatatgaaaggggacggtaac
+agtgcaccccctacaagtaaacctagtaacatttaccccaccctagatttagaagcccta
+gagattgatagctcagattctgatgagttagattctggcgaataggcagaattagaagag
+gaagcaacaaaatatgaaagggaaaggtatggccctaatccaaaggtacagcaaaaggtt
+aaaataagagggggggcataaagcagttgcccaagccctcagcacccccaccatatcaaa
+caagttgtggtgctagttcctttctgcctcaggaggaattaaaaaagattcagattgctt
+ttccagttttcgatgctggagatgatgcaggatgcatacatgctcctgtagaatatcaac
+aaattaaagaacttgctgaatctgtatgtaattatggagtcaatgccaacttcaccttgg
+tacaggtcgagagatttgccaatgtagcaatgactccagcagactggcaaatgacagtta
+aagccactctacctaatatgggacaatacatggaatggaaagcattatggtacgatgctg
+cccagatcaggcaagaattaatgctgcagcagaggatgataatcagagacaatggacttt
+tgaattattaatgggtcaaggacagtatgccgccaatcaaactaattatcattggggaga
+atatgctcaaatatcagcggctgccattaaggcttggaaagctcttacaagaaagggaga
+agctggaggccaccttacaaagatcatccagggcccccaggagccattctcagactttgt
+ggcgagaatgcctgaagcagcaggaaggattttttggagatcctgaacaggccatgcctc
+taattgaacagcttgtttatgaacaagccacacaggaatgcaggactgctattacaccaa
+gaaaaaacaagggattgcaggattggcttagggtatgtagagagctaggaggcccactta
+ccaatgcggggctggctgcagcgatattacaaacacaaaagcgcccctctaccagcaaac
+aaagagcttgctttaactgtggaaaagtaggccatctaaagaaaaactgcccccttccag
+agcaggcccgagtgactactctttgctctcgttgtggaaagggttatcataaacctagtg
+agtgttgctcaattcgtgatataaaagggaggctcctgccccagtcaatgaatctgacca
+ctgcctgccaaaaaatggggttatggacccccgatcccagggccctcacaaatatgggaa
+tcaatttatcaaaagtaagagcaacttagaggaaatgaaccccaaggagtttcaggagtg
+gacctgcgtgcctccaccgacttcttactcatgccacaaatgaatgttcagcctatccca
+gttgaggccccaaaatatttacctccaggaacagtggacctgataatagggcgaggatca
+ctgactatgcaaggacttatagtttatcctggaatagtagatcataatcatttacaagaa
+attcaagtcctgtgctcttgccctcaaggaattttttctattacatcaggagataggatt
+gcacaaatgatcctattacctacaggaaaagaagaaagcgtacaaacacatggaagcaat
+cgtatgggctcttctggccaagatgcagcatacttagttatgccattgaacaatagaccc
+acgctgcatttaaccatcaatggtaaatgctttcagggaattatggatacaggagctgat
+aagagcatcatctcctcacattggtggcctcagacctggccagtgaacaaatcttcccac
+tcactgcagggcctaggttatcaatcgtgtcctacaatcagttctacacgattggagtgg
+cagacttcagagggtcagagaggcttattcaccccttatgtccttccattaccagttaat
+ctatgggggagagatattctctcagaaatgggcctgaccttaacaaatgagtattctaca
+caagctgttaaaatcatgaataaaataggttataagaaaggaaagggattaggaaaagaa
+gagcagggtagacttgaacctttccctcaagaaggtaataaagggagacaaggtctgggt
+tttttctaggggccgttgagaagtctctgcccataccatggcttacagaggaggctgtat
+gggttcctcaatggcctctatcctctgaaaaaattaaaagctgtaactaaaatagtcaag
+gaacaggtatgcttgggtcatttagagccctctatttcaccttggaatacacctattttt
+gtaattaagaaaaaatcaggaaaatggaggcttctccatgatcttagagcaattaatgcc
+caaatgaaactttttggctccattcaacagggattgcccctattatctgccctgtccaga
