Mercurial > repos > devteam > samtools_phase
changeset 2:2656247b5253 draft
Uploaded tool version 1.0.2 for samtools 1.1
| author | devteam |
|---|---|
| date | Fri, 26 Sep 2014 15:20:35 -0400 |
| parents | 2523cb0fb84c |
| children | c21cb56fbbbc |
| files | samtools_phase.xml test-data/samtools_phase_out_1_log.txt test-data/samtools_phase_out_2_log.txt test-data/samtools_phase_out_3_log.txt tool_dependencies.xml |
| diffstat | 5 files changed, 47 insertions(+), 47 deletions(-) [+] |
line wrap: on
line diff
--- a/samtools_phase.xml Wed Sep 24 12:49:59 2014 -0400 +++ b/samtools_phase.xml Fri Sep 26 15:20:35 2014 -0400 @@ -1,7 +1,7 @@ -<tool id="samtools_phase" name="Call and phase" version="1.0.1"> +<tool id="samtools_phase" name="Call and phase" version="1.0.2"> <description>heterozygous SNPs</description> <requirements> - <requirement type="package" version="1.0">samtools</requirement> + <requirement type="package" version="1.1">samtools</requirement> </requirements> <command>samtools phase -b "phase_wrapper" #if str($option_set.option_sets) == 'advanced':
--- a/test-data/samtools_phase_out_1_log.txt Wed Sep 24 12:49:59 2014 -0400 +++ b/test-data/samtools_phase_out_1_log.txt Fri Sep 26 15:20:35 2014 -0400 @@ -20,11 +20,11 @@ M1 chrI 1187 1216 T A 2 3 0 4 0 M1 chrI 1187 1222 C A 3 3 0 3 1 M1 chrI 1187 1290 A T 4 1 0 0 0 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:1 YS:i:1164 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1145 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TTC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1157 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TTC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1141 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1147 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1176 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TTC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1157 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1145 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:1 YS:i:1164 EV 0 chrI 2 40 3M * 0 0 TCA * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1215 //
--- a/test-data/samtools_phase_out_2_log.txt Wed Sep 24 12:49:59 2014 -0400 +++ b/test-data/samtools_phase_out_2_log.txt Fri Sep 26 15:20:35 2014 -0400 @@ -21,45 +21,45 @@ M1 chrI 1412 1421 G A 3 7 0 9 0 M1 chrI 1412 1471 T C 4 5 0 6 0 M1 chrI 1412 1542 C T 5 3 0 2 0 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1340 -EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1374 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1346 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1366 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1343 EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1409 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1359 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1353 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1343 -EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1379 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1358 +EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1374 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1350 +EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1379 EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1389 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1348 -EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1407 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1358 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1341 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1340 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1359 EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1392 +EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1407 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1346 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1348 +EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1444 EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1462 +EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1457 EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1468 -EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1444 -EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1457 EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1461 // PS chrI 3611 3731 M1 chrI 3611 3611 T A 6 5 0 4 0 M1 chrI 3611 3659 C T 7 9 0 6 0 M1 chrI 3611 3731 T A 8 4 0 1 1 -EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3578 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569 -EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3590 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3576 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3571 -EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3576 -EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3559 -EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3568 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3578 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3590 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3559 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3609 -EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3651 -EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3647 EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 TA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644 -EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3651 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3637 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3647 EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 TT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:1 YO:i:1 YS:i:3657 -EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3637 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644 //
--- a/test-data/samtools_phase_out_3_log.txt Wed Sep 24 12:49:59 2014 -0400 +++ b/test-data/samtools_phase_out_3_log.txt Fri Sep 26 15:20:35 2014 -0400 @@ -21,45 +21,45 @@ M1 chrI 1412 1421 G A 3 7 0 9 0 M1 chrI 1412 1471 T C 4 5 0 6 0 M1 chrI 1412 1542 C T 5 3 0 2 0 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1340 -EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1374 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1346 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1366 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1343 EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1409 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1359 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1353 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1343 -EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1379 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1358 +EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1374 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1350 +EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1379 EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1389 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1348 -EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1407 -EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1358 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1341 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1340 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1359 EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1392 +EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1407 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1346 +EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1348 +EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1444 EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1462 +EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1457 EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1468 -EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1444 -EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1457 EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1461 // PS chrI 3611 3731 M1 chrI 3611 3611 T A 6 5 0 4 0 M1 chrI 3611 3659 C T 7 9 0 6 0 M1 chrI 3611 3731 T A 8 4 0 1 1 -EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3578 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569 -EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3590 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3576 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3571 -EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3576 -EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3559 -EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3568 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3578 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3590 +EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3559 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3609 -EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3651 -EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3647 EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 TA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644 -EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3651 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3637 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3647 EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 TT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:1 YO:i:1 YS:i:3657 -EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3637 +EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644 //
--- a/tool_dependencies.xml Wed Sep 24 12:49:59 2014 -0400 +++ b/tool_dependencies.xml Fri Sep 26 15:20:35 2014 -0400 @@ -1,6 +1,6 @@ <?xml version="1.0"?> <tool_dependency> - <package name="samtools" version="1.0"> - <repository changeset_revision="da217d52e81c" name="package_samtools_1_0" owner="iuc" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" /> + <package name="samtools" version="1.1"> + <repository changeset_revision="c01b111a243b" name="package_samtools_1_1" owner="iuc" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" /> </package> </tool_dependency>