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date Thu, 23 Jan 2014 12:31:12 -0500
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files bedClass.py extract.py extract.xml test-data/test.small.vcf test-data/test_extract_discard_info_TV.vcf test-data/test_extract_keep_info_TV.vcf test-data/test_extract_pass_filter_quality_9_DP_2000_lt.vcf test-data/test_extract_quality_90_ge.vcf test-data/test_extract_region_80000_100000.vcf test-data/test_filter_quality_9_DP_2000_lt.vcf tools.py vcfClass.py vcfPytools.py
diffstat 13 files changed, 5053 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
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line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/bedClass.py	Thu Jan 23 12:31:12 2014 -0500
@@ -0,0 +1,80 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os.path
+import sys
+
+class bed:
+  def __init__(self):
+    self.numberTargets = 0
+    self.referenceSequences = {}
+    self.referenceSequenceList = []
+
+  def openBed(self, filename):
+    if filename == "stdin": self.filehandle = sys.stdin
+    else:
+      try: self.filehandle = open(filename,"r")
+      except IOError:
+        print >> sys.stderr, "Failed to find file: ",filename
+        exit(1)
+
+# Get a bed record.
+  def getRecord(self):
+    self.record = self.filehandle.readline()
+    if not self.record: return False
+
+    self.numberTargets = self.numberTargets + 1
+    self.ref = ""
+    self.start = 0
+    self.end = 0
+
+# bed file should be 0-based, half-open, so the start coordinate
+# must be that in the bed file plus one.
+    entries = self.record.rstrip("\n").split("\t")
+    self.referenceSequence = entries[0]
+
+# Add the reference sequence to the dictionary.  If it didn't previously
+# exist append the reference sequence to the end of the list as well. 
+# This ensures that the order in which the reference sequences appeared
+# in the header can be preserved.
+    if self.referenceSequence not in self.referenceSequences:
+      self.referenceSequences[self.referenceSequence] = True
+      self.referenceSequenceList.append(self.referenceSequence)
+
+    try: self.start = int(entries[1]) + 1
+    except:
+      text = "start position need is not an integer"
+      self.generalError(text, "start", entries[1])
+
+    try: self.end = int(entries[2])
+    except:
+      text = "end position need is not an integer"
+      self.generalError(text, "end", entries[2])
+
+# Check that the record is a valid interval.
+    if self.end - self.start < 0:
+      print >> sys.stderr, "Invalid target interval:\n\t", self.record
+      exit(1)
+
+    return True
+
+# Parse through the bed file until the correct reference sequence is
+# encountered and the end position is greater than or equal to that requested.
+  def parseBed(self, referenceSequence, position):
+    success = True
+    if self.referenceSequence != referenceSequence:
+      while self.referenceSequence != referenceSequence and success: success = self.getRecord()
+
+    while self.referenceSequence == referenceSequence and self.end < position and success: success = self.getRecord()
+
+    return success
+
+# Close the bed file.
+  def closeBed(self, filename):
+    self.filehandle.close()
+
+# Define error messages for different handled errors.
+  def generalError(self, text, field, fieldValue):
+    print >> sys.stderr, "\nError encountered when attempting to read:"
+    if field != "": print >> sys.stderr, "\t", field, ":             ", fieldValue
+    print >> sys.stderr,  "\n", text
+    exit(1)
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/extract.py	Thu Jan 23 12:31:12 2014 -0500
@@ -0,0 +1,155 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os.path
+import sys
+import optparse
+
+import vcfClass
+from vcfClass import *
+
+import tools
+from tools import *
+
+if __name__ == "__main__":
+  main()
+
+def main():
+
+# Parse the command line options
+  usage = "Usage: vcfPytools.py extract [options]"
+  parser = optparse.OptionParser(usage = usage)
+  parser.add_option("-i", "--in",
+                    action="store", type="string",
+                    dest="vcfFile", help="input vcf file (stdin for piped vcf)")
+  parser.add_option("-o", "--out",
+                    action="store", type="string",
+                    dest="output", help="output validation file")
+  parser.add_option("-s", "--reference-sequence",
+                    action="store", type="string",
+                    dest="referenceSequence", help="extract records from this reference sequence")
+  parser.add_option("-r", "--region",
+                    action="store", type="string",
+                    dest="region", help="extract records from this region")
+  parser.add_option("-q", "--keep-quality",
+                    action="append", type="string", nargs=2,
+                    dest="keepQuality", help="keep records containing this quality")
+  parser.add_option("-k", "--keep-info",
+                    action="append", type="string",
+                    dest="infoKeep", help="keep records containing this info field")
+  parser.add_option("-d", "--discard-info",
+                    action="append", type="string",
+                    dest="infoDiscard", help="discard records containing this info field")
+  parser.add_option("-p", "--pass-filter",
+                    action="store_true", default=False,
+                    dest="passFilter", help="discard records whose filter field is not PASS")
+
+  (options, args) = parser.parse_args()
+
+# Check that a vcf file is given.
+  if options.vcfFile == None:
+    parser.print_help()
+    print >> sys.stderr, "\nInput vcf file (--in, -i) is required."
+    exit(1)
+
+# Check that either a reference sequence or region is specified,
+# but not both if not dealing with info fields.
+  if not options.infoKeep and not options.infoDiscard and not options.passFilter and not options.keepQuality:
+    if not options.referenceSequence and not options.region:
+      parser.print_help()
+      print >> sys.stderr, "\nA region (--region, -r) or reference sequence (--reference-sequence, -s) must be supplied"
+      print >> sys.stderr, "if not extracting records based on info strings."
+      exit(1)
+  if options.referenceSequence and options.region:
+    parser.print_help()
+    print >> sys.stderr, "\nEither a region (--region, -r) or reference sequence (--reference-sequence, -s) can be supplied, but not both."
+    exit(1)
+
+# If a region was supplied, check the format.
+  if options.region:
+    if options.region.find(":") == -1 or options.region.find("..") == -1:
+      print >> sys.stderr, "\nIncorrect format for region string.  Required: ref:start..end."
+      exit(1)
+    regionList = options.region.split(":",1)
+    referenceSequence = regionList[0]
+    try: start = int(regionList[1].split("..")[0])
+    except ValueError:
+      print >> sys.stderr, "region start coordinate is not an integer"
+      exit(1)
+    try: end = int(regionList[1].split("..")[1])
+    except ValueError:
+      print >> sys.stderr, "region end coordinate is not an integer"
+      exit(1)
+
+# Ensure that discard-info and keep-info haven't both been defined.
+  if options.infoKeep and options.infoDiscard:
+    print >> sys.stderr, "Cannot specify fields to keep and discard simultaneously."
+    exit(1)
+
+# If the --keep-quality argument is used, check that a value and a logical
+# argument are supplied and that the logical argument is valid.
+
+  if options.keepQuality:
+    for value, logic in options.keepQuality:
+      if logic != "eq" and logic != "lt" and logic != "le" and logic != "gt" and logic != "ge":
+        print >> sys.stderr, "Error with --keep-quality (-q) argument.  Must take the following form:"
+        print >> sys.stderr, "\npython vcfPytools extract --in <VCF> --keep-quality <value> <logic>"
+        print >> sys.stderr, "\nwhere logic is one of: eq, le, lt, ge or gt"
+        exit(1)
+    try: qualityValue = float(value)
+    except ValueError:
+      print >> sys.stderr, "Error with --keep-quality (-q) argument.  Must take the following form:"
+      print >> sys.stderr, "Quality value must be an integer or float value."
+      exit(1)
+    qualityLogic = logic
+
+# Set the output file to stdout if no output file was specified.
+  outputFile, writeOut = setOutput(options.output)
+
+  v = vcf() # Define vcf object.
+
+# Set process info to True if info strings need to be parsed.
+  if options.infoKeep or options.infoDiscard: v.processInfo = True
+
+# Open the file.
+  v.openVcf(options.vcfFile)
+
+# Read in the header information.
+  v.parseHeader(options.vcfFile, writeOut)
+  taskDescriptor = "##vcfPytools=extract data"
+  writeHeader(outputFile, v, False, taskDescriptor) # tools.py
+
+# Read through all the entries and write out records in the correct
+# reference sequence.
+  while v.getRecord():
+    writeRecord = True
+    if options.referenceSequence and v.referenceSequence != options.referenceSequence: writeRecord = False
+    elif options.region:
+      if v.referenceSequence != referenceSequence: writeRecord = False
+      elif v.position < start or v.position > end: writeRecord = False
+
+# Only consider these fields if the record is contained within the
+# specified region.
+    if options.infoKeep and writeRecord:
+      for tag in options.infoKeep:
+        if v.infoTags.has_key(tag):
+          writeRecord = True
+          break
+        if not v.infoTags.has_key(tag): writeRecord = False
+    if options.infoDiscard and writeRecord:
+      for tag in options.infoDiscard:
+        if v.infoTags.has_key(tag): writeRecord = False
+    if options.passFilter and v.filters != "PASS" and writeRecord: writeRecord = False
+    if options.keepQuality:
+      if qualityLogic == "eq" and v.quality != qualityValue: writeRecord = False
+      if qualityLogic == "le" and v.quality > qualityValue: writeRecord = False
+      if qualityLogic == "lt" and v.quality >= qualityValue: writeRecord = False
+      if qualityLogic == "ge" and v.quality < qualityValue: writeRecord = False
+      if qualityLogic == "gt" and v.quality <= qualityValue: writeRecord = False
+
+    if writeRecord: outputFile.write(v.record)
+
+# Close the file.
+  v.closeVcf(options.vcfFile)
+
+# Terminate the program cleanly.
+  return 0
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/extract.xml	Thu Jan 23 12:31:12 2014 -0500
@@ -0,0 +1,111 @@
+<tool id="vcf_extract" name="Extract" version="1.0.0">
+  <description>reads from a specified region</description>
+  <command interpreter="python">
+    vcfPytools.py
+      extract 
+      --in=$input1
+      --out=$output1
+      #if $reference_sequence.value.strip()
+        --reference-sequence=$reference_sequence
+      #end if
+      #if $region.value.strip()
+        --region=$region
+      #end if
+      #if $keep_quality.value.strip()
+        --keep-quality=$keep_quality
+      #end if
+      #if $keep_info.value.strip()
+      --keep-info=$keep_info
+      #end if
+      #if $discard_info.value.strip()
+        --discard-info=$discard_info
+      #end if
+      $pass_filter
+  </command>
+  <inputs>
+    <param name="input1" label="VCF file" type="data" format="vcf" />
+    <param name="reference_sequence" label="Extract records from this reference sequence" type="text" value='' />
+    <param name="region" label="Extract records from this region" type="text" value='' help="The format of the region is ref:start..end, where the start and end coordinates are 1-based"/>
+    <param name="keep_quality" label="Keep records containing this quality" type="text" value='' help="This requires two arguments: the quality value and a logical operator (eq - equals, le - less than or equal to, lt - less than, ge - greater than or equal to , gt - greater than) to determine which records to keep.  For example: '90 ge' will retain all records that have a quality of 90 or greater"/>
+    <param name="keep_info" label="Keep records containing this info field" type="text" value='' />
+    <param name="discard_info" label="Discard records containing this info field" type="text" value='' />
+    <param name="pass_filter" label="Discard records whose filter field is not PASS" type="boolean" truevalue="--pass-filter" falsevalue="" checked="False"/>
+  </inputs>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="input1" value="test_filter_quality_9_DP_2000_lt.vcf" ftype="vcf" />
+      <param name="reference_sequence" value='' />
+	  <param name="region" value='' />
+	  <param name="keep_quality" value='' />
+	  <param name="keep_info" value='' />
+	  <param name="discard_info" value='' />
+	  <param name="pass_filter" value='true' />      
+      <output name="output" file="test_extract_pass_filter_quality_9_DP_2000_lt.vcf" lines_diff="6" ftype="vcf" />
+    </test>
+    <test>
+      <param name="input1" value="test.small.vcf" ftype="vcf" />
+      <param name="reference_sequence" value='' />
+      <param name="region" value='20:80000..100000' />
+      <param name="keep_quality" value='' />
+      <param name="keep_info" value='' />
+      <param name="discard_info" value='' />
+      <param name="pass_filter" value='false' />      
+      <output name="output" file="test_extract_region_80000_100000.vcf" ftype="vcf" />
+    </test>
+    <test>
+      <param name="input1" value="test.small.vcf" ftype="vcf" />
+      <param name="reference_sequence" value='' />
+      <param name="region" value='' />
+      <param name="keep_quality" value='90 ge' />
+      <param name="keep_info" value='' />
+      <param name="discard_info" value='' />
+      <param name="pass_filter" value='false' />      
+      <output name="output" file="test_extract_quality_90_ge.vcf" ftype="vcf" />
+    </test>
+    <test>
+      <param name="input1" value="test.small.vcf" ftype="vcf" />
+      <param name="reference_sequence" value='' />
+      <param name="region" value='' />
+      <param name="keep_quality" value='' />
+      <param name="keep_info" value='TV' />
+      <param name="discard_info" value='' />
+      <param name="pass_filter" value='false' />      
+      <output name="output" file="test_extract_keep_info_TV.vcf" ftype="vcf" />
+    </test>
+    <test>
+      <param name="input1" value="test.small.vcf" ftype="vcf" />
+      <param name="reference_sequence" value='' />
+      <param name="region" value='' />
+      <param name="keep_quality" value='' />
+      <param name="keep_info" value='' />
+      <param name="discard_info" value='TV' />
+      <param name="pass_filter" value='false' />      
+      <output name="output" file="test_extract_discard_info_TV.vcf" ftype="vcf" />
+    </test>
+  </tests>
+  <outputs>
+    <data format="vcf" name="output1" label="${tool.name} from ${on_string}" />
+  </outputs>
+  <help>
+
+**What it does**
+
+This tool uses vcfPytools_' extract command to extract reads from a specified region of a VCF file
+
+.. _vcfPytools: https://github.com/AlistairNWard/vcfPytools
+
+Option **Extract records from this reference sequence** outputs all records from the specified reference sequence from the input vcf file into the output vcf file.
+
+Option **Extract records from this region** outputs all records from the specified region from the input vcf file into the output vcf file.  The format of the region is ref:start..end, where the start and end coordinates are 1-based.
+
+Option **Keep records containing this quality** allows only records with specified quality values to be retained.  This requires two arguments: the quality value and a logical operator (eq - equals, le - less than or equal to, lt - less than, ge - greater than or equal to , gt - greater than) to determine which records to keep.  For example: **90 ge** will retain all records that have a quality of 90 or greater.
+
+Option **Keep records containing this info field** allows all records to be removed unless they contain this value in the info field.
+
+Option **Discard records containing this info field** ensures that all records containing this value in the info field will not be included in the output file.  This cannot be used in conjunction with Keep info field to avoid conflict.
+
+Option **Discard records whose filter field is not PASS** will only output records that have the filter field populated with PASS.  All filtered records or records that haven't undergone filtering will be discarded.
