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date Tue, 20 Aug 2013 11:55:50 -0400
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files sam_bitwise_flag_filter.py sam_bitwise_flag_filter.xml test-data/sam_bw_filter.sam test-data/sam_bw_filter_0002-yes.sam
diffstat 4 files changed, 1892 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/sam_bitwise_flag_filter.py	Tue Aug 20 11:55:50 2013 -0400
@@ -0,0 +1,149 @@
+#!/usr/bin/env python
+# Refactored on 11/13/2010 by Kanwei Li
+
+import sys
+import optparse
+
+def stop_err( msg ):
+    sys.stderr.write( msg )
+    sys.exit()
+
+def main():
+    usage = """%prog [options]
+    
+options (listed below) default to 'None' if omitted
+    """
+    parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
+    
+    parser.add_option(
+        '--0x0001','--is_paired',
+        choices = ( '0','1' ),
+        dest='is_paired',
+        metavar="<0|1>",
+        help='The read is paired in sequencing')
+
+    parser.add_option(
+        '--0x0002','--is_proper_pair',
+        choices = ( '0','1' ),
+        metavar="<0|1>",
+        dest='is_proper_pair',
+        help='The read is mapped in a proper pair')
+
+    parser.add_option(
+        '--0x0004','--is_unmapped',
+        choices = ( '0','1' ),
+        metavar="<0|1>",
+        dest='is_unmapped',
+        help='The query sequence itself is unmapped')
+
+    parser.add_option(
+        '--0x0008','--mate_is_unmapped',
+        choices = ( '0','1' ),
+        metavar="<0|1>",
+        dest='mate_is_unmapped',
+        help='The mate is unmapped')
+
+    parser.add_option(
+        '--0x0010','--query_strand',
+        dest='query_strand',
+        metavar="<0|1>",
+        choices = ( '0','1' ),
+        help='Strand of the query: 0 = forward, 1 = reverse.')
+
+    parser.add_option(
+        '--0x0020','--mate_strand',
+        dest='mate_strand',
+        metavar="<0|1>",
+        choices = ('0','1'),
+        help='Strand of the mate: 0 = forward, 1 = reverse.')
+
+    parser.add_option(
+        '--0x0040','--is_first',
+        choices = ( '0','1' ),
+        metavar="<0|1>",
+        dest='is_first',
+        help='The read is the first read in a pair')
+
+    parser.add_option(
+        '--0x0080','--is_second',
+        choices = ( '0','1' ),
+        metavar="<0|1>",
+        dest='is_second',
+        help='The read is the second read in a pair')
+
+    parser.add_option(
+        '--0x0100','--is_not_primary',
+        choices = ( '0','1' ),
+        metavar="<0|1>",
+        dest='is_not_primary',
+        help='The alignment for the given read is not primary')
+
+    parser.add_option(
+        '--0x0200','--is_bad_quality',
+        choices = ( '0','1' ),
+        metavar="<0|1>",
+        dest='is_bad_quality',
+        help='The read fails platform/vendor quality checks')
+
+    parser.add_option(
+        '--0x0400','--is_duplicate',
+        choices = ( '0','1' ),
+        metavar="<0|1>",
+        dest='is_duplicate',
+        help='The read is either a PCR or an optical duplicate')
+        
+    parser.add_option(
+        '-f','--input_sam_file',
+        metavar="INPUT_SAM_FILE",
+        dest='input_sam',
+        default = False,
+        help='Name of the SAM file to be filtered. STDIN is default')
+            
+    parser.add_option(
+        '-c','--flag_column',
+        dest='flag_col',
+        default = '2',
+        help='Column containing SAM bitwise flag. 1-based')
+
+    options, args = parser.parse_args()
+
+    if options.input_sam:
+		infile = open ( options.input_sam, 'r')
+    else:
+    	infile = sys.stdin
+        
+    opt_ary = [
+        options.is_paired,
+        options.is_proper_pair,
+        options.is_unmapped,
+        options.mate_is_unmapped,
+        options.query_strand,
+        options.mate_strand,
+        options.is_first,
+        options.is_second,
+        options.is_not_primary,
+        options.is_bad_quality,
+        options.is_duplicate
+    ]
+    
+    opt_map = { '0': False, '1': True }
+    used_indices = [(index, opt_map[opt]) for index, opt in enumerate(opt_ary) if opt is not None]
+    flag_col = int( options.flag_col ) - 1
+    
+    for line in infile:
+        line = line.rstrip( '\r\n' )
+        if line and not line.startswith( '#' ) and not line.startswith( '@' ) :
+            fields = line.split( '\t' )
+            flags = int( fields[flag_col] )
+            
+            valid_line = True
+            for index, opt_bool in used_indices:
+                if bool(flags & 0x0001 << index) != opt_bool:
+                    valid_line = False
+                    break
+                    
+            if valid_line:
+                print line
+
+if __name__ == "__main__": main()
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/sam_bitwise_flag_filter.xml	Tue Aug 20 11:55:50 2013 -0400
@@ -0,0 +1,97 @@
+<tool id="sam_bw_filter" name="Filter SAM" version="1.0.0">
+  <description>on bitwise flag values</description>
+  <parallelism method="basic"></parallelism>
+  <command interpreter="python">
+    sam_bitwise_flag_filter.py  
+      --input_sam_file=$input1
+      --flag_column=2
+      #for $bit in $bits
+       '${bit.flags}=${bit.states}'
+      #end for
+      > $out_file1
+  </command>
+  <inputs>
+    <param format="sam" name="input1" type="data" label="Select dataset to filter"/>
+    <repeat name="bits" title="Flag">
+      <param name="flags" type="select" label="Type">
+        <option value="--0x0001">Read is paired</option>
+        <option value="--0x0002">Read is mapped in a proper pair</option>
+        <option value="--0x0004">The read is unmapped</option>
+        <option value="--0x0008">The mate is unmapped</option>
+        <option value="--0x0010">Read strand</option>
+        <option value="--0x0020">Mate strand</option>
+        <option value="--0x0040">Read is the first in a pair</option>
+        <option value="--0x0080">Read is the second in a pair</option>
+        <option value="--0x0100">The alignment or this read is not primary</option>
+        <option value="--0x0200">The read fails platform/vendor quality checks</option>
+        <option value="--0x0400">The read is a PCR or optical duplicate</option>
+      </param>
+      <param name="states" type="select" display="radio" label="Set the states for this flag">
+         <option value="0">No</option>
+         <option value="1">Yes</option>
+       </param>
+    </repeat>
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data format="sam" name="out_file1" />
+  </outputs>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="input1" value="sam_bw_filter.sam" ftype="sam"/>
+      <param name="flags" value="Read is mapped in a proper pair"/>
+      <param name="states" value="1"/>
+      <output name="out_file1" file="sam_bw_filter_0002-yes.sam" ftype="sam"/>
+    </test>
+  </tests>
+  <help>
+
+**What it does**
+
+Allows parsing of SAM datasets using bitwise flag (the second column). The bits in the flag are defined as follows::
+
+    Bit Info
+ ------ --------------------------------------------------------------------------   
+ 0x0001 the read is paired in sequencing, no matter whether it is mapped in a pair 
+ 0x0002 the read is mapped in a proper pair (depends on the protocol, normally 
+        inferred during alignment) 1 
+ 0x0004 the query sequence itself is unmapped 
+ 0x0008 the mate is unmapped 1 
+ 0x0010 strand of the query (0 for forward; 1 for reverse strand) 
+ 0x0020 strand of the mate 1 
+ 0x0040 the read is the first read in a pair (see below)
+ 0x0080 the read is the second read in a pair (see below) 
+ 0x0100 the alignment is not primary (a read having split hits may 
+        have multiple primary alignment records) 
+ 0x0200 the read fails platform/vendor quality checks 
+ 0x0400 the read is either a PCR duplicate or an optical duplicate
+
+Note the following:
+
+- Flag 0x02, 0x08, 0x20, 0x40 and 0x80 are only meaningful when flag 0x01 is present. 
+- If in a read pair the information on which read is the first in the pair is lost in the upstream analysis, flag 0x01 should be set, while 0x40 and 0x80 should both be zero.
+
+-----
+
+**Example**
+
+Suppose the following dataset was generated with BWA mapper::
+
+ r001 163 ref  7 30 8M2I4M1D3M = 37  39 TTAGATAAAGGATACTA *
+ r002   0 ref  9 30 3S6M1P1I4M *  0   0 AAAAGATAAGGATA    *
+ r003   0 ref  9 30       5H6M *  0   0 AGCTAA            * NM:i:1
+ r004   0 ref 16 30    6M14N5M *  0   0 ATAGCTTCAGC       *
+ r003  16 ref 29 30       6H5M *  0   0 TAGGC             * NM:i:0
+ r001  83 ref 37 30         9M =  7 -39 CAGCGCCAT         *
+
+To select properly mapped pairs, click the **Add new Flag** button and set *Read mapped in a proper pair* to **Yes**. The following two reads will be returned::
+
+ r001 163 ref  7 30 8M2I4M1D3M = 37  39 TTAGATAAAGGATACTA *
+ r001  83 ref 37 30         9M =  7 -39 CAGCGCCAT         *
+
+For more information, please consult the `SAM format description`__.
