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1 ##maf version=1
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3 s hg18.chr1 46772 143 + 247249719 TTACAGAAACTCAGAATGATTCTAT----TTTTTCTTTTATATTTGTATATGTTTTTCCAATACCTCTGAAAAAACTGATCCAAAAAAAA--TACAAATTTTAATTGTAGCCAGTCAATTCAGGAAGGATAAAGGTCAAAAACTTTCAA
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4 s panTro2.chrUn 9712379 145 + 58616431 TTACAGAAACTCAGAATGATTCTAT----TTTTTCTTTTATATTTGTATATGTTTTTCCAATACCTCTGAAAAAACTGATCCAAAAAAAAAATACAAATTTTAATTGTAGCCAGTCAATTCAGGAAGGATAAAGGTCAAAAACTTTCAA
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5 s canFam2.chr30 39837824 145 - 43206070 TTACAAACACTCAAAATAACTCCCTATATTTTTCCTCTTTTGTGTTTGTATGTTTTCCACTGATCTCTTAAGAAATTGATCCAATAATG---TACAAATTTTACTTTTAGTCAGTTAACTCAGAAAAAATAAAG-TTAAAAGCACTCAA
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9 s panTro2.chrUn 9712524 1384 + 58616431 AGAAACCTTCAGCCCCAACACGCTAAACTTTGGGAGCACAGGTTGGCATCCAGAGGTAAACATTTGCTATAACTGATAACAGGAGAAGGATCCATTTATTCACCTGTTATCAATTACAGGCATTGTATTTAAAGATCAGATGTTTTATATTTATTTCTTCAAATTTCATTCATGGTGCCATAAGTGAAGGTATGTCTGTCCACCCTGAATATATTTTCACTCCC--------TCATCTCGGTCATTCCGAACAATTCACACACTAAGATTACCCATGCTAAATGGGGATTCTTTTTTACTAGCCAATGTAGTACCTCACATCCTTCCTTCCTTCCCCCTATTTCATCAGCAGGCAAT---TCTTTCGATACTTTTGTCAAGGGGAAATTG-TGTGACTCAGAGATTTAGT-CCCCAAGAGAAACTAATAATGGGCTGGGTATTGTCTGTCTCAGCAGCATCAGTGGGTCCCTCTCCTGTGCAGCTAATTAGCTTCCTTTCCAATATGAAGAATCTTATATATAGCTTTGTCTTTGGGGT-------ATTACATAAATGAAGATTAAGCTATCTGAATTTCTCCTTCTCCTAAAAATGCACATCCTATGACTGAAAAGACAGGTAAAAGAGATGC-TTTTAATTACAAAACTTT----------CCCTGTCGTGGTTGCT----TCTCTCTATCCTTCTAAACTCCCTTTCAATTTCTTCTCTTCTGTAACATATTTGTGCCCAAAATCTTCTGCTTTCTGAAATATTTT-ATCTTTTTCTTCCACACTATCTCT---TATTTTCAAATTTTAATCATTAAATTATATTATGTCTTATAAAACTAATCCCACATATAAAC-----CCCTATGATAATTTCAGTTTGTCCC--TAGTATGAAGTTCTTTAAAGATGTGTAGTTTTCTAACTTTCATGCTCTCCAATTCATTATAAACTTCATTTTCCAC--TCTGAAAAGGAGATGTCTGATCTCAGCTATTTCCATCCTATTTGAAAACCGGATTTAGTTTTAAACCAGAGGAAGGGAATCTCAAGTCTTTACCTCCCACAGTCTGGTGTGATTCTCTCTCTTTTGGTATTACCTTCCTCCACATTGGAACACTCCAGCCAATGCATAGGCTGAGAGGCTAT-CTCAGATTCAGAAAGATT-TGGCCTCATCCCAGGGGAGGGTACAGAGGAGCTGATGGCTATGAATTCTGAAATGG----AACTGTTCCAGG----------TTGTTTGAAGAAATACGAAAGGGAATTGGGAAGAGCAATGCCCAGTGAAAAAGAAGAAATAATATTTTAGGAAGTGAATGCTAATTTTATTTTAAACAAAATAAGAACTCAAGGAAAAAGAGGGTTCTTCCCA-TAGGTTAGAGTGATCCTGTCAAACATATATGCTTCTAGATTTTTTTAAAGACTGTTTCTACT
