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date Wed, 26 Nov 2014 14:02:38 -0500
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files cuff_macros.xml cuffquant_wrapper.xml test-data/cuffquant_in.gtf test-data/cuffquant_in1.sam test-data/cuffquant_in2.sam test-data/cuffquant_out1.cxb tool-data/fasta_indexes.loc.sample tool_data_table_conf.xml.sample tool_dependencies.xml
diffstat 9 files changed, 1240 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cuff_macros.xml	Wed Nov 26 14:02:38 2014 -0500
@@ -0,0 +1,91 @@
+<macros>
+  <token name="@VERSION@">2.2.1</token>
+  <xml name="requirements">
+    <requirements>
+      <requirement type="package" version="2.2.1">cufflinks</requirement>
+      <yield />
+    </requirements>
+  </xml>
+  <xml name="stdio">
+    <stdio>
+        <exit_code range="1:" />
+        <exit_code range=":-1" />
+        <regex match="Error:" />
+        <regex match="Exception:" />
+    </stdio>
+  </xml>
+  <xml name="condition_inputs">
+    <!-- DEFAULT : use BAM/SAM files -->
+    <conditional name="in_type">
+        <param name="set_in_type" type="select" label="Input data type"
+            help="CuffNorm supports either CXB (from cuffquant) or SAM/BAM input files. Mixing is not supported. Default: SAM/BAM">
+            <option value="BAM">SAM/BAM</option>
+            <option value="CXB">Cuffquant (CXB)</option>
+            <option value="CONDITION_LIST">List of single replicate conditions</option>
+            <option value="CONDITION_REPLICATE_LIST">List of multiple replicate conditions</option>
+        </param>
+        <when value="BAM">
+            <repeat name="conditions" title="Condition" min="2">
+                <param name="name" title="Condition name" type="text" label="Name"/>
+                <param name="samples" label="Replicates" type="data" format="sam,bam" multiple="true"/>
+            </repeat>
+        </when>
+        <when value="CXB">
+            <repeat name="conditions" title="Condition" min="2">
+                <param name="name" title="Condition name" type="text" label="Name"/>
+                <param name="samples" label="Replicates" type="data" format="cxb" multiple="true"/>
+            </repeat>
+        </when>
+        <when value="CONDITION_LIST">
+            <param name="conditions" title="List of Conditions" type="data_collection" collection_type="list" />
+        </when>
+        <when value="CONDITION_REPLICATE_LIST">
+            <param name="conditions" title="List of Conditions" type="data_collection" collection_type="list:list" />
+        </when>
+    </conditional>
+  </xml>
+  <token name="@CONDITION_SAMPLES@">
+            #if $in_type.set_in_type in ['BAM', 'CXB']
+                #for $condition in $in_type.conditions:
+                    #set samples = ','.join( [ str( $sample ) for $sample in $condition.samples ] )
+                    $samples
+                #end for
+            #elif $in_type.set_in_type == 'CONDITION_LIST'
+                #for $sample in $in_type.conditions:
+                    $sample
+                #end for
+            #elif $in_type.set_in_type == 'CONDITION_REPLICATE_LIST'
+                #for $condition_list in $in_type.conditions:
+                    #set samples = ','.join( [ str( $sample ) for $sample in $condition_list ] )
+                    $samples
+                #end for
+            #end if
+  </token>
+  <token name="@CONDITION_LABELS@">
+            #import re
+            #if $in_type.set_in_type in ['BAM', 'CXB']
+                #set labels = '\'' + '\',\''.join( [ str( $condition.name ) for $condition in $in_type.conditions ] ) + '\''
+            #elif $in_type.set_in_type in ['CONDITION_LIST', 'CONDITION_REPLICATE_LIST']
+                #set labels = '\'' + '\',\''.join( map(lambda x: re.sub('[^\w\-_]', '_', x), $in_type.conditions.keys() ) ) + '\''
+            #end if
+            --labels $labels
+  </token>
+  <xml name="cufflinks_gtf_inputs">
+    <param format="gtf" name="inputs" type="data" label="GTF file(s) produced by Cufflinks" help="" multiple="true" />
+    <repeat name="additional_inputs" title="Additional GTF Inputs (Lists)">
+      <param format="gtf" name="additional_inputs" type="data_collection" label="GTF file(s) produced by Cufflinks" help="" />
+    </repeat>
+  </xml>
+  <token name="@CUFFLINKS_GTF_INPUTS@">
+            ## Inputs.
