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author dave
date Wed, 02 Oct 2019 09:26:15 -0400
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files freebayes.xml leftalign.xml macros.xml test-data/freebayes-phix174-test1.vcf test-data/freebayes-phix174-test2.vcf test-data/freebayes-phix174-test3.vcf test-data/freebayes-phix174-test4.vcf test-data/freebayes-phix174.bam test-data/freebayes-phix174.fasta test-data/left-align-input.bam test-data/left-align-output.bam test-data/leftalign.fa tool-data/fasta_indexes.loc.sample tool_data_table_conf.xml.sample
diffstat 14 files changed, 12009 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
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line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/freebayes.xml	Wed Oct 02 09:26:15 2019 -0400
@@ -0,0 +1,912 @@
+<tool id="freebayes" name="FreeBayes" version="@DEPENDENCY_VERSION@">
+    <description>bayesian genetic variant detector</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="requirements">
+        <requirement type="package" version="4.1.3">gawk</requirement>
+        <requirement type="package" version="20170422">parallel</requirement>
+    </expand>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+    ##set up input files
+
+    #set $reference_fasta_filename = "localref.fa"
+
+    #if str( $reference_source.reference_source_selector ) == "history":
+        ln -s -f '${reference_source.ref_file}' '${reference_fasta_filename}' &&
+        samtools faidx '${reference_fasta_filename}' 2>&1 || echo "Error running samtools faidx for FreeBayes" >&2 &&
+    #else:
+        #set $reference_fasta_filename = str( $reference_source.ref_file.fields.path )
+    #end if
+
+    #if $reference_source.batchmode.processmode == 'merge':
+        #set $input_bamfiles = $reference_source.batchmode.input_bams
+    #else:
+        #set $input_bamfiles = [ $reference_source.batchmode.input_bams ]
+    #end if
+
+    #for $bam_count, $input_bam in enumerate( $input_bamfiles ):
+        ln -s -f '${input_bam}' 'b_${bam_count}.bam' &&
+        ln -s -f '${input_bam.metadata.bam_index}' 'b_${bam_count}.bam.bai' &&
+    #end for
+
+    ## Tabixize optional input_variant_vcf file (for --variant-input option)
+    #if ( str( $options_type.options_type_selector ) == 'cline' or str( $options_type.options_type_selector ) == 'full' ) and str( $options_type.optional_inputs.optional_inputs_selector ) == 'set' and str( $options_type.optional_inputs.input_variant_type.input_variant_type_selector ) == "provide_vcf":
+        ln -s -f '${options_type.optional_inputs.input_variant_type.input_variant_vcf}' input_variant_vcf.vcf.gz &&
+        ln -s -f '${Tabixized_input}' input_variant_vcf.vcf.gz.tbi &&
+    #end if
+
+    ##if the user has specified a region or target file, just use that instead of calculating a set of unique regions
+    #if str( $target_limit_type.target_limit_type_selector ) == "limit_by_target_file":
+        ln -s '${target_limit_type.input_target_bed}' regions_all.bed &&
+    #elif str( $target_limit_type.target_limit_type_selector ) == "limit_by_region":
+        printf '${target_limit_type.region_chromosome}\t${target_limit_type.region_start}\t${target_limit_type.region_end}' > regions_all.bed &&
+    #else
+        ##divide up the regions in the bam file for efficient processing
+        #for $bam_count, $input_bam in enumerate( $input_bamfiles ):
+            samtools view -H b_${bam_count}.bam |
+            grep '^@SQ' |
+            cut -f 2- |
+            awk '{ gsub("^SN:","",$1); gsub("^LN:","",$2); print $1"\t0\t"$2; }' >> regions_all.bed &&
+        #end for
+    #end if
+
+    sort -u regions_all.bed > regions_uniq.bed &&
+    ## split into even small chunks, this has some disatvantages and will not be used for the moment
+    ## bedtools makewindows -b regions_uniq.bed -w 10000000 -s 9990000 > regions.bed &&
+
+    mkdir vcf_output failed_alleles trace &&
+
+    ## Finished setting up inputs
+
+    for i in `cat regions_uniq.bed | awk '{print $1":"$2".."$3}'`;
+    do
+        echo "
+
+        ## COMMAND LINE STARTS HERE
+
+        freebayes
+
+        --region '\$i'
+
+        #for $bam_count, $input_bam in enumerate( $input_bamfiles ):
+            --bam 'b_${bam_count}.bam'
+        #end for
+        --fasta-reference '${reference_fasta_filename}'
+
+        ## Outputs
+        --vcf './vcf_output/part_\$i.vcf'
+
+        ## Coverage
+        #if str($coverage_options.coverage_options_selector) == "set":
+            @COVERAGE@
+        #end if
+
+        ##advanced options
+        #if str( $options_type.options_type_selector ) == "simple":
+            #pass
+        #elif str( $options_type.options_type_selector ) == "simple_w_filters":
+            --standard-filters
+        #elif str( $options_type.options_type_selector ) == "naive":
+            --haplotype-length 0
+            --min-alternate-count 1
+            --min-alternate-fraction 0.05
+            --pooled-continuous
+            --report-monomorphic
+        #elif str( $options_type.options_type_selector ) == "naive_w_filters":
+            --haplotype-length 0
+            --min-alternate-count 1
+            --min-alternate-fraction 0.05
+            --pooled-continuous
+            --report-monomorphic
+            --standard-filters
+        #elif str( $options_type.options_type_selector ) == "full":
+            #if str( $options_type.optional_inputs.optional_inputs_selector ) == 'set':
+                ${options_type.optional_inputs.report_monomorphic}
+
+                #if $options_type.optional_inputs.output_trace_option:
+                    --trace ./trace/part_'\$i'.txt
+                #end if
+                #if $options_type.optional_inputs.output_failed_alleles_option:
+                    --failed-alleles ./failed_alleles/part_'\$i'.bed
+                #end if
+                #if $options_type.optional_inputs.samples:
+                    --samples '${options_type.optional_inputs.samples}'
+                #end if
+                #if $options_type.optional_inputs.populations:
+                    --populations '${options_type.optional_inputs.populations}'
+                #end if
+                #if $options_type.optional_inputs.A:
+                    --cnv-map '${options_type.optional_inputs.A}'
+                #end if
+                #if str( $options_type.optional_inputs.input_variant_type.input_variant_type_selector ) == "provide_vcf":
+                    --variant-input 'input_variant_vcf.vcf.gz'  ## input_variant_vcf.vcf.gz is symlinked to a galaxy-generated dataset in "Tabixize optional input_variant_vcf file" section of the command line above
+                    ${options_type.optional_inputs.input_variant_type.only_use_input_alleles}
+                #end if
+                #if $options_type.optional_inputs.haplotype_basis_alleles:
+                    --haplotype-basis-alleles '${options_type.optional_inputs.haplotype_basis_alleles}'
+                #end if
+                #if $options_type.optional_inputs.observation_bias:
+                    --observation-bias '${options_type.optional_inputs.observation_bias}'
+                #end if
+                #if $options_type.optional_inputs.contamination_estimates:
+                    --contamination-estimates '${options_type.optional_inputs.contamination_estimates}'
+                #end if
+            #end if
+
+        ## REPORTING
+            #if str( $options_type.reporting.reporting_selector ) == "set":
+                --pvar ${options_type.reporting.pvar}
+            #end if
+        ## POPULATION MODEL
+            #if str( $options_type.population_model.population_model_selector ) == "set":
+                --theta ${options_type.population_model.T}
+                --ploidy ${options_type.population_model.P}
+                ${options_type.population_model.J}
+                ${options_type.population_model.K}
+            #end if
+
+        ## REFERENCE ALLELE
+            #if str( $options_type.reference_allele.reference_allele_selector ) == "set":
+                ${options_type.reference_allele.Z}
+                --reference-quality '${options_type.reference_allele.reference_quality}'
+            #end if
+
+        ## ALLELE SCOPE
+            #if str( $options_type.allele_scope.allele_scope_selector ) == "set":
+                ${options_type.allele_scope.I}
+                ${options_type.allele_scope.i}
+                ${options_type.allele_scope.X}
+                ${options_type.allele_scope.u}
+                ${options_type.allele_scope.no_partial_observations}
+
+                -n ${options_type.allele_scope.n}
+
+                --haplotype-length ${options_type.allele_scope.haplotype_length}
+                --min-repeat-size ${options_type.allele_scope.min_repeat_length}
+                --min-repeat-entropy ${options_type.allele_scope.min_repeat_entropy}
+            #end if
+
+        ## REALIGNMENT
+            ${options_type.O}
+
+        ##INPUT FILTERS
+            #if str( $options_type.input_filters.input_filters_selector ) == "set":
+                ${options_type.input_filters.use_duplicate_reads}
+                -m ${options_type.input_filters.m}
+                -q ${options_type.input_filters.q}
+                -R ${options_type.input_filters.R}
+                -Y ${options_type.input_filters.Y}
+                -e ${options_type.input_filters.e}
+                -F ${options_type.input_filters.F}
+                -C ${options_type.input_filters.C}
+                -G ${options_type.input_filters.G}
+
+                #if str( $options_type.input_filters.mismatch_filters.mismatch_filters_selector ) == "set":
+                  -Q ${options_type.input_filters.mismatch_filters.Q}
+                  #if str($options_type.input_filters.mismatch_filters.U)
+                      -U ${options_type.input_filters.mismatch_filters.U}
+                  #end if
+                  -z ${options_type.input_filters.mismatch_filters.z}
+
+                  --read-snp-limit ${options_type.input_filters.mismatch_filters.read_snp_limit}
+                #end if
+
+                --min-coverage ${options_type.input_filters.min_coverage}
+                --min-alternate-qsum ${options_type.input_filters.min_alternate_qsum}
+            #end if
+
+        ## POPULATION AND MAPPABILITY PRIORS
+            #if str( $options_type.population_mappability_priors.population_mappability_priors_selector ) == "set":
+                ${options_type.population_mappability_priors.k}
+                ${options_type.population_mappability_priors.w}
+                ${options_type.population_mappability_priors.V}
+                ${options_type.population_mappability_priors.a}
+            #end if
+
+        ## GENOTYPE LIKELIHOODS
+            #if str( $options_type.genotype_likelihoods.genotype_likelihoods_selector ) == "set":
+              ${$options_type.genotype_likelihoods.experimental_gls}
+
+              --base-quality-cap ${$options_type.genotype_likelihoods.base_quality_cap}
+              --prob-contamination ${$options_type.genotype_likelihoods.prob_contamination}
+            #end if
+
+        ## ALGORITHMIC FEATURES
+            #if str( $options_type.algorithmic_features.algorithmic_features_selector ) == "set":
+                -B '${options_type.algorithmic_features.B}'
+                -W '${options_type.algorithmic_features.W}'
+                -D '${options_type.algorithmic_features.D}'
+
+                #if str($options_type.algorithmic_features.genotype_variant_threshold)
+                    -S ${options_type.algorithmic_features.genotype_variant_threshold}
+                #end if
+
+                ${options_type.algorithmic_features.N}
+                ${options_type.algorithmic_features.j}
+                ${options_type.algorithmic_features.H}
+                ${options_type.algorithmic_features.genotype_qualities}
+                ${options_type.algorithmic_features.report_genotype_likelihood_max}
+
+                --genotyping-max-banddepth ${options_type.algorithmic_features.genotyping_max_banddepth}
+            #end if
+        #end if
+
+        ";
+    done > freebayes_commands.sh &&
+
+    cat freebayes_commands.sh |
+    parallel --will-cite -j \${GALAXY_SLOTS:-1} &&
+
+    ## make VCF header
+    grep "^#" "./vcf_output/part_\$i.vcf" > header.txt &&
+
+    for i in `cat regions_uniq.bed | awk '{print $1":"$2".."$3}'`;
+    do
+        ## if this fails then it bails out the script
+        cat "./vcf_output/part_\$i.vcf" | grep -v "^#" || true
+        ;
+    done | sort -k1,1 -k2,2n -k5,5 -u | cat header.txt - > '${output_vcf}'
+
+    #if str( $options_type.options_type_selector ) == "full":
+        #if str( $options_type.optional_inputs.optional_inputs_selector ) == 'set':
+            #if $options_type.optional_inputs.output_failed_alleles_option:
+                &&
+                for i in `cat regions.bed | awk '{print $1":"$2".."$3}'`;
+                do
+                    cat "./failed_alleles/part_\$i.bed"
+                    ;
+                done > '${output_failed_alleles_bed}'
+            #end if
+
+            #if $options_type.optional_inputs.output_trace_option:
+                &&
+                for i in `cat regions.bed | awk '{print $1":"$2".."$3}'`;
+                do
+                    cat './trace/part_\$i.txt'
+                    ;
+                done > '${output_trace}'
+            #end if
+        #end if
+    #end if
+    ]]></command>
+
+    <inputs>
+        <conditional name="reference_source">
+            <param name="reference_source_selector" type="select" label="Choose the source for the reference genome">
+                <option value="cached">Locally cached</option>
+                <option value="history">History</option>
+            </param>
+            <when value="cached">
+                <expand macro="input_bam">
+                    <expand macro="validation" />
+                </expand>
+                <param name="ref_file" type="select" label="Using reference genome">
+                  <options from_data_table="fasta_indexes" />
+                  <validator type="no_options" message="A built-in reference genome is not available for the build associated with the selected input dataset"/>
+                </param>
+            </when>
+            <when value="history"> <!-- FIX ME!!!! -->
+                <expand macro="input_bam" />
+                <param name="ref_file" type="data" format="fasta" label="Use the following dataset as the reference sequence"
+                       help="You can upload a FASTA sequence to the history and use it as reference" />
+            </when>
+        </conditional>
+        <conditional name="target_limit_type">
+            <param name="target_limit_type_selector" type="select" label="Limit variant calling to a set of regions?" help="Sets --targets or --region options">
+                <option value="do_not_limit" selected="true">Do not limit</option>
+                <option value="limit_by_target_file">Limit by target file</option>
+                <option value="limit_by_region">Limit to region</option>
+            </param>
+            <when value="do_not_limit" />
+            <when value="limit_by_target_file">
+                <param name="input_target_bed" argument="--targets" type="data" format="bed" label="Limit analysis to regions in this BED dataset" />
+            </when>
+            <when value="limit_by_region">
+                <param name="region_chromosome" argument="--region" type="text" label="Region Chromosome" value="" /> <!--only once? -->
+                <param name="region_start" type="integer" label="Region Start" value="" />
+                <param name="region_end" type="integer" label="Region End" value="" />
+            </when>
+        </conditional>
+        <conditional name="coverage_options">
+            <param name="coverage_options_selector" type="select" label="Read coverage"
+                   help="Sets --min-coverage, --limit-coverage, and --skip-coverage">
+                <option value="do_not_set" selected="true">Use defaults</option>
+                <option value="set">Specify coverage options</option>
+            </param>
+            <when value="set">
+                <expand macro="par_min_cov" />
+            </when>
+            <when value="do_not_set" />
+        </conditional>
+        <conditional name="options_type">
+            <param name="options_type_selector" type="select" label="Choose parameter selection level"
+                   help="Select how much control over the freebayes run you need">
