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| date | Tue, 01 Apr 2014 09:12:31 -0400 |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/substitutions.py Tue Apr 01 09:12:31 2014 -0400 @@ -0,0 +1,85 @@ +#!/usr/bin/env python +#Guruprasad ANanda +""" +Fetches substitutions from pairwise alignments. +""" + +from galaxy import eggs + +from galaxy.tools.util import maf_utilities + +import bx.align.maf +import sys + +def stop_err(msg): + sys.stderr.write(msg) + sys.exit() + + +if len(sys.argv) < 3: + stop_err("Incorrect number of arguments.") + +inp_file = sys.argv[1] +out_file = sys.argv[2] +fout = open(out_file, 'w') + +def fetchSubs(block): + src1 = block.components[0].src + sequence1 = block.components[0].text + start1 = block.components[0].start + end1 = block.components[0].end + len1_withgap = len(sequence1) + + for seq in range (1, len(block.components)): + src2 = block.components[seq].src + sequence2 = block.components[seq].text + start2 = block.components[seq].start + end2 = block.components[seq].end + sub_begin = None + sub_end = None + begin = False + + for nt in range(len1_withgap): + if sequence1[nt] not in '-#$^*?' and sequence2[nt] not in '-#$^*?': # Not a gap or masked character + if sequence1[nt].upper() != sequence2[nt].upper(): + if not(begin): + sub_begin = nt + begin = True + sub_end = nt + else: + if begin: + print >> fout, "%s\t%s\t%s" % ( src1, start1+sub_begin-sequence1[0:sub_begin].count('-'), start1+sub_end-sequence1[0:sub_end].count('-') ) + print >> fout, "%s\t%s\t%s" % ( src2, start2+sub_begin-sequence2[0:sub_begin].count('-'), start2+sub_end-sequence2[0:sub_end].count('-') ) + begin = False + else: + if begin: + print >> fout, "%s\t%s\t%s" % ( src1, start1+sub_begin-sequence1[0:sub_begin].count('-'), end1+sub_end-sequence1[0:sub_end].count('-') ) + print >> fout, "%s\t%s\t%s" % ( src2, start2+sub_begin-sequence2[0:sub_begin].count('-'), end2+sub_end-sequence2[0:sub_end].count('-') ) + begin = False + + +def main(): + skipped = 0 + not_pairwise = 0 + try: + maf_reader = bx.align.maf.Reader( open(inp_file, 'r') ) + except: + stop_err("Your MAF file appears to be malformed.") + print >> fout, "#Chr\tStart\tEnd" + for block in maf_reader: + if len(block.components) != 2: + not_pairwise += 1 + continue + try: + fetchSubs(block) + except: + skipped += 1 + + if not_pairwise: + print "Skipped %d non-pairwise blocks" % (not_pairwise) + if skipped: + print "Skipped %d blocks" % (skipped) + + +if __name__ == "__main__": + main()