+            #for $input_file in $inputs:
+                "${input_file}"
+            #end for
+            #for $additional_input in $additional_inputs:
+                #for $input_file in $additional_input.additional_inputs:
+                  "${input_file}"
+                #end for
+            #end for
+  </token>
+  <token name="@HAS_MULTIPLE_INPUTS@">getattr(inputs, "__len__", [].__len__)() >= 2</token>
+</macros>
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cuffquant_wrapper.xml	Wed Nov 26 14:02:38 2014 -0500
@@ -0,0 +1,218 @@
+<tool id="cuffquant" name="Cuffquant" version="@VERSION@.0">
+    <!-- Wrapper supports Cuffdiff versions 2.2.1 -->
+    <description>Precompute gene expression levels</description>
+    <expand macro="requirements" />
+    <expand macro="stdio" />
+    <macros>
+      <import>cuff_macros.xml</import>
+    </macros>
+    <version_command>cuffquant 2>&amp;1 | head -n 1</version_command>
+    <command>
+        cuffquant
+            --no-update-check
+            --num-threads=\${GALAXY_SLOTS:-4}
+            ## Set advanced SE data parameters?
+            #if $additional.sAdditional == "Yes":
+                -m $additional.frag_mean_len
+                -s $additional.frag_len_std_dev
+            #end if
+
+            ## Multi-read correct?
+            #if $multiread_correct :
+            -u
+            #end if
+
+            ## Bias correction?
+            #if $bias_correction.do_bias_correction == "Yes":
+               -b
+                #if $bias_correction.seq_source.index_source == "history":
+                    ## Custom genome from history.
+                    $bias_correction.seq_source.ref_file
+                #else:
+                    ## Built-in genome.
+                     "${ bias_correction.seq_source.index.fields.path }"
+                #end if
+            #end if
+
+            $length_correction
+
+            ## Set advanced parameters for cufflinks
+            #if $advanced_settings.sAdvanced == "Yes":
+                #if str($advanced_settings.library_type) != 'auto':
+                    --library-type=$advanced_settings.library_type
+                #end if
+                #if $advanced_settings.mask_file:
+                    --mask-file=$advanced_settings.mask_file
+                #end if
+                --max-mle-iterations=$advanced_settings.max_mle_iterations
+                --max-bundle-frags=$advanced_settings.max_bundle_frags
+            #end if
+            ## Inputs.
+            $gtf_input
+            #set samplestring = ','.join( [ str( $sample.sample ) for $sample in $samples ] )
+            $samplestring
+    </command>
+    <inputs>
+        <param format="gtf,gff3" name="gtf_input" type="data" label="Transcripts"
+            help="A transcript annotation (GFF3 or GTF) file produced by cufflinks, cuffcompare, or other source."/>
+
+        <repeat name="samples" title="Replicate" min="1">
+            <param name="sample" label="Add replicate" type="data" format="sam,bam"/>
+        </repeat>
+
+        <param name="multiread_correct" type="boolean" label="Use multi-read correct"
+            help="Tells Cufflinks to do an initial estimation procedure to more accurately weight reads mapping to multiple locations in the genome." />
+
+        <conditional name="bias_correction">
+            <param name="do_bias_correction" type="select" label="Perform Bias Correction"
+                help="Bias detection and correction can significantly improve accuracy of transcript abundance estimates.">
+                <option value="No">No</option>
+                <option value="Yes">Yes</option>
+            </param>
+            <when value="Yes">
+                <conditional name="seq_source">
+                  <param name="index_source" type="select" label="Reference sequence data">
+                    <option value="cached">Locally cached</option>
+                    <option value="history">History</option>
+                  </param>
+                  <when value="cached">
+                    <param name="index" type="select" label="Using reference genome">
+                      <options from_data_table="fasta_indexes">
+                        <filter type="data_meta" ref="gtf_input" key="dbkey" column="1" />
+                        <validator type="no_options" message="No reference genome is available for the build associated with the selected input dataset" />
+                      </options>
+                    </param>
+                  </when>
+                  <when value="history">
+                      <param name="ref_file" type="data" format="fasta" label="Using reference file" />
+                  </when>
+                </conditional>
+            </when>
+            <when value="No"></when>
+        </conditional>
+
