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planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/bowtie2 commit 5581ee25e468d4a1144ce6e5e511cb29cd51cf1f
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+ #if not reads_are_fastq: + -f + #end if + + ## Input reads #if str( $library.type ) == "single": -U '${read1}' #if str( $library.unaligned_file ) == "true": @@ -310,28 +332,28 @@ </param> <when value="single"> - <param name="input_1" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2" type="data" label="FASTQ file" help="Must be of datatype "fastqsanger"" /> + <param name="input_1" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2,fasta" type="data" label="FASTA/Q file" help="Must be of datatype "fastqsanger" or "fasta"" /> <expand macro="align_unalign" /> </when> <when value="paired"> - <param name="input_1" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2" type="data" label="FASTQ file #1" help="Must be of datatype "fastqsanger"" /> - <param name="input_2" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2" type="data" label="FASTQ file #2" help="Must be of datatype "fastqsanger"" /> + <param name="input_1" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2,fasta" type="data" label="FASTA/Q file #1" help="Must be of datatype "fastqsanger"or "fasta"" /> + <param name="input_2" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2,fasta" type="data" label="FASTA/Q file #2" help="Must be of datatype "fastqsanger"or "fasta"" /> <expand macro="align_unalign" /> <expand macro="paired_end_options" /> </when> <when value="paired_collection"> - <param name="input_1" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2" type="data_collection" collection_type="paired" label="FASTQ Paired Dataset" help="Must be of datatype "fastqsanger"" /> + <param name="input_1" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2,fasta" type="data_collection" collection_type="paired" label="FASTQ Paired Dataset" help="Must be of datatype "fastqsanger" or "fasta"" /> <expand macro="align_unalign" /> <expand macro="paired_end_options" /> </when> <when value="paired_interleaved"> - <param name="input_1" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2" type="data" label="Interleaved FASTQ file" help="Must be of datatype "fastqsanger". --interleaved"/> + <param name="input_1" format="fastqsanger,fastqsanger.gz,fastqsanger.bz2,fasta" type="data" label="Interleaved FASTQ file" help="Must be of datatype "fastqsanger" or "fasta". --interleaved"/> <expand macro="align_unalign" /> <expand macro="paired_end_options" /> @@ -728,6 +750,18 @@ <param name="own_file" value="bowtie2-ref.fasta" /> <output name="output" file="bowtie2-test1.bam" ftype="bam" lines_diff="2"/> </test> + <test> + <!-- test fasta input --> + <param name="type" value="paired"/> + <param name="paired_options_selector" value="no"/> + <param name="unaligned_file" value="false"/> + <param name="analysis_type_selector" value="simple"/> + <param name="source" value="history" /> + <param name="input_1" value="bowtie2-fq1.fa" ftype="fasta"/> + <param name="input_2" value="bowtie2-fq2.fa" ftype="fasta"/> + <param name="own_file" value="bowtie2-ref.fasta" /> + <output name="output" file="bowtie2-test_fasta_in.bam" ftype="bam" lines_diff="2"/> + </test> </tests> <help><![CDATA[
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