# HG changeset patch
# User devteam
# Date 1377014150 14400
# Node ID 527fee522203ee0a805f056f921b990ec4c83efe
Uploaded tool tarball.
diff -r 000000000000 -r 527fee522203 sam_bitwise_flag_filter.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/sam_bitwise_flag_filter.py Tue Aug 20 11:55:50 2013 -0400
@@ -0,0 +1,149 @@
+#!/usr/bin/env python
+# Refactored on 11/13/2010 by Kanwei Li
+
+import sys
+import optparse
+
+def stop_err( msg ):
+ sys.stderr.write( msg )
+ sys.exit()
+
+def main():
+ usage = """%prog [options]
+
+options (listed below) default to 'None' if omitted
+ """
+ parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
+
+ parser.add_option(
+ '--0x0001','--is_paired',
+ choices = ( '0','1' ),
+ dest='is_paired',
+ metavar="<0|1>",
+ help='The read is paired in sequencing')
+
+ parser.add_option(
+ '--0x0002','--is_proper_pair',
+ choices = ( '0','1' ),
+ metavar="<0|1>",
+ dest='is_proper_pair',
+ help='The read is mapped in a proper pair')
+
+ parser.add_option(
+ '--0x0004','--is_unmapped',
+ choices = ( '0','1' ),
+ metavar="<0|1>",
+ dest='is_unmapped',
+ help='The query sequence itself is unmapped')
+
+ parser.add_option(
+ '--0x0008','--mate_is_unmapped',
+ choices = ( '0','1' ),
+ metavar="<0|1>",
+ dest='mate_is_unmapped',
+ help='The mate is unmapped')
+
+ parser.add_option(
+ '--0x0010','--query_strand',
+ dest='query_strand',
+ metavar="<0|1>",
+ choices = ( '0','1' ),
+ help='Strand of the query: 0 = forward, 1 = reverse.')
+
+ parser.add_option(
+ '--0x0020','--mate_strand',
+ dest='mate_strand',
+ metavar="<0|1>",
+ choices = ('0','1'),
+ help='Strand of the mate: 0 = forward, 1 = reverse.')
+
+ parser.add_option(
+ '--0x0040','--is_first',
+ choices = ( '0','1' ),
+ metavar="<0|1>",
+ dest='is_first',
+ help='The read is the first read in a pair')
+
+ parser.add_option(
+ '--0x0080','--is_second',
+ choices = ( '0','1' ),
+ metavar="<0|1>",
+ dest='is_second',
+ help='The read is the second read in a pair')
+
+ parser.add_option(
+ '--0x0100','--is_not_primary',
+ choices = ( '0','1' ),
+ metavar="<0|1>",
+ dest='is_not_primary',
+ help='The alignment for the given read is not primary')
+
+ parser.add_option(
+ '--0x0200','--is_bad_quality',
+ choices = ( '0','1' ),
+ metavar="<0|1>",
+ dest='is_bad_quality',
+ help='The read fails platform/vendor quality checks')
+
+ parser.add_option(
+ '--0x0400','--is_duplicate',
+ choices = ( '0','1' ),
+ metavar="<0|1>",
+ dest='is_duplicate',
+ help='The read is either a PCR or an optical duplicate')
+
+ parser.add_option(
+ '-f','--input_sam_file',
+ metavar="INPUT_SAM_FILE",
+ dest='input_sam',
+ default = False,
+ help='Name of the SAM file to be filtered. STDIN is default')
+
+ parser.add_option(
+ '-c','--flag_column',
+ dest='flag_col',
+ default = '2',
+ help='Column containing SAM bitwise flag. 1-based')
+
+ options, args = parser.parse_args()
+
+ if options.input_sam:
+ infile = open ( options.input_sam, 'r')
+ else:
+ infile = sys.stdin
+
+ opt_ary = [
+ options.is_paired,
+ options.is_proper_pair,
+ options.is_unmapped,
+ options.mate_is_unmapped,
+ options.query_strand,
+ options.mate_strand,
+ options.is_first,
+ options.is_second,
+ options.is_not_primary,
+ options.is_bad_quality,
+ options.is_duplicate
+ ]
+
+ opt_map = { '0': False, '1': True }
+ used_indices = [(index, opt_map[opt]) for index, opt in enumerate(opt_ary) if opt is not None]
+ flag_col = int( options.flag_col ) - 1
+
+ for line in infile:
+ line = line.rstrip( '\r\n' )
+ if line and not line.startswith( '#' ) and not line.startswith( '@' ) :
+ fields = line.split( '\t' )
+ flags = int( fields[flag_col] )
+
+ valid_line = True
+ for index, opt_bool in used_indices:
+ if bool(flags & 0x0001 << index) != opt_bool:
+ valid_line = False
+ break
+
+ if valid_line:
+ print line
+
+if __name__ == "__main__": main()
+
diff -r 000000000000 -r 527fee522203 sam_bitwise_flag_filter.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/sam_bitwise_flag_filter.xml Tue Aug 20 11:55:50 2013 -0400
@@ -0,0 +1,97 @@
+
+ on bitwise flag values
+
+
+ sam_bitwise_flag_filter.py
+ --input_sam_file=$input1
+ --flag_column=2
+ #for $bit in $bits
+ '${bit.flags}=${bit.states}'
+ #end for
+ > $out_file1
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+**What it does**
+
+Allows parsing of SAM datasets using bitwise flag (the second column). The bits in the flag are defined as follows::
+
+ Bit Info
+ ------ --------------------------------------------------------------------------
+ 0x0001 the read is paired in sequencing, no matter whether it is mapped in a pair
+ 0x0002 the read is mapped in a proper pair (depends on the protocol, normally
+ inferred during alignment) 1
+ 0x0004 the query sequence itself is unmapped
+ 0x0008 the mate is unmapped 1
+ 0x0010 strand of the query (0 for forward; 1 for reverse strand)
+ 0x0020 strand of the mate 1
+ 0x0040 the read is the first read in a pair (see below)
+ 0x0080 the read is the second read in a pair (see below)
+ 0x0100 the alignment is not primary (a read having split hits may
+ have multiple primary alignment records)
+ 0x0200 the read fails platform/vendor quality checks
+ 0x0400 the read is either a PCR duplicate or an optical duplicate
+
+Note the following:
+
+- Flag 0x02, 0x08, 0x20, 0x40 and 0x80 are only meaningful when flag 0x01 is present.