+        <param name="length_correction" type="select" label="apply length correction" help="mode of length normalization to transcript fpkm.">
+            <option value="" selected="true">cufflinks effective length correction</option>
+            <option value="--no-effective-length-correction">standard length correction</option>
+            <option value="--no-length-correction">no length correction at all (use raw counts)</option>
+        </param>
+
+        <conditional name="additional">
+            <param name="sAdditional" type="select" label="Set Additional Parameters for single end reads? (not recommended for paired-end reads)">
+                <option value="No" selected="True">No</option>
+                <option value="Yes">Yes</option>
+            </param>
+            <when value="No"></when>
+            <when value="Yes">
+                <param name="frag_mean_len" type="integer" value="200" label="Average Fragment Length"/>
+                <param name="frag_len_std_dev" type="integer" value="80" label="Fragment Length Standard Deviation"/>
+            </when>
+        </conditional>
+
+        <conditional name="advanced_settings">
+            <param name="sAdvanced" type="select" label="Set Advanced Cuffquant parameters? ">
+                    <option value="No" selected="True">No</option>
+                    <option value="Yes">Yes</option>
+                </param>
+        <when value="No"></when>
+        <when value="Yes">
+            <param type="select" name="library_type" label="Library prep used for input reads" help="">
+                <option value="auto" selected="True">Auto Detect</option>
+                <option value="ff-firststrand">ff-firststrand</option>
+                <option value="ff-secondstrand">ff-secondstrand</option>
+                <option value="ff-unstranded">ff-unstranded</option>
+                <option value="fr-firststrand">fr-firststrand</option>
+                <option value="fr-secondstrand">fr-secondstrand</option>
+                <option value="fr-unstranded" >fr-unstranded</option>
+                <option value="transfrags">transfrags</option>
+            </param>
+            <param name="mask_file" type="data" format="gtf,gff3" label="Mask File" help="Ignore all alignment within transcripts in this file" optional="True" />
+            <param name="max_mle_iterations" value="5000" type="integer" label="Max MLE iterations" help="Maximum iterations allowed for Maximal Likelyhood Estimation calculations" />
+            <param name="max_bundle_frags" type="integer" value="500000" label="Maximum number of fragments per locus" 
+                help="Sets the maximum number of fragments a locus may have before being skipped. Default: 500,000" />
+            </when>
+        </conditional>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <!-- Standard datasets. -->
+        <data format="cxb" name="out_file" label="${tool.name} on ${on_string}: Abundances.cxb" from_work_dir="abundances.cxb" />
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <!--
+                cuffquant cuffcompare_out5.gtf cuffdiff_in1.sam,cuffdiff_in2.sam 
+            -->
+            <param name="gtf_input" value="cuffquant_in.gtf" ftype="gtf" />
+            <repeat name="samples">
+                <param name="sample" value="cuffquant_in1.sam" ftype="sam" />
+            </repeat>
+            <repeat name="samples">
+                <param name="sample" value="cuffquant_in2.sam" ftype="sam" />
+            </repeat>
+            <param name="length_correction" value="" />
+            <param name="do_bias_correction" value="No" />
+            <param name="multiread_correct" value="No"/>
+            <param name="sAdditional" value="No"/>
+            <param name="sAdvanced" value="No" />
+            <output name="out_file" file="cuffquant_out1.cxb" compare="sim_size" />
+        </test>
+    </tests>
+
+    <help>
+**Cuffquant Overview**
+
+Cuffquant is part of Cufflinks_. Cuffquant provides pre-calculation of gene expression levels. The resulting file can be provided to cuffdiff or cuffnorm for further processing.  Please cite: Trapnell C, Williams BA, Pertea G, Mortazavi AM, Kwan G, van Baren MJ, Salzberg SL, Wold B, Pachter L. Transcript assembly and abundance estimation from RNA-Seq reveals thousands of new transcripts and switching among isoforms. Nature Biotechnology doi:10.1038/nbt.1621
+
+.. _Cufflinks: http://cufflinks.cbcb.umd.edu/
+        
+------
+
+**Know what you are doing**
+
+.. class:: warningmark
+
+There is no such thing (yet) as an automated gearshift in expression analysis. It is all like stick-shift driving in San Francisco. In other words, running this tool with default parameters will probably not give you meaningful results. A way to deal with this is to **understand** the parameters by carefully reading the `documentation`__ and experimenting. Fortunately, Galaxy makes experimenting easy.