+cattggaaagttgttattatagatattaaagattgctttttctctataactttgtgtcct
+caagattggccatggtttgcctttactgttccagcccttaaccagatggagcctgataaa
+ggatttcagtgtaaggtacttcctcagggcatggcaaatagtcctaccatgtgtcaactt
+tttgtacaagcagccctggaaccggtgagacatcggttccccaccttacttgtcttgcat
+tatatggatgacattctcctttcacataaggacatggcgactttgcaagaatcttaccca
+ttttgatacaaattttagaacaatggggattacaaatagcagcagagaaggtgcaaattt
+cagaagtaggcacatttttgggaaccattatatctaccactagtataactcctcaaaaat
+tggagattcgcagagatcatttacataccttaaatgactttcagaaattattaggagata
+taaattggctgagaccatttttaaagatttcttcagctgagttaaaacctttatttgata
+ttttagaagaagattctcatatctcctcccctaggacccttactcctgctgctaatcagg
+ccttacaaaaggtagagagtgccttgcaaaaggatcaattacaacgcattgatgaatcac
+agccttttaatttatgtattttcaagacagcccaattacccaccgcagtcttgtggcaaa
+atggacctttattatgggttcatccaaatgcatctcctgctaaaataatagattggtatc
+ctaatgtagttgcacagcttgtgcttagagggataaaagcagctatcactcattttggac
+gagatcctaatcttttaatcataccttatactgcagcgcaggttcaaaccttagcagctg
+catctgatgattgggaagttttagtcaccttcttttcaggacagattgacaaccattatc
+caaaacatccaattttacaatttgctcaaaatcaagctgttgtgtttcctcaagtgactt
+agagatgggattatagtatatactgatgggtcaaaaactggtataggtgcctatgtggtt
+gataacaaggtggtatcaaaacaatataatgaaacctcacctcaaattgtagaatgtcta
+gtggtactggaggttcttaaaacctttccagggccgcttaactttgtatcagattcttct
+tatgtagttaatgcagttaatcttcttgagacagctggagtaataaaaccttccagcaag
+gttgtcaatatttttcaataaatacaatcggtattattaaatagaagatttcctgtttat
+attactcatgtcagagcgcattcgggccttcctggtcctatgtctttgggaaatgatttg
+gcagataaagccaccaagattgtggctgttgctctgtcttctcagacagaagctgcaaaa
+gaatttcataagcgcttccatgtgacggctgaaactttacatcgctgcttttcattaact
+agaaaagaagctagagaaattgttactcaatgtcaaaattgctgtgaatttttgcctgtt
+ccttgtgtggaaattaacccacgtagcataagacctttacagctctggcaaatggatgtt
+acccatatctcatcctttggaagacttcaatatttacatgtttctatagatacctgttct
+ggtattatatttgctacacctttaacaggagaaaaggcttcacatgtaattcaacattgc
+ctcgaggcatggagtgcttggggacaacctaaaattcttaagacagataatggaccagcc
+tatacttctcaaaaatttcaacaattctgtcatcagatgaatgtgatgcatctgactggc
+cttccttataatcctcaaggacaaggcattgtggaacgtgcccatcgcactctcaagtcc
+tacttaattaaacaaaaagggggagtcgaggaggttctaccctcggtaccaagagtagct
+gtttctatggcactcttcactcttaattttttaaatcttgatgcccagggccatactgca
+gcttaacgtcactgttcagaacctgataggcccaaggaaatggcaaagtggaaagatgtt
+ttgacaggaaaatggaaaggcccggatcctattttgataagatccaggggagctatatgt
+gtttttccacaggaggaagataatcccttttggattctggagcacctcactcgaaggacc
+cagctcttcgacgatgaatcacaagaacaagatcccaagacatcgatggatcatacttct
+aatgctggagattctggttcctagtatatatggagagttcagaaagggaattatgtcaac
+ttttcctcttcctatgcctgttatgcacaatgcacaaatatttccacggttttttactac
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+TATGAGCTGCTTCACAGCATCCAGGCCCCTGCTCCACTTTGTTCCCTTTCTCTCCATGCA