+                <option value="simple" selected="true">1. Simple diploid calling</option>
+                <option value="simple_w_filters">2. Simple diploid calling with filtering and coverage</option>
+                <option value="naive">3. Frequency-based pooled calling</option>
+                <option value="naive_w_filters">4. Frequency-based pooled calling with filtering and coverage</option>
+                <option value="full">5. Full list of options</option>
+            </param>
+            <when value="full">
+
+                <conditional name="optional_inputs">
+                    <param name="optional_inputs_selector" type="select" label="Additional inputs"
+                           help="Sets --samples, --populations, --cnv-map, --trace, --failed-alleles, --variant-input, --only-use-input-alleles, --haplotype-basis-alleles, --report-all-haplotype-alleles, --report-monomorphic options, --observation-bias, and --contamination-estimates">
+                        <option value="do_not_set" selected="true">Do not provide additional inputs</option>
+                        <option value="set">Provide additional inputs</option>
+                    </param>
+                    <when value="set">
+                        <param name="output_failed_alleles_option" argument="--failed-alleles" type="boolean" truevalue="--failed-alleles" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Write out failed alleles file" />
+                        <param name="output_trace_option" argument="--trace" type="boolean" truevalue="--trace" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Write out algorithm trace file" />
+                        <param argument="--samples" type="data" format="txt"
+                               label="Limit analysis to samples listed (one per line) in this dataset" optional="true"
+                               help="By default FreeBayes will analyze all samples in its input BAM datasets" />
+                        <param argument="--populations" type="data" format="txt" optional="true"
+                               label="Populations dataset"
+                               help="Each line of this dataset should list a sample and a population which it is part of. The population-based bayesian inference model will then be partitioned on the basis of the populations" />
+                        <param name="A" argument="--cnv-map" type="data" format="bed" optional="true"
+                               label="Read a copy number map from a BED dataset"
+                               help="The BED dataset should have the format: 'reference sequence, start, end, sample name, copy number' for each region in each sample which does not have the default copy number as set by --ploidy. If not specified, copy number is set to as specified by --ploidy" />
+                        <conditional name="input_variant_type">
+                            <param name="input_variant_type_selector" type="select" label="Provide variants dataset">
+                                <option value="do_not_provide" selected="true">Do not provide</option>
+                                <option value="provide_vcf">Provide VCF dataset</option>
+                            </param>
+                            <when value="do_not_provide" />
+                            <when value="provide_vcf">
+                                <param name="input_variant_vcf" argument="--variant-input" type="data" format="vcf_bgzip"
+                                       label="Use variants reported in this VCF dataset as input to the algorithm">
+                                    <conversion name="Tabixized_input" type="tabix" />
+                                </param>
+                                <param name="only_use_input_alleles" argument="--only-use-input-alleles" type="boolean" truevalue="--only-use-input-alleles" falsevalue="" checked="false"
+                                       label="Only provide variant calls and genotype likelihoods for sites in VCF" />
+                            </when>
+                        </conditional>
+                        <param name="haplotype_basis_alleles" argument="--haplotype-basis-alleles" type="data" format="vcf" optional="true"
+                               label="Only use variant alleles provided in this input VCF for the construction of complex or haplotype alleles" />
+                        <param name="report_monomorphic" argument="--report-monomorphic" type="boolean" truevalue="--report-monomorphic" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Report even loci which appear to be monomorphic, and report all considered alleles, even those which are not in called genotypes" />
+                        <param name="observation_bias" argument="--observation-bias" type="data" format="tabular" optional="true"
+                               label="Load read length-dependent allele observation biases from"
+                               help="The format is [length] [alignment efficiency relative to reference] where the efficiency is 1 if there is no relative observation bias" />
+                        <param name="contamination_estimates" argument="--contamination-estimates" type="data" format="tabular" optional="true"
+                               label="Upload per-sample estimates of contamination from"
+                               help="The format should be: sample p(read=R|genotype=AR) p(read=A|genotype=AA) Sample '*' can be used to set default contamination estimates" />
+                    </when>
+                    <when value="do_not_set" />
+                </conditional>
+
+                <!-- reporting -->
+                <conditional name="reporting">
+                    <param name="reporting_selector" type="select" label="Reporting options" help="Sets -P --pvar option">
+                        <option value="do_not_set" selected="true">Use defaults</option>
+                        <option value="set">Set reporting options</option>
+                    </param>
+                    <when value="set">
+                        <param argument="--pvar" type="float" value="0.0"
+                               label="Report sites if the probability that there is a polymorphism at the site is greater than"
+                               help="Note that post-filtering is generally recommended over the use of this parameter" />
+                  </when>
+                  <when value="do_not_set" />
+                </conditional>
+
+                <!-- population model -->
+                <conditional name="population_model">
+                    <param name="population_model_selector" type="select" label="Population model options"
+                           help="Sets --theta, --ploidy, --pooled-discrete, and --pooled-continuous options">
+                        <option value="do_not_set" selected="true">Use defaults</option>
+                        <option value="set">Set population model options</option>
+                    </param>
+                    <when value="set">
+                        <param name="T" argument="--theta" type="float" value="0.001"
+                               label="The expected mutation rate or pairwise nucleotide diversity among the population under analysis"
+                               help="This serves as the single parameter to the Ewens Sampling Formula prior model" />
+                        <param name="P" argument="--ploidy" type="integer" value="2"
+                               label="Set ploidy for the analysis" />
+                        <param name="J" argument="--pooled-discrete" type="boolean" truevalue="-J" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Assume that samples result from pooled sequencing"
+                               help="Model pooled samples using discrete genotypes across pools. When using this flag, set --ploidy to the number of alleles in each sample or use the --cnv-map to define per-sample ploidy" />
+                        <param name="K" argument="--poled-continuous" type="boolean" truevalue="-K" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Output all alleles which pass input filters, regardles of genotyping outcome or model" />
+                    </when>
+                    <when value="do_not_set" />
+                </conditional>
+
+                <!-- reference allele -->
+                <conditional name="reference_allele">
+                    <param name="reference_allele_selector" type="select" label="Reference allele options"
+                           help="Sets --use-reference-allele and --reference-quality options">
+                        <option value="do_not_set" selected="true">Use defaults</option>
+                        <option value="set">Set reference allele options</option>
+                    </param>
+                    <when value="set">
+                        <param name="Z" argument="--use-reference-allele" type="boolean" truevalue="-Z" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Include the reference allele in the analysis as if it is another sample from the same population" />
+                        <param name="reference_quality" argument="--reference-quality" type="text" value="100,60"
+                               label="Assign mapping quality of MQ (100) to the reference allele at each site and base quality of BQ (60)" />
+                    </when>
+                    <when value="do_not_set" />
+                </conditional>
+
+                <!-- allelic scope -->
+                <conditional name="allele_scope">
+                    <param name="allele_scope_selector" type="select" label="Allelic scope options"
+                           help="Sets -I, i, -X, -u, -n, --haplotype-length, --min-repeat-size, --min-repeat-entropy, and --no-partial-observations options">
+                        <option value="do_not_set" selected="true">Use defaults</option>
+                        <option value="set">Set alleic scope options</option>
+                    </param>
+                    <when value="set">
+                        <param name="I" argument="--no-snps" type="boolean" truevalue="-I" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Ignore SNP alleles" />
+                        <param name="i" argument="--no-indels" type="boolean" truevalue="-i" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Ignore indels alleles" />
+                        <param name="X" argument="--no-mnps" type="boolean" truevalue="-X" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Ignore multi-nucleotide polymorphisms, MNPs" />
+                        <param name="u" argument="--no-complex" type="boolean" truevalue="-u" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Ignore complex events (composites of other classes)" />
+                        <param name="n" argument="--use-best-n-alleles" type="integer" value="0"
+                               label="How many best SNP alleles to evaluate"
+                               help="Alleles are ranked by the sum of supporting quality scores. Set to 0 to evaluate all" />
+                        <param name="haplotype_length" argument="--haplotype-length" type="integer" value="3"
+                               label="Allow haplotype calls with contiguous embedded matches of up to (nucleotides)" />
+                        <param name="min_repeat_length" argument="--min-repeat-size" type="integer" value="5"
+                               label="When assembling observations across repeats, require the total repeat length at least this many bp" />
+                        <param name="min_repeat_entropy" argument="--min-repeat-entropy" type="integer" value="1"
+                               label="To detect interrupted repeats, build across sequence until it has entropy > (bits per bp)" />
+                        <param name="no_partial_observations" argument="--no-partial-observations" type="boolean" truevalue="--no-partial-observations" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Exclude observations which do not fully span the dynamically-determined detection window"
+                               help="By default, FreeBayes uses all observations, dividing partial support across matching haplotypes when generating haplotypes" />
+                    </when>
+                    <when value="do_not_set" />
+                </conditional>
+
+                <!-- indel realignment -->
+                <param name="O" argument="--dont-left-align-indels" type="boolean" truevalue="-O" falsevalue="" checked="false"
+                       label="Turn off left-alignment of indels" />
+
+                <!-- input filters -->
+                <conditional name="input_filters">
+                    <param name="input_filters_selector" type="select" label="Input filters"
+                           help="Sets -4, -m, -q, -R, -Y, -Q, -U, -z, -&#36;, -e, -0, -F, -C, -3, -G, and -&#33; options">
+                        <option value="do_not_set" selected="true">No input filters (default)</option>
+                        <option value="set">Set input filters</option>
+                    </param>
+                    <when value="set">
+                        <param name="use_duplicate_reads" argument="--use-duplicate-reads" type="boolean" truevalue="--use-duplicate-reads" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Include duplicate-marked alignments in the analysis" />
+                        <param name="m" argument="--min-mapping-quality" type="integer" value="1"
+                               label="Exclude alignments from analysis if they have a mapping quality less than" />
+                        <param name="q" argument="--min-base-quality" type="integer" value="0"
+                               label="Exclude alleles from analysis if their supporting base quality less than" />
+                        <param name="R" argument="--min-supporting-allele-qsum" type="integer" value="0"
+                               label="Consider any allele in which the sum of qualities of supporting observations is at least" />
+                        <param name="Y" argument="--min-supporting-mapping-qsum" type="integer" value="0"
+                               label="Consider any allele in which and the sum of mapping qualities of supporting reads is at least" />
+                        <conditional name="mismatch_filters">
+                            <param name="mismatch_filters_selector" type="select" label="Mismatch filters"
+                                   help="Sets -Q, -U, -z, and &#36; options">
+                                <option value="do_not_set" selected="true">No mismatch filters (default)</option>
+                                <option value="set">Set mismatch filters</option>
+                            </param>
+                            <when value="set">
+                                <param name="Q" argument="--mismatch-base-quality-threshold" type="integer" value="10"
+                                       label="Count mismatches toward -U (option below) if the base quality of the mismatch is >=" />
+                                <param name="U" type="integer" argument="--read-mismatch-limit" value="1000" optional="true"
+                                       label="Exclude reads with more than N mismatches where each mismatch has base quality >= mismatch-base-quality-threshold (option above)"
+                                       help="default=~unbounded" />
+                                <param name="z" argument="--read-max-mismatch-fraction" type="float" value="1.0" min="0.0" max="1.0"
+                                       label="Exclude reads with more than N [0,1] fraction of mismatches where each mismatch has base quality >= mismatch-base-quality-threshold (second option above)" />
+                                <param name="read_snp_limit" argument="--read-snp-limit" type="integer" value="1000"
+                                       label="Exclude reads with more than N base mismatches, ignoring gaps with quality >= mismatch-base-quality-threshold (third option above)"
+                                       help="default=~unbounded" />
+                            </when>
+                            <when value="do_not_set" />
+                        </conditional>
+                        <param name="e" argument="--read-indel-limit" type="integer" value="1000"
+                               label="Exclude reads with more than this number of separate gaps"
+                               help="default=~unbounded" />