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10 s canFam2.chr30 39838143 1415 - 43206070 AGAAGACTTTATCTTCAACACTCCAAAGTTTGGGACTGCAGGTAAATCTACAAAGGTAAACACTGGCTATAATTGATAACAGAAAAGTGATCTATTTATTCCCCTACTGTCAGTTGTAAGAATTATCTTTACATATCAGAGCTTTTATATCTATCTCTTCAAGTT-------TGGTACTACAAGTGAAGATATATCTGTCCATTTAGGTTATGTTTTCACACCCTCATCCCATCATCTCAGTACTTTCAAACAATTCATGC-CAAATATCATGTAACCTATACAGGGATATTTTTACACAAACCAATATATTGCCTCAAAATCTTCCCTCTTCCTCTTGGTTTCATAACCAGGCAATTTCTCTTTCACTATTTCTCTCATGGGAAAACCAATGTGATTCAAGGATTTAGTCCCCCAAGAGGAACAAATAATGGGCTCAGTATTGGCCTTCTCTGAGACAACAGTAGGTCACTCTCCTGTGTGCCTAATTAACTTATTTTCCATTTAGAAGAATATTATATATAGCTTTGTCTTTGAAGGAAGATTATATACAGATATTAAGACTAAGCTCTCTGAACTACTATTTTT-CCAAAAATGTAAATCCTGTGGCTGAACAGGCAGGTAGGAAAACTGCTTTTTAATTATAAAACTACAAGGGATGCAACCGGTCATGGTTGCATCCCTTGCTCTATCCCCCTTAACACTGCTTCAGTGTTTGCTCTTCTGTAAAATATCTGCATCAGAAATTTTCTCCTTTTGAAAATAGTTTCATCCTTTTATTCTACACCATCACTCTCTATTCTCAAATTGCAATCACTGAATTGCAT--TGTCTTATCAAATCGATTCCACACACACACACACATCTTTTGATATGTTTAATTTATCTCCTTGATGTGAAAATTTTTCAAGATTCATGTGCTTCTGATTTTTGTGCTCTCCAACTCATTTTAAAATTTTCCCCCCGCTGTATAAAAAAGAGACATTTGGCCTTAATTATTTCTACCTTATTTGAGAACCAAATTTTGTTTTAAACCAGAGGGAGGAAATCTCAATCCTCAACTTCCAGGATTCTGGTGTGATTCCCTCCCCTTCAGTATTAATTTCCTCTGCATTGGAAGGAACCAGCCAATGCCTAGTCTGAGAGGCTGTGCTCAGAGTCAAAGAGCTTCTGGTCCTGTGCCAGGGGATGGTAGAGGGGAACTGGTGGTTATAAATTCTGAGATGGAAGTAAGTGTTCAAGGACTGACTAGTTTGTGTGAAGAAACAGGAAAGCGGGTTAGGAAGAGCAAG---------------ATAAAT-GTCTTTCAGGAAG-GAAGGCCAATTTTATTTTAAAT-GAATAAAAACTCATGGTTGAATAGGATACTTTCAGTTAGGTTAGAGTGATCCTTTGAAATATAAATAATTCTAGCTTTTTTCA-----TGACTCTATT
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14 s panTro2.chrUn 9714242 455 + 58616431 CTGGAATTTAGGAGGTCTGCCTTCTGATTCTGACTTCTTGAATGTATT---------------GTTAGCCATTTAACCACACTGTGTTGTTTCTCATTCTACCTGTAGAA---------------------TCTCAAAGTTCTTTCCCACTTCTATACAAAACTATAATTCTGAACATCCTTTTTGTTTAATATAAGTCTGCATTTCCTGTTTGAAGATATGTGTCCC-AGACCCTAAATGACTGACAAATTTTAAATCTCCAATAGGAAAGATGACAAACTCTATGGAAATTTGGCTTCTGAAGAACTCCTAGAAGCTTTCCAAAGTCATCAGTGTTTCCTAAGAAGGCAGAGAAATCAAACACATGGTCTTTTCCTCCAGACAAGCTCCTTTGGGTCATCAGGATTTCTTCAACAATAAAATGTAATAATTCCAAATGTTTGTAACAGAATGGGTAGGACTTTCTTCACTTATTTAAATACTCCCTTTTT