+
+.. __: http://cufflinks.cbcb.umd.edu/manual.html#cuffdiff
+
+------
+
+**Input format**
+
+Cuffquant takes Cufflinks or Cuffcompare GTF files as input along with two or more SAM files containing the fragment alignments for two or more samples.
+
+------
+
+**Outputs**
+
+Cuffquant produces one output file:
+
+1. Transcript expression values in binary format.
+    
+-------
+
+**Settings**
+
+All of the options have a default value. You can change any of them. Most of the options in Cuffdiff have been implemented here.
+
+------
+
+**Cuffdiff parameter list**
+
+This is a list of implemented Cuffdiff options::
+
+  -m INT                         Average fragment length (SE reads); default 200
+  -s INT                         Fragment legnth standard deviation (SE reads); default 80
+  --max-mle-iterations INT       Sets the number of iterations allowed during maximum likelihood estimation of abundances. Default: 5000
+  -u                             Multi read correction tells Cufflinks to do an initial estimation procedure to more accurately weight reads mapping to multiple locations in the genome.
+  -b ref.fasta             bias correction. Bias detection and correction can significantly improve accuracy of transcript abundance estimates.
+  --no-effective-length-correction  Use standard length correction
+  --no-length-correction         Disable all length correction.
+  --library-type                 ff-firststrand,ff-secondstrand,ff-unstranded,fr-firstrand,fr-secondstrand,fr-unstranded,transfrags
+  --mask-file (gff3/gtf)         Ignore all alignment within transcripts in this file
+  --max-bundle-frags             Sets the maximum number of fragments a locus may have before being skipped. Skipped loci are listed in skipped.gtf.
+    </help>
+    <citations>
+        <citation type="doi">10.1038/nbt.1621</citation>
+    </citations>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cuffquant_in.gtf	Wed Nov 26 14:02:38 2014 -0500
@@ -0,0 +1,90 @@
+chr1	Cufflinks	exon	3204755	3204833	.	-	.	gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000001"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.13.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "c"; tss_id "TSS1";
+chr1	Cufflinks	exon	3111450	3111490	.	.	.	gene_id "XLOC_000002"; transcript_id "TCONS_00000002"; exon_number "1"; oId "CUFF.1.1"; class_code "u"; tss_id "TSS2";
+chr1	Cufflinks	exon	3111546	3111576	.	.	.	gene_id "XLOC_000003"; transcript_id "TCONS_00000003"; exon_number "1"; oId "CUFF.3.1"; class_code "u"; tss_id "TSS3";
+chr1	Cufflinks	exon	3174766	3174792	.	.	.	gene_id "XLOC_000004"; transcript_id "TCONS_00000051"; exon_number "1"; oId "CUFF.1.1"; class_code "u"; tss_id "TSS4";
+chr1	Cufflinks	exon	3187402	3187428	.	.	.	gene_id "XLOC_000005"; transcript_id "TCONS_00000052"; exon_number "1"; oId "CUFF.3.1"; class_code "u"; tss_id "TSS5";