+- If in a read pair the information on which read is the first in the pair is lost in the upstream analysis, flag 0x01 should be set, while 0x40 and 0x80 should both be zero.
+
+-----
+
+**Example**
+
+Suppose the following dataset was generated with BWA mapper::
+
+ r001 163 ref 7 30 8M2I4M1D3M = 37 39 TTAGATAAAGGATACTA *
+ r002 0 ref 9 30 3S6M1P1I4M * 0 0 AAAAGATAAGGATA *
+ r003 0 ref 9 30 5H6M * 0 0 AGCTAA * NM:i:1
+ r004 0 ref 16 30 6M14N5M * 0 0 ATAGCTTCAGC *
+ r003 16 ref 29 30 6H5M * 0 0 TAGGC * NM:i:0
+ r001 83 ref 37 30 9M = 7 -39 CAGCGCCAT *
+
+To select properly mapped pairs, click the **Add new Flag** button and set *Read mapped in a proper pair* to **Yes**. The following two reads will be returned::
+
+ r001 163 ref 7 30 8M2I4M1D3M = 37 39 TTAGATAAAGGATACTA *
+ r001 83 ref 37 30 9M = 7 -39 CAGCGCCAT *
+
+For more information, please consult the `SAM format description`__.
+
+.. __: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19505943
+
+
+
+
diff -r 000000000000 -r 527fee522203 test-data/sam_bw_filter.sam
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sam_bw_filter.sam Tue Aug 20 11:55:50 2013 -0400
@@ -0,0 +1,1000 @@
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1670:915 99 chr9 58119878 60 36M = 58120234 392 GACCCCTACCCCACCGTGCTCTGGATCTCAGTGTTT IIIIIIIIIIIIIIIIEIIIIIII7IIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1670:915 147 chr9 58120234 60 36M = 58119878 -392 ATGAGTCGAATTCTATTTTCCAAACTGTTAACAAAA IFIIDI;IIICIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:835:1201 83 chr19 7640648 60 36M = 7640277 -407 AATTTTATTAACAAATGCTAAAACTTGGAAGCAACC IIIIIIIIIIIIIIIHIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:25 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:835:1201 163 chr19 7640277 60 36M = 7640648 407 TGAGCCGATGACCTTAACCAAGACTTCATCAAGAAG IIIIIIIHIIIIIIIIIII:@I49IGF88:0EI>7- XT:A:U NM:i:2 SM:i:25 AM:i:25 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:6A21C7
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1402:1012 99 chr15 67776677 60 36M = 67777024 383 GTCTTAACACAAGAATCATGAGATTGACCTTCATGC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1402:1012 147 chr15 67777024 60 36M = 67776677 -383 TTTAGTGTCCATCCCTGGAAGTCTTTGGGTCGTCCA <8/II5I;?CG0IIIFIIIII?IIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1428:881 99 chr5 78959538 60 36M = 78959849 347 GGATAAATGGGAATAAGACAATAAAGGACCTAAGAG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII>IIIIIII>IAI XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1428:881 147 chr5 78959849 60 36M = 78959538 -347 CCTTTGTAGAGTGGAACGGTCATAGATCTAAGTTTC III>5ICII9I:IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1624:138 99 chr14 19993808 60 36M = 19994089 317 GTGGATTTGGGCCGTAGTACACAAAGGGATCAATTG IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIICIIICII9IIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1624:138 147 chr14 19994089 60 36M = 19993808 -317 CCTGGGAAGGCAGAAAGTTATTTGGGAGGTTATTAC >2-IIIIIIIIIIIIIIIII3IIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:600:851 83 chr15 52551374 60 36M = 52550994 -416 GGAATCTTCTCAGACTTACCTTACCCATTTTCAATC IEEIIIIII?8IIIIIIIII4I;IIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:600:851 163 chr15 52550994 60 36M = 52551374 416 TCCACCATCCCTGGGTCCCTGAATGGGCCTGAGTCT IIIIIIIIIIII/II+I5.II.A2D%0A*I15A2=I XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1189:764 83 chr3 50738340 60 36M = 50737960 -416 CACTAGCTGGCAAAAAAATAGGAACCTCAGTCATAC II7>IIGIIIA5(0 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:959:227 99 chr2 101947377 60 36M = 101947673 332 GCACAGATGTCAGCTCAGCGCAAACCTTCCTCAGCA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:959:227 147 chr2 101947673 60 36M = 101947377 -332 