Mercurial > repos > devteam > cuffquant
changeset 0:cef77c81d60c draft
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cuff_macros.xml Wed Nov 26 14:02:38 2014 -0500 @@ -0,0 +1,91 @@ +<macros> + <token name="@VERSION@">2.2.1</token> + <xml name="requirements"> + <requirements> + <requirement type="package" version="2.2.1">cufflinks</requirement> + <yield /> + </requirements> + </xml> + <xml name="stdio"> + <stdio> + <exit_code range="1:" /> + <exit_code range=":-1" /> + <regex match="Error:" /> + <regex match="Exception:" /> + </stdio> + </xml> + <xml name="condition_inputs"> + <!-- DEFAULT : use BAM/SAM files --> + <conditional name="in_type"> + <param name="set_in_type" type="select" label="Input data type" + help="CuffNorm supports either CXB (from cuffquant) or SAM/BAM input files. Mixing is not supported. Default: SAM/BAM"> + <option value="BAM">SAM/BAM</option> + <option value="CXB">Cuffquant (CXB)</option> + <option value="CONDITION_LIST">List of single replicate conditions</option> + <option value="CONDITION_REPLICATE_LIST">List of multiple replicate conditions</option> + </param> + <when value="BAM"> + <repeat name="conditions" title="Condition" min="2"> + <param name="name" title="Condition name" type="text" label="Name"/> + <param name="samples" label="Replicates" type="data" format="sam,bam" multiple="true"/> + </repeat> + </when> + <when value="CXB"> + <repeat name="conditions" title="Condition" min="2"> + <param name="name" title="Condition name" type="text" label="Name"/> + <param name="samples" label="Replicates" type="data" format="cxb" multiple="true"/> + </repeat> + </when> + <when value="CONDITION_LIST"> + <param name="conditions" title="List of Conditions" type="data_collection" collection_type="list" /> + </when> + <when value="CONDITION_REPLICATE_LIST"> + <param name="conditions" title="List of Conditions" type="data_collection" collection_type="list:list" /> + </when> + </conditional> + </xml> + <token name="@CONDITION_SAMPLES@"> + #if $in_type.set_in_type in ['BAM', 'CXB'] + #for $condition in $in_type.conditions: + #set samples = ','.join( [ str( $sample ) for $sample in $condition.samples ] ) + $samples + #end for + #elif $in_type.set_in_type == 'CONDITION_LIST' + #for $sample in $in_type.conditions: + $sample + #end for + #elif $in_type.set_in_type == 'CONDITION_REPLICATE_LIST' + #for $condition_list in $in_type.conditions: + #set samples = ','.join( [ str( $sample ) for $sample in $condition_list ] ) + $samples + #end for + #end if + </token> + <token name="@CONDITION_LABELS@"> + #import re + #if $in_type.set_in_type in ['BAM', 'CXB'] + #set labels = '\'' + '\',\''.join( [ str( $condition.name ) for $condition in $in_type.conditions ] ) + '\'' + #elif $in_type.set_in_type in ['CONDITION_LIST', 'CONDITION_REPLICATE_LIST'] + #set labels = '\'' + '\',\''.join( map(lambda x: re.sub('[^\w\-_]', '_', x), $in_type.conditions.keys() ) ) + '\'' + #end if + --labels $labels + </token> + <xml name="cufflinks_gtf_inputs"> + <param format="gtf" name="inputs" type="data" label="GTF file(s) produced by Cufflinks" help="" multiple="true" /> + <repeat name="additional_inputs" title="Additional GTF Inputs (Lists)"> + <param format="gtf" name="additional_inputs" type="data_collection" label="GTF file(s) produced by Cufflinks" help="" /> + </repeat> + </xml> + <token name="@CUFFLINKS_GTF_INPUTS@"> + ## Inputs. + #for $input_file in $inputs: + "${input_file}" + #end for + #for $additional_input in $additional_inputs: + #for $input_file in $additional_input.additional_inputs: + "${input_file}" + #end for + #end for + </token> + <token name="@HAS_MULTIPLE_INPUTS@">getattr(inputs, "__len__", [].__len__)() >= 2</token> +</macros> \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/cuffquant_wrapper.xml Wed Nov 26 14:02:38 2014 -0500 @@ -0,0 +1,218 @@ +<tool id="cuffquant" name="Cuffquant" version="@VERSION@.0"> + <!