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+EAS38_1_41_971_61	0	chr1	3277038	255	35M	*	0	0	TGATAAAACAAAAATGTAGACCTTTTAACAGACCC	hhhhh\`Z^NhV[]hO[ODJJHW`TbIE?GDBDE>	NM:i:2
+EAS38_1_183_306_813	16	chr1	3277183	255	35M	*	0	0	CCCATATTATCTTGGAGGTAGGATGATAGTGGTTT	ehhhhhdhVNhZhhhhh[hhhhhhhhhhhhhhhhh	NM:i:0
+EAS38_1_288_251_841	16	chr1	3277184	255	35M	*	0	0	CCATATTATCTTGGAGGTAGGATGATAGTGGTTTC	U[h^hNhh]hehhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	NM:i:0
+EAS38_1_40_672_870	16	chr1	3277184	255	35M	*	0	0	CCATATTATCTTGGAGGTAGGATGATAGTGGTTTC	Uhh]hMhhNhhgQ[h_Nhh_fhhhhhhhhhhhhhh	NM:i:0
+EAS38_1_325_652_299	0	chr1	3278086	255	35M	*	0	0	TTTCTGTTTTAAATTAATTACCTTTATTCCATGTC	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhPhh	NM:i:0
+EAS38_1_188_971_708	16	chr1	3278146	255	35M	*	0	0	TCTTCCTCTTCGTTAGTTTGAATTTATTTCGTTCT	P_QOhhWhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	NM:i:0
+EAS38_1_295_186_302	16	chr1	3278229	255	35M	*	0	0	CTTGTTGAGTGTTCTGCATGGAATAGAGGCATTTT	CDG@ENd`[KQF@J?TEOBXYXaR\`V`hRhLhPh	NM:i:1
+EAS38_1_314_975_553	16	chr1	3279235	255	35M	*	0	0	ATTTGATAGGGACAGAATAAAAAGTGATAATTCTG	hNJaVhahQDLhhhhhhRhhhhhhhhhhhhhhhhh	NM:i:0
+EAS38_1_220_655_831	16	chr1	3279355	255	35M	*	0	0	AGAAAATACTTGCTTATTGCTGGAACACGTGACAT	hShchXMRhK]Rhahhhhhhh^QhhhShhhhhhhh	NM:i:0
+EAS38_1_267_333_743	16	chr1	3280494	255	35M	*	0	0	CGTGATGCATCACCAGGGTATCCATGTATAGACTA	FQNFhGVHhPfehVehKhhhhhhhhhhhhhhhhhh	NM:i:0
+EAS38_1_165_158_507	16	chr1	3280679	255	35M	*	0	0	GGGAACGTTATTTGGTGTCTATTGTGATTATTTCC	hhbU`ZhhhhdX`hhYhhNhhhghhhhhhhhhchh	NM:i:0
+EAS38_1_218_851_888	16	chr1	3280707	255	35M	*	0	0	TATTTCCTAAATGCCCCTCNGTTTTTGTATGTTCT	MPDILT_PI[`OLhc]hCh;hhh\VhKhhhdhhhh	NM:i:1
+EAS38_1_144_853_896	16	chr1	3282690	255	35M	*	0	0	GTATCACAAAGGCTCTTTTAACTCAAGAGTTTCTG	MhhhhhhhhhXhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	NM:i:0
+EAS38_1_232_504_623	0	chr1	3290489	255	35M	*	0	0	TCCCTACATCTCTCCATGTTACTGTAAATGATAGT	hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh\Oee_PK`OV@	NM:i:1
+EAS38_1_238_304_582	0	chr1	3290527	255	35M	*	0	0	TCATTCTTATTTAGCACTGAAATAATAACCGCCTA	hhhhhhhhhhhhhMhhhhhhK]hRehha\DCGWhK	NM:i:0
+EAS38_1_125_161_809	0	chr1	3290844	255	35M	*	0	0	GCTACTGGGTGGTCTGCATAGCTTAGTGATACACT	hh`bhhhhSYhhTE[QH@RFT>RJEVDCFLMCCBI	NM:i:0
+EAS38_1_155_358_888	16	chr1	3290932	255	35M	*	0	0	GTGGAATTGTAGGGGTGAAAAAAGACATTTCTGAG	ghhRhhhhfhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	NM:i:0
+EAS38_1_157_904_203	0	chr1	3291089	255	35M	*	0	0	ACAGCCCTGGATGATTTTTGAATGGGAATAATCCC	hhhhhhhhhhLhh]hhhhhM^hhNI_@hhQ^hUMW	NM:i:0
+EAS38_1_180_814_759	16	chr1	3291152	255	35M	*	0	0	AACACCTAGTCATTGTTGGTGGCACTGTCTGTAAG	NNWAgXVhhVh_RYhhSeYJh_hhhhhhhhhhhhh	NM:i:0
+EAS38_1_170_391_724	16	chr1	3291373	255	35M	*	0	0	AAGTAAACCCTTTCTCCTGTAAGTTTCCTTTGGTC	_hhWhgQhhhUbchhhhhhhhhhhhhhhhhhhXhh	NM:i:0
+EAS38_1_315_950_278	16	chr1	3291611	255	35M	*	0	0	TCCATGCCCAGTTTCAGGTGGGAAAACAACTAAGT	QAchLb^ChhhhhYhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh	NM:i:0