+
+
+  </help>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/test.small.vcf	Thu Jan 23 12:31:12 2014 -0500
@@ -0,0 +1,1000 @@
+##fileformat=VCFv4.0
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+##source=freeBayes version 0.4.1
+##reference=/d2/data/references/build_37/human_reference_v37.fa
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+##INFO=<ID=REPEAT,Number=1,Type=String,Description="Description of the local repeat structures flanking the current position">
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+##INFO=<ID=ABR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele balance count: the number of sequence reads from apparent heterozygotes supporting the reference allele">
+##INFO=<ID=RUN,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length: the number of consecutive nucleotides in the reference genome matching the alternate allele prior to the current position">
+##INFO=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
+##INFO=<ID=INS,Number=1,Type=Integer,Description="Length of insertion allele, if present">
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+##INFO=<ID=SNP,Number=0,Type=Flag,Description="SNP allele">
+##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the alternate allele: a number between 0 and 1 representing the ratio of forward strand sequence reads showing the alternate allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
+##INFO=<ID=SA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
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+20	66890	.	G	T	6.54	PASS	NS=313;DP=1102;AC=1;AN=626;AF=0.0015974;RA=1097;AA=4;SR=670|427;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	67080	.	A	G	0.371	PASS	NS=355;DP=1745;AC=1;AN=710;AF=0.0014085;RA=1732;AA=4;SR=907|825;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	67421	.	A	C	0.0555	PASS	NS=363;DP=1999;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=1990;AA=6;SR=945|1045;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
+20	67461	.	A	G	99.0	PASS	NS=357;DP=1894;AC=4;AN=714;AF=0.0056022;RA=1872;AA=14;SR=841|1031;SA=8|6;SB=0.57143;AB=0.5;ABR=13;ABA=13;RUN=2;SNP;TS;CpG
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+20	70611	.	G	A	0.143	PASS	NS=362;DP=1806;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1788;AA=5;SR=1077|711;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	70696	.	T	C	1.72	PASS	NS=365;DP=1849;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1839;AA=4;SR=983|856;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	70804	.	C	T	4.03	PASS	NS=369;DP=2057;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2042;AA=5;SR=1069|973;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	72882	.	T	C	4.28	PASS	NS=369;DP=2031;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2013;AA=5;SR=914|1099;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	72887	.	A	G	2.42	PASS	NS=367;DP=2020;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2004;AA=6;SR=906|1098;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	72890	.	A	G	1.25	PASS	NS=366;DP=2018;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2006;AA=3;SR=910|1096;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	74073	.	T	A	0.0672	PASS	NS=365;DP=2246;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2237;AA=2;SR=1302|935;SA=2|0;SB=1;AB=0.4;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	74232	.	T	C	0.106	PASS	NS=366;DP=2368;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2348;AA=6;SR=1206|1142;SA=5|1;SB=0.83333;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	74297	.	A	T	0.214	PASS	NS=367;DP=2402;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2379;AA=5;SR=1148|1231;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	74347	.	G	A	99.0	PASS	NS=371;DP=2504;AC=76;AN=742;AF=0.10243;RA=2237;AA=253;SR=1152|1085;SA=127|126;SB=0.50198;AB=0.52459;ABR=224;ABA=203;RUN=1;SNP;TS
+20	74355	.	G	T	0.613	PASS	NS=368;DP=2548;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2530;AA=9;SR=1322|1208;SA=5|4;SB=0.55556;AB=0.8125;ABR=13;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	74545	.	T	A	1.96	PASS	NS=361;DP=2030;AC=3;AN=722;AF=0.0041551;RA=2012;AA=12;SR=933|1079;SA=4|8;SB=0.33333;AB=0.55;ABR=11;ABA=9;RUN=1;SNP;TV
+20	74595	.	G	C	0.696	PASS	NS=364;DP=2054;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2046;AA=4;SR=1037|1009;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	74617	.	A	G	4.15	PASS	NS=365;DP=2159;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2139;AA=6;SR=1030|1109;SA=5|1;SB=0.83333;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	74651	.	T	G	55.6	PASS	NS=367;DP=2262;AC=3;AN=734;AF=0.0040872;RA=2241;AA=12;SR=985|1256;SA=5|7;SB=0.41667;AB=0.46154;ABR=6;ABA=7;RUN=1;SNP;TV
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+20	74801	.	T	C	0.234	PASS	NS=361;DP=1925;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=1921;AA=2;SR=960|961;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	75280	.	A	G	0.0778	PASS	NS=350;DP=1862;AC=1;AN=700;AF=0.0014286;RA=1823;AA=17;SR=786|1037;SA=0|17;SB=0;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=1;SNP;TS
+20	75389	.	C	T	2.19	PASS	NS=361;DP=2144;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=2136;AA=4;SR=1054|1082;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	75514	.	C	T	0.116	PASS	NS=369;DP=2263;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2248;AA=7;SR=1190|1058;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	75516	.	A	G	99.0	PASS	NS=369;DP=2296;AC=5;AN=738;AF=0.0067751;RA=2273;AA=14;SR=1217|1056;SA=3|11;SB=0.21429;AB=0.42105;ABR=8;ABA=11;RUN=1;SNP;TS
+20	75691	.	C	G	1.39	PASS	NS=370;DP=2164;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2149;AA=6;SR=933|1216;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	75729	.	C	G	99.0	PASS	NS=368;DP=2200;AC=13;AN=736;AF=0.017663;RA=2156;AA=37;SR=1063|1093;SA=19|18;SB=0.51351;AB=0.50667;ABR=38;ABA=36;RUN=1;SNP;TV
+20	75790	.	G	T	0.37	PASS	NS=366;DP=2147;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2139;AA=5;SR=1124|1015;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=4;SNP;TV
+20	75813	.	G	T	45.2	PASS	NS=367;DP=2170;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2155;AA=11;SR=1100|1055;SA=3|8;SB=0.27273;AB=0.22222;ABR=2;ABA=7;RUN=2;SNP;TV
+20	75880	.	G	A	4.19	PASS	NS=369;DP=2153;AC=3;AN=738;AF=0.004065;RA=2139;AA=7;SR=1037|1102;SA=4|3;SB=0.57143;AB=0.5;ABR=5;ABA=5;RUN=3;SNP;TS
+20	75999	.	T	C	99.0	PASS	NS=371;DP=2394;AC=21;AN=742;AF=0.028302;RA=2315;AA=63;SR=1290|1025;SA=41|22;SB=0.65079;AB=0.50794;ABR=64;ABA=61;RUN=1;SNP;TS
+20	76282	.	G	A	2.2	PASS	NS=370;DP=2122;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2113;AA=2;SR=1137|976;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	76316	.	T	G	0.0522	PASS	NS=353;DP=2029;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=2019;AA=6;SR=1099|920;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=2;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
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+20	76388	.	G	A	99.0	PASS	NS=371;DP=2615;AC=3;AN=742;AF=0.0040431;RA=2588;AA=14;SR=1183|1405;SA=7|7;SB=0.5;AB=0.54167;ABR=13;ABA=11;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	76407	.	C	T	0.047	PASS	NS=369;DP=2638;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2620;AA=7;SR=1141|1479;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=3;SNP;TS
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+20	76614	.	T	C	0.355	PASS	NS=364;DP=2186;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2180;AA=2;SR=1061|1119;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	76631	.	T	A	0.135	PASS	NS=362;DP=2146;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2138;AA=4;SR=1088|1050;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
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+20	76669	.	T	A	3.27	PASS	NS=370;DP=2325;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2319;AA=3;SR=1215|1104;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	76689	.	T	C	14.1	PASS	NS=369;DP=2386;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2371;AA=7;SR=1247|1124;SA=4|3;SB=0.57143;AB=0.25;ABR=1;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	76796	.	T	C	18.7	PASS	NS=368;DP=2408;AC=3;AN=736;AF=0.0040761;RA=2393;AA=9;SR=1269|1124;SA=6|3;SB=0.66667;AB=0.76667;ABR=23;ABA=7;RUN=1;SNP;TS
+20	76801	.	G	A	1.02	PASS	NS=364;DP=2385;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2372;AA=4;SR=1252|1120;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	76915	.	A	G	99.0	PASS	NS=366;DP=2285;AC=3;AN=732;AF=0.0040984;RA=2256;AA=11;SR=1262|994;SA=8|3;SB=0.72727;AB=0.5;ABR=10;ABA=9;RUN=1;SNP;TS
+20	76920	.	G	A	65.7	PASS	NS=367;DP=2288;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2276;AA=7;SR=1297|979;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.58824;ABR=10;ABA=7;RUN=2;SNP;TS
+20	76934	.	A	G	40.7	PASS	NS=368;DP=2253;AC=2;AN=736;AF=0.0027174;RA=2238;AA=6;SR=1276|962;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.42857;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	76962	.	T	C	99.0	PASS	NS=369;DP=2127;AC=599;AN=738;AF=0.81165;RA=436;AA=1670;SR=226|210;SA=898|772;SB=0.53772;AB=0.51024;ABR=299;ABA=281;RUN=2;SNP;TS;CpG
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+20	77115	.	A	G	0.997	PASS	NS=371;DP=2355;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2344;AA=4;SR=1291|1053;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	77870	.	A	G	0.0585	PASS	NS=368;DP=2214;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2176;AA=15;SR=836|1340;SA=3|12;SB=0.2;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	77871	.	C	T	28.8	PASS	NS=368;DP=2215;AC=4;AN=736;AF=0.0054348;RA=2200;AA=11;SR=831|1369;SA=6|5;SB=0.54545;AB=0.75;ABR=9;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	78254	.	C	T	99.0	PASS	NS=345;DP=1534;AC=11;AN=690;AF=0.015942;RA=1494;AA=34;SR=751|743;SA=18|16;SB=0.52941;AB=0.58824;ABR=50;ABA=34;RUN=1;SNP;TS
+20	78255	.	C	A	0.0735	PASS	NS=347;DP=1551;AC=1;AN=694;AF=0.0014409;RA=1538;AA=6;SR=774|764;SA=1|5;SB=0.16667;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	78266	.	T	A	0.136	PASS	NS=354;DP=1640;AC=1;AN=708;AF=0.0014124;RA=1632;AA=4;SR=840|792;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	78455	.	G	A	99.0	PASS	NS=342;DP=1209;AC=3;AN=684;AF=0.004386;RA=1190;AA=12;SR=657|533;SA=5|7;SB=0.41667;AB=0.45;ABR=9;ABA=11;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	78515	.	G	A	15.5	PASS	NS=201;DP=435;AC=1;AN=402;AF=0.0024876;RA=429;AA=2;SR=37|392;SA=0|2;SB=0;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	78691	.	T	G	0.408	PASS	NS=164;DP=352;AC=1;AN=328;AF=0.0030488;RA=346;AA=3;SR=10|336;SA=0|3;SB=0;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	83154	.	C	G	0.0482	PASS	NS=368;DP=2149;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2137;AA=6;SR=1070|1067;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
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+20	84201	.	G	A	99.0	PASS	NS=355;DP=1809;AC=4;AN=710;AF=0.0056338;RA=1784;AA=14;SR=830|954;SA=9|5;SB=0.64286;AB=0.5;ABR=11;ABA=11;RUN=2;SNP;TS
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+20	87230	.	G	A	0.205	PASS	NS=347;DP=1809;AC=4;AN=694;AF=0.0057637;RA=1779;AA=26;SR=812|967;SA=1|25;SB=0.038462;AB=0.71429;ABR=15;ABA=6;RUN=8;SNP;TS
+20	87254	.	C	T	99.0	PASS	NS=333;DP=1705;AC=3;AN=666;AF=0.0045045;RA=1687;AA=11;SR=755|932;SA=5|6;SB=0.45455;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=2;SNP;TS
+20	87265	.	A	G	0.41	PASS	NS=335;DP=1686;AC=1;AN=670;AF=0.0014925;RA=1680;AA=3;SR=813|867;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	87313	.	A	G	1.57	PASS	NS=354;DP=1886;AC=1;AN=708;AF=0.0014124;RA=1880;AA=2;SR=941|939;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	91778	.	T	A	2.05	PASS	NS=366;DP=2459;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2444;AA=7;SR=1123|1321;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	91863	.	A	G	1.48	PASS	NS=364;DP=2501;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2488;AA=4;SR=1261|1227;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=4;SNP;TS
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+20	92774	.	T	C	0.403	PASS	NS=364;DP=2560;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2548;AA=3;SR=1242|1306;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	93114	.	C	T	0.601	PASS	NS=356;DP=2138;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=2132;AA=2;SR=970|1162;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	95104	.	A	G	4.49	PASS	NS=362;DP=1930;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1921;AA=3;SR=930|991;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	95249	.	C	G	1.12	PASS	NS=363;DP=1934;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=1923;AA=4;SR=955|968;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	95360	.	C	G	0.0671	PASS	NS=365;DP=2104;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2088;AA=3;SR=1177|911;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.86667;ABR=13;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	95603	.	T	C	0.0469	PASS	NS=347;DP=1778;AC=1;AN=694;AF=0.0014409;RA=1758;AA=5;SR=858|900;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
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+20	96579	.	G	A	24.7	PASS	NS=359;DP=1704;AC=5;AN=718;AF=0.0069638;RA=1670;AA=17;SR=848|822;SA=9|8;SB=0.52941;AB=0.52632;ABR=10;ABA=9;RUN=1;SNP;TS
+20	96646	.	G	A	0.141	PASS	NS=364;DP=1850;AC=2;AN=728;AF=0.0027473;RA=1823;AA=6;SR=961|862;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.57143;ABR=4;ABA=3;RUN=2;SNP;TS
+20	96670	.	C	T	2.72	PASS	NS=366;DP=1963;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=1953;AA=4;SR=1050|903;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	96695	.	C	T	13.0	PASS	NS=364;DP=1927;AC=2;AN=728;AF=0.0027473;RA=1894;AA=13;SR=1024|870;SA=12|1;SB=0.92308;AB=0.42857;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	96815	.	A	G	0.711	PASS	NS=371;DP=2127;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2098;AA=18;SR=1051|1047;SA=1|17;SB=0.055556;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	96872	.	G	T	0.0924	PASS	NS=368;DP=2394;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2385;AA=5;SR=1289|1096;SA=0|5;SB=0;AB=0.66667;ABR=2;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
+20	96891	.	C	T	4.45	PASS	NS=365;DP=2401;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2387;AA=4;SR=1293|1094;SA=1|3;SB=0.25;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	99132	.	G	T	0.374	PASS	NS=371;DP=2502;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2492;AA=6;SR=1292|1200;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
+20	99200	.	C	G	47.2	PASS	NS=368;DP=2476;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2464;AA=5;SR=1140|1324;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.33333;ABR=2;ABA=4;RUN=1;SNP;TV
+20	99228	.	C	T	48.9	PASS	NS=368;DP=2404;AC=4;AN=736;AF=0.0054348;RA=2382;AA=12;SR=1087|1295;SA=5|7;SB=0.41667;AB=0.5;ABR=9;ABA=9;RUN=4;SNP;TS
+20	99318	.	G	T	0.264	PASS	NS=368;DP=2147;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2135;AA=8;SR=914|1221;SA=6|2;SB=0.75;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	99500	.	C	A	99.0	PASS	NS=366;DP=2130;AC=35;AN=732;AF=0.047814;RA=2048;AA=75;SR=792|1256;SA=26|49;SB=0.34667;AB=0.512;ABR=64;ABA=60;RUN=1;SNP;TV
+20	99554	.	C	A	5.17	PASS	NS=365;DP=2104;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2095;AA=4;SR=846|1249;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	99563	.	T	C	0.153	PASS	NS=365;DP=2130;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2126;AA=3;SR=906|1220;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	99612	.	A	G	1.43	PASS	NS=370;DP=2190;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2185;AA=2;SR=1213|972;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	99627	.	G	T	1.72	PASS	NS=369;DP=2210;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2203;AA=6;SR=1239|964;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
+20	99632	.	T	C	2.53	PASS	NS=369;DP=2206;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2197;AA=3;SR=1231|966;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	99653	.	C	A	0.0845	PASS	NS=366;DP=2296;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2287;AA=5;SR=1195|1092;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=4;SNP;TV
+20	99667	.	C	T	99.0	PASS	NS=367;DP=2225;AC=5;AN=734;AF=0.006812;RA=2197;AA=21;SR=1101|1096;SA=9|12;SB=0.42857;AB=0.54545;ABR=24;ABA=20;RUN=1;SNP;TS
+20	99704	.	T	C	0.0612	PASS	NS=370;DP=2145;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2141;AA=2;SR=997|1144;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	99734	.	C	T	0.0662	PASS	NS=366;DP=2113;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2101;AA=6;SR=956|1145;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	99801	.	G	A	99.0	PASS	NS=367;DP=1968;AC=88;AN=734;AF=0.11989;RA=1750;AA=214;SR=977|773;SA=103|111;SB=0.48131;AB=0.46021;ABR=133;ABA=154;RUN=1;SNP;TS
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+20	100030	.	G	T	2.4	PASS	NS=361;DP=1980;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=1969;AA=9;SR=986|983;SA=6|3;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
+20	100133	.	T	C	2.2	PASS	NS=359;DP=2041;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=2033;AA=3;SR=936|1097;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	100134	.	A	G	72.1	PASS	NS=360;DP=2052;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=2042;AA=5;SR=942|1100;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.33333;ABR=2;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	100172	.	G	C	16.2	PASS	NS=356;DP=2127;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=2120;AA=2;SR=996|1124;SA=2|0;SB=1;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	100190	.	A	T	99.0	PASS	NS=360;DP=2144;AC=20;AN=720;AF=0.027778;RA=2093;AA=43;SR=1027|1066;SA=23|20;SB=0.53488;AB=0.56044;ABR=51;ABA=40;RUN=1;SNP;TV
+20	100272	.	C	T	99.0	PASS	NS=352;DP=1860;AC=85;AN=704;AF=0.12074;RA=1684;AA=174;SR=855|829;SA=90|84;SB=0.51724;AB=0.48826;ABR=104;ABA=109;RUN=6;SNP;TS
+20	100275	.	C	G	27.0	PASS	NS=354;DP=1879;AC=1;AN=708;AF=0.0014124;RA=1870;AA=5;SR=954|916;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.4;ABR=2;ABA=3;RUN=1;SNP;TV
+20	100277	.	A	G	0.355	PASS	NS=351;DP=1863;AC=1;AN=702;AF=0.0014245;RA=1857;AA=3;SR=938|919;SA=0|3;SB=0;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=2;SNP;TS;CpG
+20	100279	.	T	C	99.0	PASS	NS=349;DP=1846;AC=9;AN=698;AF=0.012894;RA=1829;AA=13;SR=926|903;SA=3|10;SB=0.23077;AB=0.52381;ABR=11;ABA=10;RUN=2;SNP;TS
+20	100308	.	A	G	5.47	PASS	NS=354;DP=1794;AC=1;AN=708;AF=0.0014124;RA=1781;AA=3;SR=814|967;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	100339	.	C	A	99.0	PASS	NS=356;DP=1834;AC=18;AN=712;AF=0.025281;RA=1785;AA=45;SR=760|1025;SA=16|29;SB=0.35556;AB=0.50667;ABR=38;ABA=37;RUN=2;SNP;TV
+20	100495	.	G	A	99.0	PASS	NS=359;DP=2056;AC=85;AN=718;AF=0.11838;RA=1866;AA=181;SR=948|918;SA=93|88;SB=0.51381;AB=0.548;ABR=137;ABA=113;RUN=1;SNP;TS
+20	100505	.	T	C	99.0	PASS	NS=357;DP=2026;AC=83;AN=714;AF=0.11625;RA=1853;AA=167;SR=909|944;SA=83|84;SB=0.49701;AB=0.57025;ABR=138;ABA=104;RUN=1;SNP;TS
+20	100515	.	T	A	1.58	PASS	NS=357;DP=1978;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=1971;AA=3;SR=933|1038;SA=0|3;SB=0;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=4;SNP;TV
+20	100537	.	C	A	8.5	PASS	NS=360;DP=1925;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1910;AA=6;SR=851|1059;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	100554	.	T	C	5.56	PASS	NS=361;DP=1910;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=1902;AA=3;SR=827|1075;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	100564	.	T	C	0.454	PASS	NS=359;DP=1868;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1865;AA=2;SR=825|1040;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=2;SNP;TS;CpG