-- Wrapper supports Cuffdiff versions 2.2.1 --> + <description>Precompute gene expression levels</description> + <expand macro="requirements" /> + <expand macro="stdio" /> + <macros> + <import>cuff_macros.xml</import> + </macros> + <version_command>cuffquant 2>&1 | head -n 1</version_command> + <command> + cuffquant + --no-update-check + --num-threads=\${GALAXY_SLOTS:-4} + ## Set advanced SE data parameters? + #if $additional.sAdditional == "Yes": + -m $additional.frag_mean_len + -s $additional.frag_len_std_dev + #end if + + ## Multi-read correct? + #if $multiread_correct : + -u + #end if + + ## Bias correction? + #if $bias_correction.do_bias_correction == "Yes": + -b + #if $bias_correction.seq_source.index_source == "history": + ## Custom genome from history. + $bias_correction.seq_source.ref_file + #else: + ## Built-in genome. + "${ bias_correction.seq_source.index.fields.path }" + #end if + #end if + + $length_correction + + ## Set advanced parameters for cufflinks + #if $advanced_settings.sAdvanced == "Yes": + #if str($advanced_settings.library_type) != 'auto': + --library-type=$advanced_settings.library_type + #end if + #if $advanced_settings.mask_file: + --mask-file=$advanced_settings.mask_file + #end if + --max-mle-iterations=$advanced_settings.max_mle_iterations + --max-bundle-frags=$advanced_settings.max_bundle_frags + #end if + ## Inputs. + $gtf_input + #set samplestring = ','.join( [ str( $sample.sample ) for $sample in $samples ] ) + $samplestring + </command> + <inputs> + <param format="gtf,gff3" name="gtf_input" type="data" label="Transcripts" + help="A transcript annotation (GFF3 or GTF) file produced by cufflinks, cuffcompare, or other source."/> + + <repeat name="samples" title="Replicate" min="1"> + <param name="sample" label="Add replicate" type="data" format="sam,bam"/> + </repeat> + + <param name="multiread_correct" type="boolean" label="Use multi-read correct" + help="Tells Cufflinks to do an initial estimation procedure to more accurately weight reads mapping to multiple locations in the genome." /> + + <conditional name="bias_correction"> + <param name="do_bias_correction" type="select" label="Perform Bias Correction" + help="Bias detection and correction can significantly improve accuracy of transcript abundance estimates."> + <option value="No">No</option> + <option value="Yes">Yes</option> + </param> + <when value="Yes"> + <conditional name="seq_source"> + <param name="index_source" type="select" label="Reference sequence data"> + <option value="cached">Locally cached</option> + <option value="history">History</option> + </param> + <when value="cached"> + <param name="index" type="select" label="Using reference genome"> + <options from_data_table="fasta_indexes"> + <filter type="data_meta" ref="gtf_input" key="dbkey" column="1" /> + <validator type="no_options" message="No reference genome is available for the build associated with the selected input dataset" /> + </options> + </param> + </when> + <when value="history"> + <param name="ref_file" type="data" format="fasta" label="Using reference file" /> + </when> + </conditional> + </when> + <when value="No"></when> + </conditional> + + <param name="length_correction" type="select" label="apply length correction" help="mode of length normalization to transcript fpkm."