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/substitutions.xml Tue Apr 01 09:12:31 2014 -0400 @@ -0,0 +1,38 @@ +<tool id="substitutions1" name="Fetch substitutions " version="1.0.0"> + <description> from pairwise alignments</description> + <command interpreter="python"> + substitutions.py + $input + $out_file1 + </command> + <inputs> + <param format="maf" name="input" type="data" label="Select pair-wise alignment data"/> + </inputs> + <outputs> + <data format="tabular" name="out_file1" metadata_source="input"/> + </outputs> + + <tests> + <test> + <param name="input" value="Interval2Maf_pairwise_out.maf"/> + <output name="out_file1" file="subs.out"/> + </test> + </tests> + <help> + +.. class:: infomark + +**What it does** + +This tool takes a pairwise MAF file as input and fetches substitutions per alignment block. + +----- + +.. class:: warningmark + +**Note** + +Any block/s not containing exactly two sequences, will be omitted. + + </help> +</tool> \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/Interval2Maf_pairwise_out.maf Tue Apr 01 09:12:31 2014 -0400 @@ -0,0 +1,49 @@ +##maf version=1 +a score=10458 +s hg17.chrX 3816458 525 - 154824264 tGATGCACGTTTTCTCTTTTCATACTCATCTT--CAGTTATTCCTTGACACAAACCTGGTTA---CTAGTGCTATTGGCTACATGGCCCCTGTGCCTTAACTTCCCTCATGGCTCCTCCTCCCTGCAGCCTCTGAAGGTTCTCTGTGTAATGAATT--AATTAGCTTTGCTTTTTTCTCCCTTTCCCCC-----CCTCTTTTTCCTGGCCTCT---------AGAAGAAAACACCAGCAGCCCCAGCAAAGAAAACCAGCACTACCTTCAACATCGTGGGGACCACCTATCCCATCAACCTGGCCAAGGACACTGAATTTTCCACCATCTCCAAGGGCGCTGCTCCCAGTGCCTCCTCAACCCCAACAATCATTGCTTCACCCAAGGCCACCTACGTGCAGGACAGCCCGACTGAGACCAAGA---CCTACAACAGTGTCAGCAAGGTTGACAAAATTTCCCGCATCATCTTTCCTGTGCTCTTTGCCATATTCAATCTGGTCTATTGGGCCACATATGTCAACCGGGAGTCAGCTATCAAGGGCATGA +s fr1.chrUn 343715247 529 - 349519338 TGGTCAACATTTTTTTCTTTTCTACTTTTCTTTTCAGGAACCGTTTCAGGCTAACATGGCCAGGATTAAAGATAT-GGTTAGGCTTTTGTTTTGTTCTTGTGTGTGTCGTGTCTCGTGGT----GTTGCTTCTATTTCCTCTTCATGAGTTCAAATGGAAGTATTGTTAAGTTTGTTGCCCCCGACCCTAACGACCTCTGCTTTATGGCCTCTTCTCTTTTCAGAGGAGAGAATCTGAGAATCTGACCAAAAAGACGAACAACACCTTCAACATCGTCGGGACGACCTACGCCATCAACGTGGCGAAGGACCAGGGCTTAACCACCATCTCCAAAAGCGCCACCACCGGCGCGCC----GGCCAAACAGCACTACCTGCACAAAA-----------TGGACGACCCCTACACAGAGGCCAAGAAATCCTACAACCGAGTCAGCATAGTGGACAAAATATCACGCATCATTTTCCCAGTTCTGTTCTTCATCTTCAACTTGGGCTACTGGGCCACATATATCAACAGGAAGCCCATTATTATGAACGCGA + +a score=12779 +s hg17.chrX 3795168 357 - 154824264 