+20	100569	.	A	G	0.0539	PASS	NS=353;DP=1836;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1825;AA=3;SR=832|993;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	100592	.	T	C	6.17	PASS	NS=350;DP=1763;AC=1;AN=700;AF=0.0014286;RA=1756;AA=3;SR=892|864;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	100645	.	C	T	99.0	PASS	NS=355;DP=1769;AC=2;AN=710;AF=0.0028169;RA=1753;AA=12;SR=929|824;SA=8|4;SB=0.66667;AB=0.42857;ABR=9;ABA=12;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	100678	.	C	T	99.0	PASS	NS=351;DP=1593;AC=77;AN=702;AF=0.10969;RA=1411;AA=177;SR=563|848;SA=177|0;SB=1;AB=0.69182;ABR=220;ABA=97;RUN=4;SNP;TS
+20	100699	.	C	T	99.0	PASS	NS=348;DP=1572;AC=178;AN=696;AF=0.25575;RA=1157;AA=387;SR=473|684;SA=178|209;SB=0.45995;AB=0.49265;ABR=201;ABA=204;RUN=2;SNP;TS
+20	100700	.	A	C	0.0548	PASS	NS=350;DP=1624;AC=1;AN=700;AF=0.0014286;RA=1609;AA=7;SR=721|888;SA=2|5;SB=0.28571;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=4;SNP;TV
+20	100764	.	C	T	20.8	PASS	NS=353;DP=1810;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1805;AA=3;SR=774|1031;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=3;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	100767	.	T	G	99.0	PASS	NS=355;DP=1827;AC=8;AN=710;AF=0.011268;RA=1795;AA=25;SR=765|1030;SA=6|19;SB=0.24;AB=0.45714;ABR=16;ABA=19;RUN=1;SNP;TV
+20	100816	.	A	G	1.13	PASS	NS=346;DP=1873;AC=1;AN=692;AF=0.0014451;RA=1867;AA=2;SR=836|1031;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	100854	.	T	A	93.6	PASS	NS=346;DP=1891;AC=1;AN=692;AF=0.0014451;RA=1877;AA=10;SR=914|963;SA=4|6;SB=0.4;AB=0.33333;ABR=4;ABA=8;RUN=2;SNP;TV
+20	100862	.	C	A	6.72	PASS	NS=347;DP=1913;AC=1;AN=694;AF=0.0014409;RA=1902;AA=4;SR=956|946;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	100881	.	T	C	0.499	PASS	NS=353;DP=1949;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1943;AA=2;SR=1035|908;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	100904	.	T	C	4.63	PASS	NS=358;DP=1912;AC=1;AN=716;AF=0.0013966;RA=1906;AA=2;SR=1075|831;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	101020	.	T	C	1.07	PASS	NS=357;DP=1819;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=1807;AA=4;SR=962|845;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	101235	.	T	G	39.9	PASS	NS=365;DP=2094;AC=3;AN=730;AF=0.0041096;RA=2082;AA=8;SR=1042|1040;SA=4|4;SB=0.5;AB=0.41667;ABR=5;ABA=7;RUN=2;SNP;TV
+20	101355	.	T	C	99.0	PASS	NS=362;DP=2122;AC=25;AN=724;AF=0.03453;RA=2066;AA=51;SR=947|1119;SA=17|34;SB=0.33333;AB=0.58036;ABR=65;ABA=47;RUN=1;SNP;TS
+20	101362	.	G	A	99.0	PASS	NS=362;DP=2073;AC=86;AN=724;AF=0.11878;RA=1825;AA=242;SR=817|1008;SA=107|135;SB=0.44215;AB=0.54505;ABR=242;ABA=202;RUN=3;SNP;TS
+20	101437	.	C	T	99.0	PASS	NS=364;DP=1982;AC=21;AN=728;AF=0.028846;RA=1917;AA=58;SR=1001|916;SA=24|34;SB=0.41379;AB=0.46667;ABR=42;ABA=48;RUN=1;SNP;TS
+20	101449	.	A	G	99.0	PASS	NS=362;DP=1984;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1971;AA=10;SR=1065|906;SA=5|5;SB=0.5;AB=0;ABR=0;ABA=10;RUN=1;SNP;TS
+20	101513	.	T	C	99.0	PASS	NS=364;DP=2010;AC=3;AN=728;AF=0.0041209;RA=1985;AA=11;SR=952|1033;SA=4|7;SB=0.36364;AB=0.47059;ABR=8;ABA=9;RUN=1;SNP;TS
+20	101515	.	G	A	25.8	PASS	NS=364;DP=1991;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=1979;AA=5;SR=946|1033;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=2;SNP;TS
+20	101521	.	A	T	3.47	PASS	NS=365;DP=1956;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1949;AA=3;SR=905|1044;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	101567	.	A	G	31.0	PASS	NS=359;DP=1818;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1808;AA=5;SR=875|933;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.375;ABR=3;ABA=5;RUN=1;SNP;TS
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+20	101905	.	G	C	99.0	PASS	NS=370;DP=2159;AC=13;AN=740;AF=0.017568;RA=2107;AA=46;SR=1075|1032;SA=30|16;SB=0.65217;AB=0.46988;ABR=39;ABA=44;RUN=1;SNP;TV
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+20	102181	.	T	C	99.0	PASS	NS=370;DP=2299;AC=310;AN=740;AF=0.41892;RA=1354;AA=940;SR=740|614;SA=508|432;SB=0.54043;AB=0.51446;ABR=427;ABA=401;RUN=2;SNP;TS
+20	102203	.	T	C	99.0	PASS	NS=369;DP=2327;AC=7;AN=738;AF=0.0094851;RA=2305;AA=15;SR=1223|1082;SA=11|4;SB=0.73333;AB=0.72727;ABR=24;ABA=9;RUN=2;SNP;TS
+20	102205	.	A	G	7.9	PASS	NS=368;DP=2331;AC=2;AN=736;AF=0.0027174;RA=2314;AA=5;SR=1222|1092;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.57143;ABR=4;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
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+20	102312	.	A	G	39.1	PASS	NS=369;DP=2482;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2466;AA=6;SR=1292|1174;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.63636;ABR=7;ABA=4;RUN=2;SNP;TS
+20	102387	.	C	A	0.0651	PASS	NS=372;DP=2764;AC=1;AN=744;AF=0.0013441;RA=2750;AA=8;SR=1316|1434;SA=3|5;SB=0.375;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	102441	.	T	C	99.0	PASS	NS=370;DP=2720;AC=18;AN=740;AF=0.024324;RA=2616;AA=92;SR=1328|1288;SA=36|56;SB=0.3913;AB=0.51075;ABR=95;ABA=91;RUN=1;SNP;TS
+20	102464	.	G	C	99.0	PASS	NS=368;DP=2753;AC=4;AN=736;AF=0.0054348;RA=2720;AA=13;SR=1339|1381;SA=9|4;SB=0.69231;AB=0.56667;ABR=17;ABA=13;RUN=1;SNP;TV
+20	102485	.	A	G	0.539	PASS	NS=372;DP=2911;AC=1;AN=744;AF=0.0013441;RA=2902;AA=4;SR=1393|1509;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	102510	.	C	T	0.0965	PASS	NS=368;DP=2818;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2807;AA=3;SR=1294|1513;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	102511	.	G	A	0.0598	PASS	NS=369;DP=2815;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2803;AA=6;SR=1297|1506;SA=5|1;SB=0.83333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	102519	.	G	A	9.8	PASS	NS=369;DP=2741;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2734;AA=4;SR=1271|1463;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	102524	.	A	G	99.0	PASS	NS=370;DP=2710;AC=31;AN=740;AF=0.041892;RA=2605;AA=99;SR=1195|1410;SA=45|54;SB=0.45455;AB=0.54082;ABR=106;ABA=90;RUN=1;SNP;TS
+20	102631	.	G	A	2.6	PASS	NS=367;DP=2311;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2298;AA=4;SR=1160|1138;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	102760	.	A	G	0.319	PASS	NS=371;DP=2530;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2521;AA=5;SR=1100|1421;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	103487	.	A	G	99.0	PASS	NS=367;DP=2018;AC=26;AN=734;AF=0.035422;RA=1949;AA=62;SR=873|1076;SA=26|36;SB=0.41935;AB=0.52577;ABR=51;ABA=46;RUN=1;SNP;TS
+20	103517	.	A	T	99.0	PASS	NS=362;DP=1991;AC=307;AN=724;AF=0.42403;RA=1246;AA=741;SR=604|642;SA=340|401;SB=0.45884;AB=0.49821;ABR=278;ABA=279;RUN=1;SNP;TV
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+20	103642	.	C	G	99.0	PASS	NS=361;DP=1999;AC=90;AN=722;AF=0.12465;RA=1791;AA=200;SR=906|885;SA=106|94;SB=0.53;AB=0.50545;ABR=139;ABA=134;RUN=1;SNP;TV
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+20	103659	.	T	G	0.587	PASS	NS=355;DP=1968;AC=1;AN=710;AF=0.0014085;RA=1961;AA=6;SR=994|967;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	103694	.	C	T	9.34	PASS	NS=360;DP=2012;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=2005;AA=2;SR=1039|966;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	103722	.	T	C	3.92	PASS	NS=365;DP=2168;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2161;AA=4;SR=1157|1004;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	103762	.	G	A	5.05	PASS	NS=367;DP=2133;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2122;AA=2;SR=1144|978;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	103813	.	G	A	99.0	PASS	NS=362;DP=1974;AC=23;AN=724;AF=0.031768;RA=1909;AA=59;SR=1009|900;SA=35|24;SB=0.59322;AB=0.58779;ABR=77;ABA=54;RUN=1;SNP;TS
+20	103826	.	T	C	1.89	PASS	NS=360;DP=1939;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1930;AA=2;SR=993|937;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	104114	.	G	C	99.0	PASS	NS=361;DP=2017;AC=4;AN=722;AF=0.0055402;RA=2002;AA=12;SR=921|1081;SA=3|9;SB=0.25;AB=0.5;ABR=11;ABA=11;RUN=1;SNP;TV
+20	104292	.	A	G	0.304	PASS	NS=360;DP=2180;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=2177;AA=2;SR=1102|1075;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	104330	.	A	T	0.0694	PASS	NS=366;DP=2128;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2121;AA=3;SR=1033|1088;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	104367	.	T	G	0.273	PASS	NS=366;DP=2220;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2206;AA=8;SR=1142|1064;SA=5|3;SB=0.625;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
+20	104402	.	T	G	0.435	PASS	NS=362;DP=2078;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2064;AA=10;SR=1163|901;SA=1|9;SB=0.1;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
+20	104520	.	A	G	99.0	PASS	NS=366;DP=2249;AC=90;AN=732;AF=0.12295;RA=1999;AA=247;SR=942|1057;SA=126|121;SB=0.51012;AB=0.52493;ABR=200;ABA=181;RUN=2;SNP;TS
+20	104532	.	C	T	9.69	PASS	NS=370;DP=2249;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2239;AA=3;SR=1069|1170;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	104534	.	T	C	99.0	PASS	NS=371;DP=2257;AC=27;AN=742;AF=0.036388;RA=2156;AA=93;SR=1027|1129;SA=49|44;SB=0.52688;AB=0.51852;ABR=84;ABA=78;RUN=1;SNP;TS
+20	104604	.	T	C	99.0	PASS	NS=364;DP=2148;AC=30;AN=728;AF=0.041209;RA=2078;AA=61;SR=1065|1013;SA=29|32;SB=0.47541;AB=0.52632;ABR=50;ABA=42;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	105407	.	T	C	6.06	PASS	NS=347;DP=1867;AC=1;AN=694;AF=0.0014409;RA=1860;AA=2;SR=843|1017;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	105450	.	A	G	1.12	PASS	NS=353;DP=1846;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1842;AA=2;SR=803|1039;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	105930	.	G	T	11.5	PASS	NS=362;DP=2051;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2038;AA=2;SR=1081|957;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	106098	.	A	G	99.0	PASS	NS=362;DP=1933;AC=14;AN=724;AF=0.019337;RA=1875;AA=55;SR=915|960;SA=20|35;SB=0.36364;AB=0.43023;ABR=37;ABA=49;RUN=1;SNP;TS
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+20	106411	.	C	A	99.0	PASS	NS=353;DP=1798;AC=6;AN=706;AF=0.0084986;RA=1782;AA=15;SR=908|874;SA=8|7;SB=0.53333;AB=0.5;ABR=13;ABA=13;RUN=3;SNP;TV
+20	106550	.	T	C	0.176	PASS	NS=348;DP=1664;AC=1;AN=696;AF=0.0014368;RA=1657;AA=3;SR=738|919;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	106613	.	A	G	99.0	PASS	NS=363;DP=1933;AC=17;AN=726;AF=0.023416;RA=1878;AA=52;SR=795|1083;SA=23|29;SB=0.44231;AB=0.45833;ABR=44;ABA=52;RUN=1;SNP;TS
+20	106635	.	G	A	99.0	PASS	NS=364;DP=1892;AC=261;AN=728;AF=0.35852;RA=1263;AA=626;SR=506|757;SA=246|380;SB=0.39297;AB=0.48309;ABR=300;ABA=321;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	107071	.	G	A	0.0548	PASS	NS=297;DP=963;AC=1;AN=594;AF=0.0016835;RA=954;AA=4;SR=622|332;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	107118	.	C	T	0.0477	PASS	NS=310;DP=1008;AC=3;AN=620;AF=0.0048387;RA=1002;AA=3;SR=698|304;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0;ABR=0;ABA=1;RUN=1;SNP;TS
+20	107120	.	T	G	11.1	PASS	NS=306;DP=986;AC=1;AN=612;AF=0.001634;RA=974;AA=7;SR=677|297;SA=2|5;SB=0.28571;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	107152	.	A	G	38.9	PASS	NS=307;DP=943;AC=5;AN=614;AF=0.0081433;RA=930;AA=9;SR=548|382;SA=6|3;SB=0.66667;AB=0.75;ABR=3;ABA=1;RUN=3;SNP;TS;CpG
+20	107160	.	C	G	99.0	PASS	NS=312;DP=969;AC=4;AN=624;AF=0.0064103;RA=951;AA=12;SR=546|405;SA=5|7;SB=0.41667;AB=0.4;ABR=6;ABA=9;RUN=2;SNP;TV
+20	107201	.	G	A	99.0	PASS	NS=317;DP=936;AC=24;AN=634;AF=0.037855;RA=883;AA=51;SR=486|397;SA=36|15;SB=0.70588;AB=0.40278;ABR=29;ABA=43;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	107273	.	C	A	0.855	PASS	NS=298;DP=985;AC=1;AN=596;AF=0.0016779;RA=978;AA=3;SR=689|289;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	107457	.	T	C	99.0	PASS	NS=350;DP=1623;AC=91;AN=700;AF=0.13;RA=1430;AA=185;SR=730|700;SA=101|84;SB=0.54595;AB=0.52964;ABR=134;ABA=117;RUN=1;SNP;TS
+20	107563	.	T	G	1.01	PASS	NS=353;DP=1642;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1604;AA=29;SR=596|1008;SA=25|4;SB=0.86207;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
+20	107613	.	T	G	99.0	PASS	NS=350;DP=1383;AC=68;AN=700;AF=0.097143;RA=1287;AA=95;SR=532|755;SA=36|59;SB=0.37895;AB=0.58621;ABR=68;ABA=48;RUN=1;SNP;TV
+20	107682	.	T	C	1.66	PASS	NS=328;DP=1188;AC=1;AN=656;AF=0.0015244;RA=1174;AA=7;SR=513|661;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	107739	.	C	T	19.1	PASS	NS=309;DP=939;AC=1;AN=618;AF=0.0016181;RA=931;AA=4;SR=333|598;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.25;ABR=1;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	107972	.	T	C	8.26	PASS	NS=356;DP=1989;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=1981;AA=3;SR=1113|868;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	108012	.	A	C	0.159	PASS	NS=352;DP=1969;AC=1;AN=704;AF=0.0014205;RA=1957;AA=8;SR=1101|856;SA=6|2;SB=0.75;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	108135	.	G	A	0.105	PASS	NS=359;DP=1667;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1654;AA=4;SR=1019|635;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	108187	.	A	G	99.0	PASS	NS=357;DP=1712;AC=83;AN=714;AF=0.11625;RA=1508;AA=195;SR=874|634;SA=103|92;SB=0.52821;AB=0.54895;ABR=157;ABA=128;RUN=1;SNP;TS
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+20	108328	.	A	C	99.0	PASS	NS=362;DP=2007;AC=628;AN=724;AF=0.8674;RA=315;AA=1690;SR=139|176;SA=829|861;SB=0.49053;AB=0.52174;ABR=204;ABA=187;RUN=1;SNP;TV
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+20	108711	.	A	C	99.0	PASS	NS=227;DP=741;AC=10;AN=454;AF=0.022026;RA=723;AA=15;SR=265|458;SA=7|8;SB=0.46667;AB=0.51724;ABR=15;ABA=14;RUN=1;SNP;TV
+20	108793	.	C	G	68.9	PASS	NS=193;DP=364;AC=8;AN=386;AF=0.020725;RA=352;AA=10;SR=228|124;SA=6|4;SB=0.6;AB=0.57895;ABR=11;ABA=8;RUN=1;SNP;TV
+20	108889	.	G	C	99.0	PASS	NS=353;DP=1305;AC=22;AN=706;AF=0.031161;RA=1259;AA=38;SR=644|615;SA=22|16;SB=0.57895;AB=0.5;ABR=21;ABA=21;RUN=2;SNP;TV
+20	108949	.	T	G	99.0	PASS	NS=329;DP=1082;AC=61;AN=658;AF=0.092705;RA=988;AA=92;SR=653|335;SA=70|22;SB=0.76087;AB=0.53;ABR=53;ABA=47;RUN=1;SNP;TV
+20	108958	.	A	C	99.0	PASS	NS=324;DP=1013;AC=125;AN=648;AF=0.1929;RA=809;AA=201;SR=551|258;SA=141|60;SB=0.70149;AB=0.5503;ABR=93;ABA=75;RUN=2;SNP;TV
+20	109043	.	G	T	13.5	PASS	NS=342;DP=1318;AC=1;AN=684;AF=0.001462;RA=1299;AA=4;SR=862|437;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	109213	.	A	C	37.3	PASS	NS=366;DP=1810;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=1803;AA=4;SR=998|805;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.2;ABR=1;ABA=4;RUN=1;SNP;TV
+20	109258	.	T	C	3.83	PASS	NS=370;DP=2046;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2039;AA=3;SR=1134|905;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	109272	.	C	G	99.0	PASS	NS=367;DP=2020;AC=90;AN=734;AF=0.12262;RA=1774;AA=241;SR=983|791;SA=127|114;SB=0.52697;AB=0.50142;ABR=177;ABA=175;RUN=2;SNP;TV
+20	109273	.	T	A	7.99	PASS	NS=367;DP=2018;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2012;AA=2;SR=1110|902;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	109288	.	G	C	99.0	PASS	NS=364;DP=1921;AC=90;AN=728;AF=0.12363;RA=1686;AA=221;SR=898|788;SA=120|101;SB=0.54299;AB=0.51133;ABR=158;ABA=148;RUN=1;SNP;TV
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+20	109575	.	A	G	0.588	PASS	NS=364;DP=2020;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2008;AA=4;SR=931|1077;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	109582	.	T	G	23.2	PASS	NS=362;DP=1967;AC=3;AN=724;AF=0.0041436;RA=1957;AA=6;SR=907|1050;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.58333;ABR=7;ABA=5;RUN=1;SNP;TV
+20	109707	.	G	A	0.971	PASS	NS=323;DP=1467;AC=1;AN=646;AF=0.001548;RA=1455;AA=3;SR=669|786;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	109725	.	T	C	0.908	PASS	NS=336;DP=1492;AC=1;AN=672;AF=0.0014881;RA=1479;AA=7;SR=670|809;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	109736	.	T	C	0.074	PASS	NS=342;DP=1489;AC=1;AN=684;AF=0.001462;RA=1478;AA=5;SR=680|798;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	110970	.	G	A	99.0	PASS	NS=88;DP=160;AC=37;AN=176;AF=0.21023;RA=125;AA=32;SR=6|119;SA=0|32;SB=0;AB=0.54545;ABR=12;ABA=9;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	110976	.	G	A	67.8	PASS	NS=80;DP=137;AC=6;AN=160;AF=0.0375;RA=127;AA=8;SR=4|123;SA=0|8;SB=0;AB=0.4;ABR=2;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	110979	.	A	G	99.0	PASS	NS=41;DP=61;AC=39;AN=82;AF=0.47561;RA=29;AA=30;SR=4|25;SA=0|30;SB=0;AB=0.375;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	111531	.	G	A	0.0614	PASS	NS=6;DP=8;AC=4;AN=12;AF=0.33333;RA=3;AA=4;SR=0|3;SA=0|4;SB=0;AB=0;ABR=0;ABA=0;RUN=7;SNP;TS
+20	116405	.	G	A	49.6	PASS	NS=55;DP=69;AC=26;AN=110;AF=0.23636;RA=52;AA=16;SR=49|3;SA=16|0;SB=1;AB=0;ABR=0;ABA=0;RUN=2;SNP;TS
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+20	119596	.	A	G	99.0	PASS	NS=366;DP=2103;AC=39;AN=732;AF=0.053279;RA=2004;AA=97;SR=874|1130;SA=41|56;SB=0.42268;AB=0.54706;ABR=93;ABA=76;RUN=1;SNP;TS
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+20	119730	.	A	G	99.0	PASS	NS=308;DP=1035;AC=49;AN=616;AF=0.079545;RA=956;AA=69;SR=376|580;SA=24|45;SB=0.34783;AB=0.52427;ABR=54;ABA=48;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	119734	.	T	C	4.93	PASS	NS=310;DP=1053;AC=1;AN=620;AF=0.0016129;RA=1034;AA=10;SR=379|655;SA=2|8;SB=0.2;AB=0.5;ABR=3;ABA=3;RUN=3;SNP;TS
+20	119897	.	T	C	0.0526	PASS	NS=263;DP=770;AC=1;AN=526;AF=0.0019011;RA=760;AA=7;SR=349|411;SA=4|3;SB=0.57143;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS;CpG
+20	119918	.	A	G	44.3	PASS	NS=294;DP=924;AC=3;AN=588;AF=0.005102;RA=911;AA=11;SR=340|571;SA=2|9;SB=0.18182;AB=0.52632;ABR=10;ABA=9;RUN=1;SNP;TS
+20	119945	.	T	C	0.0906	PASS	NS=335;DP=1320;AC=1;AN=670;AF=0.0014925;RA=1312;AA=3;SR=458|854;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.7;ABR=7;ABA=3;RUN=2;SNP;TS;CpG
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+20	120553	.	G	A	99.0	PASS	NS=363;DP=2295;AC=38;AN=726;AF=0.052342;RA=2196;AA=93;SR=1087|1109;SA=46|47;SB=0.49462;AB=0.5509;ABR=92;ABA=75;RUN=1;SNP;TS
+20	120746	.	A	G	0.107	PASS	NS=356;DP=2078;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=2073;AA=3;SR=1040|1033;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	120761	.	A	G	4.72	PASS	NS=360;DP=2025;AC=2;AN=720;AF=0.0027778;RA=2013;AA=7;SR=1011|1002;SA=2|5;SB=0.28571;AB=0.72727;ABR=8;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	120863	.	T	C	7.31	PASS	NS=356;DP=2117;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=2108;AA=2;SR=1114|994;SA=1|1;SB=0.5;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	120911	.	T	C	4.66	PASS	NS=364;DP=2171;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2152;AA=3;SR=1110|1042;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	121040	.	C	T	0.0497	PASS	NS=351;DP=2064;AC=1;AN=702;AF=0.0014245;RA=2047;AA=3;SR=1039|1008;SA=3|0;SB=1;AB=0.8;ABR=4;ABA=1;RUN=1;SNP;TS
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+20	121188	.	G	A	99.0	PASS	NS=363;DP=1947;AC=35;AN=726;AF=0.048209;RA=1842;AA=103;SR=897|945;SA=51|52;SB=0.49515;AB=0.4069;ABR=59;ABA=86;RUN=2;SNP;TS
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+20	121288	.	G	A	43.3	PASS	NS=364;DP=2030;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2021;AA=5;SR=756|1265;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.625;ABR=5;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	121310	.	A	C	99.0	PASS	NS=358;DP=1910;AC=195;AN=716;AF=0.27235;RA=1431;AA=477;SR=602|829;SA=212|265;SB=0.44444;AB=0.52581;ABR=326;ABA=294;RUN=1;SNP;TV
