|
0
|
1 CC
|
|
|
2 CC Descriptions:
|
|
|
3 CC
|
|
|
4 CC CC comments
|
|
|
5 CC PS start of a phase set
|
|
|
6 CC FL filtered region
|
|
|
7 CC M[012] markers; 0 for singletons, 1 for phased and 2 for filtered
|
|
|
8 CC EV supporting reads; SAM format
|
|
|
9 CC // end of a phase set
|
|
|
10 CC
|
|
|
11 CC Formats of PS, FL and M[012] lines (1-based coordinates):
|
|
|
12 CC
|
|
|
13 CC PS chr phaseSetStart phaseSetEnd
|
|
|
14 CC FL chr filterStart filterEnd
|
|
|
15 CC M? chr PS pos allele0 allele1 hetIndex #supports0 #errors0 #supp1 #err1
|
|
|
16 CC
|
|
|
17 CC
|
|
|
18 PS chrI 1187 1290
|
|
|
19 M1 chrI 1187 1187 T A 1 2 0 4 0
|
|
|
20 M1 chrI 1187 1216 T A 2 3 0 4 0
|
|
|
21 M1 chrI 1187 1222 C A 3 3 0 3 1
|
|
|
22 M1 chrI 1187 1290 A T 4 1 0 0 0
|
|
|
23 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:1 YS:i:1164
|
|
|
24 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TTC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1141
|
|
|
25 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1147
|
|
|
26 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1176
|
|
|
27 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TTC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1157
|
|
|
28 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 AAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1145
|
|
|
29 EV 0 chrI 2 40 3M * 0 0 TCA * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1215
|
|
|
30 //
|