> + <option value="" selected="true">cufflinks effective length correction</option> + <option value="--no-effective-length-correction">standard length correction</option> + <option value="--no-length-correction">no length correction at all (use raw counts)</option> + </param> + + <conditional name="additional"> + <param name="sAdditional" type="select" label="Set Additional Parameters for single end reads? (not recommended for paired-end reads)"> + <option value="No" selected="True">No</option> + <option value="Yes">Yes</option> + </param> + <when value="No"></when> + <when value="Yes"> + <param name="frag_mean_len" type="integer" value="200" label="Average Fragment Length"/> + <param name="frag_len_std_dev" type="integer" value="80" label="Fragment Length Standard Deviation"/> + </when> + </conditional> + + <conditional name="advanced_settings"> + <param name="sAdvanced" type="select" label="Set Advanced Cuffquant parameters? "> + <option value="No" selected="True">No</option> + <option value="Yes">Yes</option> + </param> + <when value="No"></when> + <when value="Yes"> + <param type="select" name="library_type" label="Library prep used for input reads" help=""> + <option value="auto" selected="True">Auto Detect</option> + <option value="ff-firststrand">ff-firststrand</option> + <option value="ff-secondstrand">ff-secondstrand</option> + <option value="ff-unstranded">ff-unstranded</option> + <option value="fr-firststrand">fr-firststrand</option> + <option value="fr-secondstrand">fr-secondstrand</option> + <option value="fr-unstranded" >fr-unstranded</option> + <option value="transfrags">transfrags</option> + </param> + <param name="mask_file" type="data" format="gtf,gff3" label="Mask File" help="Ignore all alignment within transcripts in this file" optional="True" /> + <param name="max_mle_iterations" value="5000" type="integer" label="Max MLE iterations" help="Maximum iterations allowed for Maximal Likelyhood Estimation calculations" /> + <param name="max_bundle_frags" type="integer" value="500000" label="Maximum number of fragments per locus" + help="Sets the maximum number of fragments a locus may have before being skipped. Default: 500,000" /> + </when> + </conditional> + </inputs> + <outputs> + <!-- Standard datasets. --> + <data format="cxb" name="out_file" label="${tool.name} on ${on_string}: Abundances.cxb" from_work_dir="abundances.cxb" /> + </outputs> + <tests> + <test> + <!-- + cuffquant cuffcompare_out5.gtf cuffdiff_in1.sam,cuffdiff_in2.sam + --> + <param name="gtf_input" value="cuffquant_in.gtf" ftype="gtf" /> + <repeat name="samples"> + <param name="sample" value="cuffquant_in1.sam" ftype="sam" /> + </repeat> + <repeat name="samples"> + <param name="sample" value="cuffquant_in2.sam" ftype="sam" /> + </repeat> + <param name="length_correction" value="" /> + <param name="do_bias_correction" value="No" /> + <param name="multiread_correct" value="No"/> + <param name="sAdditional" value="No"/> + <param name="sAdvanced" value="No" /> + <output name="out_file" file="cuffquant_out1.cxb" compare="sim_size" /> + </test> + </tests> + + <help> +**Cuffquant Overview** + +Cuffquant is part of Cufflinks_. Cuffquant provides pre-calculation of gene expression levels. The resulting file can be provided to cuffdiff or cuffnorm for further processing. Please cite: Trapnell C, Williams BA, Pertea G, Mortazavi AM, Kwan G, van Baren MJ, Salzberg SL, Wold B, Pachter L. Transcript assembly and abundance estimation from RNA-Seq reveals thousands of new transcripts and switching among isoforms. Nature Biotechnology doi:10.1038/nbt.1621 + +.. _Cufflinks: http://cufflinks.cbcb.umd.edu/ + +------ + +**Know what you are doing** + +.. class:: warningmark + +There is no such thing (yet) as an automated gearshift in expression analysis. It is all like stick-shift driving in San Francisco. In other words, running this tool with default parameters will probably not give you meaningful results. A way to deal with this is to **understand** the parameters by carefully reading the `documentation`__ and experimenting. Fortunately, Galaxy makes experimenting easy. + +.. __: http://cufflinks.cbcb.umd.edu/manual.html#cuffdiff + +------ + +**Input format** + +Cuffquant takes Cufflinks or Cuffcompare GTF files as input along with two or more SAM files