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15 s canFam2.chr30 39839594 483 - 43206070 ctagaagttagg----ctgacttctagttctggatctgtgaacatactgctgtgaacacactggctagccatttaccctcatggggttggctc----tctacacgtacaaggaagtaactgaaaaagattctctcaaagttctttcccacttctatacacgtctataattctGA-TATCCTTTTTGTTCAATATGTATCTATATTTCCTGTTTAATGATGGGTCTTCCTAGACCCTGAATAACTGAAAAAGTTTACATCTCCAAGAGGAAGGATACCAAACTGTATGGGAACTTGGCCTCTGAGAAATTCTTGAGAGCTTCACAAAGTCATCAGAGTTTTCTAAAAAGGCAGAGAAACCAAGTGCATGGTCTTTTTCTCCCAGCAAGCTCTCTCTGGTCATAAGGATTTCCTCATCAATGATACATGCTAATTCCAGACATCTGGAAGAAGGGGGGTAGAAATTTCTTCACTCAGTTAAATACTCATTTTTT
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17 a score=83239.0
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19 s panTro2.chrUn 9718427 183 + 58616431 TTTTATGCATTC--------TTTTCCAATTTCTTAAGATG-CTAATAAGTTCATGTATTTGAGCAATTGAGAAC-ATTTAAAACAATAGACTGCCTCTGAGCACAGCTTTGTCCATATTACATTAACCTTTTATACCCTGGGTTCCCACTAGTTTTTAAATAATCTACTATCAAATAA----AAGATTTGTTAATAA
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20 s canFam2.chr30 39841235 193 - 43206070 TTTTATACATCCTTTTCTAGTTTTCTAGTTTCTTAAATTGCCTGCTTACTCCATGTACATGAACAAATAAGAGCAATTTAAAGCAATAGACTGCCTCTGAGTGCAGCTTTGGTCATACTACCAAA----CTCATATCCCGGGTTCCCATTAATTTGTAAATAATTTACTATCAATTAAATACAAGATCTGTCAATAG
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22 a score=28580.0
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23 s hg18.chr1 52707 115 + 247249719 TAA---ATTTTAAATCATTAACACTTAACGCATTATTTTCAGTCACACTAA-GTTGATTCC----TTCGTTTCTTTCAGGTTGCTTCAGAGTCTTCCCTTCTATCTGATTCAGTGGACCAAGT
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24 s panTro2.chrUn 9718610 115 + 58616431 TAC---ATTTTAAATCATTAACACTTAACGCATTATTTTCAGTCACACTAA-GTTGATTCC----TTCCTTTCTTTCAGGTTGCTTCAGAGTCTTCCCTTCTATCTGATTCAATGGACCAAGT
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25 s canFam2.chr30 39841428 118 - 43206070 ---CTAGTATTAAATTATCAACATTCAAGACATTTTTTT--AGTACCTTAACATTGATTCCCTTTCTCATTTCTTTCAGATCACTTCAGAGTCTTCTCTTCCTTATGATTCAATGGACCAAGT