+20	121478	.	C	A	99.0	PASS	NS=332;DP=1073;AC=248;AN=664;AF=0.37349;RA=685;AA=338;SR=373|312;SA=200|138;SB=0.59172;AB=0.49371;ABR=157;ABA=143;RUN=1;SNP;TV
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+20	121543	.	C	T	73.2	PASS	NS=355;DP=1309;AC=2;AN=710;AF=0.0028169;RA=1270;AA=6;SR=571|699;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.33333;ABR=3;ABA=5;RUN=1;SNP;TS
+20	121609	.	G	C	99.0	PASS	NS=362;DP=1963;AC=22;AN=724;AF=0.030387;RA=1886;AA=71;SR=987|899;SA=41|30;SB=0.57746;AB=0.496;ABR=62;ABA=63;RUN=1;SNP;TV
+20	121682	.	C	A	2.49	PASS	NS=361;DP=1952;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=1941;AA=6;SR=1070|871;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	121727	.	T	C	0.137	PASS	NS=365;DP=2073;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2064;AA=4;SR=1229|835;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.66667;ABR=6;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	121761	.	G	A	0.814	PASS	NS=363;DP=1992;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=1983;AA=4;SR=1067|916;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	121787	.	A	G	5.77	PASS	NS=368;DP=1959;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=1946;AA=6;SR=952|994;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	121824	.	C	T	99.0	PASS	NS=366;DP=1902;AC=299;AN=732;AF=0.40847;RA=1098;AA=764;SR=470|628;SA=353|411;SB=0.46204;AB=0.48175;ABR=330;ABA=346;RUN=1;SNP;TS
+20	121975	.	C	T	0.0658	PASS	NS=368;DP=2209;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2200;AA=2;SR=1147|1053;SA=2|0;SB=1;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	121976	.	G	A	99.0	PASS	NS=368;DP=2174;AC=320;AN=736;AF=0.43478;RA=1282;AA=888;SR=680|602;SA=467|421;SB=0.5259;AB=0.50249;ABR=404;ABA=399;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	121986	.	A	G	29.8	PASS	NS=366;DP=2153;AC=4;AN=732;AF=0.0054645;RA=2143;AA=7;SR=1159|984;SA=3|4;SB=0.42857;AB=0.69565;ABR=16;ABA=7;RUN=1;SNP;TS
+20	122072	.	T	C	0.195	PASS	NS=369;DP=2181;AC=4;AN=738;AF=0.0054201;RA=2151;AA=13;SR=1122|1029;SA=13|0;SB=1;AB=0.76;ABR=19;ABA=6;RUN=1;SNP;TS
+20	122202	.	C	T	2.54	PASS	NS=365;DP=2275;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2262;AA=3;SR=1021|1241;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	122337	.	A	G	13.1	PASS	NS=370;DP=2216;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2208;AA=4;SR=1130|1078;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	122411	.	C	T	1.75	PASS	NS=366;DP=2162;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2155;AA=3;SR=1002|1153;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	122505	.	T	G	99.0	PASS	NS=358;DP=2049;AC=24;AN=716;AF=0.03352;RA=1985;AA=61;SR=948|1037;SA=23|38;SB=0.37705;AB=0.48936;ABR=46;ABA=48;RUN=1;SNP;TV
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+20	122511	.	T	C	99.0	PASS	NS=363;DP=2032;AC=20;AN=726;AF=0.027548;RA=1967;AA=59;SR=932|1035;SA=27|32;SB=0.45763;AB=0.39706;ABR=27;ABA=41;RUN=2;SNP;TS
+20	122548	.	C	T	99.0	PASS	NS=356;DP=1990;AC=37;AN=712;AF=0.051966;RA=1899;AA=86;SR=950|949;SA=49|37;SB=0.56977;AB=0.51471;ABR=70;ABA=66;RUN=6;SNP;TS
+20	122637	.	G	T	0.0819	PASS	NS=365;DP=2023;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2003;AA=14;SR=955|1048;SA=6|8;SB=0.42857;AB=0.75;ABR=3;ABA=1;RUN=2;SNP;TV
+20	122706	.	G	A	13.0	PASS	NS=362;DP=2089;AC=3;AN=724;AF=0.0041436;RA=2063;AA=10;SR=944|1119;SA=6|4;SB=0.6;AB=0.4375;ABR=7;ABA=9;RUN=5;SNP;TS
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+20	122995	.	C	G	0.222	PASS	NS=368;DP=2170;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2158;AA=3;SR=1124|1034;SA=3|0;SB=1;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	123037	.	T	C	99.0	PASS	NS=367;DP=2305;AC=4;AN=734;AF=0.0054496;RA=2285;AA=13;SR=1267|1018;SA=10|3;SB=0.76923;AB=0.63333;ABR=19;ABA=11;RUN=2;SNP;TS
+20	123073	.	C	T	0.404	PASS	NS=371;DP=2357;AC=2;AN=742;AF=0.0026954;RA=2341;AA=7;SR=1293|1048;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.66667;ABR=6;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	123251	.	T	C	71.0	PASS	NS=363;DP=2413;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2393;AA=10;SR=1226|1167;SA=7|3;SB=0.7;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	123318	.	T	C	99.0	PASS	NS=367;DP=2371;AC=24;AN=734;AF=0.032698;RA=2289;AA=73;SR=1174|1115;SA=41|32;SB=0.56164;AB=0.5;ABR=56;ABA=56;RUN=1;SNP;TS
+20	123404	.	T	A	6.08	PASS	NS=365;DP=2328;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2304;AA=6;SR=1114|1190;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	123499	.	C	T	99.0	PASS	NS=367;DP=2330;AC=5;AN=734;AF=0.006812;RA=2298;AA=18;SR=1062|1236;SA=6|12;SB=0.33333;AB=0.38462;ABR=10;ABA=16;RUN=2;SNP;TS
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+20	61388	.	T	C	46.6	PASS	NS=314;DP=1036;AC=2;AN=628;AF=0.0031847;RA=1025;AA=6;SR=709|316;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=5;ABA=5;RUN=1;SNP;TS
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+20	61517	.	C	T	13.8	PASS	NS=363;DP=2032;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2019;AA=7;SR=1200|819;SA=7|0;SB=1;AB=0.72727;ABR=8;ABA=3;RUN=4;SNP;TS
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+20	62100	.	T	C	82.3	PASS	NS=363;DP=2082;AC=3;AN=726;AF=0.0041322;RA=2069;AA=8;SR=1052|1017;SA=2|6;SB=0.25;AB=0.5;ABR=7;ABA=7;RUN=1;SNP;TS
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+20	62783	.	A	G	17.3	PASS	NS=328;DP=1471;AC=1;AN=656;AF=0.0015244;RA=1455;AA=8;SR=665|790;SA=4|4;SB=0.5;AB=0.25;ABR=1;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
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+20	63063	.	T	C	0.0841	PASS	NS=363;DP=2065;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2059;AA=2;SR=1083|976;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	63141	.	T	C	2.61	PASS	NS=360;DP=1900;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1891;AA=2;SR=1041|850;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	63351	.	A	G	30.7	PASS	NS=369;DP=2363;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2354;AA=5;SR=1414|940;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.66667;ABR=6;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
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+20	63466	.	A	G	0.305	PASS	NS=369;DP=2343;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2334;AA=3;SR=1290|1044;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	63521	.	G	A	33.5	PASS	NS=370;DP=2387;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2376;AA=3;SR=1217|1159;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=2;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
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+20	64587	.	A	G	1.36	PASS	NS=357;DP=1971;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=1963;AA=3;SR=1234|729;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	64771	.	A	G	0.563	PASS	NS=365;DP=2023;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2017;AA=2;SR=1315|702;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	65241	.	T	C	0.371	PASS	NS=364;DP=2101;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2087;AA=8;SR=934|1153;SA=7|1;SB=0.875;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	66029	.	T	C	0.101	PASS	NS=339;DP=1544;AC=1;AN=678;AF=0.0014749;RA=1526;AA=7;SR=748|778;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	66060	.	C	T	6.42	PASS	NS=324;DP=1304;AC=1;AN=648;AF=0.0015432;RA=1297;AA=3;SR=613|684;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	66705	.	C	T	4.94	PASS	NS=292;DP=835;AC=8;AN=584;AF=0.013699;RA=819;AA=10;SR=483|336;SA=3|7;SB=0.3;AB=0.5;ABR=6;ABA=6;RUN=1;SNP;TS
+20	67080	.	A	G	0.371	PASS	NS=355;DP=1745;AC=1;AN=710;AF=0.0014085;RA=1732;AA=4;SR=907|825;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	67461	.	A	G	99.0	PASS	NS=357;DP=1894;AC=4;AN=714;AF=0.0056022;RA=1872;AA=14;SR=841|1031;SA=8|6;SB=0.57143;AB=0.5;ABR=13;ABA=13;RUN=2;SNP;TS;CpG
+20	67563	.	A	G	3.64	PASS	NS=360;DP=1912;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1904;AA=4;SR=1033|871;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	67573	.	C	T	4.67	PASS	NS=364;DP=1888;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=1878;AA=6;SR=1028|850;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	67641	.	C	T	99.0	PASS	NS=364;DP=1910;AC=23;AN=728;AF=0.031593;RA=1837;AA=67;SR=897|940;SA=35|32;SB=0.52239;AB=0.52679;ABR=59;ABA=53;RUN=1;SNP;TS
+20	67644	.	T	C	40.4	PASS	NS=365;DP=1899;AC=2;AN=730;AF=0.0027397;RA=1887;AA=9;SR=933|954;SA=4|5;SB=0.44444;AB=0.44444;ABR=4;ABA=5;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	67646	.	G	A	3.98	PASS	NS=365;DP=1897;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1877;AA=6;SR=923|954;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	67760	.	C	T	67.6	PASS	NS=367;DP=2169;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2152;AA=5;SR=1181|971;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.33333;ABR=2;ABA=4;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	67765	.	C	T	99.0	PASS	NS=369;DP=2200;AC=3;AN=738;AF=0.004065;RA=2178;AA=11;SR=1201|977;SA=6|5;SB=0.54545;AB=0.42857;ABR=6;ABA=8;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	67831	.	C	T	0.781	PASS	NS=371;DP=2294;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2281;AA=5;SR=1237|1044;SA=2|3;SB=0.4;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=4;SNP;TS
+20	68015	.	C	T	0.113	PASS	NS=369;DP=2466;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2453;AA=5;SR=1313|1140;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.875;ABR=14;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	68055	.	A	G	0.102	PASS	NS=370;DP=2540;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2522;AA=5;SR=1296|1226;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.86667;ABR=13;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	68075	.	T	C	0.0657	PASS	NS=370;DP=2582;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2562;AA=8;SR=1291|1271;SA=5|3;SB=0.625;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	68190	.	T	C	0.109	PASS	NS=368;DP=2678;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2661;AA=5;SR=1481|1180;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	68205	.	A	G	31.9	PASS	NS=369;DP=2686;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2672;AA=6;SR=1492|1180;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.57143;ABR=4;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	68264	.	T	C	99.0	PASS	NS=369;DP=2558;AC=98;AN=738;AF=0.13279;RA=2173;AA=376;SR=1055|1118;SA=202|174;SB=0.53723;AB=0.48951;ABR=280;ABA=292;RUN=1;SNP;TS
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+20	68505	.	A	G	0.483	PASS	NS=369;DP=2490;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2477;AA=3;SR=1140|1337;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	68535	.	G	A	99.0	PASS	NS=369;DP=2573;AC=12;AN=738;AF=0.01626;RA=2503;AA=58;SR=1186|1317;SA=32|26;SB=0.55172;AB=0.50893;ABR=57;ABA=55;RUN=1;SNP;TS
+20	68618	.	G	A	99.0	PASS	NS=368;DP=2561;AC=21;AN=736;AF=0.028533;RA=2451;AA=93;SR=1224|1227;SA=48|45;SB=0.51613;AB=0.45517;ABR=66;ABA=78;RUN=1;SNP;TS
+20	68749	.	T	C	99.0	PASS	NS=368;DP=2323;AC=426;AN=736;AF=0.5788;RA=983;AA=1334;SR=457|526;SA=640|694;SB=0.47976;AB=0.47215;ABR=568;ABA=632;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	68799	.	T	C	1.55	PASS	NS=367;DP=2269;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2213;AA=15;SR=1064|1149;SA=14|1;SB=0.93333;AB=0.66667;ABR=8;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	68815	.	C	T	0.275	PASS	NS=367;DP=2245;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2226;AA=3;SR=1051|1175;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	68926	.	T	C	0.43	PASS	NS=369;DP=2139;AC=2;AN=738;AF=0.00271;RA=2120;AA=4;SR=904|1216;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.61538;ABR=8;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	69094	.	G	A	99.0	PASS	NS=362;DP=2092;AC=318;AN=724;AF=0.43923;RA=1227;AA=857;SR=691|536;SA=451|406;SB=0.52625;AB=0.49681;ABR=389;ABA=392;RUN=1;SNP;TS
+20	69145	.	A	G	0.195	PASS	NS=367;DP=1999;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=1991;AA=5;SR=1033|958;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.7;ABR=7;ABA=3;RUN=2;SNP;TS;CpG
+20	69305	.	T	C	0.123	PASS	NS=367;DP=1964;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=1956;AA=3;SR=1101|855;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	69355	.	C	T	4.52	PASS	NS=367;DP=2009;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2000;AA=3;SR=970|1030;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TS;CpG
+20	69376	.	G	A	0.665	PASS	NS=367;DP=2085;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2077;AA=3;SR=1003|1074;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	69408	.	C	T	99.0	PASS	NS=366;DP=2154;AC=38;AN=732;AF=0.051913;RA=2013;AA=133;SR=894|1119;SA=60|73;SB=0.45113;AB=0.51685;ABR=138;ABA=128;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	69656	.	T	C	0.253	PASS	NS=366;DP=2096;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2090;AA=2;SR=1030|1060;SA=0|2;SB=0;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	69668	.	T	C	40.6	PASS	NS=365;DP=2114;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2104;AA=6;SR=1026|1078;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	69835	.	A	G	0.671	PASS	NS=363;DP=1953;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=1943;AA=5;SR=936|1007;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	69966	.	T	C	0.661	PASS	NS=351;DP=1768;AC=2;AN=702;AF=0.002849;RA=1762;AA=4;SR=773|989;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.76923;ABR=10;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	70470	.	A	G	4.57	PASS	NS=359;DP=1690;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1681;AA=2;SR=1065|616;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	70490	.	C	T	0.934	PASS	NS=358;DP=1682;AC=5;AN=716;AF=0.0069832;RA=1665;AA=12;SR=962|703;SA=11|1;SB=0.91667;AB=0.2;ABR=1;ABA=4;RUN=5;SNP;TS
+20	70611	.	G	A	0.143	PASS	NS=362;DP=1806;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1788;AA=5;SR=1077|711;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	70696	.	T	C	1.72	PASS	NS=365;DP=1849;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1839;AA=4;SR=983|856;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	70785	.	A	G	99.0	PASS	NS=368;DP=1990;AC=14;AN=736;AF=0.019022;RA=1938;AA=40;SR=1005|933;SA=20|20;SB=0.5;AB=0.51852;ABR=42;ABA=38;RUN=1;SNP;TS
+20	70804	.	C	T	4.03	PASS	NS=369;DP=2057;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2042;AA=5;SR=1069|973;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	70917	.	T	C	1.54	PASS	NS=369;DP=2193;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2182;AA=2;SR=1110|1072;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	70920	.	A	G	99.0	PASS	NS=368;DP=2172;AC=13;AN=736;AF=0.017663;RA=2121;AA=45;SR=1084|1037;SA=24|21;SB=0.53333;AB=0.38462;ABR=25;ABA=40;RUN=2;SNP;TS
+20	70980	.	G	A	99.0	PASS	NS=368;DP=2339;AC=39;AN=736;AF=0.052989;RA=2221;AA=106;SR=1223|998;SA=71|35;SB=0.66981;AB=0.57416;ABR=120;ABA=89;RUN=1;SNP;TS
+20	71015	.	T	C	0.569	PASS	NS=371;DP=2398;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2390;AA=5;SR=1364|1026;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	71037	.	T	C	0.223	PASS	NS=369;DP=2289;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2279;AA=4;SR=1353|926;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	71079	.	C	T	99.0	PASS	NS=370;DP=2338;AC=60;AN=740;AF=0.081081;RA=2168;AA=166;SR=1421|747;SA=102|64;SB=0.61446;AB=0.53086;ABR=129;ABA=113;RUN=1;SNP;TS
+20	71093	.	G	A	99.0	PASS	NS=365;DP=2393;AC=93;AN=730;AF=0.1274;RA=2085;AA=299;SR=1382|703;SA=194|105;SB=0.64883;AB=0.5317;ABR=260;ABA=225;RUN=1;SNP;TS
+20	71281	.	G	A	66.6	PASS	NS=369;DP=2496;AC=2;AN=738;AF=0.00271;RA=2481;AA=11;SR=1273|1208;SA=4|7;SB=0.36364;AB=0.66667;ABR=12;ABA=6;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	71290	.	A	G	0.526	PASS	NS=368;DP=2466;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2448;AA=4;SR=1262|1186;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	71454	.	T	C	0.691	PASS	NS=370;DP=2518;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2498;AA=5;SR=1203|1295;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	71543	.	A	G	1.37	PASS	NS=369;DP=2378;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2369;AA=6;SR=1023|1346;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=3;SNP;TS;CpG
+20	71809	.	G	A	27.3	PASS	NS=354;DP=1947;AC=1;AN=708;AF=0.0014124;RA=1937;AA=3;SR=923|1014;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.4;ABR=2;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	71850	.	T	C	0.131	PASS	NS=358;DP=2062;AC=1;AN=716;AF=0.0013966;RA=2055;AA=2;SR=1053|1002;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	72036	.	G	A	99.0	PASS	NS=349;DP=2037;AC=6;AN=698;AF=0.008596;RA=2022;AA=11;SR=1106|916;SA=5|6;SB=0.45455;AB=0.60714;ABR=17;ABA=11;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	72287	.	A	G	0.0526	PASS	NS=369;DP=2216;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2210;AA=2;SR=1016|1194;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	72604	.	A	G	2.22	PASS	NS=363;DP=2084;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2079;AA=3;SR=1043|1036;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	72665	.	G	A	99.0	PASS	NS=365;DP=2216;AC=3;AN=730;AF=0.0041096;RA=2198;AA=11;SR=1006|1192;SA=3|8;SB=0.27273;AB=0.5;ABR=10;ABA=10;RUN=2;SNP;TS
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+20	72772	.	A	G	0.311	PASS	NS=371;DP=2065;AC=2;AN=742;AF=0.0026954;RA=2051;AA=5;SR=1145|906;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.25;ABR=1;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	72815	.	T	C	25.8	PASS	NS=367;DP=2079;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2062;AA=8;SR=1133|929;SA=4|4;SB=0.5;AB=0.42857;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	72882	.	T	C	4.28	PASS	NS=369;DP=2031;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2013;AA=5;SR=914|1099;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	72887	.	A	G	2.42	PASS	NS=367;DP=2020;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2004;AA=6;SR=906|1098;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	72890	.	A	G	1.25	PASS	NS=366;DP=2018;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2006;AA=3;SR=910|1096;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	72892	.	G	A	99.0	PASS	NS=365;DP=2011;AC=36;AN=730;AF=0.049315;RA=1913;AA=88;SR=863|1050;SA=43|45;SB=0.48864;AB=0.56647;ABR=98;ABA=73;RUN=5;SNP;TS
+20	72894	.	T	C	77.5	PASS	NS=365;DP=2035;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2010;AA=11;SR=921|1089;SA=4|7;SB=0.36364;AB=0.14286;ABR=1;ABA=6;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	73416	.	C	T	0.0527	PASS	NS=362;DP=1908;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1894;AA=3;SR=937|957;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	79509	.	A	G	6.23	PASS	NS=341;DP=1250;AC=1;AN=682;AF=0.0014663;RA=1242;AA=3;SR=618|624;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	80071	.	G	A	99.0	PASS	NS=299;DP=809;AC=271;AN=598;AF=0.45318;RA=473;AA=335;SR=453|20;SA=325|10;SB=0.97015;AB=0.53559;ABR=158;ABA=137;RUN=1;SNP;TS
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+20	80251	.	T	C	2.09	PASS	NS=369;DP=2247;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2212;AA=25;SR=1205|1007;SA=5|20;SB=0.2;AB=0.22222;ABR=2;ABA=7;RUN=3;SNP;TS
+20	80359	.	T	C	0.834	PASS	NS=367;DP=2201;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2177;AA=7;SR=1148|1029;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	80655	.	A	G	99.0	PASS	NS=366;DP=2328;AC=646;AN=732;AF=0.88251;RA=331;AA=1993;SR=147|184;SA=829|1164;SB=0.41596;AB=0.56156;ABR=260;ABA=203;RUN=1;SNP;TS