containing the fragment alignments for two or more samples. + +------ + +**Outputs** + +Cuffquant produces one output file: + +1. Transcript expression values in binary format. + +------- + +**Settings** + +All of the options have a default value. You can change any of them. Most of the options in Cuffdiff have been implemented here. + +------ + +**Cuffdiff parameter list** + +This is a list of implemented Cuffdiff options:: + + -m INT Average fragment length (SE reads); default 200 + -s INT Fragment legnth standard deviation (SE reads); default 80 + --max-mle-iterations INT Sets the number of iterations allowed during maximum likelihood estimation of abundances. Default: 5000 + -u Multi read correction tells Cufflinks to do an initial estimation procedure to more accurately weight reads mapping to multiple locations in the genome. + -b ref.fasta bias correction. Bias detection and correction can significantly improve accuracy of transcript abundance estimates. + --no-effective-length-correction Use standard length correction + --no-length-correction Disable all length correction. + --library-type ff-firststrand,ff-secondstrand,ff-unstranded,fr-firstrand,fr-secondstrand,fr-unstranded,transfrags + --mask-file (gff3/gtf) Ignore all alignment within transcripts in this file + --max-bundle-frags Sets the maximum number of fragments a locus may have before being skipped. Skipped loci are listed in skipped.gtf. + </help> + <citations> + <citation type="doi">10.1038/nbt.1621</citation> + </citations> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/cuffquant_in.gtf Wed Nov 26 14:02:38 2014 -0500 @@ -0,0 +1,90 @@ +chr1 Cufflinks exon 3204755 3204833 . - . gene_id "XLOC_000001"; transcript_id "TCONS_00000001"; exon_number "1"; gene_name "Xkr4"; oId "CUFF.13.1"; nearest_ref "Xkr4"; class_code "c"; tss_id "TSS1"; +chr1 Cufflinks exon 3111450 3111490 . . . gene_id "XLOC_000002"; transcript_id "TCONS_00000002"; exon_number "1"; oId "CUFF.1.1"; class_code "u"; tss_id "TSS2"; +chr1 Cufflinks exon 3111546 3111576 . . . gene_id "XLOC_000003"; transcript_id "TCONS_00000003"; exon_number "1"; oId "CUFF.3.1"; class_code "u"; tss_id "TSS3"; +chr1 Cufflinks exon 3174766 3174792 . . . gene_id "XLOC_000004"; transcript_id "TCONS_00000051"; exon_number "1"; oId "CUFF.1.1"; class_code "u"; tss_id "TSS4"; +chr1 Cufflinks exon 3187402 3187428 . . . gene_id "XLOC_000005"; transcript_id "TCONS_00000052"; exon_number "1"; oId "CUFF.3.1"; class_code "u"; tss_id "TSS5"; +chr1 Cufflinks exon 3188522 3188548 . . . gene_id "XLOC_000006"; transcript_id "TCONS_00000053"; exon_number "1"; oId "CUFF.5.1"; class_code "u"; tss_id "TSS6"; +chr1 Cufflinks exon 3189811 3190789 . . . gene_id "XLOC_000007"; transcript_id "TCONS_00000054"; exon_number "1"; oId "CUFF.11.1"; class_code "u"; tss_id "TSS7"; +chr1 Cufflinks exon 3190859 3191434 . . . gene_id "XLOC_000008"; transcript_id "TCONS_00000055"; exon_number "1"; oId "CUFF.7.1"; class_code "u"; tss_id "TSS10"; +chr1 Cufflinks exon 3191513 3192077 . . . gene_id "XLOC_000009"; transcript_id "TCONS_00000056"; exon_number "1"; oId "CUFF.9.1"; class_code "u"; tss_id "TSS11"; +chr1 Cufflinks exon 3192251 3192336 . . . gene_id "XLOC_000010"; transcript_id "TCONS_00000057"; exon_number "1"; oId "CUFF.13.1"; class_code "u"; tss_id "TSS13"; +chr1 Cufflinks exon 3192442 3192494 . . . gene_id "XLOC_000011"; transcript_id "TCONS_00000009"; exon_number "1"; oId "CUFF.39.1"; class_code "u"; tss_id "TSS14"; +chr1 Cufflinks exon 3192551 3192629 . . . gene_id "XLOC_000012"; transcript_id "TCONS_00000010"; 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oId "CUFF.17.1"; class_code "u"; tss_id "TSS21"; +chr1 Cufflinks exon 3195084 3195110 . . . gene_id "XLOC_000019"; transcript_id "TCONS_00000015"; exon_number "1"; oId "CUFF.51.1"; class_code "u"; tss_id "TSS22"; +chr1 