+                        <param name="standard_filters" argument="--standard-filters" type="boolean" truevalue="-0" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Use stringent input base and mapping quality filters"
+                               help="Equivalent to -m 30 -q 20 -R 0 -S 0" />
+                        <param name="F" argument="--min-alternate-fraction" type="float" value="0.05"
+                               label="Require at least this fraction of observations supporting an alternate allele within a single individual in the in order to evaluate the position" />
+                        <param name="C" argument="--min-alternate-count" type="integer" value="2"
+                               label="Require at least this count of observations supporting an alternate allele within a single individual in order to evaluate the position" />
+                        <param name="min_alternate_qsum" argument="--min-alternate-qsum" type="integer" value="0"
+                               label="Require at least this sum of quality of observations supporting an alternate allele within a single individual in order to evaluate the position" />
+                        <param name="G" argument="--min-alternate-total" type="integer" value="1"
+                               label="Require at least this count of observations supporting an alternate allele within the total population in order to use the allele in analysis" />
+                    </when>
+                    <when value="do_not_set" />
+                </conditional>
+
+                <!-- population and mappability priors -->
+                <conditional name="population_mappability_priors">
+                    <param name="population_mappability_priors_selector" type="select" label="Population and mappability priors"
+                           help="Sets -k, -w, -V, and -a options">
+                        <option value="do_not_set" selected="true">Use defaults</option>
+                        <option value="set">Set population and mappability priors</option>
+                    </param>
+                    <when value="set">
+                        <param name="k" argument="--no-population-priors" type="boolean" truevalue="-k" falsevalue="" checked="false"
+                               label="No population priors"
+                               help="Equivalent to --pooled-discrete --hwe-priors-off and removal of Ewens Sampling Formula component of priors" />
+                        <param name="w" argument="--hwe-priors-off" type="boolean" truevalue="-w" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Disable estimation of the probability of the combination arising under HWE given the allele frequency as estimated by observation frequency" />
+                        <param name="V" argument="--binomial-obs-priors-off" type="boolean" truevalue="-V" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Disable incorporation of prior expectations about observations"
+                               help="Uses read placement probability, strand balance probability, and read position (5&#39;'-3&#39;') probability" />
+                        <param name="a" argument="--allele-balance-priors-off" type="boolean" truevalue="-a" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Disable use of aggregate probability of observation balance between alleles as a component of the priors" />
+                    </when>
+                    <when value="do_not_set" />
+                  </conditional>
+
+                <!-- genotype likelihoods -->
+                <conditional name="genotype_likelihoods">
+                    <param name="genotype_likelihoods_selector" type="select" label="Genotype likelihood options"
+                           help="Sets --base-quality-cap, --experimental-gls, and --prob-contamination options">
+                        <option value="do_not_set" selected="true">Use defaults</option>
+                        <option value="set">Set genotype likelihood options</option>
+                    </param>
+                    <when value="set">
+                        <param name="base_quality_cap" argument="--base-quality-cap" type="integer" value="0"
+                               label="Limit estimated observation quality by capping base quality at" />
+                        <param name="experimental_gls" argument="--experimental-gls" type="boolean" truevalue="--experimental-gls" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Generate genotype likelihoods using 'effective base depth' metric qual = 1-BaseQual * 1-MapQual"
+                               help="Incorporate partial observations. This is the default when contamination estimates are provided. Optimized for diploid samples" />
+                        <param name="prob_contamination" argument="--prob-contamination" type="float" value="10e-9"
+                               label="An estimate of contamination to use for all samples" />
+                    </when>
+                    <when value="do_not_set" />
+                </conditional>
+
+                <!-- algorithmic features -->
+                <conditional name="algorithmic_features">
+                    <param name="algorithmic_features_selector" type="select" label="Algorithmic features"
+                           help="Sets --report-genotypes-likelihood-max, -B, --genotyping-max-banddepth, -W, -N, S, -j, -H, -D, -= options">
+                        <option value="do_not_set" selected="true">Use defaults</option>
+                        <option value="set">Set algorithmic features</option>
+                    </param>
+                    <when value="set">
+                        <param name="report_genotype_likelihood_max" argument="--report-genotype-likelihood-max" type="boolean" truevalue="--report-genotype-likelihood-max" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Report genotypes using the maximum-likelihood estimate provided from genotype likelihoods" />
+                        <param name="B" argument="--genotyping-max-iterations" type="integer" value="1000"
+                               label="Iterate no more than N times during genotyping step" />
+                        <param name="genotyping_max_banddepth" argument="--genotyping-max-banddepth" type="integer" value="6"
+                               label="Integrate no deeper than the Nth best genotype by likelihood when genotyping" />
+                        <param name="W" argument="--posterior-integration-limits" type="text" value="1,3"
+                               label="Integrate all genotype combinations in our posterior space which include no more than N (1) samples with their Mth (3) best data likelihood" />
+                        <param name="N" argument="--exclude-unobserved-genotypes" type="boolean" truevalue="--exclude-unobserved-genotypes" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Skip sample genotypings for which the sample has no supporting reads" />
+                        <param name="genotype_variant_threshold" argument="--genotype-variant-threshold" type="integer" value="" optional="true"
+                               label="Limit posterior integration to samples where the second-best genotype likelihood is no more than log(N) from the highest genotype likelihood for the sample"
+                               help="default=~unbounded" />
+                        <param name="j" argument="--use-mapping-quality" type="boolean" truevalue="-j" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Use mapping quality of alleles when calculating data likelihoods" />
+                        <param name="H" argument="--harmonic-indel-quality" type="boolean" truevalue="-H" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Use a weighted sum of base qualities around an indel, scaled by the distance from the indel"
+                               help="By default, FreeBayes uses a minimum Base Quality in flanking sequence" />
+                        <param name="D" argument="--read-dependence-factor" type="float" value="0.9"
+                               label="Incorporate non-independence of reads by scaling successive observations by this factor during data likelihood calculations" />
+                        <param name="genotype_qualities" argument="--genotype-qualities" type="boolean" truevalue="--genotype-qualities" falsevalue="" checked="false"
+                               label="Calculate the marginal probability of genotypes and report as GQ in each sample field in the VCF output" />
+                    </when>
+                    <when value="do_not_set" />
+                </conditional>
+            </when>
+            <when value="simple" />
+            <when value="simple_w_filters" />
+            <when value="naive" />
+            <when value="naive_w_filters" />
+        </conditional>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data format="vcf" name="output_vcf" label="${tool.name} on ${on_string} (variants)" />
+        <data format="bed" name="output_failed_alleles_bed" label="${tool.name} on ${on_string} (failed alleles)">
+            <filter>( options_type['options_type_selector'] == 'cline' or options_type['options_type_selector'] == 'full' ) and options_type['optional_inputs']['optional_inputs_selector'] == 'set' and options_type['optional_inputs']['output_failed_alleles_option'] is True</filter>
+        </data>
+        <data format="txt" name="output_trace" label="${tool.name} on ${on_string} (trace)">
+            <filter>( options_type['options_type_selector'] == 'cline' or options_type['options_type_selector'] == 'full' ) and options_type['optional_inputs']['optional_inputs_selector'] == 'set' and options_type['optional_inputs']['output_trace_option'] is True</filter>
+        </data>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="reference_source_selector" value="history" />
+            <param name="processmode" value="individual" />
+            <param name="ref_file" ftype="fasta" value="freebayes-phix174.fasta"/>
+            <param name="input_bams" ftype="bam" value="freebayes-phix174.bam"/>
+            <param name="options_type_selector" value="simple"/>
+            <output name="output_vcf" file="freebayes-phix174-test1.vcf" lines_diff="4" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="reference_source_selector" value="history" />
+            <param name="processmode" value="individual" />
+            <param name="ref_file" ftype="fasta" value="freebayes-phix174.fasta"/>
+            <param name="input_bams" ftype="bam" value="freebayes-phix174.bam"/>
+            <param name="options_type_selector" value="naive_w_filters"/>
+            <param name="min_coverage" value="14"/>
+            <output name="output_vcf" file="freebayes-phix174-test2.vcf" lines_diff="4" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="reference_source_selector" value="history" />
+            <param name="processmode" value="individual" />
+            <param name="ref_file" ftype="fasta" value="freebayes-phix174.fasta"/>
+            <param name="input_bams" ftype="bam" value="freebayes-phix174.bam"/>
+            <param name="options_type_selector" value="naive_w_filters"/>
+            <param name="min_coverage" value="14"/>
+            <output name="output_vcf" file="freebayes-phix174-test3.vcf" lines_diff="4" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="reference_source_selector" value="history" />
+            <param name="processmode" value="individual" />
+            <param name="ref_file" ftype="fasta" value="freebayes-phix174.fasta"/>
+            <param name="input_bams" ftype="bam" value="freebayes-phix174.bam"/>
+            <param name="options_type_selector" value="full"/>
+            <param name="population_model_selector" value="set"/>
+            <param name="P" value="1"/>
+            <output name="output_vcf" file="freebayes-phix174-test4.vcf" lines_diff="4" />
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+**What it does**
+
+FreeBayes is a Bayesian genetic variant detector designed to find small polymorphisms, specifically SNPs (single-nucleotide polymorphisms), indels (insertions and deletions), MNPs (multi-nucleotide polymorphisms), and complex events (composite insertion and substitution events) smaller than the length of a short-read sequencing alignment.
+
+See https://github.com/ekg/freebayes for details on FreeBayes.
+
+------
+
+**Description**
+
+Provided some BAM dataset(s) and a reference sequence, FreeBayes will produce a VCF dataset describing SNPs, indels, and complex variants in samples in the input alignments.
+
+By default, FreeBayes will consider variants supported by at least 2 observations in a single sample (-C) and also by at least 20% of the reads from a single sample (-F).  These settings are suitable to low to high depth sequencing in haploid and diploid samples, but users working with polyploid or pooled samples may wish to adjust them depending on the characteristics of their sequencing data.
+
+FreeBayes is capable of calling variant haplotypes shorter than a read length where multiple polymorphisms segregate on the same read.  The maximum distance between polymorphisms phased in this way is determined by the --max-complex-gap, which defaults to 3bp.  In practice, this can comfortably be set to half the read length.
+
+Ploidy may be set to any level (-p), but by default all samples are assumed to be diploid.  FreeBayes can model per-sample and per-region variation in copy-number (-A) using a copy-number variation map.
+
+FreeBayes can act as a frequency-based pooled caller and describe variants and haplotypes in terms of observation frequency rather than called genotypes. To do so, use --pooled-continuous and set input filters to a suitable level. Allele observation counts will be described by AO and RO fields in the VCF output.
+
+-------
+
+**Galaxy-specific options**
+
+Galaxy allows five levels of control over FreeBayes options, provided by the **Choose parameter selection level** menu option. These are:
+
+ 1. *Simple diploid calling*: The simplest possible FreeBayes application. Equivalent to using FreeBayes with only a BAM input and no other parameter options.
+ 2. *Simple diploid calling with filtering and coverage*: Same as #1 plus two additional options: -0 (standard filters: --min-mapping-quality 30 --min-base-quality 20 --min-supporting-allele-qsum 0 --genotype-variant-threshold 0) and --min-coverage.
+ 3. *Frequency-based pooled calling*: This is equivalent to using FreeBayes with the following options: --haplotype-length 0 --min-alternate-count 1 --min-alternate-fraction 0 --pooled-continuous --report-monomorphic. This is the best choice for calling variants in mixtures such as viral, bacterial, or organellar genomes.
+ 4. *Frequency-based pooled calling with filtering and coverage*: Same as #3 but adds -0 and --min-coverage like in #2.
+ 5. *Complete list of all options*: Gives you full control by exposing all FreeBayes options as Galaxy parameters.
+
+------
+
+**Command-line parameters**
+
+**Input**::
+
+    --bam FILE                          The file or set of BAM files to be analyzed.
+    --bam-list FILE                     A file containing a list of BAM files to be analyzed.
+
+    --stdin                             Read BAM input on stdin.
+    --fasta-reference FILE              Use FILE as the reference sequence for analysis.
+                                        An index file (FILE.fai) will be created if none exists.
+                                        If neither --targets nor --region are specified, FreeBayes
+                                        will analyze every position in this reference.
+    --targets FILE                      Limit analysis to targets listed in the BED-format FILE.
+    --region <chrom>:<start>-<end>      Limit analysis to the specified region, 0-base coordinates,
+                                        end_position not included (same as BED format).
+                                        Either '-' or '..' maybe used as a separator.
+    --samples FILE                      Limit analysis to samples listed (one per line) in the FILE.
+                                        By default FreeBayes will analyze all samples in its input
+                                        BAM files.
+    --populations FILE                  Each line of FILE should list a sample and a population which
+                                        it is part of.  The population-based bayesian inference model
+                                        will then be partitioned on the basis of the populations.