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+20	80887	.	G	A	58.7	PASS	NS=361;DP=2159;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=2148;AA=6;SR=901|1247;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.55556;ABR=5;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	81001	.	T	C	39.3	PASS	NS=364;DP=1961;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=1955;AA=3;SR=979|976;SA=3|0;SB=1;AB=0.4;ABR=2;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
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+20	83231	.	G	A	2.47	PASS	NS=339;DP=1326;AC=1;AN=678;AF=0.0014749;RA=1312;AA=5;SR=685|627;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	83501	.	G	A	0.105	PASS	NS=362;DP=2022;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2015;AA=2;SR=889|1126;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
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+20	84003	.	A	G	0.091	PASS	NS=365;DP=2098;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2068;AA=12;SR=1047|1021;SA=1|11;SB=0.083333;AB=0.85714;ABR=12;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	84504	.	G	A	35.0	PASS	NS=366;DP=2125;AC=3;AN=732;AF=0.0040984;RA=2098;AA=13;SR=1028|1070;SA=10|3;SB=0.76923;AB=0.36364;ABR=4;ABA=7;RUN=2;SNP;TS
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+20	85195	.	A	G	0.062	PASS	NS=354;DP=2020;AC=1;AN=708;AF=0.0014124;RA=2010;AA=5;SR=851|1159;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.875;ABR=14;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	85371	.	A	G	3.11	PASS	NS=349;DP=2019;AC=1;AN=698;AF=0.0014327;RA=2008;AA=2;SR=1054|954;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	85388	.	G	A	2.07	PASS	NS=364;DP=2082;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2071;AA=4;SR=1054|1017;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	85492	.	T	C	2.17	PASS	NS=369;DP=2347;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2323;AA=6;SR=1170|1153;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	85530	.	G	A	1.82	PASS	NS=366;DP=1908;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=1900;AA=3;SR=984|916;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	85875	.	A	G	38.7	PASS	NS=357;DP=1986;AC=2;AN=714;AF=0.0028011;RA=1979;AA=6;SR=1078|901;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.44444;ABR=4;ABA=5;RUN=1;SNP;TS
+20	86115	.	G	A	99.0	PASS	NS=356;DP=2026;AC=16;AN=712;AF=0.022472;RA=1969;AA=51;SR=1039|930;SA=28|23;SB=0.54902;AB=0.48837;ABR=42;ABA=44;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	86458	.	C	T	0.0675	PASS	NS=362;DP=1974;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1959;AA=2;SR=1098|861;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	86691	.	C	T	0.306	PASS	NS=359;DP=2285;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=2274;AA=4;SR=1261|1013;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.84615;ABR=11;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	86719	.	A	G	0.0505	PASS	NS=362;DP=2130;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2108;AA=9;SR=1090|1018;SA=0|9;SB=0;AB=0.75;ABR=3;ABA=1;RUN=1;SNP;TS
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+20	87112	.	G	A	99.0	PASS	NS=350;DP=1657;AC=181;AN=700;AF=0.25857;RA=1252;AA=400;SR=740|512;SA=233|167;SB=0.5825;AB=0.51139;ABR=247;ABA=236;RUN=4;SNP;TS;CpG
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+20	92891	.	A	G	99.0	PASS	NS=353;DP=2023;AC=99;AN=706;AF=0.14023;RA=1744;AA=258;SR=877|867;SA=137|121;SB=0.53101;AB=0.47804;ABR=185;ABA=200;RUN=1;SNP;TS
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+20	94179	.	G	A	9.12	PASS	NS=356;DP=1627;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=1617;AA=3;SR=942|675;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	94588	.	G	A	0.244	PASS	NS=364;DP=2022;AC=2;AN=728;AF=0.0027473;RA=2006;AA=7;SR=1153|853;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.80952;ABR=17;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	94704	.	G	A	99.0	PASS	NS=361;DP=2028;AC=2;AN=722;AF=0.0027701;RA=2015;AA=8;SR=958|1057;SA=4|4;SB=0.5;AB=0.41667;ABR=5;ABA=7;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	94717	.	T	C	57.7	PASS	NS=365;DP=1994;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1985;AA=6;SR=926|1059;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.55556;ABR=5;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	94760	.	A	G	99.0	PASS	NS=356;DP=2012;AC=22;AN=712;AF=0.030899;RA=1957;AA=50;SR=987|970;SA=19|31;SB=0.38;AB=0.55046;ABR=60;ABA=48;RUN=2;SNP;TS
+20	94794	.	T	C	0.713	PASS	NS=365;DP=2100;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2091;AA=2;SR=1072|1019;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	95052	.	T	C	54.2	PASS	NS=361;DP=1889;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=1877;AA=5;SR=937|940;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.33333;ABR=2;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	95104	.	A	G	4.49	PASS	NS=362;DP=1930;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1921;AA=3;SR=930|991;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	95186	.	T	C	6.33	PASS	NS=359;DP=1991;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1986;AA=3;SR=977|1009;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0;ABR=0;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	95601	.	A	G	10.6	PASS	NS=368;DP=2205;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2172;AA=14;SR=1077|1095;SA=2|12;SB=0.14286;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	96026	.	C	T	83.3	PASS	NS=362;DP=2328;AC=2;AN=724;AF=0.0027624;RA=2304;AA=10;SR=1145|1159;SA=4|6;SB=0.4;AB=0.57895;ABR=11;ABA=8;RUN=2;SNP;TS
+20	96141	.	T	C	0.0737	PASS	NS=367;DP=2161;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2126;AA=13;SR=1101|1025;SA=13|0;SB=1;AB=0.75;ABR=3;ABA=1;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	96670	.	C	T	2.72	PASS	NS=366;DP=1963;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=1953;AA=4;SR=1050|903;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	98957	.	A	G	99.0	PASS	NS=370;DP=2423;AC=2;AN=740;AF=0.0027027;RA=2404;AA=13;SR=1270|1134;SA=6|7;SB=0.46154;AB=0.41176;ABR=7;ABA=10;RUN=1;SNP;TS
+20	98991	.	T	C	4.43	PASS	NS=370;DP=2386;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2377;AA=3;SR=1217|1160;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	99228	.	C	T	48.9	PASS	NS=368;DP=2404;AC=4;AN=736;AF=0.0054348;RA=2382;AA=12;SR=1087|1295;SA=5|7;SB=0.41667;AB=0.5;ABR=9;ABA=9;RUN=4;SNP;TS
+20	99563	.	T	C	0.153	PASS	NS=365;DP=2130;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2126;AA=3;SR=906|1220;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	99632	.	T	C	2.53	PASS	NS=369;DP=2206;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2197;AA=3;SR=1231|966;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	100699	.	C	T	99.0	PASS	NS=348;DP=1572;AC=178;AN=696;AF=0.25575;RA=1157;AA=387;SR=473|684;SA=178|209;SB=0.45995;AB=0.49265;ABR=201;ABA=204;RUN=2;SNP;TS
+20	100764	.	C	T	20.8	PASS	NS=353;DP=1810;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1805;AA=3;SR=774|1031;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=3;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	100816	.	A	G	1.13	PASS	NS=346;DP=1873;AC=1;AN=692;AF=0.0014451;RA=1867;AA=2;SR=836|1031;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	100881	.	T	C	0.499	PASS	NS=353;DP=1949;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1943;AA=2;SR=1035|908;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	100904	.	T	C	4.63	PASS	NS=358;DP=1912;AC=1;AN=716;AF=0.0013966;RA=1906;AA=2;SR=1075|831;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	101020	.	T	C	1.07	PASS	NS=357;DP=1819;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=1807;AA=4;SR=962|845;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	101355	.	T	C	99.0	PASS	NS=362;DP=2122;AC=25;AN=724;AF=0.03453;RA=2066;AA=51;SR=947|1119;SA=17|34;SB=0.33333;AB=0.58036;ABR=65;ABA=47;RUN=1;SNP;TS
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+20	101515	.	G	A	25.8	PASS	NS=364;DP=1991;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=1979;AA=5;SR=946|1033;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=2;SNP;TS
+20	101567	.	A	G	31.0	PASS	NS=359;DP=1818;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1808;AA=5;SR=875|933;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.375;ABR=3;ABA=5;RUN=1;SNP;TS
+20	101918	.	C	T	99.0	PASS	NS=368;DP=2159;AC=29;AN=736;AF=0.039402;RA=2069;AA=83;SR=1068|1001;SA=46|37;SB=0.55422;AB=0.59296;ABR=118;ABA=80;RUN=3;SNP;TS
+20	102181	.	T	C	99.0	PASS	NS=370;DP=2299;AC=310;AN=740;AF=0.41892;RA=1354;AA=940;SR=740|614;SA=508|432;SB=0.54043;AB=0.51446;ABR=427;ABA=401;RUN=2;SNP;TS
+20	102203	.	T	C	99.0	PASS	NS=369;DP=2327;AC=7;AN=738;AF=0.0094851;RA=2305;AA=15;SR=1223|1082;SA=11|4;SB=0.73333;AB=0.72727;ABR=24;ABA=9;RUN=2;SNP;TS
+20	102205	.	A	G	7.9	PASS	NS=368;DP=2331;AC=2;AN=736;AF=0.0027174;RA=2314;AA=5;SR=1222|1092;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.57143;ABR=4;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	102312	.	A	G	39.1	PASS	NS=369;DP=2482;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2466;AA=6;SR=1292|1174;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.63636;ABR=7;ABA=4;RUN=2;SNP;TS
+20	102441	.	T	C	99.0	PASS	NS=370;DP=2720;AC=18;AN=740;AF=0.024324;RA=2616;AA=92;SR=1328|1288;SA=36|56;SB=0.3913;AB=0.51075;ABR=95;ABA=91;RUN=1;SNP;TS
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+20	102524	.	A	G	99.0	PASS	NS=370;DP=2710;AC=31;AN=740;AF=0.041892;RA=2605;AA=99;SR=1195|1410;SA=45|54;SB=0.45455;AB=0.54082;ABR=106;ABA=90;RUN=1;SNP;TS
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+20	102760	.	A	G	0.319	PASS	NS=371;DP=2530;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2521;AA=5;SR=1100|1421;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	103119	.	T	C	5.14	PASS	NS=362;DP=2079;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2070;AA=2;SR=950|1120;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	103487	.	A	G	99.0	PASS	NS=367;DP=2018;AC=26;AN=734;AF=0.035422;RA=1949;AA=62;SR=873|1076;SA=26|36;SB=0.41935;AB=0.52577;ABR=51;ABA=46;RUN=1;SNP;TS
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+20	104292	.	A	G	0.304	PASS	NS=360;DP=2180;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=2177;AA=2;SR=1102|1075;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	104520	.	A	G	99.0	PASS	NS=366;DP=2249;AC=90;AN=732;AF=0.12295;RA=1999;AA=247;SR=942|1057;SA=126|121;SB=0.51012;AB=0.52493;ABR=200;ABA=181;RUN=2;SNP;TS
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+20	104534	.	T	C	99.0	PASS	NS=371;DP=2257;AC=27;AN=742;AF=0.036388;RA=2156;AA=93;SR=1027|1129;SA=49|44;SB=0.52688;AB=0.51852;ABR=84;ABA=78;RUN=1;SNP;TS
+20	104604	.	T	C	99.0	PASS	NS=364;DP=2148;AC=30;AN=728;AF=0.041209;RA=2078;AA=61;SR=1065|1013;SA=29|32;SB=0.47541;AB=0.52632;ABR=50;ABA=42;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	104899	.	C	T	99.0	PASS	NS=358;DP=1718;AC=155;AN=716;AF=0.21648;RA=1331;AA=378;SR=675|656;SA=191|187;SB=0.50529;AB=0.49703;ABR=251;ABA=251;RUN=2;SNP;TS
+20	105131	.	T	C	0.314	PASS	NS=354;DP=1957;AC=1;AN=708;AF=0.0014124;RA=1953;AA=2;SR=1047|906;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	105407	.	T	C	6.06	PASS	NS=347;DP=1867;AC=1;AN=694;AF=0.0014409;RA=1860;AA=2;SR=843|1017;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	105450	.	A	G	1.12	PASS	NS=353;DP=1846;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1842;AA=2;SR=803|1039;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
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+20	105540	.	A	G	2.1	PASS	NS=348;DP=1862;AC=1;AN=696;AF=0.0014368;RA=1855;AA=4;SR=957|898;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	106098	.	A	G	99.0	PASS	NS=362;DP=1933;AC=14;AN=724;AF=0.019337;RA=1875;AA=55;SR=915|960;SA=20|35;SB=0.36364;AB=0.43023;ABR=37;ABA=49;RUN=1;SNP;TS
+20	106204	.	A	G	14.8	PASS	NS=367;DP=1984;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=1967;AA=6;SR=965|1002;SA=1|5;SB=0.16667;AB=0.66667;ABR=6;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	106550	.	T	C	0.176	PASS	NS=348;DP=1664;AC=1;AN=696;AF=0.0014368;RA=1657;AA=3;SR=738|919;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	106604	.	T	C	0.162	PASS	NS=359;DP=1894;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1887;AA=3;SR=817|1070;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS;CpG
+20	106609	.	A	G	22.0	PASS	NS=360;DP=1886;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1872;AA=5;SR=801|1071;SA=3|2;SB=0.6;AB=0;ABR=0;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	106613	.	A	G	99.0	PASS	NS=363;DP=1933;AC=17;AN=726;AF=0.023416;RA=1878;AA=52;SR=795|1083;SA=23|29;SB=0.44231;AB=0.45833;ABR=44;ABA=52;RUN=1;SNP;TS
+20	106635	.	G	A	99.0	PASS	NS=364;DP=1892;AC=261;AN=728;AF=0.35852;RA=1263;AA=626;SR=506|757;SA=246|380;SB=0.39297;AB=0.48309;ABR=300;ABA=321;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	107071	.	G	A	0.0548	PASS	NS=297;DP=963;AC=1;AN=594;AF=0.0016835;RA=954;AA=4;SR=622|332;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	107118	.	C	T	0.0477	PASS	NS=310;DP=1008;AC=3;AN=620;AF=0.0048387;RA=1002;AA=3;SR=698|304;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0;ABR=0;ABA=1;RUN=1;SNP;TS
+20	107152	.	A	G	38.9	PASS	NS=307;DP=943;AC=5;AN=614;AF=0.0081433;RA=930;AA=9;SR=548|382;SA=6|3;SB=0.66667;AB=0.75;ABR=3;ABA=1;RUN=3;SNP;TS;CpG
+20	107201	.	G	A	99.0	PASS	NS=317;DP=936;AC=24;AN=634;AF=0.037855;RA=883;AA=51;SR=486|397;SA=36|15;SB=0.70588;AB=0.40278;ABR=29;ABA=43;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	107682	.	T	C	1.66	PASS	NS=328;DP=1188;AC=1;AN=656;AF=0.0015244;RA=1174;AA=7;SR=513|661;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	107739	.	C	T	19.1	PASS	NS=309;DP=939;AC=1;AN=618;AF=0.0016181;RA=931;AA=4;SR=333|598;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.25;ABR=1;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	107955	.	C	T	0.385	PASS	NS=353;DP=1950;AC=2;AN=706;AF=0.0028329;RA=1935;AA=7;SR=1127|808;SA=4|3;SB=0.57143;AB=0.76923;ABR=10;ABA=3;RUN=2;SNP;TS
+20	107972	.	T	C	8.26	PASS	NS=356;DP=1989;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=1981;AA=3;SR=1113|868;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	107980	.	T	C	3.5	PASS	NS=353;DP=2021;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=2005;AA=6;SR=1111|894;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	107995	.	A	G	0.878	PASS	NS=353;DP=2018;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=2007;AA=2;SR=1100|907;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	108015	.	T	C	6.58	PASS	NS=353;DP=1948;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=1941;AA=3;SR=1097|844;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	108017	.	C	T	0.235	PASS	NS=355;DP=1935;AC=1;AN=710;AF=0.0014085;RA=1924;AA=4;SR=1088|836;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=5;SNP;TS
+20	108135	.	G	A	0.105	PASS	NS=359;DP=1667;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1654;AA=4;SR=1019|635;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	108187	.	A	G	99.0	PASS	NS=357;DP=1712;AC=83;AN=714;AF=0.11625;RA=1508;AA=195;SR=874|634;SA=103|92;SB=0.52821;AB=0.54895;ABR=157;ABA=128;RUN=1;SNP;TS
+20	108192	.	G	A	99.0	PASS	NS=359;DP=1741;AC=3;AN=718;AF=0.0041783;RA=1721;AA=14;SR=975|746;SA=7|7;SB=0.5;AB=0.33333;ABR=6;ABA=12;RUN=4;SNP;TS
+20	108333	.	G	A	3.94	PASS	NS=360;DP=2056;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=2044;AA=5;SR=980|1064;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	108642	.	T	C	0.532	PASS	NS=216;DP=749;AC=1;AN=432;AF=0.0023148;RA=741;AA=3;SR=201|540;SA=0|3;SB=0;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	109258	.	T	C	3.83	PASS	NS=370;DP=2046;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2039;AA=3;SR=1134|905;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	109358	.	T	C	0.707	PASS	NS=358;DP=2101;AC=1;AN=716;AF=0.0013966;RA=2093;AA=5;SR=1099|994;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	109385	.	A	G	1.51	PASS	NS=363;DP=2269;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2254;AA=8;SR=1091|1163;SA=5|3;SB=0.625;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	109440	.	T	C	0.386	PASS	NS=362;DP=2222;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2218;AA=3;SR=1057|1161;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	109575	.	A	G	0.588	PASS	NS=364;DP=2020;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2008;AA=4;SR=931|1077;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	109707	.	G	A	0.971	PASS	NS=323;DP=1467;AC=1;AN=646;AF=0.001548;RA=1455;AA=3;SR=669|786;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	109725	.	T	C	0.908	PASS	NS=336;DP=1492;AC=1;AN=672;AF=0.0014881;RA=1479;AA=7;SR=670|809;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	109736	.	T	C	0.074	PASS	NS=342;DP=1489;AC=1;AN=684;AF=0.001462;RA=1478;AA=5;SR=680|798;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	109783	.	T	C	99.0	PASS	NS=342;DP=1544;AC=26;AN=684;AF=0.038012;RA=1472;AA=66;SR=641|831;SA=28|38;SB=0.42424;AB=0.46364;ABR=51;ABA=57;RUN=2;SNP;TS
+20	109889	.	T	C	0.545	PASS	NS=365;DP=2083;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2077;AA=4;SR=1096|981;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	109901	.	A	G	99.0	PASS	NS=364;DP=2112;AC=28;AN=728;AF=0.038462;RA=2028;AA=78;SR=1064|964;SA=39|39;SB=0.5;AB=0.46479;ABR=66;ABA=74;RUN=1;SNP;TS
+20	109933	.	G	A	0.166	PASS	NS=357;DP=1915;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=1908;AA=3;SR=1017|891;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
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+20	110082	.	A	G	99.0	PASS	NS=337;DP=1696;AC=5;AN=674;AF=0.0074184;RA=1677;AA=14;SR=1008|669;SA=5|9;SB=0.35714;AB=0.47826;ABR=11;ABA=12;RUN=1;SNP;TS
+20	110098	.	A	G	99.0	PASS	NS=347;DP=1831;AC=242;AN=694;AF=0.3487;RA=1250;AA=577;SR=767|483;SA=353|224;SB=0.61179;AB=0.51826;ABR=298;ABA=277;RUN=3;SNP;TS
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+20	110315	.	T	C	0.0966	PASS	NS=337;DP=1589;AC=1;AN=674;AF=0.0014837;RA=1583;AA=3;SR=729|854;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	110404	.	G	A	26.7	PASS	NS=351;DP=1839;AC=1;AN=702;AF=0.0014245;RA=1826;AA=5;SR=727|1099;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.625;ABR=5;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	110417	.	G	A	7.25	PASS	NS=363;DP=1934;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=1923;AA=4;SR=782|1141;SA=0|4;SB=0;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	110427	.	A	G	0.108	PASS	NS=364;DP=2009;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2000;AA=3;SR=826|1174;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	110520	.	A	G	8.32	PASS	NS=351;DP=1771;AC=1;AN=702;AF=0.0014245;RA=1759;AA=3;SR=809|950;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	110536	.	T	C	55.6	PASS	NS=359;DP=1709;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1697;AA=6;SR=784|913;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.42857;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	110773	.	G	A	0.095	PASS	NS=223;DP=443;AC=18;AN=446;AF=0.040359;RA=425;AA=14;SR=61|364;SA=3|11;SB=0.21429;AB=0.57895;ABR=11;ABA=7;RUN=2;SNP;TS;CpG
+20	110875	.	C	T	99.0	PASS	NS=165;DP=461;AC=14;AN=330;AF=0.042424;RA=439;AA=21;SR=7|432;SA=0|21;SB=0;AB=0.52941;ABR=18;ABA=16;RUN=2;SNP;TS;CpG