aGGGCCATTTTGAGTGGGGTAAAGCTTCTCCTTTCAAATAGGAAA----TTAGTGATTTCATCG--AATAAGC-------TCTCAATGTCTTCCAGTTGCAACTGGTTCTCATCTTTCCTCT----CCTCAGGTGTCACCACTGTGCTTACCATGACCACCTTGAGTATCAGTGCCAGAAATTCCTTACCTAAAGTGGCATATGCGACGGCCATGGACTGGTTCATAGCCGTCTGTTATGCCTTTGTATTTTCTGCACTGATTGAATTTGCCACTGTCAACTATTTCACCAAGCGGAGTTGGGCTTGGGAAGGCAAGAAGGTGCCAGAGGCCCTGGAGATGAAGGTGAGATA----TAGCAAAAGAGAAACTGAGAAG +s fr1.chrUn 343710815 364 - 349519338 TGAGCCAATTT--------TGAAGTGACAATTTTCAAATGTGCCACATTTTAGTAGCAGCAAAGTCAGAAAGCGACTTTTCCTCTACATCACTTCTCTGATCTGTGTTCTGATGTTTTCCTTTCATCCTCAGGGGTCACCACTGTGCTTACCATGACCACCCTGAGCATCAGTGCTAGAAACTCCCTCCCTAAGGTGGCCTACGCCACCGCCATGGACTGGTTCATGGCGGTGTGCTACGCCTTTGTCTTCTCTGCCTTGATTGAGTTTGCGACGGTCAACTACTTCACCAAACGCAGCTGGGCATGGGATGGGAAAAA------AGAGGGCATGGAAATAAGGGTGAGTGATTTTTAATCAAATATATACTGATACG + +a score=10363 +s hg17.chrX 3787425 174 - 154824264 TACTCTCTCTTTAGGAGAATATGTCGTCATGACAACCCACTTCCATCTCAAGCGAAAAATTGGCTACTTTGTGATCCAGACCTACTTGCCATGTATCATGACTGTCATTCTGTCACAAGTGTCGTTCTGGCTCAACAGAGAGTCTGTTCCTGCCCGTACAGTCTTTGGTGAGTG +s fr1.chrUn 343708230 174 - 349519338 TCCTCCCGCTGCAGGCGAATATGTTGTGATGACAACATATTTCCATTTGAAAAGGAAAATTGGCTATTTCGTGATTCAAACCTACCTCCCGTGCATCATGACTGTCATTCTGTCTCAAGTCTCCTTCTGGCTGAACCGAGAATCGGTCCCTGCTCGCACCGTGTTCGGTGAGTG + +a score=31 +s hg17.chrX 3787284 100 - 154824264 ATTTTGTGATTATTAAAGGGCTCTAGTTATATGAACTTGGGAGATGCTGGAATATTGAATATAAG----ATTAAAGAGCTTTGTGAAT--------TGAATT-----GGGGCCCAAC +s fr1.chrUn 62078707 109 - 349519338 AGTTTGTGAGGCCTAAATGCCAAAAGT-------ACTTGA-ACAGGCTTAAGAATGGATCATGAATTTTCTTAAATAAATCTGTTAATCCAGAAAGTAAACTCTGGGGGGGTCCAGA + +a score=4963 +s hg17.chrX 3776942 285 - 154824264 aCTTCAGTTGAAGACAGACCACATACCCAGAACTCTTTGAAGATGGAAGTTTTATTTCGATCTCATTTGAGTTTAGTATCAAGGGTAATCATTCTCCATTTCCTTCAACTTCTCTTTATTGACCCTTCTCTGCC--TTAGATGCCTATACAACAGCTGAAGTGGTTTATTCTTGGACTCTCGGAAAGAACAAATCCGTGGAAGTGGCACAGGATGGTTCTCGCTTGAACCAGTATGACCTTTTGGGCCATGTTGTTGGGACAGAGATAATCCGGTCTAGTACAGGTA +s fr1.chrUn 343707053 283 - 349519338 AACTTAAATCAACACCAAGTAAAGGCAAAGAATCTTTTAAACTAAGAA----TCTATTAAACTAGATAAACTAAAGCATCGACACTGACGCGTTGATCTGTCATCCACGTTTCCCCTGTTTCCTTTCCTTCTCCATCTAGACGCTTACACCAACAATGAGGTGATTTACCTGTGGACTCAGGGGGACGAGAGGTCTGTGTCTGTCGCAGAGGACGGCTCCAGGCTGAACCAGTATGATTTACTGGGACACGTTATTGGCAAAGAAACCATCAGCTCCAGCACAGGTA + +a score=5912 +s hg17.chrX 3760375 93 - 154824264 TTAGGTTAACAATTCATGCTGAGTGTCCCATGCATTTGGAAGATTTTCCCATGGATGTGCATGCCTGCCCACTGAAGTTTGGAAGCTGTATGT +s fr1.chrUn 343706399 93 - 349519338 TCAGGTTGACCATCCACGCTGAGTGCCCCATGCACCTGGAGGACTTCCCCATGGACTCGCACGCCTGTCCTCTCAAGTTTGGAAGTTGTAAGT + +a