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+TCGCCCTTGCAGTATAACTATGGCATCCGAAATTTCCGCTTCCACACCATCTCTCACTGC
+GACTGTGACGCCAGGTTGGCAGCAGAAAGAGAGGGCCTGAGGCTCGGGGACAGAGTAGAG
+TTACCCGGTTCTTGGGTCTAGGCACCAGGGACCCAGAGAGTTCTAAAGACCAGCAGCTGG
+GGCCCCTTCTTCCAACCACCCTCCGTGCAGGTGGGCCGAACTGAGGCTCTAGAGCAGGAA
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+TGAATTCTGGTTCTGGGGACAGGTTTCAACAGTGCCTGAGGAGCCAGGGTGACTCCATCT
+CCGACATCATGGGCGTGGCCTTCTTCAACGTGCTGGAGATCCCCTGCTTTGTGCTGAAGG
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+CGATAGGGTGGGCCCTCAGGCTTAGCAGAGAGCCAGCTACGAGAATCTTCATCCCTCTAA
+CACTAGAAAAACTAGAACCTTATGCTTACTGTCTGTTCCTGGCCTGAGTTCTTGCTCCAT
+ACGCTGGCTTTCTGATAGCCTCCCACTCCCTATCCTCCACAGAAGGCTGGCGGCTGACGG
+GAACTCATCCGGCAGATTTGTGGGCAGCTCCTCTCAGCCCCCTACCACAGCTCCTTGCCC
+AGAACTCAGGAGGGTTGTAGCTAACCGAGCCATACCAGTGTGCTGACTGCTCAGGAGGCT
+CCCCGGGGTCCAGCCAGATTCCCCTCTTCAGCTTCTCTCCAGCTTACAGATGAGACACAG
+ATTCCCAGGGGAATCCCTGGCTTGTCAGAAGTCAGTGGCAAAGCCCTGAGGGGCCCaact
+gagcttggtggccataagcctttaatcccagcacagaggcaggtggatctcaatgagttg
+aggcagcctggtctacagagtgagttccaggacagccaggactacacagtgagaccctgc
+ctctaaaaCAAGCAAGCAATAAACCAGATACTGAGGTCCACGCCCTCCCTTCCTGGTCCC
+TGTGCTGACTACGTTTTTTGGGTTTTGGGTTTTTTGGTTTTGGGGGTTTTTGTTAGtttg
+gtttgggttttgtgacactgtcttatgatatagcccaggctggcctgaatgcttgacccc
+cagcgaaccctagggttacagtcacgtgtacTTTGTAAATTTTAAACTGTGAGCAGGTGC
+ATAGCGCAGTAGAGAATTCTTGCTTGGAATGCTGGAGGCCCCAGGCAGATCCCAGCACTG
+CTTAGGAAAAAAAGAGCGCTCTCTGTATAAAATCCCTAACCTGATCTAGAGGCTATTGTG
+CCCTTTCCTATTAAATAGTATACATGAAATGTAACTGTTGTGAAACTGATTAGAGAAATA
+TTTCTTTCTATACCCCTCCCCAGATACACTCAGAGGATTGGATCTGGAAATGTAGAACGC
+AGGTTGAGATCCTTAATCCAAAATCTGAAATTAAAGATGATCTAAAATCTGAAACTTTTT
+AAATATCAACATGACTCCACAAGTGGAAAATTCCAGAGCTGACCTCATGCGACAAGTCAT
+AGTCAAAACATTGGTGTGATACAAATATCGTATAGCATTCTTTCTGGCTGAGTATGACAG
+ACAtgtatgtatgcacatgcatgtggagtccaaggtcagcacaaagtgtcttctttgctt
+tccacctctgttagtttggtttttcgagacagggtttctttgtgtagccctggctgtact
+ggaactcactctgtagaccaggctggcctcaaaatgagagatccccccccctccgccccc
+gtctctgcttcctgaatcctgggattaaaggtgtgctccaccatgcccagcttcacccac
+cttactttgtgaggcagggtctcttattaaacctgaagctcccacgactgactaagctgg
+ctggccactgcgctctgcgagttcacccctctgccaacccagaactagaattacaaatgt
+gccctgcggctagcttttgtttttaatggggtgttaggaaaagtgaacttctctttatgc
+ttgagtagcaaagatttttgccagctgtacatctccccagGTCCTCTAAGATATCTTTTT
+ATGCACATGAACATAGCTCAGGTCCTCTAAGATGTCTCTTTATGCACATGAACATAGCTC
+AGGTCCTCTAAGATGTCTCTTTATGCACATGAACATAGCTCAGGTCCTCTAAGATGTCTC
+TTTATGCACATGAACATAGCTCAGGTCCTCTAAGATGTCTCTTTATGCACATGAACATAG