+20	110970	.	G	A	99.0	PASS	NS=88;DP=160;AC=37;AN=176;AF=0.21023;RA=125;AA=32;SR=6|119;SA=0|32;SB=0;AB=0.54545;ABR=12;ABA=9;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	110976	.	G	A	67.8	PASS	NS=80;DP=137;AC=6;AN=160;AF=0.0375;RA=127;AA=8;SR=4|123;SA=0|8;SB=0;AB=0.4;ABR=2;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	110979	.	A	G	99.0	PASS	NS=41;DP=61;AC=39;AN=82;AF=0.47561;RA=29;AA=30;SR=4|25;SA=0|30;SB=0;AB=0.375;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	111531	.	G	A	0.0614	PASS	NS=6;DP=8;AC=4;AN=12;AF=0.33333;RA=3;AA=4;SR=0|3;SA=0|4;SB=0;AB=0;ABR=0;ABA=0;RUN=7;SNP;TS
+20	116405	.	G	A	49.6	PASS	NS=55;DP=69;AC=26;AN=110;AF=0.23636;RA=52;AA=16;SR=49|3;SA=16|0;SB=1;AB=0;ABR=0;ABA=0;RUN=2;SNP;TS
+20	116545	.	G	A	95.2	PASS	NS=65;DP=84;AC=19;AN=130;AF=0.14615;RA=70;AA=13;SR=67|3;SA=13|0;SB=1;AB=0.5;ABR=3;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	116787	.	A	G	99.0	PASS	NS=293;DP=885;AC=195;AN=586;AF=0.33276;RA=619;AA=263;SR=450|169;SA=196|67;SB=0.74525;AB=0.52709;ABR=107;ABA=95;RUN=2;SNP;TS;CpG
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+20	117770	.	C	T	1.74	PASS	NS=359;DP=1977;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1969;AA=2;SR=938|1031;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	118087	.	A	G	99.0	PASS	NS=366;DP=2284;AC=95;AN=732;AF=0.12978;RA=1966;AA=308;SR=1170|796;SA=194|114;SB=0.62987;AB=0.51454;ABR=230;ABA=214;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	118150	.	A	G	99.0	PASS	NS=366;DP=2270;AC=96;AN=732;AF=0.13115;RA=1946;AA=312;SR=1208|738;SA=191|121;SB=0.61218;AB=0.50302;ABR=250;ABA=246;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	118410	.	T	C	99.0	PASS	NS=366;DP=2417;AC=3;AN=732;AF=0.0040984;RA=2365;AA=26;SR=1156|1209;SA=17|9;SB=0.65385;AB=0.52174;ABR=12;ABA=11;RUN=1;SNP;TS
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+20	118954	.	G	A	0.29	PASS	NS=357;DP=2361;AC=3;AN=714;AF=0.0042017;RA=2337;AA=8;SR=1048|1289;SA=4|4;SB=0.5;AB=0.33333;ABR=2;ABA=4;RUN=2;SNP;TS
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+20	119421	.	A	G	72.7	PASS	NS=366;DP=2005;AC=3;AN=732;AF=0.0040984;RA=1990;AA=10;SR=951|1039;SA=5|5;SB=0.5;AB=0.52941;ABR=9;ABA=8;RUN=1;SNP;TS
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+20	119534	.	A	G	99.0	PASS	NS=360;DP=2109;AC=39;AN=720;AF=0.054167;RA=1989;AA=114;SR=879|1110;SA=47|67;SB=0.41228;AB=0.47396;ABR=91;ABA=101;RUN=3;SNP;TS
+20	119596	.	A	G	99.0	PASS	NS=366;DP=2103;AC=39;AN=732;AF=0.053279;RA=2004;AA=97;SR=874|1130;SA=41|56;SB=0.42268;AB=0.54706;ABR=93;ABA=76;RUN=1;SNP;TS
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+20	120093	.	T	C	99.0	PASS	NS=336;DP=1402;AC=35;AN=672;AF=0.052083;RA=1335;AA=61;SR=744|591;SA=39|22;SB=0.63934;AB=0.53153;ABR=59;ABA=52;RUN=1;SNP;TS
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+20	120289	.	T	C	1.51	PASS	NS=359;DP=2131;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=2120;AA=4;SR=1226|894;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	120327	.	A	G	99.0	PASS	NS=365;DP=2183;AC=3;AN=730;AF=0.0041096;RA=2172;AA=9;SR=1158|1014;SA=4|5;SB=0.44444;AB=0.52941;ABR=9;ABA=8;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	120353	.	T	C	99.0	PASS	NS=361;DP=2069;AC=15;AN=722;AF=0.020776;RA=2029;AA=35;SR=1056|973;SA=16|19;SB=0.45714;AB=0.34043;ABR=16;ABA=31;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	120464	.	T	C	0.96	PASS	NS=357;DP=2188;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=2158;AA=17;SR=1089|1069;SA=3|14;SB=0.17647;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	120471	.	A	G	99.0	PASS	NS=355;DP=2155;AC=292;AN=710;AF=0.41127;RA=1332;AA=818;SR=667|665;SA=419|399;SB=0.51222;AB=0.50122;ABR=411;ABA=408;RUN=2;SNP;TS;CpG
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+20	120491	.	G	A	2.04	PASS	NS=361;DP=2213;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=2201;AA=3;SR=1022|1179;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=4;SNP;TS
+20	120535	.	G	A	3.2	PASS	NS=366;DP=2332;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2321;AA=5;SR=1104|1217;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.57143;ABR=4;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	120553	.	G	A	99.0	PASS	NS=363;DP=2295;AC=38;AN=726;AF=0.052342;RA=2196;AA=93;SR=1087|1109;SA=46|47;SB=0.49462;AB=0.5509;ABR=92;ABA=75;RUN=1;SNP;TS
+20	120746	.	A	G	0.107	PASS	NS=356;DP=2078;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=2073;AA=3;SR=1040|1033;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	120761	.	A	G	4.72	PASS	NS=360;DP=2025;AC=2;AN=720;AF=0.0027778;RA=2013;AA=7;SR=1011|1002;SA=2|5;SB=0.28571;AB=0.72727;ABR=8;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	120863	.	T	C	7.31	PASS	NS=356;DP=2117;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=2108;AA=2;SR=1114|994;SA=1|1;SB=0.5;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	120911	.	T	C	4.66	PASS	NS=364;DP=2171;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2152;AA=3;SR=1110|1042;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	121040	.	C	T	0.0497	PASS	NS=351;DP=2064;AC=1;AN=702;AF=0.0014245;RA=2047;AA=3;SR=1039|1008;SA=3|0;SB=1;AB=0.8;ABR=4;ABA=1;RUN=1;SNP;TS
+20	121125	.	A	G	2.32	PASS	NS=362;DP=2128;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2124;AA=3;SR=1089|1035;SA=3|0;SB=1;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	121188	.	G	A	99.0	PASS	NS=363;DP=1947;AC=35;AN=726;AF=0.048209;RA=1842;AA=103;SR=897|945;SA=51|52;SB=0.49515;AB=0.4069;ABR=59;ABA=86;RUN=2;SNP;TS
+20	121235	.	C	T	0.234	PASS	NS=360;DP=1946;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1935;AA=3;SR=820|1115;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	121493	.	C	T	99.0	PASS	NS=304;DP=848;AC=120;AN=608;AF=0.19737;RA=641;AA=202;SR=285|356;SA=94|108;SB=0.46535;AB=0.59302;ABR=204;ABA=137;RUN=18;SNP;TS
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+20	75813	.	G	T	45.2	PASS	NS=367;DP=2170;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2155;AA=11;SR=1100|1055;SA=3|8;SB=0.27273;AB=0.22222;ABR=2;ABA=7;RUN=2;SNP;TV
+20	76316	.	T	G	0.0522	PASS	NS=353;DP=2029;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=2019;AA=6;SR=1099|920;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=2;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
+20	76317	.	A	T	0.0577	PASS	NS=353;DP=2039;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=2028;AA=4;SR=1106|922;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
+20	76477	.	G	T	0.0468	PASS	NS=369;DP=2510;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2495;AA=8;SR=1108|1387;SA=7|1;SB=0.875;AB=0.83333;ABR=5;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
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+20	110442	.	C	A	9.88	PASS	NS=367;DP=2074;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2060;AA=5;SR=845|1215;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	116652	.	A	T	0.615	PASS	NS=305;DP=848;AC=1;AN=610;AF=0.0016393;RA=842;AA=3;SR=602|240;SA=3|0;SB=1;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+##INFO=<ID=REPEAT,Number=1,Type=String,Description="Description of the local repeat structures flanking the current position">
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+##INFO=<ID=RUN,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length: the number of consecutive nucleotides in the reference genome matching the alternate allele prior to the current position">
+##INFO=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
+##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)">
+##INFO=<ID=MNP,Number=0,Type=Integer,Description="Length of MNP allele, if present">
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+##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the alternate allele: a number between 0 and 1 representing the ratio of forward strand sequence reads showing the alternate allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
+##INFO=<ID=SA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
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+20	83570	.	T	G	99.0	PASS	NS=366;DP=2101;AC=53;AN=732;AF=0.072404;RA=1942;AA=152;SR=1026|916;SA=88|64;SB=0.57895;AB=0.47685;ABR=103;ABA=113;RUN=3;SNP;TV
+20	83611	.	C	A	99.0	PASS	NS=367;DP=2005;AC=13;AN=734;AF=0.017711;RA=1959;AA=41;SR=1062|897;SA=20|21;SB=0.4878;AB=0.51852;ABR=42;ABA=38;RUN=1;SNP;TV
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+##INFO=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
+##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)">
+##INFO=<ID=MNP,Number=0,Type=Integer,Description="Length of MNP allele, if present">
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+20	91971	.	G	A	99.0	PASS	NS=367;DP=2448;AC=4;AN=734;AF=0.0054496;RA=2412;AA=26;SR=1136|1276;SA=9|17;SB=0.34615;AB=0.54545;ABR=24;ABA=20;RUN=1;SNP;TS
+20	91987	.	A	C	2.61	PASS	NS=366;DP=2461;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2447;AA=8;SR=1115|1332;SA=5|3;SB=0.625;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	91991	.	G	C	99.0	PASS	NS=367;DP=2461;AC=12;AN=734;AF=0.016349;RA=2421;AA=30;SR=1104|1317;SA=12|18;SB=0.4;AB=0.525;ABR=21;ABA=19;RUN=2;SNP;TV
+20	92037	.	G	T	18.0	PASS	NS=369;DP=2484;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2465;AA=11;SR=1128|1337;SA=6|5;SB=0.54545;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	92080	.	T	C	99.0	PASS	NS=363;DP=2461;AC=10;AN=726;AF=0.013774;RA=2425;AA=32;SR=1182|1243;SA=15|17;SB=0.46875;AB=0.46341;ABR=19;ABA=22;RUN=1;SNP;TS
+20	92091	.	C	A	3.93	PASS	NS=363;DP=2512;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2502;AA=3;SR=1238|1264;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	92171	.	T	G	0.0778	PASS	NS=361;DP=2344;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=2332;AA=6;SR=1179|1153;SA=1|5;SB=0.16667;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	92366	.	A	G	99.0	PASS	NS=359;DP=2411;AC=131;AN=718;AF=0.18245;RA=1937;AA=464;SR=930|1007;SA=219|245;SB=0.47198;AB=0.50995;ABR=282;ABA=269;RUN=1;SNP;TS
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+20	92421	.	A	C	8.1	PASS	NS=366;DP=2327;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2315;AA=6;SR=1224|1091;SA=5|1;SB=0.83333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	92441	.	T	C	2.12	PASS	NS=364;DP=2420;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2406;AA=6;SR=1351|1055;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	92492	.	G	A	0.0468	PASS	NS=366;DP=2377;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2366;AA=2;SR=1174|1192;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	92527	.	A	G	99.0	PASS	NS=371;DP=2105;AC=644;AN=742;AF=0.86792;RA=317;AA=1752;SR=144|173;SA=822|930;SB=0.46918;AB=0.51415;ABR=218;ABA=198;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	92774	.	T	C	0.403	PASS	NS=364;DP=2560;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2548;AA=3;SR=1242|1306;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	93114	.	C	T	0.601	PASS	NS=356;DP=2138;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=2132;AA=2;SR=970|1162;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	93169	.	C	T	99.0	PASS	NS=352;DP=2227;AC=25;AN=704;AF=0.035511;RA=2133;AA=88;SR=999|1134;SA=36|52;SB=0.40909;AB=0.44681;ABR=63;ABA=77;RUN=1;SNP;TS
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+20	93327	.	T	C	99.0	PASS	NS=352;DP=1862;AC=25;AN=704;AF=0.035511;RA=1797;AA=60;SR=792|1005;SA=20|40;SB=0.33333;AB=0.53535;ABR=53;ABA=46;RUN=3;SNP;TS
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+20	93389	.	A	G	10.9	PASS	NS=361;DP=1775;AC=2;AN=722;AF=0.0027701;RA=1758;AA=5;SR=744|1014;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
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+20	93499	.	T	C	99.0	PASS	NS=365;DP=1887;AC=82;AN=730;AF=0.11233;RA=1681;AA=203;SR=679|1002;SA=79|124;SB=0.38916;AB=0.48855;ABR=128;ABA=134;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	93718	.	T	C	99.0	PASS	NS=260;DP=565;AC=55;AN=520;AF=0.10577;RA=498;AA=64;SR=267|231;SA=37|27;SB=0.57812;AB=0.5;ABR=30;ABA=30;RUN=2;SNP;TS
+20	93739	.	A	G	99.0	PASS	NS=278;DP=706;AC=75;AN=556;AF=0.13489;RA=582;AA=91;SR=316|266;SA=55|36;SB=0.6044;AB=0.48235;ABR=41;ABA=44;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	93931	.	G	A	99.0	PASS	NS=325;DP=1064;AC=167;AN=650;AF=0.25692;RA=811;AA=248;SR=366|445;SA=126|122;SB=0.50806;AB=0.55128;ABR=129;ABA=105;RUN=1;SNP;TS
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+20	94256	.	A	C	0.101	PASS	NS=355;DP=1594;AC=1;AN=710;AF=0.0014085;RA=1565;AA=4;SR=725|840;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	94307	.	C	A	8.46	PASS	NS=339;DP=1691;AC=1;AN=678;AF=0.0014749;RA=1675;AA=4;SR=703|972;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	94528	.	T	G	99.0	PASS	NS=349;DP=1836;AC=84;AN=698;AF=0.12034;RA=1656;AA=177;SR=898|758;SA=96|81;SB=0.54237;AB=0.52747;ABR=144;ABA=129;RUN=1;SNP;TV
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+20	94794	.	T	C	0.713	PASS	NS=365;DP=2100;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2091;AA=2;SR=1072|1019;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	94952	.	G	T	99.0	PASS	NS=360;DP=2103;AC=157;AN=720;AF=0.21806;RA=1678;AA=422;SR=854|824;SA=209|213;SB=0.49526;AB=0.49323;ABR=255;ABA=262;RUN=3;SNP;TV
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+20	95093	.	T	G	99.0	PASS	NS=364;DP=1944;AC=95;AN=728;AF=0.13049;RA=1730;AA=212;SR=840|890;SA=99|113;SB=0.46698;AB=0.46619;ABR=131;ABA=150;RUN=1;SNP;TV
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+20	96646	.	G	A	0.141	PASS	NS=364;DP=1850;AC=2;AN=728;AF=0.0027473;RA=1823;AA=6;SR=961|862;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.57143;ABR=4;ABA=3;RUN=2;SNP;TS
+20	96670	.	C	T	2.72	PASS	NS=366;DP=1963;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=1953;AA=4;SR=1050|903;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+##INFO=<ID=RUN,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length: the number of consecutive nucleotides in the reference genome matching the alternate allele prior to the current position">
+##INFO=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
+##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)">
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+##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the alternate allele: a number between 0 and 1 representing the ratio of forward strand sequence reads showing the alternate allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
+##INFO=<ID=SA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
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+20	67080	.	A	G	0.371	Q9;DP2000	NS=355;DP=1745;AC=1;AN=710;AF=0.0014085;RA=1732;AA=4;SR=907|825;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	72820	.	C	A	3.07	Q9	NS=366;DP=2061;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2048;AA=5;SR=1097|951;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	73957	.	G	A	13.1	PASS	NS=368;DP=2167;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2158;AA=3;SR=1176|982;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	74053	.	A	T	6.52	Q9	NS=366;DP=2231;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2219;AA=4;SR=1326|893;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	74073	.	T	A	0.0672	Q9	NS=365;DP=2246;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2237;AA=2;SR=1302|935;SA=2|0;SB=1;AB=0.4;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	74142	.	A	G	0.849	Q9	NS=370;DP=2293;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2273;AA=7;SR=1239|1034;SA=2|5;SB=0.28571;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	74232	.	T	C	0.106	Q9	NS=366;DP=2368;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2348;AA=6;SR=1206|1142;SA=5|1;SB=0.83333;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	74247	.	T	C	99.0	PASS	NS=365;DP=2372;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2353;AA=9;SR=1194|1159;SA=2|7;SB=0.22222;AB=0.3;ABR=3;ABA=7;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	74281	.	C	T	3.59	Q9	NS=366;DP=2430;AC=2;AN=732;AF=0.0027322;RA=2418;AA=5;SR=1176|1242;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.33333;ABR=2;ABA=4;RUN=2;SNP;TS
+20	74297	.	A	T	0.214	Q9	NS=367;DP=2402;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2379;AA=5;SR=1148|1231;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	74347	.	G	A	99.0	PASS	NS=371;DP=2504;AC=76;AN=742;AF=0.10243;RA=2237;AA=253;SR=1152|1085;SA=127|126;SB=0.50198;AB=0.52459;ABR=224;ABA=203;RUN=1;SNP;TS
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+20	74545	.	T	A	1.96	Q9	NS=361;DP=2030;AC=3;AN=722;AF=0.0041551;RA=2012;AA=12;SR=933|1079;SA=4|8;SB=0.33333;AB=0.55;ABR=11;ABA=9;RUN=1;SNP;TV
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+20	77871	.	C	T	28.8	PASS	NS=368;DP=2215;AC=4;AN=736;AF=0.0054348;RA=2200;AA=11;SR=831|1369;SA=6|5;SB=0.54545;AB=0.75;ABR=9;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	77884	.	T	C	2.39	Q9	NS=369;DP=2325;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2308;AA=4;SR=832|1476;SA=3|1;SB=0.75;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=2;SNP;TS;CpG
+20	77890	.	T	C	13.2	PASS	NS=369;DP=2347;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2324;AA=5;SR=842|1482;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	86823	.	T	G	1.16	Q9;DP2000	NS=360;DP=1894;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1867;AA=9;SR=870|997;SA=1|8;SB=0.11111;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	91072	.	G	A	9.59	PASS	NS=361;DP=2180;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=2166;AA=8;SR=1078|1088;SA=1|7;SB=0.125;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	91227	.	C	T	99.0	PASS	NS=369;DP=2355;AC=25;AN=738;AF=0.033875;RA=2274;AA=74;SR=1302|972;SA=44|30;SB=0.59459;AB=0.46018;ABR=52;ABA=61;RUN=3;SNP;TS
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+20	98957	.	A	G	99.0	PASS	NS=370;DP=2423;AC=2;AN=740;AF=0.0027027;RA=2404;AA=13;SR=1270|1134;SA=6|7;SB=0.46154;AB=0.41176;ABR=7;ABA=10;RUN=1;SNP;TS
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+20	102278	.	C	A	0.0803	Q9	NS=370;DP=2369;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2353;AA=11;SR=1241|1112;SA=4|7;SB=0.36364;AB=0.76923;ABR=10;ABA=3;RUN=2;SNP;TV
+20	102312	.	A	G	39.1	PASS	NS=369;DP=2482;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2466;AA=6;SR=1292|1174;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.63636;ABR=7;ABA=4;RUN=2;SNP;TS
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+20	102510	.	C	T	0.0965	Q9	NS=368;DP=2818;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2807;AA=3;SR=1294|1513;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	102511	.	G	A	0.0598	Q9	NS=369;DP=2815;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2803;AA=6;SR=1297|1506;SA=5|1;SB=0.83333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	102760	.	A	G	0.319	Q9	NS=371;DP=2530;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2521;AA=5;SR=1100|1421;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	102799	.	G	A	99.0	PASS	NS=367;DP=2411;AC=188;AN=734;AF=0.25613;RA=1818;AA=585;SR=812|1006;SA=250|335;SB=0.42735;AB=0.49346;ABR=377;ABA=383;RUN=1;SNP;TS
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+20	103003	.	C	G	0.107	Q9	NS=365;DP=2089;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2079;AA=2;SR=1075|1004;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	103119	.	T	C	5.14	Q9	NS=362;DP=2079;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2070;AA=2;SR=950|1120;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	103351	.	C	A	99.0	PASS	NS=362;DP=2013;AC=23;AN=724;AF=0.031768;RA=1954;AA=58;SR=1062|892;SA=37|21;SB=0.63793;AB=0.49438;ABR=44;ABA=45;RUN=4;SNP;TV
+20	103487	.	A	G	99.0	PASS	NS=367;DP=2018;AC=26;AN=734;AF=0.035422;RA=1949;AA=62;SR=873|1076;SA=26|36;SB=0.41935;AB=0.52577;ABR=51;ABA=46;RUN=1;SNP;TS