+    --cnv-map FILE                      Read a copy number map from the BED file FILE, which has
+                                        either a sample-level ploidy:
+                                        sample_name copy_number
+                                        or a region-specific format:
+                                        seq_name start end sample_name copy_number
+                                        ... for each region in each sample which does not have the
+                                        default copy number as set by --ploidy. These fields can be delimited
+                                        by space or tab.
+
+**Output**::
+
+    --vcf FILE                          Output VCF-format results to FILE. (default: stdout)
+    --gvcf                              Write gVCF output, which indicates coverage in uncalled regions.
+    --gvcf-chunk NUM                    When writing gVCF output emit a record for every NUM bases.
+    --gvcf-dont-use-chunk               When writing the gVCF output emit a record for all bases if
+                                        set to "true" , will also route an int to --gvcf-chunk
+                                        similar to --output-mode EMIT_ALL_SITES from GATK
+    --variant-input VCF                 Use variants reported in VCF file as input to the algorithm.
+                                        Variants in this file will included in the output even if
+                                        there is not enough support in the data to pass input filters.
+    --only-use-input-alleles            Only provide variant calls and genotype likelihoods for sites
+                                        and alleles which are provided in the VCF input, and provide
+                                        output in the VCF for all input alleles, not just those which
+                                        have support in the data.
+    --haplotype-basis-alleles VCF       When specified, only variant alleles provided in this input
+                                        VCF will be used for the construction of complex or haplotype
+                                        alleles.
+    --report-all-haplotype-alleles      At sites where genotypes are made over haplotype alleles,
+                                        provide information about all alleles in output, not only
+                                        those which are called.
+    --report-monomorphic                Report even loci which appear to be monomorphic, and report all
+                                        considered alleles, even those which are not in called genotypes.
+                                        Loci which do not have any potential alternates have '.' for ALT.
+    --pvar N                            Report sites if the probability that there is a polymorphism
+                                        at the site is greater than N.  default: 0.0.  Note that post-
+                                        filtering is generally recommended over the use of this parameter.
+    --strict-vcf                        Generate strict VCF format (FORMAT/GQ will be an int)
+
+**Population model**::
+
+    --theta N                           The expected mutation rate or pairwise nucleotide diversity
+                                        among the population under analysis.  This serves as the
+                                        single parameter to the Ewens Sampling Formula prior model
+                                        default: 0.001
+    --ploidy N                          Sets the default ploidy for the analysis to N.  default: 2
+    --pooled-discrete                   Assume that samples result from pooled sequencing.
+                                        Model pooled samples using discrete genotypes across pools.
+                                        When using this flag, set --ploidy to the number of
+                                        alleles in each sample or use the --cnv-map to define
+                                        per-sample ploidy.
+    --pooled-continuous                 Output all alleles which pass input filters, regardles of
+                                        genotyping outcome or model.
+
+**Reference allele**::
+
+    --use-reference-allele              This flag includes the reference allele in the analysis as
+                                        if it is another sample from the same population.
+    --reference-quality MQ,BQ           Assign mapping quality of MQ to the reference allele at each
+                                        site and base quality of BQ.  default: 100,60
+
+**Allele scope**::
+
+    --use-best-n-alleles N              Evaluate only the best N SNP alleles, ranked by sum of
+                                        supporting quality scores.  (Set to 0 to use all; default: all)
+    --max-complex-gap
+    --haplotype-length N                Allow haplotype calls with contiguous embedded matches of up
+                                        to this length. Set N=-1 to disable clumping. (default: 3)
+    --min-repeat-size                   When assembling observations across repeats, require the total repeat
+                                        length at least this many bp.  (default: 5)
+    --min-repeat-entropy N              To detect interrupted repeats, build across sequence until it has
+                                        entropy > N bits per bp. Set to 0 to turn off. (default: 1)
+    --no-partial-observations           Exclude observations which do not fully span the dynamically-determined
+                                        detection window.  (default, use all observations, dividing partial
+                                        support across matching haplotypes when generating haplotypes.)
+
+**Indel realignment**::
+
+    --dont-left-align-indels            Turn off left-alignment of indels, which is enabled by default.
+
+**Input filters**::
+
+    --use-duplicate-reads               Include duplicate-marked alignments in the analysis.
+                                        default: exclude duplicates marked as such in alignments
+    --min-mapping-quality Q             Exclude alignments from analysis if they have a mapping
+                                        quality less than Q.  default: 1
+    --min-base-quality Q                Exclude alleles from analysis if their supporting base
+                                        quality is less than Q.  default: 0
+    --min-supporting-allele-qsum Q      Consider any allele in which the sum of qualities of supporting
+                                        observations is at least Q.  default: 0
+    --min-supporting-mapping-qsum Q     Consider any allele in which and the sum of mapping qualities of
+                                        supporting reads is at least Q.  default: 0
+    --mismatch-base-quality-threshold Q Count mismatches toward --read-mismatch-limit if the base
+                                        quality of the mismatch is >= Q.  default: 10
+    --read-mismatch-limit N             Exclude reads with more than N mismatches where each mismatch
+                                        has base quality >= mismatch-base-quality-threshold.
+                                        default: ~unbounded
+    --read-max-mismatch-fraction N      Exclude reads with more than N [0,1] fraction of mismatches where
+                                        each mismatch has base quality >= mismatch-base-quality-threshold
+                                        default: 1.0
+    --read-snp-limit N                  Exclude reads with more than N base mismatches, ignoring gaps
+                                        with quality >= mismatch-base-quality-threshold.
+                                        default: ~unbounded
+    --read-indel-limit N                Exclude reads with more than N separate gaps.
+                                        default: ~unbounded
+    --standard-filters                  Use stringent input base and mapping quality filters
+                                        Equivalent to -m 30 -q 20 -R 0 -S 0
+    --min-alternate-fraction N          Require at least this fraction of observations supporting
+                                        an alternate allele within a single individual in the
+                                        in order to evaluate the position.  default: 0.05
+    --min-alternate-count N             Require at least this count of observations supporting
+                                        an alternate allele within a single individual in order
+                                        to evaluate the position.  default: 2
+    --min-alternate-qsum N              Require at least this sum of quality of observations supporting
+                                        an alternate allele within a single individual in order
+                                        to evaluate the position.  default: 0
+    --min-alternate-total N             Require at least this count of observations supporting
+                                        an alternate allele within the total population in order
+                                        to use the allele in analysis.  default: 1
+    --min-coverage N                    Require at least this coverage to process a site. default: 0
+    --limit-coverage N                  Downsample per-sample coverage to this level if greater than this coverage.
+                                        default: no limit
+    --skip-coverage N                   Skip processing of alignments overlapping positions with coverage >N.
+                                        This filters sites above this coverage, but will also reduce data nearby.
+                                        default: no limit
+
+**Population priors**::
+
+    --no-population-priors              Equivalent to --pooled-discrete --hwe-priors-off and removal of
+                                        Ewens Sampling Formula component of priors.
+
+**Mappability priors**::
+
+    --hwe-priors-off                    Disable estimation of the probability of the combination
+                                        arising under HWE given the allele frequency as estimated
+                                        by observation frequency.
+    --binomial-obs-priors-off           Disable incorporation of prior expectations about observations.
+                                        Uses read placement probability, strand balance probability,
+                                        and read position (5'-3') probability.
+    --allele-balance-priors-off         Disable use of aggregate probability of observation balance between alleles
+                                        as a component of the priors.
+
+**Genotype likelihoods**::
+
+    --observation-bias FILE             Read length-dependent allele observation biases from FILE.
+                                        The format is [length] [alignment efficiency relative to reference]
+                                        where the efficiency is 1 if there is no relative observation bias.
+    --base-quality-cap Q                Limit estimated observation quality by capping base quality at Q.
+    --prob-contamination F              An estimate of contamination to use for all samples.  default: 10e-9
+    --legacy-gls                        Use legacy (polybayes equivalent) genotype likelihood calculations
+    --contamination-estimates FILE      A file containing per-sample estimates of contamination, such as
+                                        those generated by VerifyBamID.  The format should be:
+                                        sample p(read=R|genotype=AR) p(read=A|genotype=AA)
+                                        Sample '*' can be used to set default contamination estimates.
+
+**Algorithmic features**::
+
+    --report-genotype-likelihood-max    Report genotypes using the maximum-likelihood estimate provided
+                                        from genotype likelihoods.
+    --genotyping-max-iterations N       Iterate no more than N times during genotyping step. default: 1000.
+    --genotyping-max-banddepth N        Integrate no deeper than the Nth best genotype by likelihood when
+                                        genotyping. default: 6.
+    --posterior-integration-limits N,M  Integrate all genotype combinations in our posterior space
+                                        which include no more than N samples with their Mth best
+                                        data likelihood. default: 1,3.
+    --exclude-unobserved-genotypes      Skip sample genotypings for which the sample has no supporting reads.
+    --genotype-variant-threshold N      Limit posterior integration to samples where the second-best
+                                        genotype likelihood is no more than log(N) from the highest
+                                        genotype likelihood for the sample.  default: ~unbounded
+    --use-mapping-quality               Use mapping quality of alleles when calculating data likelihoods.
+    --harmonic-indel-quality            Use a weighted sum of base qualities around an indel, scaled by the
+                                        distance from the indel.  By default use a minimum BQ in flanking sequence.
+    --read-dependence-factor N          Incorporate non-independence of reads by scaling successive
+                                        observations by this factor during data likelihood
+                                        calculations.  default: 0.9
+    --genotype-qualities                Calculate the marginal probability of genotypes and report as GQ in
+                                        each sample field in the VCF output.
+
+------
+
+**Acknowledgments**
+
+The initial version of the wrapper was produced by Dan Blankenberg and upgraded by Anton Nekrutenko.
+TNG was developed by Bjoern Gruening.
+]]>
+    </help>
+    <expand macro="citations">
+        <citation type="bibtex">
+            @article{Tange2011a,
+                title = {GNU Parallel - The Command-Line Power Tool},
+                author = {O. Tange},
+                address = {Frederiksberg, Denmark},
+                journal = {;login: The USENIX Magazine},
+                month = {Feb},
+                number = {1},
+                volume = {36},
+                url = {http://www.gnu.org/s/parallel},
+                year = {2011},
+                pages = {42-47}
+            }
+        </citation>
+    </expand>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/leftalign.xml	Wed Oct 02 09:26:15 2019 -0400
@@ -0,0 +1,70 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool id="bamleftalign" name="BamLeftAlign" version="@DEPENDENCY_VERSION@">
+    <description> indels in BAM datasets</description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="requirements" />
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        ##set up input files
+        #set $reference_fasta_filename = "localref.fa"
+        #if str( $reference_source.reference_source_selector ) == "history":
+            ln -s '${reference_source.ref_file}' '${reference_fasta_filename}' &&
+            samtools faidx "${reference_fasta_filename}" 2>&1 || echo "Error running samtools faidx for leftalign" >&2 &&
+        #else:
+            #set $reference_fasta_filename = str( $reference_source.ref_file.fields.path )
+        #end if
+
+        ##start leftalign commandline
+        cat '${input_bam}' |
+        bamleftalign
+            --fasta-reference '${reference_fasta_filename}'
+            -c
+            --max-iterations "${iterations}"
+            > '${output_bam}'
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <conditional name="reference_source">
+            <param name="reference_source_selector" type="select" label="Choose the source for the reference genome">
+                <option value="cached">Locally cached</option>
+                <option value="history">History</option>
+            </param>
+            <when value="cached">
+                <param name="input_bam" type="data" format="bam" label="Select alignment file in BAM format">
+                    <validator type="unspecified_build" />
+                    <validator type="dataset_metadata_in_data_table" table_name="fasta_indexes" metadata_name="dbkey"
+                               metadata_column="1" message="Sequences are not currently available for the specified build." />
+                </param>
+                <param name="ref_file" type="select" label="Using reference genome" argument="--fasta-reference">
+                    <options from_data_table="fasta_indexes"></options>
+                    <validator type="no_options" message="A built-in reference genome is not available for the build associated with the selected input file"/>
+                </param>
+            </when>
+            <when value="history">
+                <param name="input_bam" type="data" format="bam" label="BAM dataset to re-align" />
+                <param name="ref_file" type="data" format="fasta" label="Using reference file" argument="--fasta-reference" />
+            </when>
+        </conditional>
+        <param name="iterations" type="integer" value="5" label="Maximum number of iterations"
+               help="Iterate the left-realignment no more than this many times" argument="--max-iterations" />
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data format="bam" name="output_bam" label="${tool.name} on ${on_string} (alignments)" />
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="reference_source_selector" value="history" />
+            <param name="ref_file" ftype="fasta" value="leftalign.fa"/>
+            <param name="input_bam" ftype="bam" value="left-align-input.bam"/>
+            <param name="iterations" value="5"/>
+            <output name="output_bam" file="left-align-output.bam" />
+        </test>
+    </tests>
+    <help>
+
+When calling indels, it is important to homogenize the positional distribution of insertions and deletions in the input by using left realignment. Left realignment will place all indels in homopolymer and microsatellite repeats at the same position, provided that doing so does not introduce mismatches between the read and reference other than the indel. This method is computationally inexpensive and handles the most common classes of alignment inconsistency.