+CTCAGGTCCTCTAAGATGTCTCTTTATGCACATGAACATAGCTCAGGTCCTCTAAGATGT
+CTCTTTATGCACATGAACATAGCTCAGGTCCTCTAAGATGTCTCTTTATGCACATGAACA
+TAGCTCAGGTCCTCTAAGATGTCTCTTTATGCACATGAACATAGCTCAGGTCCTCTAAGA
+TGTCTCTTTATGCACATGAACATAGCTCAAAATGGAAACGGCCAAGTCAGAACCATCTCT
+GGTTCTAAGCATTTTTGGTGAAGCTCAGTTGCTCTTCACTGCCCTTCAGTAGATGTTTGC
+TTCTGTCCAGGCTTTCATGTATGTTGACCTAGGTACACGTATGGACTGGGAGGAGCGGTG
+AGTATCACTCCAGAATTTTCCAGGGTGTTTTTTTTTTTTTTTGAGGATTAttgtttttgt
+tttgttttgttttgtttctgtttttgagactgtgtctcactatgtagccctggttaccct
+ggaactagttatgtaaaccaggctggtgacaaactcttagagatattcctgactctgtct
+cccaagtgttgggattaaaggtgtatatcgttttgcctggttGAAATGTATTTATTCTAA
+TGTGTGTTTGCatctctgtctctgtctctgtctctgtctctctctctctctctctctctc
+tctctctctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtAAGTGTCTAGAATagacatcatg
+tggttgctgggatttgaactcaggacctccggaagagcagttggcgctcttaagaactga
+gccatctctccagcctccttccttccttccttccttccttcctttctttctttctttctt
+tctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttctttcCATCTA
+TAGATGACTTCTGGGAACGGACCTTGTCCCTTGCTGCCGCTCACTGAAATTGTTTCTTTC
+TCCCACTTTCCGCTTCTAATCAGGTTGCCATGAACACCTTTGACACACACGACTCCATAC
+ACTTGTGTATCCTTGTGTTTCCCAAGAGCAGTGGCATGTCAGTGAACCACATTTGGCATC
+ACTGGCCCTCTGGGAATACTCTCCCCAGCCTTTACCCAGCCTAACATGAGCAATGCGTCT
+CTCATTGTCACAGGAGAGGAAACAGTCCTCCAGTATGGCTTCTTCCTCTGCTGATTTCCT
+CACTATGTTCTTTGCTTTGAGGTGACAAGCCAAGGGCTCAGAGCATGCTGCCTCCTCTCC
+TGGGGGTGGGCCTGGAGGAATTCTCTCAGCCCACAGTCATGGGTGCCTTAGGTCACTTTC
+CCAGGGAGGCTACCAGGAAGTGGTGCTCCACATGCACTTGGTGACGTGCCACGCATGACC
+ACAGGGCGGTGTGGATGACCTTCTGTAGCCTCGGGGGCTTGGAAGCATCAGCTAGGGGAG
+AAATGGAAAGTTTCAGCCTTTTCTGTACACCTATGGGGAAGTAGAAATGTTCCCTTACCC
+CAGCAGCTCAGACCTCAACCATTACCGTTGACAGCTCTGTCTCCTATGGATAAGGCTACT
+GCGTCCACATCACATTGGCACCCCAAACAAATAACAAAAACTCACCAAGACACCCTGTGA
+AAGTGAGTTAGTAGTTTTGtttgtttgtttttaagacagtgtttctctgtgtaaccctgg
+tggtcctagaacttgctctgtagaccaggctggccctcaaactcacagagacctgcctgc
+ctctgcctccaaaggactagaactaaaggcgtgtgccaccactgcccagctGACTCAACA
+GttttggttttttgttgttgttgttttggttttttgttttggtttttTGttttattgttt
+ttcaagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactctgtagaccagg
+ctgacctcgaactcagaaatccgcctgcctctgcctcccaagtgctgggattaaaggcat
+gcaccaccacacccggctAATATGTACATTTTATGTGGTATTTGGAACATAACTATACAA
+CTAAATGtatttgttcatttgtttatttgtttgtttgtttaAGTTCCAGCAGGAAAGGTG
+GTACAGGGGGATAGGGAAGGCTGGCCCCGCCCTCTGAAATAGAAAAGATTGTAGCCTTCC
+GTATGAACCGAGGCCTAGGGCTGAGACGGGATTTTCTCCTTTGTTTCCCAAAATGCATTC
+ATCATAAAACCCAAAACATCTGCAAAGACGGCAGTCATCACCTGTGTCCTTATTATTTGA
+CTAAAAGTTAGAACCACACTCGGCAGACTTTTCTCTCTGTCCATTTCGCCTGCTCTCTTT
+GAGTTGAGTTCGCTGTCTTCTAAGGTTCTGACACTGCCCCAGAGTCCACAGAGCTGGCAA