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29 s panTro2.chrUn 9718725 1040 + 58616431 AAATGACTCTCTGGTAACAGAATTTGTATTACTTGGACTTGCACAATCCTTGGAAATGCAGTTTTTCCTTTTTCTCTTCTTCTCTTTATTCTATGTGGGAATTATCCTGGGAAACCTCTTCATTGTGTTCACAGTGATCTTTGATCCTCACTTACACTCCCCCATGTATATTCTGCTGGCCAACCTATCGCTCATTGACTTGAGCCTTTCATCTACCACAGTTCCTAGATTGATCTATGATCTTTTTACTGATTGTAAAGTTATTTCCTTCCATAATTGTATGATACAAATGTTCTTTATCCATGTTACGGGAGGAGTTGAAATGGTGCTGCTGATAGTCATGGCATATGATAGGTACACTGCGATCTGCAAGCCTCTCCACTATCCAACTATTATGAATCCCAAAATGTGCATGCTTTTGGTAGCAGCAGCTTGGGTCATTGGGGTGATTCATGCTATGTCTCAGTTTGTTTTTGTCATAAATTTACCCTTCTGTGGCCCTAATAATGTGGGGAGCTTTTATTGTGATTTTCCTCGGGTTATTAAACTTGCATGCATGGACACTTACGGGCTAGAATTTGTGGTCACTGCCAACAGTGGATTCATATCTATGGGCACCTTCTTTTTCTTAATTGTATCATACATTTTTATTCTGGTCACTGTCCGACGACATTCCTCAAATGATTTATCCAAAGCGTTCTTCACTTCGTCGGCTCACATCACCGTAGTGGTTTTGTTTTTTGCTCCATGCATGTTTCTCTACGTGTGGCCTTTCCCTACTAAGTCATTGGATAAATTTTTTGCCATCATGAACTTTGTGGTCACCCCTGTCTTAAATCCTGCCATCTACACTTTAAGGAACAAAGATATGAAGTTTGCAATGAGAAGGCTGAATCAACATATTTTAAATTCTATGGAGACGACATAACAGATTTGGTTGATGAGAGCACAGGATAAATGCCATGGACCATCAAGACTCCTGTGATCACCATGATCACTATGGAACGCGCACATTTTTAGTATTGCC-TGAAAAAACTGAA
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30 s canFam2.chr30 39841546 1041 - 43206070 AAATGGCTCTTTGGTAACTGAATTTGTGTTACTGGGACTTGCACAATCCTTGGGAATGCAGATTTTCCTTTTTGTTTTTTTCTCTTTATTCTATGTTGGAATTATCTTAGGAAACCTCTTCATTATGTTAACAGTGATTTTTGATTCTCACTTACACTCCCCAATGTATATCCTGCTGGCCAACCTATCACTCATTGATGTGGGCCTTTCATCCACCACAGTTCCTAGAATGATCTCTGATCTTTTCAGTGGTTGTAAAATCATTTCCTTCCACAACTGCATGATACAAATGTTCTTTATTCATGTTATGGGAGGAGTTGAGATGGTGTTGCTCATAGCCATGGCATTTGACAGGTACACAGCGATCTGCAAGCCTCTCCACTATCTCACTACCATGAATACCAAAACGTGCATGCTTTTGGTAGTGGCTGCTTGGATCATTGGGGTGATTCATGCTGTATCTCAGTTTGTTTTTGTCATAAATTTACCTTTTTGTGGCCCTAATAATGTAGGGAGCTTTTATTGTGATTTTCCTAGGGTTATTAAACTTGCATGCATGGACACATACAGACTAGAATTTGTGGTCACTGCCAACAGTGGCTTCATATCTATGGGCACATTCTTTTTCTTAATTGTATCATACATCTTTATTCTGGCCACTGTTAGACAGCATTCTTCAAAAGACTTGTCCAAAGCATTTGTCACTCTGTCAGCTCACATCACTGTGTTGGTTTTGTTTTTCACTCCATGCATGTTTCTCTATGTGTGGCCTTTCCCTACCAAGTCAATGGATAAATTTTTTGCCATTGTGGATTTTGTTATCACTCCTGTATTAAATCCTGCCATCTATACTCTAAGGAACAGAGATATGAAGGTGGCAATGGGAAGGCTGAGTCGACAAGTTGTAAGTTCTAGAGACATACCATAACAGATTTTATTGGTAAGAGCACAAGATGAATGTTGTGGACCTTCAGGACCCTCGTGATCACCATGAACACTATGGATTATGTACAATTTCATTATTGCCTTTAAAAAACTGAG
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34 s panTro2.chrUn 9719765 335 + 58616431 AAATCTGC----AAAAAGGATGCATTAAATCTAAGAATTGTA-TTTCAGATAAAGTTGCAACATT-TTTTGTTAATCATAAAA--------AGTATGTATTTCTATCTAATGTGTGTATCTAA-------TTAACAGCAATGACTATCTTTAATTTTGATGTAGTTATTTTATATCTGTATATAAGCACATACACATATATATGACCTAGGTTTATTTATCAGTATTTTCATGCTGATAATAAGCATCACTGGAAATTAAT-----TTTCTTATGGAAATTATGGGGATCCAATGGATAAAATATGAGTTTATATAAATTAGTAAATGC-CAAAATCAAGGAAGAAACAATTTTTATTTTAA