Cufflinks exon 3195451 3195477 . . . gene_id "XLOC_000020"; transcript_id "TCONS_00000016"; exon_number "1"; oId "CUFF.53.1"; class_code "u"; tss_id "TSS23"; +chr1 Cufflinks exon 3197090 3197116 . . . gene_id "XLOC_000021"; transcript_id "TCONS_00000017"; exon_number "1"; oId "CUFF.55.1"; class_code "u"; tss_id "TSS24"; +chr1 Cufflinks exon 3197247 3197273 . . . gene_id "XLOC_000022"; transcript_id "TCONS_00000018"; exon_number "1"; oId "CUFF.57.1"; class_code "u"; tss_id "TSS25"; +chr1 Cufflinks exon 3197347 3197373 . . . gene_id "XLOC_000023"; transcript_id "TCONS_00000019"; exon_number "1"; oId "CUFF.59.1"; class_code "u"; tss_id "TSS26"; +chr1 Cufflinks exon 3197426 3197452 . . . gene_id "XLOC_000024"; transcript_id "TCONS_00000060"; exon_number "1"; oId "CUFF.19.1"; 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QAchLb^ChhhhhYhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh NM:i:0 +EAS38_1_330_167_763 16 chr1 3299360 255 35M * 0 0 AAAAATCTTTTTTCTTCTTCTTTCTTTCTTTCTAT hhhhhhhhLh__hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhh=h NM:i:1 +EAS38_1_7_984_851 16 chr1 3299360 255 35M * 0 0 AAAAATCTTTTTTCTTCTTNTTTCTTTCTTTCTTT NLPMNN`LEdULNhVhhhh;Phhhhhhhhhhhhhh NM:i:1 +EAS38_1_133_814_850 0 chr1 3299443 1 35M * 0 0 TTTGAGACAGGGTTTCTTTATATAGCCATGGTTGG hhhhhhhhhhhhEhhChhhhhhhhhOTUhhf?SSG NM:i:2 +EAS38_1_303_411_338 16 chr1 3299602 255 35M * 0 0 GAGATGAATACTGGGTAGAAAATAAAAAAATTTAC ThYhFHhhI_JXh_XhhhhhhhYhhhhhhhhhhhh NM:i:0
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool-data/fasta_indexes.loc.sample Wed Nov 26 14:02:38 2014 -0500 @@ -0,0 +1,29 @@ +#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools +#to use a directory of Samtools indexed sequences data files. You will need +#to create these data files and then create a fasta_indexes.loc file +#similar to this one (store it in this directory) that points to +#the directories in which those files are stored. The fasta_indexes.loc +#file has this format (white space characters are TAB characters): +# +# <unique_build_id> <dbkey> <display_name> <file_base_path> +# +#So, for example, if you had hg19 Canonical indexed stored in +# +# /depot/data2/galaxy/hg19/sam/, +# +#then the fasta_indexes.loc entry would look like this: +# +#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa +# +#and your /depot/data2/galaxy/hg19/sam/ directory +#would contain hg19canon.fa and hg19canon.fa.fai files. +# +#Your fasta_indexes.loc file should include an entry per line for +#each index set you have stored. The file in the path does actually +#exist, but it should never be directly used. Instead, the name serves +#as a prefix for the index file. For example: +# +#hg18canon hg18 Human (Homo sapiens): hg18 Canonical /depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18canon.fa +#hg18full hg18 Human (Homo sapiens): hg18 Full /depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18full.fa +#hg19canon hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Canonical /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa +#hg19full hg19 Human (Homo sapiens): hg19 Full /depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19full.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_data_table_conf.xml.sample Wed Nov 26 14:02:38 2014 -0500 @@ -0,0 +1,6 @@ +<tables> + <table name="fasta_indexes" comment_char="#"> + <columns>value, dbkey, name, path</columns> + <file path="tool-data/fasta_indexes.loc" /> + </table> +</tables>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tool_dependencies.xml Wed Nov 26 14:02:38 2014 -0500 @@ -0,0 +1,6 @@ +<?xml version="1.0"?> +<tool_dependency> + <package name="cufflinks" version="2.2.1"> + <repository changeset_revision="8f755957b6a1" name="package_cufflinks_2_2_1" owner="devteam" toolshed="https://testtoolshed.g2.bx.psu.edu" /> + </package> +</tool_dependency>