+20	103517	.	A	T	99.0	DP2000	NS=362;DP=1991;AC=307;AN=724;AF=0.42403;RA=1246;AA=741;SR=604|642;SA=340|401;SB=0.45884;AB=0.49821;ABR=278;ABA=279;RUN=1;SNP;TV
+20	103565	.	A	G	31.2	PASS	NS=360;DP=2009;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=2002;AA=5;SR=1066|936;SA=3|2;SB=0.6;AB=0;ABR=0;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
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+20	103694	.	C	T	9.34	PASS	NS=360;DP=2012;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=2005;AA=2;SR=1039|966;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	103722	.	T	C	3.92	Q9	NS=365;DP=2168;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2161;AA=4;SR=1157|1004;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	103762	.	G	A	5.05	Q9	NS=367;DP=2133;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2122;AA=2;SR=1144|978;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	103813	.	G	A	99.0	DP2000	NS=362;DP=1974;AC=23;AN=724;AF=0.031768;RA=1909;AA=59;SR=1009|900;SA=35|24;SB=0.59322;AB=0.58779;ABR=77;ABA=54;RUN=1;SNP;TS
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+20	105930	.	G	T	11.5	PASS	NS=362;DP=2051;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2038;AA=2;SR=1081|957;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	106204	.	A	G	14.8	DP2000	NS=367;DP=1984;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=1967;AA=6;SR=965|1002;SA=1|5;SB=0.16667;AB=0.66667;ABR=6;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	106371	.	C	A	27.8	DP2000	NS=357;DP=1931;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=1919;AA=9;SR=1070|849;SA=4|5;SB=0.44444;AB=0.33333;ABR=2;ABA=4;RUN=5;SNP;TV
+20	106411	.	C	A	99.0	DP2000	NS=353;DP=1798;AC=6;AN=706;AF=0.0084986;RA=1782;AA=15;SR=908|874;SA=8|7;SB=0.53333;AB=0.5;ABR=13;ABA=13;RUN=3;SNP;TV
+20	106550	.	T	C	0.176	Q9;DP2000	NS=348;DP=1664;AC=1;AN=696;AF=0.0014368;RA=1657;AA=3;SR=738|919;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
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+20	118878	.	C	A	4.89	Q9	NS=371;DP=2432;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2419;AA=6;SR=1178|1241;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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+20	118963	.	C	T	0.62	Q9	NS=359;DP=2420;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=2411;AA=4;SR=1067|1344;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	118973	.	G	C	1.48	Q9	NS=365;DP=2459;AC=2;AN=730;AF=0.0027397;RA=2422;AA=13;SR=1098|1324;SA=7|6;SB=0.53846;AB=0.55556;ABR=5;ABA=4;RUN=1;SNP;TV
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+20	122202	.	C	T	2.54	Q9	NS=365;DP=2275;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2262;AA=3;SR=1021|1241;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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+20	122337	.	A	G	13.1	PASS	NS=370;DP=2216;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2208;AA=4;SR=1130|1078;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	122411	.	C	T	1.75	Q9	NS=366;DP=2162;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2155;AA=3;SR=1002|1153;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	122505	.	T	G	99.0	PASS	NS=358;DP=2049;AC=24;AN=716;AF=0.03352;RA=1985;AA=61;SR=948|1037;SA=23|38;SB=0.37705;AB=0.48936;ABR=46;ABA=48;RUN=1;SNP;TV
+20	122508	.	G	A	99.0	PASS	NS=358;DP=2024;AC=118;AN=716;AF=0.1648;RA=1718;AA=301;SR=831|887;SA=133|168;SB=0.44186;AB=0.51299;ABR=237;ABA=224;RUN=4;SNP;TS
+20	122511	.	T	C	99.0	PASS	NS=363;DP=2032;AC=20;AN=726;AF=0.027548;RA=1967;AA=59;SR=932|1035;SA=27|32;SB=0.45763;AB=0.39706;ABR=27;ABA=41;RUN=2;SNP;TS
+20	122548	.	C	T	99.0	DP2000	NS=356;DP=1990;AC=37;AN=712;AF=0.051966;RA=1899;AA=86;SR=950|949;SA=49|37;SB=0.56977;AB=0.51471;ABR=70;ABA=66;RUN=6;SNP;TS
+20	122637	.	G	T	0.0819	Q9	NS=365;DP=2023;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2003;AA=14;SR=955|1048;SA=6|8;SB=0.42857;AB=0.75;ABR=3;ABA=1;RUN=2;SNP;TV
+20	122706	.	G	A	13.0	PASS	NS=362;DP=2089;AC=3;AN=724;AF=0.0041436;RA=2063;AA=10;SR=944|1119;SA=6|4;SB=0.6;AB=0.4375;ABR=7;ABA=9;RUN=5;SNP;TS
+20	122770	.	T	C	0.0898	Q9	NS=359;DP=2007;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=2001;AA=3;SR=951|1050;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	122897	.	C	G	63.7	PASS	NS=367;DP=2167;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2145;AA=11;SR=1277|868;SA=6|5;SB=0.54545;AB=0.45455;ABR=5;ABA=6;RUN=2;SNP;TV
+20	122913	.	G	C	33.5	PASS	NS=368;DP=2131;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2115;AA=7;SR=1201|914;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.25;ABR=1;ABA=3;RUN=1;SNP;TV
+20	122977	.	T	A	0.153	Q9	NS=368;DP=2071;AC=3;AN=736;AF=0.0040761;RA=2056;AA=6;SR=1062|994;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=10;ABA=4;RUN=4;SNP;TV
+20	122995	.	C	G	0.222	Q9	NS=368;DP=2170;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2158;AA=3;SR=1124|1034;SA=3|0;SB=1;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	123021	.	C	T	0.0437	Q9	NS=368;DP=2290;AC=2;AN=736;AF=0.0027174;RA=2281;AA=4;SR=1221|1060;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.76923;ABR=10;ABA=3;RUN=3;SNP;TS
+20	123037	.	T	C	99.0	PASS	NS=367;DP=2305;AC=4;AN=734;AF=0.0054496;RA=2285;AA=13;SR=1267|1018;SA=10|3;SB=0.76923;AB=0.63333;ABR=19;ABA=11;RUN=2;SNP;TS
+20	123073	.	C	T	0.404	Q9	NS=371;DP=2357;AC=2;AN=742;AF=0.0026954;RA=2341;AA=7;SR=1293|1048;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.66667;ABR=6;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	123251	.	T	C	71.0	PASS	NS=363;DP=2413;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2393;AA=10;SR=1226|1167;SA=7|3;SB=0.7;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
+20	123318	.	T	C	99.0	PASS	NS=367;DP=2371;AC=24;AN=734;AF=0.032698;RA=2289;AA=73;SR=1174|1115;SA=41|32;SB=0.56164;AB=0.5;ABR=56;ABA=56;RUN=1;SNP;TS
+20	123404	.	T	A	6.08	Q9	NS=365;DP=2328;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2304;AA=6;SR=1114|1190;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	123499	.	C	T	99.0	PASS	NS=367;DP=2330;AC=5;AN=734;AF=0.006812;RA=2298;AA=18;SR=1062|1236;SA=6|12;SB=0.33333;AB=0.38462;ABR=10;ABA=16;RUN=2;SNP;TS
+20	123500	.	A	G	0.191	Q9	NS=367;DP=2342;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2317;AA=13;SR=1062|1255;SA=3|10;SB=0.23077;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=3;SNP;TS;CpG
+20	123513	.	A	G	1.47	Q9	NS=368;DP=2373;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2358;AA=5;SR=1071|1287;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
+20	123556	.	C	G	7.19	Q9	NS=371;DP=2383;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2370;AA=6;SR=1058|1312;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	123564	.	T	C	0.229	Q9	NS=372;DP=2373;AC=1;AN=744;AF=0.0013441;RA=2348;AA=10;SR=1045|1303;SA=3|7;SB=0.3;AB=0.72727;ABR=8;ABA=2;RUN=5;SNP;TS
+20	123809	.	A	T	0.953	Q9;DP2000	NS=356;DP=1910;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=1896;AA=7;SR=843|1053;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.625;ABR=5;ABA=3;RUN=2;SNP;TV
+20	123979	.	C	A	0.314	Q9	NS=363;DP=2152;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2141;AA=3;SR=1118|1023;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	124059	.	C	T	37.8	DP2000	NS=358;DP=1984;AC=3;AN=716;AF=0.0041899;RA=1971;AA=7;SR=971|1000;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.44444;ABR=4;ABA=5;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	124060	.	G	A	34.6	DP2000	NS=359;DP=1991;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1983;AA=3;SR=995|988;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=3;ABA=3;RUN=2;SNP;TS;CpG
+20	124137	.	C	A	0.0701	Q9;DP2000	NS=357;DP=1933;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=1922;AA=4;SR=990|932;SA=0|4;SB=0;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=2;SNP;TV
+20	124148	.	A	G	0.344	Q9;DP2000	NS=358;DP=1957;AC=2;AN=716;AF=0.0027933;RA=1947;AA=6;SR=989|958;SA=1|5;SB=0.16667;AB=0.8;ABR=12;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	124229	.	T	C	0.672	Q9;DP2000	NS=356;DP=1979;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=1972;AA=4;SR=1025|947;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	124230	.	A	G	0.0816	Q9;DP2000	NS=356;DP=1970;AC=1;AN=712;AF=0.0014045;RA=1959;AA=4;SR=1026|933;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	124249	.	A	G	99.0	DP2000	NS=359;DP=1969;AC=41;AN=718;AF=0.057103;RA=1864;AA=101;SR=974|890;SA=55|46;SB=0.54455;AB=0.51977;ABR=92;ABA=85;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	124302	.	A	C	99.0	PASS	NS=358;DP=2007;AC=319;AN=716;AF=0.44553;RA=1185;AA=819;SR=577|608;SA=392|427;SB=0.47863;AB=0.51934;ABR=376;ABA=348;RUN=2;SNP;TV
+20	124335	.	C	T	99.0	PASS	NS=361;DP=2035;AC=4;AN=722;AF=0.0055402;RA=2013;AA=15;SR=929|1084;SA=10|5;SB=0.66667;AB=0.3913;ABR=9;ABA=14;RUN=1;SNP;TS
+20	124412	.	C	T	99.0	PASS	NS=357;DP=2005;AC=307;AN=714;AF=0.42997;RA=1207;AA=795;SR=602|605;SA=400|395;SB=0.50314;AB=0.51286;ABR=379;ABA=360;RUN=1;SNP;TS
+20	124511	.	T	A	0.647	Q9	NS=365;DP=2141;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2133;AA=4;SR=1077|1056;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
+20	124607	.	A	G	2.28	Q9;DP2000	NS=357;DP=1872;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=1865;AA=2;SR=930|935;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	124737	.	A	C	99.0	PASS	NS=367;DP=2024;AC=4;AN=734;AF=0.0054496;RA=2003;AA=16;SR=1046|957;SA=11|5;SB=0.6875;AB=0.26316;ABR=5;ABA=14;RUN=1;SNP;TV
+20	124827	.	T	C	1.7	Q9	NS=367;DP=2059;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2048;AA=4;SR=987|1061;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	124848	.	A	G	36.5	PASS	NS=364;DP=2077;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2060;AA=6;SR=966|1094;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.57143;ABR=4;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
+20	124878	.	G	A	0.22	Q9	NS=361;DP=2060;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=2049;AA=4;SR=974|1075;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	124920	.	A	G	76.0	DP2000	NS=361;DP=1956;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=1949;AA=6;SR=984|965;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.14286;ABR=1;ABA=6;RUN=1;SNP;TS;CpG
+20	124942	.	A	T	1.44	Q9	NS=362;DP=2015;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2007;AA=4;SR=1107|900;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	124998	.	T	C	99.0	PASS	NS=366;DP=2204;AC=29;AN=732;AF=0.039617;RA=2131;AA=66;SR=1132|999;SA=36|30;SB=0.54545;AB=0.54902;ABR=56;ABA=46;RUN=1;SNP;TS
+20	125096	.	C	G	4.18	Q9	NS=363;DP=2095;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2082;AA=2;SR=1071|1011;SA=2|0;SB=1;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	125109	.	A	T	0.0858	Q9	NS=365;DP=2091;AC=2;AN=730;AF=0.0027397;RA=2080;AA=7;SR=1103|977;SA=7|0;SB=1;AB=0.66667;ABR=6;ABA=3;RUN=8;SNP;TV
+20	125121	.	C	T	99.0	PASS	NS=364;DP=2075;AC=208;AN=728;AF=0.28571;RA=1472;AA=599;SR=826|646;SA=335|264;SB=0.55927;AB=0.49868;ABR=377;ABA=378;RUN=1;SNP;TS
+20	125179	.	C	A	99.0	PASS	NS=368;DP=2155;AC=7;AN=736;AF=0.0095109;RA=2127;AA=26;SR=1123|1004;SA=16|10;SB=0.61538;AB=0.36842;ABR=14;ABA=24;RUN=2;SNP;TV
+20	125266	.	T	A	3.47	Q9	NS=364;DP=2138;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2123;AA=5;SR=907|1216;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
+20	125381	.	A	G	4.69	Q9	NS=362;DP=2102;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2094;AA=3;SR=919|1175;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
+20	125450	.	G	A	0.364	Q9;DP2000	NS=359;DP=1881;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1868;AA=5;SR=862|1006;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
+20	125470	.	A	G	0.602	Q9;DP2000	NS=360;DP=1870;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1855;AA=5;SR=909|946;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tools.py	Thu Jan 23 12:31:12 2014 -0500
@@ -0,0 +1,188 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os.path
+import sys
+import vcfPytools
+from vcfPytools import __version__
+
+# Determine whether to output to a file or stdout.
+def setOutput(output):
+  if output == None:
+    outputFile = sys.stdout
+    writeOut = False
+  else:
+    output = os.path.abspath(output)
+    outputFile = open(output, 'w')
+    writeOut = True
+
+  return outputFile, writeOut
+
+# Determine which file has priority for writing out records.
+def setVcfPriority(priorityFile, vcfFiles):
+  if priorityFile == None: priority = 0
+  elif priorityFile == vcfFiles[0]: priority = 1
+  elif priorityFile == vcfFiles[1]: priority = 2
+  elif priorityFile.lower() == "merge": priority = 3
+  else:
+    print >> sys.stderr, "vcf file give priority must be one of the two input vcf files or merge."
+    exit(1)
+
+  return priority
+
+# If the union or intersection of two vcf files is being performed
+# and the output vcf file is to contain the information from both
+# files, the headers need to be merged to ensure that all info and
+# format entries have an explanation.
+def mergeHeaders(v1, v2, v3):
+
+# If either file does not have a header, terminate the program.
+# In order to merge the headers, the different fields must be
+# checked to ensure the files are compatible.
+  if not v1.hasHeader or not v2.hasHeader:
+    print >> sys.stderr, "Both vcf files must have a header in order to merge data sets."
+    exit(1)
+
+  v3.infoHeaderTags = v1.infoHeaderTags.copy()
+  v3.formatHeaderTags = v1.formatHeaderTags.copy()
+  v3.numberDataSets = v1.numberDataSets
+  v3.includedDataSets = v1.includedDataSets.copy()
+  v3.headerText = v1.headerText
+  v3.headerTitles = v1.headerTitles
+  v3.infoHeaderString = v1.infoHeaderString.copy()
+  v3.formatHeaderString = v1.formatHeaderString.copy()
+
+# Merge the info field descriptions.
+  for tag in v2.infoHeaderTags:
+    if v1.infoHeaderTags.has_key(tag):
+      if v1.infoHeaderTags[tag][0] != v2.infoHeaderTags[tag][0] or \
+         v1.infoHeaderTags[tag][1] != v2.infoHeaderTags[tag][1]:
+        print v1.infoHeaderTags[tag][0]
+        print v1.infoHeaderTags[tag][1]
+        print v1.infoHeaderTags[tag][2]
+        print >> sys.stderr, "Input vcf files have different definitions for " + tag + " field."
+        exit(1)
+    else: v3.infoHeaderTags[tag] = v2.infoHeaderTags[tag]
+
+# Merge the format field descriptions.
+  for tag in v2.formatHeaderTags:
+    if v1.formatHeaderTags.has_key(tag):
+      if v1.formatHeaderTags[tag][0] != v2.formatHeaderTags[tag][0] or \
+         v1.formatHeaderTags[tag][1] != v2.formatHeaderTags[tag][1]:
+        print >> sys.stderr, "Input vcf files have different definitions for " + tag + " field."
+        exit(1)
+    else: v3.formatHeaderTags[tag] = v2.formatHeaderTags[tag]
+
+# Now check to see if the vcf files contain information from multiple
+# records themselves and create an ordered list in which the data
+# will appear in the file.  For instance, of the first file has
+# already got two sets of data and is being intersected with a file
+# with one set of data, the order of data in the new vcf file will be
+# the two sets from the first file followed by the second, e.g.
+# AB=3/2/4, where the 3 and 2 are from the first file and the 4 is the
+# value of AC from the second vcf.  The header will have a ##FILE for
+# each of the three files, so the origin if the data can be recovered.
+  if v1.numberDataSets == 0:
+    v3.includedDataSets[v3.numberDataSets + 1] = v1.filename
+    v3.numberDataSets += 1
+  if v2.numberDataSets == 0:
+    v3.includedDataSets[v3.numberDataSets + 1] = v2.filename
+    v3.numberDataSets += 1
+  else:
+    for i in range(1, v2.numberDataSets + 1):
+      v3.includedDataSets[v3.numberDataSets + 1] = v2.includedDataSets[i]
+      v3.numberDataSets += 1
+
+# If either of the input files contain multiple data sets (e.g. multiple
+# vcf files have undergone intersection or union calculations and all
+# information has been retained) and the priority isn't set to 'merge',
+# terminate the program.  This is to ensure that the origin of the data
+# doesn't get confused.
+def checkDataSets(v1, v2):
+  if v1.numberDataSets + v2.numberDataSets != 0:
+    print >> sys.stderr, "\nERROR:"
+    print >> sys.stderr, "input vcf file(s) contain data sets from multiple vcf files."
+    print >> sys.stderr, "Further intersection or union operations must include --priority-file merge"
+    print >> sys.stderr, "Other tools may be incompatible with this format."
+    exit(1)
+
+# Write the header to file.
+def writeHeader (outputFile, v, removeGenotypes, taskDescriptor):
+  if not v.hasHeader: 
+    v.headerText = "##fileformat=VCFv4.0\n##source=vcfPytools " + __version__ + "\n"
+    v.headerTitles = "#CHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO\n"
+  outputFile.write(v.headerText) if v.headerText != "" else None
+  print >> outputFile, taskDescriptor
+  for tag in v.infoHeaderString: print >> outputFile, v.infoHeaderString[tag]
+  for tag in v.formatHeaderString: print >> outputFile, v.formatHeaderString[tag]
+
+# Write out a list of files indicating which data set belongs to which file.
+  if v.numberDataSets != 0:
+    for i in range(1, v.numberDataSets + 1):
+      print >> outputFile, "##FILE=<ID=" + str(i) + ",\"" + v.includedDataSets[i] + "\">"
+
+  if removeGenotypes:
+    line = v.headerTitles.rstrip("\n").split("\t")
+    newHeaderTitles = line[0]
+    for i in range(1,8):
+      newHeaderTitles = newHeaderTitles + "\t" + line[i]
+    newHeaderTitles = newHeaderTitles + "\n"
+    outputFile.write( newHeaderTitles )
+  else:
+    outputFile.write( v.headerTitles )
+
+# Check that the two reference sequence lists are identical.
+# If there are a different number or order, the results may
+# not be as expected.
+def checkReferenceSequenceLists(list1, list2):
+  errorMessage = False
+  if len(list1) != len(list2):
+    print >> sys.stderr, "WARNING: Input files contain a different number of reference sequences."
+    errorMessage = True
+  elif list1 != list2:
+    print >> sys.stderr, "WARNING: Input files contain different or differently ordered reference sequences."
+    errorMessage = True
+  if errorMessage:
+    print >> sys.stderr, "Results may not be as expected."
+    print >> sys.stderr, "Ensure that input files have the same reference sequences in the same order."
+    print >> sys.stderr, "Reference sequence lists observed were:\n\t", list1, "\n\t", list2
+
+# Write out a vcf record to file.  The record written depends on the
+# value of 'priority' and could therefore be the record from either
+# of the vcf files, or a combination of them.
+
+def writeVcfRecord(priority, v1, v2, outputFile):
+  if priority == 0:
+    if v1.quality >= v2.quality: outputFile.write(v1.record)
+    else: outputFile.write(v2.record)
+  elif priority == 1: outputFile.write(v1.record)
+  elif priority == 2: outputFile.write(v2.record)
+  elif priority == 3:
+
+# Define the missing entry values (depends on the number of data sets
+# in the file).
+    info = ""
+    missingEntry1 = missingEntry2 = "."
+    for i in range(1, v1.numberDataSets): missingEntry1 += "/."
+    for i in range(1, v2.numberDataSets): missingEntry2 += "/."
+    secondList = v2.infoTags.copy()
+
+# Build up the info field.
+    for tag in v1.infoTags:
+      if secondList.has_key(tag):
+        if v1.infoHeaderTags[tag][1].lower() != "flag": info += tag + "=" + v1.infoTags[tag] + "/" + v2.infoTags[tag] + ";"
+        del secondList[tag]
+      else: 
+        if v1.infoHeaderTags[tag][1].lower() != "flag": info += tag + "=" + v1.infoTags[tag] + "/" + missingEntry2 + ";"
+
+# Now include the info tags that are not populated in the first vcf file.