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35 s canFam2.chr30 39842587 356 - 43206070 ATATCTATGTAAAAAAAGGAT--ATTAAATCAAAGAACTATACTTTCAAATAGGGTTGCTGTAATAATCTGTTAAGTATGAAAAATAAAGTGTCATACATTCCTACCTAACCTATAAAACTAAGTTGCAATTATCATCAATGACCACATTCAATTTTCATGTAATTGTTTTATATCTCTATATAAATATATACATGTACATATGATTGAGC----TTTATCAGTATCTTCATACTGATCATAAGCATCACTGGAAATCAATTAATGTTTCTTATAGAAATTATGTGGATCCAATGGATAAAATATGAGTTTATACAAACCAGCAGCCATGAAAAATCAAGAAAGAAACAATTCTTATCCTAA
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39 s panTro2.chrUn 9720721 585 + 58616431 aGACTCCAGTACTCTGTATTATGCAAAATTTGTCTATGTTACACTTTTTT-AACAACACAATCCTATTGCCCTTGAAATCTTCTTCAAAGCATTTCTCGAGTCACTCTTAAAAAGCATCTACAACC-TAAAAGTATAGGAAGAGATTTATTTCCTGGAGAAGAG-ACTCCATTGAGATCTTAAAAGCACATTTAATGTGCCCGTGCTTAACTTAAGGTAGGTGCTTAGGACAAAGAAGACGATTGACATCTTT------------------CAGGTAAAACCTGGTAAGTTTGGT-GGTCAAGGAACACAACTGAGACATCACTTGGATGTATTTCTATGACTATTTTAAGAAACATAAATTGTGGTGACTCACTCAGCTCACTTTTAACTACTGCATGGTAATTAAAGATGCAAAATAAAATAAGTTACAAGAAGTGAGG----TTTTTTATTGGTTAAAGCAATTTTT-CTATATTTT-TCCGCAAGTTGGTCCTAAAAGTTCTAAGCATTCCTCTTTTTATAAAATCGAAGCATTATTACTTACTCTCTTGTTAACCTATCTGGATTTTAATTTTGTAACTTTATTATATTTGTTTTGCTGTGATTCTTT
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40 s canFam2.chr30 39843049 600 - 43206070 AGATTCTAGCATTTTGCATTATGCAAAATTTGTCTGTGTTCTATTTTTTTCAACAGCAAATTTCTGTTGTCCTTGCAGTCTTCTTCAAAGCATTTCTTGATTCAC-CCTAAAGAGTATCTACAATTATAAAAGTATTTTAAGGATCTTATTACCTAAAGAAAGGTACTCAACTCAGATCTCAA---CTTATTTAATGTACCTGTTCTTAAGCCAGGGT----GCTTAGGACAAAGAAGATGATTGACATCTTTACTTTTACTTTACTTTTCCAAATAAAACTTGGAAAGTCTGATGGGTCAAGGAGCACAATTGAGAAATCACTTGGGTATATTCCTGTGACTAATATAAGAAATGTAAATTGTAGTGACTA----AACTCGGTTGTAACTGCTGCATTGTAGTTAAAGCTGTTCAATAAAATGGCAAATAATGAATGAGACTTTCTTATTATTGGTCGAGGTATTTTTCCCTATATTTTATCCA-AAATTAGTCATAAGTGCTATAAGCTCTCCTCTTTTTATAATATCAAAGCATTATTATTTATTGTCTTCTTAATCCATCTGGATTTTAATTTCAGAACTTTATCTTATTGGTTTTACTATGATTCTTT