+AAGCAGTACCCTTTGCGAGCCCTGGCAGCGATGGAAACTCCCTGGGACTAATGTCTTGAC
+CCCTCTGTTCTGTCTTCACTGTCCCTAGGGGTTTCCTGAGATGACTCTGCTGCCAAAGAA
+GCCCTGCAAGTCCAAGGCCAAGGGGTTACTGCTGGGAGCTCTCTTCACCAGTTTCCTATT
+GCTGCTGTACTCCTATGTGGTACCTCCACTGTATCCCAACATGGCCTTCACGTGAGTGAC
+ATCAAAGTGGGCATGGGGCGGGCACCTTCATGGTCTACAGTGGAAGCTTTCTATTGGACA
+ACTACCCAGTACCACCTGCACCATGATGTACTGGGCAGACATTCTGGCAGAACTCTTGGT
+GCAACCCAGGCCTCAGTGTGTGCCTGGCCCACAGAGCAGGAAAATCATCCAACACTGTGG
+CTAAGACTTGAATTATAATCTGAGGCCCCAACAGGGCCACAGTAAGGTCCAGGATAGAGA
+CAGACTGTGGTTTGTCCCAGAATACCTATCTGGCATAAGAGTCCAGATTCGGACTTTTCA
+AACTTAGGCCTATGCGACTGTGTCCCTCTTCTTAAGCAGCCGGGCTCTCCCATCTCCTTG
+TGAGGCTGCGCAGCATACATCTGGTGCCGCTTGCTCTTCATTTAGCCGTTCTAGGGTAAT
+CTGAAAATCATTGCCAGGAAGTGATTTTAATGAAACAAAACAAggagctaaggagatagc
+tcagctgttaagattctttcaaaggaccttggttcaattcccagcacccacatagcagat
+cacaatggtctggaattccagtatcaggggacctgacactctcacacggacataagtgca
+ggcagaacaccaaggtatatagaataaaaataaaTAATTTAAAAACAAAACAAAAAAAAC
+CCAAATTCCCAACAATCTTgggcaggggaaattggggctcagttggtaaagtgcttttct
+agtacccataaaacaatggggttaaaccttcagggctgcatgagaggattgtggctgcct
+gGCTGGTCCAGCTCAGACCCTTCCCAATTCCCCGATGGTACTGTCACCCGCAACCCGCTG
+ACTTCTCCACCCCTGTCTCCTCCAGGACCTCAGAGGCTGCAGCACCCTGCTCCCCTATTC
+CCAATGAGCCAGTGGCAGCCACTCCCGCCAACGGCTCAGCAGGAGGGTGTCAACCTCGGC
+GAGATATTGTGTTCATGAAGACGCACAAGACCGCCAGCAGCACACTGCTCAACATCCTGT
+TCCGCTTCGGCCAGAAGCACGAGCTCAAGTTCGCTTTCCCCAATGGCCGAAACGACTTCC
+ACTACCCGTCGTACTTTGCACGAAGCCTGGTGCAGGACTACCGGCCTGGGGCGTGCTTCA
+ACATCATCTGCAACCACATGCGCTTCCACTATGAGGAAGTGCGCGGGCTGGTGCGGCCGG
+GTGCCACCTTCATCACCGTCATCCGCGACCCTGCTCGTCTCTTCGAGTCTTCCTTCCACT
+ACTTTGGATCCGTGGTGCCGCTCACCTGGAAGCTGTCGAGCCGCGACAAGCTGGCCGAGT
+TCCTGCAGGACCCCGATCGCTACTACGACCCGAGCAGCTACAACGCGCACTACCTCCGCA
+ACCTGCTCTTCTTCGATCTGGGCTATGATAGTAGCCTGGACCCGGCCAGCCCGCGCGTGC
+AGGAGCACATCCTGGAGGTGGAGCGCCGCTTCCACTTGGTGCTACTGCAGGAGTACTTCG
+ACGAATCCCTGGTGCTGCTCCGAGAGCTGCTGTGCTGGGACCTGGAGGACGTGCTGTATT
+TCAAGCTCAATGCGCGGCGCGACTCGCCGGTTCCGCGGCTCTCTGGCGAGCTGTACCGCC
+GAGCCACCGCCTGGAACCTGCTGGACGTGCGCCTCTACCGTCACTTCAACGCCAGCTTCT
+GGCGAAAGGTGGAAGCTTTCGGGCGTGAGCGCATGGCGCGCGAGGTAGCCGAGCTGCGCC
+AAGCGAACGAGCACATGCGCCACATCTGCATAGATGGCGGCCAAGCAGTTGGTGCTGAGG
+CCATCCAGGACTCGGCCATGCAGCCCTGGCAACCCCTGGGCATCAAGTCCATCCTGGGTT
+ACAACCTCAAGAAGAGCATCGGGCCACAACACGAGCAGCTCTGCCGGCGCATGCTCACGC
+CCGAAATCCAGTACCTGTCTGACCTCGGTGCCAATCTCTGGGTCACCAAGCTCTGGAAGT
+TCCTTAGGGACTTTCTAAGGTGGTGATGTATCCTGCCCACCTCCTGTTTGGCTTCCTGAT
+GCAGCAAGGCCGGGCAGGGAGCCTCTGGCACCTAGCCTTCCCTAGCCACACCTAGTGCCA
+CCCTGGGGTCCCTAGGGTCATAGCTGTCTGGGACTAGTCTCTCTGCAGGAGAGAGCCTAA
+CGGAGAGGTATTTAACTAATTATGCCATTTTTTTTTTATTAAATCCCCTTTATTTCCAGC