+
+This is leftalign utility from FreeBayes package.
+    </help>
+    <expand macro="citations" />
+</tool>
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+                @misc{1207.3907,
+                    Author = {Erik Garrison},
+                    Title = {Haplotype-based variant detection from short-read sequencing},
+                    Year = {2012},
+                    Eprint = {arXiv:1207.3907},
+                    url = {http://arxiv.org/abs/1207.3907}
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+            <param name="processmode" type="select" label="Run in batch mode?" help="Selecting individual mode will generate one VCF dataset for each input BAM dataset. Selecting the merge option will produce one VCF dataset for all input BAM datasets" display="radio">
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+        <param name="min_coverage" argument="--min-coverage" type="integer" value="0" label="Require at least this coverage to process a site" />
+        <param name="limit_coverage" argument="--limit-coverage" type="integer" value="0" label="Downsample per-sample coverage to this level if greater than this coverage" />
+        <param name="skip_coverage" argument="--skip-coverage" type="integer" value="0" label="Skip processing of alignments overlapping positions with coverage greater than this" />
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+##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus">
+##INFO=<ID=DPB,Number=1,Type=Float,Description="Total read depth per bp at the locus; bases in reads overlapping / bases in haplotype">
+##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes">
+##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
+##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]">
+##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Count of full observations of the reference haplotype.">
+##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Count of full observations of this alternate haplotype.">
+##INFO=<ID=PRO,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally">
+##INFO=<ID=PAO,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally">
+##INFO=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele quality sum in phred">
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+##INFO=<ID=PQR,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele quality sum in phred for partial observations">
+##INFO=<ID=PQA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele quality sum in phred for partial observations">
+##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
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+##INFO=<ID=SAF,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the forward strand">
+##INFO=<ID=SAR,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the reverse strand">
+##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=SAP,Number=A,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=AB,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
+##INFO=<ID=ABP,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome">
+##INFO=<ID=RPP,Number=A,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RPPR,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RPL,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Left: number of reads supporting the alternate balanced to the left (5') of the alternate allele">
+##INFO=<ID=RPR,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Right: number of reads supporting the alternate balanced to the right (3') of the alternate allele">
+##INFO=<ID=EPP,Number=A,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=EPPR,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=DPRA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele depth ratio.  Ratio between depth in samples with each called alternate allele and those without.">
+##INFO=<ID=ODDS,Number=1,Type=Float,Description="The log odds ratio of the best genotype combination to the second-best.">
+##INFO=<ID=GTI,Number=1,Type=Integer,Description="Number of genotyping iterations required to reach convergence or bailout.">
+##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex.">
+##INFO=<ID=CIGAR,Number=A,Type=String,Description="The extended CIGAR representation of each alternate allele, with the exception that '=' is replaced by 'M' to ease VCF parsing.  Note that INDEL alleles do not have the first matched base (which is provided by default, per the spec) referred to by the CIGAR.">
+##INFO=<ID=NUMALT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of unique non-reference alleles in called genotypes at this position.">
+##INFO=<ID=MEANALT,Number=A,Type=Float,Description="Mean number of unique non-reference allele observations per sample with the corresponding alternate alleles.">
+##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length">
+##INFO=<ID=MQM,Number=A,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles">
+##INFO=<ID=MQMR,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed reference alleles">
+##INFO=<ID=PAIRED,Number=A,Type=Float,Description="Proportion of observed alternate alleles which are supported by properly paired read fragments">
+##INFO=<ID=PAIREDR,Number=1,Type=Float,Description="Proportion of observed reference alleles which are supported by properly paired read fragments">
+##INFO=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block.">
+##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Last position (inclusive) in gVCF output record.">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype">
+##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
+##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Number of observation for each allele">
+##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count">
+##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations">
+##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count">
+##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations">
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+##INFO=<ID=ABP,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome">
+##INFO=<ID=RPP,Number=A,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RPPR,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RPL,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Left: number of reads supporting the alternate balanced to the left (5') of the alternate allele">
+##INFO=<ID=RPR,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Right: number of reads supporting the alternate balanced to the right (3') of the alternate allele">
+##INFO=<ID=EPP,Number=A,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=EPPR,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=DPRA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele depth ratio.  Ratio between depth in samples with each called alternate allele and those without.">
+##INFO=<ID=ODDS,Number=1,Type=Float,Description="The log odds ratio of the best genotype combination to the second-best.">
+##INFO=<ID=GTI,Number=1,Type=Integer,Description="Number of genotyping iterations required to reach convergence or bailout.">
+##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex.">
+##INFO=<ID=CIGAR,Number=A,Type=String,Description="The extended CIGAR representation of each alternate allele, with the exception that '=' is replaced by 'M' to ease VCF parsing.  Note that INDEL alleles do not have the first matched base (which is provided by default, per the spec) referred to by the CIGAR.">
+##INFO=<ID=NUMALT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of unique non-reference alleles in called genotypes at this position.">
+##INFO=<ID=MEANALT,Number=A,Type=Float,Description="Mean number of unique non-reference allele observations per sample with the corresponding alternate alleles.">
+##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length">
+##INFO=<ID=MQM,Number=A,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles">
+##INFO=<ID=MQMR,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed reference alleles">
+##INFO=<ID=PAIRED,Number=A,Type=Float,Description="Proportion of observed alternate alleles which are supported by properly paired read fragments">
+##INFO=<ID=PAIREDR,Number=1,Type=Float,Description="Proportion of observed reference alleles which are supported by properly paired read fragments">
+##INFO=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block.">
+##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Last position (inclusive) in gVCF output record.">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype">
+##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
+##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Number of observation for each allele">
+##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count">
+##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations">
+##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count">
+##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations">
+##FORMAT=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block.">
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	unknown
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+phiX174	57	.	C	.	0	.	DP=2;DPB=2;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=142;RO=2;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:2:2:2:142:.:.:0
+phiX174	58	.	G	.	0	.	DP=2;DPB=2;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=110;RO=2;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:2:2:2:110:.:.:0
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+phiX174	731	.	G	.	1.75185e-15	.	DP=10;DPB=10;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=661;RO=10;RPPR=3.87889	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:10:10:10:661:.:.:0
+phiX174	732	.	G	T	1.94528e-05	.	AB=0.0833333;ABP=21.1059;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.3161;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=769;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.78696;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=12.6832;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:12:11,1:11:769:1:71:-0.0874674,0,-33.3849
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+phiX174	734	.	T	.	0	.	DP=13;DPB=13;EPPR=3.17734;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=780;RO=13;RPPR=7.18621	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:13:13:13:780:.:.:0
+phiX174	735	.	A	C	5.89438e-07	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.8126;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=780;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=10;SRP=14.5915;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:13:12,1:12:780:1:28:0,-1.16481,-36.933
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+phiX174	737	.	A	.	8.5909e-16	.	DP=12;DPB=12;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=772;RO=12;RPPR=9.52472	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:12:12:12:772:.:.:0
+phiX174	738	.	G	.	1.30547e-15	.	DP=11;DPB=11;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=743;RO=11;RPPR=7.94546	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:743:.:.:0
+phiX174	739	.	C	.	1.30547e-15	.	DP=11;DPB=11;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=718;RO=11;RPPR=7.94546	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:718:.:.:0
+phiX174	740	.	C	G	6.48803e-06	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.4141;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=682;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=10.8276;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=8;SRP=10.8276;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:10,1:10:682:1:27:0,-0.652644,-30.9214
+phiX174	741	.	G	.	1.30547e-15	.	DP=11;DPB=11;EPPR=4.78696;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=728;RO=11;RPPR=3.20771	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:728:.:.:0
+phiX174	742	.	C	.	1.74996e-15	.	DP=10;DPB=10;EPPR=3.87889;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=710;RO=10;RPPR=3.87889	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:10:10:10:710:.:.:0
+phiX174	743	.	T	.	1.74784e-15	.	DP=10;DPB=10;EPPR=6.48466;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=651;RO=10;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:10:10:10:651:.:.:0
+phiX174	744	.	G	.	1.74784e-15	.	DP=10;DPB=10;EPPR=6.48466;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=635;RO=10;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:10:10:10:635:.:.:0
+phiX174	745	.	A	.	1.74784e-15	.	DP=10;DPB=10;EPPR=6.48466;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=537;RO=10;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:10:10:10:537:.:.:0
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+phiX174	1054	.	T	G	0.0181401	.	AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.47609;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=260;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:5:4,1:4:260:1:29:-1.33103,0,-12.1793
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+phiX174	1059	.	T	G	0.0148321	.	AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.67781;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:5:4,1:4:284:1:28:-1.24343,0,-12.1842
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+phiX174	1061	.	C	.	1.17009e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=327;RO=5;RPPR=3.44459	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:327:.:.:0
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+phiX174	1101	.	C	.	2.64107e-15	.	DP=8;DPB=8;EPPR=7.35324;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=552;RO=8;RPPR=12.7819	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:8:8:8:552:.:.:0
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+phiX174	1149	.	T	C	4.04114e-07	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.17734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.1901;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=830;RO=13;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.18621;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=4.51363;SRR=8;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:14:13,1:13:830:1:33:0,-1.0599,-39.8344
+phiX174	1150	.	C	.	4.18362e-16	.	DP=13;DPB=13;EPPR=4.51363;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=839;RO=13;RPPR=7.18621	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:13:13:13:839:.:.:0
+phiX174	1151	.	C	T	3.45599e-08	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.59409;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.6491;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=946;RO=14;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=12.937;SRR=11;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:15:14,1:14:946:1:27:0,-1.85676,-43.833
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+phiX174	1153	.	T	.	3.38668e-15	.	DP=15;DPB=15;EPPR=4.31318;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=880;RO=15;RPPR=4.31318	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:15:15:15:880:.:.:0
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+phiX174	1155	.	T	.	8.5909e-16	.	DP=12;DPB=12;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=779;RO=12;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:12:12:12:779:.:.:0
+phiX174	1156	.	T	.	0	.	DP=11;DPB=11;EPPR=4.78696;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=732;RO=11;RPPR=3.20771	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:732:.:.:0
+phiX174	1157	.	T	.	0	.	DP=11;DPB=11;EPPR=4.78696;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=746;RO=11;RPPR=3.20771	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:746:.:.:0
+phiX174	1158	.	C	.	0	.	DP=11;DPB=11;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=781;RO=11;RPPR=3.20771	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:781:.:.:0
+phiX174	1159	.	T	.	0	.	DP=11;DPB=11;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=699;RO=11;RPPR=3.20771	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:699:.:.:0
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+phiX174	1161	.	C	.	0	.	DP=11;DPB=11;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=758;RO=11;RPPR=4.78696	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:758:.:.:0
+phiX174	1162	.	A	.	0	.	DP=11;DPB=11;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=690;RO=11;RPPR=4.78696	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:690:.:.:0
+phiX174	1163	.	T	.	0	.	DP=11;DPB=11;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=643;RO=11;RPPR=4.78696	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:643:.:.:0
+phiX174	1164	.	T	G	9.73125e-06	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.0087;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=682;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.78696;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=19.0002;SRR=10;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:12:11,1:11:682:1:37:0,-0.213346,-33.1126
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+phiX174	1166	.	C	.	0	.	DP=11;DPB=11;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=781;RO=11;RPPR=3.20771	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:781:.:.:0
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+phiX174	1244	.	T	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=273;RO=4;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:273:.:.:0