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44 s panTro2.chrUn 9721306 402 + 58616431 AAAAAGCACCTTTAGACTCAGTGAGATAGCAAAAATATCCAAATAGGCCAAAAAATTGTGGCAATGTCCTCTCACTCAGGAAAATTCTGTGTGTTTTCTCTAATGGCCAAGGGAAAACTTGTGAGACTATAAAAGTTAGTCTCAGTACACAAAGCTCAGACTGGCTATTCCCAGATCTCTTCAGGTACATCTAGTCCATTCATAAAGGGCTTTTAATTAACCAAGTGGTTTACTAAAAAGGACAATTCA-CTACATATTATTCTCTTA-CAGTTTTTATGCTTCAAGGCAGTGCAAATAAAGGGAAATTTGTACTCCTCATT-CTGTGAAAATTGCTGTAGTCTCTTCCAGTTATGAAGAAGGTAGGTGGA--AACAAAGATAAAACAAATATATTAGAAGAATGAA
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47 a score=103163.0
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49 s panTro2.chrUn 9721736 307 + 58616431 TCTTTCCTCAGGTCCGGTGTTTTCTTACCCACCTCCT-TCCCTCCTTTTTATAATACCAGTGAAACTTGGTTTGGAGCATTTCTTTCACATAAAGGTACAaatcatactgctagagttgtgaggat-----ttttagagcttttgaaagaataaactcattttaaaaacaggaaagctaaggcccagagatttttaaatgatattcccatgatcacactgtgaatttctgccagaa--cccaaatgcct--actcccaatatatattatataaatataacatatattttaCCATCTCACTGAGACTTACTATAAAAA
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50 s canFam2.chr30 39844941 265 - 43206070 ATATACTTCAGATTCAGTGTTCTTTTACCCACCTTTTCCCCCTCTTTCCTGCAATCCCAATGAAGTCTGTTTTAGGATATTTCTTTCACATAAAGGTGCAAATCATACTCCTAACATTGTGGAATTTTGTCTTTAAGAGCTTTTGATCCAAAGAGCTCA-----------Ggaaaactaaggcttggaga-ttctaaatgacatg-tcaaaatcacacagtaaat-tgtactaatattcccaaatctcctgactt-----------------------------------caaTCTCAGTGAAATT---TATGAAGA
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54 s panTro2.chrUn 9722043 19 + 58616431 CATAATACATTTTtatata
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55 s canFam2.chr30 39845206 19 - 43206070 CTTTAGGCATTTTTCTTTA
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56
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57 a score=335729.0
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63 s hg18.chr1 58409 176 + 247249719 ttctcacttcacttttgaattccctattcttttatcctctgttaatttttaagtattatatttgtgatattattttttctttttttctattttttatctttcatttcattttggcctattt--ttttctcttAAGAACTTTAATATCACCAAATAACATGTGTGCTACAAACTGTTTT
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64 s panTro2.chrUn 9725587 176 + 58616431 ttctcacttcacttttgaattccctattcttttatcctctgttaatttttaagtattatatttgtgatattattttttctttttttctattttttatctttcatttcattttggcctattt--ttttctcttAAGAACTTTAATATCACCAAATAACATGTGTGCTACAAACTGTTTT
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76
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