+CTCCTCTTACAAGGGGAGACGCAGAAGTAAAGAAATTTTATGTGTGTGTGtgtttttttt
+ttgtttgttttttgttttttgttttttttttttgtttttttttttttgttGTTGTTAATC
+GGTCTCACTGTGGTGATTGGAGGGTGTCTGGGATGGGACCTTTGGAAGGGCGTCTATAGA
+CTGGAGTGCAGCAGAGGGCAGGGGCCTGGTGTGTTTGTTACTTGCTGAAGTCGTGTGTGG
+CTCAGAGACTTCCACAAGCTGCCAAAACATGGAAGATCATATGTGAGGCTGAGTGCTGGT
+TGTGTTCCTCCTTCTTGGATGAGTGCTATGAGAATAGGATTTCAGCACAAAGGTTTAGTG
+GAATAGGGATTTTAATGACCTCATGTGACCAAATCAGGGAGGGAGCCGTTTTACTGCTCA
+GGCTATAAAGAACTGATGGAGCTGTTTGGCAGCTGTGGCGACCAGGTTAGAGCAGAGATT
+AGAAACAAATGTGTGTGTGAAGTGTGCATGTGTACACATGACCGGGAGGCTGGGAGCAGC
+ATTCCATGGGGTGCGGAGCTGCAGGCCCTGGATCGCACAAGTTCTCAAGTGACTacagta
+actcttggaggcagacacaattagtgtccctttctagatgtggtatctgaCTCCTAAGGG
+ACTTGCTGGGGGAGGGACATGCTGGGGGAGGATCACATCAAATTCAGGACCATGAGCTAA

Binary file test-data/t_R1.fastq.gz has changed

Binary file test-data/t_R2.fastq.gz has changed

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/bwameth_indexes.loc.sample	Wed Sep 14 04:53:15 2016 -0400
@@ -0,0 +1,10 @@
+# This is a sample file distributed with Galaxy that is used to define a
+# list of bwa-meth indices, using three columns tab separated:
+#
+# bwameth_index_id\tSome description text\t/path/to/genome.fasta
+#
+# An index can be created with the following command:
+#
+# bwameth.py index /some/path/genome.fa
+#
+# "/some/path/genome.fa" would then be the last column in the line

--- a/tool_data_table_conf.xml.sample	Wed Sep 14 04:53:05 2016 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,6 +0,0 @@
-<tables>
-    <table name="bwameth_indexes" comment_char="#">
-        <columns>value, name, path</columns>
-        <file path="tool-data/bwameth_indexes.loc" />
-    </table>
-</tables>

--- a/tool_dependencies.xml	Wed Sep 14 04:53:05 2016 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,12 +0,0 @@
-<?xml version="1.0"?>
-<tool_dependency>
-    <package name="bwa" version="0.7.12">
-       <repository changeset_revision="67aa12c8d449" name="package_bwa_0_7_12" owner="iuc" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
-    </package>
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-       <repository changeset_revision="5b7172f9b230" name="package_samtools_1_2" owner="iuc" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
-    </package>
-    <package name="toolshed" version="0.4.6">
-       <repository changeset_revision="c0ca6d5a5c5c" name="package_python_2_7_toolshed_0_4_6" owner="dpryan79" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
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-</tool_dependency>