+phiX174	1245	.	G	T	0.651492	.	AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.91837;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=99;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:3:2,1:2:99:1:37:-2.49592,0,-5.2229
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+phiX174	1388	.	A	.	0	.	DP=7;DPB=7;EPPR=5.80219;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=497;RO=7;RPPR=3.32051	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:7:7:7:497:.:.:0
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+phiX174	1496	.	C	G	0.00193347	.	AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.71677;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=425;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:7:6,1:6:425:1:30:-0.813853,0,-18.2418
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+phiX174	1501	.	A	T	0.00445495	.	AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.88178;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=272;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:6:5,1:5:272:1:28:-0.9424,0,-14.2621
+phiX174	1502	.	A	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=384;RO=6;RPPR=4.45795	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:384:.:.:0
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+phiX174	1511	.	A	.	1.45238e-15	.	DP=2;DPB=2;EPPR=7.35324;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=142;RO=2;RPPR=7.35324	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:2:2:2:142:.:.:0
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+phiX174	1913	.	G	C	0.0734217	.	AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.07162;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=247;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:5:4,1:4:247:1:38:-1.94099,0,-11.7437
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+phiX174	1916	.	A	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=322;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:322:.:.:0
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+phiX174	1919	.	G	T	0.0376705	.	AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.74309;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=284;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:5:4,1:4:284:1:33:-1.64937,0,-12.1842
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+phiX174	1922	.	G	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=355;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:355:.:.:0
+phiX174	1923	.	C	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=285;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:285:.:.:0
+phiX174	1924	.	T	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=322;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:322:.:.:0
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+phiX174	1941	.	T	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=320;RO=6;RPPR=4.45795	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:320:.:.:0
+phiX174	1942	.	T	G	0.0132875	.	AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.78795;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=308;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:6:5,1:5:308:1:34:-1.41744,0,-14.9758
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+phiX174	1944	.	C	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=6.91895;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=342;RO=5;RPPR=3.44459	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:342:.:.:0
+phiX174	1945	.	T	G	0.0265938	.	AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.09257;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=263;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:5:4,1:4:263:1:31:-1.4976,0,-12.1647
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+phiX174	1953	.	C	.	0	.	DP=2;DPB=2;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=142;RO=2;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:2:2:2:142:.:.:0
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+phiX174	1955	.	G	.	0	.	DP=2;DPB=2;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=142;RO=2;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:2:2:2:142:.:.:0
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+phiX174	2117	.	C	.	0	.	DP=7;DPB=7;EPPR=10.7656;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=443;RO=7;RPPR=3.32051	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:7:7:7:443:.:.:0
+phiX174	2118	.	A	C	0.010555	.	AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.80089;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.01849;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47;QR=426;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:7:6,1:6:426:1:47:-1.55141,0,-18.2418
+phiX174	2119	.	G	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=8.80089;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=426;RO=6;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:426:.:.:0
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+phiX174	2233	.	G	T	0.0088231	.	AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.19792;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=398;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:7:6,1:6:398:1:42:-1.47348,0,-18.1528
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+phiX174	2260	.	T	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=315;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:315:.:.:0
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+phiX174	2262	.	G	.	1.00788e-15	.	DP=3;DPB=3;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=180;RO=3;RPPR=9.52472	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:3:3:3:180:.:.:0
+phiX174	2263	.	C	T	0.0311779	.	AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.93302;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26;QR=180;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:4:3,1:3:180:1:26:-1.36276,0,-9.12363
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+phiX174	4968	.	G	C	0.000127813	.	AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.4335;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=535;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=12.7819;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:9:8,1:8:535:1:29:-0.126913,0,-24.068
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+phiX174	5052	.	G	.	1.74996e-15	.	DP=10;DPB=10;EPPR=3.87889;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=657;RO=10;RPPR=3.87889	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:10:10:10:657:.:.:0
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+phiX174	5064	.	G	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=13.8677;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=312;RO=5;RPPR=3.44459	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:312:.:.:0
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+phiX174	5067	.	G	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=11.6962;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=271;RO=4;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:271:.:.:0
+phiX174	5068	.	C	T	0.0384841	.	AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.72164;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=210;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:4:3,1:3:210:1:27:-1.45457,0,-9.15524
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+##INFO=<ID=DPB,Number=1,Type=Float,Description="Total read depth per bp at the locus; bases in reads overlapping / bases in haplotype">
+##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes">
+##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
+##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]">
+##INFO=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Count of full observations of the reference haplotype.">
+##INFO=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Count of full observations of this alternate haplotype.">
+##INFO=<ID=PRO,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele observation count, with partial observations recorded fractionally">
+##INFO=<ID=PAO,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele observations, with partial observations recorded fractionally">
+##INFO=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele quality sum in phred">
+##INFO=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele quality sum in phred">
+##INFO=<ID=PQR,Number=1,Type=Float,Description="Reference allele quality sum in phred for partial observations">
+##INFO=<ID=PQA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele quality sum in phred for partial observations">
+##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
+##INFO=<ID=SRR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the reverse strand">
+##INFO=<ID=SAF,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the forward strand">
+##INFO=<ID=SAR,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the reverse strand">
+##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=SAP,Number=A,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=AB,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
+##INFO=<ID=ABP,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome">
+##INFO=<ID=RPP,Number=A,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RPPR,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RPL,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Left: number of reads supporting the alternate balanced to the left (5') of the alternate allele">
+##INFO=<ID=RPR,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Right: number of reads supporting the alternate balanced to the right (3') of the alternate allele">
+##INFO=<ID=EPP,Number=A,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=EPPR,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=DPRA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele depth ratio.  Ratio between depth in samples with each called alternate allele and those without.">
+##INFO=<ID=ODDS,Number=1,Type=Float,Description="The log odds ratio of the best genotype combination to the second-best.">
+##INFO=<ID=GTI,Number=1,Type=Integer,Description="Number of genotyping iterations required to reach convergence or bailout.">
+##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex.">
+##INFO=<ID=CIGAR,Number=A,Type=String,Description="The extended CIGAR representation of each alternate allele, with the exception that '=' is replaced by 'M' to ease VCF parsing.  Note that INDEL alleles do not have the first matched base (which is provided by default, per the spec) referred to by the CIGAR.">
+##INFO=<ID=NUMALT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of unique non-reference alleles in called genotypes at this position.">
+##INFO=<ID=MEANALT,Number=A,Type=Float,Description="Mean number of unique non-reference allele observations per sample with the corresponding alternate alleles.">
+##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length">
+##INFO=<ID=MQM,Number=A,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles">
+##INFO=<ID=MQMR,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed reference alleles">
+##INFO=<ID=PAIRED,Number=A,Type=Float,Description="Proportion of observed alternate alleles which are supported by properly paired read fragments">
+##INFO=<ID=PAIREDR,Number=1,Type=Float,Description="Proportion of observed reference alleles which are supported by properly paired read fragments">
+##INFO=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block.">
+##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Last position (inclusive) in gVCF output record.">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype">
+##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
+##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Number of observation for each allele">
+##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count">
+##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations">
+##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count">
+##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations">
+##FORMAT=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block.">
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	unknown
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+phiX174	216	.	A	C	0.000552509	.	AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.96953;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=402;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:8:7,1:7:402:1:30:-0.512823,0,-20.2231
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+phiX174	254	.	T	.	0	.	DP=2;DPB=2;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=93;RO=2;RPPR=7.35324	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:2:2:2:93:.:.:0
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+phiX174	728	.	T	.	2.64107e-15	.	DP=8;DPB=8;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=527;RO=8;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:8:8:8:527:.:.:0
+phiX174	729	.	C	.	2.64107e-15	.	DP=8;DPB=8;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=538;RO=8;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:8:8:8:538:.:.:0
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+phiX174	731	.	G	.	1.75185e-15	.	DP=10;DPB=10;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=661;RO=10;RPPR=3.87889	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:10:10:10:661:.:.:0
+phiX174	732	.	G	T	1.94528e-05	.	AB=0.0833333;ABP=21.1059;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.3161;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=769;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.78696;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=12.6832;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:12:11,1:11:769:1:71:-0.0874674,0,-33.3849
+phiX174	733	.	T	.	8.61444e-16	.	DP=12;DPB=12;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=757;RO=12;RPPR=5.9056	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:12:12:12:757:.:.:0
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+phiX174	737	.	A	.	8.5909e-16	.	DP=12;DPB=12;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=772;RO=12;RPPR=9.52472	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:12:12:12:772:.:.:0
+phiX174	738	.	G	.	1.30547e-15	.	DP=11;DPB=11;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=743;RO=11;RPPR=7.94546	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:743:.:.:0
+phiX174	739	.	C	.	1.30547e-15	.	DP=11;DPB=11;EPPR=3.20771;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=718;RO=11;RPPR=7.94546	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:718:.:.:0
+phiX174	740	.	C	G	6.48803e-06	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.4141;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=682;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=10.8276;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=8;SRP=10.8276;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:10,1:10:682:1:27:0,-0.652644,-30.9214
+phiX174	741	.	G	.	1.30547e-15	.	DP=11;DPB=11;EPPR=4.78696;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=728;RO=11;RPPR=3.20771	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:11:11:11:728:.:.:0
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+phiX174	745	.	A	.	1.74784e-15	.	DP=10;DPB=10;EPPR=6.48466;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=537;RO=10;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:10:10:10:537:.:.:0
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+phiX174	769	.	T	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=231;RO=4;RPPR=5.18177	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:231:.:.:0
+phiX174	770	.	A	.	1.00788e-15	.	DP=3;DPB=3;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=189;RO=3;RPPR=9.52472	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:3:3:3:189:.:.:0
+phiX174	771	.	C	.	1.00788e-15	.	DP=3;DPB=3;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=162;RO=3;RPPR=9.52472	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:3:3:3:162:.:.:0
+phiX174	772	.	G	.	1.00788e-15	.	DP=3;DPB=3;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=201;RO=3;RPPR=9.52472	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:3:3:3:201:.:.:0
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+phiX174	1141	.	T	G	3.61953e-07	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.63072;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.3003;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50;QR=880;RO=14;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.49198;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=5.49198;SRR=9;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:15:14,1:14:880:1:50:0,-0.836684,-42.5367
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+phiX174	1143	.	G	.	0	.	DP=16;DPB=16;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=1029;RO=16;RPPR=3.55317	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:16:16:16:1029:.:.:0
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+phiX174	1187	.	T	G	2.35928e-05	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.1231;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=553;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=14.8328;SRR=8;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:10:9,1:9:553:1:27:0,-0.351614,-26.7568
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+phiX174	1432	.	T	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=216;RO=4;RPPR=5.18177	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:216:.:.:0
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+phiX174	1908	.	T	.	0	.	DP=2;DPB=2;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=100;RO=2;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:2:2:2:100:.:.:0