+EAS38_1_330_167_763	16	chr1	3299360	255	35M	*	0	0	AAAAATCTTTTTTCTTCTTCTTTCTTTCTTTCTAT	hhhhhhhhLh__hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh=h	NM:i:1
+EAS38_1_7_984_851	16	chr1	3299360	255	35M	*	0	0	AAAAATCTTTTTTCTTCTTNTTTCTTTCTTTCTTT	NLPMNN`LEdULNhVhhhh;Phhhhhhhhhhhhhh	NM:i:1
+EAS38_1_133_814_850	0	chr1	3299443	1	35M	*	0	0	TTTGAGACAGGGTTTCTTTATATAGCCATGGTTGG	hhhhhhhhhhhhEhhChhhhhhhhhOTUhhf?SSG	NM:i:2
+EAS38_1_303_411_338	16	chr1	3299602	255	35M	*	0	0	GAGATGAATACTGGGTAGAAAATAAAAAAATTTAC	ThYhFHhhI_JXh_XhhhhhhhYhhhhhhhhhhhh	NM:i:0
Binary file test-data/cuffquant_out1.cxb has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/fasta_indexes.loc.sample	Wed Nov 26 14:02:38 2014 -0500
@@ -0,0 +1,29 @@
+#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools
+#to use a directory of Samtools indexed sequences data files.  You will need
+#to create these data files and then create a fasta_indexes.loc file
+#similar to this one (store it in this directory) that points to
+#the directories in which those files are stored. The fasta_indexes.loc
+#file has this format (white space characters are TAB characters):
+#
+# <unique_build_id>	<dbkey>	<display_name>	<file_base_path>
+#
+#So, for example, if you had hg19 Canonical indexed stored in
+#
+# /depot/data2/galaxy/hg19/sam/,
+#
+#then the fasta_indexes.loc entry would look like this:
+#
+#hg19canon	hg19	Human (Homo sapiens): hg19 Canonical	/depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa
+#
+#and your /depot/data2/galaxy/hg19/sam/ directory
+#would contain hg19canon.fa and hg19canon.fa.fai files.
+#
+#Your fasta_indexes.loc file should include an entry per line for
+#each index set you have stored.  The file in the path does actually
+#exist, but it should never be directly used. Instead, the name serves
+#as a prefix for the index file.  For example:
+#
+#hg18canon	hg18	Human (Homo sapiens): hg18 Canonical	/depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18canon.fa
+#hg18full	hg18	Human (Homo sapiens): hg18 Full	/depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18full.fa
+#hg19canon	hg19	Human (Homo sapiens): hg19 Canonical	/depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa
+#hg19full	hg19	Human (Homo sapiens): hg19 Full	/depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19full.fa
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample	Wed Nov 26 14:02:38 2014 -0500
@@ -0,0 +1,6 @@
+<tables>
+    <table name="fasta_indexes" comment_char="#">
+        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
+        <file path="tool-data/fasta_indexes.loc" />
+    </table>
+</tables>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml	Wed Nov 26 14:02:38 2014 -0500
@@ -0,0 +1,6 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool_dependency>
+    <package name="cufflinks" version="2.2.1">
+        <repository changeset_revision="8f755957b6a1" name="package_cufflinks_2_2_1" owner="devteam" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    </package>
+</tool_dependency>