score=4332 +s hg17.chrX 3733405 476 - 154824264 ATCAAGGAGAATTTGGGGAAACAGAGCATTAGGGAAGGAATAGATGGAAGAGAGGCATGCTTGTAATAAATTATAGGAAAGAGAAGAGTTTGAAAAAGAGATAAGAGTTCACACAATTGTGGAAAGAATGGAGTGGAGTATATGTAAACAGAAAAGAAGCTGTATGGAATGAGGTGGATGGAGGGACAGAATAATGAGGAGGAGAT---GTGGATGGGCAGAAGACAGTAAGCAAATGGAAGAGAAGCAAGA-----GGAAGGAGAGAGTAATGGGCAGGAAAGGATCTGAACCCAGTAGAGATTGCAAATAGTGAGGAGAAATAGAGAATGAATGAAAAGAACAGG--ATAGAGGAGAAACAACAATAAAAGGAATAAAGCATAGAGAATAGGTTTAAGTTTTGGAGGAGGGATAGAGAA-----GAGAGAAGAAAGGAGAGAGGATGGGAATATTGAAATACAAAAAAATAGAAGGTGCAGGTTGAGGA +s fr1.chrUn 303515824 444 + 349519338 AACACGGAATATGGAGGGAAAACGGGGAATATGGAGGGAACAG--GGAATATGG-------------------TGGGAACACAGAGGGAATATGGAGGGAACACGGG-------GAATATGGAGGGAA---AACGGGGAATATGGAGGGAACGGGGAATATGGAGGGAACGAGGAATATGGAGGGAACGGGGAATATGGAGGGAACACAGGGAATATGGAGGGAACACAGGGAATATGGAGGGAACACAGGGAATATGGAGGGAACGAGGAATATGGAGGGAACACAGGGAATATGGAGGGAACGAGGAATATGGAGGGAACACAGGGAAT--ATGGAGGGAACGGGGAATATGGAGGGAACACAGGGAATATGGAGGGAACACAGGGAATAT--------------GGAGGGAACGAGGAATATGGAGGGAACACAGGGAATATGGAGGGAACGAGGAATATGGAGGGAACACGGGGTACTCAGTGAGAA + +a score=719 +s hg17.chrX 3731355 108 - 154824264 TATGTAAGTAGAATGCAGTCAAGAAACTTGTAGGTGGATAGGTAGAGGCAGAAGGAAGAGAGGAAGGACGTTCTAGACAGAGAAAACCAAGTGAGCAGTTGCAGGGAA +s fr1.chrUn 303515724 91 + 349519338 TATGGAGGGAACACG------GGGAATATGGAGG-GAATATAGAGGGGAGACGGGGAATATGGAGGGA------ACACGGGGAATATGGAGGGAACA----CAGGGAA + +a score=3647 +s hg17.chrX 3730591 447 - 154824264 CAAGGAAAAAAGGATAATACTTCAGAGAGAAGTTGGATGAGAGATGGGAGGAA--AAATGAACATAGAGGAGAAATGAGCATAGAGTGGAGGATAAAATAATGAAGAAGGAAAGTGGATAGAAGTGGGAAGATGAGGGTCAAGAGGGGAGGAGAAGACTAATTACACAGAGTACATAGAGGCATGTATATTGGAGAAATGAGAATGGTGAAAAGAAAGAGAGTATGAGAAGAGAGGACAAAAAGAGTAGAGAAGTTGAGAAGACAAAGGATAAGATGGTGTAAAATAAAGAAGCTAGATTAGATATTAGGATATTCTAAAGAGATAGGCGAATATAATGAAGTGGATGTAGTAGATGGGAATAAAGAGGAAAAGACATAGAGAAGTAGGGGAAGGGACATGGGAGGAGATGAACAAGAGGGAGGGAAATTGTAGACGAAAGAAAGAGAA +s fr1.chrUn 303515378 346 + 349519338 CACGGGGAATATGGCGGGAACACAGAGGGAATATGGAGGGAACACGGGGAATATGGAGGGAATATAGAGGGGAGACGGG--GAATATGGAGGG-AACATGGGGAATATGGAGGGAATATAGA---GGGGAGACGGGGAATATGGAGGGA--------------ACACGGGGAATATGGAGG---GAACACAGG------GAATATGGCGGGAACACAGGGAATATG----GAGGGAACACGGGGAATATGGAGG----GAACACAGGGAATATGGAGG----AAATATAGAGGGAAAACGGGAAAT------------------------------ATGGAGGGAATATGGT----GGGAACACAGGGAATA----------------TGGAGGGAACACGGGG----------AATATGGAGGGAA--TATAGAGGGGAGACGGGGAA + +a score=13113 +s hg17.chrX 3729219 238 - 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