CCCGTTCCCGACTTGAGCCCCTTTGTTACCGTAATC II>I@GIIIIHIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:863:1159 99 chr20 16056387 60 36M = 16056736 385 GAACATACAAGTCTCCAACAGGTCCTTATTGTCAAA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII6IIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:863:1159 147 chr20 16056736 60 36M = 16056387 -385 ATCTCATGAACATGGCTTTGCATTTCTAGCTTCCAG IIIGDIIIIFII1ICIIIIIIIIGIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1682:968 65 chrUn 106473006 0 36M = 100435643 -6037363 GCCGAGCACGCCGGAGCCACCTGTTCGACTCGCTGG IIIIIIIIIIIIIIIIII;IIIIIII:IIIIHIIA5 XT:A:R NM:i:0 SM:i:0 AM:i:0 X0:i:1053 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1682:968 129 chrUn 100435643 0 36M = 106473006 6037363 TTGCGTATGCCCAACAGGTGATACCGGACTGTCCGC IIIIIIIIIIIIIIIIIICI4IIII?I6BF%?I?<@ XT:A:R NM:i:0 SM:i:0 AM:i:0 X0:i:3 X1:i:1099 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:992:786 113 chrUn 95541255 0 36M = 71970516 -23570739 TTACAAAGGCATGTGAAACGCAGTTTCTTTGCAGGC F;HII2III'IIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1168:628 99 chr4 27471068 60 36M = 27471384 352 GTCCCCATCCTTGTTTTCTCTACTATTCTTGTCTCT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIDIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1168:628 147 chr4 27471384 60 36M = 27471068 -352 ATGGATTCTTATCCTTCCTCCTTGTATATAATGTAT I82III=IIIIDIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1549:1237 83 chr11 10358091 60 36M = 10357735 -392 CTAATGAAAAACATGGAAAAGAAAGAAAAACAGTTC 9IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1549:1237 163 chr11 10357735 60 36M = 10358091 392 TAACTCCAGGAGATTATAACCAATTTCTTTCCCAAA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII5IIIIIIIIII1H6 XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1458:1008 81 chrUn 63223541 0 36M = 68294560 5070983 ACTCCGGTATCACCTGCCGGGCATGCCGGAACCACC .I1I9II@I.III3EIIIII>IIIIIIG@IIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1510:1131 163 chr19 29429839 60 36M = 29430163 360 TTCACTCATTCGACAATTGTCAATGGTACCCCTATT IIIIIIIIIIIIIIG7III>IIHIIA53IIII4*EI XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:11A24
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1089:1022 83 chr19 18406162 60 36M = 18405890 -308 AGGACTAGAGATGCAAGAAGCAGCACCTAACACTTC IIIIIIIIIII;IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1089:1022 163 chr19 18405890 60 36M = 18406162 308 TAAAATAAAATAAAAAATAAATGCTTTTTAAATGAA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII@IIID XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1618:729 99 chr7 65638065 60 36M = 65638366 337 GTCATGGAACCTGCAAAATCCTGCAGGATTTGGTGA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIDIIIII>I; XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1618:729 147 chr7 65638366 60 36M = 65638065 -337 TATATGTCTGTGCTTATGTTCCCTCTCTTGTAGACG IIIIII>H+H?IIIIIIIIFIII?I9IIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1242:1277 113 chrX 5469111 0 36M chr7 72444556 0 AGGGAAACAAAAGAAAAAATAAACAAGTGGGACTTC II>IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:R NM:i:0 SM:i:0 AM:i:0 X0:i:283 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1242:1277 177 chr7 72444556 37 36M chrX 5469111 0 GCCTTTCAGTTCTGTTCCGGTGATCTGTGTGCCTAT IBI7F.IC95EI7I6I?III7IIIIGIIIIIIII@I XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1154:769 83 chr2 91146327 60 36M = 91145957 -406 CTAACTTCAGGTTAGTGACTCTTAGTTTATTTGTTC IIIIIDHIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:1A34
+HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1154:769 163 chr2 91145957 60 36M = 91146327 406 GAATGGGCTTGAGATACTCATTATCCTCCGATATAT IIIIIIIIIIIIIIIFIIIFIIEIGFIIII?I3I=I XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36
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