+phiX174	1909	.	T	G	5.59746	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.844008;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=30;RO=1;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:2:1,1:1:30:1:35:-2.68555,0,-2.319
+phiX174	1910	.	A	.	0	.	DP=2;DPB=2;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=122;RO=2;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:2:2:2:122:.:.:0
+phiX174	1911	.	A	.	0	.	DP=2;DPB=2;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=115;RO=2;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:2:2:2:115:.:.:0
+phiX174	1912	.	C	.	0	.	DP=2;DPB=2;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=142;RO=2;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:2:2:2:142:.:.:0
+phiX174	1913	.	G	C	0.0734217	.	AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.07162;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=247;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:5:4,1:4:247:1:38:-1.94099,0,-11.7437
+phiX174	1914	.	C	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=280;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:280:.:.:0
+phiX174	1915	.	T	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=340;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:340:.:.:0
+phiX174	1916	.	A	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=322;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:322:.:.:0
+phiX174	1917	.	A	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=327;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:327:.:.:0
+phiX174	1918	.	A	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=314;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:314:.:.:0
+phiX174	1919	.	G	T	0.0376705	.	AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.74309;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=284;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:5:4,1:4:284:1:33:-1.64937,0,-12.1842
+phiX174	1920	.	G	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=355;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:355:.:.:0
+phiX174	1921	.	T	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=333;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:333:.:.:0
+phiX174	1922	.	G	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=355;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:355:.:.:0
+phiX174	1923	.	C	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=285;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:285:.:.:0
+phiX174	1924	.	T	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=322;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:322:.:.:0
+phiX174	1925	.	T	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=265;RO=4;RPPR=5.18177	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:265:.:.:0
+phiX174	1926	.	T	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=232;RO=4;RPPR=5.18177	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:232:.:.:0
+phiX174	1927	.	G	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=243;RO=4;RPPR=5.18177	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:243:.:.:0
+phiX174	1928	.	A	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=191;RO=4;RPPR=5.18177	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:191:.:.:0
+phiX174	1929	.	C	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=266;RO=4;RPPR=5.18177	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:266:.:.:0
+phiX174	1930	.	T	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=248;RO=4;RPPR=5.18177	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:248:.:.:0
+phiX174	1931	.	T	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=240;RO=4;RPPR=11.6962	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:240:.:.:0
+phiX174	1932	.	A	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=246;RO=4;RPPR=11.6962	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:246:.:.:0
+phiX174	1933	.	T	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=284;RO=4;RPPR=11.6962	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:284:.:.:0
+phiX174	1934	.	A	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=329;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:329:.:.:0
+phiX174	1935	.	C	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=355;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:355:.:.:0
+phiX174	1936	.	C	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=280;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:280:.:.:0
+phiX174	1937	.	G	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=332;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:332:.:.:0
+phiX174	1938	.	A	C	0.00544999	.	AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68007;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=311;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:6:5,1:5:311:1:29:-1.03,0,-14.2552
+phiX174	1939	.	T	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=346;RO=6;RPPR=4.45795	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:346:.:.:0
+phiX174	1940	.	A	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=395;RO=6;RPPR=4.45795	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:395:.:.:0
+phiX174	1941	.	T	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=320;RO=6;RPPR=4.45795	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:320:.:.:0
+phiX174	1942	.	T	G	0.0132875	.	AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.78795;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=308;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:6:5,1:5:308:1:34:-1.41744,0,-14.9758
+phiX174	1943	.	G	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=6.91895;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=345;RO=5;RPPR=3.44459	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:345:.:.:0
+phiX174	1944	.	C	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=6.91895;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=342;RO=5;RPPR=3.44459	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:342:.:.:0
+phiX174	1945	.	T	G	0.0265938	.	AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.09257;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=263;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:5:4,1:4:263:1:31:-1.4976,0,-12.1647
+phiX174	1946	.	G	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=6.91895;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=294;RO=5;RPPR=3.44459	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:294:.:.:0
+phiX174	1947	.	G	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=6.91895;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=312;RO=5;RPPR=3.44459	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:312:.:.:0
+phiX174	1948	.	C	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=6.91895;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=289;RO=5;RPPR=3.44459	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:289:.:.:0
+phiX174	1949	.	G	.	1.45238e-15	.	DP=2;DPB=2;EPPR=7.35324;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=142;RO=2;RPPR=7.35324	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:2:2:2:142:.:.:0
+phiX174	1950	.	A	.	1.45238e-15	.	DP=2;DPB=2;EPPR=7.35324;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=103;RO=2;RPPR=7.35324	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:2:2:2:103:.:.:0
+phiX174	1951	.	C	.	1.45238e-15	.	DP=2;DPB=2;EPPR=7.35324;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=142;RO=2;RPPR=7.35324	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:2:2:2:142:.:.:0
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+phiX174	2217	.	A	C	0.0113355	.	AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.94706;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=285;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:6:5,1:5:285:1:33:-1.34834,0,-14.1966
+phiX174	2218	.	G	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=333;RO=6;RPPR=8.80089	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:333:.:.:0
+phiX174	2219	.	G	.	0	.	DP=7;DPB=7;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=445;RO=7;RPPR=5.80219	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:7:7:7:445:.:.:0
+phiX174	2220	.	T	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=322;RO=6;RPPR=4.45795	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:322:.:.:0
+phiX174	2221	.	T	G	0.00799526	.	AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.29654;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=341;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:6:5,1:5:341:1:31:-1.19657,0,-15.2092
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+phiX174	2223	.	A	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=374;RO=6;RPPR=4.45795	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:374:.:.:0
+phiX174	2224	.	A	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=409;RO=6;RPPR=4.45795	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:409:.:.:0
+phiX174	2225	.	T	.	0	.	DP=7;DPB=7;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=430;RO=7;RPPR=3.32051	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:7:7:7:430:.:.:0
+phiX174	2226	.	T	.	0	.	DP=8;DPB=8;EPPR=4.09604;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=462;RO=8;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:8:8:8:462:.:.:0
+phiX174	2227	.	T	A	0.000371421	.	AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.36669;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=462;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:8:7,1:7:462:1:28:-0.34034,0,-21.2381
+phiX174	2228	.	A	.	0	.	DP=8;DPB=8;EPPR=4.09604;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=487;RO=8;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:8:8:8:487:.:.:0
+phiX174	2229	.	A	.	0	.	DP=8;DPB=8;EPPR=4.09604;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=496;RO=8;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:8:8:8:496:.:.:0
+phiX174	2230	.	T	G	0.000797994	.	AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.60187;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=457;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:8:7,1:7:457:1:32:-0.672495,0,-20.772
+phiX174	2231	.	G	.	0	.	DP=7;DPB=7;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=427;RO=7;RPPR=5.80219	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:7:7:7:427:.:.:0
+phiX174	2232	.	T	.	0	.	DP=7;DPB=7;EPPR=3.32051;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=451;RO=7;RPPR=5.80219	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:7:7:7:451:.:.:0
+phiX174	2233	.	G	T	0.0088231	.	AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.19792;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=398;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:7:6,1:6:398:1:42:-1.47348,0,-18.1528
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+phiX174	2256	.	C	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=6.91895;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=307;RO=5;RPPR=3.44459	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:307:.:.:0
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+phiX174	2260	.	T	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=3.44459;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=315;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:315:.:.:0
+phiX174	2261	.	C	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=275;RO=4;RPPR=5.18177	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:275:.:.:0
+phiX174	2262	.	G	.	1.00788e-15	.	DP=3;DPB=3;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=180;RO=3;RPPR=9.52472	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:3:3:3:180:.:.:0
+phiX174	2263	.	C	T	0.0311779	.	AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.93302;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26;QR=180;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:4:3,1:3:180:1:26:-1.36276,0,-9.12363
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+phiX174	2265	.	A	G	0.119127	.	AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.58237;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47;QR=176;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:5:4,1:4:176:1:47:-2.15347,0,-10.774
+phiX174	2266	.	T	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=224;RO=4;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:224:.:.:0
+phiX174	2267	.	T	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=264;RO=4;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:264:.:.:0
+phiX174	2268	.	C	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=284;RO=4;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:284:.:.:0
+phiX174	2269	.	A	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=244;RO=4;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:244:.:.:0
+phiX174	2270	.	A	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=243;RO=4;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:243:.:.:0
+phiX174	2271	.	T	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=247;RO=4;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:247:.:.:0
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+phiX174	2273	.	A	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=5.18177;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=245;RO=4;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:245:.:.:0
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+phiX174	2847	.	C	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=6.91895;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=353;RO=5;RPPR=6.91895	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:353:.:.:0
+phiX174	2848	.	G	.	1.00788e-15	.	DP=3;DPB=3;EPPR=3.73412;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=180;RO=3;RPPR=3.73412	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:3:3:3:180:.:.:0
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+phiX174	3155	.	T	G	16.6999	.	AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.81732;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=142;RO=2;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:4:2,2:2:142:2:75:-5.28793,0,-5.82555
+phiX174	3156	.	A	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=3.0103;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=279;RO=4;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:279:.:.:0
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+phiX174	3160	.	C	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=388;RO=6;RPPR=4.45795	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:388:.:.:0
+phiX174	3161	.	T	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=394;RO=6;RPPR=4.45795	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:394:.:.:0
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+phiX174	3615	.	A	C	0.0441346	.	AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.58398;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=224;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:5:4,1:4:224:1:34:-1.71847,0,-11.7132
+phiX174	3616	.	T	C	0.0120628	.	AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.88479;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=217;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=11.6962;SRR=0;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:5:4,1:4:217:1:27:-1.15354,0,-11.5696
+phiX174	3617	.	G	.	1.15361e-16	.	DP=5;DPB=5;EPPR=6.91895;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=263;RO=5;RPPR=3.44459	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:5:5:5:263:.:.:0
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+phiX174	3619	.	G	.	5.61269e-16	.	DP=4;DPB=4;EPPR=11.6962;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=242;RO=4;RPPR=5.18177	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:4:4:4:242:.:.:0
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+phiX174	4082	.	T	G	0.00362235	.	AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.08877;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=332;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/1:6:5,1:5:332:1:27:-0.852506,0,-15.1826
+phiX174	4083	.	C	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=410;RO=6;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:410:.:.:0
+phiX174	4084	.	T	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=372;RO=6;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:372:.:.:0
+phiX174	4085	.	T	.	1.60117e-15	.	DP=6;DPB=6;EPPR=4.45795;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=404;RO=6;RPPR=3.0103	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:6:6:6:404:.:.:0
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+phiX174	5055	.	A	.	1.74784e-15	.	DP=10;DPB=10;EPPR=6.48466;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=603;RO=10;RPPR=6.48466	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:10:10:10:603:.:.:0
+phiX174	5056	.	A	C	4.31673e-05	.	AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.519;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=535;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=3.25157;SRR=4;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:10:9,1:9:535:1:30:0,-0.0892374,-26.0963
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+phiX174	5059	.	G	.	0	.	DP=7;DPB=7;EPPR=5.80219;GTI=0;MQMR=37;NS=1;NUMALT=0;ODDS=0;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=428;RO=7;RPPR=3.32051	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	0/0:7:7:7:428:.:.:0
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+##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