+
+.. __: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19505943
+
+
+  </help>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sam_bw_filter.sam	Tue Aug 20 11:55:50 2013 -0400
@@ -0,0 +1,1000 @@
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1670:915	99	chr9	58119878	60	36M	=	58120234	392	GACCCCTACCCCACCGTGCTCTGGATCTCAGTGTTT	IIIIIIIIIIIIIIIIEIIIIIII7IIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1670:915	147	chr9	58120234	60	36M	=	58119878	-392	ATGAGTCGAATTCTATTTTCCAAACTGTTAACAAAA	IFIIDI;IIICIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:835:1201	83	chr19	7640648	60	36M	=	7640277	-407	AATTTTATTAACAAATGCTAAAACTTGGAAGCAACC	IIIIIIIIIIIIIIIHIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:835:1201	163	chr19	7640277	60	36M	=	7640648	407	TGAGCCGATGACCTTAACCAAGACTTCATCAAGAAG	IIIIIIIHIIIIIIIIIII:@I49IGF88:0EI>7-	XT:A:U	NM:i:2	SM:i:25	AM:i:25	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:2	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:6A21C7
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1402:1012	99	chr15	67776677	60	36M	=	67777024	383	GTCTTAACACAAGAATCATGAGATTGACCTTCATGC	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1402:1012	147	chr15	67777024	60	36M	=	67776677	-383	TTTAGTGTCCATCCCTGGAAGTCTTTGGGTCGTCCA	<8/II5I;?CG0IIIFIIIII?IIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1428:881	99	chr5	78959538	60	36M	=	78959849	347	GGATAAATGGGAATAAGACAATAAAGGACCTAAGAG	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII>IIIIIII>IAI	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1428:881	147	chr5	78959849	60	36M	=	78959538	-347	CCTTTGTAGAGTGGAACGGTCATAGATCTAAGTTTC	III>5ICII9I:IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1624:138	99	chr14	19993808	60	36M	=	19994089	317	GTGGATTTGGGCCGTAGTACACAAAGGGATCAATTG	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIICIIICII9IIII	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1624:138	147	chr14	19994089	60	36M	=	19993808	-317	CCTGGGAAGGCAGAAAGTTATTTGGGAGGTTATTAC	>2-IIIIIIIIIIIIIIIII3IIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:600:851	83	chr15	52551374	60	36M	=	52550994	-416	GGAATCTTCTCAGACTTACCTTACCCATTTTCAATC	IEEIIIIII?8IIIIIIIII4I;IIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:600:851	163	chr15	52550994	60	36M	=	52551374	416	TCCACCATCCCTGGGTCCCTGAATGGGCCTGAGTCT	IIIIIIIIIIII/II+I5.II.A2D%0A*I15A2=I	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1189:764	83	chr3	50738340	60	36M	=	50737960	-416	CACTAGCTGGCAAAAAAATAGGAACCTCAGTCATAC	II7>IIGIII<IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1189:764	163	chr3	50737960	60	36M	=	50738340	416	AATAGCTACTGTGTCAGATACTAATTCTGTTCAATT	IIIIIIIIIIIIIII:III7HD58IICC9AI?+2IF	XT:A:U	NM:i:0	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:737:1501	81	chrM	933	37	36M	chr1	21812681	0	GTCACCCTACTTAAATATCACAAATCATAACATAAC	5D+I.,'@%$IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:0	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:8C27
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:737:1501	161	chr1	21812681	0	36M	chrM	933	0	AAGGACTTGGCGGTGCTTTACATCCCTCTAGAGGAG	IIIIIIIIIIIIII;H@II9-*;5II482$$-6.35	XT:A:R	NM:i:0	SM:i:0	AM:i:0	X0:i:3	X1:i:1	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:535:15	69	*	0	0	*	*	0	0	GNNNNNNCTGTAAACTTCNNTNNAAAGTNNNNANAA	I""""""IIIIIIIIIII""I""II9II""""I"II
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:535:15	133	*	0	0	*	*	0	0	NNNNNNATCTNNNNNNNNTAGATGTATACTNNTANN	""""""IIII""""""""IGI8IIIHI7<I""I/""
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1713:538	69	chrUn	67420542	0	36M	=	67420542	0	GCATGCCCGACAGGTGTTTCTGGACTTTCCGCCACG	IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII=8IIIIIIIII3II
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1713:538	137	chrUn	67420542	0	36M	=	67420542	0	TGCCTGAGATGCCGGAACCACACCCCGAACAGACCG	IIIIIIIIIIIIIIIIIII=IIIIII=&9I/I(III	XT:A:R	NM:i:0	SM:i:0	AM:i:0	X0:i:693	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:984:1321	83	chr22	20811874	60	36M	=	20811543	-367	AAGCGCAGCAATTCCACTGTCTGCCTCAGAAGACAC	(I5I='IIIIIIHIIII@IIIIIIIIIIIIIIIIII	XT:A:U	NM:i:1	SM:i:37	AM:i:37	X0:i:1	X1:i:0	XM:i:1	XO:i:0	XG:i:0	MD:Z:0C35
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