+    for tag in secondList:
+      if v2.infoHeaderTags[tag][1].lower() != "flag": info += tag + "=" + missingEntry1 + "/" + v2.infoTags[tag] + ";"
+
+# Build the complete record.
+    info = info.rstrip(";")
+    record = v1.referenceSequence + "\t" + str(v1.position) + "\t" + v1.rsid + "\t" + v1.ref + "\t" + \
+             v1.alt + "/" + v2.alt + "\t" + v1.quality + "/" + v2.quality + "\t.\t" + info
+    print >> outputFile, record
+  else:
+    print >> sys.sterr, "Unknown file priority."
+    exit(1)
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/vcfClass.py	Thu Jan 23 12:31:12 2014 -0500
@@ -0,0 +1,440 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os.path
+import sys
+import re
+
+class vcf:
+  def __init__(self):
+
+# Header info.
+    self.filename = ""
+    self.hasHeader = True
+    self.headerText = ""
+    self.headerTitles = ""
+    self.vcfFormat = ""
+    #self.headerInfoText = ""
+    #self.headerFormatText = ""
+
+# Store the info and format tags as well as the lines that describe
+# them in a dictionary.
+    self.numberDataSets = 0
+    self.includedDataSets = {}
+    self.infoHeaderTags = {}
+    self.infoHeaderString = {}
+    self.formatHeaderTags = {}
+    self.formatHeaderString = {}
+
+# Genotype information.
+    self.genotypes = False
+    self.infoField = {}
+
+# Reference sequence information.
+    self.referenceSequences = {}
+    self.referenceSequenceList = []
+    self.referenceSequence = ""
+
+# Record information.
+    self.position = -1
+    self.samplesList = []
+
+# Determine which fields to process.
+    self.processInfo = False
+    self.processGenotypes = False
+    self.dbsnpVcf = False
+    self.hapmapVcf = False
+
+# Open a vcf file.
+  def openVcf(self, filename):
+    if filename == "stdin":
+      self.filehandle = sys.stdin
+      self.filename = "stdin"
+    else:
+      try: self.filehandle = open(filename,"r")
+      except IOError:
+        print >> sys.stderr, "Failed to find file: ",filename
+        exit(1)
+      self.filename = os.path.abspath(filename)
+
+# Parse the vcf header.
+  def parseHeader(self, filename, writeOut):
+    while self.getHeaderLine(filename, writeOut):
+      continue
+
+# Determine the type of information in the header line.
+  def getHeaderLine(self, filename, writeOut):
+    self.headerLine = self.filehandle.readline().rstrip("\n")
+    if self.headerLine.startswith("##fileformat"): success = self.getvcfFormat()
+    if self.headerLine.startswith("##INFO"): success = self.headerInfo(writeOut, "info")
+    elif self.headerLine.startswith("##FORMAT"): success = self.headerInfo(writeOut, "format")
+    elif self.headerLine.startswith("##FILE"): success = self.headerFiles(writeOut)
+    elif self.headerLine.startswith("##"): success = self.headerAdditional()
+    elif self.headerLine.startswith("#"): success = self.headerTitleString(filename, writeOut)
+    else: success = self.noHeader(filename, writeOut)
+
+    return success
+
+# Read VCF format
+  def getvcfFormat(self):
+      try:
+          self.vcfFormat = self.headerLine.split("=",1)[1]
+          self.vcfFormat = float( self.vcfFormat.split("VCFv",1)[1] )## Extract the version number rather than the whole string
+      except IndexError:
+          print >> sys.stderr, "\nError parsing the fileformat"
+          print >> sys.stderr, "The following fileformat header is wrongly formatted: ", self.headerLine
+          exit(1)
+      return True
+
+
+# Read information on an info field from the header line.
+  def headerInfo(self, writeOut, lineType):
+    tag = self.headerLine.split("=",1)
+    tagID = (tag[1].split("ID=",1))[1].split(",",1)
+
+# Check if this info field has already been defined.
+    if (lineType == "info" and self.infoHeaderTags.has_key(tagID[0])) or (lineType == "format" and self.formatHeaderTags.has_key(tagID[0])):
+      print >> sys.stderr, "Info tag \"", tagID[0], "\" is defined multiple times in the header."
+      exit(1)
+
+# Determine the number of entries, entry type and description.
+    tagNumber = (tagID[1].split("Number=",1))[1].split(",",1)
+    tagType = (tagNumber[1].split("Type=",1))[1].split(",",1)
+    try: tagDescription = ( ( (tagType[1].split("Description=\"",1))[1] ).split("\">") )[0]
+    except IndexError: tagDescription = ""
+    tagID = tagID[0]; tagNumber = tagNumber[0]; tagType = tagType[0]
+
+# Check that the number of fields associated with the tag is either
+# an integer or a '.' to indicate variable number of entries.
+    if tagNumber == ".": tagNumber = "variable"
+    else:
+      if self.vcfFormat<4.1:
+
+        try:
+            tagNumber = int(tagNumber)
+
+        except ValueError:
+            print >> sys.stderr, "\nError parsing header.  Problem with info tag:", tagID
+            print >> sys.stderr, "Number of fields associated with this tag is not an integer or '.'"
+            exit(1)
+
+    if lineType == "info":
+      self.infoHeaderTags[tagID] = tagNumber, tagType, tagDescription
+      self.infoHeaderString[tagID] = self.headerLine
+    if lineType == "format":
+      self.formatHeaderTags[tagID] = tagNumber, tagType, tagDescription
+      self.formatHeaderString[tagID] = self.headerLine
+
+    return True
+
+# Check to see if the records contain information from multiple different
+# sources.  If vcfPytools has been used to find the intersection or union
+# of two vcf files, the records may have been merged to keep all the
+# information available.  If this is the case, there will be a ##FILE line
+# for each set of information in the file.  The order of these files needs
+# to be maintained.
+  def headerFiles(self, writeOut):
+    fileID = (self.headerLine.split("ID=",1))[1].split(",",1)
+    filename = fileID[1].split("\"",2)[1]
+    try: fileID = int(fileID[0])
+    except ValueError:
+      print >> sys.stderr, "File ID in ##FILE entry must be an integer."
+      print >> sys.stderr, self.headerLine
+      exit(1)
+    if self.includedDataSets.has_key(fileID):
+      print >> sys.stderr, "\nERROR: file " + self.filename
+      print >> sys.stderr, "Multiple files in the ##FILE list have identical ID values."
+      exit(1)
+    self.includedDataSets[fileID] = filename
+
+# Set the number of files with information in this vcf file.
+    if fileID > self.numberDataSets: self.numberDataSets = fileID
+
+    return True
+
+# Read additional information contained in the header.
+  def headerAdditional(self):
+    self.headerText += self.headerLine + "\n"
+
+    return True
+
+# Read in the column titles to check that all standard fields
+# are present and read in all the samples.
+  def headerTitleString(self, filename, writeOut):
+    self.headerTitles = self.headerLine + "\n"
+
+# Strip the end of line character from the last infoFields entry.
+    infoFields = self.headerLine.split("\t")
+    if len(infoFields) > 8:
+#      if len(infoFields) - 9 == 1 and writeOut: print >> sys.stdout, len(infoFields) - 9, " sample present in vcf file: ", filename
+#      elif writeOut: print >> sys.stdout, len(infoFields) - 9, " samples present in vcf file: ", filename
+      self.samplesList = infoFields[9:]
+      self.genotypes = True
+    elif len(infoFields) == 8:
+      if writeOut: print >> sys.stdout, "No samples present in the header.  No genotype information available."
+    else:
+      print self.headerLine, len(infoFields)
+      print >> sys.stderr, "Not all vcf standard fields are available."
+      exit(1)
+
+    return False
+
+# If there is no header in the vcf file, close and reopen the
+# file so that the first line is avaiable for parsing as a
+# vcf record.
+  def noHeader(self, filename, writeOut):
+    if writeOut: print >> sys.stdout, "No header lines present in", filename
+    self.hasHeader = False
+    self.closeVcf(filename)
+    self.openVcf(filename)
+
+    return False
+
+# Check that info fields exist.
+  def checkInfoFields(self, tag):
+    if self.infoHeaderTags.has_key(tag) == False:
+      print >> sys.stderr, "Info tag \"", tag, "\" does not exist in the header."
+      exit(1)
+
+# Get the next line of information from the vcf file.
+  def getRecord(self):
+    self.record = self.filehandle.readline()
+    if not self.record: return False
+
+# Set up and execute a regular expression match.
+    recordRe = re.compile(r"^(\S+)\t(\d+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)\t(\S+)(\n|\t.+)$")
+    #recordRe = re.compile(r"^(\S+)\s+(\d+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)(\n|\s+.+)$")
+    recordMatch = recordRe.match(self.record)
+    if recordMatch == None:
+      print >> sys.stderr, "Unable to resolve vcf record.\n"
+      print >> sys.stderr, self.record
+      exit(1)
+
+    self.referenceSequence = recordMatch.group(1)
+    try: self.position = int(recordMatch.group(2))
+    except ValueError:
+      text = "variant position is not an integer"
+      self.generalError(text, "", None)
+    self.rsid       = recordMatch.group(3)
+    self.ref        = recordMatch.group(4)
+    self.alt        = recordMatch.group(5)
+    self.quality    = recordMatch.group(6)
+    self.filters    = recordMatch.group(7)
+    self.info       = recordMatch.group(8)
+    self.genotypeString = recordMatch.group(9)
+    self.infoTags   = {}
+
+# Check that the quality is an integer or a float.  If not, set the quality
+# to zero.
+    try: self.quality = float(self.quality)
+    except ValueError: self.quality = float(0.)
+
+# If recordMatch.group(9) is not the end of line character, there is
+# genotype information with this record.
+    if self.genotypeString != "\n": self.hasGenotypes = True
+    else: self.hasGenotypes = False
+
+# Add the reference sequence to the dictionary.  If it didn't previously
+# exist append the reference sequence to the end of the list as well.
+# This ensures that the order in which the reference sequences appeared
+# in the header can be preserved.
+    if self.referenceSequence not in self.referenceSequences:
+      self.referenceSequences[self.referenceSequence] = True
+      self.referenceSequenceList.append(self.referenceSequence)
+
+# Check for multiple alternate alleles.
+    self.alternateAlleles = self.alt.split(",")
+    self.numberAlternateAlleles = len(self.alternateAlleles)
+
+# If required, process the info and genotypes.
+    if self.processInfo: self.processInfoFields()
+    if self.processGenotypes and self.hasGenotypes: self.processGenotypeFields()
+
+    return True
+
+# Process the info string.
+  def processInfoFields(self):
+
+# First break the info string into its constituent elements.
+    infoEntries = self.info.split(";")
+
+# As long as some info fields exist, place them into a dictionary.
+    for entry in infoEntries:
+      infoEntry = entry.split("=")
+
+# If the entry is a flag, there will be no equals and the length of
+# infoEntry will be 1.  In this case, set the dictionary entry to the
+# whole entry.  If the vcf file has undergone a union or intersection
+# operation and contains the information from multiple files, this may
+# be a '/' seperate list of flags and so cannot be set to a Boolean value
+# yet.
+      if len(infoEntry) == 1: self.infoTags[infoEntry[0]] = infoEntry[0]
+      elif len(infoEntry) > 1: self.infoTags[infoEntry[0]] = infoEntry[1]
+
+# Process the genotype formats and values.
+  def processGenotypeFields(self):
+    genotypeEntries = self.genotypeString.split("\t")
+    self.genotypeFormatString = genotypeEntries[1]
+    self.genotypes = list(genotypeEntries[2:])
+    self.genotypeFormats = {}
+    self.genotypeFields = {}
+    self.genotypeFormats = self.genotypeFormatString.split(":")
+
+# Check that the number of genotype fields is equal to the number of samples
+    if len(self.samplesList) != len(self.genotypes):
+      text = "The number of genotypes is different to the number of samples"
+      self.generalError(text, "", "")
+
+# Add the genotype information to a dictionary.
+    for i in range( len(self.samplesList) ):
+      genotypeInfo = self.genotypes[i].split(":")
+      self.genotypeFields[ self.samplesList[i] ] = {}
+
+# Check that there are as many fields as in the format field.  If not, this must
+# be because the information is not known.  In this case, it is permitted that
+# the genotype information is either . or ./.
+      if genotypeInfo[0] == "./." or genotypeInfo[0] == "." and len(self.genotypeFormats) != len(genotypeInfo):
+        self.genotypeFields[ self.samplesList[i] ] = "."
+      else:
+        if len(self.genotypeFormats) != len(genotypeInfo):
+          text = "The number of genotype fields is different to the number specified in the format string"
+          self.generalError(text, "sample", self.samplesList[i])
+
+        for j in range( len(self.genotypeFormats) ): self.genotypeFields[ self.samplesList[i] ][ self.genotypeFormats[j] ] = genotypeInfo[j]
+
+# Parse through the vcf file until the correct reference sequence is
+# encountered and the position is greater than or equal to that requested.
+  def parseVcf(self, referenceSequence, position, writeOut, outputFile):
+    success = True
+    if self.referenceSequence != referenceSequence:
+      while self.referenceSequence != referenceSequence and success:
+        if writeOut: outputFile.write(self.record)
+        success = self.getRecord()
+
+    while self.referenceSequence == referenceSequence and self.position < position and success:
+      if writeOut: outputFile.write(self.record)
+      success = self.getRecord()
+
+    return success
+
+# Get the information for a specific info tag.  Also check that it contains
+# the correct number and type of entries.
+  def getInfo(self, tag):
+    result = []
+
+# Check if the tag exists in the header information.  If so,
+# determine the number and type of entries asscoiated with this
+# tag.
+    if self.infoHeaderTags.has_key(tag):
+      infoNumber = self.infoHeaderTags[tag][0]
+      infoType = self.infoHeaderTags[tag][1]
+      numberValues = infoNumber
+
+# First check that the tag exists in the information string.  Then split
+# the entry on commas.  For flag entries, do not perform the split.
+      if self.infoTags.has_key(tag):
+        if numberValues == 0 and infoType == "Flag": result = True
+        elif numberValues != 0 and infoType == "Flag":
+          print >> sys.stderr, "ERROR"
+          exit(1)
+        else:
+          fields = self.infoTags[tag].split(",")
+          if len(fields) != numberValues:
+            text = "Unexpected number of entries"
+            self.generalError(text, "information tag", tag)
+
+          for i in range(infoNumber):
+            try: result.append(fields[i])
+            except IndexError:
+              text = "Insufficient values. Expected: " + self.infoHeaderTags[tag][0]
+              self.generalError(text, "tag:", tag)
+      else: numberValues = 0
+
+    else:
+      text = "information field does not have a definition in the header"
+      self.generalError(text, "tag", tag)
+
+    return numberValues, infoType, result
+
+# Get the genotype information.
+  def getGenotypeInfo(self, sample, tag):
+    result = []
+    if self.formatHeaderTags.has_key(tag):
+      infoNumber = self.formatHeaderTags[tag][0]
+      infoType = self.formatHeaderTags[tag][1]
+      numberValues = infoNumber
+
+      if self.genotypeFields[sample] == "." and len(self.genotypeFields[sample]) == 1:
+        numberValues = 0
+        result = "."
+      else:
+        if self.genotypeFields[sample].has_key(tag):
+          if tag == "GT":
+            if len(self.genotypeFields[sample][tag]) != 3 and len(self.genotypeFields[sample][tag]) != 1:
+              text = "Unexected number of characters in genotype (GT) field"
+              self.generalError(text, "sample", sample)
+
+# If a diploid call, check whether or not the genotype is phased.
+            elif len(self.genotypeFields[sample][tag]) == 3:
+              self.phased = True if self.genotypeFields[sample][tag][1] == "|" else False
+              result.append( self.genotypeFields[sample][tag][0] )
+              result.append( self.genotypeFields[sample][tag][2] )
+            elif len(self.genotypeFields[sample][tag]) == 3:
+              result.append( self.genotypeFields[sample][tag][0] )
+          else:
+            fields = self.genotypeFields[sample][tag].split(",")
+            if len(fields) != numberValues:
+              text = "Unexpected number of characters in " + tag + " field"
+              self.generalError(text, "sample", sample)
+
+            for i in range(infoNumber): result.append(fields[i])
+    else:
+      text = "genotype field does not have a definition in the header"
+      self.generalError(text, "tag", tag)
+
+    return numberValues, result
+
+# Parse the dbsnp entry.  If the entry conforms to the required variant type,
+# return the dbsnp rsid value, otherwise ".".
+  def getDbsnpInfo(self):
+
+# First check that the variant class (VC) is listed as SNP.
+    vc = self.info.split("VC=",1)
+    if vc[1].find(";") != -1: snp = vc[1].split(";",1)
+    else:
+      snp = []
+      snp.append(vc[1])
+
+    if snp[0].lower() == "snp": rsid = self.rsid
+    else: rsid = "."
+
+    return rsid
+
+# Build a new vcf record.
+  def buildRecord(self, removeGenotypes):
+    record = self.referenceSequence + "\t" + \
+                str(self.position) + "\t" + \
+                self.rsid + "\t" + \
+                self.ref + "\t" + \
+                self.alt + "\t" + \
+                str(self.quality) + "\t" + \
+                self.filters + "\t" + \
+                self.info
+
+    if self.hasGenotypes and not removeGenotypes: record += self.genotypeString
+
+    record += "\n"
+
+    return record
+
+# Close the vcf file.
+  def closeVcf(self, filename):
+    self.filehandle.close()
+
+# Define error messages for different handled errors.
+  def generalError(self, text, field, fieldValue):
+    print >> sys.stderr, "\nError encountered when attempting to read:"
+    print >> sys.stderr, "\treference sequence :\t", self.referenceSequence
+    print >> sys.stderr, "\tposition :\t\t", self.position
+    if field != "": print >> sys.stderr, "\t", field, ":\t", fieldValue
+    print >> sys.stderr,  "\n", text
+    exit(1)
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/vcfPytools.py	Thu Jan 23 12:31:12 2014 -0500
@@ -0,0 +1,82 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os.path
+import sys
+
+__author__ = "alistair ward"
+__version__ = "version 0.26"
+__date__ = "february 2011"
+
+def main():
+  usage = "Usage: vcfPytools.py [tool] [options]\n\n" + \
+          "Available tools:\n" + \
+          "  annotate:\n\tAnnotate the vcf file with membership in other vcf files.\n" + \
+          "  extract:\n\tExtract vcf records from a region.\n" + \
+          "  filter:\n\tFilter the vcf file.\n" + \
+          "  intersect:\n\tGenerate the intersection of two vcf files.\n" + \
+          "  merge:\n\tMerge a list of vcf files.\n" + \
+          "  multi:\n\tFind the intersections and unique fractions of multiple vcf files.\n" + \
+          "  sort:\n\tSort a vcf file.\n" + \
+          "  stats:\n\tGenerate statistics from a vcf file.\n" + \
+          "  union:\n\tGenerate the union of two vcf files.\n" + \
+          "  unique:\n\tGenerate the unique fraction from two vcf files.\n" + \
+          "  validate:\n\tValidate the input vcf file.\n\n" + \
+          "vcfPytools.py [tool] --help for information on a specific tool."
+
+# Determine the requested tool.
+
+  if len(sys.argv) > 1:
+    tool = sys.argv[1]
+  else:
+    print >> sys.stderr, usage
+    exit(1)
+
+  if tool == "annotate":
+    import annotate
+    success = annotate.main()
+  elif tool == "extract":
+    import extract
+    success = extract.main()
+  elif tool == "filter":
+    import filter
+    success = filter.main()
+  elif tool == "intersect":
+    import intersect
+    success = intersect.main()
+  elif tool == "multi":
+    import multi
+    success = multi.main()
+  elif tool == "merge":
+    import merge
+    success = merge.main()
+  elif tool == "sort":
+    import sort
+    success = sort.main()
+  elif tool == "stats":
+    import stats
+    success = stats.main()
+  elif tool == "union":
+    import union
+    success = union.main()
+  elif tool == "unique":
+    import unique
+    success = unique.main()
+  elif tool == "test":
+    import test
+    success = test.main()
+  elif tool == "validate":
+    import validate
+    success = validate.main()
+  elif tool == "--help" or tool == "-h" or tool == "?":
+    print >> sys.stderr, usage
+  else:
+    print >> sys.stderr, "Unknown tool: ",tool
+    print >> sys.stderr, "\n", usage
+    exit(1)
+
+# If program completed properly, terminate.
+
+  if success == 0: exit(0)
+
+if __name__ == "__main__":
+  main()