+##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus">
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+##INFO=<ID=SRF,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations on the forward strand">
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+##INFO=<ID=SAF,Number=A,Type=Integer,Description="Number of alternate observations on the forward strand">
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+##INFO=<ID=SRP,Number=1,Type=Float,Description="Strand balance probability for the reference allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SRF and SRR given E(SRF/SRR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=SAP,Number=A,Type=Float,Description="Strand balance probability for the alternate allele: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between SAF and SAR given E(SAF/SAR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=AB,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
+##INFO=<ID=ABP,Number=A,Type=Float,Description="Allele balance probability at heterozygous sites: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between ABR and ABA given E(ABR/ABA) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RUN,Number=A,Type=Integer,Description="Run length: the number of consecutive repeats of the alternate allele in the reference genome">
+##INFO=<ID=RPP,Number=A,Type=Float,Description="Read Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RPPR,Number=1,Type=Float,Description="Read Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between RPL and RPR given E(RPL/RPR) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=RPL,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Left: number of reads supporting the alternate balanced to the left (5') of the alternate allele">
+##INFO=<ID=RPR,Number=A,Type=Float,Description="Reads Placed Right: number of reads supporting the alternate balanced to the right (3') of the alternate allele">
+##INFO=<ID=EPP,Number=A,Type=Float,Description="End Placement Probability: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=EPPR,Number=1,Type=Float,Description="End Placement Probability for reference observations: Phred-scaled upper-bounds estimate of the probability of observing the deviation between EL and ER given E(EL/ER) ~ 0.5, derived using Hoeffding's inequality">
+##INFO=<ID=DPRA,Number=A,Type=Float,Description="Alternate allele depth ratio.  Ratio between depth in samples with each called alternate allele and those without.">
+##INFO=<ID=ODDS,Number=1,Type=Float,Description="The log odds ratio of the best genotype combination to the second-best.">
+##INFO=<ID=GTI,Number=1,Type=Integer,Description="Number of genotyping iterations required to reach convergence or bailout.">
+##INFO=<ID=TYPE,Number=A,Type=String,Description="The type of allele, either snp, mnp, ins, del, or complex.">
+##INFO=<ID=CIGAR,Number=A,Type=String,Description="The extended CIGAR representation of each alternate allele, with the exception that '=' is replaced by 'M' to ease VCF parsing.  Note that INDEL alleles do not have the first matched base (which is provided by default, per the spec) referred to by the CIGAR.">
+##INFO=<ID=NUMALT,Number=1,Type=Integer,Description="Number of unique non-reference alleles in called genotypes at this position.">
+##INFO=<ID=MEANALT,Number=A,Type=Float,Description="Mean number of unique non-reference allele observations per sample with the corresponding alternate alleles.">
+##INFO=<ID=LEN,Number=A,Type=Integer,Description="allele length">
+##INFO=<ID=MQM,Number=A,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed alternate alleles">
+##INFO=<ID=MQMR,Number=1,Type=Float,Description="Mean mapping quality of observed reference alleles">
+##INFO=<ID=PAIRED,Number=A,Type=Float,Description="Proportion of observed alternate alleles which are supported by properly paired read fragments">
+##INFO=<ID=PAIREDR,Number=1,Type=Float,Description="Proportion of observed reference alleles which are supported by properly paired read fragments">
+##INFO=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block.">
+##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="Last position (inclusive) in gVCF output record.">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality, the Phred-scaled marginal (or unconditional) probability of the called genotype">
+##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
+##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Number of observation for each allele">
+##FORMAT=<ID=RO,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observation count">
+##FORMAT=<ID=QR,Number=1,Type=Integer,Description="Sum of quality of the reference observations">
+##FORMAT=<ID=AO,Number=A,Type=Integer,Description="Alternate allele observation count">
+##FORMAT=<ID=QA,Number=A,Type=Integer,Description="Sum of quality of the alternate observations">
+##FORMAT=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum depth in gVCF output block.">
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+phiX174	374	.	T	G	22.5297	.	AB=0;ABP=0;AC=1;AF=1;AN=1;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18205;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=141;RO=2;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp	GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL	1:4:2,2:2:141:2:75:-1.64847,0
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@@ -0,0 +1,2 @@
+>phiX174
+GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAAAAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGACTGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTTGCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTTCATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGATGCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAAACACTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCaGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGGCGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCGTCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACATTTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACTACTGGTTATATTGACCATGCCGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATACCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTAAAGCGCCGTGGATGCCTGACCGTACCGAGGCTAACCCTAATGAGCTTAATCAAGATGATGCTCGTTATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCgTGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAACCTCTTATGACGCTGACAACCGTCCTTTACTTGTCATGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTTGATGGAACTGACCAAACGTCGTTAGGCCAGTTTTCTGGTCGTGTTCAACAGACCTATAAACATTCTGTGCCGCGTTTCTTTGTTCCTGAGCATGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGAACCGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATCGCAATCTGCCGACCACTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTAAAAATTTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGCTTAGGAGTTTAATCATGTTTCAGACTTTTATTTCTCGCCATAATTCAAACTTTTTTTCTGATAAGCTGGTTCTCACTTCTGTTACTCCAGCTTCTTCGGCACCTGTTTTACAGACACCTAAAGCTACATCGTCAACGTTATATTTTGATAGTTTGACGGTTAATGCTGGTAATGGTGGTTTTCTTCATTGCATTCAGATGGATACATCTGTCAACGCCGCTAATCAGGTTGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCTTTTGATGCCGACCCTAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTCGCTTTGAGTCTTCTTCGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAATAAtGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTTGGTGCTATTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGTCAAAAAGCCGCCTCCGGTGGCATTCAAGGTGATGTGCTTGCTACCGATAACAATACTGTAGGCATGGGTGATGCTGGTATTAAATCTGCCATTCAAGGCTCTAATGTTCCTAACCCTGATGAGGCCGCCCCTAGTTTTGTTTCTGGTGCTATGGCTAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATAAAGGAAAGGATACTCGTGATTATCTTGCTGCTGCATTTCCTGAGCTTAATGCTTGGGAGCGTGCTGGTGCTGATGCTTCCTCTGCTGGTATGGTTGACGCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGAGATGCAAAATGAGACTCAAAAAGAGATTGCTGGCATTCAGTCGGCGACTTCACGCCAGAATACGAAAGACCAGGTATATGCACAAAATGAGATGCTTGCTTATCAACAGAAGGAGTCTACTGCTCGCGTTGCGTCTATTATGGAAAACACCAATCTTTCCAAGCAACAGCAGGTTTCCGAGATTATGCGCCAAATGCTTACTCAAGCTCAAACGGCTGGTCAGTATTTTACCAATGACCAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTATGGCTCTTCTCATATTGGCGCTACTGCAAAGGATATTTCTAATGTCGTCACTGATGCTGCTTCTGGTGTGGTTGATATTTTTCATGGTATTGATAAAGCTGTTGCCGATACTTGGAACAATTTCTGGAAAGACGGTAAAGCTGATGGTATTGGCTCTAATTTGTCTAGGAAATAACCGTCAGGATTGACACCCTCCCAATTGTATGTTTTCATGCCTCCAAATCTTGGAGGCTTTTTTATGGTTCGTTCTTATTACCCTTCTGAATGTCACGCTGATTATTTTGACTTTGAGCGTATCGAGGCTCTTAAACCTGCTATTGAGGCTTGTGGCATTTCTACTCTTTCTCAATCCCCAATGCTTGGCTTCCATAAGCAGATGGATAACCGCATCAAGCTCTTGGAAGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGAGTTCGATAATGGTGATATGTATGTTGACGGCCATAAGGCTGCTTCTGACGTTCGTGATGAGTTTGTATCTGTTACTGAGAAGTTAATGGATGAATTGGCACAATGCTACAATGTGCTCCCCCAACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCGCCCCGAAGGGGACGAAAAATGGTTTTTAGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTTTTGCCGCAAGCTGGCTGCTGAACGCCCTCTTAAGGATATTCGCGATGAGTATAATTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATTGCTGGAGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTaCTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCGACAGGCTCATGCTGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGCTGACGACCGATTAGAGGCGTTTTATGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACTATTTTCGTGATATTGGTCGTATGGTTCTTGCTGCCGAGGGTCGCAAGGCTAATGATTCACACGCCGACTGCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCAtTTTATGCGGACACTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCAGATATGGACCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGGGATGAAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCTGGGTTACGACGCGACGCCGTTCAACCAGATATTGAAGCAGAACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTGGCGGCGCAACCTGTGACGACAAATCTGCTCAAATTTATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATCCAACCTGCA
Binary file test-data/left-align-input.bam has changed
Binary file test-data/left-align-output.bam has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/leftalign.fa	Wed Oct 02 09:26:15 2019 -0400
@@ -0,0 +1,2 @@
+>phiX174
+GAGTTTTATCGCTTCCATGACGCAGAAGTTAACACTTTCGGATATTTCTGATGAGTCGAAAAATTATCTTGATAAAGCAGGAATTACTACTGCTTGTTTACGAATTAAATCGAAGTGGACTGCTGGCGGAAAATGAGAAAATTCGACCTATCCTTGCGCAGCTCGAGAAGCTCTTACTTTGCGACCTTTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAAAACTGACGCGTTGGATGAGGAGAAGTGGCTTAATATGCTTGGCACGTTCGTCAAGGACTGGTTTAGATATGAGTCACATTTTGTTCATGGTAGAGATTCTCTTGTTGACATTTTAAAAGAGCGTGGATTACTATCTGAGTCCGATGCTGTTCAACCACTAATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCAGACCGCTTTGGCCTCTATTAAGCTCATTCAGGCTTCTGCCGTTTTGGATTTAACCGAAGATGATTTCGATTTTCTGACGAGTAACAAAGTTTGGATTGCTACTGACCGCTCTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCCTGTTGAGTTTATTGCTGCCGTCATTGCTTATTATGTTCATCCCGTCAACATTCAAACGGCCTGTCTCATCATGGAAGGCGCTGAATTTACGGAAAACATTATTAATGGCGTCGAGCGTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAAACACTGACGTTCTTACTGACGCAGAAGAAAACGTGCGTCAAAAATTACGTGCaGAAGGAGTGATGTAATGTCTAAAGGTAAAAAACGTTCTGGCGCTCGCCCTGGTCGTCCGCAGCCGTTGCGAGGTACTAAAGGCAAGCGTAAAGGCGCTCGTCTTTGGTATGTAGGTGGTCAACAATTTTAATTGCAGGGGCTTCGGCCCCTTACTTGAGGATAAATTATGTCTAATATTCAAACTGGCGCCGAGCGTATGCCGCATGACCTTTCCCATCTTGGCTTCCTTGCTGGTCAGATTGGTCGTCTTATTACCATTTCAACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCGCTCTCCGTCTTTCTCCATTGCGTCGTGGCCTTGCTATTGACTCTACTGTAGACATTTTTACTTTTTATGTCCCTCATCGTCACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGCCACTCCTCTCCCGACTGTTAACACTACTGGTTATATTGACCATGCCGCTTTTCTTGGCACGATTAACCCTGATACCAATAAAATCCCTAAGCATTTGTTTCAGGGTTATTTGAATATCTATAACAACTATTTTAAAGCGCCGTGGATGCCTGACCGTACCGAGGCTAACCCTAATGAGCTTAATCAAGATGATGCTCGTTATGGTTTCCGTTGCTGCCATCTCAAAAACATTTGGACTGCTCCGCTTCCTCCTGAGACTGAGCTTTCTCGCCAAATGACGACTTCTACCACATCTATTGACATTATGGGTCTGCAAGCTGCTTATGCTAATTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTACCgTGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAACCTCTTATGACGCTGACAACCGTCCTTTACTTGTCATGCGCTCTAATCTCTGGGCATCTGGCTATGATGTTGATGGAACTGACCAAACGTCGTTAGGCCAGTTTTCTGGTCGTGTTCAACAGACCTATAAACATTCTGTGCCGCGTTTCTTTGTTCCTGAGCATGGCACTATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCAGTACCTTAACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTTGTATGGCAACTTGCCGCCGCGTGAAATTTCTATGAAGGATGTTTTCCGTTCTGGTGATTCGTCTAAGAAGTTTAAGATTGCTGAGGGTCAGTGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGAAGGCTTCCCATTCATTCAGGAACCGCCTTCTGGTGATTTGCAAGAACGCGTACTTATTCGCCACCATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAGTCAGGTTAAATTTAATGTGACCGTTTATCGCAATCTGCCGACCACTCGCGATTCAATCATGACTTCGTGATAAAAGATTGAGTGTGAGGTTATAACGCCGAAGCGGTAAAAATTTTAATTTTTGCCGCTGAGGGGTTGACCAAGCGAAGCGCGGTAGGTTTTCTGCTTAGGAGTTTAATCATGTTTCAGACTTTTATTTCTCGCCATAATTCAAACTTTTTTTCTGATAAGCTGGTTCTCACTTCTGTTACTCCAGCTTCTTCGGCACCTGTTTTACAGACACCTAAAGCTACATCGTCAACGTTATATTTTGATAGTTTGACGGTTAATGCTGGTAATGGTGGTTTTCTTCATTGCATTCAGATGGATACATCTGTCAACGCCGCTAATCAGGTTGTTTCTGTTGGTGCTGATATTGCTTTTGATGCCGACCCTAAATTTTTTGCCTGTTTGGTTCGCTTTGAGTCTTCTTCGGTTCCGACTACCCTCCCGACTGCCTATGATGTTTATCCTTTGAATGGTCGCCATGATGGTGGTTATTATACCGTCAAGGACTGTGTGACTATTGACGTCCTTCCCCGTACGCCGGGCAATAAtGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGCTACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCAGCCACTTAAGTGAGGTGATTTATGTTTGGTGCTATTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGTCAAAAAGCCGCCTCCGGTGGCATTCAAGGTGATGTGCTTGCTACCGATAACAATACTGTAGGCATGGGTGATGCTGGTATTAAATCTGCCATTCAAGGCTCTAATGTTCCTAACCCTGATGAGGCCGCCCCTAGTTTTGTTTCTGGTGCTATGGCTAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCTGATAAAGGAAAGGATACTCGTGATTATCTTGCTGCTGCATTTCCTGAGCTTAATGCTTGGGAGCGTGCTGGTGCTGATGCTTCCTCTGCTGGTATGGTTGACGCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGAGATGCAAAATGAGACTCAAAAAGAGATTGCTGGCATTCAGTCGGCGACTTCACGCCAGAATACGAAAGACCAGGTATATGCACAAAATGAGATGCTTGCTTATCAACAGAAGGAGTCTACTGCTCGCGTTGCGTCTATTATGGAAAACACCAATCTTTCCAAGCAACAGCAGGTTTCCGAGATTATGCGCCAAATGCTTACTCAAGCTCAAACGGCTGGTCAGTATTTTACCAATGACCAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTATGGCTCTTCTCATATTGGCGCTACTGCAAAGGATATTTCTAATGTCGTCACTGATGCTGCTTCTGGTGTGGTTGATATTTTTCATGGTATTGATAAAGCTGTTGCCGATACTTGGAACAATTTCTGGAAAGACGGTAAAGCTGATGGTATTGGCTCTAATTTGTCTAGGAAATAACCGTCAGGATTGACACCCTCCCAATTGTATGTTTTCATGCCTCCAAATCTTGGAGGCTTTTTTATGGTTCGTTCTTATTACCCTTCTGAATGTCACGCTGATTATTTTGACTTTGAGCGTATCGAGGCTCTTAAACCTGCTATTGAGGCTTGTGGCATTTCTACTCTTTCTCAATCCCCAATGCTTGGCTTCCATAAGCAGATGGATAACCGCATCAAGCTCTTGGAAGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGAGTTCGATAATGGTGATATGTATGTTGACGGCCATAAGGCTGCTTCTGACGTTCGTGATGAGTTTGTATCTGTTACTGAGAAGTTAATGGATGAATTGGCACAATGCTACAATGTGCTCCCCCAACTTGATATTAATAACACTATAGACCACCGCCCCGAAGGGGACGAAAAATGGTTTTTAGAGAACGAGAAGACGGTTACGCAGTTTTGCCGCAAGCTGGCTGCTGAACGCCCTCTTAAGGATATTCGCGATGAGTATAATTACCCCAAAAAGAAAGGTATTAAGGATGAGTGTTCAAGATTGCTGGAGGCCTCCACTATGAAATCGCGTAGAGGCTTTaCTATTCAGCGTTTGATGAATGCAATGCGACAGGCTCATGCTGATGGTTGGTTTATCGTTTTTGACACTCTCACGTTGGCTGACGACCGATTAGAGGCGTTTTATGATAATCCCAATGCTTTGCGTGACTATTTTCGTGATATTGGTCGTATGGTTCTTGCTGCCGAGGGTCGCAAGGCTAATGATTCACACGCCGACTGCTATCAGTATTTTTGTGTGCCTGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTCATTTCCATGCGGTGCAtTTTATGCGGACACTTCCTACAGGTAGCGTTGACCCTAATTTTGGTCGTCGGGTACGCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTTGTGGCCTGTTGATGCTAAAGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCAGATATGGACCTTGCTGCTAAAGGTCTAGGAGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACTTCGGGATGAAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCTGGGTTACGACGCGACGCCGTTCAACCAGATATTGAAGCAGAACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGACGTTTTGGCGGCGCAACCTGTGACGACAAATCTGCTCAAATTTATGCGCGCTTCGATAAAAATGATTGGCGTATCCAACCTGCA
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/fasta_indexes.loc.sample	Wed Oct 02 09:26:15 2019 -0400
@@ -0,0 +1,29 @@
+#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools
+#to use a directory of Samtools indexed sequences data files.  You will need
+#to create these data files and then create a fasta_indexes.loc file
+#similar to this one (store it in this directory) that points to
+#the directories in which those files are stored. The fasta_indexes.loc
+#file has this format (white space characters are TAB characters):
+#
+# <unique_build_id>	<dbkey>	<display_name>	<file_base_path>
+#
+#So, for example, if you had hg19 Canonical indexed stored in
+#
+# /depot/data2/galaxy/hg19/sam/,
+#
+#then the fasta_indexes.loc entry would look like this:
+#
+#hg19canon	hg19	Human (Homo sapiens): hg19 Canonical	/depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa
+#
+#and your /depot/data2/galaxy/hg19/sam/ directory
+#would contain hg19canon.fa and hg19canon.fa.fai files.
+#
+#Your fasta_indexes.loc file should include an entry per line for
+#each index set you have stored.  The file in the path does actually
+#exist, but it should never be directly used. Instead, the name serves
+#as a prefix for the index file.  For example:
+#
+#hg18canon	hg18	Human (Homo sapiens): hg18 Canonical	/depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18canon.fa
+#hg18full	hg18	Human (Homo sapiens): hg18 Full	/depot/data2/galaxy/hg18/sam/hg18full.fa
+#hg19canon	hg19	Human (Homo sapiens): hg19 Canonical	/depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19canon.fa
+#hg19full	hg19	Human (Homo sapiens): hg19 Full	/depot/data2/galaxy/hg19/sam/hg19full.fa
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample	Wed Oct 02 09:26:15 2019 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+<!-- Use the file tool_data_table_conf.xml.oldlocstyle if you don't want to update your loc files as changed in revision 4550:535d276c92bc-->
+<tables>
+    <!-- Location of SAMTools indexes for FASTA files -->
+    <table name="fasta_indexes" comment_char="#">
+        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
+        <file path="tool-data/fasta_indexes.loc" />
+    </table>
+</tables>